View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16030_low_1 (Length: 532)

Name: NF16030_low_1
Description: NF16030
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16030_low_1
NF16030_low_1
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (33-511)||(52173919-52174397)
chr1 (438-512)||(49710780-49710854)
[»] chr7 (14 HSPs)
chr7 (12-506)||(31576147-31576641)
chr7 (12-507)||(31595203-31595698)
chr7 (35-506)||(31604813-31605284)
chr7 (12-506)||(31608407-31608901)
chr7 (39-506)||(31618417-31618884)
chr7 (33-506)||(31614688-31615154)
chr7 (33-505)||(31585558-31586030)
chr7 (22-499)||(31541176-31541650)
chr7 (22-511)||(31572441-31572926)
chr7 (17-511)||(31438609-31439103)
chr7 (22-423)||(31532595-31532993)
chr7 (22-322)||(33304766-33305068)
chr7 (376-513)||(33305100-33305237)
chr7 (354-475)||(21898213-21898334)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (17-483)||(15062956-15063422)
chr4 (400-511)||(29083986-29084098)
[»] chr6 (5 HSPs)
chr6 (354-473)||(31189590-31189709)
chr6 (408-473)||(31145532-31145597)
chr6 (408-473)||(31171845-31171910)
chr6 (438-487)||(31201383-31201432)
chr6 (400-472)||(30955236-30955308)
[»] scaffold0394 (1 HSPs)
scaffold0394 (418-483)||(2112-2177)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 335; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 335; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 33 - 511
Target Start/End: Original strand, 52173919 - 52174397
Alignment:
Q  33 gataaattaggccaaggaggatatggtgttgtatacaaagcaattttatccgatggtcgtcaagtggcagtgaaagtaataaacgaatcaaaaggaaatg 132  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| | ||||||||||||||||| || |||||||||||||| | ||| ||  |||    
T  52173919 gataaattaggccaaggaggatatggtgttgtatacaaagcaagtttacctgatggtcgtcaagtggctgttaaagtaataaacgagttaaagggggatg 52174018  T
Q  133 gggaagaattcataaatgaagttgctagcattagtagaacatcacacacgaacattgtgtcccttgtaggctattgttatgaggggaacaaaagagcact 232  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||| ||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  52174019 gagaagaattcataaatgaagttgctagcattagtagaacatcacacgtgaacattgtgtcacttttaggctattgttatgaggtgaacaaaagagcact 52174118  T
Q  233 aatatatgagttcatgccccaaggatcattggataagttcatctataaaagtggatttcctcaagctgtttgtgattttcattggaacacttttttccaa 332  Q
    ||||||||| ||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||    
T  52174119 aatatatgaattcatgcgccaaggatcattggatcagttcatctataaaagtggattttctgaagctgtttgtgattttaattggaacactttgttccaa 52174218  T
Q  333 attacacttggcattgctagaggactagagtacttgcatcaaggatgtagttcaaggattctgcatcttgatatcaaacctcaaaacattcttttggacg 432  Q
    ||| || |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |    
T  52174219 attgcaattggcattgctaaaggactagagtacttgcatcaaggatgtagttcaaggattttgcatcttgatatcaaacctcaaaacattattttggatg 52174318  T
Q  433 aagacttttgtccaaaaatttctgattttggactagcaaaaatttgtcaaaggaaggatagtattgtttcaatacttgg 511  Q
    |||||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||| |||| |||||||||||    
T  52174319 aagacttttgcccaaaaatatctgatttcggactagcaaaaatatgccaaaggaaggatagtgttgtgtcaatacttgg 52174397  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 438 - 512
Target Start/End: Original strand, 49710780 - 49710854
Alignment:
Q  438 ttttgtccaaaaatttctgattttggactagcaaaaatttgtcaaaggaaggatagtattgtttcaatacttggt 512  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||| |||| ||| || || || ||||| |||||| |||||    
T  49710780 ttttgtccaaaaatttcagattttggacttgctaaaatatgtctaagaaaagaaagcattgtatcaatatttggt 49710854  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 323; Significance: 0; HSPs: 14)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 323; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 506
Target Start/End: Complemental strand, 31576641 - 31576147
Alignment:
Q  12 aggagcacagactcatttcgggataaattaggccaaggaggatatggtgttgtatacaaagcaattttatccgatggtcgtcaagtggcagtgaaagtaa 111  Q
    |||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||   ||||||||||||||||| ||||||||||    
