View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1596_high_67 (Length: 301)

Name: NF1596_high_67
Description: NF1596
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1596_high_67
NF1596_high_67
[»] chr6 (11 HSPs)
chr6 (70-285)||(23306257-23306472)
chr6 (70-284)||(26631220-26631435)
chr6 (70-284)||(26737195-26737410)
chr6 (70-285)||(4582091-4582314)
chr6 (70-284)||(28329912-28330113)
chr6 (70-284)||(28507548-28507749)
chr6 (70-285)||(16802203-16802406)
chr6 (70-280)||(29730533-29730740)
chr6 (190-285)||(25359652-25359747)
chr6 (222-284)||(30800428-30800491)
chr6 (70-103)||(25359747-25359780)
[»] chr3 (24 HSPs)
chr3 (70-285)||(4606575-4606791)
chr3 (70-285)||(13276057-13276273)
chr3 (70-285)||(31167508-31167730)
chr3 (70-284)||(52787639-52787855)
chr3 (70-284)||(52793858-52794074)
chr3 (70-284)||(5331659-5331873)
chr3 (81-285)||(13282256-13282460)
chr3 (70-284)||(41720019-41720224)
chr3 (70-284)||(7047773-7047987)
chr3 (76-266)||(30760711-30760901)
chr3 (70-284)||(41283840-41284054)
chr3 (150-285)||(39233088-39233222)
chr3 (81-241)||(29453447-29453597)
chr3 (76-284)||(19007617-19007825)
chr3 (78-271)||(55346642-55346834)
chr3 (70-214)||(16865389-16865533)
chr3 (150-284)||(18096096-18096233)
chr3 (76-133)||(53251814-53251871)
chr3 (70-133)||(49846586-49846649)
chr3 (153-284)||(8406052-8406183)
chr3 (82-284)||(26413020-26413221)
chr3 (82-133)||(39233022-39233073)
chr3 (158-213)||(49846517-49846571)
chr3 (104-133)||(18096240-18096269)
[»] chr7 (20 HSPs)
chr7 (70-285)||(2133679-2133894)
chr7 (71-284)||(9195499-9195712)
chr7 (70-285)||(26924826-26925043)
chr7 (77-284)||(27087847-27088055)
chr7 (77-284)||(27190246-27190454)
chr7 (70-285)||(34381383-34381599)
chr7 (70-284)||(11564427-11564641)
chr7 (70-284)||(20948336-20948550)
chr7 (70-273)||(27749656-27749859)
chr7 (70-285)||(48565924-48566138)
chr7 (70-284)||(44279242-44279456)
chr7 (70-285)||(40667115-40667337)
chr7 (70-183)||(20537039-20537152)
chr7 (82-285)||(38189659-38189861)
chr7 (77-283)||(221749-221956)
chr7 (70-133)||(33154124-33154187)
chr7 (153-284)||(37567828-37567959)
chr7 (82-196)||(26642546-26642659)
chr7 (150-213)||(24139074-24139137)
chr7 (82-133)||(24139414-24139465)
[»] chr5 (13 HSPs)
chr5 (70-285)||(24077360-24077575)
chr5 (70-285)||(6618362-6618578)
chr5 (78-280)||(23101651-23101852)
chr5 (70-275)||(8807130-8807334)
chr5 (70-285)||(6920567-6920783)
chr5 (70-284)||(42379258-42379477)
chr5 (70-213)||(19520952-19521095)
chr5 (234-285)||(10378111-10378162)
chr5 (153-284)||(37505153-37505284)
chr5 (240-285)||(10378064-10378109)
chr5 (91-133)||(26250992-26251034)
chr5 (89-133)||(26246650-26246694)
chr5 (240-284)||(29692065-29692109)
[»] chr4 (32 HSPs)
chr4 (70-285)||(8087718-8087933)
chr4 (70-285)||(22459948-22460163)
chr4 (70-284)||(40630898-40631113)
chr4 (70-284)||(44234607-44234811)
chr4 (70-284)||(29350960-29351164)
chr4 (70-284)||(7315282-7315496)
chr4 (70-285)||(7882399-7882615)
chr4 (70-280)||(9390241-9390452)
chr4 (70-275)||(28510404-28510609)
chr4 (70-285)||(56208209-56208421)
chr4 (70-275)||(12689537-12689733)
chr4 (70-270)||(3006165-3006366)
chr4 (70-284)||(36968427-36968632)
chr4 (70-285)||(31989531-31989741)
chr4 (78-285)||(6807853-6808062)
chr4 (71-271)||(22453014-22453215)
chr4 (150-284)||(21357821-21357957)
chr4 (156-283)||(18103708-18103835)
chr4 (70-133)||(18691573-18691636)
chr4 (153-284)||(30301539-30301670)
chr4 (150-280)||(41548376-41548506)
chr4 (150-214)||(18665548-18665611)
chr4 (222-285)||(19509652-19509715)
chr4 (70-133)||(45286598-45286661)
chr4 (70-133)||(18665466-18665529)
chr4 (70-117)||(18733830-18733877)
chr4 (150-212)||(43140943-43141004)
chr4 (82-133)||(41548521-41548571)
chr4 (82-133)||(36088683-36088734)
chr4 (82-133)||(43140876-43140927)
chr4 (93-133)||(18103857-18103897)
chr4 (150-214)||(18691653-18691716)
[»] chr1 (20 HSPs)
chr1 (70-285)||(27275879-27276094)
chr1 (70-285)||(7879963-7880168)
chr1 (70-284)||(28728844-28729058)
chr1 (81-285)||(20360573-20360777)
chr1 (81-285)||(20550193-20550397)
chr1 (70-284)||(14752543-14752756)
chr1 (70-284)||(9196072-9196287)
chr1 (70-284)||(48187588-48187792)
chr1 (70-285)||(49535821-49536034)
chr1 (150-284)||(44700060-44700194)
chr1 (70-285)||(45310905-45311123)
chr1 (150-284)||(44773547-44773681)
chr1 (79-275)||(17171323-17171518)
chr1 (150-214)||(33334685-33334748)
chr1 (70-124)||(33334743-33334797)
chr1 (70-114)||(45311216-45311260)
chr1 (82-133)||(46202447-46202498)
chr1 (82-133)||(44699993-44700044)
chr1 (82-133)||(7186622-7186673)
chr1 (82-133)||(44773699-44773750)
[»] chr2 (24 HSPs)
chr2 (76-285)||(30728119-30728327)
chr2 (70-285)||(37917874-37918080)
chr2 (70-284)||(38975261-38975474)
chr2 (70-284)||(2979717-2979921)
chr2 (76-284)||(20283379-20283586)
chr2 (70-284)||(45166955-45167167)
chr2 (70-285)||(36554871-36555086)
chr2 (156-285)||(29198870-29199000)
chr2 (79-284)||(747036-747240)
chr2 (70-266)||(1857700-1857896)
chr2 (70-194)||(22336187-22336310)
chr2 (70-194)||(45168665-45168789)
chr2 (153-284)||(32037068-32037199)
chr2 (156-283)||(37861318-37861445)
chr2 (70-133)||(25740453-25740516)
chr2 (70-133)||(29198721-29198784)
chr2 (82-209)||(1928768-1928885)
chr2 (222-280)||(45168785-45168843)
chr2 (189-280)||(22338409-22338500)
chr2 (82-133)||(11913919-11913970)
chr2 (90-133)||(15615578-15615621)
chr2 (240-285)||(11913777-11913822)
chr2 (160-208)||(11913854-11913902)
chr2 (93-133)||(37861467-37861507)
[»] chr8 (17 HSPs)
chr8 (70-284)||(37806872-37807087)
chr8 (70-284)||(4860046-4860262)
chr8 (70-284)||(26849188-26849403)
chr8 (70-284)||(43204255-43204470)
chr8 (70-284)||(32776800-32777003)
chr8 (70-284)||(34322723-34322937)
chr8 (70-284)||(20162552-20162766)
chr8 (70-284)||(20194730-20194944)
chr8 (82-284)||(30591993-30592195)
chr8 (70-276)||(39679480-39679687)
chr8 (76-284)||(21257789-21257998)
chr8 (79-280)||(40672638-40672837)
chr8 (70-241)||(28713923-28714093)
chr8 (70-241)||(28721270-28721440)
chr8 (70-241)||(28728912-28729082)
chr8 (79-133)||(42576306-42576358)
chr8 (150-284)||(39154205-39154339)
[»] scaffold0087 (1 HSPs)
scaffold0087 (76-284)||(8546-8754)
[»] scaffold0136 (1 HSPs)
scaffold0136 (79-285)||(10945-11149)
[»] scaffold0048 (2 HSPs)
scaffold0048 (71-284)||(46886-47099)
scaffold0048 (76-278)||(73503-73708)
[»] scaffold0294 (1 HSPs)
scaffold0294 (70-266)||(13259-13457)
[»] scaffold1147 (1 HSPs)
scaffold1147 (96-285)||(407-597)
[»] scaffold0223 (1 HSPs)
scaffold0223 (79-196)||(24733-24850)
[»] scaffold0063 (2 HSPs)
scaffold0063 (70-133)||(1979-2042)
scaffold0063 (172-284)||(1810-1923)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 135; Significance: 2e-70; HSPs: 11)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 135; E-Value: 2e-70
Query Start/End: Original strand, 70 - 285
Target Start/End: Original strand, 23306257 - 23306472
Alignment:
Q  70 agtaaggtctaaaattggaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaannnnnnnnnnnnnnnnaatttgggggaactttaaaa 169  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                ||||||||||||||||||||    
T  23306257 agtaatgtctaaaattggaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaaccccccaaaaccccccaatttgggggaactttaaaa 23306356  T
Q  170 ttggacaaattaagccattcaaaaccctccaaaacctttcccttgnnnnnnnaaaacttgcaaacaagggttaccactccataagcctttccttcccttc 269  Q
    |||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23306357 ttggacaaattaagcccttcaaaaccccccaaaacctttcccttgtttttttaaaacttgcaaacaagggttaccactccataagcctttccttcccttc 23306456  T
Q  270 ccctcccctccaaaat 285  Q
    ||||||||||||||||    
T  23306457 ccctcccctccaaaat 23306472  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 99; E-Value: 7e-49
Query Start/End: Original strand, 70 - 284
Target Start/End: Original strand, 26631220 - 26631435
Alignment:
Q  70 agtaaggtctaaaattggaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaannnnnnnnnnnnnnnnaatttgggggaactttaaaa 169  Q
    ||||| || |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                ||||||||||||||||||||    
T  26631220 agtaatgtataaaattggaatgttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaaccccccaaaatcctccaatttgggggaactttaaaa 26631319  T
Q  170 ttggacaaattaagccattcaaaaccctccaaaacctttcccttgnnnnnnnaaaacttgcaaacaaggg-ttaccactccataagcctttccttccctt 268  Q
    ||||| |||| ||||| |||||||||| ||||||||||||| |||       |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||     
T  26631320 ttggataaatgaagccgttcaaaaccccccaaaacctttcctttgtttttttaaaactcgcaaacaagggtttaccactccataagcctttccttccctc 26631419  T
Q  269 cccctcccctccaaaa 284  Q
    ||||||||||||||||    
T  26631420 cccctcccctccaaaa 26631435  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 99; E-Value: 7e-49
Query Start/End: Original strand, 70 - 284
Target Start/End: Original strand, 26737195 - 26737410
Alignment:
Q  70 agtaaggtctaaaattggaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaannnnnnnnnnnnnnnnaatttgggggaactttaaaa 169  Q
    ||||| || |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                ||||||||||||||||||||    
T  26737195 agtaatgtataaaattggaatgttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaaccccccaaaatcctccaatttgggggaactttaaaa 26737294  T
Q  170 ttggacaaattaagccattcaaaaccctccaaaacctttcccttgnnnnnnnaaaacttgcaaacaaggg-ttaccactccataagcctttccttccctt 268  Q
    ||||| |||| ||||| |||||||||| ||||||||||||| |||       |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||     
T  26737295 ttggataaatgaagccgttcaaaaccccccaaaacctttcctttgtttttttaaaactcgcaaacaagggtttaccactccataagcctttccttccctc 26737394  T
Q  269 cccctcccctccaaaa 284  Q
    ||||||||||||||||    
T  26737395 cccctcccctccaaaa 26737410  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 89; E-Value: 6e-43
Query Start/End: Original strand, 70 - 285
Target Start/End: Complemental strand, 4582314 - 4582091
Alignment:
Q  70 agtaaggtctaaaattggaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaannnnnnnnnnnnnnnnaatttgggggaactttaaaa 169  Q
    ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                ||||||||||||||||||||    
T  4582314 agtaatgtctaaaattagaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaaccccccaaaaccccccaatttgggggaactttaaaa 4582215  T
Q  170 ttggacaaattaagccattcaaaaccctccaaaacctttcccttgnnnnnnnaaaacttgcaaacaagg-gttaccact-------ccataagcctttcc 261  Q
    |||||||||| ||||| |||||||||| |||||||||||||||||       |||||| ||||||||||  ||||||||       |||| |||||||||    
T  4582214 ttggacaaataaagcccttcaaaaccccccaaaacctttcccttgtttttttaaaactcgcaaacaaggatttaccactccatgagccatgagcctttcc 4582115  T
Q  262 ttcccttcccctcccctccaaaat 285  Q
    ||||||||||||||||||||||||    
T  4582114 ttcccttcccctcccctccaaaat 4582091  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 87; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 70 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 28330113 - 28329912
Alignment:
Q  70 agtaaggtctaaaattggaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaannnnnnnnnnnnnnnnaatttgggggaactttaaaa 169  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||                ||||||||||||||||||||    
T  28330113 agtaatgtctaaaattggaattttgaattattaagagggcaaaattttcaatttgtatgtttaacccccc----------aatttgggggaactttaaaa 28330024  T
Q  170 ttggacaaattaagccattcaaaaccctccaaaacctttcccttgnnnnnnnaaaacttgcaaacaagggttaccactccataagcctttccttcccttc 269  Q
    |||||||||| ||||| |||||| ||| ||    ||| | |||||       |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28330023 ttggacaaatgaagcccttcaaacccccccc---cctatgccttgtttttttaaaactcgcaaacaagggttaccactccataagcctttccttcccttc 28329927  T
Q  270 ccctcccctccaaaa 284  Q
    |||||||||||||||    
T  28329926 ccctcccctccaaaa 28329912  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 87; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 70 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 28507749 - 28507548
Alignment:
Q  70 agtaaggtctaaaattggaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaannnnnnnnnnnnnnnnaatttgggggaactttaaaa 169  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||                ||||||||||||||||||||    
T  28507749 agtaatgtctaaaattggaattttgaattattaagagggcaaaattttcaatttgtatgtttaacccccc----------aatttgggggaactttaaaa 28507660  T
Q  170 ttggacaaattaagccattcaaaaccctccaaaacctttcccttgnnnnnnnaaaacttgcaaacaagggttaccactccataagcctttccttcccttc 269  Q
    |||||||||| ||||| |||||| ||| ||    ||| | |||||       |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28507659 ttggacaaatgaagcccttcaaacccccccc---cctatgccttgtttttttaaaactcgcaaacaagggttaccactccataagcctttccttcccttc 28507563  T
Q  270 ccctcccctccaaaa 284  Q
    |||||||||||||||    
T  28507562 ccctcccctccaaaa 28507548  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 70 - 285
Target Start/End: Complemental strand, 16802406 - 16802203
Alignment:
Q  70 agtaaggtctaaaattggaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaannnnnnnnnnnnnnnnaatttgggggaactttaaaa 169  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                || |||||||||||||||||    
T  16802406 agtaatgtctaaaattggaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaaccccc-----------aaattgggggaactttaaaa 16802318  T
Q  170 ttggacaaattaagccattcaaaaccctccaaaacctttcccttgnnnnnnnaaaacttgcaaacaagggttaccactccataagcctttccttcccttc 269  Q
    ||| |||||| ||||| |||||||||| |||||||||||||||||       ||||||  ||||||||||||  ||||||||||||| |||||| | ||     
T  16802317 ttgaacaaatgaagcccttcaaaaccccccaaaacctttcccttgtttttttaaaactcacaaacaagggtttacactccataagccgttcctttcgtt- 16802219  T
Q  270 ccctcccctccaaaat 285  Q
    ||||||||||||||||    
T  16802218 ccctcccctccaaaat 16802203  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 70; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 70 - 280
Target Start/End: Complemental strand, 29730740 - 29730533
Alignment:
Q  70 agtaaggtctaaaattggaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaannnnnnnnnnnnnnnnaatttgggggaactttaaaa 169  Q
    ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||                ||||||||||||||||||||    
T  29730740 agtaatgtctaaaattggaatttggaattattaagaggacaaaattgtcaatttatatgtttaaccccccaaaaccctccaatttgggggaactttaaaa 29730641  T
Q  170 ttggacaaattaagccattcaaaaccctcc-aaaacctttcccttgnnnnnnnaaaacttgcaaacaagggttaccactccataagcctttccttccctt 268  Q
    |||||||||    ||| |||||||||| || |||||||||||||||       |||||| |||||||||||||  |||||||||| | |||||||||| |    
T  29730640 ttggacaaa----gcccttcaaaacccccccaaaacctttcccttgtttttttaaaactcgcaaacaagggtttacactccataaacatttccttcccct 29730545  T
Q  269 cccctcccctcc 280  Q
    ||||||||||||    
T  29730544 cccctcccctcc 29730533  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 47; E-Value: 7e-18
Query Start/End: Original strand, 190 - 285
Target Start/End: Complemental strand, 25359747 - 25359652
Alignment:
Q  190 aaaaccctccaaaacctttcccttgnnnnnnnaaaacttgcaaacaagggttaccactccataagcctttccttcccttcccctcccctccaaaat 285  Q
    ||||||| |||||||||||||||||       ||||||  ||||||||||||  |||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  25359747 aaaaccccccaaaacctttcccttgattttttaaaactcacaaacaagggtttacacttcataagcctttcctttccttcccctcccctccaaaat 25359652  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 222 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 30800491 - 30800428
Alignment:
Q  222 aaaacttgcaaacaagggtt-accactccataagcctttccttcccttcccctcccctccaaaa 284  Q
    |||||||||||||||| ||| |||||| ||||||||||| ||| || |||||||||||||||||    
T  30800491 aaaacttgcaaacaagagtttaccactgcataagccttttctttccctcccctcccctccaaaa 30800428  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 70 - 103
Target Start/End: Complemental strand, 25359780 - 25359747
Alignment:
Q  70 agtaaggtctaaaattggaattttgaattattaa 103  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  25359780 agtaatgtctaaaattggaattttgaattattaa 25359747  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 128; Significance: 3e-66; HSPs: 24)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 128; E-Value: 3e-66
Query Start/End: Original strand, 70 - 285
Target Start/End: Original strand, 4606575 - 4606791
Alignment:
Q  70 agtaaggtctaaaattggaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaannnnnnnnnnnnnnnn-aatttgggggaactttaaa 168  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||                 |||||||||||||||||||    
T  4606575 agtaaggtctaaaattggaattttgagttattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaaccccccaaaaatcccccaatttgggggaactttaaa 4606674  T
Q  169 attggacaaattaagccattcaaaaccctccaaaacctttcccttgnnnnnnnaaaacttgcaaacaagggttaccactccataagcctttccttccctt 268  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4606675 attggacaaattaagcccttcaaaaccccccaaaacctttcccttgtatttttaaaacttgcaaacaagggttaccactccataagcctttccttccctt 4606774  T
Q  269 cccctcccctccaaaat 285  Q
    |||||||||||||||||    
T  4606775 cccctcccctccaaaat 4606791  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 120; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 70 - 285
Target Start/End: Complemental strand, 13276273 - 13276057
Alignment:
Q  70 agtaaggtctaaaattggaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaannnnnnnnnnnnnnnn-aatttgggggaactttaaa 168  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                 |||||||||||||||||||    
T  13276273 agtaaggtctaaaattgaaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaacccccccaaaaccctccaatttgggggaactttaaa 13276174  T
Q  169 attggacaaattaagccattcaaaaccctccaaaacctttcccttgnnnnnnnaaaacttgcaaacaagggttaccactccataagcctttccttccctt 268  Q
    |||||||||||||| || |||||||||| |||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  13276173 attggacaaattaaacccttcaaaaccccccaaaacctttcccttgtttttttaaaacttgcaaacaagggttaccactccataagcttttccttccctt 13276074  T
