View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16006_low_19 (Length: 444)

Name: NF16006_low_19
Description: NF16006
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16006_low_19
NF16006_low_19
[»] chr3 (13 HSPs)
chr3 (1-427)||(5455199-5455627)
chr3 (1-427)||(5446637-5447065)
chr3 (5-427)||(5503189-5503613)
chr3 (5-427)||(5490376-5490800)
chr3 (5-427)||(5853657-5854081)
chr3 (10-427)||(5526026-5526448)
chr3 (5-320)||(5485062-5485379)
chr3 (5-362)||(5848356-5848715)
chr3 (57-427)||(5802013-5802383)
chr3 (6-363)||(5827628-5827987)
chr3 (127-427)||(20343819-20344119)
chr3 (354-427)||(5484982-5485055)
chr3 (5-46)||(5801953-5801994)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (1-427)||(25808747-25809175)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 406; Significance: 0; HSPs: 13)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 406; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 427
Target Start/End: Complemental strand, 5455627 - 5455199
Alignment:
Q  1 gagcagggtcatggaatggatttcttttcactggtgtttcttggcaaagaatgca--gagtcttgaatttctcagtaatgttcactgacaaagaaatctc 98  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5455627 gagcagggtcatggaatggatttcttttcactggtgtttcttggcaaagaatgcatagagtcttgaatttctcagtaatgttcactgacaaagaaatctc 5455528  T
Q  99 ttacgaatatgaaaccttgaacagttcaattattactagagtggtgctagacccaaatggattatcacaacgtttacaatggacagataggacacagaat 198  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5455527 ttacgaatatgaaaccttgaacagttcaattattactagagtggtactagacccaaatggattatcacaacgtttacaatggacagataggacacagaat 5455428  T
Q  199 tgggaagctttagcgaatcgtcctgcagaccagtgtgatgcttatgccttttgtggtatcaattctaactgcaatattaatgactttccaatatgtgaat 298  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5455427 tgggaagctttagcgaatcgtcctgcagaccagtgtgatgcttatgccttttgtggtatcaattctaactgcaatattaatgactttccaatatgtgaat 5455328  T
Q  299 gtttggaaggtttcatgccaaaatttcaaccaaagtgggagtcatcagattggtctggtgggtgtgtaaggaaaacacattgaaattgtctccatgtaga 398  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||    
T  5455327 gtttggaaggtttcatgccaaaatttcaaccaaagtgggagtcatcagattggtctggtgggtgtgtaaggaaaacacatttaaattgtctccatggaga 5455228  T
Q  399 tggatttttaccgtacacaaacatgaagt 427  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  5455227 tggatttttaccgtacacaaacatgaagt 5455199  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 314; E-Value: 1e-177
Query Start/End: Original strand, 1 - 427
Target Start/End: Complemental strand, 5447065 - 5446637
Alignment:
Q  1 gagcagggtcatggaatggatttcttttcactggtgtttcttggcaaagaatgca--gagtcttgaatttctcagtaatgttcactgacaaagaaatctc 98  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  ||||| |||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||    
T  5447065 gagcagggtcatggaatggatttcttttcactggtgtttcttggcaaagagtgcatagagtcatgaatttctctgtaatattcactgacaaagaaatctc 5446966  T
Q  99 ttacgaatatgaaaccttgaacagttcaattattactagagtggtgctagacccaaatggattatcacaacgtttacaatggacagataggacacagaat 198  Q
    |||| |||||||||| |||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||| ||||||| ||    
T  5446965 ttaccaatatgaaactttgagcagttcaattattactagagtcgtgctagacccaaatggaatatcacaacgcttacaatggacagataagacacaggat 5446866  T
Q  199 tgggaagctttagcgaatcgtcctgcagaccagtgtgatgcttatgccttttgtggtatcaattctaactgcaatattaatgactttccaatatgtgaat 298  Q
    ||||  |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||    
