View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16027_low_7 (Length: 338)

Name: NF16027_low_7
Description: NF16027
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16027_low_7
NF16027_low_7
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (21-316)||(19785848-19786143)
chr5 (21-316)||(19795444-19795739)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (21-316)||(15834751-15835046)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (22-310)||(47712349-47712637)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 268; Significance: 1e-149; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 268; E-Value: 1e-149
Query Start/End: Original strand, 21 - 316
Target Start/End: Original strand, 19785848 - 19786143
Alignment:
Q  21 tttgattccttacaatagggttgcttctgtggcgatgaagttttataaggagaagtttttgaagcatgataaggagaggtttgagaagtacttggaggat 120  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  19785848 tttgattccttacaatagagttgcttctgtggcgatgaagttttataaggaaaagtttttgaagcatgataaggagaggtttgagaagtacttgaaggat 19785947  T
Q  121 gtgaaggcagggaagactactattgctgctggtgctttgcttcctcacgagattatagagtctttgggggatggagatggtggagaagttgctgagttgc 220  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19785948 gtgaaggcaggaaagactactattgctgctggtgctttgcttcctcaccagattatagagtctttgggggatggagatggtggagaagttgctgagttgc 19786047  T
Q  221 agtggaagagaattgttgatgatttgctcaagaaaggaaagatgaaaaattgtcttgctgtgtgtgatgtgtctgggagcatgtctgggactccta 316  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  19786048 agtggaagagaattgttgatgatttgctcaagaaaggaaagatgaaaaattgtcttgcagtgtgtgatgtttctgggagcatgtctgggactccta 19786143  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 244; E-Value: 1e-135
Query Start/End: Original strand, 21 - 316
Target Start/End: Complemental strand, 19795739 - 19795444
Alignment:
Q  21 tttgattccttacaatagggttgcttctgtggcgatgaagttttataaggagaagtttttgaagcatgataaggagaggtttgagaagtacttggaggat 120  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19795739 tttgattccatacaatagggttgcttctgtggcgatgaagttttataaggagaagtttttgaagcatgataaggagaggtttgagaagtacttggaggat 19795640  T
Q  121 gtgaaggcagggaagactactattgctgctggtgctttgcttcctcacgagattatagagtctttgggggatggagatggtggagaagttgctgagttgc 220  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| ||||||||||||||| ||||||||||    
T  19795639 gtgaaggcagggaagactactattgctgctggtgctttgcttcctcacgagattatagagtctttggatgatgaagatggtggagaagtggctgagttgc 19795540  T
Q  221 agtggaagagaattgttgatgatttgctcaagaaaggaaagatgaaaaattgtcttgctgtgtgtgatgtgtctgggagcatgtctgggactccta 316  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||  |||||||||||||||||||||||||||||||| |||  |||||| ||||    
T  19795539 agtggaagagaattgttgatgatttgctcaagaagggaaaaatgaggaattgtcttgctgtgtgtgatgtgtctgggagtatgcatgggaccccta 19795444  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 208; Significance: 1e-114; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 208; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 21 - 316
Target Start/End: Complemental strand, 15835046 - 15834751
Alignment:
Q  21 tttgattccttacaatagggttgcttctgtggcgatgaagttttataaggagaagtttttgaagcatgataaggagaggtttgagaagtacttggaggat 120  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||    
T  15835046 tttgattccttataatagggttgcttctgtggccatggagttttataaggagaagtttttgaagcatgatgaggagaggtttgagaagtacttgcaggat 15834947  T
Q  121 gtgaaggcagggaagactactattgctgctggtgctttgcttcctcacgagattatagagtctttgggggatggagatggtggagaagttgctgagttgc 220  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  |||||||| |||||||   | ||||| ||||||||||||| | ||||||||    
T  15834946 gtgaaggcagggaagactactatggctgctggtgctttgcttcctcataagattataaagtcttttttgaatggatatggtggagaagtggatgagttgc 15834847  T
Q  221 agtggaagagaattgttgatgatttgctcaagaaaggaaagatgaaaaattgtcttgctgtgtgtgatgtgtctgggagcatgtctgggactccta 316  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| ||| |||| |||||| ||||    
T  15834846 agtggaagagaattgttgatgatttgctcaagaaaggaaagatgaaaaattgtcttgcagtgtctgatgtgtctgcgagtatgtatgggaccccta 15834751  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 165; Significance: 3e-88; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 165; E-Value: 3e-88
Query Start/End: Original strand, 22 - 310
Target Start/End: Complemental strand, 47712637 - 47712349
Alignment:
Q  22 ttgattccttacaatagggttgcttctgtggcgatgaagttttataaggagaagtttttgaagcatgataaggagaggtttgagaagtacttggaggatg 121  Q
    |||||||||||||| |||||||| |||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||| ||||||||||    
T  47712637 ttgattccttacaacagggttgcgtctgtggcgatggagttttataaagagaagtttttgaagcatgataaaaagaggtttgagaagtatttggaggatg 47712538  T
Q  122 tgaaggcagggaagactactattgctgctggtgctttgcttcctcacgagattatagagtctttgggggatggagatggtggagaagttgctgagttgca 221  Q
    |||| |  ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| || |||||   ||| ||||||||||||||||||||||| || || ||||| ||    
T  47712537 tgaaagtggggaagactacgatcgctgctggtgctttgcttcctcatgatattattcggtcgttgggggatggagatggtggagaggtggcggagttaca 47712438  T
Q  222 gtggaagagaattgttgatgatttgctcaagaaaggaaagatgaaaaattgtcttgctgtgtgtgatgtgtctgggagcatgtctggga 310  Q
    ||||| |||||| || |||||||||||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||| ||||||    
T  47712437 gtggacgagaatggtggatgatttgctcaagaaagggaagatgaggaattgtcttgctgtgtgtgatgtttctgggagtatgactggga 47712349  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University