Q  269 cccctcccctccaaaat 285  Q
    |||||||||||||||||    
T  13276073 cccctcccctccaaaat 13276057  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 104; E-Value: 7e-52
Query Start/End: Original strand, 70 - 285
Target Start/End: Original strand, 31167508 - 31167730
Alignment:
Q  70 agtaaggtctaaaattggaattttgaattattaagagggcaaa-------attgtcaatttgtatgtttaannnnnnnnnnnnnnnnaatttgggggaac 162  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||                |||||||||||||    
T  31167508 agtaatgtctaaaattggaattttgaattattaagagggcaaagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaaccccccaaaaccccccaatttgggggaac 31167607  T
Q  163 tttaaaattggacaaattaagccattcaaaaccctccaaaacctttcccttgnnnnnnnaaaacttgcaaacaagggttaccactccataagcctttcct 262  Q
    ||||||||||||||||| ||||| |||||||||| ||||||| |||||||||       |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31167608 tttaaaattggacaaatgaagcccttcaaaaccccccaaaacatttcccttgtttttttaaaactcgcaaacaagggttaccactccataagcctttcct 31167707  T
Q  263 tcccttcccctcccctccaaaat 285  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  31167708 tcccttcccctcccctccaaaat 31167730  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 104; E-Value: 7e-52
Query Start/End: Original strand, 70 - 284
Target Start/End: Original strand, 52787639 - 52787855
Alignment:
Q  70 agtaaggtctaaaattggaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaannnnnnnnnnnnnnnnaatttgggggaactttaaaa 169  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                ||||||||||||||||||||    
T  52787639 agtaatgtctaaaattggaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaaccccccaaaacctcccaatttgggggaactttaaaa 52787738  T
Q  170 ttggacaaattaagccattcaaaaccctccaaaacctttccctt-gnnnnnnnaaaacttgcaaacaaggg-ttaccactccataagcctttccttccct 267  Q
    |||||||||| ||||| |||||||||| ||||||| |||||||| |       ||||||  |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  52787739 ttggacaaatgaagcccttcaaaaccccccaaaacatttcccttggtttttttaaaactcacaaacaagggtttaccactccataagcctttccttccct 52787838  T
Q  268 tcccctcccctccaaaa 284  Q
    |||||||||||||||||    
T  52787839 tcccctcccctccaaaa 52787855  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 104; E-Value: 7e-52
Query Start/End: Original strand, 70 - 284
Target Start/End: Original strand, 52793858 - 52794074
Alignment:
Q  70 agtaaggtctaaaattggaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaannnnnnnnnnnnnnnnaatttgggggaactttaaaa 169  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                ||||||||||||||||||||    
T  52793858 agtaatgtctaaaattggaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaaccccccaaaacctcccaatttgggggaactttaaaa 52793957  T
Q  170 ttggacaaattaagccattcaaaaccctccaaaacctttccctt-gnnnnnnnaaaacttgcaaacaaggg-ttaccactccataagcctttccttccct 267  Q
    |||||||||| ||||| |||||||||| ||||||| |||||||| |       ||||||  |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  52793958 ttggacaaatgaagcccttcaaaaccccccaaaacatttcccttggtttttttaaaactcacaaacaagggtttaccactccataagcctttccttccct 52794057  T
Q  268 tcccctcccctccaaaa 284  Q
    |||||||||||||||||    
T  52794058 tcccctcccctccaaaa 52794074  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 103; E-Value: 3e-51
Query Start/End: Original strand, 70 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 5331873 - 5331659
Alignment:
Q  70 agtaaggtctaaaattggaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaannnnnnnnnnnnnnnnaatttgggggaactttaaaa 169  Q
    ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||                ||||||||||||||||||||    
T  5331873 agtaatgtttaaaattggaattttgaattattaagagggcaaaattgtcattttgtatgtttaaccccccaaaaccccccaatttgggggaactttaaaa 5331774  T
Q  170 ttggacaaattaagccattcaaaaccctccaaaacctttcccttgnnnnnnnaaaacttgcaaacaaggg-ttaccactccataagcctttccttccctt 268  Q
    |||||||||| ||||| |||||||||| |||||||||||||||||       |||||| ||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||    
T  5331773 ttggacaaatgaagcccttcaaaaccccccaaaacctttcccttgtttttttaaaactcgcaaacaagggtttacca-tccataagcctttccttccctt 5331675  T
Q  269 cccctcccctccaaaa 284  Q
    ||||||||||||||||    
T  5331674 cccctcccctccaaaa 5331659  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 96; E-Value: 4e-47
Query Start/End: Original strand, 81 - 285
Target Start/End: Original strand, 13282256 - 13282460
Alignment:
Q  81 aaattggaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaannnnnnnnnnnnnnnnaatttgggggaactttaaaattggacaaatt 180  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||                ||||||||||||||||||||||||||||||     
T  13282256 aaattggaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatggttaatcccccaaaaccccccaatttgggggaactttaaaattggacaaatg 13282355  T
Q  181 aagccattcaaaaccctccaaaacctttcccttgnnnnnnnaaaacttgcaaacaagggttaccactccataagcctttccttcccttcccctcccctcc 280  Q
    ||||| |||||||||| |||||||||||||||||       |||||| ||||| |||||||  |||||||||||||||||||| |||||||||||||||     
T  13282356 aagcccttcaaaaccccccaaaacctttcccttgtttttttaaaactcgcaaataagggtttacactccataagcctttcctttccttcccctcccctct 13282455  T
Q  281 aaaat 285  Q
    |||||    
T  13282456 aaaat 13282460  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 70 - 284
Target Start/End: Original strand, 41720019 - 41720224
Alignment:
Q  70 agtaaggtctaaaattggaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaannnnnnnnnnnnnnnnaatttgggggaactttaaaa 169  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                ||||||||||||||||||||    
T  41720019 agtaatgtctaaaattggaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaacccccc----------aatttgggggaactttaaaa 41720108  T
Q  170 ttggacaaattaagccattcaaaaccctccaaaacctttcccttgnnnnnnnaaaacttgcaaacaag-ggttaccactccataagcctttccttccctt 268  Q
    || ||||||| ||||| |||||||||| |||||| ||||||||||       ||||||  |||||||| | ||||||||| |||||||||||||||||||    
T  41720109 ttagacaaatgaagcccttcaaaaccccccaaaatctttcccttgtttttttaaaactcacaaacaagagtttaccactctataagcctttccttccctt 41720208  T
Q  269 cccctcccctccaaaa 284  Q
     |||||||||||||||    
T  41720209 accctcccctccaaaa 41720224  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 87; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 70 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 7047987 - 7047773
Alignment:
Q  70 agtaaggtctaaaattggaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaannnnnnnnnnnnnnnnaatttgggggaactttaaaa 169  Q
    ||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||                ||||||||||||||||||||    
T  7047987 agtaatgtctgaaattggaattttgaattattaagaggacaaaattgtcaatttgtatgtttaaccccccaaaaccccccaatttgggggaactttaaaa 7047888  T
Q  170 ttggacaaattaagccattcaaaaccctccaaaacctttcccttgnnnnnnnaaaacttgcaaacaaggg-ttaccactccataagcctttccttccctt 268  Q
    |||| ||||| || || |||||||||| |||||||| ||||||||       |||||| ||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||    
T  7047887 ttgggcaaatgaaacccttcaaaaccccccaaaacccttcccttgtttttttaaaactcgcaaacaagggtttaccactccat-agcctttccttccctt 7047789  T
Q  269 cccctcccctccaaaa 284  Q
     |||||||||||||||    
T  7047788 tccctcccctccaaaa 7047773  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 76 - 266
Target Start/End: Original strand, 30760711 - 30760901
Alignment:
Q  76 gtctaaaattggaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaannnnnnnnnnnnnnnnaatttgggggaactttaaaattggac 175  Q
    ||||||||||| ||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||                |||||||| |||||||||||||||||    
T  30760711 gtctaaaattgaaattttgaattatcatgagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaaccccccaaaaccccccaatttgggagaactttaaaattggac 30760810  T
Q  176 aaattaagccattcaaaaccctccaaaacctttcccttgnnnnnnnaaaacttgcaaacaagggttaccactccataagcctttccttccc 266  Q
    |||||||||| |||||||||| ||||||| |||||||||       |||||| |||||||||||||  |||||||||||||||||||||||    
T  30760811 aaattaagcccttcaaaaccccccaaaacatttcccttgtttttttaaaactcgcaaacaagggtttacactccataagcctttccttccc 30760901  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 78; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 70 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 41284054 - 41283840
Alignment:
Q  70 agtaaggtctaaaattggaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaannnnnnnnnnnnnnnnaatttgggggaactttaaaa 169  Q
    ||||| ||||||| ||| ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||                ||||||||||||||||||||    
T  41284054 agtaatgtctaaatttgaaattttgaattattatgagggtaaaattgtcaatttgtatgtttaaccccctaaaatcctc-aatttgggggaactttaaaa 41283956  T
Q  170 ttggacaaattaagccattcaaaaccctccaaaacctttcccttgnnnnnnnaaaacttgcaaacaaggg-ttaccactccataagcctttccttccctt 268  Q
    |||||||||| ||||| |||||||||| ||||||||||||||||        |||||| ||| ||||||| |||||| |||||||| ||||||||||| |    
T  41283955 ttggacaaatgaagcccttcaaaaccccccaaaacctttcccttatttttttaaaactcgcagacaagggtttaccattccataagtctttccttcccct 41283856  T
Q  269 cccctcccctccaaaa 284  Q
    ||||||||||||||||    
T  41283855 cccctcccctccaaaa 41283840  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 64; E-Value: 5e-28
Query Start/End: Original strand, 150 - 285
Target Start/End: Original strand, 39233088 - 39233222
Alignment:
Q  150 aatttgggggaactttaaaattggacaaattaagccattcaaaaccctccaaaacctttcccttgnnnnnnnaaaacttgcaaacaaggg-ttaccactc 248  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| |||||||||| |||||||||||||| ||       ||||||  |||||||||| ||||| |||    
T  39233088 aatttgggggaactttaaaatttgacaaatgaagcccttcaaaaccc-ccaaaacctttccc-tggttttttaaaactctcaaacaagggtttacctctc 39233185  T
Q  249 cataagcctttccttcccttcccctcccctccaaaat 285  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  39233186 cataagcctttcctccccttcccctcccctccaaaat 39233222  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 81 - 241
Target Start/End: Original strand, 29453447 - 29453597
Alignment:
Q  81 aaattggaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaannnnnnnnnnnnnnnnaatttgggggaactttaaaattggacaaatt 180  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                ||||||||||||||||||||||||||||||     
T  29453447 aaattggaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaa----------ccccccaatttgggggaactttaaaattggacaaatg 29453536  T
Q  181 aagccattcaaaaccctccaaaacctttcccttgnnnnnnnaaaacttgcaaacaagggtt 241  Q
    ||||| |||||||||| | ||||| |||||||||       |||||| |||||||||||||    
T  29453537 aagcccttcaaaacccccaaaaacttttcccttgtttttttaaaactcgcaaacaagggtt 29453597  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 57; E-Value: 8e-24
Query Start/End: Original strand, 76 - 284
Target Start/End: Original strand, 19007617 - 19007825
Alignment:
Q  76 gtctaaaattggaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaannnnnnnnnnnnnnnnaatttgggggaactttaaaattggac 175  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||| |                ||||| ||||||||||||||||||||    
T  19007617 gtctaaaattggaattttgaattattatgacggcaaaattgtcaatttgtatgttt-agcccccaaaacccctcaatttcggggaactttaaaattggac 19007715  T
Q  176 aaattaagccattcaaaaccctccaaaacctttcccttgnnnnnnnaaaacttgcaaacaaggg-ttaccactccataagcctttccttcccttcccctc 274  Q
    |||| || || |||||||||| |  ||||||||||||||       ||| ||  |||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| | |||||    
T  19007716 aaatgaaacccttcaaaacccgctgaaacctttcccttgtttttttaaagctcccaaacaagggtttacctctccataagcctttccttcccctaccctc 19007815  T
Q  275 ccctccaaaa 284  Q
      ||||||||    
T  19007816 atctccaaaa 19007825  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 57; E-Value: 8e-24
Query Start/End: Original strand, 78 - 271
Target Start/End: Complemental strand, 55346834 - 55346642
Alignment:
Q  78 ctaaaattggaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaannnnnnnnnnnnnnnnaatttgggggaactttaaaattggacaa 177  Q
    ||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||                ||||||||||||||||||||||||||||    
T  55346834 ctaaaattgaaattttgaattattatgagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaa--ccccaaaacctcccaatttgggggaactttaaaattggacaa 55346737  T
Q  178 attaagccattcaaaaccctccaaaacctttcccttgnnnnnnnaaaacttgcaaacaag-ggttaccactccataagcctttccttcccttccc 271  Q
    || ||||| ||||| |||| ||||||||||||  |||       |||||| ||||||||| | ||||||||| |||||| ||| |||||| ||||    
T  55346736 atgaagcccttcaagaccccccaaaacctttcgtttgtttttttaaaactcgcaaacaagagtttaccactctataagcttttgcttcccctccc 55346642  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 51; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 70 - 214
Target Start/End: Complemental strand, 16865533 - 16865389
Alignment:
Q  70 agtaaggtctaaaattggaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatt--tgtatgtttaannnnnnnnnnnnnnnnaatttgggggaactttaa 167  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||  |||||| ||||                ||||||||||||||||||    
T  16865533 agtaatgtctaaaattggaattttgaattattatgagggcaaaattgtcaatttgtgtatggttaa-cccccaaaaccccccaatttgggggaactttaa 16865435  T
Q  168 aattggacaaattaagccattcaaaaccctccaaaacctttcccttg 214  Q
    |||||||||||| || || |||||||||| |||||||||||||||||    
T  16865434 aattggacaaatgaa-cccttcaaaaccccccaaaacctttcccttg 16865389  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 150 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 18096233 - 18096096
Alignment:
Q  150 aatttgggggaactttaaaattggacaaattaagccattcaaaaccctccaaaacctttcccttg--nnnnnnnaaaacttgcaaac-aagggttaccac 246  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| ||||| |||||||||||          ||||| |||||| |||| ||||| |    
T  18096233 aatttgggggaactttaaaattggacaaatgaagcccttcaaaaccccccaaatcctttcccttgttttttttttaaactcgcaaacaaaggtttacctc 18096134  T
Q  247 tccataagcctttccttcccttcccctcccctccaaaa 284  Q
    ||||||| |||||||||||| ||||  |||||||||||    
T  18096133 tccataaacctttccttcccctccctccccctccaaaa 18096096  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 76 - 133
Target Start/End: Complemental strand, 53251871 - 53251814
Alignment:
Q  76 gtctaaaattggaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaa 133  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||    
T  53251871 gtctaaaattggaattttgaattattatgatggcaaaattgtcaatttgtatgtttaa 53251814  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 70 - 133
Target Start/End: Complemental strand, 49846649 - 49846586
Alignment:
Q  70 agtaaggtctaaaattggaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaa 133  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| ||||    
T  49846649 agtaatgtctaaaattggaattttgaattattaagaggacaaaattgtcaatttatatgattaa 49846586  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 44; E-Value: 5e-16
Query Start/End: Original strand, 153 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 8406183 - 8406052
Alignment:
Q  153 ttgggggaactttaaaattggacaaattaagccattcaaaaccctccaaaacctttcccttgnnnnnnnaaaacttgcaaacaaggg-ttaccactccat 251  Q
    ||||||||||| |||||||||| ||||||| || |||||||||| ||||||||||||||||        ||||||  |||||||||| ||| |||| ||     
T  8406183 ttgggggaactctaaaattggataaattaaccccttcaaaaccccccaaaacctttcccttatttttttaaaactcacaaacaagggtttagcact-cac 8406085  T
Q  252 aagcctttccttcccttcccctcccctccaaaa 284  Q
    |||||||||||| || |||| ||||||||||||    
T  8406084 aagcctttcctttccctcccttcccctccaaaa 8406052  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #21
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 82 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 26413221 - 26413020
Alignment:
Q  82 aattggaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaannnnnnnnnnnnnnnnaatttgggggaactttaaaattggacaaatta 181  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||| ||||||||                ||||| |||||| |||||||||||||| || |    
T  26413221 aattggaattttgaattattatgagggcaaaattgt-aatttggatgtttaacgcccataaacccctcaattttggggaattttaaaattggacagatga 26413123  T
Q  182 agccattcaaaaccctccaaaacctttcccttgnnnnnnnaaaacttgcaaacaag-ggttaccactccataagcctttccttcccttcccctcccctcc 280  Q
    |||| ||||||| || |||||||||||| ||||       ||||||  |||||||| | ||||| |||||||| | |||||||||| || |||||| |||    
T  26413122 agcccttcaaaatcc-ccaaaacctttcacttgtttttttaaaactcacaaacaagagtttacctctccataatcatttccttcccctctcctcccatcc 26413024  T
Q  281 aaaa 284  Q
    ||||    
T  26413023 aaaa 26413020  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #22
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 82 - 133
Target Start/End: Original strand, 39233022 - 39233073
Alignment:
Q  82 aattggaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaa 133  Q
    ||||| ||||||||||||||| ||||  ||||||||||||||||||||||||    
T  39233022 aattgaaattttgaattattatgaggataaaattgtcaatttgtatgtttaa 39233073  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #23
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000007
Query Start/End: Original strand, 158 - 213
Target Start/End: Complemental strand, 49846571 - 49846517
Alignment:
Q  158 ggaactttaaaattggacaaattaagccattcaaaaccctccaaaacctttccctt 213  Q
    |||||||||||||||||||||| || || |||||||||| ||||||||||| ||||    
T  49846571 ggaactttaaaattggacaaatgaaacc-ttcaaaaccccccaaaaccttttcctt 49846517  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #24
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 104 - 133
Target Start/End: Complemental strand, 18096269 - 18096240
Alignment:
Q  104 gagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaa 133  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18096269 gagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaa 18096240  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 127; Significance: 1e-65; HSPs: 20)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 127; E-Value: 1e-65
Query Start/End: Original strand, 70 - 285
