View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1596_low_37 (Length: 404)

Name: NF1596_low_37
Description: NF1596
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1596_low_37
NF1596_low_37
[»] chr6 (25 HSPs)
chr6 (32-383)||(28185883-28186234)
chr6 (32-383)||(28227443-28227793)
chr6 (37-371)||(28181612-28181946)
chr6 (32-371)||(28325968-28326307)
chr6 (74-383)||(28297081-28297390)
chr6 (74-383)||(28514683-28514992)
chr6 (71-383)||(28235096-28235406)
chr6 (79-383)||(28243332-28243636)
chr6 (229-371)||(28503801-28503943)
chr6 (85-355)||(28097812-28098082)
chr6 (120-208)||(26849290-26849378)
chr6 (312-379)||(27705749-27705816)
chr6 (132-209)||(31288895-31288972)
chr6 (132-208)||(26623861-26623937)
chr6 (132-208)||(26729838-26729914)
chr6 (312-379)||(26056692-26056759)
chr6 (312-379)||(26076662-26076729)
chr6 (162-209)||(26959746-26959793)
chr6 (313-379)||(26803217-26803283)
chr6 (312-370)||(27530655-27530713)
chr6 (120-177)||(25483637-25483694)
chr6 (163-208)||(26975572-26975617)
chr6 (120-208)||(25539121-25539209)
chr6 (295-355)||(26849465-26849525)
chr6 (312-380)||(26937799-26937867)
[»] scaffold0019 (1 HSPs)
scaffold0019 (32-383)||(57635-57987)
[»] scaffold0038 (4 HSPs)
scaffold0038 (32-383)||(27941-28291)
scaffold0038 (71-383)||(35258-35568)
scaffold0038 (79-383)||(43494-43798)
scaffold0038 (32-219)||(117283-117470)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (76-355)||(5090322-5090601)
chr4 (120-171)||(18731053-18731104)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (93-355)||(3280210-3280472)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (315-379)||(29273183-29273247)
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (98-138)||(16691423-16691463)
chr5 (312-376)||(16691637-16691701)
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (312-370)||(28127029-28127087)
chr1 (312-370)||(28163729-28163787)
chr1 (315-379)||(267685-267749)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 296; Significance: 1e-166; HSPs: 25)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 296; E-Value: 1e-166
Query Start/End: Original strand, 32 - 383
Target Start/End: Original strand, 28185883 - 28186234
Alignment:
Q  32 tgtatttatacaactattattaataaattgatgtggttgtgaatttgtgatgcatttactcaaacttatttgattgtgtaggaatggttatgaacacgag 131  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| |||||||||||| |||| |||||||||| ||||||||||||    
T  28185883 tgtatttatacaactattattaataaattgatgtggctgtgaatttgtgatgcacttaatcaaacttattttattgggtaggaatggctatgaacacgag 28185982  T
Q  132 tttattgagaagatagtcaaatatgtatctaacaagatcaatcatgttcctttatatgttgctgattaccctgttggtattgagtctagggttcttaaag 231  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||| ||||    
T  28185983 tttattgagaagatagtcaaatatgtatctaacaagatcaatcatgttcctttatatgttgctgatttccctgttggtatcgagtctagggttctaaaag 28186082  T
Q  232 taaattcacttatggattttggatctaatggcgaagttcagatgctagggatctatgggcctagaggaaagggaaagacgacacttgcaagagcagttta 331  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28186083 taaattcacttatggattttggatctaatggtgaagttcagatgctagggatctatgggcctggaggaatgggaaagacgacacttgcaagagcagttta 28186182  T
Q  332 taattccatagctgatcaatttgatgatttgtgttttcttcatgatgtaagg 383  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  28186183 taattccctagctgatcaatttgatgatttgtgttttcttcacgatgtaagg 28186234  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 216; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 32 - 383
Target Start/End: Original strand, 28227443 - 28227793
Alignment:
Q  32 tgtatttatacaactattattaataaattgatgtggttgtgaatttgtgatgcatttactcaaacttatttgattgtgtaggaatggttatgaacacgag 131  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| ||||||  ||||    
T  28227443 tgtatttatacaactattattaataaattgatatgattgtgaatttgtgatgcatttactcaaa-ttatttgattgggtaggaatggctatgaatgcgag 28227541  T
Q  132 tttattgagaagatagtcaaatatgtatctaacaagatcaatcatgttcctttatatgttgctgattaccctgttggtattgagtctagggttcttaaag 231  Q
    ||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| |||| |||||||| || ||||    
T  28227542 tttatcgagaagatagtcaaatatatatctaacaagatcaatcatgttcctttacatgttgccgattaccctgttggtgttgaatctagggtcctaaaag 28227641  T
