View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF15934_low_2 (Length: 707)

Name: NF15934_low_2
Description: NF15934
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF15934_low_2
NF15934_low_2
[»] chr1 (13 HSPs)
chr1 (13-689)||(9161196-9161872)
chr1 (13-682)||(9155291-9155960)
chr1 (13-687)||(9170024-9170698)
chr1 (13-683)||(9218111-9218781)
chr1 (17-683)||(9199595-9200261)
chr1 (13-685)||(9118580-9119253)
chr1 (26-548)||(9229131-9229653)
chr1 (28-532)||(1868607-1869111)
chr1 (42-532)||(1857023-1857513)
chr1 (44-540)||(1815523-1816019)
chr1 (42-532)||(1843012-1843502)
chr1 (616-687)||(9146426-9146497)
chr1 (578-614)||(9146518-9146554)
[»] chr3 (4 HSPs)
chr3 (233-285)||(40573369-40573421)
chr3 (233-295)||(40579826-40579888)
chr3 (68-165)||(40602159-40602256)
chr3 (236-285)||(40602327-40602376)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 641; Significance: 0; HSPs: 13)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 641; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 689
Target Start/End: Complemental strand, 9161872 - 9161196
Alignment:
Q  13 agcagagacagccggagctttatcgtatttacattcatctgcatcaatacctattattcatagagatgttaaaagtaccaacattctcttagatgacaat 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  9161872 agcagagacagccggagctttatcgtatttacattcatctgcatcaatacctattatccatagagatgttaagagtaccaacattctcttagatgacaat 9161773  T
Q  113 tacaatgcaaaagtttctgattttggagcttcgaggttggttccacttgatcaaaccgagatagcaacaatggtacaaggaactcttggatacttagatc 212  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  9161772 tacaatgcaaaagtttctgattttggagcttcgaggttggttccacttgatcaaaccgagatagcaacaatggtacaaggaactcttggttacttagatc 9161673  T
Q  213 cggagtatatgcaaacacatcaattaacagagaaaagtgatgtttatagctttggtgtagttcttgcagagcttcttacgggagacaaacctctttcttt 312  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9161672 cggagtatatgcaaacacatcaactaacagagaaaagtgatgtttatagctttggtgtagttcttgcagagcttcttacgggagacaaacctctttcttt 9161573  T
Q  313 taataggccagaagagaccattagtcttgctatgcactttttgtcttgtttaaaacaagatacaatttttgaagctattcaagttggtattttaaatgat 412  Q
    |||||||||||||||||  || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9161572 taataggccagaagagaatatcagtcttgctatgcactttttgtcttgtttaaaacaagatagaatttttgaagctattcaagttggtattttaaatgat 9161473  T
Q  413 gaaaacaaggaggagattaaggaggttgctattcttgcagcaaggtgtttgagactaagaggggatgaaaggcctagcatgaaggaagtggcaatggagt 512  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9161472 gaaaacaaggaggagattaaggaggttgctattcttgcagcaaggtgtttgagactaagaggggatgaaaggcctagcatgaaggaagtggcaatggagt 9161373  T
Q  513 tggatggtataaggttaatggagaagcatccttggaatgattcagagctaaattttgaggagagacaacacttacttaaagaggcatcttctagtattta 612  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9161372 tggatggtataaggttaatggagaaccatccttggaatgattcagagctaaattttgaggagagacaacacttacttaaagaggcatcttctagtattta 9161273  T
Q  613 taatgaaattggtgaaagcattaaccttggatatagtgggtatgatagcttgaaagatcaaccattgattgccttag 689  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9161272 taatgaaattggtgaaagcattaaccttggatatagtgggtatgatagcttgaaagatcaaccattgattgccttag 9161196  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 458; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 682
Target Start/End: Complemental strand, 9155960 - 9155291
Alignment:
Q  13 agcagagacagccggagctttatcgtatttacattcatctgcatcaatacctattattcatagagatgttaaaagtaccaacattctcttagatgacaat 112  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||    
