View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF15992_high_2 (Length: 690)

Name: NF15992_high_2
Description: NF15992
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF15992_high_2
NF15992_high_2
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (10-673)||(4611947-4612624)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 571; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 571; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 673
Target Start/End: Complemental strand, 4612624 - 4611947
Alignment:
Q  10 attattctacaactgtttcaaacaagatttaatttatcctaacagttaaaaagttaaacttaaa-tcactgaattaatgcctcttgacaaatgttcaaat 108  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4612624 attattctacaactgtttcaaacaagatttaatttatcctaaaagttaaaaagttaaacttaaaatcactgaattaatgcctcttgacaaatgttcaaat 4612525  T
Q  109 ttgaatctttgtttaaaattgagttagctaatgattttcatgtcttcttgctaaaaacatatatgtgctcatgacatccacaattgagtcttgttcctta 208  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4612524 ttgaatctttgtttaaaattgagttagctaatgattttcatgtcttcttgctaaaaacatatatgtgctcatgacatccacaattgagtcttgttcctta 4612425  T
Q  209 acaaagggtttt-gttcttttgcagtaatcattaattagtgactttgcgtaaatagtaattctagtagtgtacaatgtacatatatgttttcaaaatatc 307  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  4612424 acaaagggtttttgttcttttgcagtaatcattaattagtgactttgcgtaaatagtaattctagtagtgtacaatgtacatatatgttttcaaaataac 4612325  T
Q  308 gatatgattgtcttttagttttaaaaatgtatatgtctactagaaaccaaatataatcatatgtgctatatgattatgcaacatggaagagattaaaagg 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4612324 gatatgattgtcttttagttttaaaaatgtatatgtctactagaaaccaaatataatcatatgtgctatatgattatgcaacatggaagagattaaaagg 4612225  T
Q  408 aaaagaacagtatgaacgaaataggcatgatatgtcaaaggttgttggaatatataacaattcataaagaaatatttgtcaacaattccgtacaaat-nn 506  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       
T  4612224 aaaaaaacagtatgaacgaaataggcatgatatgtcaaaggttgttggaatatataacaattcataaagaaatatttgtcaacaattccgtacaaataaa 4612125  T
Q  507 nnnnnntacaattcatttagtaaaaagtaaaattgatactataatgtatttgttatttattatgaaatccctaaag----------atgtttttgcaaaa 596  Q
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||          ||||||||||||||    
T  4612124 aaaaaatacaattcatttagtaaaaagtaaaattgatactataatgtatttgttatttattatgaaatccctaaagatgtttttacatgtttttgcaaaa 4612025  T
Q  597 acatcgttacttat-aaaaatgaaaaatattcttaaatctttttgggaattagaaatttatattgtatataacaaaga 673  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  4612024 acatcgttacttataaaaaatgaaaaatattcttaaatctttttgggaattagaaatttatattgtatatatcaaaga 4611947  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University