View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16006_low_8 (Length: 615)

Name: NF16006_low_8
Description: NF16006
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16006_low_8
NF16006_low_8
[»] chr5 (13 HSPs)
chr5 (187-599)||(39463341-39463753)
chr5 (201-599)||(39457093-39457491)
chr5 (199-599)||(39487442-39487842)
chr5 (202-599)||(39461230-39461627)
chr5 (189-599)||(39455605-39456015)
chr5 (186-599)||(39451977-39452390)
chr5 (186-590)||(39476498-39476902)
chr5 (186-599)||(39473007-39473420)
chr5 (199-567)||(39484272-39484642)
chr5 (199-599)||(43311326-43311726)
chr5 (302-431)||(39452877-39453006)
chr5 (567-599)||(39469924-39469956)
chr5 (87-153)||(39456984-39457049)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 236; Significance: 1e-130; HSPs: 13)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 236; E-Value: 1e-130
Query Start/End: Original strand, 187 - 599
Target Start/End: Original strand, 39463341 - 39463753
Alignment:
Q  187 tcatacctcgtgcataatataatcaatcaaacgacctaagtaagtgtaggaagatccaccttctaacaaagtcttcttactcttttcactcatctctttc 286  Q
    ||||||||| |  |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  39463341 tcatacctcatcaataatataatcaatcaaacgacctaaataagtgtaggaagatcctccctctaacaaagtcttcttacttttttcactcatctctttc 39463440  T
Q  287 acnnnnnnnctgaattctccatctttatccaacacactccttattcctctctcagtcttatccgcagttaaaagatagttagggtcgccaagaaactcca 386  Q
    ||       || | ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||    
T  39463441 actttcttccttacttctccatccttatctaacacactccttattcctctctcaatcttatcagcagttacaagatagttaggctcgccaagaaactcca 39463540  T
Q  387 ctctgtaatccaatgaaatctccacagccatcttcaagtcacacaccaattgaaaagcatttgtctgttgttcagcaaagagcagccacgtggcaatggg 486  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||| || |||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| | |||| |||||||  ||    
T  39463541 ctctgtaatccaatgaaatctccaccgccatctttaactcacacaccagttcaaaagcatttgtctgttgttcagcaaagatcggccaagtggcaagtgg 39463640  T
Q  487 cacaccaaaatatatgctctcaagtgtggaattccagccgcaatgagaaacaaatcctctcgtggctgggtgagctagtatctgtgtctgtggagcccat 586  Q
     |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||| || |||||||||| |||||| ||||| |||||||| || | ||||||||||||     
T  39463641 aacaccaaaatatatgctctccagtgtcgaattccagccacaatgtgagacaaatcctcccgtggccgggtgggctagtatttgggcctgtggagcccaa 39463740  T
Q  587 ccaataacccttc 599  Q
    ||||| |||||||    
T  39463741 ccaatcacccttc 39463753  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 202; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 201 - 599
Target Start/End: Original strand, 39457093 - 39457491
Alignment:
Q  201 taatataatcaatcaaacgacctaagtaagtgtaggaagatccaccttctaacaaagtcttcttactcttttcactcatctctttcacnnnnnnnctgaa 300  Q
    |||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||| ||||||||||||   | ||||||||||||||||       || |     
T  39457093 taatataatcgatcaaacgacctaaataagtgtaggaagatcctccatctaacagagtcttcttacttgctgcactcatctctttcactttcttccttac 39457192  T
Q  301 ttctccatctttatccaacacactccttattcctctctcagtcttatccgcagttaaaagatagttagggtcgccaagaaactccactctgtaatccaat 400  Q
