View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1594-INSERTION-2 (Length: 1059)

Name: NF1594-INSERTION-2
Description: NF1594
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1594-INSERTION-2
NF1594-INSERTION-2
[»] chr2 (35 HSPs)
chr2 (8-993)||(39215360-39216359)
chr2 (90-795)||(39161780-39162486)
chr2 (90-795)||(39206708-39207414)
chr2 (70-789)||(39388519-39389236)
chr2 (37-335)||(39370497-39370794)
chr2 (157-644)||(39197628-39198116)
chr2 (669-807)||(39370033-39370172)
chr2 (432-644)||(39192220-39192436)
chr2 (689-807)||(39192439-39192558)
chr2 (689-807)||(39198119-39198238)
chr2 (135-228)||(39223284-39223377)
chr2 (542-644)||(39222932-39223037)
chr2 (469-611)||(39370254-39370399)
chr2 (64-140)||(39380963-39381039)
chr2 (249-353)||(39381038-39381142)
chr2 (720-807)||(39137807-39137895)
chr2 (669-807)||(39414761-39414900)
chr2 (693-788)||(39468284-39468379)
chr2 (37-216)||(39468843-39469017)
chr2 (689-846)||(39222768-39222929)
chr2 (693-797)||(39397852-39397956)
chr2 (690-941)||(39473409-39473669)
chr2 (243-341)||(39191003-39191101)
chr2 (161-285)||(39191951-39192074)
chr2 (690-919)||(39459058-39459295)
chr2 (478-615)||(39381275-39381412)
chr2 (689-767)||(39381510-39381588)
chr2 (263-315)||(39468727-39468779)
chr2 (690-784)||(39421832-39421926)
chr2 (570-615)||(39421688-39421733)
chr2 (578-615)||(39468448-39468485)
chr2 (185-228)||(39414266-39414309)
chr2 (263-404)||(39478724-39478862)
chr2 (483-536)||(39223101-39223154)
chr2 (375-404)||(39468634-39468663)
[»] chr6 (3 HSPs)
chr6 (693-795)||(16113237-16113339)
chr6 (37-125)||(16113989-16114077)
chr6 (578-615)||(16113441-16113478)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (375-615)||(33561135-33561380)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (720-797)||(19807768-19807845)
chr7 (518-614)||(19807963-19808059)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (97-203)||(51171541-51171647)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 846; Significance: 0; HSPs: 35)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 846; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 993
Target Start/End: Complemental strand, 39216359 - 39215360
Alignment:
Q  8 gacaatagataggaatttacaaaaaacaaatactatgcatgaatgtaagacatctcctagattgaaatatatgggtgacagaagaaagcattatactaac 107  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39216359 gacaatagataggaatttagaaaaaacaaatactatgcatgaatgtaagacatctcctagattgaaatatatgggtgacagaagaaagcattatactaac 39216260  T
Q  108 agttacaatcaatgtcaacacaacaccttaactgaatcaccggagacaatgttagatttcatcgattaataaacaagactagaaatagttgcactaattg 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39216259 agttacaatcaatgtcaacacaacaccttaactgaatcaccggagacaatgttagatttcatcgattgataaacaagactagaaatagttgcactaattg 39216160  T
Q  208 gactattaagtgcccctcaattttgtcgagggatgttgaacctacactattttaaatatacttgaaaaattaaaactaaatcaatatactaatctttcat 307  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39216159 gactattaagtgcccctcaattttgtcgagggatgttgaacctacactatttgaaatatacttgaaaaattaaaactaaatcaatatactaatctttcat 39216060  T
Q  308 tagcagtatcataagattataattaaactttagccatgaataaaaacgtgagnnnnnnnnn--gcagtaaagagattcataaaatgttcaagggtgaaat 405  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||           |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39216059 tagcagtatcataagattataattaaactttagccatgaataaaaacgtgagtttttttttttgcagtaaagagattcataaaatgttcaagggtgaaat 39215960  T
Q  406 ataccatacaaatttgtttgacaatgtgtgggtgtgatatgaaaactagacaaaatttcaatatgacaaagacataaaacattaacatgattaaaaatat 505  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39215959 ataccatacaaatttgtttgacaatgtgtgggtgtgatatgaaaactagaaaaaatttcaatatgacaaagacataaaacattaacatgattaaaaatat 39215860  T
Q  506 ttttaaacaactatgtagatcgggttataaaaattgtcatcatcattaagaggaaccgttgtattgaaactctttcaataaactagatgaataagaacat 605  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39215859 ttttaaacaactatgtagatcgggttataaaaattgtcatcatcattaagaggaaccgttgtattgaaactctttcaataaactagatgaataagaacat 39215760  T
Q  606 ttacccgattgtgtttcttcaatatattttttccttgacccaagcttcgtcggtcgtaaatcgaattttttcaactttaacttaggatccttgacttgtc 705  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39215759 ttacccgattgtgtttcttcaatatattttttccttgacccaagcttcgtcggtcgtaaatcgaattttttcaactttaacttaggatccttgacttgtc 39215660  T
Q  706 ctccaaactgcttctcttttaacttgaactcctttacctgtactttgaacttattctcttttaactcaagttctttccaccgtccttc-aattgcttctc 804  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  39215659 ctccaaactgcttctcttttaacttgaactcctttacctgtactttgaacttattctcttttaactcaagttctttccaccgtccttcaaattgcttctc 39215560  T
Q  805 -tttgattc-aagctctcaacttggctttc-aattgcttc-tttttaaactgagctccttaacccggcc-ttgaattcctcctca-ttgattcaagctcc 898  Q
     |||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  39215559 ttttgattcaaagctctcaacttgtctttcaaattgcttcttttttaaactgagctccttaacccggcctttgaattcctcctcatttgattcaagctcc 39215460  T
Q  899 t-cacttgacctttaaattcctcctg-tttgactggaactccttc-tttgttcttcgaattgcttttc-ttggtttcgagattcttcaa-tgtctctcga 993  Q
