View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF15938_high_23 (Length: 300)

Name: NF15938_high_23
Description: NF15938
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF15938_high_23
NF15938_high_23
[»] chr5 (18 HSPs)
chr5 (16-287)||(30748991-30749262)
chr5 (16-287)||(30677652-30677923)
chr5 (16-283)||(30482756-30483023)
chr5 (16-287)||(29871534-29871805)
chr5 (16-283)||(30339009-30339276)
chr5 (16-285)||(30242856-30243125)
chr5 (16-287)||(30713906-30714189)
chr5 (16-287)||(30059705-30059988)
chr5 (16-287)||(30435170-30435441)
chr5 (16-287)||(30399413-30399696)
chr5 (16-283)||(29852651-29852930)
chr5 (22-283)||(17418647-17418920)
chr5 (16-140)||(30206020-30206144)
chr5 (189-265)||(30474742-30474818)
chr5 (192-233)||(30205915-30205956)
chr5 (200-233)||(30522299-30522332)
chr5 (200-233)||(30562639-30562672)
chr5 (197-230)||(30430351-30430384)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (16-287)||(20297075-20297358)
chr4 (27-162)||(52351439-52351574)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (16-279)||(26706688-26706963)
[»] chr1 (4 HSPs)
chr1 (23-162)||(7098897-7099036)
chr1 (196-246)||(7582395-7582445)
chr1 (97-162)||(7582284-7582349)
chr1 (187-281)||(7098766-7098860)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 244; Significance: 1e-135; HSPs: 18)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 244; E-Value: 1e-135
Query Start/End: Original strand, 16 - 287
Target Start/End: Complemental strand, 30749262 - 30748991
Alignment:
Q  16 aaagggaatagcttgtcagagttacgtgatctaaacctcggtggaaaactgcgtatccaaggattaaacaatgttggcaggttatctgaagctgaagcgg 115  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  30749262 aaagggaatagcttgacagagttacgtgatctaaacctcggtggaaaactgagtatcaaaggattaaacaatgttggcagtttatctgaagctgaagcgg 30749163  T
Q  116 ctaatttgatgggtaaaaaagaccttcatcaattatgcttgtcatggggatacaaggagaaatctacggttagtgctgagcaagtacttgaagtgcttca 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30749162 ctaatttgatgggtaaaaaagaccttcatgaattatgcttgtcatgggtatacaaggaggaatctacggttagtgctgagcaagtacttgaagtgcttca 30749063  T
Q  216 acctcactcaaatctcaaatgcttgacaataaattactatgaaggattatcgttaccaagttggataattat 287  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30749062 acctcactcaaatctcaaatgcttgacaataaattactatgaaggattatcgttaccaagttggataattat 30748991  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 220; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 16 - 287
Target Start/End: Original strand, 30677652 - 30677923
Alignment:
Q  16 aaagggaatagcttgtcagagttacgtgatctaaacctcggtggaaaactgcgtatccaaggattaaacaatgttggcaggttatctgaagctgaagcgg 115  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||  || |||||||||||||||||||    
T  30677652 aaagggaatagcttgacagagttacgtgatctaaacctcagtggaaaactgagtatcaaaggattaaacaatgttgctagtttatctgaagctgaagcgg 30677751  T
Q  116 ctaatttgatgggtaaaaaagaccttcatcaattatgcttgtcatggggatacaaggagaaatctacggttagtgctgagcaagtacttgaagtgcttca 215  Q
    |||| ||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  30677752 ctaaattgatggataaaaaagaccttcatgaattatgcttgtcatggggatacaaggaggaatctacggttagtgctgagcaagtacttgaagtgcttaa 30677851  T
Q  216 acctcactcaaatctcaaatgcttgacaataaattactatgaaggattatcgttaccaagttggataattat 287  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  30677852 acctcactcaaatctcaaatgcttgacaataaattactatgaaagattatcgttaccaagttggataattat 30677923  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 204; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 16 - 283
Target Start/End: Complemental strand, 30483023 - 30482756
Alignment:
