View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF15936_high_2 (Length: 438)

Name: NF15936_high_2
Description: NF15936
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF15936_high_2
NF15936_high_2
[»] chr5 (20 HSPs)
chr5 (18-420)||(30059142-30059541)
chr5 (46-420)||(30398878-30399249)
chr5 (18-420)||(30678087-30678489)
chr5 (121-420)||(30243291-30243587)
chr5 (121-420)||(30339444-30339740)
chr5 (126-420)||(30434715-30435006)
chr5 (121-387)||(30748531-30748794)
chr5 (119-420)||(29852185-29852483)
chr5 (120-387)||(30482291-30482555)
chr5 (129-420)||(29871082-29871370)
chr5 (208-420)||(4380630-4380842)
chr5 (271-420)||(30714353-30714502)
chr5 (72-420)||(30205349-30205694)
chr5 (18-133)||(4380518-4380633)
chr5 (61-366)||(30202978-30203280)
chr5 (224-387)||(30474363-30474526)
chr5 (206-382)||(29709866-29710042)
chr5 (42-96)||(17981752-17981806)
chr5 (18-55)||(30748497-30748534)
chr5 (222-310)||(30429934-30430022)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (60-420)||(20297522-20297882)
chr4 (127-175)||(20303720-20303768)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (34-420)||(26706133-26706516)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (271-382)||(7582685-7582796)
chr1 (222-366)||(7098401-7098545)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 201; Significance: 1e-109; HSPs: 20)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 201; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 18 - 420
Target Start/End: Original strand, 30059142 - 30059541
Alignment:
Q  18 gtaaggactccaacttattacaataattgatacacagatgcgtcaaagctggattaaagggttcatttggtaactccttcagttctcggaaatcacgtac 117  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||  |||||||||| ||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| | |||||| |  ||     
T  30059142 gtaaggactccaactcattacaataacagatacacagaagcgtcaaagctgggttaaaggtttcatttggtaactccttcagttttgggaaattatatat 30059241  T
Q  118 caccagatattgaagagaagtaaggtttttgaacatctcctctgggaaggatgttattattccttcacggtcatataggataagcttagtaagaccacgg 217  Q
       |||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||   ||||||||   ||| || || ||||| |||||||||||||    
T  30059242 tctcagagattgaagagaagtaaggtttttgaacatcccctctgggaaggatgttat---tccttcacccccatttacgaaaagctgagtaagaccacgg 30059338  T
Q  218 aaggtagagattgacctcagtaactcattgttacattcatatacagcgaggaatttaagagatggaagacatggcagtccaagtttagggcaatcaatga 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||  ||    
T  30059339 aaggtagagattgacctcagtaactcattgttacattccgatacagtgagggatttaagagatggaagacatggcagtccaagtttacggcattcagaga 30059438  T
Q  318 ttgtcaaagtagaaagacaaggaaacatctcccctctttccactttcaataacccctctatgtttcgtagacaagataattggagtacctccagagatgg 417  Q
    |   |||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||    | |||||  |||| |||||||||||||    
T  30059439 tatccaacttagaaagacaaggaaacatctcccctctttccactttcaataaaccctctatgtttggtaactgatataatacgagttcctccagagatgg 30059538  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 193; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 46 - 420
Target Start/End: Original strand, 30398878 - 30399249
Alignment:
Q  46 gatacacagatgcgtcaaagctggattaaagggttcatttggtaactccttcagttctcggaaatcacgtaccaccagatattgaagagaagtaaggttt 145  Q
    ||||| |||||||||||||||| | ||||||||||||||| ||||||||||||||  | ||||||||  ||| |||||  ||||||||||||||||||||    
T  30398878 gatacgcagatgcgtcaaagcttggttaaagggttcattttgtaactccttcagtgttgggaaatcatttacaaccagtgattgaagagaagtaaggttt 30398977  T
