View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF15941_low_1 (Length: 1568)

Name: NF15941_low_1
Description: NF15941
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF15941_low_1
NF15941_low_1
[»] chr4 (10 HSPs)
chr4 (17-690)||(5183555-5184229)
chr4 (17-691)||(5196954-5197629)
chr4 (17-850)||(5174213-5175045)
chr4 (17-691)||(5215099-5215774)
chr4 (17-828)||(4840501-4841309)
chr4 (17-754)||(4855078-4855815)
chr4 (17-691)||(5161272-5161949)
chr4 (17-328)||(7143418-7143729)
chr4 (1226-1269)||(5175301-5175344)
chr4 (748-828)||(5184282-5184362)
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (718-924)||(36248934-36249139)
chr2 (718-924)||(19626634-19626839)
chr2 (718-924)||(19823535-19823740)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (718-924)||(16550001-16550206)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (718-924)||(23083955-23084160)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (718-825)||(4826657-4826762)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 455; Significance: 0; HSPs: 10)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 455; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 690
Target Start/End: Original strand, 5183555 - 5184229
Alignment:
Q  17 aacaaagcacaatgaatacttttacaagggtaaagttctagagattatgactggattggatttatcatgcaataagctaacaggtaccatcccttttcaa 116  Q
    |||||||||| |||| |||||||||||||||| ||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||| ||||    
T  5183555 aacaaagcactatgattacttttacaagggtatagttctaaagatcatgactggattggatttatcatgcaataagctaacaggtgtcatcccttctcaa 5183654  T
Q  117 attggagacctacaacaaattaaagccttgaacctatcacataatcacttgtcaggtcctattccaattactttttcaaatcttacccaaatagagagtc 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |    
T  5183655 attggagacctacaacaaattaaagccttgaatctatcacataattacttgtctggtcctattccaataactttttcaaaacttacccaaatagagagcc 5183754  T
Q  217 ttgacttatcatacaataatttgagtggtaagattccttatgaactaacccagttgacctttttatcaaccttcaatgtgtcttacaacaacctttctgg 316  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||  || |||||||||||| |||||||||||||||||    
T  5183755 ttgacttatcatacaataacttgagtggtaagattccttatgaactaaccaagttgacctctttagaaatcttcaatgtgtcatacaacaacctttctgg 5183854  T
Q  317 aacaccacctagcacaagacagtttgcaaattttgatgaggacaactacagaggtaatcccggtctgtgtggacaactccttaatcaaaagtgtgaacgt 416  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  5183855 aacaccacctagcacaagacaatttgcaaactttgatgagtacaactacagaggtaatcccggtctttgcggacaactcctaaatcaaaagtgtgaacgt 5183954  T
Q  417 gtcaagtcttcaccttcatcacaatccaatgacaatgaacaaaaggaaacca-attggacatgataacattttattggagtttcacagcatcttacataa 515  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| ||||||   |||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||| || |    
T  5183955 gtcgagtcttcaccttcatcacaatccaatgacaatggagaaaagcaaaccatggtggacatgataacattttattggagtttcataacatcttatatta 5184054  T
Q  516 caatattgctggccttcataacagttttgtgcatcaatccacgttggcgtatggcctggttttattacatcagtaagtttatgcgtagattttttccaac 615  Q
    ||||| |  ||||||||||||| || ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |    
T  5184055 caatactattggccttcataactgtgttgggcatcaatccacgttggcgtatggcctggttttattacatcagtaagtttatgcgtagattctttccatc 5184154  T
Q  616 ttttccattgtattgaagaatatccatagtacctgttgaaactttatttggagtctcaaatatttggatattgta 690  Q
    ||||||||| |||||| || | |||||||| |||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| ||||    
