View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF16020_low_1 (Length: 1039)
Name: NF16020_low_1
Description: NF16020
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF16020_low_1 |
 | |
|
| [»] scaffold0016 (1 HSPs) |
| | |
|
Alignment Details
Target: scaffold0016 (Bit Score: 939; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0016
Description:
Target: scaffold0016; HSP #1
Raw Score: 939; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 1011
Target Start/End: Original strand, 5805 - 6799
Alignment:
| Q |
17 |
atgaatgtgagagctgaataatgcacttattcggtgaagacggtggaggttctggcggtaggtaaggagccagaggtggaaccgcgtcttaaaccagtgg |
116 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
5805 |
atgaatgtgagagctgaataatgcacttattcggtgaagacggtggaggttctggcggtaggtaaggagccagaggtggaaccgcgtcttaaaccagtgg |
5904 |
T |
|
| Q |
117 |
atgtggataatgtggtggtggggctgacagagtgagaggtgcagctgcgtgatttccttctcccaccgagttgttgatgttcatcaattttttaggagaa |
216 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
5905 |
atgtggataatgtggtggtggggctgacagagtgagaagtgcagctgcgtgatttccttctcccaccgagttgttgatgttcatcaattttttaggagaa |
6004 |
T |
|
| Q |
217 |
gtgatgaactcttttggattttgttcgagtttcaattctgattctgatggtggtggtgttaactgcacattgggttttggttgcgggtggaatggattat |
316 |
Q |
| |
|
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
6005 |
gtgataaactcttttggattttgttcgagtttcaattctgattctgatggtggtggtgttaactgcacattgggttttggttgcgggtggaatggattat |
6104 |
T |
|
| Q |
317 |
tggcatcagaaacacacaatggctgtgaaacgagaggttctgacacgatcccatagcgatgttccagactttccaagcgagtgaactgagcagccatgga |
416 |
Q |
| |
|
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
6105 |
tggcatcggaaacacacaatggctgtgaaacgagaggttctgacacgatcccatagcgatgttccaaactttccaagcgagtgaactgagcagccatgga |
6204 |
T |
|
| Q |
417 |
ggtggcgcacatggcttagaactgagccatctgttgcacaaatgcatcaagcttttcaatcagatctgcagcagaattgcggttgttgcaagccatgcag |
516 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
6205 |
ggtggcgcacatggcttagaactgagccatatgttgcacaaatgcatcaagcttttcaatcggatctgcagcagaattgcggttgttgcaagccatgcat |
6304 |
T |
|
| Q |
517 |
aaagttggattatcatagctagatggatatgggttgggagatggcggtgaagggaaggcagaagagatagtcggataacatggaacaatgtaggatgaat |
616 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
6305 |
aaagttggattatcatagctagatggatatgggttgggagatggcggtgaagggaaggcagaagagatagtcggataacatggaacaatgtaggatgaat |
6404 |
T |
|
| Q |
617 |
ggaatggatttgtcttgggaggtgttcaaggacgagagcaccaaatgataagtaaaagattgattattctctgttgtaggacagagaatgagaacctcct |
716 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
6405 |
ggaatggatttgtcttcggaggtgttcaaggacgagagcaccaaatgataagtaaaagattgattattctctgttataggacagagaatgagaacctcct |
6504 |
T |
|
| Q |
717 |
aaaaatgagaacctcttaattgcagcttatatccttgctcgtatcaatgaattgggtataacatgggtatgaaattaaggaggttgaaaaaggcgaacaa |
816 |
Q |
| |
|
|| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| |
|
|
| T |
6505 |
aagaatgagaacctcttaattgcagcctatatccttgctcgtatcaatgaattgggtataacatgggtatgaaattaaggaagttgaaaaaggagaacaa |
6604 |
T |
|
| Q |
817 |
ttcttgggtgtgggatgaacacgggaatatggaggatagagtaaaagttcttgtggatcaaattgctataatagattagttaagtgtaagtagggttttt |
916 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
6605 |
ttcttgggtgtgggatgaacacgggaatatggaggatagagtaaaagttcttgtggatcaaattgctataatagattagttaagtgtaagtagggttttt |
6704 |
T |
|
| Q |
917 |
agtggtcattttgaagaagtggagacgacccgagctagatggagctgctttcccttctttatcggaagaaaagaatgtcatcatatcaagactat |
1011 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
6705 |
agtggtcattttgaagaagtggagacgactcgagctagatggagctgctttcccttctttatcggaagaaaagaatgtcatcatatcaagactat |
6799 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5 (Bit Score: 939; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:
Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 939; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 1011
Target Start/End: Complemental strand, 23386663 - 23385669
Alignment:
| Q |
17 |
atgaatgtgagagctgaataatgcacttattcggtgaagacggtggaggttctggcggtaggtaaggagccagaggtggaaccgcgtcttaaaccagtgg |
116 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
23386663 |
atgaatgtgagagctgaataatgcacttattcggtgaagacggtggaggttctggcggtaggtaaggagccagaggtggaaccgcgtcttaaaccagtgg |
23386564 |
T |
|
| Q |
117 |
atgtggataatgtggtggtggggctgacagagtgagaggtgcagctgcgtgatttccttctcccaccgagttgttgatgttcatcaattttttaggagaa |
216 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
23386563 |
atgtggataatgtggtggtggggctgacagagtgagaagtgcagctgcgtgatttccttctcccaccgagttgttgatgttcatcaattttttaggagaa |
23386464 |
T |
|
| Q |
217 |
gtgatgaactcttttggattttgttcgagtttcaattctgattctgatggtggtggtgttaactgcacattgggttttggttgcgggtggaatggattat |
316 |
Q |
| |
|
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
23386463 |
gtgataaactcttttggattttgttcgagtttcaattctgattctgatggtggtggtgttaactgcacattgggttttggttgcgggtggaatggattat |
23386364 |
T |
|
| Q |
317 |
tggcatcagaaacacacaatggctgtgaaacgagaggttctgacacgatcccatagcgatgttccagactttccaagcgagtgaactgagcagccatgga |
416 |
Q |
| |
|
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
23386363 |
tggcatcggaaacacacaatggctgtgaaacgagaggttctgacacgatcccatagcgatgttccaaactttccaagcgagtgaactgagcagccatgga |
23386264 |
T |
|
| Q |
417 |
ggtggcgcacatggcttagaactgagccatctgttgcacaaatgcatcaagcttttcaatcagatctgcagcagaattgcggttgttgcaagccatgcag |
516 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
23386263 |
ggtggcgcacatggcttagaactgagccatatgttgcacaaatgcatcaagcttttcaatcggatctgcagcagaattgcggttgttgcaagccatgcat |
23386164 |
T |
|
| Q |
517 |
aaagttggattatcatagctagatggatatgggttgggagatggcggtgaagggaaggcagaagagatagtcggataacatggaacaatgtaggatgaat |
616 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
23386163 |
aaagttggattatcatagctagatggatatgggttgggagatggcggtgaagggaaggcagaagagatagtcggataacatggaacaatgtaggatgaat |
23386064 |
T |
|
| Q |
617 |
ggaatggatttgtcttgggaggtgttcaaggacgagagcaccaaatgataagtaaaagattgattattctctgttgtaggacagagaatgagaacctcct |
716 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
23386063 |
ggaatggatttgtcttcggaggtgttcaaggacgagagcaccaaatgataagtaaaagattgattattctctgttataggacagagaatgagaacctcct |
23385964 |
T |
|
| Q |
717 |
aaaaatgagaacctcttaattgcagcttatatccttgctcgtatcaatgaattgggtataacatgggtatgaaattaaggaggttgaaaaaggcgaacaa |
816 |
Q |
| |
|
|| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| |
|
|
| T |
23385963 |
aagaatgagaacctcttaattgcagcctatatccttgctcgtatcaatgaattgggtataacatgggtatgaaattaaggaagttgaaaaaggagaacaa |
23385864 |
T |
|
| Q |
817 |
ttcttgggtgtgggatgaacacgggaatatggaggatagagtaaaagttcttgtggatcaaattgctataatagattagttaagtgtaagtagggttttt |
916 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
23385863 |
ttcttgggtgtgggatgaacacgggaatatggaggatagagtaaaagttcttgtggatcaaattgctataatagattagttaagtgtaagtagggttttt |
23385764 |
T |
|
| Q |
917 |
agtggtcattttgaagaagtggagacgacccgagctagatggagctgctttcccttctttatcggaagaaaagaatgtcatcatatcaagactat |
1011 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
23385763 |
agtggtcattttgaagaagtggagacgactcgagctagatggagctgctttcccttctttatcggaagaaaagaatgtcatcatatcaagactat |
23385669 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 693 - 722
Target Start/End: Complemental strand, 22431399 - 22431370
Alignment:
| Q |
693 |
taggacagagaatgagaacctcctaaaaat |
722 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
22431399 |
taggacagagaatgagaacctcctaaaaat |
22431370 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
© Oklahoma State University