     |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| |||| || |||||||||||||||||||  ||||||  |||||| |  || ||||| |||    
T  39457193 ctctccatccttatccaacacactctttattcctctctcaatcttgtcggcagttaaaagatagttagactcgccattaaactctaacctataatctaat 39457292  T
Q  401 gaaatctccacagccatcttcaagtcacacaccaattgaaaagcatttgtctgttgttcagcaaagagcagccacgtggcaatgggcacaccaaaatata 500  Q
    | ||||||||||||||||||||  ||||| ||||||||||| ||||||||||| || |||||||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||    
T  39457293 gcaatctccacagccatcttcagctcacataccaattgaaatgcatttgtctgctgatcagcaaagagcggccacgtggcaacaggcacaccaaaatata 39457392  T
Q  501 tgctctcaagtgtggaattccagccgcaatgagaaacaaatcctctcgtggctgggtgagctagtatctgtgtctgtggagcccatccaataacccttc 599  Q
    || |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| || |||||||| |||||||||||||||||||    
T  39457393 tgttctcgagtgtggaattccagccacaatgagaaacaaatcctcccgtggctgggtgggctagtatgtgcgtctgtggggcccatccaataacccttc 39457491  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 180; E-Value: 7e-97
Query Start/End: Original strand, 199 - 599
Target Start/End: Complemental strand, 39487842 - 39487442
Alignment:
Q  199 cataatataatcaatcaaacgacctaagtaagtgtaggaagatccaccttctaacaaagtcttcttactcttttcactcatctctttcacnnnnnnnctg 298  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||       |||    
T  39487842 cataatataatcaatcaaatgacctaaataagtgtaggaagatccaccctctaacaaagtcttcttactcttttcactcatctctatcacttttttcctg 39487743  T
Q  299 aattctccatctttatccaacacactccttattcctctctcagtcttatccgcagttaaaagatagttagggtcgccaagaaactccactctgtaatcca 398  Q
    ||||||||||| |||||||||| | ||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||  |  ||  |||| ||||  | |||||||    
T  39487742 aattctccatccttatccaacaaattccttattcctctctcaatcttatccgcagttacaagatagttaggcccttcattaaaccccaccttataatcca 39487643  T
Q  399 atgaaatctccacagccatcttcaagtcacacaccaattgaaaagcatttgtctgttgttcagcaaagagcagccacgtggcaatgggcacaccaaaata 498  Q
    | | ||| |||||| | || ||||  ||||||||||||| ||||||||| | |||||| |||||| ||||  |||||| |||||| ||||||||||||||    
T  39487642 aagcaatttccacacctattttcagttcacacaccaattcaaaagcattagcctgttgctcagcatagagtggccacgcggcaataggcacaccaaaata 39487543  T
Q  499 tatgctctcaagtgtggaattccagccgcaatgagaaacaaatcctctcgtggctgggtgagctagtatctgtgtctgtggagcccatccaataaccctt 598  Q
    ||||||||| ||||| |||||||| || ||||| |||||||||||||  |||||||| ||||||||||| || | |||| | ||||||||||| ||||||    
T  39487542 tatgctctcgagtgttgaattccaaccacaatgcgaaacaaatcctccagtggctggatgagctagtatttgggcctgttgggcccatccaattaccctt 39487443  T
Q  599 c 599  Q
    |    
T  39487442 c 39487442  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 173; E-Value: 1e-92
Query Start/End: Original strand, 202 - 599
Target Start/End: Complemental strand, 39461627 - 39461230
Alignment:
Q  202 aatataatcaatcaaacgacctaagtaagtgtaggaagatccaccttctaacaaagtcttcttactcttttcactcatctctttcacnnnnnnnctgaat 301  Q
    |||| |||| || ||||||||||| | | |||| ||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||       ||||      
T  39461627 aataaaatctattaaacgacctaaatgactgtaagaagatccaccctctaacaaagttttcctactcttttcactcatctctttcactttctttctgacc 39461528  T
