View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF15938_low_17 (Length: 375)

Name: NF15938_low_17
Description: NF15938
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF15938_low_17
NF15938_low_17
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (1-349)||(44474536-44474884)
chr4 (1-192)||(44474398-44474589)
[»] chr8 (32 HSPs)
chr8 (5-351)||(38453454-38453800)
chr8 (1-270)||(39848670-39848939)
chr8 (1-259)||(38632959-38633216)
chr8 (1-192)||(38632682-38632871)
chr8 (28-186)||(34544781-34544939)
chr8 (1-192)||(34533725-34533916)
chr8 (1-192)||(34533863-34534054)
chr8 (61-187)||(38453894-38454020)
chr8 (10-192)||(39848400-39848582)
chr8 (1-185)||(34916295-34916479)
chr8 (5-187)||(38632822-38633007)
chr8 (42-187)||(34539031-34539176)
chr8 (1-197)||(39848529-39848728)
chr8 (1-192)||(34533587-34533778)
chr8 (1-192)||(34916426-34916617)
chr8 (113-201)||(34549174-34549262)
chr8 (1-185)||(34916157-34916341)
chr8 (108-192)||(38632548-38632632)
chr8 (53-177)||(36951413-36951537)
chr8 (61-185)||(39848214-39848338)
chr8 (3-75)||(34533566-34533638)
chr8 (1-53)||(34539027-34539079)
chr8 (1-97)||(34916107-34916203)
chr8 (1-192)||(38453751-38453942)
chr8 (100-185)||(34916571-34916656)
chr8 (1-54)||(38453613-38453666)
chr8 (1-97)||(34544732-34544828)
chr8 (106-181)||(34548525-34548600)
chr8 (4-56)||(34549181-34549233)
chr8 (116-192)||(39848368-39848444)
chr8 (1-55)||(38632579-38632633)
chr8 (3-39)||(36951501-36951537)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (1-338)||(7045679-7046003)
chr3 (61-126)||(7046154-7046219)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 273; Significance: 1e-152; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 273; E-Value: 1e-152
Query Start/End: Original strand, 1 - 349
Target Start/End: Original strand, 44474536 - 44474884
Alignment:
Q  1 tcaaatggacttagacatggatttggagtttatagatttgtaaatggggatgtctatatcggaaattggaaaaaagacaaaatggatggaggagggacca 100  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||    
T  44474536 tcaaatgggcttagacatggatttggagtttatacatttgtaaatggggatgtctatatcggaaattggaaaaatgacaaaatggatggaagagggacca 44474635  T
Q  101 tgagttgggctaatggtgatgtttttgacggttgctggtcaaatggacttatacatggatctggagtttttagatttgcaaatgggggtgtcgacattgg 200  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||    
T  44474636 tgagttggactaatggtgatgtttttgaaggttgctggtcaaatggacttatacatggatctggagtttttaaatttgcaaatggggatgtcgacattgg 44474735  T
Q  201 taacttcaggggtaaacttctccatgacaacggatcatacacatgctcaaatagaacaatctacaagggttgcatatgctcaaatgaaaaagtgatagag 300  Q
    |||||||||| ||||||||||  ||||||||||| |||||||||| ||||||  |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44474736 taacttcaggagtaaacttctttatgacaacggaacatacacatgttcaaatgaaacaatgtacaagggttgcatatgctcaaatgaaaaagtgatagag 44474835  T
Q  301 aaaggactgacgatatggagccttaaaaatcctgatggaggttgtatat 349  Q
    |||||||||| ||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||    
T  44474836 aaaggactgatgatatggagccttcaaaatcctaatggaggttgtatat 44474884  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 1 - 192
Target Start/End: Original strand, 44474398 - 44474589
Alignment:
Q  1 tcaaatggacttagacatggatttggagtttatagatttgtaaatggggatgtctatatcggaaattggaaaaaagacaaaatggatggaggagggacca 100  Q
    |||||||| |||  ||||||||||||||||| || || | || |||||||||||||    ||||||||||||| ||  ||| |||||||| ||||||       
T  44474398 tcaaatggccttgtacatggatttggagtttttacatctctagatggggatgtctacgctggaaattggaaaacagggaaattggatggaagagggaatt 44474497  T
