View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1596_low_22 (Length: 460)

Name: NF1596_low_22
Description: NF1596
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1596_low_22
NF1596_low_22
[»] chr4 (17 HSPs)
chr4 (1-441)||(5564982-5565422)
chr4 (5-441)||(5858246-5858682)
chr4 (1-441)||(5605299-5605740)
chr4 (5-441)||(3749134-3749570)
chr4 (47-355)||(5885978-5886286)
chr4 (48-437)||(5570755-5571144)
chr4 (66-439)||(5852656-5853029)
chr4 (18-350)||(5894794-5895126)
chr4 (48-326)||(5847764-5848038)
chr4 (48-283)||(5582962-5583197)
chr4 (69-292)||(5553540-5553763)
chr4 (58-292)||(5559340-5559574)
chr4 (21-102)||(5613627-5613708)
chr4 (361-441)||(252282-252362)
chr4 (334-430)||(5583248-5583344)
chr4 (376-441)||(5539220-5539285)
chr4 (376-439)||(5553395-5553456)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (180-437)||(1483241-1483498)
chr8 (52-174)||(1485703-1485825)
[»] scaffold0454 (1 HSPs)
scaffold0454 (52-174)||(884-1007)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 429; Significance: 0; HSPs: 17)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 429; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 441
Target Start/End: Complemental strand, 5565422 - 5564982
Alignment:
Q  1 gtcttttgttgccgttccgtgacctacaagaattaggcatgtcaagctgtggtctttcaggtccccttgattcttccctttcaaaactagagaacctatc 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5565422 gtcttttgttgccgttccgtgacctacaagaattaggcatgtcaagctgtggtctttcaggaccccttgattcttccctttcaaaactagagaacctatc 5565323  T
Q  101 agtcattaatcttggtgacaataatttttcatccccagtgccacaaacatttgccaattttaaaaacctgaccaccctcagtcttgtagattgtgggttg 200  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5565322 agtcattattcttggtgacaataatttttcatccccagtgccacaaacatttgccaattttaaaaacctgaccaccctcagtcttgtagattgtgggttg 5565223  T
Q  201 accggtacatttccacaaaatatttttcagattgaaacattgtctgttattgacttatcatttaactacaatctccatggttcatttccagactactcac 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  5565222 accggtacatttccacaaaatatttttcagattgaaacattgtctgttattgacttatcatttaactacaatctccatggttcattcccagactactcac 5565123  T
Q  301 taagtgaatctcttcatagcattatagtgagttacacaaacttctctggagcattacctagctctattggcaaattgaggcacttatctaaattggatct 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5565122 taagtgaatctcttcatagcattatagtgagttacacaaacttctctggagcattacctagctctattggcaaattgaggcacttatctaaattggatct 5565023  T
Q  401 ttccagttgtcaatttaatggaacacttccaaattcattgt 441  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5565022 ttccagttgtcaatttaatggaacacttccaaattcattgt 5564982  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 221; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 5 - 441
Target Start/End: Complemental strand, 5858682 - 5858246
Alignment:
Q  5 tttgttgccgttccgtgacctacaagaattaggcatgtcaagctgtggtctttcaggtccccttgattcttccctttcaaaactagagaacctatcagtc 104  Q
    |||||||||||| ||  |||||||||||||  |||||||   ||||||||| | |||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||    
T  5858682 tttgttgccgttgcgaaacctacaagaattgagcatgtcttcctgtggtctattaggtccccttgattcttccctaacaaaactagagaacctatcagtc 5858583  T
Q  105 attaatcttggtgacaataatttttcatccccagtgccacaaacatttgccaattttaaaaacctgaccaccctcagtcttgtagattgtgggttgaccg 204  Q