    | |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  39215459 tccacttgacctttaaattcctcctgttttgactggaactccttcttttgttcttcgaattgcttttctttggtttcgagattcttcaattgtctctcga 39215360  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 173; E-Value: 2e-92
Query Start/End: Original strand, 90 - 795
Target Start/End: Complemental strand, 39162486 - 39161780
Alignment:
Q  90 agaaagcattatactaacagttacaatcaatgtcaacacaacaccttaactgaatcaccggagacaatgttagatttcatcgattaataaacaagactag 189  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| | |||| |||||||||||  | ||| | ||||||||||||| ||||||||||||||||||     
T  39162486 agaaagcataatactaacagttacaatcaatgtcaacatagcaccgtaactgaatcaaggtagaaagtgttagatttcattgattaataaacaagactat 39162387  T
Q  190 aaatagttgcactaattggactattaagtgcccctcaat-tttgtcgagggatgttgaacctacactattttaaatatacttgaaaaattaaaactaaat 288  Q
     ||||||||||||||| |||||||||||| |||| |||| ||||||   | || |||||| |||| | ||| ||||||| ||||||||||||||||| ||    
T  39162386 taatagttgcactaataggactattaagtaccccgcaatgtttgtc--agaatattgaacatacagtttttgaaatataattgaaaaattaaaactacat 39162289  T
Q  289 caatatactaatctttcattagc---agtatcataagattataattaaactttagccatgaataaaa---acgtgagnnnnnnnnngcagtaaagagatt 382  Q
     |||||||||||| |||||||||   |||| ||||| |||||||| ||||| |||||||| ||||||   || ||||          || | |||||||     
T  39162288 taatatactaatccttcattagcagtagtaccataatattataataaaactatagccatggataaaaaacacatgaggttttt----cacttaagagata 39162193  T
Q  383 cataaaatgttcaagggtgaaatataccatacaaatttgtttgacaatgtgtgggtgtgatatgaaaactagacaaaatttcaatatgacaaagacataa 482  Q
    ||||||| |||||||||| ||| |||  || || |||||||||  || || |||||||||||||||| || || ||  |||  | ||||| ||||||||     
T  39162192 cataaaaagttcaagggt-aaaaatataattcagatttgtttg--aaagtctgggtgtgatatgaaatctggaaaagcttttcaaatgactaagacatac 39162096  T
Q  483 aacattaacatgattaaaaatatttttaaacaactatgtagatcgggttataaaaattgtcatcatcattaagaggaaccgttgtattgaaactctttca 582  Q
    ||||||||||||| ||||||  | |||||| || || ||||||| || |  ||||| | ||||||||||||| |||||| ||| || | ||| |||||||    
T  39162095 aacattaacatgagtaaaaacgtgtttaaaaaattaagtagatcaggattcaaaaaatatcatcatcattaaaaggaacagttataataaaattctttca 39161996  T
Q  583 ataaactagatgaataagaacatttacccgattgtgtt---tcttcaatatattttttccttgacccaagcttcgtcggtcgtaaatcgaattttttcaa 679  Q
    |||| ||||||||| ||||||||||||| |||| | ||   || ||||||||||||||||||||| || ||| | |  || ||  ||| ||||| ||||     
T  39161995 ataatctagatgaagaagaacatttaccggattctttttcctcatcaatatattttttccttgactcaggctcctttagttgtccatcaaatttattcat 39161896  T
Q  680 ctttaacttaggatccttgacttgtcctccaaactgcttctcttttaacttgaactcctttacctgtactttgaacttattctcttttaactcaagttct 779  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||| |||| ||||| |||||||| |||| ||||||  | | |||||||| ||||| ||||||   ||| |||||     
T  39161895 ctttgacttaggatccttgacttgtccttcaaattgcttttcttttaagttgagctccttctcatttactttgagcttatactctttcgtctccagttca 39161796  T
Q  780 ttccaccgtccttcaa 795  Q
    ||||||||||||||||    
T  39161795 ttccaccgtccttcaa 39161780  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 173; E-Value: 2e-92
Query Start/End: Original strand, 90 - 795
Target Start/End: Original strand, 39206708 - 39207414
Alignment:
Q  90 agaaagcattatactaacagttacaatcaatgtcaacacaacaccttaactgaatcaccggagacaatgttagatttcatcgattaataaacaagactag 189  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| | |||| |||||||||||  | ||| | ||||||||||||| ||||||||||||||||||     
T  39206708 agaaagcataatactaacagttacaatcaatgtcaacatagcaccgtaactgaatcaaggtagaaagtgttagatttcattgattaataaacaagactat 39206807  T
Q  190 aaatagttgcactaattggactattaagtgcccctcaat-tttgtcgagggatgttgaacctacactattttaaatatacttgaaaaattaaaactaaat 288  Q
     ||||||||||||||| |||||||||||| |||| |||| ||||||   | || |||||| |||| | ||| ||||||| ||||||||||||||||| ||    
T  39206808 taatagttgcactaataggactattaagtaccccgcaatgtttgtc--agaatattgaacatacagtttttgaaatataattgaaaaattaaaactacat 39206905  T
Q  289 caatatactaatctttcattagc---agtatcataagattataattaaactttagccatgaataaaa---acgtgagnnnnnnnnngcagtaaagagatt 382  Q
     |||||||||||| |||||||||   |||| ||||| |||||||| ||||| |||||||| ||||||   || ||||          || | |||||||     
T  39206906 taatatactaatccttcattagcagtagtaccataatattataataaaactatagccatggataaaaaacacatgaggttttt----cacttaagagata 39207001  T
Q  383 cataaaatgttcaagggtgaaatataccatacaaatttgtttgacaatgtgtgggtgtgatatgaaaactagacaaaatttcaatatgacaaagacataa 482  Q
    ||||||| |||||||||| ||| |||  || || |||||||||  || || |||||||||||||||| || || ||  |||  | ||||| ||||||||     
T  39207002 cataaaaagttcaagggt-aaaaatataattcagatttgtttg--aaagtctgggtgtgatatgaaatctggaaaagcttttcaaatgactaagacatac 39207098  T
Q  483 aacattaacatgattaaaaatatttttaaacaactatgtagatcgggttataaaaattgtcatcatcattaagaggaaccgttgtattgaaactctttca 582  Q
    ||||||||||||| ||||||  | |||||| || || ||||||| || |  ||||| | ||||||||||||| |||||| ||| || | ||| |||||||    
T  39207099 aacattaacatgagtaaaaacgtgtttaaaaaattaagtagatcaggattcaaaaaatatcatcatcattaaaaggaacagttataataaaattctttca 39207198  T