Q  232 taaattcacttatggattttggatctaatggcgaagttcagatgctagggatctatgggcctagaggaaagggaaagacgacacttgcaagagcagttta 331  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||  |||||| |||||||||| |||  | | |||| ||||||||| ||||||||||| ||||||||    
T  28227642 taaattcacttatggatgttggatctaatggtgaagcacagatgatagggatctacgggaatcgtggaatgggaaagacaacacttgcaagggcagttta 28227741  T
Q  332 taattccatagctgatcaatttgatgatttgtgttttcttcatgatgtaagg 383  Q
    |||||  ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||    
T  28227742 taattttatagccgatcaatttgatggtttgtgttttcttcacgatgtaagg 28227793  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 184; E-Value: 2e-99
Query Start/End: Original strand, 37 - 371
Target Start/End: Original strand, 28181612 - 28181946
Alignment:
Q  37 ttatacaactattattaataaattgatgtggttgtgaatttgtgatgcattta-ctcaaacttatttgattgtgtaggaatggttatgaacacgagttta 135  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||| | |||| ||||| ||||  |||||||||||||||||| |||||||||| |||||| | |||||||    
T  28181612 ttatacaactattattaa-aaattgatgtggttgagcatttatgatgtattttgctcaaacttatttgattgggtaggaatggatatgaatatgagttta 28181710  T
Q  136 ttgagaagatagtcaaatatgtatctaacaagatcaatcatgttcctttatatgttgctgattaccctgttggtattgagtctagggttcttaaagtaaa 235  Q
    | || |||||||||||||| || || || |||||||||  |||||||||||||||||| ||||||  ||||||| | ||||||||||| || ||||||||    
T  28181711 tcgaaaagatagtcaaatacgtttccaaaaagatcaattgtgttcctttatatgttgccgattactatgttggtctcgagtctagggtcctaaaagtaaa 28181810  T
Q  236 ttcacttatggattttggatctaatggcgaagttcagatgctagggatctatgggcctagaggaaagggaaagacgacacttgcaagagcagtttataat 335  Q
    |||| || ||||| | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| || |||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  28181811 ttcatttctggatgtcggatctaatggtgaagttcagatgctagggatctatgggactggaggaatgggaaagacgacgcttgcaagagcagtttataat 28181910  T
Q  336 tccatagctgatcaatttgatgatttgtgttttctt 371  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  28181911 tccatagctgatcaatttgatggtttgtgttttctt 28181946  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 184; E-Value: 2e-99
Query Start/End: Original strand, 32 - 371
Target Start/End: Original strand, 28325968 - 28326307
Alignment:
Q  32 tgtatttatacaactattattaataaattgatgtggttgtgaatttgtgatgcatttactcaaacttatttgattgtgtaggaatggttatgaacacgag 131  Q
    |||||| |||||||  |||| || | ||||||||  ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| |||||    
T  28325968 tgtattcatacaacagttatcaacacattgatgttattgtgaatttgcgatgcatttactcaaacttatttgattgggtaggaatggctatgaatacgag 28326067  T
Q  132 tttattgagaagatagtcaaatatgtatctaacaagatcaatcatgttcctttatatgttgctgattaccctgttggtattgagtctagggttcttaaag 231  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||  |  ||||||| |  |||||||||||||||||| ||||||||||| ||| | ||||||||| | ||  |||    
T  28326068 tttattgagaagatagtcaaatacgtattcaggaagatcagttgtgttcctttatatgttgcggattaccctgtaggtctcgagtctaggatcctagaag 28326167  T
Q  232 taaattcacttatggattttggatctaatggcgaagttcagatgctagggatctatgggcctagaggaaagggaaagacgacacttgcaagagcagttta 331  Q
    ||||||||||||| ||| |||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||| || | |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  28326168 taaattcacttatagatgttggatctaatggtaaagttcagatgctagggatctatgggactggtggaatgggaaagacaacacttgcaagagcagttta 28326267  T
Q  332 taattccatagctgatcaatttgatgatttgtgttttctt 371  Q
    |||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||    
T  28326268 taattccatagccgatcaatttgatggtttgtgttttctt 28326307  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 182; E-Value: 3e-98
Query Start/End: Original strand, 74 - 383
Target Start/End: Complemental strand, 28297390 - 28297081
Alignment:
Q  74 atttgtgatgcatttactcaaacttatttgattgtgtaggaatggttatgaacacgagtttattgagaagatagtcaaatatgtatctaacaagatcaat 173  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| |||||| | |||||||||||||||||||||||||| ||||| | ||||||||||    
T  28297390 atttgtgatgcatttactcaaacttatttgattggataggaatggatatgaatatgagtttattgagaagatagtcaaatacgtatccagcaagatcaat 28297291  T
