View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16004_low_5 (Length: 437)

Name: NF16004_low_5
Description: NF16004
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16004_low_5
NF16004_low_5
[»] chr4 (31 HSPs)
chr4 (12-420)||(3438402-3438807)
chr4 (177-295)||(8184031-8184149)
chr4 (43-288)||(553466-553711)
chr4 (110-397)||(546791-547078)
chr4 (176-295)||(8187091-8187210)
chr4 (32-327)||(1548282-1548575)
chr4 (222-388)||(370806-370973)
chr4 (106-295)||(7225813-7226002)
chr4 (43-379)||(1524353-1524686)
chr4 (178-295)||(7307840-7307957)
chr4 (30-295)||(55908582-55908847)
chr4 (105-397)||(640793-641085)
chr4 (175-334)||(1537766-1537925)
chr4 (42-296)||(12121323-12121577)
chr4 (84-247)||(1600447-1600610)
chr4 (231-287)||(558486-558542)
chr4 (84-148)||(6006455-6006519)
chr4 (171-247)||(12116570-12116646)
chr4 (176-285)||(1513407-1513516)
chr4 (84-149)||(1533898-1533963)
chr4 (171-291)||(570335-570455)
chr4 (177-261)||(1519143-1519227)
chr4 (15-150)||(8186930-8187065)
chr4 (123-291)||(1552711-1552882)
chr4 (209-285)||(1508036-1508112)
chr4 (106-150)||(53761702-53761746)
chr4 (254-327)||(644779-644852)
chr4 (84-149)||(1495830-1495895)
chr4 (276-397)||(1545651-1545772)
chr4 (86-147)||(12120052-12120113)
chr4 (224-324)||(1517544-1517644)
[»] chr8 (9 HSPs)
chr8 (192-418)||(17628030-17628256)
chr8 (171-420)||(32151156-32151405)
chr8 (32-382)||(18315129-18315479)
chr8 (110-291)||(34936097-34936278)
chr8 (87-369)||(28246206-28246486)
chr8 (178-327)||(27922456-27922605)
chr8 (41-301)||(17636262-17636526)
chr8 (174-291)||(21235542-21235659)
chr8 (237-286)||(44736524-44736573)
[»] chr3 (9 HSPs)
chr3 (110-283)||(51120827-51121000)
chr3 (222-420)||(514774-514972)
chr3 (106-404)||(51113711-51114009)
chr3 (12-388)||(514564-514940)
chr3 (106-301)||(13470662-13470857)
chr3 (108-295)||(51764372-51764559)
chr3 (43-309)||(1657217-1657479)
chr3 (14-67)||(51764281-51764334)
chr3 (201-263)||(27005797-27005859)
[»] chr6 (21 HSPs)
chr6 (87-314)||(11936186-11936413)
chr6 (87-314)||(11948166-11948393)
chr6 (110-327)||(6585171-6585388)
chr6 (106-285)||(6432151-6432330)
chr6 (106-292)||(7119140-7119326)
chr6 (106-292)||(7131618-7131804)
chr6 (106-285)||(6402850-6403029)
chr6 (30-285)||(6594463-6594715)
chr6 (31-151)||(9411476-9411596)
chr6 (106-301)||(6415940-6416135)
chr6 (201-291)||(6423201-6423291)
chr6 (106-283)||(6394856-6395033)
chr6 (106-351)||(14820617-14820862)
chr6 (201-285)||(10579761-10579845)
chr6 (175-285)||(6409996-6410106)
chr6 (178-268)||(28935056-28935146)
chr6 (254-327)||(6426459-6426532)
chr6 (110-303)||(7994116-7994309)
chr6 (254-292)||(19632422-19632460)
chr6 (106-147)||(8913914-8913955)
chr6 (175-267)||(12102274-12102366)
[»] chr5 (7 HSPs)
chr5 (48-333)||(32267417-32267699)
chr5 (29-291)||(41889407-41889669)
chr5 (183-348)||(41901542-41901707)
chr5 (36-148)||(41901398-41901510)
chr5 (214-285)||(37937877-37937948)
chr5 (214-345)||(38267594-38267725)
chr5 (233-326)||(12845542-12845635)
[»] chr2 (4 HSPs)
chr2 (110-285)||(45245019-45245194)
chr2 (30-295)||(1037518-1037783)
chr2 (203-290)||(32785799-32785886)
chr2 (12-144)||(32785611-32785740)
[»] chr7 (3 HSPs)
chr7 (106-301)||(15092081-15092276)
chr7 (89-247)||(7977606-7977764)
chr7 (106-291)||(10614577-10614762)
[»] chr1 (7 HSPs)
chr1 (209-403)||(29658929-29659123)
chr1 (209-369)||(29718956-29719116)
chr1 (209-292)||(7554471-7554554)
chr1 (29-280)||(19468355-19468603)
chr1 (178-274)||(52082582-52082678)
chr1 (29-67)||(9581276-9581314)
chr1 (29-67)||(9586844-9586882)
[»] scaffold0295 (1 HSPs)
scaffold0295 (84-295)||(532-743)
[»] scaffold0807 (1 HSPs)
scaffold0807 (106-150)||(1394-1438)
[»] scaffold0014 (1 HSPs)
scaffold0014 (111-148)||(88943-88980)
[»] scaffold0041 (1 HSPs)
scaffold0041 (249-295)||(39164-39210)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 358; Significance: 0; HSPs: 31)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 358; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 420
Target Start/End: Original strand, 3438402 - 3438807
Alignment:
Q  12 gagatgaaagcctcgtgatgttttcttctattttccccaatttgcagctgcttgatgtgagagaatgcgaccacatatctgacgaaggtgttattcaagt 111  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  3438402 gagatgaaagcctcttgatgttttcttctattttccccaatttgcagctgcttgatgtgagagaatgcgactacatatctgacgaaggtgttattcaagt 3438501  T
Q  112 tttaaggagacgttgtaagattagacatttgaacttagctggttgtttaggagtgaatttgcgtggaatgaactttgatgtttcaaaattggaggtattg 211  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3438502 tttaaggagatgttgtaagattagacatttgaacttagctggttgtttaggagtgaatttgtgtgcaatgaactttgatgtttcaaaattggaggtattg 3438601  T
Q  212 agcttgtcacatacaagagttgatgataaagcactccatgtaatctcaaagagttgttgtgggcttttgcaactgttactggaattttgtaaaggtgtca 311  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3438602 agcttgtcacatacaagagttgatgataaa-tactccatgtaatctcaaagagttgttgtgggcttttgcaactgttactggaattttgtaaaggtgtca 3438700  T
Q  312 cagtgaagggagtgaagtatgtgatgaaaaactgtacacaaccgagggaggtcaatttaaggggttgtgatcaagtgtatgctaattttgttgtcgagat 411  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  3438701 cagtgaagggagtgaagtatgtgatgaaaaactgt--acaaccgagggaggtcaatttaaggggttgcgatcaagtgtatgctaattttgttgacgagat 3438798  T
Q  412 ggtattttc 420  Q
    |||||||||    
T  3438799 ggtattttc 3438807  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 177 - 295
Target Start/End: Original strand, 8184031 - 8184149
Alignment:
Q  177 gaatgaactttgatgtttcaaaattggaggtattgagcttgtcacatacaagagttgatgataaagcactccatgtaatctcaaagagttgttgtgggct 276  Q
    ||||||||||||| ||| | ||| | ||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||    
T  8184031 gaatgaactttgaagttccgaaactagaggtgttgaacttgtcacatacaagagttgatgatatagcactctatgcaatctcaaagagttgttgtgggct 8184130  T
Q  277 tttgcaactgttactggaa 295  Q
    |||| ||||||||||||||    
T  8184131 tttggaactgttactggaa 8184149  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 74; E-Value: 8e-34
Query Start/End: Original strand, 43 - 288
Target Start/End: Complemental strand, 553711 - 553466
Alignment:
Q  43 tttccccaatttgcagctgcttgatgtgagagaatgcgaccacatatctgacgaaggtgttattcaagttttaaggagacgttgtaagattagacatttg 142  Q
    |||||||||||||||| |||||||| ||||| | | | || |  ||||||| |||| |||| |||| |||||||||| | ||||||| ||||||||||||    
T  553711 tttccccaatttgcagatgcttgatttgagatattcctacgatgtatctgaagaagctgttgttcatgttttaaggacatgttgtaacattagacatttg 553612  T
Q  143 aacttagctggttgtttaggagtgaatttgcgtggaatgaactttgatgtttcaaaattggaggtattgagcttgtcacatacaagagttgatgataaag 242  Q
    |||||| |  | |||| | ||||||| || |||  | |||||||| | |||   ||| ||||||| |||| |||||||  |||||||||||||||| |||    
T  553611 aacttaacccgctgttcaagagtgaagttacgtacattgaactttaaagttctcaaactggaggtgttgaacttgtcatttacaagagttgatgatgaag 553512  T
Q  243 cactccatgtaatctcaaagagttgttgtgggcttttgcaactgtt 288  Q
    ||||  |||| || ||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  553511 cacttaatgtgatttcaaagagttgttctgggcttttgcaactgtt 553466  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 110 - 397
Target Start/End: Complemental strand, 547078 - 546791
Alignment:
Q  110 gttttaaggagacgttgtaagattagacatttgaacttagctggttgtttaggagtgaatttgcgtggaatgaactttgatgtttcaaaattggaggtat 209  Q
    |||||||||||| |||||||||| || |||||||||||| |   |||||||| ||||||  |   ||||||||||||||| ||| | |||||||||||      
T  547078 gttttaaggagatgttgtaagataaggcatttgaacttatccaattgtttagtagtgaacctatttggaatgaactttgaagttcctaaattggaggtgg 546979  T
Q  210 tgagcttgtcacatacaagagttgatgataaagcactccatgtaatctcaaagagttgttgtgggcttttgcaactgttactggaattttgtaaaggtgt 309  Q
    ||| |||||||| |||||  ||  ||||| || ||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||   |||     |||    
T  546978 tgaacttgtcacgtacaattgtcaatgatgaaacactctatgtgatctcaaagagttgttgtgggcttttggaattgttactggaagaatgttttcatgt 546879  T
Q  310 cacagtgaagggagtgaagtatgtgatgaaaaactgtacacaaccgagggaggtcaatttaaggggttgtgatcaagtgtatgctaat 397  Q
    ||||| ||||||||||||  ||||| |  ||||||| ||| |||  || ||| |||||||||||| |||| || ||||| ||| ||||    
T  546878 cacagagaagggagtgaaacatgtgctagaaaactgcacaaaactaagagagatcaatttaagggcttgtaataaagtgaatgttaat 546791  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 176 - 295
Target Start/End: Original strand, 8187091 - 8187210
Alignment:
Q  176 ggaatgaactttgatgtttcaaaattggaggtattgagcttgtcacatacaagagttgatgataaagcactccatgtaatctcaaagagttgttgtgggc 275  Q
    ||||||||||||||  |||| ||| ||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||  ||| ||| |||||||||||||||||||    
T  8187091 ggaatgaactttgaaatttccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagagttgatgataaaacactttatgcaatttcaaagagttgttgtgggc 8187190  T
Q  276 ttttgcaactgttactggaa 295  Q
    |||||||  |||||||||||    
T  8187191 ttttgcagttgttactggaa 8187210  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 32 - 327
Target Start/End: Original strand, 1548282 - 1548575
Alignment:
Q  32 ttttcttctattttccccaatttgcagctgcttgatgtgagagaatgcgaccacatatctgacgaaggtgttattcaagttttaaggagacgttgtaaga 131  Q
    |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| |||   | |||     |||||| ||||||||| ||  | ||||||||||   | |||||||||    
T  1548282 ttttcttcgattttccccaatttgcaactgcttgatttgattaattgcagtggcatatcagacgaaggtatttgtgaagttttaag---atgttgtaaga 1548378  T
Q  132 ttagacatttgaacttagctggttgtttaggagtgaatttgcgt-ggaatgaactttgatgtttcaaaattggaggtattgagcttgtcacatacaagag 230  Q
    ||||||| |||||||||||| || |||||  ||||||  | | | ||| ||||||||||  || | ||| ||||||| |||| |||||||||||||||      
T  1548379 ttagacagttgaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctactttggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagta 1548478  T