T  5184155 ttttccattatattgatgagtgtccatagttcctgttgaaactttatgtggagtctaaaatatttggatactgta 5184229  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 452; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 691
Target Start/End: Original strand, 5196954 - 5197629
Alignment:
Q  17 aacaaagcacaatgaatacttttacaagggtaaagttctagagattatgactggattggatttatcatgcaataagctaacaggtaccatcccttttcaa 116  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||| ||||    
T  5196954 aacaaagcactatgaatacttttacaagggtaaagttctagagaatatgactggattggatttatcatgcaataagctaacaggtgtcatcccttctcaa 5197053  T
Q  117 attggagacctacaacaaattaaagccttgaacctatcacataatcacttgtcaggtcctattccaattactttttcaaatcttacccaaatagagagtc 216  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5197054 attggagacctacaacaaattagagccttgaatctatcacataatcacttgtcaggtcccattccaatcactttttcaaatcttacccaaatagagagtc 5197153  T
Q  217 ttgacttatcatacaataatttgagtggtaagattccttatgaactaacccagttgacctttttatcaaccttcaatgtgtcttacaacaacctttctgg 316  Q
    ||||||||||||||||| | |||||||||||||| ||  |||||||||||||| | | |||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  5197154 ttgacttatcatacaatgacttgagtggtaagatacccaatgaactaacccagctaaactttttgtcaaccttcaatgtgtcatacaacaacctttctgg 5197253  T
Q  317 aacaccacctagcacaagacagtttgcaaattttgatgaggacaactacagaggtaatcccggtctgtgtggacaactccttaatcaaaagtgtgaacgt 416  Q
    |||||||||||| | | | ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| |||| ||||||| |||||| | || |||||||||||||    
T  5197254 aacaccacctagtataggccagtttgcaaactttgatgaggataactacagaggtaatcccagtctttgtggaccactcctcagtcgaaagtgtgaacgt 5197353  T
Q  417 gtcaagtcttcaccttcatcacaatccaatgacaatgaacaaaaggaaaccaat-tggacatgataacattttattggagtttcacagcatcttacataa 515  Q
    ||| || || |||| ||||| |||||||||||||||||| || |||||||   | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5197354 gtcgagcctccaccatcatcccaatccaatgacaatgaagaagaggaaactggtgtggacatgataacattttattggagtttcacagcatcttacataa 5197453  T
Q  516 caatattgctggccttcataacagttttgtgcatcaatccacgttggcgtatggcctggttttattacatcagtaagtttatgcgtagattttttccaac 615  Q
    ||||| |  |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  5197454 caatactattggccttcataacagtgttgtgcatcaatccacgttggcgcatggcctggttttattacatcagtaagtttatgcgtagattctttccaac 5197553  T
Q  616 ttttccattgtattgaagaatatccatagtacctgttgaaactttatttggagtctcaaatatttggatattgtaa 691  Q
    ||||||||||||||||||| |  ||||||| ||||||||||| |||| |||||||||||||||||| |||||||||    
T  5197554 ttttccattgtattgaagagtggccatagttcctgttgaaacattatgtggagtctcaaatatttgcatattgtaa 5197629  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 440; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 850
Target Start/End: Original strand, 5174213 - 5175045
Alignment:
Q  17 aacaaagcacaatgaatacttttacaagggtaaagttctagagattatgactggattggatttatcatgcaataagctaacaggtaccatcccttttcaa 116  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||| ||||    
T  5174213 aacaaagcacaatgaatactcttacaagggtatagttctagagaatatgactggattggatttatcatgcaataagctaacaggtgtcatcccttctcaa 5174312  T
Q  117 attggagacctacaacaaattaaagccttgaacctatcacataatcacttgtcaggtcctattccaattactttttcaaatcttacccaaatagagagtc 216  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5174313 attggagacctacaacaaattagagccttgaatctatcacataatcacttgtctggtcccattccaatcactttttcaaatcttacccaaatagagagtc 5174412  T
Q  217 ttgacttatcatacaataatttgagtggtaagattccttatgaactaacccagttgacctttttatcaaccttcaatgtgtcttacaacaacctttctgg 316  Q
