View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF15941_high_1 (Length: 768)

Name: NF15941_high_1
Description: NF15941
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF15941_high_1
NF15941_high_1
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (18-754)||(44575352-44576088)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 725; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 725; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 754
Target Start/End: Original strand, 44575352 - 44576088
Alignment:
Q  18 caattctgattctgcatcccatgctcattcttcttgtagcccttttattgattatcctcattataggaaggtagatacactcataaatgcatatccaaaa 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44575352 caattctgattctgcatcccatgctcattcttcttgtagcccttttattgattatcctcattataggaaggtagatacactcataaatgcatatccaaaa 44575451  T
Q  118 tgaaagtgatgtcattgatatcaagttcatccatcctggtggaaccttgaagtgagatccaatagacctatcagtttgtataacttgaagcacaccaaat 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  44575452 tgaaagtgatgtcattgatatcaagttcatccatcctggtggaaccttgaagtgagatccaatagacctatcagtctgtataacttgaagcacaccaaat 44575551  T
Q  218 gtgctctgctgatccattacaatgaaacaacagattcctgtcacccatactggtagaattccaaacaagcatttcaagtgttccacttgttgcaaactac 317  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44575552 gtgctctgctgatccattacaatgaaacaacaaattcctgtcacccatactggtagaattccaaacaagcatttcaagtgttccacttgttgcaaactac 44575651  T
Q  318 aaagtctccaaccattcttagcaattccttggttgttcaattcacttggttcagctattatagccgccttatcaagaaacttgaacctgtctgtttgaac 417  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44575652 aaagtctccaaccattcttagcaattccttggttgttcaattcacttggttcagctattatagccgccttatcaagaaacttgaacctgtctgtttgaac 44575751  T
Q  418 aagcctaatgttttctgattctgacaatgtagaaacatgatcatataaagttctatttgaaagctgaagtttgcgttttcgacatgctgcaacgatcacc 517  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44575752 aagcctaatgttttctgattctgacaatgtagaaacatgatcatataaagttctatttgaaagctgaagtttgcgttttcgacatgctgcaacgatcacc 44575851  T
Q  518 tttgccatgtctgtaaaaacgctcccttgaggttttttgtaaatgtaagtgccgcgaccaaatagaaagatgattatcgagaaagcaagacaaaccgtcg 617  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  44575852 tttgccatgtctgtaaaaacgctcccttgaggttttttgtaaatgtaagtgccgcgaccaaatagaaagatgattattgagaaagcaagacaaaccgtcg 44575951  T
Q  618 gaattgcaaatcctaaagtccagcttacattagtttgaatatagacaacaccagtgagcactataacaagtgcaatggtgaaagtgaaataccaccaatt 717  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44575952 gaattgcaaatcctaaagtccagcttacattagtttgaatatagacaacaccagtgagcactataacaagtgcaatggtgaaagtgaaataccaccaatt 44576051  T
Q  718 aaagaagctctctaattgtccccttccctttgctgtg 754  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44576052 aaagaagctctctaattgtccccttccctttgctgtg 44576088  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University