Q  231 ttgatgataaagcactccatgtaatctcaaagagttgttgtgggcttttgcaactgttactggaattttgtaaaggtgtcacagtgaagggagtgaa 327  Q
    |||||||| || ||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||  ||||||   ||  |||||||  | |||||| ||||||||||||    
T  1548479 ttgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgttgtgggcttttgcacttgttacaaaaacgttgtaaaaatatcacagagaagggagtgaa 1548575  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 64; E-Value: 8e-28
Query Start/End: Original strand, 222 - 388
Target Start/End: Complemental strand, 370973 - 370806
Alignment:
Q  222 atacaagagttgatgataaagcactccatgtaatctcaaagagttgttgtgggcttttgcaactgttactggaattttgtaaaggtgtcacagtgaaggg 321  Q
    ||||||||||  || || ||||||| ||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| ||  |||| ||||| |||||  || |||    
T  370973 atacaagagtctattatgaagcacttcatgtgatctcaaagagttgttgtcggcttttgcaactattactgcaaaattgtgaaggtatcacaaagatggg 370874  T
Q  322 agtgaagtatgtgatgaaaaactgtacacaacc-gagggaggtcaatttaaggggttgtgatcaagtg 388  Q
    ||||||| ||||| |||||||||| |||||||| ||| ||| |||||||||| |||||| || |||||    
T  370873 agtgaagcatgtggtgaaaaactgcacacaacctgagagagatcaatttaagcggttgtaataaagtg 370806  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 106 - 295
Target Start/End: Original strand, 7225813 - 7226002
Alignment:
Q  106 tcaagttttaaggagacgttgtaagattagacatttgaacttagctggttgtttaggagtgaatttgcgtggaatgaactttgatgtttcaaaattggag 205  Q
    |||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| |    |||  | |||||||  | ||    ||||||||||| |||    ||||||||    
T  7225813 tcaagttttacggagatgttgtaagattagacatttgaacttatcctactgtccaagagtgaagctacgcaacatgaactttgaagttctcgaattggag 7225912  T
Q  206 gtattgagcttgtcacatacaagagttgatgataaagcactccatgtaatctcaaagagttgttgtgggcttttgcaactgttactggaa 295  Q
    || |||| |||||||||||||||||||||||| |||| ||| | ||| || ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||    
T  7225913 gtcttgaacttgtcacatacaagagttgatgacaaaggacttcgtgtgatatcaaagagttgttgtggacttttgcaactattactggaa 7226002  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 43 - 379
Target Start/End: Original strand, 1524353 - 1524686
Alignment:
Q  43 tttccccaatttgcagctgcttgatgtgagagaatgcgaccacatatctgacgaaggtgttattcaagttttaaggagacgttgtaagattagacatttg 142  Q
    ||||||||||||||||||||||||| | ||  | |||    || ||||||| |||||| || |||| |||||||||||| |||||||  |||| ||||||    
T  1524353 tttccccaatttgcagctgcttgatttaagttattgctcatacgtatctgaagaaggtattcttcaggttttaaggagatgttgtaaacttaggcatttg 1524452  T
Q  143 aacttagctggttgtt-taggagtgaatttgcgtggaatgaactttgatgtttcaaaattggaggtattgagcttgtcacatacaagagttgatgataaa 241  Q
    ||||||||    |||| ||  |  ||| || | ||||||||||||||| ||| | || |||||||| ||||  ||||||| |||||| ||||||||| ||    
T  1524453 aacttagccaactgttctaaaatagaactt-catggaatgaactttgaagttcccaatttggaggtgttgaatttgtcacgtacaagtgttgatgatgaa 1524551  T
Q  242 gcactccatgtaatctcaaagagttgttgtgggcttttgcaactgttactggaattttgtaaaggtgtcacagtgaagggagtgaagtatgtgatgaaaa 341  Q
     ||||| || | |||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||     |||| |   |||||||| || ||||||||| ||||||||  |||    
T  1524552 acactctatatgatctcacagagttgtcgtgggcttttgcaactgttattgcgtagttgtta---tgtcacagagaggggagtgaattatgtgatagaaa 1524648  T
Q  342 actgtacacaaccgagggaggtcaatttaaggggttgt 379  Q
    |||| ||||||| ||| ||| | ||||| |||||||||    
T  1524649 actgcacacaactgagagagattaatttgaggggttgt 1524686  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 178 - 295
Target Start/End: Complemental strand, 7307957 - 7307840
Alignment:
Q  178 aatgaactttgatgtttcaaaattggaggtattgagcttgtcacatacaagagttgatgataaagcactccatgtaatctcaaagagttgttgtgggctt 277  Q
    |||||||||| | ||| | |||||||||||||||| ||||||| |||||  |||||||||| ||||||| | | | |||||||||||||||||| |||||    
T  7307957 aatgaactttaaagttcccaaattggaggtattgaacttgtcatatacagaagttgatgatgaagcactacgtatgatctcaaagagttgttgtaggctt 7307858  T
Q  278 ttgcaactgttactggaa 295  Q
    ||||| ||||||||||||    
T  7307857 ttgcacctgttactggaa 7307840  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 54; E-Value: 7e-22
Query Start/End: Original strand, 30 - 295
Target Start/End: Original strand, 55908582 - 55908847
Alignment:
Q  30 tgttttcttctattttccccaatttgcagctgcttgatgtgagagaatgcgaccacatatctgacgaaggtgttattcaagttttaaggagacgttgtaa 129  Q
    ||||| |||| |||||||||||||||||  | |||||| ||||    ||| |  |||||||||| |||||| ||  | ||||| |||||||| |||||||    
T  55908582 tgtttgcttccattttccccaatttgcaatttcttgatttgagctcctgccataacatatctgaagaaggtatttgtgaagttctaaggagatgttgtaa 55908681  T
Q  130 gattagacatttgaacttagctggttgtttaggagtgaatttgcgtggaatgaactttgatgtttcaaaattggaggtattgagcttgtcacatacaaga 229  Q
    | ||||||||||||| |||||    |||| | |||||||  | | | |||| |||||| | ||| |  |||| ||||| || | ||||||||||||| |     
T  55908682 ggttagacatttgaatttagcctactgttcaagagtgaaactacttagaataaactttaaagttcctgaattagaggtgtttaacttgtcacatacatgt 55908781  T
Q  230 gttgatgataaagcactccatgtaatctcaaagagttgttgtgggcttttgcaactgttactggaa 295  Q
    ||||||||| || ||||| || | |||||||||| ||||||||||||||| |||||||| ||||||    
T  55908782 gttgatgatgaaacactctatatgatctcaaagaattgttgtgggcttttacaactgtttctggaa 55908847  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 105 - 397
Target Start/End: Complemental strand, 641085 - 640793
Alignment:
Q  105 ttcaagttttaaggagacgttgtaagattagacatttgaacttagctggttgtttaggagtgaatttgcgtggaatgaactttgatgtttcaaaattgga 204  Q
    ||||||||||||||| | |||||||  ||||||||||||||||||| ||||||   ||||| ||  | | ||||||||| |||||  |  ||| ||||||    
T  641085 ttcaagttttaaggatatgttgtaatgttagacatttgaacttagccggttgtgatggagtaaacctacttggaatgaaatttgaactaccaatattgga 640986  T
Q  205 ggtattgagcttgtcacatacaagagttgatgataaagcactccatgtaatctcaaagagttgttgtgggcttttgcaactgttactggaattttgtaaa 304  Q
    ||| |||| ||||||| ||||||  ||||||||| || ||||| | || | |||||||| |||  |||| |||||||| ||||||||||||  |||| |     
T  640985 ggtgttgaacttgtcagatacaaacgttgatgatgaaacactctacgtgacctcaaagaattgccgtggtcttttgcatctgttactggaagattgtcat 640886  T
Q  305 ggtgtcacagtgaagggagtgaagtatgtgatgaaaaactgtacacaaccgagggaggtcaatttaaggggttgtgatcaagtgtatgctaat 397  Q
      ||| |||  ||||||||||||  ||||| |  ||||||| | | ||   || ||||||||||||| ||||||| || ||||| ||||||||    
T  640885 tatgtaacaaagaagggagtgaatcatgtggtagaaaactgcaaagaattaagagaggtcaatttaaagggttgtaataaagtgaatgctaat 640793  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 175 - 334
Target Start/End: Original strand, 1537766 - 1537925
Alignment:
Q  175 tggaatgaactttgatgtttcaaaattggaggtattgagcttgtcacatacaagagttgatgataaagcactccatgtaatctcaaagagttgttgtggg 274  Q
    ||||||||||||||| ||| | ||| | || || |||| ||||||| ||||||  ||| |||| ||| ||||   ||||||||||||| ||||| |||||    
T  1537766 tggaatgaactttgaagttcccaaactagaagtgttgaacttgtcatatacaaatgttaatgacaaaacactgtgtgtaatctcaaagtgttgtcgtggg 1537865  T
Q  275 cttttgcaactgttactggaattttgtaaaggtgtcacagtgaagggagtgaagtatgtg 334  Q
    ||||||||||| ||||||||| ||||| |   |||||||  |||||||||||||||||||    
T  1537866 cttttgcaacttttactggaactttgttatcttgtcacacagaagggagtgaagtatgtg 1537925  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 42 - 296
Target Start/End: Original strand, 12121323 - 12121577
Alignment:
Q  42 ttttccccaatttgcagctgcttgatgtgagagaatgcgaccacatatctgacgaaggtgttattcaagttttaaggagacgttgtaagattagacattt 141  Q
    ||||||||||||||||  |||||||| ||||    ||| |  |||||||||| |||||| || | ||||| ||||||| | |||   ||||||  |||||    
T  12121323 ttttccccaatttgcaattgcttgatttgagtttttgctataacatatctgaagaaggtattttccaagtcttaaggacatgttccgagattacgcattt 12121422  T
Q  142 gaacttagctggttgtttaggagtgaatttgcgtggaatgaactttgatgtttcaaaattggaggtattgagcttgtcacatacaagagttgatgataaa 241  Q
    ||||||| |  |||||||||||  |||  ||||  ||||||||||||| ||| | ||| | || || |||| ||||||| ||||||  ||||||||| ||    
T  12121423 gaacttaaccagttgtttaggaaggaagctgcgccgaatgaactttgaagttcccaaactagaagtgttgaacttgtcatatacaaatgttgatgatgaa 12121522  T
Q  242 gcactccatgtaatctcaaagagttgttgtgggcttttgcaactgttactggaat 296  Q
     |||||   |||||||||||| ||||  |||||||||||||||| | ||||||||    
T  12121523 acactctccgtaatctcaaagtgttgccgtgggcttttgcaactctcactggaat 12121577  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 44; E-Value: 7e-16
Query Start/End: Original strand, 84 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 1600610 - 1600447
Alignment:
Q  84 acatatctgacgaaggtgttattcaagttttaaggagacgttgtaagattagacatttgaacttagctggttgtttaggagtgaatttgcgtggaatgaa 183  Q
    |||||||||| |||||| ||  ||||||||||||||||  || ||| ||||||||||||||||||||    |||| |  | ||||  |||| ||||||||    
T  1600610 acatatctgaagaaggtatttgtcaagttttaaggagattttctaaaattagacatttgaacttagcccagtgttcaataatgaagctgcgaggaatgaa 1600511  T
Q  184 ctttgatgtttcaaaattggaggtattgagcttgtcacatacaagagttgatgataaagcactc 247  Q
    |||||| |||   ||| ||||||| |||| ||||||| ||||||| ||||| ||| ||||||||    
T  1600510 ctttgaagttcttaaactggaggtgttgaacttgtcatatacaagggttgacgatgaagcactc 1600447  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 231 - 287
Target Start/End: Complemental strand, 558542 - 558486
Alignment:
Q  231 ttgatgataaagcactccatgtaatctcaaagagttgttgtgggcttttgcaactgt 287  Q
    |||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| ||||||    
T  558542 ttgatgatgaagcactccatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttggaactgt 558486  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 84 - 148
Target Start/End: Complemental strand, 6006519 - 6006455
Alignment:
Q  84 acatatctgacgaaggtgttattcaagttttaaggagacgttgtaagattagacatttgaactta 148  Q
    |||||||||| |||||||||  |||||||||||||| | || |||||||||||||||||||||||    