Q  174 catgttcctttatatgttgctgattaccctgttggtattgagtctagggttcttaaagtaaattcacttatggattttggatctaatggcgaagttcaga 273  Q
    | |||||||||||||||||| |||||||| |||||| |  |||||||||| || |||||||||||| || ||||| |  |||||||||| ||||||||||    
T  28297290 cgtgttcctttatatgttgccgattaccccgttggtctccagtctagggtcctaaaagtaaattcatttctggatctcagatctaatggtgaagttcaga 28297191  T
Q  274 tgctagggatctatgggcctagaggaaagggaaagacgacacttgcaagagcagtttataattccatagctgatcaatttgatgatttgtgttttcttca 373  Q
    ||||||||||||||||| || |||| | ||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||    
T  28297190 tgctagggatctatgggactggagggatgggaaagacaacacttgccagagcagtttataattccatagccgatcaatttgatggtttgtgttttcttca 28297091  T
Q  374 tgatgtaagg 383  Q
      ||||||||    
T  28297090 caatgtaagg 28297081  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 182; E-Value: 3e-98
Query Start/End: Original strand, 74 - 383
Target Start/End: Original strand, 28514683 - 28514992
Alignment:
Q  74 atttgtgatgcatttactcaaacttatttgattgtgtaggaatggttatgaacacgagtttattgagaagatagtcaaatatgtatctaacaagatcaat 173  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| |||||| | |||||||||||||||||||||||||| ||||| | ||||||||||    
T  28514683 atttgtgatgcatttactcaaacttatttgattggataggaatggatatgaatatgagtttattgagaagatagtcaaatacgtatccagcaagatcaat 28514782  T
Q  174 catgttcctttatatgttgctgattaccctgttggtattgagtctagggttcttaaagtaaattcacttatggattttggatctaatggcgaagttcaga 273  Q
    | |||||||||||||||||| |||||||| |||||| |  |||||||||| || |||||||||||| || ||||| |  |||||||||| ||||||||||    
T  28514783 cgtgttcctttatatgttgccgattaccccgttggtctccagtctagggtcctaaaagtaaattcatttctggatctcagatctaatggtgaagttcaga 28514882  T
Q  274 tgctagggatctatgggcctagaggaaagggaaagacgacacttgcaagagcagtttataattccatagctgatcaatttgatgatttgtgttttcttca 373  Q
    ||||||||||||||||| || |||| | ||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||    
T  28514883 tgctagggatctatgggactggagggatgggaaagacaacacttgccagagcagtttataattccatagccgatcaatttgatggtttgtgttttcttca 28514982  T
Q  374 tgatgtaagg 383  Q
      ||||||||    
T  28514983 caatgtaagg 28514992  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 178; E-Value: 7e-96
Query Start/End: Original strand, 71 - 383
Target Start/End: Original strand, 28235096 - 28235406
Alignment:
Q  71 tgaatttgtgatgcatttactcaaacttatttgattgtgtaggaatggttatgaacacgagtttattgagaagatagtcaaatatgtatctaacaagatc 170  Q
    ||||||||||||||||| ||  | |||||||||  ||||||||||||| |||||| || ||| |||| |||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  28235096 tgaatttgtgatgcattaaccaagacttatttg--tgtgtaggaatggatatgaatacaagtatattaagaagatagtcaaatatgtatcaaacaagatc 28235193  T
Q  171 aatcatgttcctttatatgttgctgattaccctgttggtattgagtctagggttcttaaagtaaattcacttatggattttggatctaatggcgaagttc 270  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |  |||||||||| || ||||||| ||||  | ||||| ||||||||||||| |||||||    
T  28235194 aatcatgttcctttatatgttgccgattaccctgttggtctcaagtctagggtcctaaaagtaacttcatgtgtggatgttggatctaatggtgaagttc 28235293  T
Q  271 agatgctagggatctatgggcctagaggaaagggaaagacgacacttgcaagagcagtttataattccatagctgatcaatttgatgatttgtgttttct 370  Q
    |||||||||||||||||||| || | ||||  |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  28235294 agatgctagggatctatgggactggtggaattggaaagacaacacttgcaagagcagtttataattccatagctgatcaatttgatggtttgtgttttct 28235393  T
Q  371 tcatgatgtaagg 383  Q
    ||| || ||||||    
T  28235394 tcacgacgtaagg 28235406  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 169; E-Value: 2e-90
Query Start/End: Original strand, 79 - 383
Target Start/End: Original strand, 28243332 - 28243636
Alignment:
Q  79 tgatgcatttactcaaacttatttgattgtgtaggaatggttatgaacacgagtttattgagaagatagtcaaatatgtatctaacaagatcaatcatgt 178  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||| |||||| |||| | ||| ||||||| |||    
T  28243332 tgatgcatttactcaaacttatttgattgggtaggaatggatatgaatacgagtttattgagaagatagtaaaatatttatccagcaaaatcaatcgtgt 28243431  T
Q  179 tcctttatatgttgctgattaccctgttggtattgagtctagggttcttaaagtaaattcacttatggattttggatctaatggcgaagttcagatgcta 278  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| || |||||||||  | || | ||| | ||||||| ||| | |||||| ||||||    
