View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1594R-Insertion-3 (Length: 690)

Name: NF1594R-Insertion-3
Description: NF1594R
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1594R-Insertion-3
NF1594R-Insertion-3
[»] chr5 (14 HSPs)
chr5 (8-690)||(39475319-39476001)
chr5 (21-554)||(39450949-39451482)
chr5 (8-358)||(39483405-39483752)
chr5 (66-556)||(39471983-39472467)
chr5 (17-557)||(39486405-39486951)
chr5 (66-556)||(39460197-39460684)
chr5 (109-550)||(39454592-39455027)
chr5 (168-556)||(39470597-39470979)
chr5 (108-576)||(39458074-39458536)
chr5 (248-550)||(39464451-39464750)
chr5 (435-576)||(39480300-39480441)
chr5 (56-213)||(39464283-39464440)
chr5 (109-220)||(43312315-43312426)
chr5 (447-551)||(43312626-43312730)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 679; Significance: 0; HSPs: 14)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 679; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 690
Target Start/End: Complemental strand, 39476001 - 39475319
Alignment:
Q  8 aggaacggggttggcgaaactcgggatggctacctcgttctgcagcagcagctgagtcgaatcgacattgtctcgttcacgaagagtgtaaaggtaaaga 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39476001 aggaacggggttggcgaaactcgggatggctacctcgttctgcagcagcagctgagtcgaatcgacattgtctcgttcacgaagagtgtaaaggtaaaga 39475902  T
Q  108 ttcaaaccaagggaagcaacaccagaagtgaagaaaacgagcgtagggacattgaactcattggcaacattgatcatggtggtgcagaacatgtcaacaa 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39475901 ttcaaaccaagggaagcaacaccagaagtgaagaaaacgagcgtagggacattgaactcattggcaacattgatcatggtggtgcagaacatgtcaacaa 39475802  T
Q  208 cgaaggcggcgaggtgtccatgttgtccttctctagtagtgaggttggagacagcttgttttacgtttggtttctgagcttcgaggagagctgtcatgga 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39475801 cgaaggcggcgaggtgtccatgttgtccttctctagtagtgaggttggagacagcttgttttacgtttggtttctgagcttcgaggagagctgtcatgga 39475702  T
Q  308 agagaaacctggatcggtgtttgggggaagagaaacttctggaaggttgatgatgttgagagattctgagataggaagggatttagtgttgacatcattt 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39475701 agagaaacctggatcggtgtttgggggaagagaaacttctggaaggttgatgatgttgagagattctgagataggaagggatttagtgttgacatcattt 39475602  T
Q  408 tctgttatgtgtgggaatttgataactaaaacagttgctcggagacggttatcacgattgattagaagcttcacaaactcaagtgtggaaattagatggc 507  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39475601 tctgttatgtgtgggaatttgataactaaaacagttactcggagacggttatcacgattgattagaagcttcacaaactcaagtgtggaaattagatggc 39475502  T
Q  508 tcagaccgggaaaagggataaacaccacttctgctttcttcatcttggatatacacttgatcagtgtgactgtgttttgaattgttgttttgatgttcct 607  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39475501 tcagaccgggaaaagggataaacaccacttctgctttcttcatcttggatatacacttgatcagtgtgactgtgttttgaattgttgttttgatgttcct 39475402  T
Q  608 gttatttaaataggaataggaatagtgtagataattattagtatgaatataattatattatactaggagtgtttgatgcatgt 690  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39475401 gttatttaaataggaataggaatagtgtagataattattagtatgaatataattatattatactaggagtgtttgatgcatgt 39475319  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 302; E-Value: 1e-169
