View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16003_low_1 (Length: 740)

Name: NF16003_low_1
Description: NF16003
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16003_low_1
NF16003_low_1
[»] chr6 (52 HSPs)
chr6 (14-721)||(26950316-26951023)
chr6 (14-721)||(26636219-26636926)
chr6 (14-721)||(26742185-26742892)
chr6 (14-620)||(26975524-26976130)
chr6 (14-721)||(26959699-26960405)
chr6 (14-721)||(25074443-25075147)
chr6 (14-721)||(26849285-26849992)
chr6 (31-721)||(27664116-27664797)
chr6 (159-547)||(31288986-31289375)
chr6 (186-721)||(26812273-26812808)
chr6 (186-395)||(26724313-26724522)
chr6 (201-713)||(28140295-28140807)
chr6 (14-122)||(31288878-31288986)
chr6 (186-397)||(29843213-29843424)
chr6 (186-549)||(29826731-29827094)
chr6 (469-714)||(26938057-26938302)
chr6 (202-318)||(28097748-28097864)
chr6 (186-308)||(26618385-26618506)
chr6 (293-395)||(26618509-26618611)
chr6 (190-399)||(28296964-28297173)
chr6 (190-399)||(28514900-28515109)
chr6 (673-721)||(28240589-28240637)
chr6 (356-506)||(27576082-27576232)
chr6 (673-721)||(28186626-28186674)
chr6 (673-721)||(28296642-28296690)
chr6 (673-721)||(28326710-28326758)
chr6 (673-721)||(28504346-28504394)
chr6 (673-721)||(28515383-28515431)
chr6 (262-393)||(26892820-26892951)
chr6 (190-337)||(28243544-28243691)
chr6 (587-721)||(31285705-31285839)
chr6 (652-721)||(27591923-27591992)
chr6 (652-721)||(27676522-27676591)
chr6 (609-721)||(26624439-26624551)
chr6 (609-721)||(26730416-26730528)
chr6 (196-314)||(28227707-28227825)
chr6 (673-719)||(28244027-28244073)
chr6 (262-527)||(31285380-31285645)
chr6 (652-721)||(27680161-27680230)
chr6 (652-721)||(27705156-27705225)
chr6 (673-713)||(26978612-26978652)
chr6 (653-721)||(28793571-28793639)
chr6 (653-724)||(26647691-26647762)
chr6 (653-724)||(26753659-26753730)
chr6 (492-527)||(26824870-26824905)
chr6 (679-713)||(2186064-2186098)
chr6 (185-291)||(26143612-26143718)
chr6 (190-292)||(27604035-27604137)
chr6 (652-721)||(26885278-26885347)
chr6 (190-291)||(27610452-27610553)
chr6 (190-291)||(27717831-27717932)
chr6 (684-721)||(28182361-28182398)
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (14-721)||(17992117-17992824)
chr2 (196-721)||(3280414-3280939)
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (202-721)||(26136649-26137168)
chr1 (609-719)||(28126579-28126689)
chr1 (487-548)||(28163451-28163512)
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (181-527)||(16691607-16691953)
chr5 (673-721)||(16692099-16692147)
[»] chr4 (9 HSPs)
chr4 (609-721)||(18678458-18678570)
chr4 (609-721)||(18688524-18688636)
chr4 (609-721)||(18722983-18723095)
chr4 (609-721)||(18654375-18654487)
chr4 (609-721)||(18698298-18698410)
chr4 (609-721)||(18730402-18730514)
chr4 (190-549)||(5090024-5090386)
chr4 (673-721)||(5089852-5089900)
chr4 (199-292)||(18698727-18698820)
[»] scaffold0038 (4 HSPs)
scaffold0038 (673-721)||(40751-40799)
scaffold0038 (190-337)||(43706-43853)
scaffold0038 (196-314)||(28205-28323)
scaffold0038 (673-719)||(44189-44235)
[»] chr8 (3 HSPs)
chr8 (490-548)||(29272913-29272971)
chr8 (181-291)||(31905791-31905901)
chr8 (480-533)||(35984338-35984391)
[»] scaffold0349 (1 HSPs)
scaffold0349 (190-292)||(2870-2972)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 503; Significance: 0; HSPs: 52)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 503; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 721
Target Start/End: Original strand, 26950316 - 26951023
Alignment:
Q  14 atgaatatgaacgcgattttattgaaaaaatagttacagacgtctcctacaagatcaaccacgttcctctacatgttgctgattacctagttggactcaa 113  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  26950316 atgaatatgaacgcgattttattgaaaaaatagttacagacgtctcctacaagatcaaccacgttcctctacatgttgctgattaccttgttggactcaa 26950415  T
Q  114 atctcgaatatcagaagtgaactcacttctagacttggggtctactgatggagtcttcataataggaatccttggaactgggggaatgggtaagacaaca 213  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||  ||| ||||| || |  |||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  26950416 atctcgaatatcagaagtgaattcactttcagagttgggatcaaacgatggagtctgcatgataggaatccttggaactgggggaatgggaaagacaaca 26950515  T
Q  214 cttgctcaagcagtttataatctgattgctaatcaatttgaatgtaagtgtttccttcacaatgtgagagaaaattcagttaaatatggcttagagtatc 313  Q
    ||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||    
T  26950516 cttgctcaagcagtttataacttgattgctaatcaatttgaatgcaaatgttttcttcacaatgtgagagaaaattcagtaaaacatggcttagagtatc 26950615  T
Q  314 tccaagagcagctcctctccaaatcaatcggattgaaaactcagttaggacatgttaatgaaggaattccaatcataaaacaaaggatgtgtcagaaaaa 413  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| | | |||||| ||    
T  26950616 tccaagagcagctcctctccaaatcaatcggatttgaaactaagtttggacatgttaatgaaggaattccaatcataaaacgaaggctatatcagaagaa 26950715  T
Q  414 agttttgttgattctcaatgacgttgacaaaataaagcaattgcacgttttgatcggagagcctagttggcttggtcgtggcagcagagtcatcattact 513  Q
    |||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  26950716 agttttgttgattctcgatgatgttgacaaaataaagcaattgcaggttttgattggagagcctggttggcttggtcgtggcagcagagtcatcattacc 26950815  T
Q  514 actcgagacaaacatttgttatcatgtcatgggattnnnnnnntatatgaagcagatggtttaaataaggaacaagctcttgaattgataagaaagatgg 613  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||    
T  26950816 actcgtgacaaacatttgttatcatgtcatgggattaaaaaaatatatgaagcagatggtttaaataaggaacaagctcttgaattgttaagaatgatgg 26950915  T
Q  614 cttttaaaagtaacaaaaatgattcaagctatgatcatattttaaaccgtgcagctatgtatgcttctggccttccattagctttagaagtagttggttc 713  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||  ||||||||||||||||| ||  |||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  26950916 cttttaaaagtaacaaaaatgattcaaggtatgatagtattttaaaccgtgcagttaaatatgctgctggccttccattagctttagaagtagtgggttc 26951015  T
Q  714 caacttgt 721  Q
     |||||||    
T  26951016 taacttgt 26951023  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 483; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 721
Target Start/End: Original strand, 26636219 - 26636926
Alignment:
Q  14 atgaatatgaacgcgattttattgaaaaaatagttacagacgtctcctacaagatcaaccacgttcctctacatgttgctgattacctagttggactcaa 113  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  26636219 atgaatatgaacgtgattttattgaaaaaatagttacagacgtctcctacaagatcaaccacgttcctctacatgttgctgattaccttgttggactcaa 26636318  T
Q  114 atctcgaatatcagaagtgaactcacttctagacttggggtctactgatggagtcttcataataggaatccttggaactgggggaatgggtaagacaaca 213  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |  |||||||| ||||||| |    
T  26636319 atctcgaatatcagaagtgaactcacttctagacttggggtctactgatggagtctgcataataggaatccttggaaccgaaggaatgggcaagacaaaa 26636418  T
Q  214 cttgctcaagcagtttataatctgattgctaatcaatttgaatgtaagtgtttccttcacaatgtgagagaaaattcagttaaatatggcttagagtatc 313  Q
    |||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  26636419 cttgctcaagcaatttataatttgatttctaatcaatttgaatgtttgtgtttccttcacaatgtgagagaaaattcagttaaacatggcttagagtatc 26636518  T
Q  314 tccaagagcagctcctctccaaatcaatcggattgaaaactcagttaggacatgttaatgaaggaattccaatcataaaacaaaggatgtgtcagaaaaa 413  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||  ||||| |||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| | | | |||| ||    
T  26636519 tccaagagcagatcctctccaaatcaatcggatttgaaactaagtttggacatgttaatgaaggaattccagtcataaaacgaaggctatattagaagaa 26636618  T
Q  414 agttttgttgattctcaatgacgttgacaaaataaagcaattgcacgttttgatcggagagcctagttggcttggtcgtggcagcagagtcatcattact 513  Q
    || ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||     
T  26636619 agatttgttgattctcgatgacgttgacaaaataaagcaattgcaggttttgatcggacaggctggttggcttggtcgtggcagcagagtaatcatcacc 26636718  T
Q  514 actcgagacaaacatttgttatcatgtcatgggattnnnnnnntatatgaagcagatggtttaaataaggaacaagctcttgaattgataagaaagatgg 613  Q
    |||||||||||||| |||||||||| ||||||||||       | || |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  | ||    
T  26636719 actcgagacaaacaattgttatcatctcatgggattaaatttttttacgaagcatatggtttaaataaggaacaagctcttgaattgttaagaacaaagg 26636818  T
Q  614 cttttaaaagtaacaaaaatgattcaagctatgatcatattttaaaccgtgcagctatgtatgcttctggccttccattagctttagaagtagttggttc 713  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||| ||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  26636819 cttttaaaagtaagaaaaatgattcaagctatgattacattttaaaccgtgcagttaaatatgcttctggccttccattagctttagaagtagtgggttc 26636918  T
Q  714 caacttgt 721  Q
    ||||||||    
T  26636919 caacttgt 26636926  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 483; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 721
Target Start/End: Original strand, 26742185 - 26742892
Alignment:
Q  14 atgaatatgaacgcgattttattgaaaaaatagttacagacgtctcctacaagatcaaccacgttcctctacatgttgctgattacctagttggactcaa 113  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  26742185 atgaatatgaacgtgattttattgaaaaaatagttacagacgtctcctacaagatcaaccacgttcctctacatgttgctgattaccttgttggactcaa 26742284  T
Q  114 atctcgaatatcagaagtgaactcacttctagacttggggtctactgatggagtcttcataataggaatccttggaactgggggaatgggtaagacaaca 213  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |  |||||||| ||||||| |    
T  26742285 atctcgaatatcagaagtgaactcacttctagacttggggtctactgatggagtctgcataataggaatccttggaaccgaaggaatgggcaagacaaaa 26742384  T
Q  214 cttgctcaagcagtttataatctgattgctaatcaatttgaatgtaagtgtttccttcacaatgtgagagaaaattcagttaaatatggcttagagtatc 313  Q
    |||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  26742385 cttgctcaagcaatttataatttgatttctaatcaatttgaatgtttgtgtttccttcacaatgtgagagaaaattcagttaaacatggcttagagtatc 26742484  T
