View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1596_high_1 (Length: 1033)

Name: NF1596_high_1
Description: NF1596
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1596_high_1
NF1596_high_1
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (1-1033)||(33526187-33527228)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 750; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 750; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 1033
Target Start/End: Original strand, 33526187 - 33527228
Alignment:
Q  1 ttttatgatcattt-ggtttctctgttgtacagctttttggtttattttacataagtaccttggaaagttttttacaggtataaatatgtactatatatg 99  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33526187 ttttatgatcattttggtttctctgttgtacagctttttggtttattttacataagtaccttggaaagttttttacaggtataaatatgtactatatatg 33526286  T
Q  100 tacttgtatgaatttgtgtactctgttctctagattcataaattactgtatagttaaaggaatgtgtannnnnnnnncttccaaaatttgcataattgag 199  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||         |||||||||||||||||||||||    
T  33526287 tacttgtatgaatttgtgtactctgttctctagattcataaattactgtatagttaaaggaatgtgtatttttttttcttccaaaatttgcataattgag 33526386  T
Q  200 aattgttttctgagttcttattagaaccgatgcaaaaagattgttcatgtatgtatatgtgtgtgtaatgctatttttcttgtctttaatttttctacag 299  Q
    |||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33526387 aattgttaactgagttcttattagaaccgatgcaaaaagattgttcatgtatgtatatgtgtgtgtaatgctatttttcttgtctttaatttttctacag 33526486  T
Q  300 aagtttattcatnnnnnnnnn--------caagctaaagaatgtttttggaattcttgtggacacatttctgaaatggtccctgttcctgactggcatgt 391  Q
    ||||||||||||                 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33526487 aagtttattcataaaaaaaaaaaaaaaaacaagctaaagaatgtttttggaattcttgtggacacatttctgaaatggtccctgttcctgactggcatgt 33526586  T
Q  392 ttggttctagagttcaatgacaagagagtagaatagatttaactcttggttctttttatggtttgatccagggacatactgacatacacacaattttgtt 491  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33526587 ttggttctagagttcaatgacaagagagtagaatagatttaactcttggttctttttatggtttgatccagggacatactgacatacacacaattttgtt 33526686  T
Q  492 tcaacagtgagcacnnnnnnnctctacttgtgttgtactatctctgtttttcagtcccttctgaccatgtaccatgaaagcttcaacgctttattaactt 591  Q
    ||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33526687 tcaacagtgagcactttttttctctacttgtgttgtactatctctgtttttcagccccttctgaccatgtaccatgaaagcttcaacgctttattaactt 33526786  T
Q  592 ttggggtctccagtgttcttaaaaaggctagaatttgttgatgttttgtatccatttctctgtaatcataacaacattattccaacataaaaaagagagc 691  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||     
T  33526787 ttggggtctccagtgttcttaaaaaggctagaatttgttgatgttttgtatccatttctctgtaatcagaacaacattattccaacataaaaaagagaga 33526886  T
Q  692 gaagggtggctagcccagccctatttttatatgggccaaaaaagcccgagtgcatttgggctagctattttgaggcccggtccggcccaaaaaataggct 791  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33526887 gaagggtggctagcccagccctatttttatatgggccaaaaaagcccgagtggatttgggctagctattttgaggcccggtccggcccaaaaaataggct 33526986  T
Q  792 aatgggccgacctattagtttggctcatttttgacatctctaccaataacaggccgcatgtcagcc-ttaaaactttnnnnnnnttaacttatcaggctt 890  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| ||||  |||        ||||   |||||| ||    
T  33526987 aatgggccgacctattagtttggctcatttttgacatctctaccaataacagtctgcatgtcagcctttaagtcttaaatttttttaatagatcagg-tt 33527085  T
Q  891 aaattttgcaaagcctaacttagtttagtctattctcaccccaagtgtccaaccgattctccaacagaaacatggaattgcttaattttttgctttcatg 990  Q
    || ||||||||||||||| || | |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||  || |||||||| || |||      
T  33527086 aagttttgcaaagcctaatttggcttagcctattctcaccccaagtgtccaaccgattctccaacggaaaaatggaatatctcaatttttttctctcaca 33527185  T
Q  991 atacggcaggcttcgtgatctacaccaccattaaaacactttt 1033  Q
     | |   | | ||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  33527186 cttccttatgtttcatgatctacaccaccattaaaacactttt 33527228  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University