T  6006519 acatatctgatgaaggtgttgctcaagttttaaggaaatgtagtaagattagacatttgaactta 6006455  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 171 - 247
Target Start/End: Original strand, 12116570 - 12116646
Alignment:
Q  171 tgcgtggaatgaactttgatgtttcaaaattggaggtattgagcttgtcacatacaagagttgatgataaagcactc 247  Q
    ||||| ||||||||||||||||| |||| || ||||| |||| ||||||||||||||| ||||||||| || |||||    
T  12116570 tgcgtagaatgaactttgatgttccaaatttagaggtgttgaacttgtcacatacaagtgttgatgatgaatcactc 12116646  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 176 - 285
Target Start/End: Original strand, 1513407 - 1513516
Alignment:
Q  176 ggaatgaactttgatgtttcaaaattggaggtattgagcttgtcacatacaagagttgatgataaagcactccatgtaatctcaaagagttgttgtgggc 275  Q
    |||||||||||||| ||| | ||| | || || |||| |||||||  |||||  ||||||||| || ||||| | |||||||||||| ||||| ||||||    
T  1513407 ggaatgaactttgaagttcccaaactagaagtgttgaacttgtcatttacaaatgttgatgatgaaacactctacgtaatctcaaagtgttgtcgtgggc 1513506  T
Q  276 ttttgcaact 285  Q
    ||||||||||    
T  1513507 ttttgcaact 1513516  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #20
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 84 - 149
Target Start/End: Original strand, 1533898 - 1533963
Alignment:
Q  84 acatatctgacgaaggtgttattcaagttttaaggagacgttgtaagattagacatttgaacttag 149  Q
    |||||||||| |||||| ||| ||| |||||||||||| |||||||||| | ||||||||||||||    
T  1533898 acatatctgaagaaggtattagtcatgttttaaggagatgttgtaagatgacacatttgaacttag 1533963  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #21
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 171 - 291
Target Start/End: Complemental strand, 570455 - 570335
Alignment:
Q  171 tgcgtggaatgaactttgatgtttcaaaattggaggtattgagcttgtcacatacaagagttgatgataaagcactccatgtaatctcaaagagttgttg 270  Q
    |||||||| |||||||||| |||   ||| | ||||| |||| ||||||| ||||| |||||||| |  ||| |||| || | || |||||||||||| |    
T  570455 tgcgtggattgaactttgaagttctcaaactcgaggtgttgaacttgtcatatacaggagttgataacgaagaactctatctgatttcaaagagttgtcg 570356  T
Q  271 tgggcttttgcaactgttact 291  Q
     ||||||||||||||||||||    
T  570355 cgggcttttgcaactgttact 570335  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #22
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 177 - 261
Target Start/End: Original strand, 1519143 - 1519227
Alignment:
Q  177 gaatgaactttgatgtttcaaaattggaggtattgagcttgtcacatacaagagttgatgataaagcactccatgtaatctcaaa 261  Q
    ||||||||||||| ||| | ||| | ||||| |||| ||||||||||||||| ||||||||  |||||||| |||| ||||||||    
T  1519143 gaatgaactttgaagttcccaaactagaggtgttgaacttgtcacatacaagggttgatgaataagcactctatgtgatctcaaa 1519227  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #23
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 15 - 150
Target Start/End: Original strand, 8186930 - 8187065
Alignment:
Q  15 atgaaagcctcgtgatgttttcttctattttccccaatttgcagctgcttgatgtgagagaatgcgaccacatatctgacgaaggtgttattcaagtttt 114  Q
    |||||| |||||  ||||| |||||  | ||||||||||||||| |||||||| ||||  | ||| |  |||||||||| |||||| ||  |||||||||    
T  8186930 atgaaaacctcgaaatgttatcttccttattccccaatttgcagttgcttgatttgagtcattgctatgacatatctgaagaaggtatttgtcaagtttt 8187029  T
Q  115 aaggagacgttgtaagattagacatttgaacttagc 150  Q
     | |||| ||||| |||||||  |||||||||||||    
T  8187030 gaagagatgttgtgagattagggatttgaacttagc 8187065  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #24
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 123 - 291
Target Start/End: Original strand, 1552711 - 1552882
Alignment:
Q  123 gttgtaagattagacatttgaacttagc---tggttgtttaggagtgaatttgcgtggaatgaactttgatgtttcaaaattggaggtattgagcttgtc 219  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||   | ||| | ||| || |||  | | |||| ||||||||||  || | ||| |||| || ||||  |||||    
T  1552711 gttgtaagattagacatttgaacttagcccatagttttatagaagggaagctacttggactgaactttgaaattcccaaactggaagtgttgaatttgtc 1552810  T
Q  220 acatacaagagttgatgataaagcactccatgtaatctcaaagagttgttgtgggcttttgcaactgttact 291  Q
    ||||||||   || ||||| || ||||| |||| || ||||||| |||| ||||||||||||| ||||||||    
T  1552811 acatacaaatattaatgatgaaacactcaatgtgatatcaaagaattgtcgtgggcttttgcagctgttact 1552882  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #25
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 209 - 285
Target Start/End: Original strand, 1508036 - 1508112
Alignment:
Q  209 ttgagcttgtcacatacaagagttgatgataaagcactccatgtaatctcaaagagttgttgtgggcttttgcaact 285  Q
    |||| |||||||||||| |  ||||||||| || ||||   ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||    
T  1508036 ttgaacttgtcacataccaatgttgatgatgaaacactgtgtgtaatctcaaagtgttgtcgtgggcttttgcaact 1508112  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #26
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 106 - 150
Target Start/End: Original strand, 53761702 - 53761746
Alignment:
Q  106 tcaagttttaaggagacgttgtaagattagacatttgaacttagc 150  Q
    |||||||||||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||    
T  53761702 tcaagttttaaggagatgttgtaacattaggcatttgaacttagc 53761746  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #27
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 254 - 327
Target Start/End: Complemental strand, 644852 - 644779
Alignment:
Q  254 atctcaaagagttgttgtgggcttttgcaactgttactggaattttgtaaaggtgtcacagtgaagggagtgaa 327  Q
    ||||||||||||||  | |||||| ||||||||| |||  |||||||| |||||||||| | ||| ||||||||    
T  644852 atctcaaagagttgcagcgggcttgtgcaactgtcacttaaattttgtgaaggtgtcacggagaaaggagtgaa 644779  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #28
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 84 - 149
Target Start/End: Original strand, 1495830 - 1495895
Alignment:
Q  84 acatatctgacgaaggtgttattcaagttttaaggagacgttgtaagattagacatttgaacttag 149  Q
    |||||||||| |||||| ||  ||| |||||||||||| |||||||||| | ||||||| ||||||    
T  1495830 acatatctgaagaaggtattggtcatgttttaaggagatgttgtaagatgacacatttggacttag 1495895  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #29
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 276 - 397
Target Start/End: Complemental strand, 1545772 - 1545651
Alignment:
Q  276 ttttgcaactgttactggaattttgtaaaggtgtcacagtgaagggagtgaagtatgtgatgaaaaactgtacacaaccgagggaggtcaatttaagggg 375  Q
    |||||||||||||| ||| || |||| |  | ||||||  ||||||||||||  ||| | | |||||||| |||||||  || | | ||||||| |||||    
T  1545772 ttttgcaactgttattggtatattgtgagtgcgtcacatagaagggagtgaaagatgcggtaaaaaactgcacacaactaagagtgatcaatttgagggg 1545673  T
Q  376 ttgtgatcaagtgtatgctaat 397  Q
    ||||||| ||||| ||||||||    
T  1545672 ttgtgataaagtgcatgctaat 1545651  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #30
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 86 - 147
Target Start/End: Original strand, 12120052 - 12120113
Alignment:
Q  86 atatctgacgaaggtgttattcaagttttaaggagacgttgtaagattagacatttgaactt 147  Q
    |||||| |||||||| ||  ||||||||||| || | || ||||||||||||||||||||||    
T  12120052 atatctaacgaaggtattggtcaagttttaaagaaaagtagtaagattagacatttgaactt 12120113  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #31
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 224 - 324
Target Start/End: Original strand, 1517544 - 1517644
Alignment:
Q  224 acaagagttgatgataaagcactccatgtaatctcaaagagttgttgtgggcttttgcaactgttactggaattttgtaaaggtgtcacagtgaagggag 323  Q
    ||||||||| | ||| | ||||||  |||||||||||||| |||| ||||  ||||| |||| |||||||||  |||| | | |||||||| ||||||||    
T  1517544 acaagagttaacgatgacgcactctttgtaatctcaaagaattgtcgtggaattttgaaactattactggaaaattgtcatgatgtcacagagaagggag 1517643  T
Q  324 t 324  Q
    |    
T  1517644 t 1517644  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 111; Significance: 7e-56; HSPs: 9)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 111; E-Value: 7e-56
Query Start/End: Original strand, 192 - 418
Target Start/End: Original strand, 17628030 - 17628256
Alignment:
Q  192 tttcaaaattggaggtattgagcttgtcacatacaagagttgatgataaagcactccatgtaatctcaaagagttgttgtgggcttttgcaactgttact 291  Q
    |||| ||||||||||| |||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| |||||||||| ||||| |||||| ||| |||| |||||    
T  17628030 tttctaaattggaggtgttgaacttgtcacatactagagttgatgataaagcactccgtgtgatctcaaagaattgttttgggctcttgaaactattact 17628129  T
Q  292 ggaattttgtaaaggtgtcacagtgaagggagtgaagtatgtgatgaaaaactgtacacaaccgagggaggtcaatttaaggggttgtgatcaagtgtat 391  Q
     ||||||||||||||||||||||  |||||||||||| ||||| |||||||||| ||||| | ||||||| ||| ||||||||||||| || ||||| |     
T  17628130 agaattttgtaaaggtgtcacagacaagggagtgaagcatgtgttgaaaaactgcacacagctgagggagatcagtttaaggggttgttatgaagtgaaa 17628229  T
Q  392 gctaattttgttgtcgagatggtattt 418  Q
    |||||| |||||| |  ||||||||||    
T  17628230 gctaatattgttgacatgatggtattt 17628256  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 102; E-Value: 2e-50
Query Start/End: Original strand, 171 - 420
Target Start/End: Complemental strand, 32151405 - 32151156
Alignment:
Q  171 tgcgtggaatgaactttgatgtttcaaaattggaggtattgagcttgtcacatacaagagttgatgataaagcactccatgtaatctcaaagagttgttg 270  Q
    |||||||||||||||| || ||||| ||  ||||||| || | |||||||  ||||||  |||||||| || ||||| |||| ||||||||||||||| |    
T  32151405 tgcgtggaatgaacttcgaagtttccaatctggaggtgttaaacttgtcatgtacaaggtttgatgatgaaacactctatgtgatctcaaagagttgtag 32151306  T
Q  271 tgggcttttgcaactgttactggaattttgtaaaggtgtcacagtgaagggagtgaagtatgtgatgaaaaactgtacacaaccgagggaggtcaattta 370  Q
    ||||||||||||||||||| |||  | |||||||  |||||||| |||||| |||||| |||||| ||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||    