Q  583 ataaactagatgaataagaacatttacccgattgtgtt---tcttcaatatattttttccttgacccaagcttcgtcggtcgtaaatcgaattttttcaa 679  Q
    |||| ||||||||| ||||||||||||| |||| | ||   || ||||||||||||||||||||| || ||| | |  || ||  ||| ||||| ||||     
T  39207199 ataatctagatgaagaagaacatttaccggattctttttcctcatcaatatattttttccttgactcaggctcctttagttgtccatcaaatttattcat 39207298  T
Q  680 ctttaacttaggatccttgacttgtcctccaaactgcttctcttttaacttgaactcctttacctgtactttgaacttattctcttttaactcaagttct 779  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||| |||| ||||| |||||||| |||| ||||||  | | |||||||| ||||| ||||||   ||| |||||     
T  39207299 ctttgacttaggatccttgacttgtccttcaaattgcttttcttttaagttgagctccttctcatttactttgagcttatactctttcgtctccagttca 39207398  T
Q  780 ttccaccgtccttcaa 795  Q
    ||||||||||||||||    
T  39207399 ttccaccgtccttcaa 39207414  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 135; E-Value: 8e-70
Query Start/End: Original strand, 70 - 789
Target Start/End: Original strand, 39388519 - 39389236
Alignment:
Q  70 tgaaatatatgggtgacagaagaaagcattatactaacagttacaatcaatgtcaacacaacaccttaactgaatcaccg-gagacaatgttagatttca 168  Q
    |||||||||||| ||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |  |||||||||| |  || | |  |   ||||||| ||||    
T  39388519 tgaaatatatggatgagaga-gaaagcattatactaacagttacaatcaatttcaacatag-accttaactggag-acagtgttagtctgttagagttca 39388615  T
Q  169 tcgattaataaacaagactagaaatagttgcactaattggactattaagtgcccctcaattttgtcgagggatgttgaacctacactattttaaatatac 268  Q
    | ||||||||| |||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||| |||||   | || ||||||||||||| |||  |||||||    
T  39388616 ttgattaataagcaagactagaaatagtagcactgataggactattaagtgcccctcaatgttgtca--gaatattgaacctacactttttgcaatatac 39388713  T
Q  269 ttgaaaaattaaaactaaatcaatatactaatctttcattagcagtatcataagattataattaaactttagccatgaat-aaaaacgtgagnnnnnnnn 367  Q
    |||||||||||||| || || |||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||| | |||| ||||||||| || |||||   |||            
T  39388714 ttgaaaaattaaaattacattaatatactaatctttcattatcagtaccataatattatagtaaaaccttagccatggataaaaaatacgagtttttt-- 39388811  T
Q  368 ngcagtaaagagattcataaaatgttcaagggtga-aatataccatacaaatttgtttgacaatgtgtgggtgtgatatgaaaactagacaa-aatttca 465  Q
      ||   ||||||| ||||||||||||||||||||  |||||   | |||||| ||| || | | | |||||||||||||||| || || ||  ||||||    
T  39388812 --cacctaagagatacataaaatgttcaagggtgaggatata--ttgcaaattagttcgaaagtctttgggtgtgatatgaaatctggaaaagcatttca 39388907  T
Q  466 atatgacaaagacataaaacattaacatgattaaaaatatttttaaacaactatgtagatcgggttat--aaaaattgtcatcatcattaagaggaaccg 563  Q
    |  |||| | |||||| ||||||||||||||||||||  ||| ||   || || |||||||  | |||  ||||| | |||||||||||||||||||| |    
T  39388908 aattgactatgacatacaacattaacatgattaaaaacgtttctatggaattaagtagatcaagctataaaaaaaatatcatcatcattaagaggaacag 39389007  T
Q  564 ttgtattgaaactctttcaataaactagatgaataagaacatttacccgattgtgttt---cttcaatatattttttccttgacccaagcttcgtcggtc 660  Q
    |||||   ||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| | |||   | |||| |||||||||||||||| |  ||| | |   |     
T  39389008 ttgtaaaaaaattctttcaataaactggatgaataagaacatttaccggattctttttccccatcaaaatattttttccttgactcgggctcctttattt 39389107  T
Q  661 gtaaatcgaattttttcaactttaacttaggatccttgacttgtcctccaaactgcttctcttttaacttgaactcctttacctgtactttgaacttatt 760  Q
    ||  ||| ||||| |||| |||| ||| |||||| |||||||| ||| |||||||||| |||||||| |||| |||||| |||| ||||||||||||||     
T  39389108 gtccatcaaatttattcagctttgactcaggatcgttgacttgcccttcaaactgcttttcttttaagttgagctccttcacctttactttgaacttata 39389207  T
Q  761 ctcttttaactcaagttctttccaccgtc 789  Q
    |||||| ||||| ||||| ||||| ||||    
T  39389208 ctctttcaactccagttcgttccatcgtc 39389236  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 98; E-Value: 1e-47
Query Start/End: Original strand, 37 - 335
Target Start/End: Complemental strand, 39370794 - 39370497
Alignment:
Q  37 atactatgcatgaatgtaagacatctcctagattgaaatatatgggtgacagaagaaagcattatactaacagttacaatcaatgtcaacacaacacctt 136  Q
    |||||||||| ||||| ||||||||||| ||| ||||||||||||| |  ||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||  | |||||     
T  39370794 atactatgcaagaatgcaagacatctccaagactgaaatatatgggcgctaga-gaaagcattataataacagttacaatcaatgtcaacgtagcacctg 39370696  T
Q  137 aactgaatcaccggagacaatgttagatttcatcgattaat-aaacaagactagaaatagttgcactaattggactattaagtgcccctcaat-tttgtc 234  Q
    ||||||||||| ||||| | || ||||||||||  ||||||  ||||||||||||| ||||||||||||| ||| |||||||||||||||||| ||||||    
T  39370695 aactgaatcacaggagagagtgatagatttcattcattaatccaacaagactagaagtagttgcactaataggattattaagtgcccctcaatgtttgtc 39370596  T
Q  235 gagggatgttgaacctacactattttaaatatacttgaaaaattaaaactaaatcaatatactaatctttcattagcagtatcataagattataattaaa 334  Q
     |   || ||||||||||||| |||  || ||||| |||| || ||||||| || ||||||  |||  ||||||||||||| || ||  |||||||||||    
T  39370595 aa--aatattgaacctacactttttgcaaaatactagaaagatcaaaactacattaatatataaattattcattagcagtaccacaatcttataattaaa 39370498  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 81; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 157 - 644
