View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF15978_low_11 (Length: 510)

Name: NF15978_low_11
Description: NF15978
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF15978_low_11
NF15978_low_11
[»] chr8 (7 HSPs)
chr8 (20-510)||(454260-454747)
chr8 (30-416)||(10685610-10685997)
chr8 (30-416)||(35743743-35744130)
chr8 (30-416)||(18867016-18867403)
chr8 (30-277)||(26299843-26300091)
chr8 (30-260)||(18856621-18856852)
chr8 (302-419)||(26299724-26299841)
[»] chr7 (8 HSPs)
chr7 (28-419)||(49090039-49090431)
chr7 (30-416)||(16883281-16883668)
chr7 (30-416)||(24262669-24263056)
chr7 (30-409)||(18412019-18412399)
chr7 (30-409)||(21644398-21644778)
chr7 (82-419)||(9186543-9186881)
chr7 (30-408)||(21987282-21987661)
chr7 (92-208)||(5818593-5818710)
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (30-416)||(19347632-19348019)
chr2 (82-409)||(25394247-25394575)
[»] chr5 (10 HSPs)
chr5 (30-416)||(31398338-31398725)
chr5 (30-277)||(37557970-37558218)
chr5 (30-424)||(24556930-24557325)
chr5 (30-424)||(24597962-24598357)
chr5 (30-416)||(27448177-27448563)
chr5 (30-328)||(28836734-28837033)
chr5 (192-416)||(33789710-33789934)
chr5 (82-416)||(43595475-43595810)
chr5 (82-416)||(43628269-43628604)
chr5 (30-122)||(33789964-33790056)
[»] chr3 (8 HSPs)
chr3 (30-416)||(8515448-8515835)
chr3 (30-416)||(32478694-32479081)
chr3 (30-419)||(1309222-1309612)
chr3 (30-419)||(16262713-16263103)
chr3 (30-409)||(2673566-2673946)
chr3 (30-419)||(3324882-3325274)
chr3 (82-415)||(28490571-28490905)
chr3 (82-166)||(9603245-9603330)
[»] scaffold0197 (1 HSPs)
scaffold0197 (30-416)||(15655-16042)
[»] chr4 (4 HSPs)
chr4 (82-419)||(16625391-16625729)
chr4 (30-416)||(9225750-9226137)
chr4 (192-409)||(18860133-18860350)
chr4 (73-419)||(5146259-5146602)
[»] chr6 (5 HSPs)
chr6 (30-416)||(33332422-33332809)
chr6 (30-409)||(14738918-14739298)
chr6 (30-277)||(24432667-24432915)
chr6 (82-416)||(24077279-24077619)
chr6 (30-167)||(29485190-29485328)
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (30-416)||(41396593-41396980)
chr1 (20-419)||(47100154-47100554)
chr1 (29-277)||(9025143-9025392)
[»] scaffold0006 (2 HSPs)
scaffold0006 (31-409)||(869-1247)
scaffold0006 (82-409)||(9025-9352)
[»] scaffold0078 (1 HSPs)
scaffold0078 (82-366)||(35414-35699)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 392; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 392; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 510
Target Start/End: Original strand, 454260 - 454747
Alignment:
Q  20 tttgatcactgtgaattccttttaaggcatgtgtgatatgatcctgaacctatgcaaaatgcaatttccattagcatgtttgataatctaggttattgca 119  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||| |||||||||    
T  454260 tttgatcactgtgagttccttttaaggcatgtgacatatgatcctgaacctatgcaaaatgcaattcccattaacatgtttgataatctaagttattgca 454359  T
Q  120 ctaaaattgtgcatgagatgtgtaaatttcgaatggtgcattaattactcttaaatgttttaagatgtttgatttatacattttagatggttttactgta 219  Q
    ||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  454360 ctaaaattgtatatgagatgtgtaaatttcgaatggtgcattaattactcttaaatgttttaagatgtttgatttatacattttagatggttttattgta 454459  T
Q  220 attgatcatgtatcgttagctagtgaagcatctcataataaatttgaattgtggcattcaaggtgacaacatgtcagtgaaagaggtttagtagaactag 319  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  454460 attgatcatgtatcgttagctagtgcagcatctcataataaatttgaattgtggcatttaaggtgacaacatgttagtgaaagaggtttagtagaactag 454559  T
Q  320 caaaacaagattttttaggaagagaaaatttagataagctagaatttagcaatcattacatactagacaaataacatagagtgaagtttgaaagtggtat 419  Q
    | ||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  454560 ccaaacaaggttttttaggaagagaaaatttggataagctagaatttcgcaatcattgcatactagacaaacaacatagagtgaagtttgaaagtggtat 454659  T
Q  420 acatttggatttttggattcttctttagatacttaatcacgggggatatactccccctctcgtgaacttttctccatctcttcatattcac 510  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  454660 acattcggatttttggattcttctttagatacttactcac-ggggatatact--ccctctcgtgaacttttctccatctcttcatattcac 454747  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 84; E-Value: 1e-39
Query Start/End: Original strand, 30 - 416
Target Start/End: Original strand, 10685610 - 10685997
Alignment:
Q  30 gtgaattccttttaaggcatgtgtgatatgatcctgaacctatgcaaaatgcaatttccattagcatgtttgataatctaggttattgcactaaaattgt 129  Q
    ||||||||||||||||| ||||| | |||| ||| |||| || || ||||  ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |     
T  10685610 gtgaattccttttaagggatgtgaggtatgttcccgaacttaagcgaaatttaatttccataagcatgtttgataatctaggttattgcactagaataga 10685709  T
Q  130 gcatgagatgtgt-aaatttcgaatggtgcattaattactcttaaatgttttaagatgtttgatttatacattttagatggttttactgtaattgatcat 228  Q
    ||||| | | ||| |||||||| |||||||||| |||||  | ||  | | ||  |||  || ||||||||||||||||||||  |  ||||||| | ||    
T  10685710 gcatggggtttgtaaaatttcgcatggtgcattgattacggtaaaggggtctagaatgaatggtttatacattttagatggttccatagtaattggtaat 10685809  T
Q  229 gtatcgttagctagtgaagcatctcataataaatttgaattgtggcattcaaggtgacaacatgtcagtgaaagaggtttagtagaactagcaaaacaag 328  Q
    | |||| |||||||||  |||||||||||||| | ||||||||||||||  || |     ||||| ||||| || |||||||| |||||||| |||||||    
T  10685810 gcatcggtagctagtgttgcatctcataataattctgaattgtggcatttgagattggggcatgttagtgagaggggtttagttgaactagctaaacaag 10685909  T
Q  329 attttttaggaagagaaaatttagataagctagaatttagcaatcattacatactagacaaataacatagagtgaagtttgaaagtgg 416  Q
     |||  |||| | ||| || || || |||||||||||| |  | |||| |||||||| |||| ||||||| |||||||||| ||||||    
T  10685910 gtttgctagggaaagataaattggacaagctagaattttgtgaacattgcatactaggcaaacaacatagggtgaagtttggaagtgg 10685997  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 84; E-Value: 1e-39
Query Start/End: Original strand, 30 - 416
Target Start/End: Complemental strand, 35744130 - 35743743
Alignment:
Q  30 gtgaattccttttaaggcatgtgtgatatgatcctgaacctatgcaaaatgcaatttccattagcatgtttgataatctaggttattgcactaaaattgt 129  Q
    ||||||||||||||||| ||||| | | || ||| |||| || || ||||  ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |     
T  35744130 gtgaattccttttaagggatgtgaggtttgttcccgaacttaagcgaaatttaatttccataagcatgtttgataatctaggttattgcactagaataga 35744031  T
Q  130 gcatgagatgtgt-aaatttcgaatggtgcattaattactcttaaatgttttaagatgtttgatttatacattttagatggttttactgtaattgatcat 228  Q
    ||||| | | ||| |||||||| |||||||||| |||||  ||||  | | ||  |||  || ||||||||||||||||||||  |  ||||||| | ||    
T  35744030 gcatggggtttgtaaaatttcgcatggtgcattgattacgattaaggggtctagaatgaatggtttatacattttagatggttccatagtaattggtaat 35743931  T
Q  229 gtatcgttagctagtgaagcatctcataataaatttgaattgtggcattcaaggtgacaacatgtcagtgaaagaggtttagtagaactagcaaaacaag 328  Q
    | |||| |||| ||||  |||||||||||||| | ||||||||||||||  || |     ||||| ||||| || |||||||| |||||||| |||||||    
T  35743930 gcatcggtagcaagtgttgcatctcataataattctgaattgtggcatttgagattggggcatgttagtgagaggggtttagttgaactagctaaacaag 35743831  T
Q  329 attttttaggaagagaaaatttagataagctagaatttagcaatcattacatactagacaaataacatagagtgaagtttgaaagtgg 416  Q
     |||  |||| | ||| || || ||||||||||||||| |  | |||| |||||||| |||| ||||||| |||||||||| ||||||    
T  35743830 gtttgctagggaaagataaattggataagctagaattttgtgaacattgcatactaggcaaacaacatagggtgaagtttggaagtgg 35743743  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 80; E-Value: 3e-37
Query Start/End: Original strand, 30 - 416
Target Start/End: Original strand, 18867016 - 18867403
Alignment:
Q  30 gtgaattccttttaaggcatgtgtgatatgatcctgaacctatgcaaaatgcaatttccattagcatgtttgataatctaggttattgcactaaaattgt 129  Q
    ||||||||||||||||| ||||| | | || ||| |||| || ||  |||  ||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||     
T  18867016 gtgaattccttttaagggatgtgaggtttgttcccgaacttaagcgtaatttaatttccctaagcatgtttgataatctaggttattgcactagaattga 18867115  T
Q  130 gcatgagatgtgt-aaatttcgaatggtgcattaattactcttaaatgttttaagatgtttgatttatacattttagatggttttactgtaattgatcat 228  Q
    ||||| | | ||| |||||||| |||||||||| |||||  ||||  | | ||  |||  || |||||| |||||||||||||  |  ||||||| | ||    
T  18867116 gcatggggtttgtaaaatttcgcatggtgcattgattacggttaaggggtctagaatgaatggtttatatattttagatggttccatagtaattggtaat 18867215  T
Q  229 gtatcgttagctagtgaagcatctcataataaatttgaattgtggcattcaaggtgacaacatgtcagtgaaagaggtttagtagaactagcaaaacaag 328  Q
    | |||| |||||||||  |||||||||||||| | ||||||||||||||  ||||     ||||| |||||||| |||||||| |||||||| |||||||    
T  18867216 gcatcggtagctagtgttgcatctcataataattctgaattgtggcatttgaggttggggcatgttagtgaaaggggtttagttgaactagctaaacaag 18867315  T
Q  329 attttttaggaagagaaaatttagataagctagaatttagcaatcattacatactagacaaataacatagagtgaagtttgaaagtgg 416  Q
     |||  |||| | ||| || || || |||||||||||| |  | |||| ||||||||  ||| ||||||| |||||||||| ||||||    
T  18867316 gtttgctagggaaagataaattggacaagctagaattttgtgagcattgcatactaggaaaacaacatagggtgaagtttggaagtgg 18867403  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 49; E-Value: 8e-19
Query Start/End: Original strand, 30 - 277
Target Start/End: Complemental strand, 26300091 - 26299843
Alignment:
Q  30 gtgaattccttttaaggcatgtgtgatatgatcctgaacctatgcaaaatgcaatttccattagcatgtttgataatctaggttattgcactaaaattgt 129  Q