    |||| ||||| ||| ||  |||||||||||||||| ||  |||||||||| |||||||||||| |||| ||||||||||||| |  |||||  ||  |||    
T  5858582 attattcttgatgagaactatttttcatccccagttcctgaaacatttgcaaattttaaaaacttgactaccctcagtcttgcattttgtgcattatccg 5858483  T
Q  205 gtacatttccacaaaatatttttcagattgaaacattgtctgttattgacttatcatttaactacaatctccatggttcatttccagactactcactaag 304  Q
    ||||||||||||| || || |||||||||| |||||||||||| ||||||||||  |  ||| | ||||||| ||||||||||||| |||||||||||||    
T  5858482 gtacatttccacagaagatctttcagattggaacattgtctgtgattgacttattttccaacgaaaatctccgtggttcatttccaaactactcactaag 5858383  T
Q  305 tgaatctcttcatagcattatagtgagttacacaaacttctctggagcattacctagctctattggcaaattgaggcacttatctaaattggatctttcc 404  Q
    ||||||||||||||| |||| ||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| |||||| |||||||||||||     
T  5858382 tgaatctcttcatagaattagagtgagtgacacaaacttctctggaccattacctagctctattggcaacttgaggcagttatctgaattggatctttct 5858283  T
Q  405 agttgtcaatttaatggaacacttccaaattcattgt 441  Q
      |||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  5858282 ttttgtcaatttaatggaacccttccaaattcattgt 5858246  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 206; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 1 - 441
Target Start/End: Complemental strand, 5605740 - 5605299
Alignment:
Q  1 gtcttttgttgccgttccgtgacctacaagaattaggcatgtcaagctgtggtctttcaggtccccttgattcttccctttcaaaactagagaacctatc 100  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||  ||||||| ||||||| |||||||||||||||||  |||   |||||||| ||||    
T  5605740 gtcttttgttgccgctccgtgacctacaagaattaggtatgtcagactgtggtttttcaggaccccttgattcttccctagcaaggttagagaacttatc 5605641  T
Q  101 agtcattaatcttggtgacaataatttttcatccccagtgccacaaacatttgccaattttaaaaacctgaccaccctcagtcttgtagattgtgggttg 200  Q
     ||||||  ||||| ||  || ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||   |||||||| |||    
T  5605640 tgtcattcttcttgatgggaacaatttttcatccccagtgccagaaacatttgccaattttaaaaacctaaccaccctcaatcttaacgattgtggattg 5605541  T
Q  201 accggtacatttccacaaaatatttttcagattgaaacattgtctgttattgacttatcatttaactacaatctccatgg-ttcatttccagactactca 299  Q
    || || ||||||||||||||||| ||||| |||  |||| |||| | ||||||||||||    |||   || || ||||| ||  |||||||||||||||    
T  5605540 actggaacatttccacaaaatatatttcaaattagaacactgtcagatattgacttatctgacaaccctaaccttcatggttttttttccagactactca 5605441  T
Q  300 ctaagtgaatctcttcatagcattatagtgagttacacaaacttctctggagcattacctagctctattggcaaattgaggcacttatctaaattggatc 399  Q
    || |||||||||||||| |||||||| | |||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| |||    
T  5605440 cttagtgaatctcttcacagcattatggcgagtaacacaagcttctctggagcattacctagctctattggcaacttgaggcacttatctgaattgtatc 5605341  T
Q  400 tttccagttgtcaatttaatggaacacttccaaattcattgt 441  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||    
T  5605340 tttccagttgtcaatttaatggaacactttccaattcattgt 5605299  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 133; E-Value: 6e-69
Query Start/End: Original strand, 5 - 441
Target Start/End: Complemental strand, 3749570 - 3749134
Alignment:
Q  5 tttgttgccgttccgtgacctacaagaattaggcatgtcaagctgtggtctttcaggtccccttgattcttccctttcaaaactagagaacctatcagtc 104  Q
    |||||||||||| |||||| | ||||||||  |||||||   ||||| | | ||||| |||||||||||||||||  ||| |||||||||||||||||||    