Q  101 tgagttgggctaatggtgatgtttttgacggttgctggtcaaatggacttatacatggatctggagtttttagatttgcaaatgggggtgtc 192  Q
    ||| ||||||||||| ||||  |||| | |||||   ||||||||| |||| |||||||| |||||||| || ||||| |||||||| ||||    
T  44474498 tgaattgggctaatgatgatcattttaatggttgtctgtcaaatgggcttagacatggatttggagtttatacatttgtaaatggggatgtc 44474589  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 223; Significance: 1e-123; HSPs: 32)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 223; E-Value: 1e-123
Query Start/End: Original strand, 5 - 351
Target Start/End: Complemental strand, 38453800 - 38453454
Alignment:
Q  5 atggacttagacatggatttggagtttatagatttgtaaatggggatgtctatatcggaaattggaaaaaagacaaaatggatggaggagggaccatgag 104  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| ||||| |||||||||||  ||||| ||||||    
T  38453800 atggacttagacatggacttggagtttatagatttgtaaatggggatgtctacaccggaaattggaaagaagacgaaatggatggaacagggatcatgag 38453701  T
Q  105 ttgggctaatggtgatgtttttgacggttgctggtcaaatggacttatacatggatctggagtttttagatttgcaaatgggggtgtcgacattggtaac 204  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  38453700 ttgggctaatggtgatgtttttgatggttgttggtcaaatggacttatacatggatctggagtttttagatttgcaaatggggatgtcgacattggtaac 38453601  T
Q  205 ttcaggggtaaacttctccatgacaacggatcatacacatgctcaaatagaacaatctacaagggttgcatatgctcaaatgaaaaagtgatagagaaag 304  Q
    |||||| ||||||  || |||| |||||||  ||||||||  |||||| ||||||| ||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||     
T  38453600 ttcaggagtaaacaacttcatggcaacggaaaatacacattttcaaatggaacaatgtacgagggttgcatatgctcaaatggaaaagtgatagagaaaa 38453501  T
Q  305 gactgacgatatggagccttaaaaatcctgatggaggttgtatatgt 351  Q
    |||||| ||||||  ||||| ||||||| ||||||| ||||||||||    
T  38453500 gactgatgatatgaggccttcaaaatcccgatggagattgtatatgt 38453454  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 154; E-Value: 1e-81
Query Start/End: Original strand, 1 - 270
Target Start/End: Original strand, 39848670 - 39848939
Alignment:
Q  1 tcaaatggacttagacatggatttggagtttatagatttgtaaatggggatgtctatatcggaaattggaaaaaagacaaaatggatggaggagggacca 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||  |    
T  39848670 tcaaatggacttagacatggatttggagtttatagatttgcaaatggggatgtctacatcggaaattggaaaaaagacaaaatggatggaacagggatta 39848769  T
Q  101 tgagttgggctaatggtgatgtttttgacggttgctggtcaaatggacttatacatggatctggagtttttagatttgcaaatgggggtgtcgacattgg 200  Q
    ||||||||| |  ||||||||| || || ||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||| || |||| |||||| |||||    
T  39848770 tgagttgggttgttggtgatgtcttcgatggttgttggtcaaatggacttatacatggatatggagtttatagatatgctaacggggatgtcgatattgg 39848869  T
Q  201 taacttcaggggtaaacttctccatgacaacggatcatacacatgctcaaatagaacaatctacaagggt 270  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||| |||  |||||||  ||||||| ||||||| ||| |||||    
T  39848870 taacttcaggagtaaacttctccatgacaatggaaaatacacacactcaaatggaacaatatacgagggt 39848939  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 131; E-Value: 7e-68
Query Start/End: Original strand, 1 - 259
Target Start/End: Original strand, 38632959 - 38633216
Alignment:
Q  1 tcaaatggacttagacatggatttggagtttatagatttgtaaatggggatgtctatatcggaaattggaaaaaagacaaaatggatggaggagggacca 100  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| ||  | ||||||||||||| ||||||||||||||||  |||||  |    
T  38632959 tcaaatggacttagatatggatttggagtttataaatttgcaaatggggatgtttacgtaggaaattggaaaa-agacaaaatggatggaatagggatta 38633057  T
Q  101 tgagttgggctaatggtgatgtttttgacggttgctggtcaaatggacttatacatggatctggagtttttagatttgcaaatgggggtgtcgacattgg 200  Q
