View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1594-INSERTION-4 (Length: 908)

Name: NF1594-INSERTION-4
Description: NF1594
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1594-INSERTION-4
NF1594-INSERTION-4
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (8-908)||(11623839-11624742)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 824; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 824; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 908
Target Start/End: Complemental strand, 11624742 - 11623839
Alignment:
Q  8 ggtgcaggaagaagaaaaaataagaacaactcttcgtcacattatcgccacatcaccatctctgaggctcttgatgcagcaagaattatttcacctaatg 107  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  11624742 ggtgcaggaagaagaaaaaataagaacaactcttcgtcgcattatcgccacatcaccatctctgaggctcttgatgcagcaagaattatttctcctaatg 11624643  T
Q  108 gaactcatcatcttcaaaatttgaaaaccaatggtagagttctcaactttgggttggatcatccacatatctatgattcaatgtcaaatgatctcaatcc 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11624642 gaactcatcatcttcaaaatttgaaaaccaatggtagagttctcaactttgggttggatcatccacatatctatgattcaatgtcaaatgatctcaatcc 11624543  T
Q  208 tgcagagaaaaaggttcttaacgacactcgaaataatggtgatcgtttttcgagtgcgtcttctgttacagtttcaaaatccatggaggaaagtggtaaa 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11624542 tgcagagaaaaaggttcttaacgacactcgaaataatggtgatcgtttttcaagtgcgtcttctgttacagtttcaaaatccatggaggaaagtggtaaa 11624443  T
Q  308 aacatgacacaagaatcattgccacagcaaaataatggtttcattcctcaagttccatgtatgactagtgttccttggccttatacttggagttctggtg 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  11624442 aacatgacacaagaatcattgccacagaaaaataatggtttcattccccaagttccatgtatgactagtgttccttggccttatacttggagttctggcg 11624343  T
Q  408 caattccctcgccgcaaactttgtgtcctccgggatttcccatgtcattttaccctgctcctttttggaatgttccttggtttccgcctcatactcccgc 507  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11624342 caattccctcgccgcaaactttgtgtcctccgggatttcccatgtcattttaccctgctcctttttggaatgttccttggtttccgcctcatactcccgc 11624243  T
Q  508 gacaactccaagatctagtccgaaatctccaacgctcgggaaacactcgagggacgatgacaacaacgacgacgaaatagctaaacaagaccatttgcaa 607  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||  ||||||||||||  |||||||    
T  11624242 gacaactccaagatctagtccgaaatctccaacgctcgggaaacactcgagggacgatgacaacaccaacgacgaaaatgctaaacaagacagtttgcaa 11624143  T
Q  608 acagaagaatcaccaaaacaaagaaatgggtgtgttttggttcctaaaacattgcgaattgatgatccaaccgaagctgcaaagagttcaatttgggaaa 707  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11624142 acagaagaatcaccaaaacaaagaaatgggtgtgttttggttcctaaaacattgcgaattgatgatccaaccgaagctgcaaagagttcaatttgggaaa 11624043  T
Q  708 cacttggaattaagaatgaaggtttgagtagaggtggtatgactaa-gcttttcaatcaaagaaagatggtaaaaaccatgttcaaacctctccgatgtt 806  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  11624042 cacttggaattaagaatgaaggtttgagtagaggtggtatgactaaggcttttcaatcaaagaaagatggtaaaaaccatgttcaaacctctccaatgtt 11623943  T
Q  807 gatggctaaccctgcagctttagctagatcacttaatttccatgagaactcttaaataagaaat-atcctttttgtattgtgtttgagaattga-gttag 904  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  11623942 gatggctaaccctgcagctttagctagatcgcttaatttccatgagaactcttaaataagaaataatcctttttgtattgtgtttgagaattgaggttag 11623843  T
Q  905 tcac 908  Q
    ||||    
T  11623842 tcac 11623839  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University