T  9155960 agcagagacagccggagctttatcgtatctacattcatctgcatcaataccgattatccatagagatgtcaaaagtaccaacattctcttggatgacaat 9155861  T
Q  113 tacaatgcaaaagtttctgattttggagcttcgaggttggttccacttgatcaaaccgagatagcaacaatggtacaaggaactcttggatacttagatc 212  Q
    ||||  || |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||    
T  9155860 tacacagcgaaagtttccgattttggagcttcgaggttagttccacttgatcaaaccgagatagcaacaatggttcaaggaactcttggatacctagatc 9155761  T
Q  213 cggagtatatgcaaacacatcaattaacagagaaaagtgatgtttatagctttggtgtagttcttgcagagcttcttacgggagacaaacctctttcttt 312  Q
    | |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||| |||||||| || ||||| |||||||| |||||    
T  9155760 cagagtatatgcaaactcatcaattaaccgagaaaagtgatgtctatagctttggagtagtgcttgcggagcttctgacaggagataaacctctatcttt 9155661  T
Q  313 taataggccagaagagaccattagtcttgctatgcactttttgtcttgtttaaaacaagatacaatttttgaagctattcaagttggtattttaaatgat 412  Q
    |||||||||||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  9155660 taataggccagaagagagtattagtcttgcaatgcactttttgtcttgtttaaaacaagatagaatttttgaagctattcaagttggtatcttaaatgat 9155561  T
Q  413 gaaaacaaggaggagattaaggaggttgctattcttgcagcaaggtgtttgagactaagaggggatgaaaggcctagcatgaaggaagtggcaatggagt 512  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||| |||||||  ||||  |||| || ||||| ||||| ||||||||| | || |||||||    
T  9155560 gaaaacaaggaggagattaaagaggttgctattctggcagcacggtgtttacgacttcgaggtgaggaaagacctagtatgaaggaaatagctatggagt 9155461  T
Q  513 tggatggtataaggttaatggagaagcatccttggaatgattcagagctaaattttgaggagagacaacacttacttaaagaggcatcttctagtattta 612  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||    
T  9155460 tggatggtataaggttaatggagaaacatccttggaatgatacagacctaaaatttgaggagagacaacacttacttaaaaaggcaacttctagtattta 9155361  T
Q  613 taatgaaattggtgaaagcattaaccttggatatagtgggtatgatagcttgaaagatcaaccattgatt 682  Q
    || |||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||    
T  9155360 tagtgaaattggtgatagcattgaccttggatatagtgggtatgacagcttgaaagatcaatcattgatt 9155291  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 447; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 687
Target Start/End: Complemental strand, 9170698 - 9170024
Alignment:
Q  13 agcagagacagccggagctttatcgtatttacattcatctgcatcaatacctattattcatagagatgttaaaagtaccaacattctcttagatgacaat 112  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||    
T  9170698 agcagagacagctggagctttatcgtatctacattcatctgcatcaattccaattatccatagagatgttaagagtaccaacattctcttggatgacaat 9170599  T
Q  113 tacaatgcaaaagtttctgattttggagcttcgaggttggttccacttgatcaaaccgagatagcaacaatggtacaaggaactcttggatacttagatc 212  Q
    |||| ||| |||||||| || || |||||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||    
T  9170598 tacactgccaaagtttccgacttcggagcttcaagattggttccacttgatcaaacagagatagcaacaatggtgcaaggaacacttggatacttagatc 9170499  T
Q  213 cggagtatatgcaaacacatcaattaacagagaaaagtgatgtttatagctttggtgtagttcttgcagagcttcttacgggagacaaacctctttcttt 312  Q
    | |||||||||||||||||| ||||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || || |||||||||||||||||    
T  9170498 ccgagtatatgcaaacacataaattaaccgaaaaaagtgatgtttatagctttggagtagttcttgcagagcttctaacaggtgacaaacctctttcttt 9170399  T
Q  313 taataggccagaagagaccattagtcttgctatgcactttttgtcttgtttaaaacaagatacaatttttgaagctattcaagttggtattttaaatgat 412  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||  || | || |||    
T  9170398 taataggccagaagagaccattagtcttgctatgcactttttgtcttgtttaaaacaagataaattttttgaagctattcaagttggatttgtgaacgat 9170299  T