T  31576641 aggatcacaaactcatttcgggataaattaggccaaggaggatatggtgttgtttacaaagcaagtttaattgatggtcgtcaagtggcggtgaaagtaa 31576542  T
Q  112 taaacgaatcaaaaggaaatggggaagaattcataaatgaagttgctagcattagtagaacatcacacacgaacattgtgtcccttgtaggctattgtta 211  Q
    |||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||| |||||| ||||||    
T  31576541 taaatgaatccaaaggaaatggagaagaattcataaatgaagttgctagcattagtcgaacatcacacatgaacattgtgtcccttttaggcttttgtta 31576442  T
Q  212 tgaggggaacaaaagagcactaatatatgagttcatgccccaaggatcattggataagttcatctataaaagtggatttcctcaagctgtttgtgatttt 311  Q
    ||||| | |||||||||||||||||||||| ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| | ||| |||||||||||    
T  31576441 tgaggtggacaaaagagcactaatatatgaattcatgcccaatggatcattggataagttcatctataaaagtgaatttcctaacgctatttgtgatttt 31576342  T
Q  312 cattggaacacttttttccaaattacacttggcattgctagaggactagagtacttgcatcaaggatgtagttcaaggattctgcatcttgatatcaaac 411  Q
     ||||||||||||| ||||||||  || |||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  31576341 gattggaacactttgttccaaatagcaattggcattgctagaggtctagagtacttgcaccaaggatgcagttcaaggattctgcatcttgatataaaac 31576242  T
Q  412 ctcaaaacattcttttggacgaagacttttgtccaaaaatttctgattttggactagcaaaaatttgtcaaaggaaggatagtattgtttcaata 506  Q
    ||||||||||||||||||| || || ||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||| || |||| ||||||||||||||| ||||||    
T  31576241 ctcaaaacattcttttggatgatgatttttgcccaaaaatctctgattttggactagcgaaaatatgccaaaagaaggatagtattgtgtcaata 31576147  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 320; E-Value: 1e-180
Query Start/End: Original strand, 12 - 507
Target Start/End: Complemental strand, 31595698 - 31595203
Alignment:
Q  12 aggagcacagactcatttcgggataaattaggccaaggaggatatggtgttgtatacaaagcaattttatccgatggtcgtcaagtggcagtgaaagtaa 111  Q
    |||| |||| ||||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||| |||| | ||||||||||||||||||||||||||||    
T  31595698 aggatcacaaactcattccgtgataaattaggccacggaggatatggtgttgtgtacaaagcaagtttaacggatggtcgtcaagtggcagtgaaagtaa 31595599  T
Q  112 taaacgaatcaaaaggaaatggggaagaattcataaatgaagttgctagcattagtagaacatcacacacgaacattgtgtcccttgtaggctattgtta 211  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||| ||| |||| ||||||||    
T  31595598 taaacgagtcaaaaggaaatggggaagagttcataaatgaagttgctagcatcagtagaacatcacacatgaacattgtgtcacttttaggttattgtta 31595499  T
Q  212 tgaggggaacaaaagagcactaatatatgagttcatgccccaaggatcattggataagttcatctataaaagtggatttcctcaagctgtttgtgatttt 311  Q
     ||||  || |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| | || || |||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||    
T  31595498 cgaggcaaataaaagagcactaatatatgagttcatgcccaaaggatcactagacaaattcatctataaaagtggatttcctgacgctgtttgtgatttt 31595399  T
Q  312 cattggaacacttttttccaaattacacttggcattgctagaggactagagtacttgcatcaaggatgtagttcaaggattctgcatcttgatatcaaac 411  Q
     ||| ||||||||| ||||||||| |  | ||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  31595398 gattcgaacactttgttccaaattgctatcggcattgctagaggtttagagtacttgcatcaaggatgtagttcaaggatactgcatcttgatatcaaac 31595299  T
Q  412 ctcaaaacattcttttggacgaagacttttgtccaaaaatttctgattttggactagcaaaaatttgtcaaaggaaggatagtattgtttcaatac 507  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||||| |||||||    
T  31595298 ctcaaaacattcttttggacgaaaacttttgcccaaaaatctctgattttggactagcaaaaatatgtcaaatgaatgatagtattgtgtcaatac 31595203  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 308; E-Value: 1e-173
Query Start/End: Original strand, 35 - 506
Target Start/End: Complemental strand, 31605284 - 31604813
Alignment:
Q  35 taaattaggccaaggaggatatggtgttgtatacaaagcaattttatccgatggtcgtcaagtggcagtgaaagtaataaacgaatcaaaaggaaatggg 134  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||   ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||     
T  31605284 taaattaggccaaggaggatatggtgttgtttacaaagcaagtttaattgatggtcgtcaagtggcggtgaaagtaataaatgaatccaaaggaaatgga 31605185  T
Q  135 gaagaattcataaatgaagttgctagcattagtagaacatcacacacgaacattgtgtcccttgtaggctattgttatgaggggaacaaaagagcactaa 234  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||| |||||| ||||||||||| | |||||||||||||||    
