View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF15955_low_3 (Length: 527)

Name: NF15955_low_3
Description: NF15955
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF15955_low_3
NF15955_low_3
[»] chr5 (17 HSPs)
chr5 (19-527)||(7191723-7192231)
chr5 (28-527)||(10661068-10661567)
chr5 (19-527)||(10653182-10653690)
chr5 (46-507)||(19606868-19607329)
chr5 (19-527)||(10610428-10610936)
chr5 (55-523)||(10563781-10564249)
chr5 (23-527)||(10747998-10748502)
chr5 (55-243)||(10741966-10742154)
chr5 (59-222)||(10218034-10218197)
chr5 (55-526)||(10717882-10718353)
chr5 (55-243)||(9837595-9837783)
chr5 (41-400)||(10549533-10549892)
chr5 (347-527)||(10603798-10603978)
chr5 (330-507)||(10557949-10558126)
chr5 (435-527)||(10741682-10741774)
chr5 (20-126)||(10557639-10557745)
chr5 (23-111)||(10664557-10664645)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (40-526)||(17924387-17924873)
[»] chr6 (5 HSPs)
chr6 (42-527)||(12931020-12931505)
chr6 (136-321)||(12898405-12898590)
chr6 (136-527)||(12906025-12906416)
chr6 (56-527)||(12947399-12947870)
chr6 (42-243)||(12956822-12957023)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (305-459)||(31468213-31468367)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 489; Significance: 0; HSPs: 17)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 489; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 527
Target Start/End: Original strand, 7191723 - 7192231
Alignment:
Q  19 aaactgtagtaaactactagtgttttctatatcctttaataattttggaggtaatttgccaaatttcattgggaatttatccgctcaacttaggcaacta 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  7191723 aaactgtagtaaactactagtgttttctatatcctttaataattttggaggtaatttgccaaattccattgggaatttatccactcaacttaggcaacta 7191822  T
Q  119 catcttggatgtaatatgatatcaggaaaaattcctgaagaattaggaaatctaattggcttaactctgttgagcatggaacttaacaactttgaaggaa 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7191823 catcttggatgtaatatgatatcaggaaaaattcctgaagaattaggaaatctaattggcttaactctgttgagcatggaacttaacaactttgaaggaa 7191922  T
Q  219 ttattcctactacttttgggaagtttgagaaaatgcaactattggttttgcagggaaataagttttccggagagataccacccatcataggcaacctcag 318  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7191923 ttattcctactacttttgggaagtttgagaaaatgcaactattggttttgcagggaaataagttttccggagagataccacccatcataggcaacctcag 7192022  T
Q  319 tcaattatatcatttgagtataggagataatatgttagaaggaaatattccgtcaagtataggaaactgcaaaaagttacaatacctggaccttgcacaa 418  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7192023 tcaattatatcatttgagtgtaggagataatatgttagaaggaaatattccgtcaagtataggaaactgcaaaaagttacaatacctggaccttgcacaa 7192122  T
Q  419 aacaatcttagaagaaccataccgttagaagttttcagtctttcttcgttatcaaacttactgaacttgtcaagaaactcattgagtggtagcctaccaa 518  Q
    |||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7192123 aacaatcttagaggaaccatacccttagaagttttcagtctttcttcgttatcaaacttactgaacttgtcaagaaactcattgagtggtagcctaccaa 7192222  T
Q  519 gagaagtgg 527  Q
    |||||||||    
T  7192223 gagaagtgg 7192231  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 220; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 28 - 527
Target Start/End: Complemental strand, 10661567 - 10661068
Alignment:
Q  28 taaactactagtgttttctatatcctttaataattttggaggtaatttgccaaatttcattgggaatttatccgctcaacttaggcaactacatcttgga 127  Q
    |||||||  |||| |||||||||||  |||| ||||||| ||||| |||||||||||  | || ||||||||| |||||||||| || ||| || ||||     
T  10661567 taaactaagagtgatttctatatccagtaatcattttgggggtaacttgccaaattttgtaggcaatttatccactcaacttagtcagctatatgttggg 10661468  T
Q  128 tgtaatatgatatcaggaaaaattcctgaagaattaggaaatctaattggcttaactctgttgagcatggaacttaacaactttgaaggaattattccta 227  Q
     |||||   ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| ||  |||||||||||   || |||||||||||||||||||||||    
T  10661467 ggtaatccaatatcaggaaaaattcctgcagaattaggaaatctaattggcctaattcacttgagcatggacaatagcaactttgaaggaattattccta 10661368  T
Q  228 ctacttttgggaagtttgagaaaatgcaactattggttttgcagggaaataagttttccggagagataccacccatcataggcaacctcagtcaattata 327  Q
     |||||||||||||||||||| |||||||| |||  | ||| | ||||||||||| || |||||| ||||| |||| |||||||||||||||||||||||    
T  10661367 atacttttgggaagtttgagagaatgcaacaattactattgaatggaaataagttgtcaggagaggtaccatccattataggcaacctcagtcaattata 10661268  T