T  28243432 tcctctatatgttgctgattaccctgttggtctcgagtctagggtcctaaaagtaaataaatttcttgatgtcggatctactggtgtagttcatatgcta 28243531  T
Q  279 gggatctatgggcctagaggaaagggaaagacgacacttgcaagagcagtttataattccatagctgatcaatttgatgatttgtgttttcttcatgatg 378  Q
    |||||||||||| || | |||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| ||||||||||| ||||    
T  28243532 gggatctatgggactggtggaatgggaaagacaacacttgcaagagcagtttataattccatagctgatcaatttgattgtttatgttttcttcacgatg 28243631  T
Q  379 taagg 383  Q
    |||||    
T  28243632 taagg 28243636  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 99; E-Value: 9e-49
Query Start/End: Original strand, 229 - 371
Target Start/End: Original strand, 28503801 - 28503943
Alignment:
Q  229 aagtaaattcacttatggattttggatctaatggcgaagttcagatgctagggatctatgggcctagaggaaagggaaagacgacacttgcaagagcagt 328  Q
    |||||||||||||||| ||| |||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||| || | |||| ||||||||| |||||||||||||||||    
T  28503801 aagtaaattcacttatagatgttggatctaatggtaaagttcagatgctagggatctatgggactggtggaatgggaaagacaacacttgcaagagcagt 28503900  T
Q  329 ttataattccatagctgatcaatttgatgatttgtgttttctt 371  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||    
T  28503901 ttataattccatagccgatcaatttgatggtttgtgttttctt 28503943  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 85 - 355
Target Start/End: Complemental strand, 28098082 - 28097812
Alignment:
Q  85 atttactcaaacttatttgattgtgtaggaatggttatgaacacgagtttattgagaagatagtcaaatatgtatctaacaagatcaatcatgttccttt 184  Q
    |||||||||||||||| | ||||   |||||||| ||||||  ||||||||||  | | ||||||||||||||||| |||||  | |||||||| | |||    
T  28098082 atttactcaaacttatcttattggccaggaatggatatgaattcgagtttattcgggaaatagtcaaatatgtatccaacaaattgaatcatgtcctttt 28097983  T
Q  185 atatgttgctgattaccctgttggtattgagtctagggttcttaaagtaaattcacttatggattttggatctaatggcgaagttcagatgctagggatc 284  Q
    | |||||| ||||||||| |||||  |  |   | | ||| | |||||||| |||||| |  |  ||||||||||||   ||||  ||||||| ||||||    
T  28097982 acatgttgttgattaccccgttggcctacaacatcgagttttaaaagtaaactcacttctaaaagttggatctaatgataaagtcaagatgcttgggatc 28097883  T
Q  285 tatgggcctagaggaaagggaaagacgacacttgcaagagcagtttataattccatagctgatcaatttga 355  Q
    ||||| ||  |||| |  || ||||| |||||||||| ||| |||||||||| ||| |||| |||||||||    
T  28097882 tatggaccaggagggataggtaagacaacacttgcaaaagcggtttataatttcattgctggtcaatttga 28097812  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000009
Query Start/End: Original strand, 120 - 208
Target Start/End: Original strand, 26849290 - 26849378
Alignment:
Q  120 tatgaacacgagtttattgagaagatagtcaaatatgtatctaacaagatcaatcatgttcctttatatgttgctgattaccctgttgg 208  Q
    ||||||||| | ||||||| ||| ||||| ||  |||| || ||||||||||| |||||||||||  ||||||||||||||| ||||||    
T  26849290 tatgaacaccattttattgggaaaatagttaaggatgtctccaacaagatcaaccatgttcctttgcatgttgctgattaccttgttgg 26849378  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 312 - 379
Target Start/End: Complemental strand, 27705816 - 27705749
Alignment:
Q  312 acacttgcaagagcagtttataattccatagctgatcaatttgatgatttgtgttttcttcatgatgt 379  Q
    ||||||||||||||| |||||||||   | |||||||||||||| | ||| |||||||||||||||||    
T  27705816 acacttgcaagagcaatttataattttgttgctgatcaatttgaaggtttatgttttcttcatgatgt 27705749  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 132 - 209
Target Start/End: Original strand, 31288895 - 31288972
Alignment:
Q  132 tttattgagaagatagtcaaatatgtatctaacaagatcaatcatgttcctttatatgttgctgattaccctgttggt 209  Q
    |||||||| || ||||| | | |||| || |||||||| || |||||||||||| ||||||||||||||| |||||||    
T  31288895 tttattgaaaaaatagttacagatgtctccaacaagattaaccatgttcctttacatgttgctgattaccttgttggt 31288972  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 132 - 208
Target Start/End: Original strand, 26623861 - 26623937
Alignment:
Q  132 tttattgagaagatagtcaaatatgtatctaacaagatcaatcatgttcctttatatgttgctgattaccctgttgg 208  Q
    |||||||| ||||||||||||||  | || ||||||||||||| ||| || ||| |||||||| | |||||||||||    
T  26623861 tttattgaaaagatagtcaaatacatctccaacaagatcaatcgtgtgcccttacatgttgctaaataccctgttgg 26623937  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 132 - 208