Q  413 gaaaacaaggaggagattaaggaggttgctattcttgcagcaaggtgtttgagactaagaggggatgaaaggcctagcatgaaggaagtggcaatggagt 512  Q
    || |||||| | ||||||||||||||||||||||||||  |||||||||| ||||| |||||||||||||| ||| | ||||||||||||||||||||||    
T  9170298 gataacaagaaagagattaaggaggttgctattcttgcttcaaggtgtttaagacttagaggggatgaaagaccttgtatgaaggaagtggcaatggagt 9170199  T
Q  513 tggatggtataaggttaatggagaagcatccttggaatgattcagagctaaattttgaggagagacaacacttacttaaagaggcatcttctagtattta 612  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||| |||| ||||||| | |||||||||| |||||||||    
T  9170198 tggatggcataaggttaatggagaagcatccttggaatgatacagagcaaaattttgaggagagtcaacgcttacttcatgaggcatcttgtagtattta 9170099  T
Q  613 taatgaaattggtgaaagcattaaccttggatatagtgggtatgatagcttgaaagatcaaccattgattgcctt 687  Q
    |||||||| |||||| |||  |||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  9170098 taatgaaactggtgatagctataaccttggatataatggatatgatagcttgaaagatcaatcattgattgcctt 9170024  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 423; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 683
Target Start/End: Complemental strand, 9218781 - 9218111
Alignment:
Q  13 agcagagacagccggagctttatcgtatttacattcatctgcatcaatacctattattcatagagatgttaaaagtaccaacattctcttagatgacaat 112  Q
    |||||||||||| || |||||||| ||| |||||||| |||||||||| || ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||    
T  9218781 agcagagacagctggtgctttatcatatctacattcagctgcatcaattccaattatccatagagatgttaagagtaccaacattctcttggatgacaat 9218682  T
Q  113 tacaatgcaaaagtttctgattttggagcttcgaggttggttccacttgatcaaaccgagatagcaacaatggtacaaggaactcttggatacttagatc 212  Q
    |||| |||||||||||| || || |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9218681 tacactgcaaaagtttccgacttcggagcttcaagattggttccacttgatcaaaccgagatagcgacaatggtacaaggaactcttggatacttagatc 9218582  T
Q  213 cggagtatatgcaaacacatcaattaacagagaaaagtgatgtttatagctttggtgtagttcttgcagagcttcttacgggagacaaacctctttcttt 312  Q
    | |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| || || | |||||||||||||||    
T  9218581 cagagtatatgcaaacacatcaattaaccgaaaaaagtgatgtgtatagctttggagtagttcttgcagagcttctaacaggtgccaaacctctttcttt 9218482  T
Q  313 taataggccagaagagaccattagtcttgctatgcactttttgtcttgtttaaaacaagatacaatttttgaagctattcaagttggtattttaaatgat 412  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||    
T  9218481 taacaggccagaagagaccattagtcttgctatgcactttttgtcttgtttaaaacaagataaactttttgatgctattcaagttggaattttcaatgat 9218382  T
Q  413 gaaaacaaggaggagattaaggaggttgctattcttgcagcaaggtgtttgagactaagaggggatgaaaggcctagcatgaaggaagtggcaatggagt 512  Q
    ||||||||| | ||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||| ||||| |||||||| ||||| |||| |||||| || |||||||    
T  9218381 gaaaacaagaaagagattaaggaggtttctattcttgctgcaaggtgtttaagacttagaggtgatgaaagacctagtatgagggaagtagctatggagt 9218282  T
Q  513 tggatggtataaggttaatggagaagcatccttggaatgattcagagctaaattttgaggagagacaacacttacttaaagaggcatcttctagtattta 612  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||| |||| ||||||| | |||||||||| |||||| ||    
T  9218281 tggatggcataaggttaatggagaagcatccttggaatgatacagagcaaaattttgaggagagtcaacgcttacttcatgaggcatcttgtagtatcta 9218182  T
Q  613 taatgaaattggtgaaagcattaaccttggatatagtgggtatgatagcttgaaagatcaaccattgattg 683  Q
     ||||||| || ||| |||  ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  9218181 caatgaaactgatgatagctataaccctggatataatgggtatgatagcttgaaagatcagccattgattg 9218111  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 415; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 683
