View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1596_low_94 (Length: 250)

Name: NF1596_low_94
Description: NF1596
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1596_low_94
NF1596_low_94
[»] scaffold0051 (5 HSPs)
scaffold0051 (15-232)||(895-1112)
scaffold0051 (15-232)||(3772-3989)
scaffold0051 (15-233)||(6959-7177)
scaffold0051 (15-232)||(8561-8778)
scaffold0051 (15-233)||(7942-8160)


Alignment Details
Target: scaffold0051 (Bit Score: 210; Significance: 1e-115; HSPs: 5)
Name: scaffold0051
Description:

Target: scaffold0051; HSP #1
Raw Score: 210; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 15 - 232
Target Start/End: Complemental strand, 1112 - 895
Alignment:
Q  15 caaaggtacatggaaatttcctactagagctattaatgatattgtaaaaaattattctcatatatttaaatgttgttgcttgatctattgcctcaaaagt 114  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1112 caaaggtacatggaaatttcctactagagctattaatgatattgtaaaaaattattctcatatatttaaatgttgttgcttgatctattgcctcaaaagt 1013  T
Q  115 ttatggtcttgaatcataaagatgattcaaaaagagaccatgttcaagagcgactcttggaacgatattttgatgtcaatttgatctttcattcatttag 214  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  1012 ttatggtcttgaatcataaagatgattcaaaaagagaccatgttcaagagcgactcttggaacgagattttgatctcaatttgatctttcattcatttag 913  T
Q  215 aagattccttaggctttg 232  Q
    ||||||||||||||||||    
T  912 aagattccttaggctttg 895  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0051; HSP #2
Raw Score: 210; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 15 - 232
Target Start/End: Complemental strand, 3989 - 3772
Alignment:
Q  15 caaaggtacatggaaatttcctactagagctattaatgatattgtaaaaaattattctcatatatttaaatgttgttgcttgatctattgcctcaaaagt 114  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3989 caaaggtacatggaaatttcctactagagctattaatgatattgtaaaaaattattctcatatatttaaatgttgttgcttgatctattgcctcaaaagt 3890  T
Q  115 ttatggtcttgaatcataaagatgattcaaaaagagaccatgttcaagagcgactcttggaacgatattttgatgtcaatttgatctttcattcatttag 214  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  3889 ttatggtcttgaatcataaagatgattcaaaaagagaccatgttcaagagcgactcttggaacgagattttgatctcaatttgatctttcattcatttag 3790  T
Q  215 aagattccttaggctttg 232  Q
    ||||||||||||||||||    
T  3789 aagattccttaggctttg 3772  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0051; HSP #3
Raw Score: 195; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 15 - 233
Target Start/End: Complemental strand, 7177 - 6959
Alignment:
Q  15 caaaggtacatggaaatttcctactagagctattaatgatattgtaaaaaattattctcatatatttaaatgttgttgcttgatctattgcctcaaaagt 114  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7177 caaaggtacatggaaatttcctactagagctattaatgatattgtaaaaaattattctcatatatttaaatgttgttgcttgatctattgcctcaaaagt 7078  T
Q  115 ttatggtcttgaatcataaagatgattcaaaaagagaccatgttcaagagcgactcttggaacgatattttgatgtcaatttgatctttcattcatttag 214  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  7077 ttatggtcttgaatcataaaaatgattcaaaaagagaccatgttcaagagcaactcttggaacaagattttgatgtcaatttgatatttcattcatttag 6978  T
Q  215 aagattccttaggctttgt 233  Q
    ||||||| |||||||||||    
T  6977 aagattcattaggctttgt 6959  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0051; HSP #4
Raw Score: 194; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 15 - 232
Target Start/End: Complemental strand, 8778 - 8561
Alignment:
Q  15 caaaggtacatggaaatttcctactagagctattaatgatattgtaaaaaattattctcatatatttaaatgttgttgcttgatctattgcctcaaaagt 114  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8778 caaaggtacatgtaaatttcctactagagctattaatgatattgtaaaaaattattctcatatatttaaatgttgttgcttgatctattgcctcaaaagt 8679  T
Q  115 ttatggtcttgaatcataaagatgattcaaaaagagaccatgttcaagagcgactcttggaacgatattttgatgtcaatttgatctttcattcatttag 214  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  8678 ttatggtcttgaatcataaaaatgattcaaaaagagaccatgttcaagagcaactcttggaacaagattttgatgtcaatttgatatttcattcatttag 8579  T
Q  215 aagattccttaggctttg 232  Q
    ||||||||||||||||||    
T  8578 aagattccttaggctttg 8561  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0051; HSP #5
Raw Score: 179; E-Value: 1e-96
Query Start/End: Original strand, 15 - 233
Target Start/End: Complemental strand, 8160 - 7942
Alignment:
Q  15 caaaggtacatggaaatttcctactagagctattaatgatattgtaaaaaattattctcatatatttaaatgttgttgcttgatctattgcctcaaaagt 114  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8160 caaaggtatatggaaatttcctactagagctatgaatgatattgcaaaaatttattctcatatatttaaatgttgttgcttgatctattgcctcaaaagt 8061  T
Q  115 ttatggtcttgaatcataaagatgattcaaaaagagaccatgttcaagagcgactcttggaacgatattttgatgtcaatttgatctttcattcatttag 214  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  8060 ttatggtcttgaatcataaatatgattcaaaaagagaccatgttcaagagcaactcttggaacaagattttgatgtcaatttgatatttcattcatttag 7961  T
Q  215 aagattccttaggctttgt 233  Q
    ||||||| |||||||||||    
T  7960 aagattcattaggctttgt 7942  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University