Q  16 aaagggaatagcttgtcagagttacgtgatctaaacctcggtggaaaactgcgtatccaaggattaaacaatgttggcaggttatctgaagctgaagcgg 115  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30483023 aaagggaatagcttgacagagttacgtgatctaaacctcggtggaaaactgcatatccaaggattaaacaatgttggcaggttatctgaagctgaagcgg 30482924  T
Q  116 ctaatttgatgggtaaaaaagaccttcatcaattatgcttgtcatggggatacaaggagaaatctacggttagtgctgagcaagtacttgaagtgcttca 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||  || | |  || ||||||   |||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  30482923 ctaatttgatgggtaaaaaagaccttcatgaattatgcttgtcatggatatcccaacaggaatctataattagtgctgagcaagtacttgaagagcttca 30482824  T
Q  216 acctcactcaaatctcaaatgcttgacaataaattactatgaaggattatcgttaccaagttggataa 283  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  30482823 acctcactcaaatctcaaatgcttgacaataaattacaatgaagggttatcgttaccaagttggataa 30482756  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 196; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 16 - 287
Target Start/End: Complemental strand, 29871805 - 29871534
Alignment:
Q  16 aaagggaatagcttgtcagagttacgtgatctaaacctcggtggaaaactgcgtatccaaggattaaacaatgttggcaggttatctgaagctgaagcgg 115  Q
    ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  29871805 aaagggaatagtttgacagagttacgtgatctaaaactcggtggaaaactgagtatcgaaggattaaacaatgttggcagtttatctgaagctgaagcgg 29871706  T
Q  116 ctaatttgatgggtaaaaaagaccttcatcaattatgcttgtcatggggatacaaggagaaatctacggttagtgctgagcaagtacttgaagtgcttca 215  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||   |  || ||||||   ||||||||||||||||||| |||| ||||||    
T  29871705 ctaatttgatgggtaaaaaagaccttcatcaattatgcttgtcatggatatcgcaacaggaatctataattagtgctgagcaagtactcgaagagcttca 29871606  T
Q  216 acctcactcaaatctcaaatgcttgacaataaattactatgaaggattatcgttaccaagttggataattat 287  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29871605 acctcactcaaatctcaaatgcttgacaataaattactatgaaggattatcgttaccaagttggataattat 29871534  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 184; E-Value: 1e-99
Query Start/End: Original strand, 16 - 283
Target Start/End: Original strand, 30339009 - 30339276
Alignment:
Q  16 aaagggaatagcttgtcagagttacgtgatctaaacctcggtggaaaactgcgtatccaaggattaaacaatgttggcaggttatctgaagctgaagcgg 115  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30339009 aaagggaatagcttgacagagttacgtgatctaaacctcggtggaaaactgcatatccaaggattaaacaatgttggcaggttatctgaagctgaagcgg 30339108  T
Q  116 ctaatttgatgggtaaaaaagaccttcatcaattatgcttgtcatggggatacaaggagaaatctacggttagtgctgagcaagtacttgaagtgcttca 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||  ||   |  || ||||||   |||||||||||||||| || |||| ||||||    
T  30339109 ctaatttgatgggtaaaaaagaccttcatcaattatgcttgtcgtggatatcgcaacaggaatctataattagtgctgagcaagtgctcgaagagcttca 30339208  T
Q  216 acctcactcaaatctcaaatgcttgacaataaattactatgaaggattatcgttaccaagttggataa 283  Q
    |||||||||||||||||| | ||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30339209 acctcactcaaatctcaattccttgacagtaaatttctatgaaggattatcgttaccaagttggataa 30339276  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 174; E-Value: 1e-93
Query Start/End: Original strand, 16 - 285
Target Start/End: Original strand, 30242856 - 30243125
Alignment:
Q  16 aaagggaatagcttgtcagagttacgtgatctaaacctcggtggaaaactgcgtatccaaggattaaacaatgttggcaggttatctgaagctgaagcgg 115  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||   ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  30242856 aaagggaatagcttgacagagttacgtgatctaaacctcggtggaaaactgagtatccaacacttaaacaatgttggcagtttatctgaagctgaagcgg 30242955  T
Q  116 ctaatttgatgggtaaaaaagaccttcatcaattatgcttgtcatggggatacaaggagaaatctacggttagtgctgagcaagtacttgaagtgcttca 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||  || | |  |  ||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30242956 ctaatttgatgggtaaaaaagaccttcatgaattatgcttgtcatggatatcccaacatgaatctataattagtgctgagcaagtacttgaagtgcttca 30243055  T