Target Start/End: Complemental strand, 9200261 - 9199595
Alignment:
Q  17 gagacagccggagctttatcgtatttacattcatctgcatcaatacctattattcatagagatgttaaaagtaccaacattctcttagatgacaattaca 116  Q
    |||||||| ||||||||||| ||| |||||||| |||||||||| || ||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  9200261 gagacagctggagctttatcatatctacattcagctgcatcaattccaattatccacagagatgttaagagtaccaacattctcttggatgacaattaca 9200162  T
Q  117 atgcaaaagtttctgattttggagcttcgaggttggttccacttgatcaaaccgagatagcaacaatggtacaaggaactcttggatacttagatccgga 216  Q
      |||||||||||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||    
T  9200161 ccgcaaaagtttctgactttggagcttccagattggttccacttgatcaaacagagatagcaacaatggtgcaaggaacacttggatacttagatcccga 9200062  T
Q  217 gtatatgcaaacacatcaattaacagagaaaagtgatgtttatagctttggtgtagttcttgcagagcttcttacgggagacaaacctctttcttttaat 316  Q
    ||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| || || ||||||||||||||||||||     
T  9200061 gtatatgcaaacacatcaactaaccgagaaaagtgatgtttatagctttggagtggttcttgcagagcttctaacaggtgacaaacctctttcttttaac 9199962  T
Q  317 aggccagaagagaccattagtcttgctatgcactttttgtcttgtttaaaacaagatacaatttttgaagctattcaagttggtattttaaatgatgaaa 416  Q
    |||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||| |||||||||||||| |||||  |||||||||    
T  9199961 aggcaagaagaaaccattagtcttgctatgcactttttgtcttgtttaaaacaagataaactttttgatgctattcaagttggaattttggatgatgaaa 9199862  T
Q  417 acaaggaggagattaaggaggttgctattcttgcagcaaggtgtttgagactaagaggggatgaaaggcctagcatgaaggaagtggcaatggagttgga 516  Q
    ||||| | |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||| |||||||| ||||| |||| |||||| || |||||||||||    
T  9199861 acaagaaagagattaaggaggttgctattcttgctgcaaggtgtttaagacttagaggtgatgaaagacctagtatgagggaagtagctatggagttgga 9199762  T
Q  517 tggtataaggttaatggagaagcatccttggaatgattcagagctaaattttgaggagagacaacacttacttaaagaggcatcttctagtatttataat 616  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| | ||| ||||| ||||| |||||||||||| | |||||||||| |||||| || |||    
T  9199761 tggtataaggttaatggagaagcatccttggaatgatacagaacaaaactttgaagagagtcaacacttacttcatgaggcatcttgtagtatctacaat 9199662  T
Q  617 gaaattggtgaaagcattaaccttggatatagtgggtatgatagcttgaaagatcaaccattgattg 683  Q
    |||| |||||| |||   |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9199661 gaaactggtgatagctacaaccctggatatagtgggtatgatagcttgaaagatcaaccattgattg 9199595  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 390; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 685
Target Start/End: Original strand, 9118580 - 9119253
Alignment:
Q  13 agcagagacagccggagctttatcgtatttacattcatctgcatcaatacctattattcatagagatgttaaaagtaccaacattctcttagatgacaat 112  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||| | || ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||    
T  9118580 agcagagacagctggagctttatcgtatctacattcatctgcatcatttccaattatccatagagatgttaagagtaccaacattctcttggatgacaat 9118679  T
Q  113 tacaatgcaaaagtttctgattttggagcttcgaggttggttccacttgatcaaaccgagatagcaacaatggtacaaggaactcttggatacttagatc 212  Q
    |||| |||||||||||| ||||| |||||||| |  ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| |    
T  9118680 tacactgcaaaagtttccgatttcggagcttccaaattggttccacttgatcaaaccgagatagcaacagtggtacaaggaacacttggatacttagacc 9118779  T
Q  213 cggagtatatgcaaacacatcaattaacagagaaaagtgatgtttatagctttggtgtagttcttgcagagcttcttacgggagacaaacctctttcttt 312  Q
