View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16011_high_9 (Length: 423)

Name: NF16011_high_9
Description: NF16011
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16011_high_9
NF16011_high_9
[»] chr4 (7 HSPs)
chr4 (17-402)||(7721385-7721787)
chr4 (17-404)||(7520694-7521099)
chr4 (17-404)||(7495027-7495429)
chr4 (17-400)||(7128109-7128513)
chr4 (17-404)||(7482625-7483030)
chr4 (17-404)||(7528744-7529146)
chr4 (332-404)||(7717551-7717623)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (17-283)||(16749525-16749791)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 281; Significance: 1e-157; HSPs: 7)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 281; E-Value: 1e-157
Query Start/End: Original strand, 17 - 402
Target Start/End: Complemental strand, 7721787 - 7721385
Alignment:
Q  17 aagaacaaagatcttatgaagattgatgaacaaggtgataataaaattttacagcttatcaaactaagttatgatcatctaccatttcatttgaaaaagt 116  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7721787 aagaacaaagatcttatgaaaattgatgaacaaggtgataataaaattttacagcttatcaaactaagttatgatcatctaccatttcatttgaaaaagt 7721688  T
Q  117 gctttgctttttgttctttgtttccaaaagactatttcattccaaaaacaacattgattcgactttggattgcacaagggtttattcaatcgacagatga 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||  |||||||    
T  7721687 gctttgctttttgttctttgtttccaaaagactatttaattcc-aaaacaacattgattcgactttggattgcacaagggtttgttcagtcatcagatga 7721589  T
Q  217 aagtacaagtttagaagatattggtgataagtacgtcatggatttagttcataaatctttctttcaaaatatcactgaacatgatttc------------ 304  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||  ||||                
T  7721588 aagtacaagtttagaagatattggtgataagtacttcatggatttagttcataaatctttctttcaaaatatcaccgaatattctttcattcacgacttc 7721489  T
Q  305 ------tttcaaatgcatgatattgtgcatgatctggcaagttctatttcaagaaatgactatcttttagttaataaaaaggggcagcatattgacaaac 398  Q
          || |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  7721488 gtgactttccaaatgcatgatattgtgcatgatctggcaagttttatttcaagaaatgactatcttttagttaataaaaaggggcagcatattgataaac 7721389  T
Q  399 aacc 402  Q
    ||||    
T  7721388 aacc 7721385  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 254; E-Value: 1e-141
Query Start/End: Original strand, 17 - 404
Target Start/End: Original strand, 7520694 - 7521099
Alignment:
Q  17 aagaacaaagatcttatgaagattgatgaacaaggtgataataaaattttacagcttatcaaactaagttatgatcatctaccatttcatttgaaaaagt 116  Q
    |||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7520694 aagaacaaagatcttatgcaaattgatgaacaaggtgataa---aattttacagcttatcaaactaagttatgatcatctaccatttcatttgaaaaagt 7520790  T
Q  117 gctttgctttttgttctttgtttccaaaagactatttcattccaaaaacaacattgattcgactttggattgcacaagggtttattca---atcgacaga 213  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||   |||  ||||    
T  7520791 gctttgctttttgttcattgtttccaaaagactatttcattcataaaacaacattgattcgactttggattgcacaagggtttgttcagtcatcatcaga 7520890  T
Q  214 tgaaagtacaagtttagaagatattggtgataagtacgtcatggatttagttcataaatctttctttcaaaatatcactgaacatgatttc--------- 304  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||| ||||             
T  7520891 tgaaagtacaagtttagaagatattggtgataagtacttcatggatttagttcataaatctttctttcaaaatatcaccaaacatgttttctatggtgag 7520990  T
Q  305 ---------tttcaaatgcatgatattgtgcatgatctggcaagttctatttcaagaaatgactatcttttagttaataaaaaggggcagcatattgaca 395  Q
             || ||||||||||||||||||||||||||||||| || | |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7520991 aatgaaatgttccaaatgcatgatattgtgcatgatctggcaacttttgtttcaagagatgactatcttttagttaataaaaaggggcagcatattgaca 7521090  T
Q  396 aacaacctc 404  Q
    |||||||||    
T  7521091 aacaacctc 7521099  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 245; E-Value: 1e-136
Query Start/End: Original strand, 17 - 404
Target Start/End: Original strand, 7495027 - 7495429
Alignment:
Q  17 aagaacaaagatcttatgaagattgatgaacaaggtgataataaaattttacagcttatcaaactaagttatgatcatctaccatttcatttgaaaaagt 116  Q
    |||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7495027 aagaacaaagatcttatgcaaattgatgaacaaggtgataa---aattttacagcttatcaaactaagttatgatcatctaccatttcatttgaaaaagt 7495123  T
Q  117 gctttgctttttgttctttgtttccaaaagactatttcattccaaaaacaacattgattcgactttggattgcacaagggtttattcaatcgacagatga 216  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||   ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||  | |||||    
T  7495124 gctttgctttttgttcattgtttccaaaagactatttaattgataaaacaaaattgattcgactttggattgcacaagggtttgttcagtcatctgatga 7495223  T
Q  217 aagtacaagtttagaagatattggtgataagtacgtcatggatttagttcataaatctttctttcaaaatatcactgaacatgatttcttt--------- 307  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | ||||||             
T  7495224 aagtacaagtttagaagatattggtgataagtacttcatggatttagttcataaatctttctttcaaaatatcactgaagataacttcttttatggcagt 7495323  T
Q  308 ---------caaatgcatgatattgtgcatgatctggcaagttctatttcaagaaatgactatcttttagttaataaaaaggggcagcatattgacaaac 398  Q
             |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||| |||||||||| ||    
T  7495324 gtgagctgccaaatgcatgatattgtgcatgatctggcaagttttatttcaagaaatgactatcttttagttaaagaaaaggggcaacatattgacagac 7495423  T
Q  399 aacctc 404  Q
    ||||||    
T  7495424 aacctc 7495429  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 244; E-Value: 1e-135
Query Start/End: Original strand, 17 - 400
Target Start/End: Complemental strand, 7128513 - 7128109
Alignment:
Q  17 aagaacaaagatcttatgaagattgatgaacaaggtgataataaaattttacagcttatcaaactaagttatgatcatctaccatttcatttgaaaaagt 116  Q
    ||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7128513 aagaacatagatcttatgaaaattgatgaacaaggtgataataaaattttacagcttatcaaactaagttatgatcatctaccatttcatttgaaaaagt 7128414  T
Q  117 gctttgctttttgttctttgtttccaaaagactatttcattccaaaaacaacattgattcgactttggattgcacaagggtttattca---atcgacaga 213  Q
    |||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||   |||  ||||    
T  7128413 gctttgctttttgttcattgttcccaaaagactatttaattcctaaaacaacattgattcgagtttggattgcacaagggtttgttcagtcatcatcaga 7128314  T
Q  214 tgaaagtacaagtttagaagatattggtgataagtacgtcatggatttagttcataaatctttctttcaaaatatcactgaacatgatttc--------- 304  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||| ||||             
T  7128313 tgaaagtacaagtttagaagatattggtgataagtacttcatggatttagttcataaatctttctttcaaaatatcaccaaacatgttttctatggcgag 7128214  T
Q  305 ---------tttcaaatgcatgatattgtgcatgatctggcaagttctatttcaagaaatgactatcttttagttaataaaaaggggcagcatattgaca 395  Q
             || ||||||||||||||||||||||||||||||| || | |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||     
T  7128213 aatgaaatgttccaaatgcatgatattgtgcatgatctggcaacttttgtttcaagagatgactatcttttagttaataaaaaggagcagaatattgacg 7128114  T
Q  396 aacaa 400  Q
    |||||    
T  7128113 aacaa 7128109  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 242; E-Value: 1e-134
Query Start/End: Original strand, 17 - 404
Target Start/End: Original strand, 7482625 - 7483030
Alignment:
Q  17 aagaacaaagatcttatgaagattgatgaacaaggtgataataaaattttacagcttatcaaactaagttatgatcatctaccatttcatttgaaaaagt 116  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7482625 aagaacaaagatcttatgaaaattgatgaacaaggtgataataaaatttttcagcttatcaaactaagttatgatcatctaccatttcatttgaaaaagt 7482724  T
Q  117 gctttgctttttgttctttgtttccaaaagactatttcattccaaaaacaacattgattcgactttggattgcacaagggtttattca---atcgacaga 213  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| |||   |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||   |||  ||||    
T  7482725 gctttgctttttgttcattgtttccaaaagactttttaatttgtaaaataacattgattcgactttggattgcacaagggtttgttcagtcatcatcaga 7482824  T