Target Start/End: Original strand, 26729838 - 26729914
Alignment:
Q  132 tttattgagaagatagtcaaatatgtatctaacaagatcaatcatgttcctttatatgttgctgattaccctgttgg 208  Q
    |||||||| ||||||||||||||  | || ||||||||||||| ||| || ||| |||||||| | |||||||||||    
T  26729838 tttattgaaaagatagtcaaatacatctccaacaagatcaatcgtgtgcccttacatgttgctaaataccctgttgg 26729914  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000009
Query Start/End: Original strand, 312 - 379
Target Start/End: Original strand, 26056692 - 26056759
Alignment:
Q  312 acacttgcaagagcagtttataattccatagctgatcaatttgatgatttgtgttttcttcatgatgt 379  Q
    |||||||||| |||||||| |||||| || |||||||||||||| | | | |||||||||||| ||||    
T  26056692 acacttgcaaaagcagtttttaattctattgctgatcaatttgaaggtgtatgttttcttcataatgt 26056759  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #17
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000009
Query Start/End: Original strand, 312 - 379
Target Start/End: Original strand, 26076662 - 26076729
Alignment:
Q  312 acacttgcaagagcagtttataattccatagctgatcaatttgatgatttgtgttttcttcatgatgt 379  Q
    |||||||||| |||||||| |||||| || |||||||||||||| | | | |||||||||||| ||||    
T  26076662 acacttgcaaaagcagtttttaattctattgctgatcaatttgaaggtgtatgttttcttcataatgt 26076729  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #18
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000009
Query Start/End: Original strand, 162 - 209
Target Start/End: Original strand, 26959746 - 26959793
Alignment:
Q  162 aacaagatcaatcatgttcctttatatgttgctgattaccctgttggt 209  Q
    |||||||| || |||||||||||| ||||||||||||||| |||||||    
T  26959746 aacaagattaaccatgttcctttacatgttgctgattaccttgttggt 26959793  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #19
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 313 - 379
Target Start/End: Original strand, 26803217 - 26803283
Alignment:
Q  313 cacttgcaagagcagtttataattccatagctgatcaatttgatgatttgtgttttcttcatgatgt 379  Q
    |||||||||||||| | |||||||   | |||||||||||||| | ||| |||||||||||||||||    
T  26803217 cacttgcaagagcaatctataattttgttgctgatcaatttgaaggtttatgttttcttcatgatgt 26803283  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #20
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 312 - 370
Target Start/End: Complemental strand, 27530713 - 27530655
Alignment:
Q  312 acacttgcaagagcagtttataattccatagctgatcaatttgatgatttgtgttttct 370  Q
    |||||||||| |||| ||||||||| ||| |||||||||||||| | ||| ||||||||    
T  27530713 acacttgcaaaagcaatttataatttcattgctgatcaatttgaagttttatgttttct 27530655  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #21
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 120 - 177
Target Start/End: Original strand, 25483637 - 25483694
Alignment:
Q  120 tatgaacacgagtttattgagaagatagtcaaatatgtatctaacaagatcaatcatg 177  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||| ||||  | || ||||| ||||||||||    
T  25483637 tatgaacacaagtttattgagaagatagtccaatacatctccaacaatatcaatcatg 25483694  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #22
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 163 - 208
Target Start/End: Original strand, 26975572 - 26975617
Alignment:
Q  163 acaagatcaatcatgttcctttatatgttgctgattaccctgttgg 208  Q
    |||||||||| || ||||||||| ||||||||||||||| ||||||    
T  26975572 acaagatcaaccacgttcctttacatgttgctgattaccttgttgg 26975617  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #23
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 120 - 208
Target Start/End: Original strand, 25539121 - 25539209
Alignment:
Q  120 tatgaacacgagtttattgagaagatagtcaaatatgtatctaacaagatcaatcatgttcctttatatgttgctgattaccctgttgg 208  Q
    |||||| || |||||||||||||||||||| || |  | || ||||| ||||||||||||  ||||||||| ||  | |||||||||||    
T  25539121 tatgaatacaagtttattgagaagatagtcgaagacatctccaacaatatcaatcatgtttttttatatgtggccaaataccctgttgg 25539209  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #24
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 295 - 355
Target Start/End: Original strand, 26849465 - 26849525
Alignment:
Q  295 gaggaaagggaaagacgacacttgcaagagcagtttataattccatagctgatcaatttga 355  Q
