View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16001_low_1 (Length: 528)

Name: NF16001_low_1
Description: NF16001
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16001_low_1
NF16001_low_1
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (16-345)||(52267388-52267717)
[»] chr3 (5 HSPs)
chr3 (217-510)||(49201773-49202067)
chr3 (225-510)||(49186806-49187087)
chr3 (217-510)||(49206734-49207022)
chr3 (171-510)||(49211272-49211596)
chr3 (291-510)||(49190571-49190778)
[»] chr1 (8 HSPs)
chr1 (208-510)||(51823486-51823784)
chr1 (171-510)||(32593507-32593825)
chr1 (230-510)||(31526627-31526894)
chr1 (265-386)||(37030012-37030133)
chr1 (424-510)||(37030147-37030233)
chr1 (57-130)||(32593870-32593943)
chr1 (62-118)||(51823360-51823416)
chr1 (144-176)||(32594053-32594085)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (311-510)||(26755869-26756065)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 322; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 322; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 345
Target Start/End: Complemental strand, 52267717 - 52267388
Alignment:
Q  16 cagttgtttaagatggtaagacgataatttactttagctttaaaaagacattacttttgtaccaagcatgaaaaattagcatacttatggcaagttaaat 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52267717 cagttgtttaagatggtaagacgataatttactttagctttaaaaagacattacttttgtaccaagcatgaaaaattagcatacttatggcaagttaaat 52267618  T
Q  116 catcataaaaatccaagcatgaaaaggacaaaaattccatttataaaataccaagcatgtatcacacaataaaatgtactactgctaaatataattacca 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52267617 catcataaaaatccaagcatgaaaaagacaaaaattccatttataaaataccaagcatgtatcacacaataaaatgtactactgctaaatataattacca 52267518  T
Q  216 aaataaaaggtactactactataaacctaatacttgcttgcatcctcctaattaagagcttttgtcggataaggttcccatccaagcaggaggcaacatg 315  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52267517 aaataaaaggtactactactataaacctaatacttgcttgcatcctcctaattaagagcttttgtcggataaggttcccatccaagcaggaggcaacatg 52267418  T
Q  316 cccgtttgctcatggacagtcttaaacaaa 345  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||    
T  52267417 cctgtttgctcatggacagtcttaaacaaa 52267388  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 247; Significance: 1e-137; HSPs: 5)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 247; E-Value: 1e-137
Query Start/End: Original strand, 217 - 510
Target Start/End: Original strand, 49201773 - 49202067
Alignment:
Q  217 aataaaaggtactactactataaacctaatacttgc-ttgcatcctcctaattaagagcttttgtcggataaggttcccatccaagcaggaggcaacatg 315  Q
    ||||||||||||||||  |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| |||||| || ||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  49201773 aataaaaggtactactgatataaacctaatacttgcattgcatcatcctaattaagggcttttctcagataaggctcccatccaagcaggaggcaacatg 49201872  T
Q  316 cccgtttgctcatggacagtcttaaacaaaggtggcaacatcttgtagacaccagcaacttctttcatacccatggaaccttcagttttttcaccaccac 415  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  49201873 cccgtttgctcatggacagtcttaaacagaggtggcaacatcttgtagacaccagcaacttctttcatacccatggcaccttcagttttttcaccaccac 49201972  T
Q  416 tatcactaccattagtccaaatactaatcttaggctcaagtccgcgtaccgcctcggcattaatcttagcaatctcttgaaacatgccaccattt 510  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49201973 tatcactaccattagtccaaatactaatcttaggctcaagtccgcgtactgcctcggcattaatcttagcaatctcttgaaacatgccaccattt 49202067  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 197; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 225 - 510
Target Start/End: Original strand, 49186806 - 49187087
Alignment:
Q  225 gtactactactataaacctaatacttgcttgcatcctcctaattaagagcttttgtcggataaggttcccatccaagcaggaggcaacatgcccgtttgc 324  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||    ||| ||||||| |||||||||| || ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49186806 gtactactactataaaccaaatacttgc----atcatcctaatcaagagcttttctcagataaggctcccatccaagcaggaggcaacatgcccgtttgc 49186901  T
Q  325 tcatggacagtcttaaacaaaggtggcaacatcttgtagacaccagcaacttctttcatacccatggaaccttcagttttttcaccaccactatcactac 424  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| || | |||| | |||||| ||    
T  49186902 tcatggacagtcttaaacagaggtggcaacatcttgtagacaccagcaacttctttcatacccatggcaccatcagttattcccccactattatcaccac 49187001  T
Q  425 cattagtccaaatactaatcttaggctcaagtccgcgtaccgcctcggcattaatcttagcaatctcttgaaacatgccaccattt 510  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  49187002 cattagtccaaatactaatcttaggctcaagtccgcgtattgcctcggcattaatcttagcaatctcttgaaacatgtcaccattt 49187087  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 182; E-Value: 4e-98
Query Start/End: Original strand, 217 - 510
Target Start/End: Original strand, 49206734 - 49207022
Alignment:
Q  217 aataaaaggtactactactataaacctaatacttgcttgcatcctcctaattaagagcttttgtcggataaggttcccatccaagcaggaggcaacatgc 316  Q
    ||||||||||||| ||| | |||||||||||||||| |     |||| ||||||||| ||||||| | ||| | |||||||||||| ||||| |||||||    
T  49206734 aataaaaggtactgctattgtaaacctaatacttgcat-----ctccaaattaagagtttttgtcaggtaaagatcccatccaagccggaggaaacatgc 49206828  T
Q  317 ccgtttgctcatggacagtcttaaacaaaggtggcaacatcttgtagacaccagcaacttctttcatacccatggaaccttcagttttttcaccaccact 416  Q
    | ||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| || | |||  | |    
T  49206829 ctgtttgctcatggacagtcttaaacagaggcggcaacatcttgtagacaccagcaacttctttcatacccatggcaccttcagttattcccccattatt 49206928  T
Q  417 atcactaccattagtccaaatactaatcttaggctcaagtccgcgtaccgcctcggcattaatcttagcaatctcttgaaacatgccaccattt 510  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49206929 atcaccaccattagtccaaatactaatcttaggctcaagtccgcgtaccgcctcggcattaatcttagcaatctcttgaaacatgccaccattt 49207022  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 155; E-Value: 5e-82
Query Start/End: Original strand, 171 - 510
Target Start/End: Original strand, 49211272 - 49211596
Alignment:
Q  171 catgtatcacacaataaaatgtactactgctaaatataattaccaaaataaaaggtactactactataaacctaatacttgcttgcatcctcctaattaa 270  Q
    |||||||||||  |||||| ||||||||| |||||     |||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||| |     |||||||||||    
T  49211272 catgtatcacatgataaaaggtactactgttaaat-----taccaaaataaaagatactactactgtaaacctaatacttgcat-----ctcctaattaa 49211361  T
Q  271 -------gagcttttgtcggataaggttcccatccaagcaggaggcaacatgcccgtttgctcatggacagtcttaaacaaaggtggcaacatcttgtag 363  Q
           ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||     
T  49211362 gacttaagagcttttgtcagataaggatcccatccaagcaggaggcaacatgcctgtttgctcatggacagtcttaaacagaggtggcaacatcttgtac 49211461  T
Q  364 acaccagcaacttctttcatacccatggaaccttcagttttttcaccaccactatcactaccattagtccaaatactaatcttaggctcaagtccgcgta 463  Q
    |||||||||||||||||      ||| | |||||||       | |||| | |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49211462 acaccagcaacttcttt------catcgcaccttca------cccccactattatcaccaccattagtccaaatactaatcttaggctcaagtccgcgta 49211549  T
Q  464 ccgcctcggcattaatcttagcaatctcttgaaacatgccaccattt 510  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49211550 ccgcctcagcattaatcttagcaatctcttgaaacatgccaccattt 49211596  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 118; E-Value: 6e-60
Query Start/End: Original strand, 291 - 510
Target Start/End: Original strand, 49190571 - 49190778
Alignment:
Q  291 tcccatccaagcaggaggcaacatgcccgtttgctcatggacagtcttaaacaaaggtggcaacatcttgtagacaccagcaacttctttcatacccatg 390  Q
    ||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |        