    | ||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || || ||||||||||||  |||    
T  9118780 cagagtacatgcaaacgcatcaattaaccgagaaaagtgatgtttatagctttggagtagttcttgcagagcttctaacaggtgacaaacctcttgattt 9118879  T
Q  313 taataggccagaagagaccattagtcttgctatgcactttttgtcttgtttaaaacaagatacaatttttgaagctattcaagttggtattttaaatgat 412  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||| ||||| ||||||    
T  9118880 taacaggccagaagagaccattagtcttgctatgcacttcttgtcttgtttaaaacaagataaactttttgaagctattcaagttggaattttgaatgat 9118979  T
Q  413 gaaaacaaggaggagattaaggaggttgctattcttgcagcaaggtgtttgagactaagaggggatgaaaggcctagcatgaaggaagtggcaatggagt 512  Q
    || |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| || ||||| ||||| ||||||||| | || |||||||    
T  9118980 gataacaaggaagagattaaggaggttgctattcttgcagcaaggtgtttgagacttcgaggagaggaaagacctagtatgaaggaaatagctatggagt 9119079  T
Q  513 tggatggtataaggttaatggagaagcatccttggaatgattcagagctaaattttgaggagagacaacacttacttaaagaggcatcttctagtattta 612  Q
    |||||||||||||||||| ||||| |||||| ||||||||| ||||||||||||||| ||| || |||| ||||||| | ||||||||||||||  ||||    
T  9119080 tggatggtataaggttaaaggagatgcatccatggaatgatacagagctaaattttggggaaagccaacgcttacttcatgaggcatcttctagctttta 9119179  T
Q  613 taatgaaattggtgaaagcattaaccttggatatagtggg----tatgatagcttgaaagatcaaccattgattgcc 685  Q
    | ||||||    ||| |||  |||||||||||||||||||     |||||||||||||||||||||| || ||||||    
T  9119180 tgatgaaa---ctgatagctataaccttggatatagtggggtatgatgatagcttgaaagatcaaccgttaattgcc 9119253  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 219; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 26 - 548
Target Start/End: Complemental strand, 9229653 - 9229131
Alignment:
Q  26 ggagctttatcgtatttacattcatctgcatcaatacctattattcatagagatgttaaaagtaccaacattctcttagatgacaattacaatgcaaaag 125  Q
    ||||||||||| ||| ||||||||||||||||  |||| ||||| ||||||||||| |||||| ||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||    
T  9229653 ggagctttatcatatctacattcatctgcatccttaccaattatccatagagatgtcaaaagtgccaacattctcttggatgacaattacactgcaaaag 9229554  T
Q  126 tttctgattttggagcttcgaggttggttccacttgatcaaaccgagatagcaacaatggtacaaggaactcttggatacttagatccggagtatatgca 225  Q
    | ||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||| ||   |||||| ||  ||||||||||||||||||| || |||||||| || ||||||||    
T  9229553 tgtctgattttggtgcttcaagattggttccacttgatcatactatgatagccactgtggtacaaggaactcttggctatttagatccagaatatatgca 9229454  T
Q  226 aacacatcaattaacagagaaaagtgatgtttatagctttggtgtagttcttgcagagcttcttacgggagacaaacctctttcttttaataggccagaa 325  Q
    |||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| || ||||| || |||||||| || ||||| || |||||| ||||||||||||| ||||||    
T  9229453 aacacaccaactaacagagaaaagtgatgtttatagcttcggggtagtactggcagagctcctaacgggggagaaacctatttcttttaatagaccagaa 9229354  T
Q  326 gagaccattagtcttgctatgcactttttgtcttgtttaaaacaagatacaatttttgaagctattcaagttggtattttaaatgatgaaaacaaggagg 425  Q
    || | ||  || ||||| || ||||| || |||||||||| | |  ||    | | ||||| | |||||||||||||||| |||||||| ||||||||||    
T  9229353 gaaaacagaagccttgcaattcacttcttatcttgtttaagagagaatcatgtgtctgaagttcttcaagttggtattttgaatgatgagaacaaggagg 9229254  T
Q  426 agattaaggaggttgctattcttgcagcaaggtgtttgagactaagaggggatgaaaggcctagcatgaaggaagtggcaatggagttggatggtataag 525  Q
    |||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||| | ||| || ||||| ||||||||||| |||||||| |||||| | || ||  ||||    
