View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1599-INSERTION-6 (Length: 809)

Name: NF1599-INSERTION-6
Description: NF1599
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1599-INSERTION-6
NF1599-INSERTION-6
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (8-809)||(8154811-8155613)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 787; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 787; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 809
Target Start/End: Complemental strand, 8155613 - 8154811
Alignment:
Q  8 catccaacagccaaccttttgattaatgagtataacagaatctgatcttaattttaataatatacaaaatgtcacaaagtggttgatgcttatcactaat 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8155613 catccaacagccaaccttttgattaatgagtataacagaatctgatcttaattttaataatatacaaaatgtcacaaagtggttgatgcttatcactaat 8155514  T
Q  108 catcaatatcatcaacctcaaacctatcattttcattcctaacatcctcacggtgatcaaaatatacaccaacttcgttaaacaaagacaacaaatgcat 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8155513 catcaatatcatcaacctcaaacctatcattttcattcctaacatcctcacggtgatcaaaatatacaccaacttcgttaaacaaagacaacaaatgcat 8155414  T
Q  208 caactcttcaatcgaaagttttgacggccttttatcatcaaaccctccctctctaagaacttcaacaatcttctctttaaacaaacaaacatcatcttgt 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8155413 caactcttcaatcgaaagttttgacggccttttatcatcaaaccctccctctctaagaacttcaacaatcttctctttaaacaaacaaacatcatcttgt 8155314  T
Q  308 tctccaaccaaaccagacacattattaaattccaacaactccaaaactttcctcttattcttaaatgtagcaccaagtgtcttattcttgttattaaaac 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8155313 tctccaaccaaaccagacacattattaaattccaacaactccaaaactttcctcttattcttaaatgtagcaccaagtgtcttattcttgttattaaaac 8155214  T
Q  408 aagtcctggtgaaagccctccactgatggagattaacggcaggaacattaacctttggtcgaattataacgacggaggaatcaactttaggtgacggaag 507  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8155213 aagtcctggtgaaagccctccactgatggagattaacagcaggaacattaacctttggtcgaattataacgacggaggaatcaactttaggtgacggaag 8155114  T
Q  508 aaaatctcttttgcttacatccatgacaaattccacgtcagctagaagcttaatgttaacggctaaacggttaaattcagaatcaccgggattagccagt 607  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8155113 aaaatctcttttgcttacatccatgacaaattccacgtcagctagaagcttaatgttaacggctaaacggttaaattcagaatcaccgggattagccagt 8155014  T
Q  608 aatcttcgagcgaactctttttgaagtagaagagtcgcacttcgaaatggtgtcgtctcgtatataagtttaattatgagtggtgatgatataccgtaag 707  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8155013 aatcttcgagcgaactctttttgaagtagaagagtcgcacttcgaaatggtgtcgtttcgtatataagtttaattatgagtggtgatgatataccgtaag 8154914  T
Q  708 gaatattggctaccacgagatcaaacggtgggaactctgttctcaatgcatcttttgatatcacctggaagaaag-agaaaacaaagtagctaaattata 806  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  8154913 gaatattggctaccacgagatcaaacggtgggaactctgttctcaatgcatcttttgatatcacctggaagaaagaagaaaacaaagtagctaaattata 8154814  T
Q  807 ttt 809  Q
    |||    
T  8154813 ttt 8154811  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University