T  32151305 tgggcttttgcaactgttattggtgtcttgtaaatatgtcacagagaagggggtgaagcatgtgaggaaaaactgtatacaactgagggagatcaattta 32151206  T
Q  371 aggggttgtgatcaagtgtatgctaattttgttgtcgagatggtattttc 420  Q
    |||||||||||||||||| ||||| || ||||||   | |||||||||||    
T  32151205 aggggttgtgatcaagtgcatgctgatattgttgataaaatggtattttc 32151156  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 32 - 382
Target Start/End: Original strand, 18315129 - 18315479
Alignment:
Q  32 ttttcttctattttccccaatttgcagctgcttgatgtgagagaatgcgaccacatatctgacgaaggtgttattcaagttttaaggagacgttgtaaga 131  Q
    |||||||| |||||||||||||||||| |||||||| ||||  | |||||  ||||| |||| |||||| ||  |||||||||| | ||  ||| | |||    
T  18315129 ttttcttccattttccccaatttgcagttgcttgatttgagctactgcgataacatacctgaagaaggtatttgtcaagttttacgaagttgttctgaga 18315228  T
Q  132 ttagacatttgaacttagctggttgtttaggagtgaatttgcgtggaatgaactttgatgtttcaaaattggaggtattgagcttgtcacatacaagagt 231  Q
    ||||||| |||||||||||| ||  || | || ||||  | ||||||||||||||| | ||| | ||| ||||||| |||| |||||||||||||| |||    
T  18315229 ttagacagttgaacttagctcgtgattcaagaatgaagctacgtggaatgaactttaaagttcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaaaagt 18315328  T
Q  232 tgatgataaagcactccatgtaatctcaaagagttgttgtgggcttttgcaactgttactggaattttgtaaaggtgtcacagtgaagggagtgaagtat 331  Q
    ||||||| |||||||| |||| ||||||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||   |||   | |||||||| ||| ||||  ||||||    
T  18315329 tgatgatgaagcactctatgtgatctcaaagagttgtcgtaggcttttgcaactgttattggaacgctgttgtgatgtcacagagaaaggagaaaagtat 18315428  T
Q  332 gtgatgaaaaactgtacacaaccgagggaggtcaatttaaggggttgtgat 382  Q
    ||| |  ||||||| ||||||| ||  ||| ||||| ||| ||||||||||    
T  18315429 gtggtagaaaactgcacacaactgatagagctcaatataatgggttgtgat 18315479  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 110 - 291
Target Start/End: Original strand, 34936097 - 34936278
Alignment:
Q  110 gttttaaggagacgttgtaagattagacatttgaacttagctggttgtttaggagtgaatttgcgtggaatgaactttgatgtttcaaaattggaggtat 209  Q
    |||||||||||| ||||| | |||||||||||| |||| || | ||||| |  ||||||  | |   |||||| |||||||||| ||||| | ||||| |    
T  34936097 gttttaaggagatgttgtgacattagacatttgtacttggccgattgttcaaaagtgaaccttcacagaatgatctttgatgttccaaaactagaggtgt 34936196  T
Q  210 tgagcttgtcacatacaagagttgatgataaagcactccatgtaatctcaaagagttgttgtgggcttttgcaactgttact 291  Q
    ||  ||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||  ||| ||||||||||| |||||||||||||||| |||||    
T  34936197 tggacttgtcatatacaagagttgatgataaaacactctatgccatcgcaaagagttgtcgtgggcttttgcaactattact 34936278  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 56; E-Value: 5e-23
Query Start/End: Original strand, 87 - 369
Target Start/End: Original strand, 28246206 - 28246486
Alignment:
Q  87 tatctgacgaaggtgttattcaagttttaaggagacgttgtaagattagacatttgaacttagctggttgtttaggagtgaatttgcgtggaatgaactt 186  Q
    ||||||| |||||| || |||| ||||||| || | ||||||| |||||||||||||| ||| || |||||| | || ||||  | | |  | |||||||    
T  28246206 tatctgaagaaggtattgttcatgttttaatgatatgttgtaacattagacatttgaatttaactcgttgttcaagactgaagctacatacattgaactt 28246305  T
Q  187 tgatgtttcaaaattggaggtattgagcttgtcacatacaagagttgatgataaagcactccatgtaatctcaaagagttgttgtgggcttttgcaactg 286  Q
    ||| ||| | ||| ||||||| |||  |||||||  ||||||||||||  ||||| ||||| ||   ||||||||||||||| | |||||||||||||||    
T  28246306 tgaagttcccaaactggaggtgttggacttgtcatttacaagagttga--ataaatcactctattggatctcaaagagttgtagcgggcttttgcaactg 28246403  T
Q  287 ttactggaattttgtaaaggtgtcacagtgaagggagtgaagtatgtgatgaaaaactgtacacaaccgagggaggtcaattt 369  Q
    | |||  |||||||| ||||||||||||  ||  |||||| | ||||| |  |||| || ||||||| ||| |||||||||||    
T  28246404 tcacttaaattttgtgaaggtgtcacagacaaatgagtgacgcatgtggttgaaaaatgcacacaactgagagaggtcaattt 28246486  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 54; E-Value: 7e-22
Query Start/End: Original strand, 178 - 327
Target Start/End: Complemental strand, 27922605 - 27922456
Alignment:
Q  178 aatgaactttgatgtttcaaaattggaggtattgagcttgtcacatacaagagttgatgataaagcactccatgtaatctcaaagagttgttgtgggctt 277  Q
    |||||||||||| ||| | ||||||||||| |||| ||||||| ||||||  ||||||||| |||||||  || | ||||||||||||||||||||||||    
T  27922605 aatgaactttgaagttcccaaattggaggtgttgaacttgtcatatacaaatgttgatgatgaagcactttatatgatctcaaagagttgttgtgggctt 27922506  T
Q  278 ttgcaactgttactggaattttgtaaaggtgtcacagtgaagggagtgaa 327  Q
    ||| || ||| ||| |||  |||||| | | |||||  ||||||||||||    
T  27922505 ttgaaattgtcacttgaaaattgtaatgatttcacaaagaagggagtgaa 27922456  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 44; E-Value: 7e-16
Query Start/End: Original strand, 41 - 301
Target Start/End: Original strand, 17636262 - 17636526
Alignment:
Q  41 attttccccaatttgcagctgcttgatgtgagagaatgcgaccacatatctgacgaaggtgttattcaagttttaaggagacgttgtaagattagacatt 140  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |  |||| ||| |  | ||||| ||  ||||| ||  ||||||||||||| || ||| ||| ||||| ||||    
T  17636262 attttccccaatttgcagctgcttgatttacgagattgcaataaaatatcagagaaaggtatttgtcaagttttaaggggatgttctaatattaggcatt 17636361  T
Q  141 tgaacttagctggttgtttaggagtgaatttgcgtgga----atgaactttgatgtttcaaaattggaggtattgagcttgtcacatacaagagttgatg 236  Q
    |||||||||   | |||| | |||||||  | | | ||    ||||||||||| ||| | ||||||||||| |||| ||||||||| ||| ||||||| |    
T  17636362 tgaacttaggccgatgttcaagagtgaaactacatcgatcgaatgaactttgaagttcccaaattggaggtgttgaacttgtcacaaacaggagttgacg 17636461  T
Q  237 ataaagcactccatgtaatctcaaagagttgttgtgggcttttgcaactgttactggaattttgt 301  Q
    || ||||| |  |||| |||||||||||||||  | | ||||||||| ||| ||| |||| ||||    
T  17636462 atgaagcattgtatgtgatctcaaagagttgtcttagacttttgcaattgtcacttgaatattgt 17636526  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 174 - 291
Target Start/End: Complemental strand, 21235659 - 21235542
Alignment:
Q  174 gtggaatgaactttgatgtttcaaaattggaggtattgagcttgtcacatacaagagttgatgataaagcactccatgtaatctcaaagagttgttgtgg 273  Q
    ||||| |||||||||| ||| | ||| ||||||| |||| ||||||| ||||| |||||||| |  ||| |||| || | || |||||||| ||| |  |    
T  21235659 gtggagtgaactttgaagttcccaaactggaggtgttgaacttgtcatatacaggagttgataacgaagaactctatttgatttcaaagagctgtcgcag 21235560  T
Q  274 gcttttgcaactgttact 291  Q
    ||||||||||||||||||    
T  21235559 gcttttgcaactgttact 21235542  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 237 - 286
Target Start/End: Complemental strand, 44736573 - 44736524
Alignment:
Q  237 ataaagcactccatgtaatctcaaagagttgttgtgggcttttgcaactg 286  Q
    ||||| |||||  ||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  44736573 ataaaacactcattgtgatctcaaagagttgttgtgggcttttgtaactg 44736524  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 74; Significance: 8e-34; HSPs: 9)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 74; E-Value: 8e-34
Query Start/End: Original strand, 110 - 283
Target Start/End: Original strand, 51120827 - 51121000
Alignment:
Q  110 gttttaaggagacgttgtaagattagacatttgaacttagctggttgtttaggagtgaatttgcgtggaatgaactttgatgtttcaaaattggaggtat 209  Q
    |||||| ||||| ||||||| |||||||| ||||||||  | ||||||| | |||||||  ||| ||||||||||||||| |||   ||||||||||| |    
T  51120827 gttttatggagatgttgtaacattagacacttgaacttcaccggttgttcaagagtgaaactgcatggaatgaactttgaagttctcaaattggaggtgt 51120926  T
Q  210 tgagcttgtcacatacaagagttgatgataaagcactccatgtaatctcaaagagttgttgtgggcttttgcaa 283  Q
    ||| |||||| |||||||||||||||||| ||  |||  |||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  51120927 tgaacttgtcgcatacaagagttgatgatgaaaaactatatgtaatctcaaagagttgtcgtgggcttttgcaa 51121000  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 222 - 420
Target Start/End: Original strand, 514774 - 514972
Alignment:
Q  222 atacaagagttgatgataaagcactccatgtaatctcaaagagttgttgtgggcttttgcaactgttactggaattttgtaaaggtgtcacagtgaaggg 321  Q
    |||||||||| || ||| ||||||| ||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||| ||  |||| ||||| |||||| || |||    
T  514774 atacaagagtcgacgatgaagcacttcatgtgatctcgaagagttgctgtgggcttttgcaactattactgcaaaattgtgaaggtatcacagagacggg 514873  T
Q  322 agtgaagtatgtgatgaaaaactgtacacaaccgagggaggtcaatttaaggggttgtgatcaagtgtatgctaattttgttgtcgagatggtattttc 420  Q
    ||||||| ||||| |||||||||| |||| || ||| ||| |||||||||| |||||| || ||||| ||  |||| |||||| |   |||||||||||    
T  514874 agtgaagcatgtggtgaaaaactgcacacgactgagagagatcaatttaagaggttgtaataaagtgcattataatgttgttgccccaatggtattttc 514972  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 106 - 404
Target Start/End: Original strand, 51113711 - 51114009
Alignment:
Q  106 tcaagttttaaggagacgttgtaagattagacatttgaacttagctggttgtttaggagtgaatttgcgtggaatgaactttgatgtttcaaaattggag 205  Q
    ||||||||||| |||| ||||||| ||||| |||||||| ||||||   |||| |  | ||||  | | ||||||||||||||| | | | ||| |||||    
T  51113711 tcaagttttaaagagatgttgtaaaattaggcatttgaaattagcttactgttcaaaactgaagctacttggaatgaactttgaagctcccaaactggag 51113810  T
Q  206 gtattgagcttgtcacatacaagagttgatgataaagcactccatgtaatctcaaagagttgttgtgggcttttgcaactgttactggaattttgtaaag 305  Q
    || ||   ||||||| ||||||  ||||||||| || ||||| |||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  |||| |      
T  51113811 gtgttagacttgtcaaatacaatggttgatgatgaaacactctatgtgatctcgaagagttgttgtgggcttttgcaactgttactgaaaaattgttacc 51113910  T
Q  306 gtgtcacagtgaagggagtgaagtatgtgatgaaaaactgtacacaaccgagggaggtcaatttaaggggttgtgatcaagtgtatgctaattttgttg 404  Q
     |||||||| ||||||||||||| ||||| |  |||| || ||| |||  || ||| | ||||||| |||||||  | ||||| |||||||||||||||    
T  51113911 atgtcacagagaagggagtgaagcatgtggtagaaaaatgcacaaaactaagagagattaatttaaagggttgttttaaagtgcatgctaattttgttg 51114009  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 66; E-Value: 5e-29
