View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16041_low_4 (Length: 514)

Name: NF16041_low_4
Description: NF16041
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16041_low_4
NF16041_low_4
[»] chr5 (21 HSPs)
chr5 (18-499)||(11048782-11049263)
chr5 (18-495)||(10216874-10217353)
chr5 (18-455)||(10564674-10565111)
chr5 (17-489)||(10740823-10741295)
chr5 (18-466)||(10604388-10604836)
chr5 (18-495)||(10611317-10611794)
chr5 (17-474)||(10717064-10717521)
chr5 (25-489)||(10763265-10763729)
chr5 (18-478)||(10747140-10747600)
chr5 (18-476)||(10580617-10581088)
chr5 (18-383)||(19605990-19606355)
chr5 (18-343)||(7192764-7193089)
chr5 (25-338)||(9836460-9836773)
chr5 (31-375)||(10558629-10558973)
chr5 (25-370)||(10588562-10588907)
chr5 (18-334)||(10660210-10660526)
chr5 (18-333)||(10652327-10652642)
chr5 (23-162)||(9825040-9825180)
chr5 (18-178)||(10550708-10550868)
chr5 (25-162)||(9850832-9850969)
chr5 (145-178)||(10745864-10745897)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (18-495)||(17923528-17924005)
[»] chr6 (5 HSPs)
chr6 (18-495)||(12948251-12948728)
chr6 (18-495)||(12957685-12958162)
chr6 (18-495)||(12899177-12899654)
chr6 (18-495)||(12906797-12907274)
chr6 (18-495)||(12931886-12932363)
[»] scaffold0692 (1 HSPs)
scaffold0692 (18-132)||(7263-7377)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (31-178)||(31467300-31467447)
chr3 (418-470)||(31467687-31467739)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (18-75)||(39898820-39898877)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 441; Significance: 0; HSPs: 21)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 441; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 499
Target Start/End: Original strand, 11048782 - 11049263
Alignment:
Q  18 gatgtaaccattgttctaagcttccatttttcatgtaatcaaaaactagagctttaaattcttcacctttgtaatctgtactagaacaacaggttaaaac 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11048782 gatgtaaccattgttctaagcttccatttttcatgtaatcaaaaactagtgctttaaattcttcacctttgtaatctgtactagaacaacaggttaaaac 11048881  T
Q  118 cttaactaagtttcagtgtctaatgtttttgagtgcattacattcaacaatgaaactcttgctagctccattgttttggaggttgaagactttcacagca 217  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11048882 cttaactaagtttcggtgtctaatgtttttgagtgcattacattcaacaatgaaactcttgctagctccattgttttggaggttgaagactttcacagca 11048981  T
Q  218 acaacattaccttccgacacaagatttcctctgtacacagaaccgaaacctcctgatccaatcaagtttttatctgagaatccatcggttccttgatgta 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11048982 acaacattaccttccgacacaagatttcctctgtacacagaaccgaaacctcctgatccaatcaagtttttatctgagaatccatcggttccttgatgta 11049081  T
Q  318 aatcttggtatgaaactttagctagttgatcaattgttggtgaatcaaaagatggtttttggtttcnnnnnnncatccaggtgataattataatgaatga 417  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||| |||||    
T  11049082 aatcttggtatgaaactttatctagttgatcaattgttggtgaatcaaaagatggtttttggtttctttttttcatccaggtgataattataataaatga 11049181  T
Q  418 aagtatgataagaaaagaaaccacactaactatcactgataccaacctgaaattatggtgtgttgcatgttttctacctttg 499  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  11049182 aagtatgataagaaaagaaaccacactaactatcactgataccaacctgaaattatggtttgttgcatgttttctacctttg 11049263  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 312; E-Value: 1e-176
Query Start/End: Original strand, 18 - 495
Target Start/End: Original strand, 10216874 - 10217353
Alignment:
Q  18 gatgtaaccattgttctaagcttccatttttcatgtaatcaaaaactagagctttaaattcttcacctttgtaatctgtactagaacaacaggttaaaac 117  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||| | ||||||||||||||| ||||||||    
T  10216874 gatgcaaccattgttctaagcttccatttttcatgtaataaaaaactagagctttaaattcttgacctttgtagtttgtactagaacaacatgttaaaac 10216973  T
Q  118 cttaactaagtttcagtgtctaatgtttttgagtgcattacattcaacaatgaaactcttgctagctccattgttttggaggttgaagactttcacagca 217  Q
    ||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||| |||||||||    
T  10216974 cttaactgagtttcggtgtctaatgtttttgagtgcattacattcaacaataaaactcttgctagctccattcttttggaggtttaggaccttcacagca 10217073  T
Q  218 acaacattaccttccgacacaagatttcctctgtacacagaaccgaaacctcctgatccaatcaagtttttatctgagaatccatcggttccttgatgta 317  Q
    ||||||||| |||| ||||||||||| || || |||||| |||| |||| |||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||    
T  10217074 acaacattaacttctgacacaagattcccgctatacacacaaccaaaacttcctgatccaatcaagtttttatccgagaacccatcagttccttgatgta 10217173  T
Q  318 aatcttggtatgaaactttagctagttgatcaattgttggtgaatcaaaagatggtttttggtttcnnnnnnncatccaggtgataattataatgaatga 417  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||       |||||| |||||||||||||| |||||    
T  10217174 agtcttggtatgaaactttagctagttgatcgattgttggtgaatcaaaagatggattttggtttctttttttcatccaagtgataattataataaatga 10217273  T
Q  418 aagtatgataagaaaagaaaccacactaacta--tcactgataccaacctgaaattatggtgtgttgcatgttttctacc 495  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| ||||||| |||||| || |||||||||||| |||||    
T  10217274 aagtatgataagaaaagaaaccacactaactatctcactgatatcaacctggaattatagtttgttgcatgtttcctacc 10217353  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 225; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 18 - 455
Target Start/End: Complemental strand, 10565111 - 10564674
Alignment:
Q  18 gatgtaaccattgttctaagcttccatttttcatgtaatcaaaaactagagctttaaattcttcacctttgtaatctgtactagaacaacaggttaaaac 117  Q
    |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  10565111 gatgcaaccattgatctaagcttccatttttcatgtactcaaaaaccagagctttaaattcttgacctttgtaatctgtacttgaacaacaggttaaaac 10565012  T
Q  118 cttaactaagtttcagtgtctaatgtttttgagtgcattacattcaacaatgaaactcttgctagctccattgttttggaggttgaagactttcacagca 217  Q
    ||||||||| |||| ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||| || ||||||||||| | ||| || || |||    