    ||||||||||||||||| | |||||||||||||| ||  |||||||||||||| | | |||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  5174413 ttgacttatcatacaatgacttgagtggtaagatacccaatgaactaacccagctaaactttttgtcaaccttcaatgtgtcatacaacaacctttctgg 5174512  T
Q  317 aacaccacctagcacaagacagtttgcaaattttgatgaggacaactacagaggtaatcccggtctgtgtggacaactccttaatcaaaagtgtgaacgt 416  Q
    |||||||||||| ||| |||| |||| |   |||| |||||| ||||||| ||||||||| ||||| ||||||| | || | |||| ||||||||||| |    
T  5174513 aacaccacctagtacaggacaatttggaggctttgttgaggaaaactacataggtaatcctggtctttgtggaccattcgtcaatcgaaagtgtgaacat 5174612  T
Q  417 gtcaagtcttcaccttcatcacaatccaatgacaatgaacaaaaggaaacca-attggacatgataacattttattggagtttcacagcatcttacataa 515  Q
    ||| |||||||| | |||||||||||||||||| | | | ||||||||||||   ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5174613 gtcgagtcttcagcatcatcacaatccaatgacgacggagaaaaggaaaccatggtggacatgataactttttattggagtttcacagcatcttacataa 5174712  T
Q  516 caatattgctggccttcataacagttttgtgcatcaatccacgttggcgtatggcctggttttattacatcagtaagtttatgcgtagattttttccaac 615  Q
    |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5174713 caatattgttggccctcataacagttttgtgcatcaatccacgttggcgtatggcctggttttattatatcagtaagtttatgcgtagattttttccaac 5174812  T
Q  616 ttttccattgtattgaagaatatccatagtacctgttgaaactttatttggagtctcaaatatttggatattgtaannnnnnnctttagctttga-tttc 714  Q
    ||||||||||||||||||| | ||||||      ||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||| | ||||    
T  5174813 ttttccattgtattgaagagtgtccata------gtttaaactttatgtggagtctcaaatatttggatattgtaatttttacctttagctttaattttc 5174906  T
Q  715 gaca-gtttaatgttgagacatttgatgttcaggtccttttgtcaactttatgttcagcctgttgtttgtgtaattttcttatctgaagtggtttgaagc 813  Q
    || | ||| |   |||||| |||  |||||||| ||||||||||||||||||| ||| | |||||||||||| || |  ||||||| ||||||||| ||     
T  5174907 gagatgttgagacttgagaaattgaatgttcagttccttttgtcaactttatgatcatcgtgttgtttgtgtgatgtatttatctggagtggtttggagg 5175006  T
Q  814 tattgttatatatta--gtattgtttagcttgttgaacc 850  Q
     ||||||||||||||  ||||| |||||| | |||||||    
T  5175007 cattgttatatattattgtattatttagcattttgaacc 5175045  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 440; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 691
Target Start/End: Original strand, 5215099 - 5215774
Alignment:
Q  17 aacaaagcacaatgaatacttttacaagggtaaagttctagagattatgactggattggatttatcatgcaataagctaacaggtaccatcccttttcaa 116  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||  |||||||| ||||    
T  5215099 aacaaagcactatgaatacttttacaagggtaaagttctagagaatatgactggattggatttatcatggaataacctaacaggtctcatcccttctcaa 5215198  T
Q  117 attggagacctacaacaaattaaagccttgaacctatcacataatcacttgtcaggtcctattccaattactttttcaaatcttacccaaatagagagtc 216  Q
    |||||  |||| |||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  5215199 attggtcaccttcaacaagttagagccttgaacctatcacataatcacttgtctggtcctattccaattactttttcaaatcttacccaaatagagagcc 5215298  T
Q  217 ttgacttatcatacaataatttgagtggtaagattccttatgaactaacccagttgacctttttatcaaccttcaatgtgtcttacaacaacctttctgg 316  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||  |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| || ||||||||| |||||||    
T  5215299 ttgacttatcatacaataacttgagtggtaagataccaaatgaactaacccagttgaactttttatcaaccttcaatgtatcatacaacaacttttctgg 5215398  T
Q  317 aacaccacctagcacaagacagtttgcaaattttgatgaggacaactacagaggtaatcccggtctgtgtggacaactccttaatcaaaagtgtgaacgt 416  Q
    |||||||||||| ||| ||||||||| |  ||||||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||||| ||||||  |||||||||||||||||    
