View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF15959_high_4 (Length: 353)

Name: NF15959_high_4
Description: NF15959
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF15959_high_4
NF15959_high_4
[»] chr4 (25 HSPs)
chr4 (13-311)||(2064852-2065150)
chr4 (14-306)||(49951313-49951605)
chr4 (24-285)||(37245768-37246029)
chr4 (14-311)||(18442037-18442332)
chr4 (13-296)||(29655571-29655854)
chr4 (14-311)||(21321527-21321827)
chr4 (45-269)||(28537719-28537943)
chr4 (25-307)||(41835205-41835487)
chr4 (26-285)||(51734888-51735146)
chr4 (14-307)||(32576942-32577235)
chr4 (26-253)||(55735021-55735248)
chr4 (26-285)||(56065641-56065904)
chr4 (25-281)||(28426194-28426450)
chr4 (25-281)||(49119320-49119576)
chr4 (26-285)||(51259445-51259705)
chr4 (48-311)||(26422492-26422755)
chr4 (47-311)||(44935972-44936236)
chr4 (107-311)||(24989824-24990027)
chr4 (45-268)||(47226263-47226486)
chr4 (162-278)||(8754386-8754502)
chr4 (14-202)||(43840305-43840494)
chr4 (201-309)||(23095401-23095509)
chr4 (219-311)||(43840215-43840307)
chr4 (215-288)||(51364641-51364710)
chr4 (220-308)||(21163337-21163425)
[»] chr5 (21 HSPs)
chr5 (14-286)||(20204955-20205227)
chr5 (13-311)||(4268098-4268396)
chr5 (14-307)||(25730808-25731101)
chr5 (41-311)||(27292461-27292730)
chr5 (14-281)||(15988669-15988936)
chr5 (27-284)||(8388099-8388356)
chr5 (26-269)||(26597389-26597632)
chr5 (28-297)||(27532810-27533079)
chr5 (14-283)||(12660316-12660585)
chr5 (28-311)||(41940627-41940909)
chr5 (14-311)||(11375412-11375700)
chr5 (132-311)||(23074950-23075129)
chr5 (14-311)||(22767163-22767444)
chr5 (26-228)||(34652227-34652429)
chr5 (44-283)||(32632545-32632784)
chr5 (109-298)||(30222743-30222930)
chr5 (13-119)||(37448124-37448230)
chr5 (180-311)||(30573567-30573698)
chr5 (179-277)||(31908320-31908418)
chr5 (214-269)||(26076480-26076535)
chr5 (184-269)||(14823669-14823754)
[»] chr7 (22 HSPs)
chr7 (14-311)||(16731933-16732230)
chr7 (14-311)||(17710067-17710364)
chr7 (27-311)||(16098503-16098787)
chr7 (14-285)||(29200871-29201142)
chr7 (26-311)||(22289253-22289538)
chr7 (14-281)||(9328522-9328789)
chr7 (47-311)||(30493500-30493764)
chr7 (14-311)||(17877408-17877695)
chr7 (41-263)||(1581643-1581865)
chr7 (104-285)||(3601742-3601923)
chr7 (75-311)||(3275095-3275332)
chr7 (194-311)||(24251619-24251736)
chr7 (143-269)||(30824426-30824552)
chr7 (192-311)||(33224450-33224569)
chr7 (194-308)||(44481267-44481381)
chr7 (179-269)||(47580040-47580130)
chr7 (122-309)||(24139139-24139306)
chr7 (164-285)||(35013709-35013830)
chr7 (212-307)||(35030549-35030643)
chr7 (28-114)||(30824562-30824646)
chr7 (107-186)||(44480893-44480972)
chr7 (220-297)||(6056281-6056358)
[»] chr2 (19 HSPs)
chr2 (14-311)||(88559-88856)
chr2 (16-285)||(34695820-34696089)
chr2 (16-285)||(34718232-34718501)
chr2 (26-283)||(12130556-12130813)
chr2 (64-293)||(13109777-13110006)
chr2 (110-309)||(26198778-26198977)
chr2 (95-281)||(9710036-9710222)
chr2 (24-253)||(1417929-1418158)
chr2 (106-311)||(11291954-11292157)
chr2 (60-309)||(14827126-14827374)
chr2 (78-308)||(22845600-22845817)
chr2 (174-285)||(18344210-18344321)
chr2 (26-285)||(44017234-44017493)
chr2 (161-311)||(35158733-35158885)
chr2 (181-311)||(25552312-25552442)
chr2 (27-133)||(18345555-18345660)
chr2 (27-98)||(9709942-9710013)
chr2 (191-279)||(10244492-10244580)
chr2 (186-269)||(36445451-36445534)
[»] chr3 (22 HSPs)
chr3 (45-311)||(53497063-53497329)
chr3 (13-311)||(42340167-42340465)
chr3 (28-269)||(55199525-55199766)
chr3 (105-311)||(34497262-34497468)
chr3 (105-311)||(27608793-27608999)
chr3 (58-285)||(647086-647306)
chr3 (17-311)||(2615496-2615780)
chr3 (14-311)||(46007302-46007596)
chr3 (21-288)||(11020093-11020360)
chr3 (62-311)||(2121129-2121378)
chr3 (102-311)||(31341615-31341828)
chr3 (147-283)||(27747603-27747739)
chr3 (105-243)||(24176861-24176999)
chr3 (190-311)||(26046864-26046985)
chr3 (140-311)||(19117610-19117781)
chr3 (174-285)||(55213485-55213596)
chr3 (19-150)||(48227418-48227550)
chr3 (184-284)||(1702806-1702906)
chr3 (212-302)||(48227566-48227656)
chr3 (14-105)||(647307-647398)
chr3 (214-269)||(49525126-49525181)
chr3 (13-66)||(27941129-27941182)
[»] chr1 (20 HSPs)
chr1 (13-311)||(44527252-44527550)
chr1 (14-311)||(4395159-4395455)
chr1 (13-311)||(16816687-16816987)
chr1 (27-307)||(5609352-5609632)
chr1 (14-311)||(25682651-25682948)
chr1 (26-311)||(48949614-48949899)
chr1 (45-311)||(51113346-51113612)
chr1 (14-311)||(52109454-52109750)
chr1 (27-275)||(44602765-44603013)
chr1 (28-262)||(36733710-36733944)
chr1 (97-311)||(2885306-2885523)
chr1 (112-311)||(21031247-21031446)
chr1 (116-296)||(24538589-24538769)
chr1 (187-304)||(14485183-14485300)
chr1 (14-282)||(48166237-48166495)
chr1 (213-311)||(17371647-17371745)
chr1 (202-303)||(4898518-4898619)
chr1 (162-283)||(23332577-23332698)
chr1 (184-281)||(38679016-38679113)
chr1 (236-281)||(23163373-23163418)
[»] chr6 (12 HSPs)
chr6 (14-285)||(14680162-14680433)
chr6 (13-285)||(15605910-15606182)
chr6 (14-297)||(28107139-28107422)
chr6 (14-296)||(29367960-29368243)
chr6 (13-308)||(11731562-11731854)
chr6 (47-307)||(19690773-19691033)
chr6 (28-311)||(15053065-15053348)
chr6 (124-311)||(34104355-34104542)
chr6 (116-285)||(27443033-27443204)
chr6 (13-218)||(30801974-30802179)
chr6 (161-311)||(21944518-21944668)
chr6 (184-262)||(3100415-3100494)
[»] chr8 (15 HSPs)
chr8 (13-311)||(477946-478244)
chr8 (14-311)||(13415023-13415320)
chr8 (14-311)||(40588620-40588917)
chr8 (24-285)||(8451039-8451300)
chr8 (28-282)||(23853946-23854200)
chr8 (24-285)||(7127233-7127494)
chr8 (102-281)||(598157-598336)
chr8 (116-297)||(11870366-11870547)
chr8 (24-285)||(185508-185767)
chr8 (96-284)||(33642681-33642869)
chr8 (85-284)||(3606656-3606855)
chr8 (29-311)||(9496797-9497075)
chr8 (129-274)||(37712189-37712333)
chr8 (196-311)||(36194511-36194626)
chr8 (214-269)||(8670246-8670301)
[»] scaffold0446 (1 HSPs)
scaffold0446 (26-285)||(198-461)
[»] scaffold0922 (1 HSPs)
scaffold0922 (116-311)||(154-349)
[»] scaffold0003 (1 HSPs)
scaffold0003 (116-285)||(44157-44328)
[»] scaffold0198 (1 HSPs)
scaffold0198 (186-311)||(20330-20455)
[»] scaffold0252 (1 HSPs)
scaffold0252 (214-310)||(13321-13415)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 247; Significance: 1e-137; HSPs: 25)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 247; E-Value: 1e-137
Query Start/End: Original strand, 13 - 311
Target Start/End: Original strand, 2064852 - 2065150
Alignment:
Q  13 aaaatggcagtgggcaaatatgacaatattgaagggggaggcagtagccttactcgacgcccttcactttgctgatgagaacagatggaaccgggttgtc 112  Q
    |||||| ||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||    
T  2064852 aaaatgacagcgggcaaatatgacagtattgaagggggaggcagtagccttactcgacgcccttcactttgctgatgagaacagatggagtcgggttgtc 2064951  T
Q  113 tttgagtcggactcatctactctagtccaagctctatcgtctccaggtcatggtgattcgaaattatatgctattgtttctagtattatttatcagttat 212  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2064952 tttgagtcggactcatctactctagcccaagctctatcgtctccaggtcatggtgattcgaaattatatgctattgtttctagtattatttatcagttat 2065051  T
Q  213 ctttacattccaactttaaggtgaagtttgttaggagacaaacgaacatggttgctcgtactttagctagggcaacatgttcttgagttagtcaccgta 311  Q
    ||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| | |||||||||| | |||||||||||    
T  2065052 ctttacatttcaacttcaaggtgaagtttgttaggagacaaacgaacatggttgctcatactttagctagggtagcatgttcttgggctagtcaccgta 2065150  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 177; E-Value: 2e-95
Query Start/End: Original strand, 14 - 306
Target Start/End: Original strand, 49951313 - 49951605
Alignment:
Q  14 aaatggcagtgggcaaatatgacaatattgaagggggaggcagtagccttactcgacgcccttcactttgctgatgagaacagatggaaccgggttgtct 113  Q
    ||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||    
T  49951313 aaatggcagcgggcaaatatgacagtattggagggggaggcagtagccttactcgaggcccttcactttgctgatgcgaacagatggaaccgagttgtct 49951412  T
Q  114 ttgagtcggactcatctactctagtccaagctctatcgtctccaggtcatggtgattcgaaattatatgctattgtttctagtattatttatcagttatc 213  Q
    | ||||| ||||| ||||||||||| |||||| |||| ||| | || | |||||||||  |||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49951413 tcgagtccgactcgtctactctagtgcaagctttatcatcttcgggccgtggtgattcagaattctctgctattgtttctagtattatttatcagttatc 49951512  T
Q  214 tttacattccaactttaaggtgaagtttgttaggagacaaacgaacatggttgctcgtactttagctagggcaacatgttcttgagttagtca 306  Q
    |||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||  | |||||||| | ||||||    
T  49951513 tttacattccaacttcgaggtgaagtttgttaggagacaagcgaacatggttgctcatactttagctagggcggcctgttcttgggctagtca 49951605  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 158; E-Value: 5e-84
Query Start/End: Original strand, 24 - 285
Target Start/End: Complemental strand, 37246029 - 37245768
Alignment:
Q  24 gggcaaatatgacaatattgaagggggaggcagtagccttactcgacgcccttcactttgctgatgagaacagatggaaccgggttgtctttgagtcgga 123  Q
    |||||||||||||| | ||| ||||||||||||||||||||||||| ||  ||||||||||| ||| |||||||||| ||||||||||||| ||||| ||    
T  37246029 gggcaaatatgacagttttggagggggaggcagtagccttactcgatgctattcactttgcttatgtgaacagatgggaccgggttgtcttcgagtctga 37245930  T
Q  124 ctcatctactctagtccaagctctatcgtctccaggtcatggtgattcgaaattatatgctattgtttctagtattatttatcagttatctttacattcc 223  Q
    |||  ||||| |||| |||||||| |||||||  || |||||||||||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37245929 ctctgctactttagtgcaagctctttcgtctctgggccatggtgattcagaattctatgctattgtttctagtattatttatcagttatctttacattcc 37245830  T
Q  224 aactttaaggtgaagtttgttaggagacaaacgaacatggttgctcgtactttagctagggc 285  Q
    |||||  ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  37245829 aacttcgaggtgaagtttgttaggagacaatcgaacatggttgctcatactttagctagggc 37245768  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 147; E-Value: 2e-77
Query Start/End: Original strand, 14 - 311
Target Start/End: Complemental strand, 18442332 - 18442037
Alignment:
Q  14 aaatggcagtgggcaaatatgacaatattgaagggggaggcagtagccttactcgacgcccttcactttgctgatgagaacagatggaaccgggttgtct 113  Q
    |||||| || ||| |||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| || ||||||||||||||||||| | |    
T  18442332 aaatggaagcgggaaaatatgacagtattggagggggaggcagtagccttactcgaggccctacactttgctgttgcgaacagatggaaccgggttattt 18442233  T
Q  114 ttgagtcggactcatctactctagtccaagctctatcgtctccaggtcatggtgattcgaaattatatgctattgtttctagtattatttatcagttatc 213  Q
    | ||||  ||||||||||||  ||| |||||| ||||||||   |  |||||||||||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18442232 tcgagtgcgactcatctact--agtgcaagctatatcgtctttggcccatggtgattcagaattctatgctattgtttctagtattatttatcagttatc 18442135  T
Q  214 tttacattccaactttaaggtgaagtttgttaggagacaaacgaacatggttgctcgtactttagctagggcaacatgttcttgagttagtcaccgta 311  Q
    |||| |||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||| || ||||||||||||  | |||||||| | |||||||||||    
T  18442134 tttatattccaacttcaaggtgaagtttgttatgagacaaacgaaaatggttgctcatattttagctagggcggcctgttcttgggctagtcaccgta 18442037  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 144; E-Value: 1e-75
Query Start/End: Original strand, 13 - 296
Target Start/End: Complemental strand, 29655854 - 29655571
Alignment:
Q  13 aaaatggcagtgggcaaatatgacaatattgaagggggaggcagtagccttactcgacgcccttcactttgctgatgagaacagatggaaccgggttgtc 112  Q
    |||||||||| |||||||||||||  | ||| |||| |||||||||||||||||||| | | ||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||    
T  29655854 aaaatggcagcgggcaaatatgactgttttggagggagaggcagtagccttactcgatgtcattcactttgctgatgtgaacagatggaaccgtgttgtc 29655755  T
Q  113 tttgagtcggactcatctactctagtccaagctctatcgtctccaggtcatggtgattcgaaattatatgctattgtttctagtattatttatcagttat 212  Q
    || ||||| ||||   |||||||||| ||||||||||| ||| | || |||||||||||  |||| |||| ||||||||||||||||||||||||| |||    
T  29655754 ttcgagtctgactacgctactctagtgcaagctctatcatcttcgggccatggtgattcagaattctatgttattgtttctagtattatttatcagctat 29655655  T
Q  213 ctttacattccaactttaaggtgaagtttgttaggagacaaacgaacatggttgctcgtactttagctagggcaacatgttctt 296  Q
    ||||||||| | ||||  || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||| || |||||||    
T  29655654 ctttacatttccacttcgagatgaagtttgttaggagacaagcgaacatggttgctcatactttagctagggcgacctgttctt 29655571  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 138; E-Value: 4e-72
Query Start/End: Original strand, 14 - 311
Target Start/End: Original strand, 21321527 - 21321827
Alignment:
Q  14 aaatggcagtgggcaaatatgacaatattgaagggggaggcagtagccttactcgacgcccttcactttgctgatgagaacagatggaaccgggttgtct 113  Q
    ||||||||  |||||||||||||| | ||| |||||||| || ||||||||||||| |||||||||||| ||||||  ||||||||| ||||||||||||    
T  21321527 aaatggcaacgggcaaatatgacagttttggagggggagacaatagccttactcgaggcccttcacttttctgatgctaacagatgggaccgggttgtct 21321626  T
Q  114 ttgagtcggactcatctactctagtccaa--gctctatcgtctccaggtcatggtgattcgaaattatatgctattgt-ttctagtattatttatcagtt 210  Q
    | ||||| ||||||||||||||||| |||  ||||||| |||||  ||||||||||||||  |||| |||| |||||| ||| | |||||||||||||||    
T  21321627 tcgagtccgactcatctactctagtgcaattgctctattgtctcagggtcatggtgattcagaattctatgttattgtgttccaatattatttatcagtt 21321726  T
Q  211 atctttacattccaactttaaggtgaagtttgttaggagacaaacgaacatggttgctcgtactttagctagggcaacatgttcttgagttagtcaccgt 310  Q
    | |||||||||||||||| |||||||||||| ||| ||||||| ||| ||||||||||| |||||||||||||||  | |||||||| | ||||||||||    
T  21321727 agctttacattccaacttcaaggtgaagtttattaagagacaagcgatcatggttgctcatactttagctagggcggcctgttcttgggctagtcaccgt 21321826  T
Q  311 a 311  Q
    |    
T  21321827 a 21321827  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 137; E-Value: 2e-71
Query Start/End: Original strand, 45 - 269
Target Start/End: Complemental strand, 28537943 - 28537719
Alignment:
Q  45 agggggaggcagtagccttactcgacgcccttcactttgctgatgagaacagatggaaccgggttgtctttgagtcggactcatctactctagtccaagc 144  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| |||||||||| |||||||||| ||  |||| |||||||||||| |||| |||||    
T  28537943 agggggaggcagtagccttactcgaggcccttcactttgttgatgcgaacagatgggaccgggttgtgttcaagtccgactcatctactttagtgcaagc 28537844  T
Q  145 tctatcgtctccaggtcatggtgattcgaaattatatgctattgtttctagtattatttatcagttatctttacattccaactttaaggtgaagtttgtt 244  Q
    |||||||||||  || ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||  |||||||||||| |    
T  28537843 tctatcgtctctgggccatggtgattcaaaattctatgctattgtttctagtattattaatcagttatcattacattccaacttcgaggtgaagtttggt 28537744  T
Q  245 aggagacaaacgaacatggttgctc 269  Q
    || |||||| |||||||||||||||    
T  28537743 agaagacaagcgaacatggttgctc 28537719  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 135; E-Value: 3e-70
Query Start/End: Original strand, 25 - 307
Target Start/End: Complemental strand, 41835487 - 41835205
Alignment:
Q  25 ggcaaatatgacaatattgaagggggaggcagtagccttactcgacgcccttcactttgctgatgagaacagatggaaccgggttgtctttgagtcggac 124  Q
    ||||||||||||| | ||| ||||||| |||||||||||||||||  ||||||| ||||| ||||  ||||||||| ||||||||||||| ||||  ||     
T  41835487 ggcaaatatgacagttttggagggggatgcagtagccttactcgagacccttcattttgcggatgcaaacagatgggaccgggttgtcttcgagttcgat 41835388  T
Q  125 tcatctactctagtccaagctctatcgtctccaggtcatggtgattcgaaattatatgctattgtttctagtattatttatcagttatctttacattcca 224  Q
    |||||||||||||| ||| | ||||||||||| || |||||||||||| |||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41835387 tcatctactctagtgcaaacgctatcgtctccgggccatggtgattcggaatcctatgctattgtttctagtattatttatcagttatctttacattcca 41835288  T
Q  225 actttaaggtgaagtttgttaggagacaaacgaacatggttgctcgtactttagctagggcaacatgttcttgagttagtcac 307  Q
    | ||  || |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| || ||||| ||||||  | |||||||| | |||||||    
T  41835287 atttcgagatgaagtttgttaggagacaagcgaacatggttcctcatagtttagatagggcggcctgttcttgggctagtcac 41835205  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 132; E-Value: 2e-68
Query Start/End: Original strand, 26 - 285
Target Start/End: Complemental strand, 51735146 - 51734888
Alignment:
Q  26 gcaaatatgacaatattgaagggggaggcagtagccttactcgacgcccttcactttgctgatgagaacagatggaaccgggttgtctttgagtcggact 125  Q
    |||||||||||| | ||| ||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||| ||| |||| | || | |||||||| ||||| | ||    
T  51735146 gcaaatatgacagttttggagggggaggcagtagccttactcgatgccattcactttgctgatgtgaatagataggac-gagttgtcttcgagtcaggct 51735048  T
Q  126 catctactctagtccaagctctatcgtctccaggtcatggtgattcgaaattatatgctattgtttctagtattatttatcagttatctttacattccaa 225  Q
    | ||||||||||| ||||||||||||||||  |  |||||||||||  |||| |||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  51735047 cctctactctagtgcaagctctatcgtctctggaccatggtgattcataattctatgatattgtttctagtattatttatctgttatctttacattccaa 51734948  T
Q  226 ctttaaggtgaagtttgttaggagacaaacgaacatggttgctcgtactttagctagggc 285  Q
    |||  ||||||||||||||||| |||||  |||||||||||||| |||||||||||||||    
T  51734947 cttcgaggtgaagtttgttaggtgacaagtgaacatggttgctcatactttagctagggc 51734888  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 130; E-Value: 3e-67
Query Start/End: Original strand, 14 - 307
Target Start/End: Complemental strand, 32577235 - 32576942
Alignment:
Q  14 aaatggcagtgggcaaatatgacaatattgaagggggaggcagtagccttactcgacgcccttcactttgctgatgagaacagatggaaccgggttgtct 113  Q
    ||||||||  |||||||||||||  | ||| ||||||||| | ||||||||||||  ||  || ||||||||||||  |||| |||| || |||||||||    
T  32577235 aaatggcaacgggcaaatatgactgttttggagggggaggtactagccttactcgctgctatttactttgctgatgtaaacatatgggactgggttgtct 32577136  T
Q  114 ttgagtcggactcatctactctagtccaagctctatcgtctccaggtcatggtgattcgaaattatatgctattgtttctagtattatttatcagttatc 213  Q
    | ||||| |||||  |||||||||| ||||||| ||||||  | || |||||||||||  |||| ||||| ||||||| |||||||||||||||||||||    
T  32577135 tcgagtctgactctgctactctagtgcaagctcaatcgtcagcgggacatggtgattcagaattctatgcgattgtttatagtattatttatcagttatc 32577036  T
Q  214 tttacattccaactttaaggtgaagtttgttaggagacaaacgaacatggttgctcgtactttagctagggcaacatgttcttgagttagtcac 307  Q
    |||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| | |||||||| | |||||||    
T  32577035 tttacattccaacttcgaggtgaagtttgttaggagacaagcgaacatggttgctcatactttagctagggcagcctgttcttgggctagtcac 32576942  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 128; E-Value: 4e-66
Query Start/End: Original strand, 26 - 253
Target Start/End: Original strand, 55735021 - 55735248
Alignment:
Q  26 gcaaatatgacaatattgaagggggaggcagtagccttactcgacgcccttcactttgctgatgagaacagatggaaccgggttgtctttgagtcggact 125  Q
    |||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| || || ||||| ||||||||||||| | || ||||| || |    
T  55735021 gcaaatatgacagtattggagggggaggcagtagccttactcgaggcccttcactttgttgttgcgaacacatggaaccgggttattttcgagtccgatt 55735120  T
Q  126 catctactctagtccaagctctatcgtctccaggtcatggtgattcgaaattatatgctattgtttctagtattatttatcagttatctttacattccaa 225  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||| | |  |||||||||||  |||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| |||    
T  55735121 catctactctagtgcaagctctatcgtcttcggaccatggtgattcagaattctatgctattgtttctagtattattgatcagttatcttaacatttcaa 55735220  T
Q  226 ctttaaggtgaagtttgttaggagacaa 253  Q
    |||  |||||||||||||||||||||||    
T  55735221 cttcgaggtgaagtttgttaggagacaa 55735248  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 127; E-Value: 2e-65
Query Start/End: Original strand, 26 - 285
Target Start/End: Original strand, 56065641 - 56065904
Alignment:
Q  26 gcaaatatgacaatattgaagggggaggcagtagccttactcgacgcccttcactttgctgatgagaacagatggaaccgggttgtctttgagtcggact 125  Q
    |||||||||||| | ||| ||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||||||| || ||| | |||| ||||||||||||| ||||| ||||    
T  56065641 gcaaatatgacagttttggagggggaggcagttgccttactcgatgccattcactttgctgttgggaatatatgggaccgggttgtcttcgagtccgact 56065740  T
Q  126 catctactctagtccaagctctatcgtctccaggtcatggtgatt----cgaaattatatgctattgtttctagtattatttatcagttatctttacatt 221  Q
