View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16038_low_11 (Length: 241)

Name: NF16038_low_11
Description: NF16038
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16038_low_11
NF16038_low_11
[»] chr1 (12 HSPs)
chr1 (1-231)||(18059781-18060014)
chr1 (1-231)||(17004638-17004871)
chr1 (1-231)||(38055114-38055347)
chr1 (2-226)||(46523394-46523621)
chr1 (10-151)||(17148647-17148791)
chr1 (7-94)||(19962528-19962617)
chr1 (13-112)||(7640968-7641069)
chr1 (13-112)||(22035568-22035669)
chr1 (1-95)||(22227947-22228041)
chr1 (1-95)||(22232644-22232738)
chr1 (189-231)||(22035448-22035490)
chr1 (190-231)||(20254312-20254353)
[»] chr6 (18 HSPs)
chr6 (1-231)||(16376396-16376629)
chr6 (1-231)||(16383720-16383953)
chr6 (1-231)||(16556162-16556395)
chr6 (1-231)||(16632718-16632951)
chr6 (1-231)||(10488699-10488932)
chr6 (1-231)||(22225761-22225994)
chr6 (1-231)||(1556005-1556238)
chr6 (1-231)||(19610018-19610251)
chr6 (1-151)||(16231972-16232125)
chr6 (2-151)||(18086847-18086999)
chr6 (7-151)||(13620823-13620970)
chr6 (10-151)||(23977849-23977993)
chr6 (7-94)||(19299375-19299464)
chr6 (144-231)||(33314387-33314474)
chr6 (1-60)||(22251589-22251648)
chr6 (1-159)||(29665945-29666106)
chr6 (24-112)||(29869821-29869911)
chr6 (51-113)||(27740957-27741021)
[»] chr3 (15 HSPs)
chr3 (1-231)||(1467762-1467995)
chr3 (1-231)||(49232436-49232669)
chr3 (1-231)||(25058739-25058972)
chr3 (1-231)||(12902113-12902346)
chr3 (1-227)||(5228317-5228546)
chr3 (7-180)||(15468369-15468545)
chr3 (1-180)||(22275260-22275442)
chr3 (1-231)||(12264815-12265049)
chr3 (2-151)||(18911073-18911225)
chr3 (7-134)||(12811938-12812068)
chr3 (2-231)||(44228985-44229217)
chr3 (115-231)||(18897139-18897255)
chr3 (1-159)||(54651529-54651690)
chr3 (1-61)||(18897067-18897127)
chr3 (1-102)||(11986197-11986300)
[»] chr2 (20 HSPs)
chr2 (1-231)||(11231361-11231594)
chr2 (1-231)||(22513208-22513441)
chr2 (1-231)||(28775830-28776063)
chr2 (1-231)||(24685804-24686037)
chr2 (1-231)||(12728392-12728625)
chr2 (1-231)||(34824475-34824708)
chr2 (1-231)||(16935593-16935826)
chr2 (1-231)||(17006253-17006486)
chr2 (1-231)||(23778068-23778301)
chr2 (2-151)||(12635892-12636044)
chr2 (7-151)||(42177998-42178145)
chr2 (2-151)||(8943926-8944078)
chr2 (10-151)||(3798635-3798779)
chr2 (10-151)||(12641674-12641818)
chr2 (2-231)||(21141895-21142127)
chr2 (13-112)||(23774257-23774358)
chr2 (24-112)||(5888675-5888765)
chr2 (2-95)||(7507876-7507969)
chr2 (189-231)||(5888843-5888885)
chr2 (189-231)||(23774137-23774179)
[»] scaffold0107 (2 HSPs)
scaffold0107 (1-231)||(31309-31542)
scaffold0107 (9-231)||(39646-39871)
[»] scaffold0076 (1 HSPs)
scaffold0076 (1-231)||(39103-39336)
[»] chr8 (11 HSPs)
chr8 (1-231)||(271383-271616)
chr8 (1-231)||(644304-644537)
chr8 (1-231)||(830039-830272)
chr8 (1-231)||(22088817-22089050)
chr8 (9-231)||(15319190-15319415)
chr8 (9-231)||(15499559-15499784)
chr8 (1-231)||(22006281-22006514)
chr8 (1-231)||(13662288-13662521)
chr8 (2-151)||(13720952-13721104)
chr8 (10-151)||(16873083-16873227)
chr8 (1-231)||(16195230-16195464)
[»] chr7 (18 HSPs)
chr7 (1-231)||(7822728-7822961)
chr7 (1-231)||(7830039-7830272)
chr7 (1-231)||(27101660-27101893)
chr7 (1-231)||(27109008-27109241)
chr7 (1-231)||(27176433-27176666)
chr7 (1-231)||(38783752-38783985)
chr7 (1-231)||(15950814-15951047)
chr7 (1-231)||(15760137-15760370)
chr7 (1-151)||(18980044-18980197)
chr7 (7-151)||(14250927-14251074)
chr7 (2-151)||(15927648-15927800)
chr7 (10-151)||(13758450-13758594)
chr7 (1-99)||(48622689-48622788)
chr7 (24-112)||(10000415-10000505)
chr7 (24-113)||(13321134-13321225)
chr7 (24-112)||(16418618-16418708)
chr7 (189-231)||(10000583-10000625)
chr7 (189-231)||(16418498-16418540)
[»] chr5 (21 HSPs)
chr5 (1-231)||(22883107-22883340)
chr5 (1-231)||(35582036-35582269)
chr5 (1-231)||(36989793-36990026)
chr5 (1-231)||(21932404-21932637)
chr5 (1-231)||(21938574-21938807)
chr5 (1-231)||(1219543-1219776)
chr5 (1-231)||(7425324-7425557)
chr5 (1-180)||(17471611-17471793)
chr5 (1-151)||(10777993-10778146)
chr5 (1-151)||(23514641-23514794)
chr5 (1-231)||(35791121-35791355)
chr5 (1-231)||(11212088-11212321)
chr5 (13-112)||(23328678-23328779)
chr5 (13-112)||(24616282-24616383)
chr5 (13-112)||(24712658-24712759)
chr5 (13-112)||(24745676-24745777)
chr5 (1-159)||(32950765-32950927)
chr5 (189-231)||(23328558-23328600)
chr5 (189-229)||(24616165-24616205)
chr5 (189-229)||(24712541-24712581)
chr5 (189-229)||(24745559-24745599)
[»] scaffold0023 (1 HSPs)
scaffold0023 (1-231)||(154030-154263)
[»] chr4 (15 HSPs)
chr4 (1-231)||(18168970-18169203)
chr4 (1-231)||(19020486-19020719)
chr4 (1-231)||(15287268-15287501)
chr4 (1-231)||(15294377-15294610)
chr4 (2-151)||(7132089-7132241)
chr4 (10-151)||(20000803-20000947)
chr4 (1-231)||(17145680-17145913)
chr4 (1-231)||(18248218-18248451)
chr4 (1-111)||(22738390-22738502)
chr4 (18-231)||(8374508-8374724)
chr4 (13-112)||(26339140-26339241)
chr4 (1-113)||(40885585-40885698)
chr4 (24-97)||(22352109-22352184)
chr4 (190-231)||(22738269-22738310)
chr4 (189-231)||(22352260-22352302)
[»] scaffold0213 (1 HSPs)
scaffold0213 (1-231)||(29162-29395)
[»] scaffold1666 (1 HSPs)
scaffold1666 (8-231)||(26-252)
[»] scaffold0761 (1 HSPs)
scaffold0761 (1-231)||(1598-1831)
[»] scaffold0467 (1 HSPs)
scaffold0467 (1-231)||(10362-10595)
[»] scaffold0383 (1 HSPs)
scaffold0383 (7-231)||(2392-2619)
[»] scaffold0012 (1 HSPs)
scaffold0012 (8-231)||(34188-34414)
[»] scaffold1500 (1 HSPs)
scaffold1500 (7-151)||(1543-1690)
[»] scaffold0191 (1 HSPs)
scaffold0191 (2-231)||(7480-7712)
[»] scaffold0066 (2 HSPs)
scaffold0066 (1-231)||(54416-54649)
scaffold0066 (2-159)||(45102-45262)
[»] scaffold0017 (1 HSPs)
scaffold0017 (1-99)||(54008-54107)
[»] scaffold0892 (1 HSPs)
scaffold0892 (12-99)||(3547-3635)
[»] scaffold0183 (2 HSPs)
scaffold0183 (24-112)||(6718-6808)
scaffold0183 (189-231)||(6598-6640)
[»] scaffold0003 (2 HSPs)
scaffold0003 (24-112)||(7330-7420)
scaffold0003 (189-231)||(7210-7252)
[»] scaffold0084 (1 HSPs)
scaffold0084 (1-159)||(56130-56291)
[»] scaffold0155 (1 HSPs)
scaffold0155 (27-112)||(23797-23884)
[»] scaffold0022 (1 HSPs)
scaffold0022 (1-95)||(5235-5329)
[»] scaffold0369 (1 HSPs)
scaffold0369 (2-61)||(3895-3954)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 195; Significance: 1e-106; HSPs: 12)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 195; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 1 - 231
Target Start/End: Original strand, 18059781 - 18060014
Alignment:
Q  1 ctgtggtgctattttcttgtgcttgaattgatgattatggtatgtttatgggtgaaattac--gtttcaaagtatgtataaatgttaagttatgaaatta 98  Q
    ||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18059781 ctgtgatgctattttcttgtgcatgaattgatgattatggtatgtttatgggtgaaattacatgtttcaaagtatgtataaatgttaagttatgaaatta 18059880  T
Q  99 tgcttaattgatgaaatt-gatatgttttgattgaaatgagatgtgattcatattccattgaagtggttattgtcaactgatgctatggtaagtgaatta 197  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  18059881 tgcttaattgatgaaatttgatatgttttgattgaaatgagatgtgattcatattccattgatgtggttattgtcaactgatgctattgtaagtgaatta 18059980  T
Q  198 tgaattgggtatacttaattgtggattgatgatg 231  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18059981 tgatttgggtatacttaattgtggattgatgatg 18060014  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 183; E-Value: 4e-99
Query Start/End: Original strand, 1 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 17004871 - 17004638
Alignment:
Q  1 ctgtggtgctattttcttgtgcttgaattgatgattatggtatgtttatgggtgaaattac--gtttcaaagtatgtataaatgttaagttatgaaatta 98  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17004871 ctgtgatgctattttcttgtgcttgaattgatgattatggtatgtttatgggtgaaattacatgtttcaaagtatgtataaatgttaagttatgaaatta 17004772  T
Q  99 tgcttaattgatgaaatt-gatatgttttgattgaaatgagatgtgattcatattccattgaagtggttattgtcaactgatgctatggtaagtgaatta 197  Q
    |||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| | ||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||    
T  17004771 tgcttaattgatgaaatttgatatgctttgattgaaaagagatgtgattcatattccattaatgtggttattgttaactgatgctattgtaagtgaatta 17004672  T
Q  198 tgaattgggtatacttaattgtggattgatgatg 231  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17004671 tgatttgggtatacttaattgtggattgatgatg 17004638  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 183; E-Value: 4e-99
Query Start/End: Original strand, 1 - 231
Target Start/End: Original strand, 38055114 - 38055347
Alignment:
Q  1 ctgtggtgctattttcttgtgcttgaattgatgattatggtatgtttatgggtgaaattac--gtttcaaagtatgtataaatgttaagttatgaaatta 98  Q
    ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38055114 ctgtgatgttattttcttgtgcttgaattgatgattatggtatgtttatgggtgaaattacatgtttcaaagtatgtataaatgttaagttatgaaatta 38055213  T
Q  99 tgcttaattgatgaaatt-gatatgttttgattgaaatgagatgtgattcatattccattgaagtggttattgtcaactgatgctatggtaagtgaatta 197  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| | ||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||    
T  38055214 tgcttaattgatgaaatttgatatgttttgattgaaaagagatgtgattcatattccattaatgtggttattgttaactgatgctattgtaagtgaatta 38055313  T
Q  198 tgaattgggtatacttaattgtggattgatgatg 231  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38055314 tgatttgggtatacttaattgtggattgatgatg 38055347  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 141; E-Value: 5e-74
Query Start/End: Original strand, 2 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 46523621 - 46523394
Alignment:
Q  2 tgtggtgctattttcttgtgcttgaattgatgattatggtatgtttatgggtgaaattac--gtttcaaagtatgtataaatgttaagttatgaaattat 99  Q
    |||| |||||||||||||||| |||||||||| ||||| ||||||| |||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46523621 tgtgatgctattttcttgtgcatgaattgatgtttatgttatgtttgtgggtgaaattacatgtttcaaagtatgtataaatgttaagttatgaaattat 46523522  T
Q  100 gcttaattgatgaaatt-gatatgttttgattgaaatgagatgtgattcatattccattgaagtggttattgtcaactgatgctatggtaagtgaattat 198  Q
     ||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| || |||||||| |||||||||| | || ||||||| ||    
T  46523521 acttcattgatgaaatttgatatgttttgattgaaatgagatgtaattcatattccattgatgttgttattgttaactgatgctgttgtgagtgaatcat 46523422  T
Q  199 gaattgggtatacttaattgtggattga 226  Q
    || |||||||||||||||| ||||||||    
T  46523421 gacttgggtatacttaattatggattga 46523394  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 102; E-Value: 9e-51
Query Start/End: Original strand, 10 - 151
Target Start/End: Complemental strand, 17148791 - 17148647
Alignment:
Q  10 tattttcttgtgcttgaattgatgattatggtatgtttatgggtgaaattac--gtttcaaagtatgtataaatgttaagttatgaaattatgcttaatt 107  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  17148791 tattttcttgtgcatgaattgatgattatggtatgtttgtgggtgaaattacatgtttcaaagtatgtataaatgttaagttatgaaattatacttaatt 17148692  T
Q  108 gatgaaa-ttgatatgttttgattgaaatgagatgtgattcatat 151  Q
    ||||||| |||||||| ||||||||||||||||||| | ||||||    
T  17148691 gatgaaatttgatatgctttgattgaaatgagatgtaaatcatat 17148647  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 71; E-Value: 3e-32
Query Start/End: Original strand, 7 - 94
Target Start/End: Original strand, 19962528 - 19962617
Alignment:
Q  7 tgctattttcttgtgcttgaattgatgattatggtatgtttatgggtgaaattac--gtttcaaagtatgtataaatgttaagttatgaa 94  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19962528 tgctattttcttgtgtttgaattgatgattatggtatgtttatgggtggaattacatgtttcaaagtatgtataaatgttaagttatgaa 19962617  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 47; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 13 - 112
Target Start/End: Original strand, 7640968 - 7641069
Alignment:
Q  13 tttcttgtgcttgaattgatgattatggtatgtttatgggtgaaattac--gtttcaaagtatgtataaatgttaagttatgaaattatgcttaattgat 110  Q
    |||||| | |||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||  | ||||| |||||||||||||| ||||| ||||||| ||| ||||| ||    
T  7640968 tttcttatacttgaattgatgattatggtatgtttgtggatgaaattacatggttcaatgtatgtataaatgtcaagttgtgaaattttgcctaattaat 7641067  T
Q  111 ga 112  Q
    ||    
T  7641068 ga 7641069  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 47; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 13 - 112
Target Start/End: Complemental strand, 22035669 - 22035568
Alignment:
Q  13 tttcttgtgcttgaattgatgattatggtatgtttatgggtgaaattac--gtttcaaagtatgtataaatgttaagttatgaaattatgcttaattgat 110  Q
    |||||| | |||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||  | ||||| |||||||||||||| ||||| ||||||| ||| ||||| ||    
T  22035669 tttcttatacttgaattgatgattatggtatgtttgtggatgaaattacatggttcaatgtatgtataaatgtcaagttgtgaaattttgcctaattaat 22035570  T
Q  111 ga 112  Q
    ||    
T  22035569 ga 22035568  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 1 - 95
Target Start/End: Complemental strand, 22228041 - 22227947
Alignment:
Q  1 ctgtggtgctattttcttgtgcttgaattgatgattatggtatgtttatgggtgaaattacgt-ttcaaagtatgtataaatgttaagttatgaaa 95  Q
    ||||| || ||||||||||||| |||||||||||| || ||||| || |  |||||||||| | |||||| |||||| ||||| ||||||||||||    
T  22228041 ctgtgatgttattttcttgtgcatgaattgatgataattgtatgattgttagtgaaattacatgttcaaa-tatgtaaaaatgataagttatgaaa 22227947  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 1 - 95
Target Start/End: Complemental strand, 22232738 - 22232644
Alignment:
Q  1 ctgtggtgctattttcttgtgcttgaattgatgattatggtatgtttatgggtgaaattacgt-ttcaaagtatgtataaatgttaagttatgaaa 95  Q
    ||||| || ||||||||||||| |||||||||||| || ||||| || |  |||||||||| | |||||| |||||| ||||| ||||||||||||    
T  22232738 ctgtgatgttattttcttgtgcatgaattgatgataattgtatgattgttagtgaaattacatgttcaaa-tatgtaaaaatgataagttatgaaa 22232644  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 189 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 22035490 - 22035448
Alignment:
Q  189 agtgaattatgaattgggtatacttaattgtggattgatgatg 231  Q
    |||||||||| | |||||||||||||||| |||||||||||||    
T  22035490 agtgaattataacttgggtatacttaattatggattgatgatg 22035448  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 190 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 20254353 - 20254312
Alignment:
Q  190 gtgaattatgaattgggtatacttaattgtggattgatgatg 231  Q
    ||||||||||| |||||||||| ||||| |||||||||||||    
T  20254353 gtgaattatgacttgggtatacataattatggattgatgatg 20254312  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 187; Significance: 1e-101; HSPs: 18)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 1 - 231
Target Start/End: Original strand, 16376396 - 16376629
Alignment:
Q  1 ctgtggtgctattttcttgtgcttgaattgatgattatggtatgtttatgggtgaaattac--gtttcaaagtatgtataaatgttaagttatgaaatta 98  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16376396 ctgtgatgctattttcttgtgcttgaattgatgattatggtatgtttatgggtgaaattacatgtttcaaagtatgtataaatgttaagttatgaaatta 16376495  T
Q  99 tgcttaattgatgaaatt-gatatgttttgattgaaatgagatgtgattcatattccattgaagtggttattgtcaactgatgctatggtaagtgaatta 197  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| | ||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||    
T  16376496 tgcttaattgatgaaatttgatatgttttgattgaaaagagatgtgattcatattccattaatgtggttattgttaactgatgctattgtaagtgaatta 16376595  T
Q  198 tgaattgggtatacttaattgtggattgatgatg 231  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16376596 tgatttgggtatacttaattgtggattgatgatg 16376629  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 1 - 231
Target Start/End: Original strand, 16383720 - 16383953
Alignment:
Q  1 ctgtggtgctattttcttgtgcttgaattgatgattatggtatgtttatgggtgaaattac--gtttcaaagtatgtataaatgttaagttatgaaatta 98  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16383720 ctgtgatgctattttcttgtgcttgaattgatgattatggtatgtttatgggtgaaattacatgtttcaaagtatgtataaatgttaagttatgaaatta 16383819  T
Q  99 tgcttaattgatgaaatt-gatatgttttgattgaaatgagatgtgattcatattccattgaagtggttattgtcaactgatgctatggtaagtgaatta 197  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| | ||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||    
T  16383820 tgcttaattgatgaaatttgatatgttttgattgaaaagagatgtgattcatattccattaatgtggttattgttaactgatgctattgtaagtgaatta 16383919  T
Q  198 tgaattgggtatacttaattgtggattgatgatg 231  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16383920 tgatttgggtatacttaattgtggattgatgatg 16383953  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 1 - 231
Target Start/End: Original strand, 16556162 - 16556395
Alignment:
Q  1 ctgtggtgctattttcttgtgcttgaattgatgattatggtatgtttatgggtgaaattac--gtttcaaagtatgtataaatgttaagttatgaaatta 98  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16556162 ctgtgatgctattttcttgtgcttgaattgatgattatggtatgtttatgggtgaaattacatgtttcaaagtatgtataaatgttaagttatgaaatta 16556261  T
Q  99 tgcttaattgatgaaatt-gatatgttttgattgaaatgagatgtgattcatattccattgaagtggttattgtcaactgatgctatggtaagtgaatta 197  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| | ||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||    
T  16556262 tgcttaattgatgaaatttgatatgttttgattgaaaagagatgtgattcatattccattaatgtggttattgttaactgatgctattgtaagtgaatta 16556361  T
Q  198 tgaattgggtatacttaattgtggattgatgatg 231  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16556362 tgatttgggtatacttaattgtggattgatgatg 16556395  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 1 - 231
Target Start/End: Original strand, 16632718 - 16632951
Alignment:
Q  1 ctgtggtgctattttcttgtgcttgaattgatgattatggtatgtttatgggtgaaattac--gtttcaaagtatgtataaatgttaagttatgaaatta 98  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16632718 ctgtgatgctattttcttgtgcttgaattgatgattatggtatgtttatgggtgaaattacatgtttcaaagtatgtataaatgttaagttatgaaatta 16632817  T
Q  99 tgcttaattgatgaaatt-gatatgttttgattgaaatgagatgtgattcatattccattgaagtggttattgtcaactgatgctatggtaagtgaatta 197  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| | ||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||    
T  16632818 tgcttaattgatgaaatttgatatgttttgattgaaaagagatgtgattcatattccattaatgtggttattgttaactgatgctattgtaagtgaatta 16632917  T
Q  198 tgaattgggtatacttaattgtggattgatgatg 231  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16632918 tgatttgggtatacttaattgtggattgatgatg 16632951  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 183; E-Value: 4e-99
Query Start/End: Original strand, 1 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 10488932 - 10488699
Alignment:
Q  1 ctgtggtgctattttcttgtgcttgaattgatgattatggtatgtttatgggtgaaattac--gtttcaaagtatgtataaatgttaagttatgaaatta 98  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10488932 ctgtgatgctattttcttgtgcttgaattgatgattatggtatgtttatgggtgaaattacatgtttcaaagtatgtataaatgttaagttatgaaatta 10488833  T
Q  99 tgcttaattgatgaaatt-gatatgttttgattgaaatgagatgtgattcatattccattgaagtggttattgtcaactgatgctatggtaagtgaatta 197  Q
    |||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| | ||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||    
T  10488832 tgcttaattgatgaaatttgatatgctttgattgaaaagagatgtgattcatattccattaatgtggttattgttaactgatgctattgtaagtgaatta 10488733  T
Q  198 tgaattgggtatacttaattgtggattgatgatg 231  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10488732 tgatttgggtatacttaattgtggattgatgatg 10488699  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 183; E-Value: 4e-99
Query Start/End: Original strand, 1 - 231
Target Start/End: Original strand, 22225761 - 22225994
Alignment:
Q  1 ctgtggtgctattttcttgtgcttgaattgatgattatggtatgtttatgggtgaaattac--gtttcaaagtatgtataaatgttaagttatgaaatta 98  Q
    ||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22225761 ctgtgatgctattttcttgtgcatgaattgatgattatggtatgtttatgggtgaaattacatgtttcaaagtatgtataaatgttaagttatgaaatta 22225860  T
Q  99 tgcttaattgatgaaatt-gatatgttttgattgaaatgagatgtgattcatattccattgaagtggttattgtcaactgatgctatggtaagtgaatta 197  Q
    |||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||    
T  22225861 tgcttaattgatgaaatttgaaatgttttgattgaaatgagatgtgattcatattccattaatgtggttattgttaactgatgctattgtaagtgaatta 22225960  T
Q  198 tgaattgggtatacttaattgtggattgatgatg 231  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22225961 tgatttgggtatacttaattgtggattgatgatg 22225994  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 167; E-Value: 1e-89
Query Start/End: Original strand, 1 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 1556238 - 1556005
Alignment:
Q  1 ctgtggtgctattttcttgtgcttgaattgatgattatggtatgtttatgggtgaaattac--gtttcaaagtatgtataaatgttaagttatgaaatta 98  Q
    ||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1556238 ctgtgatgctattttcttgtgcatgaattgatgattatggtatgtttgtgggtgaaattacatgtttcaaagtatgtataaatgttaagttatgaaatta 1556139  T
Q  99 tgcttaattgatgaaatt-gatatgttttgattgaaatgagatgtgattcatattccattgaagtggttattgtcaactgatgctatggtaagtgaatta 197  Q
    | |||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| || |||||||| |||||||| ||| || |||||||||    
T  1556138 tacttaattgatgaaatttgatatgttttaattgaaatgagatgtaattcatattccattgatgttgttattgttaactgatgttattgtgagtgaatta 1556039  T
Q  198 tgaattgggtatacttaattgtggattgatgatg 231  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1556038 tgaattgggtatacttaattgtggattgatgatg 1556005  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 139; E-Value: 7e-73
Query Start/End: Original strand, 1 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 19610251 - 19610018
Alignment:
Q  1 ctgtggtgctattttcttgtgcttgaattgatgattatggtatgtttatgggtgaaattac--gtttcaaagtatgtataaatgttaagttatgaaatta 98  Q
    ||||| |||||||||||||||| ||||| |||| ||||||||||||| |||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  19610251 ctgtgatgctattttcttgtgcatgaatcgatggttatggtatgtttgtgggtgaaattacatgtttcaaagtatgtataaatgttaagttataaaatta 19610152  T
Q  99 tgcttaattgatgaaatt-gatatgttttgattgaaatgagatgtgattcatattccattgaagtggttattgtcaactgatgctatggtaagtgaatta 197  Q
    | ||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| || |||||||| |||||||||| | || ||||||| |    
T  19610151 tacttcattgatgaaatttgatatgttttgattgaaatgagatgtagttcatattccattgatgttgttattgttaactgatgctgttgtgagtgaatca 19610052  T
Q  198 tgaattgggtatacttaattgtggattgatgatg 231  Q
    ||| |||||||||||||||| |||||||||||||    
T  19610051 tgacttgggtatacttaattatggattgatgatg 19610018  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 111; E-Value: 4e-56
Query Start/End: Original strand, 1 - 151
Target Start/End: Complemental strand, 16232125 - 16231972
Alignment:
Q  1 ctgtggtgctattttcttgtgcttgaattgatgattatggtatgtttatgggtgaaattac--gtttcaaagtatgtataaatgttaagttatgaaatta 98  Q
    ||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16232125 ctgtgatgctattttcttgtgcatgaattgatgattatggtatgtttgtgggtgaaattacatgtttcaaagtatgtataaatgttaagttatgaaatta 16232026  T
Q  99 tgcttaattgatgaaa-ttgatatgttttgattgaaatgagatgtgattcatat 151  Q
    | |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| | ||||||    
T  16232025 tacttaattgatgaaatttgatatgttttgattgaaatgagatgtaaatcatat 16231972  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 110; E-Value: 1e-55
Query Start/End: Original strand, 2 - 151
Target Start/End: Original strand, 18086847 - 18086999
Alignment:
Q  2 tgtggtgctattttcttgtgcttgaattgatgattatggtatgtttatgggtgaaattac--gtttcaaagtatgtataaatgttaagttatgaaattat 99  Q
    |||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18086847 tgtgatgctattttcttgtgcatgaattgatgattatggtatgtttgtgggtgaaattacatgtttcaaagtatgtataaatgttaagttatgaaattat 18086946  T
Q  100 gcttaattgatgaaa-ttgatatgttttgattgaaatgagatgtgattcatat 151  Q
     |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| | ||||||    
T  18086947 acttaattgatgaaatttgatatgttttgattgaaatgagatgtaaatcatat 18086999  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 105; E-Value: 1e-52
Query Start/End: Original strand, 7 - 151
Target Start/End: Original strand, 13620823 - 13620970
Alignment:
Q  7 tgctattttcttgtgcttgaattgatgattatggtatgtttatgggtgaaattac--gtttcaaagtatgtataaatgttaagttatgaaattatgctta 104  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  13620823 tgctattttcttgtgcatgaattgatgattatggtatgtttgtgggtgaaattgcatgtttcaaagtatgtataaatgttaagttatgaaattatactta 13620922  T
Q  105 attgatgaaa-ttgatatgttttgattgaaatgagatgtgattcatat 151  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| | ||||||    
T  13620923 attgatgaaatttgatatgttttgattgaaatgagatgtaaatcatat 13620970  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 102; E-Value: 9e-51
Query Start/End: Original strand, 10 - 151
Target Start/End: Complemental strand, 23977993 - 23977849
Alignment:
Q  10 tattttcttgtgcttgaattgatgattatggtatgtttatgggtgaaattac--gtttcaaagtatgtataaatgttaagttatgaaattatgcttaatt 107  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  23977993 tattttcttgtgcatgaattgatgattatggtatgtttgtgggtgaaattacatgtttcaaagtatgtataaatgttaagttatgaaattatacttaatt 23977894  T
Q  108 gatgaaa-ttgatatgttttgattgaaatgagatgtgattcatat 151  Q
    ||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| | ||||||    
T  23977893 gatgaaatttgatatgttttggttgaaatgagatgtaaatcatat 23977849  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 71; E-Value: 3e-32
Query Start/End: Original strand, 7 - 94
Target Start/End: Complemental strand, 19299464 - 19299375
Alignment:
Q  7 tgctattttcttgtgcttgaattgatgattatggtatgtttatgggtgaaattac--gtttcaaagtatgtataaatgttaagttatgaa 94  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19299464 tgctattttcttgtgtttgaattgatgattatggtatgtttatgggtggaattacatgtttcaaagtatgtataaatgttaagttatgaa 19299375  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 64; E-Value: 4e-28
Query Start/End: Original strand, 144 - 231
Target Start/End: Original strand, 33314387 - 33314474
Alignment:
Q  144 attcatattccattgaagtggttattgtcaactgatgctatggtaagtgaattatgaattgggtatacttaattgtggattgatgatg 231  Q
    |||||||||||||| | ||||||||||| |||||||||||| |||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33314387 attcatattccattaatgtggttattgttaactgatgctattgtaagtgaatcatgatttgggtatacttaattgtggattgatgatg 33314474  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 52; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 1 - 60
Target Start/End: Original strand, 22251589 - 22251648
Alignment:
Q  1 ctgtggtgctattttcttgtgcttgaattgatgattatggtatgtttatgggtgaaatta 60  Q
    ||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22251589 ctgtgatgctattttcttgtgcatgaattgatgattatggtatgtttatgggtgaaatta 22251648  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 47; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 1 - 159
Target Start/End: Complemental strand, 29666106 - 29665945
Alignment:
Q  1 ctgtggtgctattttcttgtgcttgaattgatgattatggtatgtttatgggtgaaattac--gtttcaaagtatgtataaatgttaagttatgaaatta 98  Q
    ||||| || ||||||||| ||  |||||||||||| || ||||| || |||||||||||||  ||||||||||||| |||||||| |||||||||||||     
T  29666106 ctgtgatgttattttcttatgtatgaattgatgataattgtatgattgtgggtgaaattacatgtttcaaagtatgcataaatgtcaagttatgaaattg 29666007  T
Q  99 tgcttaattgatgaa-attgatatgttttgattgaaatgagatgtgattcatattccattga 159  Q
    | || ||||| ||||  ||| || ||| |  |||||||||||| |||||||| ||| |||||    
T  29666006 tactcaattggtgaattttgctaagttgttgttgaaatgagatatgattcatgttcaattga 29665945  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #17
Raw Score: 40; E-Value: 0.00000000000009
Query Start/End: Original strand, 24 - 112
Target Start/End: Original strand, 29869821 - 29869911
Alignment:
Q  24 tgaattgatgattatggtatgtttatgggtgaaattac--gtttcaaagtatgtataaatgttaagttatgaaattatgcttaattgatga 112  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||  | ||||| |||||||||| ||| ||||| ||||||| ||| ||||| ||||    
T  29869821 tgaattgatgattatggtatgtttgtggatgaaattacatggttcaatgtatgtataagtgtcaagttgtgaaattttgcctaattaatga 29869911  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #18
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 51 - 113
Target Start/End: Complemental strand, 27741021 - 27740957
Alignment:
Q  51 ggtgaaattac--gtttcaaagtatgtataaatgttaagttatgaaattatgcttaattgatgaa 113  Q
    |||||||||||  ||||| |||||||||||||||| ||||||||||||| |||| ||||| ||||    
T  27741021 ggtgaaattacatgtttcgaagtatgtataaatgtcaagttatgaaattgtgctcaattggtgaa 27740957  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 187; Significance: 1e-101; HSPs: 15)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 1 - 231
Target Start/End: Original strand, 1467762 - 1467995