T  31605184 gaagaattcataaatgaagttgctagcattagtcgaacatcacacatgaacattgtgtcccttttaggcttttgttatgaggtggacaaaagagcactaa 31605085  T
Q  235 tatatgagttcatgccccaaggatcattggataagttcatctataaaagtggatttcctcaagctgtttgtgattttcattggaacacttttttccaaat 334  Q
    ||||||| ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| | ||| ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||    
T  31605084 tatatgaattcatgcccaatggatcattggataagttcatctataaaagtgaatttcctaacgctatttgtgattttgattggaacactttgttccaaat 31604985  T
Q  335 tacacttggcattgctagaggactagagtacttgcatcaaggatgtagttcaaggattctgcatcttgatatcaaacctcaaaacattcttttggacgaa 434  Q
      || |||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||     
T  31604984 agcaattggcattgctagaggtctagagtacttgcaccaaggatgcagttcaaggattctgcatcttgatataaaacctcaaaacattcttttggatgat 31604885  T
Q  435 gacttttgtccaaaaatttctgattttggactagcaaaaatttgtcaaaggaaggatagtattgtttcaata 506  Q
    || ||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||| || |||| ||||||||||||||| ||||||    
T  31604884 gatttttgcccaaaaatctctgattttggactagcgaaaatatgccaaaagaaggatagtattgtgtcaata 31604813  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 307; E-Value: 1e-173
Query Start/End: Original strand, 12 - 506
Target Start/End: Complemental strand, 31608901 - 31608407
Alignment:
Q  12 aggagcacagactcatttcgggataaattaggccaaggaggatatggtgttgtatacaaagcaattttatccgatggtcgtcaagtggcagtgaaagtaa 111  Q
    |||| |||| |||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||| |||| | ||||||||||||||||||||||||||||    
T  31608901 aggatcacaaactcatttcgagataaattaggccatggaggatatggtgttgtgtacaaagcaagtttaacggatggtcgtcaagtggcagtgaaagtaa 31608802  T
Q  112 taaacgaatcaaaaggaaatggggaagaattcataaatgaagttgctagcattagtagaacatcacacacgaacattgtgtcccttgtaggctattgtta 211  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  |||||||||||| ||  |||| | ||||||    
T  31608801 taaacgagtcaaaaggaaatggggaagagttcataaatgaagttgctagcatcagtagaacatcacacctgaacattgtgtcactcttaggtttttgtta 31608702  T
Q  212 tgaggggaacaaaagagcactaatatatgagttcatgccccaaggatcattggataagttcatctataaaagtggatttcctcaagctgtttgtgatttt 311  Q
    ||||| ||| |||||||| ||||||||||| | ||||||| |||||||  ||||||||||||||||||| |||||||||||| | |||||||||||||||    
T  31608701 tgaggtgaataaaagagcgctaatatatgaatacatgcccaaaggatccctggataagttcatctataagagtggatttcctgacgctgtttgtgatttt 31608602  T
Q  312 cattggaacacttttttccaaattacacttggcattgctagaggactagagtacttgcatcaaggatgtagttcaaggattctgcatcttgatatcaaac 411  Q
     ||||||||||||| |||||| || |  | |||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||    
T  31608601 gattggaacactttgttccaagttgctatcggcattgctagaggtctcgagtacttgcatcaaggatgtagttcaaggatactacatcttgatatcaaac 31608502  T
Q  412 ctcaaaacattcttttggacgaagacttttgtccaaaaatttctgattttggactagcaaaaatttgtcaaaggaaggatagtattgtttcaata 506  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||    
T  31608501 ctcaaaacattcttttggatgaagacttttgtccaaaaatatctgattttggacttgctaaaatatgtcaaaggaaggacagtattgtgtcaata 31608407  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 276; E-Value: 1e-154
Query Start/End: Original strand, 39 - 506
Target Start/End: Complemental strand, 31618884 - 31618417
Alignment:
Q  39 ttaggccaaggaggatatggtgttgtatacaaagcaattttatccgatggtcgtcaagtggcagtgaaagtaataaacgaatcaaaaggaaatggggaag 138  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| |||||   || ||||||||||||||||||||||||||| |||  |||| |||||||| ||||    
T  31618884 ttaggccaaggagggtatggtgttgtctacaaagcaagtttatataatagtcgtcaagtggcagtgaaagtaataagcgagacaaagggaaatggagaag 31618785  T
Q  139 aattcataaatgaagttgctagcattagtagaacatcacacacgaacattgtgtcccttgtaggctattgttatgaggggaacaaaagagcactaatata 238  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| | |||||||||||| ||| |||| |||||||| || | |||||||||||| ||||||||    
T  31618784 aattcataaatgaagttgctagcattagtaggacatcacatatgaacattgtgtcgcttttaggatattgttacgaagagaacaaaagagcgctaatata 31618685  T
Q  239 tgagttcatgccccaaggatcattggataagttcatctataaaagtggatttcctcaagctgtttgtgattttcattggaacacttttttccaaattaca 338  Q