Q  216 acctcactcaaatctcaaatgcttgacaataaattactatgaaggattatcgttaccaagttggataatt 285  Q
    |||||||||||||||||| ||||||| ||||| || |||||| |||||||| ||||||||||||||||||    
T  30243056 acctcactcaaatctcaagtgcttgaaaataagtttctatgagggattatccttaccaagttggataatt 30243125  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 162; E-Value: 2e-86
Query Start/End: Original strand, 16 - 287
Target Start/End: Original strand, 30713906 - 30714189
Alignment:
Q  16 aaagggaatagcttgtcagagttacgtgatctaaacctcggtggaaaactgcgtatccaaggattaaacaatgttggcaggttatctgaagctgaagcgg 115  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||    
T  30713906 aaagggaatagcttgacagagttacgtgatctaaacctcggtggaaaactgagtatcaaaggattaaacaatgttggcagtttatttgaagctgaagcgg 30714005  T
Q  116 ctaatttgatgggtaaaaaagaccttcatcaattatgcttgtcatg----gggatacaagg--------agaaatctacggttagtgctgagcaagtact 203  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||    |  | ||||||        |||   ||   ||||||||||||||||||||    
T  30714006 ctaatttgatgggtaaaaaagaccttcatgaattatacttgtcatggaaagacaaacaaggaattccaaagacccctgttgttagtgctgagcaagtact 30714105  T
Q  204 tgaagtgcttcaacctcactcaaatctcaaatgcttgacaataaattactatgaaggattatcgttaccaagttggataattat 287  Q
     |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  30714106 cgaagagcttcaacctcactcaaatctcaaatgcttgacaataaattactatgaaggattatcattaccaagttggataattat 30714189  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 150; E-Value: 3e-79
Query Start/End: Original strand, 16 - 287
Target Start/End: Complemental strand, 30059988 - 30059705
Alignment:
Q  16 aaagggaatagcttgtcagagttacgtgatctaaacctcggtggaaaactgcgtatccaaggattaaacaatgttggcaggttatctgaagctgaagcgg 115  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  30059988 aaagggaatagcttgacagagttacgtgatctaaacctcggtggaaaactgcatatccaaggattaaacaatgttggcaggttatttgaagctgaagcgg 30059889  T
Q  116 ctaatttgatgggtaaaaaagaccttcatcaattatgcttgtcatg----gggatacaagg--------agaaatctacggttagtgctgagcaagtact 203  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||    |  | ||||||        ||||  ||   ||||||| ||||||||||||    
T  30059888 ctaatttgatgggtaaaaaagaccttcatgaattatacttgtcatggaaagacaaacaaggaattccaaagaaccctgttgttagtgttgagcaagtact 30059789  T
Q  204 tgaagtgcttcaacctcactcaaatctcaaatgcttgacaataaattactatgaaggattatcgttaccaagttggataattat 287  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| || |||||| |||||||| || |||||||||||||||||    
T  30059788 tgaagttcttcaacctcactcaaatctcaactgcttgaaaataagtttctatgagggattatccttgccaagttggataattat 30059705  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 144; E-Value: 1e-75
Query Start/End: Original strand, 16 - 287
Target Start/End: Complemental strand, 30435441 - 30435170
Alignment:
Q  16 aaagggaatagcttgtcagagttacgtgatctaaacctcggtggaaaactgcgtatccaaggattaaacaatgttggcaggttatctgaagctgaagcgg 115  Q
    ||||| ||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||    
T  30435441 aaaggaaatagcttgacagagttacatgatctaaacctcggtggaaaactgagtatcaaaggattaaacaatgttggtagtttatctgaagctgaagcgg 30435342  T
Q  116 ctaatttgatgggtaaaaaagaccttcatcaattatgcttgtcatggggatacaaggagaaatctacggttagtgctgagcaagtacttgaagtgcttca 215  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||  ||   |  || ||||||   ||||  |||||||| |||| |||| ||||||    
T  30435341 ctaatttgaagggtaaaaaagaccttcatgaattatgcttgtcgtggatatcgcaacaggaatctataattagatctgagcaattactcgaagagcttca 30435242  T
Q  216 acctcactcaaatctcaaatgcttgacaataaattactatgaaggattatcgttaccaagttggataattat 287  Q
    |||||||||||||||||| ||||||   ||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  30435241 acctcactcaaatctcaagtgcttggatataaattgctatgacggattatcgttaccaagttggataattat 30435170  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 137; E-Value: 1e-71