Target Start/End: Original strand, 2133679 - 2133894
Alignment:
Q  70 agtaaggtctaaaattggaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaannnnnnnnnnnnnnnnaatttgggggaactttaaaa 169  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||                ||||||||||||||||||||    
T  2133679 agtaaggtctaaaattggaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaattagtatgtttaaccccccaaaaccctccaatttgggggaactttaaaa 2133778  T
Q  170 ttggacaaattaagccattcaaaaccctccaaaacctttcccttgnnnnnnnaaaacttgcaaacaagggttaccactccataagcctttccttcccttc 269  Q
    ||||||||||||| || |||||||||| |||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2133779 ttggacaaattaaacccttcaaaaccccccaaaacctttcccttgtttttttaaaacttgcaaacaagggttaccactccataagcctttccttcccttc 2133878  T
Q  270 ccctcccctccaaaat 285  Q
    ||||||||| ||||||    
T  2133879 ccctccccttcaaaat 2133894  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 113; E-Value: 3e-57
Query Start/End: Original strand, 71 - 284
Target Start/End: Original strand, 9195499 - 9195712
Alignment:
Q  71 gtaaggtctaaaattggaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaannnnnnnnnnnnnnnnaatttgggggaactttaaaat 170  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                |||||||||||||||||||||    
T  9195499 gtaatgtctaaaattggaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaaccccccaaaaccccctaatttgggggaactttaaaat 9195598  T
Q  171 tggacaaattaagccattcaaaaccctccaaaacctttcccttgnnnnnnnaaaacttgcaaacaagggttaccactccataagcctttccttcccttcc 270  Q
    ||||||||| ||||| |||||||||| |||||||||||||||||       ||||||  ||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||    
T  9195599 tggacaaatgaagcccttcaaaaccccccaaaacctttcccttgtttttttaaaactcacaaacaagggtttacactccataagcctttccttcccttcc 9195698  T
Q  271 cctcccctccaaaa 284  Q
    ||||||||||||||    
T  9195699 cctcccctccaaaa 9195712  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 101; E-Value: 4e-50
Query Start/End: Original strand, 70 - 285
Target Start/End: Original strand, 26924826 - 26925043
Alignment:
Q  70 agtaaggtctaaaattggaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaannnnnnnnnnnnnnnn-aatttgggggaactttaaa 168  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                 |||||||||||||||||||    
T  26924826 agtaatgtctaaaattggaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaaccccccaaaaccctcccaatttgggggaactttaaa 26924925  T
Q  169 attggacaaattaagccattcaaaaccctccaaaacctttcccttgnnnnnnnaaaacttgcaaacaaggg-ttaccactccataagcctttccttccct 267  Q
    ||| ||||||| ||||| |||||||||| |||||||||||||||||       |||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||| ||||||    
T  26924926 atttgacaaatgaagcccttcaaaaccccccaaaacctttcccttgtttttttaaaactggcaaacaagggtttaccacttcataagcctttcattccct 26925025  T
Q  268 tcccctcccctccaaaat 285  Q
    ||||||||||||||||||    
T  26925026 tcccctcccctccaaaat 26925043  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 100; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 77 - 284
Target Start/End: Original strand, 27087847 - 27088055
Alignment:
Q  77 tctaaaattggaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaannnnnnnnnnnnnnnnaatttgggggaactttaaaattggaca 176  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                ||||| |||||||||||||||||||||    
T  27087847 tctaaaattggaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaaccccacaaaaccccccaattttggggaactttaaaattggaca 27087946  T
Q  177 aattaagccattcaaaaccctccaaaacctttcccttgnnnnnnnaaaacttgcaaacaaggg-ttaccactccataagcctttccttcccttcccctcc 275  Q
    ||| ||||| |||||||||| ||||||||||||||||        |||||| ||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||| |||||    
T  27087947 aatgaagcccttcaaaaccccccaaaacctttcccttatttttttaaaactcgcaaacaagggtttaccactccataagcttttccttcccttctcctcc 27088046  T
Q  276 cctccaaaa 284  Q
    |||||||||    
T  27088047 cctccaaaa 27088055  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 100; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 77 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 27190454 - 27190246
Alignment:
Q  77 tctaaaattggaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaannnnnnnnnnnnnnnnaatttgggggaactttaaaattggaca 176  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                ||||| |||||||||||||||||||||    
T  27190454 tctaaaattggaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaaccccacaaaaccccccaattttggggaactttaaaattggaca 27190355  T
Q  177 aattaagccattcaaaaccctccaaaacctttcccttgnnnnnnnaaaacttgcaaacaaggg-ttaccactccataagcctttccttcccttcccctcc 275  Q
    ||| ||||| |||||||||| ||||||||||||||||        |||||| ||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||| |||||    
T  27190354 aatgaagcccttcaaaaccccccaaaacctttcccttatttttttaaaactcgcaaacaagggtttaccactccataagcttttccttcccttctcctcc 27190255  T
Q  276 cctccaaaa 284  Q
    |||||||||    
T  27190254 cctccaaaa 27190246  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 100; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 70 - 285
Target Start/End: Original strand, 34381383 - 34381599
Alignment:
Q  70 agtaaggtctaaaattggaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaannnnnnnnnnnnnnnnaatttgggggaactttaaaa 169  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||                ||||||||||||||||||||    
T  34381383 agtaatgtctaaaattggaattttgaattattaagagggtaaaattgtcaatttgtatgtttaaccccccaaaaccctccaatttgggggaactttaaaa 34381482  T
Q  170 ttggacaaattaagccattcaaaaccctccaaaacctttcccttgnnnnnnnaaaacttgcaaac-aagggttaccactccataagcctttccttccctt 268  Q
    |||||||||| ||||| |||||||||| |||||||||||||||||       |||||| |||||| |||  |||||||||||||| ||||||||||||||    
T  34381483 ttggacaaatgaagcccttcaaaaccccccaaaacctttcccttgtttttttaaaactcgcaaacaaagatttaccactccataaacctttccttccctt 34381582  T
Q  269 cccctcccctccaaaat 285  Q
    |||||| ||||||||||    
T  34381583 cccctctcctccaaaat 34381599  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 99; E-Value: 7e-49
Query Start/End: Original strand, 70 - 284
Target Start/End: Original strand, 11564427 - 11564641
Alignment:
Q  70 agtaaggtctaaaattggaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaannnnnnnnnnnnnnnnaatttgggggaactttaaaa 169  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                ||||||||||||||||||||    
T  11564427 agtaatgtctaaaattggaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaaccccccaaaaccccccaatttgggggaactttaaaa 11564526  T
Q  170 ttggacaaattaagccattcaaaaccctccaaaacctttcccttgnnnnnnnaaaacttgcaaacaag-ggttaccactccataagcctttccttccctt 268  Q
    |||||||||| ||||| |||||||||| |||||| ||||||||||       |||||||||||||||| | |||||||||||| ||||||||||||| ||    
T  11564527 ttggacaaatgaagcccttcaaaaccccccaaaatctttcccttgtttttttaaaacttgcaaacaagagtttaccactccat-agcctttccttccgtt 11564625  T
Q  269 cccctcccctccaaaa 284  Q
    |||||||| |||||||    
T  11564626 cccctcccttccaaaa 11564641  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 70 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 20948550 - 20948336
Alignment:
Q  70 agtaaggtctaaaattggaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaannnnnnnnnnnnnnnnaatttgggggaactttaaaa 169  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||                |||||||||||| |||||||    
T  20948550 agtaatgtctaaaattggaattttgaattattatgagagcaaaattgtcaatttgtatgtttaaccccccaaaacctcccaatttgggggaattttaaaa 20948451  T
Q  170 ttggacaaattaagccattcaaaaccctccaaaacctttcccttgnnnnnnnaaaacttgcaaacaagggtt-accactccataagcctttccttccctt 268  Q
    |||||||||| ||||| |||||||||| |||||||||||||||||       |||||| |||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||    
T  20948450 ttggacaaatgaagcccttcaaaaccc-ccaaaacctttcccttgtttttttaaaactcgcaaacaaggatttaccactccataagcctttccttccctt 20948352  T
Q  269 cccctcccctccaaaa 284  Q
    ||| ||||||||||||    
T  20948351 cccttcccctccaaaa 20948336  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 87; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 70 - 273
Target Start/End: Original strand, 27749656 - 27749859
Alignment:
Q  70 agtaaggtctaaaattggaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaannnnnnnnnnnnnnnnaatttgggggaactttaaaa 169  Q
    ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                ||||| ||||||||||||||    
T  27749656 agtaatgtctaaaatttgaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaaccccccaaaaccccccaatttaggggaactttaaaa 27749755  T
Q  170 ttggacaaattaagccattcaaaaccctccaaaacctttcccttgnnnnnnnaaaacttgcaaacaagggttaccactccataagcctttccttcccttc 269  Q
    ||||| |||| || || |||||||||| ||||||| |||||||||       |||||| |||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||    
T  27749756 ttggataaatgaaacccttcaaaaccccccaaaacttttcccttgtttttttaaaactcgcaaacaagggtttacactccataagcctttccttcccttc 27749855  T
Q  270 ccct 273  Q
    ||||    
T  27749856 ccct 27749859  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 86; E-Value: 4e-41
Query Start/End: Original strand, 70 - 285
Target Start/End: Complemental strand, 48566138 - 48565924
Alignment:
Q  70 agtaaggtctaaaattggaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaannnnnnnnnnnnnnnnaatttgggggaactttaaaa 169  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                ||||||| | ||||||||||    
T  48566138 agtaatgtctaaaattggaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaa-tcccccaaaacccccaatttggagaaactttaaaa 48566040  T
Q  170 ttggacaaattaagccattcaaaaccctccaaaacctttcccttgnnnnnnnaaaacttgcaaacaagggttaccactccataagcctttccttcccttc 269  Q
    |||||||||| ||||| |||||||||| ||||||| ||||||||        ||||||  ||||||||||||  |||||||||||||||| ||| |||||    
T  48566039 ttggacaaatgaagcccttcaaaaccccccaaaacttttcccttatttttttaaaactcacaaacaagggtttacactccataagccttttcttaccttc 48565940  T
Q  270 ccctcccctccaaaat 285  Q
    ||||||||||||||||    
T  48565939 ccctcccctccaaaat 48565924  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 78; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 70 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 44279456 - 44279242
Alignment:
Q  70 agtaaggtctaaaattggaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaannnnnnnnnnnnnnnnaatttgggggaactttaaaa 169  Q
    ||||| |||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||                ||||||||||||||||||||    
T  44279456 agtaatgtctaaaattagaattttgaattattatgagggcaaaattgtcaatttatatgtttaacccccaaaacccccc-aatttgggggaactttaaaa 44279358  T
Q  170 ttggacaaattaagccattcaaaaccctccaaaacctttcccttgnnnnnnnaaaacttgcaaacaaggg-ttaccactccataagcctttccttccctt 268  Q
    |||||||||| ||||| ||||||| || ||||||||||||| |||       |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |    
T  44279357 ttggacaaatgaagcccttcaaaatcccccaaaacctttcctttgtttttttaaaactcgcaaacaagggtttaccactccataagcctttccttcccct 44279258  T
Q  269 cccctcccctccaaaa 284  Q
    ||| | |||| |||||    
T  44279257 ccctttcccttcaaaa 44279242  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 75; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 70 - 285
Target Start/End: Original strand, 40667115 - 40667337
Alignment:
Q  70 agtaaggtctaaaattggaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaannnnnnnnnnnnnnnn------aatttgggggaact 163  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||                      ||||||||||||||    
T  40667115 agtaatgtctaaaattggaattttgaattattataagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaaccctccaaacccccccccccccaatttgggggaact 40667214  T
Q  164 ttaaaattggacaaattaagccattcaaaaccctccaaaacctttcccttgnnnnnnnaaaacttgcaaacaaggg-ttaccactccataagcctttcct 262  Q
    |||||||| ||||||| ||||| |||||||||  |||||||||||||||||       |||||| ||||||||||| ||||||||||||||| |||||||    
T  40667215 ttaaaatttgacaaatgaagcccttcaaaacctcccaaaacctttcccttgttttgttaaaactcgcaaacaagggtttaccactccataagtctttcct 40667314  T
Q  263 tcccttcccctcccctccaaaat 285  Q
    || |||||| |||||||||||||    
T  40667315 tctcttcccttcccctccaaaat 40667337  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 62; E-Value: 8e-27
Query Start/End: Original strand, 70 - 183
Target Start/End: Complemental strand, 20537152 - 20537039
Alignment:
Q  70 agtaaggtctaaaattggaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaannnnnnnnnnnnnnnnaatttgggggaactttaaaa 169  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                ||||||||||||||||||||    
T  20537152 agtaaggtctaaaattgaaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaaccccccaaaaccccccaatttgggggaactttaaaa 20537053  T
Q  170 ttggacaaattaag 183  Q
    ||||||||||||||    
T  20537052 ttggacaaattaag 20537039  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 82 - 285
Target Start/End: Complemental strand, 38189861 - 38189659
Alignment:
Q  82 aattggaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaannnnnnnnnnnnnnnnaatttgggggaactttaaaattggacaaatta 181  Q
    |||||||||||||||||| || |||| ||||||| |||||||||||||||||                ||||||||| |||||||||||||||||||| |    
T  38189861 aattggaattttgaattagtatgaggacaaaattatcaatttgtatgtttaacctcccaaaatcccccaatttgggg-aactttaaaattggacaaatga 38189763  T
Q  182 agccattcaaaaccctccaaaacctttcccttgnnnnnnnaaaacttgcaaacaaggg-ttaccactccataagcctttccttcccttcccctcccctcc 280  Q
    |||| ||| |||||| ||||||||||||| |||       |||||||||||||||||| ||||| |||||||||| |||||||  | |||||||||||||    
T  38189762 agcccttc-aaaccccccaaaacctttcctttgtttgtttaaaacttgcaaacaagggtttacctctccataagcatttccttatcctcccctcccctcc 38189664  T
Q  281 aaaat 285  Q
    |||||    
T  38189663 aaaat 38189659  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 52; E-Value: 8e-21
Query Start/End: Original strand, 77 - 283
Target Start/End: Complemental strand, 221956 - 221749
Alignment:
Q  77 tctaaaattggaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaannnnnnnnnnnnnnnnaatttgggggaactttaaaattg-gac 175  Q
    |||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||                ||||||  |||| ||||||||||  ||    
T  221956 tctaaaattggaattttgaattatgacgagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaaccccccaaaatcccccaatttgaaggaa-tttaaaattgttac 221858  T
Q  176 aaattaagccattcaaaaccctccaaaacctttcccttgnnnnnnnaaaacttgcaaacaag-ggttaccactccataagcctttccttcccttcccctc 274  Q
    |||||||| | |||||||||| ||||||| | |||||||       ||||||||||||||||   ||||||||||| ||||||||||||||| | ||||     
T  221857 aaattaagaccttcaaaaccccccaaaacttatcccttgtttttttaaaacttgcaaacaagaatttaccactccacaagcctttccttccccttccctt 221758  T
Q  275 ccctccaaa 283  Q
    |||||||||    
T  221757 ccctccaaa 221749  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 52; E-Value: 8e-21
Query Start/End: Original strand, 70 - 133
Target Start/End: Complemental strand, 33154187 - 33154124
Alignment:
Q  70 agtaaggtctaaaattggaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaa 133  Q
    ||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  33154187 agtaatgtctaaaattagaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatatttaa 33154124  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 52; E-Value: 8e-21
Query Start/End: Original strand, 153 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 37567959 - 37567828
Alignment:
Q  153 ttgggggaactttaaaattggacaaattaagccattcaaaaccctccaaaacctttcccttgnnnnnnnaaaacttgcaaacaaggg-ttaccactccat 251  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||| || |||||||||| |||||||||||||||||       ||||||  |||||||||| ||| |||| ||     
T  37567959 ttgggggaactctaaaattggacaaattaaccccttcaaaaccccccaaaacctttcccttgtttttttaaaactcacaaacaagggtttagcact-cac 37567861  T
Q  252 aagcctttccttcccttcccctcccctccaaaa 284  Q
    || ||||||||| || |||||||||||||||||    
T  37567860 aaacctttcctttccctcccctcccctccaaaa 37567828  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000007
Query Start/End: Original strand, 82 - 196
Target Start/End: Complemental strand, 26642659 - 26642546
Alignment:
Q  82 aattggaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaannnnnnnnnnnnnnnnaatttgggggaactttaaaattggacaaatta 181  Q
    ||||| ||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||                |||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  26642659 aattgaaattttgaattattatgaggacaaaattgtcaatttgtatgtttaa-cccccaaaacctctcaatttgggggaactttaaaattggacaaatga 26642561  T
Q  182 agccattcaaaaccc 196  Q
    |||| ||||||||||    
T  26642560 agcccttcaaaaccc 26642546  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #19
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000007
Query Start/End: Original strand, 150 - 213
Target Start/End: Complemental strand, 24139137 - 24139074
Alignment:
Q  150 aatttgggggaactttaaaattggacaaattaagccattcaaaaccctccaaaacctttccctt 213  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||| || || || |||| || ||||||| ||||||||    
T  24139137 aatttgtgggaactttaaaattggacaaatgaatccctttaaaaacccccaaaacttttccctt 24139074  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #20
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000007
Query Start/End: Original strand, 82 - 133
Target Start/End: Complemental strand, 24139465 - 24139414
Alignment:
Q  82 aattggaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaa 133  Q
    ||||||||||||||||||||| || || | |||| |||||||||||||||||    
T  24139465 aattggaattttgaattattatgaaggaacaattatcaatttgtatgtttaa 24139414  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 127; Significance: 1e-65; HSPs: 13)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 127; E-Value: 1e-65
Query Start/End: Original strand, 70 - 285
Target Start/End: Original strand, 24077360 - 24077575
Alignment:
Q  70 agtaaggtctaaaattggaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaannnnnnnnnnnnnnnnaatttgggggaactttaaaa 169  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                ||||||||||||||||||||    
T  24077360 agtaatgtctaaaattggaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaaccccccaaaaccccccaatttgggggaactttaaaa 24077459  T
Q  170 ttggacaaattaagccattcaaaaccctccaaaacctttcccttgnnnnnnnaaaacttgcaaacaagggttaccactccataagcctttccttcccttc 269  Q
    |||||||||| ||||| |||||||||| |||||||||||||||||       |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24077460 ttggacaaatgaagcccttcaaaaccccccaaaacctttcccttgtttttgtaaaactcgcaaacaagggttaccactccataagcctttccttcccttc 24077559  T
Q  270 ccctcccctccaaaat 285  Q
    ||||||||||||||||    
T  24077560 ccctcccctccaaaat 24077575  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 112; E-Value: 1e-56
Query Start/End: Original strand, 70 - 285
Target Start/End: Complemental strand, 6618578 - 6618362
Alignment:
Q  70 agtaaggtctaaaattggaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaannnnnnnnnnnnnnnnaatttgggggaactttaaaa 169  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                ||||||||||||||||||||    
T  6618578 agtaatgtctaaaattggaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaactccccaaaaccctccaatttgggggaactttaaaa 6618479  T
Q  170 ttggacaaattaagccattcaaaaccctccaaaacctttcccttgnnnnnnnaaaacttgcaaacaaggg-ttaccactccataagcctttccttccctt 268  Q
    |||||||||| ||||| |||||||||| |||||||||||||||||       |||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||    
T  6618478 ttggacaaatgaagcccttcaaaaccccccaaaacctttcccttgtttttttaaaactcgcaaacaagggtttaccactccataaacctttccttccctt 6618379  T
Q  269 cccctcccctccaaaat 285  Q
     ||||||||||||||||    
T  6618378 tccctcccctccaaaat 6618362  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 89; E-Value: 6e-43
Query Start/End: Original strand, 78 - 280
Target Start/End: Original strand, 23101651 - 23101852
Alignment:
Q  78 ctaaaattggaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaannnnnnnnnnnnnnnnaatttgggggaactttaaaattggacaa 177  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||                ||||| |||||| |||||||||||||||    
T  23101651 ctaaaattggaattttgaattattaagaggacaaaattgtcaatttgtatgtttaa-cccccaaaaccccccaatttaggggaattttaaaattggacaa 23101749  T
Q  178 attaagccattcaaaaccctccaaaacctttcccttgnnnnnnnaaaacttgcaaacaagggttaccactccataagcctttccttcccttcccctcccc 277  Q
    || ||| | |||||||||| ||||||||||||||||        |||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23101750 atgaagtccttcaaaacccgccaaaacctttcccttatttttttaaaactcgcaaacaaggtttaccactccataagcctttccttcccttcccctcccc 23101849  T
Q  278 tcc 280  Q
    |||    
T  23101850 tcc 23101852  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 88; E-Value: 3e-42
Query Start/End: Original strand, 70 - 275
Target Start/End: Complemental strand, 8807334 - 8807130
Alignment:
Q  70 agtaaggtctaaaattggaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaannnnnnnnnnnnnnnnaatttgggggaactttaaaa 169  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                ||||||||||||||||||||    
T  8807334 agtaatgtctaaaattggaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaacccccaaaacccccc-aatttgggggaactttaaaa 8807236  T
Q  170 ttggacaaattaagccattcaaaaccctccaaaacctttcccttgnnnnnnnaaaacttgcaaacaagggttaccactccataagcctttccttcccttc 269  Q
    || ||||||| ||||| |||||||||  |||||||||||||||||       |||||| |||||||||| ||   |||||||||||||||||||||||||    
T  8807235 tttgacaaatgaagcccttcaaaaccgcccaaaacctttcccttgtttttttaaaactcgcaaacaaggattttaactccataagcctttccttcccttc 8807136  T
Q  270 ccctcc 275  Q
    ||||||    
T  8807135 ccctcc 8807130  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 84; E-Value: 6e-40
Query Start/End: Original strand, 70 - 285
Target Start/End: Complemental strand, 6920783 - 6920567
Alignment:
Q  70 agtaaggtctaaaattggaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaannnnnnnnnnnnnnnnaatttgggggaactttaaaa 169  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                ||||||||||||||||||||    
T  6920783 agtaatgtctaaaattggaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaa-ccccccaaaacccccaatttgggggaactttaaaa 6920685  T
Q  170 ttggacaaattaagccattcaaaaccctccaaaacctttccc-ttgnnnnnnnaaaacttgcaaacaagg-gttaccactccataagcctttccttccct 267  Q
    |||||||||| ||||| ||||||||||  ||||||||||||| |||       ||||||  |||||||||  |||||||||||||||||||||||||| |    
T  6920684 ttggacaaatgaagcccttcaaaacccctcaaaacctttccctttgtttttttaaaactcacaaacaaggatttaccactccataagcctttccttccat 6920585  T
Q  268 tcccctcccctccaaaat 285  Q
    ||| ||||||| ||||||    
T  6920584 tcctctccccttcaaaat 6920567  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 71; E-Value: 4e-32
Query Start/End: Original strand, 70 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 42379477 - 42379258
Alignment:
Q  70 agtaaggtctaaaattggaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaannnnnnnnnnnnnnnnaatttgggggaactttaaaa 169  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||                ||||||||||||||||||||    
T  42379477 agtaatgtctaaaattggaattttgaattattaagagggcaaaattggtaatttgtatgtttaa-cccccaaaaccccctaatttgggggaactttaaaa 42379379  T
Q  170 ttggacaaattaagccattcaaaa-----ccctccaaaacctttcccttgnnnnnnnaaaacttgcaaacaagg-gttaccactccataagcctttcctt 263  Q
    |||||||||| ||||  |||||||     ||| |||||| ||||||||||       ||||||  |||||||||  |||||||||||||| |||||||||    
T  42379378 ttggacaaatgaagctcttcaaaacccccccccccaaaatctttcccttgtttttttaaaactcacaaacaaggatttaccactccataaacctttcctt 42379279  T
Q  264 cccttcccctcccctccaaaa 284  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  42379278 cccttcccctcccctccaaaa 42379258  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 52; E-Value: 8e-21
Query Start/End: Original strand, 70 - 213
Target Start/End: Original strand, 19520952 - 19521095
Alignment:
Q  70 agtaaggtctaaaattggaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaannnnnnnnnnnnnnnnaatttgggggaactttaaaa 169  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||                ||||| |||||| |||||||    
T  19520952 agtaatgtctaaaattggaattttgaattattatgaaggcaaaattgtcaatttatatgtttaaccctctaaaacctcccaatttaggggaattttaaaa 19521051  T
Q  170 ttggacaaattaagccattcaaaaccctccaaaacctttccctt 213  Q
    |||||||||| || || |||||||||| |||||| |||||||||    
T  19521052 ttggacaaatgaatcccttcaaaaccccccaaaatctttccctt 19521095  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 234 - 285
Target Start/End: Original strand, 10378111 - 10378162
Alignment:
Q  234 caagggttaccactccataagcctttccttcccttcccctcccctccaaaat 285  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  10378111 caagggttaccactccataagcctttccttcccttcccttcccctccaaaat 10378162  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 153 - 284
Target Start/End: Original strand, 37505153 - 37505284
Alignment:
Q  153 ttgggggaactttaaaattggacaaattaagccattcaaaaccctccaaaacctttcccttgnnnnnnnaaaacttgcaaacaaggg-ttaccactccat 251  Q
    ||||||||||| |||||||||| ||||||| || |||||||||| ||||||||||||||||        ||||||  |||||||||| ||| |||| ||     
T  37505153 ttgggggaactctaaaattggataaattaaccccttcaaaaccccccaaaacctttcccttatttttttaaaactcacaaacaagggtttagcact-cac 37505251  T
Q  252 aagcctttccttcccttcccctcccctccaaaa 284  Q
    ||||||||||||||| |||| ||||||||||||    
T  37505252 aagcctttccttcccctcccttcccctccaaaa 37505284  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 240 - 285
Target Start/End: Original strand, 10378064 - 10378109
Alignment:
Q  240 ttaccactccataagcctttccttcccttcccctcccctccaaaat 285  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  10378064 ttacgactccataagcctttccttcccttcccttcccctccaaaat 10378109  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 91 - 133
Target Start/End: Original strand, 26250992 - 26251034
Alignment:
Q  91 tttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaa 133  Q
    |||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  26250992 tttgaattattatgaggggaaaattgtcaatttgtatgtttaa 26251034  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 89 - 133
Target Start/End: Complemental strand, 26246694 - 26246650
Alignment:
Q  89 attttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaa 133  Q
    |||||||||||||| ||||  ||||||||||||||||||||||||    
T  26246694 attttgaattattatgaggataaaattgtcaatttgtatgtttaa 26246650  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 240 - 284
Target Start/End: Original strand, 29692065 - 29692109
Alignment:
Q  240 ttaccactccataagcctttccttcccttcccctcccctccaaaa 284  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||    
T  29692065 ttacctctccataagcctttccttcccttcccttcccttccaaaa 29692109  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 127; Significance: 1e-65; HSPs: 32)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 127; E-Value: 1e-65
Query Start/End: Original strand, 70 - 285
Target Start/End: Original strand, 8087718 - 8087933
Alignment:
Q  70 agtaaggtctaaaattggaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaannnnnnnnnnnnnnnnaatttgggggaactttaaaa 169  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                ||||||||||||||||||||    
T  8087718 agtaaggtctaaaattggaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaaccccccaaaaccccccaatttgggggaactttaaaa 8087817  T
Q  170 ttggacaaattaagccattcaaaaccctccaaaacctttcccttgnnnnnnnaaaacttgcaaacaagggttaccactccataagcctttccttcccttc 269  Q
    |||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||| |||       ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  8087818 ttggacaaattaagcccttcaaaaccccccaaaacctttcctttgtttttttaaaacttacaaacaagggttaccactccataagcctttcctttccttc 8087917  T
Q  270 ccctcccctccaaaat 285  Q
    ||||||||||||||||    
T  8087918 ccctcccctccaaaat 8087933  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 70 - 285
Target Start/End: Original strand, 22459948 - 22460163
Alignment:
Q  70 agtaaggtctaaaattggaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaannnnnnnnnnnnnnnnaatttgggggaactttaaaa 169  Q
    ||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||                ||||||||||||||||||||    
T  22459948 agtaatgtctaaaattggaatttagatttattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaaccccccaaaaccccccaatttgggggaactttaaaa 22460047  T
Q  170 ttggacaaattaagccattcaaaaccctccaaaacctttcccttgnnnnnnnaaaacttgcaaacaagggttaccactccataagcctttccttcccttc 269  Q
    |||||||||| ||||| |||||||||| |||||||||||||||||       |||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  22460048 ttggacaaatgaagcccttcaaaaccccccaaaacctttcccttgtttttttaaaactcgcaaacaagggttaccactccataagtctttccttcccttc 22460147  T
Q  270 ccctcccctccaaaat 285  Q
    ||||||||||||||||    
T  22460148 ccctcccctccaaaat 22460163  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 107; E-Value: 1e-53
Query Start/End: Original strand, 70 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 40631113 - 40630898
Alignment:
Q  70 agtaaggtctaaaattggaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaannnnnnnnnnnnnnnnaatttgggggaactttaaaa 169  Q
    ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                ||||||||||||||||||||    
T  40631113 agtaatgtctaaaattgaaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaaccccccaaaaccccccaatttgggggaactttaaaa 40631014  T
Q  170 ttggacaaattaagccattcaaaaccctccaaaacctttcccttg-nnnnnnnaaaacttgcaaacaagggttaccactccataagcctttccttccctt 268  Q
    |||||||||| ||||| |||||||||| |||||||||||||||||        ||||||| ||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||    
T  40631013 ttggacaaatgaagcccttcaaaaccccccaaaacctttcccttgttttttttaaaacttacaaacaagggtttacactccataagcctttccttccctt 40630914  T
Q  269 cccctcccctccaaaa 284  Q
    ||||||||||||||||    
T  40630913 cccctcccctccaaaa 40630898  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 106; E-Value: 5e-53
Query Start/End: Original strand, 70 - 284
Target Start/End: Original strand, 44234607 - 44234811
Alignment:
Q  70 agtaaggtctaaaattggaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaannnnnnnnnnnnnnnnaatttgggggaactttaaaa 169  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                ||||||||||||||||||||    
T  44234607 agtaatgtctaaaattggaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaaccccc-----------aatttgggggaactttaaaa 44234695  T
Q  170 ttggacaaattaagccattcaaaaccctccaaaacctttcccttgnnnnnnnaaaacttgcaaac-aagggttaccactccataagcctttccttccctt 268  Q
    |||||||||| ||||| |||||||||| || ||||||||||||||       |||||| |||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  44234696 ttggacaaatgaagcccttcaaaacccccctaaacctttcccttgtttttttaaaactcgcaaacaaaggtttaccactccataagcctttccttccctt 44234795  T
Q  269 cccctcccctccaaaa 284  Q
    ||||||||||||||||    
T  44234796 cccctcccctccaaaa 44234811  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 101; E-Value: 4e-50
Query Start/End: Original strand, 70 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 29351164 - 29350960
Alignment:
Q  70 agtaaggtctaaaattggaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaannnnnnnnnnnnnnnnaatttgggggaactttaaaa 169  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                |||||||||||||||| |||    
T  29351164 agtaatgtctaaaattggaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaaccccct----------aatttgggggaactttcaaa 29351075  T
Q  170 ttggacaaattaagccattcaaaaccctccaaaacctttcccttgnnnnnnnaaaacttgcaaacaagggttaccactccataagcctttccttcccttc 269  Q
    |||||||||| ||| | |||||||||| |||||||||||||||||       ||||||  ||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||    
T  29351074 ttggacaaatgaagtccttcaaaaccccccaaaacctttcccttgtttttttaaaactcacaaacaagggtttacactccataagcctttccttcccttc 29350975  T
Q  270 ccctcccctccaaaa 284  Q
    |||||||||||||||    
T  29350974 ccctcccctccaaaa 29350960  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 99; E-Value: 7e-49
Query Start/End: Original strand, 70 - 284
Target Start/End: Original strand, 7315282 - 7315496
Alignment:
Q  70 agtaaggtctaaaattggaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaannnnnnnnnnnnnnnnaatttgggggaactttaaaa 169  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                ||||||||||||||||||||    
T  7315282 agtaatgtctaaaattggaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaaccccccaaaaccccccaatttgggggaactttaaaa 7315381  T
Q  170 ttggacaaattaagccattcaaaaccctccaaaacctttcccttgnnnnnnnaaaacttgcaaacaaggg-ttaccactccataagcctttccttccctt 268  Q
    |||||||||| ||||| |||||||||| |||||||||||||||||       ||||||  |||||||||| |||||||||| ||| | ||||||||||||    
T  7315382 ttggacaaatgaagcccttcaaaaccccccaaaacctttcccttgtttttttaaaactcacaaacaagggtttaccactcc-taaacgtttccttccctt 7315480  T
Q  269 cccctcccctccaaaa 284  Q
    ||||||||||||||||    
T  7315481 cccctcccctccaaaa 7315496  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 96; E-Value: 4e-47
Query Start/End: Original strand, 70 - 285
Target Start/End: Original strand, 7882399 - 7882615
Alignment:
Q  70 agtaaggtctaaaattggaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaannnnnnnnnnnnnnnnaatttgggggaactttaaaa 169  Q
    ||||| || |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||                |||||| |||||||||||||    
T  7882399 agtaatgtataaaattggaattttgaattattaagagagcaaaattgtcaatttgtatgtttaaccccccaaaaccccccaatttgagggaactttaaaa 7882498  T
Q  170 ttggacaaattaagccattcaaaaccctccaaaacctttcccttgnnnnnnnaaaacttgcaaacaagggtt-accactccataagcctttccttccctt 268  Q
    |||||||||| ||||| |||||||||| ||||||||||||| |||       ||||||  |||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  7882499 ttggacaaatgaagcccttcaaaaccccccaaaacctttcctttgtttttttaaaactcacaaacaagagtttaccactccataagcctttccttccctt 7882598  T
Q  269 cccctcccctccaaaat 285  Q
    |||||||||||||||||    
T  7882599 cccctcccctccaaaat 7882615  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 70 - 280
Target Start/End: Complemental strand, 9390452 - 9390241
Alignment:
Q  70 agtaaggtctaaaattggaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaannnnnnnnnnnnnnnnaatttgggggaactttaaaa 169  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                ||||||||||||||||||||    
T  9390452 agtaatgtctaaaattggaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaaccccccaaaatcccccaatttgggggaactttaaaa 9390353  T
Q  170 ttggacaaattaagccattcaaaaccctccaaaacctttcccttgnnnnnnnaaaacttgcaaacaaggg-ttaccactccataagcctttccttccctt 268  Q
    |||||||||| ||||| |||||||||| ||||||| |||||||||       |||||| ||||||||||| ||||||||| |||| ||||| ||||||||    
T  9390352 ttggacaaatgaagcccttcaaaaccccccaaaacatttcccttgtttttttaaaactcgcaaacaagggtttaccactcaataaacctttacttccctt 9390253  T
Q  269 cccctcccctcc 280  Q
    ||| ||||||||    
T  9390252 cccttcccctcc 9390241  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 93; E-Value: 3e-45
Query Start/End: Original strand, 70 - 275
Target Start/End: Complemental strand, 28510609 - 28510404
Alignment:
Q  70 agtaaggtctaaaattggaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaannnnnnnnnnnnnnnnaatttgggggaactttaaaa 169  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||                ||||||||||||||||||||    
T  28510609 agtaatgtctaaaattggaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttatatgtttaaccttcaaaacccccc-aatttgggggaactttaaaa 28510511  T
Q  170 ttggacaaattaagccattcaaaaccctccaaaacctttcccttgnnnnnnnaaaacttgcaaacaaggg-ttaccactccataagcctttccttccctt 268  Q
    |||||||||| ||||| |||||||||| ||||||| |||||||||       |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |    
T  28510510 ttggacaaatgaagcccttcaaaaccccccaaaacatttcccttgattttttaaaactcgcaaacaagggtttaccactccataagcctttccttcccct 28510411  T
Q  269 cccctcc 275  Q
    |||||||    
T  28510410 cccctcc 28510404  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 93; E-Value: 3e-45
Query Start/End: Original strand, 70 - 285