    ||| |||||||| ||||||||| || || ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| ||| ||||||| |||||| |||||    
T  38633058 tgacttgggctactggtgatgtcttcgatggttgttggtcaaatgggcttatacatggatctggagtttatagatatgctaatggggatgtcgatattgg 38633157  T
Q  201 taacttcaggggtaaacttctccatgacaacggatcatacacatgctcaaatagaacaa 259  Q
    |||||||||| ||||||||||||||| ||| |||  ||||||||||||| || ||||||    
T  38633158 taacttcaggagtaaacttctccatgtcaatggaaaatacacatgctcagatggaacaa 38633216  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 93; E-Value: 3e-45
Query Start/End: Original strand, 1 - 192
Target Start/End: Original strand, 38632682 - 38632871
Alignment:
Q  1 tcaaatggacttagacatggatttggagtttatagatttgtaaatggggatgtctatatcggaaattggaaaaaagacaaaatggatggaggagggacca 100  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| || | ||||| ||||||| || ||||||||||||||||||||  ||||||||  ||| |  |    
T  38632682 tcaaatggatttagacatggatttggagtttatagatatgcagatgggcatgtctacatgggaaattggaaaaaagacaa--tggatggaaaaggaatta 38632779  T
Q  101 tgagttgggctaatggtgatgtttttgacggttgctggtcaaatggacttatacatggatctggagtttttagatttgcaaatgggggtgtc 192  Q
    |||||||||||| ||||||||| || || ||||| |||||| |||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||| ||||    
T  38632780 tgagttgggctactggtgatgtcttcgatggttgttggtcagatggacttatacatggatttggagtttatagatctgcaaatggggatgtc 38632871  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 28 - 186
Target Start/End: Complemental strand, 34544939 - 34544781
Alignment:
Q  28 gtttatagatttgtaaatggggatgtctatatcggaaattggaaaaaagacaaaatggatggaggagggaccatgagttgggctaatggtgatgtttttg 127  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||| || || ||||||||||| || |||||||||||| ||||||  |||| ||||| |||||||||||||||      
T  34544939 gtttatagatttgcaaatggggatgtctacattggtaattggaaaaatgataaaatggatggaagagggattatgaattgggttaatggtgatgttttca 34544840  T
Q  128 acggttgctggtcaaatggacttatacatggatctggagtttttagatttgcaaatggg 186  Q
    | || || ||||||||||||| || |||||||| |||||||| ||||||| ||||||||    
T  34544839 atggatgttggtcaaatggacatagacatggatatggagtttatagattttcaaatggg 34544781  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 1 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 34533916 - 34533725
Alignment:
Q  1 tcaaatggacttagacatggatttggagtttatagatttgtaaatggggatgtctatatcggaaattggaaaaaagacaaaatggatggaggagggacca 100  Q
    |||||| |||||| | |||||| |||||||||||||| || ||||||||||||| | |  ||| ||||||||||||    ||  ||||||  |||||  |    
T  34533916 tcaaatagacttaaagatggatatggagtttatagatatgcaaatggggatgtccacactggacattggaaaaaagggggaaatgatggaaaagggatta 34533817  T
Q  101 tgagttgggctaatggtgatgtttttgacggttgctggtcaaatggacttatacatggatctggagtttttagatttgcaaatgggggtgtc 192  Q
    |||| ||||||||||||| |||||| || ||||| |||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||| ||||||||| ||||    
T  34533816 tgagatgggctaatggtgttgttttcgatggttgttggtcaaatggacttagacatggatatggagtttgtagatttacaaatggggatgtc 34533725  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 1 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 34534054 - 34533863
Alignment:
Q  1 tcaaatggacttagacatggatttggagtttatagatttgtaaatggggatgtctatatcggaaattggaaaaaagacaaaatggatggaggagggacca 100  Q
    ||||||||||||| |||||||  ||| |||||||||| ||||||||| ||||| ||||  ||||||||| |||| |  ||||| |||||   |||||  |    
T  34534054 tcaaatggacttaaacatggacatggggtttatagatatgtaaatggagatgtttatagaggaaattgggaaaatgggaaaatagatgggaaagggatta 34533955  T
Q  101 tgagttgggctaatggtgatgtttttgacggttgctggtcaaatggacttatacatggatctggagtttttagatttgcaaatgggggtgtc 192  Q