Q  146 ttgaacatctcctctgggaaggatgttattattccttcacggtcatataggataagcttagtaagaccacggaaggtagagattgacctcagtaactcat 245  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||   |||  || || || ||||  ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30398978 ttgaacatcccctctgggaaggatgttatt---cctctaccgtaatctagggaaagctcagtaagaccacggaaggtagagattgacctcagtaactcat 30399074  T
Q  246 tgttacattcatatacagcgaggaatttaagagatggaagacatggcagtccaagtttagggcaatcaatgattgtcaaagtagaaagacaaggaaacat 345  Q
    |||||||| |  |||||  |||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |  ||||| ||||   ||||||||||||||||||    
T  30399075 tgttacatcccaatacatagagggatttaagagatggaagacatggcactccaagtttagggcaagctgtgattctcaactcagaaagacaaggaaacat 30399174  T
Q  346 ctcccctctttccactttcaataacccctctatgtttcgtagacaagataattggagtacctccagagatgggaa 420  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||   ||| |||||| ||||||||||||||||    
T  30399175 ctcccctctttccactttcaataacccctctatgtttggtaggcatagtaaatggagttcctccagagatgggaa 30399249  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 190; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 18 - 420
Target Start/End: Complemental strand, 30678489 - 30678087
Alignment:
Q  18 gtaaggactccaacttattacaataattgatacacagatgcgtcaaagctggattaaagggttcatttggtaactccttcagttctcggaaatcacgtac 117  Q
    ||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| ||  |||    
T  30678489 gtaaggactccaactcattacaataagtgatacacagatgcgtcaaagctgggttaaagggttcatttggtaactccttcagttttgggaaaccatttac 30678390  T
Q  118 caccagatattgaagagaagtaaggtttttgaacatctcctctgggaaggatgttattattccttcacggtcatataggataagcttagtaagaccacgg 217  Q
       |||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||   ||   || || |||||||  ||||| |||||||||||||    
T  30678389 agacagagattgaagagaagtaaggtttttgaacatcccctctgggaaggatgttatt---ccgaaaccgttatatagggaaagctgagtaagaccacgg 30678293  T
Q  218 aaggtagagattgacctcagtaactcattgttacattcatatacagcgaggaatttaagagatggaagacatggcagtcca---agtttagggcaatcaa 314  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  |||   ||||   ||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||       
T  30678292 aaggtagagattgacctcagtaactcattgttacatccccatatctcgagttctttaagagatggaagacatggcagtccaagcagtttagggcaattcc 30678193  T
Q  315 tgattgtcaaagtagaaagacaaggaaacatctcccctctttccactttcaataacccctctatgtttcgtagacaagataattggagtacctccagaga 414  Q
     |||   |||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||  ||||  ||||  |||||||||    
T  30678192 agatatccaacctagaaagacaaggaaacatctcccctctttccactttcaataacccctctatgtttggtagagaatctaataagagtttctccagaga 30678093  T
Q  415 tgggaa 420  Q
    ||||||    
T  30678092 tgggaa 30678087  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 170; E-Value: 4e-91
Query Start/End: Original strand, 121 - 420
Target Start/End: Complemental strand, 30243587 - 30243291
Alignment:
Q  121 cagatattgaagagaagtaaggtttttgaacatctcctctgggaaggatgttattattccttcacggtcatataggataagcttagtaagaccacggaag 220  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||   ||   || || |  |||  |||||| ||||||||||||||||    
T  30243587 cagagattgaagagaagtaaggtttttgaacatcccctctgggaaggatgttatt---ccgaaaccgtgaattagtttaagctgagtaagaccacggaag 30243491  T
Q  221 gtagagattgacctcagtaactcattgttacattcatatacagcgaggaatttaagagatggaagacatggcagtccaagtttagggcaatcaatgattg 320  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||  ||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    |||      