Q  328 tcatttgagtataggagataatatgttagaaggaaatattccgtcaagtataggaaactgcaaaaagttacaatacctggaccttgcacaaaacaatctt 427  Q
    || |||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||| ||||| |||||| | ||| ||||| |||||| ||| |||||| ||||||||| ||||    
T  10661267 tcttttgagtataagagataatatgttaggaggaaatattccttcaagcataggacattgccaaaagctacaatccctagacctttcacaaaacattctt 10661168  T
Q  428 agaagaaccataccgttagaagttttcagtctttcttcgttatcaaacttactgaacttgtcaagaaactcattgagtggtagcctaccaagagaagtgg 527  Q
    ||| ||||||||||   | | || || |||||||| || ||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  10661167 agaggaaccatacccaaaaaggtctttagtctttcctctttaacaaacttactgaacttgtcaaaaaactcattgagtggtagcctaccaatagaagtgg 10661068  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 169; E-Value: 2e-90
Query Start/End: Original strand, 19 - 527
Target Start/End: Complemental strand, 10653690 - 10653182
Alignment:
Q  19 aaactgtagtaaactactagtgttttctatatcctttaataattttggaggtaatttgccaaatttcattgggaatttatccgctcaacttaggcaacta 118  Q
    ||||||||||||||||   ||| |||||||| | | |||||||||||||||||| |||||||||||  | || ||||||||| |||||||||| || |||    
T  10653690 aaactgtagtaaactaaccgtgatttctatagcttataataattttggaggtaacttgccaaattttgtaggcaatttatccactcaacttagtcagcta 10653591  T
Q  119 catcttggatgtaatatgatatcaggaaaaattcctgaagaattaggaaatctaattggcttaactctgttgagcatggaacttaacaactttgaaggaa 218  Q
     || ||||  |||||  ||| || | ||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| ||  || ||| |||||  |||| ||||||||||||    
T  10653590 tatgttgggggtaatcagatgtctgaaaaaattcctgcagaattaggaaatctaattggtttaattcacttaagcttggaatataaccactttgaaggaa 10653491  T
Q  219 ttattcctactacttttgggaagtttgagaaaatgcaactattggttttgcagggaaataagttttccggagagataccacccatcataggcaacctcag 318  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||  ||| ||  || | ||||||| ||| || |||  ||||||||||||||||||||||||||     
T  10653490 ttattcctactacttttgggaagtttgagaggatgcaaagattagtactgaatggaaataggttgtcaggaatgataccacccatcataggcaacctcac 10653391  T
Q  319 tcaattatatcatttgagtataggagataatatgttagaaggaaatattccgtcaagtataggaaactgcaaaaagttacaatacctggaccttgcacaa 418  Q
    ||| |||| |  ||| ||| |||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||| || ||| | ||| ||||| |||||||||| |||||| |||||    
T  10653390 tcatttatttttttttagtgtaggagataatatgttggaaggaaacattccttcaagcattggatattgccaaaagctacaatacctagacctttcacaa 10653291  T
Q  419 aacaatcttagaagaaccataccgttagaagttttcagtctttcttcgttatcaaacttactgaacttgtcaagaaactcattgagtggtagcctaccaa 518  Q
    |||| |||  || ||||||||||  |||| ||||| |||||||| ||  || ||||| ||||||| |||||||  ||| |||||||||||||| |||| |    
T  10653290 aacattctccgaggaaccatacccatagaggttttaagtctttcctccctaacaaacatactgaatttgtcaaataacacattgagtggtagcttaccga 10653191  T
Q  519 gagaagtgg 527  Q
    |||||||||    
T  10653190 gagaagtgg 10653182  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 130; E-Value: 4e-67
Query Start/End: Original strand, 46 - 507
Target Start/End: Complemental strand, 19607329 - 19606868
Alignment:
Q  46 tatatcctttaataattttggaggtaatttgccaaatttcattgggaatttatccgctcaacttaggcaactacatcttggatgtaatatgatatcagga 145  Q
    |||| ||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| ||||||||| | |||||||| |||||| |||||||| ||||||| |||||||||    
T  19607329 tatagcctataataattttggaggtagtttgccaaattccattggtaatttatccacccaacttagtcaactatatcttggaggtaatatcatatcagga 19607230  T
Q  146 aaaattcctgaagaattaggaaatctaattggcttaactctgttgagcatggaacttaacaactttgaaggaattattcctactacttttgggaagtttg 245  Q
    || ||||||   ||| ||||||||||| ||||||||||||| |||| ||| ||||||||| |  |||| |||||||||||  || ||||||||||||||     
T  19607229 aagattcctatggaaataggaaatctagttggcttaactctcttgaccatagaacttaaccaacttgatggaattattccatcttcttttgggaagtttc 19607130  T
Q  246 agaaaatgcaactattggttttgcagggaaataagttttccggagagataccacccatcataggcaacctcagtcaattatatcatttgagtataggaga 345  Q
    | || |||||| | |||| ||||    |||| ||  | |||||||  |||||| ||| | ||||||||||||||||||| ||| |  |  || |||| ||    
T  19607129 aaaacatgcaattgttggatttgagtcgaaacaaactgtccggagttataccaaccaccttaggcaacctcagtcaattgtattacctaggtttaggtga 19607030  T
Q  346 taatatgttagaaggaaatattccgtcaagtataggaaactgcaaaaagttacaatacctggaccttgcacaaaacaatcttagaagaaccataccgtta 445  Q