    ||| ||||| | |||||||||||||||| ||||| ||||||||| |||||| | |||||| |||||||| ||||| ||||||||||| ||||    
T  34533954 tgaattgggttgatggtgatgtttttgatggttgttggtcaaatagacttaaagatggatatggagtttatagatatgcaaatggggatgtc 34533863  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 61 - 187
Target Start/End: Complemental strand, 38454020 - 38453894
Alignment:
Q  61 ggaaattggaaaaaagacaaaatggatggaggagggaccatgagttgggctaatggtgatgtttttgacggttgctggtcaaatggacttatacatggat 160  Q
    ||||||||||||||||| ||||  |||||| ||||||| ||||||||| || |||||||||||||||| ||||| ||||||||| ||||| |||||||||    
T  38454020 ggaaattggaaaaaagataaaagagatggaagagggactatgagttggcctgatggtgatgtttttgatggttgttggtcaaatagacttgtacatggat 38453921  T
Q  161 ctggagtttttagatttgcaaatgggg 187  Q
     |||||||| ||||| || ||||||||    
T  38453920 atggagtttatagatctgtaaatgggg 38453894  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 10 - 192
Target Start/End: Original strand, 39848400 - 39848582
Alignment:
Q  10 cttagacatggatttggagtttatagatttgtaaatggggatgtctatatcggaaattggaaaaaagacaaaatggatggaggagggaccatgagttggg 109  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||| || ||||| || |||||||||||||| |||||||||| |  ||| |||||||  |||||  ||||||||||    
T  39848400 cttatacatggatttggagtttatagatatgcaaatgtgggtgtctatatcggaatttggaaaaaacatgaaagggatggattagggattatgagttggg 39848499  T
Q  110 ctaatggtgatgtttttgacggttgctggtcaaatggacttatacatggatctggagtttttagatttgcaaatgggggtgtc 192  Q
     || ||| ||||| ||  | ||||| |||||||||||||||  |||||||| |||||||| |||||  |||||||||| ||||    
T  39848500 atactggagatgtcttctatggttgttggtcaaatggacttgcacatggatatggagtttatagatccgcaaatggggatgtc 39848582  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 1 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 34916479 - 34916295
Alignment:
Q  1 tcaaatggacttagacatggatttggagtttatagatttgtaaatggggatgtctatatcggaaattggaaaaaagacaaaatggatggaggagggacca 100  Q
    |||||||||| || |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||   ||||||||| ||||||   ||| |||||||  |||||  |    
T  34916479 tcaaatggacataaacatggatatggagtttatagatttgcaaatggggatgtctatgctggaaattgggaaaaaggagaaaaggatggaaaagggatta 34916380  T
Q  101 tgagttgggctaatggtgatgtttttgacggttgctggtcaaatggacttatacatggatctggagtttttagatttgcaaatgg 185  Q
    ||| ||||| |||||||| | |||| || ||||  |||||||||||||||  |||||||| |||||||| ||||| ||| |||||    
T  34916379 tgaattggggtaatggtgctattttcgatggttattggtcaaatggactttcacatggatatggagtttatagatctgctaatgg 34916295  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 64; E-Value: 7e-28
Query Start/End: Original strand, 5 - 187
Target Start/End: Original strand, 38632822 - 38633007
Alignment:
Q  5 atggacttagacatggatttggagtttatagatttgtaaatggggatgtctatatcggaaattggaaaaaagacaaaatgg---atggaggagggaccat 101  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| |  ||||||||||||| |||||||||||   ||||  || |||   |    
T  38632822 atggacttatacatggatttggagtttatagatctgcaaatggggatgtctacactggaaattggaaaatagacaaaatggattatgggagatggatttt 38632921  T
Q  102 gagttgggctaatggtgatgtttttgacggttgctggtcaaatggacttatacatggatctggagtttttagatttgcaaatgggg 187  Q
    |  ||  ||||| |||||||||||||| ||||  | |||||||||||||| | |||||| |||||||| || ||||||||||||||    
T  38632922 ggattcagctaacggtgatgtttttgatggttatttgtcaaatggacttagatatggatttggagtttataaatttgcaaatgggg 38633007  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 42 - 187
Target Start/End: Complemental strand, 34539176 - 34539031
Alignment:
Q  42 aaatggggatgtctatatcggaaattggaaaaaagacaaaatggatggaggagggaccatgagttgggctaatggtgatgtttttgacggttgctggtca 141  Q
