View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16020_low_2 (Length: 892)

Name: NF16020_low_2
Description: NF16020
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16020_low_2
NF16020_low_2
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (18-880)||(30417280-30418140)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 793; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 793; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 880
Target Start/End: Complemental strand, 30418140 - 30417280
Alignment:
Q  18 cttatgtcacgatataaactcaaacataagttataactcaagcaggctgtataagtatttggaccatgcttgcatgctttaggacttcttgtatgttggg 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30418140 cttatgtcacgatataaactcaaacataagttataacccaagcaggctgtataagtatttggaccatgcttgcatgctttaggacttcttgtatgttggg 30418041  T
Q  118 cttgtaacaaacgtttcaactccaacctggactgcacttagtgtgtgagattttaagctctgataattaatacgttgggagaaatagctagtattttttg 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30418040 cttgtaacaaacgtttcaactccaacctggactgcacttagtgtgtgagattttaagctctgataattaatacgttgggagaaatagctagtattttttg 30417941  T
Q  218 ctgcactagtgcnnnnnnnctt-atcttgtttcccttgaccctgtttctattccttcttaatggaagtttttacttatataatcttagttttgaggatat 316  Q
    ||||||||||||        || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30417940 ctgcactagtgctttttttttttatcttgtttcccttgaccctgtttctattccttcttaatggaagtttttacttatataatcttagttttgaggatat 30417841  T
Q  317 gttttgcttactgaatcttctatcatatgatttacctattactaatacctatgtaaagtgtaactcttccaaaagtagggtgattcttaagacaagaagg 416  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30417840 gttttgcttactgaatcttctatcatatgatttacctattactagtacctatgtaaagtgtaactcttccaaaagtagggtgattcttaagacaagaagg 30417741  T
Q  417 tcttttgcagcatgggtgaatgttagacctttgtatttactttgaactgattgtgttgtcctcactttttaggaacatttaaggcaaacattttggtttt 516  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  30417740 tcttttgcagcatgggtgaatgttagacctttgtatttactttgaactgattatgttgtcctcactttttaggaacatttaagacaaacattttggtttt 30417641  T
Q  517 cggtaaattttatgagactaaatttgggaatcatgtttgtgttgtaatacacaaccccttgtgttctcttagccagaactatagattgatttcttttgaa 616  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  30417640 cggtaaattttatgagactaaatttgggaatcatgtttgtgttgtaatacacaaccccttgtgttctcttagccagaactatagattgatttcttttaaa 30417541  T
Q  617 gtttgttttctttttgaacatgagccacacatgtatagtcaacctggtcataatgggctttggagccagcaagagcttgatgatcataaaatatagtggc 716  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30417540 gtttgttttctttttgaacatgagccacacatgtatagtcaacctggtcataatgggctttggagccagcaagagcttgatgatcataaaatatagtggc 30417441  T
Q  717 ccacttcggagccttagatctcttgtagtagttttcttttgacatggcttttattttaccgatgtttcttcatgtaacttctctaagatttcgggttagt 816  Q
    |||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30417440 ccacttcggagccttagatctcttg---tagttttcttttgacatggcttttattttaccgatgtttcttcatgtaacttctctaagatttcgggttagt 30417344  T
Q  817 ggaattaagaattgagcctaaaatttcaccttgacccctcctgctaacctgtgctgcctttgct 880  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30417343 ggaattaagaattgagcctaaaattgcaccttgacccctcctgctaacctgtgctgcctttgct 30417280  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University