Query Start/End: Original strand, 16 - 287
Target Start/End: Complemental strand, 30399696 - 30399413
Alignment:
Q  16 aaagggaatagcttgtcagagttacgtgatctaaacctcggtggaaaactgcgtatccaaggattaaacaatgttggcaggttatctgaagctgaagcgg 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||  || ||||||| |||||| ||||| ||||||    
T  30399696 aaagggaatagcttgtcagagttacgtgatctaaacctcggtggaaaactgcgtatcgaaggcttaaaagattttggcagtttatctcaagctcaagcgg 30399597  T
Q  116 ctaatttgatgggtaaaaaagaccttcatcaattatgcttgtcatggggatacaa----gg----agaaat----ctacggttagtgctgagcaagtact 203  Q
    || |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |  |||    ||    |  |||    | ||  |||||||| ||||||||||    
T  30399596 ctgatttgatgggtaaaaaagaccttcatgaattatgcttgtcatgggaaagcaactatggatttaccaatcccccaactattagtgctcagcaagtact 30399497  T
Q  204 tgaagtgcttcaacctcactcaaatctcaaatgcttgacaataaattactatgaaggattatcgttaccaagttggataattat 287  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||    
T  30399496 cgaagtgcttcaacctcactcaaatctcaagtgcttgaaaataaattactatgacggattatcattaccaagttggataattat 30399413  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 107; E-Value: 1e-53
Query Start/End: Original strand, 16 - 283
Target Start/End: Complemental strand, 29852930 - 29852651
Alignment:
Q  16 aaagggaatagcttgtcagagttacgtgatctaaacctcggtggaaaactgcgtatccaaggattaaacaatgttggcaggttatctgaagctgaagcgg 115  Q
    ||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| |||||||| ||| ||||| |||| |||||  |||| ||||| |||||||||||||||||||    
T  29852930 aaagggaatagcttgacagagttatgtgatctaaaccttggtggaaagctgagtatcaaaggcttaaaagatgtgggcagtttatctgaagctgaagcgg 29852831  T
Q  116 ctaatttgatgggtaaaaaagaccttcatcaattatgcttgtcatggggatacaaggagaaatctacgg------------ttagtgctgagcaagtact 203  Q
    |||||||||||||||||| |||| ||||| ||||||| |||||||||| |  ||| ||   || ||| |            ||  || ||||||||||||    
T  29852830 ctaatttgatgggtaaaacagacattcatgaattatgtttgtcatgggaaagcaatgatggatttactgagcccccaactattcatgatgagcaagtact 29852731  T
Q  204 tgaagtgcttcaacctcactcaaatctcaaatgcttgacaataaattactatgaaggattatcgttaccaagttggataa 283  Q
     |||| |||||||||||||||||||||||| ||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29852730 cgaagagcttcaacctcactcaaatctcaagtgcttggacataaattactatgaaggattatcgttaccaagttggataa 29852651  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 85; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 22 - 283
Target Start/End: Original strand, 17418647 - 17418920
Alignment:
Q  22 aatagcttgtcagagttacgtgatctaaacctcggtggaaaactgcgtatccaaggattaaacaatgttggcaggttatctgaagctgaagcggctaatt 121  Q
    |||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||| |||| |||||  ||||||| |  |||||||||||| |||  ||||| |    
T  17418647 aatagcttggtagagttaggtgatctaaacctcggtggaaaattgagtatcaaaggcttaaaagatgttggtaatttatctgaagctcaagaagctaagt 17418746  T
Q  122 tgatgggtaaaaaagaccttcatcaattatgcttgtcatggggatacaaggagaaat------------ctacggttagtgctgagcaagtacttgaagt 209  Q
    |||| |||||||||||||| ||  ||||||||||||| |||  |  ||| ||  |||            |||  ||||||||||||||| ||||||||||    
T  17418747 tgataggtaaaaaagacctccaagaattatgcttgtcgtggaaaagcaacgatgaattgacaaagacccctattgttagtgctgagcaactacttgaagt 17418846  T
Q  210 gcttcaacctcactcaaatctcaaatgcttgacaataaattactatgaaggattatcgttaccaagttggataa 283  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||||||||| ||| ||| |||||||||||||||||    
T  17418847 gcttcaacctcactcaaatctcaagtgcttgaaaataacttactatgatggaatattgttaccaagttggataa 17418920  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 57; E-Value: 8e-24
Query Start/End: Original strand, 16 - 140
Target Start/End: Complemental strand, 30206144 - 30206020