    ||||||||||||||||| ||||| | | || ||| |||| || ||  |||  ||||||||| | ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||     
T  26300091 gtgaattccttttaagggatgtgaggtttgttcccgaacttaagcgtaatttaatttccataaccatgtttgatagtctaggttattgcactagaattga 26299992  T
Q  130 gcatgagatgtgt-aaatttcgaatggtgcattaattactcttaaatgttttaagatgtttgatttatacattttagatggttttactgtaattgatcat 228  Q
     |||| | | ||| |||||||| |||||||||| |||||  ||||  | | ||| |||  || ||||||||||||||||||||  |  ||||||| | ||    
T  26299991 acatggggtttgtaaaatttcgtatggtgcattgattacggttaaggggtctaaaatgaatggtttatacattttagatggttccatagtaattggtaat 26299892  T
Q  229 gtatcgttagctagtgaagcatctcataataaatttgaattgtggcatt 277  Q
    | |||| ||||||| |  | | |||||||||| | ||||||||||||||    
T  26299891 gcatcgatagctagcgttgtacctcataataattctgaattgtggcatt 26299843  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 30 - 260
Target Start/End: Original strand, 18856621 - 18856852
Alignment:
Q  30 gtgaattccttttaaggcatgtgtgatatgatcctgaacctatgcaaaatgcaatttccattagcatgtttgataatctaggttattgcactaaaattgt 129  Q
    ||||||||||||||||| ||||| | | || ||| |||| || ||  |||  ||||||| |  | |||||||||||||||||||||||||||| |||||     
T  18856621 gtgaattccttttaagggatgtgaggtttgttcccgaacttaagcgtaatttaatttccctatgtatgtttgataatctaggttattgcactagaattga 18856720  T
Q  130 gcatgagatgtgt-aaatttcgaatggtgcattaattactcttaaatgttttaagatgtttgatttatacattttagatggttttactgtaattgatcat 228  Q
    ||||| | | ||| |||||| | |||||||||| |||||  ||||  | | ||  |||  || |||||| |||||||||||||  |  ||||||| | ||    
T  18856721 gcatggggtttgtaaaattttgcatggtgcattgattacggttaaggggtctagaatgaatggtttatatattttagatggttccatagtaattggtaat 18856820  T
Q  229 gtatcgttagctagtgaagcatctcataataa 260  Q
    | |||| |||||||||  ||||||||||||||    
T  18856821 gcatcggtagctagtgttgcatctcataataa 18856852  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 302 - 419
Target Start/End: Complemental strand, 26299841 - 26299724
Alignment:
Q  302 gaggtttagtagaactagcaaaacaagattttttaggaagagaaaatttagataagctagaatttagcaatcattacatactagacaaataacatagagt 401  Q
    |||||||||| ||| |||||||||||| |||  |||||| ||| || || || |||||||||||| |  | |||| |||||||| |||  |||||| |||    
T  26299841 gaggtttagttgaattagcaaaacaaggtttgataggaaaagataaattggacaagctagaattttgtgagcattgcatactaggcaagcaacataaagt 26299742  T
Q  402 gaagtttgaaagtggtat 419  Q
     |||||||  ||||||||    
T  26299741 aaagtttggtagtggtat 26299724  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 89; Significance: 1e-42; HSPs: 8)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 89; E-Value: 1e-42
Query Start/End: Original strand, 28 - 419
Target Start/End: Complemental strand, 49090431 - 49090039
Alignment:
Q  28 ctgtgaattccttttaaggcatgtgtgatatgatcctgaacctatgcaaaatgcaatttccattagcatgtttgataatctaggttattgcactaaaatt 127  Q
    ||||||||||||||||||| ||||| | | || ||| |||| || || ||||  ||||||| | ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||    
T  49090431 ctgtgaattccttttaagggatgtgaggtttgttcccgaacttaagcgaaatttaatttccttaagcatgtttgatagtctaggttattgcactagaatt 49090332  T
Q  128 gtgcatgagatgtgt-aaatttcgaatggtgcattaattactcttaaatgttttaagatgtttgatttatacattttagatggttttactgtaattgatc 226  Q
      ||||| | | ||| |||||||| |||||||||| |||||  ||||| | | ||| |||  || ||||||||||||||||||||  |  ||||||| |     
T  49090331 aagcatggggtttgtaaaatttcgcatggtgcattgattacggttaaagggtctaaaatgaatggtttatacattttagatggttccatagtaattggta 49090232  T
Q  227 atgtatcgttagctagtgaagcatctcataataaatttgaattgtggcattcaaggtgacaacatgtcagtgaaagaggtttagtagaactagcaaaaca 326  Q
    ||| |||| |||||||||  | | |||||||||| | ||||||||||||||  || |   | ||||| ||||||||||||||||| |||||| | |||||    
T  49090231 atgcatcggtagctagtgttgtacctcataataattctgaattgtggcatttgagattggagcatgttagtgaaagaggtttagttgaactaactaaaca 49090132  T
Q  327 agattttttaggaagagaaaatttagataagctagaatttagcaatcattacatactagacaaataacatagagtgaagtttgaaagtggtat 419  Q
    || |||  |||||| ||| || || || |||||||||||| | || |||| |||||||| |||  |||||||||| |||||||  ||||||||    
T  49090131 aggtttgctaggaaaagataaattggacaagctagaattttgtaagcattgcatactaggcaagcaacatagagtaaagtttggtagtggtat 49090039  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 88; E-Value: 4e-42
Query Start/End: Original strand, 30 - 416
Target Start/End: Complemental strand, 16883668 - 16883281
Alignment:
Q  30 gtgaattccttttaaggcatgtgtgatatgatcctgaacctatgcaaaatgcaatttccattagcatgtttgataatctaggttattgcactaaaattgt 129  Q
    ||||||||||||||||| ||||| | |||| ||| |||| || || ||||  ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |     
T  16883668 gtgaattccttttaagggatgtgaggtatgttcccgaacttaagcgaaatttaatttccataagcatgtttgataatctaggttattgcactagaataga 16883569  T
Q  130 gcatgagatgtgt-aaatttcgaatggtgcattaattactcttaaatgttttaagatgtttgatttatacattttagatggttttactgtaattgatcat 228  Q
    ||||| | | ||| |||||||| |||||||||| |||||  | ||  | | ||  |||  || ||||||||||||||||||||  |  ||||||| | ||    
T  16883568 gcatggggtttgtaaaatttcgcatggtgcattgattacggtaaaggggtctagaatgaatggtttatacattttagatggttccatagtaattggtaat 16883469  T
Q  229 gtatcgttagctagtgaagcatctcataataaatttgaattgtggcattcaaggtgacaacatgtcagtgaaagaggtttagtagaactagcaaaacaag 328  Q
    | |||| |||||||||  |||||||||||||| | ||||||||||||||  || |     ||||| ||||| || |||||||| |||||||| |||||||    
T  16883468 gcatcggtagctagtgttgcatctcataataattctgaattgtggcatttgagattggggcatgttagtgagaggggtttagttgaactagctaaacaag 16883369  T
Q  329 attttttaggaagagaaaatttagataagctagaatttagcaatcattacatactagacaaataacatagagtgaagtttgaaagtgg 416  Q
     |||  |||| | ||| || || ||||||||||||||| |  | |||| |||||||| |||| ||||||| |||||||||| ||||||    
T  16883368 gtttgctagggaaagataaattggataagctagaattttgtgaacattgcatactaggcaaacaacatagggtgaagtttggaagtgg 16883281  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 84; E-Value: 1e-39
Query Start/End: Original strand, 30 - 416
Target Start/End: Original strand, 24262669 - 24263056
Alignment:
Q  30 gtgaattccttttaaggcatgtgtgatatgatcctgaacctatgcaaaatgcaatttccattagcatgtttgataatctaggttattgcactaaaattgt 129  Q
    ||||||||||||||||| ||||| | |||| ||| |||| || || ||||  ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |     
T  24262669 gtgaattccttttaagggatgtgaggtatgttcccgaacttaagcgaaatttaatttccataagcatgtttgataatctaggttattgcactagaataga 24262768  T
Q  130 gcatgagatgtgt-aaatttcgaatggtgcattaattactcttaaatgttttaagatgtttgatttatacattttagatggttttactgtaattgatcat 228  Q
    ||||| | | ||| |||||||| |||||||||| |||||  | ||  | | ||  |||  || ||||||||||||||||||||  |  ||||||| | ||    
T  24262769 gcatggggtttgtaaaatttcgcatggtgcattgattacggtaaaggggtctagaatgaatggtttatacattttagatggttccatagtaattggtaat 24262868  T
Q  229 gtatcgttagctagtgaagcatctcataataaatttgaattgtggcattcaaggtgacaacatgtcagtgaaagaggtttagtagaactagcaaaacaag 328  Q
    | |||| |||||||||  |||||||||||||| | ||||||||||||||  || |     ||||| ||||| || |||||||| |||||||| |||||||    
T  24262869 gcatcggtagctagtgttgcatctcataataattctgaattgtggcatttgagattggggcatgttagtgagaggggtttagttgaactagctaaacaag 24262968  T
Q  329 attttttaggaagagaaaatttagataagctagaatttagcaatcattacatactagacaaataacatagagtgaagtttgaaagtgg 416  Q
     |||  |||| | ||| || || || |||||||||||| |  | |||| |||||||| |||| ||||||| |||||||||| ||||||    
T  24262969 gtttgctagggaaagataaattggacaagctagaattttgtgaacattgcatactaggcaaacaacatagggtgaagtttggaagtgg 24263056  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 81; E-Value: 7e-38
Query Start/End: Original strand, 30 - 409
Target Start/End: Complemental strand, 18412399 - 18412019
Alignment:
Q  30 gtgaattccttttaaggcatgtgtgatatgatcctgaacctatgcaaaatgcaatttccattagcatgtttgataatctaggttattgcactaaaattgt 129  Q
    ||||||||||||||||| ||||| | | || ||| |||| || || ||||  ||||||| | ||||||||||||  ||||||||||||||||| |||||     
T  18412399 gtgaattccttttaagggatgtgaggtttgttcccgaacttaagcgaaatttaatttccctaagcatgtttgatggtctaggttattgcactagaattga 18412300  T
Q  130 gcatgagatgtgt-aaatttcgaatggtgcattaattactcttaaatgttttaagatgtttgatttatacattttagatggttttactgtaattgatcat 228  Q
    ||||| | | ||| |||||||| |||||||||| |||||  ||||  | | ||| |||  || ||||||||||||||||||||  |  ||||||| | ||    
T  18412299 gcatggggtttgtaaaatttcgcatggtgcattgattacggttaaggggtctaaaatgaatggtttatacattttagatggttccatagtaattggtaat 18412200  T
Q  229 gtatcgttagctagtgaagcatctcataataaatttgaattgtggcattcaaggtgacaacatgtcagtgaaagaggtttagtagaactagcaaaacaag 328  Q
    | |||| |||||||||  | | |||||||||| | ||||||||||||||  ||||     ||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||    
T  18412199 gcatcggtagctagtgttgtacctcataataattctgaattgtggcatttgaggttggggcatgttagtgaaagaggtttagttgaactagctaaacaag 18412100  T
Q  329 attttttaggaagagaaaatttagataagctagaatttagcaatcattacatactagacaaataacatagagtgaagtttg 409  Q
     |||  |||||| ||| || || || |||||||||||| |  | |||| |||||||| |||  |||||||||| |||||||    
T  18412099 gtttgctaggaaaagataaattggacaagctagaattttgtgagcattgcatactaggcaagcaacatagagtaaagtttg 18412019  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 77; E-Value: 2e-35
Query Start/End: Original strand, 30 - 409
Target Start/End: Complemental strand, 21644778 - 21644398
Alignment:
Q  30 gtgaattccttttaaggcatgtgtgatatgatcctgaacctatgcaaaatgcaatttccattagcatgtttgataatctaggttattgcactaaaattgt 129  Q