    || |||||||||| ||||| ||||| |||||||  ||||||||||    || |||| |||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||    
T  56065741 cagctactctagtgcaagcgctatcatctccagaccatggtgattaattcggaattttatgctattgtttctaatattatttttcagttatctttacatt 56065840  T
Q  222 ccaactttaaggtgaagtttgttaggagacaaacgaacatggttgctcgtactttagctagggc 285  Q
    |||||||  || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||  |||||||||||    
T  56065841 ccaacttcgagatgaagtttgttaggagacaagcgaacatggttgctcatagcttagctagggc 56065904  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 125; E-Value: 2e-64
Query Start/End: Original strand, 25 - 281
Target Start/End: Original strand, 28426194 - 28426450
Alignment:
Q  25 ggcaaatatgacaatattgaagggggaggcagtagccttactcgacgcccttcactttgctgatgagaacagatggaaccgggttgtctttgagtcggac 124  Q
    ||||||||||||  | ||| ||||||||||||||||||||||||  ||  |||||||||||||||  ||||||||| |||||||||||||  |||| |||    
T  28426194 ggcaaatatgactgttttggagggggaggcagtagccttactcgctgctattcactttgctgatgtaaacagatgggaccgggttgtcttcaagtctgac 28426293  T
Q  125 tcatctactctagtccaagctctatcgtctccaggtcatggtgattcgaaattatatgctattgtttctagtattatttatcagttatctttacattcca 224  Q
    ||   ||||||||| | ||||||||||||  | || |||||| |||   |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28426294 tctgatactctagtgccagctctatcgtcagcgggacatggtaatttagaattatatgcgattgtttctagtattatttatcagttatctttacattcca 28426393  T
Q  225 actttaaggtgaagtttgttaggagacaaacgaacatggttgctcgtactttagcta 281  Q
    ||||  ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||    
T  28426394 acttcgaggagaagtttgttaggagacaagcgaacatggttgctcatactttagcta 28426450  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 125; E-Value: 2e-64
Query Start/End: Original strand, 25 - 281
Target Start/End: Complemental strand, 49119576 - 49119320
Alignment:
Q  25 ggcaaatatgacaatattgaagggggaggcagtagccttactcgacgcccttcactttgctgatgagaacagatggaaccgggttgtctttgagtcggac 124  Q
    ||||||||||||  | ||| ||||||||||||||||||||||||  ||  |||||||||||||||  ||||||||| |||||||||||||  |||| |||    
T  49119576 ggcaaatatgactgttttggagggggaggcagtagccttactcgctgctattcactttgctgatgtaaacagatgggaccgggttgtcttcaagtctgac 49119477  T
Q  125 tcatctactctagtccaagctctatcgtctccaggtcatggtgattcgaaattatatgctattgtttctagtattatttatcagttatctttacattcca 224  Q
    ||   ||||||||| | ||||||||||||  | || |||||| |||   |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49119476 tctgatactctagtgccagctctatcgtcagcgggacatggtaatttagaattatatgcgattgtttctagtattatttatcagttatctttacattcca 49119377  T
Q  225 actttaaggtgaagtttgttaggagacaaacgaacatggttgctcgtactttagcta 281  Q
    ||||  ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||    
T  49119376 acttcgaggagaagtttgttaggagacaagcgaacatggttgctcatactttagcta 49119320  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 121; E-Value: 6e-62
Query Start/End: Original strand, 26 - 285
Target Start/End: Complemental strand, 51259705 - 51259445
Alignment:
Q  26 gcaaatatgacaatattgaaggggg-aggcagtagccttactcgacgcccttcactttgctgatgagaacagatggaaccgggttgtctttgagtcggac 124  Q
    |||||||||||| | ||| |||||| ||||||| ||||||||||| | | |||||||||||| || || ||| | | ||| ||||||||| ||||| |||    
T  51259705 gcaaatatgacagttttggaggggggaggcagttgccttactcgatgtcattcactttgctgttgggatcagttcggaccaggttgtcttcgagtccgac 51259606  T
Q  125 tcatctactctagtccaagctctatcgtctccaggtcatggtgattcgaaattatatgctattgtttctagtattatttatcagttatctttacattcca 224  Q
    ||| |||||||||| ||||| ||||||||| | || |||||||||||  |||| |||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  51259605 tcagctactctagtgcaagcgctatcgtcttcgggccatggtgattcagaattttatgttattgtttctagtattatttttcagttatctttacattcca 51259506  T
Q  225 actttaaggtgaagtttgttaggagacaaacgaacatggttgctcgtactttagctagggc 285  Q
    ||||  ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||  |||||||||||    
T  51259505 acttcgaggtgaagtttgttaggagacaagcgaacatggttgctcatagcttagctagggc 51259445  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 116; E-Value: 6e-59
Query Start/End: Original strand, 48 - 311
Target Start/End: Complemental strand, 26422755 - 26422492
Alignment:
Q  48 gggaggcagtagccttactcgacgcccttcactttgctgatgagaacagatggaaccgggttgtctttgagtcggactcatctactctagtccaagctct 147  Q
    |||||||||||||||||||||| ||  || ||||||||||||  ||||||||| | ||||||||||| ||||| |||||   ||||||||| ||||||||    
T  26422755 gggaggcagtagccttactcgatgctatttactttgctgatgtaaacagatgggatcgggttgtcttcgagtctgactctgatactctagtgcaagctct 26422656  T
Q  148 atcgtctccaggtcatggtgattcgaaattatatgctattgtttctagtattatttatcagttatctttacattccaactttaaggtgaagtttgttagg 247  Q
    ||||||  | || ||| |||||||  |||| ||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||    
T  26422655 atcgtcagcgggacatagtgattcagaattctatgcgattgtttttagtattatttatcagttatctttacattccaacttcgaggtgaagtttgttagg 26422556  T
Q  248 agacaaacgaacatggttgctcgtactttagctagggcaacatgttcttgagttagtcaccgta 311  Q
    ||||| || ||||||||||||| ||||||| ||| |||  | | |||||| | |||||||||||    
T  26422555 agacagacaaacatggttgctcatactttaactacggcggcctattcttgggctagtcaccgta 26422492  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 109; E-Value: 9e-55
Query Start/End: Original strand, 47 - 311
Target Start/End: Complemental strand, 44936236 - 44935972
Alignment:
Q  47 ggggaggcagtagccttactcgacgcccttcactttgctgatgagaacagatggaaccgggttgtctttgagtcggactcatctactctagtccaagctc 146  Q
    ||||||||| |||||||||||||   |||| |||||||| |||  |||||||| ||  ||||||| || ||||| ||||||| ||||||||| ||| |||    
T  44936236 ggggaggcaatagccttactcgagatcctttactttgctaatgcaaacagatgaaattgggttgtgttcgagtccgactcatttactctagtgcaaactc 44936137  T
Q  147 tatcgtctccaggtcatggtgattcgaaattatatgctattgtttctagtattatttatcagttatctttacattccaactttaaggtgaagtttgttag 246  Q
    |||||| | | || || |||||||   |||| |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||    
T  44936136 tatcgttttcgggccacggtgatttagaattctatgttattgtttctattattatttatcagttatctttacattccaacttcgaggtgaagtttgttag 44936037  T
Q  247 gagacaaacgaacatggttgctcgtactttagctagggcaacatgttcttgagttagtcaccgta 311  Q
     |||||| ||||||||||||||| || |||||||| | |  |||||||||| |||||||||||||    
T  44936036 cagacaagcgaacatggttgctcatagtttagctatgacggcatgttcttgggttagtcaccgta 44935972  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 101; E-Value: 5e-50
Query Start/End: Original strand, 107 - 311
Target Start/End: Complemental strand, 24990027 - 24989824
Alignment:
Q  107 gttgtctttgagtcggactcatctactctagtccaagctctatcgtctccaggtcatggtgattcgaaattatatgctattgtttctagtattatttatc 206  Q
    |||||||||||||| |||||| |||||||||| ||||||||| ||||||  || || |||||||| ||||| |||| ||| |||||||||||||||||||    
T  24990027 gttgtctttgagtctgactcagctactctagtgcaagctctaccgtctctgggccacggtgattcaaaattctatgttat-gtttctagtattatttatc 24989929  T
Q  207 agttatctttacattccaactttaaggtgaagtttgttaggagacaaacgaacatggttgctcgtactttagctagggcaacatgttcttgagttagtca 306  Q
    ||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||  ||||||| ||||||  | ||||| ||||| || |||    
T  24989928 agttatctttacattccaacttcgaggtgaagtttgttaagagacaaacgaacacggttgcttatactttatctagggtgatatgtttttgagctaatca 24989829  T
Q  307 ccgta 311  Q
    |||||    
T  24989828 ccgta 24989824  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 100; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 45 - 268
Target Start/End: Complemental strand, 47226486 - 47226263
Alignment:
Q  45 agggggaggcagtagccttactcgacgcccttcactttgctgatgagaacagatggaaccgggttgtctttgagtcggactcatctactctagtccaagc 144  Q
    ||||||||| | ||| ||||||||| ||  ||||||||||||||| |||||||||  | || ||||| || ||||| |||||||||||| |||  |||||    
T  47226486 agggggaggtaatagtcttactcgaggcttttcactttgctgatgcgaacagatgagatcgagttgtgttcgagtccgactcatctactttagagcaagc 47226387  T
Q  145 tctatcgtctccaggtcatggtgattcgaaattatatgctattgtttctagtattatttatcagttatctttacattccaactttaaggtgaagtttgtt 244  Q
    |||||||||| |||| |||||||||||  | |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||  ||||    
T  47226386 tctatcgtcttcaggccatggtgattcagatttatatgctattgtttctagtattatttatcaattatctttacattccaacttcaaagtgaagaatgtt 47226287  T
Q  245 aggagacaaacgaacatggttgct 268  Q
    ||| ||||| | |||||| |||||    
T  47226286 aggcgacaagcaaacatgattgct 47226263  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #20
Raw Score: 73; E-Value: 3e-33
Query Start/End: Original strand, 162 - 278
Target Start/End: Complemental strand, 8754502 - 8754386
Alignment:
Q  162 atggtgattcgaaattatatgctattgtttctagtattatttatcagttatctttacattccaactttaaggtgaagtttgttaggagacaaacgaacat 261  Q
    ||||||||| | |||| ||| ||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  || |||||||||||| ||||||| |||||||    
T  8754502 atggtgatttggaattctatactattgtttttagtattatttatcaattatctttacattccaacttcgagatgaagtttgttatgagacaagcgaacat 8754403  T
Q  262 ggttgctcgtactttag 278  Q
    |||||||||||||||||    
T  8754402 ggttgctcgtactttag 8754386  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #21
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 14 - 202
Target Start/End: Complemental strand, 43840494 - 43840305
Alignment:
Q  14 aaatggcagtgggcaaatatgacaatattgaagggggaggcagtagcctt-actcgacgcccttcactttgctgatgagaacagatggaaccgggttgtc 112  Q
    ||||||||| || ||||||||||| | ||| |||||||| ||  | |||| |||||| ||| ||||||||||||||| ||||| |||  ||||| |||||    
T  43840494 aaatggcagcggacaaatatgacagtgttggagggggagacaacaacctttactcgatgccattcactttgctgatgtgaacaaatgagaccggtttgtc 43840395  T
Q  113 tttgagtcggactcatctactctagtccaagctctatcgtctccaggtcatggtgattcgaaattatatgctattgtttctagtattatt 202  Q
    || ||||  |||||| |||||||| | ||||||||||||||| | |  |||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||    
T  43840394 ttcgagttcgactcagctactctaatgcaagctctatcgtcttcggaccatggtgattcggaattctatgctattgtttctagtattatt 43840305  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #22
Raw Score: 57; E-Value: 9e-24
Query Start/End: Original strand, 201 - 309
Target Start/End: Original strand, 23095401 - 23095509
Alignment:
Q  201 tttatcagttatctttacattccaactttaaggtgaagtttgttaggagacaaacgaacatggttgctcgtactttagctagggcaacatgttcttgagt 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| |||||||| || ||| || |||||||||||   | |||||||| |     
T  23095401 tttatcagttatctttacattccaacttcgaggtgaagtttgttaggagacaagcgaacatgattactcatattttagctagggtggcctgttcttgggc 23095500  T
Q  301 tagtcaccg 309  Q
    |||||||||    
T  23095501 tagtcaccg 23095509  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #23
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 219 - 311
Target Start/End: Complemental strand, 43840307 - 43840215
Alignment:
Q  219 attccaactttaaggtgaagtttgttaggagacaaacgaacatggttgctcgtactttagctagggcaacatgttcttgagttagtcaccgta 311  Q
    ||||||||||||| |||||||| ||||||| ||||||||||||||||| || ||||||| ||||||||   ||||||||| ||| ||| ||||    
T  43840307 attccaactttaaagtgaagttggttaggaaacaaacgaacatggttgttcatactttaactagggcagtctgttcttgaattaatcatcgta 43840215  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #24
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 215 - 288
Target Start/End: Complemental strand, 51364710 - 51364641
Alignment:
Q  215 ttacattccaactttaaggtgaagtttgttaggagacaaacgaacatggttgctcgtactttagctagggcaac 288  Q
    ||||||||||||||    |||||||||||||| ||||||||||| || ||||||| ||||||||||||||||||    
T  51364710 ttacattccaactt----gtgaagtttgttagaagacaaacgaatattgttgctcatactttagctagggcaac 51364641  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #25
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 220 - 308
Target Start/End: Complemental strand, 21163425 - 21163337
Alignment:
Q  220 ttccaactttaaggtgaagtttgttaggagacaaacgaacatggttgctcgtactttagctagggcaacatgttcttgagttagtcacc 308  Q
    |||||||||| ||||||||||||| ||| | ||| ||||||||  ||||| |||  | |||| ||| ||||||||||||  ||||||||    
T  21163425 ttccaactttgaggtgaagtttgtcaggcgtcaagcgaacatgactgctcatacgattgctaaggcgacatgttcttgacctagtcacc 21163337  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 185; Significance: 1e-100; HSPs: 21)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 14 - 286
Target Start/End: Original strand, 20204955 - 20205227
Alignment:
Q  14 aaatggcagtgggcaaatatgacaatattgaagggggaggcagtagccttactcgacgcccttcactttgctgatgagaacagatggaaccgggttgtct 113  Q
    ||||||||  |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| || || ||||||||||||||| |||||||    
T  20204955 aaatggcaacgggcaaatatgacagtattggagggggaggcagtagccttactcgaggccattcactttgttgttgcgaacagatggaaccgagttgtct 20205054  T
Q  114 ttgagtcggactcatctactctagtccaagctctatcgtctccaggtcatggtgattcgaaattatatgctattgtttctagtattatttatcagttatc 213  Q
    | ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  20205055 tcgagtccgactcatctactctagtgcaagctctatcctctccgggtcatggtgattcaaaattctatgctattgtttctagtattatatatcagttatc 20205154  T
Q  214 tttacattccaactttaaggtgaagtttgttaggagacaaacgaacatggttgctcgtactttagctagggca 286  Q
    |||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  20205155 tttacattccaacttctaggtgaagtttgttaggagacaagcgaacatggttgctcatactttagctagggca 20205227  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 179; E-Value: 1e-96
Query Start/End: Original strand, 13 - 311
Target Start/End: Original strand, 4268098 - 4268396
Alignment:
Q  13 aaaatggcagtgggcaaatatgacaatattgaagggggaggcagtagccttactcgacgcccttcactttgctgatgagaacagatggaaccgggttgtc 112  Q
    |||||||||| |||||||||||||| | ||| |||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||  ||||| ||| |||||||| ||    
T  4268098 aaaatggcagcgggcaaatatgacagttttggagggggaggcagtagccttactagaggcccttcactttgctgatgctaacaggtgggaccgggttttc 4268197  T
Q  113 tttgagtcggactcatctactctagtccaagctctatcgtctccaggtcatggtgattcgaaattatatgctattgtttctagtattatttatcagttat 212  Q
    || ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| || |||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||| || ||||||||    
T  4268198 ttcgagtccgactcatctactctagtgcaagctctatcatctccgggccatggtgattcggaattctatgctattgtttctagtattaattctcagttat 4268297  T
Q  213 ctttacattccaactttaaggtgaagtttgttaggagacaaacgaacatggttgctcgtactttagctagggcaacatgttcttgagttagtcaccgta 311  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| |||||||  |||||||||| | |||||||||||    
T  4268298 ctttacattccaacttcaaggtgaagtttattaggagacaagcgaacatggttgctcatactttatctagggcggcatgttcttgggctagtcaccgta 4268396  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 174; E-Value: 1e-93
Query Start/End: Original strand, 14 - 307
Target Start/End: Original strand, 25730808 - 25731101
Alignment:
Q  14 aaatggcagtgggcaaatatgacaatattgaagggggaggcagtagccttactcgacgcccttcactttgctgatgagaacagatggaaccgggttgtct 113  Q
    ||||||||| |||||||||||||| | ||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||| || | |||||||    
T  25730808 aaatggcagcgggcaaatatgacagttttggagggggaggcagtagccttactcgaggcccttcactttgctgatgcgaacagatgggactgagttgtct 25730907  T
Q  114 ttgagtcggactcatctactctagtccaagctctatcgtctccaggtcatggtgattcgaaattatatgctattgtttctagtattatttatcagttatc 213  Q
    | ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||  |||||||||||||   |||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||     
T  25730908 tcgagtccgactcatctactctagtgcaagctctatcgtctcagggtcatggtgattaagaattctatgttattgtttctagtattatttatcagttata 25731007  T
Q  214 tttacattccaactttaaggtgaagtttgttaggagacaaacgaacatggttgctcgtactttagctagggcaacatgttcttgagttagtcac 307  Q
    |||||||||||||||  |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| |||||||||||||||  | |||||||| | |||||||    
T  25731008 tttacattccaacttccaggtgaagtttgttaggagataagcgaacatggttgctcatactttagctagggcggcctgttcttgggctagtcac 25731101  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 163; E-Value: 5e-87
Query Start/End: Original strand, 41 - 311
Target Start/End: Original strand, 27292461 - 27292730
Alignment:
Q  41 ttgaagggggaggcagtagccttactcgacgcccttcactttgctgatgagaacagatggaaccgggttgtctttgagtcggactcatctactctagtcc 140  Q
    ||||||||||||||| |||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| ||||  ||||||||| ||||||| |    
T  27292461 ttgaagggggaggcaatagccttactagatgcccttcactttgctgatgataacagatgggaccgggttgtcttcgagttcgactcatctgctctagtgc 27292560  T
Q  141 aagctctatcgtctccaggtcatggtgattcgaaattatatgctattgtttctagtattatttatcagttatctttacattccaactttaaggtgaagtt 240  Q
    || |||||||||||||||| |||||||||| | |||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||    
T  27292561 aaactctatcgtctccaggccatggtgatttggaattttatgctattgtttctagtattaattatcagttatctttacattccaacttcaaagtgaagtt 27292660  T
Q  241 tgttaggagacaaacgaacatggttgctcgtactttagctagggcaacatgttcttgagttagtcaccgta 311  Q
    | | ||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||  ||||||||||| | |||||||||||    
T  27292661 tatcaggagacaagcgaacatggttgctcatactttagctaggg-gacatgttcttgggctagtcaccgta 27292730  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 148; E-Value: 5e-78
Query Start/End: Original strand, 14 - 281
Target Start/End: Complemental strand, 15988936 - 15988669
Alignment:
Q  14 aaatggcagtgggcaaatatgacaatattgaagggggaggcagtagccttactcgacgcccttcactttgctgatgagaacagatggaaccgggttgtct 113  Q
    ||||||||| || ||||||||||| | ||| |||||||||||||| |||||||||| |||||| |||||||||||| ||||| |||| ||||||||||||    
T  15988936 aaatggcagcggacaaatatgacagttttggagggggaggcagtaaccttactcgaggccctttactttgctgatgcgaacatatgggaccgggttgtct 15988837  T
Q  114 ttgagtcggactcatctactctagtccaagctctatcgtctccaggtcatggtgattcgaaattatatgctattgtttctagtattatttatcagttatc 213  Q
    |  |||| | |||| |||||||||| ||| ||||||||||| |||| |||||||||||| |||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15988836 tcaagtccgtctcagctactctagtgcaatctctatcgtcttcaggccatggtgattcggaattctatgttattgtttctagtattatttatcagttatc 15988737  T
Q  214 tttacattccaactttaaggtgaagtttgttaggagacaaacgaacatggttgctcgtactttagcta 281  Q
    |||||||| ||||||  ||||||||||||||||||||||| |  |||||||||||| |||||||||||    
T  15988736 tttacattacaacttcgaggtgaagtttgttaggagacaagcagacatggttgctcatactttagcta 15988669  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 142; E-Value: 2e-74
Query Start/End: Original strand, 27 - 284
Target Start/End: Original strand, 8388099 - 8388356
Alignment:
Q  27 caaatatgacaatattgaagggggaggcagtagccttactcgacgcccttcactttgctgatgagaacagatggaaccgggttgtctttgagtcggactc 126  Q
    ||||||||||| | ||| ||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||||| | || |||||||||| ||||||||||||| ||||| |||||    
T  8388099 caaatatgacagttttggagggggaggcagttgccttactcgatgccattcactttgcggttgggaacagatgggaccgggttgtcttcgagtccgactc 8388198  T
Q  127 atctactctagtccaagctctatcgtctccaggtcatggtgattcgaaattatatgctattgtttctagtattatttatcagttatctttacattccaac 226  Q
    | |||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||||  |||| |||||||||||||| |||||||||| |||||| |||||||||||||||    
T  8388199 agctactctagtgcaagcgctatcgtctccaggccatggtgattcagaattttatgctattgtttccagtattatttttcagttttctttacattccaac 8388298  T
Q  227 tttaaggtgaagtttgttaggagacaaacgaacatggttgctcgtactttagctaggg 284  Q
    ||  ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||  ||||||||||    
T  8388299 ttcgaggggaagtttgttaggagacaagcgaacatggttgctcatagcttagctaggg 8388356  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 140; E-Value: 3e-73
Query Start/End: Original strand, 26 - 269
Target Start/End: Complemental strand, 26597632 - 26597389
Alignment:
Q  26 gcaaatatgacaatattgaagggggaggcagtagccttactcgacgcccttcactttgctgatgagaacagatggaaccgggttgtctttgagtcggact 125  Q
    |||||||||||||| ||| ||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||||| | || ||| |||||  ||||||||||||| ||||| ||||    
T  26597632 gcaaatatgacaattttggagggggaggcagttgccttactcgatgccattcactttgcagttgggaatagatgagaccgggttgtcttcgagtccgact 26597533  T
Q  126 catctactctagtccaagctctatcgtctccaggtcatggtgattcgaaattatatgctattgtttctagtattatttatcagttatctttacattccaa 225  Q
    || |||||||||| ||||| ||||||||||| || |||||||||||| |||| |||| |||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||    