     |||||| || ||||||||||||| ||||| |||||||||||  |||||||||||| | | | ||||   ||||| ||||||||  |||||||||| |||    
T  19607029 aaatatgctacaaggaaatattccttcaagcataggaaactgtcaaaagttacaatccatagtcctttttcaaaataatcttagtggaaccataccctta 19606930  T
Q  446 gaagttttcagtctttcttcgttatcaaacttactgaacttgtcaagaaactcattgagtgg 507  Q
    || |||||  ||||||| || |||||||  |||||| | ||||||| ||||||||| |||||    
T  19606929 gaggtttttcgtctttcctctttatcaatattactggatttgtcaaaaaactcattcagtgg 19606868  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 89; E-Value: 1e-42
Query Start/End: Original strand, 19 - 527
Target Start/End: Original strand, 10610428 - 10610936
Alignment:
Q  19 aaactgtagtaaactactagtgttttctatatcctttaataattttggaggtaatttgccaaatttcattgggaatttatccgctcaacttaggcaacta 118  Q
    ||||||||||||||||  |  | ||||||||||   |||||| |||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||| | || ||||| || |||    
T  10610428 aaactgtagtaaactagaaaagctttctatatctaataataagtttggaggtagtttgccaaatttcattggcaatttatccacccatcttagacagcta 10610527  T
Q  119 catcttggatgtaatatgatatcaggaaaaattcctgaagaattaggaaatctaattggcttaactctgttgagcatggaacttaacaactttgaaggaa 218  Q
     |||||||| ||||||||||| |||||||||||||    ||| |||||||| |  ||||||||||||| |||  ||||||||||||| | ||||| ||||    
T  10610528 tatcttggaggtaatatgataacaggaaaaattcccatggaaataggaaatttggttggcttaactctcttgtccatggaacttaaccaatttgatggaa 10610627  T
Q  219 ttattcctactacttttgggaagtttgagaaaatgcaactattggttttgcagggaaataagttttccggagagataccacccatcataggcaacctcag 318  Q
    || ||||  ||||||| ||||||||  | || |||||| | |||| | |    | ||| ||||| || ||| | ||||||||| |||||||||| |||||    
T  10610628 ttgttccgtctactttagggaagttccaaaatatgcaaattttggatctaagcgaaaacaagttgtcaggatatataccacccttcataggcaatctcag 10610727  T
Q  319 tcaattatatcatttgagtataggagataatatgttagaaggaaatattccgtcaagtataggaaactgcaaaaagttacaatacctggaccttgcacaa 418  Q
    |||||| | |   |||  | ||     ||| |||||  |||||||||||||  |||| |||||||| ||  |||||||||||||||| || ||| | ||     
T  10610728 tcaattgtttaggttggctgtacacagtaacatgtttcaaggaaatattcctccaagcataggaaattgtcaaaagttacaatacctagatctttctcat 10610827  T
Q  419 aacaatcttagaagaaccataccgttagaagttttcagtctttcttcgttatcaaacttactgaacttgtcaagaaactcattgagtggtagcctaccaa 518  Q
    || || |||||  || ||||||| |||||  |||| | ||||| ||  |||||||| ||| ||||||||||    ||||| |||||||||||| ||||||    
T  10610828 aataaacttagtggatccatacctttagagatttttaatcttttttatttatcaaatttattgaacttgtcgcataactctttgagtggtagcttaccaa 10610927  T
Q  519 gagaagtgg 527  Q
    |||||||||    
T  10610928 gagaagtgg 10610936  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 78; E-Value: 4e-36
Query Start/End: Original strand, 55 - 523
Target Start/End: Original strand, 10563781 - 10564249
Alignment:
Q  55 taataattttggaggtaatttgccaaatttcattgggaatttatccgctcaacttaggcaactacatcttggatgtaatatgatatcaggaaaaattcct 154  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||    |||||||  |||||| |||||||  | |||||||||||||||||||||||     
T  10563781 taataattttggaggtcatttgccaaatttcattggcaatttatctatccaacttacacaactatatcttgggggaaatatgatatcaggaaaaattccc 10563880  T
Q  155 gaagaattaggaaatctaattggcttaactctgttgagcatggaacttaacaactttgaaggaattattcctactacttttgggaagtttgagaaaatgc 254  Q
    |  ||| ||||||||||| ||||||||| ||| |||| ||||||   ||||  ||||| |||| ||||||| ||||||||||||||||| || || ||||    
T  10563881 gtggaaataggaaatctagttggcttaattctcttgaccatggagtctaacctctttgtaggagttattccaactacttttgggaagttcgaaaagatgc 10563980  T
Q  255 aactattggttttgcagggaaataagttttccggagagataccacccatcataggcaacctcagtcaattatatcattt-gagtataggagataatatgt 353  Q
    |  ||||   ||||   ||||| ||||| || || || || |||||  | ||||| || |||||||| || ||| |||| || | |||   |||||||||    
T  10563981 agatattatatttgggtggaaacaagttgtcaggtgatatgccaccttttataggtaatctcagtcagttgtatgatttagaat-tagctcataatatgt 10564079  T
Q  354 tagaaggaaatattccgtcaagtataggaaactgcaaaaagttacaatacctggaccttgcacaaaacaatcttagaagaaccataccgttagaagtttt 453  Q
    | ||||||||||||||  | || |||||||| ||  |||| ||||||   || || ||| |  | || ||  |||   || |||||||  |||| |||||    
T  10564080 ttgaaggaaatattcctcctagcataggaaattgtcaaaatttacaagtactagatctttcttataataaatttaatggatccatacctctagaggtttt 10564179  T
Q  454 cagtctttcttcgttatcaaacttactgaacttgtcaagaaactcattgagtggtagcctaccaagagaa 523  Q