Target Start/End: Original strand, 56208209 - 56208421
Alignment:
Q  70 agtaaggtctaaaattggaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaannnnnnnnnnnnnnnnaatttgggggaactttaaaa 169  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||                ||||||| ||||||||||||    
T  56208209 agtaatgtctaaaattggaattttgaatta---agagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaaccccccaaaatcccccaatttggaggaactttaaaa 56208305  T
Q  170 ttggacaaattaagccattcaaaaccctccaaaacctttcccttgnnnnnnnaaaacttgcaaacaagggttaccactccataagcctttccttcccttc 269  Q
    |||||||||| ||||| |||||||||| |||||||||||||||||       |||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||    
T  56208306 ttggacaaatgaagcccttcaaaaccccccaaaacctttcccttgtatttttaaaactcgcaaacaagggttaccactccataaacctttcattcccttc 56208405  T
Q  270 ccctcccctccaaaat 285  Q
    || |||||| ||||||    
T  56208406 ccttccccttcaaaat 56208421  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 89; E-Value: 6e-43
Query Start/End: Original strand, 70 - 275
Target Start/End: Original strand, 12689537 - 12689733
Alignment:
Q  70 agtaaggtctaaaattggaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaannnnnnnnnnnnnnnnaatttgggggaactttaaaa 169  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||                ||||||||||||||||||||    
T  12689537 agtaatgtctaaaattggaattttgaattattaagagggcaaaatcgtcaatttgtatgtttaacccctc----------aatttgggggaactttaaaa 12689626  T
Q  170 ttggacaaattaagccattcaaaaccctccaaaacctttcccttgnnnnnnnaaaacttgcaaacaaggg-ttaccactccataagcctttccttccctt 268  Q
    |||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||       |||||| ||||||||||| ||||||||| |||| | ||||||||||||    
T  12689627 ttggacaaatgaagcctttcaaaaccctccaaaatctttcccttgtttttttaaaactcgcaaacaagggtttaccactcaataaacatttccttccctt 12689726  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 85; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 70 - 270
Target Start/End: Original strand, 3006165 - 3006366
Alignment:
Q  70 agtaaggtctaaaattggaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaannnnnnnnnnnnnnnnaatttgggggaactttaaaa 169  Q
    ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                ||||||||||||||||||||    
T  3006165 agtaatgtctaaaatttgaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaacccctcaaaaccccccaatttgggggaactttaaaa 3006264  T
Q  170 ttggacaaattaagccattcaaaaccctccaaaacctttcccttgnnnnnnnaaaacttgcaaacaaggg-ttaccactccataagcctttccttccctt 268  Q
    |||||||||| ||||| ||||||||||| |||||| |||||||||       |||| |  |||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||    
T  3006265 ttggacaaatgaagcccttcaaaacccttcaaaacatttcccttgtttttttaaaattcacaaacaagggtttaccactccataagcctttcctttcctt 3006364  T
Q  269 cc 270  Q
    ||    
T  3006365 cc 3006366  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 78; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 70 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 36968632 - 36968427
Alignment:
Q  70 agtaaggtctaaaattggaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaannnnnnnnnnnnnnnnaatttgggggaactttaaaa 169  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||                ||||||||| ||||||||||    
T  36968632 agtaatgtctaaaattggaattttgaattattaagaggacaaaattgtcaatttgtatgtttaacccccc----------aatttggggaaactttaaaa 36968543  T
Q  170 ttggacaaattaagccattcaaaaccctccaaaacctttcccttgnnnnnnnaaaacttgcaaacaagggtt-accactccataagcctttccttccctt 268  Q
    |||||||||  ||||| |||||| ||| | |||||||||||| ||       |||||| |||||||| |||| |||| || |||||||||||||||||||    
T  36968542 ttggacaaacgaagcccttcaaagcccccaaaaacctttcccatgtttttttaaaactcgcaaacaatggtttaccattcaataagcctttccttccctt 36968443  T
Q  269 cccctcccctccaaaa 284  Q
    ||||||||||||||||    
T  36968442 cccctcccctccaaaa 36968427  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 75; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 70 - 285
Target Start/End: Complemental strand, 31989741 - 31989531
Alignment:
Q  70 agtaaggtctaaaattggaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaannnnnnnnnnnnnnnnaatttgggggaactttaaaa 169  Q
    ||||| |||||||| ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||                ||||||||||||||||||||    
T  31989741 agtaatgtctaaaaatggaattttaaattagtaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaaccccccaaaaccctctaatttgggggaactttaaaa 31989642  T
Q  170 ttggacaaattaagccattcaaaaccctccaaaacctttcccttgnnnnnnnaaaacttgcaaacaagggttaccactccataagcctttccttcccttc 269  Q
    |||||||||| || || |||||||||| ||||||| |||   ||        |||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  31989641 ttggacaaatgaaacccttcaaaaccccccaaaacatttgtttt-----tttaaaactcgcaaacaagggttaccactccataagtctttcattcccttc 31989547  T
Q  270 ccctcccctccaaaat 285  Q
    || |||||||||||||    
T  31989546 ccttcccctccaaaat 31989531  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 78 - 285
Target Start/End: Complemental strand, 6808062 - 6807853
Alignment:
Q  78 ctaaaattggaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaannnnnnnnnnnnnnnn-aatttgggggaactttaaaattggaca 176  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||                 |||||||||||||||||||||||||||    
T  6808062 ctaaaattggaattttgaattattaagagggcaaaattatcaatttgtatgttcaacccccgcaaaacctcccaatttgggggaactttaaaattggaca 6807963  T
Q  177 aattaagccattcaaaaccctccaaaacctttcccttgnnnnnnnaaaacttgcaaacaagggtt-accactccataagcctttccttcccttcccctcc 275  Q
    ||| ||||  |||||||| |   |||||||||||||||       |||| | ||||||||| ||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  6807962 aatgaagcacttcaaaacaccataaaacctttcccttgtttttttaaaattcgcaaacaagagtttaccactccataagtctttccttcccttcccctcc 6807863  T
Q  276 cctccaaaat 285  Q
    ||||||||||    
T  6807862 cctccaaaat 6807853  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 69; E-Value: 6e-31
Query Start/End: Original strand, 71 - 271
Target Start/End: Original strand, 22453014 - 22453215
Alignment:
Q  71 gtaaggtctaaaattggaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaannnnnnnnnnnnnnnnaatttgggggaactttaaaat 170  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||                ||||||||| ||||||||||     
T  22453014 gtaatgtctaaaattggaattttgaattattaagaggacaaaattgtcaatttgtatgtttaaccccccaaaaccctccaatttggggaaactttaaaac 22453113  T
Q  171 tggacaaattaagccattcaaaaccctccaaaacctttcccttgnnnnnnnaaaacttgcaaacaagg-gttaccactccataagcctttccttcccttc 269  Q
    | ||||||| || || |||||||||| |||||||||| ||||||       |||||| ||||||||||  |||||||||||||| ||||| |||||||||    
T  22453114 tagacaaatgaaacccttcaaaaccccccaaaaccttccccttgtttttttaaaactcgcaaacaaggatttaccactccataaaccttttcttcccttc 22453213  T
Q  270 cc 271  Q
    ||    
T  22453214 cc 22453215  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 64; E-Value: 5e-28
Query Start/End: Original strand, 150 - 284
Target Start/End: Original strand, 21357821 - 21357957
Alignment:
Q  150 aatttgggggaactttaaaattggacaaattaagccattcaaaaccctccaaaacctttcccttg-nnnnnnnaaaacttgcaaacaaggg-ttaccact 247  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||| |||||| |||||||||||||||||        ||||||  |||||||||| ||||| ||    
T  21357821 aatttgggggaactttaaaattggacaaaataagcccttctaaaccccccaaaacctttcccttgttttttttaaaactcccaaacaagggtttacctct 21357920  T
Q  248 ccataagcctttccttcccttcccctcccctccaaaa 284  Q
    ||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||    
T  21357921 ccataagcctttccttcccctccgctcccctccaaaa 21357957  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 52; E-Value: 8e-21
Query Start/End: Original strand, 156 - 283
Target Start/End: Complemental strand, 18103835 - 18103708
Alignment:
Q  156 ggggaactttaaaattggacaaattaagccattcaaaaccctccaaaacctttcccttgnnnnnnnaaaacttgcaaacaaggg-ttaccactccataag 254  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| || |||||||||||||| |        ||||||  |||||||||| ||||| |||||||||    
T  18103835 ggggaactttaaaattggacaaatgaagcccttcaaaaacccccaaaacctttccc-tattttttaaaaactctcaaacaagggtttacctctccataag 18103737  T
Q  255 cctttccttcccttcccctcccctccaaa 283  Q
     ||||||||||| ||||||||||||||||    
T  18103736 tctttccttcccctcccctcccctccaaa 18103708  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 52; E-Value: 8e-21
Query Start/End: Original strand, 70 - 133
Target Start/End: Original strand, 18691573 - 18691636
Alignment:
Q  70 agtaaggtctaaaattggaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaa 133  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  18691573 agtaatgtctaaaattggaattttgaattattatgagggcaaaattgtcaattagtatgtttaa 18691636  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #20
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 153 - 284
Target Start/End: Original strand, 30301539 - 30301670
Alignment:
Q  153 ttgggggaactttaaaattggacaaattaagccattcaaaaccctccaaaacctttcccttgnnnnnnnaaaacttgcaaacaaggg-ttaccactccat 251  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||| ||  ||||||||| ||||||||||||| |||       ||||||  |||||||||| ||| |||| ||     
T  30301539 ttgggggaactctaaaattggacaaattaaccccatcaaaaccccccaaaacctttcctttgtttttttaaaactcacaaacaagggtttagcact-cac 30301637  T
Q  252 aagcctttccttcccttcccctcccctccaaaa 284  Q
    |||||||||||| || |||||||||||||||||    
T  30301638 aagcctttcctttccctcccctcccctccaaaa 30301670  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #21
Raw Score: 47; E-Value: 7e-18
Query Start/End: Original strand, 150 - 280
Target Start/End: Complemental strand, 41548506 - 41548376
Alignment:
Q  150 aatttgggggaactttaaaattggacaaattaagccattcaaaaccctccaaaacctttcccttgnnnnnnnaaaacttgcaaacaaggg-ttaccactc 248  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||| ||| | |||||||||| ||||||| |||||| ||       ||||||  |||||||||| ||||| |||    
T  41548506 aatttgggggaacttaaaaattggacaaatgaagtccttcaaaaccccccaaaacttttccc-tgtttttttaaaactcccaaacaagggtttacctctc 41548408  T
Q  249 cataagcctttccttcccttcccctcccctcc 280  Q
    || |||||||||| |||| |||||||||||||    
T  41548407 cacaagcctttccctcccctcccctcccctcc 41548376  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #22
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 150 - 214
Target Start/End: Original strand, 18665548 - 18665611
Alignment:
Q  150 aatttgggggaactttaaaattggacaaattaagccattcaaaaccctccaaaacctttcccttg 214  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||||| |||||||||||||||||    
T  18665548 aatttgggggaactttaaaattggacaaatgaagcccttaaaaaccc-ccaaaacctttcccttg 18665611  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #23
Raw Score: 44; E-Value: 5e-16
Query Start/End: Original strand, 222 - 285
Target Start/End: Complemental strand, 19509715 - 19509652
Alignment:
Q  222 aaaacttgcaaacaagggttaccactccataagcctttccttcccttcccctcccctccaaaat 285  Q
    |||||| |||||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||    
T  19509715 aaaactcgcaaacaagggtttacactccataagcctttcctttccttcccctccccaccaaaat 19509652  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #24
Raw Score: 44; E-Value: 5e-16
Query Start/End: Original strand, 70 - 133
Target Start/End: Complemental strand, 45286661 - 45286598
Alignment:
Q  70 agtaaggtctaaaattggaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaa 133  Q
    ||||| ||||||||||| ||||||||||||||| |||| ||||||| |||||||||||||||||    
T  45286661 agtaatgtctaaaattgaaattttgaattattacgaggacaaaattatcaatttgtatgtttaa 45286598  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #25
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 70 - 133
Target Start/End: Original strand, 18665466 - 18665529
Alignment:
Q  70 agtaaggtctaaaattggaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaa 133  Q
    ||||| ||||||||||| |||||| |||||||| ||| |||||||| |||||||||||||||||    
T  18665466 agtaatgtctaaaattgaaattttaaattattatgagtgcaaaattatcaatttgtatgtttaa 18665529  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #26
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 70 - 117
Target Start/End: Original strand, 18733830 - 18733877
Alignment:
Q  70 agtaaggtctaaaattggaattttgaattattaagagggcaaaattgt 117  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  18733830 agtaatgtctaaaattggaattttgaattattatgagggcaaaattgt 18733877  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #27
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 150 - 212
Target Start/End: Original strand, 43140943 - 43141004
Alignment:
Q  150 aatttgggggaactttaaaattggacaaattaagccattcaaaaccctccaaaacctttccct 212  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| ||||||| |||||||    
T  43140943 aatttgggagaactttaaaattggacaaatgaagcctttcaaaaccc-ccaaaacttttccct 43141004  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #28
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 82 - 133
Target Start/End: Complemental strand, 41548571 - 41548521
Alignment:
Q  82 aattggaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaa 133  Q
    ||||||||||| ||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||    
T  41548571 aattggaattt-gaattattatgaggacaaaattgtcaatttgtatgtttaa 41548521  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #29
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000007
Query Start/End: Original strand, 82 - 133
Target Start/End: Complemental strand, 36088734 - 36088683
Alignment:
Q  82 aattggaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaa 133  Q
    |||| |||||||||||||||  ||||| ||| ||||||||||||||||||||    
T  36088734 aattagaattttgaattattgtgagggtaaatttgtcaatttgtatgtttaa 36088683  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #30
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000007
Query Start/End: Original strand, 82 - 133
Target Start/End: Original strand, 43140876 - 43140927
Alignment:
Q  82 aattggaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaa 133  Q
    ||||| ||| ||||||||||| || | |||||||||||||||||||||||||    
T  43140876 aattgaaatattgaattattatgaagacaaaattgtcaatttgtatgtttaa 43140927  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #31
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 93 - 133
Target Start/End: Complemental strand, 18103897 - 18103857
Alignment:
Q  93 tgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaa 133  Q
    |||||||||| |||| ||||||||||||| |||||||||||    
T  18103897 tgaattattatgaggacaaaattgtcaatatgtatgtttaa 18103857  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #32
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 150 - 214
Target Start/End: Original strand, 18691653 - 18691716
Alignment:
Q  150 aatttgggggaactttaaaattggacaaattaagccattcaaaaccctccaaaacctttcccttg 214  Q
    ||||||| |||||||||||||| ||||||| || || || ||||||| ||| |||||||||||||    
T  18691653 aatttggaggaactttaaaatttgacaaatgaaaccctttaaaaccc-ccataacctttcccttg 18691716  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 119; Significance: 8e-61; HSPs: 20)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 119; E-Value: 8e-61
Query Start/End: Original strand, 70 - 285
Target Start/End: Original strand, 27275879 - 27276094
Alignment:
Q  70 agtaaggtctaaaattggaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaannnnnnnnnnnnnnnnaatttgggggaactttaaaa 169  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                ||||||||||||||||||||    
T  27275879 agtaatgtctaaaattggaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaaccccccaaaaccccccaatttgggggaactttaaaa 27275978  T
Q  170 ttggacaaattaagccattcaaaaccctccaaaacctttcccttgnnnnnnnaaaacttgcaaacaagggttaccactccataagcctttccttcccttc 269  Q
    ||| |||||| ||||| |||||||||| |||||| ||||||||||       |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27275979 ttgaacaaatgaagcccttcaaaaccccccaaaatctttcccttgttttatcaaaactcgcaaacaagggttaccactccataagcctttccttcccttc 27276078  T
Q  270 ccctcccctccaaaat 285  Q
    ||||||||||||||||    
T  27276079 ccctcccctccaaaat 27276094  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 114; E-Value: 8e-58
Query Start/End: Original strand, 70 - 285
Target Start/End: Original strand, 7879963 - 7880168
Alignment:
Q  70 agtaaggtctaaaattggaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaannnnnnnnnnnnnnnnaatttgggggaactttaaaa 169  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                ||||||||||||||||||||    
T  7879963 agtaatgtctaaaattggaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaactctcc----------aatttgggggaactttaaaa 7880052  T
Q  170 ttggacaaattaagccattcaaaaccctccaaaacctttcccttgnnnnnnnaaaacttgcaaacaagggttaccactccataagcctttccttcccttc 269  Q
    ||| |||||| || ||||| ||||||| |||||||||||||||||       |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7880053 ttgaacaaatgaatccatttaaaaccccccaaaacctttcccttgttttatcaaaactcgcaaacaagggttaccactccataagcctttccttcccttc 7880152  T
Q  270 ccctcccctccaaaat 285  Q
    ||||||||||||||||    
T  7880153 ccctcccctccaaaat 7880168  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 110; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 70 - 284
Target Start/End: Original strand, 28728844 - 28729058
Alignment:
Q  70 agtaaggtctaaaattggaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaannnnnnnnnnnnnnnnaatttgggggaactttaaaa 169  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                ||||||||||||| ||||||    
T  28728844 agtaatgtctaaaattggaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaaccccccaaaaccccccaatttgggggaaccttaaaa 28728943  T
Q  170 ttggacaaattaagccattcaaaaccctccaaaacctttcccttgnnnnnnnaaaacttgcaaacaagggttaccactccataagcctttccttcccttc 269  Q
    |||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||       |||||| |||||||||||||  |||| ||||||||||||||||||||     
T  28728944 ttggacaaatgaagcccttcaaaaccctccaaaacctttcccttgtttttttaaaactcgcaaacaagggtttacacttcataagcctttccttccctta 28729043  T
Q  270 ccctcccctccaaaa 284  Q