T  9229253 agattaaggaagttgctattcttgctgcaaggtgcttgagacttaaaggcgaggaaagacctagcatgaaagaagtggctatggagctagaggggttaag 9229154  T
Q  526 gttaatggagaagcatccttgga 548  Q
    ||||||||||||||| |||||||    
T  9229153 gttaatggagaagcacccttgga 9229131  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 137; E-Value: 4e-71
Query Start/End: Original strand, 28 - 532
Target Start/End: Original strand, 1868607 - 1869111
Alignment:
Q  28 agctttatcgtatttacattcatctgcatcaatacctattattcatagagatgttaaaagtaccaacattctcttagatgacaattacaatgcaaaagtt 127  Q
    |||||| || ||| ||||||||| ||| |||||||| || || ||||||||||| || |||   |||||||||||||||   |   |||  || |||||     
T  1868607 agctttgtcatatctacattcatatgcctcaatacccatcatccatagagatgtcaagagtgataacattctcttagatagaaccaacaccgccaaagta 1868706  T
Q  128 tctgattttggagcttcgaggttggttccacttgatcaaaccgagatagcaacaatggtacaaggaactcttggatacttagatccggagtatatgcaaa 227  Q
    || |||||||||||||| || |||||||||||||||||||| || ||||| |||||||| ||||||||| |||| ||||||||||| |||||||||||||    
T  1868707 tcggattttggagcttcaagattggttccacttgatcaaactgaaatagccacaatggtgcaaggaactattggctacttagatccagagtatatgcaaa 1868806  T
Q  228 cacatcaattaacagagaaaagtgatgtttatagctttggtgtagttcttgcagagcttcttacgggagacaaacctctttcttttaataggccagaaga 327  Q
    ||  ||||||||| || ||||||||||| ||||||||||| |||||||||| |||| | || ||||| || |||||| ||| ||||  |||||| |||||    
T  1868807 caagtcaattaactgaaaaaagtgatgtctatagctttggagtagttcttgtagagttgctgacgggggagaaacctttttgttttggtaggccggaaga 1868906  T
Q  328 gaccattagtcttgctatgcactttttgtcttgtttaaaacaagatacaatttttgaagctattcaagttggtattttaaatgatgaaaacaaggaggag 427  Q
     |  |  |||||||| ||||| ||  | ||||| || ||| ||||||   | ||||||| |||||||| |||| | |  ||||| ||||||||  | |||    
T  1868907 aagaagaagtcttgcaatgcatttactatcttgattgaaaaaagataatgtatttgaagttattcaagatggtttgtggaatgaagaaaacaaacaagag 1869006  T
Q  428 attaaggaggttgctattcttgcagcaaggtgtttgagactaagaggggatgaaaggcctagcatgaaggaagtggcaatggagttggatggtataaggt 527  Q
    || |||||||| ||| ||||||| || | |||||||||||| |||||||| ||||| || ||||||||||||||||| ||||| ||||| || || ||||    
T  1869007 atcaaggaggtggctgttcttgcggcgaagtgtttgagacttagaggggaagaaagaccaagcatgaaggaagtggctatggaattggagggaatgaggt 1869106  T
Q  528 taatg 532  Q
    |||||    
T  1869107 taatg 1869111  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 135; E-Value: 6e-70
Query Start/End: Original strand, 42 - 532
Target Start/End: Original strand, 1857023 - 1857513
Alignment:
Q  42 tacattcatctgcatcaatacctattattcatagagatgttaaaagtaccaacattctcttagatgacaattacaatgcaaaagtttctgattttggagc 141  Q
    ||||||||| ||| |||| ||| || || ||||||||||| || |||   ||||||||||||||||  |   |||  || ||||| || |||||||||||    
T  1857023 tacattcatatgcctcaacacccatcatccatagagatgtcaagagtgataacattctcttagatggaaccaacaccgccaaagtgtcggattttggagc 1857122  T
Q  142 ttcgaggttggttccacttgatcaaaccgagatagcaacaatggtacaaggaactcttggatacttagatccggagtatatgcaaacacatcaattaaca 241  Q
    ||| || |||||||||||||||||||| || ||||| |||||||| ||||||||| |||| ||||||||||| |||||||||||||||  |||||||||     
T  1857123 ttcaagattggttccacttgatcaaactgaaatagccacaatggtgcaaggaactattggctacttagatccagagtatatgcaaacaagtcaattaact 1857222  T
Q  242 gagaaaagtgatgtttatagctttggtgtagttcttgcagagcttcttacgggagacaaacctctttcttttaataggccagaagagaccattagtcttg 341  Q
    || ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||  ||| | || ||||| || |||||| ||| ||||  |||||| ||||| |  |  |||||||    
T  1857223 gaaaaaagtgatgtctatagctttggagtagttcttgtggagttgctgacgggggagaaacctttttgttttggtaggccggaagaaagaagaagtcttg 1857322  T
