View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF15940_low_3 (Length: 713)

Name: NF15940_low_3
Description: NF15940
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF15940_low_3
NF15940_low_3
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (38-703)||(43365300-43365965)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 658; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 658; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 38 - 703
Target Start/End: Complemental strand, 43365965 - 43365300
Alignment:
Q  38 ctcaattaggattttctcaatcgaatttgatgaatgattggtgatacaaatatgaatgataaataatgttatgtggatgcaatatttctggtattgaaaa 137  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43365965 ctcaattaggattttctcaatcgaatttgatgaatgattggtgatacaaatatgaatgataaataatgttatgtggatgcaatatttctggtattgaaaa 43365866  T
Q  138 aatacagattgtttgtgggtgcagataattgatgctgttgtggctgcctatcttttgaatgctactcttgttattccagcattggatcatacatctttct 237  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43365865 aatacagattgtttgtgggtgcagataattgatgctgttgtggctgcctatcttttgaatgctactcttgttattccagcattggatcatacatctttct 43365766  T
Q  238 ggaaagacaacaggtctgtgtttacaatttacttctatcatatcaggaagaatgtctcttaaatcacatataatattttctttggtagcagaacacattt 337  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43365765 ggaaagacaacaggtctgtgtttacaatttacttctatcatatcaggaagaatgtctcttaaatcacatataatattttctttggtagcagaacacattt 43365666  T
Q  338 tcattgtaccccttaatttgtaagtaatatttgattattattttcttgcagcaatttttctcaattatttgatgccgattggtttataacatccctccgg 437  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43365665 tcattgtaccccttaatttgtaagtaatatttgattattattttcttgcagcaatttttctcaattatttgatgccgattggtttataacatccctccgg 43365566  T
Q  438 aatgacataagagttgtaaagcaactaccaaatatgggagagaaatttgcgactccatatacagtgcgtgttccaaggaaatgcacccccaaatgctacg 537  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43365565 aatgacataagagttgtaaagcaactaccaaatatgggagagaaatttgcgactccatatacagtgcgtgttccaaggaaatgcacccccaaatgctacg 43365466  T
Q  538 agggtcgtgttttaccagtgctgatcaagaaacgtgtaagtgtttcattaaaggtccctaattggaagctttcatcaaaattgtgtgcctcaattttatt 637  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43365465 agggtcgtgttttaccagtgctgatcaagaaacgtgtaagtgtttaattaaaggtccctaattggaagctttcatcaaaattgtgtgcctcaattttatt 43365366  T
Q  638 aataaaatttgtggttccaacattgtaagttaggtgtccaacatgctagttattgttgtgatgatg 703  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  43365365 aataaaatttgtggttccaacattgtaagttaggtgtccaacatgctagttattgttgtgttgatg 43365300  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University