    |||||| |||||| || ||||||||   ||||||||||||||| || ||||||||||||||    
T  26849465 gaggaatgggaaaaacaacacttgctcaagcagtttataattcgattgctgatcaatttga 26849525  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #25
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 312 - 380
Target Start/End: Original strand, 26937799 - 26937867
Alignment:
Q  312 acacttgcaagagcagtttataattccatagctgatcaatttgatgatttgtgttttcttcatgatgta 380  Q
    ||||||||| ||||| |||||||||  || | ||||||||||||   |||||||||||||||| |||||    
T  26937799 acacttgcacgagcaatttataatttgattggtgatcaatttgaaagtttgtgttttcttcataatgta 26937867  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0019 (Bit Score: 229; Significance: 1e-126; HSPs: 1)
Name: scaffold0019
Description:

Target: scaffold0019; HSP #1
Raw Score: 229; E-Value: 1e-126
Query Start/End: Original strand, 32 - 383
Target Start/End: Complemental strand, 57987 - 57635
Alignment:
Q  32 tgtatttatacaactattattaataaattgatgtggttgtgaatttgtgatgcatttactcaaacttatttgatt-gtgtaggaatggttatgaacacga 130  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||| | |||||||||| ||||||  |||    
T  57987 tgtatttatacaactattattaataaattgacgcggttgtgaatttatgatgcatttactcaaacttatttcatttgggtaggaatggatatgaatgcga 57888  T
Q  131 gtttattgagaagatagtcaaatatgtatctaacaagatcaatcatgttcctttatatgttgctgattaccctgttggtattgagtctagggttcttaaa 230  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || |||||||| || |||    
T  57887 gtttattgagaagatagtcaaatatgtatctaacaagatcaatcatgttcctttatatgttgccgattaccctgttggtatcgaatctagggtcctaaaa 57788  T
Q  231 gtaaattcacttatggattttggatctaatggcgaagttcagatgctagggatctatgggcctagaggaaagggaaagacgacacttgcaagagcagttt 330  Q
    |||||||||||| ||||| || |||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||   | |||||| ||||||||| |||||||| ||||||||||    
T  57787 gtaaattcacttctggatgttagatctaatggtgaagttcagatgctagggatctacggaattggaggaatgggaaagacaacacttgctagagcagttt 57688  T
Q  331 ataattccatagctgatcaatttgatgatttgtgttttcttcatgatgtaagg 383  Q
     |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||    
T  57687 ttaattccatagccgatcaatttgatgatttgtgttttcttcacgacgtaagg 57635  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0038 (Bit Score: 216; Significance: 1e-118; HSPs: 4)
Name: scaffold0038
Description:

Target: scaffold0038; HSP #1
Raw Score: 216; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 32 - 383
Target Start/End: Original strand, 27941 - 28291
Alignment:
Q  32 tgtatttatacaactattattaataaattgatgtggttgtgaatttgtgatgcatttactcaaacttatttgattgtgtaggaatggttatgaacacgag 131  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| ||||||  ||||    
T  27941 tgtatttatacaactattattaataaattgatatgattgtgaatttgtgatgcatttactcaaa-ttatttgattgggtaggaatggctatgaatgcgag 28039  T
Q  132 tttattgagaagatagtcaaatatgtatctaacaagatcaatcatgttcctttatatgttgctgattaccctgttggtattgagtctagggttcttaaag 231  Q
    ||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| |||| |||||||| || ||||    
T  28040 tttatcgagaagatagtcaaatatatatctaacaagatcaatcatgttcctttacatgttgccgattaccctgttggtgttgaatctagggtcctaaaag 28139  T
Q  232 taaattcacttatggattttggatctaatggcgaagttcagatgctagggatctatgggcctagaggaaagggaaagacgacacttgcaagagcagttta 331  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||  |||||| |||||||||| |||  | | |||| ||||||||| ||||||||||| ||||||||    
T  28140 taaattcacttatggatgttggatctaatggtgaagcacagatgatagggatctacgggaatcgtggaatgggaaagacaacacttgcaagggcagttta 28239  T
Q  332 taattccatagctgatcaatttgatgatttgtgttttcttcatgatgtaagg 383  Q
    |||||  ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||    
T  28240 taattttatagccgatcaatttgatggtttgtgttttcttcacgatgtaagg 28291  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0038; HSP #2
Raw Score: 178; E-Value: 7e-96
Query Start/End: Original strand, 71 - 383
Target Start/End: Original strand, 35258 - 35568
Alignment:
Q  71 tgaatttgtgatgcatttactcaaacttatttgattgtgtaggaatggttatgaacacgagtttattgagaagatagtcaaatatgtatctaacaagatc 170  Q
    ||||||||||||||||| ||  | |||||||||  ||||||||||||| |||||| || ||| |||| |||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  35258 tgaatttgtgatgcattaaccaagacttatttg--tgtgtaggaatggatatgaatacaagtatattaagaagatagtcaaatatgtatcaaacaagatc 35355  T