T  30243490 gtagagattgacctcagtaactcattgttacattcccatacaaagaggtctttaagagatggaagacatggcagtccaagtttagggcatttccagatat 30243391  T
Q  321 tcaaagtagaaagacaaggaaacatctcccctctttccactttcaataacccctctatgtttcgtagacaagataattggagtacctccagagatgggaa 420  Q
     |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  30243390 ccaaactagaaagacaaggaaacatctcccctctttccactttcaataacccctctatgtttggtagacaagataattggagtacctctagagatgggaa 30243291  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 170; E-Value: 4e-91
Query Start/End: Original strand, 121 - 420
Target Start/End: Complemental strand, 30339740 - 30339444
Alignment:
Q  121 cagatattgaagagaagtaaggtttttgaacatctcctctgggaaggatgttattattccttcacggtcatataggataagcttagtaagaccacggaag 220  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||   |||||||  ||||||| |||||||| ||||||||||||||||    
T  30339740 cagagattgaagagaagtaaggtttttgaacatcccctctgggaaggatgttatt---ccttcaccttcatataagataagctgagtaagaccacggaag 30339644  T
Q  221 gtagagattgacctcagtaactcattgttacattcatatacagcgaggaatttaagagatggaagacatggcagtccaagtttagggcaatcaatgattg 320  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| | |  |||  ||||  ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    |||||    
T  30339643 gtagagattgacctcagtaactcattgttacatccctcaacatagaggtctttaagagatggaagacatggcagtccaattttagggcaataggagattg 30339544  T
Q  321 tcaaagtagaaagacaaggaaacatctcccctctttccactttcaataacccctctatgtttcgtagacaagataattggagtacctccagagatgggaa 420  Q
    ||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |    ||| | |||||||||||||||||||||    
T  30339543 tcaagttagaaagacaaggaaacatctcccctctttccactttcaataacccctctatgtttggtaggcgttgtaagtagagtacctccagagatgggaa 30339444  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 153; E-Value: 6e-81
Query Start/End: Original strand, 126 - 420
Target Start/End: Original strand, 30434715 - 30435006
Alignment:
Q  126 attgaagagaagtaaggtttttgaacatctcctctgggaaggatgttattattccttcacggtcatataggataagcttagtaagaccacggaaggtaga 225  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||   |||||||    || |||| |||||| |||||||||||||||||||||    
T  30434715 attgaagagaagtaaggtttttgaacatctcctctggtaaggatgttatt---ccttcaccactatttagggtaagctgagtaagaccacggaaggtaga 30434811  T
Q  226 gattgacctcagtaactcattgttacattcatatacagcgaggaatttaagagatggaagacatggcagtccaagtttagggcaatcaatgattgtcaaa 325  Q
    |||||||||||||||||||||||||| | |||  ||| |||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    |||   ||||    
T  30434812 gattgacctcagtaactcattgttacgtccatcgacaccgaggtctttaagagatggaagacatggcagtccaagtttagggcatttccagatatccaaa 30434911  T
Q  326 gtagaaagacaaggaaacatctcccctctttccactttcaataacccctctatgtttcgtagacaagataattggagtacctccagagatgggaa 420  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||  | |  ||||| ||||||||||| |||||||||    
T  30434912 ctagaaagacaaggaaacatctcccctctttccactttcaataacccctctatgtttggtaacccatgtaattcgagtacctccaaagatgggaa 30435006  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 149; E-Value: 1e-78
Query Start/End: Original strand, 121 - 387
Target Start/End: Original strand, 30748531 - 30748794
Alignment:
Q  121 cagatattgaagagaagtaaggtttttgaacatctcctctgggaaggatgttattattccttcacggtcatataggataagcttagtaagaccacggaag 220  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||   |||||||    || |||| |||||| ||||||||||||||||    
T  30748531 cagagattgaagagaagtaaggtttttgaacatctcctctggtaaggatgttatt---ccttcaccactatttagggtaagctgagtaagaccacggaag 30748627  T