Target Start/End: Original strand, 39197628 - 39198116
Alignment:
Q  157 tgttagatttcatcgattaataaacaagactagaaatagttgcactaattgg-actattaagtgcccctcaattt-tgtcgagggatgttgaacctacac 254  Q
    |||||||| | || ||||| | || |||||||||||||||||||||||| || ||||||| |||||||| ||| | ||||   | || ||||||||||||    
T  39197628 tgttagatctaattgattattgaataagactagaaatagttgcactaatagggactatta-gtgccccttaatgtctgtca--gaatattgaacctacac 39197724  T
Q  255 tattttaaatatacttgaaaaattaaaactaaatcaatatactaatctttcattagcagtatcataagattataattaaactttagccatgaataaaaa- 353  Q
    | |||  |||||||||||||||||||||||| || |||||||||| |||||| ||||| || ||||| |||||||| |||  ||||| ||| |||||||     
T  39197725 tttttgcaatatacttgaaaaattaaaactacattaatatactaacctttcaatagcaataacataatattataataaaaacttagcaatgtataaaaaa 39197824  T
Q  354 --cgtgagnnnnnnnnngcagtaaagagattcataaaatgttcaagggtga-aatataccatacaaatttgtttgacaatgtgtgggtgtgatatgaaaa 450  Q
      |  |||          || | ||||||| |||| ||||||||||||||| || |||  ||  ||||| |||||||| | ||||| ||||| |||||||    
T  39197825 caccagagtttttt----cacttaagagatacatataatgttcaagggtgacaagata--atcgaaattagtttgacagtctgtggatgtgaaatgaaaa 39197918  T
Q  451 ctagacaaaattt-caatatgacaaagacataaaacattaacatgattaaaaatatttttaaacaactatgtagatcgggttataaaaattgtcatcatc 549  Q
    |  || ||  ||| |||  |||| || ||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| || || |||||||  |||||||||| | ||||||||    
T  39197919 cgggaaaatcttttcaaattgactaatacatagaacattaacatgattaaaaatgtttttaaagaattaagtagatcatgttataaaaaatatcatcatc 39198018  T
Q  550 attaagaggaaccgttgtattgaaactctttcaataaactagatgaataagaacatttacccgattgtgtt---tcttcaatatattttttccttgac 644  Q
    |||||||||||  |||| | ||||| ||| ||||||||  ||||||||||| ||||||||| |||| | ||   || |||||||| ||||||||||||    
T  39198019 attaagaggaatagttgcaatgaaattctgtcaataaataagatgaataagcacatttacctgattctttttcctcatcaatatactttttccttgac 39198116  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 76; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 669 - 807
Target Start/End: Complemental strand, 39370172 - 39370033
Alignment:
Q  669 aattttttcaactttaacttaggatccttgacttgtcctccaaactgcttctcttttaacttgaactcctttacctgtactttgaacttattctctttta 768  Q
    ||||| |||| |||| ||| | || |||||||||||| ||||||||||||||||||||| | ||||||||| ||||| ||| ||||||| ||||||||||    
T  39370172 aatttattcatctttgactcaagacccttgacttgtcttccaaactgcttctcttttaattcgaactccttcacctgcactatgaacttgttctctttta 39370073  T
Q  769 actcaagttctttccaccgtccttc-aattgcttctcttt 807  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||    
T  39370072 actcaagttctttccaccgtccttcaaattgcttttcttt 39370033  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 67; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 432 - 644
Target Start/End: Original strand, 39192220 - 39192436
Alignment:
Q  432 tgtgggtgtgatatgaaaactagacaaaattt-caatatgacaaagacataaaacattaacatgattaaaaatatttttaaacaactatgtagatcgggt 530  Q
    ||||| ||||||||||||||| || ||  ||| |||  |||| || ||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| || || |||||||  ||    
T  39192220 tgtggatgtgatatgaaaactggaaaatcttttcaaattgactaatacatagaacattaacatgattaaaaatgtttttaaagaattaagtagatcatgt 39192319  T
Q  531 tataaaaattgtcatcatcattaagaggaaccgttgtattgaaactctttcaataaactagatgaataagaacatttacccgattgtgtt---tcttcaa 627  Q
    |||||||| | |||||||||||||||||||  |||| | ||||| ||| ||||||||  ||||||||||| ||||||||| |||| | ||   || ||||    
T  39192320 tataaaaaatatcatcatcattaagaggaatagttgcaatgaaattctgtcaataaataagatgaataagcacatttacctgattctttttcctcatcaa 39192419  T
Q  628 tatattttttccttgac 644  Q
    |||| ||||||||||||    
T  39192420 tatactttttccttgac 39192436  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 64; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 689 - 807
Target Start/End: Original strand, 39192439 - 39192558
Alignment:
Q  689 aggatccttgacttgtcctccaaactgcttctcttttaacttgaactcctttacctgtactttgaacttattctcttttaactcaagttctttccaccgt 788  Q
    ||||||||||||| ||||| |||||||||| |||||||| |||| |||||| |||| | |||||||||||||||||||| ||||||||||  |||| |||    
T  39192439 aggatccttgactagtccttcaaactgcttttcttttaagttgagctccttcacctttgctttgaacttattctcttttgactcaagttcactccatcgt 39192538  T
Q  789 ccttc-aattgcttctcttt 807  Q
    ||||| ||||||||||||||    
T  39192539 ccttctaattgcttctcttt 39192558  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 64; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 689 - 807
Target Start/End: Original strand, 39198119 - 39198238
Alignment:
Q  689 aggatccttgacttgtcctccaaactgcttctcttttaacttgaactcctttacctgtactttgaacttattctcttttaactcaagttctttccaccgt 788  Q
    ||||||||||||| ||||| |||||||||| |||||||| |||| |||||| |||| | |||||||||||||||||||| ||||||||||  |||| |||    
T  39198119 aggatccttgactagtccttcaaactgcttttcttttaagttgagctccttcacctttgctttgaacttattctcttttgactcaagttcactccatcgt 39198218  T
Q  789 ccttc-aattgcttctcttt 807  Q
    ||||| ||||||||||||||    