Q  314 tccaagagcagctcctctccaaatcaatcggattgaaaactcagttaggacatgttaatgaaggaattccaatcataaaacaaaggatgtgtcagaaaaa 413  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||  ||||| |||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| | | | |||| ||    
T  26742485 tccaagagcagatcctctccaaatcaatcggatttgaaactaagtttggacatgttaatgaaggaattccagtcataaaacgaaggctatattagaagaa 26742584  T
Q  414 agttttgttgattctcaatgacgttgacaaaataaagcaattgcacgttttgatcggagagcctagttggcttggtcgtggcagcagagtcatcattact 513  Q
    || ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||     
T  26742585 agatttgttgattctcgatgacgttgacaaaataaagcaattgcaggttttgatcggacaggctggttggcttggtcgtggcagcagagtaatcatcacc 26742684  T
Q  514 actcgagacaaacatttgttatcatgtcatgggattnnnnnnntatatgaagcagatggtttaaataaggaacaagctcttgaattgataagaaagatgg 613  Q
    |||||||||||||| |||||||||| ||||||||||       | || |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  | ||    
T  26742685 actcgagacaaacaattgttatcatctcatgggattaaatttttttacgaagcatatggtttaaataaggaacaagctcttgaattgttaagaacaaagg 26742784  T
Q  614 cttttaaaagtaacaaaaatgattcaagctatgatcatattttaaaccgtgcagctatgtatgcttctggccttccattagctttagaagtagttggttc 713  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||| ||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  26742785 cttttaaaagtaagaaaaatgattcaagctatgattacattttaaaccgtgcagttaaatatgcttctggccttccattagctttagaagtagtgggttc 26742884  T
Q  714 caacttgt 721  Q
    ||||||||    
T  26742885 caacttgt 26742892  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 442; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 620
Target Start/End: Original strand, 26975524 - 26976130
Alignment:
Q  14 atgaatatgaacgcgattttattgaaaaaatagttacagacgtctcctacaagatcaaccacgttcctctacatgttgctgattacctagttggactcaa 113  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  26975524 atgaatatgaacgtgattttattgaaaaaatagttacagacgtctcctacaagatcaaccacgttcctttacatgttgctgattaccttgttggactcaa 26975623  T
Q  114 atctcgaatatcagaagtgaactcacttctagacttggggtctactgatggagtcttcataataggaatccttggaactgggggaatgggtaagacaaca 213  Q
    ||||||||||| | ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26975624 atctcgaatattaaaagtgaactcactactagacttggggtctactgatggagtcttcataataggaatccttggaactgggggaatgggtaagacaaca 26975723  T
Q  214 cttgctcaagcagtttataatctgattgctaatcaatttgaatgtaagtgtttccttcacaatgtgagagaaaattcagttaaatatggcttagagtatc 313  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  26975724 cttgctcaagcagtttataatttgattgctaatcaatttgaatgtaactgtttccttcacgatgtgagagaaaattcagttaaacatggcttagagtatc 26975823  T
Q  314 tccaagagcagctcctctccaaatcaatcggattgaaaactcagttaggacatgttaatgaaggaattccaatcataaaacaaaggatgtgtcagaaaaa 413  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||  ||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| | | |||||| ||    
T  26975824 tccaagagcaactcctctccaaatcaatcggatttgaaactaagtttggacatgttaatgaaggaattccaatcataaaacgaaggctatatcagaagaa 26975923  T
Q  414 agttttgttgattctcaatgacgttgacaaaataaagcaattgcacgttttgatcggagagcctagttggcttggtcgtggcagcagagtcatcattact 513  Q
    |||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||     
T  26975924 agttttgttgattctcgatgacattgacaaaataaagcaattgcaggttttgatcggagagcctggttggcttggtcatggcagcagagtcatcattacc 26976023  T
Q  514 actcgagacaaacatttgttatcatgtcatgggattnnnnnnntatatgaagcagatggtttaaataaggaacaagctcttgaattgataagaaagatgg 613  Q
    |||||||||||||| ||| ||||| ||||| |||||       |||| ||||||| |||||||||||| ||| |||||||||||||| |||||||| |||    
T  26976024 actcgagacaaacaattgctatcaggtcatcggattgaaaagatatacgaagcaggtggtttaaataaagaagaagctcttgaattgttaagaaaggtgg 26976123  T
Q  614 cttttaa 620  Q
    |||||||    
T  26976124 cttttaa 26976130  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 421; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 721
Target Start/End: Original strand, 26959699 - 26960405
Alignment:
Q  14 atgaatatgaacgcgattttattgaaaaaatagttacagacgtctcctacaagatcaaccacgttcctctacatgttgctgattacctagttggactcaa 113  Q
    |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| |||||| ||||||||||||||||||| ||||| |||||    
T  26959699 atgagtatgaacgtgattttattgaaaaaatagttacagacgtctccaacaagattaaccatgttcctttacatgttgctgattaccttgttggtctcaa 26959798  T
Q  114 atctcgaatatcagaagtgaactcacttctagacttggggtctactgatggagtcttcataataggaatccttggaactgggggaatgggtaagacaaca 213  Q
    ||||||||||||| ||||||| ||||||  ||| ||||| || |  |||||||||| ||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||    
T  26959799 atctcgaatatcaaaagtgaattcactttcagagttgggatcaaacgatggagtctgcatgataggaatccttggaactggaggaatgggaaagacaaca 26959898  T
Q  214 cttgctcaagcagtttataatctgattgctaatcaatttgaatgtaagtgtttccttcacaatgtgagagaaaattcagttaaatatggcttagagtatc 313  Q
    ||| |||||||||||||||||  ||||| | |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  26959899 ctttctcaagcagtttataattcgattgttcatcaatttgaatttaagtgtttccttcacaatgtgagagaaaattcagttaaacatggcttagagtatc 26959998  T
Q  314 tccaagagcagctcctctccaaatcaatcggattgaaaactcagttaggacatgttaatgaaggaattccaatcataaaacaaaggatgtgtcagaaaaa 413  Q
    ||||||||  | ||||||||||||||||||||||  ||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| | | |||||| ||    
T  26959999 tccaagag--gatcctctccaaatcaatcggatttgaaactaagtttggacatgttaatgaaggaattccaatcataaaacgaaggctatatcagaagaa 26960096  T
Q  414 agttttgttgattctcaatgacgttgacaaaataaagcaattgcacgttttgatcggagagcctagttggcttggtcgtggcagcagagtcatcattact 513  Q
    ||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||     
T  26960097 agttttgttgattgtcgatgacgttgacaaaataaagcaagtgcaggttttgatcggagaggctagttggcttggtcgtgacagcagagtaatcattacc 26960196  T
Q  514 actcgagacaaacatttgttatcatgtcatgggatt-nnnnnnntatatgaagcagatggtttaaataaggaacaagctcttgaattgataagaaagatg 612  Q
    ||| |||||||||| |||||||||| ||||||||||        |||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  | |    
T  26960197 actagagacaaacaattgttatcatctcatgggattaaaaaaaatatacgaagcatatggtttaaataaggaacaagctcttgaattgttaagaacaaag 26960296  T
Q  613 gcttttaaaagtaacaaaaatgattcaagctatgatcatattttaaaccgtgcagctatgtatgcttctggccttccattagctttagaagtagttggtt 712  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||| ||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  26960297 gcttttaaaagtaagaaaaatgattcaagctatgattacattttaaaccgtgcagttaaatatgcttctggccttccattagctttagaagtagtgggtt 26960396  T
Q  713 ccaacttgt 721  Q
    |||||||||    
T  26960397 ccaacttgt 26960405  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 413; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 721
Target Start/End: Original strand, 25074443 - 25075147
Alignment:
Q  14 atgaatatgaacgcgattttattgaaaaaatagttacagacgtctcctacaagatcaaccacgttcctctacatgttgctgattacctagttggactcaa 113  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||| |||||  ||||| |||||||| |||||||||| ||||| ||       
T  25074443 atgaatatgaacgtgattttattgaaaaaatagttagagacgtctccaacaagattaaccaaattcctttacatgttactgattaccttgttggtcttcg 25074542  T
Q  114 atctcgaatatcagaagtgaactcacttctagacttggggtctactgatggagtcttcataataggaatccttggaactgggggaatgggtaagacaaca 213  Q
    ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| | ||   ||||||| | ||||||||||||| |||||||||| |||||||| ||||||||     
T  25074543 atctcgaatttcagaagtgaattcacttctagacttgggatata---atggagtatgcataataggaatcgttggaactggtggaatgggcaagacaact 25074639  T
Q  214 cttgctcaagcagtttataatctgattgctaatcaatttgaatgtaagtgtttccttcacaatgtgagagaaaattcagttaaatatggcttagagtatc 313  Q
    |||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||    
T  25074640 cttgctcaagcaatttataatttgattgctaatcaatttgaatgtaagtgtttccttcacaatgtgagagaaaattcagttcaacatggcttagagtatc 25074739  T
Q  314 tccaagagcagctcctctccaaatcaatcggattgaaaactcagttaggacatgttaatgaaggaattccaatcataaaacaaaggatgtgtcagaaaaa 413  Q
    | ||||||||||| ||||  ||||||||||||||  ||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| | |||| | ||||| || ||    
T  25074740 ttcaagagcagcttctctttaaatcaatcggatttgaaactaagtttggacatgttaatgaaggaattccaatcataaagcgaaggctatgtcaaaagaa 25074839  T
Q  414 agttttgttgattctcaatgacgttgacaaaataaagcaattgcacgttttgatcggagagcctagttggcttggtcgtggcagcagagtcatcattact 513  Q
    |||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||     
T  25074840 agttttgttgattctcgatgacattgacaaactaaagcaattgcaggttttggtcggagagcctagctggctcggtcgtggcagcagagtcatcattacc 25074939  T
Q  514 actcgagacaaacatttgttatcatgtcatgggattnnnnnnntatatgaagcagatggtttaaataaggaacaagctcttgaattgataagaaagatgg 613  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||       |||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  | ||    
T  25074940 actcgagacaaacatttgttatcatctcatgggattacaaaaatatacgaagcatatggtttaaataaggaacaagctcttgaattgttaagaacaaagg 25075039  T
Q  614 cttttaaaagtaacaaaaatgattcaagctatgatcatattttaaaccgtgcagctatgtatgcttctggccttccattagctttagaagtagttggttc 713  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||  ||  |||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||    
T  25075040 cttttaaaagtaaaaaaaatgattcaagctatgattacattttaaaccgtgcaattaaatatgcttctggccttccattagctttagaagttgtgggttc 25075139  T
Q  714 caacttgt 721  Q
    ||||||||    
T  25075140 caacttgt 25075147  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 383; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 721
Target Start/End: Original strand, 26849285 - 26849992
Alignment:
Q  14 atgaatatgaacgcgattttattgaaaaaatagttacagacgtctcctacaagatcaaccacgttcctctacatgttgctgattacctagttggactcaa 113  Q