Q  342 ctatgcactttttgtcttgtttaaaacaagatacaatttttgaagctattcaagttggtattttaaatgatgaaaacaaggaggagattaaggaggttgc 441  Q
    ||||||| ||| | ||||| || ||| | ||||   | ||||||| |||||||| |||| | |  ||||| ||||||||  | ||||| |||||||| ||    
T  1857323 ctatgcattttctatcttgcttgaaaaaggataatgtatttgaagttattcaagatggtttgtggaatgaagaaaacaaacaagagatcaaggaggtggc 1857422  T
Q  442 tattcttgcagcaaggtgtttgagactaagaggggatgaaaggcctagcatgaaggaagtggcaatggagttggatggtataaggttaatg 532  Q
    | ||||||| || | |||||||||||| |||||||| ||||| || ||||||||||||||||| ||||| ||||| || || |||||||||    
T  1857423 tgttcttgcggcgaagtgtttgagacttagaggggaagaaagaccaagcatgaaggaagtggctatggaattggagggaatgaggttaatg 1857513  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 133; E-Value: 9e-69
Query Start/End: Original strand, 44 - 540
Target Start/End: Complemental strand, 1816019 - 1815523
Alignment:
Q  44 cattcatctgcatcaatacctattattcatagagatgttaaaagtaccaacattctcttagatgacaattacaatgcaaaagtttctgattttggagctt 143  Q
    |||||| |||| |||||||| ||||| ||||||||||| || ||| | ||||||||||||||||  |   |||  || ||||| || ||||||||||| |    
T  1816019 cattcagctgcctcaatacccattatccatagagatgtcaagagtgctaacattctcttagatggaaccaacaccgctaaagtgtcagattttggagcat 1815920  T
Q  144 cgaggttggttccacttgatcaaaccgagatagcaacaatggtacaaggaactcttggatacttagatccggagtatatgcaaacacatcaattaacaga 243  Q
    | |||||| |||||||||||||||| ||  |||| |||||||| ||||||||| |||| ||||| ||||| |||||||||||||||   |||||||| ||    
T  1815919 caaggttgattccacttgatcaaactgaagtagccacaatggtgcaaggaactattggctacttggatccagagtatatgcaaacaagccaattaactga 1815820  T
Q  244 gaaaagtgatgtttatagctttggtgtagttcttgcagagcttcttacgggagacaaacctctttcttttaataggccagaagagaccattagtcttgct 343  Q
    |||||||||||| ||||||||||| ||||||||||  ||||| || ||||| || |||||| ||| ||||  |||||| |||||||  |  |||||||||    
T  1815819 gaaaagtgatgtatatagctttggagtagttcttgtggagctgctaacgggggagaaacctttttgttttggtaggccggaagagagaagaagtcttgct 1815720  T
Q  344 atgcactttttgtcttgtttaaaacaagatacaatttttgaagctattcaagttggtattttaaatgatgaaaacaaggaggagattaaggaggttgcta 443  Q
    | ||||||||| ||||| || ||| | ||||   | ||||||| |||||||| |||| | |  ||||| ||||||||  | | ||| | |||||| |||     
T  1815719 acgcactttttatcttgcttgaaaaaggataatgtgtttgaagttattcaagatggtttgtggaatgaagaaaacaaacaagtgatcatggaggtggctg 1815620  T
Q  444 ttcttgcagcaaggtgtttgagactaagaggggatgaaaggcctagcatgaaggaagtggcaatggagttggatggtataaggttaatggagaagca 540  Q
    ||||||| || |  ||||||||||| | |||||| ||||| || ||||||||||||||||| ||||| ||||| || || ||||||||||| |||||    
T  1815619 ttcttgcggcgaactgtttgagacttataggggaggaaagaccaagcatgaaggaagtggctatggaattggagggaatgaggttaatggataagca 1815523  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 131; E-Value: 1e-67
Query Start/End: Original strand, 42 - 532
Target Start/End: Original strand, 1843012 - 1843502
Alignment:
Q  42 tacattcatctgcatcaatacctattattcatagagatgttaaaagtaccaacattctcttagatgacaattacaatgcaaaagtttctgattttggagc 141  Q
    ||||||||| ||| |||||||| || || ||||||||||| || |||   |||||||||||||||   |   |||  || ||||| || |||||||||||    
T  1843012 tacattcatatgcctcaataccaataatccatagagatgtcaagagtgataacattctcttagatagaaccaacacagccaaagtatcagattttggagc 1843111  T
Q  142 ttcgaggttggttccacttgatcaaaccgagatagcaacaatggtacaaggaactcttggatacttagatccggagtatatgcaaacacatcaattaaca 241  Q
    ||| || ||||||||| |||||||||| || ||||| |||||||| ||||||||| |||| ||||||||||| |||||||||||||||  |||||||||     
T  1843112 ttcaagattggttccaattgatcaaactgaaatagccacaatggtgcaaggaactattggctacttagatccagagtatatgcaaacaagtcaattaact 1843211  T