T  3749570 tttgttgccgttgcgtgacttgcaagaattgagcatgtcttactgtgatttatcaggaccccttgattcttccctaacaagactagagaacctatcagtc 3749471  T
Q  105 attaatcttggtgacaataatttttcatccccagtgccacaaacatttgccaattttaaaaacctgaccaccctcagtcttgtagattgtgggttgaccg 204  Q
    |||| ||||| ||  || ||||||||||| ||||||||  ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    |||||  |||||||    
T  3749470 attattcttgatgggaacaatttttcatcaccagtgccgaaaacatttgccaattttaaaaacttgaccaccctcagtcttgcgctttgtgaattgaccg 3749371  T
Q  205 gtacatttccacaaaatatttttcagattgaaacattgtctgttattgacttatcatttaactacaatctccatggttcatttccagactactcactaag 304  Q
    |||||||||||||    || |||||||||| |||| ||||   ||||||||| |     ||| | ||||||||||| |  |||||| |||||||| | ||    
T  3749370 gtacatttccacatgcaatctttcagattggaacactgtcaactattgacttgtttaacaacaaaaatctccatggcttttttccacactactcaatgag 3749271  T
Q  305 tgaatctcttcatagcattatagtgagttacacaaacttctctggagcattacctagctctattggcaaattgaggcacttatctaaattggatctttcc 404  Q
    |||||||||||| |  |||| ||| ||| |||||||||||| |||||||||||||| |  |||||| ||  ||||  | |||||||  |||||||||||     
T  3749270 tgaatctcttcaaataattagagtaagtaacacaaacttctatggagcattacctaacattattggaaacctgagaaaattatctactttggatctttct 3749171  T
Q  405 agttgtcaatttaatggaacacttccaaattcattgt 441  Q
      ||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  3749170 ttttgtcaattcaatggaacacttccaaattcattgt 3749134  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 133; E-Value: 6e-69
Query Start/End: Original strand, 47 - 355
Target Start/End: Original strand, 5885978 - 5886286
Alignment:
Q  47 ctgtggtctttcaggtccccttgattcttccctttcaaaactagagaacctatcagtcattaatcttggtgacaataatttttcatccccagtgccacaa 146  Q
    |||| |||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| || || ||||||||||||||||||||||||    
T  5885978 ctgtagtctatcaggaccccttgattcctccctttcaaaactagagaacctatcggtcattattcttggcgagaacaatttttcatccccagtgccacaa 5886077  T
Q  147 acatttgccaattttaaaaacctgaccaccctcagtcttgtagattgtgggttgaccggtacatttccacaaaatatttttcagattgaaacattgtctg 246  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||  | |||| || ||||| | ||||||||||||||| || || || |||  |||| ||||      
T  5886078 acatttgccaattttaaaaacctaaccaccctcaatcttcaaaattgcggattgacagatacatttccacaaaagatcttccaaattagaacactgtcaa 5886177  T
Q  247 ttattgacttatcatttaactacaatctccatggttcatttccagactactcactaagtgaatctcttcatagcattatagtgagttacacaaacttctc 346  Q
    |||||||||||||    |||  ||||||||||| ||  || || || |||||||| ||||||| |||||||||||||| ||||||| |||||| ||||||    
T  5886178 ttattgacttatctgacaaccccaatctccatgtttttttccctgattactcacttagtgaatatcttcatagcattagagtgagtaacacaagcttctc 5886277  T
Q  347 tggagcatt 355  Q
    |||||||||    
T  5886278 tggagcatt 5886286  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 122; E-Value: 2e-62
Query Start/End: Original strand, 48 - 437
Target Start/End: Original strand, 5570755 - 5571144
Alignment:
Q  48 tgtggtctttcaggtccccttgattcttccctttcaaaactagagaacctatcagtcattaatcttggtgacaataatttttcatccccagtgccacaaa 147  Q
    |||| ||| ||||| ||||||  |||||||||  ||| |||| |||||||||||||||||| ||||| ||  ||  |||| ||||||| ||||||| |||    
T  5570755 tgtgatctatcaggacccctttcttcttccctaacaagactaaagaacctatcagtcattattcttgatgggaactatttctcatccctagtgccagaaa 5570854  T