T  26597532 cagctactctagtgcaagcgctatcgtctccgggccatggtgattcggaattttatgttattgtttctagtattatttttcaattatctttacattccaa 26597433  T
Q  226 ctttaaggtgaagtttgttaggagacaaacgaacatggttgctc 269  Q
    |||  ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  26597432 cttcgaggtgaagtttgttaggagacaagcgaacatggttgctc 26597389  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 114; E-Value: 9e-58
Query Start/End: Original strand, 28 - 297
Target Start/End: Complemental strand, 27533079 - 27532810
Alignment:
Q  28 aaatatgacaatattgaagggggaggcagtagccttactcgacgcccttcactttgctgatgagaacagatggaaccgggttgtctttgagtcggactca 127  Q
    |||||| ||| | ||| ||||||||||| |||| ||| |||| | | ||||||||||||||| ||| |||||| |||||||||| || ||||| ||||      
T  27533079 aaatataacagttttggagggggaggcaatagctttattcgatgtcattcactttgctgatgtgaatagatgggaccgggttgttttcgagtccgacttt 27532980  T
Q  128 tctactctagtccaagctctatcgtctccaggtcatggtgattcgaaattatatgctattgtttctagtattatttatcagttatctttacattccaact 227  Q
     || || |||| ||  || |||||||||| ||||||||||||||  |||| | |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27532979 gcttctttagtgcagactttatcgtctccgggtcatggtgattcagaattctttgctattgtttcaagtattatttatcagttatctttacattccaact 27532880  T
Q  228 ttaaggtgaagtttgttaggagacaaacgaacatggttgctcgtactttagctagggcaacatgttcttg 297  Q
    |  ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||  ||||||||||||||  |||||||||||    
T  27532879 tcgaggtgaagtttgttaggagacaagcgaacatggttacttatactttagctagggtgacatgttcttg 27532810  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 110; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 14 - 283
Target Start/End: Original strand, 12660316 - 12660585
Alignment:
Q  14 aaatggcagtgggcaaatatgacaatattgaagggggaggcagtagccttactcgacgcccttcactttgctgatgagaacagatggaaccgggttgtct 113  Q
    ||||||||| |||||||||||||| | ||  || |||||||||||| ||||||||| | | ||||||||||| ||| ||||| |||  |||| ||| ||     
T  12660316 aaatggcagcgggcaaatatgacagtgttagagcgggaggcagtagtcttactcgatgtcattcactttgctaatgtgaacaaatgagaccgtgttatcg 12660415  T
Q  114 ttgagtcggactcatctactctagtccaagctctatcgtctccaggtcatggtgattcgaaattatatgctattgtttctagtattatttatcagttatc 213  Q
    | ||||| |||||| |||||||||| ||||||||||||||| | || || ||||||||  |||| |||| |||||||||||||||||||| ||||||||     
T  12660416 tcgagtctgactcagctactctagtgcaagctctatcgtcttcgggccacggtgattcagaattctatgatattgtttctagtattatttttcagttatg 12660515  T
Q  214 tttacattccaactttaaggtgaagtttgttaggagacaaacgaacatggttgctcgtactttagctagg 283  Q
    ||||||||| |||||  || |||||||||||||||||||| ||||||||  ||||| |||||||||||||    
T  12660516 tttacattctaacttcgagctgaagtttgttaggagacaagcgaacatgactgctcatactttagctagg 12660585  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 108; E-Value: 3e-54
Query Start/End: Original strand, 28 - 311
Target Start/End: Complemental strand, 41940909 - 41940627
Alignment:
Q  28 aaatatgacaatattgaagggggaggcagtagccttactcgacgcccttcactttgctgatgagaacagatggaaccgggttgtctttgagtcggactca 127  Q
    |||||||||| | ||| |||||||| || ||||||||||| | | | ||||||||||| ||| |||||  |||| |||||||||||| ||||| ||||||    
T  41940909 aaatatgacagttttggagggggagacaatagccttactcaatgtcattcactttgctcatgtgaacaactgga-ccgggttgtcttcgagtccgactca 41940811  T
Q  128 tctactctagtccaagctctatcgtctccaggtcatggtgattcgaaattatatgctattgtttctagtattatttatcagttatctttacattccaact 227  Q
     |||||||||| ||| ||||||||||||  |  ||| |||||||  |||| |||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||    
T  41940810 actactctagtgcaaactctatcgtctctggaccattgtgattcagaattctatgctattgtttctagtattatttaccggttatctttacattccaact 41940711  T
Q  228 ttaaggtgaagtttgttaggagacaaacgaacatggttgctcgtactttagctagggcaacatgttcttgagttagtcaccgta 311  Q
    |  |||||||||||||||||||||||  ||||||| |||||  ||||||||||||| |  | |||| ||| | |||||||||||    
T  41940710 tcgaggtgaagtttgttaggagacaagagaacatgattgctaatactttagctaggactgcttgttattgggctagtcaccgta 41940627  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 106; E-Value: 5e-53
Query Start/End: Original strand, 14 - 311
Target Start/End: Complemental strand, 11375700 - 11375412
Alignment:
Q  14 aaatggcagtgggcaaatatgacaatattgaagggggaggcagtagccttactcgacgcccttcactttgctgatgagaacagatggaaccgggttgtct 113  Q
    ||||||||| | | |||||||||| | ||| |||||||| |||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||  || | |||| ||||||||||||    
T  11375700 aaatggcagcgagtaaatatgacagttttggagggggagacagtagccttactcgaggcccttcattttgcggatgcaaatatatgggaccgggttgtct 11375601  T
Q  114 ttgagtcggactcatctactctagtccaagctctatcgtctccaggtcatggtgattcgaaattatatgctattgtttctagtattatttatcagttatc 213  Q
    ||||||| || ||||||| |||||| ||||||||||||||||| |  |||||||||||| |||| ||          ||| ||||||||||| |||||||    
T  11375600 ttgagtctgattcatctattctagtgcaagctctatcgtctccggtccatggtgattcggaattcta---------ctctcgtattatttatgagttatc 11375510  T
Q  214 tttacattccaactttaaggtgaagtttgttaggagacaaacgaacatggttgctcgtactttagctagggcaacatgttcttgagttagtcaccgta 311  Q
    ||||||||||||||   ||||||||||||||| ||||||| ||||||| ||||||| |||||||||||||||  | |||||||| | || ||||||||    
T  11375509 tttacattccaactccgaggtgaagtttgttaagagacaagcgaacatagttgctcatactttagctagggcggcctgttcttgggctattcaccgta 11375412  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 104; E-Value: 8e-52
Query Start/End: Original strand, 132 - 311
Target Start/End: Original strand, 23074950 - 23075129
Alignment:
Q  132 ctctagtccaagctctatcgtctccaggtcatggtgattcgaaattatatgctattgtttctagtattatttatcagttatctttacattccaactttaa 231  Q
    ||||||| |||||| |||||||| | |  |||||||||||  |||| |||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  23074950 ctctagtgcaagctttatcgtcttcggtccatggtgattcataattctatgttattgtttatagtattatttatcagttatgtttacattccaactttaa 23075049  T
Q  232 ggtgaagtttgttaggagacaaacgaacatggttgctcgtactttagctagggcaacatgttcttgagttagtcaccgta 311  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| || |||||||||| | ||||||||||| | |||||||||||    
T  23075050 ggtgaagtttgttaggagacaagcgaacatggttgctcatagtttagctaggacgacatgttcttgggctagtcaccgta 23075129  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 97; E-Value: 1e-47
Query Start/End: Original strand, 14 - 311
Target Start/End: Complemental strand, 22767444 - 22767163
Alignment:
Q  14 aaatggcagtgggcaaatatgacaatattgaagggggaggcagtagccttactcgacgcccttcactttgctgatgagaacagatggaaccgggttgtct 113  Q
    ||||||||  |||||||||||||  | ||| ||||||||||||||||||||||||  ||  |||||||||||||||  ||||||||| ||||||||||||    
T  22767444 aaatggcaacgggcaaatatgactgttttggagggggaggcagtagccttactcgctgctattcactttgctgatgtaaacagatgggaccgggttgtct 22767345  T
Q  114 ttgagtcggactcatctactctagtccaagctctatcgtctccaggtcatggtgattcgaaattatatgctattgtttctagtattatttatcagttatc 213  Q
    | ||||  |||||   ||||||||| ||||||||||||||  | || |||||| ||||  |||| ||||| |||||                ||||||||    
T  22767344 tcgagtttgactctgatactctagtgcaagctctatcgtcagcgggacatggtaattcagaattctatgcgattgt----------------cagttatc 22767261  T
Q  214 tttacattccaactttaaggtgaagtttgttaggagacaaacgaacatggttgctcgtactttagctagggcaacatgttcttgagttagtcaccgta 311  Q
    |||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||  |||||||||| | |||||||||||    
T  22767260 tttacattccaacttcgaggtgaagtttgttaggagacaaacgaacatggttgctcatactttagctaaggcggcatgttcttgggctagtcaccgta 22767163  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 91; E-Value: 5e-44
Query Start/End: Original strand, 26 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 34652429 - 34652227
Alignment:
Q  26 gcaaatatgacaatattgaagggggaggcagtagccttactcgacgcccttcactttgctgatgagaacagatggaaccgggttgtctttgagtcggact 125  Q
    |||||||||||| | ||| | ||||||  | || |||||||||| ||| |||||||||| |||| |||||||||| | ||||||||||| ||| | ||||    
T  34652429 gcaaatatgacagtgttgtaaggggagataataaccttactcgatgccattcactttgccgatgtgaacagatgggatcgggttgtcttcgagcccgact 34652330  T
Q  126 catctactctagtccaagctctatcgtctccaggtcatggtgattcgaaattatatgctattgtttctagtattatttatcagttatctttacattccaa 225  Q
    |  |||||||||| ||||||||| ||||||  || |||||||||||  ||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  34652329 cgactactctagtgcaagctctaccgtctctgggccatggtgattcagaattatatgttattgtttctagtattatttatcaattatctttacattccaa 34652230  T
Q  226 ctt 228  Q
    |||    
T  34652229 ctt 34652227  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 84; E-Value: 7e-40
Query Start/End: Original strand, 44 - 283
Target Start/End: Original strand, 32632545 - 32632784
Alignment:
Q  44 aagggggaggcagtagccttactcgacgcccttcactttgctgatgagaacagatggaaccgggttgtctttgagtcggactcatctactctagtccaag 143  Q
    ||||||||| || || |||||||||| ||| |||| ||| |||||  ||| ||||  |||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||  |||    
T  32632545 aagggggagacaataaccttactcgaggcctttcattttactgatacgaatagattaaaccgggttgtctttgagtctgactcatctactttagtgtaag 32632644  T
Q  144 ctctatcgtctccaggtcatggtgattcgaaattatatgctattgtttctagtattatttatcagttatctttacattccaactttaaggtgaagtttgt 243  Q
    || ||||||||||  | ||| |||||||  |||| ||||  |||||||||| ||||||||||  ||||||||||||||| |||||  |||||| |||| |    
T  32632645 ctttatcgtctccgagccatagtgattcagaattctatgacattgtttctaatattatttatttgttatctttacattctaacttcgaggtgacgtttat 32632744  T
Q  244 taggagacaaacgaacatggttgctcgtactttagctagg 283  Q
    || ||||||| ||||||| ||||| | |||||||||||||    
T  32632745 tatgagacaagcgaacatagttgcccatactttagctagg 32632784  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 109 - 298
Target Start/End: Complemental strand, 30222930 - 30222743
Alignment:
Q  109 tgtctttgagtcggactcatctactctagtccaagctctatcgtctccaggtcatggtgattcgaaattatatgctattgtttctagtattatttatcag 208  Q
    |||||| || || |||||| |||||||||| ||||| ||||||||| | ||||| ||||||||| |||| ||||||||||||| ||| ||  |||||||     
T  30222930 tgtcttcgaatctgactcagctactctagtgcaagcgctatcgtcttcgggtcacggtgattcggaattctatgctattgtttatagaat--tttatcaa 30222833  T
Q  209 ttatctttacattccaactttaaggtgaagtttgttaggagacaaacgaacatggttgctcgtactttagctagggcaacatgttcttga 298  Q
    |||||||||||||| |||||| | ||||||||||||| ||||||  | |||||| |||||| |||||||  ||||||  | |||||||||    
T  30222832 ttatctttacattctaactttgatgtgaagtttgttaagagacatgcaaacatgattgctcatactttaattagggcggcctgttcttga 30222743  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 59; E-Value: 6e-25
Query Start/End: Original strand, 13 - 119
Target Start/End: Original strand, 37448124 - 37448230
Alignment:
Q  13 aaaatggcagtgggcaaatatgacaatattgaagggggaggcagtagccttactcgacgcccttcactttgctgatgagaacagatggaaccgggttgtc 112  Q
    |||||||||| | ||||| |||||| | ||||| |||||||| |||||||||||||| | | ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  37448124 aaaatggcagcgtgcaaacatgacagtgttgaaaggggaggcggtagccttactcgatgtcattcactttgctgatgtgaacagatggaaccgggttgtc 37448223  T
Q  113 tttgagt 119  Q
    || ||||    
T  37448224 ttcgagt 37448230  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #18
Raw Score: 56; E-Value: 4e-23
Query Start/End: Original strand, 180 - 311
Target Start/End: Complemental strand, 30573698 - 30573567
Alignment:
Q  180 atgctattgtttctagtattatttatcagttatctttacattccaactttaaggtgaagtttgttaggagacaaacgaacatggttgctcgtactttagc 279  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||  || ||| ||||||| |||||||| |||||| |||||||||||| || || ||||||    
T  30573698 atgctattgtttttagtattatttatcagttatctttatattttaattttgaggtgaaatttgttagaagacaagcgaacatggttgttcatattttagc 30573599  T
Q  280 tagggcaacatgttcttgagttagtcaccgta 311  Q
    || |||    |||| ||| |||||||||||||    
T  30573598 taaggcggtctgtttttgggttagtcaccgta 30573567  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #19
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 179 - 277
Target Start/End: Complemental strand, 31908418 - 31908320
Alignment:
Q  179 tatgctattgtttctagtattatttatcagttatctttacattccaactttaaggtgaagtttgttaggagacaaacgaacatggttgctcgtacttta 277  Q
    ||||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||| ||||||| || |||||||||||||  || |||| ||||||||||||| |||||||    
T  31908418 tatgctattgtttataatattatttatcagttatcttcacatttcaactttgagatgaagtttgttagtcgataaacaaacatggttgctcatacttta 31908320  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #20
Raw Score: 44; E-Value: 5e-16
Query Start/End: Original strand, 214 - 269
Target Start/End: Original strand, 26076480 - 26076535
Alignment:
Q  214 tttacattccaactttaaggtgaagtttgttaggagacaaacgaacatggttgctc 269  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||    
T  26076480 tttacattccaacttcaaggtgaagtttgttaggagacaagcaaacatggttgctc 26076535  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #21
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 184 - 269
Target Start/End: Complemental strand, 14823754 - 14823669
Alignment:
Q  184 tattgtttctagtattatttatcagttatctttacattccaactttaaggtgaagtttgttaggagacaaacgaacatggttgctc 269  Q
    ||||||||||  |||||||||| |||||  ||||||||||| ||||||| |||||||| || || |||||| ||| ||||||||||    
T  14823754 tattgtttctcatattatttatgagttagttttacattccatctttaagatgaagtttattcggcgacaaatgaatatggttgctc 14823669  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 182; Significance: 2e-98; HSPs: 22)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 182; E-Value: 2e-98
Query Start/End: Original strand, 14 - 311
Target Start/End: Original strand, 16731933 - 16732230
Alignment:
Q  14 aaatggcagtgggcaaatatgacaatattgaagggggaggcagtagccttactcgacgcccttcactttgctgatgagaacagatggaaccgggttgtct 113  Q
    ||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| |||||||| ||||||||||||||| |||||||    
T  16731933 aaatggcagagggcaaatatgacagtattggagggggaggcagtagccttactcgaggccattcactctgctgatgcgaacagatggaaccgagttgtct 16732032  T
Q  114 ttgagtcggactcatctactctagtccaagctctatcgtctccaggtcatggtgattcgaaattatatgctattgtttctagtattatttatcagttatc 213  Q
    | ||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||| || |||||||||||  |||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16732033 tcgagtccgactcgtctactctagtgcaagctctatcatctccgggccatggtgattcagaattctctgctattgtttctagtattatttatcagttatc 16732132  T
Q  214 tttacattccaactttaaggtgaagtttgttaggagacaaacgaacatggttgctcgtactttagctagggcaacatgttcttgagttagtcaccgta 311  Q
    |||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||    |||||||| | |||||||||||    
T  16732133 tttacattccaacttcgaggtgaagtttgttaggagacaagcgaacatggttgctcatactttagctagggcggactgttcttgggctagtcaccgta 16732230  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 182; E-Value: 2e-98
Query Start/End: Original strand, 14 - 311
Target Start/End: Original strand, 17710067 - 17710364
Alignment:
Q  14 aaatggcagtgggcaaatatgacaatattgaagggggaggcagtagccttactcgacgcccttcactttgctgatgagaacagatggaaccgggttgtct 113  Q
    ||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| |||||||| ||||||||||||||| |||||||    
T  17710067 aaatggcagagggcaaatatgacagtattggagggggaggcagtagccttactcgaggccattcactctgctgatgcgaacagatggaaccgagttgtct 17710166  T
Q  114 ttgagtcggactcatctactctagtccaagctctatcgtctccaggtcatggtgattcgaaattatatgctattgtttctagtattatttatcagttatc 213  Q
    | ||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||| || |||||||||||  |||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17710167 tcgagtccgactcgtctactctagtgcaagctctatcatctccgggccatggtgattcagaattctctgctattgtttctagtattatttatcagttatc 17710266  T
Q  214 tttacattccaactttaaggtgaagtttgttaggagacaaacgaacatggttgctcgtactttagctagggcaacatgttcttgagttagtcaccgta 311  Q
    |||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||    |||||||| | |||||||||||    
T  17710267 tttacattccaacttcgaggtgaagtttgttaggagacaagcgaacatggttgctcatactttagctagggcggactgttcttgggctagtcaccgta 17710364  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 157; E-Value: 2e-83
Query Start/End: Original strand, 27 - 311
Target Start/End: Original strand, 16098503 - 16098787
Alignment:
Q  27 caaatatgacaatattgaagggggaggcagtagccttactcgacgcccttcactttgctgatgagaacagatggaaccgggttgtctttgagtcggactc 126  Q
    ||||||||||||| ||| |||| |||| |||||||||||| || |||||||| ||||||||||  |||| |||| ||||||||||||| ||||| |||||    
T  16098503 caaatatgacaattttggagggagaggtagtagccttactagaggcccttcaatttgctgatgctaacaaatgggaccgggttgtcttcgagtccgactc 16098602  T
Q  127 atctactctagtccaagctctatcgtctccaggtcatggtgattcgaaattatatgctattgtttctagtattatttatcagttatctttacattccaac 226  Q
    |||||||||||| ||||||| ||||||||| || |||||||||||  |||| |||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  16098603 atctactctagtacaagctccatcgtctccgggccatggtgattcagaattctatgatattgtttctagtattagttatcagttatctttacattccaac 16098702  T
Q  227 tttaaggtgaagtttgttaggagacaaacgaacatggttgctcgtactttagctagggcaacatgttcttgagttagtcaccgta 311  Q
    || |||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| || ||||||||||||  | ||||| |||| |||||||||||    
T  16098703 ttcaaggtgaagtttgttatgagacaagcgaacatggttgctcatattttagctagggcggcctgttcatgagctagtcaccgta 16098787  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 152; E-Value: 2e-80
Query Start/End: Original strand, 14 - 285
Target Start/End: Complemental strand, 29201142 - 29200871
Alignment:
Q  14 aaatggcagtgggcaaatatgacaatattgaagggggaggcagtagccttactcgacgcccttcactttgctgatgagaacagatggaaccgggttgtct 113  Q
    ||||| ||| || ||||||||||| | ||| ||||||||| || |   ||||| || | | ||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||    
T  29201142 aaatgacagcggacaaatatgacagttttggagggggaggtagcatgtttacttgatgtcattcactttgctgatgtgaacagatggaaacgggttgtct 29201043  T
Q  114 ttgagtcggactcatctactctagtccaagctctatcgtctccaggtcatggtgattcgaaattatatgctattgtttctagtattatttatcagttatc 213  Q
    | ||||| |||||| |||||||||| ||||||||||||||||  || |||||||||||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29201042 tcgagtctgactcagctactctagtgcaagctctatcgtctctgggccatggtgattcagaattctatgctattgtttctagtattatttatcagttatc 29200943  T
Q  214 tttacattccaactttaaggtgaagtttgttaggagacaaacgaacatggttgctcgtactttagctagggc 285  Q
    |||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  29200942 tttacattccaacttcgaggtgaagtttgttaggagacaaacgaacatggttgctcatactttagctagggc 29200871  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 134; E-Value: 1e-69
Query Start/End: Original strand, 26 - 311
Target Start/End: Original strand, 22289253 - 22289538
Alignment:
Q  26 gcaaatatgacaatattgaagggggaggcagtagccttactcgacgcccttcactttgctgatgagaacagatggaaccgggttgtctttgagtcggact 125  Q
    |||||||||||| | ||| |||||||||  || ||||||||||| ||| |||||||||| | || ||||| |||| |||||| |||||| ||||| ||||    
T  22289253 gcaaatatgacagttttggagggggaggtggttgccttactcgatgccattcactttgccgttgggaacaaatgggaccgggctgtcttcgagtccgact 22289352  T
Q  126 catctactctagtccaagctctatcgtctccaggtcatggtgattcgaaattatatgctattgtttctagtattatttatcagttatctttacattccaa 225  Q
    || |||||||||| ||||| ||||||||||| || |||||||||||  |||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  22289353 cagctactctagtgcaagcgctatcgtctccgggccatggtgattcagaattttatgctattgtttctagtattatttttcagttatctttacattccaa 22289452  T
Q  226 ctttaaggtgaagtttgttaggagacaaacgaacatggttgctcgtactttagctagggcaacatgttcttgagttagtcaccgta 311  Q
    |||  |||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| ||  |||||||||||  | |||||||||  |||| ||||||    
T  22289453 cttcgaggtgatgtttgttaggagacaagcgaacatggttgctcatagcttagctagggcggcctgttcttgaactagttaccgta 22289538  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 128; E-Value: 4e-66
Query Start/End: Original strand, 14 - 281
Target Start/End: Complemental strand, 9328789 - 9328522
Alignment:
Q  14 aaatggcagtgggcaaatatgacaatattgaagggggaggcagtagccttactcgacgcccttcactttgctgatgagaacagatggaaccgggttgtct 113  Q
    ||||||||  ||| |||||||||  | ||| ||||||||||||||||||||||||  ||  |||||||||||||||  ||||||||| ||||||||||||    
T  9328789 aaatggcaacgggaaaatatgactgttttggagggggaggcagtagccttactcgctgctattcactttgctgatgtaaacagatgggaccgggttgtct 9328690  T
Q  114 ttgagtcggactcatctactctagtccaagctctatcgtctccaggtcatggtgattcgaaattatatgctattgtttctagtattatttatcagttatc 213  Q