T  5446865 tgggcggctttagccaaacgtcctgcagaccagtgtgatgcttataccttttgtggtatcaattctaactgcaatatgaatgactttccaatatgtgtat 5446766  T
Q  299 gtttggaaggtttcatgccaaaatttcaaccaaagtgggagtcatcagattggtctggtgggtgtgtaaggaaaacacattgaaattgtctccatgtaga 398  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||  ||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||| |||    
T  5446765 gtttggaaggtttcaggccaaaatttcaactgaagtgggaggcatcagattggtctggtgggtgcgtaaggaaaacacatttaaattgtctccatggaga 5446666  T
Q  399 tggatttttaccgtacacaaacatgaagt 427  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  5446665 tggatttttaccgtacacaaacatgaagt 5446637  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 222; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 5 - 427
Target Start/End: Complemental strand, 5503613 - 5503189
Alignment:
Q  5 agggtcatggaatggatttcttttcactggtgtttcttggcaaagaatgc--agagtcttgaatttctcagtaatgttcactgacaaagaaatctcttac 102  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||  ||||||||||||||||||||| |  |||| ||||||||| |||||||     
T  5503613 agggtcatggaatggatttcttttcactggtgtttcttggcaaagactgcgtagagtcttgaatttctcagtagtagtcaccgacaaagaattctcttat 5503514  T
Q  103 gaatatgaaaccttgaacagttcaattattactagagtggtgctagacccaaatggattatcacaacgtttacaatggacagataggacacagaattggg 202  Q
     |||||||||| || ||||||||||||| ||||||| |||||||||| ||| |||||   ||||||||||| |||||| ||||||||||||||| |||||    
T  5503513 caatatgaaactttaaacagttcaattaatactagattggtgctagatccatatggaacttcacaacgttttcaatggtcagataggacacagatttggg 5503414  T
Q  203 aagctttagcgaatcgtcctgcagaccagtgtgatgcttatgccttttgtggtatcaattctaactgcaatattaatgactttccaatatgtgaatgttt 302  Q
    | ||| ||     || |||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| ||||||||||||||||  | ||  |||||||||||||||||| ||    
T  5503413 aggctatatatgctcttcctgcagaccagtgtgatgcttatgacttgtgtggtaacaattctaactgcaatggtgatatctttccaatatgtgaatgctt 5503314  T
Q  303 ggaaggtttcatgccaaaatttcaaccaaagtgggagtcatcagattggtctggtgggtgtgtaaggaaaacacattgaaattgtctccatgtagatgga 402  Q
     ||||||||| ||||||||| ||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||  |||||||||||| || ||||||||||||||  ||||||    
T  5503313 agaaggtttcgtgccaaaatctcaaccagagtgggagtcatcaaattggtctggtgggtgcataaggaaaacacgtttaaattgtctccatggcgatgga 5503214  T
Q  403 tttttaccgtacacaaacatgaagt 427  Q
    |||||||||||||||||||||||||    
T  5503213 tttttaccgtacacaaacatgaagt 5503189  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 218; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 5 - 427
Target Start/End: Complemental strand, 5490800 - 5490376
Alignment:
Q  5 agggtcatggaatggatttcttttcactggtgtttcttggcaaagaatgca--gagtcttgaatttctcagtaatgttcactgacaaagaaatctcttac 102  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||| ||||  |||||||||||||||| ||| || |||||||||||||| |||||||     
T  5490800 agggtcatggaatggatttcttttcaccggtgtttcttggctaagactgcatagagtcttgaatttctcggtagtggtcactgacaaagaattctcttat 5490701  T
Q  103 gaatatgaaaccttgaacagttcaattattactagagtggtgctagacccaaatggattatcacaacgtttacaatggacagataggacacagaattggg 202  Q
     |||||||||| || ||||||||||||| ||||||| |||||||||| ||| |||||   |||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||    
T  5490700 caatatgaaactttaaacagttcaattaatactagattggtgctagatccatatggaacttcacaacgtttacaatggtcagataggacacagatttggg 5490601  T
Q  203 aagctttagcgaatcgtcctgcagaccagtgtgatgcttatgccttttgtggtatcaattctaactgcaatattaatgactttccaatatgtgaatgttt 302  Q
    | ||| ||     || |||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| ||||||||||||||||  | ||  |||||||||||||||||| ||    