    ||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||| | ||  ||||||||||| ||||||||||||| || | |||| ||    
T  31618684 tgaattcatgcccaaaggatcattggataagttcatctacaaaagtgaatttcctaatgccatttgtgattttgattggaacactttgtttcgaattgca 31618585  T
Q  339 cttggcattgctagaggactagagtacttgcatcaaggatgtagttcaaggattctgcatcttgatatcaaacctcaaaacattcttttggacgaagact 438  Q
     |||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |    
T  31618584 attggcattgctaaaggtctagagtacttgcatcaaggatgtagttcaaggattctacatcttgatataaaacctcaaaacattcttttggatgaagatt 31618485  T
Q  439 tttgtccaaaaatttctgattttggactagcaaaaatttgtcaaaggaaggatagtattgtttcaata 506  Q
    ||||||||||||| || |||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||| ||||||    
T  31618484 tttgtccaaaaatctcagattttggactagctaaaatatgccaaaggaaggatagtattgtgtcaata 31618417  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 260; E-Value: 1e-144
Query Start/End: Original strand, 33 - 506
Target Start/End: Complemental strand, 31615154 - 31614688
Alignment:
Q  33 gataaattaggccaaggaggatatggtgttgtatacaaagcaattttatccgatggtcgtcaagtggcagtgaaagtaataaacgaatcaaaaggaaatg 132  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||   ||||||||||| ||||| ||||||||| |||| || ||||| |||||||    
T  31615154 gataaattaggccaaggaggatatggtgttgtgtacaaagcaagtttaattgatggtcgtcatgtggcggtgaaagtactaaatgagtcaaagggaaatg 31615055  T
Q  133 gggaagaattcataaatgaagttgctagcattagtagaacatcacacacgaacattgtgtcccttgtaggctattgttatgaggggaacaaaagagcact 232  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||| ||||||||| |||||| |||||| ||||||||||| |||||||||||||||    
T  31615054 gagaagaattcataaatgaagttgctagcattagtcgaacattacacatgaacattgtatcccttttaggcttttgttatgaggtgaacaaaagagcact 31614955  T
Q  233 aatatatgagttcatgccccaaggatcattggataagttcatctataaaagtggatttcctcaagctgtttgtgattttcattggaacacttttttccaa 332  Q
    ||||||||| |||||| || |||||||||||||||  |||||||| ||||||| ||||||| | ||| ||||||||||| ||||||||||||| ||||||    
T  31614954 aatatatgaattcatgtccaaaggatcattggatagtttcatctacaaaagtgaatttcctaatgctatttgtgattttaattggaacactttgttccaa 31614855  T
Q  333 attacacttggcattgctagaggactagagtacttgcatcaaggatgtagttcaaggattctgcatcttgatatcaaacctcaaaacattcttttggacg 432  Q
    ||| || ||||||| |||||||| ||||||||||||||||       ||| |||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||| |    
T  31614854 attgcaattggcatcgctagaggtctagagtacttgcatc-------tagctcaaggattctgtatcttgataccaaacctcaaaacattcttttggatg 31614762  T
Q  433 aagacttttgtccaaaaatttctgattttggactagcaaaaatttgtcaaaggaaggatagtattgtttcaata 506  Q
    |||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||| || |||| ||||||||||||||| ||||||    
T  31614761 aagatttttgcccaaaaatctctgattttggactagcgaaaatatgccaaaagaaggatagtattgtgtcaata 31614688  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 245; E-Value: 1e-136
Query Start/End: Original strand, 33 - 505
Target Start/End: Complemental strand, 31586030 - 31585558
Alignment:
Q  33 gataaattaggccaaggaggatatggtgttgtatacaaagcaattttatccgatggtcgtcaagtggcagtgaaagtaataaacgaatcaaaaggaaatg 132  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||  ||||   ||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||| | || |||||||    
T  31586030 gataaattaggtcaaggaggatatggtgttgtgtacaaagcatgtttaagtgatggtcgtcatgtggcggtgaaagtaataaatgaaactaagggaaatg 31585931  T
Q  133 gggaagaattcataaatgaagttgctagcattagtagaacatcacacacgaacattgtgtcccttgtaggctattgttatgaggggaacaaaagagcact 232  Q
    | ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  |||||||| || ||| |||||| ||| ||||||| ||||||||||||| |    
T  31585930 gagaagaattcataaatgaagtttctagcattagtagaacatcacacatcaacattgtatcacttttaggcttttgctatgaggtgaacaaaagagcatt 31585831  T
Q  233 aatatatgagttcatgccccaaggatcattggataagttcatctataaaagtggatttcctcaagctgtttgtgattttcattggaacacttttttccaa 332  Q
     |||||||| |||||| || |||||||||||| |||||| ||||||| |||   ||||||| | ||| | | ||||||| ||||||||||||| ||||||    
T  31585830 gatatatgaattcatgtccaaaggatcattgggtaagtttatctatagaagccaatttcctaatgctatatatgattttgattggaacactttgttccaa 31585731  T