Q  302 tctccatctttatccaacacactccttattcctctctcagtcttatccgcagttaaaagatagttagggtcgccaagaaactccactctgtaatccaatg 401  Q
    |||||||| || ||||||||| ||||||||||||||||| |||| || ||||||| |||||||||||| || |||   ||||||||||| ||||| ||      
T  39461527 tctccatccttttccaacacattccttattcctctctcaatcttgtcagcagttacaagatagttaggctcaccattgaactccactctataatctaaca 39461428  T
Q  402 aaatctccacagccatcttcaagtcacacaccaattgaaaagcatttgtctgttgttcagcaaagagcagccacgtggcaatgggcacaccaaaatatat 501  Q
     ||||||||||||||||||||  |||  |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  39461427 caatctccacagccatcttcagctcatgcaccaactgaaaagcattagtctgttgttcagcaaagagcggccacgtggcaatgggcacaccaaaatacat 39461328  T
Q  502 gctctcaagtgtggaattccagccgcaatgagaaacaaatcctctcgtggctgggtgagctagtatctgtgtctgtggagcccatccaataacccttc 599  Q
    |||||| ||| | ||||||||||| ||||| ||||| ||||||| |||||||||||| || | ||| || ||||| |||||||||||||| |||||||    
T  39461327 gctctcgagtattgaattccagccacaatgggaaacgaatcctcccgtggctgggtgggccaatatttgagtctgcggagcccatccaatgacccttc 39461230  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 170; E-Value: 6e-91
Query Start/End: Original strand, 189 - 599
Target Start/End: Complemental strand, 39456015 - 39455605
Alignment:
Q  189 atacctcgtgcataatataatcaatcaaacgacctaagtaagtgtaggaagatccaccttctaacaaagtcttcttactcttttcactcatctctttcac 288  Q
    |||||| || ||||||||||||||| ||||||||||| |||||| | |||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  39456015 atacctggttcataatataatcaattaaacgacctaaataagtggaagaagatcctccctctaacaaagtcttcttgctcttttcactcatctctttcac 39455916  T
Q  289 nnnnnnnctgaattctccatctttatccaacacactccttattcctctctcagtcttatccgcagttaaaagatagttagggtcgccaagaaactccact 388  Q
           || || |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| |||| |||| ||||||||||||||||||  | | |  | |||||||     
T  39455915 tgttttcctaaactctccatccttatccaatacactccttattcctctctcaatcttgtccgaagttaaaagatagttaggcccactactatactccacc 39455816  T
Q  389 ctgtaatccaatgaaatctccacagccatcttcaagtcacacaccaattgaaaagcatttgtctgttgttcagcaaagagcagccacgtggcaatgggca 488  Q
    || ||||| |  | |||||||||||| |||||||  ||||||||||||| ||||||| |   ||||||||||||||||||| |||| || ||||||||||    
T  39455815 ctataatctagcgcaatctccacagcaatcttcagctcacacaccaattcaaaagcagtaacctgttgttcagcaaagagcggccatgttgcaatgggca 39455716  T
Q  489 caccaaaatatatgctctcaagtgtggaattccagccgcaatgagaaacaaatcctctcgtggctgggtgagctagtatctgtgtctgtggagcccatcc 588  Q
    ||||||| ||||||| ||| |||||||||||||| || ||||| |||||||||||||  |||||||| || |||||||| || || ||||||||||| ||    
T  39455715 caccaaagtatatgccctcgagtgtggaattccaaccacaatgtgaaacaaatcctcctgtggctggatgggctagtatttgggtttgtggagcccaacc 39455616  T
Q  589 aataacccttc 599  Q
    ||| |||||||    
T  39455615 aatcacccttc 39455605  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 169; E-Value: 2e-90
Query Start/End: Original strand, 186 - 599
Target Start/End: Complemental strand, 39452390 - 39451977
Alignment:
Q  186 ttcatacctcgtgcataatataatcaatcaaacgacctaagtaagtgtaggaagatccaccttctaacaaagtcttcttactcttttcactcatctcttt 285  Q
