View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16002_low_5 (Length: 354)

Name: NF16002_low_5
Description: NF16002
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16002_low_5
NF16002_low_5
[»] chr1 (4 HSPs)
chr1 (1-341)||(11780126-11780467)
chr1 (11-183)||(10424593-10424765)
chr1 (11-181)||(1624838-1625008)
chr1 (35-94)||(30731478-30731537)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (4-341)||(17158545-17158886)
[»] chr6 (4 HSPs)
chr6 (4-334)||(14977470-14977803)
chr6 (126-297)||(11776308-11776482)
chr6 (126-182)||(9352421-9352477)
chr6 (126-174)||(24353638-24353686)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (1-314)||(12101751-12102062)
[»] chr5 (4 HSPs)
chr5 (11-297)||(5781902-5782191)
chr5 (11-297)||(19069420-19069709)
chr5 (23-120)||(17763963-17764060)
chr5 (126-183)||(11724701-11724758)
[»] chr3 (6 HSPs)
chr3 (16-183)||(16311632-16311799)
chr3 (16-183)||(18488416-18488583)
chr3 (16-183)||(18492626-18492793)
chr3 (31-194)||(19829018-19829181)
chr3 (45-183)||(16314023-16314161)
chr3 (45-183)||(18495017-18495155)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (27-183)||(17459431-17459587)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 302; Significance: 1e-170; HSPs: 4)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 302; E-Value: 1e-170
Query Start/End: Original strand, 1 - 341
Target Start/End: Original strand, 11780126 - 11780467
Alignment:
Q  1 ctcaacaattgatgaatgtggtacatgctcatgggcacccttcggactctccaccagatcctgtgggcgcgaatgattatgttccacatcatccgagagc 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11780126 ctcaacaattgatgaatgtggtacatgctcatgggcacccttcggactctccaccagctcctgtgggcgcgaatgattatgttccacatcatccgagagc 11780225  T
Q  101 gttggagtaacatcgtcaactacatggttctccaactcctcccgcgatgtcggatgcgactgctccactctctcagaatgcacttcatcatgcaa-ccgg 199  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| | ||    
T  11780226 gttggagtaacatcgtcaactacatggttctccaactcctcccgcgatgtcggatgcgactgcttcactctctcagaatgcatttcatcatgcaatcggg 11780325  T
Q  200 gaaacaatttcaaacactggcgtagctagtagcagctcctcactagaaatgttgtcaaacacgttatgcagtggaaagctgaaagatgttgacgacaatg 299  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11780326 gaaacaatttcaaacactggcgtagctagtagcagctcctcactagaaacgctgtcaaacacgttatgtagtggaaagctgaaagatgttgacgacaatg 11780425  T
Q  300 atgtcctaggcatagggaccgtcatatgagaagtaacaactg 341  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11780426 atgtcctgggcatagggaccgtcatatgagaagtaacaactg 11780467  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 11 - 183
Target Start/End: Original strand, 10424593 - 10424765
Alignment:
Q  11 gatgaatgtggtacatgctcatgggcacccttcggactctccaccagatcctgtgggcgcgaatgattatgttccacatcatccgagagcgttggagtaa 110  Q
    ||||||||||||||| |||| | || |||||| |||||||||||||| ||| ||||||||||| |||||| |||||||||||| || |||||   ||  |    
T  10424593 gatgaatgtggtacacgctcgtaggaacccttaggactctccaccagctcccgtgggcgcgaacgattatattccacatcatcagaaagcgtaacagaga 10424692  T
Q  111 catcgtcaactacatggttctccaactcctcccgcgatgtcggatgcgactgctccactctctcagaatgcac 183  Q
    |||| || || ||  ||||||||||  |||||||||||||| ||||| | || ||||||||||||||||||||    