    |||||||||||| | |||||||||  ||||||||||  || |||||| ||||||||||||| |||||| | ||||||||||||||||| |||||||| ||    
T  26849285 atgaatatgaacaccattttattgggaaaatagttaaggatgtctccaacaagatcaaccatgttcctttgcatgttgctgattaccttgttggacttaa 26849384  T
Q  114 atctcgaatatcagaagtgaactcacttctagacttggggtctactgatggagtcttcataataggaatccttggaactgggggaatgggtaagacaaca 213  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||  |||| |||||||||||  | ||||||||||||||||||||| |||||||| || ||||||    
T  26849385 atctcgaatatcagaagtgaattcacttctagaattggaatctaatgatggagtctggaaaataggaatccttggaactggaggaatgggaaaaacaaca 26849484  T
Q  214 cttgctcaagcagtttataatctgattgctaatcaatttgaatgtaagtgtttccttcacaatgtgagagaaaattcagttaaatatggcttagagtatc 313  Q
    |||||||||||||||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| ||    
T  26849485 cttgctcaagcagtttataattcgattgctgatcaatttgaatgtaagtgtttccttcacgatgtgagagaaaattcacttaaacatggcttagagtttc 26849584  T
Q  314 tccaagagcagctcctctccaaatcaatcggattgaaaactcagttaggacatgttaatgaaggaattccaatcataaaacaaaggatgtgtcagaaaaa 413  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||  ||||| |||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| | | |||||| ||    
T  26849585 tccaagagcagctcctctccaaatcaatcagatttgaaactaagtttggacatgttaatgaaggaattccagtcataaaacgaaggctatctcagaagaa 26849684  T
Q  414 agttttgttgattctcaatgacgttgacaaaataaagcaattgcacgttttgatcggagagcctagttggcttggtcgtggcagcagagtcatcattact 513  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| || ||| |   |||| ||||||||||| |||||||||||| ||| |||||||||||||||||     
T  26849685 agttttgttgattctcaatgatgttgacaaactaaatcagttggagaatttggtcggagagcctggttggcttggtcatggtagcagagtcatcattacc 26849784  T
Q  514 actcgagacaaacatttgttatcatgtcatgggattnnnnnnntatatgaagcagatggtttaaataaggaacaagctcttgaattgataagaaagatgg 613  Q
    ||||||||||||  ||||||||||| |||||| |||       |||| |||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||| || |     
T  26849785 actcgagacaaatgtttgttatcatctcatggaattaaaaaaatatacgaagcatatggtttaaacaaggaacaagctcttgaattggtaagaacgaaga 26849884  T
Q  614 cttttaaaagtaacaaaaatgattcaagctatgatcatattttaaaccgtgcagctatgtatgcttctggccttccattagctttagaagtagttggttc 713  Q
    |||||||| ||||||||| |||| ||||||||||| | |||||||| ||||||| ||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  26849885 cttttaaatgtaacaaaactgatgcaagctatgattacattttaaatcgtgcagttaaatatgcttctggccttccattagctttagaagtagtgggttc 26849984  T
Q  714 caacttgt 721  Q
    ||||||||    
T  26849985 caacttgt 26849992  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 302; E-Value: 1e-169
Query Start/End: Original strand, 31 - 721
Target Start/End: Complemental strand, 27664797 - 27664116
Alignment:
Q  31 tttattgaaaaaatagttacagacgtctcctacaagatcaaccacgttcctctacatgttgctgattacctagttggactcaaatctcgaatatcagaag 130  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||    || | ||||||||||||| ||||| ||||||||| ||||||||||||||||||    
T  27664797 tttattgaagaaatagttacagacgtctccaacaagatcaaccgttgtcatttacatgttgctgagtaccttgttggactcgaatctcgaatatcagaag 27664698  T
Q  131 tgaactcacttctagacttggggtctactgatggagtcttcataataggaatccttggaactgggggaatgggtaagacaacacttgctcaagcagttta 230  Q
    |||| ||||||||||||||||| | ||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||  |||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  27664697 tgaattcacttctagacttgggatgtaccgatggagtctacataataggaatccttggaactggaggtctgggtaagacaacacttgctgaagcagttta 27664598  T
Q  231 taatctgattgctaatcaatttgaatgtaagtgtttccttcacaatgtgagagaaaattcagttaaatatggcttagagtatctccaagagcagctcctc 330  Q
    ||||   |||| ||||||||||||||||| |||||||||| ||||||| |||||||||||| ||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  27664597 taattcaattgttaatcaatttgaatgtaggtgtttcctttacaatgttagagaaaattcatttaaacatagcttaaagtatctccaagagcagctcctc 27664498  T
Q  331 tccaaatcaatcggattgaaaactcagttaggacatgttaatgaaggaattccaatcataaaacaaaggatgtgtcagaaaaaagttttgttgattctca 430  Q
    ||||||||||||||||   | || | | ||| ||||| |||||||||||||  |||||||||||||||| | |||| ||| |||||||||||||||||      
T  27664497 tccaaatcaatcggatatgacaccccgctagaacatgataatgaaggaattgaaatcataaaacaaaggctatgtcggaagaaagttttgttgattcttg 27664398  T
Q  431 atgacgttgacaaaataaagcaattgcacgttttgatcggagagcctagttggcttggtcgtggcagcagagtcatcattactactcgagacaaacattt 530  Q
    ||||||||||||||  ||| || ||| |    ||| ||||||||||| ||||| | ||||  || ||||||||||||||||| |||||||||| | ||||    
T  27664397 atgacgttgacaaaccaaatcagttggagaaattggtcggagagcctggttggttcggtcaaggaagcagagtcatcattaccactcgagacagatattt 27664298  T
Q  531 gttatcatgtcatgggattnnnnnnntatatgaagcagatggtttaaataaggaacaagctcttgaattgataagaaagatggcttttaaaagtaacaaa 630  Q
    ||||||||| ||||||||        |||| ||||||||  |||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||| |||||         |||    
T  27664297 gttatcatgccatgggataacaaaaatatacgaagcagacagtttaaataaggaagaatctcttgaattgttaagaaagatgactttt---------aaa 27664207  T
Q  631 aatgattcaagctatgatcatattttaaaccgtgcagctatgtatgcttctggccttccattagctttagaagtagttggttccaacttgt 721  Q
    |||||||| ||||||||| |||||||||||||||||| |   ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||    
T  27664206 aatgattccagctatgattatattttaaaccgtgcagttgaatatgcttctggccttccattagctttaaaagtagtgggttccaacttgt 27664116  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 186; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 159 - 547
Target Start/End: Original strand, 31288986 - 31289375
Alignment:
Q  159 tgatggagtcttcataataggaatccttggaactgggggaatgggtaagacaacacttgctcaagcagtttataatctgattgctaatcaatttgaatgt 258  Q
    ||||||||||| |||||||||||| ||||||||||| |||| |||||| ||||||||| |||||||| ||||||||  ||||  | ||||||||||||||    
T  31288986 tgatggagtctgcataataggaatacttggaactggaggaaggggtaaaacaacactttctcaagcaatttataattcgattattgatcaatttgaatgt 31289085  T
Q  259 aagtgtttccttcacaatgtgagagaaaattcagttaaatatggcttagagtatctccaagagcagctcctctccaaatcaatcggattgaaaactcagt 358  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||| | |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||  ||||    
T  31289086 aagtgtttccttcacattgtgagagaaaatgctgttaaacatggcttagagtatctccaagagcagctcctctccaaatcaatcggatttgaaagacagt 31289185  T
Q  359 taggacatgttaatgaaggaattccaatcataaaa-caaaggatgtgtcagaaaaaagttttgttgattctcaatgacgttgacaaaataaagcaattgc 457  Q
    | ||||||||||||||||||||| |||||||||||  || || | | |||||| ||||| |||||||||||| ||||| | ||||||  | || |||||     
T  31289186 ttggacatgttaatgaaggaatttcaatcataaaatgaagggctatctcagaagaaagtgttgttgattctcgatgacatagacaaacgagagaaattga 31289285  T
Q  458 acgttttgatcggagagcctagttggcttggtcgtggcagcagagtcatcattactactcgagacaaacatttgttatcatgtcatggga 547  Q
    ||  |||| ||||||||||| || ||||||||| ||| ||||||||||||||||| ||| |||||||||| ||| ||||| |||||||||    
T  31289286 acaatttggtcggagagcctggtcggcttggtcctggaagcagagtcatcattaccacttgagacaaacaattgctatcaggtcatggga 31289375  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 175; E-Value: 8e-94
Query Start/End: Original strand, 186 - 721
Target Start/End: Original strand, 26812273 - 26812808
Alignment:
Q  186 tggaactgggggaatgggtaagacaacacttgctcaagcagtttataatctgattgctaatcaatttgaatgtaagtgtttccttcacaatgtgagagaa 285  Q
    ||||| ||| ||| ||||||| || |||||| |||  ||| |||||||| |||||||| ||||||||||  ||  |||||||||||||| |||| |||||    
T  26812273 tggaagtggaggattgggtaaaacgacacttactcgtgcactttataatttgattgctgatcaatttgatggtttgtgtttccttcacagtgtgcgagaa 26812372  T
Q  286 aattcagttaaatatggcttagagtatctccaagagcagctcctctccaaatcaatcggattgaaaactcagttaggacatgttaatgaaggaattccaa 385  Q
    |||||| ||||||||||||||||  |||||||  |||| |||||||||||| || |||||  | ||  | | || |||||||||| ||||||||||||||    
T  26812373 aattcaattaaatatggcttagaacatctccagaagcaactcctctccaaaacactcggagaggaatttaattttggacatgttagtgaaggaattccaa 26812472  T
Q  386 tcataaaacaaaggatgtgtcagaaaaaagttttgttgattctcaatgacgttgacaaaataaagcaattgcacgttttgatcggagagcctagttggct 485  Q
    |||||||| | ||| ||  ||| || |||||||||||||||||| |||| |||||||||  |||||||||| | |||||| | ||||||||| |||||||    
T  26812473 tcataaaagataggctgcatcaaaagaaagttttgttgattctcgatgatgttgacaaaccaaagcaattgaaggttttggttggagagcctggttggct 26812572  T
Q  486 tggtcgtggcagcagagtcatcattactactcgagacaaacatttgttatcatgtcatgggattnnnnnnntatatgaagcagatggtttaaataaggaa 585  Q
     |||| ||| || |||||||||||||| |||||||||| ||||||| ||||||||||||||||        | |||||   |||||| |||||| |  ||    
T  26812573 cggtcctggaagtagagtcatcattaccactcgagacagacatttgctatcatgtcatgggataactagaatttatgacttagatggattaaatgacaaa 26812672  T
Q  586 caagctcttgaattgataagaaagatggcttttaaaagtaacaaaaatgattcaagctatgatcatattttaaaccgtgcagctatgtatgcttctggcc 685  Q
     |||||||||||||| | | ||||||||| ||||||||||||| || ||||||||| |||||| | |||||||| || ||||  |  ||| |||||||||    
T  26812673 gaagctcttgaattgtttataaagatggcatttaaaagtaacataattgattcaagttatgattacattttaaatcgcgcagtaaaatatacttctggcc 26812772  T
Q  686 ttccattagctttagaagtagttggttccaacttgt 721  Q
    ||||||||||| |||||||||| |||||||||||||    
T  26812773 ttccattagctatagaagtagtgggttccaacttgt 26812808  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 102; E-Value: 3e-50
Query Start/End: Original strand, 186 - 395
Target Start/End: Original strand, 26724313 - 26724522
Alignment:
Q  186 tggaactgggggaatgggtaagacaacacttgctcaagcagtttataatctgattgctaatcaatttgaatgtaagtgtttccttcacaatgtgagagaa 285  Q
    ||||| ||| ||| ||||||| || |||||| ||| |||||||||| || |||||||| ||||||||||| |   |||||||||||||||||||||||||    
T  26724313 tggaagtggaggattgggtaaaacgacacttactcgagcagtttatgatttgattgctgatcaatttgaagggttgtgtttccttcacaatgtgagagaa 26724412  T