     ||||||||||| ||| |||||||| |||||||||||   ||||| |||||||||||| |||||||||||    
T  10564180 tagtctttcttctttaacaaacttattgaacttgtcacataactctttgagtggtagcttaccaagagaa 10564249  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 70; E-Value: 3e-31
Query Start/End: Original strand, 23 - 527
Target Start/End: Complemental strand, 10748502 - 10747998
Alignment:
Q  23 tgtagtaaactactagtgttttctatatcctttaataattttggaggtaatttgccaaatttcattgggaatttatccgctcaacttaggcaactacatc 122  Q
    ||||||||||||  |||| |||||||||    |||||| |||||||||| ||||||||||| |||||| | ||||||| | |||||||   |||||  ||    
T  10748502 tgtagtaaactagaagtggtttctatatgtaataataagtttggaggtagtttgccaaattccattggcagtttatccacccaacttacagaactatgtc 10748403  T
Q  123 ttggatgtaatatgatatcaggaaaaattcctgaagaattaggaaatctaattggcttaactctgttgagcatggaacttaacaactttgaaggaattat 222  Q
    ||||  | ||| ||||||||||||||||||| |  ||| ||||||||||| |||  ||||  || |||  ||| ||  ||||| ||||||||||||| ||    
T  10748402 ttggtggaaatttgatatcaggaaaaattcccgtggaaataggaaatctagttgagttaatactcttggccatcgattttaaccactttgaaggaataat 10748303  T
Q  223 tcctactacttttgggaagtttgagaaaatgcaactattggttttgcagggaaataagttttccggagagataccacccatcataggcaacctcagtcaa 322  Q
    ||| ||| |||||||||||||  | || ||||||   || | ||||   ||||| ||||| || ||| | ||||||||| |||||||||| |||||||||    
T  10748302 tccaacttcttttgggaagttccaaaagatgcaatatttagctttgagtggaaacaagttgtcaggatatataccacccttcataggcaatctcagtcaa 10748203  T
Q  323 ttatatcatttgagtataggagataatatgttagaaggaaatattccgtcaagtataggaaactgcaaaaagttacaatacctggaccttgcacaaaaca 422  Q
    || | | | |||  | ||     |||||||||  |||||||||||||  |||| |||| ||| ||  |||||||||||||||| || ||| | || || |    
T  10748202 ttgtttaaattggatttatatcgtaatatgttccaaggaaatattcctccaagcatagaaaattgtcaaaagttacaatacctagatctttctcataata 10748103  T
Q  423 atcttagaagaaccataccgttaga-agttttcagtctttcttcgttatcaaacttactgaacttgtcaagaaactcattgagtggtagcctaccaagag 521  Q
    | |||||  |||||||||| | ||| | |||||| | ||| ||| |||||||||||| ||||||| |||   ||||  |||||||||||| |||||||||    
T  10748102 agcttagtggaaccataccttcagagatttttca-tattttttctttatcaaacttattgaacttatcacataactttttgagtggtagcttaccaagag 10748004  T
Q  522 aagtgg 527  Q
    ||||||    
T  10748003 aagtgg 10747998  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 55 - 243
Target Start/End: Complemental strand, 10742154 - 10741966
Alignment:
Q  55 taataattttggaggtaatttgccaaatttcattgggaatttatccgctcaacttaggcaactacatcttggatgtaatatgatatcaggaaaaattcct 154  Q
    ||||||||| ||||||||||| ||||||| ||| || |||||||| ||| ||||||  |||||| || | ||    |||  |||||||||||||||||||    
T  10742154 taataatttcggaggtaattttccaaattccataggcaatttatcagctgaacttaaacaactatatataggggaaaatcagatatcaggaaaaattcct 10742055  T
Q  155 gaagaattaggaaatctaattggcttaactctgttgagcatggaacttaacaactttgaaggaattattcctactacttttgggaagtt 243  Q
    | |||||||||| ||||| ||||||||| ||| |||  |||| |  ||||| | ||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  10742054 gcagaattaggacatctagttggcttaattctcttggccatgaattttaaccattttgaaggaattattccaactacttttgggaagtt 10741966  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 64; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 59 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 10218197 - 10218034
Alignment:
Q  59 aattttggaggtaatttgccaaatttcattgggaatttatccgctcaacttaggcaactacatcttggatgtaatatgatatcaggaaaaattcctgaag 158  Q
    ||||||||||| || |||||||||||||| || ||||||||| || ||||||   | ||| || |||| | ||||  |||||||||||||||||||| ||    
T  10218197 aattttggaggcaacttgccaaatttcataggcaatttatccactgaacttattgagctatatgttgggtataatcagatatcaggaaaaattcctgcag 10218098  T
Q  159 aattaggaaatctaattggcttaactctgttgagcatggaacttaacaactttgaaggaattat 222  Q
    ||||||| ||| |||||||||||||||| ||| | |||||||  ||| ||||||||||||||||    
T  10218097 aattaggcaatttaattggcttaactctattgggaatggaacaaaaccactttgaaggaattat 10218034  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 64; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 55 - 526
Target Start/End: Complemental strand, 10718353 - 10717882
Alignment:
Q  55 taataattttggaggtaatttgccaaatttcattgggaatttatccgctcaacttaggcaactacatcttggatgtaatatgatatcaggaaaaattcct 154  Q
    ||||| ||||||||||||||| ||||||| | | || ||||||||| ||||| ||||   |||| |||||||    |||   |||||||||||||||||     
