View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16045_low_1 (Length: 787)

Name: NF16045_low_1
Description: NF16045
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16045_low_1
NF16045_low_1
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (19-761)||(31747791-31748542)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 572; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 572; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 761
Target Start/End: Complemental strand, 31748542 - 31747791
Alignment:
Q  19 agtatgagtatagttaattacctgtgt------aattttgaacttgtttttatatatttttcattagcatatcaactttagttgagcatatttcacaatg 112  Q
    |||||||||||||||||||||||||||      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31748542 agtatgagtatagttaattacctgtgtttgtgtaattttgaacttgtttttatatatttttcattagcatatcaactttagttgagcatatttcacaatg 31748443  T
Q  113 tagatattttctgaaccaacataa-----caaagtaacatatgataatatgatttgattaaatacatatataaaacatttctgataacttgtgtctttta 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||     |||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31748442 tagatattttctgaaccaacataatataacaaagtaacat--gataatatgatttgattaaatacatatataaaacatttctgataacttgtgtctttta 31748345  T
Q  208 gaaatgtatgagtnnnnnnngtttctcccatgcatacaattgagtattggattggacctccaaatttacattattaaactgagtcttcaaggttagtccc 307  Q
    |||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  31748344 gaaatgtatgagtaaaaaaagtttctcccatgcatacaattgagtattggattggacctccaaatttacattattaaactgaatcttcaaggttagtccc 31748245  T
Q  308 taatttgtgaaagnnnnnnncatttttgattgaaattatgagaggcatggtcaatgtgtatgagatgatgtcttctgtgccgtgcaatccaaaatggcac 407  Q
    |||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |    
T  31748244 taatttgtgaaagaaaaaaacatttttgattgaaattatgagaggcatggtcaatgtgtatgagatgatgtcttctgcgccgtgcaatccaaaatggc-c 31748146  T
Q  408 ttctttacaaaattttgttcaaggttcattgaaattaagatacttggaatgtggggaatctatattagtattactgatcttatttattcttcttgccatt 507  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31748145 ttctttacaaaattttgttcaaggttcattgaaattaagatacttggaatgtggggaatctatattagtattactgatcttatttattcttcttgccatt 31748046  T
Q  508 agtggtataagcatcaaagaatatatagaccccacttcactttagttcagacatattgagtattttctcatcaaatgtttattaaactaaacac---act 604  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||| |||||||   | |    
T  31748045 agtggtataagcatcaaagaatatatagaccccacttcactttagttcagacatattgagcattttctcatcaaaagtttattaaaataaacacgcaagt 31747946  T
Q  605 aattggtaacttatgcgcacatcgctcaactgtagttgaatttagcggaagaggttaaacttctataatattataagtgaactctgattaaaagatgcgt 704  Q
    ||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |    
T  31747945 aattggtaacttatgcgaacatcgatcaactgtagttgaatttagcggaagaggttaaactcctataatattataagcgaactctgattaaaagatgcat 31747846  T
Q  705 tcatacttcaattagtgaacctatttaagtatattccgctgacaaaaaatcacaaaa 761  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||  ||||||| ||| ||||||||||||||    
T  31747845 tcatacttcaatcagtgaacctatttaag--tattccgttgataaaaaatcacaaaa 31747791  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University