T  10424693 catcatccaccacggggttctccaatacctcccgcgatgtcagatgcaattgttccactctctcagaatgcac 10424765  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000005
Query Start/End: Original strand, 11 - 181
Target Start/End: Original strand, 1624838 - 1625008
Alignment:
Q  11 gatgaatgtggtacatgctcatgggcacccttcggactctccaccagatcctgtgggcgcgaatgattatgttccacatcatccgagagcgttggagtaa 110  Q
    ||||||||||||||| |||| |||| |||||| |||||||| ||||| ||| | |||| ||||  ||| ||||||||||||||  | |||||   ||| |    
T  1624838 gatgaatgtggtacacgctcgtgggaacccttgggactctcgaccagctcccgcgggctcgaactattgtgttccacatcatcataaagcgtaacagtga 1624937  T
Q  111 catcgtcaactacatggttctccaactcctcccgcgatgtcggatgcgactgctccactctctcagaatgc 181  Q
    |||| || ||     ||||| ||||| |||||||||||||| ||||| |||| || ||||||||| |||||    
T  1624938 catcatccaccgtggggttccccaacacctcccgcgatgtcagatgcaactgttctactctctcaaaatgc 1625008  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000008
Query Start/End: Original strand, 35 - 94
Target Start/End: Complemental strand, 30731537 - 30731478
Alignment:
Q  35 gcacccttcggactctccaccagatcctgtgggcgcgaatgattatgttccacatcatcc 94  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||||||||| |  ||||| |||||||||| |||||    
T  30731537 gcacccttgggactctccaccagctcctgtgggctcacatgatcatgttccacaccatcc 30731478  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 188; Significance: 1e-102; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 188; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 4 - 341
Target Start/End: Original strand, 17158545 - 17158886
Alignment:
Q  4 aacaattgatgaatgtggtacatgctcatgggcacccttcggactctccaccagatcctgtgggcgcgaatgattatgttccacatcatccgagagcgtt 103  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||| | ||||| |||||||||||||  | ||  ||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||     
T  17158545 aacaattgatgaatgtagtacatgctcatggtcccccttgggactctccaccaactactaggggtgcgaatgattatgctccacatcatccgagagtgtc 17158644  T
Q  104 ggagtaacatcgtcaactacatggttctccaactcctcccgcgatgtcggatgcgactgctcc-actctctcagaatgcacttcatcatgc---aaccgg 199  Q
    | ||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||   |||  |    
T  17158645 gcagtaacatcgtcaaccacagggttctccaactcctcccgcgatatcggatgcgactgatcccactctctcagaatgcacttcatcgtgcgcaaactag 17158744  T
Q  200 gaaacaatttcaaacactggcgtagctagtagcagctcctcactagaaatgttgtcaaacacgttatgcagtggaaagctgaaagatgttgacgacaatg 299  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  17158745 gaaacaatttcaaacactggcgtagcgagtggcagcttttcactagaaatgttgtcaaacacgttatgtagtggaaagctgaaaggtgttgacgacaatg 17158844  T
Q  300 atgtcctaggcatagggaccgtcatatgagaagtaacaactg 341  Q
    | ||| | ||||||||||| ||||  ||||||||||||||||    
T  17158845 acgtcttgggcatagggactgtcaactgagaagtaacaactg 17158886  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 107; Significance: 1e-53; HSPs: 4)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 107; E-Value: 1e-53
Query Start/End: Original strand, 4 - 334
Target Start/End: Complemental strand, 14977803 - 14977470
Alignment:
Q  4 aacaattgatgaatgtggtacatgctcatgggcacccttcggactctccaccagatcctgtgggcgcgaatgattatgttccacatcatccgagagcgtt 103  Q