    |||||| ||||||||||  |||||||||||||||   ||||  ||||||   ||||  |||| |||||||||||| ||||||||| | ||||| ||||||    
T  34539176 aaatggcgatgtctataatggaaattggaaaaaaaggaaaagagatggaaatgggattatgaattgggctaatggcgatgtttttaatggttgttggtca 34539077  T
Q  142 aatggacttatacatggatctggagtttttagatttgcaaatgggg 187  Q
    |||||||||| |||||| |||||||||| |||||||||||||||||    
T  34539076 aatggacttagacatggttctggagtttatagatttgcaaatgggg 34539031  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 1 - 197
Target Start/End: Original strand, 39848529 - 39848728
Alignment:
Q  1 tcaaatggacttagacatggatttggagtttatagatttgtaaatggggatgtctatatcggaaattggaaaaaagacaaaatggatggagg---aggga 97  Q
    ||||||||||||  |||||||| ||||||||||||||  | ||||||||||||||  || ||||||||||||| |   ||||||||||  ||   || ||    
T  39848529 tcaaatggacttgcacatggatatggagtttatagatccgcaaatggggatgtctccattggaaattggaaaacatggaaaatggatgatgggagagcga 39848628  T
Q  98 ccatgagttgggctaatggtgatgtttttgacggttgctggtcaaatggacttatacatggatctggagtttttagatttgcaaatgggggtgtcgacat 197  Q
       |   |||||||||||||||||||||||| |||||   |||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||| ||||    
T  39848629 ttttcgattgggctaatggtgatgtttttgatggttgtatgtcaaatggacttagacatggatttggagtttatagatttgcaaatggggatgtctacat 39848728  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 1 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 34533778 - 34533587
Alignment:
Q  1 tcaaatggacttagacatggatttggagtttatagatttgtaaatggggatgtctatatcggaaattggaaaaaagacaaaatggatggaggagggacca 100  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||  ||||||||||||| | |  ||| ||||||||||||   ||| |||||||  |||||  |    
T  34533778 tcaaatggacttagacatggatatggagtttgtagatttacaaatggggatgtccacagtggacattggaaaaaaggggaaaaggatggaaaagggatta 34533679  T
Q  101 tgagttgggctaatggtgatgtttttgacggttgctggtcaaatggacttatacatggatctggagtttttagatttgcaaatgggggtgtc 192  Q
     ||| |||||    ||||||||||| || ||||| |||| ||||||||||| ||||||||||||||||| || || ||| ||||||| ||||    
T  34533678 agagatgggcaggcggtgatgttttcgatggttgttggtaaaatggacttaaacatggatctggagtttatacatatgctaatggggatgtc 34533587  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 56; E-Value: 4e-23
Query Start/End: Original strand, 1 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 34916617 - 34916426
Alignment:
Q  1 tcaaatggacttagacatggatttggagtttatagatttgtaaatggggatgtctatatcggaaattggaaaaaagacaaaatggatggaggagggacca 100  Q
    ||||||||||||  |||||||| |||||||||||||| || ||||||  | ||||| |  ||||||||| ||||||   ||| | |||||  |||||  |    
T  34916617 tcaaatggactttcacatggatatggagtttatagatctgcaaatggaaacgtctacactggaaattgggaaaaaggggaaaggcatggaaaagggatta 34916518  T
Q  101 tgagttgggctaatggtgatgtttttgacggttgctggtcaaatggacttatacatggatctggagtttttagatttgcaaatgggggtgtc 192  Q
    |||  |||||||| | ||||||||| || ||||  ||||||||||||| || |||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||    
T  34916517 tgaaatgggctaacgatgatgttttcgatggttattggtcaaatggacataaacatggatatggagtttatagatttgcaaatggggatgtc 34916426  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #16
Raw Score: 49; E-Value: 6e-19
Query Start/End: Original strand, 113 - 201
Target Start/End: Complemental strand, 34549262 - 34549174
Alignment:
Q  113 atggtgatgtttttgacggttgctggtcaaatggacttatacatggatctggagtttttagatttgcaaatgggggtgtcgacattggt 201  Q
    |||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||| |||||||| |||||||| ||||||| ||||||||  |||| ||||||||    
T  34549262 atggtgatgtttttgatggttgttggtctaatggacttacacatggatatggagtttatagattttcaaatgggaatgtctacattggt 34549174  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #17