T  39198219 ccttctaattgcttctcttt 39198238  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 62; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 135 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 39223377 - 39223284
Alignment:
Q  135 ttaactgaatcaccggagacaatgttagatttcatcgattaataaacaagactagaaatagttgcactaattggactattaagtgcccctcaat 228  Q
    |||||||||||| ||||||   |||||||||| || |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  39223377 ttaactgaatcaacggagaaggtgttagattttattgattaataaacaagactaaaaatagttgcactaattggactattaagtgcctctcaat 39223284  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 60; E-Value: 5e-25
Query Start/End: Original strand, 542 - 644
Target Start/End: Complemental strand, 39223037 - 39222932
Alignment:
Q  542 tcatcatcattaagaggaaccgttgtattgaaactctttcaataaactagatgaataagaacatttacccgattgtgtttct---tcaatatattttttc 638  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||  |||| | ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| | |||||   |||||||||||||||    
T  39223037 tcatcatcattaagaggaacagttgtaaagaaattttttcaataaacaagatgaataagaacatttacccgattctttttctccatcaatatattttttc 39222938  T
Q  639 cttgac 644  Q
    ||||||    
T  39222937 cttgac 39222932  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 60; E-Value: 5e-25
Query Start/End: Original strand, 469 - 611
Target Start/End: Complemental strand, 39370399 - 39370254
Alignment:
Q  469 tgacaaagacataaaacattaacatgattaaaaatatttttaaacaactatgtagatcgggttataaaaattgtcatcatcat---taagaggaaccgtt 565  Q
    |||| |||||||| ||||||||||||||||| ||| |||||| | |||||| |||||||||||||||||| | ||||||||||   |||| |||||  ||    
T  39370399 tgaccaagacatacaacattaacatgattaagaatgtttttatagaactatatagatcgggttataaaaaatatcatcatcatcattaagtggaacaatt 39370300  T
Q  566 gtattgaaactctttcaataaactagatgaataagaacatttaccc 611  Q
     || ||||| |   ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39370299 ataatgaaattaaatcaataaactagatgaataagaacatttaccc 39370254  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 57; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 64 - 140
Target Start/End: Original strand, 39380963 - 39381039
Alignment:
Q  64 ctagattgaaatatatgggtgacagaagaaagcattatactaacagttacaatcaatgtcaacacaacaccttaact 140  Q
    |||||||||||||||||||||||  |||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||    
T  39380963 ctagattgaaatatatgggtgacgaaagaaagcattatagtaacagttacaatcaatgccaacagaacaccttaact 39381039  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #15
Raw Score: 57; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 249 - 353
Target Start/End: Original strand, 39381038 - 39381142
Alignment:
Q  249 ctacactattttaaatatacttgaaaaattaaaactaaatcaatatactaatctttcattagcagtatcataagattataattaaactttagccatgaat 348  Q
    |||||| ||||  |||||||||||||||||||||||| || | ||||||| ||||||| |||||||| ||||| ||||||||||| | ||||||||||||    
T  39381038 ctacaccatttgcaatatacttgaaaaattaaaactacattactatactactctttcactagcagtaccataatattataattaagccttagccatgaat 39381137  T
Q  349 aaaaa 353  Q
    |||||    
T  39381138 aaaaa 39381142  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #16
Raw Score: 53; E-Value: 7e-21
Query Start/End: Original strand, 720 - 807
Target Start/End: Complemental strand, 39137895 - 39137807
Alignment:
Q  720 tcttttaacttgaactcctttacctgtactttgaacttattctcttttaactcaagttctttccaccgtccttcaa-ttgcttctcttt 807  Q
    ||||||||||||| ||| || ||| ||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||| |||||| ||||||||||||    
T  39137895 tcttttaacttgagctctttgaccagtactttgaacttattctcttttgactcgagttctttccaccgttcttcaatttgcttctcttt 39137807  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #17
Raw Score: 52; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 669 - 807
Target Start/End: Original strand, 39414761 - 39414900
Alignment:
Q  669 aattttttcaactttaacttaggatccttgacttgtcctccaaactgcttctcttttaacttgaactcctttacctgtactttgaacttattctctttta 768  Q
    ||||||| || |||| ||| ||||||||| ||||||||| ||||||| ||||| |||||||||| ||| || ||| ||| ||||||||||||||| |||     
T  39414761 aatttttccagctttgactcaggatccttaacttgtccttcaaactgtttctcatttaacttgagctctttgaccagtagtttgaacttattctcatttg 39414860  T
Q  769 actcaagttctttccaccgtccttc-aattgcttctcttt 807  Q
     ||  ||||||||||| ||| |||| ||||||||||||||    
T  39414861 tcttgagttctttccatcgttcttcaaattgcttctcttt 39414900  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #18
Raw Score: 52; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 693 - 788
Target Start/End: Complemental strand, 39468379 - 39468284
Alignment:
Q  693 tccttgacttgtcctccaaactgcttctcttttaacttgaactcctttacctgtactttgaacttattctcttttaactcaagttctttccaccgt 788  Q
    ||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||  |||||||||| |||  | |||||| ||||||    
T  39468379 tccttgacttgtccttcaatctgcttctcttttaacttgaactccttcacctttactttgaaccgattctcttttgacttcaattctttacaccgt 39468284  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #19
Raw Score: 52; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 37 - 216