    | ||||| |||||   ||||||||| ||||||||||||||  | || |||||| ||||  |||| |||||  ||||||||||||||||||||||||||||    
T  9328689 tggagtctgactctgatactctagtgcaagctctatcgtcagcgggacatggtaattcagaattctatgcgtttgtttctagtattatttatcagttatc 9328590  T
Q  214 tttacattccaactttaaggtgaagtttgttaggagacaaacgaacatggttgctcgtactttagcta 281  Q
    |||||||||||||||  | ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||    
T  9328589 tttacattccaacttcgatgtgaagtttgttaggagacaagcgaacatggttgctcatactttagcta 9328522  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 121; E-Value: 6e-62
Query Start/End: Original strand, 47 - 311
Target Start/End: Complemental strand, 30493764 - 30493500
Alignment:
Q  47 ggggaggcagtagccttactcgacgcccttcactttgctgatgagaacagatggaaccgggttgtctttgagtcggactcatctactctagtccaagctc 146  Q
    |||||||||||||||||||| || | | ||||||| ||||||  |||||||||  ||| ||||||||| ||||| ||||||  ||||||||| |||||||    
T  30493764 ggggaggcagtagccttacttgatgtcgttcacttagctgatatgaacagatgagaccaggttgtcttcgagtccgactcaattactctagtgcaagctc 30493665  T
Q  147 tatcgtctccaggtcatggtgattcgaaattatatgctattgtttctagtattatttatcagttatctttacattccaactttaaggtgaagtttgttag 246  Q
    |||||||| | || |||||||||||  |||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |  ||||||||||||||    
T  30493664 tatcgtcttcgggccatggtgattcagaattttatgctattgtttatagtattatttatcagttatctttacatttcaacttcatagtgaagtttgttag 30493565  T
Q  247 gagacaaacgaacatggttgctcgtactttagctagggcaacatgttcttgagttagtcaccgta 311  Q
    ||||||| | |||||||||| || |||||||||||||||    |||||||| | |||||||||||    
T  30493564 gagacaaccaaacatggttgttcatactttagctagggcggtctgttcttgggctagtcaccgta 30493500  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 14 - 311
Target Start/End: Original strand, 17877408 - 17877695
Alignment:
Q  14 aaatggcagtgggcaaatatgacaatattgaagggggaggcagtagccttactcgacgcccttcactttgctgatgagaacagatggaaccgggttgtct 113  Q
    |||| |||| ||| |||||||||| ||||| ||||||||| ||||||||||||| | |||||||||||| |  ||| |||||||||||| ||||||||||    
T  17877408 aaatcgcagcggggaaatatgacagtattggagggggaggaagtagccttactcaaggcccttcactttacaaatgcgaacagatggaatcgggttgtct 17877507  T
Q  114 ttgagtcggactcatctactctagtccaagctctatcgtctccaggtcatggtgattcgaaattatatgctattgtttctagtattatttatcagttatc 213  Q
    | ||||| |||||          || ||||||||||||| |   ||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17877508 tcgagtctgactc----------gtgcaagctctatcgtttatgggtcatggtgattcgtaattctatgctattgtttctagtattatttatcagttatc 17877597  T
Q  214 tttacattccaactttaaggtgaagtttgttaggagacaaacgaacatggttgctcgtactttagctagggcaacatgttcttgagttagtcaccgta 311  Q
    |||||||| ||| ||  ||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||||| |||||||| |||| |  |||||| ||| | |||||||||||    
T  17877598 tttacatttcaatttcgaggtgaagtttgttatgagacaagcgaccatggttgctcatactttaggtaggacggcatgttattgggctagtcaccgta 17877695  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 111; E-Value: 6e-56
Query Start/End: Original strand, 41 - 263
Target Start/End: Original strand, 1581643 - 1581865
Alignment:
Q  41 ttgaagggggaggcagtagccttactcgacgcccttcactttgctgatgagaacagatggaaccgggttgtctttgagtcggactcatctactctagtcc 140  Q
    |||| |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||  | |||||| | || |||||  |||||||||| ||| | |    
T  1581643 ttgaggggggatgcagtagccttactcgaggcccttcactttgctgatgcgaacagatgagatcgggttctattggagtccaactcatctacactaatgc 1581742  T
Q  141 aagctctatcgtctccaggtcatggtgattcgaaattatatgctattgtttctagtattatttatcagttatctttacattccaactttaaggtgaagtt 240  Q
    || ||||||||||||| |  ||||||||||||||||| ||||| ||||||| || |||||||||||||||||||||||||| ||||||  | ||||||||    
T  1581743 aaactctatcgtctccggaccatggtgattcgaaattctatgccattgtttataatattatttatcagttatctttacatttcaacttcgatgtgaagtt 1581842  T
Q  241 tgttaggagacaaacgaacatgg 263  Q
    ||||||||||||| |||||||||    
T  1581843 tgttaggagacaagcgaacatgg 1581865  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 106; E-Value: 5e-53
Query Start/End: Original strand, 104 - 285
Target Start/End: Original strand, 3601742 - 3601923
Alignment:
Q  104 cgggttgtctttgagtcggactcatctactctagtccaagctctatcgtctccaggtcatggtgattcgaaattatatgctattgtttctagtattattt 203  Q
    |||||||| || ||||| ||||||||||||||||| |||||| |||||||||  |  |||||||||||  |||| |||||||||||||||||||||||||    
T  3601742 cgggttgttttcgagtccgactcatctactctagtgcaagctttatcgtctctggaccatggtgattcagaattttatgctattgtttctagtattattt 3601841  T
Q  204 atcagttatctttacattccaactttaaggtgaagtttgttaggagacaaacgaacatggttgctcgtactttagctagggc 285  Q
    ||||||||||||||||||| || ||  ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| || ||||||||||||    
T  3601842 atcagttatctttacattctaaattcgaggtgaagtttgttaggagacaatcgaacatggttgctcatagtttagctagggc 3601923  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 94; E-Value: 8e-46
Query Start/End: Original strand, 75 - 311
Target Start/End: Original strand, 3275095 - 3275332
Alignment:
Q  75 ttcactttgctgatgagaacagatggaaccgggttgtctttgagtcggactcatctactctagtccaagctctatcgtctccaggtcatggtgattcgaa 174  Q
    |||||||||||| || ||||| || | || |||||||||| ||||| |||||| |||||||||| ||||| ||||| |||| ||| || | ||||||  |    
T  3275095 ttcactttgctgttgggaacatataggactgggttgtcttcgagtccgactcagctactctagtgcaagcgctatcatctctaggccacgatgattcata 3275194  T
Q  175 attatatgctattgtttctagtattatttatcagttatctttacattccaactttaaggtgaagtttgttaggagacaaacgaacatggttgctcgta-c 273  Q
    ||| ||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| ||||||| |||||||||||| || || |    
T  3275195 attttatgctattgtttttagtattatttttcagttatctttacattccaacttcgaggtgaagtttgttaagagacaagcgaacatggttgatcatagc 3275294  T
Q  274 tttagctagggcaacatgttcttgagttagtcaccgta 311  Q
    || |||||||||  | |||||||  | |||||||||||    
T  3275295 ttaagctagggcggcctgttcttaggctagtcaccgta 3275332  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 86; E-Value: 5e-41
Query Start/End: Original strand, 194 - 311
Target Start/End: Original strand, 24251619 - 24251736
Alignment:
Q  194 agtattatttatcagttatctttacattccaactttaaggtgaagtttgttaggagacaaacgaacatggttgctcgtactttagctagggcaacatgtt 293  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||  | ||||    
T  24251619 agtattatttatcagttatctttacattccaacttcgaggtgaagtttgttaggagacaagcgaacatggttgctcatactttagctagggcggcctgtt 24251718  T
Q  294 cttgagttagtcaccgta 311  Q
    |||||| |||||||||||    
T  24251719 cttgagctagtcaccgta 24251736  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 83; E-Value: 3e-39
Query Start/End: Original strand, 143 - 269
Target Start/End: Complemental strand, 30824552 - 30824426
Alignment:
Q  143 gctctatcgtctccaggtcatggtgattcgaaattatatgctattgtttctagtattatttatcagttatctttacattccaactttaaggtgaagtttg 242  Q
    |||||||||||||  ||||||||||||||  |||| |||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||    
T  30824552 gctctatcgtctctgggtcatggtgattcagaattctatgttattgtttctagtcttatttatcagttatctttacattccaactttgaagtgaagtttg 30824453  T
Q  243 ttaggagacaaacgaacatggttgctc 269  Q
    |||||||| || |||||||||||||||    
T  30824452 ttaggagataagcgaacatggttgctc 30824426  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 192 - 311
Target Start/End: Complemental strand, 33224569 - 33224450
Alignment:
Q  192 ctagtattatttatcagttatctttacattccaactttaaggtgaagtttgttaggagacaaacgaacatggttgctcgtactttagctagggcaacatg 291  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||| ||  ||| |||||||| | ||    
T  33224569 ctagtattatttttcagttatctttacattccaacttcaaggtgaagtttgttaggagacaagcgaacatgattgctcataacttatctagggcagcctg 33224470  T
Q  292 ttcttgagttagtcaccgta 311  Q
    |||||| | |||||||||||    
T  33224469 ttcttgggctagtcaccgta 33224450  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 71; E-Value: 4e-32
Query Start/End: Original strand, 194 - 308
Target Start/End: Original strand, 44481267 - 44481381
Alignment:
Q  194 agtattatttatcagttatctttacattccaactttaaggtgaagtttgttaggagacaaacgaacatggttgctcgtactttagctagggcaacatgtt 293  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||| ||||||  ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||  | ||||    
T  44481267 agtattatttaccagttatctttacatttcaacttcgaggtgaagtttgttaggagacaagcgaacatggttgctcatactttagctagggcggcctgtt 44481366  T
Q  294 cttgagttagtcacc 308  Q
    |||| | ||||||||    
T  44481367 cttgggctagtcacc 44481381  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 179 - 269
Target Start/End: Original strand, 47580040 - 47580130
Alignment:
Q  179 tatgctattgtttctagtattatttatcagttatctttacattccaactttaaggtgaagtttgttaggagacaaacgaacatggttgctc 269  Q
    ||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||  |||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||    
T  47580040 tatgctattggatctagtattatttatcagttatctttatattccaacttcgaggtgaagtttggtaggagacaagcgaacatggttgctc 47580130  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 59; E-Value: 6e-25
Query Start/End: Original strand, 122 - 309
Target Start/End: Original strand, 24139139 - 24139306
Alignment:
Q  122 gactcatctactctagtccaagctctatcgtctccaggtcatggtgattcgaaattatatgctattgtttctagtattatttatcagttatctttacatt 221  Q
    |||||| |||||||||| |||||||| |||||||| ||||||| ||||| |||||| ||||||||||||||||||||||| ||                     
T  24139139 gactcagctactctagtgcaagctctgtcgtctccgggtcatgttgatttgaaattttatgctattgtttctagtattatcta----------------- 24139221  T
Q  222 ccaactttaaggtgaagtttgttaggagacaaacgaacatggttgctcgtactttagctagggcaacatgttcttgagttagtcaccg 309  Q
       |||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||  | |||||||| | |||||||||    
T  24139222 ---acttcaaggtgaagtttgttaggagacaagcgaacatggttgctcatactttagctagggcggcctgttcttgggctagtcaccg 24139306  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 164 - 285
Target Start/End: Original strand, 35013709 - 35013830
Alignment:
Q  164 ggtgattcgaaattatatgctattgtttctagtattatttatcagttatctttacattccaactttaaggtgaagtttgttaggagacaaacgaacatgg 263  Q
    |||||||| ||||| || |||||| ||||| ||||||||  | |||||  |||||||||||| || ||| |||||||| ||||||||||| | || ||||    
T  35013709 ggtgattctaaattttaggctattatttcttgtattattgctaagttagttttacattccaatttcaagttgaagtttattaggagacaagcaaatatgg 35013808  T
Q  264 ttgctcgtactttagctagggc 285  Q
    | ||||||||||||||||||||    
T  35013809 tcgctcgtactttagctagggc 35013830  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #19
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 212 - 307
Target Start/End: Complemental strand, 35030643 - 35030549
Alignment:
Q  212 tctttacattccaactttaaggtgaagtttgttaggagacaaacgaacatggttgctcgtactttagctagggcaacatgttcttgagttagtcac 307  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||  | ||||||| |||||||  |||||| |||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||    
T  35030643 tctttacattccaactttgaggtgaagtttgcgaagagacaagcgaacataattgctcatactttagctagagcaacctgttcttg-gttagtcac 35030549  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #20
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 28 - 114
Target Start/End: Complemental strand, 30824646 - 30824562
Alignment:
Q  28 aaatatgacaatattgaagggggaggcagtagccttactcgacgcccttcactttgctgatgagaacagatggaaccgggttgtctt 114  Q
    |||||||||| | ||||||||  ||||||||||||||||||| |||||||||||| || ||| |||||||||| | | |||||||||    
T  30824646 aaatatgacagttttgaaggg--aggcagtagccttactcgaggcccttcacttttctaatgcgaacagatgggatcaggttgtctt 30824562  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #21
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000008
Query Start/End: Original strand, 107 - 186
Target Start/End: Original strand, 44480893 - 44480972
Alignment:
Q  107 gttgtctttgagtcggactcatctactctagtccaagctctatcgtctccaggtcatggtgattcgaaattatatgctat 186  Q
    |||||||| ||||| |||||  |||||||| | ||| |  |||||||||| ||||||||||||||| |||| ||||||||    
T  44480893 gttgtcttcgagtccgactccgctactctactgcaaacgttatcgtctccgggtcatggtgattcggaattttatgctat 44480972  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #22
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 220 - 297
Target Start/End: Complemental strand, 6056358 - 6056281
Alignment:
Q  220 ttccaactttaaggtgaagtttgttaggagacaaacgaacatggttgctcgtactttagctagggcaacatgttcttg 297  Q
    |||||||||| |||||||||||||| || | ||| |||||||||||| || |||  | ||||||||  ||||||||||    
T  6056358 ttccaactttgaggtgaagtttgttgggcgtcaagcgaacatggttgttcatacgattgctagggcggcatgttcttg 6056281  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 178; Significance: 6e-96; HSPs: 19)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 178; E-Value: 6e-96
Query Start/End: Original strand, 14 - 311
Target Start/End: Original strand, 88559 - 88856
Alignment:
Q  14 aaatggcagtgggcaaatatgacaatattgaagggggaggcagtagccttactcgacgcccttcactttgctgatgagaacagatggaaccgggttgtct 113  Q
    |||||||| ||||||||||||||| | ||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||  ||||||||| ||||||||||||    
T  88559 aaatggcaatgggcaaatatgacagttttggagggggaggcagtagccttactcgaggcccttcactttgttgatgctaacagatgggaccgggttgtct 88658  T
Q  114 ttgagtcggactcatctactctagtccaagctctatcgtctccaggtcatggtgattcgaaattatatgctattgtttctagtattatttatcagttatc 213  Q
    | ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||| || ||||||||||||  |||| |||||||||||||| |||||||||||||||||| |    
T  88659 tcgagtccgactcatctactctagtgcaagctctatcgtctcaagatcatggtgattcagaattctatgctattgtttccagtattatttatcagttagc 88758  T
Q  214 tttacattccaactttaaggtgaagtttgttaggagacaaacgaacatggttgctcgtactttagctagggcaacatgttcttgagttagtcaccgta 311  Q
    ||||||||||||||| || ||||||||| || |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||  | |||||||| | |||||||||||    
T  88759 tttacattccaacttcaacgtgaagtttatttggagacaagcgaacatggttgctcatactttagctagggcggcctgttcttgggctagtcaccgta 88856  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 154; E-Value: 1e-81
Query Start/End: Original strand, 16 - 285
Target Start/End: Complemental strand, 34696089 - 34695820
Alignment:
Q  16 atggcagtgggcaaatatgacaatattgaagggggaggcagtagccttactcgacgcccttcactttgctgatgagaacagatggaaccgggttgtcttt 115  Q
    ||||||| |||||||||||||| | ||| ||||||||||||||||||||||| | ||| |||||||||||||||  || |||||| | |||||||||||     
T  34696089 atggcagcgggcaaatatgacagttttggagggggaggcagtagccttactcaaggccattcactttgctgatgtcaatagatgggaacgggttgtcttc 34695990  T
Q  116 gagtcggactcatctactctagtccaagctctatcgtctccaggtcatggtgattcgaaattatatgctattgtttctagtattatttatcagttatctt 215  Q
    ||||| |||||  |||||||||| |||||  |||||||||| ||||||||||||||  |||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||    
T  34695989 gagtccgactccgctactctagtgcaagcgttatcgtctccgggtcatggtgattcagaattttatgctattgtttctagtataatttaccagttatctt 34695890  T
Q  216 tacattccaactttaaggtgaagtttgttaggagacaaacgaacatggttgctcgtactttagctagggc 285  Q
    |||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  34695889 tacattccaacttcgaggtgaagtttgttaggagacaagcgaacatggttgctcatactttagctagggc 34695820  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 154; E-Value: 1e-81
Query Start/End: Original strand, 16 - 285
Target Start/End: Complemental strand, 34718501 - 34718232
Alignment:
Q  16 atggcagtgggcaaatatgacaatattgaagggggaggcagtagccttactcgacgcccttcactttgctgatgagaacagatggaaccgggttgtcttt 115  Q
    ||||||| |||||||||||||| | ||| ||||||||||||||||||||||| | ||| |||||||||||||||  || |||||| | |||||||||||     
T  34718501 atggcagcgggcaaatatgacagttttggagggggaggcagtagccttactcaaggccattcactttgctgatgtcaatagatgggaacgggttgtcttc 34718402  T
Q  116 gagtcggactcatctactctagtccaagctctatcgtctccaggtcatggtgattcgaaattatatgctattgtttctagtattatttatcagttatctt 215  Q
    ||||| |||||  |||||||||| |||||  |||||||||| ||||||||||||||  |||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||    
T  34718401 gagtccgactccgctactctagtgcaagcgttatcgtctccgggtcatggtgattcagaattttatgctattgtttctagtataatttaccagttatctt 34718302  T
Q  216 tacattccaactttaaggtgaagtttgttaggagacaaacgaacatggttgctcgtactttagctagggc 285  Q
    |||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  34718301 tacattccaacttcgaggtgaagtttgttaggagacaagcgaacatggttgctcatactttagctagggc 34718232  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 146; E-Value: 7e-77
Query Start/End: Original strand, 26 - 283
Target Start/End: Complemental strand, 12130813 - 12130556
Alignment:
Q  26 gcaaatatgacaatattgaagggggaggcagtagccttactcgacgcccttcactttgctgatgagaacagatggaaccgggttgtctttgagtcggact 125  Q
    |||||||||| | | ||| |||||||||||||||||||||| || || ||||||||||||||||  || |||||||| |||||| |||| ||||| ||||    
T  12130813 gcaaatatgatagtgttggagggggaggcagtagccttacttgaggctcttcactttgctgatgcaaatagatggaatcgggttatcttcgagtctgact 12130714  T
Q  126 catctactctagtccaagctctatcgtctccaggtcatggtgattcgaaattatatgctattgtttctagtattatttatcagttatctttacattccaa 225  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||| | || |||||||||||  |||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  12130713 catctactctagtccaagctctatcatcttcgggacatggtgattcagaattctatgctattatttctagtattatttatcagttatatttacattccaa 12130614  T
Q  226 ctttaaggtgaagtttgttaggagacaaacgaacatggttgctcgtactttagctagg 283  Q
    |||  ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||    
T  12130613 cttcgaggtgaagtttgttatgagacaagcgaacatggttgctcatactttagctagg 12130556  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 126; E-Value: 6e-65
Query Start/End: Original strand, 64 - 293
Target Start/End: Complemental strand, 13110006 - 13109777
Alignment:
Q  64 actcgacgcccttcactttgctgatgagaacagatggaaccgggttgtctttgagtcggactcatctactctagtccaagctctatcgtctccaggtcat 163  Q
    |||||| ||||||||||| ||||||| || ||||||| ||  ||||||||| ||||| ||||| |||||||||||  |||||||||||||| | || |||    
T  13110006 actcgaggcccttcacttagctgatgcgatcagatgggacatggttgtcttcgagtccgactcttctactctagtggaagctctatcgtcttcgggccat 13109907  T
Q  164 ggtgattcgaaattatatgctattgtttctagtattatttatcagttatctttacattccaactttaaggtgaagtttgttaggagacaaacgaacatgg 263  Q
    ||||||| | ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||| ||||||||||||||||| |    
T  13109906 ggtgatttggaattataagctattgtttccagtattatttatcagttatctttacattccaacgttgaggtgaagtttgtcaggagacaaacgaacatag 13109807  T
Q  264 ttgctcgtactttagctagggcaacatgtt 293  Q
    ||| || ||||||||||||||| |||||||    
T  13109806 ttgttcatactttagctagggcgacatgtt 13109777  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 112; E-Value: 1e-56
Query Start/End: Original strand, 110 - 309
Target Start/End: Original strand, 26198778 - 26198977
Alignment:
Q  110 gtctttgagtcggactcatctactctagtccaagctctatcgtctccaggtcatggtgattcgaaattatatgctattgtttctagtattatttatcagt 209  Q
    ||||| ||||| |||||| |||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||| | |||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  26198778 gtcttcgagtccgactcagctactctagtgcaagctctatcgtctctaggtcatggtgaattgaaattctatgctattgtttctagtattatttaccagt 26198877  T
Q  210 tatctttacattccaactttaaggtgaagtttgttaggagacaaacgaacatggttgctcgtactttagctagggcaacatgttcttgagttagtcaccg 309  Q
    |||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||  ||||  |||||||||| ||| ||||||||||||||  || | |||||||| |||||||||    
T  26198878 tatctttacatttcaactttgaggtgaagtttgttaggtaacaagtgaacatggtttctcatactttagctagggtgacttcttcttgagctagtcaccg 26198977  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 103; E-Value: 3e-51
Query Start/End: Original strand, 95 - 281
Target Start/End: Original strand, 9710036 - 9710222
Alignment:
Q  95 agatggaaccgggttgtctttgagtcggactcatctactctagtccaagctctatcgtctccaggtcatggtgattcgaaattatatgctattgtttcta 194  Q
    |||||| ||||||||||||| ||||| ||||    ||||||||| ||||||||||||||  | || |||||| ||||  |||| ||||| ||||||||||    
T  9710036 agatgggaccgggttgtcttcgagtctgactttgatactctagtgcaagctctatcgtcagcgggacatggtaattcataattctatgcaattgtttcta 9710135  T
Q  195 gtattatttatcagttatctttacattccaactttaaggtgaagtttgttaggagacaaacgaacatggttgctcgtactttagcta 281  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||    