    |||||| ||||||||||| ||||||||||||| |||||| |||||||||||||| ||| | |||  |||||||||||||||||||||||  || |||||     
T  14977803 aacaatggatgaatgtggaacatgctcatgggaacccttgggactctccaccagctcccgcggggtcgaatgattatgttccacatcataagatagcgta 14977704  T
Q  104 ggagtaacatcgtcaactacatggttctccaactcctcccgcgatgtcggatgcgactgctccactctctcagaatgcacttcatcat--gcaac-cggg 200  Q
    | |||||||||||||||     || ||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |  |||||  |||    
T  14977703 gcagtaacatcgtcaaccgttgggatctgcacctcctcccgcgatgtcggatgcgactgctccactctctcggaatgcacgtcatcgtgcgcaactgggg 14977604  T
Q  201 aaacaatttcaaacactggcgtagctagtagcagctcctcactagaaatgttgtcaaacacgttatgcagtggaaagctgaaagatgttgacgacaatga 300  Q
    | ||||  |||| |||||| ||||||  | ||| || ||||||||||||  | ||||||| ||| || | ||| ||||| ||||||||||| ||||| ||    
T  14977603 acacaaactcaatcactggtgtagcttctggcaacttctcactagaaatactatcaaacatgttgtgtaatgggaagctaaaagatgttgatgacaaaga 14977504  T
Q  301 tgtcctaggcatagggaccgtcatatgagaagta 334  Q
     ||||| |||| ||||||| |||| |||||||||    
T  14977503 cgtcctgggcacagggaccatcatctgagaagta 14977470  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 126 - 297
Target Start/End: Original strand, 11776308 - 11776482
Alignment:
Q  126 ggttctccaactcctcccgcgatgtcggatgcgactgctccactctctcagaatgcacttcatcatg--caac-cgggaaacaatttcaaacactggcgt 222  Q
    |||||||||||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||  ||||  |||||||||  || |||||||| ||    
T  11776308 ggttctccaactcctcccgcgatgactgatgcaactgctccactctctcagaatgcacatcatcgtgcacaacaggggaaacaacctctaacactggtgt 11776407  T
Q  223 agctagtagcagctcctcactagaaatgttgtcaaacacgttatgcagtggaaagctgaaagatgttgacgacaa 297  Q
    | |  || ||| |||||||  |||||| ||||||||| | ||||| | |||||||||||||||  ||||||||||    
T  11776408 aacatgtggcaactcctcatgagaaattttgtcaaacgcattatgtaatggaaagctgaaagagtttgacgacaa 11776482  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 126 - 182
Target Start/End: Original strand, 9352421 - 9352477
Alignment:
Q  126 ggttctccaactcctcccgcgatgtcggatgcgactgctccactctctcagaatgca 182  Q
    ||||||||||| |||| ||||||||| || || |||| |||||||||||||||||||    
T  9352421 ggttctccaacacctctcgcgatgtcagacgcaactgttccactctctcagaatgca 9352477  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 126 - 174
Target Start/End: Original strand, 24353638 - 24353686
Alignment:
Q  126 ggttctccaactcctcccgcgatgtcggatgcgactgctccactctctc 174  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| | |||||||    
T  24353638 ggttctccaactcctcccgcgatgtctgatgcaactgcttcgctctctc 24353686  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 106; Significance: 5e-53; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 106; E-Value: 5e-53
Query Start/End: Original strand, 1 - 314
Target Start/End: Complemental strand, 12102062 - 12101751
Alignment:
Q  1 ctcaacaattgatgaatgtggtacatgctcatgggcacccttcggactctccaccagatcctgtgggcgcgaatgattat----gttccacatcatccga 96  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| ||| | ||||||||||||||||    |||||||||           
T  12102062 ctcaacaattgatgaatgtggtacatgctcataggcacccttgggactctccaccagctcccgggggcgcgaatgattatatatgttccacat------- 12101970  T
Q  97 gagcgttggagtaacatcgtcaactacatggttctccaactcctcccgcgatgtcggatgcgactgctccactctctcagaatgcacttcatcatgcaac 196  Q