Alignment:
Q  1 ctgtggtgctattttcttgtgcttgaattgatgattatggtatgtttatgggtgaaattac--gtttcaaagtatgtataaatgttaagttatgaaatta 98  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1467762 ctgtgatgctattttcttgtgcttgaattgatgattatggtatgtttatgggtgaaattacatgtttcaaagtatgtataaatgttaagttatgaaatta 1467861  T
Q  99 tgcttaattgatgaaatt-gatatgttttgattgaaatgagatgtgattcatattccattgaagtggttattgtcaactgatgctatggtaagtgaatta 197  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| | ||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||    
T  1467862 tgcttaattgatgaaatttgatatgttttgattgaaaagagatgtgattcatattccattaatgtggttattgttaactgatgctattgtaagtgaatta 1467961  T
Q  198 tgaattgggtatacttaattgtggattgatgatg 231  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1467962 tgatttgggtatacttaattgtggattgatgatg 1467995  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 1 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 49232669 - 49232436
Alignment:
Q  1 ctgtggtgctattttcttgtgcttgaattgatgattatggtatgtttatgggtgaaattac--gtttcaaagtatgtataaatgttaagttatgaaatta 98  Q
    ||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49232669 ctgtgatgctattttcttgtgcatgaattgatgattatggtatgtttgtgggtgaaattacatgtttcaaagtatgtataaatgttaagttatgaaatta 49232570  T
Q  99 tgcttaattgatgaaatt-gatatgttttgattgaaatgagatgtgattcatattccattgaagtggttattgtcaactgatgctatggtaagtgaatta 197  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||    
T  49232569 tgcttaattgatgaaatttgatatgttttgattgaaatgagatgtgattcatattccattgatgtggttattgttaactgatgctattgtaagtgaatta 49232470  T
Q  198 tgaattgggtatacttaattgtggattgatgatg 231  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49232469 tgatttgggtatacttaattgtggattgatgatg 49232436  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 159; E-Value: 9e-85
Query Start/End: Original strand, 1 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 25058972 - 25058739
Alignment:
Q  1 ctgtggtgctattttcttgtgcttgaattgatgattatggtatgtttatgggtgaaattac--gtttcaaagtatgtataaatgttaagttatgaaatta 98  Q
    ||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25058972 ctgtgatgctattttcttgtgcatgaattgatgattatggtatgtttgtgggtgaaattacatgtttcaaagtatgtataaatgttaagttatgaaatta 25058873  T
Q  99 tgcttaattgatgaaatt-gatatgttttgattgaaatgagatgtgattcatattccattgaagtggttattgtcaactgatgctatggtaagtgaatta 197  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| || |||||||| |||| ||||||| || ||||||| |    
T  25058872 tgcttaattgatgaaatttgatatgttttgattgaaatgagatgtaattcatattccattgatgttgttattgttaacttatgctattgtgagtgaatca 25058773  T
Q  198 tgaattgggtatacttaattgtggattgatgatg 231  Q
    ||| ||| ||||||||||||||| ||||||||||    
T  25058772 tgatttgagtatacttaattgtgaattgatgatg 25058739  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 143; E-Value: 3e-75
Query Start/End: Original strand, 1 - 231
Target Start/End: Original strand, 12902113 - 12902346
Alignment:
Q  1 ctgtggtgctattttcttgtgcttgaattgatgattatggtatgtttatgggtgaaattac--gtttcaaagtatgtataaatgttaagttatgaaatta 98  Q
    ||||| || ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12902113 ctgtgatgttattttcttgtgcatgaattgatgattatggtatgtttgtgggtgaaattacatgtttcaaagtatgtataaatgttaagttatgaaatta 12902212  T
Q  99 tgcttaattgatgaaatt-gatatgttttgattgaaatgagatgtgattcatattccattgaagtggttattgtcaactgatgctatggtaagtgaatta 197  Q
    | |||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| || |||||| | ||||||| |||| || ||||||| |    
T  12902213 tacttaattgattaaatttgatatgttttgattgaaatgagatgtaattcatattccattgatgttgttattattaactgatactattgtgagtgaatca 12902312  T
Q  198 tgaattgggtatacttaattgtggattgatgatg 231  Q
    ||| |||| |||||||||||||||||| ||||||    
T  12902313 tgatttggatatacttaattgtggattaatgatg 12902346  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 139; E-Value: 7e-73
Query Start/End: Original strand, 1 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 5228546 - 5228317
Alignment:
Q  1 ctgtggtgctattttcttgtgcttgaattgatgattatggtatgtttatgggtgaaattac--gtttcaaagtatgtataaatgttaagttatgaaatta 98  Q
    ||||| || ||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  5228546 ctgtgatgttatttccttgtgcatgaattgatgattatggtatgtttgtgggtgaaattacatgtttcaaaatatgtataaatgttaagttatgagatta 5228447  T
Q  99 tgcttaattgatgaaatt-gatatgttttgattgaaatgagatgtgattcatattccattgaagtggttattgtcaactgatgctatggtaagtgaatta 197  Q
    | |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| || |||||||| |||||||||||| || ||||||| |    
T  5228446 tacttaattgatgaaatttgatatgttttgattgaaatgaggtgtaattcatattccattgatgttgttattgttaactgatgctattgtgagtgaatca 5228347  T
Q  198 tgaattgggtatacttaattgtggattgat 227  Q
    ||| ||||||||||||||||||| ||||||    
T  5228346 tgatttgggtatacttaattgtgaattgat 5228317  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 126; E-Value: 4e-65
Query Start/End: Original strand, 7 - 180
Target Start/End: Original strand, 15468369 - 15468545
Alignment:
Q  7 tgctattttcttgtgcttgaattgatgattatggtatgtttatgggtgaaattac--gtttcaaagtatgtataaatgttaagttatgaaattatgctta 104  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||    
T  15468369 tgctattttcttgtgcatgaattgatgattatggtatgtttgtgggtgaaattacatgtttcaaagtatgtataaatgttaagtcatgaaattatactta 15468468  T
Q  105 attgatgaaatt-gatatgttttgattgaaatgagatgtgattcatattccattgaagtggttattgtcaactgatg 180  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| || |||||||| ||||||||    
T  15468469 attgatgaaatttgatatgttttgattgaaatgagatgtaattcatattccattgatgttgttattgttaactgatg 15468545  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 124; E-Value: 7e-64
Query Start/End: Original strand, 1 - 180
Target Start/End: Complemental strand, 22275442 - 22275260
Alignment:
Q  1 ctgtggtgctattttcttgtgcttgaattgatgattatggtatgtttatgggtgaaattac--gtttcaaagtatgtataaatgttaagttatgaaatta 98  Q
    ||||| ||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  22275442 ctgtgatgccattttcttgtgcatgaattgatgattatggtatgtttgtgggtgaaattacatgtttcaaagtatgtataaatgttaagtcatgaaatta 22275343  T
Q  99 tgcttaattgatgaaatt-gatatgttttgattgaaatgagatgtgattcatattccattgaagtggttattgtcaactgatg 180  Q
    | |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| || |||||||| ||||||||    
T  22275342 tacttaattgatgaaatttgatatgttttgattgaaatgagatgtaattcatattccattgatgttgttattgttaactgatg 22275260  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 121; E-Value: 4e-62
Query Start/End: Original strand, 1 - 231
Target Start/End: Original strand, 12264815 - 12265049
Alignment:
Q  1 ctgtggtgctattttcttgtgcttgaattgatgattatggtatgtttatgggtgaaattac--gtttcaaagtatgtataaatgttaagttatgaaatta 98  Q
    ||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  12264815 ctgtgatgctattttcttgtgcatgaattgatgattatggtatgtttgtgggtgaaattacatgtttcaaagtatgtataaatgttaagttatgagatta 12264914  T
Q  99 tgcttaattgatgaaa--ttgatatgttttgattgaaatgagatgtgattcatattccattgaagtggttattgtcaactgatgctatggtaagtgaatt 196  Q
    | ||||||||||||||  |||||||||| |  ||||||||||||||||||||| ||||||||| || |||  | | |||||||| | | ||  |||||||    
T  12264915 tacttaattgatgaaattttgatatgttgttgttgaaatgagatgtgattcatgttccattgatgttgttgctattaactgatgttgttgtgggtgaatt 12265014  T
Q  197 atgaattgggtatacttaattgtggattgatgatg 231  Q
    |||| |||||||||| ||||| |||||||||||||    
T  12265015 atgacttgggtatacataattatggattgatgatg 12265049  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 110; E-Value: 1e-55
Query Start/End: Original strand, 2 - 151
Target Start/End: Complemental strand, 18911225 - 18911073
Alignment:
Q  2 tgtggtgctattttcttgtgcttgaattgatgattatggtatgtttatgggtgaaattac--gtttcaaagtatgtataaatgttaagttatgaaattat 99  Q
    |||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18911225 tgtgatgctattttcttgtgcatgaattgatgattatggtatgtttgtgggtgaaattacatgtttcaaagtatgtataaatgttaagttatgaaattat 18911126  T
Q  100 gcttaattgatgaaa-ttgatatgttttgattgaaatgagatgtgattcatat 151  Q
     |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| | ||||||    
T  18911125 acttaattgatgaaatttgatatgttttgattgaaatgagatgtaaatcatat 18911073  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 104; E-Value: 6e-52
Query Start/End: Original strand, 7 - 134
Target Start/End: Complemental strand, 12812068 - 12811938
Alignment:
Q  7 tgctattttcttgtgcttgaattgatgattatggtatgtttatgggtgaaattac--gtttcaaagtatgtataaatgttaagttatgaaattatgctta 104  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  12812068 tgctattttcttgtgcttgaattgatgattatggtatgtttatgggtggaattacatgtttcaaagtatgtataaatgttaagttatgaatttatgctta 12811969  T
Q  105 attgatgaaa-ttgatatgttttgattgaaa 134  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  12811968 attgatgaaatttgatatgttttgattgaaa 12811938  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 86; E-Value: 3e-41
Query Start/End: Original strand, 2 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 44229217 - 44228985
Alignment:
Q  2 tgtggtgctattttcttgtgcttgaattgatgattatggtatgtttatgggtgaaattac--gtttcaaagtatgtataaatgttaagttatgaaattat 99  Q
    |||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||  |||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||    
T  44229217 tgtgatgctattttcttgtgcatgaattgatgattatggtatgtttgtggatgaaattacatgtttcaaagtatgtataaatgtcaagctatgaaattat 44229118  T
Q  100 gcttaattgatgaa-attgatatgttttgattgaaatgagatgtgattcatattccattgaagtggttattgtcaactgatgctatggtaagtgaattat 198  Q
     || ||||  ||||  |||||||||| |  || |||||||||||||||||| ||||||| | ||  ||  | | |||||||| | | ||  |||||||||    
T  44229117 actcaattagtgaatcttgatatgttgttgttaaaatgagatgtgattcatgttccattaaggttattgctattaactgatgttgttgtgggtgaattat 44229018  T
Q  199 gaattgggtatacttaattgtggattgatgatg 231  Q
    || |||||||||| ||||| |||||||||||||    
T  44229017 gacttgggtatacataattatggattgatgatg 44228985  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 85; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 115 - 231
Target Start/End: Original strand, 18897139 - 18897255
Alignment:
Q  115 ttgatatgttttgattgaaatgagatgtgattcatattccattgaagtggttattgtcaactgatgctatggtaagtgaattatgaattgggtatactta 214  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| || |||||||| |||||||||||| || ||||||| |||| |||||||||||||    
T  18897139 ttgatatgttttgattgaaatgagatgtaattcatattccattgatgttgttattgttaactgatgctattgtgagtgaatcatgatttgggtatactta 18897238  T
Q  215 attgtggattgatgatg 231  Q
    |||||||||||||||||    
T  18897239 attgtggattgatgatg 18897255  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 71; E-Value: 3e-32
Query Start/End: Original strand, 1 - 159
Target Start/End: Complemental strand, 54651690 - 54651529
Alignment:
Q  1 ctgtggtgctattttcttgtgcttgaattgatgattatggtatgtttatgggtgaaattac--gtttcaaagtatgtataaatgttaagttatgaaatta 98  Q
    ||||| |||||||||||||||| |||||||||||| || ||||| || || |||||||| |  ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54651690 ctgtgatgctattttcttgtgcatgaattgatgataattgtatgattgtgagtgaaattgcatgttgcaaagtatgtataaatgttaagttatgaaatta 54651591  T
Q  99 tgcttaattgatgaa-attgatatgttttgattgaaatgagatgtgattcatattccattga 159  Q
    | || ||||| ||||  |||||||||| |  |||||||||||||| |||||| |||||||||    
T  54651590 tactcaattggtgaattttgatatgttgttgttgaaatgagatgtaattcatgttccattga 54651529  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 45; E-Value: 9e-17
Query Start/End: Original strand, 1 - 61
Target Start/End: Original strand, 18897067 - 18897127
Alignment:
Q  1 ctgtggtgctattttcttgtgcttgaattgatgattatggtatgtttatgggtgaaattac 61  Q
    ||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||    
T  18897067 ctgtgatgctattttcttgtgcatgaattgatgattatggtatgtttgtgggtggaattac 18897127  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 1 - 102
Target Start/End: Original strand, 11986197 - 11986300
Alignment:
Q  1 ctgtggtgctattttcttgtgcttgaattgatgattatggtatgtttatgggtgaaattac--gtttcaaagtatgtataaatgttaagttatgaaatta 98  Q
    ||||| || ||||||| ||||| ||| || ||||| || ||||| || ||| |||||||||  |||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||     
T  11986197 ctgtgatgttattttcgtgtgcatgatttaatgataattgtatgattgtggttgaaattacatgttttaaagtatgtattaatgtcaagttatgaaattg 11986296  T
Q  99 tgct 102  Q
    ||||    
T  11986297 tgct 11986300  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 187; Significance: 1e-101; HSPs: 20)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 1 - 231
Target Start/End: Original strand, 11231361 - 11231594
Alignment:
Q  1 ctgtggtgctattttcttgtgcttgaattgatgattatggtatgtttatgggtgaaattac--gtttcaaagtatgtataaatgttaagttatgaaatta 98  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11231361 ctgtgatgctattttcttgtgcttgaattgatgattatggtatgtttatgggtgaaattacatgtttcaaagtatgtataaatgttaagttatgaaatta 11231460  T
Q  99 tgcttaattgatgaaatt-gatatgttttgattgaaatgagatgtgattcatattccattgaagtggttattgtcaactgatgctatggtaagtgaatta 197  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| | ||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||    
T  11231461 tgcttaattgatgaaatttgatatgttttgattgaaaagagatgtgattcatattccattaatgtggttattgttaactgatgctattgtaagtgaatta 11231560  T
Q  198 tgaattgggtatacttaattgtggattgatgatg 231  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11231561 tgatttgggtatacttaattgtggattgatgatg 11231594  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 183; E-Value: 4e-99
Query Start/End: Original strand, 1 - 231
Target Start/End: Original strand, 22513208 - 22513441
Alignment:
Q  1 ctgtggtgctattttcttgtgcttgaattgatgattatggtatgtttatgggtgaaattac--gtttcaaagtatgtataaatgttaagttatgaaatta 98  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22513208 ctgtgatgctattttcttgtgcttgaattgatgattatggtatgtttatgggtgaaattacatgtttcaaagtatgtataaatgttaagttatgaaatta 22513307  T
Q  99 tgcttaattgatgaaatt-gatatgttttgattgaaatgagatgtgattcatattccattgaagtggttattgtcaactgatgctatggtaagtgaatta 197  Q
    |||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| | ||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||    
T  22513308 tgcttaattgatgaaatttgatatgctttgattgaaaagagatgtgattcatattccattaatgtggttattgttaactgatgctattgtaagtgaatta 22513407  T
Q  198 tgaattgggtatacttaattgtggattgatgatg 231  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22513408 tgatttgggtatacttaattgtggattgatgatg 22513441  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 183; E-Value: 4e-99
Query Start/End: Original strand, 1 - 231
Target Start/End: Original strand, 28775830 - 28776063
Alignment:
Q  1 ctgtggtgctattttcttgtgcttgaattgatgattatggtatgtttatgggtgaaattac--gtttcaaagtatgtataaatgttaagttatgaaatta 98  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28775830 ctgtgatgctattttcttgtgcttgaattgatgattatggtatgtttatgggtgaaattacatgtttcaaagtatgtataaatgttaagttatgaaatta 28775929  T
Q  99 tgcttaattgatgaaatt-gatatgttttgattgaaatgagatgtgattcatattccattgaagtggttattgtcaactgatgctatggtaagtgaatta 197  Q
    |||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| | ||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||    
T  28775930 tgcttaattgatgaaatttgatatgctttgattgaaaagagatgtgattcatattccattaatgtggttattgttaactgatgctattgtaagtgaatta 28776029  T
Q  198 tgaattgggtatacttaattgtggattgatgatg 231  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28776030 tgatttgggtatacttaattgtggattgatgatg 28776063  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 179; E-Value: 1e-96
Query Start/End: Original strand, 1 - 231
Target Start/End: Original strand, 24685804 - 24686037
Alignment:
Q  1 ctgtggtgctattttcttgtgcttgaattgatgattatggtatgtttatgggtgaaattac--gtttcaaagtatgtataaatgttaagttatgaaatta 98  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24685804 ctgtgatgctattttcttgtgcttgaattgatgattatggtatgtttatgggtgaaattacatgtttcaaagtatgtataaatgttaagttatgaaatta 24685903  T
Q  99 tgcttaattgatgaaatt-gatatgttttgattgaaatgagatgtgattcatattccattgaagtggttattgtcaactgatgctatggtaagtgaatta 197  Q
    |||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| | ||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||    
T  24685904 tgcttaattgatgaaatttgatgtgttttgattgaaaagagatgtgattcatattccattaatgtggttattgttaactgatgctattgtaagtgaatta 24686003  T
Q  198 tgaattgggtatacttaattgtggattgatgatg 231  Q
    ||| || |||||||||||||||||||||||||||    
T  24686004 tgatttaggtatacttaattgtggattgatgatg 24686037  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 171; E-Value: 6e-92
Query Start/End: Original strand, 1 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 12728625 - 12728392
Alignment:
Q  1 ctgtggtgctattttcttgtgcttgaattgatgattatggtatgtttatgggtgaaattac--gtttcaaagtatgtataaatgttaagttatgaaatta 98  Q
    ||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12728625 ctgtgatgctattttcttgtgcatgaattgatgattatggtatgtttgtgggtgaaattacatgtttcaaagtatgtataaatgttaagttatgaaatta 12728526  T
Q  99 tgcttaattgatgaaatt-gatatgttttgattgaaatgagatgtgattcatattccattgaagtggttattgtcaactgatgctatggtaagtgaatta 197  Q
    | |||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||| || ||||||| |    
T  12728525 ttcttaattgatgaaatttgatatgtttttattgaaatgagatgtgattcatattccattgatgtggttattgttaactgatgctattgtgagtgaatca 12728426  T
Q  198 tgaattgggtatacttaattgtggattgatgatg 231  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12728425 tgatttgggtatacttaattgtggattgatgatg 12728392  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 171; E-Value: 6e-92
Query Start/End: Original strand, 1 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 34824708 - 34824475
Alignment:
Q  1 ctgtggtgctattttcttgtgcttgaattgatgattatggtatgtttatgggtgaaattac--gtttcaaagtatgtataaatgttaagttatgaaatta 98  Q
    ||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34824708 ctgtgatgctattttcttgtgcatgaattgatgattatggtatgtttgtgggtgaaattacatgtttcaaagtatgtataaatgttaagttatgaaatta 34824609  T
Q  99 tgcttaattgatgaaatt-gatatgttttgattgaaatgagatgtgattcatattccattgaagtggttattgtcaactgatgctatggtaagtgaatta 197  Q
    | |||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||| || ||||||| |    
T  34824608 ttcttaattgatgaaatttgatatgtttttattgaaatgagatgtgattcatattccattgatgtggttattgttaactgatgctattgtgagtgaatca 34824509  T
Q  198 tgaattgggtatacttaattgtggattgatgatg 231  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34824508 tgatttgggtatacttaattgtggattgatgatg 34824475  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 163; E-Value: 3e-87
Query Start/End: Original strand, 1 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 16935826 - 16935593
Alignment:
Q  1 ctgtggtgctattttcttgtgcttgaattgatgattatggtatgtttatgggtgaaattac--gtttcaaagtatgtataaatgttaagttatgaaatta 98  Q
    ||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| || ||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16935826 ctgtgatgctattttcttgtgcatgaattgatgattatggtatgtttgtgcgtgaaattacatgtttcaaagtatgtataaatgttaagttatgaaatta 16935727  T
Q  99 tgcttaattgatgaaatt-gatatgttttgattgaaatgagatgtgattcatattccattgaagtggttattgtcaactgatgctatggtaagtgaatta 197  Q
    | ||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||| || ||||||| |    
T  16935726 tactttattgatgaaatttgatatgttttgattgaaatgagatgtgattcatattccattgatgtggttattgttaaatgatgctattgtgagtgaatca 16935627  T
Q  198 tgaattgggtatacttaattgtggattgatgatg 231  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16935626 tgatttgggtatacttaattgtggattgatgatg 16935593  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 163; E-Value: 3e-87
Query Start/End: Original strand, 1 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 17006486 - 17006253
Alignment:
Q  1 ctgtggtgctattttcttgtgcttgaattgatgattatggtatgtttatgggtgaaattac--gtttcaaagtatgtataaatgttaagttatgaaatta 98  Q
    ||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| || ||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17006486 ctgtgatgctattttcttgtgcatgaattgatgattatggtatgtttgtgcgtgaaattacatgtttcaaagtatgtataaatgttaagttatgaaatta 17006387  T
Q  99 tgcttaattgatgaaatt-gatatgttttgattgaaatgagatgtgattcatattccattgaagtggttattgtcaactgatgctatggtaagtgaatta 197  Q
    | ||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||| || ||||||| |    
T  17006386 tactttattgatgaaatttgatatgttttgattgaaatgagatgtgattcatattccattgatgtggttattgttaaatgatgctattgtgagtgaatca 17006287  T
Q  198 tgaattgggtatacttaattgtggattgatgatg 231  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17006286 tgatttgggtatacttaattgtggattgatgatg 17006253  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 155; E-Value: 2e-82
Query Start/End: Original strand, 1 - 231
Target Start/End: Original strand, 23778068 - 23778301
Alignment:
Q  1 ctgtggtgctattttcttgtgcttgaattgatgattatggtatgtttatgggtgaaattac--gtttcaaagtatgtataaatgttaagttatgaaatta 98  Q
    ||||| |||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23778068 ctgtgatgctattttcttatgcatgaattgatgattatggtatgtttgtggatgaaattacatgtttcaaagtatgtataaatgttaagttatgaaatta 23778167  T
Q  99 tgcttaattgatgaaatt-gatatgttttgattgaaatgagatgtgattcatattccattgaagtggttattgtcaactgatgctatggtaagtgaatta 197  Q
    | |||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| || |||||||| |||||||||||| || ||||||| |    
T  23778168 tacttaattgatgaaatttgatatgatttgattgaaatgagatgtaattcatattccattgatgttgttattgttaactgatgctattgtgagtgaatca 23778267  T
Q  198 tgaattgggtatacttaattgtggattgatgatg 231  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23778268 tgatttgggtatacttaattgtggattgatgatg 23778301  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 110; E-Value: 1e-55
Query Start/End: Original strand, 2 - 151
Target Start/End: Original strand, 12635892 - 12636044
Alignment:
Q  2 tgtggtgctattttcttgtgcttgaattgatgattatggtatgtttatgggtgaaattac--gtttcaaagtatgtataaatgttaagttatgaaattat 99  Q
    |||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12635892 tgtgatgctattttcttgtgcatgaattgatgattatggtatgtttgtgggtgaaattacatgtttcaaagtatgtataaatgttaagttatgaaattat 12635991  T
Q  100 gcttaattgatgaaa-ttgatatgttttgattgaaatgagatgtgattcatat 151  Q
     |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| | ||||||    
T  12635992 acttaattgatgaaatttgatatgttttgattgaaatgagatgtaaatcatat 12636044  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 109; E-Value: 6e-55
Query Start/End: Original strand, 7 - 151
Target Start/End: Original strand, 42177998 - 42178145
Alignment:
Q  7 tgctattttcttgtgcttgaattgatgattatggtatgtttatgggtgaaattac--gtttcaaagtatgtataaatgttaagttatgaaattatgctta 104  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  42177998 tgctattttcttgtgcatgaattgatgattatggtatgtttttgggtgaaattacatgtttcaaagtatgtataaatgttaagttatgaaattatactta 42178097  T
Q  105 attgatgaaa-ttgatatgttttgattgaaatgagatgtgattcatat 151  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| | ||||||    
T  42178098 attgatgaaatttgatatgttttgattgaaatgagatgtaaatcatat 42178145  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 106; E-Value: 4e-53
Query Start/End: Original strand, 2 - 151
Target Start/End: Complemental strand, 8944078 - 8943926
Alignment:
Q  2 tgtggtgctattttcttgtgcttgaattgatgattatggtatgtttatgggtgaaattac--gtttcaaagtatgtataaatgttaagttatgaaattat 99  Q
    |||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8944078 tgtgatgctattttcttgtgcatgaattgatgattatggtatatttgtgggtgaaattacatgtttcaaagtatgtataaatgttaagttatgaaattat 8943979  T
Q  100 gcttaattgatgaaa-ttgatatgttttgattgaaatgagatgtgattcatat 151  Q
     |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| | ||||||    
T  8943978 acttaattgatgaaatttgatatgttttgattgaaatgagatgtaaatcatat 8943926  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 102; E-Value: 9e-51
Query Start/End: Original strand, 10 - 151
Target Start/End: Original strand, 3798635 - 3798779
Alignment:
Q  10 tattttcttgtgcttgaattgatgattatggtatgtttatgggtgaaattac--gtttcaaagtatgtataaatgttaagttatgaaattatgcttaatt 107  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  3798635 tattttcttgtgcatgaattgatgattatggtatgtttgtgggtgaaattacatgtttcaaagtatgtataaatgttaagttatgaaattatacttaatt 3798734  T
Q  108 gatgaaa-ttgatatgttttgattgaaatgagatgtgattcatat 151  Q
    ||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| | ||||||    
T  3798735 gatgaaatttgatatgttttggttgaaatgagatgtaaatcatat 3798779  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 98; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 10 - 151
Target Start/End: Original strand, 12641674 - 12641818
Alignment:
Q  10 tattttcttgtgcttgaattgatgattatggtatgtttatgggtgaaattac--gtttcaaagtatgtataaatgttaagttatgaaattatgcttaatt 107  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  12641674 tattttcttgtgcatgaattgatgattatggtatgtttgtggctgaaattacatgtttcaaagtatgtataaatgttaagttatgaaattatacttaatt 12641773  T
Q  108 gatgaaa-ttgatatgttttgattgaaatgagatgtgattcatat 151  Q
    ||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| | ||||||    
T  12641774 gatgaaatttgatatgttttggttgaaatgagatgtaaatcatat 12641818  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #15
Raw Score: 78; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 2 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 21142127 - 21141895
Alignment:
Q  2 tgtggtgctattttcttgtgcttgaattgatgattatggtatgtttatgggtgaaattac--gtttcaaagtatgtataaatgttaagttatgaaattat 99  Q
    |||| |||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| ||| |||||||||  |||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||    
T  21142127 tgtgatgctattttcttgtgcatgaattgaggattatggtatgtttgtggatgaaattacatgtttcaaagtatgtataaatgtcaagctatgaaattat 21142028  T
Q  100 gcttaattgatgaa-attgatatgttttgattgaaatgagatgtgattcatattccattgaagtggttattgtcaactgatgctatggtaagtgaattat 198  Q
     || ||||  ||||  |||||||||| |  || |||||||||||||||||| ||||||| | ||  ||  | | |||||||| | | ||  ||||||||     
T  21142027 actcaattagtgaatcttgatatgttgttgttaaaatgagatgtgattcatgttccattaaggttattgctattaactgatgttgttgtgggtgaattac 21141928  T
Q  199 gaattgggtatacttaattgtggattgatgatg 231  Q
    || |||||||||| ||||| |||||||||||||    
T  21141927 gacttgggtatacataattatggattgatgatg 21141895  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #16
Raw Score: 47; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 13 - 112
Target Start/End: Complemental strand, 23774358 - 23774257
Alignment:
Q  13 tttcttgtgcttgaattgatgattatggtatgtttatgggtgaaattac--gtttcaaagtatgtataaatgttaagttatgaaattatgcttaattgat 110  Q
    |||||| | |||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||  | ||||| |||||||||||||| ||||| ||||||| ||| ||||| ||    
T  23774358 tttcttatacttgaattgatgattatggtatgtttgtggatgaaattacatggttcaatgtatgtataaatgtcaagttgtgaaattttgcctaattaat 23774259  T
Q  111 ga 112  Q
    ||    
T  23774258 ga 23774257  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #17
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 24 - 112
Target Start/End: Original strand, 5888675 - 5888765
Alignment:
Q  24 tgaattgatgattatggtatgtttatgggtgaaattac--gtttcaaagtatgtataaatgttaagttatgaaattatgcttaattgatga 112  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||  | ||||| |||||||||||||| ||||| ||||||| ||| ||||| ||||    
T  5888675 tgaattgatgattatggtatgtttgtggatgaaattacatggttcaatgtatgtataaatgtcaagttgtgaaattttgcctaattaatga 5888765  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #18
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 2 - 95
Target Start/End: Original strand, 7507876 - 7507969
Alignment:
Q  2 tgtggtgctattttcttgtgcttgaattgatgattatggtatgtttatgggtgaaattacgt-ttcaaagtatgtataaatgttaagttatgaaa 95  Q
    |||| |||||||||||||||| |||||||||||| || ||||| || | ||||||||||| | |||||| |||||| ||||  ||||||||||||    
T  7507876 tgtgatgctattttcttgtgcatgaattgatgataattgtatgattgttggtgaaattacatgttcaaa-tatgtaaaaataataagttatgaaa 7507969  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #19
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 189 - 231
Target Start/End: Original strand, 5888843 - 5888885
Alignment:
Q  189 agtgaattatgaattgggtatacttaattgtggattgatgatg 231  Q
    |||||||||||| |||||||||| ||||| |||||||||||||    
T  5888843 agtgaattatgacttgggtatacataattatggattgatgatg 5888885  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #20
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 189 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 23774179 - 23774137
Alignment:
Q  189 agtgaattatgaattgggtatacttaattgtggattgatgatg 231  Q
    |||||||||| | |||||||||||||||| |||||||||||||    
T  23774179 agtgaattataacttgggtatacttaattatggattgatgatg 23774137  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0107 (Bit Score: 183; Significance: 4e-99; HSPs: 2)
Name: scaffold0107
Description:

Target: scaffold0107; HSP #1
Raw Score: 183; E-Value: 4e-99
Query Start/End: Original strand, 1 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 31542 - 31309
Alignment:
Q  1 ctgtggtgctattttcttgtgcttgaattgatgattatggtatgtttatgggtgaaattac--gtttcaaagtatgtataaatgttaagttatgaaatta 98  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31542 ctgtgatgctattttcttgtgcttgaattgatgattatggtatgtttatgggtgaaattacatgtttcaaagtatgtataaatgttaagttatgaaatta 31443  T
Q  99 tgcttaattgatgaaatt-gatatgttttgattgaaatgagatgtgattcatattccattgaagtggttattgtcaactgatgctatggtaagtgaatta 197  Q
    |||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| | ||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||    
T  31442 tgcttaattgatgaaatttgatatgctttgattgaaaagagatgtgattcatattccattaatgtggttattgttaactgatgctattgtaagtgaatta 31343  T
Q  198 tgaattgggtatacttaattgtggattgatgatg 231  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31342 tgatttgggtatacttaattgtggattgatgatg 31309  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0107; HSP #2
Raw Score: 143; E-Value: 3e-75
Query Start/End: Original strand, 9 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 39871 - 39646
Alignment:
Q  9 ctattttcttgtgcttgaattgatgattatggtatgtttatgggtgaaattac--gtttcaaagtatgtataaatgttaagttatgaaattatgcttaat 106  Q
    |||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  39871 ctattttcctgtgcatgaattgatgattatggtatttttgtgggtgaaattacatgtttcaaagtatgtataaatgttaagttatgaaattattcttaat 39772  T
Q  107 tgatgaaatt-gatatgttttgattgaaatgagatgtgattcatattccattgaagtggttattgtcaactgatgctatggtaagtgaattatgaattgg 205  Q
    |||||||||| ||||||||||  |||||||||||||| ||||||||| |||||| || |||||||| |||||||||||| || ||||||| |||| ||||    
T  39771 tgatgaaatttgatatgttttttttgaaatgagatgttattcatatttcattgatgttgttattgttaactgatgctattgtgagtgaatcatgatttgg 39672  T
Q  206 gtatacttaattgtggattgatgatg 231  Q
    ||||||||||||||||||||||||||    
T  39671 gtatacttaattgtggattgatgatg 39646  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0076 (Bit Score: 183; Significance: 4e-99; HSPs: 1)
Name: scaffold0076
Description:

Target: scaffold0076; HSP #1
Raw Score: 183; E-Value: 4e-99
Query Start/End: Original strand, 1 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 39336 - 39103
Alignment:
Q  1 ctgtggtgctattttcttgtgcttgaattgatgattatggtatgtttatgggtgaaattac--gtttcaaagtatgtataaatgttaagttatgaaatta 98  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39336 ctgtgatgctattttcttgtgcttgaattgatgattatggtatgtttatgggtgaaattacatgtttcaaagtatgtataaatgttaagttatgaaatta 39237  T
Q  99 tgcttaattgatgaaatt-gatatgttttgattgaaatgagatgtgattcatattccattgaagtggttattgtcaactgatgctatggtaagtgaatta 197  Q
    |||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| | ||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||    
T  39236 tgcttaattgatgaaatttgatatgctttgattgaaaagagatgtgattcatattccattaatgtggttattgttaactgatgctattgtaagtgaatta 39137  T
Q  198 tgaattgggtatacttaattgtggattgatgatg 231  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39136 tgatttgggtatacttaattgtggattgatgatg 39103  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 183; Significance: 4e-99; HSPs: 11)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 183; E-Value: 4e-99
Query Start/End: Original strand, 1 - 231
Target Start/End: Original strand, 271383 - 271616
Alignment:
Q  1 ctgtggtgctattttcttgtgcttgaattgatgattatggtatgtttatgggtgaaattac--gtttcaaagtatgtataaatgttaagttatgaaatta 98  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  271383 ctgtgatgctattttcttgtgcttgaattgatgattatggtatgtttatgggtgaaattacatgtttcaaagtatgtataaatgttaagttatgaaatta 271482  T
Q  99 tgcttaattgatgaaatt-gatatgttttgattgaaatgagatgtgattcatattccattgaagtggttattgtcaactgatgctatggtaagtgaatta 197  Q
    |||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| | ||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||    
T  271483 tgcttaattgatgaaatttgatatgctttgattgaaaagagatgtgattcatattccattaatgtggttattgttaactgatgctattgtaagtgaatta 271582  T
Q  198 tgaattgggtatacttaattgtggattgatgatg 231  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  271583 tgatttgggtatacttaattgtggattgatgatg 271616  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 183; E-Value: 4e-99
Query Start/End: Original strand, 1 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 644537 - 644304
Alignment:
Q  1 ctgtggtgctattttcttgtgcttgaattgatgattatggtatgtttatgggtgaaattac--gtttcaaagtatgtataaatgttaagttatgaaatta 98  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  644537 ctgtgatgctattttcttgtgcttgaattgatgattatggtatgtttatgggtgaaattacatgtttcaaagtatgtataaatgttaagttatgaaatta 644438  T
Q  99 tgcttaattgatgaaatt-gatatgttttgattgaaatgagatgtgattcatattccattgaagtggttattgtcaactgatgctatggtaagtgaatta 197  Q
    |||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| | ||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||    
T  644437 tgcttaattgatgaaatttgatatgctttgattgaaaagagatgtgattcatattccattaatgtggttattgttaactgatgctattgtaagtgaatta 644338  T
Q  198 tgaattgggtatacttaattgtggattgatgatg 231  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  644337 tgatttgggtatacttaattgtggattgatgatg 644304  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 183; E-Value: 4e-99
Query Start/End: Original strand, 1 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 830272 - 830039
Alignment:
Q  1 ctgtggtgctattttcttgtgcttgaattgatgattatggtatgtttatgggtgaaattac--gtttcaaagtatgtataaatgttaagttatgaaatta 98  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  830272 ctgtgatgctattttcttgtgcttgaattgatgattatggtatgtttatgggtgaaattacatgtttcaaagtatgtataaatgttaagttatgaaatta 830173  T
Q  99 tgcttaattgatgaaatt-gatatgttttgattgaaatgagatgtgattcatattccattgaagtggttattgtcaactgatgctatggtaagtgaatta 197  Q
    |||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| | ||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||    
T  830172 tgcttaattgatgaaatttgatatgctttgattgaaaagagatgtgattcatattccattaatgtggttattgttaactgatgctattgtaagtgaatta 830073  T
Q  198 tgaattgggtatacttaattgtggattgatgatg 231  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  830072 tgatttgggtatacttaattgtggattgatgatg 830039  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 183; E-Value: 4e-99
Query Start/End: Original strand, 1 - 231
Target Start/End: Original strand, 22088817 - 22089050
Alignment:
Q  1 ctgtggtgctattttcttgtgcttgaattgatgattatggtatgtttatgggtgaaattac--gtttcaaagtatgtataaatgttaagttatgaaatta 98  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22088817 ctgtgatgctattttcttgtgcttgaattgatgattatggtatgtttataggtgaaattacatgtttcaaagtatgtataaatgttaagttatgaaatta 22088916  T
Q  99 tgcttaattgatgaaatt-gatatgttttgattgaaatgagatgtgattcatattccattgaagtggttattgtcaactgatgctatggtaagtgaatta 197  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| | ||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||    
T  22088917 tgcttaattgatgaaatttgatatgttttgattgaaaagagatgtgattcatattccattaatgtggttattgttaactgatgctattgtaagtgaatta 22089016  T
Q  198 tgaattgggtatacttaattgtggattgatgatg 231  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22089017 tgatttgggtatacttaattgtggattgatgatg 22089050  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 171; E-Value: 6e-92
Query Start/End: Original strand, 9 - 231
Target Start/End: Original strand, 15319190 - 15319415
Alignment:
Q  9 ctattttcttgtgcttgaattgatgattatggtatgtttatgggtgaaattac--gtttcaaagtatgtataaatgttaagttatgaaattatgcttaat 106  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  15319190 ctattttcttgtgcttgaattgatgattatggtatgtttatgggtgaaattacatgtttctaagtatgtataaatgttgagttatgaaattatgcttaat 15319289  T
Q  107 tgatgaaatt-gatatgttttgattgaaatgagatgtgattcatattccattgaagtggttattgtcaactgatgctatggtaagtgaattatgaattgg 205  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| | ||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||| ||||    
T  15319290 tgatgaaatttgatatgttttgattgaaaagagatgtgattcatgttccattaatgtggttattgttaactgatgctattgtaagtgaattatgatttgg 15319389  T
Q  206 gtatacttaattgtggattgatgatg 231  Q
    ||||||||||||||||||||||||||    
T  15319390 gtatacttaattgtggattgatgatg 15319415  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 171; E-Value: 6e-92
Query Start/End: Original strand, 9 - 231
Target Start/End: Original strand, 15499559 - 15499784
Alignment:
Q  9 ctattttcttgtgcttgaattgatgattatggtatgtttatgggtgaaattac--gtttcaaagtatgtataaatgttaagttatgaaattatgcttaat 106  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  15499559 ctattttcttgtgcttgaattgatgattatggtatgtttatgggtgaaattacatgtttctaagtatgtataaatgttgagttatgaaattatgcttaat 15499658  T
Q  107 tgatgaaatt-gatatgttttgattgaaatgagatgtgattcatattccattgaagtggttattgtcaactgatgctatggtaagtgaattatgaattgg 205  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| | ||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||| ||||    
T  15499659 tgatgaaatttgatatgttttgattgaaaagagatgtgattcatgttccattaatgtggttattgttaactgatgctattgtaagtgaattatgatttgg 15499758  T
Q  206 gtatacttaattgtggattgatgatg 231  Q
    ||||||||||||||||||||||||||    
T  15499759 gtatacttaattgtggattgatgatg 15499784  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 171; E-Value: 6e-92
Query Start/End: Original strand, 1 - 231
Target Start/End: Original strand, 22006281 - 22006514
Alignment:
Q  1 ctgtggtgctattttcttgtgcttgaattgatgattatggtatgtttatgggtgaaattac--gtttcaaagtatgtataaatgttaagttatgaaatta 98  Q
    ||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22006281 ctgtgatgctattttcttgtgcatgaattgatgattatggtatgtttgtgggtgaaattacatgtttcaaagtatgtataaatgttaagttatgaaatta 22006380  T
Q  99 tgcttaattgatgaaatt-gatatgttttgattgaaatgagatgtgattcatattccattgaagtggttattgtcaactgatgctatggtaagtgaatta 197  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||| || ||||||| |    
T  22006381 tgcttaattgatgaaatttgatatgttttgattgaaatgagatgtgattcatattccattgatgtggttattgttaactgatgttattgtgagtgaatca 22006480  T
Q  198 tgaattgggtatacttaattgtggattgatgatg 231  Q
    ||| ||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  22006481 tgatttgggtatacttaattgtggactgatgatg 22006514  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 164; E-Value: 9e-88
Query Start/End: Original strand, 1 - 231
Target Start/End: Original strand, 13662288 - 13662521
Alignment:
Q  1 ctgtggtgctattttcttgtgcttgaattgatgattatggtatgtttatgggtgaaattac--gtttcaaagtatgtataaatgttaagttatgaaatta 98  Q
    ||||| |||||||||||||||| |||||  ||||||||||||||||| |||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13662288 ctgtgatgctattttcttgtgcatgaatgnatgattatggtatgtttgtgggtgaaattacatgtttcaaagtatgtataaatgttaagttatgaaatta 13662387  T
Q  99 tgcttaattgatgaaatt-gatatgttttgattgaaatgagatgtgattcatattccattgaagtggttattgtcaactgatgctatggtaagtgaatta 197  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||| || ||||||| |    
T  13662388 tgcttaattgatgaaatttgatatgttttgattgaaatgagatgtgattcatattccattgatgtggttattgttaactgatgctattgtgagtgaatca 13662487  T
Q  198 tgaattgggtatacttaattgtggattgatgatg 231  Q
    ||| |||||||||| ||||| |||||||||||||    
T  13662488 tgatttgggtatacataattatggattgatgatg 13662521  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 110; E-Value: 1e-55
Query Start/End: Original strand, 2 - 151
Target Start/End: Original strand, 13720952 - 13721104
Alignment:
Q  2 tgtggtgctattttcttgtgcttgaattgatgattatggtatgtttatgggtgaaattac--gtttcaaagtatgtataaatgttaagttatgaaattat 99  Q
    |||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13720952 tgtgatgctattttcttgtgcatgaattgatgattatggtatgtttgtgggtgaaattacatgtttcaaagtatgtataaatgttaagttatgaaattat 13721051  T
Q  100 gcttaattgatgaaa-ttgatatgttttgattgaaatgagatgtgattcatat 151  Q
     |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| | ||||||    
T  13721052 acttaattgatgaaatttgatatgttttgattgaaatgagatgtaaatcatat 13721104  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 102; E-Value: 9e-51
Query Start/End: Original strand, 10 - 151
Target Start/End: Original strand, 16873083 - 16873227
Alignment:
Q  10 tattttcttgtgcttgaattgatgattatggtatgtttatgggtgaaattac--gtttcaaagtatgtataaatgttaagttatgaaattatgcttaatt 107  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  16873083 tattttcttgtgcatgaattgatgattatggtatgtttgtgggtgaaattacatgtttcaaagtatgtataaatgttaagttatgaaattatacttaatt 16873182  T
Q  108 gatgaaa-ttgatatgttttgattgaaatgagatgtgattcatat 151  Q
    ||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| | ||||||    
T  16873183 gatgaaatttgatatgttttggttgaaatgagatgtaaatcatat 16873227  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 101; E-Value: 3e-50
Query Start/End: Original strand, 1 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 16195464 - 16195230
Alignment:
Q  1 ctgtggtgctattttcttgtgcttgaattgatgattatggtatgtttatgggtgaaattac--gtttcaaagtatgtataaatgttaagttatgaaatta 98  Q
    ||||| |||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  16195464 ctgtgatgctatgttcttgtgcatgaattgatgattatggtatgtttgtgggtgaaattacatgtttcaaagtatgtataaatgttaagttatgagatta 16195365  T
Q  99 tgcttaattgatgaaa--ttgatatgttttgattgaaatgagatgtgattcatattccattgaagtggttattgtcaactgatgctatggtaagtgaatt 196  Q
    | ||||||| ||||||  |||||||||| |  ||||||||||||||||||||| ||||||||| || |||  | | |||||||| | | |   |||||||    
T  16195364 tacttaatttatgaaattttgatatgttgttgttgaaatgagatgtgattcatgttccattgatgttgttgctattaactgatgttgttgagggtgaatt 16195265  T
Q  197 atgaattgggtatacttaattgtggattgatgatg 231  Q
    |||| || ||||||  ||||| |||||||||||||    
T  16195264 atgacttaggtatatataattatggattgatgatg 16195230  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 183; Significance: 4e-99; HSPs: 18)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 183; E-Value: 4e-99
Query Start/End: Original strand, 1 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 7822961 - 7822728
Alignment:
Q  1 ctgtggtgctattttcttgtgcttgaattgatgattatggtatgtttatgggtgaaattac--gtttcaaagtatgtataaatgttaagttatgaaatta 98  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7822961 ctgtgatgctattttcttgtgcttgaattgatgattatggtatgtttatgggtgaaattacatgtttcaaagtatgtataaatgttaagttatgaaatta 7822862  T
Q  99 tgcttaattgatgaaatt-gatatgttttgattgaaatgagatgtgattcatattccattgaagtggttattgtcaactgatgctatggtaagtgaatta 197  Q
    |||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| | ||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||    
T  7822861 tgcttaattgatgaaatttgatatgctttgattgaaaagagatgtgattcatattccattaatgtggttattgttaactgatgctattgtaagtgaatta 7822762  T
Q  198 tgaattgggtatacttaattgtggattgatgatg 231  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7822761 tgatttgggtatacttaattgtggattgatgatg 7822728  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 183; E-Value: 4e-99
Query Start/End: Original strand, 1 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 7830272 - 7830039
Alignment:
Q  1 ctgtggtgctattttcttgtgcttgaattgatgattatggtatgtttatgggtgaaattac--gtttcaaagtatgtataaatgttaagttatgaaatta 98  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7830272 ctgtgatgctattttcttgtgcttgaattgatgattatggtatgtttatgggtgaaattacatgtttcaaagtatgtataaatgttaagttatgaaatta 7830173  T
Q  99 tgcttaattgatgaaatt-gatatgttttgattgaaatgagatgtgattcatattccattgaagtggttattgtcaactgatgctatggtaagtgaatta 197  Q
    |||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| | ||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||    
T  7830172 tgcttaattgatgaaatttgatatgctttgattgaaaagagatgtgattcatattccattaatgtggttattgttaactgatgctattgtaagtgaatta 7830073  T
Q  198 tgaattgggtatacttaattgtggattgatgatg 231  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7830072 tgatttgggtatacttaattgtggattgatgatg 7830039  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 183; E-Value: 4e-99
Query Start/End: Original strand, 1 - 231
Target Start/End: Original strand, 27101660 - 27101893
Alignment:
Q  1 ctgtggtgctattttcttgtgcttgaattgatgattatggtatgtttatgggtgaaattac--gtttcaaagtatgtataaatgttaagttatgaaatta 98  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27101660 ctgtgatgctattttcttgtgcttgaattgatgattatggtatgtttatgggtgaaattacatgtttcaaagtatgtataaatgttaagttatgaaatta 27101759  T
Q  99 tgcttaattgatgaaatt-gatatgttttgattgaaatgagatgtgattcatattccattgaagtggttattgtcaactgatgctatggtaagtgaatta 197  Q
    |||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| | ||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||    
T  27101760 tgcttaattgatgaaatttgatatgctttgattgaaaagagatgtgattcatattccattaatgtggttattgttaactgatgctattgtaagtgaatta 27101859  T
Q  198 tgaattgggtatacttaattgtggattgatgatg 231  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27101860 tgatttgggtatacttaattgtggattgatgatg 27101893  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 183; E-Value: 4e-99
Query Start/End: Original strand, 1 - 231
Target Start/End: Original strand, 27109008 - 27109241
Alignment:
Q  1 ctgtggtgctattttcttgtgcttgaattgatgattatggtatgtttatgggtgaaattac--gtttcaaagtatgtataaatgttaagttatgaaatta 98  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27109008 ctgtgatgctattttcttgtgcttgaattgatgattatggtatgtttatgggtgaaattacatgtttcaaagtatgtataaatgttaagttatgaaatta 27109107  T
Q  99 tgcttaattgatgaaatt-gatatgttttgattgaaatgagatgtgattcatattccattgaagtggttattgtcaactgatgctatggtaagtgaatta 197  Q
    |||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| | ||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||    
T  27109108 tgcttaattgatgaaatttgatatgctttgattgaaaagagatgtgattcatattccattaatgtggttattgttaactgatgctattgtaagtgaatta 27109207  T
Q  198 tgaattgggtatacttaattgtggattgatgatg 231  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27109208 tgatttgggtatacttaattgtggattgatgatg 27109241  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 183; E-Value: 4e-99
Query Start/End: Original strand, 1 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 27176666 - 27176433
Alignment:
Q  1 ctgtggtgctattttcttgtgcttgaattgatgattatggtatgtttatgggtgaaattac--gtttcaaagtatgtataaatgttaagttatgaaatta 98  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27176666 ctgtgatgctattttcttgtgcttgaattgatgattatggtatgtttatgggtgaaattacatgtttcaaagtatgtataaatgttaagttatgaaatta 27176567  T
Q  99 tgcttaattgatgaaatt-gatatgttttgattgaaatgagatgtgattcatattccattgaagtggttattgtcaactgatgctatggtaagtgaatta 197  Q
    |||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| | ||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||    
T  27176566 tgcttaattgatgaaatttgatatgctttgattgaaaagagatgtgattcatattccattaatgtggttattgttaactgatgctattgtaagtgaatta 27176467  T
Q  198 tgaattgggtatacttaattgtggattgatgatg 231  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27176466 tgatttgggtatacttaattgtggattgatgatg 27176433  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 183; E-Value: 4e-99
Query Start/End: Original strand, 1 - 231
Target Start/End: Original strand, 38783752 - 38783985
Alignment:
Q  1 ctgtggtgctattttcttgtgcttgaattgatgattatggtatgtttatgggtgaaattac--gtttcaaagtatgtataaatgttaagttatgaaatta 98  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38783752 ctgtgatgctattttcttgtgcttgaattgatgattatggtatgtttatgggtgaaattacatgtttcaaagtatgtataaatgttaagttatgaaatta 38783851  T
Q  99 tgcttaattgatgaaatt-gatatgttttgattgaaatgagatgtgattcatattccattgaagtggttattgtcaactgatgctatggtaagtgaatta 197  Q
    |||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| | ||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||    
T  38783852 tgcttaattgatgaaatttgatatgctttgattgaaaagagatgtgattcatattccattaatgtggttattgttaactgatgctattgtaagtgaatta 38783951  T
Q  198 tgaattgggtatacttaattgtggattgatgatg 231  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38783952 tgatttgggtatacttaattgtggattgatgatg 38783985  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 179; E-Value: 1e-96
Query Start/End: Original strand, 1 - 231
Target Start/End: Original strand, 15950814 - 15951047
Alignment:
Q  1 ctgtggtgctattttcttgtgcttgaattgatgattatggtatgtttatgggtgaaattac--gtttcaaagtatgtataaatgttaagttatgaaatta 98  Q
    ||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15950814 ctgtgatgctattttcttgtgcatgaattgatgattatggtatgtttgtgggtgaaattacatgtttcaaagtatgtataaatgttaagttatgaaatta 15950913  T
Q  99 tgcttaattgatgaaatt-gatatgttttgattgaaatgagatgtgattcatattccattgaagtggttattgtcaactgatgctatggtaagtgaatta 197  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| |||||||||||| |||||||||| |    
T  15950914 tgcttaattgatgaaatttgatatgttttgattgaaatgagatgtgattcatattccattgatgtgattattgttaactgatgctattgtaagtgaatca 15951013  T
Q  198 tgaattgggtatacttaattgtggattgatgatg 231  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15951014 tgatttgggtatacttaattgtggattgatgatg 15951047  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 159; E-Value: 9e-85
Query Start/End: Original strand, 1 - 231
Target Start/End: Original strand, 15760137 - 15760370
Alignment:
Q  1 ctgtggtgctattttcttgtgcttgaattgatgattatggtatgtttatgggtgaaattac--gtttcaaagtatgtataaatgttaagttatgaaatta 98  Q
    ||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15760137 ctgtgatgctattttcttgtgcatgaattgatgattatgatatgtttgtgggtgaaattacatgtttcaaagtatgtataaatgttaagttatgaaatta 15760236  T
Q  99 tgcttaattgatgaaatt-gatatgttttgattgaaatgagatgtgattcatattccattgaagtggttattgtcaactgatgctatggtaagtgaatta 197  Q
    | |||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| || |||||||| |||||||| ||| || ||||||| |    
T  15760237 tacttaattgatgaaatttgatatgttttaattgaaatgagatgtaattcatattccattgatgttgttattgttaactgatgttattgtgagtgaataa 15760336  T
Q  198 tgaattgggtatacttaattgtggattgatgatg 231  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15760337 tgaattgggtatacttaattgtggattgatgatg 15760370  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 111; E-Value: 4e-56
Query Start/End: Original strand, 1 - 151
Target Start/End: Original strand, 18980044 - 18980197
Alignment:
Q  1 ctgtggtgctattttcttgtgcttgaattgatgattatggtatgtttatgggtgaaattac--gtttcaaagtatgtataaatgttaagttatgaaatta 98  Q
    ||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18980044 ctgtgatgctattttcttgtgcatgaattgatgattatggtatgtttgtgggtgaaattacatgtttcaaagtatgtataaatgttaagttatgaaatta 18980143  T
Q  99 tgcttaattgatgaaa-ttgatatgttttgattgaaatgagatgtgattcatat 151  Q
    | |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| | ||||||    
T  18980144 tacttaattgatgaaatttgatatgttttgattgaaatgagatgtaaatcatat 18980197  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 109; E-Value: 6e-55
Query Start/End: Original strand, 7 - 151
Target Start/End: Original strand, 14250927 - 14251074
Alignment:
Q  7 tgctattttcttgtgcttgaattgatgattatggtatgtttatgggtgaaattac--gtttcaaagtatgtataaatgttaagttatgaaattatgctta 104  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  14250927 tgctattttcttgtgcatgaattgatgattatggtatgtttttgggtgaaattacatgtttcaaagtatgtataaatgttaagttatgaaattatactta 14251026  T
Q  105 attgatgaaa-ttgatatgttttgattgaaatgagatgtgattcatat 151  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| | ||||||    
T  14251027 attgatgaaatttgatatgttttgattgaaatgagatgtaaatcatat 14251074  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 106; E-Value: 4e-53
Query Start/End: Original strand, 2 - 151
Target Start/End: Complemental strand, 15927800 - 15927648
Alignment:
Q  2 tgtggtgctattttcttgtgcttgaattgatgattatggtatgtttatgggtgaaattac--gtttcaaagtatgtataaatgttaagttatgaaattat 99  Q
    |||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| || |||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15927800 tgtgatgctattttcttgtgcatgaattgatgattatggtatgcttgtgggtgaaattacatgtttcaaagtatgtataaatgttaagttatgaaattat 15927701  T
Q  100 gcttaattgatgaaa-ttgatatgttttgattgaaatgagatgtgattcatat 151  Q
     |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| | ||||||    
T  15927700 acttaattgatgaaatttgatatgttttgattgaaatgagatgtaaatcatat 15927648  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 102; E-Value: 9e-51
Query Start/End: Original strand, 10 - 151
Target Start/End: Complemental strand, 13758594 - 13758450
Alignment:
Q  10 tattttcttgtgcttgaattgatgattatggtatgtttatgggtgaaattac--gtttcaaagtatgtataaatgttaagttatgaaattatgcttaatt 107  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  13758594 tattttcttgtgcatgaattgatgattatggtatgtttgtgggtgaaattacatgtttcaaagtatgtataaatgttaagttatgaaattatacttaatt 13758495  T
Q  108 gatgaaa-ttgatatgttttgattgaaatgagatgtgattcatat 151  Q
    ||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| | ||||||    
T  13758494 gatgaaatttgatatgttttggttgaaatgagatgtaaatcatat 13758450  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 56; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 1 - 99
Target Start/End: Original strand, 48622689 - 48622788
Alignment:
Q  1 ctgtggtgctattttcttgtgcttgaattgatgattatggtatgtttatgggtgaaattacgt-ttcaaagtatgtataaatgttaagttatgaaattat 99  Q
    ||||| || ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| | ||||||| ||| |||| ||||||||| |||||||||    
T  48622689 ctgtgatgatattttcttgtgcatgaattgatgattatggtatgtttgtgggtgaaattacatgttcaaagcatgcataattgttaagttgtgaaattat 48622788  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 52; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 24 - 112
Target Start/End: Original strand, 10000415 - 10000505
Alignment:
Q  24 tgaattgatgattatggtatgtttatgggtgaaattacgt--ttcaaagtatgtataaatgttaagttatgaaattatgcttaattgatga 112  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| |  ||||| |||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||    
T  10000415 tgaattgatgattatggtatgtttgtggatgaaattacatggttcaatgtatgtataaatgtcaagttgtgaaattttgcttaattgatga 10000505  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 45; E-Value: 9e-17
Query Start/End: Original strand, 24 - 113
Target Start/End: Complemental strand, 13321225 - 13321134
Alignment:
Q  24 tgaattgatgattatggtatgtttatgggtgaaattac--gtttcaaagtatgtataaatgttaagttatgaaattatgcttaattgatgaa 113  Q
    |||||||||||| || ||||| || | |||||||||||  |||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||| ||||| ||||    
T  13321225 tgaattgatgataattgtatgattgttggtgaaattacatgtttcaaagtatgtataaatgtcaagttatgaaattgtgctcaattggtgaa 13321134  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 24 - 112
Target Start/End: Complemental strand, 16418708 - 16418618
Alignment:
Q  24 tgaattgatgattatggtatgtttatgggtgaaattac--gtttcaaagtatgtataaatgttaagttatgaaattatgcttaattgatga 112  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||  | ||||| |||||||||||||| ||||| ||||||| ||| ||||| ||||    
T  16418708 tgaattgatgattatggtatgtttgtggatgaaattacatggttcaatgtatgtataaatgtcaagttgtgaaattttgcctaattaatga 16418618  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 189 - 231
Target Start/End: Original strand, 10000583 - 10000625
Alignment:
Q  189 agtgaattatgaattgggtatacttaattgtggattgatgatg 231  Q
    |||||||||| | |||||||||||||||| |||||||||||||    
T  10000583 agtgaattataacttgggtatacttaattatggattgatgatg 10000625  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 189 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 16418540 - 16418498
Alignment:
Q  189 agtgaattatgaattgggtatacttaattgtggattgatgatg 231  Q
    |||||||||||| |||||||||| ||||| |||||||||||||    
T  16418540 agtgaattatgacttgggtatacataattatggattgatgatg 16418498  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 183; Significance: 4e-99; HSPs: 21)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 183; E-Value: 4e-99
Query Start/End: Original strand, 1 - 231
Target Start/End: Original strand, 22883107 - 22883340
Alignment:
Q  1 ctgtggtgctattttcttgtgcttgaattgatgattatggtatgtttatgggtgaaattac--gtttcaaagtatgtataaatgttaagttatgaaatta 98  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22883107 ctgtgatgctattttcttgtgcttgaattgatgattatggtatgtttatggatgaaattacatgtttcaaagtatgtataaatgttaagttatgaaatta 22883206  T
Q  99 tgcttaattgatgaaatt-gatatgttttgattgaaatgagatgtgattcatattccattgaagtggttattgtcaactgatgctatggtaagtgaatta 197  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| | ||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||    
T  22883207 tgcttaattgatgaaatttgatatgttttgattgaaaagagatgtgattcatattccattaatgtggttattgttaactgatgctattgtaagtgaatta 22883306  T
Q  198 tgaattgggtatacttaattgtggattgatgatg 231  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22883307 tgatttgggtatacttaattgtggattgatgatg 22883340  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 183; E-Value: 4e-99
Query Start/End: Original strand, 1 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 35582269 - 35582036
Alignment:
Q  1 ctgtggtgctattttcttgtgcttgaattgatgattatggtatgtttatgggtgaaattac--gtttcaaagtatgtataaatgttaagttatgaaatta 98  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35582269 ctgtgatgctattttcttgtgcttgaattgatgattatggtatgtttatgggtgaaattacatgtttcaaagtatgtataaatgttaagttatgaaatta 35582170  T
Q  99 tgcttaattgatgaaatt-gatatgttttgattgaaatgagatgtgattcatattccattgaagtggttattgtcaactgatgctatggtaagtgaatta 197  Q
    |||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| | ||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||    
T  35582169 tgcttaattgatgaaatttgatatgctttgattgaaaagagatgtgattcatattccattaatgtggttattgttaactgatgctattgtaagtgaatta 35582070  T
Q  198 tgaattgggtatacttaattgtggattgatgatg 231  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35582069 tgatttgggtatacttaattgtggattgatgatg 35582036  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 183; E-Value: 4e-99
Query Start/End: Original strand, 1 - 231
Target Start/End: Original strand, 36989793 - 36990026
Alignment:
Q  1 ctgtggtgctattttcttgtgcttgaattgatgattatggtatgtttatgggtgaaattac--gtttcaaagtatgtataaatgttaagttatgaaatta 98  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36989793 ctgtgatgctattttcttgtgcttgaattgatgattatggtatgtttatgggtgaaattacatgtttcaaagtatgtataaatgttaagttatgaaatta 36989892  T
Q  99 tgcttaattgatgaaatt-gatatgttttgattgaaatgagatgtgattcatattccattgaagtggttattgtcaactgatgctatggtaagtgaatta 197  Q
    |||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| | ||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||    
T  36989893 tgcttaattgatgaaatttgatatgctttgattgaaaagagatgtgattcatattccattaatgtggttattgttaactgatgctattgtaagtgaatta 36989992  T
Q  198 tgaattgggtatacttaattgtggattgatgatg 231  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36989993 tgatttgggtatacttaattgtggattgatgatg 36990026  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 179; E-Value: 1e-96
Query Start/End: Original strand, 1 - 231
Target Start/End: Original strand, 21932404 - 21932637
Alignment:
Q  1 ctgtggtgctattttcttgtgcttgaattgatgattatggtatgtttatgggtgaaattac--gtttcaaagtatgtataaatgttaagttatgaaatta 98  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21932404 ctgtgatgctattttcttgtgcttgaattgatgattatggtatgtttatgggtgaaattacatgtttcaaagtatgtataaatgttaagttatgaaatta 21932503  T
Q  99 tgcttaattgatgaaatt-gatatgttttgattgaaatgagatgtgattcatattccattgaagtggttattgtcaactgatgctatggtaagtgaatta 197  Q
    |||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| | ||||||||||| ||||||||| || ||||||||||||    
T  21932504 tgcttaattgatgaaatttgatatgctttgattgaaaagagatgtgattcatattccattaatgtggttattgttaactgatgccattgtaagtgaatta 21932603  T
Q  198 tgaattgggtatacttaattgtggattgatgatg 231  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21932604 tgatttgggtatacttaattgtggattgatgatg 21932637  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 179; E-Value: 1e-96
Query Start/End: Original strand, 1 - 231
Target Start/End: Original strand, 21938574 - 21938807
Alignment:
Q  1 ctgtggtgctattttcttgtgcttgaattgatgattatggtatgtttatgggtgaaattac--gtttcaaagtatgtataaatgttaagttatgaaatta 98  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21938574 ctgtgatgctattttcttgtgcttgaattgatgattatggtatgtttatgggtgaaattacatgtttcaaagtatgtataaatgttaagttatgaaatta 21938673  T
Q  99 tgcttaattgatgaaatt-gatatgttttgattgaaatgagatgtgattcatattccattgaagtggttattgtcaactgatgctatggtaagtgaatta 197  Q
    |||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| | ||||||||||| ||||||||| || ||||||||||||    
T  21938674 tgcttaattgatgaaatttgatatgctttgattgaaaagagatgtgattcatattccattaatgtggttattgttaactgatgccattgtaagtgaatta 21938773  T
Q  198 tgaattgggtatacttaattgtggattgatgatg 231  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21938774 tgatttgggtatacttaattgtggattgatgatg 21938807  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 171; E-Value: 6e-92
Query Start/End: Original strand, 1 - 231
Target Start/End: Original strand, 1219543 - 1219776
Alignment:
Q  1 ctgtggtgctattttcttgtgcttgaattgatgattatggtatgtttatgggtgaaattac--gtttcaaagtatgtataaatgttaagttatgaaatta 98  Q
    ||||| |||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||| |||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1219543 ctgtgatgctattttcttgtgcattaattgatgattatggtatgtttgtgggtgaaattacatgtttcaaagtatgtataaatgttaagttatgaaatta 1219642  T
Q  99 tgcttaattgatgaaatt-gatatgttttgattgaaatgagatgtgattcatattccattgaagtggttattgtcaactgatgctatggtaagtgaatta 197  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| |||||||||||| || ||||||| |    
T  1219643 tgcttaattgatgaaatttgatatgttttgattgaaatgagatgtgattcatatttcattgatgtggttattgttaactgatgctattgtgagtgaatca 1219742  T
Q  198 tgaattgggtatacttaattgtggattgatgatg 231  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1219743 tgatttgggtatacttaattgtggattgatgatg 1219776  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 139; E-Value: 7e-73
Query Start/End: Original strand, 1 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 7425557 - 7425324
Alignment:
Q  1 ctgtggtgctattttcttgtgcttgaattgatgattatggtatgtttatgggtgaaattac--gtttcaaagtatgtataaatgttaagttatgaaatta 98  Q
    ||||| || ||||||||||||| ||||| |||| ||||||||||||| |||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7425557 ctgtgatgttattttcttgtgcatgaatcgatggttatggtatgtttgtgggtgaaattacatgtttcaaagtatgtataaatgttaagttatgaaatta 7425458  T
Q  99 tgcttaattgatgaaatt-gatatgttttgattgaaatgagatgtgattcatattccattgaagtggttattgtcaactgatgctatggtaagtgaatta 197  Q
    | ||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| || |||||||| |||||||||| | || ||||||| |    
T  7425457 tacttcattgatgaaatttgatatgttttgattgaaatgagatgtaattcatattccattgatgttgttattgttaactgatgctgttgtgagtgaatca 7425358  T
Q  198 tgaattgggtatacttaattgtggattgatgatg 231  Q
    ||| |||| ||||||||||| |||||||||||||    
T  7425357 tgacttggatatacttaattatggattgatgatg 7425324  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 124; E-Value: 7e-64
Query Start/End: Original strand, 1 - 180
Target Start/End: Original strand, 17471611 - 17471793
Alignment:
Q  1 ctgtggtgctattttcttgtgcttgaattgatgattatggtatgtttatgggtgaaattac--gtttcaaagtatgtataaatgttaagttatgaaatta 98  Q
    ||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  17471611 ctgtgatgctattttcttgtgcatgaattgatgattatggtatgtttgtgggtgaaattacatgtttcaaagtatgtataaatgttaagtaatgaaatta 17471710  T
Q  99 tgcttaattgatgaaa-ttgatatgttttgattgaaatgagatgtgattcatattccattgaagtggttattgtcaactgatg 180  Q
    | |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||| || |||||||| ||||||||    
T  17471711 tacttaattgatgaaatttgatatgttttgattgaaataagatgtaattcatattccattgatgttgttattgttaactgatg 17471793  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 1 - 151
Target Start/End: Original strand, 10777993 - 10778146
Alignment:
Q  1 ctgtggtgctattttcttgtgcttgaattgatgattatggtatgtttatgggtgaaattac--gtttcaaagtatgtataaatgttaagttatgaaatta 98  Q
    ||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10777993 ctgtgatgctattttcttgtgcatgaattgatgattatggtatgtttgtgggtgaaattacatgtttcaaagtatgtataaatgttaagttatgaaatta 10778092  T
Q  99 tgcttaattgatgaaa-ttgatatgttttgattgaaatgagatgtgattcatat 151  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| | ||||||    
T  10778093 tgcttaattgatgaaatttgatatgttttgattgaaatgagatgtaaatcatat 10778146  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 111; E-Value: 4e-56
Query Start/End: Original strand, 1 - 151
Target Start/End: Complemental strand, 23514794 - 23514641
Alignment:
Q  1 ctgtggtgctattttcttgtgcttgaattgatgattatggtatgtttatgggtgaaattac--gtttcaaagtatgtataaatgttaagttatgaaatta 98  Q
    ||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23514794 ctgtgatgctattttcttgtgcatgaattgatgattatggtatgtttgtgggtgaaattacatgtttcaaagtatgtataaatgttaagttatgaaatta 23514695  T
Q  99 tgcttaattgatgaaa-ttgatatgttttgattgaaatgagatgtgattcatat 151  Q
    | |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| | ||||||    
T  23514694 tacttaattgatgaaatttgatatgttttgattgaaatgagatgtaaatcatat 23514641  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 109; E-Value: 6e-55
Query Start/End: Original strand, 1 - 231
Target Start/End: Original strand, 35791121 - 35791355
Alignment:
Q  1 ctgtggtgctattttcttgtgcttgaattgatgattatggtatgtttatgggtgaaattac--gtttcaaagtatgtataaatgttaagttatgaaatta 98  Q
    ||||| || ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| || ||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  35791121 ctgtgatgttattttcttgtgcatgaattgatgattatggtatgtttgtgagtgaaattacatgtttcaaagtatgtataaatgttaagttatgagatta 35791220  T
Q  99 tgcttaattgatgaaa--ttgatatgttttgattgaaatgagatgtgattcatattccattgaagtggttattgtcaactgatgctatggtaagtgaatt 196  Q
    | ||||||||||||||  |||||||||| |  ||||||||||||||||||||| ||||||||| || |||  | | |||||||| | | |   |||||||    
T  35791221 tacttaattgatgaaattttgatatgttgttgttgaaatgagatgtgattcatgttccattgatgttgttgctattaactgatgttgttgagggtgaatt 35791320  T
Q  197 atgaattgggtatacttaattgtggattgatgatg 231  Q
    |||| |||||||||| ||||| |||||||||||||    
T  35791321 atgacttgggtatacataattatggattgatgatg 35791355  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 95; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 1 - 231
Target Start/End: Original strand, 11212088 - 11212321
Alignment:
Q  1 ctgtggtgctattttcttgtgcttgaattgatgattatggtatgtttatgggtgaaattac--gtttcaaagtatgtataaatgttaagttatgaaatta 98  Q
    ||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  11212088 ctgtgatgctattttcttgtgcatgaattgatgattatggtatgtttgtgggtgaaattacatgtttcaaagtgtgtataaatgttaagttatgaaatta 11212187  T
Q  99 tgcttaattgatgaa-attgatatgttttgattgaaatgagatgtgattcatattccattgaagtggttattgtcaactgatgctatggtaagtgaatta 197  Q
    | || || |  ||||  || ||||||| |  ||||||||||||||||||||| ||||||||| || |||  | | |||||||| | | ||  ||| ||||    
T  11212188 tactcaagtagtgaattttaatatgttgttgttgaaatgagatgtgattcatgttccattgatgttgttgctattaactgatgttgttgtgggtggatta 11212287  T
Q  198 tgaattgggtatacttaattgtggattgatgatg 231  Q
    ||| |||||||||| ||||| |||||||||||||    
T  11212288 tgacttgggtatacataattatggattgatgatg 11212321  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 47; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 13 - 112
Target Start/End: Complemental strand, 23328779 - 23328678
Alignment:
Q  13 tttcttgtgcttgaattgatgattatggtatgtttatgggtgaaattac--gtttcaaagtatgtataaatgttaagttatgaaattatgcttaattgat 110  Q
    |||||| | |||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||  | ||||| |||||||||||||| ||||| ||||||| ||| ||||| ||    
T  23328779 tttcttatacttgaattgatgattatggtatgtttgtggatgaaattacatggttcaatgtatgtataaatgtcaagttgtgaaattttgcctaattaat 23328680  T
Q  111 ga 112  Q
    ||    
T  23328679 ga 23328678  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 13 - 112
Target Start/End: Complemental strand, 24616383 - 24616282
Alignment:
Q  13 tttcttgtgcttgaattgatgattatggtatgtttatgggtgaaattac--gtttcaaagtatgtataaatgttaagttatgaaattatgcttaattgat 110  Q
    |||||| | ||||||||||| |||||||||||||| ||| |||||||||  | ||||| |||||||||||||| ||||| ||||||| ||| ||||| ||    
T  24616383 tttcttatacttgaattgataattatggtatgtttgtggatgaaattacatggttcaatgtatgtataaatgtcaagttgtgaaattttgcctaattaat 24616284  T
Q  111 ga 112  Q
    ||    
T  24616283 ga 24616282  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 13 - 112
Target Start/End: Complemental strand, 24712759 - 24712658
Alignment:
Q  13 tttcttgtgcttgaattgatgattatggtatgtttatgggtgaaattac--gtttcaaagtatgtataaatgttaagttatgaaattatgcttaattgat 110  Q
    |||||| | ||||||||||| |||||||||||||| ||| |||||||||  | ||||| |||||||||||||| ||||| ||||||| ||| ||||| ||    
T  24712759 tttcttatacttgaattgataattatggtatgtttgtggatgaaattacatggttcaatgtatgtataaatgtcaagttgtgaaattttgcctaattaat 24712660  T
Q  111 ga 112  Q
    ||    
T  24712659 ga 24712658  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 13 - 112
Target Start/End: Complemental strand, 24745777 - 24745676
Alignment:
Q  13 tttcttgtgcttgaattgatgattatggtatgtttatgggtgaaattac--gtttcaaagtatgtataaatgttaagttatgaaattatgcttaattgat 110  Q
    |||||| | ||||||||||| |||||||||||||| ||| |||||||||  | ||||| |||||||||||||| ||||| ||||||| ||| ||||| ||    
T  24745777 tttcttatacttgaattgataattatggtatgtttgtggatgaaattacatggttcaatgtatgtataaatgtcaagttgtgaaattttgcctaattaat 24745678  T
Q  111 ga 112  Q
    ||    
T  24745677 ga 24745676  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 40; E-Value: 0.00000000000009
Query Start/End: Original strand, 1 - 159
Target Start/End: Complemental strand, 32950927 - 32950765
Alignment:
Q  1 ctgtggtgctattttcttgtgcttgaattgatgattatggtatgtttatgggtgaaattac--gtttcaaagtatgtataaatgttaa-gttatgaaatt 97  Q
    ||||| || ||||||| ||||  ||| |||||||| || ||||| || ||| |||||||||  ||||||||||||||||||| || || |||||||||||    
T  32950927 ctgtgatgttattttcgtgtgtatgatttgatgataattgtatgattgtggttgaaattacatgtttcaaagtatgtataaaggtcaaagttatgaaatt 32950828  T
Q  98 atgcttaattgatgaaattga-tatgttttgattgaaatgagatgtgattcatattccattga 159  Q
     |||| || || |||| || | |||||| |  |||||| |||||||||||||| |||||||||    
T  32950827 gtgctcaaatggtgaattttactatgttgttgttgaaaagagatgtgattcatgttccattga 32950765  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #18
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 189 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 23328600 - 23328558
Alignment:
Q  189 agtgaattatgaattgggtatacttaattgtggattgatgatg 231  Q
    |||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23328600 agtgaattataacttgggtatacttaattgtggattgatgatg 23328558  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #19
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 189 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 24616205 - 24616165
Alignment:
Q  189 agtgaattatgaattgggtatacttaattgtggattgatga 229  Q
    |||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||    
T  24616205 agtgaattataacttgggtatacttaattgtggattgatga 24616165  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #20
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 189 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 24712581 - 24712541
Alignment:
Q  189 agtgaattatgaattgggtatacttaattgtggattgatga 229  Q
    |||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||    
T  24712581 agtgaattataacttgggtatacttaattgtggattgatga 24712541  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #21
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 189 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 24745599 - 24745559
Alignment:
Q  189 agtgaattatgaattgggtatacttaattgtggattgatga 229  Q
    |||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||    
T  24745599 agtgaattataacttgggtatacttaattgtggattgatga 24745559  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0023 (Bit Score: 163; Significance: 3e-87; HSPs: 1)
Name: scaffold0023
Description:

Target: scaffold0023; HSP #1
Raw Score: 163; E-Value: 3e-87
Query Start/End: Original strand, 1 - 231
Target Start/End: Original strand, 154030 - 154263
Alignment:
Q  1 ctgtggtgctattttcttgtgcttgaattgatgattatggtatgtttatgggtgaaattac--gtttcaaagtatgtataaatgttaagttatgaaatta 98  Q
    ||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  154030 ctgtgatgctattttcttgtgcatgaattgatgattatggtatgtttgtgggtgaagttacatgtttcaaagtatgtataaatgttaagttatgaaatta 154129  T
Q  99 tgcttaattgatgaaatt-gatatgttttgattgaaatgagatgtgattcatattccattgaagtggttattgtcaactgatgctatggtaagtgaatta 197  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||| ||||||| ||  |||||| |    
T  154130 tgcttaattgatgaaatttgatatgttttgattgaaatgagatgtgaatcatattccattgatgtggttattgttaacttatgctattgtgggtgaatca 154229  T
Q  198 tgaattgggtatacttaattgtggattgatgatg 231  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  154230 tgatttgggtatacttaattgtggattgatgatg 154263  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 163; Significance: 3e-87; HSPs: 15)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 163; E-Value: 3e-87
Query Start/End: Original strand, 1 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 18169203 - 18168970
Alignment:
Q  1 ctgtggtgctattttcttgtgcttgaattgatgattatggtatgtttatgggtgaaattac--gtttcaaagtatgtataaatgttaagttatgaaatta 98  Q
    ||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18169203 ctgtgatgctattttcttgtgcatgaattgatgattatggtatgtttgtgggtgaaattacatgtttcaaagtatgtataaatgttaagttatgaaatta 18169104  T
Q  99 tgcttaattgatgaaatt-gatatgttttgattgaaatgagatgtgattcatattccattgaagtggttattgtcaactgatgctatggtaagtgaatta 197  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || | ||||||| || ||||||| |    
T  18169103 tgcttaattgatgaaatttgatatgttttgattgaaatgagatgtgattcatattccattgatgtggttattgttaaataatgctattgtgagtgaatca 18169004  T
Q  198 tgaattgggtatacttaattgtggattgatgatg 231  Q
    ||| |||| |||||||||||||| ||||||||||    
T  18169003 tgatttggatatacttaattgtgaattgatgatg 18168970  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 159; E-Value: 9e-85
Query Start/End: Original strand, 1 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 19020719 - 19020486
Alignment:
Q  1 ctgtggtgctattttcttgtgcttgaattgatgattatggtatgtttatgggtgaaattac--gtttcaaagtatgtataaatgttaagttatgaaatta 98  Q
    ||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19020719 ctgtgatgctattttcttgtgcatgaattgatgattatggtatgtttgtgggtgaaattacatgtttcaaagtatgtataaatgttaagttatgaaatta 19020620  T
Q  99 tgcttaattgatgaaatt-gatatgttttgattgaaatgagatgtgattcatattccattgaagtggttattgtcaactgatgctatggtaagtgaatta 197  Q
    | |||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| || |||||||| |||||||||||| || ||||||| |    
T  19020619 tccttaatggatgaaatttgatatgttttgattgaaatgagatgtaattcatattccattgatgttgttattgttaactgatgctattgtgagtgaatca 19020520  T
Q  198 tgaattgggtatacttaattgtggattgatgatg 231  Q
    ||| ||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  19020519 tgatttgagtatacttaattgtggattgatgatg 19020486  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 143; E-Value: 3e-75
Query Start/End: Original strand, 1 - 231
Target Start/End: Original strand, 15287268 - 15287501
Alignment:
Q  1 ctgtggtgctattttcttgtgcttgaattgatgattatggtatgtttatgggtgaaattac--gtttcaaagtatgtataaatgttaagttatgaaatta 98  Q
    ||||| |||||||||||||||| ||||| |||| ||||||||||||| |||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15287268 ctgtgatgctattttcttgtgcatgaatcgatggttatggtatgtttgtgggtgaaattacatgtttcaaagtatgtataaatgttaagttatgaaatta 15287367  T
Q  99 tgcttaattgatgaaatt-gatatgttttgattgaaatgagatgtgattcatattccattgaagtggttattgtcaactgatgctatggtaagtgaatta 197  Q
    | ||  |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| || |||||||| |||||||||| | || ||||||| |    
T  15287368 tactccattgatgaaatttgatatgttttgattgaaatgagatgtaattcatattccattgatgttgttattgttaactgatgctgttgtgagtgaatca 15287467  T
Q  198 tgaattgggtatacttaattgtggattgatgatg 231  Q
    ||| |||||||||||||||| |||||||||||||    
T  15287468 tgacttgggtatacttaattatggattgatgatg 15287501  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 139; E-Value: 7e-73
Query Start/End: Original strand, 1 - 231
Target Start/End: Original strand, 15294377 - 15294610
Alignment:
Q  1 ctgtggtgctattttcttgtgcttgaattgatgattatggtatgtttatgggtgaaattac--gtttcaaagtatgtataaatgttaagttatgaaatta 98  Q
    ||||| |||||||||||||||| ||||| |||| ||||||||||||| |||||||||||||  |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  15294377 ctgtgatgctattttcttgtgcatgaatcgatggttatggtatgtttgtgggtgaaattacatgtttcaaagtatatataaatgttaagttatgaaatta 15294476  T
Q  99 tgcttaattgatgaaatt-gatatgttttgattgaaatgagatgtgattcatattccattgaagtggttattgtcaactgatgctatggtaagtgaatta 197  Q
    | ||  |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| || |||||||| |||||||||| | || ||||||| |    
T  15294477 tactccattgatgaaatttgatatgttttgattgaaatgagatgtaattcatattccattgatgttgttattgttaactgatgctgttgtgagtgaatca 15294576  T
Q  198 tgaattgggtatacttaattgtggattgatgatg 231  Q
    ||| |||||||||||||||| |||||||||||||    
T  15294577 tgacttgggtatacttaattatggattgatgatg 15294610  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 110; E-Value: 1e-55
Query Start/End: Original strand, 2 - 151
Target Start/End: Original strand, 7132089 - 7132241
Alignment:
Q  2 tgtggtgctattttcttgtgcttgaattgatgattatggtatgtttatgggtgaaattac--gtttcaaagtatgtataaatgttaagttatgaaattat 99  Q
    |||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7132089 tgtgatgctattttcttgtgcatgaattgatgattatggtatgtttgtgggtgaaattacatgtttcaaagtatgtataaatgttaagttatgaaattat 7132188  T
Q  100 gcttaattgatgaaa-ttgatatgttttgattgaaatgagatgtgattcatat 151  Q
     |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| | ||||||    
T  7132189 acttaattgatgaaatttgatatgttttgattgaaatgagatgtaaatcatat 7132241  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 102; E-Value: 9e-51
Query Start/End: Original strand, 10 - 151
Target Start/End: Complemental strand, 20000947 - 20000803
Alignment:
Q  10 tattttcttgtgcttgaattgatgattatggtatgtttatgggtgaaattac--gtttcaaagtatgtataaatgttaagttatgaaattatgcttaatt 107  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  20000947 tattttcttgtgcatgaattgatgattatggtatgtttctgggtgaaattacatgtttcaaagtatgtataaatgttaagttatgaaattatacttaatt 20000848  T
Q  108 gatgaaa-ttgatatgttttgattgaaatgagatgtgattcatat 151  Q
    ||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| | ||||||    
T  20000847 gatgaaatttgatatgttttggttgaaatgagatgtaaatcatat 20000803  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 99; E-Value: 5e-49
Query Start/End: Original strand, 1 - 231
Target Start/End: Original strand, 17145680 - 17145913
Alignment:
Q  1 ctgtggtgctattttcttgtgcttgaattgatgattatggtatgtttatgggtgaaattac--gtttcaaagtatgtataaatgttaagttatgaaatta 98  Q
    ||||| |||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  17145680 ctgtgatgctattttcttgtacatgaattgatgattatggtatgtttgtgggtgaaattacatgtttcaaagtatgtataaatgttaagttgtgaaatta 17145779  T
Q  99 tgcttaattgatgaa-attgatatgttttgattgaaatgagatgtgattcatattccattgaagtggttattgtcaactgatgctatggtaagtgaatta 197  Q
    | || ||||  ||||  |||||||||| |  ||||||||||||||||||||| ||||||||| || |||  | | |||||||| | | ||  ||||||||    
T  17145780 tactcaattagtgaattttgatatgttgttgttgaaatgagatgtgattcatgttccattgatgttgttgctattaactgatgttgttgtgggtgaatta 17145879  T
Q  198 tgaattgggtatacttaattgtggattgatgatg 231  Q
    ||| |||||||||| |||||  ||||||||||||    
T  17145880 tgacttgggtatacataattacggattgatgatg 17145913  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 87; E-Value: 8e-42
Query Start/End: Original strand, 1 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 18248451 - 18248218
Alignment:
Q  1 ctgtggtgctattttcttgtgcttgaattgatgattatggtatgtttatgggtgaaattac--gtttcaaagtatgtataaatgttaagttatgaaatta 98  Q
    ||||| |||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| ||| |||||||||  |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  18248451 ctgtgatgctattttcttgtgcatgaattgaggattatggtatgtttgtggatgaaattacatgtttcaaagtatgtataaatgttaagatatgaaatta 18248352  T
Q  99 tgcttaattgatgaa-attgatatgttttgattgaaatgagatgtgattcatattccattgaagtggttattgtcaactgatgctatggtaagtgaatta 197  Q
    | || ||||  ||||  || ||||||| |  ||||||||||||||||||||| ||||||||| || |||  | | |||||||| | | ||  ||||||||    
T  18248351 tactcaattagtgaattttaatatgttgttgttgaaatgagatgtgattcatgttccattgatgttgttgctattaactgatgttgttgtgggtgaatta 18248252  T
Q  198 tgaattgggtatacttaattgtggattgatgatg 231  Q
    ||| || ||||||| ||||| | |||||||||||    
T  18248251 tgactttggtatacataattatcgattgatgatg 18248218  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 86; E-Value: 3e-41
Query Start/End: Original strand, 1 - 111
Target Start/End: Complemental strand, 22738502 - 22738390
Alignment:
Q  1 ctgtggtgctattttcttgtgcttgaattgatgattatggtatgtttatgggtgaaattac--gtttcaaagtatgtataaatgttaagttatgaaatta 98  Q
    ||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  22738502 ctgtgatgctattttcttgtgcatgaattgatgattatggtatgtttgtgggtgaaattacatgtttcaaagtatgtataaatgttaagttgtgaaatta 22738403  T
Q  99 tgcttaattgatg 111  Q
    |||||||||||||    
T  22738402 tgcttaattgatg 22738390  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 82; E-Value: 8e-39
Query Start/End: Original strand, 18 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 8374724 - 8374508
Alignment:
Q  18 tgtgcttgaattgatgattatggtatgtttatgggtgaaattacgt--ttcaaagtatgtataaatgttaagttatgaaattatgcttaattgatgaa-a 114  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |  |||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||  ||||      
T  8374724 tgtgcatgaattgatgattatggtatgtttgtgggtgaaattacatgcttcaaagtatgtataaatgttaagttatgaaattatactcaattagtgaatt 8374625  T
Q  115 ttgatatgttttgattgaaatgagatgtgattcatattccattgaagtggttattgtcaactgatgctatggtaagtgaattatgaattgggtatactta 214  Q
    || ||||||| |  ||||||||||||||||||||| ||||||||| || |||  | | |||||||| | | ||  ||||||||||  |||||||||| ||    
T  8374624 ttaatatgttgttgttgaaatgagatgtgattcatgttccattgatgttgttgctattaactgatgttgttgtgggtgaattatggcttgggtatacata 8374525  T
Q  215 attgtggattgatgatg 231  Q
    ||| | |||||||||||    
T  8374524 attatcgattgatgatg 8374508  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 47; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 13 - 112
Target Start/End: Complemental strand, 26339241 - 26339140
Alignment:
Q  13 tttcttgtgcttgaattgatgattatggtatgtttatgggtgaaattac--gtttcaaagtatgtataaatgttaagttatgaaattatgcttaattgat 110  Q
    |||||| | |||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||  | |||||  ||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||| ||    
T  26339241 tttcttatacttgaattgatgattatggtatgtttgtggatgaaattacatggttcaatctatgtataaatgtcaagttgtgaaattttgcttaattaat 26339142  T
Q  111 ga 112  Q
    ||    
T  26339141 ga 26339140  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 46; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 1 - 113
Target Start/End: Original strand, 40885585 - 40885698
Alignment:
Q  1 ctgtggtgctattttcttgtgcttgaattgatgattatggtatgtttatgggtgaaattacgt-ttcaaagtatgtataaatgttaagttatgaaattat 99  Q
    |||||||||||| ||  | ||| ||||||| |||| || | |||||| | ||||||||||| | |||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  40885585 ctgtggtgctatgtttgtatgcatgaattggtgataattgaatgtttgttggtgaaattacatgttcaaagtatgtataaatgtcaagttatgaaattat 40885684  T
Q  100 gcttaattgatgaa 113  Q
    ||| ||||| ||||    
T  40885685 gctcaattggtgaa 40885698  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 24 - 97
Target Start/End: Original strand, 22352109 - 22352184
Alignment:
Q  24 tgaattgatgattatggtatgtttatgggtgaaattac--gtttcaaagtatgtataaatgttaagttatgaaatt 97  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||  | ||||| |||||||||||||| ||||| |||||||    
T  22352109 tgaattgatgattatggtatgtttgtggatgaaattacatggttcaatgtatgtataaatgtcaagttgtgaaatt 22352184  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 190 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 22738310 - 22738269
Alignment:
Q  190 gtgaattatgaattgggtatacttaattgtggattgatgatg 231  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  22738310 gtgaattatgacttgggtatacttaattgtggattaatgatg 22738269  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 189 - 231
Target Start/End: Original strand, 22352260 - 22352302
Alignment:
Q  189 agtgaattatgaattgggtatacttaattgtggattgatgatg 231  Q
    |||||||||| | |||||||||||||||| |||||||||||||    
T  22352260 agtgaattataacttgggtatacttaattatggattgatgatg 22352302  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0213 (Bit Score: 159; Significance: 9e-85; HSPs: 1)
Name: scaffold0213
Description:

Target: scaffold0213; HSP #1
Raw Score: 159; E-Value: 9e-85
Query Start/End: Original strand, 1 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 29395 - 29162
Alignment:
Q  1 ctgtggtgctattttcttgtgcttgaattgatgattatggtatgtttatgggtgaaattac--gtttcaaagtatgtataaatgttaagttatgaaatta 98  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||  |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  29395 ctgtgatgctattttcttgtgcttgaattgttgattatgttatgtttatgggtgaaattacatgtttcaaagtatgtgtaaatgttaagttatgaaatta 29296  T
Q  99 tgcttaattgatgaaatt-gatatgttttgattgaaatgagatgtgattcatattccattgaagtggttattgtcaactgatgctatggtaagtgaatta 197  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || | ||| ||| || |||||||||    
T  29295 tgcttaattgatgaaatttgatatgttttgattgaaatgagatgtgattcatattccattgatgtggttattgttaatttatgttattgttagtgaatta 29196  T
Q  198 tgaattgggtatacttaattgtggattgatgatg 231  Q
    ||| |||| |||||||||||||| ||||||||||    
T  29195 tgatttggttatacttaattgtgtattgatgatg 29162  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1666 (Bit Score: 152; Significance: 1e-80; HSPs: 1)
Name: scaffold1666
Description:

Target: scaffold1666; HSP #1
Raw Score: 152; E-Value: 1e-80
Query Start/End: Original strand, 8 - 231
Target Start/End: Original strand, 26 - 252
Alignment:
Q  8 gctattttcttgtgcttgaattgatgattatggtatgtttatgggtgaaattac--gtttcaaagtatgtataaatgttaagttatgaaattatgcttaa 105  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||    
T  26 gctattttcttgtgcatgaattgatgattatggtatgtttgtgggtgaaattacatgtttcaaagtatgtgtaaatgttaagttatgaaattatacttaa 125  T
Q  106 ttgatgaaatt-gatatgttttgattgaaatgagatgtgattcatattccattgaagtggttattgtcaactgatgctatggtaagtgaattatgaattg 204  Q
    ||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| |||||| || |||||||| |||||||||||| || ||||||| |||| |||    
T  126 ttgatgaaatttgatatgttttaattgaaatgagatgtaattcatattacattgatgtagttattgttaactgatgctattgtgagtgaatcatgatttg 225  T
Q  205 ggtatacttaattgtggattgatgatg 231  Q
    |||||||||||||||||||||||||||    
T  226 ggtatacttaattgtggattgatgatg 252  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0761 (Bit Score: 151; Significance: 5e-80; HSPs: 1)
Name: scaffold0761
Description:

Target: scaffold0761; HSP #1
Raw Score: 151; E-Value: 5e-80
Query Start/End: Original strand, 1 - 231
Target Start/End: Original strand, 1598 - 1831
Alignment:
Q  1 ctgtggtgctattttcttgtgcttgaattgatgattatggtatgtttatgggtgaaattac--gtttcaaagtatgtataaatgttaagttatgaaatta 98  Q
    ||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1598 ctgtgatgctattttcttgtgcatgaattgatgattatggtatgtttgtgggtgaaattacatgtttcaaagtatgtataaatgttaagttatgaaatta 1697  T
Q  99 tgcttaattgatgaaatt-gatatgttttgattgaaatgagatgtgattcatattccattgaagtggttattgtcaactgatgctatggtaagtgaatta 197  Q
    | |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| | ||||||   ||||| || |||||||| |||||||||||| || ||||||| |    
T  1698 tacttaattgatgaaatttgatatgttttgattgaaatgagatgtaaatcatataaaattgatgttgttattgttaactgatgctattgtgagtgaatca 1797  T
Q  198 tgaattgggtatacttaattgtggattgatgatg 231  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1798 tgatttgggtatacttaattgtggattgatgatg 1831  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0467 (Bit Score: 151; Significance: 5e-80; HSPs: 1)
Name: scaffold0467
Description:

Target: scaffold0467; HSP #1
Raw Score: 151; E-Value: 5e-80
Query Start/End: Original strand, 1 - 231
Target Start/End: Original strand, 10362 - 10595
Alignment:
Q  1 ctgtggtgctattttcttgtgcttgaattgatgattatggtatgtttatgggtgaaattac--gtttcaaagtatgtataaatgttaagttatgaaatta 98  Q
    ||||| || ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  10362 ctgtgatgatattttcttgtgcatgaattgatgattatggtatgtttgtgggtgaaattacatgtttcaaagtatgtataaatgctaagttatgaaatta 10461  T
Q  99 tgcttaattgatgaaatt-gatatgttttgattgaaatgagatgtgattcatattccattgaagtggttattgtcaactgatgctatggtaagtgaatta 197  Q
    | |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| || ||| |||| |||||||||||| || || |||| |    
T  10462 tacttaattgatgaaatttgatatgttttgattgaaatgagatgtaattcatattccattgatgttgttgttgttaactgatgctattgtgagggaatca 10561  T
Q  198 tgaattgggtatacttaattgtggattgatgatg 231  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10562 tgacttgggtatacttaattgtggattgatgatg 10595  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0383 (Bit Score: 145; Significance: 2e-76; HSPs: 1)
Name: scaffold0383
Description:

Target: scaffold0383; HSP #1
Raw Score: 145; E-Value: 2e-76
Query Start/End: Original strand, 7 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 2619 - 2392
Alignment:
Q  7 tgctattttcttgtgcttgaattgatgattatggtatgtttatgggtgaaattac--gtttcaaagtatgtataaatgttaagttatgaaattatgctta 104  Q
    |||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||    
T  2619 tgctattttcttgtgcatgaattgatgcttatggtatgtttgtgggtgaaattacatgtttcaaagtatgtataaatgttaagtcatgaaattatactta 2520  T
Q  105 attgatgaaatt-gatatgttttgattgaaatgagatgtgattcatattccattgaagtggttattgtcaactgatgctatggtaagtgaattatgaatt 203  Q
    |||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| || |||||||| |||||||| ||| || ||||||| |||  ||    
T  2519 attgatgaaatttgatatgtttttattgaaatgagatgtaattcatattccattgatgttgttattgttaactgatgttattgtgagtgaatcatggttt 2420  T
Q  204 gggtatacttaattgtggattgatgatg 231  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||    
T  2419 gggtatacttaattgtggattgatgatg 2392  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0012 (Bit Score: 116; Significance: 4e-59; HSPs: 1)
Name: scaffold0012
Description:

Target: scaffold0012; HSP #1
Raw Score: 116; E-Value: 4e-59
Query Start/End: Original strand, 8 - 231
Target Start/End: Original strand, 34188 - 34414
Alignment:
Q  8 gctattttcttgtgcttgaattgatgattatggtatgtttatgggtgaaattac--gtttcaaagtatgtataaatgttaagttatgaaattatgcttaa 105  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||    
T  34188 gctattttcttgtgcatgaattgatgattatggtatgtttgtgggtgaaattacatgtttcaaagtatgtataaatgttaagttatgaagttatacttaa 34287  T
Q  106 ttgatgaaatt-gatatgttttgattgaaatgagatgtgattcatattccattgaagtggttattgtcaactgatgctatggtaagtgaattatgaattg 204  Q
    |||||||| || |||||||| |  |||||||||||| |||||||| ||||||| | || |||  | | |||||||||||| || ||||||| |||| |||    
T  34288 ttgatgaatttggatatgttgttgttgaaatgagatatgattcatgttccattaatgttgttgctattaactgatgctattgtgagtgaatcatgacttg 34387  T
Q  205 ggtatacttaattgtggattgatgatg 231  Q
    |||||||| |||| |||||||||||||    
T  34388 ggtatactaaattatggattgatgatg 34414  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1500 (Bit Score: 113; Significance: 2e-57; HSPs: 1)
Name: scaffold1500
Description:

Target: scaffold1500; HSP #1
Raw Score: 113; E-Value: 2e-57
Query Start/End: Original strand, 7 - 151
Target Start/End: Original strand, 1543 - 1690
Alignment:
Q  7 tgctattttcttgtgcttgaattgatgattatggtatgtttatgggtgaaattac--gtttcaaagtatgtataaatgttaagttatgaaattatgctta 104  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  1543 tgctattttcttgtgcatgaattgatgattatggtatgtttatgggtgaaattacatgtttcaaagtatgtataaatgttaagttatgaaattatactta 1642  T
Q  105 attgatgaaa-ttgatatgttttgattgaaatgagatgtgattcatat 151  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| | ||||||    
T  1643 attgatgaaatttgatatgttttgattgaaatgagatgtaaatcatat 1690  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0191 (Bit Score: 90; Significance: 1e-43; HSPs: 1)
Name: scaffold0191
Description:

Target: scaffold0191; HSP #1
Raw Score: 90; E-Value: 1e-43
Query Start/End: Original strand, 2 - 231
Target Start/End: Original strand, 7480 - 7712
Alignment:
Q  2 tgtggtgctattttcttgtgcttgaattgatgattatggtatgtttatgggtgaaattac--gtttcaaagtatgtataaatgttaagttatgaaattat 99  Q
    |||| |||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| ||| |||||||||  |||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||    
T  7480 tgtgatgctattttcttgtgcatgaattgaagattatggtatgtttgtggatgaaattacatgtttcaaagtatgtataaatgtcaagctatgaaattat 7579  T
Q  100 gcttaattgatgaa-attgatatgttttgattgaaatgagatgtgattcatattccattgaagtggttattgtcaactgatgctatggtaagtgaattat 198  Q
     || ||||  ||||  |||||||||| |  || |||||||||||||||||| ||||||| | ||  || || | |||||||| | | || ||||||||||    
T  7580 actcaattagtgaatcttgatatgttgttgttaaaatgagatgtgattcatgttccattaaggttattgttattaactgatgttgttgtgagtgaattat 7679  T
Q  199 gaattgggtatacttaattgtggattgatgatg 231  Q
    || |||||||||| ||||| |||||||||||||    
T  7680 gacttgggtatacataattatggattgatgatg 7712  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0066 (Bit Score: 83; Significance: 2e-39; HSPs: 2)
Name: scaffold0066
Description:

Target: scaffold0066; HSP #1
Raw Score: 83; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 1 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 54649 - 54416
Alignment:
Q  1 ctgtggtgctattttcttgtgcttgaattgatgattatggtatgtttatgggtgaaatt--acgtttcaaagtatgtataaatgttaagttatgaaatta 98  Q
    ||||| |||||||||||||||| |||||||||||| || ||||| || |||||||||||  | |||||||||||||||||||||| |||||||||||||     
T  54649 ctgtgatgctattttcttgtgcatgaattgatgataattgtatgattgtgggtgaaattgcatgtttcaaagtatgtataaatgtcaagttatgaaattg 54550  T
Q  99 tgcttaattgatgaa-attgatatgttttgattgaaatgagatgtgattcatattccattgaagtggttattgtcaactgatgctatggtaagtgaatta 197  Q
    | || ||||| ||||  |||||||||| |  ||||||||||||||||||||| ||||||||| || |||  | | |||||||| | | ||  |||||| |    
T  54549 tactcaattggtgaattttgatatgttgttgttgaaatgagatgtgattcatgttccattgatgttgttgctattaactgatgttgttgtgggtgaatca 54450  T
Q  198 tgaattgggtatacttaattgtggattgatgatg 231  Q
    ||| |||||||||| || || |||||||||||||    
T  54449 tgagttgggtatacatatttatggattgatgatg 54416  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0066; HSP #2
Raw Score: 66; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 2 - 159
Target Start/End: Complemental strand, 45262 - 45102
Alignment:
Q  2 tgtggtgctattttcttgtgcttgaattgatgattatggtatgtttatgggtgaaattac--gtttcaaagtatgtataaatgttaagttatgaaattat 99  Q
    |||| |||||||||  ||||| |||||||||||| || ||||| || |||||||||||||  |||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| |    
T  45262 tgtgatgctattttgatgtgcatgaattgatgataattgtatgattgtgggtgaaattacatgtttcaaagtatgtataaatgtcaagttttgaaattgt 45163  T
Q  100 gcttaattgatgaaatt-gatatgttttgattgaaatgagatgtgattcatattccattga 159  Q
     || ||||| |||| || |||||||| |  ||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  45162 actcaattggtgaattttgatatgttgttgttgaaatgagatgtgattcatgttccattga 45102  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0017 (Bit Score: 60; Significance: 1e-25; HSPs: 1)
Name: scaffold0017
Description:

Target: scaffold0017; HSP #1
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 1 - 99
Target Start/End: Complemental strand, 54107 - 54008
Alignment:
Q  1 ctgtggtgctattttcttgtgcttgaattgatgattatggtatgtttatgggtgaaattacgt-ttcaaagtatgtataaatgttaagttatgaaattat 99  Q
    ||||| |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| | ||||||| |||||||| ||||||||| |||||||||    
T  54107 ctgtgatgctgttttcttgtgcatgaattgatgattatggtatgtttgtgggtgaaattacatgttcaaagcatgtataattgttaagttgtgaaattat 54008  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0892 (Bit Score: 49; Significance: 4e-19; HSPs: 1)
Name: scaffold0892
Description:

Target: scaffold0892; HSP #1
Raw Score: 49; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 12 - 99
Target Start/End: Complemental strand, 3635 - 3547
Alignment:
Q  12 ttttcttgtgcttgaattgatgattatggtatgtttatgggtgaaattacgt-ttcaaagtatgtataaatgttaagttatgaaattat 99  Q
    ||||||||| | ||||||||||||||||||||| || ||||||||||||| | ||||||| |||||||| ||||||||| |||||||||    
T  3635 ttttcttgtccatgaattgatgattatggtatgattgtgggtgaaattacatgttcaaagcatgtataattgttaagttgtgaaattat 3547  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0183 (Bit Score: 48; Significance: 1e-18; HSPs: 2)
Name: scaffold0183
Description:

Target: scaffold0183; HSP #1
Raw Score: 48; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 24 - 112
Target Start/End: Complemental strand, 6808 - 6718
Alignment:
Q  24 tgaattgatgattatggtatgtttatgggtgaaattac--gtttcaaagtatgtataaatgttaagttatgaaattatgcttaattgatga 112  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||  | ||||| |||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||| ||||    
T  6808 tgaattgatgattatggtatgtttgtggatgaaattacatggttcaatgtatgtataaatgtcaagttgtgaaattttgcttaattaatga 6718  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0183; HSP #2
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 189 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 6640 - 6598
Alignment:
Q  189 agtgaattatgaattgggtatacttaattgtggattgatgatg 231  Q
    |||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6640 agtgaattataacttgggtatacttaattgtggattgatgatg 6598  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0003 (Bit Score: 44; Significance: 4e-16; HSPs: 2)
Name: scaffold0003
Description:

Target: scaffold0003; HSP #1
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 24 - 112
Target Start/End: Complemental strand, 7420 - 7330
Alignment:
Q  24 tgaattgatgattatggtatgtttatgggtgaaattac--gtttcaaagtatgtataaatgttaagttatgaaattatgcttaattgatga 112  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||  | ||||| |||||||||||||| ||||| ||||||| ||| ||||| ||||    
T  7420 tgaattgatgattatggtatgtttgtggatgaaattacatggttcaatgtatgtataaatgtcaagttgtgaaattttgcctaattaatga 7330  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0003; HSP #2
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 189 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 7252 - 7210
Alignment:
Q  189 agtgaattatgaattgggtatacttaattgtggattgatgatg 231  Q
    |||||||||||| |||||||||| ||||| |||||||||||||    
T  7252 agtgaattatgacttgggtatacataattatggattgatgatg 7210  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0084 (Bit Score: 43; Significance: 0.000000000000001; HSPs: 1)
Name: scaffold0084
Description:

Target: scaffold0084; HSP #1
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 1 - 159
Target Start/End: Original strand, 56130 - 56291
Alignment:
Q  1 ctgtggtgctattttcttgtgcttgaattgatgattatggtatgtttatgggtgaaattac--gtttcaaagtatgtataaatgttaagttatgaaatta 98  Q
    ||||| || ||||||| ||||| ||| |||||||| || ||||| || ||| |||||||||  |||| ||||||||||||||||| |||||||||||||     
T  56130 ctgtgatgttattttcgtgtgcatgatttgatgataattgtatgattgtggctgaaattacatgttttaaagtatgtataaatgtcaagttatgaaattg 56229  T
Q  99 tgcttaattgatgaa-attgatatgttttgattgaaatgagatgtgattcatattccattga 159  Q
    |||| || || ||||  ||| || ||| |  |||||| || ||||||||||| |||||||||    
T  56230 tgctcaaatggtgaattttgctaagttgttgttgaaaagatatgtgattcatgttccattga 56291  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0155 (Bit Score: 41; Significance: 0.00000000000002; HSPs: 1)
Name: scaffold0155
Description:

Target: scaffold0155; HSP #1
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 27 - 112
Target Start/End: Original strand, 23797 - 23884
Alignment:
Q  27 attgatgattatggtatgtttatgggtgaaattac--gtttcaaagtatgtataaatgttaagttatgaaattatgcttaattgatga 112  Q
    ||||||||||||||||||||| ||| |||||||||  | ||||| |||||||||||||| ||||| ||||||| ||| ||||| ||||    
T  23797 attgatgattatggtatgtttgtggatgaaattacatggttcaatgtatgtataaatgtcaagttgtgaaattttgcctaattaatga 23884  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0022 (Bit Score: 40; Significance: 0.00000000000009; HSPs: 1)
Name: scaffold0022
Description:

Target: scaffold0022; HSP #1
Raw Score: 40; E-Value: 0.00000000000009
Query Start/End: Original strand, 1 - 95
Target Start/End: Original strand, 5235 - 5329
Alignment:
Q  1 ctgtggtgctattttcttgtgcttgaattgatgattatggtatgtttatgggtgaaattacgt-ttcaaagtatgtataaatgttaagttatgaaa 95  Q
    ||||| |||||||||||||||| |||||||||||| || ||||| || | ||||||||||| | |||||| |||||| ||||| ||||||||||||    
T  5235 ctgtgatgctattttcttgtgcatgaattgatgataattgtatgattgttggtgaaattacatgttcaaa-tatgtaaaaatgataagttatgaaa 5329  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0369 (Bit Score: 32; Significance: 0.000000005; HSPs: 1)
Name: scaffold0369
Description:

Target: scaffold0369; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 2 - 61
Target Start/End: Complemental strand, 3954 - 3895
Alignment:
Q  2 tgtggtgctattttcttgtgcttgaattgatgattatggtatgtttatgggtgaaattac 61  Q
    |||| |||||||||||||||| |||||||||||| || ||||| || | |||||||||||    
T  3954 tgtgatgctattttcttgtgcatgaattgatgataattgtatgattgttggtgaaattac 3895  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University