T  10565011 cttaactaaatttcggtgtcgaatatttttgagtgcattacattcaacaatgaaactcttgtgagctcccttcttttggaggttcaggacctttacggca 10564912  T
Q  218 acaacattaccttccgacacaagatttcctctgtacacagaaccgaaacctcctgatccaatcaagtttttatctgagaatccatcggttccttgatgta 317  Q
    ||||||||| |||| ||||||||||||||| ||||||||  ||| |||| ||||||||| ||||||||| ||  |||||| |||||||||||||||||||    
T  10564911 acaacattatcttctgacacaagatttcctttgtacacaagaccaaaacttcctgatcctatcaagtttctagttgagaacccatcggttccttgatgta 10564812  T
Q  318 aatcttggtatgaaactttagctagttgatcaattgttggtgaatcaaaagatggtttttggtttcnnnnnnncatccaggtgataattataatgaatga 417  Q
    | |||||||| ||||| |||| ||||||||||| ||||||||||||| ||||| | ||| | ||||       |||||||  |||| |||| || |||||    
T  10564811 attcttggtacgaaaccttagatagttgatcaactgttggtgaatcacaagatcgctttggatttcttttcctcatccagtagatagttatgataaatga 10564712  T
Q  418 aagtatgataagaaaagaaaccacactaactatcactg 455  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||    
T  10564711 aagtatgagaagaaaagaaaccacactaattatcactg 10564674  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 224; E-Value: 1e-123
Query Start/End: Original strand, 17 - 489
Target Start/End: Original strand, 10740823 - 10741295
Alignment:
Q  17 agatgtaaccattgttctaagcttccatttttcatgtaatcaaaaactagagctttaaattcttcacctttgtaatctgtactagaacaacaggttaaaa 116  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||   || ||||||||||||||||||||||||||| || ||||    
T  10740823 agatgcaaccattgttctaagcttccatttttcatgtaatcaaaaacaagagctttaaaagtttgacctttgtaatctgtactagaacaacatgtcaaaa 10740922  T
Q  117 ccttaactaagtttcagtgtctaatgtttttgagtgcattacattcaacaatgaaactcttgctagctccattgttttggaggttgaagactttcacagc 216  Q
     ||||||||| |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||| || |||| |||||| ||||| || || ||    
T  10740923 tcttaactaaatttcggtgtctaatatttttgagtgcattacattcaacaatgaaactcttgtgagctcccttctttttgaggttcaagacctttacggc 10741022  T
Q  217 aacaacattaccttccgacacaagatttcctctgtacacagaaccgaaacctcctgatccaatcaagtttttatctgagaatccatcggttccttgatgt 316  Q
    |||||||||  |||| | ||||||||||||| ||||||||||||| |||| ||||||||| ||||||||| | |||||||| |||||||||||| | |||    
T  10741023 aacaacattgtcttctgtcacaagatttcctttgtacacagaaccaaaacttcctgatccgatcaagtttctttctgagaacccatcggttcctcggtgt 10741122  T
Q  317 aaatcttggtatgaaactttagctagttgatcaattgttggtgaatcaaaagatggtttttggtttcnnnnnnncatccaggtgataattataatgaatg 416  Q
    || ||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||       |||||||  ||||   ||||  ||||    
T  10741123 aagtcttgatatgaaaccttagctagttgatcaatagttggtgaatcaaaggatgggttttggtttctcttcctcatccagcagatagaaataacaaatg 10741222  T
Q  417 aaagtatgataagaaaagaaaccacactaactatcactgataccaacctgaaattatggtgtgttgcatgttt 489  Q
    |||||||||  |||||||||| ||| ||||||||||||| || |||| |||||||||| | | ||||||||||    
T  10741223 aaagtatgagcagaaaagaaatcacgctaactatcactgctatcaacttgaaattatgtttttttgcatgttt 10741295  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 220; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 18 - 466
Target Start/End: Complemental strand, 10604836 - 10604388
Alignment:
Q  18 gatgtaaccattgttctaagcttccatttttcatgtaatcaaaaactagagctttaaattcttcacctttgtaatctgtactagaacaacaggttaaaac 117  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  10604836 gatgcaaccattgttctaagcttccatttttcatgtaatcaaaaactagagctttaaattcttgacctttgtaatctgtactagaacaacatgttaaaac 10604737  T
Q  118 cttaactaagtttcagtgtctaatgtttttgagtgcattacattcaacaatgaaactcttgctagctccattgttttggaggttgaagactttcacagca 217  Q
     | |||||| || | |||||| ||  ||||||||||||||||||||||||||||| |||||   ||||| || ||||||||||| | ||| || ||||||    
T  10604736 ttgaactaaattccggtgtcttatagttttgagtgcattacattcaacaatgaaattcttgtgtgctcccttcttttggaggttcaggacctttacagca 10604637  T
Q  218 acaacattaccttccgacacaagatttcctctgtacacagaaccgaaacctcctgatccaatcaagtttttatctgagaatccatcggttccttgatgta 317  Q
    || |||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||| |||||||||||||| |||| ||||| |||||||||||||| ||||    
T  10604636 actacattatcttctgacacaagatttcctctgtacacagaaccaaaacttcctaatccaatcaagtttctatccgagaacccatcggttccttggtgta 10604537  T
Q  318 aatcttggtatgaaactttagctagttgatcaattgttggtgaatcaaaagatggtttttggtttcnnnnnnncatccaggtgataattataatgaatga 417  Q
    | || ||||||||||| ||| ||||||||| ||||| |||||||||||||||||| ||||||||||       || |||   ||||  ||| || | |||    
T  10604536 agtcatggtatgaaaccttatctagttgatgaattgctggtgaatcaaaagatgggttttggtttcttttcctcacccaatagatagctatgataactga 10604437  T
Q  418 aagtatgataagaaaagaaaccacactaactatcactgataccaacctg 466  Q
    |||||||| ||||||||| ||||||| ||||||||||| || |||||||    
T  10604436 aagtatgaaaagaaaagacaccacaccaactatcactgctatcaacctg 10604388  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 213; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 18 - 495
Target Start/End: Complemental strand, 10611794 - 10611317
Alignment:
Q  18 gatgtaaccattgttctaagcttccatttttcatgtaatcaaaaactagagctttaaattcttcacctttgtaatctgtactagaacaacaggttaaaac 117  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||     
T  10611794 gatgcaaccattgttctaagcttccatttttcatgtaatcaaaaactagggctttaaattcttgacctttgtaatctgtactagaacaacatgttaaaat 10611695  T
Q  118 cttaactaagtttcagtgtctaatgtttttgagtgcattacattcaacaatgaaactcttgctagctccattgttttggaggttgaagactttcacagca 217  Q
    ||||||||| |||| |||||||||   ||| ||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||| || | ||||    
T  10611694 cttaactaaatttcggtgtctaataaattttagtgcattacattcaacaatgaaactcttgtgagctccattgttttggaggttgaagacctttatagca 10611595  T
Q  218 acaacattaccttccgacacaagatttcctctgtacacagaaccgaaacctcctgatccaatcaagtttttatctgagaatccatcggttccttgatgta 317  Q
    ||||||||  |||| ||||||||||||||||||||||||  ||| |||| ||||||||| ||||||||| |||||||||| |||||||||||||| | ||    