T  10718353 taatagttttggaggtaattttccaaattccttgggaaatttatccactcaatttagtgtactagatcttggggtaaatcatatatcaggaaaaattccg 10718254  T
Q  155 gaagaattaggaaatctaattggcttaactctgttgagcatggaacttaacaactttgaaggaattattcctactacttttgggaagtttgagaaaatgc 254  Q
    | |||||||||| |  || ||||||||||| | |||  ||||| | ||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||  | || ||||    
T  10718253 gcagaattaggatacttagttggcttaactgtcttgtccatgggatttaaccactttgaaggaattattccaactacttttgggaacttccaaaagatgc 10718154  T
Q  255 aactattggttttgcagggaaataagttttccggagagataccacccatcataggcaacctcagtcaattatatcatttgagtataggagataatatgtt 354  Q
    |   |||  |||||   ||||| ||||| || ||||| || |||||| | ||||| || ||||||||||| | | ||||  |  ||| |  |||||||||    
T  10718153 agaaattacttttgggtggaaacaagttgtcaggagatatgccaccctttataggaaatctcagtcaattgtttgatttacgattagaacttaatatgtt 10718054  T
Q  355 agaaggaaatattccgtcaagtataggaaactgcaaaaagttacaatacctggaccttgcacaaaacaatcttagaagaaccataccgttagaagttttc 454  Q
      |||| ||||||||  ||||||||||||||||  |||| |||||||| || || ||| | || || |   ||||  ||||||||||  |||| |||||     
T  10718053 tcaagggaatattcctccaagtataggaaactgtcaaaatttacaatatctagatctttctcataataggtttagtggaaccatacctgtagaggttttt 10717954  T
Q  455 agtctttcttcgttatcaaacttactgaacttgtcaagaaactcattgagtggtagcctaccaagagaagtg 526  Q
    | ||||| ||  ||||||||  || || ||||||||   ||||| |||||||||||| ||||||||||||||    
T  10717953 aatcttttttatttatcaaaaatattggacttgtcacataactctttgagtggtagcttaccaagagaagtg 10717882  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 53; E-Value: 4e-21
Query Start/End: Original strand, 55 - 243
Target Start/End: Complemental strand, 9837783 - 9837595
Alignment:
Q  55 taataattttggaggtaatttgccaaatttcattgggaatttatccgctcaacttaggcaactacatcttggatgtaatatgatatcaggaaaaattcct 154  Q
    ||||||||||||||||    ||||||||| | | || |||||||||   ||||||||  ||||| | |||||  |||||  ||||||||||||||||||     
T  9837783 taataattttggaggttgcctgccaaattccgtgggcaatttatccttccaacttagtgaactataccttgggggtaatgagatatcaggaaaaattcca 9837684  T
Q  155 gaagaattaggaaatctaattggcttaactctgttgagcatggaacttaacaactttgaaggaattattcctactacttttgggaagtt 243  Q
    ||||| |||||||||||| |   ||||||||| |||||||||| || |||| |||||||||||||||| ||  ||| |||||| |||||    
T  9837683 gaagagttaggaaatctagtaaacttaactctcttgagcatgggacataaccactttgaaggaattatcccggctaattttggaaagtt 9837595  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 41 - 400
Target Start/End: Original strand, 10549533 - 10549892
Alignment:
Q  41 ttttctatatcctttaataattttggaggtaatttgccaaatttcattgggaatttatccgctcaacttaggcaactacatcttggatgtaatatgatat 140  Q
    ||||||||||||  ||||||||||||||||| |||||||| |||||| || |||||  || | |||||||| | |||  || ||| | | |||   ||||    
T  10549533 ttttctatatcccataataattttggaggtagtttgccaagtttcataggtaattttaccacccaacttagtcgactgtattttgcaagcaatcaaatat 10549632  T
Q  141 caggaaaaattcctgaagaattaggaaatctaattggcttaactctgttgagcatggaacttaacaactttgaaggaattattcctactacttttgggaa 240  Q
    |||| |||||||||  |||| |||||||||||| | | |||| ||| ||||| ||| ||  |||| | |||||||| |  |||||| | ||| |||||||    
T  10549633 cagggaaaattcctttagaaataggaaatctaaatagtttaattctattgagaatgaaaaataactattttgaagggacgattccttcaactattgggaa 10549732  T
Q  241 gtttgagaaaatgcaactattggttttgcagggaaataagttttccggagagataccacccatcataggcaacctcagtcaattatatcatttgagtata 340  Q
    |||| | || || ||| |  | | |||| | ||||||||| | || ||||| |||||| ||   ||||||||||| |||||  | |||||||||| | ||    
T  10549733 gtttcaaaagattcaagtgctagatttgtatggaaataagctgtcaggagaaataccatcctctataggcaaccttagtcatctgtatcatttgaattta 10549832  T
Q  341 ggagataatatgttagaaggaaatattccgtcaagtataggaaactgcaaaaagttacaa 400  Q
    ||  | |||||||| | ||||||||||| |||||||||||| ||||   |||||||||||    
T  10549833 gggaaaaatatgttcgtaggaaatattctgtcaagtataggcaacttgcaaaagttacaa 10549892  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 49; E-Value: 9e-19
Query Start/End: Original strand, 347 - 527
Target Start/End: Original strand, 10603798 - 10603978
Alignment:
Q  347 aatatgttagaaggaaatattccgtcaagtataggaaactgcaaaaagttacaatacctggaccttgcacaaaacaatcttagaagaaccataccgttag 446  Q
    ||||| |||||||| | ||||||  ||| ||||||||| ||  |||||||||||||||| ||| || |||||||||| |||||| |  ||||||| ||||    
T  10603798 aatatattagaagggagtattcctccaaatataggaaattgtcaaaagttacaatacctagacttttcacaaaacaaccttagagggtccatacctttag 10603897  T