    ||||||||| || ||||||||||||||| ||||||| ||| ||| || |||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39452390 ttcatacctggttcataatataatcaattaaacgacttaaataaatggaggaagatcctccttctaacagagtcttcttactcttttcactcatctcttt 39452291  T
Q  286 cacnnnnnnnctgaattctccatctttatccaacacactccttattcctctctcagtcttatccgcagttaaaagatagttagggtcgccaagaaactcc 385  Q
    ||        ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||| |||| || ||||| ||||||||||||||  | |    |||||||    
T  39452290 catttttttcctgaactctccatccttatccaacacactccttattcctttctcaatcttgtcagcagtcaaaagatagttaggaccactgttaaactcc 39452191  T
Q  386 actctgtaatccaatgaaatctccacagccatcttcaagtcacacaccaattgaaaagcatttgtctgttgttcagcaaagagcagccacgtggcaatgg 485  Q
    || || ||||| || | ||||||||| |  |||||||| ||||||||||||| |||||||||   |||||| |||||||||||| |||| || |||||||    
T  39452190 accctataatctaacgcaatctccacggaaatcttcaactcacacaccaattcaaaagcattaacctgttgctcagcaaagagcggccatgttgcaatgg 39452091  T
Q  486 gcacaccaaaatatatgctctcaagtgtggaattccagccgcaatgagaaacaaatcctctcgtggctgggtgagctagtatctgtgtctgtggagccca 585  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||   ||||||| || |||||||| || |  ||||| |||||    
T  39452090 gcacaccaaaatatatgctctcgagtgtggaattccagccacaatgtgaaacaaatcctcctatggctggatgtgctagtatttgggcttgtggggccca 39451991  T
Q  586 tccaataacccttc 599  Q
     ||||| |||||||    
T  39451990 accaatcacccttc 39451977  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 168; E-Value: 1e-89
Query Start/End: Original strand, 186 - 590
Target Start/End: Complemental strand, 39476902 - 39476498
Alignment:
Q  186 ttcatacctcgtgcataatataatcaatcaaacgacctaagtaagtgtaggaagatccaccttctaacaaagtcttcttactcttttcactcatctcttt 285  Q
    |||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39476902 ttcatacctcatacataatataatcaatcaaacgacctaaataattgtaagaagatccaccttctaacaaagtcttcttactcttttcactcatctcttt 39476803  T
Q  286 cacnnnnnnnctgaattctccatctttatccaacacactccttattcctctctcagtcttatccgcagttaaaagatagttagggtcgccaagaaactcc 385  Q
    |||       || |  ||| |||| ||||||||||||||||||||||||| |||| | ||||| ||||||| ||||||||||||    |||   ||||||    
T  39476802 cactttcttccttacatctgcatccttatccaacacactccttattcctcgctcaattttatcggcagttacaagatagttaggcctaccacttaactcc 39476703  T
Q  386 actctgtaatccaatgaaatctccacagccatcttcaagtcacacaccaattgaaaagcatttgtctgttgttcagcaaagagcagccacgtggcaatgg 485  Q
    || || ||||||||||  || |||||| | |||||||  ||||||||||||| ||||||||| | ||||||||||||||||||  |||| | |||||| |    
T  39476702 accctataatccaatgcgatatccacacctatcttcagctcacacaccaattcaaaagcattagcctgttgttcagcaaagagtggccatgcggcaattg 39476603  T
Q  486 gcacaccaaaatatatgctctcaagtgtggaattccagccgcaatgagaaacaaatcctctcgtggctgggtgagctagtatctgtgtctgtggagccca 585  Q
    | |||||||||||||||||||| ||||| |||||||| || ||||| |||||||||||||   |||||||||| |||||||| || | |||| | |||||    
T  39476602 gtacaccaaaatatatgctctcgagtgttgaattccaaccacaatgtgaaacaaatcctcctatggctgggtgggctagtatttgggcctgttgggccca 39476503  T
Q  586 tccaa 590  Q
    |||||    
T  39476502 tccaa 39476498  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 137; E-Value: 3e-71
Query Start/End: Original strand, 186 - 599