T  5215399 aacaccacctagtacaggacagtttggaggttttgatgaggacagttacagaggtaatcccggtctttgtggaccactcctctatcaaaagtgtgaacgt 5215498  T
Q  417 gtcaagtcttcaccttcatcacaatccaatgacaatgaacaaaaggaaacca-attggacatgataacattttattggagtttcacagcatcttacataa 515  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5215499 gtcgagtcttcaccttcatcacaatccaatgacaatggagaaaaggaaaccatggtggacatgataacattttattggagtttcacagcatcttacataa 5215598  T
Q  516 caatattgctggccttcataacagttttgtgcatcaatccacgttggcgtatggcctggttttattacatcagtaagtttatgcgtagattttttccaac 615  Q
    ||||| |  |||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||    
T  5215599 caatactattggccttcataacagtgttgtgcgtcaatccacgttggcgtatggcctggttttattacatcagtaagtttatgcgtaaaatttttccaac 5215698  T
Q  616 ttttccattgtattgaagaatatccatagtacctgttgaaactttatttggagtctcaaatatttggatattgtaa 691  Q
     |||||||||||||||||| | ||  |  | ||||||||||||| |  || |||||||||||||||||||||||||    
T  5215699 gtttccattgtattgaagagtgtctgttattcctgttgaaacttcaagtgaagtctcaaatatttggatattgtaa 5215774  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 423; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 828
Target Start/End: Complemental strand, 4841309 - 4840501
Alignment:
Q  17 aacaaagcacaatgaatacttttacaagggtaaagttctagagattatgactggattggatttatcatgcaataagctaacaggtaccatcccttttcaa 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||   |||||||  |||    
T  4841309 aacaaagcacaatgaatacttttacaagggtaaagttctagagattatgactggattggatttatcatgcaataatttaacaggtgttatcccttcccaa 4841210  T
Q  117 attggagacctacaacaaattaaagccttgaacctatcacataatcacttgtcaggtcctattccaattactttttcaaatcttacccaaatagagagtc 216  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4841209 attggagacctacaacaaattagagccttgaatctatcacataatcacttgtcaggtcccattccaatcactttttcaaatcttacccaaatagagagtc 4841110  T
Q  217 ttgacttatcatacaataatttgagtggtaagattccttatgaactaacccagttgacctttttatcaaccttcaatgtgtcttacaacaacctttctgg 316  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||  |||||||||||||||||| |||||||  || |||||||||||| ||||||||||| |||||    
T  4841109 ttgacttatcatacaataacttgagtggtaagataccaaatgaactaacccagttgaactttttagaaatcttcaatgtgtcatacaacaacctctctgg 4841010  T
Q  317 aacaccacctagcacaagacagtttgcaaattttgatgaggacaactacagaggtaatcccggtctgtgtggacaactccttaatcaaaagtgtgaacgt 416  Q
    |||||||||||| ||| |||| |||| |   |||| |||||| ||||||| ||||||||| ||||| ||||||| | |||| |||| ||||||||||| |    
T  4841009 aacaccacctagtacaggacaatttggaggctttgttgaggaaaactacataggtaatcctggtctttgtggaccattcctcaatcgaaagtgtgaacat 4840910  T
Q  417 gtcaagtcttcaccttcatcacaatccaatgacaatgaacaaaaggaaacca-attggacatgataacattttattggagtttcacagcatcttacataa 515  Q
    ||| |||||||| | |||||||||||||||||| | | | ||||||||||||   ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4840909 gtcgagtcttcagcatcatcacaatccaatgacgacggagaaaaggaaaccatggtggacatgataactttttattggagtttcacagcatcttacataa 4840810  T
Q  516 caatattgctggccttcataacagttttgtgcatcaatccacgttggcgtatggcctggttttattacatcagtaagtttatgcgtagattttttccaac 615  Q
    |||||||| | |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4840809 caatattgttagccttcataacagtgttgtgcatcaatccacgttggcgtatggcctggttttattacatcagtaagtttatgcgtagattttttccaac 4840710  T
Q  616 ttttccattgtattgaagaatatccatagtacctgttgaaactttatttggagtctcaaatatttggatattgtaannnnnnnctttagctttga-tttc 714  Q
    |||||||||||||| |||| | ||||||      ||| ||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||       |||||||||| | ||||    
T  4840709 ttttccattgtattaaagagtgtccata------gtttaaactttatgtggagtctaaaatatttggatattgtaatttttatctttagctttaattttc 4840616  T