T  5490600 aggctatatattctcttcctgcagaccagtgtgatgcttatgacttgtgtggtaacaattctaactgcaatggtgatatctttccaatatgtgaatgctt 5490501  T
Q  303 ggaaggtttcatgccaaaatttcaaccaaagtgggagtcatcagattggtctggtgggtgtgtaaggaaaacacattgaaattgtctccatgtagatgga 402  Q
     ||||||||||||||||||||||||| | ||||||| |||||| ||||||||||||| ||| |||| ||||||| || ||||||||||||||  ||||||    
T  5490500 agaaggtttcatgccaaaatttcaactagagtgggattcatcaaattggtctggtggatgtctaagaaaaacacgtttaaattgtctccatggcgatgga 5490401  T
Q  403 tttttaccgtacacaaacatgaagt 427  Q
    |||||||||||||||||||||||||    
T  5490400 tttttaccgtacacaaacatgaagt 5490376  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 218; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 5 - 427
Target Start/End: Original strand, 5853657 - 5854081
Alignment:
Q  5 agggtcatggaatggatttcttttcactggtgtttcttggcaaagaatgca--gagtcttgaatttctcagtaatgttcactgacaaagaaatctcttac 102  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||     
T  5853657 agggtcatggaatggatttcttttcactggtgtttcttggcaaagaatgcacagagtcttgaatttctcagtaatgttcactgacaaagaattctcttat 5853756  T
Q  103 gaatatgaaaccttgaacagttcaattattactagagtggtgctagacccaaatggattatcacaacgtttacaatggacagataggacacagaattggg 202  Q
     ||||||||||  ||||| ||||||||||||||||| ||| |||||| |||   |||   ||||||||| | | |||| |||||| |||||| | |||||    
T  5853757 caatatgaaactatgaaccgttcaattattactagaatggagctagatccatccggaaattcacaacgtcttctatggtcagatacgacacaaatttggg 5853856  T
Q  203 aagctttagcgaatcgtcctgcagaccagtgtgatgcttatgccttttgtggtatcaattctaactgcaatattaatgactttccaatatgtgaatgttt 302  Q
    | ||| || |   ||||||||||||||| ||||||  ||||||||| || |||||||| ||||||||||||| |||| ||||||||| ||||||||| ||    
T  5853857 aggctatatcttctcgtcctgcagaccaatgtgataattatgccttgtgcggtatcaactctaactgcaatagtaataactttccaacatgtgaatgctt 5853956  T
Q  303 ggaaggtttcatgccaaaatttcaaccaaagtgggagtcatcagattggtctggtgggtgtgtaaggaaaacacattgaaattgtctccatgtagatgga 402  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||  || ||||||| || ||| ||||||     
T  5853957 ggaaggtttcatgccaaaatttcaaccagagtgggagtcatcaaattggtctggtgggtgtgtaaggaaaacaagtttaaattgtgtctatggagatggg 5854056  T
Q  403 tttttaccgtacacaaacatgaagt 427  Q
    |||||||| ||| ||||||||||||    
T  5854057 tttttaccatacgcaaacatgaagt 5854081  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 170; E-Value: 4e-91
Query Start/End: Original strand, 10 - 427
Target Start/End: Complemental strand, 5526448 - 5526026
Alignment:
Q  10 catggaatggatttcttttcactggtgtttcttggcaaagaatgc--agagtcttgaatttctcagtaatgttcactgacaaagaaatctcttacgaata 107  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||  | | ||||||||  ||   ||||||||||||||||||||| | |||| |||||||||| |||||||  ||||    
T  5526448 catggaatggatttcttttcagtggttctccctggcaaagtttgtctagagtcttgaatttctcagtagttttcagtgacaaagaagtctcttatcaata 5526349  T
Q  108 tgaaaccttgaacagttcaattattactagagtggtgctagacccaaatggattatcacaacgtttacaatggacagataggacacagaattgggaagct 207  Q
    |||||| |||||||||||||||| ||||||| ||||||||||  |||| ||| | ||||||||| | |||||| ||||||||||||| | |||||| |||    
T  5526348 tgaaactttgaacagttcaattaatactagactggtgctagattcaaacggaatttcacaacgtcttcaatggtcagataggacacaaacttgggaggct 5526249  T
Q  208 ttagcgaatcgtcctgcagaccagtgtgatgcttatgccttttgtggtatcaattctaactgcaatattaatgactttccaatatgtgaatgtttggaag 307  Q
     || |   |||||||| ||||||||||||| |||||| |  |||||||||||||||||| |||||| || ||  ||||||||||||| |||| |||||||    