Query Start/End: Original strand, 12 - 388
Target Start/End: Original strand, 514564 - 514940
Alignment:
Q  12 gagatgaaagcctcgtgatgttttcttctattttccccaatttgcagctgcttgatgtgagagaatgcgaccacatatctgacgaaggtgttattcaagt 111  Q
    ||||||||| |||  | |||||| |||| |||||||| |||||||||||  ||||| ||||  | || ||  ||||||||||| || || |   ||||||    
T  514564 gagatgaaaaccttataatgtttgcttcaattttcccgaatttgcagctaattgatttgagctattgtgataacatatctgacaaaagtatctgtcaagt 514663  T
Q  112 tttaaggagacgttgtaagattagacatttgaacttagctggttgtttaggagtgaatttgcgtggaatgaac-tttgatgtttcaaaattggaggtatt 210  Q
    ||||| |||| | | ||||||||| ||||||||||||||    || | | ||||||| |||   || |||||| || ||  | ||||| || ||||| ||    
T  514664 tttaaagagatggtctaagattaggcatttgaacttagcccactgctcaagagtgaagttgtacggtatgaacattagagttctcaaactt-gaggtgtt 514762  T
Q  211 gagcttgtcacatacaagagttgatgataaagcactccatgtaatctcaaagagttgttgtgggcttttgcaactgttactggaattttgtaaaggtgtc 310  Q
    ||||||   | |||||||||| || ||| ||||||| ||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||| ||  |||| ||||| ||    
T  514763 gagcttaatagatacaagagtcgacgatgaagcacttcatgtgatctcgaagagttgctgtgggcttttgcaactattactgcaaaattgtgaaggtatc 514862  T
Q  311 acagtgaagggagtgaagtatgtgatgaaaaactgtacacaaccgagggaggtcaatttaaggggttgtgatcaagtg 388  Q
    |||| || |||||||||| ||||| |||||||||| |||| || ||| ||| |||||||||| |||||| || |||||    
T  514863 acagagacgggagtgaagcatgtggtgaaaaactgcacacgactgagagagatcaatttaagaggttgtaataaagtg 514940  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 64; E-Value: 8e-28
Query Start/End: Original strand, 106 - 301
Target Start/End: Original strand, 13470662 - 13470857
Alignment:
Q  106 tcaagttttaaggagacgttgtaagattagacatttgaacttagctggttgtttaggagtgaatttgcgtggaatgaactttgatgtttcaaaattggag 205  Q
    |||||||||||||| | ||||||||||||| ||||||||||||||   ||||  |  ||||||  | | |||||||||||||| |||| | ||  |||||    
T  13470662 tcaagttttaaggatatgttgtaagattaggcatttgaacttagcctattgtaaaaaagtgaagctacttggaatgaactttgttgttcccaatctggag 13470761  T
Q  206 gtattgagcttgtcacatacaagagttgatgataaagcactccatgtaatctcaaagagttgttgtgggcttttgcaactgttactggaattttgt 301  Q
    || |||| ||||||| ||||||  ||| |||||||| ||||| || | |||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||| ||| |||||    
T  13470762 gtgttgaacttgtcaaatacaaaggttaatgataaaacactctatatgatctcaaagaattgttgtgggcttttgcaactattacttgaactttgt 13470857  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 108 - 295
Target Start/End: Original strand, 51764372 - 51764559
Alignment:
Q  108 aagttttaaggagacgttgtaagattagacatttgaacttagctggttgtttaggagtgaatttgcgtggaatgaactttgatgtttcaaaattggaggt 207  Q
    |||||||||||||| ||| ||||||||| ||||||||| || | |  |||| | |||||||  | | ||||||||||||||  ||| | ||  |||||||    
T  51764372 aagttttaaggagatgttctaagattaggcatttgaacctatccgaatgttcaagagtgaagctacttggaatgaactttgcagttccgaagctggaggt 51764471  T
Q  208 attgagcttgtcacatacaagagttgatgataaagcactccatgtaatctcaaagagttgttgtgggcttttgcaactgttactggaa 295  Q
     ||   |||||||  ||||| ||||||||||||| ||||| |||  |||||||||| |||||| |||||||||||||| |||||||||    
T  51764472 gttagacttgtcatttacaaaagttgatgataaaacactctatgcgatctcaaagaattgttgcgggcttttgcaactattactggaa 51764559  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 43 - 309
Target Start/End: Complemental strand, 1657479 - 1657217
Alignment:
Q  43 tttccccaatttgcagctgcttgatgtgagagaatgcgaccacatatctgacgaaggtgttattcaagttttaaggagacgttgtaagattagacatttg 142  Q
    |||||| ||||| ||||| |||||| ||||  | ||| |  |||||||||| |||||| || |||| ||||||| || | ||||||| ||||||||||||    
T  1657479 tttcccaaatttacagctacttgatttgagccattgcaaagacatatctgaagaaggtattgttcatgttttaatgatatgttgtaacattagacatttg 1657380  T
Q  143 aacttagctggttgtttaggagtgaatttgcgtggaatgaactttgatgtttcaaaattggaggtattgagcttgtcacatacaagagttgatgataaag 242  Q
    || ||| || |     || || ||||  | |||  | |||||||||| ||| | ||| ||||||| |||  |||||||  ||||||||||||  ||| |     
T  1657379 aatttaactcg----ctaagactgaagctacgtacattgaactttgaagttcccaaactggaggtgttggacttgtcatttacaagagttgacaatatat 1657284  T
Q  243 cactccatgtaatctcaaagagttgttgtgggcttttgcaactgttactggaattttgtaaaggtgt 309  Q
    ||||| ||   ||||||||||||||  | |||||||||||||||| |||  |||||||| |||||||    
T  1657283 cactctattggatctcaaagagttgcagcgggcttttgcaactgtcacttaaattttgtgaaggtgt 1657217  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 14 - 67
Target Start/End: Original strand, 51764281 - 51764334
Alignment:
Q  14 gatgaaagcctcgtgatgttttcttctattttccccaatttgcagctgcttgat 67  Q
    ||||||||| || | |||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  51764281 gatgaaagcatcataatgtttgcttccattttccccaatttgcagctgcttgat 51764334  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 201 - 263
Target Start/End: Original strand, 27005797 - 27005859
Alignment:
Q  201 tggaggtattgagcttgtcacatacaagagttgatgataaagcactccatgtaatctcaaaga 263  Q
    ||||||| |||| |||||||||||||||| ||||| ||| | ||||  |||||||||||||||    
T  27005797 tggaggtcttgaacttgtcacatacaagaattgataatacaacactttatgtaatctcaaaga 27005859  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 64; Significance: 8e-28; HSPs: 21)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 64; E-Value: 8e-28
Query Start/End: Original strand, 87 - 314
Target Start/End: Original strand, 11936186 - 11936413
Alignment:
Q  87 tatctgacgaaggtgttattcaagttttaaggagacgttgtaagattagacatttgaacttagctggttgtttaggagtgaatttgcgtggaatgaactt 186  Q
    ||||||| |||||| || |||| ||||||| || | ||||||| |||||||||||||| ||| || | |||| | || ||||  | |||  | |||||||    
T  11936186 tatctgaagaaggtattgttcatgttttaatgatatgttgtaacattagacatttgaatttaactcgctgttcaagactgaagctacgtacattgaactt 11936285  T
Q  187 tgatgtttcaaaattggaggtattgagcttgtcacatacaagagttgatgataaagcactccatgtaatctcaaagagttgttgtgggcttttgcaactg 286  Q
    ||| ||| | ||| ||||||| |||  |||||||  |||||||||||| |||||| ||||| ||   ||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  11936286 tgaagttcccaaactggaggtgttggacttgtcatttacaagagttgacgataaatcactctattggatctcaaagagttgtagtgggcttttgcaactg 11936385  T
Q  287 ttactggaattttgtaaaggtgtcacag 314  Q
    | |||  |||||||| ||||||||||||    
T  11936386 tcacttaaattttgtgaaggtgtcacag 11936413  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 64; E-Value: 8e-28
Query Start/End: Original strand, 87 - 314
Target Start/End: Original strand, 11948166 - 11948393
Alignment:
Q  87 tatctgacgaaggtgttattcaagttttaaggagacgttgtaagattagacatttgaacttagctggttgtttaggagtgaatttgcgtggaatgaactt 186  Q
    ||||||| |||||| || |||| ||||||| || | ||||||| |||||||||||||| ||| || | |||| | || ||||  | |||  | |||||||    
T  11948166 tatctgaagaaggtattgttcatgttttaatgatatgttgtaacattagacatttgaatttaactcgctgttcaagactgaagctacgtacattgaactt 11948265  T
Q  187 tgatgtttcaaaattggaggtattgagcttgtcacatacaagagttgatgataaagcactccatgtaatctcaaagagttgttgtgggcttttgcaactg 286  Q
    ||| ||| | ||| ||||||| |||  |||||||  |||||||||||| |||||| ||||| ||   ||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  11948266 tgaagttcccaaactggaggtgttggacttgtcatttacaagagttgacgataaatcactctattggatctcaaagagttgtagtgggcttttgcaactg 11948365  T
Q  287 ttactggaattttgtaaaggtgtcacag 314  Q
    | |||  |||||||| ||||||||||||    
T  11948366 tcacttaaattttgtgaaggtgtcacag 11948393  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 54; E-Value: 7e-22
Query Start/End: Original strand, 110 - 327
Target Start/End: Original strand, 6585171 - 6585388
Alignment:
Q  110 gttttaaggagacgttgtaagattagacatttgaacttagctggttgtttaggagtgaatttgcgtggaatgaactttgatgtttcaaaattggaggtat 209  Q
    |||||||||||| ||| ||| ||||| |||||||||||  |||| |||| | |||||||  | | |||||| ||||||   ||| |  | ||||||||||    
T  6585171 gttttaaggagatgttttaatattaggcatttgaactttactgggtgttcaagagtgaagctacttggaataaactttttagttacccagttggaggtat 6585270  T
Q  210 tgagcttgtcacatacaagagttgatgataaagcactccatgtaatctcaaagagttgttgtgggcttttgcaactgttactggaattttgtaaaggtgt 309  Q
    ||| ||||||| ||||||  ||||||||| || ||||| |||| |||||||||||||||| || ||||||| |||| |||||| ||  |||| ||  |||    
T  6585271 tgaacttgtcagatacaaaggttgatgatgaaacactctatgtgatctcaaagagttgttctgcgcttttggaactattactgaaaggttgtgaaaatgt 6585370  T
Q  310 cacagtgaagggagtgaa 327  Q
    ||||| ||||||| ||||    
T  6585371 cacagagaagggactgaa 6585388  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 106 - 285
Target Start/End: Complemental strand, 6432330 - 6432151
Alignment:
Q  106 tcaagttttaaggagacgttgtaagattagacatttgaacttagctggttgtttaggagtgaatttgcgtggaatgaactttgatgtttcaaaattggag 205  Q
    |||||||||||||||| |||||||  ||| |||||||||||||||   |||| ||  ||||||  | | ||||||||||||||| ||| | ||  || ||    
T  6432330 tcaagttttaaggagatgttgtaaacttaaacatttgaacttagcctattgtataaaagtgaagctacatggaatgaactttgaagttcccaagctgaag 6432231  T
Q  206 gtattgagcttgtcacatacaagagttgatgataaagcactccatgtaatctcaaagagttgttgtgggcttttgcaact 285  Q
    || |||| ||||||| ||||||| ||||||||| || ||||  |||| |||| ||||| ||||||||||||| |||||||    
T  6432230 gtgttgaacttgtcaaatacaagcgttgatgatgaaacactttatgtgatcttaaagaattgttgtgggcttctgcaact 6432151  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 51; E-Value: 5e-20
Query Start/End: Original strand, 106 - 292
Target Start/End: Complemental strand, 7119326 - 7119140
Alignment:
Q  106 tcaagttttaaggagacgttgtaagattagacatttgaacttagctggttgtttaggagtgaatttgcgtggaatgaactttgatgtttcaaaattggag 205  Q
    |||||||||||||||| ||| |||||||| |||||||||||||||    |||| | |||||||  | | |||||||||||||| ||||    |  |||||    
T  7119326 tcaagttttaaggagatgttctaagattaaacatttgaacttagcccactgttcaagagtgaagctacttggaatgaactttgttgttcaccagctggag 7119227  T