Q  148 catttgccaattttaaaaacctgaccaccctcagtcttgtagattgtgggttgaccggtacatttccacaaaatatttttcagattgaaacattgtctgt 247  Q
    ||||| ||||||||||||| || |||||||||||||||  |  |||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||| |||||||||  |    
T  5570855 cattttccaattttaaaaaactaaccaccctcagtctttcatcttgtggattgacaggtacatttccacaaaatatctttcaaattggaacattgtcatt 5570954  T
Q  248 tattgacttatcatttaactacaatctccatggttcatttccagactactcactaagtgaatctcttcatagcattatagtgagttacacaaacttctct 347  Q
    |||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| || |   | || |||| |||||| |||| | | |  || ||| |||||| ||| |||    
T  5570955 tattgatttatcattcaactacaatctccatggttcatttccggaatttccgctgagtggatctctccataccttaagggtaagtaacacaagcttttct 5571054  T
Q  348 ggagcattacctagctctattggcaaattgaggcacttatctaaattggatctttccagttgtcaatttaatggaacacttccaaattca 437  Q
    |||||||| ||    |||||||| ||  ||||||| |||||| ||||||||||||  | |||| ||||||||||||||||||| ||||||    
T  5571055 ggagcatttccatattctattggtaacatgaggcatttatctgaattggatcttttaaattgtaaatttaatggaacacttcccaattca 5571144  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 111; E-Value: 7e-56
Query Start/End: Original strand, 66 - 439
Target Start/End: Original strand, 5852656 - 5853029
Alignment:
Q  66 cttgattcttccctttcaaaactagagaacctatcagtcattaatcttggtgacaataatttttcatccccagtgccacaaacatttgccaattttaaaa 165  Q
    |||||||||||||| |||||||||  ||||||||||||||||| ||||| |   || |||||||| ||||| || ||| |||||||||| |||||| |||    
T  5852656 cttgattcttccctatcaaaactaaggaacctatcagtcattattcttgataggaacaatttttcttcccccgttccagaaacatttgctaattttcaaa 5852755  T
Q  166 acctgaccaccctcagtcttgtagattgtgggttgaccggtacatttccacaaaatatttttcagattgaaacattgtctgttattgacttatcatttaa 265  Q
    ||||||||||||| ||||||  ||||||||| ||||| |||||||||||||| || || |||||||||| |||| |||||||||||||| || |||  ||    
T  5852756 acctgaccacccttagtctttcagattgtggattgactggtacatttccacagaagatctttcagattggaacactgtctgttattgacataacatacaa 5852855  T
Q  266 ctacaatctccatggttcatttccagactactca-ctaagtgaatctcttcatagcattatagtgagttacacaaacttctctggagcattacctagctc 364  Q
    |  ||||||||||||||||||||||||  | ||| || |||| |||||| || | | | |  || |||| ||||||||| ||||||||| | ||   |      
T  5852856 cagcaatctccatggttcatttccaga-aattcagctgagtggatctctccagaccttaagggtaagtttcacaaacttttctggagcaattccacacat 5852954  T
Q  365 tattggcaaattgaggcacttatctaaattggatctttccagttgtcaatttaatggaacacttccaaattcatt 439  Q
     ||||| ||  |||||||||||| | ||||||||||||| | || ||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  5852955 cattggtaagatgaggcacttatatgaattggatctttctaattctcaatttaatggaacacttcccaattcatt 5853029  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 109; E-Value: 1e-54
Query Start/End: Original strand, 18 - 350
Target Start/End: Original strand, 5894794 - 5895126
Alignment:
Q  18 cgtgacctacaagaattaggcatgtcaagctgtggtctttcaggtccccttgattcttccctttcaaaactagagaacctatcagtcattaatcttggtg 117  Q
    |||||||||||||||||  ||||||| |  |||| | | |||||  |||||||||||||||| |||| |||| ||||||| |||||||||| ||||  |     
T  5894794 cgtgacctacaagaattgagcatgtctaattgtgatttgtcaggatcccttgattcttccctatcaagactacagaacctgtcagtcattattctttatc 5894893  T
Q  118 acaataatttttcatccccagtgccacaaacatttgccaattttaaaaacctgaccaccctcagtcttgtagattgtgggttgaccggtacatttccaca 217  Q