    |||||||||||||||    
T  28729044 ccctcccctccaaaa 28729058  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 96; E-Value: 4e-47
Query Start/End: Original strand, 81 - 285
Target Start/End: Complemental strand, 20360777 - 20360573
Alignment:
Q  81 aaattggaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaannnnnnnnnnnnnnnnaatttgggggaactttaaaattggacaaatt 180  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||                ||||||||||||||||||||||||||||||     
T  20360777 aaattggaattttgaattattaagagggtaaaattgtcaatttgtatgtttaaccctccaaaacctcccaatttgggggaactttaaaattggacaaatg 20360678  T
Q  181 aagccattcaaaaccctccaaaacctttcccttgnnnnnnnaaaacttgcaaacaagggttaccactccataagcctttccttcccttcccctcccctcc 280  Q
    ||||| |||||||||| ||||||| ||||||||        |||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||| |    
T  20360677 aagcccttcaaaaccccccaaaacttttcccttcttttttaaaaactcgcaaacaagggttaccactcaataagcctttccttccgttcccctcccctac 20360578  T
Q  281 aaaat 285  Q
    |||||    
T  20360577 aaaat 20360573  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 96; E-Value: 4e-47
Query Start/End: Original strand, 81 - 285
Target Start/End: Original strand, 20550193 - 20550397
Alignment:
Q  81 aaattggaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaannnnnnnnnnnnnnnnaatttgggggaactttaaaattggacaaatt 180  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||                ||||||||||||||||||||||||||||||     
T  20550193 aaattggaattttgaattattaagagggtaaaattgtcaatttgtatgtttaaccctccaaaacctcccaatttgggggaactttaaaattggacaaatg 20550292  T
Q  181 aagccattcaaaaccctccaaaacctttcccttgnnnnnnnaaaacttgcaaacaagggttaccactccataagcctttccttcccttcccctcccctcc 280  Q
    ||||| |||||||||| ||||||| ||||||||        |||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||| |    
T  20550293 aagcccttcaaaaccccccaaaacttttcccttcttttttaaaaactcgcaaacaagggttaccactcaataagcctttccttccgttcccctcccctac 20550392  T
Q  281 aaaat 285  Q
    |||||    
T  20550393 aaaat 20550397  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 93; E-Value: 3e-45
Query Start/End: Original strand, 70 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 14752756 - 14752543
Alignment:
Q  70 agtaaggtctaaaattggaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaannnnnnnnnnnnnnnnaatttgggggaactttaaaa 169  Q
    ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                ||||||||||||||||||||    
T  14752756 agtaatgtctaaaatttgaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaa-cccccaaaaccccccaatttgggggaactttaaaa 14752658  T
Q  170 ttggacaaattaagccattcaaaaccctccaaaacctttcccttgnnnnnnnaaaacttgcaaacaagggttaccactccataagcctttccttcccttc 269  Q
    |||||||||| || || |||||||||| ||||||| |||||||||       ||||||  | ||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||    
T  14752657 ttggacaaatgaaacccttcaaaaccccccaaaacttttcccttgtttttttaaaactcacgaacaagggtttacactccataagcctttccttcccttc 14752558  T
Q  270 ccctcccctccaaaa 284  Q
    |||||||||||||||    
T  14752557 ccctcccctccaaaa 14752543  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 83; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 70 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 9196287 - 9196072
Alignment:
Q  70 agtaaggtctaaaattggaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaannnnnnnnnnnnnnnn-aatttgggggaactttaaa 168  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||                 ||||| |||||||||||||    
T  9196287 agtaatgtctaaaattggaattttgaattattaagattgcaaaattgtcaatttgtatgtttaacccctcaaaatctccccaatttaggggaactttaaa 9196188  T
Q  169 attggacaaattaagccattcaaaaccctccaaaacctttcccttgnnnnnnnaaaacttgcaaacaagggttaccactccataagcctttccttccctt 268  Q
    ||||||||||| ||||| |||||||||| | |||||||||||||||       |||||| |||||||||||||   ||||||||||| ||||||||| ||    
T  9196187 attggacaaatgaagcccttcaaaacccccaaaaacctttcccttgtttttttaaaactcgcaaacaagggttttgactccataagcatttccttccatt 9196088  T
Q  269 cccctcccctccaaaa 284  Q
    ||||||||||||||||    
T  9196087 cccctcccctccaaaa 9196072  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 81; E-Value: 4e-38
Query Start/End: Original strand, 70 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 48187792 - 48187588
Alignment:
Q  70 agtaaggtctaaaattggaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaannnnnnnnnnnnnnnnaatttgggggaactttaaaa 169  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||                ||||||||||||  ||||||    
T  48187792 agtaatgtctaaaattggaattttgaattattaagagggcaaaattgttaatttgtatgtttaaccccccc---------aatttgggggaatcttaaaa 48187702  T
Q  170 ttggacaaattaagccattcaaaaccctccaaaacctttcccttgnnnnnnnaaaacttgcaaacaagggttaccactccataagcctttccttcccttc 269  Q
    ||| |||||| |||||||||||||||| ||||||| |||||||||       |||||| ||||| |||||||  |||| |||||||||||||||||| ||    
T  48187701 ttgaacaaatgaagccattcaaaaccc-ccaaaacatttcccttggttttttaaaactcgcaaataagggtttacacttcataagcctttccttcccctc 48187603  T
Q  270 ccctcccctccaaaa 284  Q
    |||||||||||||||    
T  48187602 ccctcccctccaaaa 48187588  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 74; E-Value: 6e-34
Query Start/End: Original strand, 70 - 285
Target Start/End: Original strand, 49535821 - 49536034
Alignment:
Q  70 agtaaggtctaaaattggaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaannnnnnnnnnnnnnnnaatttgggggaactttaaaa 169  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||                ||||||||| ||||||||||    
T  49535821 agtaatgtctaaaattggaattttgaattattacgagggcaaaattatcaatttgtatgtttaaccccaaaaactcttc-aatttgggg-aactttaaaa 49535918  T
Q  170 ttggacaaattaagccattcaaaaccctccaaaacctttcccttgnnnnnnnaaaacttgcaaacaagggttaccactccataagcctttccttcccttc 269  Q
    |||||||||| ||| | |||||||||| |||||||||||||||||       |||||| |||||||||  ||||||||||||| ||||||||||||| ||    
T  49535919 ttggacaaatgaagtccttcaaaaccccccaaaacctttcccttgttttgttaaaactcgcaaacaagatttaccactccatatgcctttccttcccctc 49536018  T
Q  270 ccctcccctccaaaat 285  Q
    |  | |||||||||||    
T  49536019 cattgccctccaaaat 49536034  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 67; E-Value: 9e-30
Query Start/End: Original strand, 150 - 284
Target Start/End: Original strand, 44700060 - 44700194
Alignment:
Q  150 aatttgggggaactttaaaattggacaaattaagccattcaaaaccctccaaaacctttcccttgnnnnnnnaaaacttgcaaacaag-ggttaccactc 248  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| |||||||||||||| |        ||||||  |||||||| | ||||| |||    
T  44700060 aatttgggggaactttaaaattggacaaatgaagcccttcaaaaccccccaaaacctttccc-tatttttttaaaactcccaaacaagagtttacctctc 44700158  T
Q  249 cataagcctttccttcccttcccctcccctccaaaa 284  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44700159 cataagcctttccttcccttcccctcccctccaaaa 44700194  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 59; E-Value: 5e-25
Query Start/End: Original strand, 70 - 285
Target Start/End: Complemental strand, 45311123 - 45310905
Alignment:
Q  70 agtaaggtctaaaattggaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaannnnnnnnnnnnnnnnaatttgggggaactttaaaa 169  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||                ||||||||||||||||||||    
T  45311123 agtaatgtctaaaattggaattttgaattattaagagagcaaaatcgtcaatttgtatgtttaa--cccccaaaactctcaatttgggggaactttaaaa 45311026  T
Q  170 ttggacaaattaagccattcaaaaccctc-----caaaacctttcccttgnnnnnnnaaaacttgcaaacaagggttaccactccataagcctttccttc 264  Q
    |||||||| | ||||| || ||| ||| |      |||||||||| ||||       |||||| |||||||||  ||||||||||||||||||||| |||    
T  45311025 ttggacaactgaagcccttgaaaccccccaaaaaaaaaacctttcacttgtttttttaaaactcgcaaacaagatttaccactccataagcctttcattc 45310926  T
Q  265 ccttcccctcccctccaaaat 285  Q
    | ||||| |||||||||||||    
T  45310925 cattcccatcccctccaaaat 45310905  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 150 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 44773681 - 44773547
Alignment:
Q  150 aatttgggggaactttaaaattggacaaattaagccattcaaaaccctccaaaacctttcccttgnnnnnnnaaaacttgcaaacaaggg-ttaccactc 248  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| |||||||||| ||||||||||| || ||       ||||||  |||||||||| ||||| |||    
T  44773681 aatttgggggaactttaaaattggacgaatgaagcccttcaaaaccccccaaaaccttt-ccgtgtttttttaaaactcccaaacaagggtttacctctc 44773583  T
Q  249 cataagcctttccttcccttcccctcccctccaaaa 284  Q
    ||||||| |||||||||| ||||||||| |||||||    
T  44773582 cataagcatttccttcccctcccctcccttccaaaa 44773547  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 52; E-Value: 8e-21
Query Start/End: Original strand, 79 - 275
Target Start/End: Original strand, 17171323 - 17171518
Alignment:
Q  79 taaaattggaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaannnnnnnnnnnnnnnnaatttgggggaactttaaaattggacaaa 178  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||                | ||||||| |||||||||||||||||||    
T  17171323 taaaattggaattttgaattattatgagggcaaaattgttaatttgtatgtttaa--ccccaaaaccccctactttggggaaactttaaaattggacaaa 17171420  T
Q  179 ttaagccattcaaaaccctccaaaacctttcccttgnnnnnnnaaaacttgcaaacaag-ggttaccactccataagcctttccttcccttcccctcc 275  Q
    | ||||| ||||||||||  ||||||||| ||||||       |||||| | ||||||| | ||| |||||||||||| |||||||||| | ||||||    
T  17171421 tgaagcccttcaaaaccccgcaaaaccttccccttgtttttttaaaactcgaaaacaagtgtttaacactccataagcatttccttccccttccctcc 17171518  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 150 - 214
Target Start/End: Complemental strand, 33334748 - 33334685
Alignment:
Q  150 aatttgggggaactttaaaattggacaaattaagccattcaaaaccctccaaaacctttcccttg 214  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| |||||||||||||||||    
T  33334748 aatttggggaaactttaaaattggacaaatgaagcctttcaaaaccc-ccaaaacctttcccttg 33334685  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 70 - 124
Target Start/End: Complemental strand, 33334797 - 33334743
Alignment:
Q  70 agtaaggtctaaaattggaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttg 124  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||    
T  33334797 agtaatgtctaaaattggaattttgaattattatgaaggcaaaattgtcaatttg 33334743  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 70 - 114
Target Start/End: Complemental strand, 45311260 - 45311216
Alignment:
Q  70 agtaaggtctaaaattggaattttgaattattaagagggcaaaat 114  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45311260 agtaatgtctaaaattggaattttgaattattaagagggcaaaat 45311216  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #17
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 82 - 133
Target Start/End: Original strand, 46202447 - 46202498
Alignment:
Q  82 aattggaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaa 133  Q
    |||||||||||||||||| || |||| |||||||||||||||||||||||||    
T  46202447 aattggaattttgaattagtatgaggacaaaattgtcaatttgtatgtttaa 46202498  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #18
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 82 - 133
Target Start/End: Original strand, 44699993 - 44700044
Alignment:
Q  82 aattggaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaa 133  Q
    ||||||| ||||||||||||| |||  |||||||||||||||||||||||||    
T  44699993 aattggatttttgaattattatgagtacaaaattgtcaatttgtatgtttaa 44700044  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #19
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000007
Query Start/End: Original strand, 82 - 133
Target Start/End: Complemental strand, 7186673 - 7186622
Alignment:
Q  82 aattggaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaa 133  Q
    ||||| |||||||||||||||  ||  |||||||||||||||||||||||||    
T  7186673 aattgaaattttgaattattataagaacaaaattgtcaatttgtatgtttaa 7186622  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #20
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000007
Query Start/End: Original strand, 82 - 133
Target Start/End: Complemental strand, 44773750 - 44773699
Alignment:
Q  82 aattggaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaa 133  Q
    ||||||||||||||||||||| |||| ||||||| | |||||||||| ||||    
T  44773750 aattggaattttgaattattatgaggacaaaattattaatttgtatggttaa 44773699  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 104; Significance: 7e-52; HSPs: 24)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 104; E-Value: 7e-52
Query Start/End: Original strand, 76 - 285
Target Start/End: Original strand, 30728119 - 30728327
Alignment:
Q  76 gtctaaaattggaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaannnnnnnnnnnnnnnnaatttgggggaactttaaaattggac 175  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| |||||||||||||||||                ||||||||||||||||||||||||||    
T  30728119 gtctaaaattggaattttgaattattaaaaggacaaaattatcaatttgtatgtttaacccccaaaaccccca-aatttgggggaactttaaaattggac 30728217  T
Q  176 aaattaagccattcaaaaccctccaaaacctttcccttgnnnnnnnaaaacttgcaaacaagggttaccactccataagcctttccttcccttcccctcc 275  Q
    |||| ||||  |||||||||| |||||||||||||||||       |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30728218 aaatgaagctcttcaaaaccccccaaaacctttcccttgtttttttaaaactcgcaaacaagggttaccactccataagcctttccttcccttcccctcc 30728317  T
Q  276 cctccaaaat 285  Q
    ||||||||||    
T  30728318 cctccaaaat 30728327  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 103; E-Value: 3e-51
Query Start/End: Original strand, 70 - 285
Target Start/End: Original strand, 37917874 - 37918080
Alignment:
Q  70 agtaaggtctaaaattggaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaannnnnnnnnnnnnnnnaatttgggggaactttaaaa 169  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||                ||||||||||||||||||||    
T  37917874 agtaatgtctaaaattggaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttttatgtttaacccccc----------aatttgggggaactttaaaa 37917963  T
Q  170 ttggacaaattaagccattcaaaaccctccaaaacctttcccttgnnnnnnnaaaacttgcaaacaaggg-ttaccactccataagcctttccttccctt 268  Q
    || ||||||| ||||| |||||||||| |||||||||||||||||       |||||| |||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  37917964 ttagacaaatgaagcccttcaaaaccccccaaaacctttcccttgtttttttaaaactcgcaagcaagggtttaccactccataagcctttccttccctt 37918063  T
Q  269 cccctcccctccaaaat 285  Q
    |||||||||||||||||    
T  37918064 cccctcccctccaaaat 37918080  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 101; E-Value: 4e-50
Query Start/End: Original strand, 70 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 38975474 - 38975261
Alignment:
Q  70 agtaaggtctaaaattggaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaannnnnnnnnnnnnnnnaatttgggggaactttaaaa 169  Q
    ||||| ||||||||||  ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||                ||||| |||||||| |||||    
T  38975474 agtaatgtctaaaattaaaattttgaattattaagagggtaaaattgtcaatttgtatgtttaacccctcaaaaccccc-aatttaggggaactctaaaa 38975376  T
Q  170 ttggacaaattaagccattcaaaaccctccaaaacctttcccttgnnnnnnnaaaacttgcaaacaagggttaccactccataagcctttccttcccttc 269  Q
    |||||||||| ||||| |||||||||| |||||||||||||||||       |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38975375 ttggacaaatgaagcccttcaaaaccccccaaaacctttcccttgtttttttaaaactcgcaaacaagggttaccactccataagcctttccttcccttc 38975276  T
Q  270 ccctcccctccaaaa 284  Q
    |||||||||||||||    
T  38975275 ccctcccctccaaaa 38975261  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 89; E-Value: 6e-43
Query Start/End: Original strand, 70 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 2979921 - 2979717
Alignment:
Q  70 agtaaggtctaaaattggaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaannnnnnnnnnnnnnnnaatttgggggaactttaaaa 169  Q
    ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                |||||| |||||||||||||    
T  2979921 agtaatgtctaaaattgaaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaacccctc----------aatttgagggaactttaaaa 2979832  T
Q  170 ttggacaaattaagccattcaaaaccctccaaaacctttcccttgnnnnnnnaaaacttgcaaacaagggttaccactccataagcctttccttcccttc 269  Q
    |||||||||| ||||| |||||||||| |||||||||||||||||       |||||| |||||||||||||   |||||||||| |||||||||||||     
T  2979831 ttggacaaatgaagcccttcaaaaccccccaaaacctttcccttgtttttttaaaactcgcaaacaagggttttgactccataagtctttccttcccttt 2979732  T
Q  270 ccctcccctccaaaa 284  Q
    ||||||| |||||||    
T  2979731 ccctcccttccaaaa 2979717  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 84; E-Value: 6e-40
Query Start/End: Original strand, 76 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 20283586 - 20283379
Alignment:
Q  76 gtctaaaattggaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaannnnnnnnnnnnnnnnaatttgggggaactttaaaattggac 175  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||                ||||||||||||||||||||||||||    
T  20283586 gtctaaaattggaattttgaattattaagagggcaaaattatcaatttatatgtttaacccccaaaacccccc-aatttgggggaactttaaaattggac 20283488  T
Q  176 aaattaagccattcaaaaccctccaaaacctttcccttgnnnnnnnaaaacttgcaaacaaggg-ttaccactccataagcctttccttcccttcccctc 274  Q
    |||| ||||| || ||||||| |||||||||||||||||       ||||||  |||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  20283487 aaatgaagccctttaaaaccccccaaaacctttcccttgtttttttaaaactcacaaacaagggtttaccactcc-taagcctttccttcccttcccctc 20283389  T
Q  275 ccctccaaaa 284  Q
    |||| |||||    
T  20283388 cccttcaaaa 20283379  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 79; E-Value: 6e-37
Query Start/End: Original strand, 70 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 45167167 - 45166955
Alignment:
Q  70 agtaaggtctaaaattggaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaannnnnnnnnnnnnnnnaatttgggggaactttaaaa 169  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                 ||||||||| ||||||||||    
T  45167167 agtaatgtctaaaattggaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgttta-tcctcccaaaacccccaatttgggg-aactttaaaa 45167070  T