Raw Score: 49; E-Value: 6e-19
Query Start/End: Original strand, 1 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 34916341 - 34916157
Alignment:
Q  1 tcaaatggacttagacatggatttggagtttatagatttgtaaatggggatgtctatatcggaaattggaaaaaagacaaaatggatggaggagggacca 100  Q
    ||||||||||||  |||||||| |||||||||||||| ||  |||||  | ||||| |  ||||||||| ||||||   ||| |||||||  |||||  |    
T  34916341 tcaaatggactttcacatggatatggagtttatagatctgctaatggaaacgtctacactggaaattgggaaaaaggggaaagggatggaaaagggatta 34916242  T
Q  101 tgagttgggctaatggtgatgtttttgacggttgctggtcaaatggacttatacatggatctggagtttttagatttgcaaatgg 185  Q
    |||  |||||||| ||||||||||| || ||||  |||||||||||||  | |||||| | |||||||| |||||||||||||||    
T  34916241 tgaaatgggctaacggtgatgttttcgatggttattggtcaaatggacagaaacatggctatggagtttatagatttgcaaatgg 34916157  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #18
Raw Score: 49; E-Value: 6e-19
Query Start/End: Original strand, 108 - 192
Target Start/End: Original strand, 38632548 - 38632632
Alignment:
Q  108 ggctaatggtgatgtttttgacggttgctggtcaaatggacttatacatggatctggagtttttagatttgcaaatgggggtgtc 192  Q
    |||||||||||||||||| || | ||| ||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||  ||||||||||| ||||    
T  38632548 ggctaatggtgatgttttggatgcttgttggtcaaatggacttctacatggatttggagtttttagagctgcaaatggggatgtc 38632632  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #19
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 53 - 177
Target Start/End: Original strand, 36951413 - 36951537
Alignment:
Q  53 tctatatcggaaattggaaaaaagacaaaatggatggaggagggaccatgagttgggctaatggtgatgtttttgacggttgctggtcaaatggacttat 152  Q
    ||||||| ||||||||||||||||  ||||| |||||| | ||||  ||||  |||  ||| || ||||||||||| ||||| |||| |||||||||||     
T  36951413 tctatattggaaattggaaaaaagggaaaatagatggaagggggattatgaagtggtttaacggcgatgtttttgatggttgttggttaaatggacttag 36951512  T
Q  153 acatggatctggagtttttagattt 177  Q
    ||| ||||||||||||| |||||||    
T  36951513 acaaggatctggagtttatagattt 36951537  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #20
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 61 - 185
Target Start/End: Original strand, 39848214 - 39848338
Alignment:
Q  61 ggaaattggaaaaaagacaaaatggatggaggagggaccatgagttgggctaatggtgatgtttttgacggttgctggtcaaatggacttatacatggat 160  Q
    |||||||||||||| || ||||  |||||| ||||||    || || ||||||||||||||||||| | ||||| ||||||||||   || || ||||||    
T  39848214 ggaaattggaaaaatgataaaaaagatggaagagggattgagactttggctaatggtgatgtttttaatggttgttggtcaaatgactttgtatatggat 39848313  T
Q  161 ctggagtttttagatttgcaaatgg 185  Q
     ||||||||||||||||||||||||    
T  39848314 atggagtttttagatttgcaaatgg 39848338  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #21
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 3 - 75
Target Start/End: Complemental strand, 34533638 - 34533566
Alignment:
Q  3 aaatggacttagacatggatttggagtttatagatttgtaaatggggatgtctatatcggaaattggaaaaaa 75  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||||||||| || ||  ||||||||||||||||| ||||| |||||||||    
T  34533638 aaatggacttaaacatggatctggagtttatacatatgctaatggggatgtctatattggaaaatggaaaaaa 34533566  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #22
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 1 - 53
Target Start/End: Complemental strand, 34539079 - 34539027
Alignment:
Q  1 tcaaatggacttagacatggatttggagtttatagatttgtaaatggggatgt 53  Q