      |  | | ||||||||||||| | |   ||||||||||||||||||||||||||| ||| |  |||||| ||||||||| |||||| ||||| ||||      
T  12101969 --gtatcgtagtaacatcgtcagccatggggttctccaactcctcccgcgatgtcgaatgtgtttgctccgctctctcaggatgcacgtcatcgtgcaca 12101872  T
Q  197 c---gggaaacaatttcaaacactggcgtagctagtagcagctcctcactagaaatgttgtcaaacacgttatgcagtggaaagctgaaagatgttgacg 293  Q
        |||||| ||||||||||||| | || ||| || | |||||||| |||||||| |||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  12101871 attggggaaataatttcaaacactcgtgttgcttgtggtagctcctcgctagaaatattgttaaacacgttatgtagtggaaagctgaaagatgttgacg 12101772  T
Q  294 acaatgatgtcctaggcatag 314  Q
    ||||||| ||| |||||||||    
T  12101771 acaatgacgtcataggcatag 12101751  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 71; Significance: 4e-32; HSPs: 4)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 71; E-Value: 4e-32
Query Start/End: Original strand, 11 - 297
Target Start/End: Original strand, 5781902 - 5782191
Alignment:
Q  11 gatgaatgtggtacatgctcatgggcacccttcggactctccaccagatcctgtgggcgcgaatgattatgttccacatcatccgagagcgttggagtaa 110  Q
    |||||| ||| |||| ||||||||| |||||| |||||||||||||| ||| | |||  ||||||||| |||||||||||||| || || ||   |||||    
T  5781902 gatgaacgtgatacacgctcatgggaacccttgggactctccaccagctcccgcgggatcgaatgattgtgttccacatcatcagaaagtgtaacagtaa 5782001  T
Q  111 catcgtcaactacatggttctccaactcctcccgcgatgtcggatgcgactgctccactctctcagaatgcacttcatcat--gcaac-cgggaaacaat 207  Q
    |||| || ||    |||||||||||||||| |||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||| ||||| |  |||||  |||||||||     
T  5782002 catcatccaccgtgtggttctccaactccttccgcgatgtctgatgcaactgctcctctctctcagaatgcacgtcatcgtgcgcaacaagggaaacaac 5782101  T
Q  208 ttcaaacactggcgtagctagtagcagctcctcactagaaatgttgtcaaacacgttatgcagtggaaagctgaaagatgttgacgacaa 297  Q
     || ||||||||||||||   | |||||||||||  ||||||  | |  ||||| || || | |||||||||||||||  ||||||||||    
T  5782102 ctctaacactggcgtagcacatggcagctcctcaggagaaattctattgaacacattgtgtaatggaaagctgaaagagtttgacgacaa 5782191  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 11 - 297
Target Start/End: Original strand, 19069420 - 19069709
Alignment:
Q  11 gatgaatgtggtacatgctcatgggcacccttcggactctccaccagatcctgtgggcgcgaatgattatgttccacatcatccgagagcgttggagtaa 110  Q
    |||||||||| || | ||||||||  |||||| |||||||||||||| ||||| |||  ||||||||| |||||||||||||  || || ||   |||||    
T  19069420 gatgaatgtgatatacgctcatggaaacccttgggactctccaccagctcctgcgggatcgaatgattgtgttccacatcattagaaagggtaacagtaa 19069519  T
Q  111 catcgtcaactacatggttctccaactcctcccgcgatgtcggatgcgactgctccactctctcagaatgcacttcatcat--gcaac-cgggaaacaat 207  Q
    |||| || ||     |||||||||||||||| ||||||||| ||||| || ||||| |||||||||||||||| ||||| |  |||||  |||||| ||     
T  19069520 catcttccaccgtggggttctccaactcctctcgcgatgtctgatgcaaccgctcctctctctcagaatgcacgtcatcgtgcgcaacaggggaaataac 19069619  T
Q  208 ttcaaacactggcgtagctagtagcagctcctcactagaaatgttgtcaaacacgttatgcagtggaaagctgaaagatgttgacgacaa 297  Q
     || ||||||||||||||  || ||||||||| |  |||||| ||||||||| | || || | |||||||||||||||  ||||||||||    