    ||||||||||||||||| ||||| | | || ||| |||| || || ||||  ||||||| | ||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||     
T  21644778 gtgaattccttttaagggatgtgaggtttgttcccgaacttaagcgaaatttaatttccctaagcatgtttgatagtctaggttattgcactagaattga 21644679  T
Q  130 gcatgagatgtgt-aaatttcgaatggtgcattaattactcttaaatgttttaagatgtttgatttatacattttagatggttttactgtaattgatcat 228  Q
    ||||| | | ||| |||||||| |||||||||| |||||  || |  | | ||| |||  || ||||||||||||||||||||  |  ||||||| | ||    
T  21644678 gcatggggtttgtaaaatttcgcatggtgcattgattacggttgaggggtctaaaatgaatggtttatacattttagatggttccatagtaattggtaat 21644579  T
Q  229 gtatcgttagctagtgaagcatctcataataaatttgaattgtggcattcaaggtgacaacatgtcagtgaaagaggtttagtagaactagcaaaacaag 328  Q
    | |||| |||||| ||  |||||||||||||| | ||||||||||||||  ||||     ||||| |||||||||| |||||| |||||||| |||||||    
T  21644578 gcatcggtagctaatgttgcatctcataataattctgaattgtggcatttgaggttggggcatgttagtgaaagagatttagttgaactagctaaacaag 21644479  T
Q  329 attttttaggaagagaaaatttagataagctagaatttagcaatcattacatactagacaaataacatagagtgaagtttg 409  Q
    ||||  |||| | ||| || || || |||||||||||| |  | || | |||||||| |||  |||||| |||||||||||    
T  21644478 atttgctagggaaagataaattggacaagctagaattttgtgagcaatgcatactaggcaagcaacatatagtgaagtttg 21644398  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 75; E-Value: 3e-34
Query Start/End: Original strand, 82 - 419
Target Start/End: Original strand, 9186543 - 9186881
Alignment:
Q  82 aatttccattagcatgtttgataatctaggttattgcactaaaattgtgcatgagatgtgtaaa-tttcgaatggtgcattaattactcttaaatgtttt 180  Q
    ||||||| | ||||||||||||| | ||||||||||||||| ||||| ||||| | | |||||| ||||| |||||||||| |||||  ||||| | | |    
T  9186543 aatttccctaagcatgtttgatagtataggttattgcactagaattgagcatggggtttgtaaaatttcgcatggtgcattgattacggttaaagggtct 9186642  T
Q  181 aagatgtttgatttatacattttagatggttttactgtaattgatcatgtatcgttagctagtgaagcatctcataataaatttgaattgtggcattcaa 280  Q
    || |||  || ||||||||||||||||||||  |  ||||||| | ||| |||||| |||||||  | | |||||||||| | ||||||||||||||  |    
T  9186643 aaaatgaatggtttatacattttagatggttccatagtaattggtaatgcatcgtttgctagtgttgtacctcataataattctgaattgtggcatttga 9186742  T
Q  281 ggtgacaacatgtcagtgaaagaggtttagtagaactagcaaaacaagattttttaggaagagaaaatttagataagctagaatttagcaatcattacat 380  Q
    | |     ||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||| |||| ||| || ||| || || || |||||||||||| |  | |||| |||    
T  9186743 gtttggggcatgttagtgaaagaggtttagttgaactagctaaacaaggttttctagtaaaagataaattggacaagctagaattttgtgagcattgcat 9186842  T
Q  381 actagacaaataacatagagtgaagtttgaaagtggtat 419  Q
    ||||| |||  |||||||||| |||||||  ||||||||    
T  9186843 actaggcaagcaacatagagtaaagtttggtagtggtat 9186881  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 64; E-Value: 9e-28
Query Start/End: Original strand, 30 - 408
Target Start/End: Complemental strand, 21987661 - 21987282
Alignment:
Q  30 gtgaattccttttaaggcatgtgtgatatgatcctgaacctatgcaaaatgcaatttccattagcatgtttgataatctaggttattgcactaaaattgt 129  Q
    ||||||||||||||||| ||||| | | || ||| |||| ||  | ||||  ||||||| | || |||||||||| ||||||||||||||||| |||||     
T  21987661 gtgaattccttttaagggatgtgaggtttgttcccgaacttaaacgaaatttaatttccctaagaatgtttgatagtctaggttattgcactagaattga 21987562  T
Q  130 gcatgagatgtgt-aaatttcgaatggtgcattaattactcttaaatgttttaagatgtttgatttatacattttagatggttttactgtaattgatcat 228  Q
    ||||| | | ||| |||||||| |||||||||| |||||  ||||| | | ||| |||  || ||||||||||||||||||||  |  ||||||| | ||    
T  21987561 gcatggggtttgtaaaatttcgcatggtgcattgattacggttaaaggatctaaaatgaatggtttatacattttagatggttccatagtaattggtaat 21987462  T
Q  229 gtatcgttagctagtgaagcatctcataataaatttgaattgtggcattcaaggtgacaacatgtcagtgaaagaggtttagtagaactagcaaaacaag 328  Q
    | |||| | |||||||    | |||||||||| | ||||||||||||||  || |     ||||| |||||||||||||||||  ||||||| |||||||    
T  21987461 gcatcggtggctagtgttatacctcataataattctgaattgtggcatttgagattggggcatgttagtgaaagaggtttagttaaactagctaaacaag 21987362  T
Q  329 attttttaggaagagaaaatttagataagctagaatttagcaatcattacatactagacaaataacatagagtgaagttt 408  Q
     |||  |||||| ||| |  || || |||||||||||| | || |||| |||||||| |||| ||| |||||| ||||||    
T  21987361 gtttgctaggaaaagatacattggacaagctagaattttgtaagcattgcatactaggcaaacaacgtagagtaaagttt 21987282  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 92 - 208
Target Start/End: Original strand, 5818593 - 5818710
Alignment:
Q  92 agcatgtttgataatctaggttattgcactaaaattgtgcatgagatgtgt-aaatttcgaatggtgcattaattactcttaaatgttttaagatgtttg 190  Q
    |||||||| |||| | ||||||||||||||||||||| |||||   | ||| |||||| | ||| |||||| |||||  ||||| | | |||||||  ||    
T  5818593 agcatgttagatagtataggttattgcactaaaattgagcatggagtttgtcaaattttgcatgatgcattcattacagttaaagggtctaagatgaatg 5818692  T
Q  191 atttatacattttagatg 208  Q
     |||||||||||||||||    
T  5818693 gtttatacattttagatg 5818710  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 88; Significance: 4e-42; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 88; E-Value: 4e-42
Query Start/End: Original strand, 30 - 416
Target Start/End: Complemental strand, 19348019 - 19347632
Alignment:
Q  30 gtgaattccttttaaggcatgtgtgatatgatcctgaacctatgcaaaatgcaatttccattagcatgtttgataatctaggttattgcactaaaattgt 129  Q
    ||||||||||||||||| ||||| | | || ||| |||| || || ||||  ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |     
T  19348019 gtgaattccttttaagggatgtgaggtttgttcccgaacttaagcgaaatttaatttccataagcatgtttgataatctaggttattgcactagaataga 19347920  T
Q  130 gcatgagatgtgt-aaatttcgaatggtgcattaattactcttaaatgttttaagatgtttgatttatacattttagatggttttactgtaattgatcat 228  Q
    ||||| | | ||| |||||||| |||||||||| |||||  ||||  | | ||  |||  || ||||||||||||||||||||  |  ||||||| | ||    
T  19347919 gcatggggtttgtaaaatttcgcatggtgcattgattacgattaaggggtctagaatgaatggtttatacattttagatggttccatagtaattggtaat 19347820  T
Q  229 gtatcgttagctagtgaagcatctcataataaatttgaattgtggcattcaaggtgacaacatgtcagtgaaagaggtttagtagaactagcaaaacaag 328  Q
    | |||| |||||||||  |||||||||||||| | ||||||||||||||  || |     ||||| ||||| || |||||||| |||||||| |||||||    
T  19347819 gcatcggtagctagtgttgcatctcataataattctgaattgtggcatttgagattggggcatgttagtgagaggggtttagttgaactagctaaacaag 19347720  T
Q  329 attttttaggaagagaaaatttagataagctagaatttagcaatcattacatactagacaaataacatagagtgaagtttgaaagtgg 416  Q
     |||  |||| | ||| || || ||||||||||||||| |  | |||| |||||||| |||| ||||||| |||||||||| ||||||    
T  19347719 gtttgctagggaaagataaattggataagctagaattttgtgaacattgcatactaggcaaacaacatagggtgaagtttggaagtgg 19347632  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 82 - 409
Target Start/End: Complemental strand, 25394575 - 25394247
Alignment:
Q  82 aatttccattagcatgtttgataatctaggttattgcactaaaattgtgcatgagatgtgtaaa-tttcgaatggtgcattaattactcttaaatgtttt 180  Q
    ||||||| | ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||| | | | |||||| ||| | |||||||||| |||||  ||||  | | |    
T  25394575 aatttccctaagcatgtttgatagtctaggttattgcactagaattgagcacggggtttgtaaaattttgcatggtgcattgattacggttaaggggtct 25394476  T
Q  181 aagatgtttgatttatacattttagatggttttactgtaattgatcatgtatcgttagctagtgaagcatctcataataaatttgaattgtggcattcaa 280  Q
     | |||  || ||||||||||||||||||||  |  ||||||| | ||| |||| || ||||||  | | |||||||||| | ||||||||||||||  |    
T  25394475 taaatgaatggtttatacattttagatggttccatagtaattggtaatgcatcggtaactagtgttgtacctcataataattctgaattgtggcatttga 25394376  T
Q  281 ggtgacaacatgtcagtgaaagaggtttagtagaactagcaaaacaagattttttaggaagagaaaatttagataagctagaatttagcaatcattacat 380  Q
    | |     ||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||| |||  |||||| ||| || || || |||||||||||| || | |||| |||    
T  25394375 gattggggcatgttagtgaaagaggtttagttgaactagctaaacaaggtttgctaggaaaagataaattggacaagctagaattttgcgagcattgcat 25394276  T
Q  381 actagacaaataacatagagtgaagtttg 409  Q
     |||| |||  |||||||||| |||||||    
T  25394275 gctaggcaagcaacatagagtaaagtttg 25394247  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 84; Significance: 1e-39; HSPs: 10)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 84; E-Value: 1e-39
Query Start/End: Original strand, 30 - 416
Target Start/End: Original strand, 31398338 - 31398725
Alignment:
Q  30 gtgaattccttttaaggcatgtgtgatatgatcctgaacctatgcaaaatgcaatttccattagcatgtttgataatctaggttattgcactaaaattgt 129  Q
    ||||||||||||||||| ||||| | |||| ||| |||| || || ||||  ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| || ||| |     
T  31398338 gtgaattccttttaagggatgtgaggtatgttcccgaacttaagcgaaatttaatttccataagcatgtttgataatctaggttattgcagtagaataga 31398437  T
Q  130 gcatgagatgtgt-aaatttcgaatggtgcattaattactcttaaatgttttaagatgtttgatttatacattttagatggttttactgtaattgatcat 228  Q
    ||||| | | ||| |||||||| |||||||||| |||||  | ||  | | ||  |||  || |||||||||||||||||||| ||  ||||||| | ||    
T  31398438 gcatggggtttgtaaaatttcgcatggtgcattgattacggtaaaggggtctagaatgaatggtttatacattttagatggttctatagtaattggtaat 31398537  T
Q  229 gtatcgttagctagtgaagcatctcataataaatttgaattgtggcattcaaggtgacaacatgtcagtgaaagaggtttagtagaactagcaaaacaag 328  Q
    | |||| |||||||||  |||||||||||||| | ||||||||||||||  || |     ||||| ||||| || |||||||| |||||||| |||||||    