Q  221 gtagagattgacctcagtaactcattgttacattcatatacagcgaggaatttaagagatggaagacatggcagtccaagtttagggcaatcaatgattg 320  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| |  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||   |||      
T  30748628 gtagagattgacctcagtaactcattgttacattcccataaatggagggatttaagagatggaagacatggcagtccaagttcagggcaatcccagatat 30748727  T
Q  321 tcaaagtagaaagacaaggaaacatctcccctctttccactttcaataacccctctatgtttcgtag 387  Q
     |||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||    
T  30748728 ccaacttagaaagacaaggaaacatctcccctctttccactttcaataatccctctatgtttggtag 30748794  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 144; E-Value: 1e-75
Query Start/End: Original strand, 119 - 420
Target Start/End: Original strand, 29852185 - 29852483
Alignment:
Q  119 accagatattgaagagaagtaaggtttttgaacatctcctctgggaaggatgttattattccttcacggtcatataggataagcttagtaagaccacgga 218  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |      || ||||| |||   |||||| |||||||||||||    
T  29852185 accagagattgaagagaagtaaggtttttgaacatctcctctgggaaggatgttattctgaa---accgtcatgtagccaaagctttgtaagaccacgga 29852281  T
Q  219 aggtagagattgacctcagtaactcattgttacattcatatacagcgaggaatttaagagatggaagacatggcagtccaagtttagggcaatcaatgat 318  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  |||||  ||| | ||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    |||    
T  29852282 aggtagagattgacctcagtaactcattgttacatcccaatacatggagcagtttcagagatggaagacatggcagtccaagttcagggcaatatgagat 29852381  T
Q  319 tgtcaaagtagaaagacaaggaaacatctcccctctttccactttcaataacccctctatgtttcgtagacaagataattggagtacctccagagatggg 418  Q
    | ||||| |||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    |||| | |||| |||||||||||||    
T  29852382 tttcaaattagaaagacaaggaaatatcttccctctttccactttcaataacccctctatgtttcgtaggcgttgtaatagaagtatctccagagatggg 29852481  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 143; E-Value: 6e-75
Query Start/End: Original strand, 120 - 387
Target Start/End: Original strand, 30482291 - 30482555
Alignment:
Q  120 ccagatattgaagagaagtaaggtttttgaacatctcctctgggaaggatgttattattccttcacggtcatataggataagcttagtaagaccacggaa 219  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||   |||||||  ||   |||| |||||| |||||||||||||||    
T  30482291 ccagatattgaagacaagtaaggtttttgaacatcccctctgggaaggatgttatt---ccttcaccctccattagggtaagctgagtaagaccacggaa 30482387  T
Q  220 ggtagagattgacctcagtaactcattgttacattcatatacagcgaggaatttaagagatggaagacatggcagtccaagtttagggcaatcaatgatt 319  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||  |||  ||||  || ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||    ||||    
T  30482388 ggtagagattgacctcagtaactcattgttacatccatccacatagaggccttcaagagatggaagagatggcagtccaagtttatggcaatatgagatt 30482487  T
Q  320 gtcaaagt-agaaagacaaggaaacatctcccctctttccactttcaataacccctctatgtttcgtag 387  Q
     || |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30482488 -tccaagtaagaaagacaaggaaacatctcccctctttccactttcaataacccctctatgtttcgtag 30482555  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 122; E-Value: 2e-62
Query Start/End: Original strand, 129 - 420
Target Start/End: Original strand, 29871082 - 29871370
Alignment:
Q  129 gaagagaagtaaggtttttgaacatctcctctgggaaggatgttattattccttcacggtcatataggataagcttagtaagaccacggaaggtagagat 228  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||   |||||||| ||||  ||||  ||||| |||||||||||  |||||||||||    