Q  286 aattcagttaaatatggcttagagtatctccaagagcagctcctctccaaatcaatcggattgaaaactcagttaggacatgttaatgaaggaattccaa 385  Q
    |||||| |||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| ||  | |||| ||| |||||| |||||| ||| |||    
T  26724413 aattcaattaaatatggcttagaatatctccaagagaagctcctctccaaattaatcggattggaatttaagttcggagatgttagtgaagggatttcaa 26724512  T
Q  386 tcataaaaca 395  Q
    ||||||||||    
T  26724513 tcataaaaca 26724522  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 100; E-Value: 4e-49
Query Start/End: Original strand, 201 - 713
Target Start/End: Original strand, 28140295 - 28140807
Alignment:
Q  201 gggtaagacaacacttgctcaagcagtttataatctgattgctaatcaatttgaatgtaagtgtttccttcacaatgtgagagaaaattcagttaaatat 300  Q
    |||||| ||||||||||| |||||| |||||||| | |||||  ||||||||||||||  |||||| ||||| ||||||||||||| ||||| |||| ||    
T  28140295 gggtaaaacaacacttgcacaagcaatttataattttattgccgatcaatttgaatgtttgtgttttcttcataatgtgagagaaatttcagctaaacat 28140394  T
Q  301 ggcttagagtatctccaagagcagctcctctccaaatcaatcggattgaaaactcagttaggacatgttaatgaaggaattccaatcataaaacaaagga 400  Q
    ||||||||  ||||||||||  | ||||| || ||| || | || ||||    | |||| |||||||| | ||||||||| ||||| |||||  |||||     
T  28140395 ggcttagaagatctccaagaaaaactcctttctaaaacagttggtttgagcgttaagtttggacatgtaagtgaaggaataccaataataaaggaaaggc 28140494  T
Q  401 tgtgtcagaaaaaagttttgttgattctcaatgacgttgacaaaataaagcaattgcacgttttgatcggagagcctagttggcttggtcgtggcagcag 500  Q
    |  | |  || || ||| | ||||||||| ||||||||||  || |||| || ||| | ||||||   ||||| |||| ||||||||||| ||| ||  |    
T  28140495 tacgactaaagaaggttcttttgattctcgatgacgttgatgaactaaaacagttgaaggttttggctggagaccctaattggcttggtcatggtagtcg 28140594  T
Q  501 agtcatcattactactcgagacaaacatttgttatcatgtcatgggattnnnnnnntatatgaagcagatggtttaaataaggaacaagctcttgaattg 600  Q
     ||  || |||| |||||||||||||||||| || ||||||||||||||         ||||||  |||||| |||||||||||| ||||||| || |||    
T  28140595 ggttgtcgttacaactcgagacaaacatttgctagcatgtcatgggattgagagaacttatgaactagatgggttaaataaggaagaagctctagagttg 28140694  T
Q  601 ataagaaagatggcttttaaaagtaacaaaaatgattcaagctatgatcatattttaaaccgtgcagctatgtatgcttctggccttccattagctttag 700  Q
     | | |  || ||| ||||||| ||| |||  ||||||||| ||||| || |||||||||||||||| ||  ||||| |||||||||||||| |||||||    
T  28140695 ctgaaatggaaggcatttaaaaataataaagttgattcaagttatgagcacattttaaaccgtgcagttacttatgcctctggccttccattggctttag 28140794  T
Q  701 aagtagttggttc 713  Q
    |||||||||||||    
T  28140795 aagtagttggttc 28140807  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 77; E-Value: 2e-35
Query Start/End: Original strand, 14 - 122
Target Start/End: Original strand, 31288878 - 31288986
Alignment:
Q  14 atgaatatgaacgcgattttattgaaaaaatagttacagacgtctcctacaagatcaaccacgttcctctacatgttgctgattacctagttggactcaa 113  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||| |||||| ||||||||||||||||||| ||||| |||||    
T  31288878 atgaatatgaacgagattttattgaaaaaatagttacagatgtctccaacaagattaaccatgttcctttacatgttgctgattaccttgttggtctcaa 31288977  T
Q  114 atctcgaat 122  Q
    |||||||||    
T  31288978 atctcgaat 31288986  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 72; E-Value: 2e-32
Query Start/End: Original strand, 186 - 397
Target Start/End: Complemental strand, 29843424 - 29843213
Alignment:
Q  186 tggaactgggggaatgggtaagacaacacttgctcaagcagtttataatctgattgctaatcaatttgaatgtaagtgtttccttcacaatgtgagagaa 285  Q
    ||||| ||| ||| ||||||| ||||||||||||| |||| |||||||| |||||||| || |||||||||||  |||||| |||||| | | |||||||    
T  29843424 tggaattggtggattgggtaaaacaacacttgctcgagcaatttataatttgattgctgataaatttgaatgtttgtgttttcttcacgacgggagagaa 29843325  T
Q  286 aattcagttaaatatggcttagagtatctccaagagcagctcctctccaaatcaatcggattgaaaactcagttaggacatgttaatgaaggaattccaa 385  Q
    | ||||| |||| ||||||||||| ||||||||||| |||| || |||||| || | |  ||| | | | || ||||| |||||||||||||||||||||    
T  29843324 agttcagctaaacatggcttagagcatctccaagagaagcttctttccaaaacagttgatttggacattaagctaggagatgttaatgaaggaattccaa 29843225  T
Q  386 tcataaaacaaa 397  Q
    | ||||| ||||    
T  29843224 taataaagcaaa 29843213  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 68; E-Value: 6e-30
Query Start/End: Original strand, 186 - 549
Target Start/End: Original strand, 29826731 - 29827094
Alignment:
Q  186 tggaactgggggaatgggtaagacaacacttgctcaagcagtttataatctgattgctaatcaatttgaatgtaagtgtttccttcacaatgtgagagaa 285  Q
    ||||| ||| ||| ||||||| ||||||||||||| |||| |||||||| |||||| | || ||||||||||   |||||| |||||  |  ||||||||    
T  29826731 tggaattggcggattgggtaaaacaacacttgctcgagcaatttataatatgattggtgataaatttgaatgcttgtgttttcttcatgacttgagagaa 29826830  T
Q  286 aattcagttaaatatggcttagagtatctccaagagcagctcctctccaaatcaatcggattgaaaactcagttaggacatgttaatgaaggaattccaa 385  Q
    | ||||| |||| ||||||||||  |||||||| || |||| || |||||| || | | |||| | ||| || ||||| ||||||| |||||||||||||    
T  29826831 agttcagctaaacatggcttagaacatctccaacagaagcttctttccaaaacagttgaattggacactaagctaggagatgttaacgaaggaattccaa 29826930  T
Q  386 tcataaaacaaaggatgtgtcagaaaaaagttttgttgattctcaatgacgttgacaaaataaagcaattgcacgttttgatcggagagcctagttggct 485  Q
    | ||||| |||||| |  | |  || |||||  | ||||||||  | ||||||||||| || | ||||||||| ||| ||   ||||  | |  |||| |    
T  29826931 taataaagcaaaggctaggacgaaagaaagtacttttgattcttgacgacgttgacaacatgaggcaattgcaagttatggcgggaggacttgattggtt 29827030  T
Q  486 tggtcgtggcagcagagtcatcattactactcgagacaaacatttgttatcatgtcatgggatt 549  Q
    ||||| |||||||| ||| |||||||| ||||||||| |||||||| || || |||||||||||    
T  29827031 tggtcctggcagcatagtgatcattaccactcgagaccaacatttgctaacaagtcatgggatt 29827094  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 65; E-Value: 3e-28
Query Start/End: Original strand, 469 - 714
Target Start/End: Original strand, 26938057 - 26938302
Alignment:
Q  469 ggagagcctagttggcttggtcgtggcagcagagtcatcattactactcgagacaaacatttgttatcatgtcatgggattnnnnnnntatatgaagcag 568  Q
    ||||| |||| ||||||||||| ||| |||| ||||||  |||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||       |||||| || ||    
T  26938057 ggagaacctaattggcttggtcatggaagcaaagtcattgttaccactcgagacaaacatttgctatcatgtcatgggattgaaagaatatatgtagtag 26938156  T
Q  569 atggtttaaataaggaacaagctcttgaattgataagaaagatggcttttaaaagtaacaaaaatgattcaagctatgatcatattttaaaccgtgcagc 668  Q
    |||| |||||  ||||| ||||||||||| |  | ||   ||||||||| ||||| ||||||| |||  |||| ||  || ||||  |||||||||||      
T  26938157 atggcttaaaggaggaagaagctcttgaactatttaggtggatggctttcaaaagcaacaaaattgaaccaagttagtatgatataataaaccgtgcaat 26938256  T
Q  669 tatgtatgcttctggccttccattagctttagaagtagttggttcc 714  Q
    ||  || ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||    
T  26938257 taaatacgcttctggccttccattagctttagaagttgtaggttcc 26938302  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #17
Raw Score: 61; E-Value: 8e-26
Query Start/End: Original strand, 202 - 318
Target Start/End: Complemental strand, 28097864 - 28097748
Alignment:
Q  202 ggtaagacaacacttgctcaagcagtttataatctgattgctaatcaatttgaatgtaagtgtttccttcacaatgtgagagaaaattcagttaaatatg 301  Q
    |||||||||||||||||  |||| ||||||||| | ||||||  |||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||  ||| |||    
T  28097864 ggtaagacaacacttgcaaaagcggtttataatttcattgctggtcaatttgaatgtgtctgtttccttcacaatgtgagagaaaattcagcaaaacatg 28097765  T
Q  302 gcttagagtatctccaa 318  Q
    |||||||| ||||||||    
T  28097764 gcttagagcatctccaa 28097748  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #18
Raw Score: 55; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 186 - 308
Target Start/End: Original strand, 26618385 - 26618506
Alignment:
Q  186 tggaactgggggaatgggtaagacaacacttgctcaagcagtttataatctgattgctaatcaatttgaatgtaagtgtttccttcacaatgtgagagaa 285  Q
    ||||| ||| ||| ||||||| || |||||| ||| |||||||||| || |||||||| ||||||||||| |   ||||||||||||||||||||||| |    
T  26618385 tggaagtggaggattgggtaaaacgacacttactcgagcagtttatgatttgattgctgatcaatttgaagggttgtgtttccttcacaatgtgagag-a 26618483  T
Q  286 aattcagttaaatatggcttaga 308  Q
    |||||| ||||||||||||||||    
T  26618484 aattcaattaaatatggcttaga 26618506  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #19
Raw Score: 55; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 293 - 395
Target Start/End: Original strand, 26618509 - 26618611
Alignment:
Q  293 ttaaatatggcttagagtatctccaagagcagctcctctccaaatcaatcggattgaaaactcagttaggacatgttaatgaaggaattccaatcataaa 392  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| ||  | |||| ||| |||||| |||||| ||| ||||||||||    
T  26618509 ttaaatatggcttagaatatctccaagagaagctcctctccaaattaatcggattggaatttaagttcggagatgttagtgaagggatttcaatcataaa 26618608  T
Q  393 aca 395  Q
    |||    
T  26618609 aca 26618611  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #20
Raw Score: 46; E-Value: 7e-17
Query Start/End: Original strand, 190 - 399
Target Start/End: Complemental strand, 28297173 - 28296964
Alignment:
Q  190 actgggggaatgggtaagacaacacttgctcaagcagtttataatctgattgctaatcaatttgaatgtaagtgtttccttcacaatgtgagagaaaatt 289  Q
    ||||| || ||||| ||||||||||||||   |||||||||||||   || ||  ||||||||||  ||  |||||| ||||||||||| || |||||||    
T  28297173 actggagggatgggaaagacaacacttgccagagcagtttataattccatagccgatcaatttgatggtttgtgttttcttcacaatgtaagggaaaatt 28297074  T
Q  290 cagttaaatatggcttagagtatctccaagagcagctcctctccaaatcaatcggattgaaaactcagttaggacatgttaatgaaggaattccaatcat 389  Q
    ||| ||||||||| |||||| |||| || ||  ||||||| ||||||| | | | |||| |   | |||||||| |||| || || ||||||||||||||    