    |||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  34539079 tcaaatggacttagacatggttctggagtttatagatttgcaaatggggatgt 34539027  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #23
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 1 - 97
Target Start/End: Complemental strand, 34916203 - 34916107
Alignment:
Q  1 tcaaatggacttagacatggatttggagtttatagatttgtaaatggggatgtctatatcggaaattggaaaaaagacaaaatggatggaggaggga 97  Q
    ||||||||||  | |||||| | ||||||||||||||||| |||||| |||||||| |  ||||||||||||||  | |||||||||||| ||||||    
T  34916203 tcaaatggacagaaacatggctatggagtttatagatttgcaaatggagatgtctacactggaaattggaaaaataataaaatggatggaagaggga 34916107  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #24
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 1 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 38453942 - 38453751
Alignment:
Q  1 tcaaatggacttagacatggatttggagtttatagatttgtaaatggggatgtctatatcggaaattggaaaaaagacaaaatggatggaggagggacca 100  Q
    |||||| |||||  |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||  | |  ||||||||||||  ||  | | |||||||| ||||||       
T  38453942 tcaaatagacttgtacatggatatggagtttatagatctgtaaatggggatgttaacactggaaattggaaagcagggagattggatggaagagggattt 38453843  T
Q  101 tgagttgggctaatggtgatgtttttgacggttgctggtcaaatggacttatacatggatctggagtttttagatttgcaaatgggggtgtc 192  Q
    ||| |||| |||| ||||||   ||||| |||||   |||  ||||||||| |||||||  |||||||| |||||||| |||||||| ||||    
T  38453842 tgaattggactaacggtgatcaatttgatggttgtctgtcgcatggacttagacatggacttggagtttatagatttgtaaatggggatgtc 38453751  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #25
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 100 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 34916656 - 34916571
Alignment:
Q  100 atgagttgggctaatggtgatgtttttgacggttgctggtcaaatggacttatacatggatctggagtttttagatttgcaaatgg 185  Q
    |||| ||||| |||||||| | |||| || ||||| |||||||||||||||  |||||||| |||||||| ||||| |||||||||    
T  34916656 atgaattggggtaatggtgctattttcgatggttgttggtcaaatggactttcacatggatatggagtttatagatctgcaaatgg 34916571  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #26
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 1 - 54
Target Start/End: Complemental strand, 38453666 - 38453613
Alignment:
Q  1 tcaaatggacttagacatggatttggagtttatagatttgtaaatggggatgtc 54  Q
    ||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||    
T  38453666 tcaaatggacttatacatggatctggagtttttagatttgcaaatggggatgtc 38453613  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #27
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000009
Query Start/End: Original strand, 1 - 97
Target Start/End: Complemental strand, 34544828 - 34544732
Alignment:
Q  1 tcaaatggacttagacatggatttggagtttatagatttgtaaatggggatgtctatatcggaaattggaaaaaagacaaaatggatggaggaggga 97  Q
    |||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||  ||||||| |||||||    |||||||  ||||| || |||||||| ||| ||||||    
T  34544828 tcaaatggacatagacatggatatggagtttatagattttcaaatgggaatgtctacgcaggaaattttaaaaatgataaaatggacggaagaggga 34544732  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #28
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 106 - 181
Target Start/End: Complemental strand, 34548600 - 34548525
Alignment:
Q  106 tgggctaatggtgatgtttttgacggttgctggtcaaatggacttatacatggatctggagtttttagatttgcaa 181  Q
    ||||||||||||||| |||| || ||| |||||||||||||| ||| |||||||| || ||||| || ||||||||    
T  34548600 tgggctaatggtgatattttcgatggtggctggtcaaatggagttagacatggatttgaagtttatatatttgcaa 34548525  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #29