Q  333 attacacttggcattgctagaggactagagtacttgcatcaaggatgtagttcaaggattctgcatcttgatatcaaacctcaaaacattcttttggacg 432  Q
    ||| || ||||||||||||||||  ||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |    
T  31585730 attgcagttggcattgctagaggtttagagtatttgcatcaaggatgtagttcgaggattctgcatcttgatatcaaaccccaaaacattcttttggatg 31585631  T
Q  433 aagacttttgtccaaaaatttctgattttggactagcaaaaatttgtcaaaggaaggatagtattgtttcaat 505  Q
    |||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || | || ||||||||||| ||| |||||    
T  31585630 aagatttttgtccaaaaatatctgattttggactagcaaaaatatgccgaaagaaggatagtactgtgtcaat 31585558  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 208; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 22 - 499
Target Start/End: Complemental strand, 31541650 - 31541176
Alignment:
Q  22 actcatttcgggataaattaggccaaggaggatatggtgttgtatacaaagcaattttatccgatggtcgtcaagtggcagtgaaagtaataaacgaatc 121  Q
    |||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||  ||| | |||||||||||||| ||||||||| | ||||| || ||    
T  31541650 actcgtttcgagataaattaggtcaaggaggatatggtgttgtttacaaagcaaacttacctgatggtcgtcaagtagcagtgaaaattataaatgagtc 31541551  T
Q  122 aaaaggaaatggggaagaattcataaatgaagttgctagcattagtagaacatcacacacgaacattgtgtcccttgtaggctattgttatgaggggaac 221  Q
     || |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||| || ||| | || | ||||||||||   |||    
T  31541550 taagggaaatggagaagatttcataaatgaagttgctagcattagtagaacatcacatgtgaacattgtctcacttttgggattttgttatgag---aac 31541454  T
Q  222 aaaagagcactaatatatgagttcatgccccaaggatcattggataagttcatctataaaagtggatttcctcaagctgtttgtgattttcattggaaca 321  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||   |||||||||||||| | | ||| |||||  |||  ||||||| |    
T  31541453 aaaagagcactaatatatgagttcttgcccaaaggatcattggataagttcattcttaaaagtggatttcatgatgctatttgtagtttggattggaaga 31541354  T
Q  322 cttttttccaaattacacttggcattgctagaggactagagtacttgcatcaaggatgtagttcaaggattctgcatcttgatatcaaacctcaaaacat 421  Q
    | || | ||||||| || | || |||||| |||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| ||| ||||||||||||||||||| ||||||||    
T  31541353 cattgtaccaaattgcaatcggaattgctcgaggactagaatacttgcatcaaggatgtatttcaagaattttgcatcttgatatcaaaccacaaaacat 31541254  T
Q  422 tcttttggacgaagacttttgtccaaaaatttctgattttggactagcaaaaatttgtcaaaggaaggatagtattgt 499  Q
    ||||||||| ||| | ||||| || ||||| ||||||||||||||||| ||| | || |||||||| |||||||||||    
T  31541253 tcttttggatgaaaatttttgccccaaaatctctgattttggactagctaaagtatgccaaaggaatgatagtattgt 31541176  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 204; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 22 - 511
Target Start/End: Original strand, 31572441 - 31572926
Alignment:
Q  22 actcatttcgggataaattaggccaaggaggatatggtgttgtatacaaagcaattttatccgatggtcgtcaagtggcagtgaaagtaataaacgaatc 121  Q
    |||||||||| |||||||||||  |||||||||||||||| || |||||||||| |||| | |||||| |||||||||| || |||||||||||||||||    
T  31572441 actcatttcgagataaattaggttaaggaggatatggtgtcgtgtacaaagcaagtttacctgatggttgtcaagtggcggttaaagtaataaacgaatc 31572540  T
Q  122 aaaaggaaatggggaagaattcataaatgaagttgctagcattagtagaacatcacacacgaacattgtgtcccttgtaggctattgttatgaggggaac 221  Q
     || ||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||| || ||| | || |  ||||||||   ||||    
T  31572541 taagggagatggagaagaattcataaatgaagttgctagcattagtagaacatcacatgtgaacattgtctcacttttgggtttctgttatga---gaac 31572637  T
Q  222 aaaagagcactaatatatgagttcatgccccaaggatcattggataagttcatctataaaagtggatttcctcaagctgtttgtgattttcattggaaca 321  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||  | || ||| | || |||||||||| ||||||||||||||||   ||  ||||| ||||  |||||||||    
T  31572638 aaaagagcactaatatatgaattcatgccaaatggttcactagacaagttcatctttaaaagtggatttcctagtgcactttgtaatttggattggaaca 31572737  T
Q  322 cttttttccaaattacacttggcattgctagaggactagagtacttgcatcaaggatgtagttcaaggattctgcatcttgatatcaaacctcaaaacat 421  Q
    | || | || |||| || | ||||| ||||||||||| || |||||||| |||||||||| |||||||||| ||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  31572738 cgttgtaccgaattgcaataggcatagctagaggactcgaatacttgcaacaaggatgtatttcaaggattttgcatcttgatataaaacc-caaaacat 31572836  T