Query Start/End: Original strand, 21 - 554
Target Start/End: Complemental strand, 39451482 - 39450949
Alignment:
Q  21 gcgaaactcgggatggctacctcgttctgcagcagcagctgagtcgaatcgacattgtctcgttcacgaagagtgtaaaggtaaagattcaaaccaaggg 120  Q
    |||||| |||||||||||| ||| |||||| || ||| |||||| ||||| || |||||||||||||| || || | ||  | |||||||||||||||||    
T  39451482 gcgaaagtcgggatggctaactctttctgctgctgcaactgagttgaatcaacgttgtctcgttcacggagggtatgaatatgaagattcaaaccaaggg 39451383  T
Q  121 aagcaacaccagaagtgaagaaaacgagcgtagggacattgaactcattggcaacattgatcatggtggtgcagaacatgtcaacaacgaaggcggcgag 220  Q
    ||||||| |||||||||||||| |||||| |||| ||    || || ||||||| ||  ||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||    
T  39451382 aagcaacgccagaagtgaagaagacgagcataggaactgaaaattctttggcaatatcaatcatggtggtgcagaacatgtcaacaacgatggtggcgag 39451283  T
Q  221 gtgtccatgttgtccttctctagtagtgaggttggagacagcttgttttacgtttggtttctgagcttcgaggagagctgtcatggaagagaaacctgga 320  Q
    |  ||||| || |||| ||| |||||||||||| || || |||||||| || |||||||||||||||||||||||||| | |||||||| ||||||||||    
T  39451282 gactccattttctcctcctccagtagtgaggttagaaacggcttgtttgacatttggtttctgagcttcgaggagagcaggcatggaagcgaaacctgga 39451183  T
Q  321 tcggtgtttgggggaagagaaacttctggaaggttgatgatgttgagagattctgagataggaagggatttagtgttgacatcattttctgttatgtgtg 420  Q
    | ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||    
T  39451182 ttggtgtttggaggaagagaaacttctggaaggttgatgatgttgagagaatctgagataggaagggatttagtgttgacatcattttctgatatatgtg 39451083  T
Q  421 ggaatttgataactaaaacagttgctcggagacggttatcacgattgattagaagcttcacaaactcaagtgtggaaattagatggctcagaccgggaaa 520  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | || ||||| ||||||| ||||||||||| ||| |||||    
T  39451082 ggaatttgataactaaaacagttactcggagacggttatcacgattgattagaagcttcgcgaattcaagggtggaaactagatggctcacaccaggaaa 39450983  T
Q  521 agggataaacaccacttctgctttcttcatcttg 554  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39450982 agggataaacaccacttctgctttcttcatcttg 39450949  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 209; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 8 - 358
Target Start/End: Complemental strand, 39483752 - 39483405
Alignment:
Q  8 aggaacggggttggcgaaactcgggatggctacctcgttctgcagcagcagctgagtcgaatcgacattgtctcgttcacgaagagtgtaaaggtaaaga 107  Q
    ||||| ||||||||| ||||||||||||||| |||| ||||   |||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  39483752 aggaatggggttggcaaaactcgggatggctgcctctttctcttgcagcagctgagtcaaatcgatattgtctcgttcacgaagagtgtgaagataaaga 39483653  T
Q  108 ttcaaaccaagggaagcaacaccagaagtgaagaaaacgagcgtagggacattgaactcattggcaacattgatcatggtggtgcagaacatgtcaacaa 207  Q
    ||||||||||||||||||||||   ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||    
T  39483652 ttcaaaccaagggaagcaacactgaaagtgtagaaaacgagcgtagggacattgaactcattggcaacatcaatcatggtggtgcagaacatgtcaacaa 39483553  T
Q  208 cgaaggcggcgaggtgtccatgttgtccttctctagtagtgaggttggagacagcttgttttacgtttggtttctgagcttcgaggagagctgtcatgga 307  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||| ||||||||  | ||||     