Q  447 aagttttcagtctttcttcgttatcaaacttactgaacttgtcaagaaactcattgagtggtagcctaccaagagaagtgg 527  Q
    |  |||| ||| |||| || ||  |||| |||||  |||||||| |||||  ||||||||||||| |||||| ||||||||    
T  10603898 atatttttagtatttcctctttgacaaatttacttgacttgtcacgaaacaaattgagtggtagcttaccaaaagaagtgg 10603978  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 330 - 507
Target Start/End: Original strand, 10557949 - 10558126
Alignment:
Q  330 atttgagtataggagataatatgttagaaggaaatattccgtcaagtataggaaactgcaaaaagttacaatacctggaccttgcacaaaacaatcttag 429  Q
    |||||||| ||| | |||||||||||| ||||||||||||  ||||  | ||||| ||  | || |||||  ||||  ||||| || |||| ||| ||||    
T  10557949 atttgagtctagcacataatatgttaggaggaaatattcccccaagcttcggaaattgtcacaatttacatcacctaaacctttcaaaaaataattttag 10558048  T
Q  430 aagaaccataccgttagaagttttcagtctttcttcgttatcaaacttactgaacttgtcaagaaactcattgagtgg 507  Q
    | |||||||||| || || ||||| ||| |||| || |||||||||| |||| ||||||||  |||||||||||||||    
T  10558049 aggaaccatacccttggaggtttttagtatttcctcattatcaaactcactggacttgtcacaaaactcattgagtgg 10558126  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000005
Query Start/End: Original strand, 435 - 527
Target Start/End: Complemental strand, 10741774 - 10741682
Alignment:
Q  435 ccataccgttagaagttttcagtctttcttcgttatcaaacttactgaacttgtcaagaaactcattgagtggtagcctaccaagagaagtgg 527  Q
    |||||||  |||| ||||| ||||||||||| |||||||||||| || ||||||||   ||| | |||||||||||| |||||||||||||||    
T  10741774 ccatacctctagaggtttttagtctttcttctttatcaaacttattggacttgtcacataacactttgagtggtagcataccaagagaagtgg 10741682  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 20 - 126
Target Start/End: Original strand, 10557639 - 10557745
Alignment:
Q  20 aactgtagtaaactactagtgttttctatatcctttaataattttggaggtaatttgccaaatttcattgggaatttatccgctcaacttaggcaactac 119  Q
    |||||||||||  | | ||||| ||||||||||  ||||||||||||||||| ||||||||||||    || |||||||||   |||||||| ||||||     
T  10557639 aactgtagtaagttgcaagtgtgttctatatcccataataattttggaggtagtttgccaaatttggcaggcaatttatccatccaacttagtcaactat 10557738  T
Q  120 atcttgg 126  Q
    |||||||    
T  10557739 atcttgg 10557745  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 23 - 111
Target Start/End: Complemental strand, 10664645 - 10664557
Alignment:
Q  23 tgtagtaaactactagtgttttctatatcctttaataattttggaggtaatttgccaaatttcattgggaatttatccgctcaacttag 111  Q
    ||||||| ||||| |||| ||||||||| |  ||||||||||||||  || ||| |||||||| | || |||||||||  |||||||||    
T  10664645 tgtagtagactacaagtgatttctatatgcaataataattttggagccaaattgacaaatttcgtaggcaatttatccaatcaacttag 10664557  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 104; Significance: 1e-51; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 104; E-Value: 1e-51
Query Start/End: Original strand, 40 - 526
Target Start/End: Complemental strand, 17924873 - 17924387
Alignment:
Q  40 gttttctatatcctttaataattttggaggtaatttgccaaatttcattgggaatttatccgctcaacttaggcaactacatcttggatgtaatatgata 139  Q
    |||||| ||||| | |||||||||||||||| |||||||||||| ||| |||||||||||| || ||||||  |||||| || | ||  |||||  ||||    
T  17924873 gttttcgatatcttataataattttggaggtcatttgccaaattccatagggaatttatccactgaacttaaacaactatatatggggggtaatcagata 17924774  T
Q  140 tcaggaaaaattcctgaagaattaggaaatctaattggcttaactctgttgagcatggaacttaacaactttgaaggaattattcctactacttttggga 239  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||| | || ||||||||| ||| |||| ||||||   ||||  ||||||||||| |||||| ||||| |||||||    
T  17924773 tcaggaaaaattcctgcagaattaggaagtgtagttggcttaattctcttgaccatggagtctaactgctttgaaggaactattccaactacatttggga 17924674  T
Q  240 agtttgagaaaatgcaactattggttttgcagggaaataagttttccggagagataccacccatcataggcaacctcagtcaattatatcattt-gagta 338  Q
    ||||  | || |||||   |||   |||| ||| ||| ||||| || ||||| || |||||| |||||||||| ||||||||||| ||| |||| || |     
T  17924673 agttaaaaaatatgcagagattacatttggaggaaaacaagttgtcaggagatattccacccttcataggcaatctcagtcaattgtatgatttagaat- 17924575  T
Q  339 taggagataatatgttagaaggaaatattccgtcaagtataggaaactgcaaaaagttacaatacctggaccttgcacaaaacaatcttagaagaaccat 438  Q
    |||   ||||||||||  |||||| ||||||  ||||  ||||||||||  |||| |||||||| || || ||  | || || || |||||| |||||||    
