View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16044_high_3 (Length: 234)

Name: NF16044_high_3
Description: NF16044
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16044_high_3
NF16044_high_3
[»] chr4 (14 HSPs)
chr4 (1-219)||(4023051-4023269)
chr4 (1-211)||(3984983-3985193)
chr4 (1-218)||(3921965-3922185)
chr4 (1-218)||(3935313-3935545)
chr4 (1-211)||(4007901-4008111)
chr4 (68-214)||(3808080-3808226)
chr4 (1-176)||(3998931-3999106)
chr4 (56-210)||(3957482-3957636)
chr4 (68-214)||(3815654-3815800)
chr4 (1-149)||(3799920-3800063)
chr4 (119-219)||(4000096-4000196)
chr4 (1-140)||(4000211-4000353)
chr4 (77-207)||(4216817-4216939)
chr4 (2-89)||(4216948-4217030)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 215; Significance: 1e-118; HSPs: 14)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 215; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 1 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 4023269 - 4023051
Alignment:
Q  1 agtttacatatcaacatttatcgacactggaacatgatcacgttgaaagttatgttgattacaaagataactttgattcttatcaagcagtgtatgttta 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4023269 agtttacatatcaacatttatcgacactggaacatgatcacgttgaaagttatgttgattacaaagataactttgattcttatcaagcagtgtatgttta 4023170  T
Q  101 tcctggaggtagtattccagagtggttggagtacaagacaacaaaggatgacatgattgttgatctctctccacattatctctcccctttgctgggcttt 200  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4023169 tcctggaagtagtattccagagtggttggagtacaagacaacaaaggatgacatgattgttgatctctctccacattatctctcccctttgctgggcttt 4023070  T
Q  201 gttttttgctttgtccttg 219  Q
    |||||||||||||||||||    
T  4023069 gttttttgctttgtccttg 4023051  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 147; E-Value: 1e-77
Query Start/End: Original strand, 1 - 211
Target Start/End: Complemental strand, 3985193 - 3984983
Alignment:
Q  1 agtttacatatcaacatttatcgacactggaacatgatcacgttgaaagttatgttgattacaaagataactttgattcttatcaagcagtgtatgttta 100  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||| ||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||| ||    
T  3985193 agtttgcatatcaacatttatcgacactggaacatgataaagttgaaagctatgttgattacaaagatatccttgattcttatcaagcagtgtatgtata 3985094  T
Q  101 tcctggaggtagtattccagagtggttggagtacaagacaacaaaggatgacatgattgttgatctctctccacattatctctcccctttgctgggcttt 200  Q
    ||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| |||| | |||||||||||||| ||||||||    
T  3985093 tcctggaagtagtgttccagagtggttggagtacaagacaacaaagaatgatatgattgttgatctctcaccacctcatctctcccctttgttgggcttt 3984994  T
Q  201 gttttttgctt 211  Q
    ||||| |||||    
T  3984993 gttttctgctt 3984983  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 143; E-Value: 3e-75
Query Start/End: Original strand, 1 - 218
Target Start/End: Original strand, 3921965 - 3922185
Alignment:
Q  1 agtttacatatcaacatttatcgacactggaacatgatcac---gttgaaagttatgttgattacaaagataactttgattcttatcaagcagtgtatgt 97  Q
    |||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| |    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3921965 agtttacacatcaacatttatcaacactggaacatgatgaatatgctgaaagttatgttgattacaaagataactttgattcttatcaagcagtgtatgt 3922064  T
Q  98 ttatcctggaggtagtattccagagtggttggagtacaagacaacaaaggatgacatgattgttgatctctctccacattatctctcccctttgctgggc 197  Q
     ||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| ||||     
T  3922065 gtatcctggaagtagtgttccaaagtggttggagtacaagacaacaatggatggcatgattgttgatctctctccacttcatctctcccctttgttgggt 3922164  T
Q  198 tttgttttttgctttgtcctt 218  Q
    ||||||||||||||| |||||    
T  3922165 tttgttttttgctttatcctt 3922185  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 98; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 1 - 218
Target Start/End: Original strand, 3935313 - 3935545
Alignment:
Q  1 agtttacatatcaacatttatcgacactggaacatgatcac---gttgaaagttatgttgattacaaagataactttgattcttatcaagcagtgtatgt 97  Q