      || |||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||  | | ||||| |||| |||||||||||||||    
T  5894894 gaaacaatttttcatcctcattgccagaaacatttgccaattttaaaaacctaaccaccctcaatcttcgaaagtgtggattgatcggtacatttccaca 5894993  T
Q  218 aaatatttttcagattgaaacattgtctgttattgacttatcatttaactacaatctccatggttcatttccagactactcactaagtgaatctcttcat 317  Q
    ||| || || || |||   ||| |||| ||||||||||||||    |||  ||||||||| | ||  ||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  5894994 aaagatcttccaaattaggacactgtcagttattgacttatctggcaaccccaatctccaagttttttttccagactactcacttagtgaatctcttcat 5895093  T
Q  318 agcattatagtgagttacacaaacttctctgga 350  Q
    ||||||||| || || |||||| ||||||||||    
T  5895094 agcattatattgcgtaacacaagcttctctgga 5895126  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 106; E-Value: 7e-53
Query Start/End: Original strand, 48 - 326
Target Start/End: Original strand, 5847764 - 5848038
Alignment:
Q  48 tgtggtctttcaggtccccttgattcttccctttcaaaactagagaacctatcagtcattaatcttggtgacaataatttttcatccccagtgccacaaa 147  Q
    |||| ||| ||||| |||||||||||||||||  ||| ||||||||||||  | ||||||  ||||||||| || || ||||||||||||||||||||||    
T  5847764 tgtgatctatcaggaccccttgattcttccctaacaagactagagaacctgacggtcattgttcttggtgagaacaacttttcatccccagtgccacaaa 5847863  T
Q  148 catttgccaattttaaaaacctgaccaccctcagtcttgtagattgtgggttgaccggtacatttccacaaaatatttttcagattgaaacattgtctgt 247  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||  | | ||||| |||| ||||||||||||||||||||| || || ||| |||    ||| |     
T  5847864 catttgccaattttaaaaacctaaccaccctcaatcttcgaaagtgtggattgatcggtacatttccacaaaatatcttccaaattaaaa----gtcagc 5847959  T
Q  248 tattgacttatcatttaactacaatctccatggttcatttccagactactcactaagtgaatctcttcatagcattata 326  Q
    ||||||||||||    |||  ||| ||||||||||  ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  5847960 tattgacttatctgacaaccccaacctccatggtttttttccagaccactcacttagtgaatctcttcatagcattata 5848038  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 100; E-Value: 3e-49
Query Start/End: Original strand, 48 - 283
Target Start/End: Original strand, 5582962 - 5583197
Alignment:
Q  48 tgtggtctttcaggtccccttgattcttccctttcaaaactagagaacctatcagtcattaatcttggtgacaataatttttcatccccagtgccacaaa 147  Q
    |||| ||| |||||||||||||||||||||||  ||| |||| |||||||||||||||||| ||||| ||  || |||||||||||||||||||||||||    
T  5582962 tgtgatctatcaggtccccttgattcttccctaacaagactaaagaacctatcagtcattattcttgatgggaacaatttttcatccccagtgccacaaa 5583061  T
Q  148 catttgccaattttaaaaacctgaccaccctcagtcttgtagattgtgggttgaccggtacatttccacaaaatatttttcagattgaaacattgtctgt 247  Q
    ||||| ||||||| |||||  | |||||||||||||||| |  |||||| ||||| |||| ||||||| |||  || ||||| |||| ||| || ||  |    
T  5583062 cattttccaatttcaaaaaattaaccaccctcagtcttgcatcttgtggattgactggtaaatttccaaaaaccatctttcaaattggaacgttctcatt 5583161  T
Q  248 tattgacttatcatttaactacaatctccatggttc 283  Q
    |||||||||||| || ||||||||||||||||||||    
T  5583162 tattgacttatccttcaactacaatctccatggttc 5583197  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 84; E-Value: 1e-39
Query Start/End: Original strand, 69 - 292
Target Start/End: Complemental strand, 5553763 - 5553540
Alignment:
Q  69 gattcttccctttcaaaactagagaacctatcagtcattaatcttggtgacaataatttttcatccccagtgccacaaacatttgccaattttaaaaacc 168  Q