Q  170 ttggacaaattaagccattcaaaaccctccaaaacctttcccttgnnnnnnnaaaacttgcaaacaagggtt-accactccataagcctttccttccctt 268  Q
    |||||||||| || || |||||||||| ||||||||||||| |||       |||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||||||| |||||||    
T  45167069 ttggacaaatgaaacccttcaaaaccc-ccaaaacctttcctttgtttttttaaaactcgcaaataagggtttaccactccataagcctttcattccctt 45166971  T
Q  269 cccctcccctccaaaa 284  Q
    || |||||||||||||    
T  45166970 cctctcccctccaaaa 45166955  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 76; E-Value: 4e-35
Query Start/End: Original strand, 70 - 285
Target Start/End: Complemental strand, 36555086 - 36554871
Alignment:
Q  70 agtaaggtctaaaattggaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaannnnnnnnnnnnnnnnaatttgggggaactttaaaa 169  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                ||||| ||| ||||||||||    
T  36555086 agtaatgtctaaaattggaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaa-ccccccaaaacccccaattt-gggaaactttaaaa 36554989  T
Q  170 ttggacaaattaagccattcaaaaccctccaaaacctttcc-cttgnnnnnnnaaaacttgcaaacaaggg-ttaccactccataagcctttccttccct 267  Q
    |||||||||| ||||| |||||||||| |||||| |||||| |||        ||||||  |||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||    
T  36554988 ttggacaaatgaagcccttcaaaaccccccaaaaactttcctcttatttttttaaaactcacaaacaagggtttaccactccataagcctttcctttcct 36554889  T
Q  268 tcccctcccctccaaaat 285  Q
    | ||||||||||||||||    
T  36554888 ttccctcccctccaaaat 36554871  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 74; E-Value: 6e-34
Query Start/End: Original strand, 156 - 285
Target Start/End: Original strand, 29198870 - 29199000
Alignment:
Q  156 ggggaactttaaaattggacaaattaagccattcaaaaccctccaaaacctttcccttgnnnnnnnaaaacttgcaaacaa-gggttaccactccataag 254  Q
    ||||||| |||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||       |||||| |||||||| |||||  |||||||||||    
T  29198870 ggggaacattaaaattggacaaatgaagcccttcaaaaccctccaaaacctttcccttgtttttttaaaactcgcaaacaaggggtttacactccataag 29198969  T
Q  255 cctttccttcccttcccctcccctccaaaat 285  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||    
T  29198970 catttccttcccttcccctcccctccaaaat 29199000  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 79 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 747240 - 747036
Alignment:
Q  79 taaaattggaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaannnnnnnnnnnnnnnnaatttgggggaactttaaaattggacaaa 178  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||                ||||| ||| |||||||||||||||||||    
T  747240 taaaattggaattttgaatcattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaacgccccaaacccccc-aatttagggaaactttaaaattggacaaa 747142  T
Q  179 ttaagccattcaaaaccctccaaaacctttcccttgnnnnnnnaaaacttgcaaac-aagggttaccactccataagcctttccttcccttcccctcccc 277  Q
    | || || |||||||||| ||||||| ||| |||||       |||||  |||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  747141 tgaaacccttcaaaaccc-ccaaaacattttccttgtttttttaaaacccgcaaacaaaggtttaccactccataagcctttccttcccttcccctcccc 747043  T
Q  278 tccaaaa 284  Q
    |||||||    
T  747042 tccaaaa 747036  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 64; E-Value: 5e-28
Query Start/End: Original strand, 70 - 266
Target Start/End: Original strand, 1857700 - 1857896
Alignment:
Q  70 agtaaggtctaaaattggaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaannnnnnnnnnnnnnnnaatttgggggaactttaaaa 169  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||                ||||||||||||||||||||    
T  1857700 agtaatgtctaaaattggaattttgaattattatgagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaa-ccccccaaaaccccgaatttgggggaactttaaaa 1857798  T
Q  170 ttggacaaattaagccattcaaaaccctccaaaacctttcccttgnnnnnnnaaaacttgcaaacaag-ggttaccactccataagcctttccttccc 266  Q
    |||||||||| ||||  |||||||||| |||||| |||||| ||        |||||| ||||| ||| | |||||||| ||||||||||||||||||    
T  1857799 ttggacaaatgaagctcttcaaaaccccccaaaaactttcctttatttttttaaaactcgcaaataagagtttaccacttcataagcctttccttccc 1857896  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 56; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 70 - 194
Target Start/End: Original strand, 22336187 - 22336310
Alignment:
Q  70 agtaaggtctaaaattggaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaannnnnnnnnnnnnnnnaatttgggggaactttaaaa 169  Q
    ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                ||||||||||||||||||||    
T  22336187 agtaatgtttaaaattggaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaacccccaaaacccccc-aatttgggggaactttaaaa 22336285  T
Q  170 ttggacaaattaagccattcaaaac 194  Q
    |||||||||| ||||| ||||||||    
T  22336286 ttggacaaatgaagcccttcaaaac 22336310  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 70 - 194
Target Start/End: Original strand, 45168665 - 45168789
Alignment:
Q  70 agtaaggtctaaaattggaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaannnnnnnnnnnnnnnnaatttgggggaactttaaaa 169  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||| ||||||                ||||||||||||||||||||    
T  45168665 agtaatgtctaaaattggaattttgaattattataagggcaaaattgtcaatttgtaggtttaactctccaaacccccctaatttgggggaactttaaaa 45168764  T
Q  170 ttggacaaattaagccattcaaaac 194  Q
    ||| |||||| ||||||||||||||    
T  45168765 ttgaacaaatgaagccattcaaaac 45168789  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 52; E-Value: 8e-21
Query Start/End: Original strand, 153 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 32037199 - 32037068
Alignment:
Q  153 ttgggggaactttaaaattggacaaattaagccattcaaaaccctccaaaacctttcccttgnnnnnnnaaaacttgcaaacaaggg-ttaccactccat 251  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||| || |||||||||| |||||||||||||||||       ||||||  |||||||||| ||| |||| ||     
T  32037199 ttgggggaactctaaaattggacaaattaaccccttcaaaaccccccaaaacctttcccttgtttttttaaaactcacaaacaagggtttagcact-cac 32037101  T
Q  252 aagcctttccttcccttcccctcccctccaaaa 284  Q
    || ||||||||| || |||||||||||||||||    
T  32037100 aaacctttcctttccctcccctcccctccaaaa 32037068  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 52; E-Value: 8e-21
Query Start/End: Original strand, 156 - 283
Target Start/End: Complemental strand, 37861445 - 37861318
Alignment:
Q  156 ggggaactttaaaattggacaaattaagccattcaaaaccctccaaaacctttcccttgnnnnnnnaaaacttgcaaacaaggg-ttaccactccataag 254  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| || |||||||||||||| |        ||||||  |||||||||| ||||| |||||||||    
T  37861445 ggggaactttaaaattggacaaatgaagcccttcaaaaacccccaaaacctttccc-tattttttaaaaactctcaaacaagggtttacctctccataag 37861347  T
Q  255 cctttccttcccttcccctcccctccaaa 283  Q
     ||||||||||| ||||||||||||||||    
T  37861346 tctttccttcccctcccctcccctccaaa 37861318  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #15
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 70 - 133
Target Start/End: Complemental strand, 25740516 - 25740453
Alignment:
Q  70 agtaaggtctaaaattggaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaa 133  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||| || |||| |||||||||||||||||||||||||    
T  25740516 agtaatgtctaaaattggaattttgaattaatatgaggacaaaattgtcaatttgtatgtttaa 25740453  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #16
Raw Score: 44; E-Value: 5e-16
Query Start/End: Original strand, 70 - 133
Target Start/End: Complemental strand, 29198784 - 29198721
Alignment:
Q  70 agtaaggtctaaaattggaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaa 133  Q
    ||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||| |||||    
T  29198784 agtaatgtctcaaattggaattttgaattattaagaggataaaattgtcaatttgtatatttaa 29198721  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #17
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 82 - 209
Target Start/End: Complemental strand, 1928885 - 1928768
Alignment:
Q  82 aattggaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaannnnnnnnnnnnnnnnaatttgggggaactttaaaattggacaaatta 181  Q
    |||||||||||||| |||||| |||| |||||||||||||||||||||||||                |||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  1928885 aattggaattttgagttattatgaggacaaaattgtcaatttgtatgtttaaccccct----------aatttgggggaactttaaaattggacaaatga 1928796  T
Q  182 agccattcaaaaccctccaaaacctttc 209  Q
    |||| ||||||| ||  |||||||||||    
T  1928795 agcccttcaaaatccctcaaaacctttc 1928768  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #18
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 222 - 280
Target Start/End: Original strand, 45168785 - 45168843
Alignment:
Q  222 aaaacttgcaaacaagggttaccactccataagcctttccttcccttcccctcccctcc 280  Q
    |||||| |||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||    
T  45168785 aaaactcgcaaacaaggtttaccactccataagccttcccttcccttcccttcccctcc 45168843  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #19
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 189 - 280
Target Start/End: Original strand, 22338409 - 22338500
Alignment:
Q  189 caaaaccctccaaaacctttcccttgnnnnnnnaaaacttgcaaacaagggttaccactccataagcctttccttcccttcccctcccctcc 280  Q
    ||||| || |||||||||||||||||       |||||  ||||| |||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| ||||    
T  22338409 caaaaaccaccaaaacctttcccttgtttttttaaaacccgcaaataaggtttaccactccataagtctttccttcccttcccttcctctcc 22338500  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #20
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000007
Query Start/End: Original strand, 82 - 133
Target Start/End: Complemental strand, 11913970 - 11913919
Alignment:
Q  82 aattggaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaa 133  Q
    |||||||||||||||||||||  ||  ||||||||| |||||||||||||||    
T  11913970 aattggaattttgaattattataagaacaaaattgttaatttgtatgtttaa 11913919  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #21
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000007
Query Start/End: Original strand, 90 - 133
Target Start/End: Original strand, 15615578 - 15615621
Alignment:
Q  90 ttttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaa 133  Q
    |||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||    
T  15615578 ttttaaattattatgaaggcaaaattgtcaatttgtatgtttaa 15615621  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #22
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 240 - 285
Target Start/End: Complemental strand, 11913822 - 11913777
Alignment:
Q  240 ttaccactccataagcctttccttcccttcccctcccctccaaaat 285  Q
    ||||| |||||||| |||||| ||||| ||||||||||||||||||    
T  11913822 ttacctctccataaacctttcattcccctcccctcccctccaaaat 11913777  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #23
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 160 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 11913902 - 11913854
Alignment:
Q  160 aactttaaaattggacaaattaagccattcaaaaccctccaaaaccttt 208  Q
    |||||||||||||||||||| || || ||||||||||  ||||||||||    
T  11913902 aactttaaaattggacaaataaaacccttcaaaaccccacaaaaccttt 11913854  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #24
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 93 - 133
Target Start/End: Complemental strand, 37861507 - 37861467
Alignment:
Q  93 tgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaa 133  Q
    |||||||||| |||| ||||||||||||| |||||||||||    
T  37861507 tgaattattatgaggacaaaattgtcaatatgtatgtttaa 37861467  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 99; Significance: 7e-49; HSPs: 17)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 99; E-Value: 7e-49
Query Start/End: Original strand, 70 - 284
Target Start/End: Original strand, 37806872 - 37807087
Alignment:
Q  70 agtaaggtctaaaattggaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaannnnnnnnnnnnnnnnaatttgggggaactttaaaa 169  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||                ||||||| ||||||||||||    
T  37806872 agtaatgtctaaaattggaattttgaattattaagagggcaaaattatcaatttgtatgtttaaccccccaaaaccccccaatttggaggaactttaaaa 37806971  T
Q  170 ttggacaaattaagccattcaaaaccctccaaaacctttcccttgnnnnnnnaaaacttgcaaac-aagggttaccactccataagcctttccttccctt 268  Q
    |||||||||| ||||| |||||||||| |||||||||||||||||       ||||||  ||||| |||| ||||||||| |||||||||||||||||||    
T  37806972 ttggacaaatgaagcccttcaaaaccccccaaaacctttcccttgtttttttaaaactcacaaacaaaggtttaccactctataagcctttccttccctt 37807071  T
Q  269 cccctcccctccaaaa 284  Q
    ||||||||||||||||    
T  37807072 cccctcccctccaaaa 37807087  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 96; E-Value: 4e-47
Query Start/End: Original strand, 70 - 284
Target Start/End: Original strand, 4860046 - 4860262
Alignment:
Q  70 agtaaggtctaaaattggaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaannnnnnnnnnnnnnnnaatttgggggaactttaaaa 169  Q
    ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||                ||||||||||||||||||||    
T  4860046 agtaatgtctaaaattggaatttcgaattattaagaggacaaaattgtcaatttgtatgtttaaccccccaaaacccccgaatttgggggaactttaaaa 4860145  T
Q  170 ttggacaaattaagccattcaaaaccctccaaaacctttcccttgnnnnnnnaaaacttgcaa-acaaggg-ttaccactccataagcctttccttccct 267  Q
    |||||||||| ||||| |||||||||| ||||||||||| |||||       |||||| |||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  4860146 ttggacaaatgaagcccttcaaaaccccccaaaaccttttccttgtttttttaaaactcgcaacacaagggtttaccactccataagcctttccttccct 4860245  T
Q  268 tcccctcccctccaaaa 284  Q
    || ||||||||||||||    
T  4860246 tctcctcccctccaaaa 4860262  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 70 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 26849403 - 26849188
Alignment:
Q  70 agtaaggtctaaaattggaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaannnnnnnnnnnnnnnnaatttgggggaactttaaaa 169  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||                ||||||||| ||||||||||    
T  26849403 agtaatgtctaaaattggaattttgaattattatgagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaaccccccaaaaccctccaatttggggaaactttaaaa 26849304  T
Q  170 ttggacaaattaagccattcaaaaccctccaaaacctttcccttgnnnnnnnaaaacttgcaaacaaggg-ttaccactccataagcctttccttccctt 268  Q
    |||||||||| ||||| |||||||||| ||||||||||||||||        |||||| | ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |    
T  26849303 ttggacaaatgaagcccttcaaaaccccccaaaacctttcccttctttttttaaaactcggaaacaagggtttaccactccataagcctttccttcccct 26849204  T
Q  269 cccctcccctccaaaa 284  Q
    ||| ||||||||||||    
T  26849203 cccttcccctccaaaa 26849188  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 70 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 43204470 - 43204255
Alignment:
Q  70 agtaaggtctaaaattggaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaannnnnnnnnnnnnnnnaatttgggggaactttaaaa 169  Q
    ||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||                ||||||| ||||||||||||    
T  43204470 agtaatgtctaaaattagaattttgaattattaagagggcaaaaatgtcaatttgtatgtttaactccccaaaacccctcaatttggaggaactttaaaa 43204371  T
Q  170 ttggacaaattaagccattcaaaaccctccaaaacctttcccttgnnnnnnnaaaacttgcaaacaagg-gttaccactccataagcctttccttccctt 268  Q
    |||||||||| || || |||||||||| |||||||||||||||||       |||||| ||||||||||  |||||||||||||||||||||||| ||||    
T  43204370 ttggacaaatgaaacccttcaaaaccccccaaaacctttcccttgtttttttaaaactcgcaaacaaggatttaccactccataagcctttcctttcctt 43204271  T
Q  269 cccctcccctccaaaa 284  Q
    ||||||||||||||||    
T  43204270 cccctcccctccaaaa 43204255  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 87; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 70 - 284
Target Start/End: Original strand, 32776800 - 32777003
Alignment:
Q  70 agtaaggtctaaaattggaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaannnnnnnnnnnnnnnnaatttgggggaactttaaaa 169  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||                 ||||||||||||||||||||    
T  32776800 agtaatgtctaaaattggaattttgaattattatgagggcaaaattgtcaatttgtatgttta-----------ccccccaatttgggggaactttaaaa 32776888  T
Q  170 ttggacaaattaagccattcaaaaccctccaaaacctttcccttgnnnnnnnaaaacttgcaaacaagggtt-accactccataagcctttccttccctt 268  Q
    ||| |||||| ||||| |||||||||| |||||||||||| ||||       |||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||| |    
T  32776889 ttgaacaaatgaagcccttcaaaaccc-ccaaaacctttctcttgtttttttaaaactcgcaaagaagggtttaccactccataagcctttccttcccct 32776987  T
Q  269 cccctcccctccaaaa 284  Q
    ||||||||||||||||    
T  32776988 cccctcccctccaaaa 32777003  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 86; E-Value: 4e-41
Query Start/End: Original strand, 70 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 34322937 - 34322723
Alignment:
Q  70 agtaaggtctaaaattggaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaannnnnnnnnnnnnnnnaatttgggggaactttaaaa 169  Q
    ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                ||| | ||||||||||||||    
T  34322937 agtaatgtttaaaattggaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaaccttctaaaaccccc-aatataggggaactttaaaa 34322839  T
Q  170 ttggacaaattaagccattcaaaaccctcc-aaaacctttcccttgnnnnnnnaaaacttgcaaacaagggttaccactccataagcctttccttccctt 268  Q
    |||||||||| ||||| |||||||||| || |||||||||||||||       ||||||  ||||||||||||  ||||||||||||||||||||| |||    
T  34322838 ttggacaaatgaagcccttcaaaacccccccaaaacctttcccttgttcttttaaaactcacaaacaagggtttacactccataagcctttccttctctt 34322739  T
Q  269 cccctcccctccaaaa 284  Q
    ||||||||||||||||    
T  34322738 cccctcccctccaaaa 34322723  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 78; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 70 - 284
Target Start/End: Original strand, 20162552 - 20162766
Alignment:
Q  70 agtaaggtctaaaattggaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaannnnnnnnnnnnnnnnaatttgggggaactttaaaa 169  Q