T  29871082 gaagagaagtaaggtttttgaacatcccctctgggaaggatgttat---tccttcaccgtcacttagggcaagctgagtaagaccacaaaaggtagagat 29871178  T
Q  229 tgacctcagtaactcattgttacattcatatacagcgaggaatttaagagatggaagacatggcagtccaagtttagggcaatcaatgattgtcaaagta 328  Q
    |||||||||||||||||||||||||  ||   || |||||  ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |     ||   |||| ||    
T  29871179 tgacctcagtaactcattgttacatggatcggcaacgaggtctttaagagatggaagacatggcagtccaattttagggcatttccaaatatccaaacta 29871278  T
Q  329 gaaagacaaggaaacatctcccctctttccactttcaataacccctctatgtttcgtagacaagataattggagtacctccagagatgggaa 420  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||| |||    | |||||  |||| ||||||||||||||||    
T  29871279 gaaagacaaggaaacatctcccctctttcaactttcaataaaccctctatgtttggtaacttatataatacgagttcctccagagatgggaa 29871370  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 121; E-Value: 8e-62
Query Start/End: Original strand, 208 - 420
Target Start/End: Original strand, 4380630 - 4380842
Alignment:
Q  208 aagaccacggaaggtagagattgacctcagtaactcattgttacattcatatacagcgaggaatttaagagatggaagacatggcagtccaagtttaggg 307  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |  ||| |||||  ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  4380630 aagaccacgaaaggtagagattgacctcagtaactcattgttacatccctcaacaacgaggtgtttaagagatggatgacatggcagtccaagtttaggg 4380729  T
Q  308 caatcaatgattgtcaaagtagaaagacaaggaaacatctcccctctttccactttcaataacccctctatgtttcgtagacaagataattggagtacct 407  Q
    ||||    |||   |||  |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| |||||| ||||||||    
T  4380730 caattctagatatccaagttagaaagacaaggaaacaactcccctctttccactttcaataacccctttatgtttggtagacaatataattcgagtacct 4380829  T
Q  408 ccagagatgggaa 420  Q
    |||||||||||||    
T  4380830 ccagagatgggaa 4380842  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 99; E-Value: 1e-48
Query Start/End: Original strand, 271 - 420
Target Start/End: Complemental strand, 30714502 - 30714353
Alignment:
Q  271 tttaagagatggaagacatggcagtccaagtttagggcaatcaat-gattgtcaaagtagaaagacaaggaaacatctcccctctttccactttcaataa 369  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||  |||  |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30714502 tttaagagatggaagacatggcagtccaagtttagggcaa-caatcgattaccaatttagaaagagaaggaaacatctcccctctttccactttcaataa 30714404  T
Q  370 cccctctatgtttcgtagacaagataattggagtacctccagagatgggaa 420  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| |||||    
T  30714403 ccccactatgtttcgtagacaagataattcgagtatctccagagaggggaa 30714353  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 79; E-Value: 9e-37
Query Start/End: Original strand, 72 - 420
Target Start/End: Original strand, 30205349 - 30205694
Alignment:
Q  72 taaagggttcatttggtaactccttcagttctcggaaatcacgtaccaccagatattgaagagaagtaaggtttttgaacatctcctctgggaaggatgt 171  Q
    |||| |||||||||||||||||||||| || | | ||||||   ||  | |||  ||||||| |||||||||||||||||||| | || |||||||||||    
T  30205349 taaatggttcatttggtaactccttcacttttggaaaatcattcacatcaagagcttgaagacaagtaaggtttttgaacatcccgtccgggaaggatgt 30205448  T
Q  172 tattattccttcacggtcatataggataagcttagtaagaccacggaaggtagagattgacctcagtaactcattgttacattcatatacagcgaggaat 271  Q
    |||| ||   | ||   ||   ||| ||||  |  |||||||||  ||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| |  ||||| | |||  |    
T  30205449 tattctt---ttacctccagcgagggtaaggctgttaagaccacaaaagctagagattgacctcagcaactcattgttacatcccaatacatctaggttt 30205545  T