T  39483552 cgaaggcggagaggtgtccatgttgtccttctctagtagtgaggttggagacagcttgtattatgtttggtttctgagcttcaaggagagcgttgatggc 39483453  T
Q  308 agagaaacctggatcggtgtttgggggaagagaaacttctggaaggttgat 358  Q
    ||   || || |||||  ||||||||||||| ||  |||||||||||||||    
T  39483452 ag---aaactagatcgaagtttgggggaagataacattctggaaggttgat 39483405  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 191; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 66 - 556
Target Start/End: Complemental strand, 39472467 - 39471983
Alignment:
Q  66 gaatcgacattgtctcgttcacgaagagtgtaaaggtaaagattcaaaccaagggaagcaacaccagaagtgaagaaaacgagcgtagggacattgaact 165  Q
    |||| |||||||||||||| ||||||||||||||| | || | |||| |||||| | |||||||| ||||||||||| || ||||||||||||  |||||    
T  39472467 gaatagacattgtctcgttgacgaagagtgtaaagatgaaaactcaatccaaggaacgcaacaccggaagtgaagaagacaagcgtagggacagagaact 39472368  T
Q  166 cattggcaacattgatcatggtggtgcagaacatgtcaacaacgaaggcggcgaggtgtccatgttgtccttctctagtagtgaggttggagacagcttg 265  Q
    | ||||||||||  |||||| | |||||||||||||||||||| || ||||| |||  ||||| ||   ||  ||| ||| ||||||| || ||  ||||    
T  39472367 ctttggcaacatcaatcatgtttgtgcagaacatgtcaacaacaaaagcggcaaggactccatttt---ctgatctggtaatgaggttagatactacttg 39472271  T
Q  266 ttttacgtttggtttctgagcttcgaggagagctgtcatggaagagaaacctggatcggtgtttgggggaagagaaacttctggaaggttgatgatgttg 365  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||| || |||||   ||||  |||| |||| |||||||||| |||||||  |||||||||||||||||||| |    
T  39472270 tttgacgtttggtttctgagcttcgaggagcgcagtcat---agagggaccttgatctgtgtttggggcaagagaacattctggaaggttgatgatgtgg 39472174  T
Q  366 agagattctgagataggaagggatttagtgttgacatcattttctgttatgtgtgggaatttgataactaaaacagttgctcggagacggttatcacgat 465  Q
    || || || |||||||||||||||||||||| ||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||| |    
T  39472173 agtgaatcggagataggaagggatttagtgtagacatcggtttctgtgatgtgtgggaatttgataactaaaacagttattcggagacggttatcacggt 39472074  T
Q  466 tgattagaagcttcacaaactcaagtgtggaaattagatggctcagaccgggaaaagggataaacaccacttctgctttcttcatcttgga 556  Q
    |||||||||||||| ||||||| || |  |||| || ||| | |  | | |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39472073 tgattagaagcttcgcaaactcgagagcagaaactatatgaccctcagccggaaaagggacaaacaccacttctgctttcttcatcttgga 39471983  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 179; E-Value: 3e-96
Query Start/End: Original strand, 17 - 557
Target Start/End: Complemental strand, 39486951 - 39486405
Alignment:
Q  17 gttggcgaaactcgggatggctacctcgttctgcagcagcagctgagtcgaatcgacattgtctcgttcacgaagagtgtaaaggtaaagattcaaacca 116  Q
    |||||| ||||| ||||||||||||||||||||| |||||| |||||| |||||||  ||||||||||||   ||||||| ||| |  ||  ||||||||    
T  39486951 gttggcaaaacttgggatggctacctcgttctgctgcagcaactgagttgaatcgatgttgtctcgttcaaacagagtgtgaagatggagcatcaaacca 39486852  T
Q  117 agggaagcaacaccagaagtgaagaaaacgagcgtagggacattgaactcattggcaacattgatcatggtggtgcagaacatgtcaacaacgaaggcgg 216  Q
    ||  |||||||||| ||||||||||| | ||||| |||||     || || ||||||| ||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39486851 agaaaagcaacaccggaagtgaagaagatgagcgcagggatggaaaattctttggcaatatcaatcatggtggtgcagaacatgtcaacaacgaaggcgg 39486752  T