T  31398538 gcatcggtagctagtgttgcatctcataataattctgaattgtggcatttgagattggggcatgttagtgagaggggtttagttgaactagctaaacaag 31398637  T
Q  329 attttttaggaagagaaaatttagataagctagaatttagcaatcattacatactagacaaataacatagagtgaagtttgaaagtgg 416  Q
     |||  |||| | ||| || || || |||||||||||| |  | |||| |||||||| |||| ||||||| |||||||||| ||||||    
T  31398638 gtttgctagggaaagataaattggacaagctagaattttgtgaacattgcatactaggcaaacaacatagggtgaagtttggaagtgg 31398725  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 73; E-Value: 4e-33
Query Start/End: Original strand, 30 - 277
Target Start/End: Original strand, 37557970 - 37558218
Alignment:
Q  30 gtgaattccttttaaggcatgtgtgatatgatcctgaacctatgcaaaatgcaatttccattagcatgtttgataatctaggttattgcactaaaattgt 129  Q
    ||||||||||||||||| ||||| | | || ||| |||| || || ||||  ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |     
T  37557970 gtgaattccttttaagggatgtgaggtttgttcccgaacttaagcgaaatttaatttccataagcatgtttgataatctaggttattgcactagaataga 37558069  T
Q  130 gcatgagatgtgt-aaatttcgaatggtgcattaattactcttaaatgttttaagatgtttgatttatacattttagatggttttactgtaattgatcat 228  Q
    ||||| | | ||| |||||||| |||||||||| |||||| ||||  | | ||  |||  || ||||||||||||||||||||  |  ||||||| | ||    
T  37558070 gcatggggtttgtaaaatttcgcatggtgcattgattactattaaggggtctagaatgaatggtttatacattttagatggttccatagtaattggtaat 37558169  T
Q  229 gtatcgttagctagtgaagcatctcataataaatttgaattgtggcatt 277  Q
    | |||| |||||||||  |||||||||||||| | ||||||||||||||    
T  37558170 gcatcggtagctagtgttgcatctcataataattctgaattgtggcatt 37558218  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 72; E-Value: 2e-32
Query Start/End: Original strand, 30 - 424
Target Start/End: Original strand, 24556930 - 24557325
Alignment:
Q  30 gtgaattccttttaaggcatgtgtgatatgatcctgaacctatgcaaaatgcaatttccattagcatgtttgataatctaggttattgcactaaaattgt 129  Q
    ||||||||||||||| | ||||| | | || ||| |||| || || ||||  ||||||| ||||||||||||||| | |||| |||||||||| |||||     
T  24556930 gtgaattccttttaaaggatgtgaggtttgttcccgaacttaagcgaaatttaatttcccttagcatgtttgatagtttaggatattgcactagaattga 24557029  T
Q  130 gcatgagatgtgt-aaatttcgaatggtgcattaattactcttaaatgttttaagatgtttgatttatacattttagatggttttactgtaattgatcat 228  Q
    ||||| | | ||| |||||||| |||||||||| |||||  ||||| | | ||| |||  || ||||||||||| ||||||||  |  ||||||| | ||    
T  24557030 gcatggggtttgtaaaatttcgcatggtgcattgattacggttaaagggtctaaaatgaatggtttatacatttcagatggttccatagtaattggtaat 24557129  T
Q  229 gtatcgttagctagtgaagcatctcataataaatttgaattgtggcattcaaggtgacaacatgtcagtgaaagaggtttagtagaactagcaaaacaag 328  Q
    | |||| |||||||||  | | |||||||||| | ||||||||||||||  || |     ||||| |||||||||| |||||| |||||||| |||||||    
T  24557130 gcatcggtagctagtgttgtacctcataataattatgaattgtggcatttgagattggggcatgttagtgaaagagatttagttgaactagctaaacaag 24557229  T
Q  329 attttttaggaagagaaaatttagataagctagaatttagcaatcattacatactagacaaataacatagagtgaagtttgaaagtggtatacatt 424  Q
     |||  |||||| ||| || ||||| |||||||||||| |  | |||| ||||||||  ||  ||||||| || |||||||| |||||||| ||||    
T  24557230 gtttgctaggaaaagataaattagacaagctagaattttgtgagcattgcatactaggaaagcaacatagggtcaagtttgatagtggtatgcatt 24557325  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 72; E-Value: 2e-32
Query Start/End: Original strand, 30 - 424
Target Start/End: Original strand, 24597962 - 24598357
Alignment:
Q  30 gtgaattccttttaaggcatgtgtgatatgatcctgaacctatgcaaaatgcaatttccattagcatgtttgataatctaggttattgcactaaaattgt 129  Q
    ||||||||||||||| | ||||| | | || ||| |||| || || ||||  ||||||| ||||||||||||||| | |||| |||||||||| |||||     
T  24597962 gtgaattccttttaaaggatgtgaggtttgttcccgaacttaagcgaaatttaatttcccttagcatgtttgatagtttaggatattgcactagaattga 24598061  T
Q  130 gcatgagatgtgt-aaatttcgaatggtgcattaattactcttaaatgttttaagatgtttgatttatacattttagatggttttactgtaattgatcat 228  Q
    ||||| | | ||| |||||||| |||||||||| |||||  ||||| | | ||| |||  || ||||||||||| ||||||||  |  ||||||| | ||    
T  24598062 gcatggggtttgtaaaatttcgcatggtgcattgattacggttaaagggtctaaaatgaatggtttatacatttcagatggttccatagtaattggtaat 24598161  T
Q  229 gtatcgttagctagtgaagcatctcataataaatttgaattgtggcattcaaggtgacaacatgtcagtgaaagaggtttagtagaactagcaaaacaag 328  Q
    | |||| |||||||||  | | |||||||||| | ||||||||||||||  || |     ||||| |||||||||| |||||| |||||||| |||||||    
T  24598162 gcatcggtagctagtgttgtacctcataataattatgaattgtggcatttgagattggggcatgttagtgaaagagatttagttgaactagctaaacaag 24598261  T
Q  329 attttttaggaagagaaaatttagataagctagaatttagcaatcattacatactagacaaataacatagagtgaagtttgaaagtggtatacatt 424  Q
     |||  |||||| ||| || ||||| |||||||||||| |  | |||| ||||||||  ||  ||||||| || |||||||| |||||||| ||||    
T  24598262 gtttgctaggaaaagataaattagacaagctagaattttgtgagcattgcatactaggaaagcaacatagggtcaagtttgatagtggtatgcatt 24598357  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 72; E-Value: 2e-32
Query Start/End: Original strand, 30 - 416
Target Start/End: Complemental strand, 27448563 - 27448177
Alignment:
Q  30 gtgaattccttttaaggcatgtgtgatatgatcctgaacctatgcaaaatgcaatttccattagcatgtttgataatctaggttattgcactaaaattgt 129  Q
    ||||||||||||||||| ||||| | | || ||| |||| || ||  |||  ||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |     
T  27448563 gtgaattccttttaagggatgtgaggtttgttcccgaacttaagcgtaatttaatttccctaagcatgtttgataatctaggttattgcactagaataga 27448464  T
Q  130 gcatgagatgtgt-aaatttcgaatggtgcattaattactcttaaatgttttaagatgtttgatttatacattttagatggttttactgtaattgatcat 228  Q
    ||||| | | ||| |||||||| |||||||||| |||||  ||||  | | ||  |||  || ||||||||||||||||||||  |  ||||||| | ||    
T  27448463 gcatggggtttgtaaaatttcgcatggtgcattgattacggttaaggggtatagaatgaatggtttatacattttagatggttccatagtaattggtaat 27448364  T
Q  229 gtatcgttagctagtgaagcatctcataataaatttgaattgtggcattcaaggtgacaacatgtcagtgaaagaggtttagtagaactagcaaaacaag 328  Q
    | |||| |||||||||  |||||||||||||| | ||||||||||||||  || |     ||||| ||||| || |||||||| |||||||| |||||||    
T  27448363 gcatcggtagctagtgttgcatctcataataattctgaattgtggcatttgagat-tgggcatgttagtgagaggggtttagttgaactagctaaacaag 27448265  T
Q  329 attttttaggaagagaaaatttagataagctagaatttagcaatcattacatactagacaaataacatagagtgaagtttgaaagtgg 416  Q
     |||  |||| | ||| || || || |||||||||||| |  | |||| |||||||| |||| ||||||| |||||||||| ||||||    
T  27448264 gtttgctagggaaagataaattggacaagctagaattttgtgagcattgcatactaggcaaacaacatagggtgaagtttggaagtgg 27448177  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 72; E-Value: 2e-32
Query Start/End: Original strand, 30 - 328
Target Start/End: Complemental strand, 28837033 - 28836734
Alignment:
Q  30 gtgaattccttttaaggcatgtgtgatatgatcctgaacctatgcaaaatgcaatttccattagcatgtttgataatctaggttattgcactaaaattgt 129  Q
    ||||||||||||||| | ||||| ||| || ||| |||| || || ||||  ||||||| | ||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||     
T  28837033 gtgaattccttttaaaggatgtgagatttgttcccgaacttaagcgaaatttaatttccctaagcatgtttgatagtctaggttattgcactagaattga 28836934  T
Q  130 gcatgagatgtgt-aaatttcgaatggtgcattaattactcttaaatgttttaagatgtttgatttatacattttagatggttttactgtaattgatcat 228  Q
    ||||||| | ||| |||||||| |||||||||| |||||  ||||| | | ||| |||  || ||||||||||||||||||||  |  ||||||| | ||    
T  28836933 gcatgaggtttgtaaaatttcgcatggtgcattgattacggttaaagggtctaaaatgaatggtttatacattttagatggttccatagtaattggtaat 28836834  T
Q  229 gtatcgttagctagtgaagcatctcataataaatttgaattgtggcattcaaggtgacaacatgtcagtgaaagaggtttagtagaactagcaaaacaag 328  Q
    | | || |||||||||  | | |||||||||| | ||||||||||||||  || |   | ||||| ||||||||||||||||| |||||||  |||||||    
T  28836833 gcaccggtagctagtgttgtacctcataataattctgaattgtggcatttgagattggagcatgttagtgaaagaggtttagttgaactagttaaacaag 28836734  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 61; E-Value: 6e-26
Query Start/End: Original strand, 192 - 416
Target Start/End: Complemental strand, 33789934 - 33789710
Alignment:
Q  192 tttatacattttagatggttttactgtaattgatcatgtatcgttagctagtgaagcatctcataataaatttgaattgtggcattcaaggtgacaacat 291  Q
    ||||||||||||||||||||  |  ||||||| | ||| |||| |||||||||  |||||||||||||| | ||||||||||||||  || |     |||    
T  33789934 tttatacattttagatggttccatagtaattggtaatgcatcggtagctagtgttgcatctcataataattctgaattgtggcatttgagattggggcat 33789835  T
Q  292 gtcagtgaaagaggtttagtagaactagcaaaacaagattttttaggaagagaaaatttagataagctagaatttagcaatcattacatactagacaaat 391  Q
    || ||||| || |||||||| |||||||| ||||||| |||  |||| | ||| || || ||||||||||||||| | || |||| |||||||| ||||     
T  33789834 gttagtgagaggggtttagttgaactagctaaacaaggtttgctagggaaagataaattggataagctagaattttgtaaacattgcatactaggcaaac 33789735  T
Q  392 aacatagagtgaagtttgaaagtgg 416  Q
    ||||||| |||||||||| ||||||    
T  33789734 aacatagggtgaagtttggaagtgg 33789710  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 82 - 416
Target Start/End: Complemental strand, 43595810 - 43595475
Alignment:
Q  82 aatttccattagcatgtttgataatctaggttattgcactaaaattgtgcatgagatgtgtaaa-tttcgaatggtgcattaattactcttaaatgtttt 180  Q
    ||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | ||||| | | |||||| ||||| |||||||| | |||||  ||||  | | |    
T  43595810 aatttccctaagcatgtttgataatctaggttattgcactagaatagagcatggggtttgtaaaatttcgcatggtgcactgattacggttaaggggtct 43595711  T
