View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF15941_high_6 (Length: 584)
Name: NF15941_high_6
Description: NF15941
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF15941_high_6 |
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Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 499; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:
Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 499; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 44 - 566
Target Start/End: Complemental strand, 54731586 - 54731069
Alignment:
| Q |
44 |
acataatacaactagttgtattgtattaacctggcagtagcttattggagtgcatgacagttggtcaatatagaaaccacaaagatttgcaacccattcc |
143 |
Q |
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| T |
54731586 |
acataatacaactagttg-----tattaacctggcagtagcttattggagtgcatgacagttggtcaatatagaaaccacaaagatttgcaacccattcc |
54731492 |
T |
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| Q |
144 |
ttactctataagaaaaatatgccacccactctctttgcttaattgctttctccttcatctcttttttgtcaaccctccaaagccttcatggtccctcagt |
243 |
Q |
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| T |
54731491 |
ttactctataagaaaaatatgccacccactctctttgcttaattgctttctccttcatctcttttttgtcaaccctccaaagccttcatggtccctcagt |
54731392 |
T |
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| Q |
244 |
aactttttgtcctcaatggacccatgaaatacaatgatagagttaatcaattgatacatatgtggacactttcaatttgttacgtttgctctttagaatt |
343 |
Q |
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| T |
54731391 |
aactttttgtcctcaatggacccatgaaatacaataatagagttaatcaattgatacatatgtggacactttcaatttgttacgtttgctctttagaatt |
54731292 |
T |
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| Q |
344 |
tgttaatgtgatttaatttgttagtcgttaatataaggtttgatacctgtactggcactggcataatatatataaaaatctttcaattatttcttgtgac |
443 |
Q |
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| T |
54731291 |
tgttaatgtgatttaatttgttagtcgttaatataaggtttgatacctgtactggcactggcataatatatataaaaatctttcaattatttcttgtgac |
54731192 |
T |
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| Q |
444 |
aatgacatttaatgtccagttttatcatggatcaattatcaatatggttctagaatgatcaagattcgatactatgaaatatcaaagtctggctcattac |
543 |
Q |
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| T |
54731191 |
aatgacatttaatgtccagttttatcatggatcaattatcaatatggttctagaatgatcaagattcgatactatgaaatatcaaagtctggctcattac |
54731092 |
T |
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| Q |
544 |
ttaaacgagaaggagcactagcc |
566 |
Q |
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| T |
54731091 |
ttaaacgagaaggagcactagcc |
54731069 |
T |
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[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6 (Bit Score: 387; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:
Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 387; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 44 - 475
Target Start/End: Complemental strand, 5305666 - 5305244
Alignment:
| Q |
44 |
acataatacaactagttgtattgtattaacctggcagtagcttattggagtgcatgacagttggtcaatatagaaaccacaaagatttgcaacccattcc |
143 |
Q |
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| T |
5305666 |
acataatacaactagttg-----tattaacctggcagtagcttattggagtccatgacagttggtcaatatagaaaccacaaagatttgcaacccattcc |
5305572 |
T |
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| Q |
144 |
ttactctataagaaaaatatgccacccactctctttgcttaattgctttctccttcatctcttttttgtcaaccctccaaagccttcatggtccctcagt |
243 |
Q |
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| T |
5305571 |
ttactctataagaaaaatatgccacccactctctttgcttaattgctttctccttcatctcttttttgtcaaccctccaaagccttcatggtccctcagt |
5305472 |
T |
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| Q |
244 |
aactttttgtcctcaatggacccatgaaatacaatgatagagttaatcaattgatacatatgtggacactttcaatttgttacgtttgctctttagaatt |
343 |
Q |
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| T |
5305471 |
aactttttgtcctcaatggacccatgaaatgcaatgatagagttaatcaattgatacatatgtggacactttcaatttgttacgtttgctctttagaatt |
5305372 |
T |
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| Q |
344 |
tgttaatgtgatttaatttgttagtcgttaatataaggtttgatacctgtactggcactggcataatatatataaaaatctttcaattatttcttgtgac |
443 |
Q |
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| T |
5305371 |
tgttaatgtgatttaatttgttagtcgttaatataaggtttgatacctgtactggcactggcata----atataaaaatctttcaattatttcttgtgac |
5305276 |
T |
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| Q |
444 |
aatgacatttaatgtccagttttatcatggat |
475 |
Q |
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| T |
5305275 |
aatgacatttaatgtccagttttatcatggat |
5305244 |
T |
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