Q  171 aatcatgttcctttatatgttgctgattaccctgttggtattgagtctagggttcttaaagtaaattcacttatggattttggatctaatggcgaagttc 270  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |  |||||||||| || ||||||| ||||  | ||||| ||||||||||||| |||||||    
T  35356 aatcatgttcctttatatgttgccgattaccctgttggtctcaagtctagggtcctaaaagtaacttcatgtgtggatgttggatctaatggtgaagttc 35455  T
Q  271 agatgctagggatctatgggcctagaggaaagggaaagacgacacttgcaagagcagtttataattccatagctgatcaatttgatgatttgtgttttct 370  Q
    |||||||||||||||||||| || | ||||  |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  35456 agatgctagggatctatgggactggtggaattggaaagacaacacttgcaagagcagtttataattccatagctgatcaatttgatggtttgtgttttct 35555  T
Q  371 tcatgatgtaagg 383  Q
    ||| || ||||||    
T  35556 tcacgacgtaagg 35568  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0038; HSP #3
Raw Score: 169; E-Value: 2e-90
Query Start/End: Original strand, 79 - 383
Target Start/End: Original strand, 43494 - 43798
Alignment:
Q  79 tgatgcatttactcaaacttatttgattgtgtaggaatggttatgaacacgagtttattgagaagatagtcaaatatgtatctaacaagatcaatcatgt 178  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||| |||||| |||| | ||| ||||||| |||    
T  43494 tgatgcatttactcaaacttatttgattgggtaggaatggatatgaatacgagtttattgagaagatagtaaaatatttatccagcaaaatcaatcgtgt 43593  T
Q  179 tcctttatatgttgctgattaccctgttggtattgagtctagggttcttaaagtaaattcacttatggattttggatctaatggcgaagttcagatgcta 278  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| || |||||||||  | || | ||| | ||||||| ||| | |||||| ||||||    
T  43594 tcctctatatgttgctgattaccctgttggtctcgagtctagggtcctaaaagtaaataaatttcttgatgtcggatctactggtgtagttcatatgcta 43693  T
Q  279 gggatctatgggcctagaggaaagggaaagacgacacttgcaagagcagtttataattccatagctgatcaatttgatgatttgtgttttcttcatgatg 378  Q
    |||||||||||| || | |||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| ||||||||||| ||||    
T  43694 gggatctatgggactggtggaatgggaaagacaacacttgcaagagcagtttataattccatagctgatcaatttgattgtttatgttttcttcacgatg 43793  T
Q  379 taagg 383  Q
    |||||    
T  43794 taagg 43798  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0038; HSP #4
Raw Score: 92; E-Value: 1e-44
Query Start/End: Original strand, 32 - 219
Target Start/End: Original strand, 117283 - 117470
Alignment:
Q  32 tgtatttatacaactattattaataaattgatgtggttgtgaatttgtgatgcatttactcaaacttatttgattgtgtaggaatggttatgaacacgag 131  Q
    |||||| |||||||  |||| || | ||||||||  ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| |||||    
T  117283 tgtattcatacaacagttatcaacacattgatgttattgtgaatttgcgatgcatttactcaaacttatttgattgggtaggaatggctatgaatacgag 117382  T
Q  132 tttattgagaagatagtcaaatatgtatctaacaagatcaatcatgttcctttatatgttgctgattaccctgttggtattgagtcta 219  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||  |  ||||||| |  |||||||||||||||||| ||||||||||| ||| | |||||||    
T  117383 tttattgagaagatagtcaaatacgtattcaggaagatcagttgtgttcctttatatgttgcggattaccctgtaggtctcgagtcta 117470  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 80; Significance: 2e-37; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 76 - 355
Target Start/End: Complemental strand, 5090601 - 5090322
Alignment:
Q  76 ttgtgatgcatttactcaaacttatttgattgtgtaggaatggttatgaacacgagtttattgagaagatagtcaaatatgtatctaacaagatcaatca 175  Q
    |||||||||||||| ||||| |||| |||||   ||||| ||| |||||| ||||||||||| ||| |||||||| |||||| || ||||||||||||||    
T  5090601 ttgtgatgcatttattcaaatttatctgatttgataggactggatatgaatacgagtttattcagatgatagtcacatatgtctccaacaagatcaatca 5090502  T
Q  176 tgttcctttatatgttgctgattaccctgttggtattgagtctagggttcttaaagtaaattcacttatggattttggatctaatggcgaagttcagatg 275  Q
       ||||||| |||||||||||||||| |||||  | ||| || | ||||| ||| || |||||||  ||||| |||| |||||||   |||| || |||    
T  5090501 cactcctttacatgttgctgattacccggttggattagagcctcgtgttctgaaattatattcactactggatattggttctaatgataaagtccaaatg 5090402  T
Q  276 ctagggatctatgggcctagaggaaagggaaagacgacacttgcaagagcagtttataattccatagctgatcaatttga 355  Q
    ||||||||||||||| || |||||| ||| || || ||||||| || |||| |||| |||| ||| ||| ||||||||||    