Q  217 cgaggtgtccatgt---tgtccttctctagtagtgaggttggagacagcttgttttacgtttggtttctgagcttcgaggagagctgtcatggaagagaa 313  Q
    | ||||||||| ||   |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||  |||||  |   ||    
T  39486751 caaggtgtccaggtggttgtccttctctagtagtgaggttggatacagcttgtttgacgtttggtttctgagcttcaaggagagcgttcatgaca---aa 39486655  T
Q  314 acctggatcggtgtttgggggaagagaaacttctggaaggttgatgatgttgagagattctgagataggaagggatttagtg------ttgacatcattt 407  Q
    || ||| |||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||  | |||||| || || || ||||||||||| |||      | |||||| |      
T  39486654 acgtggttcggtgtttgggggaagagaacattctggaaggttgatgacctggagagaatcggaaatgggaagggattttgtgtagacatcgacatcgtca 39486555  T
Q  408 tctgttatgtgtgggaatttgataactaaaacagttgctcggagacggttatcacgattgattagaagcttcacaaactcaagtgtggaaattagatggc 507  Q
    |||||  |||||||||||||||| || || |  |||  |||||||||||||||||| ||||||||||||||  |||| ||||| ||||||| |||||| |    
T  39486554 tctgtggtgtgtgggaatttgatgaccaagatggttattcggagacggttatcacggttgattagaagctttgcaaattcaagggtggaaactagatgac 39486455  T
Q  508 tcagaccgggaaaagggataaacaccacttctgctttcttcatcttggat 557  Q
      | ||| ||  ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  39486454 caacaccaggtgaagggataatcaccacttctgctttcttcatcttggat 39486405  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 129; E-Value: 2e-66
Query Start/End: Original strand, 66 - 556
Target Start/End: Complemental strand, 39460684 - 39460197
Alignment:
Q  66 gaatcgacattgtctcgttcacgaagagtgtaaaggtaaagattcaaaccaagggaagcaacaccagaagtgaagaaaacgagcgtagggacattgaact 165  Q
    ||||| || ||||||| ||||||||||||||  |  | ||||||  ||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||||||||    || |    
T  39460684 gaatctacgttgtctctttcacgaagagtgtggatatgaagatttgaaccaagggaagcaacaccggaagtgaagaagacaagcgtagggactgaaaatt 39460585  T
Q  166 cattggcaacattgatcatggtggtgcagaacatgtcaacaacgaaggcggcgaggtgtccatgttgtccttctctagtagtgaggttggagacagcttg 265  Q
    | ||||||| ||  |||||  | |||||||||||||||||||| ||||| | ||||  |||||||| | ||    |||||||||| || || || |||||    
T  39460584 ctttggcaatatcaatcattttagtgcagaacatgtcaacaacaaaggctgtgagggttccatgtttttctctagtagtagtgagattagatacggcttg 39460485  T
Q  266 ttttacgtttggtttctgagcttcgaggagagctgtcatggaagagaaacctggatcggtgtttgggggaagagaaacttctggaaggttgatgatgttg 365  Q
    ||| ||||||| ||||||||||||||||| |||  ||||    ||   |  ||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  39460484 tttgacgtttgatttctgagcttcgaggaaagccatcattctgga---agttggttcgatgtttgggggaagagaaacttctggaaggttgatgatgtcg 39460388  T
Q  366 agagattctgagataggaagggatttagtgttgacatcattttctgttatgtgtgggaatttgataactaaaacagttgctcggagacggttatcacgat 465  Q
    ||||| || ||  | ||||| ||||||||||| |||||   ||||| | ||| ||||| ||| || ||||  |||||   |||||| || |||||||| |    
T  39460387 agagaatcagaagtgggaagtgatttagtgttaacatcggattctgatgtgtatgggagtttcatgactaggacagtaattcggaggcgcttatcacggt 39460288  T
Q  466 tgattagaagcttcacaaactcaagtgtggaaattagatggctcagaccgggaaaagggataaacaccacttctgctttcttcatcttgga 556  Q