Alignment:
Q  16 aaagggaatagcttgtcagagttacgtgatctaaacctcggtggaaaactgcgtatccaaggattaaacaatgttggcaggttatctgaagctgaagcgg 115  Q
    ||||||||||||||| |||||||||  ||||||||||| || ||||||||  ||||| |||| |||||  ||||| | || |||||||||||| |||| |    
T  30206144 aaagggaatagcttggcagagttacacgatctaaacctgggaggaaaactaagtatcaaaggtttaaatgatgtttgtagtttatctgaagctcaagcag 30206045  T
Q  116 ctaatttgatgggtaaaaaagacct 140  Q
    | |||||||||||||||||||||||    
T  30206044 ccaatttgatgggtaaaaaagacct 30206020  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 189 - 265
Target Start/End: Complemental strand, 30474818 - 30474742
Alignment:
Q  189 tgctgagcaagtacttgaagtgcttcaacctcactcaaatctcaaatgcttgacaataaattactatgaaggattat 265  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  | |||| ||||  ||||||||| |||||||    
T  30474818 tgctgagcaagtacttgaaatgcttcaacctcactcaaatctcaagaggttgaaaatactttactatgacggattat 30474742  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 192 - 233
Target Start/End: Complemental strand, 30205956 - 30205915
Alignment:
Q  192 tgagcaagtacttgaagtgcttcaacctcactcaaatctcaa 233  Q
    ||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30205956 tgagcaactatttgaagtgcttcaacctcactcaaatctcaa 30205915  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 200 - 233
Target Start/End: Original strand, 30522299 - 30522332
Alignment:
Q  200 tacttgaagtgcttcaacctcactcaaatctcaa 233  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30522299 tacttgaagtgcttcaacctcactcaaatctcaa 30522332  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 200 - 233
Target Start/End: Original strand, 30562639 - 30562672
Alignment:
Q  200 tacttgaagtgcttcaacctcactcaaatctcaa 233  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30562639 tacttgaagtgcttcaacctcactcaaatctcaa 30562672  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #18
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 197 - 230
Target Start/End: Complemental strand, 30430384 - 30430351
Alignment:
Q  197 aagtacttgaagtgcttcaacctcactcaaatct 230  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  30430384 aagtacttgaagtgcttcaatctcactcaaatct 30430351  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 107; Significance: 1e-53; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 107; E-Value: 1e-53
Query Start/End: Original strand, 16 - 287
Target Start/End: Original strand, 20297075 - 20297358
Alignment:
Q  16 aaagggaatagcttgtcagagttacgtgatctaaacctcggtggaaaactgcgtatccaaggattaaacaatgttggcaggttatctgaagctgaagcgg 115  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| || |||||||||||| ||||| |||| |||||  ||||||||||  ||||||||||| |||  |    
T  20297075 aaagggaatagcttgacagagttacgtgatctaaaacttggtggaaaactgagtatcaaaggcttaaaagatgttggcagtatatctgaagctcaagaag 20297174  T
Q  116 ctaatttgatgggtaaaaaagaccttcatcaattatgcttgtcatggggatacaaggagaaat------------ctacggttagtgctgagcaagtact 203  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||| |  ||| || ||||            | || || ||||||||| |||||||    
T  20297175 ccaatttgatgggtaaaaaagaccttcatgaattatgcttgtcttgggaaagcaatgataaatttaccaagccaccaactgtaagtgctgagaaagtact 20297274  T
Q  204 tgaagtgcttcaacctcactcaaatctcaaatgcttgacaataaattactatgaaggattatcgttaccaagttggataattat 287  Q
     ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||  |||||||| |||||| ||||| | |||||||||||||||||||||    
T  20297275 cgaagtgcttcaacctcagtcaaatctcaagtgcttggaaataaattgctatgatggattgtggttaccaagttggataattat 20297358  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000007
Query Start/End: Original strand, 27 - 162
Target Start/End: Complemental strand, 52351574 - 52351439
Alignment:
Q  27 cttgtcagagttacgtgatctaaacctcggtggaaaactgcgtatccaaggattaaacaatgttggcaggttatctgaagctgaagcggctaatttgatg 126  Q