Target Start/End: Complemental strand, 39469017 - 39468843
Alignment:
Q  37 atactatgcatgaatgtaagacatctcctagattgaaatatatgggtgacagaagaaagcattatactaacagttacaatcaatgtcaacacaacacctt 136  Q
    |||||||| | |||||||  || | ||||||||||||||  ||||||||||||  |||| ||| |||||| |||||||||||||||||| | | ||||||    
T  39469017 atactatgaaagaatgtacaacttttcctagattgaaatgcatgggtgacagagaaaagaattgtactaatagttacaatcaatgtcaatatagcacctt 39468918  T
Q  137 aactgaatcaccggagacaatgttagatttcatcgattaataaacaagactagaaatagttgcactaattggactattaa 216  Q
    |||||||| |  ||||| | |||| ||||     | || ||||||||||||||||| |||||||||||| ||| ||||||    
T  39468917 aactgaatgaatggagatagtgttggatt-----ggttcataaacaagactagaaacagttgcactaataggattattaa 39468843  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #20
Raw Score: 50; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 689 - 846
Target Start/End: Complemental strand, 39222929 - 39222768
Alignment:
Q  689 aggatccttgacttgtcctccaaactgcttctcttttaacttgaactcctttacctgtactttgaacttattctcttttaactcaagttctttccaccgt 788  Q
    ||||||||||||||||||| |||||  ||| ||||| || |||| |||||| |||| | |||||||||||||||||| | |||||||||  ||||| |||    
T  39222929 aggatccttgacttgtccttcaaaccacttttctttgaagttgagctccttcacctttgctttgaacttattctcttctgactcaagtttattccatcgt 39222830  T
Q  789 ccttc-aattgcttctc-tttgattcaagct-ctcaacttggctttc-aattgcttcttttt 846  Q
     |||| ||||||||||| ||||||| || || ||| ||||||||||| || |||||||||||    
T  39222829 tcttcaaattgcttctcttttgatttaaactcctcgacttggctttcgaaatgcttcttttt 39222768  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #21
Raw Score: 49; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 693 - 797
Target Start/End: Original strand, 39397852 - 39397956
Alignment:
Q  693 tccttgacttgtcctccaaactgcttctcttttaacttgaactcctttacctgtactttgaacttattctcttttaactcaagttctttccaccgtcctt 792  Q
    ||||||||| | ||| ||| |||||||||||||||||  | |||||  |||| ||||||||||| |||||||||| ||||||||| |||||||||| |||    
T  39397852 tccttgactcgacctgcaacctgcttctcttttaactcaagctcctgcacctttactttgaactgattctcttttgactcaagttttttccaccgttctt 39397951  T
Q  793 caatt 797  Q
    |||||    
T  39397952 caatt 39397956  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #22
Raw Score: 49; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 690 - 941
Target Start/End: Original strand, 39473409 - 39473669
Alignment:
Q  690 ggatccttgacttgtcctccaaactgcttctcttttaacttgaactcctttacctgtactttgaacttattctcttttaactcaagttctttccaccgtc 789  Q
    ||||||| ||||| |||| ||| ||||||||||||||||||||    ||| ||  ||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| |||     
T  39473409 ggatcctcgacttctccttcaacctgcttctcttttaacttgagtgacttcactagtactttgaacttattctcttttgactcgagttctttccatcgtt 39473508  T
Q  790 cttc-aattgcttctct-ttga-ttcaagctctcaa-cttggctttcaattgcttc-tttttaaactgagctccttaacccggcc-ttgaattcctcc-t 882  Q
    |||| ||||||||| || |||| || ||   ||||| ||||| ||| ||||||||| ||||| |  | |||||||||||||| || |||||||||||| |    
T  39473509 cttcaaattgcttcgctattgatttgaattcctcaaccttggttttaaattgcttctttttttatttaagctccttaacccgacctttgaattcctcctt 39473608  T
Q  883 cattgattcaagctcc-tcacttgacctttaaattcctcct-gtttgactggaactccttc 941  Q
    | | | || || |||| |||||||||  |||||||||||||  ||||||||||||||||||    
T  39473609 cttcgttttaaactccttcacttgactgttaaattcctcctcttttgactggaactccttc 39473669  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #23
Raw Score: 47; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 243 - 341
Target Start/End: Original strand, 39191003 - 39191101
Alignment:
Q  243 ttgaacctacactattttaaatatacttgaaaaattaaaactaaatcaatatactaatctttcattagcagtatcataagattataattaaactttagc 341  Q
    ||||||||||||| |||  ||||||||||||||||||||| || || |||||||||| |||||| ||||| || ||||| |||||||| |||| |||||    
T  39191003 ttgaacctacactttttgcaatatacttgaaaaattaaaaatacattaatatactaacctttcaatagcaataacataatattataataaaaccttagc 39191101  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #24
Raw Score: 47; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 161 - 285
Target Start/End: Original strand, 39191951 - 39192074
Alignment:
Q  161 agatttcatcgattaataaacaagactagaaatagttgcactaattggactattaagtgcccctcaat-tttgtcgagggatgttgaacctacactattt 259  Q
    |||||| || |||||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||| | | ||   | || |||||||||| || |||    
T  39191951 agatttaattgattaataaataagacgagaaatagttgcactaataggactattaagtgccccttaatgtctatc--agaatattgaacctacccttttt 39192048  T
Q  260 taaatatacttgaaaaattaaaacta 285  Q
      ||||||||||||||||||||||||    
T  39192049 gcaatatacttgaaaaattaaaacta 39192074  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #25
Raw Score: 47; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 690 - 919
Target Start/End: Complemental strand, 39459295 - 39459058
Alignment:
Q  690 ggatccttgacttgtcctccaaactgcttctcttttaacttgaactcctttacctgtactttgaacttattctcttttaactcaagttctttccaccgtc 789  Q
    |||||||||||||||||| |||| ||||| ||||||||||||| ||| || ||  |||||||||||||||||||||     || | |||||||| | ||     