    || ||||||||||  | |||||||| ||||||  |||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  39460287 tggttagaagctttgcgaactcaagggtggaatctagatggctcggaccgggaaaagggataaacacaacttctgctttcttcatcttgga 39460197  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 121; E-Value: 1e-61
Query Start/End: Original strand, 109 - 550
Target Start/End: Complemental strand, 39455027 - 39454592
Alignment:
Q  109 tcaaaccaagggaagcaacaccagaagtgaagaaaacgagcgtagggacattgaactcattggcaacattgatcatggtggtgcagaacatgtcaacaac 208  Q
    ||||||||||| |||| ||||  ||||||||||| ||||| |||||||    |||||| ||||||||||  |||||||  |||||| |||||||||||||    
T  39455027 tcaaaccaaggaaagctacactggaagtgaagaagacgagtgtagggatggagaactctttggcaacatcaatcatggctgtgcaggacatgtcaacaac 39454928  T
Q  209 gaaggcggcgaggtgtccatgttgtccttctctagtagtgaggttggagacagcttgttttacgtttggtttctgagcttcgaggagagctgtcatggaa 308  Q
    ||| || ||||||  ||||  |||  |||| | |||| ||||||| || || |||||||| |||||||||||||||||||| ||| |||| | ||||||     
T  39454927 gaaagctgcgaggactccac-ttg--cttcaccagtaatgaggttagatacggcttgtttgacgtttggtttctgagcttcaaggtgagcggacatggag 39454831  T
Q  309 gagaaacctggatcggtgtttgggggaagagaaacttctggaaggttgatgatgttgagagattctgagataggaagggatttagtgttgacatcatttt 408  Q
    || |   ||||||  |||||||||||||||||   |||||||||||||||||||  ||  || || ||||| ||||| |||||| |||  |||||| |||    
T  39454830 gaaa---ctggattagtgtttgggggaagagagcattctggaaggttgatgatgcggattgaatcggagattggaagagatttactgtatacatcagttt 39454734  T
Q  409 ctgttatgtgtgggaatttgataactaaaacagttgctcggagacggttatcacgattgattagaagcttcacaaactcaagtgtggaaattagatggct 508  Q
    | ||   |||||| |||||||  ||||||||||||  |||||||||||||||||| ||||||||||| ||| | |||||||| ||||||| || |||||     
T  39454733 cagtggcgtgtggaaatttgaggactaaaacagttattcggagacggttatcacggttgattagaagtttcgcgaactcaagggtggaaactaaatggcc 39454634  T
Q  509 cagaccgggaaaagggataaacaccacttctgctttcttcat 550  Q
     | ||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39454633 aacaccaggagaagggataaacaccacttctgctttcttcat 39454592  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 105; E-Value: 4e-52
Query Start/End: Original strand, 168 - 556
Target Start/End: Original strand, 39470597 - 39470979
Alignment:
Q  168 ttggcaacattgatcatggtggtgcagaacatgtcaacaacgaaggcggcgaggtgtccatgttgtccttctctagtagtgaggttggagacagcttgtt 267  Q
    ||||||||||  |||||| | ||||||||||||||||||| ||  ||||||||| |||||||||||   |||| ||||||||||||||||| ||||||||    
T  39470597 ttggcaacatcaatcatgtttgtgcagaacatgtcaacaatgacagcggcgaggggtccatgttgt---tctccagtagtgaggttggagatagcttgtt 39470693  T
Q  268 ttacgtttggtttctgagcttcgaggagagctgtcatggaagagaaacctggatcggtgtttgggggaagagaaacttctggaaggttgatgatgttgag 367  Q
    | ||||||| ||| |||||||||||||||||  ||||   |    |||||||||| | | ||||| ||| |||||||||||||||||||||||  | |||    
T  39470694 tgacgtttgctttatgagcttcgaggagagcgttcat---atccgaacctggatcagaggttgggagaacagaaacttctggaaggttgatgacatggag 39470790  T
Q  368 agattctgagataggaagggatttagtgttgacatcattttctgttatgtgtgggaatttgataactaaaacagttgctcggagacggttatcacgattg 467  Q
    ||| || ||||| |||| |||||||| || |||||||  |||||   ||||||||||||| || ||||| ||||||  || ||| ||||||||| | |||    