    |||| ||||||||||||||||||| || |  ||||||||| | ||  ||||  || | |||||| |||| |||||||| | |  || ||| |||||||||    
T  52351574 cttggcagagttacgtgatctaaagctagaaggaaaactgagcattgaaggcctagaaaatgttagcagcttatctgatgttcgagaggccaatttgatg 52351475  T
Q  127 ggtaaaaaagaccttcatcaattatgcttgtcatgg 162  Q
    |||||||||||||| |   |||||||| ||||||||    
T  52351474 ggtaaaaaagacctccgagaattatgcctgtcatgg 52351439  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 83; Significance: 2e-39; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 83; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 16 - 279
Target Start/End: Complemental strand, 26706963 - 26706688
Alignment:
Q  16 aaagggaatagcttgtcagagttacgtgatctaaacctcggtggaaaactgcgtatccaaggattaaacaatgttggcaggttatctgaagctgaagcgg 115  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| |||||  |||||||||| |||||||||||| |||  |    
T  26706963 aaagggaatagcttgacagagttacgtgatctaaacctcggtggaaaactgagtatcgaaggcttaaaagatgttggcagtttatctgaagctcaagaag 26706864  T
Q  116 ctaatttgatgggtaaaaaagaccttcatcaattatgcttgtcatggggatacaagg------------agaaatctacggttagtgctgagcaagtact 203  Q
    | ||||||||||| |||||| ||||  |  |||||||||||||||||| | |||| |            ||  | | ||  |||||| ||||||  ||||    
T  26706863 ccaatttgatggggaaaaaaaacctcgaaaaattatgcttgtcatgggaaaacaatgatggatttaccaagccaccaactattagtgttgagcagctact 26706764  T
Q  204 tgaagtgcttcaacctcactcaaatctcaaatgcttgacaataaattactatgaaggattatcgttaccaagttgg 279  Q
      |||||||||||||||||||||||||||| ||||||  |||||| ||||| || |||||||| ||||||||||||    
T  26706763 caaagtgcttcaacctcactcaaatctcaagtgcttggaaataaagtactacgacggattatcattaccaagttgg 26706688  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 44; Significance: 5e-16; HSPs: 4)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 44; E-Value: 5e-16
Query Start/End: Original strand, 23 - 162
Target Start/End: Complemental strand, 7099036 - 7098897
Alignment:
Q  23 atagcttgtcagagttacgtgatctaaacctcggtggaaaactgcgtatccaaggattaaacaatgttggcaggttatctgaagctgaagcggctaattt 122  Q
    |||||||  |||||||||||||||||||  | || ||||| |||   ||| |||| ||| | |||||||| || |||||||||||| |||  || |||||    
T  7099036 atagcttagcagagttacgtgatctaaatttaggaggaaagctggagatcaaaggcttacaaaatgttggtagtttatctgaagctaaagaagccaattt 7098937  T
Q  123 gatgggtaaaaaagaccttcatcaattatgcttgtcatgg 162  Q
     |||||||||||||||||  || |||||||||||||||||    
T  7098936 aatgggtaaaaaagacctcgatgaattatgcttgtcatgg 7098897  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 196 - 246
Target Start/End: Original strand, 7582395 - 7582445
Alignment:
Q  196 caagtacttgaagtgcttcaacctcactcaaatctcaaatgcttgacaata 246  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||  |||||| ||||    
T  7582395 caagtacttgaagtgcttcaacctcacacaaatctcaagagcttgaaaata 7582445  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 97 - 162
Target Start/End: Original strand, 7582284 - 7582349
Alignment:
Q  97 ttatctgaagctgaagcggctaatttgatgggtaaaaaagaccttcatcaattatgcttgtcatgg 162  Q
    |||||||||||| |||  || || ||||||||||||||||||||  || |||||||||||||||||    
T  7582284 ttatctgaagctcaagaagccaacttgatgggtaaaaaagacctcgatgaattatgcttgtcatgg 7582349  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 187 - 281
Target Start/End: Complemental strand, 7098860 - 7098766
Alignment:
Q  187 agtgctgagcaagtacttgaagtgcttcaacctcactcaaatctcaaatgcttgacaataaattactatgaaggattatcgttaccaagttggat 281  Q
    |||| ||| |||||| |||||||||||||||||||  ||||||||||  |||||| |||| |||  ||  |||||||||  || |||||||||||    
T  7098860 agtgatgatcaagtaattgaagtgcttcaacctcatacaaatctcaagagcttgaaaatacattcttaccaaggattatgctttccaagttggat 7098766  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University