Q  422 tcttttggacgaagacttttgtccaaaaatttctgattttggactagcaaaaatttgtcaaaggaaggatagtattgtttcaatacttgg 511  Q
    ||||||||| ||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||  |||| || |||||||||||||||||||| || ||||||||    
T  31572837 tcttttggatgaagatttttgcccaaaaatctctgattttggactagctcaaatatgccaaaggaaggatagtattgtgtccatacttgg 31572926  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 179; E-Value: 2e-96
Query Start/End: Original strand, 17 - 511
Target Start/End: Original strand, 31438609 - 31439103
Alignment:
Q  17 cacagactcatttcgggataaattaggccaaggaggatatggtgttgtatacaaagcaattttatccgatggtcgtcaagtggcagtgaaagtaataaac 116  Q
    |||| |||||||||| ||||| || || |||||||||||||||||||| |||||||||| |||| | ||||| ||||| || || |||||||||||||      
T  31438609 cacaaactcatttcgagataagttgggtcaaggaggatatggtgttgtgtacaaagcaagtttacctgatggccgtcatgttgcggtgaaagtaataagt 31438708  T
Q  117 gaatcaaaaggaaatggggaagaattcataaatgaagttgctagcattagtagaacatcacacacgaacattgtgtcccttgtaggctattgttatgagg 216  Q
    || |  || ||| | || |||||||| |||||||||||||| ||||| |||| |||||||||   ||||||||| || ||| | || | |||||||||      
T  31438709 gagtgcaagggagacggagaagaatttataaatgaagttgcaagcataagtaaaacatcacatgtgaacattgtctcacttttgggtttttgttatgaaa 31438808  T
Q  217 ggaacaaaagagcactaatatatgagttcatgccccaaggatcattggataagttcatctataaaagtggatttcctcaagctgtttgtgattttcattg 316  Q
     ||||||||| ||| | |||||||| |||||| || | || ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||  | ||| ||||||||||  ||||    
T  31438809 agaacaaaagtgcattgatatatgaattcatgtccaatgggtcattagataagttcatatataaaagtggatttccaaatgctatttgtgatttggattg 31438908  T
Q  317 gaacacttttttccaaattacacttggcattgctagaggactagagtacttgcatcaaggatgtagttcaaggattctgcatcttgatatcaaacctcaa 416  Q
    ||||||  | ||||| ||| || || ||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||| |||||| ||| |||||||||||||||||||||||    
T  31438909 gaacacaatgttccatattgcaattagcattgctagaggactagagtacttacatcaaggttgtatttcaagaattttgcatcttgatatcaaacctcaa 31439008  T
Q  417 aacattcttttggacgaagacttttgtccaaaaatttctgattttggactagcaaaaatttgtcaaaggaaggatagtattgtttcaatacttgg 511  Q
    ||||||||||| || ||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||| ||||||| ||| || ||| |||||||  |||||||    
T  31439009 aacattcttttagatgaagatttttgtccaaaaatatctgattttggtctagctaaaatatgtcaaaagaaagagagtgttgtttccctacttgg 31439103  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 140; E-Value: 4e-73
Query Start/End: Original strand, 22 - 423
Target Start/End: Complemental strand, 31532993 - 31532595
Alignment:
Q  22 actcatttcgggataaattaggccaaggaggatatggtgttgtatacaaagcaattttatccgatggtcgtcaagtggcagtgaaagtaataaacgaatc 121  Q
    |||||||||| || | ||| || ||||||||||||||| | || ||||||||||  ||| | ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| ||    
T  31532993 actcatttcgagacagattgggtcaaggaggatatggtatggtttacaaagcaaacttacctgatggtcgtgaagtggcggtgaaagtaataaacgagtc 31532894  T
Q  122 aaaaggaaatggggaagaattcataaatgaagttgctagcattagtagaacatcacacacgaacattgtgtcccttgtaggctattgttatgaggggaac 221  Q
    ||| |||||| | |||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||   |||||| || || ||| | || | ||| ||||||   |||    
T  31532893 aaagggaaatagagaagaattcacaaatgaagttgcaagcattagtagaacatcacatgtgaacatcgtttcacttttgggtttttgctatgag---aac 31532797  T
Q  222 aaaagagcactaatatatgagttcatgccccaaggatcattggataagttcatctataaaagtggatttcctcaagctgtttgtgattttcattggaaca 321  Q
    |||||||||||||||||||| |||||| ||  ||||||||| ||||| ||||||   |||||||| || ||| | ||| |||||  |||  ||||||||     
T  31532796 aaaagagcactaatatatgaattcatgtccagaggatcattagataaattcatcctcaaaagtgggttgcctgatgctatttgtagtttagattggaacg 31532697  T
Q  322 cttttttccaaattacacttggcattgctagaggactagagtacttgcatcaaggatgtagttcaaggattctgcatcttgatatcaaacctcaaaacat 421  Q
    | || | ||||||| || | |||||||||  ||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||    
T  31532696 cattgtaccaaattgcaatcggcattgctcaaggactagaatacttgcatcaaggatgtaattcaaggattttgcatcttgatatcaaaccacaaaacat 31532597  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 135; E-Value: 4e-70