Q  181 aagatgtttgatttatacattttagatggttttactgtaattgatcatgtatcgttagctagtgaagcatctcataataaatttgaattgtggcattcaa 280  Q
    |  |||  || ||||||||||||||||||||  |  ||||||| | ||| |||| |||||||||  |||||||||||||| | ||||||||||||||  |    
T  43595710 agaatgaatggtttatacattttagatggttccatagtaattggtaatgcatcggtagctagtgttgcatctcataataattctgaattgtggcatttga 43595611  T
Q  281 ggtgacaacatgtcagtgaaagaggtttagtagaactagcaaaacaagattttttaggaagagaaaatttagataagctagaatttagcaatcattacat 380  Q
    | |     |||||  |||| || |||||||| |||||||| ||||||| |||  |||| | ||| || || || |||||||||||| |  | |||| |||    
T  43595610 gattggggcatgttcgtgagaggggtttagttgaactagctaaacaaggtttgctagggaaagataaattggacaagctagaattttgtgagcattgcat 43595511  T
Q  381 actagacaaataacatagagtgaagtttgaaagtgg 416  Q
    ||||  |||| ||||||| |||||||||| ||||||    
T  43595510 actaagcaaacaacatagggtgaagtttggaagtgg 43595475  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 82 - 416
Target Start/End: Complemental strand, 43628604 - 43628269
Alignment:
Q  82 aatttccattagcatgtttgataatctaggttattgcactaaaattgtgcatgagatgtgtaaa-tttcgaatggtgcattaattactcttaaatgtttt 180  Q
    ||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | ||||| | | |||||| ||||| |||||||| | |||||  ||||  | | |    
T  43628604 aatttccctaagcatgtttgataatctaggttattgcactagaatagagcatggggtttgtaaaatttcgcatggtgcactgattacggttaaggggtct 43628505  T
Q  181 aagatgtttgatttatacattttagatggttttactgtaattgatcatgtatcgttagctagtgaagcatctcataataaatttgaattgtggcattcaa 280  Q
    |  |||  || ||||||||||||||||||||  |  ||||||| | ||| |||| |||||||||  |||||||||||||| | ||||||||||||||  |    
T  43628504 agaatgaatggtttatacattttagatggttccatagtaattggtaatgcatcggtagctagtgttgcatctcataataattctgaattgtggcatttga 43628405  T
Q  281 ggtgacaacatgtcagtgaaagaggtttagtagaactagcaaaacaagattttttaggaagagaaaatttagataagctagaatttagcaatcattacat 380  Q
    | |     |||||  |||| || |||||||| |||||||| ||||||| |||  |||| | ||| || || || |||||||||||| |  | |||| |||    
T  43628404 gattggggcatgttcgtgagaggggtttagttgaactagctaaacaaggtttgctagggaaagataaattggacaagctagaattttgtgagcattgcat 43628305  T
Q  381 actagacaaataacatagagtgaagtttgaaagtgg 416  Q
    ||||  |||| ||||||| |||||||||| ||||||    
T  43628304 actaagcaaacaacatagggtgaagtttggaagtgg 43628269  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 30 - 122
Target Start/End: Complemental strand, 33790056 - 33789964
Alignment:
Q  30 gtgaattccttttaaggcatgtgtgatatgatcctgaacctatgcaaaatgcaatttccattagcatgtttgataatctaggttattgcacta 122  Q
    ||||||||||||||||| ||||| | | || ||| |||| || || ||||  ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33790056 gtgaattccttttaagggatgtgaggtttgttcccgaacttaagcgaaatttaatttccataagcatgtttgataatctaggttattgcacta 33789964  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 84; Significance: 1e-39; HSPs: 8)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 84; E-Value: 1e-39
Query Start/End: Original strand, 30 - 416
Target Start/End: Complemental strand, 8515835 - 8515448
Alignment:
Q  30 gtgaattccttttaaggcatgtgtgatatgatcctgaacctatgcaaaatgcaatttccattagcatgtttgataatctaggttattgcactaaaattgt 129  Q
    ||||||||||||||||| ||||| | |||| ||| |||| || || ||||  ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |     
T  8515835 gtgaattccttttaagggatgtgaggtatgttcccgaacttaagcgaaatttaatttccataagcatgtttgataatctaggttattgcactagaataga 8515736  T
Q  130 gcatgagatgtgt-aaatttcgaatggtgcattaattactcttaaatgttttaagatgtttgatttatacattttagatggttttactgtaattgatcat 228  Q
    ||||| | | ||| |||||||| |||||||||| |||||  | ||  | | ||  |||  || ||||||||||||||||||||  |  ||||||| | ||    
T  8515735 gcatggggtttgtaaaatttcgcatggtgcattgattacggtaaaggggtctagaatgaatggtttatacattttagatggttccatagtaattggtaat 8515636  T
Q  229 gtatcgttagctagtgaagcatctcataataaatttgaattgtggcattcaaggtgacaacatgtcagtgaaagaggtttagtagaactagcaaaacaag 328  Q
    | |||| |||||||||  |||||||||||||| | ||||||||||||||  || |     ||||| ||||| || |||||||| |||||||| |||||||    
T  8515635 gcatcggtagctagtgttgcatctcataataattctgaattgtggcatttgagattggggcatgttagtgagaggggtttagttgaactagctaaacaag 8515536  T
Q  329 attttttaggaagagaaaatttagataagctagaatttagcaatcattacatactagacaaataacatagagtgaagtttgaaagtgg 416  Q
     |||  |||| | ||| || || || |||||||||||| |  | |||| |||||||| |||| ||||||| |||||||||| ||||||    
T  8515535 gtttgctagggaaagataaattggacaagctagaattttgtgaacattgcatactaggcaaacaacatagggtgaagtttggaagtgg 8515448  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 84; E-Value: 1e-39
Query Start/End: Original strand, 30 - 416
Target Start/End: Complemental strand, 32479081 - 32478694
Alignment:
Q  30 gtgaattccttttaaggcatgtgtgatatgatcctgaacctatgcaaaatgcaatttccattagcatgtttgataatctaggttattgcactaaaattgt 129  Q
    ||||||||||||||||| ||||| | |||| ||| |||| || || ||||  ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |     
T  32479081 gtgaattccttttaagggatgtgaggtatgttcccgaacttaagcgaaatttaatttccataagcatgtttgataatctaggttattgcactagaataga 32478982  T
Q  130 gcatgagatgtgt-aaatttcgaatggtgcattaattactcttaaatgttttaagatgtttgatttatacattttagatggttttactgtaattgatcat 228  Q
    ||||| | | ||| |||||||| |||||||||| |||||  | ||  | | ||  |||  || ||||||||||||||||||||  |  ||||||| | ||    
T  32478981 gcatggggtttgtaaaatttcgcatggtgcattgattacggtaaaggggtctagaatgaatggtttatacattttagatggttccatagtaattggtaat 32478882  T
Q  229 gtatcgttagctagtgaagcatctcataataaatttgaattgtggcattcaaggtgacaacatgtcagtgaaagaggtttagtagaactagcaaaacaag 328  Q
    | |||| |||||||||  |||||||||||||| | ||||||||||||||  || |     ||||| ||||| || |||||||| |||||||| |||||||    
T  32478881 gcatcggtagctagtgttgcatctcataataattctgaattgtggcatttgagattggggcatgttagtgagaggggtttagttgaactagctaaacaag 32478782  T
Q  329 attttttaggaagagaaaatttagataagctagaatttagcaatcattacatactagacaaataacatagagtgaagtttgaaagtgg 416  Q
     |||  |||| | ||| || || || |||||||||||| |  | |||| |||||||| |||| ||||||| |||||||||| ||||||    
T  32478781 gtttgctagggaaagataaattggacaagctagaattttgtgaacattgcatactaggcaaacaacatagggtgaagtttggaagtgg 32478694  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 79; E-Value: 1e-36
Query Start/End: Original strand, 30 - 419
Target Start/End: Complemental strand, 1309612 - 1309222
Alignment:
Q  30 gtgaattccttttaaggcatgtgtgatatgatcctgaacctatgcaaaatgcaatttccattagcatgtttgataatctaggttattgcactaaaattgt 129  Q
    ||||||||||||||||| ||||| | | || ||| |||| || ||  |||  ||||||| | |||||||||||||  |||||||||||||||| |||||     
T  1309612 gtgaattccttttaagggatgtgaggtttgttcccgaacttaagcgtaatttaatttccctaagcatgtttgatagcctaggttattgcactagaattga 1309513  T
Q  130 gcatgagatgtgt-aaatttcgaatggtgcattaattactcttaaatgttttaagatgtttgatttatacattttagatggttttactgtaattgatcat 228  Q
    ||||| ||| ||| |||||||| |||||||||| |||||  ||||  | | ||| |||  || ||||||||||||||||||||  |  ||||||| | ||    
T  1309512 gcatgggatttgtaaaatttcgcatggtgcattgattacggttaagggatctaaaatgaatggtttatacattttagatggttccatagtaattggtaat 1309413  T
Q  229 gtatcgttagctagtgaagcatctcataataaatttgaattgtggcattcaaggtgacaacatgtcagtgaaagaggtttagtagaactagcaaaacaag 328  Q
    | |||| |||||||||  | | |||||||||| | ||||||||||||||  ||||     ||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||    
T  1309412 gcatcggtagctagtgttgtacctcataataattctgaattgtggcatttgaggttgaggcatgttagtgaaagaggtttagttgaactagctaaacaag 1309313  T
Q  329 attttttaggaagagaaaatttagataagctagaatttagcaatcattacatactagacaaataacatagagtgaagtttgaaagtggtat 419  Q
     |||  |||||| ||| || || || |||||||||||| |  | |||| ||||||||  ||  |||||||||| |||||||  ||||||||    
T  1309312 gtttgctaggaaaagataaattggacaagctagaattttgtgagcattgcatactaggaaagcaacatagagtaaagtttggtagtggtat 1309222  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 75; E-Value: 3e-34
Query Start/End: Original strand, 30 - 419
Target Start/End: Complemental strand, 16263103 - 16262713
Alignment:
Q  30 gtgaattccttttaaggcatgtgtgatatgatcctgaacctatgcaaaatgcaatttccattagcatgtttgataatctaggttattgcactaaaattgt 129  Q
    ||||||||||||||||| ||||| | | || ||| |||| || || ||||  ||||||| | ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||      
T  16263103 gtgaattccttttaagggatgtgaggtttgttcccgaacttaagcgaaatttaatttccctaagcatgtttgatagtctaggttattgcactaaaatttg 16263004  T
Q  130 gcatgagatgtgt-aaatttcgaatggtgcattaattactcttaaatgttttaagatgtttgatttatacattttagatggttttactgtaattgatcat 228  Q
    ||||| | | ||| ||||||||||||||||||| || ||  ||||| | | ||| |||  || ||||||||||||||||||||  |  ||||||| | ||    
T  16263003 gcatggggtttgtaaaatttcgaatggtgcattgataacgattaaagggtctaaaatgaatggtttatacattttagatggttccatagtaattggtaat 16262904  T
Q  229 gtatcgttagctagtgaagcatctcataataaatttgaattgtggcattcaaggtgacaacatgtcagtgaaagaggtttagtagaactagcaaaacaag 328  Q
    | |||  |||||||||  | | |||||||||  | ||||||||||||||  || |     ||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||    
T  16262903 gcatcagtagctagtgttgtacctcataatagttctgaattgtggcatttgagattggggcatgttagtgaaagaggtttagttgaactagccaaacaag 16262804  T
Q  329 attttttaggaagagaaaatttagataagctagaatttagcaatcattacatactagacaaataacatagagtgaagtttgaaagtggtat 419  Q
     |||| |||||| | | || || || |||||||||||| |  | |||| |||||||| ||   |||||||||| |||||||  ||||||||    
T  16262803 gttttctaggaaaaaataaattggacaagctagaattttgtgagcattgcatactaggcaggcaacatagagtaaagtttggtagtggtat 16262713  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 73; E-Value: 4e-33