T  49190571 tcccatccaagcaggtggtaacattcccgtttgctcatgaacagtcttaaacaaaggtggcaacatcttgtagacaccagcaacttctttcatcgc---- 49190666  T
Q  391 gaaccttcagttttttcaccaccactatcactaccattagtccaaatactaatcttaggctcaagtccgcgtaccgcctcggcattaatcttagcaatct 490  Q
      |||||||       | |||| | |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||    
T  49190667 --accttcac------ccccactattatcaccaccattagtccaaatactaatcttaggctcaagtccgcgtactgcctcagcattaatcttagcgatct 49190758  T
Q  491 cttgaaacatgccaccattt 510  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  49190759 cttgaaacatgccaccattt 49190778  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 193; Significance: 1e-104; HSPs: 8)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 193; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 208 - 510
Target Start/End: Original strand, 51823486 - 51823784
Alignment:
Q  208 aattaccaaaataaaaggtactactactataaacctaatacttgcttgcatcctcctaattaagagcttttgtcggataaggttcccatccaagcaggag 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51823486 aattaccaaaataaaaggtactacta---taaacctaatactt-cttgcatcctcctaattaagagcttttgtcggataaggttcccatccaagcaggag 51823581  T
Q  308 gcaacatgcccgtttgctcatggacagtcttaaacaaaggtggcaacatcttgtagacaccagcaacttctttcatacccatggaaccttcagttttttc 407  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||| |||| |||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| | | || |    
T  51823582 gcaacatgcctgtttgctcatggacagtcttgaacagaggtggcagcatcttgtagacaccagcaacctctttcatacccatagaaccttcggctattcc 51823681  T
Q  408 accaccactatcactaccattagtccaaatactaatcttaggctcaagtccgcgtaccgcctcggcattaatcttagcaatctcttgaaacatgccacca 507  Q
     || ||| | || |  |||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  51823682 gcctccattgtcccctccattagtccaaatactaatcttaggttcaagtccacgtactgcctcagcattaatcttagccatctcttgaaacatgccacca 51823781  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 174; E-Value: 2e-93
Query Start/End: Original strand, 171 - 510
Target Start/End: Complemental strand, 32593825 - 32593507
Alignment:
Q  171 catgtatcacacaataaaatgtactactgctaaatataattaccaaaataaaaggtactactactataaacctaatacttgcttgcatcctcctaattaa 270  Q
    ||||||||||| ||||||| |||||||||||||||     ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    ||||||||||||||    
T  32593825 catgtatcacagaataaaaagtactactgctaaat-----taccaaaataaaaggtattactactataaacctaatacttgc----atcctcctaattaa 32593735  T
Q  271 gagcttttgtcggataaggttcccatccaagcaggaggcaacatgcccgtttgctcatggacagtcttaaacaaaggtggcaacatcttgtagacaccag 370  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| |||||||    
T  32593734 gagcttttgtcggataaggttcccatccaagcaggaggcaacatgcctgtttgctcatggacagtcttaaacagaggtggcagcatcttgtaaacaccag 32593635  T
Q  371 caacttctttcatacccatggaaccttcagttttttcaccaccactatcactaccattagtccaaatactaatcttaggctcaagtccgcgtaccgcctc 470  Q
    |||| |||||||| ||||| |||||||| ||| || | ||             |||||||||||||||||||||||||| ||||||||  |||| |||||    
T  32593634 caacctctttcatgcccatagaaccttccgttattccgcc------------tccattagtccaaatactaatcttaggttcaagtccatgtactgcctc 32593547  T
Q  471 ggcattaatcttagcaatctcttgaaacatgccaccattt 510  Q
     ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  32593546 agcattgatcttagccatctcttgaaacatgccaccattt 32593507  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 168; E-Value: 8e-90
Query Start/End: Original strand, 230 - 510
Target Start/End: Original strand, 31526627 - 31526894
Alignment:
Q  230 actactataaacctaatacttgcttgcatcctcctaattaagagcttttgtcggataaggttcccatccaagcaggaggcaacatgcccgtttgctcatg 329  Q
    ||||||||||||||||||||||    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  31526627 actactataaacctaatacttg----catcctcctaattaagagcttttgtctgataaggttcctatccaagcaggaggcaacatgcctgtttgctcatg 31526722  T