T  10611594 acaacattgtcttctgacacaagatttcctctgtacacatcaccaaaacttcctgatccgatcaagtttctatctgagaacccatcggttccttggtata 10611495  T
Q  318 aatcttggtatgaaactttagctagttgatcaattgttggtgaatcaaaagatggtttttggtttcnnnnnnncatccaggtgataattataatgaatga 417  Q
    | ||| || ||||||| ||||||  ||||||| ||| ||||||||| ||||||  |||||| |||         | ||||  |||| ||||||| ||| |    
T  10611494 agtctcggaatgaaaccttagcttcttgatcatttggtggtgaatcgaaagatcttttttgatttattttccttacccagtagatagttataataaataa 10611395  T
Q  418 aagtatgataagaaaagaaaccacactaactatcactgataccaacctgaaattatggtgtgttgcatgttttctacc 495  Q
    || ||||| ||||||||||||||  ||||||||||||| || || ||||||  |||||||| |||  ||||| |||||    
T  10611394 aaatatgagaagaaaagaaaccatgctaactatcactgctatcagcctgaatatatggtgttttgggtgtttcctacc 10611317  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 213; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 17 - 474
Target Start/End: Original strand, 10717064 - 10717521
Alignment:
Q  17 agatgtaaccattgttctaagcttccatttttcatgtaatcaaaaactagagctttaaattcttcacctttgtaatctgtactagaacaacaggttaaaa 116  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   || ||||||||||||||||||||||||||| ||||| |    
T  10717064 agatgcaaccattgttctaagcttccatttttcatgtaatcaaaaactagagctttaaaagtttgacctttgtaatctgtactagaacaacatgttaata 10717163  T
Q  117 ccttaactaagtttcagtgtctaatgtttttgagtgcattacattcaacaatgaaactcttgctagctccattgttttggaggttgaagactttcacagc 216  Q
     ||| ||||  |||| |||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  |||||| || |||| |||||| ||||| || || ||    
T  10717164 tcttcactagatttcggtgtctgatattttttagtgcattacattcaacaatgaaactcttgtgagctcccttctttttgaggttcaagacctttacggc 10717263  T
Q  217 aacaacattaccttccgacacaagatttcctctgtacacagaaccgaaacctcctgatccaatcaagtttttatctgagaatccatcggttccttgatgt 316  Q
    |||||||||  |||| ||||||||||||||| ||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||| | |||||||| |||||||||||| | |||    
T  10717264 aacaacattgtcttctgacacaagatttcctttgtacacagaaccaaaacttcctgatccaatcaagtttctttctgagaacccatcggttcctcggtgt 10717363  T
Q  317 aaatcttggtatgaaactttagctagttgatcaattgttggtgaatcaaaagatggtttttggtttcnnnnnnncatccaggtgataattataatgaatg 416  Q
    || ||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||       |||||||  ||||   ||||  ||||    
T  10717364 aagtcttgatatgaaaccttagctagttgatcaatagttggtgaatcaaaggatggtttttggtttctcttcctcatccagcagatagaaataacaaatg 10717463  T
Q  417 aaagtatgataagaaaagaaaccacactaactatcactgataccaacctgaaattatg 474  Q
    |||||||||  | |||| ||| |||||||| |||||||| || |||| ||||||||||    
T  10717464 aaagtatgagcaaaaaaaaaatcacactaaatatcactgctatcaacttgaaattatg 10717521  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 212; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 25 - 489
Target Start/End: Original strand, 10763265 - 10763729
Alignment:
Q  25 ccattgttctaagcttccatttttcatgtaatcaaaaactagagctttaaattcttcacctttgtaatctgtactagaacaacaggttaaaaccttaact 124  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| ||||| |||||||||||||| ||||||| |||||||    
T  10763265 ccatcgttctaagcttccatttttcatgtaatcaaaaaccagagctttaaattcttgacctttataatcagtactagaacaacatgttaaaatcttaact 10763364  T
Q  125 aagtttcagtgtctaatgtttttgagtgcattacattcaacaatgaaactcttgctagctccattgttttggaggttgaagactttcacagcaacaacat 224  Q
    || || | ||||  ||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||| ||    
T  10763365 aaattccggtgttgaatattttttagtgcattacattcaacaatgaaactcttgtgagctccattgttttggaggttgaagacttttatagcaacaatat 10763464  T
Q  225 taccttccgacacaagatttcctctgtacacagaaccgaaacctcctgatccaatcaagtttttatctgagaatccatcggttccttgatgtaaatcttg 324  Q
    |  |||| ||||||||||||||||||||||||  |||  ||| ||||||||| |||| ||||||||| ||||| ||||| ||||||||  |||| |||||    
T  10763465 tgtcttctgacacaagatttcctctgtacacatcaccagaacttcctgatccgatcaggtttttatccgagaacccatctgttccttggagtaactcttg 10763564  T
Q  325 gtatgaaactttagctagttgatcaattgttggtgaatcaaaagatggtttttggtttcnnnnnnncatccaggtgataattataatgaatgaaagtatg 424  Q
    ||||||||| ||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| | ||| | ||||        || |||  |||| |||| || ||||||||||||    
T  10763565 gtatgaaaccttatctagttgctcaattgttggtgaatcaaaagatcgctttggatttcttttccttatgcagtagatagttatgataaatgaaagtatg 10763664  T
Q  425 ataagaaaagaaaccacactaactatcactgataccaacctgaaattatggtgtgttgcatgttt 489  Q
    | ||||||||||||||| ||||||||||||| || ||||||||| || ||  || ||||||||||    
T  10763665 agaagaaaagaaaccacgctaactatcactgctatcaacctgaacttgtgtcgttttgcatgttt 10763729  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 184; E-Value: 2e-99
Query Start/End: Original strand, 18 - 478
Target Start/End: Original strand, 10747140 - 10747600
Alignment:
Q  18 gatgtaaccattgttctaagcttccatttttcatgtaatcaaaaactagagctttaaattcttcacctttgtaatctgtactagaacaacaggttaaaac 117  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| || | | ||||||||||| ||||||||||||| |||||||     
T  10747140 gatgcaaccattgttctaagcttccattttttatgtaataaaaaactagagctttaaactcctgaactttgtaatctatactagaacaacacgttaaaat 10747239  T
Q  118 cttaactaagtttcagtgtctaatgtttttgagtgcattacattcaacaatgaaactcttgctagctccattgttttggaggttgaagactttcacagca 217  Q
    ||||||||| |||| |||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||  |||||| || ||||| ||||| | |||||| || |||    
T  10747240 cttaactaaatttcggtgtctaatgttcttgagtacattacattcaacaatgaaactcttgtgagctcccttcttttgaaggtttaggacttttacggca 10747339  T
Q  218 acaacattaccttccgacacaagatttcctctgtacacagaaccgaaacctcctgatccaatcaagtttttatctgagaatccatcggttccttgatgta 317  Q
    ||| |||||  ||| ||||||||||||||| ||||||| ||||| |||| ||||||||| ||||||||| ||  |||||| || |  ||||| |||||||    
T  10747340 acagcattattttcggacacaagatttcctttgtacactgaaccaaaacttcctgatccgatcaagtttctacttgagaaaccgtttgttccatgatgta 10747439  T
Q  318 aatcttggtatgaaactttagctagttgatcaattgttggtgaatcaaaagatggtttttggtttcnnnnnnncatccaggtgataattataatgaatga 417  Q
    | ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||| | ||||  ||| |  ||||        | |||   |||| ||||||| |||||    
T  10747440 agtcttggtatgaaactgtagctagttgatcaattgtaggtgaatcgatagatcttttgttatttctttttcttacccaatagatagttataataaatga 10747539  T
Q  418 aagtatgataagaaaagaaaccacactaactatcactgataccaacctgaaattatggtgt 478  Q
    |||||||| ||||||| |||| ||||||||||||||||  |||||| |||| |||||||||    
T  10747540 aagtatgagaagaaaaaaaacaacactaactatcactgcgaccaacatgaatttatggtgt 10747600  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 151; E-Value: 1e-79
Query Start/End: Original strand, 18 - 476
Target Start/End: Complemental strand, 10581088 - 10580617
Alignment:
Q  18 gatgtaaccattgttctaagcttccatttttcatgtaatcaaaaactagagctttaaattcttcacctttgtaatctgtactagaacaacaggttaaaac 117  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||  |||||||||| ||||||||||||||| |||| |||    
T  10581088 gatgcaaccattgttctaagcttccatttttcatgtaataaaaaactaaagctttaaattcttggcctttgtaatttgtactagaacaacatgttagaac 10580989  T
Q  118 cttaactaagtttcagtgtctaatgtttttgagtgcattacattcaacaatgaaactcttgctagctccattgttttggaggttgaagactttcacagca 217  Q
    ||| ||||| |||  ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||  |||||| || ||||||||||| ||||| || || |||    
T  10580988 cttgactaaattttggtgtctaatatttttgagtgcattacattcaacaataaaactcttgtgagctcctttcttttggaggttcaagacctttactgca 10580889  T
Q  218 acaac-------------attaccttccgacacaagatttcctctgtacacagaaccgaaacctcctgatccaatcaagtttttatctgagaatccatcg 304  Q
    |||||             |||| |||| ||||||||||||||| ||||||| ||||| |||| |||||| || |||| |||| |||| ||||| |||||     
T  10580888 acaacattatgcaacaacattatcttctgacacaagatttcctttgtacacggaaccaaaacttcctgacccgatcatgtttctatccgagaacccatca 10580789  T
Q  305 gttccttgatgtaaatcttggtatgaaactttagctagttgatcaattgttggtgaatcaaaagatggtttttggtttcnnnnnnncatccaggtgataa 404  Q
    |||||||  ||||| |||| ||||||||| ||| |||||||||| ||| |||  ||||| || |||| ||||| ||| |        |||||   ||||     
T  10580788 gttcctttgtgtaagtctttgtatgaaaccttatctagttgatctattattgaagaatctaatgatgattttttgttccttttacttatccaatagatag 10580689  T
Q  405 ttataatgaatgaaagtatgataagaaaagaaaccacactaactatcactgataccaacctgaaattatggt 476  Q
     |||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||  | || |||| ||||||||||||    
T  10580688 ctataataaatgaaagtatgagaagaaaagaaaccacactgactatcatagctatcaacttgaaattatggt 10580617  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 150; E-Value: 4e-79
Query Start/End: Original strand, 18 - 383
Target Start/End: Original strand, 19605990 - 19606355
Alignment:
Q  18 gatgtaaccattgttctaagcttccatttttcatgtaatcaaaaactagagctttaaattcttcacctttgtaatctgtactagaacaacaggttaaaac 117  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| ||||||  |||||||| |||  ||||||||||||| |||||||     
T  19605990 gatgcaaccattgttctaagcttccatttctcatgtactcaaaaactagagctttgaattctagacctttgttatcaatactagaacaacaagttaaaat 19606089  T
Q  118 cttaactaagtttcagtgtctaatgtttttgagtgcattacattcaacaatgaaactcttgctagctccattgttttggaggttgaagactttcacagca 217  Q
    ||||||||| ||||  |||||||| |||||||| ||||||||||||  ||| |||||||||  |||||| || ||||  ||||| | ||| || ||||||    
T  19606090 cttaactaaatttcgatgtctaatatttttgagagcattacattcagtaataaaactcttgtgagctcccttcttttcaaggttcaggaccttaacagca 19606189  T
Q  218 acaacattaccttccgacacaagatttcctctgtacacagaaccgaaacctcctgatccaatcaagtttttatctgagaatccatcggttccttgatgta 317  Q
    | ||| ||| |||| |||| |||||||||| | ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| |||| ||||| ||||||||| | |||| ||    
T  19606190 ataactttatcttctgacataagatttcctttatacacggaaccgaagcctcctgatccaatcaagtttctatccgagaacccatcggttgcctgatata 19606289  T
Q  318 aatcttggtatgaaactttagctagttgatcaattgttggtgaatcaaaagatggtttttggtttc 383  Q
    | |||||||| |||||  ||| || ||| |||||||||||||||||  |||||||||||| |||||    
T  19606290 agtcttggtaggaaaccataggtaattggtcaattgttggtgaatctgaagatggttttttgtttc 19606355  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 122; E-Value: 2e-62
Query Start/End: Original strand, 18 - 343
Target Start/End: Complemental strand, 7193089 - 7192764
Alignment:
Q  18 gatgtaaccattgttctaagcttccatttttcatgtaatcaaaaactagagctttaaattcttcacctttgtaatctgtactagaacaacaggttaaaac 117  Q
    |||||| |||||||||||||||||| || |||||||| ||||| |||| |||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||| || ||||     
T  7193089 gatgtagccattgttctaagcttccgttgttcatgtattcaaagactaaagctttaaattcttgacctttgtaatctgtactggaacaacatgtcaaaat 7192990  T
Q  118 cttaactaagtttcagtgtctaatgtttttgagtgcattacattcaacaatgaaactcttgctagctccattgttttggaggttgaagactttcacagca 217  Q
    |||||| || ||||  |||||||| ||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||  |||||| || ||||| ||||| | ||| ||||| |||    
T  7192989 cttaaccaaatttcgatgtctaatattttttagtgcattacattcagcaatgaaactcttgtgagctcccttcttttgaaggttcatgaccttcacggca 7192890  T
Q  218 acaacattaccttccgacacaagatttcctctgtacacagaaccgaaacctcctgatccaatcaagtttttatctgagaatccatcggttccttgatgta 317  Q
    ||||| ||| |||| ||  ||||||||||| ||||||||||||| || | |||||||||||  |||||| || | || || || || ||||| || || |    
T  7192889 acaactttatcttctgattcaagatttcctttgtacacagaaccaaagcttcctgatccaactaagtttctagcagaaaacccgtcagttccctggtgaa 7192790  T
Q  318 aatcttggtatgaaactttagctagt 343  Q
      || |||||||||||||||||||||    
T  7192789 ggtcctggtatgaaactttagctagt 7192764  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 122; E-Value: 2e-62
Query Start/End: Original strand, 25 - 338
Target Start/End: Original strand, 9836460 - 9836773
Alignment:
Q  25 ccattgttctaagcttccatttttcatgtaatcaaaaactagagctttaaattcttcacctttgtaatctgtactagaacaacaggttaaaaccttaact 124  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||| |||||  ||||||||||||| |||| |||||| ||     