T  5090401 ctagggatctatgggactggaggaatgggtaaaaccacacttggaaaagcaatttacaatttcattgctcatcaatttga 5090322  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000009
Query Start/End: Original strand, 120 - 171
Target Start/End: Complemental strand, 18731104 - 18731053
Alignment:
Q  120 tatgaacacgagtttattgagaagatagtcaaatatgtatctaacaagatca 171  Q
    |||||| || |||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||    
T  18731104 tatgaatacaagtttattgaaaagatagtcaaatatgtctccaacaagatca 18731053  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 67; Significance: 1e-29; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 93 - 355
Target Start/End: Original strand, 3280210 - 3280472
Alignment:
Q  93 aaacttatttgattgtgtaggaatggttatgaacacgagtttattgagaagatagtcaaatatgtatctaacaagatcaatcatgttcctttatatgttg 192  Q
    |||||||| |||||| | |||||||  ||| || || ||||||| | | | ||||||||| ||||||| |||||||| |||| || ||||||| ||||||    
T  3280210 aaacttatatgattgggcaggaatgaatatcaatacaagtttataggggatatagtcaaaaatgtatccaacaagataaatcgtgctcctttacatgttg 3280309  T
Q  193 ctgattaccctgttggtattgagtctagggttcttaaagtaaattcacttatggattttggatctaatggcgaagttcagatgctagggatctatgggcc 292  Q
      |||||||| ||||| ||  ||||| | || |||||||||||||||||| | ||  ||| |||||||   |||||  ||||| |||| |||||||| |     
T  3280310 tcgattacccggttggcatgcagtctcgagtccttaaagtaaattcacttctagaagttgcatctaattatgaagtcaagatgataggtatctatggact 3280409  T
Q  293 tagaggaaagggaaagacgacacttgcaagagcagtttataattccatagctgatcaatttga 355  Q
    | |||||| ||| ||||| || |||||||||||||||||||||| ||| ||| ||||||||||    
T  3280410 tggaggaatgggtaagacaactcttgcaagagcagtttataatttcattgctaatcaatttga 3280472  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 33; Significance: 0.000000002; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 315 - 379
Target Start/End: Complemental strand, 29273247 - 29273183
Alignment:
Q  315 cttgcaagagcagtttataattccatagctgatcaatttgatgatttgtgttttcttcatgatgt 379  Q
    |||||||||||| | |||||||   | |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||    
T  29273247 cttgcaagagcaatctataatttttttgctgatcaatttgaagatttatgttttcttcatgatgt 29273183  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 33; Significance: 0.000000002; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 98 - 138
Target Start/End: Original strand, 16691423 - 16691463
Alignment:
Q  98 tatttgattgtgtaggaatggttatgaacacgagtttattg 138  Q
    ||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||    
T  16691423 tatttgattgtgtaggaatgaatatgaacacgagtttattg 16691463  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 312 - 376
Target Start/End: Original strand, 16691637 - 16691701
Alignment:
Q  312 acacttgcaagagcagtttataattccatagctgatcaatttgatgatttgtgttttcttcatga 376  Q
    ||||||||  ||||| |||||||||  || ||||||||||||||   ||||||||||||||||||    
T  16691637 acacttgctcgagcaatttataatttgattgctgatcaatttgaatgtttgtgttttcttcatga 16691701  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 31; Significance: 0.00000004; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 312 - 370
Target Start/End: Complemental strand, 28127087 - 28127029
Alignment:
Q  312 acacttgcaagagcagtttataattccatagctgatcaatttgatgatttgtgttttct 370  Q
    |||||||||| |||| ||||||||| ||| |||||||||||||| | ||| ||||||||    
T  28127087 acacttgcaaaagcaatttataatttcattgctgatcaatttgaaggtttatgttttct 28127029  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 312 - 370
Target Start/End: Complemental strand, 28163787 - 28163729
Alignment:
Q  312 acacttgcaagagcagtttataattccatagctgatcaatttgatgatttgtgttttct 370  Q
    |||||||||| |||| ||||||||| ||| |||||||||||||| | ||| ||||||||    
T  28163787 acacttgcaaaagcaatttataatttcattgctgatcaatttgaaggtttatgttttct 28163729  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 315 - 379
Target Start/End: Complemental strand, 267749 - 267685
Alignment:
Q  315 cttgcaagagcagtttataattccatagctgatcaatttgatgatttgtgttttcttcatgatgt 379  Q
    |||||||||||| | |||||||  || |||||||||||||| |  || |||||||||||||||||    
T  267749 cttgcaagagcaatctataattttattgctgatcaatttgaaggattatgttttcttcatgatgt 267685  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University