    ||||| |||||||| ||||||| ||| ||||||||||| |    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  3935313 agtttgcatatcaagatttatcaacagtggaacatgatgattatgttgaaacttatgttgattacaaagataactttgattcttatcaagcattgtatgt 3935412  T
Q  98 ttatcctggaggtagtattccagagtggttggagtaca------------agacaacaaaggatgacatgattgttgatctctctccacattatctctcc 185  Q
     ||| ||||| ||||| ||||||| ||||| |||||||            |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||    
T  3935413 gtattctggaagtagtgttccagattggtttgagtacaagacaacaaacgagacaacaaacgatgacatgattgttgatctctctccacttcatctctcc 3935512  T
Q  186 cctttgctgggctttgttttttgctttgtcctt 218  Q
    |||||| |||| ||||||||||||||| |||||    
T  3935513 cctttgttgggttttgttttttgctttatcctt 3935545  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 95; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 1 - 211
Target Start/End: Complemental strand, 4008111 - 4007901
Alignment:
Q  1 agtttacatatcaacatttatcgacactggaacatgatcacgttgaaagttatgttgattacaaagataactttgattcttatcaagcagtgtatgttta 100  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |  | ||||||||| |||||||||||||| | |  |||| ||||||||||||| | ||||| ||    
T  4008111 agtttgcatatcaacatttatcgacactggaacataactatgttgaaagtaatgttgattacaaacaaacgtttggttcttatcaagcattttatgtgta 4008012  T
Q  101 tcctggaggtagtattccagagtggttggagtacaagacaacaaaggatgacatgattgttgatctctctccacattatctctcccctttgctgggcttt 200  Q
    ||| ||| |||   |||| |||||||||| |||||| |||||| ||||||| |||||||||||||||| |||| || ||||| |||||||| ||||||||    
T  4008011 tccaggaagtaccgttcctgagtggttggcgtacaaaacaacacaggatgatatgattgttgatctctttccaaatcatctcccccctttgttgggcttt 4007912  T
Q  201 gttttttgctt 211  Q
    |||||||||||    
T  4007911 gttttttgctt 4007901  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 87; E-Value: 8e-42
Query Start/End: Original strand, 68 - 214
Target Start/End: Complemental strand, 3808226 - 3808080
Alignment:
Q  68 taactttgattcttatcaagcagtgtatgtttatcctggaggtagtattccagagtggttggagtacaagacaacaaaggatgacatgattgttgatctc 167  Q
    |||||||| |||| || ||||| ||||||| ||||||||| ||| | ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  3808226 taactttggttctgatgaagcaatgtatgtgtatcctggaagtaatgttccagagtggtttgagtacaagacaacaaaggatgacaagattgttgatctc 3808127  T
Q  168 tctccacattatctctcccctttgctgggctttgttttttgctttgt 214  Q
    ||||||| | | |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||    
T  3808126 tctccacctcacctctcccccttgttgggctttgttttttgctttgt 3808080  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 84; E-Value: 5e-40
Query Start/End: Original strand, 1 - 176
Target Start/End: Complemental strand, 3999106 - 3998931
Alignment:
Q  1 agtttacatatcaacatttatcgacactggaacatgatcacgttgaaagttatgttgattacaaagataactttgattcttatcaagcagtgtatgttta 100  Q
    ||||| ||||||||||||  |||||| |||||||| |  | ||||||||| |||||||||||||| |||| |||| ||||||||||||| ||||||||||    
T  3999106 agtttgcatatcaacattattcgacattggaacataactatgttgaaagtaatgttgattacaaacataagtttggttcttatcaagcattgtatgttta 3999007  T
Q  101 tcctggaggtagtattccagagtggttggagtacaagacaacaaaggatgacatgattgttgatctctctccacat 176  Q
    ||| ||| | ||| || |||||| |||||||||||| |||||||||||||||| |||| ||||| |||||||||||    
T  3999006 tccaggaagcagtgtttcagagtcgttggagtacaaaacaacaaaggatgacaggattattgatatctctccacat 3998931  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 83; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 56 - 210
Target Start/End: Original strand, 3957482 - 3957636
Alignment:
Q  56 tgattacaaagataactttgattcttatcaagcagtgtatgtttatcctggaggtagtattccagagtggttggagtacaagacaacaaaggatgacatg 155  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| | ||||||||| ||||| |||||||||||||  |||||| |||| || ||||||| |||    
T  3957482 tgattacaaagataaatttgattcttatcaagcagtgtatttgtatcctggaagtagtgttccagagtggttcaagtacaggacagcacaggatgatatg 3957581  T
Q  156 attgttgatctctctccacattatctctcccctttgctgggctttgttttttgct 210  Q