Query Start/End: Original strand, 30 - 409
Target Start/End: Original strand, 2673566 - 2673946
Alignment:
Q  30 gtgaattccttttaaggcatgtgtgatatgatcctgaacctatgcaaaatgcaatttccattagcatgtttgataatctaggttattgcactaaaattgt 129  Q
    ||||||||||||||||| ||||| | | |  ||| |||| || || ||||  ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |     
T  2673566 gtgaattccttttaagggatgtgaggttttttcccgaacttaagcgaaatttaatttccataagcatgtttgataatctaggttattgcactagaataga 2673665  T
Q  130 gcatgagatgtgt-aaatttcgaatggtgcattaattactcttaaatgttttaagatgtttgatttatacattttagatggttttactgtaattgatcat 228  Q
    ||||| | | ||| |||||||| |||||||||| |||||  | ||  | | ||  |||  || ||||||||||||||||||||  |  ||||||| | ||    
T  2673666 gcatggggtttgtaaaatttcgcatggtgcattgattacggtaaaggggtctagaatgaatggtttatacattttagatggttccatagtaattggtaat 2673765  T
Q  229 gtatcgttagctagtgaagcatctcataataaatttgaattgtggcattcaaggtgacaacatgtcagtgaaagaggtttagtagaactagcaaaacaag 328  Q
    | |||| |||||||||  |||||||||||||| | ||||||||||||||  || |     ||||| ||||| || |||||||| |||||||| |||||||    
T  2673766 gcatcggtagctagtgttgcatctcataataattctgaattgtggcatttgagattggggcatgttagtgagaggggtttagttgaactagctaaacaag 2673865  T
Q  329 attttttaggaagagaaaatttagataagctagaatttagcaatcattacatactagacaaataacatagagtgaagtttg 409  Q
     |||  |||| | ||| || || || |||||||||||| |  | |||| |||||||| |||| ||||||| ||||||||||    
T  2673866 gtttgctagggaaagataaattggacaagctagaattttgtgaacattgcatactaggcaaacaacatagggtgaagtttg 2673946  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 66; E-Value: 6e-29
Query Start/End: Original strand, 30 - 419
Target Start/End: Original strand, 3324882 - 3325274
Alignment:
Q  30 gtgaattccttttaaggcatgtgtgatatgatcctgaacctatgcaaaatgcaatttccattagcatgtttgataatctaggttattgcactaaaattgt 129  Q
    ||||||||||||||| | ||||| | | || ||| |||| || || ||||  ||||||| | ||||||||||||| | |||||||||| |||| |||||     
T  3324882 gtgaattccttttaaaggatgtgaggtttgttcccgaacttaagcgaaatttaatttccctaagcatgtttgatagtataggttattgtactagaattga 3324981  T
Q  130 gcatgagatgtgtaaatt-tcgaatggtgcattaattactcttaaatgttttaagatgtttgatttatacattttagatggttttactgtaattgatcat 228  Q
    ||||| | | |||||| | ||  |||||||||| |||||  ||||| | | ||| |||  || |||||||||||||||||||| ||  ||||||| | ||    
T  3324982 gcatggggtttgtaaaatctcacatggtgcattgattacggttaaagggtctaaaatgaatggtttatacattttagatggttctatagtaattggtaat 3325081  T
Q  229 gtatcgttagctagtgaagcatctcataataaatttgaattgtggcattcaaggtgacaacatgtcagtgaaagaggtt--tagtagaactagcaaaaca 326  Q
    | |||| |||||||||  | | |||||||||| | | ||||||||||||  || |     ||||| |||||||||||||  |||| |||||||| |||||    
T  3325082 gcatcggtagctagtgttgtacctcataataattctaaattgtggcatttgagattggggcatgttagtgaaagaggtttatagttgaactagctaaaca 3325181  T
Q  327 agattttttaggaagagaaaatttagataagctagaatttagcaatcattacatactagacaaataacatagagtgaagtttgaaagtggtat 419  Q
    |||||| ||||||| ||| || || || |||||||||||| |  | |||| |||||||| |||  |||||||||| |||||||  ||||||||    
T  3325182 agatttgttaggaaaagataaattggacaagctagaattttgtgagcattgcatactaggcaagcaacatagagtaaagtttggtagtggtat 3325274  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 59; E-Value: 9e-25
Query Start/End: Original strand, 82 - 415
Target Start/End: Original strand, 28490571 - 28490905
Alignment:
Q  82 aatttccattagcatgtttgataatctaggttattgcactaaaattgtgcatgagatgtgt-aaatttcgaatggtgcattaattactcttaaatgtttt 180  Q
    ||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | ||||| | | ||| |||||||| |||||||||| |||||  ||||  | | |    
T  28490571 aatttccctaagcatgtttgataatctaggttattgcactagaatagagcatggggtttgtaaaatttcgcatggtgcattgattacggttaaggggtct 28490670  T
Q  181 aagatgtttgatttatacattttagatggttttactgtaattgatcatgtatcgttagctagtgaagcatctcataataaatttgaattgtggcattcaa 280  Q
    |  |||  || ||||||||||||||||||||     ||||||| | ||| |||| |||||||||  |||||||||||||| | ||||||||||||||  |    
T  28490671 agaatgaatggtttatacattttagatggttccttagtaattggtaatgcatcggtagctagtgttgcatctcataataattctgaattgtggcatttga 28490770  T
Q  281 ggtgacaacatgtcagtgaaagaggtttagtagaactagcaaaacaagattttttaggaagagaaaatttagataagctagaatttagcaatcattacat 380  Q
    | |      |||| ||||| || |||||||| |||||||| ||||||| |||  |||| | ||| || ||  | |||||||||||| |  | |||| |||    
T  28490771 gattggggtatgttagtgagaggggtttagttgaactagctaaacaaggtttgctagggaaagataaattgtacaagctagaattttgtgagcattgcat 28490870  T
Q  381 actagacaaataacatagagtgaagtttgaaagtg 415  Q
    ||||| |||| ||||||| |||||||||| |||||    
T  28490871 actaggcaaacaacatagggtgaagtttggaagtg 28490905  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 82 - 166
Target Start/End: Original strand, 9603245 - 9603330
Alignment:
Q  82 aatttccattagcatgtttgataatctaggttattgcactaaaattgtgcatgagatgtgt-aaatttcgaatggtgcattaatta 166  Q
    ||||||| | ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||| | | ||| |||||||  |||||||||| ||||    
T  9603245 aatttccctaagcatgtttgatagtctaggttattgcactagaattgagcatggggtttgtaaaatttcacatggtgcattgatta 9603330  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0197 (Bit Score: 80; Significance: 3e-37; HSPs: 1)
Name: scaffold0197
Description:

Target: scaffold0197; HSP #1
Raw Score: 80; E-Value: 3e-37
Query Start/End: Original strand, 30 - 416
Target Start/End: Original strand, 15655 - 16042
Alignment:
Q  30 gtgaattccttttaaggcatgtgtgatatgatcctgaacctatgcaaaatgcaatttccattagcatgtttgataatctaggttattgcactaaaattgt 129  Q
    ||||||||||||||||| ||||| | | || ||| |||| || || ||||  ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |     
T  15655 gtgaattccttttaagggatgtgaggtttgttcccgaacttaagcgaaatttaatttccataagcatgtttgataatctaggttattgcactagaataga 15754  T
Q  130 gcatgagatgtgt-aaatttcgaatggtgcattaattactcttaaatgttttaagatgtttgatttatacattttagatggttttactgtaattgatcat 228  Q
    ||||| | | ||| |||||||| |||||||||| |||||  | ||  | | ||  |||  || ||||||||||||||||||||  |  ||||||| | ||    
T  15755 gcatggggtttgtaaaatttcgcatggtgcattgattacggtaaaggggtctagaatgaatggtttatacattttagatggttccatagtaattggtaat 15854  T
Q  229 gtatcgttagctagtgaagcatctcataataaatttgaattgtggcattcaaggtgacaacatgtcagtgaaagaggtttagtagaactagcaaaacaag 328  Q
    | |||| |||||||||  |||||||||||||| | ||||||||||||||  || |     ||||| ||||| || |||||||| |||||||| |||||||    
T  15855 gcatcggtagctagtgttgcatctcataataattctgaattgtggcatttgagattggggcatgttagtgagaggggtttagttgaactagctaaacaag 15954  T
Q  329 attttttaggaagagaaaatttagataagctagaatttagcaatcattacatactagacaaataacatagagtgaagtttgaaagtgg 416  Q
     |||  |||| | ||| || || || |||||||||||| |  | |||| |||||||| |||| ||||||| |||||||||| ||||||    
T  15955 gtttgctagggaaagataaattggacaagctagaattttgtgaacattgcatactaggcaaacaacatagggtgaagtttggaagtgg 16042  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 79; Significance: 1e-36; HSPs: 4)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 79; E-Value: 1e-36
Query Start/End: Original strand, 82 - 419
Target Start/End: Original strand, 16625391 - 16625729
Alignment:
Q  82 aatttccattagcatgtttgataatctaggttattgcactaaaattgtgcatgagatgtgtaaa-tttcgaatggtgcattaattactcttaaatgtttt 180  Q
    ||||||| | ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||| | |||||| ||||| |||||||||| |||||  |||||   | |    
T  16625391 aatttccctaagcatgtttgatagtctaggttattgcactagaattgagcatgaggtttgtaaagtttcgcatggtgcattgattacgattaaagagtct 16625490  T
Q  181 aagatgtttgatttatacattttagatggttttactgtaattgatcatgtatcgttagctagtgaagcatctcataataaatttgaattgtggcattcaa 280  Q
    || |||  || | ||||||||||||||||||  |  ||||||| | ||| | || |||||||||  | | |||||||||| |||||||||||||||| ||    
T  16625491 aaaatgaatggtctatacattttagatggttccatagtaattggtaatgcaacggtagctagtgttgtacctcataataattttgaattgtggcatttaa 16625590  T
Q  281 ggtgacaacatgtcagtgaaagaggtttagtagaactagcaaaacaagattttttaggaagagaaaatttagataagctagaatttagcaatcattacat 380  Q
    | |     ||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||| |||  |||||| ||| || || || |||||||||||| |  | |||| |||    
T  16625591 gattggggcatgttagtgaaagaggtttagttgaactagctaaacaaggtttgctaggaaaagataaattggacaagctagaattttgtgagcattgcat 16625690  T
Q  381 actagacaaataacatagagtgaagtttgaaagtggtat 419  Q
    ||||| |||  |||||||||| |||||||  ||||||||    
T  16625691 actaggcaagcaacatagagtaaagtttggtagtggtat 16625729  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 72; E-Value: 2e-32
Query Start/End: Original strand, 30 - 416
Target Start/End: Original strand, 9225750 - 9226137
Alignment:
Q  30 gtgaattccttttaaggcatgtgtgatatgatcctgaacctatgcaaaatgcaatttccattagcatgtttgataatctaggttattgcactaaaattgt 129  Q
    ||||||||||||||||| ||||| | | || ||| |||| || ||  |||  ||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |     
T  9225750 gtgaattccttttaagggatgtgaggtttgttcccgaacttaagcgtaatttaatttccctaagcatgtttgataatctaggttattgcactagaataga 9225849  T
Q  130 gcatgagatgtgt-aaatttcgaatggtgcattaattactcttaaatgttttaagatgtttgatttatacattttagatggttttactgtaattgatcat 228  Q
    ||||| | | ||| |||||||| |||||||||| |||||  ||||  | | ||  |||  || ||||||||||||||||||||  |  ||||||| | ||    
T  9225850 gcatggggtttgtaaaatttcgcatggtgcattgattacggttaaggggtctagaatgaatggtttatacattttagatggttccatagtaattggtaat 9225949  T