Target Start/End: Complemental strand, 39473420 - 39473007
Alignment:
Q  186 ttcatacctcgtgcataatataatcaatcaaacgacctaagtaagtgtaggaagatccaccttctaacaaagtcttcttactcttttcactcatctcttt 285  Q
    |||||||||  | |||||||||||||| ||| |||||||| || | ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  39473420 ttcatacctgattcataatataatcaaccaatcgacctaaatatgcgtaagaagatccaccttctaacaaagtcttcttacttttttcactcatctcttt 39473321  T
Q  286 cacnnnnnnnctgaattctccatctttatccaacacactccttattcctctctcagtcttatccgcagttaaaagatagttagggtcgccaagaaactcc 385  Q
    |||       || |  |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||| ||||||||||||  | |||  |||||||    
T  39473320 cactttcttccttacatctccatccttatccaacacactccttattcctctctcaatcttatcggcagttacaagatagttaggcgcaccattaaactcc 39473221  T
Q  386 actctgtaatccaatgaaatctccacagccatcttcaagtcacacaccaattgaaaagcatttgtctgttgttcagcaaagagcagccacgtggcaatgg 485  Q
     | || |||||||| ||||| || ||  | || ||||| ||||||||||||| ||||||||| ||||||||||| ||| | ||  |||| | ||| || |    
T  39473220 gccctataatccaacgaaatttcaactcctattttcaactcacacaccaattcaaaagcattagtctgttgttctgcataaagtggccatgcggctatag 39473121  T
Q  486 gcacaccaaaatatatgctctcaagtgtggaattccagccgcaatgagaaacaaatcctctcgtggctgggtgagctagtatctgtgtctgtggagccca 585  Q
    ||||||||||||| |||||||| |||   |||||||| || ||||| ||| |||||||||   |||||||||| |||||||| ||    ||||| |||||    
T  39473120 gcacaccaaaataaatgctctcgagtactgaattccaaccacaatgcgaagcaaatcctccaatggctgggtgggctagtatttggacttgtggggccca 39473021  T
Q  586 tccaataacccttc 599  Q
    ||||| ||||||||    
T  39473020 tccaacaacccttc 39473007  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 127; E-Value: 3e-65
Query Start/End: Original strand, 199 - 567
Target Start/End: Complemental strand, 39484642 - 39484272
Alignment:
Q  199 cataatataatcaatcaaacgacctaagtaagtgtaggaagatccaccttctaacaaagtcttcttactcttttcactcatctctttcacnnnnnnnctg 298  Q
    ||||||||||||||||| | ||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| |||||||| | ||||||        |     
T  39484642 cataatataatcaatcagatgacctaaataagtgtaggaagatccaccctctaacaaagtcttcctactcttctcactcatttttttcactttcttctta 39484543  T
Q  299 aattctccatctttatccaacacactccttattcctctctcagtcttatccgcagttaaaagatagttagggtcgccaagaaactccactctgtaatcca 398  Q
    |  |||||||| |||| |||||||||||||||| |||||||| |||| || ||| ||| |||||||||||  || |||  ||||||||  || |||||||    
T  39484542 acctctccatccttatacaacacactccttattactctctcaatcttgtcggcacttacaagatagttagactcaccactaaactccatcctataatcca 39484443  T
Q  399 atgaaatctccacagcc--atcttcaagtcacacaccaattgaaaagcatttgtctgttgttcagcaaagagcagccacgtggcaatgggcacaccaaaa 496  Q
    ||| ||||||||||  |  |||| ||  ||||||||||||| ||||||||| | |||||||||| |||||||  |||| | |||||| ||||||||||||    
T  39484442 atgcaatctccacacacctatctgcagctcacacaccaattcaaaagcattagcctgttgttcaacaaagagtggccatgcggcaataggcacaccaaaa 39484343  T
Q  497 tatatgctctcaagtgtggaattccagccgcaatgagaaacaaatcctctcgtggctgggtgagctagtat 567  Q
    ||||||||||| ||||| |||||||| ||  |||| |||||||||||||   |||||||||| ||||||||    