Q  272 ttaagagatggaagacatggcagtccaagtttagggcaatcaatgattgtcaaagtagaaagacaaggaaacatctcccctctttccactttcaataacc 371  Q
    |||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||     ||| || |||  ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  30205546 ttaagagatacaagacatggcagtccaagtttagggcaaaaggagatggttaaacgagaaagacaaggaaacatctcacctctttccactttcaataacc 30205645  T
Q  372 cctctatgtttcgtagacaagataattggagtacctccagagatgggaa 420  Q
    | |||| |||| ||||      ||||  |||||||||||||||||||||    
T  30205646 cttctaagtttggtaggatttctaatatgagtacctccagagatgggaa 30205694  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 76; E-Value: 5e-35
Query Start/End: Original strand, 18 - 133
Target Start/End: Original strand, 4380518 - 4380633
Alignment:
Q  18 gtaaggactccaacttattacaataattgatacacagatgcgtcaaagctggattaaagggttcatttggtaactccttcagttctcggaaatcacgtac 117  Q
    |||||||||| | || |||||||| || |||| ||| ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  4380518 gtaaggactcaagctcattacaatcatagatatacaaatgcgtcaaagttggtttaaagggttcatttggtaactccttcagttctcggaaatcaagtac 4380617  T
Q  118 caccagatattgaaga 133  Q
    ||||||||||||||||    
T  4380618 caccagatattgaaga 4380633  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 61 - 366
Target Start/End: Original strand, 30202978 - 30203280
Alignment:
Q  61 caaagctggattaaagggttcatttggtaactccttcagttctcggaaatcacgtaccaccagatattgaagagaagtaaggtttttgaacatctcctct 160  Q
    ||||||| || | |||||||||||||||||||| |||| || ||||||| ||| |||   || ||||| |||| ||||||||||| | |||||| ||| |    
T  30202978 caaagctagactgaagggttcatttggtaactctttcaattttcggaaaccacttactctcaaatattcaagacaagtaaggtttctaaacatccccttt 30203077  T
Q  161 gggaaggatgttattattccttcacggtcatataggataagcttagtaagaccacggaaggtagagattgacctcagtaactcattgttacattcatata 260  Q
    |||||||| ||||||   |||||||     |  |||  |||   ||||||||||  |||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  30203078 gggaaggaggttatt---ccttcacttctctcaaggtcaagggaagtaagaccatagaagctagagatcgacctcagtaactcattgttacattcattta 30203174  T
Q  261 cagcgaggaatttaagagatggaagacatggcagtccaagtttagggcaatcaatgattgtcaaagtagaaagacaaggaaacatctcccctctttccac 360  Q
    ||   |||  ||||| | |||||||||||| ||||  |||||||||| ||     |||   |||   | |||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  30203175 cataaaggtttttaacatatggaagacatgacagttgaagtttagggtaaaaggcgatatccaattgaaaaagacaaggaaacatctcctctctttccac 30203274  T
Q  361 tttcaa 366  Q
    ||||||    
T  30203275 tttcaa 30203280  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 224 - 387
Target Start/End: Original strand, 30474363 - 30474526
Alignment:
Q  224 gagattgacctcagtaactcattgttacattcatatacagcgaggaatttaagagatggaagacatggcagtccaagtttagggcaatcaatgattgtca 323  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||| || |||||  ||||  |||||| |||||||| |||||||   ||||||||||||||||||| || ||||    
T  30474363 gagattgatctcagtaactcattgttacatccaaatacaatgaggtctttaagggatggaaggcatggcaacacaagtttagggcaatcaataatggtca 30474462  T
Q  324 aagtagaaagacaaggaaacatctcccctctttccactttcaataacccctctatgtttcgtag 387  Q
    || ||||||||  | | ||||| || | | ||| ||||||||| || | ||||| |||||||||    
T  30474463 aattagaaagaagaaggaacatatctcttatttgcactttcaacaaacgctctaagtttcgtag 30474526  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 49; E-Value: 7e-19
Query Start/End: Original strand, 206 - 382
Target Start/End: Complemental strand, 29710042 - 29709866
Alignment:
Q  206 gtaagaccacggaaggtagagattgacctcagtaactcattgttacattcatatacagcgaggaatttaagagatggaagacatggcagtccaagtttag 305  Q
    ||||||||||   ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |  | ||| |||||  | ||||||| |||||||||| |||| |||||||||    
T  29710042 gtaagaccacatgaggtagagattgatctcagtaactcattgttacatcccgaaacatcgaggtctataagagacggaagacatgacagttcaagtttag 29709943  T
Q  306 ggcaatcaatgattgtcaaagtagaaagacaaggaaacatctcccctctttccactttcaataacccctctatgttt 382  Q
     | |       ||| ||||| ||||| |||||||||||| |||| |||||||||| |||| ||||||||||| ||||    
T  29709942 tgaagagggcaattttcaaaatagaaggacaaggaaacacctcctctctttccacattcactaacccctctaagttt 29709866  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #18
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 42 - 96
Target Start/End: Original strand, 17981752 - 17981806
Alignment:
Q  42 aattgatacacagatgcgtcaaagctggattaaagggttcatttggtaactcctt 96  Q
    ||||||||  ||||||| |||||||| | || |||||||||||||||||||||||    
T  17981752 aattgatatccagatgcttcaaagctaggttgaagggttcatttggtaactcctt 17981806  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #19
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 18 - 55
Target Start/End: Original strand, 30748497 - 30748534
Alignment:
Q  18 gtaaggactccaacttattacaataattgatacacaga 55  Q
    ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||    
T  30748497 gtaaggactccaactcattacaacaattgatacacaga 30748534  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #20
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 222 - 310
Target Start/End: Original strand, 30429934 - 30430022
Alignment:
Q  222 tagagattgacctcagtaactcattgttacattcatatacagcgaggaatttaagagatggaagacatggcagtccaagtttagggcaa 310  Q
    |||||||||||  ||||||||||||||||||| ||| ||||  |||   ||||| ||||| ||| |||||||  ||||||||| |||||    
T  30429934 tagagattgactccagtaactcattgttacatccatctacaatgagttctttaaaagatgaaaggcatggcaacccaagtttaaggcaa 30430022  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 189; Significance: 1e-102; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 189; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 60 - 420
Target Start/End: Complemental strand, 20297882 - 20297522
Alignment:
Q  60 tcaaagctggattaaagggttcatttggtaactccttcagttctcggaaatcacgtaccaccagatattgaagagaagtaaggtttttgaacatctcctc 159  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || | |  ||||| |  ||  |||| | ||||||||||||||||||||||||||||| | ||    
T  20297882 tcaaagctgggttaaagggttcatttggtaactcctttagatttgtgaaataatttaaaaccaaagattgaagagaagtaaggtttttgaacatcccatc 20297783  T
Q  160 tgggaaggatgttattattccttcacggtcatataggataagcttagtaagaccacggaaggtagagattgacctcagtaactcattgttacattcatat 259  Q
    ||||||||||||||||||| |||||| ||||  ||||  ||||| ||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||  ||      
T  20297782 tgggaaggatgttattatttcttcactgtcaagtagggaaagctgagtaagaccacggaaagtagagattgatctcagtaactcattgttacatggatcg 20297683  T
Q  260 acagcgaggaatttaagagatggaagacatggcagtccaagtttagggcaatcaatgattgtcaaagtagaaagacaaggaaacatctcccctctttcca 359  Q
    ||| ||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |    |||| ||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20297682 acatcgagggatttaagagatggaagacatggcattccaagtttagggcatttggagattttcaacttagaaagacaaggaaacatctcccctctttcca 20297583  T
Q  360 ctttcaataacccctctatgtttcgtagacaagataattggagtacctccagagatgggaa 420  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||| | |||||||||||||||||||||    