Q  715 gaca-gtttaatgttgagacatttgatgttcaggtccttttgtcaactttatgttcagcctgttgtttgtgtaattttcttatctgaagtggtttgaagc 813  Q
    || | ||| |   ||||||||||  |||||||| |||| ||||||| |||||| ||| | | |||||||| | || |  ||||||| ||||||||| ||     
T  4840615 gagatgttgagacttgagacattgaatgttcagttcctattgtcaattttatgatcatcgtattgtttgtctgatgtatttatctggagtggtttggagg 4840516  T
Q  814 tattgttatatatta 828  Q
     ||||||||||||||    
T  4840515 cattgttatatatta 4840501  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 404; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 754
Target Start/End: Complemental strand, 4855815 - 4855078
Alignment:
Q  17 aacaaagcacaatgaatacttttacaagggtaaagttctagagattatgactggattggatttatcatgcaataagctaacaggtaccatcccttttcaa 116  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||  |||||||| ||||    
T  4855815 aacaaagcactatgaatacttttacaagggtaaagttctagagaatatgactggattggatttatcatggaataacctaacaggtgtcatcccttctcaa 4855716  T
Q  117 attggagacctacaacaaattaaagccttgaacctatcacataatcacttgtcaggtcctattccaattactttttcaaatcttacccaaatagagagtc 216  Q
    |||||  |||| |||| | ||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |    
T  4855715 attggtcaccttcaaccagttagagccttgaacctatcacataatcacttgtctggtcctattccaattactttttcaaatcttacccaaatagaaagcc 4855616  T
Q  217 ttgacttatcatacaataatttgagtggtaagattccttatgaactaacccagttgacctttttatcaaccttcaatgtgtcttacaacaacctttctgg 316  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| ||||  ||  ||||||||||| |||||||||||||||||    
T  4855615 ttgacttatcatacaataacttgagtggtaagataccttatgaactaaccaagttgacctctttagaaatattcaatgtgtcatacaacaacctttctgg 4855516  T
Q  317 aacaccacctagcacaagacagtttgcaaattttgatgaggacaactacagaggtaatcccggtctgtgtggacaactccttaatcaaaagtgtgaacgt 416  Q
    |||||||||||| ||| ||||||||||||  ||   |||||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||| ||||||  | | |||||||||| ||    
T  4855515 aacaccacctagtacaggacagtttgcaaccttcattgaggacagctacagaggtaatcccgatctttgtggaccactcctcgaccgaaagtgtgaaggt 4855416  T
Q  417 gtcaagtcttcaccttcatcacaatccaatgacaatgaacaaaaggaaaccaat-tggacatgataacattttattggagtttcacagcatcttacataa 515  Q
    | |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| || ||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  4855415 gccaagtcttcaccatcatcacaatccaatgacaatgaagaagaggaaacaaatgtggacatgataacattttattggagtttcacaccatcttacataa 4855316  T
Q  516 caatattgctggccttcataacagttttgtgcatcaatccacgttggcgtatggcctggttttattacatcagtaagtttatgcgtagattttttccaac 615  Q
    ||||| | ||| ||||||||||||| |  ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| |  |||  |||||||||||    
T  4855315 caatactactgaccttcataacagtgt--tgcatcaatccacgttggcgtttggcctggttttattacattagtaagtttgtaggtatcttttttccaac 4855218  T
Q  616 ttttccattgtattgaagaatatccatagtacctgttgaaactttatttggagtctcaaatatttggatattgtaannnnnnnctttagctttgatttc- 714  Q
    |||||||||||||| |||| | ||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||        |||| |||| |||||     
T  4855217 ttttccattgtattaaagagtgtccgtagtacctgttgaaactttatgtggagtctcaaatatttgggtattgtaatttttatatttaactttaatttca 4855118  T
Q  715 gacagtttaatgttgagacatttgatgttcaggtcctttt 754  Q
    |||||||| ||| ||||||||||||| || || |||||||    
T  4855117 gacagtttgatgctgagacatttgattttaagctcctttt 4855078  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 398; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 691
Target Start/End: Original strand, 5161272 - 5161949
Alignment:
Q  17 aacaaagcacaatgaatacttttacaagggtaaagttctagagattatgactggattggatttatcatgcaataagctaacaggtaccatcccttttcaa 116  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||  |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| ||||    
T  5161272 aacaaagcacaatgattacttttacaaaggtaaagtcctagagaaaatgactggattggatttatcatgcaacaagctaacaggtactatcccttctcaa 5161371  T
Q  117 attggagacctacaacaaattaaagccttgaacctatcacataatcacttgtcaggtcctattccaattactttttcaaatcttacccaaatagagagtc 216  Q
    |||||  |||| |||||| ||  |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| |    
T  5161372 attgggcacctgcaacaagttttagccttgaacctatcacataatcacttgtcgggtcctattccaattacgttttcaaatcttaccgaaatagagagcc 5161471  T
Q  217 ttgacttatcatacaataatttgagtggtaagattccttatgaactaacccagttgacctttttatcaaccttcaatgtgtcttacaacaacctttctgg 316  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||    
T  5161472 ttgacttatcatacaataacttgagtggtaagataccttatgagctaacccagttgacctttttatcaaccttcaacgtgtcatacaacaacctttctgg 5161571  T
Q  317 aacaccacctagcacaagacagtttgcaaattttgatgaggacaactacagaggtaatcccggtctgtgtggacaactccttaatcaaaagtgtgaacgt 416  Q
    |||||||||||| ||| ||||||||||||  || | |||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||  ||||||  | | |||||||||| ||    
T  5161572 aacaccacctagtacaggacagtttgcaaccttcgttgaggacagctacagaggtaatcccggtctttgtggatcactcctcgaccgaaagtgtgaaggt 5161671  T
Q  417 gtcaagtcttcaccttcatcacaatccaatgacaatgaacaaaaggaaaccaat-tggacatgataacattttattgga-gtttc-acagcatcttacat 513  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| || ||||||| ||| |||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||    
T  5161672 gtcaagtcttcaccatcatcacaatccaatgacaatgaagaagaggaaacaaatgtggacatgataacattttattggaggtttctacagcatcttacat 5161771  T
Q  514 aacaatattgctggccttcataacagttttgtgcatcaatccacgttggcgtatggcctggttttattacatcagtaagtttatgcgtagattttttcca 613  Q
    |||||||||| |||||||| ||||||| ||||| |||||| | |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||   ||    |||||||||    
T  5161772 aacaatattgttggccttcgtaacagtgttgtgtatcaatgctcgttggcgtatggcttggttttattacattagtaagtttgcacgatttttttttcca 5161871  T
Q  614 acttttccattgtattgaagaatatccatagtacctgttgaaactttatttggagtctcaaatatttggatattgtaa 691  Q
    |||||||||||||| |||||| | | | ||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||    
T  5161872 acttttccattgtactgaagagtgtacgtagtacctgttgaaactttacgtggagtctcaaatatttggatattgtaa 5161949  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 108; E-Value: 2e-53
Query Start/End: Original strand, 17 - 328
Target Start/End: Original strand, 7143418 - 7143729
Alignment:
Q  17 aacaaagcacaatgaatacttttacaagggtaaagttctagagattatgactggattggatttatcatgcaataagctaacaggtaccatcccttttcaa 116  Q
    ||||||| || |||| ||||||||| | | |||| | |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||   ||||  |   ||| |||| | ||    
T  7143418 aacaaagaactatgagtacttttacgacgctaaaatcctagagatgatgactggattggatttatcatgcaatatcgtaactagagtcataccttctgaa 7143517  T
Q  117 attggagacctacaacaaattaaagccttgaacctatcacataatcacttgtcaggtcctattccaattactttttcaaatcttacccaaatagagagtc 216  Q
     |||||||| | ||| |   |  || |||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  7143518 cttggagacatgcaaaaccatcgagtcttgaatctataacataatcacttgtcaggtcctattccaatcactttttccaatcttacccaaatagagagtc 7143617  T
Q  217 ttgacttatcatacaataatttgagtggtaagattccttatgaactaacccagttgacctttttatcaaccttcaatgtgtcttacaacaacctttctgg 316  Q