Query Start/End: Original strand, 22 - 322
Target Start/End: Original strand, 33304766 - 33305068
Alignment:
Q  22 actcatttcgggataaattaggccaaggaggatatggtgttgtatacaaagcaattttatccgatggtcgtcaagtggcagtgaaagtaataaacgaatc 121  Q
    |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||  ||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||    
T  33304766 actcatttcgagataaattaggtcaaggaggatatggtgttgtgtacaaagcaagcttacctgatggtcgtcaagtggcagtgaaagtaataaaagagtc 33304865  T
Q  122 aaaaggaaatggggaagaattcataaatgaagttgctagcattagtagaacatca---caca--cgaacattgtgtcccttgtaggctattgttatgagg 216  Q
     || |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||   ||||   ||||||||| || ||| | || | |||||||||      
T  33304866 caagggaaatggagaagaatttataaatgaagttgctagcattagtagaacgtcacgtcacatgtgaacattgtctcacttttgggtttttgttatga-- 33304963  T
Q  217 ggaacaaaagagcactaatatatgagttcatgccccaaggatcattggataagttcatctataaaagtggatttcctcaagctgtttgtgattttcattg 316  Q
     |||||||||||| || |||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| |||||||| |||| | ||| ||||||||||  ||||    
T  33304964 -gaacaaaagagctctgatatatgaattcatgcccaaaggatcattggataagttcatccatataagtggatctcctgatgctatttgtgatttggattg 33305062  T
Q  317 gaacac 322  Q
    ||||||    
T  33305063 gaacac 33305068  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 74; E-Value: 1e-33
Query Start/End: Original strand, 376 - 513
Target Start/End: Original strand, 33305100 - 33305237
Alignment:
Q  376 gatgtagttcaaggattctgcatcttgatatcaaacctcaaaacattcttttggacgaagacttttgtccaaaaatttctgattttggactagcaaaaat 475  Q
    |||||| |||||||||| ||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||  |||| ||||| |||||||| || ||||||||||||||  ||||    
T  33305100 gatgtatttcaaggattttgcatcttgatgtcaaaccccaaaacattcttttggattaagatttttgcccaaaaatctcagattttggactagctcaaat 33305199  T
Q  476 ttgtcaaaggaaggatagtattgtttcaatacttggta 513  Q
     ||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||    
T  33305200 atgtcaaaggaaggatagcattgtatccatacttggta 33305237  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 354 - 475
Target Start/End: Original strand, 21898213 - 21898334
Alignment:
Q  354 ggactagagtacttgcatcaaggatgtagttcaaggattctgcatcttgatatcaaacctcaaaacattcttttggacgaagacttttgtccaaaaattt 453  Q
    ||||| || ||||||||||||||||||  ||| |||||| ||||||| |||||||| || || ||||||||  |||| || || ||||| ||||||||      
T  21898213 ggactggactacttgcatcaaggatgtgcttcgaggattgtgcatctggatatcaagccccacaacattctgctggatgatgatttttgcccaaaaatcg 21898312  T
Q  454 ctgattttggactagcaaaaat 475  Q
    ||||||||||||| || |||||    
T  21898313 ctgattttggactggcgaaaat 21898334  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 159; Significance: 2e-84; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 159; E-Value: 2e-84
Query Start/End: Original strand, 17 - 483
Target Start/End: Original strand, 15062956 - 15063422
Alignment:
Q  17 cacagactcatttcgggataaattaggccaaggaggatatggtgttgtatacaaagcaattttatccgatggtcgtcaagtggcagtgaaagtaataaac 116  Q
    |||| |||| ||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||| | |||| | ||||| ||||| || || |||||||| |||| |    
T  15062956 cacaaactcgtttcgagataagttgggccaaggaggatatggtgttgtttacaaagccagtttacctgatggccgtcatgtagcggtgaaagtgataagc 15063055  T
Q  117 gaatcaaaaggaaatggggaagaattcataaatgaagttgctagcattagtagaacatcacacacgaacattgtgtcccttgtaggctattgttatgagg 216  Q
    || |  || ||||| || |||||||| |||||||||||||| ||||| |  | ||||||||| | |||| |||| || ||| | || | ||||||||||     
T  15063056 gagtgcaagggaaacggagaagaatttataaatgaagttgcaagcataacaaaaacatcacatatgaacgttgtttcacttttgggtttttgttatgaga 15063155  T
Q  217 ggaacaaaagagcactaatatatgagttcatgccccaaggatcattggataagttcatctataaaagtggatttcctcaagctgtttgtgattttcattg 316  Q
     ||||||||||||| | |||||||| |||||| || | |||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||  | ||| ||||||||||  ||||    
T  15063156 agaacaaaagagcattgatatatgaattcatgtccaatggatcattagataagttcatatacaaaagtggatttccaaatgctatttgtgatttggattg 15063255  T