T  17924574 tagatcataatatgtttcaaggaattattcctccaagcttaggaaactgtcaaaatttacaatatctagatctgtctcataataagcttagaggaaccat 17924475  T
Q  439 accgttagaagttttcagtctttcttcgttatcaaacttactgaacttgtcaagaaactcattgagtggtagcctaccaagagaagtg 526  Q
    |||  |||| ||||| | ||||| ||| ||||||| |||| |||||||||||   ||||| |||||||||| | ||||||||||||||    
T  17924474 acctgtagaggttttaaatcttttttctttatcaatcttattgaacttgtcacataactctttgagtggtaccttaccaagagaagtg 17924387  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 91; Significance: 7e-44; HSPs: 5)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 91; E-Value: 7e-44
Query Start/End: Original strand, 42 - 527
Target Start/End: Original strand, 12931020 - 12931505
Alignment:
Q  42 tttctatatcctttaataattttggaggtaatttgccaaatttcattgggaatttatccgctcaacttaggcaactacatcttggatgtaatatgatatc 141  Q
    |||| ||||| | |||||||||||||||| |||||||||||| ||| || ||||||||  || |||||    ||||| || | ||  |||||||||||||    
T  12931020 tttcgatatcttataataattttggaggtcatttgccaaattccataggcaatttatcgactgaacttccagaactatatatggggggtaatatgatatc 12931119  T
Q  142 aggaaaaattcctgaagaattaggaaatctaattggcttaactctgttgagcatggaacttaacaactttgaaggaattattcctactacttttgggaag 241  Q
    |||||||||||||| ||||||||||  |||| ||||||||| ||| |||| ||||||   ||||  |||||||||||||||||| || | ||||||||||    
T  12931120 aggaaaaattcctgcagaattaggacgtctagttggcttaattctcttgaccatggagtctaactgctttgaaggaattattccaacaaattttgggaag 12931219  T
Q  242 tttgagaaaatgcaactattggttttgcagggaaataagttttccggagagataccacccatcataggcaacctcagtcaattatatcattt-gagtata 340  Q
    ||  | || |||||  ||||   ||||  || ||| ||||| || ||||  || |||||| |||||||||| ||||||||||| ||| |||| || | ||    
T  12931220 ttccaaaagatgcaggtattatctttgagggaaaacaagttgtcaggaggtattccacccttcataggcaatctcagtcaattgtattatttagaat-ta 12931318  T
Q  341 ggagataatatgttagaaggaaatattccgtcaagtataggaaactgcaaaaagttacaatacctggaccttgcacaaaacaatcttagaagaaccatac 440  Q
        ||||||||||  |||||| ||||||  |||| |||||||||||  |||| |||||||  || || ||| | || || || |||||| |||||||||    
T  12931319 aatcataatatgtttcaaggaagtattcctccaagcataggaaactgtcaaaatttacaatctcttgatctttctcataataagcttagaggaaccatac 12931418  T
Q  441 cgttagaagttttcagtctttcttcgttatcaaacttactgaacttgtcaagaaactcattgagtggtagcctaccaagagaagtgg 527  Q
    |  |||| ||||| | ||||| ||| ||||||| |||| |||||||||||   ||||| || ||||||||| |||||||||||||||    
T  12931419 ctgtagaggttttaaatcttttttctttatcaatcttattgaacttgtcacataactctttaagtggtagcttaccaagagaagtgg 12931505  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 66; E-Value: 6e-29
Query Start/End: Original strand, 136 - 321
Target Start/End: Original strand, 12898405 - 12898590
Alignment:
Q  136 gatatcaggaaaaattcctgaagaattaggaaatctaattggcttaactctgttgagcatggaacttaacaactttgaaggaattattcctactactttt 235  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| ||||||||| ||| |||| ||||||   |||| ||||||||||||||||||| |||||||||    
T  12898405 gatatcaggaaaaattcctgcagaattaggatatctagttggcttaattctcttgaccatggagtctaactactttgaaggaattattccaactactttt 12898504  T
Q  236 gggaagtttgagaaaatgcaactattggttttgcagggaaataagttttccggagagataccacccatcataggcaacctcagtca 321  Q
    ||||||||  | || ||||| |||||   ||||  |  ||| ||||| || ||||| || |||||| |||||||||| ||||||||    
T  12898505 gggaagttccaaaagatgcagctattacgtttgaggaaaaacaagttgtcaggagatattccacccttcataggcaatctcagtca 12898590  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 136 - 527
Target Start/End: Original strand, 12906025 - 12906416
Alignment:
Q  136 gatatcaggaaaaattcctgaagaattaggaaatctaattggcttaactctgttgagcatggaacttaacaactttgaaggaattattcctactactttt 235  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| ||| |||| ||||||   ||||  |||||| ||||||||||| |||||||||    
T  12906025 gatatcaggaaaaattcctgacgaattaggaaatctagttggcttaattctcttgaccatggagtataacttctttgagggaattattccaactactttt 12906124  T
Q  236 gggaagtttgagaaaatgcaactattggttttgcagggaaataagttttccggagagataccacccatcataggcaacctcagtcaattatatcatttga 335  Q
    || |||||  | || ||||| || ||   |||| | ||||| || || || ||||  || |||||| |||||||||| ||||||||||| | | | || |    
T  12906125 ggaaagttccaaaagatgcagcttttatctttggatggaaacaaattgtctggaggtattccacccttcataggcaatctcagtcaattgtttaaatt-a 12906223  T
Q  336 gta-taggagataatatgttagaaggaaatattccgtcaagtataggaaactgcaaaaagttacaatacctggaccttgcacaaaacaatcttagaagaa 434  Q