T  19069620 ctctaacactggcgtagcacgtggcagctccttaggagaaattttgtcaaacgcattgtgtaatggaaagctgaaagagtttgacgacaa 19069709  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 23 - 120
Target Start/End: Complemental strand, 17764060 - 17763963
Alignment:
Q  23 acatgctcatgggcacccttcggactctccaccagatcctgtgggcgcgaatgattatgttccacatcatccgagagcgttggagtaacatcgtcaac 120  Q
    ||||||||||||| ||||||  ||||||||||||| ||| |   ||   |||||||||||||||||||||| || ||||| | ||||||||| |||||    
T  17764060 acatgctcatgggaacccttgagactctccaccagctcccgccagcttaaatgattatgttccacatcatcagaaagcgtagcagtaacatcatcaac 17763963  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 126 - 183
Target Start/End: Complemental strand, 11724758 - 11724701
Alignment:
Q  126 ggttctccaactcctcccgcgatgtcggatgcgactgctccactctctcagaatgcac 183  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| ||||| | |||||  |||||| |||||||||    
T  11724758 ggttctccaacacctcccgcgatgtcagatgcaattgctctgctctcttagaatgcac 11724701  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 52; Significance: 9e-21; HSPs: 6)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 52; E-Value: 9e-21
Query Start/End: Original strand, 16 - 183
Target Start/End: Complemental strand, 16311799 - 16311632
Alignment:
Q  16 atgtggtacatgctcatgggcacccttcggactctccaccagatcctgtgggcgcgaatgattatgttccacatcatccgagagcgttggagtaacatcg 115  Q
    ||||| |||| |||| | || |||||| |||||||||||||| ||| ||||||||||| |||||| |||||||||||| || |||||   ||  |||||     
T  16311799 atgtgatacacgctcgtaggaacccttgggactctccaccagctcccgtgggcgcgaacgattatattccacatcatcagaaagcgtaacagagacatca 16311700  T
Q  116 tcaactacatggttctccaactcctcccgcgatgtcggatgcgactgctccactctctcagaatgcac 183  Q
    || || ||  ||||||||||| |||||||||||||| ||||| | || |||||| ||||| |||||||    
T  16311699 tccaccacggggttctccaacacctcccgcgatgtcagatgcaattgttccactttctcaaaatgcac 16311632  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 52; E-Value: 9e-21
Query Start/End: Original strand, 16 - 183
Target Start/End: Complemental strand, 18488583 - 18488416
Alignment:
Q  16 atgtggtacatgctcatgggcacccttcggactctccaccagatcctgtgggcgcgaatgattatgttccacatcatccgagagcgttggagtaacatcg 115  Q
    ||||| |||| |||| | || |||||| |||||||||||||| ||| ||||||||||| |||||| |||||||||||| || |||||   ||  |||||     
T  18488583 atgtgatacacgctcgtaggaacccttgggactctccaccagctcccgtgggcgcgaacgattatattccacatcatcagaaagcgtaacagagacatca 18488484  T
Q  116 tcaactacatggttctccaactcctcccgcgatgtcggatgcgactgctccactctctcagaatgcac 183  Q
    || || ||  ||||||||||| |||||||||||||| ||||| | || |||||| ||||| |||||||    
T  18488483 tccaccacggggttctccaacacctcccgcgatgtcagatgcaattgttccactttctcaaaatgcac 18488416  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 52; E-Value: 9e-21
Query Start/End: Original strand, 16 - 183
Target Start/End: Complemental strand, 18492793 - 18492626
Alignment:
Q  16 atgtggtacatgctcatgggcacccttcggactctccaccagatcctgtgggcgcgaatgattatgttccacatcatccgagagcgttggagtaacatcg 115  Q
    ||||| |||| |||| | || |||||| |||||||||||||| ||| ||||||||||| |||||| |||||||||||| || |||||   ||  |||||     
T  18492793 atgtgatacacgctcgtaggaacccttgggactctccaccagctcccgtgggcgcgaacgattatattccacatcatcagaaagcgtaacagagacatca 18492694  T