T  39470791 agaatcagagatgggaatggatttagcgtagacatcagattctgcagtgtgtgggaatttcatgactaagacagttattcagaggcggttatcatggttg 39470890  T
Q  468 attagaagcttcacaaactcaagtgtggaaattagatggctcagaccgggaaaagggataaacaccacttctgctttcttcatcttgga 556  Q
    |||||||||||  | ||||| |  |  |||| |||||| |  | | |||||||||||||||||||||||||  |||||||||| |||||    
T  39470891 attagaagcttggcgaactctaaggcagaaactagatgacctacagcgggaaaagggataaacaccacttccactttcttcatgttgga 39470979  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 101; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 108 - 576
Target Start/End: Original strand, 39458074 - 39458536
Alignment:
Q  108 ttcaaaccaagggaagcaacaccagaagtgaagaaaacgagcgtagggacattgaactcattggcaacattgatcatggtggtgcagaacatgtcaacaa 207  Q
    |||||||||||| |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||   || || ||  ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||    
T  39458074 ttcaaaccaaggaaagcaacaccggaagtgaagaagacgagcgtagggacagaaaattcttttacaacatcaatcatggtggtgcagaacatgtcaacaa 39458173  T
Q  208 cgaaggcggcgaggtgtccatgttgtccttctctagtagtgaggttggagacagcttgttttacgtttggtttctgagcttcgaggagagctgtcatgga 307  Q
     ||| || || |||  ||||| || |  | || ||||   |||||||||||| |||| ||| ||||||||||||||||||| ||||||| |   ||||      
T  39458174 tgaatgcagctaggactccattttctggtgctttagt---gaggttggagacggcttttttgacgtttggtttctgagctttgaggagatccaccatgcc 39458270  T
Q  308 agagaaacctggatcggtgtttgggggaagagaaacttctggaaggttgatgatgttgagagattctgagataggaagggatttagtgttgacatcattt 407  Q
     ||   |  |  || || ||||||||||||||||  ||||||||||| ||  ||||| ||||| ||   ||| | |||||||||||||| ||||||  ||    
T  39458271 gga---agttatattggagtttgggggaagagaacattctggaaggtcgacaatgttaagagaatcgtcgatggcaagggatttagtgtagacatctatt 39458367  T
Q  408 tctgttatgtgtgggaatttgataactaaaacagttgctcggagacggttatcacgattgattagaagcttcacaaactcaagtgtggaaattagatggc 507  Q
    |||||| ||||||| ||||| || || || | ||||  |||||||||||||||||| ||||||||||||||  |||| || || ||||||| |||||| |    
T  39458368 tctgttgtgtgtggaaatttcatgaccaagatagttattcggagacggttatcacggttgattagaagctttgcaaattcgagggtggaaactagatgac 39458467  T
Q  508 tcagaccgggaaaagggataaacaccacttctgctttcttcatcttggatatacacttgatcagtgtga 576  Q
      | ||| ||  ||| ||||| |||||||||||||||||||||| ||||||| |||||  |||||||||    
T  39458468 caacaccaggtgaagagataatcaccacttctgctttcttcatcctggatatgcacttactcagtgtga 39458536  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 93; E-Value: 6e-45
Query Start/End: Original strand, 248 - 550
Target Start/End: Original strand, 39464451 - 39464750
Alignment:
Q  248 gaggttggagacagcttgttttacgtttggtttctgagcttcgaggagagctgtcatggaagagaaacctggatcggtgtttgggggaagagaaacttct 347  Q
    |||||| ||||| |||||||| ||||||||||| ||||| || ||||||||  ||||   || | |||||||||| | | || |||||||||||||||||    
T  39464451 gaggttagagacggcttgtttgacgtttggtttgtgagcatcaaggagagcgttcat---agcggaacctggatcagaggtttggggaagagaaacttct 39464547  T
Q  348 ggaaggttgatgatgttgagagattctgagataggaagggatttagtgttgacatcattttctgttatgtgtgggaatttgataactaaaacagttgctc 447  Q
    |||||||||||||  || ||||| || || || |||| ||||||||||| ||||||   |||||   | ||||||| |||||| ||||| |  |||  ||    