    ||||||||||| ||||||||| | |||||||| ||||||| ||||| |   || |||||||| ||||| || ||| ||||||||||||||||| ||||||    
T  5553763 gattcttccctatcaaaactaaaaaacctatcggtcattattcttgataggaacaatttttcttcccccgttccagaaacatttgccaattttcaaaacc 5553664  T
Q  169 tgaccaccctcagtcttgtagattgtgggttgaccggtacatttccacaaaatatttttcagattgaaacattgtctgttattgacttatcatttaacta 268  Q
    |||||||||| ||||||  |  |||||| || || ||||||||||||||||| || ||||| ||||||| | | || |||||||||||| ||   ||| |    
T  5553663 tgaccacccttagtcttacatcttgtggattaacaggtacatttccacaaaagatctttcaaattgaaaaactctccgttattgacttagcacacaacaa 5553564  T
Q  269 caatctccatggttcatttccaga 292  Q
    ||||||||||||||||||||||||    
T  5553563 caatctccatggttcatttccaga 5553540  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 58 - 292
Target Start/End: Complemental strand, 5559574 - 5559340
Alignment:
Q  58 caggtccccttgattcttccctttcaaaactagagaacctatcagtcattaatcttggtgacaataatttttcatccccagtgccacaaacatttgccaa 157  Q
    |||| ||||||||||| || || |||| |||| ||||  ||||  |||||| ||||| ||  || |||||||| ||||| |||||  |||||||| ||||    
T  5559574 caggaccccttgattcatctctgtcaagactaaagaatttatcgatcattattcttgatggaaacaatttttcttccccggtgcctgaaacattttccaa 5559475  T
Q  158 ttttaaaaacctgaccaccctcagtcttgtagattgtgggttgaccggtacatttccacaaaatatttttcagattgaaacattgtctgttattgactta 257  Q
    ||| | |||  |||| ||||| ||||||| || |||| | ||||| | |||||||||||| || || || || |||| |||||||||  |||||||||||    
T  5559474 tttcagaaatttgacaacccttagtcttgcagcttgtagattgactgatacatttccacataagatcttccaaattggaacattgtcatttattgactta 5559375  T
Q  258 tcatttaactacaatctccatggttcatttccaga 292  Q
     |||| ||| | ||||||||| |||||||||||||    
T  5559374 acattaaacaaaaatctccatagttcatttccaga 5559340  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 21 - 102
Target Start/End: Complemental strand, 5613708 - 5613627
Alignment:
Q  21 gacctacaagaattaggcatgtcaagctgtggtctttcaggtccccttgattcttccctttcaaaactagagaacctatcag 102  Q
    |||||||||||| |  ||||||| | ||||  ||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5613708 gacctacaagaactgagcatgtctaactgtaatctatcaggacctcttgattcttccctttcaaaactagagaacctatcag 5613627  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 361 - 441
Target Start/End: Original strand, 252282 - 252362
Alignment:
Q  361 gctctattggcaaattgaggcacttatctaaattggatctttccagttgtcaatttaatggaacacttccaaattcattgt 441  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||| |||| || |||||    |||||||||||||| |||||||| ||||||||||    
T  252282 gctctattggcaacttgaggcacttatctgaattagacctttctcactgtcaatttaatggtacacttcccaattcattgt 252362  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 334 - 430
Target Start/End: Original strand, 5583248 - 5583344
Alignment:
Q  334 acacaaacttctctggagcattacctagctctattggcaaattgaggcacttatctaaattggatctttccagttgtcaatttaatggaacacttcc 430  Q
    |||||| ||||||||||||||| ||   ||||||||| ||  || |||| |||||| ||||||||||||| | |||| || ||||||||||||||||    
T  5583248 acacaagcttctctggagcatttccatactctattggtaacatggggcatttatctgaattggatctttcgaattgtgaacttaatggaacacttcc 5583344  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 376 - 441
Target Start/End: Original strand, 5539220 - 5539285
Alignment:
Q  376 tgaggcacttatctaaattggatctttccagttgtcaatttaatggaacacttccaaattcattgt 441  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||| | | |  | |||||||||| |||||| ||||||||||    