    ||||| |||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||                ||||||||||||||||||||    
T  20162552 agtaatgtctaaaattagaattttgaattattatgagggcaaaattgtcaatttatatgtttaacccccaaaacccccc-aatttgggggaactttaaaa 20162650  T
Q  170 ttggacaaattaagccattcaaaaccctccaaaacctttcccttgnnnnnnnaaaacttgcaaacaaggg-ttaccactccataagcctttccttccctt 268  Q
    |||||||||| ||||| ||||||| || ||||||||||||| |||       |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |    
T  20162651 ttggacaaatgaagcccttcaaaatcccccaaaacctttcctttgtttttttaaaactcgcaaacaagggtttaccactccataagcctttccttcccct 20162750  T
Q  269 cccctcccctccaaaa 284  Q
    ||| | |||| |||||    
T  20162751 ccctttcccttcaaaa 20162766  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 78; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 70 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 20194944 - 20194730
Alignment:
Q  70 agtaaggtctaaaattggaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaannnnnnnnnnnnnnnnaatttgggggaactttaaaa 169  Q
    ||||| |||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||                ||||||||||||||||||||    
T  20194944 agtaatgtctaaaattagaattttgaattattatgagggcaaaattgtcaatttatatgtttaacccccaaaacccccc-aatttgggggaactttaaaa 20194846  T
Q  170 ttggacaaattaagccattcaaaaccctccaaaacctttcccttgnnnnnnnaaaacttgcaaacaaggg-ttaccactccataagcctttccttccctt 268  Q
    |||||||||| ||||| ||||||| || ||||||||||||| |||       |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |    
T  20194845 ttggacaaatgaagcccttcaaaatcccccaaaacctttcctttgtttttttaaaactcgcaaacaagggtttaccactccataagcctttccttcccct 20194746  T
Q  269 cccctcccctccaaaa 284  Q
    ||| | |||| |||||    
T  20194745 ccctttcccttcaaaa 20194730  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 75; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 82 - 284
Target Start/End: Original strand, 30591993 - 30592195
Alignment:
Q  82 aattggaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaannnnnnnnnnnnnnnnaatttgggggaactttaaaattggacaaatta 181  Q
    ||||| ||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||                ||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  30591993 aattgaaattttgaattattatgaggacaaaattgtcaatttgtatgtttaaccccccaaaaccccccaatttgggggaactttaaaattgtacaaatta 30592092  T
Q  182 agccattcaaaaccctccaaaacctttcccttgnnnnnnnaaaacttgcaaacaagggtt-accactccataagcctttccttcccttcccctcccctcc 280  Q
    |||| |||||||||| || |||||||| |||||       ||||||  |||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  30592093 agccgttcaaaaccccccgaaaccttt-ccttgtttttttaaaactcccaaacaagggttaacctctccataagcctttccttcccctcccctcccctcc 30592191  T
Q  281 aaaa 284  Q
    ||||    
T  30592192 aaaa 30592195  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 75; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 70 - 276
Target Start/End: Complemental strand, 39679687 - 39679480
Alignment:
Q  70 agtaaggtctaaaattggaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaannnnnnnnnnnnnnnnaatttgggggaactttaaaa 169  Q
    ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                |||||||| |||||||||||    
T  39679687 agtaatgtttaaaattggaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaa-ccccctaaaacccccaatttgggagaactttaaaa 39679589  T
Q  170 ttggacaaattaagccattcaaaa-ccctccaaaacctttcccttgnnnnnnnaaaacttgcaaacaag-ggttaccactccataagcctttccttccct 267  Q
    |||||||||| ||||| ||||||| ||| ||||||||||||||||        |||||| ||||||||| | ||||||||||||||||| ||||||||||    
T  39679588 ttggacaaatgaagcccttcaaaacccccccaaaacctttcccttatttttttaaaactcgcaaacaagagtttaccactccataagccattccttccct 39679489  T
Q  268 tcccctccc 276  Q
    || ||||||    
T  39679488 tctcctccc 39679480  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 61; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 76 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 21257998 - 21257789
Alignment:
Q  76 gtctaaaattggaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaannnnnnnnnnnnnnnnaatttgggggaactttaaaattggac 175  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||                || |||||||||||||||||||||||    
T  21257998 gtctaaaattggaattttgaattattatgagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaa-ccctcaaaaccccccaagttgggggaactttaaaattggac 21257900  T
Q  176 aaattaagccattcaaaaccctccaaaacctttcccttg-nnnnnnnaaaacttgcaaacaaggg-ttaccactccataagcctttccttcccttcccct 273  Q
    |||| || || |||||||||  |||||| || ||  |||        |||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| |||| |    
T  21257899 aaatgaaacccttcaaaacctcccaaaatctatcatttgttttttttaaaactcgcaaacaagggtttaccactccataagccttttcttcccctccctt 21257800  T
Q  274 cccctccaaaa 284  Q
    |||||||||||    
T  21257799 cccctccaaaa 21257789  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 79 - 280
Target Start/End: Complemental strand, 40672837 - 40672638
Alignment:
Q  79 taaaattggaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaannnnnnnnnnnnnnnnaatttgggggaactttaaaattggacaaa 178  Q
    ||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||                 |||| || ||||||||||||||||||||    
T  40672837 taaaattagaattttgaattattatgagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaaccccaaaacctttg---attttggagaactttaaaattggacaaa 40672741  T
Q  179 ttaagccattcaaaaccctccaaaacctttcccttgnnnnnnnaaaacttgcaaacaag-ggttaccactccataagcctttccttcccttcccctcccc 277  Q
    | || |  ||||||||||||||||||||||||||||       ||||||  |||||||| | || |||||||| ||||||||||||||| | ||||||||    
T  40672740 tgaaacgcttcaaaaccctccaaaacctttcccttgtttttttaaaactctcaaacaagagttttccactccacaagcctttccttccccttccctcccc 40672641  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 54; E-Value: 5e-22
Query Start/End: Original strand, 70 - 241
Target Start/End: Complemental strand, 28714093 - 28713923
Alignment:
Q  70 agtaaggtctaaaattggaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaannnnnnnnnnnnnnnnaatttgggggaactttaaaa 169  Q
    ||||| || ||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||                ||||||||||||||||||||    
T  28714093 agtaatgtttaaaattggaattttgaattattataagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaa-cccccaaaacccctcaatttgggggaactttaaaa 28713995  T
Q  170 ttggacaaattaagccattcaaaaccctccaaaacctttcccttgnnnnnnnaaaacttgcaaacaagggtt 241  Q
    |||||||||| ||| | |||||||||| ||||||| ||||| |||       |||||| |||||||||||||    
T  28713994 ttggacaaatgaagtccttcaaaaccccccaaaacatttcctttgtttttttaaaactcgcaaacaagggtt 28713923  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 54; E-Value: 5e-22
Query Start/End: Original strand, 70 - 241
Target Start/End: Complemental strand, 28721440 - 28721270
Alignment:
Q  70 agtaaggtctaaaattggaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaannnnnnnnnnnnnnnnaatttgggggaactttaaaa 169  Q
    ||||| || ||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||                ||||||||||||||||||||    
T  28721440 agtaatgtttaaaattggaattttgaattattataagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaa-cccccaaaacccctcaatttgggggaactttaaaa 28721342  T
Q  170 ttggacaaattaagccattcaaaaccctccaaaacctttcccttgnnnnnnnaaaacttgcaaacaagggtt 241  Q
    |||||||||| ||| | |||||||||| ||||||| ||||| |||       |||||| |||||||||||||    
T  28721341 ttggacaaatgaagtccttcaaaaccccccaaaacatttcctttgtttttttaaaactcgcaaacaagggtt 28721270  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 54; E-Value: 5e-22
Query Start/End: Original strand, 70 - 241
Target Start/End: Complemental strand, 28729082 - 28728912
Alignment:
Q  70 agtaaggtctaaaattggaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaannnnnnnnnnnnnnnnaatttgggggaactttaaaa 169  Q
    ||||| || ||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||                ||||||||||||||||||||    
T  28729082 agtaatgtttaaaattggaattttgaattattataagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaa-cccccaaaacccctcaatttgggggaactttaaaa 28728984  T
Q  170 ttggacaaattaagccattcaaaaccctccaaaacctttcccttgnnnnnnnaaaacttgcaaacaagggtt 241  Q
    |||||||||| ||| | |||||||||| ||||||| ||||| |||       |||||| |||||||||||||    
T  28728983 ttggacaaatgaagtccttcaaaaccccccaaaacatttcctttgtttttttaaaactcgcaaacaagggtt 28728912  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #16
Raw Score: 44; E-Value: 5e-16
Query Start/End: Original strand, 79 - 133
Target Start/End: Complemental strand, 42576358 - 42576306
Alignment:
Q  79 taaaattggaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaa 133  Q
    |||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42576358 taaaattggaattttgaattatt--gagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaa 42576306  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #17
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 150 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 39154339 - 39154205
Alignment:
Q  150 aatttgggggaactttaaaattggacaaattaagccattcaaaaccctccaaaacctttcccttgnnnnnnnaaaacttgcaaacaa-gggttaccactc 248  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||| | || ||||||| ||||||||||| || ||       ||||||  ||||||| || ||||| |||    
T  39154339 aatttgggggaactttaaaattggacaaatgaagtcctttaaaaccccccaaaaccttt-ccatgtttttttaaaactcccaaacaatggtttacctctc 39154241  T
Q  249 cataagcctttccttcccttcccctcccctccaaaa 284  Q
    ||||||| ||| |||||| |||||||| ||||||||    
T  39154240 cataagcattttcttcccctcccctcctctccaaaa 39154205  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0087 (Bit Score: 97; Significance: 1e-47; HSPs: 1)
Name: scaffold0087
Description:

Target: scaffold0087; HSP #1
Raw Score: 97; E-Value: 1e-47
Query Start/End: Original strand, 76 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 8754 - 8546
Alignment:
Q  76 gtctaaaattggaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaannnnnnnnnnnnnnnnaatttgggggaactttaaaattggac 175  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                ||||||||||| ||||||||||||||    
T  8754 gtctaaaatttgaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaaccccccaaaaccccccaatttgggggatctttaaaattggac 8655  T
Q  176 aaattaagccattcaaaaccctccaaaacctttcccttgnnnnnnnaaaacttgcaaacaaggg-ttaccactccataagcctttccttcccttcccctc 274  Q
    |||| ||||| |||||||||| |||||||||||||||||       ||||||  |||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  8654 aaatgaagcccttcaaaaccccccaaaacctttcccttgttttttgaaaactcacaaacaagggtttaccactcc-taagcctttccttcccttcccctc 8556  T
Q  275 ccctccaaaa 284  Q
    ||||||||||    
T  8555 ccctccaaaa 8546  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0136 (Bit Score: 93; Significance: 3e-45; HSPs: 1)
Name: scaffold0136
Description:

Target: scaffold0136; HSP #1
Raw Score: 93; E-Value: 3e-45
Query Start/End: Original strand, 79 - 285
Target Start/End: Complemental strand, 11149 - 10945
Alignment:
Q  79 taaaattggaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaannnnnnnnnnnnnnnnaatttgggggaactttaaaattggacaaa 178  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                |||||||| ||||||||||||||||||||    
T  11149 taaaattggaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaacccccaaacccccc--aatttgggagaactttaaaattggacaaa 11052  T
Q  179 ttaagccattcaaaaccctccaaaacctttcccttgnnnnnnnaaaacttgcaaacaagggttaccactccataagcctttccttcccttcccctcccct 278  Q
    | ||| | |||||||||||||||||| ||||| |||       |||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| ||||    
T  11051 tgaagtccttcaaaaccctccaaaacttttcctttgtttttttaaaactcgcaaacaagggttaccactccataagccattccttccattcccctaccct 10952  T
Q  279 ccaaaat 285  Q
    |||||||    
T  10951 ccaaaat 10945  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0048 (Bit Score: 93; Significance: 3e-45; HSPs: 2)
Name: scaffold0048
Description:

Target: scaffold0048; HSP #1
Raw Score: 93; E-Value: 3e-45
Query Start/End: Original strand, 71 - 284
Target Start/End: Original strand, 46886 - 47099
Alignment:
Q  71 gtaaggtctaaaattggaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaannnnnnnnnnnnnnnnaatttgggggaactttaaaat 170  Q
    |||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                |||||||||||||||||||||    
T  46886 gtaatgtctataattgaaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaaccccccaaaaccccccaatttgggggaactttaaaat 46985  T
Q  171 tggacaaattaagccattcaaaaccctccaaaacctttcccttgnnnnnnnaaaacttgcaaacaagggttaccactccataagcctttccttcccttcc 270  Q
    ||||||||| ||||| |||||||||| ||||| |||||||||||       |||||| |||||||||||||   |||||||||||||||||||||||| |    
T  46986 tggacaaatgaagcccttcaaaaccccccaaagcctttcccttgtttttttaaaactcgcaaacaagggttttgactccataagcctttccttccctttc 47085  T
Q  271 cctcccctccaaaa 284  Q
    ||||||||| ||||    
T  47086 cctcccctcaaaaa 47099  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0048; HSP #2
Raw Score: 61; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 76 - 278
Target Start/End: Original strand, 73503 - 73708
Alignment:
Q  76 gtctaaaattggaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaannnnnnnnnnnnnnnnaatttgggggaactttaaaattggac 175  Q
    |||||||||||||||||||||||||||  |||| |||||||||||||||||||||| |                |||||||||||||||||||||||| |    
T  73503 gtctaaaattggaattttgaattattatcagggaaaaattgtcaatttgtatgtttcaccccccaaaatccccaaatttgggggaactttaaaattggtc 73602  T
Q  176 aaattaagccattcaaaa-ccctccaaaacctttcccttg-nnnnnnnaaaacttgcaaacaaggg-ttaccactccataagcctttccttcccttcccc 272  Q
    |||| ||||| ||||||| ||| ||||||||| |||||||         ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||     
T  73603 aaatgaagcccttcaaaacccccccaaaacctatcccttgtttttttttaaactcgcaaacaagggtttaccactccataagcctttccttcccctccct 73702  T
Q  273 tcccct 278  Q
    ||||||    
T  73703 tcccct 73708  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0294 (Bit Score: 74; Significance: 6e-34; HSPs: 1)
Name: scaffold0294
Description:

Target: scaffold0294; HSP #1
Raw Score: 74; E-Value: 6e-34
Query Start/End: Original strand, 70 - 266
Target Start/End: Complemental strand, 13457 - 13259
Alignment:
Q  70 agtaaggtctaaaattggaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaannnnnnnnnnnnnnnnaatttgggggaactttaaaa 169  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||                ||||| ||||||||||||||    
T  13457 agtaatgtctaaaattggaattttgaattattatgagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaaccccccaaaaccccccaattttggggaactttaaaa 13358  T
Q  170 ttggacaaattaagccattcaaaaccctccaaaacctttcccttgnnnnnnnaaaacttgcaa-acaaggg-ttaccactccataagcctttccttccc 266  Q
    |||||||||| ||||| |||| ||||| ||||||||||||| |||       |||||| |||| ||||||| |||||||||||||||| ||||||||||    
T  13357 ttggacaaatgaagcccttcagaaccccccaaaacctttcctttgtttttttaaaactcgcaacacaagggcttaccactccataagcatttccttccc 13259  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1147 (Bit Score: 62; Significance: 8e-27; HSPs: 1)
Name: scaffold1147
Description:

Target: scaffold1147; HSP #1
Raw Score: 62; E-Value: 8e-27
Query Start/End: Original strand, 96 - 285
Target Start/End: Original strand, 407 - 597
Alignment:
Q  96 attattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaannnnnnnnnnnnnnnnaatttgggggaactttaaaattggacaaattaagccattcaaaacc 195  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||                ||||||||||||||||||||||| | |||| ||||| |||||||||    
T  407 attattatgagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaaccacacaaaacccctcaatttgggggaactttaaaattgaagaaatgaagcccttcaaaacc 506  T
Q  196 ctccaaaacctttcccttgnnnnnnnaaaacttgcaaacaag-ggttaccactccataagcctttccttcccttcccctcccctccaaaat 285  Q
    | ||||||| ||||| |||       |||||| ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| |||||||||    
T  507 ccccaaaacttttcctttgtttttttaaaactcgcaaacaagagtttaccactccataagcctttccttcccctcccttcctctccaaaat 597  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0223 (Bit Score: 58; Significance: 2e-24; HSPs: 1)
Name: scaffold0223
Description:

Target: scaffold0223; HSP #1
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 79 - 196
Target Start/End: Original strand, 24733 - 24850
Alignment:
Q  79 taaaattggaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaannnnnnnnnnnnnnnnaatttgggggaactttaaaattggacaaa 178  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||                |||||||||||||||||||||||||||||    
T  24733 taaaattggaattttgaattattatgagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaatcccacaaaaccccccaatttgggggaactttaaaattggacaaa 24832  T
Q  179 ttaagccattcaaaaccc 196  Q
    | ||||| ||||||||||    
T  24833 tgaagcccttcaaaaccc 24850  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0063 (Bit Score: 56; Significance: 3e-23; HSPs: 2)
Name: scaffold0063
Description:

Target: scaffold0063; HSP #1
Raw Score: 56; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 70 - 133
Target Start/End: Complemental strand, 2042 - 1979
Alignment:
Q  70 agtaaggtctaaaattggaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaa 133  Q
    ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2042 agtaatgtctaaaatttgaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaa 1979  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0063; HSP #2
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 172 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 1923 - 1810
Alignment:
Q  172 ggacaaattaagccattcaaaaccctccaaaacctttcccttgnnnnnnnaaaacttgcaaacaagggtt-accactccataagcctttccttcccttcc 270  Q
    |||||||| || || |||||||||| ||||||| |||||||||       ||||||  |||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||    
T  1923 ggacaaatgaaacccttcaaaaccccccaaaacttttcccttgtttttttaaaactcacaaacaagggtttacgactccataagcctttccttcccttcc 1824  T
Q  271 cctcccctccaaaa 284  Q
    ||||||||||||||    
T  1823 cctcccctccaaaa 1810  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University