T  39459295 ggatccttgacttgtccttcaaattgcttgtcttttaacttgagctctttcactagtactttgaacttattctcttcagcatcgaattctttccgctgtt 39459196  T
Q  790 cttc-aattgcttctctttga--ttcaagctctcaacttggctttc-aattgcttc-tttttaaactgagctccttaacccggcc-ttgaattcctcctc 883  Q
    |||| |||||||||||||| |  || |||  |||||  |||||||| ||||||||| ||||| || |||||| ||||||| | || |||||||||||||     
T  39459195 cttcaaattgcttctcttttaatttgaagtcctcaaactggctttcaaattgcttcttttttgaattgagctgcttaacctgacctttgaattcctcctt 39459096  T
Q  884 a-ttgattcaagctcc-tcacttgacctttaaattcct 919  Q
    | ||||||||| |||| || ||||||||||||| ||||    
T  39459095 atttgattcaaactccttcccttgacctttaaactcct 39459058  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #26
Raw Score: 46; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 478 - 615
Target Start/End: Original strand, 39381275 - 39381412
Alignment:
Q  478 cataaaacattaacatgattaaaaatatttttaaacaactatgtagatcgggttataaaaattgtcatcatcattaagaggaaccgttgtattgaaactc 577  Q
    |||| |||||||||| ||||||||||||||||||  || ||||||||||  ||||  |||| | ||| ||||||||| || |||   || | ||||| ||    
T  39381275 catacaacattaacacgattaaaaatatttttaatgaattatgtagatcaagttaataaaagtatcaacatcattaaaagaaacaactgaaatgaaattc 39381374  T
Q  578 tttcaataaactagatgaataagaacatttacccgatt 615  Q
    ||||| ||||||| ||||||||||||||||||| ||||    
T  39381375 tttcagtaaactatatgaataagaacatttaccagatt 39381412  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #27
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000007
Query Start/End: Original strand, 689 - 767
Target Start/End: Original strand, 39381510 - 39381588
Alignment:
Q  689 aggatccttgacttgtcctccaaactgcttctcttttaacttgaactcctttacctgtactttgaacttattctctttt 767  Q
    |||||||||| |||||| | |||||||||||||||||||||||| ||| || | || ||||||||||| ||||||||||    
T  39381510 aggatccttgtcttgtctttcaaactgcttctcttttaacttgagctcattcatctttactttgaactcattctctttt 39381588  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #28
Raw Score: 41; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 263 - 315
Target Start/End: Complemental strand, 39468779 - 39468727
Alignment:
Q  263 atatacttgaaaaattaaaactaaatcaatatactaatctttcattagcagta 315  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||| ||||    
T  39468779 atatacttgaaaaattaaaactaaattaatatactaatctatcattagaagta 39468727  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #29
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 690 - 784
Target Start/End: Original strand, 39421832 - 39421926
Alignment:
Q  690 ggatccttgacttgtcctccaaactgcttctcttttaacttgaactcctttacctgtactttgaacttattctcttttaactcaagttctttcca 784  Q
    |||||||||||| || |||||||  |||| |||||||| |||| ||| || ||  ||||||||||||||||||||||| |||  |||||||||||    
T  39421832 ggatccttgactagtgctccaaatcgcttgtcttttaatttgagctctttcactagtactttgaacttattctcttttgacttgagttctttcca 39421926  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #30
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 570 - 615
Target Start/End: Original strand, 39421688 - 39421733
Alignment:
Q  570 tgaaactctttcaataaactagatgaataagaacatttacccgatt 615  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||    
T  39421688 tgaaactctttcaataaattagatgaataagaacatttaccagatt 39421733  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #31
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 578 - 615
Target Start/End: Complemental strand, 39468485 - 39468448
Alignment:
Q  578 tttcaataaactagatgaataagaacatttacccgatt 615  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  39468485 tttcaataaactagatgaataagaacatttaccagatt 39468448  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #32
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 185 - 228
Target Start/End: Original strand, 39414266 - 39414309
Alignment:
Q  185 actagaaatagttgcactaattggactattaagtgcccctcaat 228  Q
    |||| ||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||    
T  39414266 actataaatagttgcactgataggactattaagtgcccctcaat 39414309  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #33
Raw Score: 31; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 263 - 404
Target Start/End: Original strand, 39478724 - 39478862
Alignment:
Q  263 atatacttgaaaaattaaaactaaatcaatatactaatctttcattagcagtatcataagattataattaaactttagccatgaataaaaacgtga-gnn 361  Q
    ||||||||| |||||| |||||| || || |||||||||| |||||||||    ||   |||||||||||||| |||||| || |||||||||| | |      
T  39478724 atatacttggaaaatttaaactacattaaaatactaatctatcattagca----cagtggattataattaaaccttagccgtggataaaaacgtaaagag 39478819  T
Q  362 nnnnnnngcagtaaagagattcataaaatgttcaagggtgaaa 404  Q
           ||| | ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39478820 tttttttgcatttaagagattcataaaatgttcaagggtgaaa 39478862  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #34
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 483 - 536
Target Start/End: Complemental strand, 39223154 - 39223101
Alignment:
Q  483 aacattaacatgattaaaaatatttttaaacaactatgtagatcgggttataaa 536  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||| || || ||||||| |||| ||||    