T  5539220 tgaggcacttatctgaattggatctttctaatagcaattttaatggaatacttcccaattcattgt 5539285  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 376 - 439
Target Start/End: Complemental strand, 5553456 - 5553395
Alignment:
Q  376 tgaggcacttatctaaattggatctttccagttgtcaatttaatggaacacttccaaattcatt 439  Q
    |||||||||||| ||  ||||||||||| | || ||||| ||||||||||||||| ||||||||    
T  5553456 tgaggcacttatata--ttggatctttctaattctcaatataatggaacacttcccaattcatt 5553395  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 90; Significance: 3e-43; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 90; E-Value: 3e-43
Query Start/End: Original strand, 180 - 437
Target Start/End: Complemental strand, 1483498 - 1483241
Alignment:
Q  180 agtcttgtagattgtgggttgaccggtacatttccacaaaatatttttcagattgaaacattgtctgttattgacttatcatttaactacaatctccatg 279  Q
    ||||||| | ||||||| |||| ||| |||||||| ||||| || |||||||||| | || ||||  |||| |||||||  |  ||| || |||| ||||    
T  1483498 agtcttgaatattgtggattgatcggaacatttccgcaaaagatctttcagattgcagcactgtcatttatcgacttatattacaacaacgatcttcatg 1483399  T
Q  280 gttcatttccagactactcactaagtgaatctcttcatagcattatagtgagttacacaaacttctctggagcattacctagctctattggcaaattgag 379  Q
    ||||||||||| |||||||||| ||||||||||||| ||| |||| ||| ||||||||||  || || |||| |||||| | ||||||||||||||||||    
T  1483398 gttcatttccaaactactcacttagtgaatctcttcgtagaattagagttagttacacaagtttatcaggagaattaccaaactctattggcaaattgag 1483299  T
Q  380 gcacttatctaaattggatctttccagttgtcaatttaatggaacacttccaaattca 437  Q
    | |||||||| ||||||||||| |    ||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  1483298 gtacttatctgaattggatcttccttactgtcaatttaatggaacacttcccaattca 1483241  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 51; E-Value: 5e-20
Query Start/End: Original strand, 52 - 174
Target Start/End: Complemental strand, 1485825 - 1485703
Alignment:
Q  52 gtctttcaggtccccttgattcttccctttcaaaactagagaacctatcagtcattaatcttggtgacaataatttttcatccccagtgccacaaacatt 151  Q
    |||| ||||| ||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| |  |||||| ||||| | | || ||| ||||||| ||| | ||| |||||||    
T  1485825 gtctatcaggacccgttgattcctccctttcaaaactagagaacctaaccatcattattcttgataagaacaatctttcatcgccaattccagaaacatt 1485726  T
Q  152 tgccaattttaaaaacctgacca 174  Q
    | |||||||||||||||||||||    
T  1485725 taccaattttaaaaacctgacca 1485703  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0454 (Bit Score: 44; Significance: 7e-16; HSPs: 1)
Name: scaffold0454
Description:

Target: scaffold0454; HSP #1
Raw Score: 44; E-Value: 7e-16
Query Start/End: Original strand, 52 - 174
Target Start/End: Complemental strand, 1007 - 884
Alignment:
Q  52 gtctttcaggtccccttgattcttccctttcaaaactagagaacctatcagtcattaatcttggtgacaataatttttcatccccagtgccacaaacatt 151  Q
    |||| ||||| ||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| |  |||||| ||||| | | || ||| ||||||| ||| | ||| |||||||    
T  1007 gtctatcaggacccgttgattcctccctttcaaaactagagaacctaaccatcattattcttgataagaacaatctttcatcgccaattccagaaacatt 908  T
Q  152 tgcc-aattttaaaaacctgacca 174  Q
    | || |||||||||||||||||||    
T  907 tacctaattttaaaaacctgacca 884  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University