    ||||||||||||| | ||| |||| ||||||| |  ||| | ||||||  || ||||||||| ||   | ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7143618 ttgacttatcatagagtaacttgaatggtaaggtagcttctcaactaagtcacttgacctttatagatatcttcaatgtgtcttacaacaacctttctgg 7143717  T
Q  317 aacaccacctag 328  Q
    ||||||||||||    
T  7143718 aacaccacctag 7143729  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 36; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 1226 - 1269
Target Start/End: Original strand, 5175301 - 5175344
Alignment:
Q  1226 atttggtaccttgatgttgtggttgtcacttgtggataatgttt 1269  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||    
T  5175301 atttggtaccttgatcttgtggttgtcacttgtggttaatgttt 5175344  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000009
Query Start/End: Original strand, 748 - 828
Target Start/End: Original strand, 5184282 - 5184362
Alignment:
Q  748 tccttttgtcaactttatgttcagcctgttgtttgtgtaattttcttatctgaagtggtttgaagctattgttatatatta 828  Q
    |||| |||||||||||||||||| | |||||||||||| || | |||||||| ||   ||||||| |||||| ||||||||    
T  5184282 tcctcttgtcaactttatgttcatcatgttgtttgtgtgatgtacttatctggagaactttgaagatattgtgatatatta 5184362  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 65; Significance: 7e-28; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 65; E-Value: 7e-28
Query Start/End: Original strand, 718 - 924
Target Start/End: Original strand, 36248934 - 36249139
Alignment:
Q  718 agtttaatgttgagacatttgatgttcaggtccttttgtcaactttatgttcagcctgttgtttgtgtaattttcttatctgaagtggtttgaagctatt 817  Q
    ||||| ||||||||| | ||||||||||| || ||||||| |  |||||| || |||||||||| ||| || |||||||||  |||||||||||||||||    
T  36248934 agtttgatgttgagataattgatgttcagatcattttgtcca--ttatgtgcatcctgttgtttttgtcatattcttatctagagtggtttgaagctatt 36249031  T
Q  818 gttatatatta--gtattgtttagcttgttgaaccagaattgnnnnnnntattgctatagcaaaccaaacacaacaaagtagagcctacggtccgtgcat 915  Q
    |||||||||||   ||||||||||||| |||||| |||||||       || | |||||||||||||||||||||||   ||| |||| || ||||||||    
T  36249032 gttatatattattatattgtttagctttttgaactagaattg-aaacaatactactatagcaaaccaaacacaacaatagagaacctatggaccgtgcat 36249130  T
Q  916 gatgaaaat 924  Q
    |||||||||    
T  36249131 gatgaaaat 36249139  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 57; E-Value: 4e-23
Query Start/End: Original strand, 718 - 924
Target Start/End: Original strand, 19626634 - 19626839
Alignment:
Q  718 agtttaatgttgagacatttgatgttcaggtccttttgtcaactttatgttcagcctgttgtttgtgtaattttcttatctgaagtggtttgaagctatt 817  Q
    ||||| ||||||||| | ||||||||||| |  ||||||| |  |||||| || ||||||| || ||| || |||||||||  |||||||||||||||||    
T  19626634 agtttgatgttgagataattgatgttcagtttattttgtcca--ttatgtgcatcctgttggttttgtcatattcttatctagagtggtttgaagctatt 19626731  T
Q  818 gttatatatta--gtattgtttagcttgttgaaccagaattgnnnnnnntattgctatagcaaaccaaacacaacaaagtagagcctacggtccgtgcat 915  Q
    |||||||||||   ||||||||||||| |||||| |||||||       || | |||||||||||||||||||||||   ||| |||| || ||||||||    
T  19626732 gttatatattattatattgtttagctttttgaactagaattg-aaacaatactactatagcaaaccaaacacaacaacagagaacctatggaccgtgcat 19626830  T
Q  916 gatgaaaat 924  Q
    |||||||||    
T  19626831 gatgaaaat 19626839  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 57; E-Value: 4e-23
Query Start/End: Original strand, 718 - 924
Target Start/End: Original strand, 19823535 - 19823740
Alignment:
Q  718 agtttaatgttgagacatttgatgttcaggtccttttgtcaactttatgttcagcctgttgtttgtgtaattttcttatctgaagtggtttgaagctatt 817  Q