T  28297073 cagctaaatatggtttagagcatctacaggaaaagctcctttccaaattagttgaattggacgttaagttaggagatgtcaacgagggaattccaatcat 28296974  T
Q  390 aaaacaaagg 399  Q
    ||| ||||||    
T  28296973 aaagcaaagg 28296964  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #21
Raw Score: 46; E-Value: 7e-17
Query Start/End: Original strand, 190 - 399
Target Start/End: Original strand, 28514900 - 28515109
Alignment:
Q  190 actgggggaatgggtaagacaacacttgctcaagcagtttataatctgattgctaatcaatttgaatgtaagtgtttccttcacaatgtgagagaaaatt 289  Q
    ||||| || ||||| ||||||||||||||   |||||||||||||   || ||  ||||||||||  ||  |||||| ||||||||||| || |||||||    
T  28514900 actggagggatgggaaagacaacacttgccagagcagtttataattccatagccgatcaatttgatggtttgtgttttcttcacaatgtaagggaaaatt 28514999  T
Q  290 cagttaaatatggcttagagtatctccaagagcagctcctctccaaatcaatcggattgaaaactcagttaggacatgttaatgaaggaattccaatcat 389  Q
    ||| ||||||||| |||||| |||| || ||  ||||||| ||||||| | | | |||| |   | |||||||| |||| || || ||||||||||||||    
T  28515000 cagctaaatatggtttagagcatctacaggaaaagctcctttccaaattagttgaattggacgttaagttaggagatgtcaacgagggaattccaatcat 28515099  T
Q  390 aaaacaaagg 399  Q
    ||| ||||||    
T  28515100 aaagcaaagg 28515109  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #22
Raw Score: 45; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 673 - 721
Target Start/End: Original strand, 28240589 - 28240637
Alignment:
Q  673 tatgcttctggccttccattagctttagaagtagttggttccaacttgt 721  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28240589 tatgcttctggcctaccattagctttagaagtagttggttccaacttgt 28240637  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #23
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000005
Query Start/End: Original strand, 356 - 506
Target Start/End: Complemental strand, 27576232 - 27576082
Alignment:
Q  356 agttaggacatgttaatgaaggaattccaatcataaaacaaaggatgtgtcagaaaaaagttttgttgattctcaatgacgttgacaaaataaagcaatt 455  Q
    ||||||||||| | | |||||||||||||||||||||||||||| |   |   || |||||||||||||||||| |||| ||||||||| ||||||| ||    
T  27576232 agttaggacatataactgaaggaattccaatcataaaacaaaggctacatacaaagaaagttttgttgattctcgatgatgttgacaaactaaagcagtt 27576133  T
Q  456 gcacgttttgatcggagagcctagttggcttggtcgtggcagcagagtcat 506  Q
    ||    |||| | ||||||| | ||||||| |||| ||| || ||||||||    
T  27576132 gcgaactttggttggagagcttggttggctcggtcctggtagtagagtcat 27576082  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #24
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000007
Query Start/End: Original strand, 673 - 721
Target Start/End: Original strand, 28186626 - 28186674
Alignment:
Q  673 tatgcttctggccttccattagctttagaagtagttggttccaacttgt 721  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||    
T  28186626 tatgcttctggccttccattggctttagaagtagtgggttccaacttgt 28186674  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #25
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000007
Query Start/End: Original strand, 673 - 721
Target Start/End: Complemental strand, 28296690 - 28296642
Alignment:
Q  673 tatgcttctggccttccattagctttagaagtagttggttccaacttgt 721  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||    
T  28296690 tatgcttctggccttccattggctttagaagtagtgggttccaacttgt 28296642  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #26
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000007
Query Start/End: Original strand, 673 - 721
Target Start/End: Original strand, 28326710 - 28326758
Alignment:
Q  673 tatgcttctggccttccattagctttagaagtagttggttccaacttgt 721  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||    
T  28326710 tatgcttctggccttccattggctttagaagtagtgggttccaacttgt 28326758  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #27
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000007
Query Start/End: Original strand, 673 - 721
Target Start/End: Original strand, 28504346 - 28504394
Alignment:
Q  673 tatgcttctggccttccattagctttagaagtagttggttccaacttgt 721  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||    
T  28504346 tatgcttctggccttccattggctttagaagtagtgggttccaacttgt 28504394  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #28
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000007
Query Start/End: Original strand, 673 - 721
Target Start/End: Original strand, 28515383 - 28515431
Alignment:
Q  673 tatgcttctggccttccattagctttagaagtagttggttccaacttgt 721  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||    
T  28515383 tatgcttctggccttccattggctttagaagtagtgggttccaacttgt 28515431  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #29
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 262 - 393
Target Start/End: Complemental strand, 26892951 - 26892820
Alignment:
Q  262 tgtttccttcacaatgtgagagaaaattcagttaaatatggcttagagtatctccaagagcagctcctctccaaatcaatcggattgaaaactcagttag 361  Q
    ||||| |||||||| |||||||||||||| |  ||  |||| |||||  | ||||||||| |||||||||| ||| |||| |||||||| | |  |||||    
T  26892951 tgttttcttcacaacgtgagagaaaattccgcaaagcatggtttagaaaacctccaagagaagctcctctcaaaaacaattggattgaatattaggttag 26892852  T
Q  362 gacatgttaatgaaggaattccaatcataaaa 393  Q
    || ||||  ||||||||||| |||||||||||    
T  26892851 gagatgtggatgaaggaatttcaatcataaaa 26892820  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #30
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 190 - 337
Target Start/End: Original strand, 28243544 - 28243691
Alignment:
Q  190 actgggggaatgggtaagacaacacttgctcaagcagtttataatctgattgctaatcaatttgaatgtaagtgtttccttcacaatgtgagagaaaatt 289  Q
    ||||| |||||||| ||||||||||||||   |||||||||||||   || ||| |||||||||| |||   ||||| |||||| |||| || |||||||    
T  28243544 actggtggaatgggaaagacaacacttgcaagagcagtttataattccatagctgatcaatttgattgtttatgttttcttcacgatgtaagggaaaatt 28243643  T
Q  290 cagttaaatatggcttagagtatctccaagagcagctcctctccaaat 337  Q
    ||  ||||||||| |||||| |||| || ||  ||||||| |||||||    
T  28243644 caactaaatatggtttagagcatctacaggaaaagctcctttccaaat 28243691  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #31
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 587 - 721
Target Start/End: Original strand, 31285705 - 31285839
Alignment:
Q  587 aagctcttgaattgataagaaagatggcttttaaaagtaacaaaaatgattcaagctatgatcatattttaaaccgtgcagctatgtatgcttctggcct 686  Q
    |||||||||||||| ||||   |||||||||||||||| |||||  |  |||| | || ||  | |||||||||||||||| |   ||| ||||||||||    
T  31285705 aagctcttgaattgttaaggtggatggcttttaaaagtgacaaagttccttcaggttacgaagacattttaaaccgtgcagttgcatattcttctggcct 31285804  T
Q  687 tccattagctttagaagtagttggttccaacttgt 721  Q
    |||||||| | |||||||||| ||||| |||||||    
T  31285805 tccattagttatagaagtagtgggttcaaacttgt 31285839  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #32
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 652 - 721
Target Start/End: Complemental strand, 27591992 - 27591923
Alignment:
Q  652 attttaaaccgtgcagctatgtatgcttctggccttccattagctttagaagtagttggttccaacttgt 721  Q
    |||||||| ||||||| | | |||||||||||||||||||||||  |||||||||| ||||| |||||||    
T  27591992 attttaaagcgtgcagttgtatatgcttctggccttccattagcgatagaagtagtgggttctaacttgt 27591923  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #33
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 652 - 721
Target Start/End: Complemental strand, 27676591 - 27676522
Alignment:
Q  652 attttaaaccgtgcagctatgtatgcttctggccttccattagctttagaagtagttggttccaacttgt 721  Q
    |||||||| ||||||| | | |||||||||||||||||||||||  |||||||||| ||||| |||||||    
T  27676591 attttaaagcgtgcagttgtatatgcttctggccttccattagcgatagaagtagtgggttctaacttgt 27676522  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #34
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 609 - 721
Target Start/End: Original strand, 26624439 - 26624551
Alignment:
Q  609 gatggcttttaaaagtaacaaaaatgattcaagctatgatcatattttaaaccgtgcagctatgtatgcttctggccttccattagctttagaagtagtt 708  Q
    |||||||||||||||| |||||  |  |||| | |||||  | |||||||||||||||| |   ||||||||||||||||| |||| ||||||| | ||     
T  26624439 gatggcttttaaaagtgacaaagttccttcaggttatgaagacattttaaaccgtgcagttgcatatgcttctggccttccgttagttttagaaattgtg 26624538  T
Q  709 ggttccaacttgt 721  Q
    |||||||||||||    
T  26624539 ggttccaacttgt 26624551  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #35
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 609 - 721
Target Start/End: Original strand, 26730416 - 26730528
Alignment:
Q  609 gatggcttttaaaagtaacaaaaatgattcaagctatgatcatattttaaaccgtgcagctatgtatgcttctggccttccattagctttagaagtagtt 708  Q
    |||||||||||||||| |||||  |  |||| | |||||  | |||||||||||||||| |   ||||||||||||||||| |||| ||||||| | ||     
T  26730416 gatggcttttaaaagtgacaaagttccttcaggttatgaagacattttaaaccgtgcagttgcatatgcttctggccttccgttagttttagaaattgtg 26730515  T
Q  709 ggttccaacttgt 721  Q
    |||||||||||||    
T  26730516 ggttccaacttgt 26730528  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #36
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 196 - 314
Target Start/End: Original strand, 28227707 - 28227825
Alignment:
Q  196 ggaatgggtaagacaacacttgctcaagcagtttataatctgattgctaatcaatttgaatgtaagtgtttccttcacaatgtgagagaaaattcagtta 295  Q
    |||||||| ||||||||||||||    |||||||||||| | || ||  ||||||||||  ||  |||||| |||||| |||| || |||||||||| ||    
T  28227707 ggaatgggaaagacaacacttgcaagggcagtttataattttatagccgatcaatttgatggtttgtgttttcttcacgatgtaagggaaaattcagcta 28227806  T
Q  296 aatatggcttagagtatct 314  Q
    ||||||| |||||| ||||    
T  28227807 aatatggtttagagcatct 28227825  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #37