Q  206 gtattgagcttgtcacatacaagagttgatgataaagcactccatgtaatctcaaagagttgttgtgggcttttgcaactgttactg 292  Q
    || |||| ||||||| |||| |  ||||||||| || |||||||||| ||||| |||| |||||| ||||||||| |||| ||||||    
T  7119226 gtgttgaacttgtcagatacgaaggttgatgatgaaacactccatgtgatctcgaagaattgttgcgggcttttggaactattactg 7119140  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 51; E-Value: 5e-20
Query Start/End: Original strand, 106 - 292
Target Start/End: Complemental strand, 7131804 - 7131618
Alignment:
Q  106 tcaagttttaaggagacgttgtaagattagacatttgaacttagctggttgtttaggagtgaatttgcgtggaatgaactttgatgtttcaaaattggag 205  Q
    |||||||||||||||| ||| |||||||| |||||||||||||||    |||| | |||||||  | | |||||||||||||| ||||    |  |||||    
T  7131804 tcaagttttaaggagatgttctaagattaaacatttgaacttagcccactgttcaagagtgaagctacttggaatgaactttgttgttcgccagctggag 7131705  T
Q  206 gtattgagcttgtcacatacaagagttgatgataaagcactccatgtaatctcaaagagttgttgtgggcttttgcaactgttactg 292  Q
    || |||| ||||||| |||| |  ||||||||| || |||||||||| ||||| |||| |||||| ||||||||| |||| ||||||    
T  7131704 gtgttgaacttgtcagatacgaaggttgatgatgaaacactccatgtgatctcgaagaattgttgcgggcttttggaactattactg 7131618  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 106 - 285
Target Start/End: Complemental strand, 6403029 - 6402850
Alignment:
Q  106 tcaagttttaaggagacgttgtaagattagacatttgaacttagctggttgtttaggagtgaatttgcgtggaatgaactttgatgtttcaaaattggag 205  Q
    |||||||||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||| |||| |||| | |||||||  | | |||||| |||||||  ||| |  || | ||     
T  6403029 tcaagttttaaggagatgttgtaacattaggcatttgaacttaactgggtgttcaagagtgaagctacttggaataaactttgcagttccccaactagaa 6402930  T
Q  206 gtattgagcttgtcacatacaagagttgatgataaagcactccatgtaatctcaaagagttgttgtgggcttttgcaact 285  Q
    || |||| ||||||| |||| |  ||||||||| || ||||| |||| |||||||||| |||| ||||||||||| ||||    
T  6402929 gtgttgaacttgtcagatacgaaggttgatgatgaaacactctatgtgatctcaaagaattgtagtgggcttttgaaact 6402850  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 46; E-Value: 4e-17
Query Start/End: Original strand, 30 - 285
Target Start/End: Original strand, 6594463 - 6594715
Alignment:
Q  30 tgttttcttctattttccccaatttgcagctgcttgatgtgagagaatgcgaccacatatctgacgaaggtgttattcaagttttaaggagacgttgtaa 129  Q
    ||||| ||||||||||||||| |||| ||||||||||| ||||    | ||| || ||||||||   |||| ||  |||||||||||||||| ||| |||    
T  6594463 tgtttgcttctattttccccactttggagctgcttgatttgaggttttccgatcaaatatctga---aggtatttgtcaagttttaaggagatgttataa 6594559  T
Q  130 gattagacatttgaacttagctggttgtttaggagtgaatttgcgtggaatgaactttgatgtttcaaaattggaggtattgagcttgtcacatacaaga 229  Q
    ||||| ||||||| ||||| | || |||| | |||||||  | | |||||| ||||||   ||| | ||| ||||||| |||  ||||||| |||||       
T  6594560 gattacacatttgtacttatccgggtgttcaagagtgaagctacatggaataaactttttagttcccaaactggaggtgttgtacttgtcaaatacagag 6594659  T
Q  230 gttgatgataaagcactccatgtaatctcaaagagttgttgtgggcttttgcaact 285  Q
    ||||||||| |  |||| | ||| |||||||||| ||||||||||||||| |||||    
T  6594660 gttgatgatgagacactacgtgtgatctcaaagaattgttgtgggcttttacaact 6594715  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 31 - 151
Target Start/End: Complemental strand, 9411596 - 9411476
Alignment:
Q  31 gttttcttctattttccccaatttgcagctgcttgatgtgagagaatgcgaccacatatctgacgaaggtgttattcaagttttaaggagacgttgtaag 130  Q
    |||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| | |||     |||||||| |||||||| || | || |||||||||||| || ||||     
T  9411596 gtttgcttccattttccccaatttgcagctgcttgatttgagcggatgttgtaacatatctaacgaaggtattttgcaggttttaaggagatgtggtaac 9411497  T
Q  131 attagacatttgaacttagct 151  Q
    ||||||||||||||| |||||    
T  9411496 attagacatttgaacctagct 9411476  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 44; E-Value: 7e-16
Query Start/End: Original strand, 106 - 301
Target Start/End: Complemental strand, 6416135 - 6415940
Alignment:
Q  106 tcaagttttaaggagacgttgtaagattagacatttgaacttagctggttgtttaggagtgaatttgcgtggaatgaactttgatgtttcaaaattggag 205  Q
    ||||||||||| || | ||||||||||| | ||||||||||||||   ||||  |  ||||||  | | ||||||| ||||||  ||| | ||  |||||    
T  6416135 tcaagttttaaagatatgttgtaagattgggcatttgaacttagccttttgtaaaaaagtgaagctacatggaatggactttgtagttcccaacctggag 6416036  T
Q  206 gtattgagcttgtcacatacaagagttgatgataaagcactccatgtaatctcaaagagttgttgtgggcttttgcaactgttactggaattttgt 301  Q
    || |||| ||||||| ||||||  ||| |||||||| | ||| |||| |||||||||| |||| | |||||||||||||| ||||| |||||||||    
T  6416035 gtgttgaacttgtcaaatacaaaggttaatgataaaactctctatgtgatctcaaagaattgtagcgggcttttgcaactattacttgaattttgt 6415940  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 201 - 291
Target Start/End: Complemental strand, 6423291 - 6423201
Alignment:
Q  201 tggaggtattgagcttgtcacatacaagagttgatgataaagcactccatgtaatctcaaagagttgttgtgggcttttgcaactgttact 291  Q
    ||||||| |||| ||||||| |||||||||||   |||||| ||||| |||  ||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||    
T  6423291 tggaggtgttgaacttgtcaaatacaagagttagcgataaaacactctatgcgatctcaaagagttgttgtgggattttgcaactattact 6423201  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 106 - 283
Target Start/End: Complemental strand, 6395033 - 6394856
Alignment:
Q  106 tcaagttttaaggagacgttgtaagattagacatttgaacttagctggttgtttaggagtgaatttgcgtggaatgaactttgatgtttcaaaattggag 205  Q
    ||||||||||| || | |||||||| ||| ||||||||||||||||   |||| |  ||||||  | | ||||||||||||||  ||| |  |  |||||    
T  6395033 tcaagttttaaagaaatgttgtaagcttaaacatttgaacttagctttctgttcaaaagtgaaactacatggaatgaactttgcagttcccgagctggag 6394934  T
Q  206 gtattgagcttgtcacatacaagagttgatgataaagcactccatgtaatctcaaagagttgttgtgggcttttgcaa 283  Q
    || |||| ||||||| ||||||| ||||||||| || | ||   ||| |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  6394933 gtgttgaacttgtcaaatacaagcgttgatgatgaaactctttctgtgatctcaaagaattgttgtgggcttttgcaa 6394856  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 106 - 351
Target Start/End: Complemental strand, 14820862 - 14820617
Alignment:
Q  106 tcaagttttaaggagacgttgtaagattagacatttgaacttagctggttgtttaggagtgaatttgcgtggaatgaactttgatgtttcaaaattggag 205  Q
    ||||| |||||||| | |||||||| ||| ||||||||||||||    ||||| |||||||||  | | |||||| |||||||  ||| | || || |||    
T  14820862 tcaaggtttaaggaaatgttgtaagcttaaacatttgaacttagaattttgttcaggagtgaaactacatggaattaactttgcagttcccaagttagag 14820763  T
Q  206 gtattgagcttgtcacatacaagagttgatgataaagcactccatgtaatctcaaagagttgttgtgggcttttgcaactgttactggaattttgtaaag 305  Q
    || |||| ||| ||| ||||||  |||||| || || ||||  || | ||||| |||| ||||||||||||||||| | | ||||| |||   ||||| |    
T  14820762 gtgttgaacttatcaaatacaaaggttgataatgaaacactttatatgatctccaagaattgttgtgggcttttgcgattattacttgaaaaatgtaatg 14820663  T
Q  306 gtgtcacagtgaagggagtgaagtatgtgatgaaaaactgtacaca 351  Q
     |||||||| |||||| |||||  ||||| | |||||||| |||||    
T  14820662 atgtcacagagaagggtgtgaaacatgtggtaaaaaactgcacaca 14820617  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 201 - 285
Target Start/End: Original strand, 10579761 - 10579845
Alignment:
Q  201 tggaggtattgagcttgtcacatacaagagttgatgataaagcactccatgtaatctcaaagagttgttgtgggcttttgcaact 285  Q
    ||||||| |||| ||||||| |||||| ||||||||||||| ||||| ||   |||||||||| ||||||| |||||||| ||||    
T  10579761 tggaggtgttgaacttgtcatatacaaaagttgatgataaaacactctattcgatctcaaagaattgttgtcggcttttggaact 10579845  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 175 - 285
Target Start/End: Complemental strand, 6410106 - 6409996
Alignment:
Q  175 tggaatgaactttgatgtttcaaaattggaggtattgagcttgtcacatacaagagttgatgataaagcactccatgtaatctcaaagagttgttgtggg 274  Q
    ||||||||||||||| ||| | ||  || |||| |||| || |||| ||||||| ||||||||| || | ||  |||| |||||||||| ||||||| ||    
T  6410106 tggaatgaactttgaagttcccaagctgaaggtgttgaactagtcaaatacaagcgttgatgatgaaactctttatgtgatctcaaagaattgttgtcgg 6410007  T
Q  275 cttttgcaact 285  Q
    |||||||||||    
T  6410006 cttttgcaact 6409996  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 178 - 268
Target Start/End: Complemental strand, 28935146 - 28935056
Alignment:
Q  178 aatgaactttgatgtttcaaaattggaggtattgagcttgtcacatacaagagttgatgataaagcactccatgtaatctcaaagagttgt 268  Q
    |||||| ||||||||| |  || | ||||| |||| ||||||||||||||||||||| ||| ||||||||  ||| || ||||||||||||    
T  28935146 aatgaagtttgatgttccccaactcgaggtgttgaacttgtcacatacaagagttgacgatgaagcactcagtgtgatttcaaagagttgt 28935056  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #17
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 254 - 327
Target Start/End: Complemental strand, 6426532 - 6426459
Alignment:
Q  254 atctcaaagagttgttgtgggcttttgcaactgttactggaattttgtaaaggtgtcacagtgaagggagtgaa 327  Q
    |||||||||| ||||||| || |||||||| | ||||| |||  |||||||||||||||| ||||||| |||||    
T  6426532 atctcaaagaattgttgtcggattttgcaattattacttgaaaattgtaaaggtgtcacaatgaagggtgtgaa 6426459  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #18
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 110 - 303
Target Start/End: Original strand, 7994116 - 7994309
Alignment:
Q  110 gttttaaggagacgttgtaagattagacatttgaacttagctggttgtttaggagtgaatttgcgtggaatgaactttgatgtttcaaaattggaggtat 209  Q
    |||||||||| | |||||||||| || ||||||||| |||| | ||||  | |||||||  | |  |||||||||||||  ||| | ||  | ||||| |    
T  7994116 gttttaaggaaatgttgtaagatcaggcatttgaacatagccgattgtacaagagtgaagctactaggaatgaactttgtagttccgaagctagaggtgt 7994215  T
Q  210 tgagcttgtcacatacaagagttgatgataaagcactccatgtaatctcaaagagttgttgtgggcttttgcaactgttactggaattttgtaa 303  Q
    ||| | ||||| ||||||| ||| ||||  || ||||  |||| |||||||||| ||||| ||| ||||||||||| ||||| ||| |||||||    