Q  242 gagaaaagtgatgtttatagctttggtgtagttcttgcagagcttcttacgggagacaaacctctttcttttaataggccagaagagaccattagtcttg 341  Q
    || ||||||||||| ||||||||||| |||||||||| |||| | || ||||| || |||||| ||| ||||  |||||| |||||||  |  |||||||    
T  1843212 gaaaaaagtgatgtctatagctttggagtagttcttgtagagttgctaacgggggagaaacctttttgttttggtaggccggaagagagaagaagtcttg 1843311  T
Q  342 ctatgcactttttgtcttgtttaaaacaagatacaatttttgaagctattcaagttggtattttaaatgatgaaaacaaggaggagattaaggaggttgc 441  Q
    | ||| | ||  | ||||| || ||| ||||||   | ||||||| |||||||| |||| | |  ||||| ||||||||  | ||||| |||||||| ||    
T  1843312 caatgaatttactatcttgattgaaaaaagataatgtgtttgaagttattcaagatggtttgtggaatgaagaaaacaaacaagagatcaaggaggtggc 1843411  T
Q  442 tattcttgcagcaaggtgtttgagactaagaggggatgaaaggcctagcatgaaggaagtggcaatggagttggatggtataaggttaatg 532  Q
    | ||||||| || | |||||||||||| |||||||| ||||| || ||||||||||||||||| ||||| ||||| || || |||||||||    
T  1843412 tgttcttgcggcgaagtgtttgagacttagaggggaagaaagaccaagcatgaaggaagtggctatggaattggagggaatgaggttaatg 1843502  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 616 - 687
Target Start/End: Complemental strand, 9146497 - 9146426
Alignment:
Q  616 tgaaattggtgaaagcattaaccttggatatagtgggtatgatagcttgaaagatcaaccattgattgcctt 687  Q
    |||||||||||| |||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||    
T  9146497 tgaaattggtgatagcattgaccttagatatagtgggtatgatagcttgaacgatcaaccatcgattgcctt 9146426  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 578 - 614
Target Start/End: Complemental strand, 9146554 - 9146518
Alignment:
Q  578 caacacttacttaaagaggcatcttctagtatttata 614  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  9146554 caacacttacttaaagaggcatcttatagtatttata 9146518  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 33; Significance: 0.000000004; HSPs: 4)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 233 - 285
Target Start/End: Original strand, 40573369 - 40573421
Alignment:
Q  233 caattaacagagaaaagtgatgtttatagctttggtgtagttcttgcagagct 285  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||| || ||||||||    
T  40573369 caattaacagagaagagtgatgtttatagatttggagtagtcctagcagagct 40573421  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 233 - 295
Target Start/End: Original strand, 40579826 - 40579888
Alignment:
Q  233 caattaacagagaaaagtgatgtttatagctttggtgtagttcttgcagagcttcttacggga 295  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||  | |||||||| || ||||||    
T  40579826 caattaacagagaagagtgatgtttatagatttggagtagtcatagcagagctactaacggga 40579888  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 68 - 165
Target Start/End: Original strand, 40602159 - 40602256
Alignment:
Q  68 attcatagagatgttaaaagtaccaacattctcttagatgacaattacaatgcaaaagtttctgattttggagcttcgaggttggttccacttgatca 165  Q
    |||||||||||| | |||  ||| ||||| ||| |||||| ||||  || |||||| |||||||||||||||||||| | | | ||||| ||||||||    
T  40602159 attcatagagatataaaatctacaaacatcctcctagatggcaatctcattgcaaaggtttctgattttggagcttcaaagattgttcctcttgatca 40602256  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 236 - 285
Target Start/End: Original strand, 40602327 - 40602376
Alignment:
Q  236 ttaacagagaaaagtgatgtttatagctttggtgtagttcttgcagagct 285  Q
    ||||| ||||| |||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||    
T  40602327 ttaactgagaagagtgatgtttatagctttggggttgttctagcagagct 40602376  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University