T  9710136 gtattatttatcagttatctttacattccaacttcgaggtgaagtttgttaggagacaagcgaacatggttgctcatactttagcta 9710222  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 102; E-Value: 1e-50
Query Start/End: Original strand, 24 - 253
Target Start/End: Complemental strand, 1418158 - 1417929
Alignment:
Q  24 gggcaaatatgacaatattgaagggggaggcagtagccttactcgacgcccttcactttgctgatgagaacagatggaaccgggttgtctttgagtcgga 123  Q
    |||||||||||||  |  ||||||| ||| |||||||||||||||| |   ||   ||||||||||  ||||||||| || |||||||||| ||||| ||    
T  1418158 gggcaaatatgacggttatgaagggagagacagtagccttactcgaggtaatttgatttgctgatgcaaacagatgggactgggttgtcttcgagtctga 1418059  T
Q  124 ctcatctactctagtccaagctctatcgtctccaggtcatggtgattcgaaattatatgctattgtttctagtattatttatcagttatctttacattcc 223  Q
    ||||||||||||||| |||||||||| |||||  |   ||||||||||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  1418058 ctcatctactctagttcaagctctattgtctctggactatggtgattcagaattctatgctattgtttctagtattatttatcaattatctttacattcc 1417959  T
Q  224 aactttaaggtgaagtttgttaggagacaa 253  Q
    |||||  |||||||||||||||||||||||    
T  1417958 aacttcgaggtgaagtttgttaggagacaa 1417929  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 102; E-Value: 1e-50
Query Start/End: Original strand, 106 - 311
Target Start/End: Complemental strand, 11292157 - 11291954
Alignment:
Q  106 ggttgtctttgagtcggactcatctactctagtccaagctctatcgtctccaggtcatggtgattcgaaattatatgctattgtttctagtattatttat 205  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| | | || |||| |||||| ||||| |||| |||||||| |||||||||||||    
T  11292157 ggttgtctttgagtccgactcatctactctagtgcaagctctatcgttttc-ggccatgatgattcaaaattttatgttattgtttatagtattatttat 11292059  T
Q  206 cagttatctttacattccaactttaaggtgaagtttgttaggagacaaacgaacatggttgctcgtactttagctagggcaacatgttcttgagttagtc 305  Q
    ||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| | |||||||| |||||| ||||||||||||| |  | |||||||| | |||||    
T  11292058 cagttatctatacattc-aacttcaaggtgaagtttgttaggagacgagcgaacatgtttgctcatactttagctaggtcggcttgttcttgggctagtc 11291960  T
Q  306 accgta 311  Q
    ||||||    
T  11291959 accgta 11291954  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 94; E-Value: 8e-46
Query Start/End: Original strand, 60 - 309
Target Start/End: Original strand, 14827126 - 14827374
Alignment:
Q  60 ccttactcgacgcccttcactttgctgatgagaacagatggaaccgggttgtctttgagtcggactcatctactctagtccaagctctatcgtctccagg 159  Q
    |||||||||| | | |||||||| |||||  ||| |||||  | || ||||||||||| || |||| | |||||||||| ||||||||||||| |   ||    
T  14827126 ccttactcgatgtcattcactttactgatatgaatagatgagatcgagttgtctttgaatctgacttagctactctagtgcaagctctatcgtgtttggg 14827225  T
Q  160 tcatggtgattcgaaattatatgctattgtttctagtattatttatcagttatctttacattccaactttaaggtgaagtttgttaggagacaaacgaac 259  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||| ||| || |||||| ||| ||||||||||||||||||||||  |||| ||||| |||| || ||||||||||    
T  14827226 tcatggtgattcgaaattctatgctattatttataatattatgtattagttatctttacattccaacttcgaggtaaagttagttaaga-acaaacgaac 14827324  T
Q  260 atggttgctcgtactttagctagggcaacatgttcttgagttagtcaccg 309  Q
    |||||||||| ||||||| ||||||| |||| |||||| | |||||||||    
T  14827325 atggttgctcatactttatctagggcgacatattcttgggctagtcaccg 14827374  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 85; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 78 - 308
Target Start/End: Original strand, 22845600 - 22845817
Alignment:
Q  78 actttgctgatgagaacagatggaaccgggttgtctttgagtcggactcatctactctagtccaagctctatcgtctccaggtcatggtgattcgaaatt 177  Q
    |||||||||||| |||||||||| ||||||||||||| |||||  ||| |||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||  ||||    
T  22845600 actttgctgatgcgaacagatgggaccgggttgtcttcgagtccaactaatctactctagtgcaagctctatcgtctccagatcatggtgattcagaatt 22845699  T
Q  178 atatgctattgtttctagtattatttatcagttatctttacattccaactttaaggtgaagtttgttaggagacaaacgaacatggttgctcgtacttta 277  Q
     || |||||||||||||||||||| |          ||| | ||||||||| || |||||||||||||||| |||| |||||||  |||||| |||||||    
T  22845700 ctaggctattgtttctagtattatct----------tttgctttccaacttcaatgtgaagtttgttagga-acaagcgaacat--ttgctcatacttta 22845786  T
Q  278 gctagggcaacatgttcttgagttagtcacc 308  Q
    |||||||| || ||||||| || ||||||||    
T  22845787 gctagggcgacctgttcttaagctagtcacc 22845817  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 174 - 285
Target Start/End: Complemental strand, 18344321 - 18344210
Alignment:
Q  174 aattatatgctattgtttctagtattatttatcagttatctttacattccaactttaaggtgaagtttgttaggagacaaacgaacatggttgctcgtac 273  Q
    |||| |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| || ||||||||||||||| |||    
T  18344321 aattctatgatattgtttctagtattaattatcagttatctttacattccaacttcaaggtgaaatttgttaggagataagcgaacatggttgctcatac 18344222  T
Q  274 tttagctagggc 285  Q
    ||||||||||||    
T  18344221 tttagctagggc 18344210  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 26 - 285
Target Start/End: Complemental strand, 44017493 - 44017234
Alignment:
Q  26 gcaaatatgacaatattgaagggggaggcagtagccttactcgacgcccttcactttgctgatgagaacagatggaaccgggttgtctttgagtcggact 125  Q
    |||||||||||| | ||| |||||||| ||  | |||||||||| ||| ||||| ||||| ||| ||||| |||  |||  |||||||| ||||| ||||    
T  44017493 gcaaatatgacagttttggagggggagacaacaaccttactcgatgccattcacgttgctaatgtgaacatatgagaccaagttgtcttcgagtctgact 44017394  T
Q  126 catctactctagtccaagctctatcgtctccaggtcatggtgattcgaaattatatgctattgtttctagtattatttatcagttatctttacattccaa 225  Q
    |   |||| |||| |||||||||||||||||    |||||| |||   |||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| ||    
T  44017393 ccgttactttagtgcaagctctatcgtctccgaaacatggtcattaagaattatatgccattgtttcttgtattatttatcagttatcttttcattctaa 44017294  T
Q  226 ctttaaggtgaagtttgttaggagacaaacgaacatggttgctcgtactttagctagggc 285  Q
    |||  |  |||||| |||||||||||||   ||||| ||||||| ||||||| |||||||    
T  44017293 cttcgatatgaagtgtgttaggagacaagtaaacatagttgctcatactttaactagggc 44017234  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 161 - 311
Target Start/End: Complemental strand, 35158885 - 35158733
Alignment:
Q  161 catggtgattcgaaattatatgctattgtttctagtattatttatcagttatctttacattccaactttaagg--tgaagtttgttaggagacaaacgaa 258  Q
    |||| ||||||  |||| |||||||||||||||| |||||||||||| |||| ||||||||||||||| ||||  |||||||||||| ||||||| ||||    
T  35158885 catgatgattcagaattctatgctattgtttctattattatttatcaattatttttacattccaacttcaaggcatgaagtttgttatgagacaagcgaa 35158786  T
Q  259 catggttgctcgtactttagctagggcaacatgttcttgagttagtcaccgta 311  Q
    ||| ||||||| || ||| ||||||||  | |||||||| | ||| |||||||    
T  35158785 catagttgctcatagtttcgctagggcggcctgttcttgggctaggcaccgta 35158733  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #15
Raw Score: 59; E-Value: 6e-25
Query Start/End: Original strand, 181 - 311
Target Start/End: Original strand, 25552312 - 25552442
Alignment:
Q  181 tgctattgtttctagtattatttatcagttatctttacattccaactttaaggtgaagtttgttaggagacaaacgaacatggttgctcgtactttagct 280  Q
    ||||||| |||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||| |||||| |||| ||||||| |||||||  |||||||||||||| |||||||| |    
T  25552312 tgctattatttctaatattatttatcagttatttttacatttcaattttaagatgaaatttgttaagagacaagtgaacatggttgctcatactttagtt 25552411  T
Q  281 agggcaacatgttcttgagttagtcaccgta 311  Q
    |||   || |||||||  |||||||||||||    
T  25552412 aggaagacctgttcttaggttagtcaccgta 25552442  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #16
Raw Score: 51; E-Value: 4e-20
Query Start/End: Original strand, 27 - 133
Target Start/End: Complemental strand, 18345660 - 18345555
Alignment:
Q  27 caaatatgacaatattgaagggggaggcagtagccttactcgacgcccttcactttgctgatgagaacagatggaaccgggttgtctttgagtcggactc 126  Q
    ||||||||||| | |||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||  ||||||||| | ||  ||||||| || || |||||    
T  18345660 caaatatgacagttttga-gggggaggcagtagccttactcgaggcccttcactttgctgatgctaacagatgggatcgaattgtcttcgaatccgactc 18345562  T
Q  127 atctact 133  Q
    |||||||    
T  18345561 atctact 18345555  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #17
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 27 - 98
Target Start/End: Original strand, 9709942 - 9710013
Alignment:
Q  27 caaatatgacaatattgaagggggaggcagtagccttactcgacgcccttcactttgctgatgagaacagat 98  Q
    ||||||||||| | ||| ||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||||| | || ||||||||    
T  9709942 caaatatgacagttttggagggggaggcagttgccttactcgatgccattcactttgcggttgggaacagat 9710013  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #18
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 191 - 279
Target Start/End: Complemental strand, 10244580 - 10244492
Alignment:
Q  191 tctagtattatttatcagttatctttacattccaactttaaggtgaagtttgttaggagacaaacgaacatggttgctcgtactttagc 279  Q
    ||||||||||||| | ||||| ||||| ||||||||||  ||||||||||| ||| | | |||  ||||||| |||||| |||||||||    
T  10244580 tctagtattatttctgagttagctttagattccaacttcgaggtgaagtttattaagcggcaagtgaacatgattgctcatactttagc 10244492  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #19
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000008
Query Start/End: Original strand, 186 - 269
Target Start/End: Complemental strand, 36445534 - 36445451
Alignment:
Q  186 ttgtttctagtattatttatcagttatctttacattccaactttaaggtgaagtttgttaggagacaaacgaacatggttgctc 269  Q
    ||||||||  |||||||| ||| || |||||||||||||||||  ||||||||||| |||    |||||||||||| |||||||    
T  36445534 ttgtttctcatattatttttcaattctctttacattccaacttcgaggtgaagtttattaaacaacaaacgaacatagttgctc 36445451  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 175; Significance: 4e-94; HSPs: 22)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 175; E-Value: 4e-94
Query Start/End: Original strand, 45 - 311
Target Start/End: Original strand, 53497063 - 53497329
Alignment:
Q  45 agggggaggcagtagccttactcgacgcccttcactttgctgatgagaacagatggaaccgggttgtctttgagtcggactcatctactctagtccaagc 144  Q
    |||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||  ||||||||| ||||||||||||| ||||| |||||||||||||| || |||||    
T  53497063 agggggaggcagtagccttactagaggcccttcactttgctgatgctaacagatgggaccgggttgtcttcgagtccgactcatctactcttgtgcaagc 53497162  T
Q  145 tctatcgtctccaggtcatggtgattcgaaattatatgctattgtttctagtattatttatcagttatctttacattccaactttaaggtgaagtttgtt 244  Q
    |||||||||||| || |||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||    
T  53497163 tctatcgtctccgggccatggtgattcggaattctatgctattgtttctagtattaattatcagttatctttacattccaacttcaaggtgaagtttatt 53497262  T
Q  245 aggagacaaacgaacatggttgctcgtactttagctagggcaacatgttcttgagttagtcaccgta 311  Q
    ||||||||| ||||||||| ||||| |||||||||||||||| | |||||||| | |||||||||||    
T  53497263 aggagacaagcgaacatggctgctcatactttagctagggcagcctgttcttgggctagtcaccgta 53497329  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 143; E-Value: 5e-75
Query Start/End: Original strand, 13 - 311
Target Start/End: Complemental strand, 42340465 - 42340167
Alignment:
Q  13 aaaatggcagtgggcaaatatgacaatattgaagggggaggcagtagccttactcgacgcccttcactttgctgatgagaacagatggaaccgggttgtc 112  Q
    |||||||||| ||||| |||||||| | ||| ||||||||||| ||||| ||||||| | | |||||||||| |||| |||||||||| |||| ||||||    
T  42340465 aaaatggcagcgggcagatatgacagtgttggagggggaggcaatagccctactcgatgtcattcactttgcagatgtgaacagatgggaccgagttgtc 42340366  T
Q  113 tttgagtcggactcatctactctagtccaagctctatcgtctccaggtcatggtgattcgaaattatatgctattgtttctagtattatttatcagttat 212  Q
    || ||||| |||||| ||||| |||| |||||||| |||||||| || |||||||||||  |||| |||||||||||||||| ||||||||||||| |||    
T  42340365 ttcgagtcagactcagctactttagtgcaagctctgtcgtctccgggccatggtgattcagaattctatgctattgtttctaatattatttatcagctat 42340266  T
Q  213 ctttacattccaactttaaggtgaagtttgttaggagacaaacgaacatggttgctcgtactttagctagggcaacatgttcttgagttagtcaccgta 311  Q
    ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  ||||||| ||||||  | |||||||  | |||||||||||    
T  42340265 ctttacattccaacttcgaggtgaagtttgttaggagacaagcgaacatggttgctcacactttagatagggcggcctgttctttggctagtcaccgta 42340167  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 134; E-Value: 1e-69
Query Start/End: Original strand, 28 - 269
Target Start/End: Original strand, 55199525 - 55199766
Alignment:
Q  28 aaatatgacaatattgaagggggaggcagtagccttactcgacgcccttcactttgctgatgagaacagatggaaccgggttgtctttgagtcggactca 127  Q
    |||||||||| | ||| ||||||||||||| ||||||||||| ||| ||||||||| || ||  ||||||||| |||||||||||||  |||| ||||||    
T  55199525 aaatatgacagttttggagggggaggcagttgccttactcgatgccattcactttgttgttggaaacagatgggaccgggttgtcttcaagtccgactca 55199624  T
Q  128 tctactctagtccaagctctatcgtctccaggtcatggtgattcgaaattatatgctattgtttctagtattatttatcagttatctttacattccaact 227  Q
     ||||||| || ||||| ||||||||| | ||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||    
T  55199625 gctactctggtgcaagcgctatcgtctacgggtcatggtgattcggaattttatgctattgtttctagtattatttttcagtcatctttacattccaact 55199724  T
Q  228 ttaaggtgaagtttgttaggagacaaacgaacatggttgctc 269  Q
    |  ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  55199725 tcgaggtgaagtttgttaggagacaagcgaacatggttgctc 55199766  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 119; E-Value: 9e-61
Query Start/End: Original strand, 105 - 311
Target Start/End: Complemental strand, 34497468 - 34497262
Alignment:
Q  105 gggttgtctttgagtcggactcatctactctagtccaagctctatcgtctccaggtcatggtgattcgaaattatatgctattgtttctagtattattta 204  Q
    |||||||||| ||||| |||||| |||||||||| ||||| ||||||||||| || |||||||||||| |||| |||||||||||| ||||||||||||     
T  34497468 gggttgtcttcgagtccgactcagctactctagtgcaagcgctatcgtctccgggccatggtgattcggaattttatgctattgttcctagtattatttt 34497369  T
Q  205 tcagttatctttacattccaactttaaggtgaagtttgttaggagacaaacgaacatggttgctcgtactttagctagggcaacatgttcttgagttagt 304  Q
    ||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||  |||||||||||  | |||||||| | ||||    
T  34497368 tcagttatctttacattccaacttcgaggtgaagtttgttaggagacaagcgaacatggttgctcatagcttagctagggcggcctgttcttgggctagt 34497269  T
Q  305 caccgta 311  Q
    |||||||    
T  34497268 caccgta 34497262  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 105 - 311
Target Start/End: Complemental strand, 27608999 - 27608793
Alignment:
Q  105 gggttgtctttgagtcggactcatctactctagtccaagctctatcgtctccaggtcatggtgattcgaaattatatgctattgtttctagtattattta 204  Q
    |||||||||| ||||| |||||| |||||||||| ||||| ||||||||||| || |||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||     
T  27608999 gggttgtcttcgagtccgactcagctactctagtgcaagcgctatcgtctccgggccatggtgattcggaattttatgctattgtttctagtattatttt 27608900  T
Q  205 tcagttatctttacattccaactttaaggtgaagtttgttaggagacaaacgaacatggttgctcgtactttagctagggcaacatgttcttgagttagt 304  Q
    ||||||||||||||||||||||||  || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||  |||||||| ||  | |||||||| | ||||    
T  27608899 tcagttatctttacattccaacttcgagctgaagtttgttaggagacaagcgaacatggttgctcatagcttagctagagcggcctgttcttgggctagt 27608800  T
Q  305 caccgta 311  Q
    |||||||    
T  27608799 caccgta 27608793  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 110; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 58 - 285
Target Start/End: Complemental strand, 647306 - 647086
Alignment:
Q  58 agccttactcgacgcccttcactttgctgatgagaacagatggaaccgggttgtctttgagtcggactcatctactctagtccaagctctatcgtctcca 157  Q
    |||||||||||| | | ||||||||||||||| |||||||||  |||| ||| |||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||     
T  647306 agccttactcgatgtcattcactttgctgatgtgaacagatgtgaccgagttatcttcgagtctgactcatctactctagtgcaagctctatcgtctccg 647207  T
Q  158 ggtcatggtgattcgaaattatatgctattgtttctagtattatttatcagttatctttacattccaactttaaggtgaagtttgttaggagacaaacga 257  Q
    || |||||||||||| |||| |||| | |||||| |||       ||||||||||||||||||||||||||  ||||||| |||||||||||||||||||    
T  647206 ggccatggtgattcggaattctatgttgttgtttatag-------tatcagttatctttacattccaacttcgaggtgaaatttgttaggagacaaacga 647114  T
Q  258 acatggttgctcgtactttagctagggc 285  Q
    |||||||||||| |||||||| ||||||    
T  647113 acatggttgctcatactttagttagggc 647086  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 108; E-Value: 3e-54
Query Start/End: Original strand, 17 - 311
Target Start/End: Original strand, 2615496 - 2615780
Alignment:
Q  17 tggcagtgggcaaatatgacaatattgaagggggaggcagtagccttactcgacgcccttcactttgctgatgagaacagatggaaccgggttgtctttg 116  Q
    |||||| |||||||||||| | | ||| ||||||||||||||||||||||||| | | ||||||||||||||| ||| |           |||||||||     
T  2615496 tggcagcgggcaaatatgatagttttggagggggaggcagtagccttactcgatgtcgttcactttgctgatgggaaaat----------gttgtctttc 2615585  T
Q  117 agtcggactcatctactctagtccaagctctatcgtctccaggtcatggtgattcgaaattatatgctattgtttctagtattatttatcagttatcttt 216  Q
    | || |||||| |||||||||| | |||||||||||||    | |||||||||||  |||| |||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||    
T  2615586 aatccgactcaactactctagtgcgagctctatcgtctttgtgccatggtgattcagaattctatgatattgtttttagtattatttatcagttattttt 2615685  T
Q  217 acattccaactttaaggtgaagtttgttaggagacaaacgaacatggttgctcgtactttagctagggcaacatgttcttgagttagtcaccgta 311  Q
    |||||||||| |  || |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||| || |||||||| | |||||||||||    
T  2615686 acattccaacctcgagatgaagtttgttaggagacaaacgaacatggttgctcatactttaactagggcgacctgttcttgggctagtcaccgta 2615780  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 107; E-Value: 1e-53
Query Start/End: Original strand, 14 - 311
Target Start/End: Original strand, 46007302 - 46007596
Alignment:
Q  14 aaatggcagtgggcaaatatgacaatattgaagggggaggcagtagccttactcgacgcccttcactttgctgatgagaacagatggaaccgggttgtct 113  Q
    ||||||||| ||||||||| |||||| ||  |||||||| ||||||||||||| || ||| |||||||||  |||  ||||||||||   ||||| ||||    
T  46007302 aaatggcagcgggcaaatacgacaattttttagggggagacagtagccttacttgatgccattcactttgtcgatatgaacagatggg--cgggt-gtct 46007398  T
Q  114 ttgagtcggactcatctactctagtccaagctctatcgtctccaggtcatggtgattcgaaattatatgctattgtttctagtattatttatcagttatc 213  Q
    | ||||| || ||| |||||||||| ||| || |||||||||| || ||||| |||||| |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||     
T  46007399 tcgagtccgattcaactactctagtgcaaactatatcgtctccgggccatggcgattcggaattttatgctattgtttctagcattatttatcagttatt 46007498  T
Q  214 tttacattccaactttaaggtgaagtttgttaggagacaaacgaacatggttgctcgtactttagctagggcaacatgttcttgagttagtcaccgta 311  Q
    ||||||||| || |||| ||| ||||||||||| ||||||| ||||||| |||||| ||||||| |||||||  ||| ||||| || || ||||||||    
T  46007499 tttacattctaattttagggtaaagtttgttagaagacaaatgaacatgattgctcatactttaactagggcggcatcttcttaagctaatcaccgta 46007596  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 100; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 21 - 288
Target Start/End: Complemental strand, 11020360 - 11020093
Alignment:
Q  21 agtgggcaaatatgacaatattgaagggggaggcagtagccttactcgacgcccttcactttgctgatgagaacagatggaaccgggttgtctttgagtc 120  Q
    ||||| ||||||||||| | ||| |||||||| ||  ||| |||||||| ||  || |||||||||||| ||||| ||||||| |||||||||| |||||    
T  11020360 agtggacaaatatgacacttttggagggggagacatcagctttactcgatgctatttactttgctgatgggaacaaatggaactgggttgtcttcgagtc 11020261  T
Q  121 ggactcatctactctagtccaagctctatcgtctccaggtcatggtgattcgaaattatatgctattgtttctagtattatttatcagttatctttacat 220  Q
     |||| | |||||| |||  ||| |||||||||||| || |||||||||||  |||| | ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  11020260 tgacttaactactccagtgtaaggtctatcgtctccgggccatggtgattcagaattctgtgctattgtttctagtattatttatcaattatctttacat 11020161  T
Q  221 tccaactttaaggtgaagtttgttaggagacaaacgaacatggttgctcgtactttagctagggcaac 288  Q
    | |||| |  | |||||||||||| |||||||| |||||||||||  || || |||||||||| ||||    
T  11020160 ttcaacctcgatgtgaagtttgtttggagacaagcgaacatggttaatcatattttagctaggacaac 11020093  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 98; E-Value: 3e-48
Query Start/End: Original strand, 62 - 311
Target Start/End: Original strand, 2121129 - 2121378
Alignment:
Q  62 ttactcgacgcccttcactttgctgatgagaacagatggaaccgggttgtctttgagtcggactcatctactctagtccaagctctatcgtctccaggtc 161  Q
    |||||||| | | ||||||||||||||  ||| |||||| | || ||||| |||||||| |||| | |||||||| | |||||||||| ||||| ||| |    
T  2121129 ttactcgatgtcattcactttgctgatatgaatagatgggatcgtgttgtttttgagtccgacttaactactctaatgcaagctctattgtctctaggcc 2121228  T
Q  162 atggtgattcgaaattatatgctattgtttctagtattatttatcagttatctttacattccaactttaaggtgaagtttgttaggagacaaacgaacat 261  Q
    ||| | ||||  |||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||  |||| |||||||||||||||||| |||||||    
T  2121229 atgattattcataattttgtgctattgtttctagtattatttatcagttatctttacatctcaacttcgaggtaaagtttgttaggagacaagcgaacat 2121328  T
Q  262 ggttgctcgtactttagctagggcaacatgttcttgagttagtcaccgta 311  Q
    |||||||| |||||||| ||||||    |||||||| |||||| ||||||    
T  2121329 ggttgctcatactttagttagggcggtctgttcttgggttagttaccgta 2121378  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 97; E-Value: 1e-47
Query Start/End: Original strand, 102 - 311
Target Start/End: Complemental strand, 31341828 - 31341615
Alignment:
Q  102 accgggttgtctttgagtcggactcatctactctagtccaagctctatc----gtctccaggtcatggtgattcgaaattatatgctattgtttctagta 197  Q
    |||||||| |||| || || |||||  |||||||||| |||||||||||    |||||| ||||||||||||||  |||| ||| |||||||||||| ||    
T  31341828 accgggttatcttcgaatctgactccactactctagtgcaagctctatcctacgtctccgggtcatggtgattcagaattttatactattgtttctaata 31341729  T
Q  198 ttatttatcagttatctttacattccaactttaaggtgaagtttgttaggagacaaacgaacatggttgctcgtactttagctagggcaacatgttcttg 297  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||  |||||||||||| ||| |||| ||||||| |  |||||||    
T  31341728 ttatttatcagttatctttacattccaacttcaaggtgaagtttattaggagacaaactgacatggttgctcataccttagttagggcagccggttcttg 31341629  T
Q  298 agttagtcaccgta 311  Q
     | |||||||||||    
T  31341628 ggctagtcaccgta 31341615  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 85; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 147 - 283
Target Start/End: Complemental strand, 27747739 - 27747603
Alignment:
Q  147 tatcgtctccaggtcatggtgattcgaaattatatgctattgtttctagtattatttatcagttatctttacattccaactttaaggtgaagtttgttag 246  Q
    |||||||||| || ||||||||||| ||||| ||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||     
T  27747739 tatcgtctccgggccatggtgattcaaaattctatgctattgtttttagtattatttttcagttatctttacattccaacttcgaggtgaagtttgttaa 27747640  T
Q  247 gagacaaacgaacatggttgctcgtactttagctagg 283  Q
    ||||||| ||||||| ||||||| ||||||| |||||    
T  27747639 gagacaagcgaacatagttgctcatactttatctagg 27747603  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 83; E-Value: 3e-39
Query Start/End: Original strand, 105 - 243
Target Start/End: Original strand, 24176861 - 24176999
Alignment:
Q  105 gggttgtctttgagtcggactcatctactctagtccaagctctatcgtctccaggtcatggtgattcgaaattatatgctattgtttctagtattattta 204  Q
    |||||||||| ||||| ||| || |||||||||| ||||||||||||||||  ||||||||||||||| |||| || |||||||| ||||||||||||||    
T  24176861 gggttgtcttcgagtctgacacaactactctagtgcaagctctatcgtctctgggtcatggtgattcggaattctaagctattgtatctagtattattta 24176960  T
Q  205 tcagttatctttacattccaactttaaggtgaagtttgt 243  Q
    | ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||    
T  24176961 taagttatctttacattccaacttcgaggtgaagtttgt 24176999  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 78; E-Value: 3e-36
Query Start/End: Original strand, 190 - 311
Target Start/End: Original strand, 26046864 - 26046985
Alignment:
Q  190 ttctagtattatttatcagttatctttacattccaactttaaggtgaagtttgttaggagacaaacgaacatggttgctcgtactttagctagggcaaca 289  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||  |     
T  26046864 ttctagtattatttatcagttatctttacattctaactttgaggtgacgtttgttaggagacaagcgaacatggttgctcatactttagctagggcggct 26046963  T
Q  290 tgttcttgagttagtcaccgta 311  Q
    | |||||| | |||||||||||    
T  26046964 tattcttgggctagtcaccgta 26046985  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 76; E-Value: 4e-35
Query Start/End: Original strand, 140 - 311
Target Start/End: Complemental strand, 19117781 - 19117610
Alignment:
Q  140 caagctctatcgtctccaggtcatggtgattcgaaattatatgctattgtttctagtattatttatcagttatctttacattccaactttaaggtgaagt 239  Q
    ||||| ||||||||||| || |||||||||||| |||| ||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||| |||||||| ||| |||||||||    
T  19117781 caagcgctatcgtctccgggccatggtgattcggaattttatgctattgtttttagtattatttttcagttatttttgcattccaaatttgaggtgaagt 19117682  T
Q  240 ttgttaggagacaaacgaacatggttgctcgtactttagctagggcaacatgttcttgagttagtcaccgta 311  Q
    |||||||||||||  ||||||| ||||||| ||  ||||||||| |  | |||||||  | |||||||||||    
T  19117681 ttgttaggagacagtcgaacatagttgctcatagcttagctaggtcggcctgttcttaggctagtcaccgta 19117610  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 174 - 285
Target Start/End: Original strand, 55213485 - 55213596
Alignment:
Q  174 aattatatgctattgtttctagtattatttatcagttatctttacattccaactttaaggtgaagtttgttaggagacaaacgaacatggttgctcgtac 273  Q
    |||| ||||||||||||| | ||||||| |||||||||||||||| |||||||||  ||||||| |||||||||||| || ||||||||||||||  |||    
T  55213485 aattctatgctattgtttttggtattatatatcagttatctttacgttccaacttcgaggtgaaatttgttaggagaaaagcgaacatggttgcttatac 55213584  T
Q  274 tttagctagggc 285  Q
    |||| |||||||    
T  55213585 tttaactagggc 55213596  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 19 - 150
Target Start/End: Original strand, 48227418 - 48227550
Alignment:
Q  19 gcagtgggcaaatatgacaatattgaagggggaggcagtagccttactcgacgccct-tcactttgctgatgagaacagatggaaccgggttgtctttga 117  Q
    |||||||| ||| |||||  ||||| || |||| |||||||||||||||||  |||  |||||||||||||| |||  |||  ||||| |||||||||||    
T  48227418 gcagtgggaaaacatgactgtattggagtgggatgcagtagccttactcgagaccccatcactttgctgatgtgaatggataaaaccgagttgtctttga 48227517  T
Q  118 gtcggactcatctactctagtccaagctctatc 150  Q
    ||| ||||||||||||||||| |||||||||||    
T  48227518 gtccgactcatctactctagtgcaagctctatc 48227550  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 49; E-Value: 6e-19
Query Start/End: Original strand, 184 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 1702906 - 1702806
Alignment:
Q  184 tattgtttctagtattatttatcagttatctttacattccaactttaaggtgaagtttgttaggagacaaacgaacatggttgctcgtactttagctagg 283  Q
    |||| ||| ||||||||||||  |||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||| |||| ||| || ||| ||||||| |||||    
T  1702906 tattatttttagtattatttactagttatctttacattcgaacttcaaggtgaagtttgttagaagacaagcgaatatgattactcatactttaactagg 1702807  T
Q  284 g 284  Q
    |    
T  1702806 g 1702806  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 47; E-Value: 9e-18
Query Start/End: Original strand, 212 - 302
Target Start/End: Original strand, 48227566 - 48227656
Alignment:
Q  212 tctttacattccaactttaaggtgaagtttgttaggagacaaacgaacatggttgctcgtactttagctagggcaacatgttcttgagtta 302  Q
    |||||||||||||||||  ||||||| ||||||||||||||| | || |||||| ||| ||||||||||||||| || |||||||| ||||    
T  48227566 tctttacattccaacttcgaggtgaaatttgttaggagacaagcaaatatggttcctcatactttagctagggcgacttgttcttgggtta 48227656  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 44; E-Value: 5e-16
Query Start/End: Original strand, 14 - 105
Target Start/End: Complemental strand, 647398 - 647307
Alignment:
Q  14 aaatggcagtgggcaaatatgacaatattgaagggggaggcagtagccttactcgacgcccttcactttgctgatgagaacagatggaaccg 105  Q
    ||||||||| |||| ||||||||| |  || |||||||||||| |||||||||||| | | ||||||||||||||| |||||||||| ||||    
T  647398 aaatggcagcgggctaatatgacagttatggagggggaggcagcagccttactcgatgtcattcactttgctgatgtgaacagatgggaccg 647307  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #21
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000008
Query Start/End: Original strand, 214 - 269
Target Start/End: Complemental strand, 49525181 - 49525126
Alignment:
Q  214 tttacattccaactttaaggtgaagtttgttaggagacaaacgaacatggttgctc 269  Q
    |||||||||||| ||| |||| |||||||||||| ||||| ||||||||| |||||    
T  49525181 tttacattccaattttgaggtaaagtttgttaggcgacaagcgaacatggctgctc 49525126  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #22
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 13 - 66
Target Start/End: Complemental strand, 27941182 - 27941129
Alignment:
Q  13 aaaatggcagtgggcaaatatgacaatattgaagggggaggcagtagccttact 66  Q
    |||||||||| || ||||||||| | | ||| ||||||||||||||||||||||    
T  27941182 aaaatggcagcggacaaatatgatagttttggagggggaggcagtagccttact 27941129  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 171; Significance: 9e-92; HSPs: 20)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 171; E-Value: 9e-92
Query Start/End: Original strand, 13 - 311
Target Start/End: Original strand, 44527252 - 44527550
Alignment:
Q  13 aaaatggcagtgggcaaatatgacaatattgaagggggaggcagtagccttactcgacgcccttcactttgctgatgagaacagatggaaccgggttgtc 112  Q
    |||||||||| || ||||||||||| | ||| |||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||  ||||||||| |||||||||||    
T  44527252 aaaatggcagcggacaaatatgacagttttggagggggaggcagtagccttactagaggcccttcactttgctgatgctaacagatgggaccgggttgtc 44527351  T
Q  113 tttgagtcggactcatctactctagtccaagctctatcgtctccaggtcatggtgattcgaaattatatgctattgtttctagtattatttatcagttat 212  Q
    || ||||| |||||||||||||| || ||||||||||| ||||| || |||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||| |||| ||||||    
T  44527352 ttcgagtccgactcatctactcttgtgcaagctctatcatctccgggccatggtgattcggaattctatgctattgtttctagtattaattattagttat 44527451  T
Q  213 ctttacattccaactttaaggtgaagtttgttaggagacaaacgaacatggttgctcgtactttagctagggcaacatgttcttgagttagtcaccgta 311  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||| ||||||||| ||||| ||||||| |||||||  | |||||||| |||| ||||||||    
T  44527452 ctttacattccaacttcaaggtgaagtttattaggagacaagcgaacatggctgctcatactttaactagggcggcctgttcttgggttaatcaccgta 44527550  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 170; E-Value: 3e-91
Query Start/End: Original strand, 14 - 311
Target Start/End: Original strand, 4395159 - 4395455
Alignment:
Q  14 aaatggcagtgggcaaatatgacaatattgaagggggaggcagtagccttactcgacgcccttcactttgctgatgagaacagatggaaccgggttgtct 113  Q
    ||||||||| |||||||||||| | | ||||||||| ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| |||||| ||| |||| |||    
T  4395159 aaatggcagcgggcaaatatgagagttttgaagggg-aggcactagccttactcgaggcccttcactttgctgatgcgaatagatgggaccaggttatct 4395257  T
Q  114 ttgagtcggactcatctactctagtccaagctctatcgtctccaggtcatggtgattcgaaattatatgctattgtttctagtattatttatcagttatc 213  Q
    | |||||  |||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||  |||| ||| ||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  4395258 tcgagtccaactcatctactctagtgcaagctctatcgtctcaaggtcatggtgattcagaattctatcctattgtttatagtattatttatcagttatc 4395357  T
Q  214 tttacattccaactttaaggtgaagtttgttaggagacaaacgaacatggttgctcgtactttagctagggcaacatgttcttgagttagtcaccgta 311  Q
    |||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||  | |||||||| | |||||||||||    
T  4395358 tttacatttcaactttgaggtgaagtttgttaggagacaagcgaacatggttgctcatactttagctagggcggcctgttcttgggctagtcaccgta 4395455  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 164; E-Value: 1e-87
Query Start/End: Original strand, 13 - 311
Target Start/End: Complemental strand, 16816987 - 16816687
Alignment:
Q  13 aaaatggcagtgggcaaatatgacaatattgaagggggaggcagtagccttactcgacgcccttcactttgctgatgagaacagatggaaccgggttgtc 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||  ||||||||| |||||||||||    
T  16816987 aaaatggcagtgggcaaatatgacaattttggagggg-aggcagtagccttactcgaggcccttcattttgctgatgcaaacagatgggaccgggttgtc 16816889  T
Q  113 tttgagtcggactcatctactctagtccaagctctatcgtctccaggtcatgg---tgattcgaaattatatgctattgtttctagtattatttatcagt 209  Q
    || ||||| ||||| ||||||||||| |||| |||| |||||||  | |||||   ||||||| |||| || ||||||||||||||||||||||||||||    
T  16816888 ttcgagtccgactcgtctactctagttcaagttctaccgtctccgagccatggacgtgattcggaattctacgctattgtttctagtattatttatcagt 16816789  T
Q  210 tatctttacattccaactttaaggtgaagtttgttaggagacaaacgaacatggttgctcgtactttagctagggcaacatgttcttgagttagtcaccg 309  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  |||||||||||||| |||||||| |||||| || | |||||| | |||||||||    
T  16816788 tatctttacattccaactttaaggtgaagtttgttaggagagaagagaacatggttgctcatactttagttagggcgacttattcttgggctagtcaccg 16816689  T
Q  310 ta 311  Q
    ||    
T  16816688 ta 16816687  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 161; E-Value: 8e-86
Query Start/End: Original strand, 27 - 307
Target Start/End: Original strand, 5609352 - 5609632
Alignment:
Q  27 caaatatgacaatattgaagggggaggcagtagccttactcgacgcccttcactttgctgatgagaacagatggaaccgggttgtctttgagtcggactc 126  Q
    ||||||||| | | ||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| || || |||||||||  | ||||||||||| ||||  |||||    
T  5609352 caaatatgatagttttgaagggggaggcagtagccttactcgaggtccttcactttgatgttgcgaacagatgagatcgggttgtcttcgagttcgactc 5609451  T
Q  127 atctactctagtccaagctctatcgtctccaggtcatggtgattcgaaattatatgctattgtttctagtattatttatcagttatctttacattccaac 226  Q
    |||||||||||| ||| ||||||||||||  ||||||||||||||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5609452 atctactctagtgcaaactctatcgtctcagggtcatggtgattcagaattctatgctattgtttctagtattatttatcagttatctttacattccaac 5609551  T
Q  227 tttaaggtgaagtttgttaggagacaaacgaacatggttgctcgtactttagctagggcaacatgttcttgagttagtcac 307  Q
    ||  ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||| |||||||||||  |||||||||| | |||||||    
T  5609552 ttcgaggtgaagtttgttaggagacaagcgaacatggttgctcatacattagctagggcggcatgttcttgggctagtcac 5609632  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 154; E-Value: 1e-81
Query Start/End: Original strand, 14 - 311
Target Start/End: Original strand, 25682651 - 25682948
Alignment:
Q  14 aaatggcagtgggcaaatatgacaatattgaagggggaggcagtagccttactcgacgcccttcactttgctgatgagaacagatggaaccgggttgtct 113  Q
    ||||||||  |||||||||||||| | ||| ||||||||||||||||||||||||| | | ||||||||||| ||| |||||||||| |||||| |||||    
T  25682651 aaatggcaacgggcaaatatgacagtgttggagggggaggcagtagccttactcgatgtcattcactttgctaatgtgaacagatgggaccgggctgtct 25682750  T
Q  114 ttgagtcggactcatctactctagtccaagctctatcgtctccaggtcatggtgattcgaaattatatgctattgtttctagtattatttatcagttatc 213  Q
    | ||||  |||||| |||||||||| ||||||||||||||||| || ||  ||||||   |||| ||| ||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  25682751 tcgagtttgactcagctactctagtacaagctctatcgtctccgggccacagtgatttagaattctatactattgtttctagtattatttttcagttatc 25682850  T
Q  214 tttacattccaactttaaggtgaagtttgttaggagacaaacgaacatggttgctcgtactttagctagggcaacatgttcttgagttagtcaccgta 311  Q
    ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| ||||||||||||||   |||||||||| |||||||||||||    
T  25682851 tttacattctaacttcaaggtgaagtttgttaggagacaagcgagcatggttgctcatactttagctagggaggcatgttcttgggttagtcaccgta 25682948  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 146; E-Value: 7e-77
Query Start/End: Original strand, 26 - 311
Target Start/End: Complemental strand, 48949899 - 48949614
Alignment:
Q  26 gcaaatatgacaatattgaagggggaggcagtagccttactcgacgcccttcactttgctgatgagaacagatggaaccgggttgtctttgagtcggact 125  Q
    |||||||||| | | ||| ||||||||||||| ||||||||||| ||  ||||||||| || || |||||||||| ||||||||||||| ||||   |||    
T  48949899 gcaaatatgaaagttttggagggggaggcagttgccttactcgatgcgattcactttgttgttgggaacagatgggaccgggttgtcttcgagttcaact 48949800  T
Q  126 catctactctagtccaagctctatcgtctccaggtcatggtgattcgaaattatatgctattgtttctagtattatttatcagttatctttacattccaa 225  Q
    || |||||||||| ||||| ||||||||||| || |||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  48949799 cagctactctagtgcaagcgctatcgtctccgggccatggtgattcggaattttatgctattgtttctagtattatttttcagttatctttacattccaa 48949700  T
Q  226 ctttaaggtgaagtttgttaggagacaaacgaacatggttgctcgtactttagctagggcaacatgttcttgagttagtcaccgta 311  Q
    |||  ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| ||  |||||||||||| | |||||||| | |||||||||||    
T  48949699 cttcgaggtgaagtttgttaggagacaagcgaacatggttactcatagcttagctagggcagcctgttcttgggctagtcaccgta 48949614  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 143; E-Value: 5e-75
Query Start/End: Original strand, 45 - 311
Target Start/End: Original strand, 51113346 - 51113612
Alignment:
Q  45 agggggaggcagtagccttactcgacgcccttcactttgctgatgagaacagatggaaccgggttgtctttgagtcggactcatctactctagtccaagc 144  Q
    ||||||||||||| ||||||||||| | | ||||||||| || || |||||||||| ||||||||||||| ||||| |||||| |||||||||| |||||    
T  51113346 agggggaggcagttgccttactcgatgtcattcactttgttgttgggaacagatgggaccgggttgtcttcgagtccgactcagctactctagtgcaagc 51113445  T
Q  145 tctatcgtctccaggtcatggtgattcgaaattatatgctattgtttctagtattatttatcagttatctttacattccaactttaaggtgaagtttgtt 244  Q
     ||||||||||  || |||||||||||| | || ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||    
T  51113446 gctatcgtctctgggccatggtgattcggagttttatgctattgtttctagtattatttttcagttatcttaacattccaacttcgaggtgaagtttgtt 51113545  T
Q  245 aggagacaaacgaacatggttgctcgtactttagctagggcaacatgttcttgagttagtcaccgta 311  Q
    |||||| || ||||||||||||||| ||  ||||||||||| || |||||||| |||||||||||||    
T  51113546 aggagagaagcgaacatggttgctcatagcttagctagggcgacctgttcttgggttagtcaccgta 51113612  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 142; E-Value: 2e-74
Query Start/End: Original strand, 14 - 311
Target Start/End: Original strand, 52109454 - 52109750
Alignment:
Q  14 aaatggcagtgggcaaatatgacaatattgaagggggaggcagtagccttactcgacgcccttcactttgctgatgagaacagatggaaccgggttgtct 113  Q
    ||||||||| ||||||||||||  || ||| ||||||| ||||||||||||||||| | |||||||||||||||||  ||||||||| |  |||||||||    
T  52109454 aaatggcagcgggcaaatatgatcattttggagggggatgcagtagccttactcgaggtccttcactttgctgatgctaacagatgggat-gggttgtct 52109552  T
Q  114 ttgagtcggactcatctactctagtccaagctctatcgtctccaggtcatggtgattcgaaattatatgctattgtttctagtattatttatcagttatc 213  Q
    ||||||  || |||||||||||||| |||||||||| |||||| |  |||||||||||| |||| |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  52109553 ttgagtgtgattcatctactctagtacaagctctattgtctccggaccatggtgattcggaattctatgttattgtttctagtattagttatcagttatc 52109652  T
Q  214 tttacattccaactttaaggtgaagtttgttaggagacaaacgaacatggttgctcgtactttagctagggcaacatgttcttgagttagtcaccgta 311  Q
    ||||||||| ||||| ||||| |||||||||| ||||||||| ||||| |||| || |||||||| |||||| |||||||||||   |||||||||||    
T  52109653 tttacattctaacttcaaggtaaagtttgttatgagacaaacaaacatagttgttcatactttagatagggcgacatgttcttggactagtcaccgta 52109750  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 129; E-Value: 1e-66
Query Start/End: Original strand, 27 - 275
Target Start/End: Original strand, 44602765 - 44603013
Alignment:
Q  27 caaatatgacaatattgaagggggaggcagtagccttactcgacgcccttcactttgctgatgagaacagatggaaccgggttgtctttgagtcggactc 126  Q
    ||||||||||||| ||| |||||||| || ||| ||||||||| | | |||||||| |||||| |||||||||  ||||||||| ||| |||||  ||||    
T  44602765 caaatatgacaattttggagggggagacattagtcttactcgatgtcattcactttactgatgtgaacagatgagaccgggttgccttcgagtctaactc 44602864  T
Q  127 atctactctagtccaagctctatcgtctccaggtcatggtgattcgaaattatatgctattgtttctagtattatttatcagttatctttacattccaac 226  Q
      |||||||||| ||||||||||| ||||| || ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44602865 cgctactctagtgcaagctctatcatctccgggccatggtgattcaaaattctatgctattgtttctagtattatttatcagttatctttacattccaac 44602964  T
Q  227 tttaaggtgaagtttgttaggagacaaacgaacatggttgctcgtactt 275  Q
    ||  ||||||||||||||||| ||||| |||||||||| |||| |||||    
T  44602965 ttcgaggtgaagtttgttaggggacaagcgaacatggtggctcatactt 44603013  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 107; E-Value: 1e-53
Query Start/End: Original strand, 28 - 262
Target Start/End: Original strand, 36733710 - 36733944
Alignment:
Q  28 aaatatgacaatattgaagggggaggcagtagccttactcgacgcccttcactttgctgatgagaacagatggaaccgggttgtctttgagtcggactca 127  Q