T  7994216 tgaacatgtcaaatacaagggttaatgacgaaacactatatgtgatctcaaagaattgttctggacttttgcaactattacttgaactttgtaa 7994309  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #19
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 254 - 292
Target Start/End: Complemental strand, 19632460 - 19632422
Alignment:
Q  254 atctcaaagagttgttgtgggcttttgcaactgttactg 292  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||    
T  19632460 atctcaaagaattgttgtgggcttttgcaactcttactg 19632422  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #20
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 106 - 147
Target Start/End: Original strand, 8913914 - 8913955
Alignment:
Q  106 tcaagttttaaggagacgttgtaagattagacatttgaactt 147  Q
    |||||||||||| ||| |||||||||||| ||||||||||||    
T  8913914 tcaagttttaagaagatgttgtaagattaaacatttgaactt 8913955  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #21
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 175 - 267
Target Start/End: Complemental strand, 12102366 - 12102274
Alignment:
Q  175 tggaatgaactttgatgtttcaaaattggaggtattgagcttgtcacatacaagagttgatgataaagcactccatgtaatctcaaagagttg 267  Q
    |||| |||||||||| ||| | ||| ||||||| |||| ||||||||||||| |||||||| |  ||| |||| || | || |||||||||||    
T  12102366 tggattgaactttgaagttcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacatgagttgataacgaagaactctatctgatttcaaagagttg 12102274  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 60; Significance: 2e-25; HSPs: 7)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 48 - 333
Target Start/End: Complemental strand, 32267699 - 32267417
Alignment:
Q  48 ccaatttgcagctgcttgatgtgagagaatgcgaccacatatctgacgaaggtgttattcaagttttaaggagacgttgtaagattagacatttgaactt 147  Q
    |||||||||||||||||||| ||||  | ||    | ||||||||| |||||| |  ||||| ||||||||| | ||||||| |||||||||||||||||    
T  32267699 ccaatttgcagctgcttgatttgagcaattgttgtcgcatatctgaagaaggtatcgttcaatttttaaggatatgttgtaacattagacatttgaactt 32267600  T
Q  148 agctggttgtttaggagtgaatttgcgtggaatgaactttgatgtttcaaaattggaggtattgagcttgtcacatacaagagttgatgataaagcactc 247  Q
    | |    |||| |  ||||||    |  | |||||||||||| ||| | |||||||||||||||| ||||||||| |||| |||||||||| |||||||     
T  32267599 atcccagtgttcaacagtgaa---actagaaatgaactttgaagttcccaaattggaggtattgaacttgtcacaaacaatagttgatgatgaagcactt 32267503  T
Q  248 catgtaatctcaaagagttgttgtgggcttttgcaactgttactggaattttgtaaaggtgtcacagtgaagggagtgaagtatgt 333  Q
     || | ||||||||||||||||||||||||||| || ||| |||  ||  |||||| | | |||||  ||||||||||||| ||||    
T  32267502 tatatgatctcaaagagttgttgtgggcttttgaaattgtcacttaaaaattgtaatgatatcacaaagaagggagtgaagcatgt 32267417  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 29 - 291
Target Start/End: Original strand, 41889407 - 41889669
Alignment:
Q  29 atgttttcttctattttccccaatttgcagctgcttgatgtgagagaatgcgaccacatatctgacgaaggtgttattcaagttttaaggagacgttgta 128  Q
    |||||| |||| |||||||| ||||||||||| |||||| ||||  | ||    | ||||| ||| |||||| ||| |||||||||||||| | ||||||    
T  41889407 atgtttgcttccattttccctaatttgcagctacttgatttgagcaattgttgtcgcatatttgatgaaggtattactcaagttttaaggatatgttgta 41889506  T
Q  129 agattagacatttgaacttagctggttgtttaggagtgaatttgcgtggaatgaactttgatgtttcaaaattggaggtattgagcttgtcacatacaag 228  Q
    | |||||| ||||||||||| | || |||| |  ||||||  | | || |||||||||| | ||| | ||||||||||| |||| ||| ||| ||||||     
T  41889507 acattagatatttgaacttatccggatgttcaatagtgaagctacttgaaatgaactttaaagttcccaaattggaggtgttgaacttatcatatacaaa 41889606  T
Q  229 agttgatgataaagcactccatgtaatctcaaagagttgttgtgggcttttgcaactgttact 291  Q
    |||||||||| || ||||  ||   ||||||||||||||||| ||||||| | || |||||||    
T  41889607 agttgatgatgaaacactttataagatctcaaagagttgttgcgggctttcgaaattgttact 41889669  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 183 - 348
Target Start/End: Original strand, 41901542 - 41901707
Alignment:
Q  183 actttgatgtttcaaaattggaggtattgagcttgtcacatacaagagttgatgataaagcactccatgtaatctcaaagagttgttgtgggcttttgca 282  Q
    ||||||| ||| | ||| ||||||| |||| ||||||| |||||| |||||||||| |||||||  || | |||||||||||||||||||| |||||| |    
T  41901542 actttgaagttcccaaactggaggtgttgaacttgtcatatacaaaagttgatgatgaagcactttatatgatctcaaagagttgttgtggacttttgaa 41901641  T
Q  283 actgttactggaattttgtaaaggtgtcacagtgaagggagtgaagtatgtgatgaaaaactgtac 348  Q
    | ||| |||  ||  |||||| | |||||||  ||||||||||||| ||||| |  ||||||||||    
T  41901642 attgtcacttcaagattgtaatgatgtcacaaagaagggagtgaagcatgtggtagaaaactgtac 41901707  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 36 - 148
Target Start/End: Original strand, 41901398 - 41901510
Alignment:
Q  36 cttctattttccccaatttgcagctgcttgatgtgagagaatgcgaccacatatctgacgaaggtgttattcaagttttaaggagacgttgtaagattag 135  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||  | ||    | ||||| ||| |||||| || |||||||||||||||   ||||||| |||||    
T  41901398 cttccattttccccaatttgcagctgcttgatttgagcaattgttgtcgcatatttgaagaaggtattgttcaagttttaaggatgtgttgtaacattag 41901497  T
Q  136 acatttgaactta 148  Q
    |||||||||||||    
T  41901498 acatttgaactta 41901510  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 214 - 285
Target Start/End: Complemental strand, 37937948 - 37937877
Alignment:
Q  214 cttgtcacatacaagagttgatgataaagcactccatgtaatctcaaagagttgttgtgggcttttgcaact 285  Q
    |||| ||||||||||| |||||||| || ||||| |||||||||||||||  ||| ||||||||||||||||    
T  37937948 cttgacacatacaagaattgatgatcaaacactctatgtaatctcaaagatgtgtcgtgggcttttgcaact 37937877  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 214 - 345
Target Start/End: Original strand, 38267594 - 38267725
Alignment:
Q  214 cttgtcacatacaagagttgatgataaagcactccatgtaatctcaaagagttgttgtgggcttttgcaactgttactggaattttgtaaaggtgtcaca 313  Q
    |||| |||||||||||||||||||| |  ||||| |||||||||||||||  ||  ||||||||||| ||||||  ||| || ||||||    ||||||     
T  38267594 cttgacacatacaagagttgatgatgacacactctatgtaatctcaaagacgtgccgtgggcttttgaaactgtcgctgcaactttgtacgaatgtcacc 38267693  T
Q  314 gtgaagggagtgaagtatgtgatgaaaaactg 345  Q
    | ||||||||||| | ||||| | ||||||||    
T  38267694 gagaagggagtgatgcatgtggtcaaaaactg 38267725  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 233 - 326
Target Start/End: Complemental strand, 12845635 - 12845542
Alignment:
Q  233 gatgataaagcactccatgtaatctcaaagagttgttgtgggcttttgcaactgttactggaattttgtaaaggtgtcacagtgaagggagtga 326  Q
    |||||| |||||||  ||| ||||||||||||||||||||| || |||||| ||   ||||||  |||||| | ||| |||| |||||||||||    
T  12845635 gatgatgaagcactatatgcaatctcaaagagttgttgtggtctattgcaattggacctggaaaattgtaatgatgttacagagaagggagtga 12845542  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 60; Significance: 2e-25; HSPs: 4)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 110 - 285
Target Start/End: Original strand, 45245019 - 45245194
Alignment:
Q  110 gttttaaggagacgttgtaagattagacatttgaacttagctggttgtttaggagtgaatttgcgtggaatgaactttgatgtttcaaaattggaggtat 209  Q
    |||||||||||| ||||||| ||||| ||||| ||||||| | | |||| | || || | || |||||||| |||||||| ||| ||||| | ||||| |    
T  45245019 gttttaaggagatgttgtaacattaggcatttaaacttagtttgctgttcaagactggaattacgtggaataaactttgaagttccaaaacttgaggtgt 45245118  T
Q  210 tgagcttgtcacatacaagagttgatgataaagcactccatgtaatctcaaagagttgttgtgggcttttgcaact 285  Q
    |||  |||||| | ||||  ||||||||| || |||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  45245119 tgaatttgtcagagacaatggttgatgatgaaacactccatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttgcaact 45245194  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 54; E-Value: 7e-22
Query Start/End: Original strand, 30 - 295
Target Start/End: Original strand, 1037518 - 1037783
Alignment:
Q  30 tgttttcttctattttccccaatttgcagctgcttgatgtgagagaatgcgaccacatatctgacgaaggtgttattcaagttttaaggagacgttgtaa 129  Q
    ||||| |||| |||||||||||||||||  | |||||| ||||    ||| |  |||||||||| |||||| ||  | |||||||||||||| |||||||    
T  1037518 tgtttgcttccattttccccaatttgcaatttcttgatttgagctcctgccataacatatctgaagaaggtatttgtgaagttttaaggagatgttgtaa 1037617  T
Q  130 gattagacatttgaacttagctggttgtttaggagtgaatttgcgtggaatgaactttgatgtttcaaaattggaggtattgagcttgtcacatacaaga 229  Q
    | ||||||||||||| |||||    | || | |||||||  | | | |||| |||||| | ||| |  |||| ||||| || | ||||||||||||| |     
T  1037618 ggttagacatttgaatttagcctactattcaagagtgaaactacttagaataaactttaaagttcctgaattagaggtgtttaacttgtcacatacatgt 1037717  T
Q  230 gttgatgataaagcactccatgtaatctcaaagagttgttgtgggcttttgcaactgttactggaa 295  Q
    ||||||||| || ||||| || | |||||||||| ||||||||||||||| |||||||| ||||||    
T  1037718 gttgatgatgaaacactctatatgatctcaaagaattgttgtgggcttttacaactgtttctggaa 1037783  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 203 - 290
Target Start/End: Original strand, 32785799 - 32785886
Alignment:
Q  203 gaggtattgagcttgtcacatacaagagttgatgataaagcactccatgtaatctcaaagagttgttgtgggcttttgcaactgttac 290  Q
    ||||| |||| |||||||||||||||| |||||||| |||||||  |||| |||||||  |||| |  |||||||||| |||||||||    
T  32785799 gaggtgttgaacttgtcacatacaagaattgatgatgaagcactttatgtgatctcaataagttttcatgggcttttgaaactgttac 32785886  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 12 - 144
Target Start/End: Original strand, 32785611 - 32785740
Alignment:
Q  12 gagatgaaagcctcgtgatgttttcttctattttccccaatttgcagctgcttgatgtgagagaatgcgaccacatatctgacgaaggtgttattcaagt 111  Q
    ||||||||||| ||  ||||||||||||||||||  |||||||||| || |||||| ||||  | ||| |  |||||||||| |||||| ||  |||| |    
T  32785611 gagatgaaagcatcaggatgttttcttctattttttccaatttgcaactacttgatttgagctattgctataacatatctgaagaaggtatttgtcaatt 32785710  T
Q  112 tttaaggagacgttgtaagattagacatttgaa 144  Q