    ||| |||   ||||||||||  |||||| ||||||  ||||  ||||||||||  |||| |||||||| || || ||  | || || || |||||| |||    
T  12906224 gtattagatcataatatgtttcaaggaattattcctccaagcttaggaaactgtcaaaatttacaatatctagatctgtctcataataagcttagaggaa 12906323  T
Q  435 ccataccgttagaagttttcagtctttcttcgttatcaaacttactgaacttgtcaagaaactcattgagtggtagcctaccaagagaagtgg 527  Q
    |||||||  |||| ||||| | ||| | ||| ||||||| |||| |||||||||||   ||||| ||||| ||||   |||||||||||||||    
T  12906324 ccatacctgtagaggttttaaatctgttttctttatcaatcttattgaacttgtcacataactctttgagcggtactttaccaagagaagtgg 12906416  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 56 - 527
Target Start/End: Original strand, 12947399 - 12947870
Alignment:
Q  56 aataattttggaggtaatttgccaaatttcattgggaatttatccgctcaacttaggcaactacatcttggatgtaatatgatatcaggaaaaattcctg 155  Q
    ||||||||| |||||  ||||||||||| ||| || ||||||||| || |||||    ||||| || | ||  |||||| ||||||||||||||||||||    
T  12947399 aataattttcgaggtcgtttgccaaattccataggcaatttatccactgaacttctagaactatatatggggggtaataagatatcaggaaaaattcctg 12947498  T
Q  156 aagaattaggaaatctaattggcttaactctgttgagcatggaacttaacaactttgaaggaattattcctactacttttgggaagtttgagaaaatgca 255  Q
     ||||||||||  ||||  |||||||| ||| |||| ||||||   ||||  |||||||||||||||||| || | ||||||||||||  | || |||||    
T  12947499 cagaattaggacgtctagctggcttaattctcttgaccatggagtgtaactgctttgaaggaattattccaacaaattttgggaagttccaaaagatgca 12947598  T
Q  256 actattggttttgcagggaaataagttttccggagagataccacccatcataggcaacctcagtcaattatatcattt-gagtataggagataatatgtt 354  Q
      ||||   ||||  || ||| ||||| || ||||  || |||||| |||||||||| ||||||||||| | | |||| || | ||    ||||||||||    
T  12947599 ggtattatctttgagggaaaacaagttgtcaggaggtattccacccttcataggcaatctcagtcaattgtttgatttagaat-taaatcataatatgtt 12947697  T
Q  355 agaaggaaatattccgtcaagtataggaaactgcaaaaagttacaatacctggaccttgcacaaaacaatcttagaagaaccataccgttagaagttttc 454  Q
      |||||| ||||||  |||| |||||||||||  |||| |||||||  ||  | ||| | || || || |||||| ||||||||||  | ||||||||     
T  12947698 tcaaggaagtattcctccaagcataggaaactgtcaaaatttacaatctctttatctttctcataataagcttagaggaaccatacctgttgaagtttta 12947797  T
Q  455 agtctttcttcgttatcaaacttactgaacttgtcaagaaactcattgagtggtagcctaccaagagaagtgg 527  Q
    | | ||| ||| ||||||||  || |||||||||||   ||||| |||||||||||| |||||||||||||||    
T  12947798 aatattttttctttatcaaagatattgaacttgtcacataactctttgagtggtagcttaccaagagaagtgg 12947870  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 58; E-Value: 4e-24
Query Start/End: Original strand, 42 - 243
Target Start/End: Original strand, 12956822 - 12957023
Alignment:
Q  42 tttctatatcctttaataattttggaggtaatttgccaaatttcattgggaatttatccgctcaacttaggcaactacatcttggatgtaatatgatatc 141  Q
    |||| ||||| | |||||||||||||||  |||||||||||| ||| |||||||||||| || ||||||  |||||  || | ||   ||||   |||||    
T  12956822 tttcgatatcttataataattttggaggccatttgccaaattccatagggaatttatccactgaacttattcaactgtatatgggggataatcaaatatc 12956921  T
Q  142 aggaaaaattcctgaagaattaggaaatctaattggcttaactctgttgagcatggaacttaacaactttgaaggaattattcctactacttttgggaag 241  Q
    |||||||||||||| |||||| |||  |||||||||||||| ||| |||| ||||||   ||||  ||| || ||||||||||| |||||||||||||||    
T  12956922 aggaaaaattcctgcagaatttggacgtctaattggcttaattctattgaccatggagtctaactgcttggagggaattattccaactacttttgggaag 12957021  T
Q  242 tt 243  Q
    ||    
T  12957022 tt 12957023  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 51; Significance: 5e-20; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 51; E-Value: 5e-20
Query Start/End: Original strand, 305 - 459
Target Start/End: Complemental strand, 31468367 - 31468213
Alignment:
Q  305 ataggcaacctcagtcaattatatcatttgagtataggagataatatgttagaaggaaatattccgtcaagtataggaaactgcaaaaagttacaatacc 404  Q
    ||||| ||||||||||| || | | ||||  || |||||||||| || |||||||||||||||||   ||| |||||||||||| |||||||| |  ||     
T  31468367 ataggaaacctcagtcagttgttttatttaggtctaggagataacatattagaaggaaatattcctctaagcataggaaactgccaaaagttatatcact 31468268  T
Q  405 tggaccttgcacaaaacaatcttagaagaaccataccgttagaagttttcagtct 459  Q
    | |||||| | ||||||||||||||| ||||||||||| |||| ||||| |||||    
T  31468267 tagacctttcgcaaaacaatcttagaggaaccataccgatagaggtttttagtct 31468213  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University