T  5526248 atatcttctcgtcctgtagaccagtgtgatccttatgacacttgtggtatcaattctaattgcaatgttgatatctttccaatatgtaaatgcttggaag 5526149  T
Q  308 gtttcatgccaaaatttcaaccaaagtgggagtcatcagattggtctggtgggtgtgtaaggaaaacacattgaaattgtct---ccatgtagatggatt 404  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||| |||  ||| ||||| || ||||||||||||||||||||| || |||||||||   | |||  ||||||||    
T  5526148 gtttcatgccaaaatttcaaccagagtggcagttgtcaaattgggctagtgggtgtgtaaggaaaacacctttaaattgtctcgacgatggggatggatt 5526049  T
Q  405 tttaccgtacacaaacatgaagt 427  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  5526048 tttaccgtacacaaacatgaagt 5526026  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 163; E-Value: 7e-87
Query Start/End: Original strand, 5 - 320
Target Start/End: Complemental strand, 5485379 - 5485062
Alignment:
Q  5 agggtcatggaatggatttcttttcactggtgtttcttggcaaagaatgc--agagtcttgaatttctcagtaatgttcactgacaaagaaatctcttac 102  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||  ||||||||||||||||||||| |  |||| ||||||||| |||||||     
T  5485379 agggtcatggaatggatttcttttcactggtgtttcttggcaaagactgcgtagagtcttgaatttctcagtagtagtcaccgacaaagaattctcttat 5485280  T
Q  103 gaatatgaaaccttgaacagttcaattattactagagtggtgctagacccaaatggattatcacaacgtttacaatggacagataggacacagaattggg 202  Q
     |||||||||| |||||||||||||||| ||||||| |||||||||| ||| ||||| | ||||||||||| |||||| ||||||||||||| | |||||    
T  5485279 caatatgaaactttgaacagttcaattaatactagattggtgctagatccatatggaatgtcacaacgttttcaatggtcagataggacacaaatttggg 5485180  T
Q  203 aagctttagcgaatcgtcctgcagaccagtgtgatgcttatgccttttgtggtatcaattctaactgcaatattaatgactttccaatatgtgaatgttt 302  Q
    | ||| || |   ||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||    |   |||||||||||||||||| ||    
T  5485179 aggctatatcttctcgtcctgcagaccagtgtgatgcttatgacttgtgtggtatcaattctaactgcaatggcgaaagctttccaatatgtgaatgctt 5485080  T
Q  303 ggaaggtttcatgccaaa 320  Q
    ||||||||||||| ||||    
T  5485079 ggaaggtttcatgtcaaa 5485062  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 117; E-Value: 2e-59
Query Start/End: Original strand, 5 - 362
Target Start/End: Original strand, 5848356 - 5848715
Alignment:
Q  5 agggtcatggaatggatttcttttcactggtgtttcttggcaaagaatgcagagtct--tgaatttctcagtaatgttcactgacaaagaaatctcttac 102  Q
    |||||| |||||||||| |||||||||||| | | ||||||||||||   | | | |  |||||| |||| |  |||| |||||||||||| || |||      
T  5848356 agggtcgtggaatggatatcttttcactggagctacttggcaaagaaattataatatattgaattactcatttgtgttaactgacaaagaagtcactttt 5848455  T
Q  103 gaatatgaaaccttgaacagttcaattattactagagtggtgctagacccaaatggattatcacaacgtttacaatggacagataggacacagaattggg 202  Q
     |||||||||| || ||||||| ||||||||||||||| |||||| | ||| |||||   ||||||||| | |||||| | |||  |||||| |||||||    
T  5848456 caatatgaaactttaaacagtttaattattactagagttgtgctaaatccatatggaacttcacaacgtcttcaatggtcggatcagacacaaaattggg 5848555  T
Q  203 aagctttagcgaatcgtcctgcagaccagtgtgatgcttatgccttttgtggtatcaattctaactgcaatattaatgactttccaatatgtgaatgttt 302  Q
    |   | |  | |||  |||||||||||||||||||| ||||||||| || |||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||    
T  5848556 agattattactaatgctcctgcagaccagtgtgatgattatgccttgtgcggtatcaactctaactgcaatattaataactttccaatatgtgaatgctt 5848655  T
Q  303 ggaaggtttcatgccaaaatttcaaccaaagtgggagtcatcagattggtctggtgggtg 362  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||   ||||||||||||||||    
T  5848656 ggaaggtttcatgccaaaatttcaaccaaaatggaagtcattgaattggtctggtgggtg 5848715  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 107; E-Value: 2e-53