T  39484342 tatatgctctcgagtgttgaattccaaccataatgtgaaacaaatcctcctatggctgggtgggctagtat 39484272  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 104; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 199 - 599
Target Start/End: Original strand, 43311326 - 43311726
Alignment:
Q  199 cataatataatcaatcaaacgacctaagtaagtgtaggaagatccaccttctaacaaagtcttcttactcttttcactcatctctttcacnnnnnnnctg 298  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||| |||||||| |||||| |||  | ||||||||||||||||||       ||     
T  43311326 cataatataatcaatcaaactacctaagcaagtgtaggaagatccaccctctaacaatgtcttcctacaatgttcactcatctctttcactttcttcctt 43311425  T
Q  299 aattctccatctttatccaacacactccttattcctctctcagtcttatccgcagttaaaagatagttagggtcgccaagaaactccactctgtaatcca 398  Q
    |  ||||||||| | ||||||||||||||||||||| ||||  |||| || | || ||||||||| | | |  |  ||    ||||||  || |||||||    
T  43311426 acctctccatctgtttccaacacactccttattcctttctcgatcttgtctgaagctaaaagataatcacgcccaacatcgtactccatcctataatcca 43311525  T
Q  399 atgaaatctccacagccatcttcaagtcacacaccaattgaaaagcatttgtctgttgttcagcaaagagcagccacgtggcaatgggcacaccaaaata 498  Q
     || |||||||||| |||||||||  ||| |||| | |||||||||||| || ||||| |||||||||||  |||| |||||||| ||||||||| ||||    
T  43311526 ctgcaatctccacacccatcttcagctcagacacaagttgaaaagcattggtttgttgatcagcaaagagtggccatgtggcaataggcacaccataata 43311625  T
Q  499 tatgctctcaagtgtggaattccagccgcaatgagaaacaaatcctctcgtggctgggtgagctagtatctgtgtctgtggagcccatccaataaccctt 598  Q
    ||||||||| || || |||||||| || ||||| |||||||| ||||  || ||||| ||||| ||||  ||   ||| |||||||||||||| ||||||    
T  43311626 tatgctctcgagagtcgaattccaaccacaatgtgaaacaaagcctcctgttgctggatgagcgagtacttggacctgaggagcccatccaatgaccctt 43311725  T
Q  599 c 599  Q
    |    
T  43311726 c 43311726  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 50; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 302 - 431
Target Start/End: Original strand, 39452877 - 39453006
Alignment:
Q  302 tctccatctttatccaacacactccttattcctctctcagtcttatccgcagttaaaagatagttagggtcgccaagaaactccactctgtaatccaatg 401  Q
    |||||||| |||| |||||||||| |||||||||||||| | || ||||||||||||||| ||||||  || |||| ||||||||  || ||||| || |    
T  39452877 tctccatccttatacaacacactctttattcctctctcaattttgtccgcagttaaaagagagttagactcaccaataaactccaacctctaatctaacg 39452976  T
Q  402 aaatctccacagccatcttcaagtcacaca 431  Q
     |||||||||  |||||||||| |||||||    
T  39452977 taatctccacgaccatcttcaactcacaca 39453006  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 567 - 599
Target Start/End: Original strand, 39469924 - 39469956
Alignment:
Q  567 tctgtgtctgtggagcccatccaataacccttc 599  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39469924 tctgtgtctgtggagcccatccaataacccttc 39469956  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 87 - 153
Target Start/End: Original strand, 39456984 - 39457049
Alignment:
Q  87 aaaagaaagaacaacaacttgttggattgatttgtgttgataattaagccaatagcctctaaccttt 153  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||  | |||||||||| || || | ||||||||||||||    
T  39456984 aaaagaaagaacaacaacttgttagattgacctatgttgataataaaacc-acagcctctaaccttt 39457049  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University