    ||| |||||||||||||   ||  |||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  3957582 attattgatctctctccttttttcctctcccctttgttgggctttgttttttgct 3957636  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 75; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 68 - 214
Target Start/End: Complemental strand, 3815800 - 3815654
Alignment:
Q  68 taactttgattcttatcaagcagtgtatgtttatcctggaggtagtattccagagtggttggagtacaagacaacaaaggatgacatgattgttgatctc 167  Q
    |||||||| |||| || ||||| ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||    
T  3815800 taactttggttctgatgaagcaatgtatgtgtatcctggaagtagtattccagagtggttggagtacaagacaacaaaggatgatatgattattgatctc 3815701  T
Q  168 tctccacattatctctcccctttgctgggctttgttttttgctttgt 214  Q
    ||||  | |  |||||| |||||  |||||||||| |||||| ||||    
T  3815700 tctcagcctcgtctctcacctttattgggctttgtcttttgcattgt 3815654  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 1 - 149
Target Start/End: Complemental strand, 3800063 - 3799920
Alignment:
Q  1 agtttacatatcaacatttatcgacactggaacatgatcacgttgaaagttatgttgattacaaagataactttgattcttatcaagcagtgtatgttta 100  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |  | | |||||||||||||||     ||||| |||||| |||||||||||||  |||||||||    
T  3800063 agtttgcatatcaacatttatcgacactggaacataagtatgctgaaagttatgttga-----aagattactttgcttcttatcaagcaccgtatgttta 3799969  T
Q  101 tcctggaggtagtattccagagtggttggagtacaagacaacaaaggat 149  Q
    | ||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  3799968 ttctggaagtagtgttccatagtggttggagtacaagacaacaaaggat 3799920  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 119 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 4000196 - 4000096
Alignment:
Q  119 agagtggttggagtacaagacaacaaaggatgacatgattgttgatctctctccacattatctctcccctttgctgggctttgttttttgctttgtcctt 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||| | |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  4000196 agagtggttggagtacaagacaacagaggatgacatgattgttaatatctctccacttcatctctcctctttgttgggctttgttttttgctttgtcctt 4000097  T
Q  219 g 219  Q
    |    
T  4000096 g 4000096  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 65; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 1 - 140
Target Start/End: Complemental strand, 4000353 - 4000211
Alignment:
Q  1 agtttacatatcaacatttatcgacactggaacatgatcac---gttgaaagttatgttgattacaaagataactttgattcttatcaagcagtgtatgt 97  Q
    ||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| |    ||||| ||||||| ||||||| || |||||  |  ||||||||||||| |||||||    
T  4000353 agtttgcatatcaacatttattgacactggaacatgatgattatgttgacagttatgctgattacgaatataaccattcttcttatcaagcattgtatgt 4000254  T
Q  98 ttatcctggaggtagtattccagagtggttggagtacaagaca 140  Q
     ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  4000253 atatcctggaagtagtgttccagagtggttggagtacaagaca 4000211  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 50; E-Value: 9e-20
Query Start/End: Original strand, 77 - 207
Target Start/End: Complemental strand, 4216939 - 4216817
Alignment:
Q  77 ttcttatcaagcagtgtatgtttatcctggaggtagtattccagagtggttggagtacaagacaacaaaggatgacatgattgttgatctctctccacat 176  Q
    |||||||||||||  |||||||||| ||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||        |||||||||||| || |||| |    
T  4216939 ttcttatcaagcaccgtatgtttattctggaagtagtgttccatagtggttggagtacaagacaacaaag--------gattgttgatctttccccacct 4216848  T
Q  177 tatctctcccctttgctgggctttgtttttt 207  Q
     |||||| ||||||| ||||||| |||||||    
T  4216847 catctctgccctttgttgggcttagtttttt 4216817  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 2 - 89
Target Start/End: Complemental strand, 4217030 - 4216948
Alignment:
Q  2 gtttacatatcaacatttatcgacactggaacatgatcacgttgaaagttatgttgattacaaagataactttgattcttatcaagca 89  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||| |  | | ||||||||||||||     |||||| |||||| |||||||||||||    
T  4217030 gtttgcatatcaacatttatcgacactggaacataagtatgatgaaagttatgttg-----aaagattactttgcttcttatcaagca 4216948  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University