View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF15940_low_2 (Length: 785)

Name: NF15940_low_2
Description: NF15940
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF15940_low_2
NF15940_low_2
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (18-777)||(32844266-32845025)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 752; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 752; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 777
Target Start/End: Complemental strand, 32845025 - 32844266
Alignment:
Q  18 gtaaaatcatcaacttcatacaatttttctgtttcattttgtttatattattaaattcttaatcatgtgtccatttatttatgctttaaaaattaagtta 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  32845025 gtaaaatcatcaacttcatacaatttttctgtttcattttgtttatattattaaattcttaatcatgtgtccatttatttatgctttcaaaattaagtta 32844926  T
Q  118 aacttccaataatcatgcttttcaagcttccaggcacctagaaattaagcttaatttttagttttagatataatcacatatgtagcgcactgacactata 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32844925 aacttccaataatcatgcttttcaagcttccaggcacctagaaattaagcttaatttttagttttagatataatcacatatgtagcgcactgacactata 32844826  T
Q  218 tccaaggcgtgttcgagtgtctaatattgtcgtgtatataagtgtcggcatttttggttacatataatcattaatattttcttaaactgttatcggtata 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32844825 tccaaggcgtgttcgagtgtctaatattgtcgtgtatataagtgtcggcatttttggttacatataatcattaatattttcttaaactgttatcggtata 32844726  T
Q  318 taagtctcggtgttagtgtcgtgtatctgttgtccatttatgtgccggtgtttcttatactatttatagcagccgggtgtttttgtacaaagtcatgatt 417  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32844725 taagtctcggtgttagtgtcgtgtatctgttgtccatttatgtgccggtgtttcttatactatttatagcagccgggtgtttttgtacaaagtcatgatt 32844626  T
Q  418 aaaatttgaaagtaaaacagaaattgacatgtatgtttatggtatgctatatatgtgcttcttttgatcatggttcagcattcctagctatcaatttgta 517  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32844625 aaaatttgaaagtaaaacagatattgacatgtatgtttatggtatgctatatatgtgcttcttttgatcatggttcagcattcctagctatcaatttgta 32844526  T
Q  518 tgaaattaatagtaacaatgttagattatgatcaatctggtggattgttaattgtttgaaagtggttctgtttctggttttcagctgaggtcctctttca 617  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32844525 tgaaattaatagtaacaatgttagattatgatcaatctggtggattgttaattgtttgaaagtggttctgtttctggttttcagctgaggtcctctttca 32844426  T
Q  618 tggattttaaaagcaacaaaaggaactcgtgtaattctgagatagctgatgctgaagcgaggaggttgagactcttggctgagaaggaaaatgtatgtag 717  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32844425 tggattttaaaagcaacaaaaggaactcgtgtaattctgagatagctgatgctgaagcgaggaggttgagactcttggctgagaaggaaaatgtatgtag 32844326  T
Q  718 aaatgtcgaatctaaccaccaaataaaagcacagttgcaaaagcaacttcagagtattat 777  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32844325 aaatgtcgaatctaaccaccaaataaaagcacagttgcaaaagcaacttcagagtattat 32844266  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University