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 673 - 719
Target Start/End: Original strand, 28244027 - 28244073
Alignment:
Q  673 tatgcttctggccttccattagctttagaagtagttggttccaactt 719  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||    
T  28244027 tatgcttctggccttccattggctttagaagtagtgggttcaaactt 28244073  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #38
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 262 - 527
Target Start/End: Original strand, 31285380 - 31285645
Alignment:
Q  262 tgtttccttcacaatgtgagagaaaattcagttaaatatggcttagagtatctccaagagcagctcctctccaaatcaatcggattgaaaactcagttag 361  Q
    ||||| |||||  |||||||||| ||||||| |||| ||  |||  |  ||||||||||| ||||||| |  ||| |||| |||||| ||| | ||||||    
T  31285380 tgttttcttcatgatgtgagagagaattcagctaaaaataacttgaaacatctccaagagaagctccttttgaaaacaattggattggaaattaagttag 31285479  T
Q  362 gacatgttaatgaaggaattccaatcataaaacaaaggatgtgtcagaaaaaagttt-tgttgattctcaatgacgttgacaaaataaagcaattgcacg 460  Q
      ||||||| ||| |||||||||||||| ||  ||||| | ||| ||||| ||| || | ||||||||| |||| |||||||| || || ||| |||| |    
T  31285480 accatgttagtgagggaattccaatcattaaggaaaggctatgt-agaaagaagattcttttgattctcgatgatgttgacaatatgaatcaactgcatg 31285578  T
Q  461 ttttgatcggagagcctagttggcttggtcgtggcagcagagtcatcattactactcgagacaaaca 527  Q
     ||||   ||||  | |  |||| | || ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  31285579 ctttggctggaggacttgattggttcggccgtggaagcagagtcatcattaccactcgagacaaaca 31285645  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #39
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 652 - 721
Target Start/End: Original strand, 27680161 - 27680230
Alignment:
Q  652 attttaaaccgtgcagctatgtatgcttctggccttccattagctttagaagtagttggttccaacttgt 721  Q
    |||||||||||||||| |   ||||||| ||||||||| |||| |||||||||||| ||||| |||||||    
T  27680161 attttaaaccgtgcagttgcatatgcttttggccttccgttagttttagaagtagtgggttctaacttgt 27680230  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #40
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 652 - 721
Target Start/End: Complemental strand, 27705225 - 27705156
Alignment:
Q  652 attttaaaccgtgcagctatgtatgcttctggccttccattagctttagaagtagttggttccaacttgt 721  Q
    |||||||||||||||| |   ||||||||||||||||| |||| |||||||||| | ||||| |||||||    
T  27705225 attttaaaccgtgcagttgcatatgcttctggccttccgttagttttagaagtaatgggttctaacttgt 27705156  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #41
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 673 - 713
Target Start/End: Original strand, 26978612 - 26978652
Alignment:
Q  673 tatgcttctggccttccattagctttagaagtagttggttc 713  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||    
T  26978612 tatgcttctggtcttccattagctttagaagtagtgggttc 26978652  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #42
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 653 - 721
Target Start/End: Original strand, 28793571 - 28793639
Alignment:
Q  653 ttttaaaccgtgcagctatgtatgcttctggccttccattagctttagaagtagttggttccaacttgt 721  Q
    ||||||| ||||||| |  ||||||||| |||||||| |||| ||||||| |||| |||||||||||||    
T  28793571 ttttaaatcgtgcagtttcgtatgcttcgggccttcccttagttttagaaatagtgggttccaacttgt 28793639  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #43
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 653 - 724
Target Start/End: Original strand, 26647691 - 26647762
Alignment:
Q  653 ttttaaaccgtgcagctatgtatgcttctggccttccattagctttagaagtagttggttccaacttgtatg 724  Q
    ||||||||||||||| |   |||||||| |||||||| |||| ||||||| |||| ||||||||||| ||||    
T  26647691 ttttaaaccgtgcagtttcatatgcttcaggccttcccttagttttagaaatagtgggttccaacttatatg 26647762  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #44
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 653 - 724
Target Start/End: Original strand, 26753659 - 26753730
Alignment:
Q  653 ttttaaaccgtgcagctatgtatgcttctggccttccattagctttagaagtagttggttccaacttgtatg 724  Q
    ||||||||||||||| |   |||||||| |||||||| |||| ||||||| |||| ||||||||||| ||||    
T  26753659 ttttaaaccgtgcagtttcatatgcttcaggccttcccttagttttagaaatagtgggttccaacttatatg 26753730  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #45
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 492 - 527
Target Start/End: Original strand, 26824870 - 26824905
Alignment:
Q  492 tggcagcagagtcatcattactactcgagacaaaca 527  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  26824870 tggcagcagagtcatcattacaactcgagacaaaca 26824905  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #46
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 679 - 713
Target Start/End: Original strand, 2186064 - 2186098
Alignment:
Q  679 tctggccttccattagctttagaagtagttggttc 713  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  2186064 tctggccttccattagctttagaagtagtgggttc 2186098  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #47
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 185 - 291
Target Start/End: Original strand, 26143612 - 26143718
Alignment:
Q  185 ttggaactgggggaatgggtaagacaacacttgctcaagcagtttataatctgattgctaatcaatttgaatgtaagtgtttccttcacaatgtgagaga 284  Q
    |||| ||||| || ||||||||  ||||||||||  |||||||||||||| |  ||||| ||||||||||| ||   ||||| ||||| ||||| |||||    
T  26143612 ttggtactggaggcatgggtaaatcaacacttgcaaaagcagtttataattttgttgctgatcaatttgaaggtgtatgttttcttcataatgtcagaga 26143711  T
Q  285 aaattca 291  Q
     ||||||    
T  26143712 gaattca 26143718  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #48
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 190 - 292
Target Start/End: Complemental strand, 27604137 - 27604035
Alignment:
Q  190 actgggggaatgggtaagacaacacttgctcaagcagtttataatctgattgctaatcaatttgaatgtaagtgtttccttcacaatgtgagagaaaatt 289  Q
    ||||| ||| |||||||  ||||||||||  ||||| |||||||| | |||||| |||||||||||||    ||||| ||| | ||||||||||| ||||    
T  27604137 actggaggattgggtaaatcaacacttgcaaaagcaatttataattttattgctgatcaatttgaatgctcatgttttcttgaaaatgtgagagagaatt 27604038  T
Q  290 cag 292  Q
    |||    
T  27604037 cag 27604035  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #49
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 652 - 721
Target Start/End: Original strand, 26885278 - 26885347
Alignment:
Q  652 attttaaaccgtgcagctatgtatgcttctggccttccattagctttagaagtagttggttccaacttgt 721  Q
    |||||||||||||||| |   |||||||| |||||||| |||| | ||||| |||| |||||||||||||    
T  26885278 attttaaaccgtgcagtttcatatgcttcgggccttcctttagttatagaaatagtgggttccaacttgt 26885347  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #50
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 190 - 291
Target Start/End: Complemental strand, 27610553 - 27610452
Alignment:
Q  190 actgggggaatgggtaagacaacacttgctcaagcagtttataatctgattgctaatcaatttgaatgtaagtgtttccttcacaatgtgagagaaaatt 289  Q
    ||||| ||| |||||||  ||||||||||  ||||| |||||||| | |||||| |||||||||||||    ||||| ||| | ||||||||||| ||||    
T  27610553 actggaggattgggtaaatcaacacttgcaaaagcaatttataattttattgctgatcaatttgaatgctcatgttttcttgaaaatgtgagagagaatt 27610454  T
Q  290 ca 291  Q
    ||    
T  27610453 ca 27610452  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #51
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 190 - 291
Target Start/End: Complemental strand, 27717932 - 27717831
Alignment:
Q  190 actgggggaatgggtaagacaacacttgctcaagcagtttataatctgattgctaatcaatttgaatgtaagtgtttccttcacaatgtgagagaaaatt 289  Q
    ||||| ||| |||||||  ||||||||||  ||||| |||||||| | |||||| |||||||||||||    ||||| ||| | ||||||||||| ||||    
T  27717932 actggaggattgggtaaatcaacacttgcaaaagcaatttataattttattgctgatcaatttgaatgctcatgttttcttgaaaatgtgagagagaatt 27717833  T
Q  290 ca 291  Q
    ||    
T  27717832 ca 27717831  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #52
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 684 - 721
Target Start/End: Original strand, 28182361 - 28182398
Alignment:
Q  684 ccttccattagctttagaagtagttggttccaacttgt 721  Q
    ||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||    
T  28182361 ccttccattggctttagaagtagtgggttccaacttgt 28182398  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 363; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 363; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 721
Target Start/End: Complemental strand, 17992824 - 17992117
Alignment:
Q  14 atgaatatgaacgcgattttattgaaaaaatagttacagacgtctcctacaagatcaaccacgttcctctacatgttgctgattacctagttggactcaa 113  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||   ||| ||||||| |||||||||||  |||||||||| ||||||||  |||| |||||    
T  17992824 atgaatatgaacgtgattttattgaaaaaatagttacagacacttccaacaagattaaccacgttccattacatgttgccgattaccttattggtctcaa 17992725  T
Q  114 atctcgaatatcagaagtgaactcacttctagacttggggtctactgatggagtcttcataataggaatccttggaactgggggaatgggtaagacaaca 213  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  | || |||||| |||| |||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||     
T  17992724 atctcgaatatcagaagtgaattcacttctagacttggaatataatgatggtgtctgcataataggaatccttggtactggtggaatgggcaagacaact 17992625  T
Q  214 cttgctcaagcagtttataatctgattgctaatcaatttgaatgtaagtgtttccttcacaatgtgagagaaaattcagttaaatatggcttagagtatc 313  Q
    ||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||    
T  17992624 cttgctcaagcagtttataatttggttgctaatcaatttcaatgtaagtgtttccttcacaatgtgagagaaaattcagtcaaacatggcttagagtatc 17992525  T
Q  314 tccaagagcagctcctctccaaatcaatcggattgaaaactcagttaggacatgttaatgaaggaattccaatcataaaacaaaggatgtgtcagaaaaa 413  Q