Q  116 tcaactacatggttctccaactcctcccgcgatgtcggatgcgactgctccactctctcagaatgcac 183  Q
    || || ||  ||||||||||| |||||||||||||| ||||| | || |||||| ||||| |||||||    
T  18492693 tccaccacggggttctccaacacctcccgcgatgtcagatgcaattgttccactttctcaaaatgcac 18492626  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 44; E-Value: 5e-16
Query Start/End: Original strand, 31 - 194
Target Start/End: Original strand, 19829018 - 19829181
Alignment:
Q  31 atgggcacccttcggactctccaccagatcctgtgggcgcgaatgattatgttccacatcatccgagagcgttggagtaacatcgtcaactacatggttc 130  Q
    ||||| |||||| |||||||||||||| ||| | |||  ||||||||| |||||||||||||| || || ||   |||||||||||  |||    |||||    
T  19829018 atgggaacccttgggactctccaccagctcccgcgggttcgaatgattgtgttccacatcatcagaaagtgtaacagtaacatcgttcactgtggggttc 19829117  T
Q  131 tccaactcctcccgcgatgtcggatgcgactgctccactctctcagaatgcacttcatcatgca 194  Q
    ||||||||| || | |||||| | ||| || ||||| |||||||||||||||| ||||| ||||    
T  19829118 tccaactccccctgtgatgtctggtgcaaccgctcctctctctcagaatgcacgtcatcgtgca 19829181  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 45 - 183
Target Start/End: Complemental strand, 16314161 - 16314023
Alignment:
Q  45 gactctccaccagatcctgtgggcgcgaatgattatgttccacatcatccgagagcgttggagtaacatcgtcaactacatggttctccaactcctcccg 144  Q
    ||||||||||||| ||| ||||||||||| |||||| |||||||||||| || |||||   ||  ||||| || || ||  ||||||||||| |||||||    
T  16314161 gactctccaccagctcccgtgggcgcgaacgattatattccacatcatcagaaagcgtaacagagacatcatccaccacggggttctccaacacctcccg 16314062  T
Q  145 cgatgtcggatgcgactgctccactctctcagaatgcac 183  Q
     |||||| ||||| | || |||||| ||||| |||||||    
T  16314061 tgatgtcagatgcaattgttccactttctcaaaatgcac 16314023  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 45 - 183
Target Start/End: Complemental strand, 18495155 - 18495017
Alignment:
Q  45 gactctccaccagatcctgtgggcgcgaatgattatgttccacatcatccgagagcgttggagtaacatcgtcaactacatggttctccaactcctcccg 144  Q
    ||||||||||||| ||| ||||||||||| |||||| |||||||||||| || |||||   ||  ||||| || || ||  ||||||||||| |||||||    
T  18495155 gactctccaccagctcccgtgggcgcgaacgattatattccacatcatcagaaagcgtaacagagacatcatccaccacggggttctccaacacctcccg 18495056  T
Q  145 cgatgtcggatgcgactgctccactctctcagaatgcac 183  Q
     |||||| ||||| | || |||||| ||||| |||||||    
T  18495055 tgatgtcagatgcaattgttccactttctcaaaatgcac 18495017  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 45; Significance: 1e-16; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 27 - 183
Target Start/End: Complemental strand, 17459587 - 17459431
Alignment:
Q  27 gctcatgggcacccttcggactctccaccagatcctgtgggcgcgaatgattatgttccacatcatccgagagcgttggagtaacatcgtcaactacatg 126  Q
    ||||||||| ||| ||  ||||||||||||  ||| | |||| ||||||||| |||||||||||||  || |||||   ||| |||||||| ||||   |    
T  17459587 gctcatggggaccgttgagactctccaccatctcccgcgggctcgaatgattgtgttccacatcattagaaagcgtaacagtgacatcgtccactatggg 17459488  T
Q  127 gttctccaactcctcccgcgatgtcggatgcgactgctccactctctcagaatgcac 183  Q
    |||||||||||  |||||||||||||||||| | |||||  ||||||| ||||||||    
T  17459487 gttctccaacttttcccgcgatgtcggatgcaattgctctgctctctcggaatgcac 17459431  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University