Q  317 gaacacttttttccaaattacacttggcattgctagaggactagagtacttgcatcaaggatgtagttcaaggattctgcatcttgatatcaaacctcaa 416  Q
    |||||| || ||||||||   | ||||||||||| |||| |||||||| || |||||||| |||| |||||| ||| |||||||||||||||||||||||    
T  15063256 gaacacattattccaaatcgtaattggcattgctcgaggtctagagtatttacatcaaggttgtatttcaagaattttgcatcttgatatcaaacctcaa 15063355  T
Q  417 aacattcttttggacgaagacttttgtccaaaaatttctgattttggactagcaaaaatttgtcaaa 483  Q
    ||||||||||| || ||||| ||||| |||||||| ||||||||||| || || ||||| |||||||    
T  15063356 aacattcttttagatgaagatttttgcccaaaaatatctgattttggtcttgctaaaatatgtcaaa 15063422  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000008
Query Start/End: Original strand, 400 - 511
Target Start/End: Complemental strand, 29084098 - 29083986
Alignment:
Q  400 ttgatatcaaacctcaaaacattcttttggacgaagacttttgtccaaaaatttct--gattttggactagcaaaaatttgtcaaaggaaggatagtatt 497  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||| || || ||||| |||||||  |||  |||||||||||||| ||||| ||||||  |||  ||||||||    
T  29084098 ttgatatcaaaccccaaaacattcttttggatgacgatttttg-ccaaaaaaatctaagattttggactagctaaaatatgtcaagagaatcatagtatt 29084000  T
Q  498 gtttcaatacttgg 511  Q
    || || ||||||||    
T  29083999 gtgtctatacttgg 29083986  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 32; Significance: 0.00000001; HSPs: 5)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 354 - 473
Target Start/End: Complemental strand, 31189709 - 31189590
Alignment:
Q  354 ggactagagtacttgcatcaaggatgtagttcaaggattctgcatcttgatatcaaacctcaaaacattcttttggacgaagacttttgtccaaaaattt 453  Q
    ||||||||||||||||||  ||||||||   |||| ||| | ||| | || || ||||| || ||||||||||| || ||  | || |||||||||||||    
T  31189709 ggactagagtacttgcatagaggatgtaccacaagaattttacatttcgacataaaaccacataacattcttttagatgagaatttatgtccaaaaattt 31189610  T
Q  454 ctgattttggactagcaaaa 473  Q
    | ||||||||||| ||||||    
T  31189609 cagattttggacttgcaaaa 31189590  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 408 - 473
Target Start/End: Complemental strand, 31145597 - 31145532
Alignment:
Q  408 aaacctcaaaacattcttttggacgaagacttttgtccaaaaatttctgattttggactagcaaaa 473  Q
    ||||| || ||||||||||| || ||| |||| |||||||| ||||| ||||||||||| ||||||    
T  31145597 aaaccacataacattcttttagatgaaaacttatgtccaaagatttcagattttggacttgcaaaa 31145532  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 408 - 473
Target Start/End: Complemental strand, 31171910 - 31171845
Alignment:
Q  408 aaacctcaaaacattcttttggacgaagacttttgtccaaaaatttctgattttggactagcaaaa 473  Q
    ||||| || ||||||||||| || ||| |||| |||||||| ||||| ||||||||||| ||||||    
T  31171910 aaaccacataacattcttttagatgaaaacttatgtccaaagatttcagattttggacttgcaaaa 31171845  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 438 - 487
Target Start/End: Complemental strand, 31201432 - 31201383
Alignment:
Q  438 ttttgtccaaaaatttctgattttggactagcaaaaatttgtcaaaggaa 487  Q
    ||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||| |||||| ||||||    
T  31201432 ttttgtccaaagatttcagattttggacttgcaaaactttgtccaaggaa 31201383  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 400 - 472
Target Start/End: Original strand, 30955236 - 30955308
Alignment:
Q  400 ttgatatcaaacctcaaaacattcttttggacgaagacttttgtccaaaaatttctgattttggactagcaaa 472  Q
    ||||||| ||||| || ||||||||||| || ||| | || |||||||| ||||| ||||||||||| |||||    
T  30955236 ttgatataaaaccacataacattcttttagatgaaaatttatgtccaaagatttcagattttggacttgcaaa 30955308  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0394 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000002; HSPs: 1)
Name: scaffold0394
Description:

Target: scaffold0394; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 418 - 483
Target Start/End: Complemental strand, 2177 - 2112
Alignment:
Q  418 acattcttttggacgaagacttttgtccaaaaatttctgattttggactagcaaaaatttgtcaaa 483  Q
    |||||||||| || ||||| ||||| |||||||| ||||||||||| || || ||||| |||||||    
T  2177 acattcttttagatgaagatttttgcccaaaaatatctgattttggtcttgctaaaatatgtcaaa 2112  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University