T  39464548 ggaaggttgatgacattaagagaatcagatatgggaatggatttagtgtagacatcggattctgcggtttgtgggagtttgatgactaagatggttattc 39464647  T
Q  448 ggagacggttatcacgattgattagaagcttcacaaactcaagtgtggaaattagatggctcagaccgggaaaagggataaacaccacttctgctttctt 547  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| |  |||| |||||| |  | | ||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  39464648 ggagacggttatcacggttgattagaagcttcgcaaactcaagggcagaaactagatgacctacagcgggaaaagggataaacactacttctgctttctt 39464747  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 435 - 576
Target Start/End: Complemental strand, 39480441 - 39480300
Alignment:
Q  435 aaaacagttgctcggagacggttatcacgattgattagaagcttcacaaactcaagtgtggaaattagatggctcagaccgggaaaagggataaacacca 534  Q
    |||||||||  |||||||||||||||||| ||||||||||||||| | || ||||| ||||||| |||||| |  | ||| ||  ||||||||| |||||    
T  39480441 aaaacagttattcggagacggttatcacggttgattagaagcttcgcgaattcaagggtggaaactagatgaccaacaccaggtgaagggataatcacca 39480342  T
Q  535 cttctgctttcttcatcttggatatacacttgatcagtgtga 576  Q
    ||||||||||||||||| ||||||| |||||  |||||||||    
T  39480341 cttctgctttcttcatcctggatatgcacttactcagtgtga 39480300  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 56 - 213
Target Start/End: Original strand, 39464283 - 39464440
Alignment:
Q  56 cagctgagtcgaatcgacattgtctcgttcacgaagagtgtaaaggtaaagattcaaaccaagggaagcaacaccagaagtgaagaaaacgagcgtaggg 155  Q
    ||||||||| |||||||| ||||||||||||   | ||||| ||  | |||||||||||||||| |||||||||  ||||||||||| || | || ||||    
T  39464283 cagctgagttgaatcgacgttgtctcgttcaaacaaagtgtgaatatgaagattcaaaccaaggaaagcaacactcgaagtgaagaacacaaacgcaggg 39464382  T
Q  156 acattgaactcattggcaacattgatcatggtggtgcagaacatgtcaacaacgaagg 213  Q
    ||    || || ||||||||||  |||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  39464383 acggaaaattccttggcaacatcaatcatgttggtgcagaacatgtcaacaacgaagg 39464440  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 109 - 220
Target Start/End: Original strand, 43312315 - 43312426
Alignment:
Q  109 tcaaaccaagggaagcaacaccagaagtgaagaaaacgagcgtagggacattgaactcattggcaacattgatcatggtggtgcagaacatgtcaacaac 208  Q
    ||||||||||| |||||||||| ||||||||| | ||||| | |||||||   || ||||| || ||||  |||||||||||||||||||||||||||||    
T  43312315 tcaaaccaaggaaagcaacaccggaagtgaagtagacgagggaagggacaccaaagtcattagctacatcaatcatggtggtgcagaacatgtcaacaac 43312414  T
Q  209 gaaggcggcgag 220  Q
    |||||| |||||    
T  43312415 gaaggcagcgag 43312426  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 45; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 447 - 551
Target Start/End: Original strand, 43312626 - 43312730
Alignment:
Q  447 cggagacggttatcacgattgattagaagcttcacaaactcaagtgtggaaattagatggctcagaccgggaaaagggataaacaccacttctgctttct 546  Q
    ||||||||||||||||| ||||| ||||||||  |||||||||| ||||| | || ||| | || ||| ||| ||||||||||||||||||||  |||||    
T  43312626 cggagacggttatcacggttgatgagaagcttagcaaactcaagggtggatactaaatgtcccacacctggagaagggataaacaccacttctagtttct 43312725  T
Q  547 tcatc 551  Q
    |||||    
T  43312726 tcatc 43312730  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University