Q  229 gtatcgttagctagtgaagcatctcataataaatttgaattgtggcattcaaggtgacaacatgtcagtgaaagaggtttagtagaactagcaaaacaag 328  Q
    | |||| |||||||||  |||||||||||||| | ||||||||||||||  || |     ||||| ||||| || |||||||| |||||||| |||||||    
T  9225950 gcatcggtagctagtgttgcatctcataataattctgaattgtggcatttgagattggggcatgttagtgagaggggtttagttgaactagctaaacaag 9226049  T
Q  329 attttttaggaagagaaaatttagataagctagaatttagcaatcattacatactagacaaataacatagagtgaagtttgaaagtgg 416  Q
     |||  |||| | ||| || ||  | |||||||||||| |  | |||| |||||||| |||| ||||||| |||||||||| ||||||    
T  9226050 gtttgctagggaaagataaattgaacaagctagaattttgtgagcattgcatactaggcaaacaacatagggtgaagtttggaagtgg 9226137  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 192 - 409
Target Start/End: Complemental strand, 18860350 - 18860133
Alignment:
Q  192 tttatacattttagatggttttactgtaattgatcatgtatcgttagctagtgaagcatctcataataaatttgaattgtggcattcaaggtgacaacat 291  Q
    ||||||||||||||||||||  |  ||||||| | ||| |||| |||||||||  |||||||||||||| | ||||||||||||||  || |     |||    
T  18860350 tttatacattttagatggttccatagtaattggtaatgcatcggtagctagtgttgcatctcataataattctgaattgtggcatttgagattggggcat 18860251  T
Q  292 gtcagtgaaagaggtttagtagaactagcaaaacaagattttttaggaagagaaaatttagataagctagaatttagcaatcattacatactagacaaat 391  Q
    || ||||| || |||||||| |||||||| ||||||| |||  |||| | ||| || || ||||| ||||||||| |  | |||| |||||||| ||||     
T  18860250 gttagtgagaggggtttagttgaactagccaaacaaggtttgctagggaaagataaattggataaactagaattttgtgagcattgcatactaggcaaac 18860151  T
Q  392 aacatagagtgaagtttg 409  Q
    ||||||| ||||||||||    
T  18860150 aacatagggtgaagtttg 18860133  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 73 - 419
Target Start/End: Complemental strand, 5146602 - 5146259
Alignment:
Q  73 gcaaaatgcaatttccattagcatgtttgataatctaggttattgcactaaaattgtgcatgagatgtgt-aaatttcgaatggtgcattaattactctt 171  Q
    |||||||  ||||||| | ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||| | | ||| |||||  | ||| |||||| |||||  ||    
T  5146602 gcaaaatttaatttccctaagcatgtttgatagtctaggttattgcactagaattgagcatggggtttgtaaaattgagcatgatgcattgattacggtt 5146503  T
Q  172 aaatgttttaagatgtttgatttatacattttagatggttttactgtaattgatcatgtatcgttagctagtgaagcatctcataataaatttgaattgt 271  Q
      | | | ||| |||  || ||||||||||||||||||||  |  ||||||| | ||| |||| | |||||||  | |||||  ||||| | ||||||||    
T  5146502 --agggtctaaaatgaatggtttatacattttagatggttccatagtaattggtaatgcatcggtggctagtgttgtatctc--aataattctgaattgt 5146407  T
Q  272 ggcattcaaggtgacaacatgtcagtgaaagaggtttagtagaactagcaaaacaagattttttaggaagagaaaatttagataagctagaatttagcaa 371  Q
    ||||||  || |     ||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||  ||  || ||| || || || ||| |||||||| |  |    
T  5146406 ggcatttgagattggggcatgttagtgaaagaggtttagttgaactagctaaacaagatttgctaaaaaaagataaattggacaagttagaattttgtga 5146307  T
Q  372 tcattacatactagacaaataacatagagtgaagtttgaaagtggtat 419  Q
     |||| |||||||| |||  |||||||||| |||||||  ||||||||    
T  5146306 gcattgcatactaggcaagcaacatagagtaaagtttggtagtggtat 5146259  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 72; Significance: 2e-32; HSPs: 5)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 72; E-Value: 2e-32
Query Start/End: Original strand, 30 - 416
Target Start/End: Original strand, 33332422 - 33332809
Alignment:
Q  30 gtgaattccttttaaggcatgtgtgatatgatcctgaacctatgcaaaatgcaatttccattagcatgtttgataatctaggttattgcactaaaattgt 129  Q
    ||||||||||||||||| ||||| | | || ||| |||| || || ||||  ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |     
T  33332422 gtgaattccttttaagggatgtgaggtttgttcccgaacttaagcgaaatttaatttccataagcatgtttgataatctaggttattgcactagaataga 33332521  T
Q  130 gcatgagatgtgt-aaatttcgaatggtgcattaattactcttaaatgttttaagatgtttgatttatacattttagatggttttactgtaattgatcat 228  Q
    ||||| | | ||| |||||||| |||||||||| |||||  | ||  | | ||  |||  || ||||||||||||||||||||  |  ||||||| | ||    
T  33332522 gcatggggtttgtaaaatttcgcatggtgcattgattacggtaaaggggtctagaatgaatggtttatacattttagatggttccatagtaattggtaat 33332621  T
Q  229 gtatcgttagctagtgaagcatctcataataaatttgaattgtggcattcaaggtgacaacatgtcagtgaaagaggtttagtagaactagcaaaacaag 328  Q
    | |||| |||| ||||  |||| ||||||||| | ||||||||||||||  ||||     ||||| ||||| || |||||||| |||||||| |||||||    
T  33332622 gcatcggtagccagtgttgcatatcataataattctgaattgtggcatttgaggttggggcatgttagtgagaggggtttagttgaactagctaaacaag 33332721  T
Q  329 attttttaggaagagaaaatttagataagctagaatttagcaatcattacatactagacaaataacatagagtgaagtttgaaagtgg 416  Q
     |||  |||| | ||| || || || ||||| |||||| |  | |||| |||||||| |||| ||||||| |||||||||| ||||||    
T  33332722 gtttgctagggaaagataaattggacaagcttgaattttgtgaacattgcatactaggcaaacaacatagggtgaagtttggaagtgg 33332809  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 69; E-Value: 1e-30
Query Start/End: Original strand, 30 - 409
Target Start/End: Original strand, 14738918 - 14739298
Alignment:
Q  30 gtgaattccttttaaggcatgtgtgatatgatcctgaacctatgcaaaatgcaatttccattagcatgtttgataatctaggttattgcactaaaattgt 129  Q
    ||||||||||||||||| ||||| | | || ||| |||| || ||  |||  ||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |     
T  14738918 gtgaattccttttaagggatgtgaggtttgttcccgaacttaagcgtaatttaatttccctaagcatgtttgataatctaggttattgcactagaataga 14739017  T
Q  130 gcatgagatgtgt-aaatttcgaatggtgcattaattactcttaaatgttttaagatgtttgatttatacattttagatggttttactgtaattgatcat 228  Q
    ||||| | | ||| |||||||| |||||||||| |||||  | ||  | | ||  |||  || ||||||||||||||||||||  |  ||||||| | ||    
T  14739018 gcatggggtttgtaaaatttcgcatggtgcattgattacggtaaaggggtctagaatgaatggtttatacattttagatggttccatagtaattggtaat 14739117  T
Q  229 gtatcgttagctagtgaagcatctcataataaatttgaattgtggcattcaaggtgacaacatgtcagtgaaagaggtttagtagaactagcaaaacaag 328  Q
    | |||| |||||||||  |||||||||||||| | ||||||||||||||  || |     ||||| ||||| || |||||||| |||||||| |||||||    
T  14739118 gcatcggtagctagtgttgcatctcataataattctgaattgtggcatttgagattggggcatgttagtgagaggggtttagttgaactagctaaacaag 14739217  T
Q  329 attttttaggaagagaaaatttagataagctagaatttagcaatcattacatactagacaaataacatagagtgaagtttg 409  Q
     |||  |||| | ||| || || || |||||||||||| |  | |||| |||||||| |||| ||||||| ||||||||||    
T  14739218 gtttgctagggaaagataaattggacaagctagaattttgtgagcattgcatactaggcaaacaacatagggtgaagtttg 14739298  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 30 - 277
Target Start/End: Original strand, 24432667 - 24432915
Alignment:
Q  30 gtgaattccttttaaggcatgtgtgatatgatcctgaacctatgcaaaatgcaatttccattagcatgtttgataatctaggttattgcactaaaattgt 129  Q
    ||||||||||||||||| ||||| | | || ||| |||| || || ||||  ||||||||| ||||| ||||||| |||||||||||| |||| |||||     
T  24432667 gtgaattccttttaagggatgtgaggtttgttcccgaacttaagcgaaatttaatttccataagcatatttgatagtctaggttattgtactagaattga 24432766  T
Q  130 gcatgagatgtgt-aaatttcgaatggtgcattaattactcttaaatgttttaagatgtttgatttatacattttagatggttttactgtaattgatcat 228  Q
    ||||| | | ||| |||||||| |||||||||| |||||  ||||| | | ||| ||| ||| ||||||||||||||||||||  |  ||||||| | ||    
T  24432767 gcatggggtttgtaaaatttcgcatggtgcattgattacggttaaagggtctaaaatgattggtttatacattttagatggttccatagtaattggtaat 24432866  T
Q  229 gtatcgttagctagtgaagcatctcataataaatttgaattgtggcatt 277  Q
    | |||  ||||||||| || | |||||||||| |   ||||||||||||    
T  24432867 gcatcagtagctagtgtagtacctcataataattccaaattgtggcatt 24432915  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 49; E-Value: 8e-19
Query Start/End: Original strand, 82 - 416
Target Start/End: Complemental strand, 24077619 - 24077279
Alignment:
Q  82 aatttccattagcatgtttgataatctaggttattgcactaaaattgtgcatgagatgtgtaaatttc--gaatggtgcattaattactct----taaat 175  Q
    ||||||||| ||||||||||||| |||||||||||| ||||  |||| ||||||| | |||||||||   | ||||| |||||||||   |    ||||     
T  24077619 aatttccataagcatgtttgatagtctaggttattgtactaggattgagcatgaggtttgtaaattttttgcatggtacattaattaggttattgtaaaa 24077520  T
Q  176 gttttaagatgtttgatttatacattttagatggttttactgtaattgatcatgtatcgttagctagtgaagcatctcataataaatttgaattgtggca 275  Q
    | | |||||||  || ||||||||||||||||||||  | |||||||| ||||| ||| ||| ||| || |||||| ||||  || | | ||||||||||    
T  24077519 ggtctaagatgaatggtttatacattttagatggttccattgtaattggtcatgcatcattaactactgtagcatcacatacaaattctaaattgtggca 24077420  T
Q  276 ttcaaggtgacaacatgtcagtgaaagaggtttagtagaactagcaaaacaagattttttaggaagagaaaatttagataagctagaatttagcaatcat 375  Q
    || ||||| |    ||||| ||||| |||||||| || ||  ||| ||||||| |||   ||||| ||| || || |||||| |||||||| |  |||||    
T  24077419 tttaaggttagggaatgtcggtgaacgaggtttaatataatgagctaaacaaggtttgcaaggaaaagataaattggataagttagaattttgtgatcat 24077320  T
Q  376 tacatactagacaaataacatagagtgaagtttgaaagtgg 416  Q
    | ||||||||  ||| |||||| ||||||||||| ||||||    
T  24077319 tgcatactaggtaaacaacataaagtgaagtttggaagtgg 24077279  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 30 - 167
Target Start/End: Complemental strand, 29485328 - 29485190
Alignment:
Q  30 gtgaattccttttaaggcatgtgtgatatgatcctgaacctatgcaaaatgcaatttccattagcatgtttgataatctaggttattgcactaaaattgt 129  Q
    ||||||||||||||||| ||||| | | || ||| |||| || || ||||  ||||||| | ||||||||| ||| ||||||||||||||||| |||||     