    ||||| ||||||||| | ||||||||||| |  ||||||| |  |||||| || ||||||| || ||| || |||||||||  |||||||||||||||||    
T  19823535 agtttgatgttgagataattgatgttcagtttattttgtcca--ttatgtgcatcctgttggttttgtcatattcttatctagagtggtttgaagctatt 19823632  T
Q  818 gttatatatta--gtattgtttagcttgttgaaccagaattgnnnnnnntattgctatagcaaaccaaacacaacaaagtagagcctacggtccgtgcat 915  Q
    |||||||||||   ||||||||||||| |||||| |||||||       || | |||||||||||||||||||||||   ||| |||| || ||||||||    
T  19823633 gttatatattattatattgtttagctttttgaactagaattg-aaacaatactactatagcaaaccaaacacaacaatagagaacctatggaccgtgcat 19823731  T
Q  916 gatgaaaat 924  Q
    |||||||||    
T  19823732 gatgaaaat 19823740  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 57; Significance: 4e-23; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 57; E-Value: 4e-23
Query Start/End: Original strand, 718 - 924
Target Start/End: Complemental strand, 16550206 - 16550001
Alignment:
Q  718 agtttaatgttgagacatttgatgttcaggtccttttgtcaactttatgttcagcctgttgtttgtgtaattttcttatctgaagtggtttgaagctatt 817  Q
    ||||| ||||||||  | ||||||||||| || ||||||| |  |||||| || |||||||||| ||| || ||||||| || |||||||||||||||||    
T  16550206 agtttgatgttgaggtaattgatgttcagatcattttgtcca--ttatgtgcatcctgttgtttttgtcatattcttatttggagtggtttgaagctatt 16550109  T
Q  818 gttatatatta--gtattgtttagcttgttgaaccagaattgnnnnnnntattgctatagcaaaccaaacacaacaaagtagagcctacggtccgtgcat 915  Q
    |||||||||||   ||||||||| ||| |||||| |||||||       || | |||||||||||||||||||||||   ||| |||| || ||||||||    
T  16550108 gttatatattattatattgtttatctttttgaactagaattg-aaacaatactactatagcaaaccaaacacaacaatagagaacctatggaccgtgcat 16550010  T
Q  916 gatgaaaat 924  Q
    |||||||||    
T  16550009 gatgaaaat 16550001  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 57; Significance: 4e-23; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 57; E-Value: 4e-23
Query Start/End: Original strand, 718 - 924
Target Start/End: Complemental strand, 23084160 - 23083955
Alignment:
Q  718 agtttaatgttgagacatttgatgttcaggtccttttgtcaactttatgttcagcctgttgtttgtgtaattttcttatctgaagtggtttgaagctatt 817  Q
    ||||| ||||||||| ||||||||||||| |  |||||||  |||||||| || |||||||||| | | || | |||||||| ||||||||| |||||||    
T  23084160 agtttgatgttgagatatttgatgttcagttaattttgtc--ctttatgtgcatcctgttgtttttttcatatacttatctggagtggtttgcagctatt 23084063  T
Q  818 gttatata--ttagtattgtttagcttgttgaaccagaattgnnnnnnntattgctatagcaaaccaaacacaacaaagtagagcctacggtccgtgcat 915  Q
    ||||||||  || |||||||||||||| |||||| |||||||       || | |||||||||||||||||||||||  |||| ||||  | || |||||    
T  23084062 gttatatatttttgtattgtttagctttttgaactagaattg-aaataatagtactatagcaaaccaaacacaacaacatagaacctatcgaccatgcat 23083964  T
Q  916 gatgaaaat 924  Q
    |||||||||    
T  23083963 gatgaaaat 23083955  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 45; Significance: 6e-16; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 45; E-Value: 6e-16
Query Start/End: Original strand, 718 - 825
Target Start/End: Original strand, 4826657 - 4826762
Alignment:
Q  718 agtttaatgttgagacatttgatgttcaggtccttttgtcaactttatgttcagcctgttgtttgtgtaattttcttatctgaagtggtttgaagctatt 817  Q
    ||||| ||||||||| | ||||||||||| || ||||||| |  |||||| || |||||||||| ||| || || ||||||| |||||||||||||||||    
T  4826657 agtttgatgttgagataattgatgttcagttcattttgtcca--ttatgtgcatcctgttgtttttgtcatatttttatctggagtggtttgaagctatt 4826754  T
Q  818 gttatata 825  Q
    ||||||||    
T  4826755 gttatata 4826762  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University