View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF15974_high_1 (Length: 924)

Name: NF15974_high_1
Description: NF15974
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF15974_high_1
NF15974_high_1
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (16-914)||(30756788-30757685)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 764; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 764; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 914
Target Start/End: Original strand, 30756788 - 30757685
Alignment:
Q  16 aatggttctcaaataataggcattaagacattatttaccattatcaattttcaattacttgattgagagtgtatgtaataaaaagagatgttgccatgca 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  30756788 aatggttctcaaataataggcattaagacattatttaccattatcaattttcaattacttgattgagagtgtacgtaataaaaagagatgttgccatgca 30756887  T
Q  116 aaaactccaagatatgcgaaaagaataagnnnnnnnnnnnnnnnnnngaagtagtaaggaaacagtaattaggcaaaccgtagcggccctgaaaaagtct 215  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||                  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  30756888 aaaactccaagatatgcgaaaagaataagaaaaaaacaaagaaaaa-gaagtagtaaggaaacagtaattaggcaaaccgtagcagccctgaaaaagtct 30756986  T
Q  216 ctcctaataggtaacagttgcatattcccgtaatatcattggcgaatagatgatggtgaacgtgaaccctttgatcgtgtttggatatgcttcgcgatta 315  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | ||||||||||||||||||||    
T  30756987 ctcctaataggaaacagttgcatattcccgtaatatcattggcgaatagatgatggtgaacgtgaaccctttgagcggggttggatatgcttcgcgatta 30757086  T
Q  316 ttttccttctttcgacttttagaaacaacaaaaataaaagaagtttcatcaccttctgcttcagtttaatgagaaaccagctctaaaacatatgtgtggc 415  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30757087 tttttcttctttcgacttttagaaacaacaaaaataaaagaagtttcatcaccttctgcttcagtttaatgagaaaccagctctaaaacatatgtgtggc 30757186  T
Q  416 gctcattatggctaaccaatgttcctcaattgtatatgtgacatcggacaaagcaaaatgaaaagaagtgtttgatttagggttccacgcaatctgagcc 515  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30757187 gctcattatggctaaccaatgttcctcaattgtatatgtgacaccggacaaagcaaaatgaaaataagtgtttgatttagggttccacgcaatctgagcc 30757286  T
Q  516 agtgtagtggacacttttgccgagtttttctgctataacagtataagcaacttgttcggcatttttaacttgagaatcattattaaaaaccttatctgca 615  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  30757287 agtgtagtggacacttgtgccgagtttttatgctataacagtataagcaacttgttcggcatttttaacttgagaatcattattaacaaccttatctgca 30757386  T
Q  616 ttaagaagtgtgggggttagaagtaacagggggttcagcatgacttgttggatgatcattagcaacaatgagctcttcggtattaatcagctcaccatga 715  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30757387 ttaagaagtgtgggggttagaagtaacagggggttcaacatgacttgttggatgatcattagtaacgatgagctcttcggtattaatcagctcaccatga 30757486  T
Q  716 agcttttcctgaatatttgaagtgtcatcagtaccgaatgaaattgtggcagggatatgctcttcattcacaatggcaataaccgccttattagtaattg 815  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30757487 agcttttcctgaatatttgaagtgtcatcagtaccgaatgaaattgtggcagggatatgctcttcattcacaatggcaataaccgccttattagtaattg 30757586  T
Q  816 gtgctgcaaaagctttagaagaacctataccatcaggatctttcttttcaacatatttcagagtcatttgcttccgagcatgtgtaggtttcatctcac 914  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  30757587 gcgctgcaaaagctttagaagaacctataccatcatgatcgttcttttcaacatatttcagagtcatttgcttccgagcatgtgtaggtttcttctcac 30757685  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University