    | ||||||||||| ||||||||||||||||||||   |||| | || ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||| | ||||| || ||    
T  17992524 ttcaagagcagcttctctccaaatcaatcggatttgtaactaaatttggacatgttaatgaaggtattccaatcataaagcaaaggctatgtcaaaagaa 17992425  T
Q  414 agttttgttgattctcaatgacgttgacaaaataaagcaattgcacgttttgatcggagagcctagttggcttggtcgtggcagcagagtcatcattact 513  Q
    |||| | ||||||||| ||||| | |||||| ||||||||||||| |||||| | ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  17992424 agttctcttgattctcgatgacatcgacaaactaaagcaattgcaggttttggttggagagcctggttggcttggtcgtggcagcagagtcatcattacc 17992325  T
Q  514 actcgagacaaacatttgttatcatgtcatgggattnnnnnnntatatgaagcagatggtttaaataaggaacaagctcttgaattgataagaaagatgg 613  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||       ||||||||| |||||| |||||| ||||| ||||||||||| || ||||   || ||    
T  17992324 actcgagacaaacatttgttaacatgtcatgggattaaaacaatatatgaagtagatggattaaatgaggaagaagctcttgaactgttaaggtggaagg 17992225  T
Q  614 cttttaaaagtaacaaaaatgattcaagctatgatcatattttaaaccgtgcagctatgtatgcttctggccttccattagctttagaagtagttggttc 713  Q
    | |||||| | ||| ||| |||||| || ||| |  ||||||||||||||| || ||  |||||| ||||||| |||||||||||||||||||| |||||    
T  17992224 catttaaaggcaacgaaattgattctagttataactatattttaaaccgtgtagttaaatatgctgctggcctcccattagctttagaagtagtgggttc 17992125  T
Q  714 caacttgt 721  Q
    ||||||||    
T  17992124 caacttgt 17992117  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 77; E-Value: 2e-35
Query Start/End: Original strand, 196 - 721
Target Start/End: Original strand, 3280414 - 3280939
Alignment:
Q  196 ggaatgggtaagacaacacttgctcaagcagtttataatctgattgctaatcaatttgaatgtaagtgtttccttcacaatgtgagagaaaattcagtta 295  Q
    ||||||||||||||||| |||||   ||||||||||||| | |||||||||||||||||||||   ||||| |||||||||||||||||||||||||  |    
T  3280414 ggaatgggtaagacaactcttgcaagagcagtttataatttcattgctaatcaatttgaatgtgtatgttttcttcacaatgtgagagaaaattcagcaa 3280513  T
Q  296 aatatggcttagagtatctccaagagcagctcctctccaaatcaatcggattgaaaactcagttaggacatgttaatgaaggaattccaatcataaaaca 395  Q
    || ||||  ||||| |||||||| || |  | || |||||| |  | |||||| | | | |||||||| ||  || ||| ||||||||||||||||| ||    
T  3280514 aacatggtctagagcatctccaaaaggattttctttccaaaactgttggattggacattaagttaggagatagtagtgagggaattccaatcataaagca 3280613  T
Q  396 aaggatgtgtcagaaaaaagttttgttgattctcaatgacgttgacaaaataaagcaattgcacgttttgatcggagagcctagttggcttggtcgtggc 495  Q
    |||| |    | |||||| ||| | ||| ||||  |||||||| || || | |||||  |||| || ||    |||| || |  |||| || ||  |||     
T  3280614 aaggctacaccggaaaaaggttctattggttcttgatgacgttaacgaattgaagcaggtgcaagtcttagctggagggcttgattggtttagtgttggt 3280713  T
Q  496 agcagagtcatcattactactcgagacaaacatttgttatcatgtcatgggattnnnnnnntatatgaagcagatggtttaaataaggaacaagctcttg 595  Q
    || || || |||||||| |||||||||||||| ||||||||| |||||||||||        |||||||  |||||  |||||||||||| |||| ||||    
T  3280714 agtagggtgatcattaccactcgagacaaacacttgttatcaagtcatgggattgaactaacatatgaaatagatgagttaaataaggaagaagcacttg 3280813  T
Q  596 aattgataagaaagatggcttttaaaagtaacaaaaatgattcaagctatgatcatattttaaaccgtgcagctatgtatgcttctggccttccattagc 695  Q
    ||||| | | |  || |||||||||||||||  ||  | ||||||| ||||| ||  || ||||||| ||||  |  |||||||||||||||||||| ||    
T  3280814 aattgcttacatggaaggcttttaaaagtaagcaagttaattcaagttatgagcacgttctaaaccgcgcagtaaattatgcttctggccttccattggc 3280913  T
Q  696 tttagaagtagttggttccaacttgt 721  Q
     ||||||||| | |||||||||||||    
T  3280914 attagaagtattaggttccaacttgt 3280939  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 243; Significance: 1e-134; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 243; E-Value: 1e-134
Query Start/End: Original strand, 202 - 721
Target Start/End: Original strand, 26136649 - 26137168
Alignment:
Q  202 ggtaagacaacacttgctcaagcagtttataatctgattgctaatcaatttgaatgtaagtgtttccttcacaatgtgagagaaaattcagttaaatatg 301  Q
    ||||| ||||||||| ||| ||||||||||||| |||||||  ||||||||||| |   ||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  26136649 ggtaaaacaacacttactcgagcagtttataatttgattgcggatcaatttgaaggattgtgcttccttcacaatgtgcgagaaaattcagttaaatatg 26136748  T
Q  302 gcttagagtatctccaagagcagctcctctccaaatcaatcggattgaaaactcagttaggacatgttaatgaaggaattccaatcataaaacaaaggat 401  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | | ||||||||||||||| | |||||||||||||||||||| ||||| |    
T  26136749 gcttagaatatctccaagagcagctcctctccaaatcaatcggattggagattaagttaggacatgttagtaaaggaattccaatcataaaagaaaggct 26136848  T
Q  402 gtgtcagaaaaaagttttgttgattctcaatgacgttgacaaaataaagcaattgcacgttttgatcggagagcctagttggcttggtcgtggcagcaga 501  Q
       ||| || ||| |||||||||||||| |||||||||||||  ||||||| ||||| |||||| | |||||||||||||||||||||| ||| || |||    
T  26136849 acatcaaaagaaaattttgttgattctcgatgacgttgacaagctaaagcagttgcaggttttggttggagagcctagttggcttggtcctgggagtaga 26136948  T
Q  502 gtcatcattactactcgagacaaacatttgttatcatgtcatgggattnnnnnnntatatgaagcagatggtttaaataaggaacaagctcttgaattga 601  Q
    ||||||||||| || ||||||||||||||| |||||||||||||||||       |||||||||  |||   |||||||||||  ||||||||||||||     
T  26136949 gtcatcattaccacccgagacaaacatttgctatcatgtcatgggattaaaagaatatatgaagtcgatttcttaaataaggatgaagctcttgaattgt 26137048  T
Q  602 taagaaagatggcttttaaaagtaacaaaaatgattcaagctatgatcatattttaaaccgtgcagctatgtatgcttctggccttccattagctttaga 701  Q
    | ||   ||||||||||||||||||| | ||||| ||||| |||||| ||||||||||| |||||| ||  ||||||||||||||||| |||||||||||    
T  26137049 ttaggtggatggcttttaaaagtaaccacaatgactcaagttatgattatattttaaacagtgcagttaaatatgcttctggccttccgttagctttaga 26137148  T
Q  702 agtagttggttccaacttgt 721  Q
    |||||| ||||||| |||||    
T  26137149 agtagtgggttccagcttgt 26137168  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 609 - 719
Target Start/End: Complemental strand, 28126689 - 28126579
Alignment:
Q  609 gatggcttttaaaagtaacaaaaatgattcaagctatgatcatattttaaaccgtgcagctatgtatgcttctggccttccattagctttagaagtagtt 708  Q
    |||||||||||||  |||||||  |  |||||| |||||| || |||||||||| |||| |   |||||||| |||||||| |||| | ||||| ||||     
T  28126689 gatggcttttaaacataacaaagttccttcaagttatgatgatgttttaaaccgggcagtttcatatgcttcaggccttcccttagttatagaaatagtg 28126590  T
Q  709 ggttccaactt 719  Q
    |||||||||||    
T  28126589 ggttccaactt 28126579  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 487 - 548
Target Start/End: Complemental strand, 28163512 - 28163451
Alignment:
Q  487 ggtcgtggcagcagagtcatcattactactcgagacaaacatttgttatcatgtcatgggat 548  Q
    |||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||  || | |||||||||||    
T  28163512 ggtcgtggaagcagggtcatcattaccactcgagacaaacacttactaacctgtcatgggat 28163451  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 95; Significance: 4e-46; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 95; E-Value: 4e-46
Query Start/End: Original strand, 181 - 527
Target Start/End: Original strand, 16691607 - 16691953
Alignment:
Q  181 atccttggaactgggggaatgggtaagacaacacttgctcaagcagtttataatctgattgctaatcaatttgaatgtaagtgtttccttcacaatgtga 280  Q
    |||| ||||| ||| ||||| ||||| ||||||||||||| |||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||  |||||| |||||  | ||||    
T  16691607 atccatggaattggaggaatcggtaaaacaacacttgctcgagcaatttataatttgattgctgatcaatttgaatgtttgtgttttcttcatgacgtga 16691706  T
Q  281 gagaaaattcagttaaatatggcttagagtatctccaagagcagctcctctccaaatcaatcggattgaaaactcagttaggacatgttaatgaaggaat 380  Q
    |||||||||||  |||| ||||||||||  |||| |||||   |||||| |||||| | || |||||  | | | ||||||||||||||| |||||||||    
T  16691707 gagaaaattcatctaaacatggcttagaacatcttcaagaaaggctcctttccaaaaccattggattagacattaagttaggacatgttagtgaaggaat 16691806  T
Q  381 tccaatcataaaacaaaggatgtgtcagaaaaaagttttgttgattctcaatgacgttgacaaaataaagcaattgcacgttttgatcggagagcctagt 480  Q
    |||||| |||||||||||| |    || ||||| ||| | ||||||||| |||| |||||  |   |||||||||||| ||| || | ||||||||   |    
T  16691807 tccaataataaaacaaaggctacaacaaaaaaaggttcttttgattctcgatgatgttgatgagcaaaagcaattgcaagttatggttggagagcccgat 16691906  T
Q  481 tggcttggtcgtggcagcagagtcatcattactactcgagacaaaca 527  Q
    ||| |||||| ||| || |||||||||||||| ||||||||||||||    
T  16691907 tggtttggtcctggaagtagagtcatcattaccactcgagacaaaca 16691953  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 673 - 721
Target Start/End: Original strand, 16692099 - 16692147
Alignment:
Q  673 tatgcttctggccttccattagctttagaagtagttggttccaacttgt 721  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || |||||||    
T  16692099 tatgcttctggccttccattagctttagaagtagtaggatctaacttgt 16692147  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 57; Significance: 2e-23; HSPs: 9)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 609 - 721
Target Start/End: Complemental strand, 18678570 - 18678458
Alignment:
Q  609 gatggcttttaaaagtaacaaaaatgattcaagctatgatcatattttaaaccgtgcagctatgtatgcttctggccttccattagctttagaagtagtt 708  Q
    |||||||||||||||| |||||  |  |||||| |||||  | |||||||| ||||||| | |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||     
T  18678570 gatggcttttaaaagttacaaagttccttcaagttatgaagagattttaaaacgtgcagttgtgtatgcttctggccttccattagctatagaagtagtg 18678471  T
Q  709 ggttccaacttgt 721  Q
    |||||||||||||    
T  18678470 ggttccaacttgt 18678458  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 53; E-Value: 5e-21
Query Start/End: Original strand, 609 - 721
Target Start/End: Complemental strand, 18688636 - 18688524
Alignment:
Q  609 gatggcttttaaaagtaacaaaaatgattcaagctatgatcatattttaaaccgtgcagctatgtatgcttctggccttccattagctttagaagtagtt 708  Q