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 4 - 56
Target Start/End: Complemental strand, 34549233 - 34549181
Alignment:
Q  4 aatggacttagacatggatttggagtttatagatttgtaaatggggatgtcta 56  Q
    |||||||||| |||||||| ||||||||||||||||  ||||||| |||||||    
T  34549233 aatggacttacacatggatatggagtttatagattttcaaatgggaatgtcta 34549181  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #30
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 116 - 192
Target Start/End: Original strand, 39848368 - 39848444
Alignment:
Q  116 gtgatgtttttgacggttgctggtcaaatggacttatacatggatctggagtttttagatttgcaaatgggggtgtc 192  Q
    ||||||||||||| |||||  | |||| ||  ||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||| |||||||    
T  39848368 gtgatgtttttgatggttgtcgatcaattgcgcttatacatggatttggagtttatagatatgcaaatgtgggtgtc 39848444  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #31
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 1 - 55
Target Start/End: Original strand, 38632579 - 38632633
Alignment:
Q  1 tcaaatggacttagacatggatttggagtttatagatttgtaaatggggatgtct 55  Q
    ||||||||||||  ||||||||||||||||| ||||  || ||||||||||||||    
T  38632579 tcaaatggacttctacatggatttggagtttttagagctgcaaatggggatgtct 38632633  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #32
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 3 - 39
Target Start/End: Original strand, 36951501 - 36951537
Alignment:
Q  3 aaatggacttagacatggatttggagtttatagattt 39  Q
    ||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||    
T  36951501 aaatggacttagacaaggatctggagtttatagattt 36951537  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 104; Significance: 9e-52; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 104; E-Value: 9e-52
Query Start/End: Original strand, 1 - 338
Target Start/End: Complemental strand, 7046003 - 7045679
Alignment:
Q  1 tcaaatggacttagacatggatttggagtttatagatttgtaaatggggatgtctatatcggaaattggaaaaaagacaaaatggatggaggagggacca 100  Q
    ||||||||||| ||| |||||||||||||||||| ||||  |||||| ||||||||    |||||||||||| |||| |||||||||||| |||||| ||    
T  7046003 tcaaatggactcagagatggatttggagtttataaatttagaaatggtgatgtctacggaggaaattggaaagaagagaaaatggatggaagagggatca 7045904  T
Q  101 tgagttgggctaatggtgatgtttttgacggttgctggtcaaatggacttatacatggatctggagtttttagatttgcaaatgggggtgtcgacattgg 200  Q
    ||||||||| ||||| |||||||||          ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||| | |||| |||||||    
T  7045903 tgagttgggttaatgttgatgtttt----------tggtcaaatggacttatacatggatatggagtttttacatttgcaaatggagatgtcaacattgg 7045814  T
Q  201 taacttcaggggtaaacttctccatgacaacggatcatacacatgctcaaatagaacaatctacaagggttgcatatgctcaaatgaaaaagtgatagag 300  Q
    |||||| | | || |||||||| |||||||||||   | |||||| |||||| ||||||| ||| | ||   ||| ||     |||||||||||||||||    
T  7045813 taactttaagagtcaacttctctatgacaacggaaagtgcacatggtcaaatggaacaatgtacgaagg--ccat-tgtgttgatgaaaaagtgatagag 7045717  T
Q  301 aaaggactgacgatatggagccttaaaaatcctgatgg 338  Q
    |||||||| | ||||||||||| | |||||||||||||    
T  7045716 aaaggactaatgatatggagccctcaaaatcctgatgg 7045679  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 61 - 126
Target Start/End: Complemental strand, 7046219 - 7046154
Alignment:
Q  61 ggaaattggaaaaaagacaaaatggatggaggagggaccatgagttgggctaatggtgatgttttt 126  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||  |||||   |||||||||||||||||||| |||||    
T  7046219 ggaaattggaaaaaagataaaatggatggaaaagggattgtgagttgggctaatggtgattttttt 7046154  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University