Q  214 tgaaagtacaagtttagaagatattggtgataagtacgtcatggatttagttcataaatctttctttcaaaatatcactgaacatgatttcttt------ 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| || | |  | |          
T  7482825 tgaaagtacaagtttagaagatattggtgataagtacttcatggatttagttcataaatctttctttcaaaatatcaccgaagataactattatggcagt 7482924  T
Q  308 ---------caaatgcatgatattgtgcatgatctggcaagttctatttcaagaaatgactatcttttagttaataaaaaggggcagcatattgacaaac 398  Q
             |||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  7482925 gtgagttgccaaatgcatgatattgtgcatgatctggcaagtgttatttcaagaaatgattgtcttttagttaataaaaaggggcagcatattgataaac 7483024  T
Q  399 aacctc 404  Q
    ||||||    
T  7483025 aacctc 7483030  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 240; E-Value: 1e-133
Query Start/End: Original strand, 17 - 404
Target Start/End: Original strand, 7528744 - 7529146
Alignment:
Q  17 aagaacaaagatcttatgaagattgatgaacaaggtgataataaaattttacagcttatcaaactaagttatgatcatctaccatttcatttgaaaaagt 116  Q
    |||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7528744 aagaacaaagatcttatgcaaattgatgaacaaggtgataa---aattttacagcttatcaaactaagttatgatcatctaccatttcatttgaaaaagt 7528840  T
Q  117 gctttgctttttgttctttgtttccaaaagactatttcattccaaaaacaacattgattcgactttggattgcacaagggtttattcaatcgaca---ga 213  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||  ||   ||    
T  7528841 gctttgctttttgttctttgtttccaaaagactatttcattccaaaaacaacattgattcgactttggattgcacaagggtttgttcagtcatcagatga 7528940  T
Q  214 tgaaagtacaagtttagaagatattggtgataagtacgtcatggatttagttcataaatctttctttcaaaatatcactgaacatgattt---------- 303  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| || | ||              
T  7528941 tgaaagtacaagtttagaagatattggtcatatgtacttcatggatttagtttataaatctttctttcaaaatatcaccgaagataacttttatggtagt 7529040  T
Q  304 -----ctttcaaatgcatgatattgtgcatgatctggcaagttctatttcaagaaatgactatcttttagttaataaaaaggggcagcatattgacaaac 398  Q
         ||  ||||||||||||||| |||||||||||||||||  ||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  7529041 gtgagctgccaaatgcatgatattatgcatgatctggcaagtgttatttcaagaaatgattgtcttttagttaataaaaaggggcagcatattgataaac 7529140  T
Q  399 aacctc 404  Q
    ||||||    
T  7529141 aacctc 7529146  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 332 - 404
Target Start/End: Complemental strand, 7717623 - 7717551
Alignment:
Q  332 ctggcaagttctatttcaagaaatgactatcttttagttaataaaaaggggcagcatattgacaaacaacctc 404  Q
    |||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7717623 ctggcatgttttatttcaagaaatgactatcttttagttaataaaaaggggcagcatattgacaaacaacctc 7717551  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 107; Significance: 2e-53; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 107; E-Value: 2e-53
Query Start/End: Original strand, 17 - 283
Target Start/End: Complemental strand, 16749791 - 16749525
Alignment:
Q  17 aagaacaaagatcttatgaagattgatgaacaaggtgataataaaattttacagcttatcaaactaagttatgatcatctaccatttcatttgaaaaagt 116  Q
    ||||||||||||||||| || |||||||| || ||||  ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| ||| || |||||||||    
T  16749791 aagaacaaagatcttatcaaaattgatgagcagggtggcaataaaatttttcaacttatcaaactaagttatgatcatctacccttttatctgaaaaagt 16749692  T
Q  117 gctttgctttttgttctttgtttccaaaagactatttcattccaaaaacaacattgattcgactttggattgcacaagggtttattcaatcgacagatga 216  Q
    ||||||| ||||| |||||||||||||||||||||   |||   || | ||  ||||||||||||||||||||||||||  |  |||| ||  | |||||    
T  16749691 gctttgcattttgctctttgtttccaaaagactatcgaattgagaagaaaaagttgattcgactttggattgcacaaggtctcgttcattcatccgatga 16749592  T
Q  217 aagtacaagtttagaagatattggtgataagtacgtcatggatttagttcataaatctttctttcaa 283  Q
    |||||||| ||||||||||| ||||||||||||| || ||  |||| |||||| |||| ||||||||    
T  16749591 aagtacaaatttagaagataatggtgataagtacttcttgactttacttcatagatctatctttcaa 16749525  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University