T  9836460 ccattgttctaagcttccatttttcatgtaatcaaaaactaaagctttaaattctccacctttataatcaatactagaacaacatgttataaccttgacc 9836559  T
Q  125 aagtttcagtgtctaatgtttttgagtgcattacattcaacaatgaaactcttgctagctccattgttttggaggttgaagactttcacagcaacaacat 224  Q
    || ||||  |||||||| ||||||||||||||||||||| |||| ||||||||   |||||| || |||| |||||| |  || || | ||||||||| |    
T  9836560 aaatttcgatgtctaatatttttgagtgcattacattcagcaataaaactcttatgagctcccttctttttgaggttcagaacctttatagcaacaactt 9836659  T
Q  225 taccttccgacacaagatttcctctgtacacagaaccgaaacctcctgatccaatcaagtttttatctgagaatccatcggttccttgatgtaaatcttg 324  Q
    || |||  || |||| ||||||| |||| || | ||| |||| ||||||||||||||| ||| ||||||||||  |||| ||||| |||||||  |||||    
T  9836660 tatcttgtgatacaatatttcctttgtatacggtaccaaaacttcctgatccaatcaaatttctatctgagaactcatcagttccatgatgtagttcttg 9836759  T
Q  325 gtatgaaactttag 338  Q
    ||||||||| ||||    
T  9836760 gtatgaaaccttag 9836773  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 121; E-Value: 9e-62
Query Start/End: Original strand, 31 - 375
Target Start/End: Complemental strand, 10558973 - 10558629
Alignment:
Q  31 ttctaagcttccatttttcatgtaatcaaaaactagagctttaaattcttcacctttgtaatctgtactagaacaacaggttaaaaccttaactaagttt 130  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| | ||||||||||||  ||||||||||||| ||||||| |||||| |  |||    
T  10558973 ttctaagcttccatttttcatgtattcaaaaactagagctttgaattcctgacctttgtaatcaatactagaacaacaagttaaaatcttaaccagattt 10558874  T
Q  131 cagtgtctaatgtttttgagtgcattacattcaacaatgaaactcttgctagctccattgttttggaggttgaagactttcacagcaacaacattacctt 230  Q
    |  |||||||| ||||| ||||||||||||||   ||| |||||||||  ||||||||| ||||  ||||  | ||| |||||||||| ||| ||| |||    
T  10558873 cgatgtctaatattttttagtgcattacattcggtaataaaactcttgtgagctccattcttttcaaggtccaggaccttcacagcaataactttatctt 10558774  T
Q  231 ccgacacaagatttcctctgtacacagaaccgaaacctcctgatccaatcaagtttttatctgagaatccatcggttccttgatgtaaatcttggtatga 330  Q
    | |||| |||||||||| | ||||| ||||| || ||||||||||||||||||||| ||  |||||| ||||| ||| | ||||  || |||||||| ||    
T  10558773 ctgacataagatttcctttatacaccgaaccaaagcctcctgatccaatcaagtttctagatgagaagccatcagttgcctgatacaagtcttggtaaga 10558674  T
Q  331 aactttagctagttgatcaattgttggtgaatcaaaagatggttt 375  Q
    |||  |||| ||||| |||||| ||||||||||  ||||||||||    
T  10558673 aaccatagcaagttggtcaattattggtgaatctgaagatggttt 10558629  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 102; E-Value: 2e-50
Query Start/End: Original strand, 25 - 370
Target Start/End: Original strand, 10588562 - 10588907
Alignment:
Q  25 ccattgttctaagcttccatttttcatgtaatcaaaaactagagctttaaattcttcacctttgtaatctgtactagaacaacaggttaaaaccttaact 124  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||| ||||| |||| ||||||||| ||||||| |||  |     
T  10588562 ccattgttctaaacttccatttttcatgtaatcaaaaactaaagctttaaattcttgacctttataatcagtaccagaacaacatgttaaaatcttggcc 10588661  T
Q  125 aagtttcagtgtctaatgtttttgagtgcattacattcaacaatgaaactcttgctagctccattgttttggaggttgaagactttcacagcaacaacat 224  Q
    || ||||  |||||||  || |||||||||||||||||  |||| ||||||||   |||||| || ||||  ||||| |  || || | |||||||   |    
T  10588662 aaatttcgatgtctaacattcttgagtgcattacattcggcaataaaactcttatcagctcccttctttttaaggttcagaaccttgatagcaacagatt 10588761  T
Q  225 taccttccgacacaagatttcctctgtacacagaaccgaaacctcctgatccaatcaagtttttatctgagaatccatcggttccttgatgtaaatcttg 324  Q
    || |||  || || ||| ||||| |||| || ||||  |||| |||||||||||||||||||  ||||||||||||||| |||||||||||||  |||||    
T  10588762 tatcttgtgatacgagaattcctttgtatacggaacaaaaacttcctgatccaatcaagtttccatctgagaatccatcagttccttgatgtagttcttg 10588861  T
Q  325 gtatgaaactttagctagttgatcaattgttggtgaatcaaaagat 370  Q
    ||||||||| ||| |||| || ||| |||| |||| |||| |||||    
T  10588862 gtatgaaaccttaactagctggtcagttgtaggtgtatcagaagat 10588907  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 89; E-Value: 1e-42
Query Start/End: Original strand, 18 - 334
Target Start/End: Original strand, 10660210 - 10660526
Alignment:
Q  18 gatgtaaccattgttctaagcttccatttttcatgtaatcaaaaactagagctttaaattcttcacctttgtaatctgtactagaacaacaggttaaaac 117  Q
    |||||| ||||||||||| ||||||||| |||||||| ||||| |||| ||| ||||| |||| |||||||||||||||||| |||||||| || |||||    
T  10660210 gatgtagccattgttctaggcttccattgttcatgtattcaaacactaaagccttaaactcttgacctttgtaatctgtacttgaacaacatgtcaaaac 10660309  T
Q  118 cttaactaagtttcagtgtctaatgtttttgagtgcattacattcaacaatgaaactcttgctagctccattgttttggaggttgaagactttcacagca 217  Q
    ||| || || ||||  || || || ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||  |||||| || ||||| ||||| |  || || |  |||    
T  10660310 cttgaccaaatttctatgcctcatattttttagtgcattacattcaacaatgaagctcttgtgagctcccttattttgaaggttcagaacctttatggca 10660409  T
Q  218 acaacattaccttccgacacaagatttcctctgtacacagaaccgaaacctcctgatccaatcaagtttttatctgagaatccatcggttccttgatgta 317  Q
    ||||  ||| |||| ||  ||||||||||| |||| |||||||| ||||||||| ||||||  | |||| || | || |||||||| |||||||| || |    
T  10660410 acaaatttatcttctgatgcaagatttcctttgtagacagaaccaaaacctcctaatccaacaaggtttctagcagaaaatccatcagttccttggtgaa 10660509  T
Q  318 aatcttggtatgaaact 334  Q
      ||||| |||||||||    
T  10660510 ggtcttgatatgaaact 10660526  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 84; E-Value: 1e-39
Query Start/End: Original strand, 18 - 333
Target Start/End: Original strand, 10652327 - 10652642
Alignment:
Q  18 gatgtaaccattgttctaagcttccatttttcatgtaatcaaaaactagagctttaaattcttcacctttgtaatctgtactagaacaacaggttaaaac 117  Q
    |||||| ||||||||||| | |||| || |||||||| ||||| |||| ||| ||||| |||| |||||||||||| ||||| |||||||| || |||||    
T  10652327 gatgtagccattgttctaggtttccgttgttcatgtattcaaacactaaagccttaaactcttgacctttgtaatcggtactcgaacaacatgtcaaaac 10652426  T
Q  118 cttaactaagtttcagtgtctaatgtttttgagtgcattacattcaacaatgaaactcttgctagctccattgttttggaggttgaagactttcacagca 217  Q