T  39223154 aacattaacatgattaaaaatattcttaaagaattaagtagatcaggttgtaaa 39223101  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #35
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 375 - 404
Target Start/End: Complemental strand, 39468663 - 39468634
Alignment:
Q  375 aagagattcataaaatgttcaagggtgaaa 404  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39468663 aagagattcataaaatgttcaagggtgaaa 39468634  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 55; Significance: 5e-22; HSPs: 3)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 55; E-Value: 5e-22
Query Start/End: Original strand, 693 - 795
Target Start/End: Complemental strand, 16113339 - 16113237
Alignment:
Q  693 tccttgacttgtcctccaaactgcttctcttttaacttgaactcctttacctgtactttgaacttattctcttttaactcaagttctttccaccgtcctt 792  Q
    |||||||||||| || ||| |||||||||||||||||||| ||||||  ||| ||||||||||| |||||||||| | || ||||||||||||||| |||    
T  16113339 tccttgacttgtacttcaatctgcttctcttttaacttgagctccttctcctttactttgaactgattctcttttgattcgagttctttccaccgttctt 16113240  T
Q  793 caa 795  Q
    |||    
T  16113239 caa 16113237  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 41; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 37 - 125
Target Start/End: Complemental strand, 16114077 - 16113989
Alignment:
Q  37 atactatgcatgaatgtaagacatctcctagattgaaatatatgggtgacagaagaaagcattatactaacagttacaatcaatgtcaa 125  Q
    |||||||| | |||||||| || | ||  |||||||||| ||||| ||||| | ||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  16114077 atactatgaaagaatgtaaaacctttctgagattgaaatttatggctgacataggaaagaattatactaacagttacaatcaatgtcaa 16113989  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 578 - 615
Target Start/End: Complemental strand, 16113478 - 16113441
Alignment:
Q  578 tttcaataaactagatgaataagaacatttacccgatt 615  Q
    |||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||    
T  16113478 tttcaataaactagatgaatgagaacacttacccgatt 16113441  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 48; Significance: 7e-18; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 48; E-Value: 7e-18
Query Start/End: Original strand, 375 - 615
Target Start/End: Complemental strand, 33561380 - 33561135
Alignment:
Q  375 aagagattcataaaatgttcaagggtgaaatataccatacaaatttgtttgacaatgtgtgggtgtgatatgaaaactagacaaaa--tttcaatatgac 472  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||| |||  || || ||| || ||| | | |||||||||||||||||| | ||  |||   ||||||  ||||    
T  33561380 aagagatacataaaatgttcaagggtgaaa-atataatccagattagtctgaaagtctgtgggtgtgatatgaaatc-agtaaaagcttttcaaattgac 33561283  T
Q  473 aaagacata-aaacattaacatgattaaaaatatttttaaacaactatgtagatcgggttataa----aaattgtcatcatcattaagaggaaccgttgt 567  Q
     |||||||| |||||||||||||||||||||| | ||||||  | || ||||||| || |||||    ||||  ||||||||| | ||||||||  || |    
T  33561282 caagacatacaaacattaacatgattaaaaatgtgtttaaaggattaagtagatcaggatataacaaaaaatcatcatcatcactgagaggaacacttat 33561183  T
Q  568 attgaaactctttcaataaactagatgaataagaacatttacccgatt 615  Q
    | | ||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||    
T  33561182 aataaaattctttcaataaactagatgaagaagaacatttaccggatt 33561135  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 46; Significance: 1e-16; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 46; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 720 - 797
Target Start/End: Complemental strand, 19807845 - 19807768
Alignment:
Q  720 tcttttaacttgaactcctttacctgtactttgaacttattctcttttaactcaagttctttccaccgtccttcaatt 797  Q
    ||||||||||||| ||| || ||| ||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||| | ||||||||    
T  19807845 tcttttaacttgagctctttgaccagtactttgaacttattctcttttgactcgagttctttccacctttcttcaatt 19807768  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 518 - 614
Target Start/End: Complemental strand, 19808059 - 19807963
Alignment:
Q  518 atgtagatcgggttataaaaattgtcatcatcattaagaggaaccgttgtattgaaactctttcaataaactagatgaataagaacatttacccgat 614  Q
    ||||||||| |||||| |||| | ||| |||||| || || ||| | || | |||||||| ||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  19808059 atgtagatcaggttattaaaaatatcaacatcataaaaagaaacagctgaaatgaaactccttctataaactagatgaataagaacttttacccgat 19807963  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 31; Significance: 0.0000001; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 97 - 203
Target Start/End: Original strand, 51171541 - 51171647
Alignment:
Q  97 attatactaacagttacaatcaatgtcaacacaacaccttaactgaatcaccggagacaatgttagatttcatcgattaataaacaagactagaaatagt 196  Q
    |||||||||| |||| ||||||||||||| | |||| |||||||  ||||||| || ||  | |||| ||||| | || | ||||||||||| |||||||    
T  51171541 attatactaatagttgcaatcaatgtcaatataacatcttaactagatcaccgaaggcatggctagacttcattggttgacaaacaagactacaaatagt 51171640  T
Q  197 tgcacta 203  Q
    || ||||    
T  51171641 tgaacta 51171647  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University