T  29485328 gtgaattccttttaagggatgtgaggtttgttcccgaacttaagcgaaatttaatttccctaagcatgtttaatagtctaggttattgcactagaattga 29485229  T
Q  130 gcatgagatgtgt-aaatttcgaatggtgcattaattac 167  Q
    ||||||| | ||| |||||||| | |||||||| |||||    
T  29485228 gcatgaggtttgtaaaatttcgcagggtgcattgattac 29485190  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 72; Significance: 2e-32; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 72; E-Value: 2e-32
Query Start/End: Original strand, 30 - 416
Target Start/End: Complemental strand, 41396980 - 41396593
Alignment:
Q  30 gtgaattccttttaaggcatgtgtgatatgatcctgaacctatgcaaaatgcaatttccattagcatgtttgataatctaggttattgcactaaaattgt 129  Q
    ||||||||||||||||| ||||| | | || ||| |||| || || ||||  ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| |     
T  41396980 gtgaattccttttaagggatgtgaggtttgttcccgaacttaagcgaaatttaatttccataagcatgtttgacaatctaggttattgcactagaataga 41396881  T
Q  130 gcatgagatgtgt-aaatttcgaatggtgcattaattactcttaaatgttttaagatgtttgatttatacattttagatggttttactgtaattgatcat 228  Q
    ||||| | | ||| |||||||| |||||||||| |||||  | ||  | | ||  |||   | ||||||||||||||||||||  |  ||||||| | ||    
T  41396880 gcatggggtttgtaaaatttcgcatggtgcattgattacggtaaaggggtctagaatgaacggtttatacattttagatggttccatagtaattggtaat 41396781  T
Q  229 gtatcgttagctagtgaagcatctcataataaatttgaattgtggcattcaaggtgacaacatgtcagtgaaagaggtttagtagaactagcaaaacaag 328  Q
    | |||| |||||||||  |||||||||||||| | ||||||||||||||  || |     ||||| ||||| || |||||||| |||||||| |||||||    
T  41396780 gcatcgatagctagtgttgcatctcataataattctgaattgtggcatttgagattggggcatgttagtgagaggggtttagttgaactagctaaacaag 41396681  T
Q  329 attttttaggaagagaaaatttagataagctagaatttagcaatcattacatactagacaaataacatagagtgaagtttgaaagtgg 416  Q
     |||  |||| | ||| || || || |||||||||||| |  | |||| |||||||| |||| ||||||| |||||||||| ||||||    
T  41396680 gtttgctagggaaagataaattggacaagctagaattttgtgagcattgcatactaggcaaacaacatagggtgaagtttggaagtgg 41396593  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 69; E-Value: 1e-30
Query Start/End: Original strand, 20 - 419
Target Start/End: Original strand, 47100154 - 47100554
Alignment:
Q  20 tttgatcactgtgaattccttttaaggcatgtgtgatatgatcctgaacctatgcaaaatgcaatttccattagcatgtttgataatctaggttattgca 119  Q
    |||||| || |||||||||| |||| | ||||| | | || ||| |||| || || ||||  ||||||| | ||||||||||||| ||||||||||||||    
T  47100154 tttgatgaccgtgaattcctattaaaggatgtgaggtttgttcccgaacttaagcgaaatttaatttccctaagcatgtttgatagtctaggttattgca 47100253  T
Q  120 ctaaaattgtgcatgagatgtgt-aaatttcgaatggtgcattaattactcttaaatgttttaagatgtttgatttatacattttagatggttttactgt 218  Q
    ||| ||||| ||||| | | ||| |||||||| |||||| ||| |||||  ||||| | | ||| |||  || ||||||||||||||||||||  |  ||    
T  47100254 ctagaattgagcatggggtttgtaaaatttcgcatggtgtattgattacgattaaagggtctaaaatgaatggtttatacattttagatggttccatagt 47100353  T
Q  219 aattgatcatgtatcgttagctagtgaagcatctcataataaatttgaattgtggcattcaaggtgacaacatgtcagtgaaagaggtttagtagaacta 318  Q
    ||||| | ||| |||| |||||||||  | | |||||||||| | | ||||||||||||  || |     ||||| ||||||||||||||||| ||||||    
T  47100354 aattggtaatgcatcggtagctagtgttgtacctcataataattctaaattgtggcatttgagattggggcatgttagtgaaagaggtttagttgaacta 47100453  T
Q  319 gcaaaacaagattttttaggaagagaaaatttagataagctagaatttagcaatcattacatactagacaaataacatagagtgaagtttgaaagtggta 418  Q
    || ||||||| |||  |||||| ||| || || || |||||||||||| |  | |||| |||| ||| |||  |||||||||| |||||||  |||||||    
T  47100454 gctaaacaaggtttgctaggaaaagataaattggacaagctagaattttgtgaacattgcatattaggcaagcaacatagagtaaagtttggtagtggta 47100553  T
Q  419 t 419  Q
    |    
T  47100554 t 47100554  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 54; E-Value: 9e-22
Query Start/End: Original strand, 29 - 277
Target Start/End: Original strand, 9025143 - 9025392
Alignment:
Q  29 tgtgaattccttttaaggcatgtgtgatatgatcctgaacctatgcaaaatgcaatttccattagcatgtttgataatctaggttattgcactaaaattg 128  Q
    |||||||||||| ||||| ||||| | | || ||| |||| ||||| ||||  ||||||| | | ||||||||||| ||||| |||||||| || |||||    
T  9025143 tgtgaattccttctaaggtatgtgaggtttgttcccgaacttatgcgaaatttaatttccctaaacatgtttgatagtctagattattgcattagaattg 9025242  T
Q  129 tgcatgagatgtgt-aaatttcgaatggtgcattaattactcttaaatgttttaagatgtttgatttatacattttagatggttttactgtaattgatca 227  Q
       ||| | | | | |||||||| ||||||| ||||||||||||||| | | ||| |||  || |||||||||||||||||||| ||  ||||||| | |    
T  9025243 aatatggggtttatgaaatttcgcatggtgctttaattactcttaaagggtctaaaatgaatggtttatacattttagatggttctatagtaattggtaa 9025342  T
Q  228 tgtatcgttagctagtgaagcatctcataataaatttgaattgtggcatt 277  Q
    |||||||  |||||||| || | |||||||||| | |||||| |||||||    
T  9025343 tgtatcggcagctagtgtagtacctcataataattctgaattatggcatt 9025392  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0006 (Bit Score: 64; Significance: 9e-28; HSPs: 2)
Name: scaffold0006
Description:

Target: scaffold0006; HSP #1
Raw Score: 64; E-Value: 9e-28
Query Start/End: Original strand, 31 - 409
Target Start/End: Complemental strand, 1247 - 869
Alignment:
Q  31 tgaattccttttaaggcatgtgtgatatgatcctgaacctatgcaaaatgcaatttccattagcatgtttgataatctaggttattgcactaaaattgtg 130  Q
    |||||||||||||||| ||||| | | || ||| |||| || || ||||  ||||||| | ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |    
T  1247 tgaattccttttaagggatgtgaggtttgttcccgaacttaagcgaaatttaatttccctaagcatgtttgatagtctaggttattgcactagaattgag 1148  T
Q  131 catgagatgtgt-aaatttcgaatggtgcattaattactcttaaatgttttaagatgtttgatttatacattttagatggttttactgtaattgatcatg 229  Q
    |||| | | ||| |||||||| |||||||||| |||||  ||||| | | ||| |||  || ||||||||||||||||||||  |  ||||||| | |||    
T  1147 catgcggt-tgtaaaatttcgcatggtgcattgattacggttaaagggtctaaaatgaatggtttatacattttagatggttccatagtaattggtaatg 1049  T
Q  230 tatcgttagctagtgaagcatctcataataaatttgaattgtggcattcaaggtgacaacatgtcagtgaaagaggtttagtagaactagcaaaacaaga 329  Q
     |||| | ||||| |  | | |||||||||| | ||||||||||||||  || |     ||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||| |     
T  1048 catcggtggctagcgttgtacctcataataattctgaattgtggcatttgagattggggcatgttagtgaaagaggtttagttgaactagctaaacaggg 949  T
Q  330 ttttttaggaagagaaaatttagataagctagaatttagcaatcattacatactagacaaataacatagagtgaagtttg 409  Q
    |||  |||||| ||| || || || |||||||||||| |  | |||| |||||||  |||  |||||||||| |||||||    
T  948 tttgctaggaaaagataaattggacaagctagaattttgtgagcattgcatactaagcaagaaacatagagtaaagtttg 869  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0006; HSP #2
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 82 - 409
Target Start/End: Complemental strand, 9352 - 9025
Alignment:
Q  82 aatttccattagcatgtttgataatctaggttattgcactaaaattgtgcatgagatgtgt-aaatttcgaatggtgcattaattactcttaaatgtttt 180  Q
    ||||||| | ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||| | | ||| |||||||| |||||||||| |||||  ||||| | | |    
T  9352 aatttccctaagcatgtttgatagtctaggttattgcactagaattgagcatgcggt-tgtaaaatttcgcatggtgcattgattacggttaaagggtct 9254  T
Q  181 aagatgtttgatttatacattttagatggttttactgtaattgatcatgtatcgttagctagtgaagcatctcataataaatttgaattgtggcattcaa 280  Q
    || |||  || ||||||||||||||||||||  |  ||||||| | ||| |||| ||||||| |    | |||||||||| | ||||||||||||||  |    
T  9253 aaaatgaatggtttatacattttagatggttccatagtaattggtaatgcatcggtagctagagttaaaactcataataattctgaattgtggcatttga 9154  T
Q  281 ggtgacaacatgtcagtgaaagaggtttagtagaactagcaaaacaagattttttaggaagagaaaatttagataagctagaatttagcaatcattacat 380  Q
    | |     ||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||| | |||  |||||| ||| || || || |||||||||||| |  | |||| |||    
T  9153 gattggggcatgttagtgaaagaggtttagttgaactagctaaacagggtttgctaggaaaagataaattggacaagctagaattttgtgagcattgcat 9054  T
Q  381 actagacaaataacatagagtgaagtttg 409  Q
    ||||  |||  |||||||||| |||||||    
T  9053 actaagcaagaaacatagagtaaagtttg 9025  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0078 (Bit Score: 38; Significance: 0.000000000003; HSPs: 1)
Name: scaffold0078
Description:

Target: scaffold0078; HSP #1
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 82 - 366
Target Start/End: Complemental strand, 35699 - 35414
Alignment:
Q  82 aatttccattagcatgtttgataatctaggttattgcactaaaattgtgcatgagatgtgt-aaatttcgaatggtgcattaattactcttaaatgtttt 180  Q
    ||||||||  ||||||||| |||  |||||||||||||||| ||||| ||||| | | ||| |||||| | ||||||||||||||||  ||| | | | |    
T  35699 aatttccagaagcatgttttataggctaggttattgcactataattgagcatggggtttgtaaaattttgcatggtgcattaattacagttataaggtct 35600  T
Q  181 aagatgtttgatttatacattttagatggttttactgtaattgatcatgtatcgttagctagtgaagcatctcataataaatttgaattgtggcattcaa 280  Q
    || ||   || |||||| |||||| ||||||  |  ||||||| | ||| |||| ||| ||||| |||| || ||||||| | ||||||||||||||  |    
T  35599 aaaattaatggtttatatattttaaatggttccatagtaattggtaatgcatcggtaggtagtgtagcaccttataataattatgaattgtggcatttga 35500  T
Q  281 ggtgacaacatgtcagtgaaagaggtttagtagaactagcaaaacaagattttttaggaagagaaaatttagataagctagaattt 366  Q
    | |    | |||| ||||||||||||||||| |||| ||| ||||| | |||  |||||| ||| || || || ||||||||||||    
T  35499 gattgggaaatgttagtgaaagaggtttagttgaacaagctaaacacggtttgctaggaaaagataaattggacaagctagaattt 35414  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University