Q  330 gacagtcttaaacaaaggtggcaacatcttgtagacaccagcaacttctttcatacccatggaaccttcagttttttcaccaccactatcactaccatta 429  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||         ||| || ||| | ||||  ||||||    
T  31526723 gacagtcttaaacaaaggtggcaacatcttgtaaacaccagcaacctctttcatacccatagaacc---------ttcgcctccattgtcacctccatta 31526813  T
Q  430 gtccaaatactaatcttaggctcaagtccgcgtaccgcctcggcattaatcttagcaatctcttgaaacatgccaccattt 510  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  31526814 gtccaaatactaatcttaggttcaagtccacgtaccgcctcagcattaatcttagccatctcttgaaacatgccaccattt 31526894  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 86; E-Value: 7e-41
Query Start/End: Original strand, 265 - 386
Target Start/End: Original strand, 37030012 - 37030133
Alignment:
Q  265 aattaagagcttttgtcggataaggttcccatccaagcaggaggcaacatgcccgtttgctcatggacagtcttaaacaaaggtggcaacatcttgtaga 364  Q
    ||||||||| ||||||| |  |||  ||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37030012 aattaagagtttttgtcaggcaagactcccatccaagcaggtggtaacattcccgtttgctcatggacagtcttaaacaaaggtggcaacatcttgtaga 37030111  T
Q  365 caccagcaacttctttcatacc 386  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  37030112 caccagcaacttctttcatacc 37030133  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 71; E-Value: 6e-32
Query Start/End: Original strand, 424 - 510
Target Start/End: Original strand, 37030147 - 37030233
Alignment:
Q  424 ccattagtccaaatactaatcttaggctcaagtccgcgtaccgcctcggcattaatcttagcaatctcttgaaacatgccaccattt 510  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37030147 ccattagtccaaatactaatcttaggctcaagtcctcgtattgcctcggcgttaatcttagcaatctcttgaaacatgccaccattt 37030233  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 58; E-Value: 4e-24
Query Start/End: Original strand, 57 - 130
Target Start/End: Complemental strand, 32593943 - 32593870
Alignment:
Q  57 aaaaagacattacttttgtaccaagcatgaaaaattagcatacttatggcaagttaaatcatcataaaaatcca 130  Q
    ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  32593943 aaaaatacattacttttgtaccatgcatgaaaaattagcaaacttatggcaagttaaatcattataaaaatcca 32593870  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 53; E-Value: 4e-21
Query Start/End: Original strand, 62 - 118
Target Start/End: Original strand, 51823360 - 51823416
Alignment:
Q  62 gacattacttttgtaccaagcatgaaaaattagcatacttatggcaagttaaatcat 118  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51823360 gacattacttttgtacgaagcatgaaaaattagcatacttatggcaagttaaatcat 51823416  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 144 - 176
Target Start/End: Complemental strand, 32594085 - 32594053
Alignment:
Q  144 caaaaattccatttataaaataccaagcatgta 176  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  32594085 caaaaattccattcataaaataccaagcatgta 32594053  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 114; Significance: 1e-57; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 114; E-Value: 1e-57
Query Start/End: Original strand, 311 - 510
Target Start/End: Original strand, 26755869 - 26756065
Alignment:
Q  311 acatgcccgtttgctcatggacagtcttaaacaaaggtggcaacatcttgtagacaccagcaacttctttcatacccatggaaccttcagttttttcacc 410  Q
    ||||||| |||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||  ||| ||||||||||| ||    
T  26755869 acatgcctgtttgctcatggactgtcttaaacagaggtggcaacatcttgtacacaccagcaacttctttcatacctatgccaccgtcagttttttcgcc 26755968  T
Q  411 accactatcactaccattagtccaaatactaatcttaggctcaagtccgcgtaccgcctcggcattaatcttagcaatctcttgaaacatgccaccattt 510  Q
    |||  ||||   ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  ||||| ||||||||||| ||||| ||| |||||||||||||||||    
T  26755969 accgttatc---accattagtccaaatactaatcttaggttcaagtccgcgtatagcctcagcattaatcttcgcaatatctcgaaacatgccaccattt 26756065  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University