    ||||||| || | ||| ||||||||||||||| ||||||| | |   ||||||||||||||| ||||| |||| ||||||||||||| ||||| |||||     
T  36733710 aaatatggcagttttggagggggaggcagtagtcttactcaatgttattcactttgctgatgtgaacaaatgggaccgggttgtcttcgagtctgactct 36733809  T
Q  128 tctactctagtccaagctctatcgtctccaggtcatggtgattcgaaattatatgctattgtttctagtattatttatcagttatctttacattccaact 227  Q
       |||||||| |||||| |||||||||| || |||| ||||||  |||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36733810 ataactctagtgcaagctatatcgtctccgggccatgatgattcataattctatgttattgtttctagtattatttatcagttatctttacattccaact 36733909  T
Q  228 ttaaggtgaagtttgttaggagacaaacgaacatg 262  Q
    |  ||||||||||||||| ||||||| ||||||||    
T  36733910 tcgaggtgaagtttgttacgagacaagcgaacatg 36733944  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 106; E-Value: 5e-53
Query Start/End: Original strand, 97 - 311
Target Start/End: Original strand, 2885306 - 2885523
Alignment:
Q  97 atggaaccgggttgtctttgagtcggactcatctactctagtccaagctctatcgtctccaggtcatggtgattcgaaattatatgctattgtttctagt 196  Q
    |||||| ||||||||||| ||||| |||||| |||||||||| ||||||||||||||| | ||  ||||||||||| | |||||||||||||||||||||    
T  2885306 atggaatcgggttgtcttcgagtcagactcagctactctagtgcaagctctatcgtcttcgggctatggtgattcggagttatatgctattgtttctagt 2885405  T
Q  197 attatttatcag----ttatctttacattccaactttaaggtgaagtttgttaggagacaaacgaacatggttgctcgtactttagctagggcaacatgt 292  Q
    ||||||||||||    ||||||||||||| ||||||   ||||||||||||||||| |||| ||||||| ||||||| ||||||||||||||| || |||    
T  2885406 attatttatcagttaattatctttacatttcaacttcgtggtgaagtttgttaggatacaagcgaacat-gttgctcatactttagctagggcgacctgt 2885504  T
Q  293 tcttgagttagtcaccgta 311  Q
    ||||| | |||||||||||    
T  2885505 tcttgggctagtcaccgta 2885523  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 88; E-Value: 3e-42
Query Start/End: Original strand, 112 - 311
Target Start/End: Original strand, 21031247 - 21031446
Alignment:
Q  112 ctttgagtcggactcatctactctagtccaagctctatcgtctccaggtcatggtgattcgaaattatatgctattgtttctagtattatttatcagtta 211  Q
    ||||||||| |||||| ||| |||||| ||||||||||||||||| |   ||||||||||| |||| |||| ||| |||||||||||||||||||| |||    
T  21031247 ctttgagtctgactcagctattctagtgcaagctctatcgtctccggactatggtgattcggaattttatgttatagtttctagtattatttatcaatta 21031346  T
Q  212 tctttacattccaactttaaggtgaagtttgttaggagacaaacgaacatggttgctcgtactttagctagggcaacatgttcttgagttagtcaccgta 311  Q
    ||||||||| | |||||  ||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||| || |||||| |||||| | |||| ||| |||||| ||||||    
T  21031347 tctttacatcctaacttcgaggtgaagttttttaggagacaagcgaacatgattgctcatagtttagccagggcagcctgtttttgggttagttaccgta 21031446  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 85; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 116 - 296
Target Start/End: Original strand, 24538589 - 24538769
Alignment:
Q  116 gagtcggactcatctactctagtccaagctctatcgtctccaggtcatggtgattcgaaattatatgctattgtttctagtattatttatcagttatctt 215  Q
    ||||| ||||| ||||||||||| |||| ||||||  || | |||||| |||||||  |||| || |||||| |||||||||||||||||| ||||||||    
T  24538589 gagtctgactcttctactctagtgcaagatctatctgcttcgggtcatagtgattcagaattctacgctattatttctagtattatttatctgttatctt 24538688  T
Q  216 tacattccaactttaaggtgaagtttgttaggagacaaacgaacatggttgctcgtactttagctagggcaacatgttctt 296  Q
    ||||||| |||||| |||||||||| ||||||| |||| |||||||| |||||| |||||| |||||| ||||||||||||    
T  24538689 tacattctaactttgaggtgaagttcgttaggaaacaagcgaacatgattgctcatacttttgctaggacaacatgttctt 24538769  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 74; E-Value: 7e-34
Query Start/End: Original strand, 187 - 304
Target Start/End: Original strand, 14485183 - 14485300
Alignment:
Q  187 tgtttctagtattatttatcagttatctttacattccaactttaaggtgaagtttgttaggagacaaacgaacatggttgctcgtactttagctagggca 286  Q
    ||||| ||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||     
T  14485183 tgtttttagtattgtttatcagttatttttacattccaactttaaggtgaagttcattaggagacaaacgaacatagttgctcatactttagctagggcg 14485282  T
Q  287 acatgttcttgagttagt 304  Q
     | |||||||||| ||||    
T  14485283 gcttgttcttgagctagt 14485300  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 66; E-Value: 4e-29
Query Start/End: Original strand, 14 - 282
Target Start/End: Original strand, 48166237 - 48166495
Alignment:
Q  14 aaatggcagtgggcaaatatgacaatattgaagggggaggcagtagccttactcgacgcccttcactttgctgatgagaacagatggaaccgggttgtct 113  Q
    ||||||||| | |||||||||||| | ||| || ||||| || ||||||||||||| | | ||||||||||| ||| ||| | |||| | ||||||||||    
T  48166237 aaatggcagcgagcaaatatgacagttttggagtgggagacaatagccttactcgatgtcattcactttgcttatgtgaatatatgggatcgggttgtct 48166336  T
Q  114 ttgagtcggactcatctactctagtccaagctctatcgtctccaggtcatggtgattcgaaattatatgctattgtttctagtattatttatcagttatc 213  Q
    | ||||| || ||| |||||||| | |||||||||| ||||   |   |||||||| |  |||| ||||||||| |          ||||||| ||||||    
T  48166337 tcgagtctgattcagctactctattgcaagctctatagtcttgggacgatggtgatacagaattctatgctattat----------atttatctgttatc 48166426  T
Q  214 tttacattccaactttaaggtgaagtttgttaggagacaaacgaacatggttgctcgtactttagctag 282  Q
    |||||||| |||||| ||| ||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| ||||    
T  48166427 tttacatttcaacttcaagatgaagtttgttaggaaacaaacgaacatgattgctcgtactttaactag 48166495  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 59; E-Value: 6e-25
Query Start/End: Original strand, 213 - 311
Target Start/End: Original strand, 17371647 - 17371745
Alignment:
Q  213 ctttacattccaactttaaggtgaagtttgttaggagacaaacgaacatggttgctcgtactttagctagggcaacatgttcttgagttagtcaccgta 311  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||| |||| ||||| |||| ||| |||||||||||  |||||||||||| |||||||||||    
T  17371647 ctttacattccaacttcaaggtgaagtttattaggagacaagcgaatatggtcgctcataccttagctagggcggcatgttcttgagctagtcaccgta 17371745  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #17
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 202 - 303
Target Start/End: Complemental strand, 4898619 - 4898518
Alignment:
Q  202 ttatcagttatctttacattccaactttaaggtgaagtttgttaggagacaaacgaacatggttgctcgtactttagctagggcaacatgttcttgagtt 301  Q
    ||||||||| |||||||||| ||||||  | || ||||||||||||||||||||||| ||| |||||| |||||||| |||| | || ||||||||||||    
T  4898619 ttatcagttgtctttacatttcaacttcgatgtaaagtttgttaggagacaaacgaatatgattgctcatactttagttaggccgacctgttcttgagtt 4898520  T
Q  302 ag 303  Q
    ||    
T  4898519 ag 4898518  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #18
Raw Score: 46; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 162 - 283
Target Start/End: Original strand, 23332577 - 23332698
Alignment:
Q  162 atggtgattcgaaattatatgctattgtttctagtattatttatcagttatctttacattccaactttaaggtgaagtttgttaggagacaaacgaacat 261  Q
    |||||||||| ||||| |||| |||||||| || |||||||| | ||||||||||   || | |||||||| |||| |||||||| |||||| ||| |||    
T  23332577 atggtgattcaaaattgtatgttattgtttttattattatttgtgagttatctttgtttttctactttaagatgaaatttgttagaagacaagcgagcat 23332676  T
Q  262 ggttgctcgtactttagctagg 283  Q
    |||||||| ||||| |||||||    
T  23332677 ggttgctcatacttgagctagg 23332698  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #19
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000008
Query Start/End: Original strand, 184 - 281
Target Start/End: Complemental strand, 38679113 - 38679016
Alignment:
Q  184 tattgtttctagtattatttatcagttatctttacattccaactttaaggtgaagtttgttaggagacaaacgaacatggttgctcgtactttagcta 281  Q
    ||||||||||| |||||||||| || || |||||||||||||||| |||||||||||| ||||| || ||| ||| ||| || ||| ||| |||||||    
T  38679113 tattgtttctaatattatttataaggtagctttacattccaacttcaaggtgaagtttattaggcgaaaaatgaatatgattactcataccttagcta 38679016  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #20
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 236 - 281
Target Start/End: Original strand, 23163373 - 23163418
Alignment:
Q  236 aagtttgttaggagacaaacgaacatggttgctcgtactttagcta 281  Q
    ||||||||||| |||||| ||||||||||||||| |||||||||||    
T  23163373 aagtttgttagaagacaagcgaacatggttgctcatactttagcta 23163418  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 160; Significance: 3e-85; HSPs: 12)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 160; E-Value: 3e-85
Query Start/End: Original strand, 14 - 285
Target Start/End: Original strand, 14680162 - 14680433
Alignment:
Q  14 aaatggcagtgggcaaatatgacaatattgaagggggaggcagtagccttactcgacgcccttcactttgctgatgagaacagatggaaccgggttgtct 113  Q
    ||||||||| ||| |||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||  |||||||||||||| |||||||    
T  14680162 aaatggcagcgggaaaatatgacagtattggagggggaggcagtagccttactcgaggcccttcactctgctgatgcaaacagatggaaccgagttgtct 14680261  T
Q  114 ttgagtcggactcatctactctagtccaagctctatcgtctccaggtcatggtgattcgaaattatatgctattgtttctagtattatttatcagttatc 213  Q
    |||| || ||||| ||||||||| | ||||||||||| ||||| ||   ||||||||| ||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14680262 ttgattccgactcgtctactctattgcaagctctatcatctccgggcagtggtgattcaaaattctctgctattgtttctagtattatttatcagttatc 14680361  T
Q  214 tttacattccaactttaaggtgaagtttgttaggagacaaacgaacatggttgctcgtactttagctagggc 285  Q
    |||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| ||||||| |||||||    
T  14680362 tttacattccaacttcgaggtgaagtttgttaggagacatgcgaacatggttgctcatactttaactagggc 14680433  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 153; E-Value: 5e-81
Query Start/End: Original strand, 13 - 285
Target Start/End: Complemental strand, 15606182 - 15605910
Alignment:
Q  13 aaaatggcagtgggcaaatatgacaatattgaagggggaggcagtagccttactcgacgcccttcactttgctgatgagaacagatggaaccgggttgtc 112  Q
    |||||||||| ||| ||| |||||| | ||| ||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| ||||| ||||| |||| |||||||||||    
T  15606182 aaaatggcagcgggaaaacatgacagttttggagggggaggcagtagccttactcgatgccattcactttgttgatgggaacaaatgggaccgggttgtc 15606083  T
Q  113 tttgagtcggactcatctactctagtccaagctctatcgtctccaggtcatggtgattcgaaattatatgctattgtttctagtattatttatcagttat 212  Q
    ||  |||| |||||| |||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||  ||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15606082 ttcaagtccgactcagctactctagtgcaagctctatcgtctctaggtcatggtgattcagaacactatgctattgtttctagtattatttatcagttat 15605983  T
Q  213 ctttacattccaactttaaggtgaagtttgttaggagacaaacgaacatggttgctcgtactttagctagggc 285  Q
    ||||||||||||||||  ||||||| |||||||| |||||| ||||||||||||||| | |||||||||||||    
T  15605982 ctttacattccaacttcgaggtgaattttgttagcagacaagcgaacatggttgctcatgctttagctagggc 15605910  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 128; E-Value: 4e-66
Query Start/End: Original strand, 14 - 297
Target Start/End: Original strand, 28107139 - 28107422
Alignment:
Q  14 aaatggcagtgggcaaatatgacaatattgaagggggaggcagtagccttactcgacgcccttcactttgctgatgagaacagatggaaccgggttgtct 113  Q
    ||||||||| || || |||||||| | ||| |||||||||||||||||||||| || ||| ||||||||||  ||  ||| |||||| | |  |||||||    
T  28107139 aaatggcagcggacagatatgacagttttggagggggaggcagtagccttacttgatgccattcactttgcaaatatgaatagatgggatcacgttgtct 28107238  T
Q  114 ttgagtcggactcatctactctagtccaagctctatcgtctccaggtcatggtgattcgaaattatatgctattgtttctagtattatttatcagttatc 213  Q
    | |||||  ||||  |||||||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||  |||| |||| |||||||||||||||||||||| |||||||    
T  28107239 tcgagtctaactccgctactctagtgcaagctctatcgtctccgggccatggtgattcagaattctatgttattgtttctagtattatttattagttatc 28107338  T
Q  214 tttacattccaactttaaggtgaagtttgttaggagacaaacgaacatggttgctcgtactttagctagggcaacatgttcttg 297  Q
    |||||||||||||||  || || ||||||||||||||||| | ||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||    
T  28107339 tttacattccaacttcgagctgtagtttgttaggagacaaccaaacatggttgctcatactttagctagggcaacttgttcttg 28107422  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 120; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 14 - 296
Target Start/End: Complemental strand, 29368243 - 29367960
Alignment:
Q  14 aaatggcagtgggcaaatatgacaatattgaagggggaggcagtagccttactcgacgcccttcactttgctgatgagaacagatggaaccgggttgtct 113  Q
    ||||||||| ||  |||||||||| | ||| ||||||||||| || |||||||||| |||||||||||||||||||  || |||||| |||    ||| |    
T  29368243 aaatggcagcggataaatatgacagttttggagggggaggcaatatccttactcgaggcccttcactttgctgatgctaatagatgggacctaactgttt 29368144  T
Q  114 ttgagtcggactcatctactctagtccaagctctatcgtctccaggtcatggtgattcgaaattatatgctattgtttctagtattatttatcagttatc 213  Q
    | ||||| |||||||||||| |||| ||||||||||||||||| |||||| |||||||| |||| |||||||||| ||||||||||| ||||||||||||    
T  29368143 tcgagtccgactcatctactatagtgcaagctctatcgtctccgggtcatagtgattcgtaattctatgctattgcttctagtattagttatcagttatc 29368044  T
Q  214 tttacattccaactttaaggtgaagtttgttaggagacaaacgaacatggttgctcgtac-tttagctagggcaacatgttctt 296  Q
    ||||| ||||||||| ||||| ||||||||||||| |||| ||||||| |||  || ||| ||||| |||||| ||||||||||    
T  29368043 tttaccttccaacttcaaggtaaagtttgttaggaaacaagcgaacatagttattcatacttttagttagggcgacatgttctt 29367960  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 117; E-Value: 1e-59
Query Start/End: Original strand, 13 - 308
Target Start/End: Complemental strand, 11731854 - 11731562
Alignment:
Q  13 aaaatggcagtgggcaaatatgacaatattgaagggggaggcagtagccttactcgacgcccttcactttgctgatgagaacagatggaaccgggttgtc 112  Q
    |||||||||| |||||||||||||| | ||| ||||| |||||| |||||  |||||  | |||||||||||||||||||||| || | | | |||||||    
T  11731854 aaaatggcagcgggcaaatatgacagttttggagggg-aggcagcagcct--ctcgagactcttcactttgctgatgagaacatataggaacaggttgtc 11731758  T
Q  113 tttgagtcggactcatctactctagtccaagctctatcgtctccaggtcatggtgattcgaaattatatgctattgtttctagtattatttatcagttat 212  Q
    || ||||| ||||| |  | | |||| |||||||||| |||||| || ||||||| |||| | || ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||    
T  11731757 ttcgagtccgactctttcaatatagtgcaagctctattgtctccgggccatggtggttcggagttctatgctactgtttctagtaatatttatcagttat 11731658  T
Q  213 ctttacattccaactttaaggtgaagtttgttaggagacaaacgaacatggttgctcgtactttagctagggcaacatgttcttgagttagtcacc 308  Q
    ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| | || ||||| | ||||||||    
T  11731657 ctttacattccaacttcgaggtgaagtttgttaggaggcaagcgaacatggttgctcatactttagctagggcagcctgctcttgggctagtcacc 11731562  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 113; E-Value: 4e-57
Query Start/End: Original strand, 47 - 307
Target Start/End: Complemental strand, 19691033 - 19690773
Alignment:
Q  47 ggggaggcagtagccttactcgacgcccttcactttgctgatgagaacagatggaaccgggttgtctttgagtcggactcatctactctagtccaagctc 146  Q
    ||||||||| |||||||| |||| | | ||||||||||||||| |||||||||  |||| |||||||| ||||| |||||| ||||| |||| |||||||    
T  19691033 ggggaggcaatagccttattcgatgtcattcactttgctgatgtgaacagatgtgaccgagttgtcttcgagtctgactcagctactttagtgcaagctc 19690934  T
Q  147 tatcgtctccaggtcatggtgattcgaaattatatgctattgtttctagtattatttatcagttatctttacattccaactttaaggtgaagtttgttag 246  Q
    |||||||||   |||||||||||| | |||| ||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||| ||||||||||||||||    
T  19690933 tatcgtctctgagtcatggtgatttggaattctatgtcattgtttctagtattatttatcagttatctttacatttaaactttgaggtgaagtttgttag 19690834  T
Q  247 gagacaaacgaacatggttgctcgtactttagctagggcaacatgttcttgagttagtcac 307  Q
    || |||| |||||||| |||||| |  ||| || ||||| || |||||||| | |||||||    
T  19690833 gaaacaagcgaacatgattgctcatgtttttgcaagggcgacctgttcttgggctagtcac 19690773  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 96; E-Value: 5e-47
Query Start/End: Original strand, 28 - 311
Target Start/End: Complemental strand, 15053348 - 15053065
Alignment:
Q  28 aaatatgacaatattgaagggggaggcagtagccttactcgacgcccttcactttgctgatgagaacagatggaaccgggttgtctttgagtcggactca 127  Q
    |||||||| | | ||| ||||||||||||||||||||||||| ||| ||| | ||||||| | ||| | |||  ||  ||||||||| ||||| ||||||    
T  15053348 aaatatgatagtgttggagggggaggcagtagccttactcgatgccattcgccttgctgacgtgaaaaaatgagacaaggttgtcttcgagtccgactca 15053249  T
Q  128 tctactctagtccaagctctatcgtctccaggtcatggtgattcgaaattatatgctattgtttctagtattatttatcagttatctttacattccaact 227  Q
     |||||||||| ||| | ||||||||| | || |||||||||||| |||| |||||| ||| || || |||||||||||| |||| |||||||||||| |    
T  15053248 gctactctagtgcaaacgctatcgtcttcgggccatggtgattcggaattctatgctgttgcttataatattatttatcaattatatttacattccaatt 15053149  T
Q  228 ttaaggtgaagtttgttaggagacaaacgaacatggttgctcgtactttagctagggcaacatgttcttgagttagtcaccgta 311  Q
    |  |||||||||||||||| |||||| | |||||| |||||| |||||||||||||||| | ||||| |  |||| ||||||||    
T  15053148 tcgaggtgaagtttgttagaagacaagcaaacatgattgctcatactttagctagggcagcctgttcctaggttaatcaccgta 15053065  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 92; E-Value: 1e-44
Query Start/End: Original strand, 124 - 311
Target Start/End: Complemental strand, 34104542 - 34104355
Alignment:
Q  124 ctcatctactctagtccaagctctatcgtctccaggtcatggtgattcgaaattatatgctattgtttctagtattatttatcagttatctttacattcc 223  Q
    |||| |||||||||| ||||| ||||||||||| |  |||||||||||  |||| ||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||     
T  34104542 ctcagctactctagtgcaagcgctatcgtctccggaccatggtgattcagaattttatgctattgtttttagtattatttttcagttatctttacattcg 34104443  T
Q  224 aactttaaggtgaagtttgttaggagacaaacgaacatggttgctcgtactttagctagggcaacatgttcttgagttagtcaccgta 311  Q
    |||||  ||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| ||  ||||||| |||  |||||||||| | |||||||||||    
T  34104442 aacttcgaggtgaagtttgttaggagacaagcaaacatggttgctcatagcttagctatggcggcatgttcttgggctagtcaccgta 34104355  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 83; E-Value: 3e-39
Query Start/End: Original strand, 116 - 285
Target Start/End: Original strand, 27443033 - 27443204
Alignment:
Q  116 gagtcggactcatctactctagtccaagctctatcgtctccaggtcatggtgattcgaaattatatgctattgtttctagtattatttatcagttatctt 215  Q
    |||| ||||||| |||||||||| || || |||||||||| ||| |||||||||||  |||| ||||||||||||||||||||||| | |||||||||||    
T  27443033 gagttggactcagctactctagtgca-gcgctatcgtctctaggccatggtgattcagaattttatgctattgtttctagtattatatttcagttatctt 27443131  T
Q  216 tacatt---ccaactttaaggtgaagtttgttaggagacaaacgaacatggttgctcgtactttagctagggc 285  Q
    ||||||   |||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| ||  |||||||||||    
T  27443132 tacattccaccaactttgaggtgaagtttgttaggagagaagcgaacatggttgctcatagcttagctagggc 27443204  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 74; E-Value: 7e-34
Query Start/End: Original strand, 13 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 30802179 - 30801974
Alignment:
Q  13 aaaatggcagtgggcaaatatgacaatattgaagggggaggcagtagccttactcgacgcccttcactttgctgatgagaacagatggaaccgggttgtc 112  Q
    |||||||||| |||||||||||||| | |||  ||||||||||||||||||||| || ||| || ||||||| |||| ||| | |||| ||  |||||||    
T  30802179 aaaatggcagcgggcaaatatgacagttttggtgggggaggcagtagccttactagatgccatttactttgcagatgtgaaaaaatgggactaggttgtc 30802080  T
Q  113 tttgagtcggactcatctactctagtccaagctctatcgtctccaggtcatggtgattcgaaattatatgctattgtttctagtattatttatcagttat 212  Q
    || ||||| || ||| ||||| |||| ||||||||||||| |||  | |||||||| | | |||| |||| ||||||||||||||||||||||||| ||     
T  30802079 ttcgagtccgattcagctactttagtgcaagctctatcgtttccgagccatggtgacttggaattctatgttattgtttctagtattatttatcagataa 30801980  T
Q  213 ctttac 218  Q
    ||||||    
T  30801979 ctttac 30801974  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 161 - 311
Target Start/End: Complemental strand, 21944668 - 21944518
Alignment:
Q  161 catggtgattcgaaattatatgctattgtttctagtattatttatcagttatctttacattccaactttaaggtgaagtttgttaggagacaaacgaaca 260  Q
    |||||| ||||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||  | |||||||||||||  |||||| ||| ||    
T  21944668 catggtaattcagaattctatgctattgtttctagtattatttatcagttatttttatattccaacttcgatgtgaagtttgttaaaagacaagcgatca 21944569  T
Q  261 tggttgctcgtactttagctagggcaacatgttcttgagttagtcaccgta 311  Q