Query Start/End: Original strand, 57 - 427
Target Start/End: Original strand, 5802013 - 5802383
Alignment:
Q  57 agtcttgaatttctcagtaatgttcactgacaaagaaatctcttacgaatatgaaaccttgaacagttcaattattactagagtggtgctagacccaaat 156  Q
    |||| |||||||| ||||| | |||| |||||||||| ||||||| |||||  ||||| ||||||  ||||||||| | ||| || | ||||| ||| |     
T  5802013 agtcatgaatttcacagtagtcttcaatgacaaagaattctcttatgaataccaaaccgtgaacaagtcaattattgcaagaatgatactagatccatac 5802112  T
Q  157 ggattatcacaacgtttacaatggacagataggacacagaattgggaagctttagcgaatcgtcctgcagaccagtgtgatgcttatgccttttgtggta 256  Q
    |||   ||||||||||| | |||| ||||||| ||||| | |||| | ||| || |   |||||| |||||||||||||||| |||| |||| || ||||    
T  5802113 ggaaattcacaacgttttctatggtcagatagcacacaaatttggaaggctatatcttctcgtccggcagaccagtgtgatgattattccttatgcggta 5802212  T
Q  257 tcaattctaactgcaatattaatgactttccaatatgtgaatgtttggaaggtttcatgccaaaatttcaaccaaagtgggagtcatcagattggtctgg 356  Q
    |||| || || |||||||||||||| |||||| ||||||||||  |||||||||||||||| |||||| ||| | |||||||||||||||||||||||||    
T  5802213 tcaactcaaattgcaatattaatgaatttccagtatgtgaatgcgtggaaggtttcatgccgaaatttgaactacagtgggagtcatcagattggtctgg 5802312  T
Q  357 tgggtgtgtaaggaaaacacattgaaattgtctccatgtagatggatttttaccgtacacaaacatgaagt 427  Q
    ||||||| | |||| |||| | |  ||||||||| |||  ||||| |||||   |||||||||||||||||    
T  5802313 tgggtgtctgaggagaacaaaattgaattgtctcaatggtgatggctttttgaagtacacaaacatgaagt 5802383  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 101; E-Value: 7e-50
Query Start/End: Original strand, 6 - 363
Target Start/End: Original strand, 5827628 - 5827987
Alignment:
Q  6 gggtcatggaatggatttcttttcactggtgtttcttggcaaagaatgca--gagtcttgaatttctcagtaatgttcactgacaaagaaatctcttacg 103  Q
    |||||||||||||||| || ||||| ||| ||||||||||||| | | ||  |||||||||||| |||| | ||||| ||||| |||||| |  ||||      
T  5827628 gggtcatggaatggatatcatttcaatggagtttcttggcaaatagttcatagagtcttgaattactcattcatgttaactgataaagaagttacttatc 5827727  T
Q  104 aatatgaaaccttgaacagttcaattattactagagtggtgctagacccaaatggattatcacaacgtttacaatggacagataggacacagaattggga 203  Q
    |||||| ||| || ||||||||||| ||||||||| | |||||||| ||| ||||| |  || | |||||   |||| |||||  || ||| |||||||     
T  5827728 aatatgcaacgtttaacagttcaatgattactagatttgtgctagatccatatggaattccaaaccgttttatatggtcagatcagaaacaaaattgggt 5827827  T
Q  204 agctttagcgaatcgtcctgcagaccagtgtgatgcttatgccttttgtggtatcaattctaactgcaatattaatgactttccaatatgtgaatgtttg 303  Q
     ||| || | | |||| ||| |||||||||||| | ||||||||||||| |||| || || || |||||||||||||| |||||| |||||||||| |||    
T  5827828 ggctatatctagtcgtgctgtagaccagtgtgaagattatgccttttgtagtattaactcaaattgcaatattaatgattttccagtatgtgaatgcttg 5827927  T
Q  304 gaaggtttcatgccaaaatttcaaccaaagtgggagtcatcagattggtctggtgggtgt 363  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||| ||| |||| ||  |||||||||||||||||    
T  5827928 gaaggtttcatgccaaaatttcaaacaaaatggaagtcgtcgaattggtctggtgggtgt 5827987  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 97; E-Value: 2e-47
Query Start/End: Original strand, 127 - 427
Target Start/End: Complemental strand, 20344119 - 20343819
Alignment:
Q  127 attattactagagtggtgctagacccaaatggattatcacaacgtttacaatggacagataggacacagaattgggaagctttagcgaatcgtcctgcag 226  Q
    |||||||||||| | ||||||||  || |||||    ||||||||||   |||| | ||| ||||||| |||||||| |||  ||| | |||||||  ||    
T  20344119 attattactagatttgtgctagatacatatggaactccacaacgttttatatggtcggattggacacaaaattgggaggctacagctactcgtcctatag 20344020  T