    |||||||||||||||| | |||  |  |||||| |||||  | ||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||     
T  18688636 gatggcttttaaaagttataaagttccttcaagttatgaagagattttaaaccgtgcagtcgtgtatgcttctggccttccattagctatagaagtagtg 18688537  T
Q  709 ggttccaacttgt 721  Q
    |||||||||||||    
T  18688536 ggttccaacttgt 18688524  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 53; E-Value: 5e-21
Query Start/End: Original strand, 609 - 721
Target Start/End: Complemental strand, 18723095 - 18722983
Alignment:
Q  609 gatggcttttaaaagtaacaaaaatgattcaagctatgatcatattttaaaccgtgcagctatgtatgcttctggccttccattagctttagaagtagtt 708  Q
    |||||||||||||||| |||||  |  |||||| |||||  | ||||||||||| |||| |  ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||     
T  18723095 gatggcttttaaaagttacaaagttccttcaagttatgaagagattttaaaccgagcagttgcgtatgcttctggccttccattagctatagaagtagtg 18722996  T
Q  709 ggttccaacttgt 721  Q
    |||||||||||||    
T  18722995 ggttccaacttgt 18722983  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 609 - 721
Target Start/End: Complemental strand, 18654487 - 18654375
Alignment:
Q  609 gatggcttttaaaagtaacaaaaatgattcaagctatgatcatattttaaaccgtgcagctatgtatgcttctggccttccattagctttagaagtagtt 708  Q
    |||||||||||||| | |||||  |  |||||| |||||  | |||||||||||||||| |  ||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||     
T  18654487 gatggcttttaaaatttacaaagttccttcaagttatgaagagattttaaaccgtgcagttgcgtatgcttctggccttccattagctatagaagtcgtg 18654388  T
Q  709 ggttccaacttgt 721  Q
    |||||||||||||    
T  18654387 ggttccaacttgt 18654375  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 609 - 721
Target Start/End: Complemental strand, 18698410 - 18698298
Alignment:
Q  609 gatggcttttaaaagtaacaaaaatgattcaagctatgatcatattttaaaccgtgcagctatgtatgcttctggccttccattagctttagaagtagtt 708  Q
    |||||||||||||| | |||||  |  |||||| |||||  | ||||| |||| ||||| | |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||     
T  18698410 gatggcttttaaaaattacaaagttccttcaagttatgaagagatttttaaccatgcagttgtgtatgcttctggccttccattagctctagaagtagtg 18698311  T
Q  709 ggttccaacttgt 721  Q
    |||||||||||||    
T  18698310 ggttccaacttgt 18698298  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 609 - 721
Target Start/End: Complemental strand, 18730514 - 18730402
Alignment:
Q  609 gatggcttttaaaagtaacaaaaatgattcaagctatgatcatattttaaaccgtgcagctatgtatgcttctggccttccattagctttagaagtagtt 708  Q
    |||||||||||||| | |||||  |  |||||| |||||  | ||||| |||| ||||| | |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||     
T  18730514 gatggcttttaaaaattacaaagttccttcaagttatgaagagatttttaaccatgcagttgtgtatgcttctggccttccattagctctagaagtagtg 18730415  T
Q  709 ggttccaacttgt 721  Q
    |||||||||||||    
T  18730414 ggttccaacttgt 18730402  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 190 - 549
Target Start/End: Complemental strand, 5090386 - 5090024
Alignment:
Q  190 actgggggaatgggtaagacaacacttgctcaagcagtttataatctgattgctaatcaatttgaatgtaagtgtttccttcacaatgtgagagaaaatt 289  Q
    ||||| ||||||||||| || |||||||   ||||| |||| ||| | |||||| ||||||||||||||   ||||| |||| |||||||||||||||||    
T  5090386 actggaggaatgggtaaaaccacacttggaaaagcaatttacaatttcattgctcatcaatttgaatgtctttgttttcttcccaatgtgagagaaaatt 5090287  T
Q  290 cagttaaat---atggcttagagtatctccaagagca-gctcctctccaaatcaatcggattgaaaactcagttaggacatgttaatgaaggaattccaa 385  Q
    ||  ||||    |||| ||||||||||| || ||| | | |||| |  ||| |||| |||||| ||| |  ||| ||| || | | ||| ||||||||||    
T  5090286 caactaaagtggatggtttagagtatcttca-gagtaaggtcctttttaaaacaattggattggaaattaggtttggagatatcagtgagggaattccaa 5090188  T
Q  386 tcataaaacaaaggatgtgtcagaaa-aaagttttgttgattctcaatgacgttgacaaaataaagcaattgcacgttttgatcggagagcctagttggc 484  Q
    |||||||  ||||| |     ||||| |||||| | ||||||||| ||||  |||||||| | || ||| | || ||||||  |||||| |||  ||||     
T  5090187 tcataaagaaaaggctacaa-agaaagaaagttcttttgattctcgatgatattgacaaactgaaacaactacaggttttggccggagaacctgattggt 5090089  T
Q  485 ttggtcgtggcagcagagtcatcattactactcgagacaaacatttgttatcatgtcatgggatt 549  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| ||  |||||||||||||    
T  5090088 ttggtcttggcagcagagtcatcattaccactcgagacaaacacttgctaaaatgtcatgggatt 5090024  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 673 - 721
Target Start/End: Complemental strand, 5089900 - 5089852
Alignment:
Q  673 tatgcttctggccttccattagctttagaagtagttggttccaacttgt 721  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||||| ||||    
T  5089900 tatgcttctggccttccattggctttagaagttgtgggttccaatttgt 5089852  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 199 - 292
Target Start/End: Complemental strand, 18698820 - 18698727
Alignment:
Q  199 atgggtaagacaacacttgctcaagcagtttataatctgattgctaatcaatttgaatgtaagtgtttccttcacaatgtgagagaaaattcag 292  Q
    ||||||||  ||||||||||  ||||| |||||||| | |||||| |||||||||||||    ||||| ||| | ||||||||||| |||||||    
T  18698820 atgggtaaatcaacacttgcgaaagcaatttataattttattgctgatcaatttgaatgctcatgttttcttgaaaatgtgagagagaattcag 18698727  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0038 (Bit Score: 45; Significance: 3e-16; HSPs: 4)
Name: scaffold0038
Description:

Target: scaffold0038; HSP #1
Raw Score: 45; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 673 - 721
Target Start/End: Original strand, 40751 - 40799
Alignment:
Q  673 tatgcttctggccttccattagctttagaagtagttggttccaacttgt 721  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40751 tatgcttctggcctaccattagctttagaagtagttggttccaacttgt 40799  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0038; HSP #2
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 190 - 337
Target Start/End: Original strand, 43706 - 43853
Alignment:
Q  190 actgggggaatgggtaagacaacacttgctcaagcagtttataatctgattgctaatcaatttgaatgtaagtgtttccttcacaatgtgagagaaaatt 289  Q
    ||||| |||||||| ||||||||||||||   |||||||||||||   || ||| |||||||||| |||   ||||| |||||| |||| || |||||||    
T  43706 actggtggaatgggaaagacaacacttgcaagagcagtttataattccatagctgatcaatttgattgtttatgttttcttcacgatgtaagggaaaatt 43805  T
Q  290 cagttaaatatggcttagagtatctccaagagcagctcctctccaaat 337  Q
    ||  ||||||||| |||||| |||| || ||  ||||||| |||||||    
T  43806 caactaaatatggtttagagcatctacaggaaaagctcctttccaaat 43853  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0038; HSP #3
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 196 - 314
Target Start/End: Original strand, 28205 - 28323
Alignment:
Q  196 ggaatgggtaagacaacacttgctcaagcagtttataatctgattgctaatcaatttgaatgtaagtgtttccttcacaatgtgagagaaaattcagtta 295  Q
    |||||||| ||||||||||||||    |||||||||||| | || ||  ||||||||||  ||  |||||| |||||| |||| || |||||||||| ||    
T  28205 ggaatgggaaagacaacacttgcaagggcagtttataattttatagccgatcaatttgatggtttgtgttttcttcacgatgtaagggaaaattcagcta 28304  T
Q  296 aatatggcttagagtatct 314  Q
    ||||||| |||||| ||||    
T  28305 aatatggtttagagcatct 28323  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0038; HSP #4
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 673 - 719
Target Start/End: Original strand, 44189 - 44235
Alignment:
Q  673 tatgcttctggccttccattagctttagaagtagttggttccaactt 719  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||    
T  44189 tatgcttctggccttccattggctttagaagtagtgggttcaaactt 44235  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 35; Significance: 0.0000000003; HSPs: 3)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 490 - 548
Target Start/End: Complemental strand, 29272971 - 29272913
Alignment:
Q  490 cgtggcagcagagtcatcattactactcgagacaaacatttgttatcatgtcatgggat 548  Q
    ||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| || | |||||||||||    
T  29272971 cgtggaagcaaagtcatcattactactcgagacaaacacttgctaacttgtcatgggat 29272913  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 181 - 291
Target Start/End: Original strand, 31905791 - 31905901
Alignment:
Q  181 atccttggaactgggggaatgggtaagacaacacttgctcaagcagtttataatctgattgctaatcaatttgaatgtaagtgtttccttcacaatgtga 280  Q
    |||| ||||| ||| || || ||||| |||||||||||||  || |||||||||||||||||  |||| ||||||  |  |||||| ||| | |||||||    
T  31905791 atccatggaagtggagggataggtaaaacaacacttgctctggctgtttataatctgattgccgatcactttgaagctttgtgttttcttgaaaatgtga 31905890  T
Q  281 gagaaaattca 291  Q
    |||||||||||    
T  31905891 gagaaaattca 31905901  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 480 - 533
Target Start/End: Original strand, 35984338 - 35984391
Alignment:
Q  480 ttggcttggtcgtggcagcagagtcatcattactactcgagacaaacatttgtt 533  Q
    ||||||||||  |||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||    
T  35984338 ttggcttggttctggcagcagagttatcattacaactcgggacaaacatttgtt 35984391  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0349 (Bit Score: 31; Significance: 0.00000007; HSPs: 1)
Name: scaffold0349
Description:

Target: scaffold0349; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 190 - 292
Target Start/End: Complemental strand, 2972 - 2870
Alignment:
Q  190 actgggggaatgggtaagacaacacttgctcaagcagtttataatctgattgctaatcaatttgaatgtaagtgtttccttcacaatgtgagagaaaatt 289  Q
    ||||| ||| |||||||  ||||||||||  ||||| |||||||| | |||||| |||||||||||||    ||||| ||| | ||||||||||| ||||    
T  2972 actggaggattgggtaaatcaacacttgcaaaagcaatttataattttattgctgatcaatttgaatgctcatgttttcttgaaaatgtgagagagaatt 2873  T
Q  290 cag 292  Q
    |||    
T  2872 cag 2870  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University