    |||||| || ||||  || || || ||||| ||||||||||||||||||| ||| ||||||  || ||| || ||||| ||||| | ||| || |  |||    
T  10652427 cttaaccaaatttctatgcctcatattttttagtgcattacattcaacaacgaagctcttgtgagatccctttttttgaaggttcaggacctttatggca 10652526  T
Q  218 acaacattaccttccgacacaagatttcctctgtacacagaaccgaaacctcctgatccaatcaagtttttatctgagaatccatcggttccttgatgta 317  Q
    ||||| ||| |||| ||  ||||||||||| ||||||||||||| |||| |||| |||||| || |||| || | || |||||||| |||||||| || |    
T  10652527 acaactttatcttctgatgcaagatttcctttgtacacagaaccaaaacttcctaatccaaccaggtttctagcagaaaatccatcagttccttggtgaa 10652626  T
Q  318 aatcttggtatgaaac 333  Q
      |||| |||||||||    
T  10652627 ggtctttgtatgaaac 10652642  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #18
Raw Score: 69; E-Value: 1e-30
Query Start/End: Original strand, 23 - 162
Target Start/End: Complemental strand, 9825180 - 9825040
Alignment:
Q  23 aaccattgttctaagcttcc-atttttcatgtaatcaaaaactagagctttaaattcttcacctttgtaatctgtactagaacaacaggttaaaacctta 121  Q
    |||||||||||||||||||| ||||| |||||| ||||||||||||||||| |||||||  |||||||||||  |||||||| |||| ||||||| ||||    
T  9825180 aaccattgttctaagcttcccattttgcatgtactcaaaaactagagctttgaattcttgccctttgtaatcgatactagaaaaacatgttaaaatctta 9825081  T
Q  122 actaagtttcagtgtctaatgtttttgagtgcattacattc 162  Q
    || || ||||  |||||||| ||||||||| ||||||||||    
T  9825080 accaaatttcgatgtctaatatttttgagttcattacattc 9825040  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #19
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 18 - 178
Target Start/End: Complemental strand, 10550868 - 10550708
Alignment:
Q  18 gatgtaaccattgttctaagcttccatttttcatgtaatcaaaaactagagctttaaattcttcacctttgtaatctgtactagaacaacaggttaaaac 117  Q
    |||| ||||| | ||||||| |||||||| ||||||| ||||| || ||||||||||| ||    |||||||||||||| || |||||||| || ||||     
T  10550868 gatgcaaccaattttctaagtttccatttctcatgtactcaaatacaagagctttaaactcacttcctttgtaatctgtgctggaacaacaagtcaaaat 10550769  T
Q  118 cttaactaagtttcagtgtctaatgtttttgagtgcattacattcaacaatgaaactcttg 178  Q
     |||||||  |||| ||| ||||| ||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  10550768 tttaactagatttctgtgcctaatattttttagtgcattacattcagcaatgaaactcttg 10550708  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #20
Raw Score: 51; E-Value: 5e-20
Query Start/End: Original strand, 25 - 162
Target Start/End: Original strand, 9850832 - 9850969
Alignment:
Q  25 ccattgttctaagcttccatttttcatgtaatcaaaaactagagc-tttaaattcttcacctttgtaatctgtactagaacaacaggttaaaaccttaac 123  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||| | |||||||||||| ||| ||||| |  |||||||||||  ||||||||||| | ||||||| ||||||    
T  9850832 ccattgttctaagcttccatttatcatgtactaaaaaactagagcttttgaattcatgccctttgtaatcgatactagaacaagaagttaaaatcttaac 9850931  T
Q  124 taagtttcagtgtctaatgtttttgagtgcattacattc 162  Q
     || ||||  ||||||||  ||||||| |||||||||||    
T  9850932 caaatttcgatgtctaat-attttgagggcattacattc 9850969  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #21
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 145 - 178
Target Start/End: Original strand, 10745864 - 10745897
Alignment:
Q  145 tttgagtgcattacattcaacaatgaaactcttg 178  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  10745864 tttgagtgtattacattcaacaatgaaactcttg 10745897  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 229; Significance: 1e-126; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 229; E-Value: 1e-126
Query Start/End: Original strand, 18 - 495
Target Start/End: Original strand, 17923528 - 17924005
Alignment:
Q  18 gatgtaaccattgttctaagcttccatttttcatgtaatcaaaaactagagctttaaattcttcacctttgtaatctgtactagaacaacaggttaaaac 117  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| ||||||||||| ||||||||    
T  17923528 gatgtaaccactgttctaagcttccatttttcatgtattcaaaaactagagctttaaattcttgacctttgtaatttgtgctagaacaacatgttaaaac 17923627  T
Q  118 cttaactaagtttcagtgtctaatgtttttgagtgcattacattcaacaatgaaactcttgctagctccattgttttggaggttgaagactttcacagca 217  Q
    |||||| || |||| ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||  |||||| || || |||||||| |||||||| || |||    
T  17923628 cttaaccaaatttcggtgtctaatatttttgagtgcgttacattcaacaacgaaactcttgtgagctccctttttatggaggttcaagactttaactgca 17923727  T
Q  218 acaacattaccttccgacacaagatttcctctgtacacagaaccgaaacctcctgatccaatcaagtttttatctgagaatccatcggttccttgatgta 317  Q
    ||||||||| |||| || |||| |||||||||||| || ||||| |||| ||||||||| |||| |||| |||||||||||||||||||||||   ||||    
T  17923728 acaacattatcttctgaaacaatatttcctctgtatacggaaccaaaacttcctgatccgatcatgtttctatctgagaatccatcggttcctacgtgta 17923827  T
Q  318 aatcttggtatgaaactttagctagttgatcaattgttggtgaatcaaaagatggtttttggtttcnnnnnnncatccaggtgataattataatgaatga 417  Q
    | |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||| ||||       ||||  |  |||| | || || |||||    
T  17923828 attcttggtatgaaaccttagctagttgatcaattgttggtgaatcaaaagatctcttttgatttctcttcctcatcatgtagatagtgatgataaatga 17923927  T
Q  418 aagtatgataagaaaagaaaccacactaactatcactgataccaacctgaaattatggtgtgttgcatgttttctacc 495  Q
    |||||||| || |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||| || || ||| |||||||||| |||||    
T  17923928 aagtatgagaataaaagaaaccacactaactatcactgctatcaacctgaacttgtgttgttttgcatgtttcctacc 17924005  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 217; Significance: 1e-119; HSPs: 5)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 217; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 18 - 495
Target Start/End: Complemental strand, 12948728 - 12948251
Alignment:
Q  18 gatgtaaccattgttctaagcttccatttttcatgtaatcaaaaactagagctttaaattcttcacctttgtaatctgtactagaacaacaggttaaaac 117  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  ||||||| || ||| ||||||||||| ||||||||    