Q  227 accagtgtgatgcttatgccttttgtggtatcaattctaactgcaatattaatgactttccaatatgtgaatgtttggaaggtttcatgccaaaatttca 326  Q
    |||||||||| |  ||||||| |||||| ||||| |||||||||||||||||||| | |||||| |||||||| ||||||||||||| ||||||||||||    
T  20344019 accagtgtgaagagtatgcctgttgtgggatcaactctaactgcaatattaatgaatctccaatttgtgaatgcttggaaggtttcacgccaaaatttca 20343920  T
Q  327 accaaagtgggagtcatcagattggtctggtgggtgtgtaaggaaaacacattgaaattgtctccatgtagatggatttttaccgtacacaaacatgaag 426  Q
    | |||| ||| ||||||| ||||||||||| |||||| | |||| |||| | |  ||||||||| ||| ||||||||||||   ||||||||||||||||    
T  20343919 atcaaaatggaagtcatcggattggtctggcgggtgtctgaggagaacaaaattgaattgtctcaatggagatggatttttgaagtacacaaacatgaag 20343820  T
Q  427 t 427  Q
    |    
T  20343819 t 20343819  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 54; E-Value: 7e-22
Query Start/End: Original strand, 354 - 427
Target Start/End: Complemental strand, 5485055 - 5484982
Alignment:
Q  354 tggtgggtgtgtaaggaaaacacattgaaattgtctccatgtagatggatttttaccgtacacaaacatgaagt 427  Q
    ||||||||||||||||||||| |||| |||||||| | ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5485055 tggtgggtgtgtaaggaaaacgcatttaaattgtcccgatggagatggatttttaccgtacacaaacatgaagt 5484982  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 5 - 46
Target Start/End: Original strand, 5801953 - 5801994
Alignment:
Q  5 agggtcatggaatggatttcttttcactggtgtttcttggca 46  Q
    |||||||||||||||||||||||||| | ||||||| |||||    
T  5801953 agggtcatggaatggatttcttttcagtagtgtttcctggca 5801994  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 314; Significance: 1e-177; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 314; E-Value: 1e-177
Query Start/End: Original strand, 1 - 427
Target Start/End: Original strand, 25808747 - 25809175
Alignment:
Q  1 gagcagggtcatggaatggatttcttttcactggtgtttcttggcaaagaatgca--gagtcttgaatttctcagtaatgttcactgacaaagaaatctc 98  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  ||||| |||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||    
T  25808747 gagcagggtcatggaatggatttcttttcactggtgtttcttggcaaagagtgcatagagtcatgaatttctctgtaatattcactgacaaagaaatctc 25808846  T
Q  99 ttacgaatatgaaaccttgaacagttcaattattactagagtggtgctagacccaaatggattatcacaacgtttacaatggacagataggacacagaat 198  Q
    |||| |||||||||| |||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||| ||||||| ||    
T  25808847 ttaccaatatgaaactttgagcagttcaattattactagagtcgtgctagacccaaatggaatatcacaacgcttacaatggacagataagacacaggat 25808946  T
Q  199 tgggaagctttagcgaatcgtcctgcagaccagtgtgatgcttatgccttttgtggtatcaattctaactgcaatattaatgactttccaatatgtgaat 298  Q
    ||||  |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||    
T  25808947 tgggcggctttagccaaacgtcctgcagaccagtgtgatgcttataccttttgtggtatcaattctaactgcaatatgaatgactttccaatatgtgtat 25809046  T
Q  299 gtttggaaggtttcatgccaaaatttcaaccaaagtgggagtcatcagattggtctggtgggtgtgtaaggaaaacacattgaaattgtctccatgtaga 398  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||  ||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||| |||    
T  25809047 gtttggaaggtttcaggccaaaatttcaactgaagtgggaggcatcagattggtctggtgggtgcgtaaggaaaacacatttaaattgtctccatggaga 25809146  T
Q  399 tggatttttaccgtacacaaacatgaagt 427  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  25809147 tggatttttaccgtacacaaacatgaagt 25809175  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University