T  20297582 ctttcaataacccctctatgttttgtagacaaaataagtcgagtacctccagagatgggaa 20297522  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 127 - 175
Target Start/End: Complemental strand, 20303768 - 20303720
Alignment:
Q  127 ttgaagagaagtaaggtttttgaacatctcctctgggaaggatgttatt 175  Q
    ||||||| ||||||||||| |||||||| ||| | ||||||||||||||    
T  20303768 ttgaagacaagtaaggtttatgaacatccccttttggaaggatgttatt 20303720  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 181; Significance: 1e-97; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 181; E-Value: 1e-97
Query Start/End: Original strand, 34 - 420
Target Start/End: Original strand, 26706133 - 26706516
Alignment:
Q  34 attacaataattgatacacagatgcgtcaaagctggattaaagggttcatttggtaactccttcagttctcggaaatcacgtaccaccagatattgaaga 133  Q
    |||||||| || |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| | | |||||| |  ||| | |||| ||||||||    
T  26706133 attacaattatagatatacagatgcgtcaaagctgggttaaagggttcatttggtaactccttcagatttgggaaattatctacaaacagagattgaaga 26706232  T
Q  134 gaagtaaggtttttgaacatctcctctgggaaggatgttattattccttcacggtcatataggataagcttagtaagaccacggaaggtagagattgacc 233  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||   |||||||||| | || ||||||| |||||| |||||||||||| ||||||| ||||||||    
T  26706233 gaagtaaggtttttgaacatcccctctgggaaggatg---ttattccttcgccgttatatagggtaagctcagtaagaccacgaaaggtagggattgacc 26706329  T
Q  234 tcagtaactcattgttacattcatatacagcgaggaatttaagagatggaagacatggcagtccaagtttagggcaatcaatgattgtcaaagtagaaag 333  Q
    |||||||||||||||||||| |  | |||  |||| |||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||     |||||||||  ||||||    
T  26706330 tcagtaactcattgttacatcccgaaacattgagggatttaagagatggaagacatggcagtcctagcttagggcaatagtatattgtcaaacgagaaag 26706429  T
Q  334 acaaggaaacatctcccctctttccactttcaataacccctctatgtttcgtagacaagataattggagtacctccagagatgggaa 420  Q
    ||||||||||| ||  ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    | |||| |||||||||| ||||||||||||    
T  26706430 acaaggaaacacctttcctctttccactttcaataacccctctatgtttggtaactcatataagtggagtaccttcagagatgggaa 26706516  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 52; Significance: 1e-20; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 271 - 382
Target Start/End: Complemental strand, 7582796 - 7582685
Alignment:
Q  271 tttaagagatggaagacatggcagtccaagtttagggcaatcaatgattgtcaaagtagaaagacaaggaaacatctcccctctttccactttcaataac 370  Q
    ||||| |||||||||||| || ||| |||||||||||||||   ||||  ||||| |||||||||||||||||||||||  | ||||||||||||| |||    
T  7582796 tttaacagatggaagacacggaagttcaagtttagggcaattgttgatgttcaaaatagaaagacaaggaaacatctcctttttttccactttcaacaac 7582697  T
Q  371 ccctctatgttt 382  Q
    ||||||| ||||    
T  7582696 ccctctaagttt 7582685  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 222 - 366
Target Start/End: Original strand, 7098401 - 7098545
Alignment:
Q  222 tagagattgacctcagtaactcattgttacattcatatacagcgaggaatttaagagatggaagacatggcagtccaagtttagggcaatcaatgattgt 321  Q
    ||||||||||| |||| | || ||| |||||||||| ||||  ||||  | ||| |||||||||||| || ||| |||||||||||||||    ||||      
T  7098401 tagagattgacttcagcatcttattattacattcatctacatagaggtctctaacagatggaagacacggaagttcaagtttagggcaattgtcgatttc 7098500  T
Q  322 caaagtagaaagacaaggaaacatctcccctctttccactttcaa 366  Q
    |||| ||||||||||||||||| ||||  ||||||||||||||||    
T  7098501 caaaatagaaagacaaggaaacgtctcatctctttccactttcaa 7098545  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University