T  12948728 gatgtaaccactgttctaagcttccatttttcatgtattcaaaaactagagctttaaattcttggcctttgttatttgtgctagaacaacatgttaaaac 12948629  T
Q  118 cttaactaagtttcagtgtctaatgtttttgagtgcattacattcaacaatgaaactcttgctagctccattgttttggaggttgaagactttcacagca 217  Q
    |||||| || |||| ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  |||||| || || |||||||| |||||||| || |||    
T  12948628 cttaaccaaatttcggtgtctaatattttttagtgcattacattcaacaatgaaactcttgtgagctccctttttctggaggttcaagacttttactgca 12948529  T
Q  218 acaacattaccttccgacacaagatttcctctgtacacagaaccgaaacctcctgatccaatcaagtttttatctgagaatccatcggttccttgatgta 317  Q
    ||||||||| |||| || |||| |||||||||||| || ||||| |||| ||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| ||||||   |||||    
T  12948528 acaacattatcttctgaaacaatatttcctctgtatacggaaccaaaacttcctgatccgatcaagtttctatctgagaatccatgggttccaacatgta 12948429  T
Q  318 aatcttggtatgaaactttagctagttgatcaattgttggtgaatcaaaagatggtttttggtttcnnnnnnncatccaggtgataattataatgaatga 417  Q
    | |||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||   ||||| ||||       ||||  |  |||| |||| || |||||    
T  12948428 attcttggtatgaaaccttagctagttgatcaattgtaggtgaatcaaaagatctcttttgatttcttttcctcatcatgtagatagttatgataaatga 12948329  T
Q  418 aagtatgataagaaaagaaaccacactaactatcactgataccaacctgaaattatggtgtgttgcatgttttctacc 495  Q
    |||||||| || |||||||||||||||||||||| ||| || ||||||||| || || ||  |||||||||| |||||    
T  12948328 aagtatgagaataaaagaaaccacactaactatccctgctatcaacctgaacttttgttgctttgcatgtttcctacc 12948251  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 213; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 18 - 495
Target Start/End: Complemental strand, 12958162 - 12957685
Alignment:
Q  18 gatgtaaccattgttctaagcttccatttttcatgtaatcaaaaactagagctttaaattcttcacctttgtaatctgtactagaacaacaggttaaaac 117  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| ||||||||||| ||||||||    
T  12958162 gatgtaaccactgttctaagcttccattttccatgtattcaaaaactagagctttaaattcttgacctttgtaatttgtgctagaacaacatgttaaaac 12958063  T
Q  118 cttaactaagtttcagtgtctaatgtttttgagtgcattacattcaacaatgaaactcttgctagctccattgttttggaggttgaagactttcacagca 217  Q
    | |||| || |||| ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  |||||| || || |||||||| |||||||| |  |||    
T  12958062 cctaaccaaatttcggtgtctaatatttttgagtgcgttacattcaacaatgaaactcttgtgagctccctttttctggaggttcaagacttttattgca 12957963  T
Q  218 acaacattaccttccgacacaagatttcctctgtacacagaaccgaaacctcctgatccaatcaagtttttatctgagaatccatcggttccttgatgta 317  Q
    ||||||||| |||| || |||| |||||||||||| || ||||| |||| ||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| ||||||   |||||    
T  12957962 acaacattatcttctgaaacaatatttcctctgtatacggaaccaaaacttcctgatccgatcaagtttctatctgagaatccattggttccaacatgta 12957863  T
Q  318 aatcttggtatgaaactttagctagttgatcaattgttggtgaatcaaaagatggtttttggtttcnnnnnnncatccaggtgataattataatgaatga 417  Q
    | |||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||   ||||| ||||       ||||  |  |||| |||| || |||||    
T  12957862 attcttggtatgaaaccttagctagttgatcaattgtaggtgaatcaaaagatctcttttgatttcttttcctcatcatgtagatagttatgataaatga 12957763  T
Q  418 aagtatgataagaaaagaaaccacactaactatcactgataccaacctgaaattatggtgtgttgcatgttttctacc 495  Q
    |||||||| || |||||||||| ||||||||||||||| || ||||||||| || || ||  |||||||||| |||||    
T  12957762 aagtatgagaataaaagaaaccgcactaactatcactgctatcaacctgaacttgtgttgctttgcatgtttcctacc 12957685  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 209; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 18 - 495
Target Start/End: Complemental strand, 12899654 - 12899177
Alignment:
Q  18 gatgtaaccattgttctaagcttccatttttcatgtaatcaaaaactagagctttaaattcttcacctttgtaatctgtactagaacaacaggttaaaac 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| ||||||||||| ||||||||    
T  12899654 gatgtaaccattgttctaagcttccatttttcatgtattcaaaaactagagctttaaattcttgacctttgtaatttgtgctagaacaacatgttaaaac 12899555  T
Q  118 cttaactaagtttcagtgtctaatgtttttgagtgcattacattcaacaatgaaactcttgctagctccattgttttggaggttgaagactttcacagca 217  Q
    |||||| || |||| ||||| |||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||  ||| || || ||||| || || ||||| || || |||    
T  12899554 cttaaccaaatttcggtgtcgaatgtttttgagtgcattacattctaaaatgaaactcttgtgagcaccctttttttgcagattcaagacctttactgca 12899455  T
Q  218 acaacattaccttccgacacaagatttcctctgtacacagaaccgaaacctcctgatccaatcaagtttttatctgagaatccatcggttccttgatgta 317  Q
    ||||||||| |||| || || | |||||||||||| || ||||| |||| ||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||   ||||    
T  12899454 acaacattatcttctgaaactatatttcctctgtatacggaaccaaaacttcctgatccgatcaagtttctatctgagaatccatcggttcctacgtgta 12899355  T
Q  318 aatcttggtatgaaactttagctagttgatcaattgttggtgaatcaaaagatggtttttggtttcnnnnnnncatccaggtgataattataatgaatga 417  Q
    | |||||||| ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||   ||||| |||        ||||  |  |||| |||| || |||||    
T  12899354 attcttggtacgaaaccttagctagttgatcaattgctggtgaatcaaaagatctcttttgatttattttactcatcatgtagatagttatgataaatga 12899255  T
Q  418 aagtatgataagaaaagaaaccacactaactatcactgataccaacctgaaattatggtgtgttgcatgttttctacc 495  Q
    |||||||| || |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||| || || ||| || ||||||| |||||    
T  12899254 aagtatgagaataaaagaaaccacactaactatcactgctatcaacctgaacttgtgttgttttacatgtttcctacc 12899177  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 209; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 18 - 495
Target Start/End: Complemental strand, 12907274 - 12906797
Alignment:
Q  18 gatgtaaccattgttctaagcttccatttttcatgtaatcaaaaactagagctttaaattcttcacctttgtaatctgtactagaacaacaggttaaaac 117  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| ||||||||||| ||||||||    
