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This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF1594_low_1 (Length: 734)
Name: NF1594_low_1
Description: NF1594
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF1594_low_1 |
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Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 590; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:
Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 590; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 723
Target Start/End: Complemental strand, 42213300 - 42212566
Alignment:
| Q |
18 |
aaataaggatcagcaacacactgttatattggtttaaccaaagaatcataagcataactaccaatttgatacaataaattaaagaaaa-----------t |
106 |
Q |
| |
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| T |
42213300 |
aaataaggatcagcaacacactgttatattggtttaaccaaagaatcataagcataactaccaatttgatacaataaattaaagaaaaacaaatgaaaat |
42213201 |
T |
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| Q |
107 |
ctctcaagacaagacatttactagctaccatcttggaggagcagaacaataattaatgaaaaataagaaacatattaatattatcactcatataagtata |
206 |
Q |
| |
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| T |
42213200 |
ctctcaagacaagacatttactagctaccatcttggaggagcagaacaataattaatgaaaaataagaaacatattaatattatcactcatataagtata |
42213101 |
T |
|
| Q |
207 |
aataaactttaacaaagaacaaaatatactattggacccaaaatgttaacaagggaaaataaaactcagctaagtccatgatgaccgatgaggaagtcaa |
306 |
Q |
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| T |
42213100 |
aataaactttaacaaagaacaaaatatactattggacccaaaatgttaacaagggaaaataaaactcagctaagtccatgatgaccgatgaggaagtcaa |
42213001 |
T |
|
| Q |
307 |
attgtagaacaggatgatatcttcataattgaacaataataatt-nnnnnnnnntgtggaacaaactgtaaagtataggataagttggattaagatagca |
405 |
Q |
| |
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| T |
42213000 |
attgtagaacaggatgatatcttcataattgaacaataataattaaaaaaaaaatgtggaacaaactgtaaagtataggataagttggattaagatagca |
42212901 |
T |
|
| Q |
406 |
cagctaggggaaaaattaatcaatctaaaagtgcaaataaatctgtgaaatgttcatcaaacaagcaaattacacgtgaattgcagtgtgaaatggataa |
505 |
Q |
| |
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| T |
42212900 |
cagctaggggaaaaattaatcaatctaaaagtgcaaataaatctgtgaaatgttcatcaaacaagcaaattacacatgaattgcagtgtgaaatggataa |
42212801 |
T |
|
| Q |
506 |
caattaacatcatgttacaaattcacctatggtttttactatctatttattcacacatatttattga-----------------ttatatgtgatgcttt |
588 |
Q |
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| T |
42212800 |
caattaacatcatgttacaaattcacctatggtttttactatctatttattcacacatatttattgattatgtcatatcctatcttatatgtgatgcttt |
42212701 |
T |
|
| Q |
589 |
ttgtacttaaaactaggtaccgataaatagaattcgtcttatgattctaccaaaacaaaaaattcacaaattgatgatcaatactcagtaaatctgcata |
688 |
Q |
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| T |
42212700 |
ttgtacttaaaactaggtaccaataaatagaattcgtcgtatgattctaccaaaacaaaaaattcacaaattgatgatcaatactcagtagatctgcata |
42212601 |
T |
|
| Q |
689 |
attagatgaacttaccgagctaataacatattcat |
723 |
Q |
| |
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| T |
42212600 |
attagatgaacttaccgagctaataacatattcat |
42212566 |
T |
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Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 75; E-Value: 4e-34
Query Start/End: Original strand, 363 - 723
Target Start/End: Complemental strand, 42205753 - 42205379
Alignment:
| Q |
363 |
ggaacaaactgtaaagtataggataagttggattaagatagcacagct--aggggaaaaattaatcaatctaaaagtgcaaataaatctgtgaaatgttc |
460 |
Q |
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| T |
42205753 |
ggaactaactgtgaagtataggataggttggattaagatatcatatcacaactagaaaaaataatcaatc-aaaagtgcaaataaatctgtgaaatgttc |
42205655 |
T |
|
| Q |
461 |
atcaaacaagcaaattacacgtgaattgcagtgtgaaatggataacaattaacatcatgttacaaattcaccta---tggtttttactatctatttattc |
557 |
Q |
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| T |
42205654 |
atcaaacaagcaaattacacatgaatt-cagtgtgaaatgga-------tatcatcgtgttacaaattcacctaattaaggttttattatctatttattc |
42205563 |
T |
|
| Q |
558 |
acacatattt---attga-------------------ttatatgtgatgctttttgtacttaaaactaggtaccgataaatagaattcgtcttatgattc |
635 |
Q |
| |
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|
| T |
42205562 |
acacatatttctgattgatcacatatcatatcctatcttatatgtgatactttttgtacttaaaacttggtacc---aaataaaattcctcttaagatct |
42205466 |
T |
|
| Q |
636 |
ta-ccaaaacaaaa-aattcacaaattgatgatcaatactcagtaaatctgcataattagatgaacttaccgagctaataacatattcat |
723 |
Q |
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|
| T |
42205465 |
taggcaaaacaaaataattcacaaattgatgatcaattctcagtagatttgcgta---agatgagctcaccgagctaataacatattcat |
42205379 |
T |
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