    ||||   ||| ||| ||||||||||||||||||    
T  32785711 ttta---agatgttctaagattagacatttgaa 32785740  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 56; Significance: 5e-23; HSPs: 3)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 56; E-Value: 5e-23
Query Start/End: Original strand, 106 - 301
Target Start/End: Original strand, 15092081 - 15092276
Alignment:
Q  106 tcaagttttaaggagacgttgtaagattagacatttgaacttagctggttgtttaggagtgaatttgcgtggaatgaactttgatgtttcaaaattggag 205  Q
    |||||||||||||| | ||| |||| ||| ||||||||||||| |||| |||||| | |||||  | | ||||||||||||||  ||| |  |  |||||    
T  15092081 tcaagttttaaggaaatgttataagcttaaacatttgaacttaactggatgtttaagtgtgaaactacatggaatgaactttgcagttcccgagctggag 15092180  T
Q  206 gtattgagcttgtcacatacaagagttgatgataaagcactccatgtaatctcaaagagttgttgtgggcttttgcaactgttactggaattttgt 301  Q
    || ||||  |||||| | ||||  ||| |||||||| ||||| |||  |||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||    
T  15092181 gtgttgaatttgtcagaaacaaaggttaatgataaaacactctatgcgatctcaaagaattgttgtgggcttttgcaactattacttgaattttgt 15092276  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 51; E-Value: 5e-20
Query Start/End: Original strand, 89 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 7977764 - 7977606
Alignment:
Q  89 tctgacgaaggtgttattcaagttttaaggagacgttgtaagattagacatttgaacttagctggttgtttaggagtgaatttgcgtggaatgaactttg 188  Q
    ||||| |||||| ||  |||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||| ||||  |||||| | | |||||| | ||||||||||| || |    
T  7977764 tctgaagaaggtattggtcaagttttaaggagatgttgtaacattagacatttaaacctagcctgttgttcaagggtgaatctacgtggaatgaaattcg 7977665  T
Q  189 atgtttcaaaattggaggtattgagcttgtcacatacaagagttgatgataaagcactc 247  Q
    | ||||  ||| | ||||  |||| |||||||||||||| ||||||||||||| |||||    
T  7977664 acgtttgcaaactcgaggctttgaacttgtcacatacaacagttgatgataaaacactc 7977606  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 46; E-Value: 4e-17
Query Start/End: Original strand, 106 - 291
Target Start/End: Complemental strand, 10614762 - 10614577
Alignment:
Q  106 tcaagttttaaggagacgttgtaagattagacatttgaacttagctggttgtttaggagtgaatttgcgtggaatgaactttgatgtttcaaaattggag 205  Q
    |||||||||||||| | ||||||||||||| ||||||||||||||   ||||  |  ||||||  | | |||||||||| ||| |||| | ||  |||||    
T  10614762 tcaagttttaaggatatgttgtaagattaggcatttgaacttagcctattgtaaaaaagtgaagctacttggaatgaacgttgttgttcccaatctggag 10614663  T
Q  206 gtattgagcttgtcacatacaagagttgatgataaagcactccatgtaatctcaaagagttgttgtgggcttttgcaactgttact 291  Q
    || |||| ||||||| |||| |  ||| |||||||| ||||| |||| ||||| ||||  ||| |||||||||||||||| |||||    
T  10614662 gtgttgaacttgtcaaatacgaaggttaatgataaaacactctatgtgatctcgaagaactgtagtgggcttttgcaactattact 10614577  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 51; Significance: 5e-20; HSPs: 7)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 51; E-Value: 5e-20
Query Start/End: Original strand, 209 - 403
Target Start/End: Original strand, 29658929 - 29659123
Alignment:
Q  209 ttgagcttgtcacatacaagagttgatgataaagcactccatgtaatctcaaagagttgttgtgggcttttgcaactgttactggaattttgtaaaggtg 308  Q
    |||| ||||||| |||| | |||||||||||||||||||||| | || |||| |||||||||||| ||||||||| |||||||||||| |||||    ||    
T  29658929 ttgaacttgtcatataccaaagttgatgataaagcactccatatcatatcaacgagttgttgtggccttttgcaattgttactggaatgttgtacgaatg 29659028  T
Q  309 tcacagtgaagggagtgaagtatgtgatgaaaaactgtacacaaccgagggaggtcaatttaaggggttgtgatcaagtgtatgctaattttgtt 403  Q
    |||||| ||| ||||| ||  ||||| |  ||||||| || |||| ||  ||| ||||||| ||   ||||||||||||| | |||||| |||||    
T  29659029 tcacagagaatggagtaaaacatgtggttcaaaactgcacgcaactgactgagatcaatttgagatattgtgatcaagtgaaagctaatgttgtt 29659123  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 209 - 369
Target Start/End: Original strand, 29718956 - 29719116
Alignment:
Q  209 ttgagcttgtcacatacaagagttgatgataaagcactccatgtaatctcaaagagttgttgtgggcttttgcaactgttactggaattttgtaaaggtg 308  Q
    |||| ||||||| |||| |  |||||||||||| |||||||| | || |||| |||||||||||| ||||||||| |||||||||||  |||||    ||    
T  29718956 ttgaacttgtcatataccaacgttgatgataaatcactccatatcatatcaacgagttgttgtggccttttgcaattgttactggaaagttgtatgaatg 29719055  T
Q  309 tcacagtgaagggagtgaagtatgtgatgaaaaactgtacacaaccgagggaggtcaattt 369  Q
    |||||| ||| ||||||||  ||||| |  ||||||| |  |||| ||||||| |||||||    
T  29719056 tcacagagaatggagtgaaacatgtggttcaaaactgcaagcaactgagggagatcaattt 29719116  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 209 - 292
Target Start/End: Complemental strand, 7554554 - 7554471
Alignment:
Q  209 ttgagcttgtcacatacaagagttgatgataaagcactccatgtaatctcaaagagttgttgtgggcttttgcaactgttactg 292  Q
    |||| ||| ||| ||||||| ||||||||| |||||||| || | ||||||||||||||| |||| ||||| ||||||||||||    
T  7554554 ttgaacttatcatatacaagtgttgatgatgaagcactctatatgatctcaaagagttgtggtggacttttacaactgttactg 7554471  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 29 - 280
Target Start/End: Original strand, 19468355 - 19468603
Alignment:
Q  29 atgttttcttctattttccccaatttgcagctgcttgatgtgagagaatgcgaccacatatctgacgaaggtgttattcaagttttaaggagacgttgta 128  Q
    |||||| |||| ||||| ||||||||||||||||||||| |||    |||| |||||||||| ||   |||  ||  |||||||||||||||  ||| ||    
T  19468355 atgtttgcttccatttttcccaatttgcagctgcttgatttgaactcatgcaaccacatatcgga---aggcatttgtcaagttttaaggaggtgttcta 19468451  T
Q  129 agattagacatttgaacttagctggttgtttaggagtgaatttgcgtggaatgaactttgatgtttcaaaattggaggtattgagcttgtcacatacaag 228  Q
    | ||||| ||||| ||||||||    |||| | |||||||| | | |||| |||||||||  ||| | ||  ||||||| ||||  |||||| ||||||     
T  19468452 atattaggcatttaaacttagcccactgttcaagagtgaatctacttggagtgaactttgtagttcccaagctggaggtgttgaagttgtcagatacaaa 19468551  T
Q  229 agttgatgataaagcactccatgtaatctcaaagagttgttgtgggcttttg 280  Q
     ||||||||| || ||||  |||| ||||||||||  |||||||| ||||||    
T  19468552 ggttgatgatgaaacactttatgtgatctcaaagaactgttgtggacttttg 19468603  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 178 - 274
Target Start/End: Complemental strand, 52082678 - 52082582
Alignment:
Q  178 aatgaactttgatgtttcaaaattggaggtattgagcttgtcacatacaagagttgatgataaagcactccatgtaatctcaaagagttgttgtggg 274  Q
    |||||||||| | ||||| ||||||||||| |||| ||||||| | |||| | |||||||| || || |  |||| |||||||||||||||||||||    
T  52082678 aatgaactttcaagtttccaaattggaggtgttgaacttgtcaaagacaaaaattgatgatgaaacattgtatgtgatctcaaagagttgttgtggg 52082582  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 29 - 67
Target Start/End: Complemental strand, 9581314 - 9581276
Alignment:
Q  29 atgttttcttctattttccccaatttgcagctgcttgat 67  Q
    |||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  9581314 atgtttgcttcaattttccccaatttgcagctgcttgat 9581276  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 29 - 67
Target Start/End: Complemental strand, 9586882 - 9586844
Alignment:
Q  29 atgttttcttctattttccccaatttgcagctgcttgat 67  Q
    |||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  9586882 atgtttgcttcaattttccccaatttgcagctgcttgat 9586844  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0295 (Bit Score: 44; Significance: 7e-16; HSPs: 1)
Name: scaffold0295
Description:

Target: scaffold0295; HSP #1
Raw Score: 44; E-Value: 7e-16
Query Start/End: Original strand, 84 - 295
Target Start/End: Original strand, 532 - 743
Alignment:
Q  84 acatatctgacgaaggtgttattcaagttttaaggagacgttgtaagattagacatttgaacttagctggttgtttaggagtgaatttgcgtggaatgaa 183  Q
    |||||||||| |||||| ||  | ||||| |||||||| ||||||||  |||||||||||| |||||    |||| | |||||||  | | | |||| ||    
T  532 acatatctgaagaaggtatttgtgaagttctaaggagatgttgtaaggctagacatttgaatttagcctactgttcaagagtgaaactacttagaataaa 631  T
Q  184 ctttgatgtttcaaaattggaggtattgagcttgtcacatacaagagttgatgataaagcactccatgtaatctcaaagagttgttgtgggcttttgcaa 283  Q
    |||| | ||| |  |||| ||||| || | ||||||||||||||| || |||||| || ||||| || | ||||| |||| |||||||||||| || |||    
T  632 ctttaaagttcctgaattagaggtgtttaacttgtcacatacaagtgtcgatgatgaaacactctatatgatctcgaagaattgttgtgggctattacaa 731  T
Q  284 ctgttactggaa 295  Q
    ||||||||||||    
T  732 ctgttactggaa 743  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0807 (Bit Score: 37; Significance: 0.00000000001; HSPs: 1)
Name: scaffold0807
Description:

Target: scaffold0807; HSP #1
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 106 - 150
Target Start/End: Original strand, 1394 - 1438
Alignment:
Q  106 tcaagttttaaggagacgttgtaagattagacatttgaacttagc 150  Q
    |||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||    
T  1394 tcaagttttaaggagatgttataagattagacatttgaacttagc 1438  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0014 (Bit Score: 34; Significance: 0.0000000006; HSPs: 1)
Name: scaffold0014
Description:

Target: scaffold0014; HSP #1
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 111 - 148
Target Start/End: Complemental strand, 88980 - 88943
Alignment:
Q  111 ttttaaggagacgttgtaagattagacatttgaactta 148  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  88980 ttttaaggagatgttgtaagattagacatttgaactta 88943  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0041 (Bit Score: 31; Significance: 0.00000004; HSPs: 1)
Name: scaffold0041
Description:

Target: scaffold0041; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 249 - 295
Target Start/End: Complemental strand, 39210 - 39164
Alignment:
Q  249 atgtaatctcaaagagttgttgtgggcttttgcaactgttactggaa 295  Q
    |||| ||||||||||||||| ||||||||||||| ||| ||||||||    
T  39210 atgtgatctcaaagagttgtagtgggcttttgcacctgatactggaa 39164  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University