T  12907274 gatgtaaccactgttctaagcttccatttttcatgtattcaaaaactagagctttaaattcttgacctttgtaatttgtgctagaacaacatgttaaaac 12907175  T
Q  118 cttaactaagtttcagtgtctaatgtttttgagtgcattacattcaacaatgaaactcttgctagctccattgttttggaggttgaagactttcacagca 217  Q
    |||||| || |||| ||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||  ||| || ||  |||||||||| ||||| || || |||    
T  12907174 cttaaccaaatttctgtgtctaatatttttgagtgcgttacattcaacaatgaaacttttgtgagcgccctttgtttggaggttcaagacctttactgca 12907075  T
Q  218 acaacattaccttccgacacaagatttcctctgtacacagaaccgaaacctcctgatccaatcaagtttttatctgagaatccatcggttccttgatgta 317  Q
    ||||||||| |||| || |||| ||||||| |||| || ||||| |||| ||||||||| |||| |||| |||| |||||| |||||||||||   ||||    
T  12907074 acaacattatcttctgaaacaatatttcctttgtatacggaaccaaaacttcctgatccgatcatgtttctatccgagaattcatcggttcctacgtgta 12906975  T
Q  318 aatcttggtatgaaactttagctagttgatcaattgttggtgaatcaaaagatggtttttggtttcnnnnnnncatccaggtgataattataatgaatga 417  Q
    | |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||| ||||       ||||  |  |||| |||| || |||||    
T  12906974 attcttggtatgaaaccttagctagttgatcaattgttggtgaatcaaaagatctcttttgatttcttttcctcatcatgtagatagttatgataaatga 12906875  T
Q  418 aagtatgataagaaaagaaaccacactaactatcactgataccaacctgaaattatggtgtgttgcatgttttctacc 495  Q
    |||||||| || ||||||||||||||||||||| |||| || ||||||||| || || ||| |||||||||| |||||    
T  12906874 aagtatgagaataaaagaaaccacactaactatgactgctatcaacctgaacttgtgttgttttgcatgtttcctacc 12906797  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 209; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 18 - 495
Target Start/End: Complemental strand, 12932363 - 12931886
Alignment:
Q  18 gatgtaaccattgttctaagcttccatttttcatgtaatcaaaaactagagctttaaattcttcacctttgtaatctgtactagaacaacaggttaaaac 117  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| ||| ||||||||||| ||||||||    
T  12932363 gatgtaaccactgttctaagcttccatttttcatgtattcaaaaactagtgctttaaattcttgacctttgtaatttgtgctagaacaacatgttaaaac 12932264  T
Q  118 cttaactaagtttcagtgtctaatgtttttgagtgcattacattcaacaatgaaactcttgctagctccattgttttggaggttgaagactttcacagca 217  Q
    |||||| || |||| ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  |||||| || ||||| || || ||||| || || |||    
T  12932263 cttaaccaaatttcggtgtctaatatttttgagtgcgttacattcaacaatgaaactcttgtgagctccctttttttgcagattcaagacctttactgca 12932164  T
Q  218 acaacattaccttccgacacaagatttcctctgtacacagaaccgaaacctcctgatccaatcaagtttttatctgagaatccatcggttccttgatgta 317  Q
    ||||||||| |||| ||||| | ||||||| |||| || ||||| |||| ||||||||| |||| |||| ||| ||||||||||||||||||   |||||    
T  12932163 acaacattatcttctgacactatatttcctttgtaaacggaaccaaaacttcctgatccgatcatgtttctatttgagaatccatcggttccaacatgta 12932064  T
Q  318 aatcttggtatgaaactttagctagttgatcaattgttggtgaatcaaaagatggtttttggtttcnnnnnnncatccaggtgataattataatgaatga 417  Q
    | |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||   || || ||||       ||||  |  |||| |||| || |||||    
T  12932063 attcttggtatgaaaccttagctagttgatcaattgttggtgaatcaaaagatctcttctgatttcttttcctcatcatgtagatagttatgataaatga 12931964  T
Q  418 aagtatgataagaaaagaaaccacactaactatcactgataccaacctgaaattatggtgtgttgcatgttttctacc 495  Q
    |||||||| || |||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||| || || ||| |||||||||| |||||    
T  12931963 aagtatgagaataaaagaaaccacactaactagcactgctatcaacctgaacttgtgttgttttgcatgtttcctacc 12931886  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0692 (Bit Score: 79; Significance: 1e-36; HSPs: 1)
Name: scaffold0692
Description:

Target: scaffold0692; HSP #1
Raw Score: 79; E-Value: 1e-36
Query Start/End: Original strand, 18 - 132
Target Start/End: Complemental strand, 7377 - 7263
Alignment:
Q  18 gatgtaaccattgttctaagcttccatttttcatgtaatcaaaaactagagctttaaattcttcacctttgtaatctgtactagaacaacaggttaaaac 117  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| ||||||||||| ||||||||    
T  7377 gatgtaaccactgttctaagcttccatttttcatgtattcaaaaactagagctttaaattcttgacctttgtaatttgtgctagaacaacatgttaaaac 7278  T
Q  118 cttaactaagtttca 132  Q
    | |||| || |||||    
T  7277 cctaaccaaatttca 7263  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 72; Significance: 2e-32; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 72; E-Value: 2e-32
Query Start/End: Original strand, 31 - 178
Target Start/End: Original strand, 31467300 - 31467447
Alignment:
Q  31 ttctaagcttccatttttcatgtaatcaaaaactagagctttaaattcttcacctttgtaatctgtactagaacaacaggttaaaaccttaactaagttt 130  Q
    |||||||||||| ||||||||||| || ||||| |||||||||||||||| | ||||| |||||||||| ||||| |  ||||||| |||||| || |||    
T  31467300 ttctaagcttccgtttttcatgtactcgaaaacaagagctttaaattcttgatctttgaaatctgtactggaacagcttgttaaaatcttaaccaaattt 31467399  T
Q  131 cagtgtctaatgtttttgagtgcattacattcaacaatgaaactcttg 178  Q
    | ||||||||| |||||||||||||| |||||| ||| ||||||||||    
T  31467400 cggtgtctaatatttttgagtgcattgcattcagcaaggaaactcttg 31467447  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 418 - 470
Target Start/End: Original strand, 31467687 - 31467739
Alignment:
Q  418 aagtatgataagaaaagaaaccacactaactatcactgataccaacctgaaat 470  Q
    |||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| || |||| ||||||    
T  31467687 aagtataagaagaaaagaaaccacactaactatcactgctatcaacttgaaat 31467739  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000002; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 18 - 75
Target Start/End: Original strand, 39898820 - 39898877
Alignment:
Q  18 gatgtaaccattgttctaagcttccatttttcatgtaatcaaaaactagagctttaaa 75  Q
    |||| |||||||  ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||  ||||||||    
T  39898820 gatgcaaccattcctctaagcttccatttgtcatgtattcaaaaactattgctttaaa 39898877  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University