    | ||||||| |||||||| ||| ||| || ||||||| | |||||||||||    
T  21944568 ttgttgctcatactttagttagagcagcaggttcttgtgctagtcaccgta 21944518  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 184 - 262
Target Start/End: Original strand, 3100415 - 3100494
Alignment:
Q  184 tattgtttctagtattatttatcagttatcttt-acattccaactttaaggtgaagtttgttaggagacaaacgaacatg 262  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  3100415 tattgtttatagtattatttatcagttatcttttacattccaactttgaggtgaagtttgttaggagacaagcgaacatg 3100494  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 159; Significance: 1e-84; HSPs: 15)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 159; E-Value: 1e-84
Query Start/End: Original strand, 13 - 311
Target Start/End: Complemental strand, 478244 - 477946
Alignment:
Q  13 aaaatggcagtgggcaaatatgacaatattgaagggggaggcagtagccttactcgacgcccttcactttgctgatgagaacagatggaaccgggttgtc 112  Q
    |||||||||  |||||||||||||| | ||| ||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| ||| ||| |||||| |||||||| ||    
T  478244 aaaatggcaacgggcaaatatgacagttttggagggggaggcagtagccttactcgatgccattcactttgctaatgtgaatagatgggaccgggttatc 478145  T
Q  113 tttgagtcggactcatctactctagtccaagctctatcgtctccaggtcatggtgattcgaaattatatgctattgtttctagtattatttatcagttat 212  Q
    || || || |||||  |||||||||| ||||||||||||||||| ||| |||||||||||  ||| |||| ||||||||||| |||||||||||||||||    
T  478144 ttcgaatctgactctactactctagtgcaagctctatcgtctccgggttatggtgattcggtattttatgatattgtttctaatattatttatcagttat 478045  T
Q  213 ctttacattccaactttaaggtgaagtttgttaggagacaaacgaacatggttgctcgtactttagctagggcaacatgttcttgagttagtcaccgta 311  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||| |||||||||||  | |||||||| | || ||||||||    
T  478044 ctttacattccaacttcaaggtgaagtttgttaggagacaagcgaacatggttgctcataccttagctagggcgtcctgttcttgggctaatcaccgta 477946  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 146; E-Value: 7e-77
Query Start/End: Original strand, 14 - 311
Target Start/End: Original strand, 13415023 - 13415320
Alignment:
Q  14 aaatggcagtgggcaaatatgacaatattgaagggggaggcagtagccttactcgacgcccttcactttgctgatgagaacagatggaaccgggttgtct 113  Q
    ||||||||| || ||||||||||| | ||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||  ||||| ||||  ||||||||| | || |||||||    
T  13415023 aaatggcagcggacaaatatgacagttttggagggggaggcagtagccttactcgaggcccttccttttgcggatgcaaacagatgggatcgagttgtct 13415122  T
Q  114 ttgagtcggactcatctactctagtccaagctctatcgtctccaggtcatggtgattcgaaattatatgctattgtttctagtattatttatcagttatc 213  Q
    ||||||| || || ||||||||||| |||| | ||||||| || || |||||||||||  |||| ||||||||||||| ||||||||||||||| |||||    
T  13415123 ttgagtccgattcttctactctagtgcaaggtatatcgtccccgggccatggtgattctgaattttatgctattgtttttagtattatttatcaattatc 13415222  T
Q  214 tttacattccaactttaaggtgaagtttgttaggagacaaacgaacatggttgctcgtactttagctagggcaacatgttcttgagttagtcaccgta 311  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||    |||||||| | |||||||||||    
T  13415223 tttacattccaacttcaaggtgaagtttgctaggagacaagcgaacatggttgctcatactttagctagggcggtctgttcttgggctagtcaccgta 13415320  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 146; E-Value: 7e-77
Query Start/End: Original strand, 14 - 311
Target Start/End: Complemental strand, 40588917 - 40588620
Alignment:
Q  14 aaatggcagtgggcaaatatgacaatattgaagggggaggcagtagccttactcgacgcccttcactttgctgatgagaacagatggaaccgggttgtct 113  Q
    ||||||||| |||||||||| ||| | ||| ||||||||||||||||| ||||||| |||||||  ||||| ||||  ||||||||  ||||||||||||    
T  40588917 aaatggcagcgggcaaatataacagttttggagggggaggcagtagccgtactcgaggcccttcgttttgcggatgcaaacagatgagaccgggttgtct 40588818  T
Q  114 ttgagtcggactcatctactctagtccaagctctatcgtctccaggtcatggtgattcgaaattatatgctattgtttctagtattatttatcagttatc 213  Q
    ||||||| || ||||||||||||||  || |||||||||| || || |||| ||||||  |||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  40588817 ttgagtctgattcatctactctagtgtaaactctatcgtccccgggccatgatgattctgaattctatgctattgtttatagtattatttatcagttatc 40588718  T
Q  214 tttacattccaactttaaggtgaagtttgttaggagacaaacgaacatggttgctcgtactttagctagggcaacatgttcttgagttagtcaccgta 311  Q
    |||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||| | |||||||||||||||  | |||||||| | |||||||||||    
T  40588717 tttacattccaacttcgaggtgaagtttgttaggagacaagcgaacatgattgcacatactttagctagggcggcctgttcttgggctagtcaccgta 40588620  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 144; E-Value: 1e-75
Query Start/End: Original strand, 24 - 285
Target Start/End: Complemental strand, 8451300 - 8451039
Alignment:
Q  24 gggcaaatatgacaatattgaagggggaggcagtagccttactcgacgcccttcactttgctgatgagaacagatggaaccgggttgtctttgagtcgga 123  Q
    |||||||||||||| | ||| |||||||||||||||| ||||||||  || ||||||| ||||||| |||| ||||| ||||||||||||| ||||| ||    
T  8451300 gggcaaatatgacagtgttggagggggaggcagtagctttactcgattccattcacttcgctgatgtgaacggatgggaccgggttgtcttcgagtctga 8451201  T
Q  124 ctcatctactctagtccaagctctatcgtctccaggtcatggtgattcgaaattatatgctattgtttctagtattatttatcagttatctttacattcc 223  Q
    |||||||||| |||| |||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| |||| |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||     
T  8451200 ctcatctactttagtgcaagctttatcgtctccaggtcatggtgattcggaattttatgttattgtgtctagtattatntatcagttatctttacattca 8451101  T
Q  224 aactttaaggtgaagtttgttaggagacaaacgaacatggttgctcgtactttagctagggc 285  Q
    |||||  ||||||||||||||| ||||||| |||||||||||| || |||| ||| ||||||    
T  8451100 aacttcgaggtgaagtttgttangagacaagcgaacatggttgttcatactctagttagggc 8451039  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 139; E-Value: 1e-72
Query Start/End: Original strand, 28 - 282
Target Start/End: Original strand, 23853946 - 23854200
Alignment:
Q  28 aaatatgacaatattgaagggggaggcagtagccttactcgacgcccttcactttgctgatgagaacagatggaaccgggttgtctttgagtcggactca 127  Q
    |||||||||| | ||| |||| ||||||||||||||||| || ||| ||||||||| |||||  ||||||||  || | |||||||| ||||| ||||||    
T  23853946 aaatatgacagttttggagggtgaggcagtagccttacttgaggccattcactttgttgatgctaacagatgagactgagttgtcttcgagtccgactca 23854045  T
Q  128 tctactctagtccaagctctatcgtctccaggtcatggtgattcgaaattatatgctattgtttctagtattatttatcagttatctttacattccaact 227  Q
    || |||||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||  |||| |||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||    
T  23854046 tcaactctagtgcaagctctatcgtctccgggccatggtgattcagaattctatgctattgtttctagtattagttatccgttatctttacattccaact 23854145  T
Q  228 ttaaggtgaagtttgttaggagacaaacgaacatggttgctcgtactttagctag 282  Q
    | |||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||    
T  23854146 tcaaggtgaactttgttaggagacaagcgaacatggttgctcatactttagctag 23854200  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 130; E-Value: 3e-67
Query Start/End: Original strand, 24 - 285
Target Start/End: Original strand, 7127233 - 7127494
Alignment:
Q  24 gggcaaatatgacaatattgaagggggaggcagtagccttactcgacgcccttcactttgctgatgagaacagatggaaccgggttgtctttgagtcgga 123  Q
    |||||||||||| | | ||| ||||||||| ||||||||||||||| ||  ||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| ||| ||||| ||    
T  7127233 gggcaaatatgaaagttttggagggggaggtagtagccttactcgatgctattcactttgctgatgtgaacagatgggaccgggttgccttcgagtctga 7127332  T
Q  124 ctcatctactctagtccaagctctatcgtctccaggtcatggtgattcgaaattatatgctattgtttctagtattatttatcagttatctttacattcc 223  Q
    ||   ||||| |||| |||||||| |||||||| || ||||||||||    ||| |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7127333 ctatgctactttagtgcaagctctttcgtctccgggccatggtgatttagtattctatgttattgtttcaagtattatttatcagttatctttacattcc 7127432  T
Q  224 aactttaaggtgaagtttgttaggagacaaacgaacatggttgctcgtactttagctagggc 285  Q
    |||||| | ||||||||||||||||||||| |||||||| |||||| |||||||||||||||    
T  7127433 aactttgatgtgaagtttgttaggagacaagcgaacatgattgctcatactttagctagggc 7127494  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 116; E-Value: 6e-59
Query Start/End: Original strand, 102 - 281
Target Start/End: Complemental strand, 598336 - 598157
Alignment:
Q  102 accgggttgtctttgagtcggactcatctactctagtccaagctctatcgtctccaggtcatggtgattcgaaattatatgctattgtttctagtattat 201  Q
    |||||||||||||  ||||||||| | |||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||    
T  598336 accgggttgtcttcaagtcggacttagctactctagtgcaagctctatcgtcttcaggtcatggtgattcgaagttctatgctattgtttctagtattat 598237  T
Q  202 ttatcagttatctttacattccaactttaaggtgaagtttgttaggagacaaacgaacatggttgctcgtactttagcta 281  Q
    |||| ||||||||||||||| ||||||   |||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||    
T  598236 ttattagttatctttacatttcaacttcgtggtgaaatttgttaggagacaagcgaacatggttgctcatactttagcta 598157  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 110; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 116 - 297
Target Start/End: Original strand, 11870366 - 11870547
Alignment:
Q  116 gagtcggactcatctactctagtccaagctctatcgtctccaggtcatggtgattcgaaattatatgctattgtttctagtattatttatcagttatctt 215  Q
    ||||| |||||| ||||||| || |||||||||| |||||   | |||||||||||| | || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11870366 gagtctgactcagctactcttgtgcaagctctattgtctcggagccatggtgattcggatttctatgctattgtttctagtattatttatcagttatctt 11870465  T
Q  216 tacattccaactttaaggtgaagtttgttaggagacaaacgaacatggttgctcgtactttagctagggcaacatgttcttg 297  Q
    ||||||| |||||  ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||    
T  11870466 tacattctaacttcgaggtgaagtttgttaggagacaagcgaacatggttgctcatactttagctagggcaacctgttcttg 11870547  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 106; E-Value: 5e-53
Query Start/End: Original strand, 24 - 285
Target Start/End: Complemental strand, 185767 - 185508
Alignment:
Q  24 gggcaaatatgacaatattgaagggggaggcagtagccttactcgacgcccttcactttgctgatgagaacagatggaaccgggttgtctttgagtcgga 123  Q
    |||||||||||||| | ||| ||||| ||| |||||||||||||||  |  ||||||||| ||||| ||| |||||||||||||||||||  ||||| ||    
T  185767 gggcaaatatgacagttttggagggg-aggaagtagccttactcgatactattcactttgttgatgtgaatagatggaaccgggttgtctacgagtctga 185669  T
Q  124 ctcatctactctagtccaagctctatcgtctccaggtcatggtgattcgaaattatatgctattgtttctagtattatttatcagttatctttacattcc 223  Q
    |||  ||||| |||| |||||||| |||||||| |  |||||||||||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  185668 ctctgctactttagtgcaagctctttcgtctccggaccatggtgattcagaattctatgctattgtttctagtattatttatcagttatctttacattca 185569  T
Q  224 aactttaaggtgaagtttgttaggagacaaacgaacatggttgctcgtactttagctagggc 285  Q
     | ||  ||||| ||||||||||||||||| ||||||| |||| || || ||||||||||||    
T  185568 ca-ttcgaggtgtagtttgttaggagacaagcgaacatagttggtcatagtttagctagggc 185508  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 105; E-Value: 2e-52
Query Start/End: Original strand, 96 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 33642869 - 33642681
Alignment:
Q  96 gatggaaccgggttgtctttgagtcggactcatctactctagtccaagctctatcgtctccaggtcatggtgattcgaaattatatgctattgtttctag 195  Q
    ||||||| | |||||||||  ||||  |||||||||||||| | |||||||| |||||||| || |||||||||||  ||||  ||| ||||||||||||    
T  33642869 gatggaatcaggttgtcttcaagtccaactcatctactctaatgcaagctctgtcgtctccgggccatggtgattcagaattcaatgatattgtttctag 33642770  T
Q  196 tattatttatcagttatctttacattccaactttaaggtgaagtttgttaggagacaaacgaacatggttgctcgtactttagctaggg 284  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| || ||||||||||||||    
T  33642769 tattatttatcagttatctttacattccaacttcaaggcgaagtttgttaggagacaagcgaacatggttgttcatactttagctaggg 33642681  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 100; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 85 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 3606855 - 3606656
Alignment:
Q  85 tgatgagaacagatggaaccgggttgtctttgagtcggactcatctactctagtccaagctctatcgtctccaggtcatggtgattcgaaattatatgct 184  Q
    ||||| ||||||||||||||  ||||| ||  |||| |||||| | ||| |||| ||| ||||||||||||  ||||||||||| | | |||| ||||||    
T  3606855 tgatgtgaacagatggaaccaagttgttttcaagtccgactcaacaactttagtacaaactctatcgtctcagggtcatggtgacttggaattctatgct 3606756  T
Q  185 attgtttctagtattatttatcagttatctttacattccaactttaaggtgaagtttgttaggagacaaacgaacatggttgctcgtactttagctaggg 284  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  ||||||||||||||||||||||| |||| ||||||| || ||||||||||||||    
T  3606755 attgtttctagtattatttatcagttatctttacattctaacttcgaggtgaagtttgttaggagacaagcgaatatggttgttcatactttagctaggg 3606656  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 29 - 311
Target Start/End: Original strand, 9496797 - 9497075
Alignment:
Q  29 aatatgacaatattgaagggggaggcagtagccttactcgacgcccttcactttgctgatgagaacagatggaaccgggttgtctttgagtcggactcat 128  Q
    ||||||||| | ||| |||| ||||||||||||||||| || | | ||||||||| ||||| ||||  |||| |||| ||||||||||||||  | |||     
T  9496797 aatatgacagttttggagggtgaggcagtagccttacttgatgacattcactttgttgatgtgaact-atgggaccgtgttgtctttgagtccaattcag 9496895  T
Q  129 ctactctagtccaagctctatcgtctccaggtcatggtgattcgaaattatatgctattgtttctagtattatttatcagttatctttacattccaactt 228  Q
    | |   |||| ||| ||||||||||| |  |||||||||| | | |||| |||| ||||||| |||  |||||||||| || || ||||||| |||||||    
T  9496896 cca---tagtgcaatctctatcgtcttcgagtcatggtgacttggaattctatgttattgttgctaacattatttatctgtgatatttacatcccaactt 9496992  T
Q  229 taaggtgaagtttgttaggagacaaacgaacatggttgctcgtactttagctagggcaacatgttcttgagttagtcaccgta 311  Q
     |  ||||||||| ||||||||||| ||||||| ||||||  |||||||||||||||  | ||||||||   |||||||||||    
T  9496993 cagagtgaagtttattaggagacaagcgaacatagttgcttatactttagctagggcggcctgttcttggactagtcaccgta 9497075  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 129 - 274
Target Start/End: Original strand, 37712189 - 37712333
Alignment:
Q  129 ctactctagtccaagctctatcgtctccaggtcatggtgattcgaaattatatgctattgtttctagtattatttatcagttatctttacattccaactt 228  Q
    ||||||||||  ||||||||| |||| | || |||||||||||  |||  ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||    
T  37712189 ctactctagtgtaagctctattgtcttc-ggacatggtgattcagaatactatgctattgtttctagtattatttatgagttatctttacattctaactt 37712287  T
Q  229 taaggtgaagtttgttaggagacaaacgaacatggttgctcgtact 274  Q
      | ||||||| ||||| ||||||  | ||||||||||||| ||||    
T  37712288 cgatgtgaagtctgttaagagacatgcaaacatggttgctcatact 37712333  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 52; E-Value: 9e-21
Query Start/End: Original strand, 196 - 311
Target Start/End: Complemental strand, 36194626 - 36194511
Alignment:
Q  196 tattatttatcagttatctttacattccaactttaaggtgaagtttgttaggagacaaacgaacatggttgctcgtactttagctagggcaacatgttct 295  Q
    |||||||||||  ||||||||| ||| ||| ||  || ||||||||||||||||||||   ||||||||||||| || |||||||||||  |||||||||    
T  36194626 tattatttatcgattatctttatatttcaatttcgagatgaagtttgttaggagacaagaaaacatggttgctcatagtttagctagggtgacatgttct 36194527  T
Q  296 tgagttagtcaccgta 311  Q
    |||| |||||||||||    
T  36194526 tgagctagtcaccgta 36194511  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 214 - 269
Target Start/End: Complemental strand, 8670301 - 8670246
Alignment:
Q  214 tttacattccaactttaaggtgaagtttgttaggagacaaacgaacatggttgctc 269  Q
    ||||||| |||||||| |||| |||||||||||| ||||||| |||||||||||||    
T  8670301 tttacatcccaactttgaggtaaagtttgttaggcgacaaacaaacatggttgctc 8670246  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0446 (Bit Score: 123; Significance: 4e-63; HSPs: 1)
Name: scaffold0446
Description:

Target: scaffold0446; HSP #1
Raw Score: 123; E-Value: 4e-63
Query Start/End: Original strand, 26 - 285
Target Start/End: Original strand, 198 - 461
Alignment:
Q  26 gcaaatatgacaatattgaagggggaggcagtagccttactcgacgcccttcactttgctgatgagaacagatggaaccgggttgtctttgagtcggact 125  Q
    |||||||||||| | | | ||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||||||| || ||| | |||| ||||||||||||| ||||| ||||    
T  198 gcaaatatgacagtttgggagggggaggcagttgccttactcgatgccattcactttgctgttgggaatatatgggaccgggttgtcttcgagtccgact 297  T
Q  126 catctactctagtccaagctctatcgtctccaggtcatggtgatt----cgaaattatatgctattgtttctagtattatttatcagttatctttacatt 221  Q
    || |||||||||| ||||| ||||| |||||||  ||||||||||    || |||| |||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||    
T  298 cagctactctagtgcaagcgctatcatctccagaccatggtgattaattcggaattttatgctattgtttctaatattatttttcagttatctttacatt 397  T
Q  222 ccaactttaaggtgaagtttgttaggagacaaacgaacatggttgctcgtactttagctagggc 285  Q
    |||||||  || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||  |||||||||||    
T  398 ccaacttcgagatgaagtttgttaggagacaagcgaacatggttgctcatagcttagctagggc 461  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0922 (Bit Score: 116; Significance: 6e-59; HSPs: 1)
Name: scaffold0922
Description:

Target: scaffold0922; HSP #1
Raw Score: 116; E-Value: 6e-59
Query Start/End: Original strand, 116 - 311
Target Start/End: Complemental strand, 349 - 154
Alignment:
Q  116 gagtcggactcatctactctagtccaagctctatcgtctccaggtcatggtgattcgaaattatatgctattgtttctagtattatttatcagttatctt 215  Q
    ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| ||||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  349 gagtccgactcatctactctagtgcaagctctatcatctccaggtcatggtaattcagaattctatgctattgtttctagtattatttatcagttatcct 250  T
Q  216 tacattccaactttaaggtgaagtttgttaggagacaaacgaacatggttgctcgtactttagctagggcaacatgttcttgagttagtcaccgta 311  Q
    |||||||||||||  | ||||||||||||||||||||| |||||| |||||||| ||||||| ||||| | || |||||||| | |||||||||||    
T  249 tacattccaacttcgatgtgaagtttgttaggagacaagcgaacacggttgctcatactttaactaggacgacttgttcttgggctagtcaccgta 154  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0003 (Bit Score: 83; Significance: 3e-39; HSPs: 1)
Name: scaffold0003
Description:

Target: scaffold0003; HSP #1
Raw Score: 83; E-Value: 3e-39
Query Start/End: Original strand, 116 - 285
Target Start/End: Complemental strand, 44328 - 44157
Alignment:
Q  116 gagtcggactcatctactctagtccaagctctatcgtctccaggtcatggtgattcgaaattatatgctattgtttctagtattatttatcagttatctt 215  Q
    |||| ||||||| |||||||||| || || |||||||||| ||| |||||||||||  |||| ||||||||||||||||||||||| | |||||||||||    
T  44328 gagttggactcagctactctagtgca-gcgctatcgtctctaggccatggtgattcagaattttatgctattgtttctagtattatatttcagttatctt 44230  T
Q  216 tacatt---ccaactttaaggtgaagtttgttaggagacaaacgaacatggttgctcgtactttagctagggc 285  Q
    ||||||   |||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| ||  |||||||||||    
T  44229 tacattccaccaactttgaggtgaagtttgttaggagagaagcgaacatggttgctcatagcttagctagggc 44157  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0198 (Bit Score: 78; Significance: 3e-36; HSPs: 1)
Name: scaffold0198
Description:

Target: scaffold0198; HSP #1
Raw Score: 78; E-Value: 3e-36
Query Start/End: Original strand, 186 - 311
Target Start/End: Original strand, 20330 - 20455
Alignment:
Q  186 ttgtttctagtattatttatcagttatctttacattccaactttaaggtgaagtttgttaggagacaaacgaacatggttgctcgtactttagctagggc 285  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| ||| || ||| |||||||||||||||    
T  20330 ttgtttctagtattatttatcagttatctttacatgtcaactttgaggtgaagtttgttaggagacaagcgaatatgattactcatactttagctagggc 20429  T
Q  286 aacatgttcttgagttagtcaccgta 311  Q
    ||| |||||||| | |||||| ||||    
T  20430 aacctgttcttgggctagtcatcgta 20455  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0252 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000001; HSPs: 1)
Name: scaffold0252
Description:

Target: scaffold0252; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 214 - 310
Target Start/End: Original strand, 13321 - 13415
Alignment:
Q  214 tttacattccaactttaaggtgaagtttgttaggagacaaacgaacatggttgctcgtactttagctagggcaacatgttcttgagttagtcaccgt 310  Q
    ||||||| |||||||| |||| |||||||||||  ||||| ||||||||| |||||  ||| | ||||||||  | |||||||| | ||||||||||    
T  13321 tttacatcccaactttgaggtaaagtttgttagacgacaagcgaacatggctgctc--actcttgctagggcggcctgttcttgggctagtcaccgt 13415  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University