View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16046_low_6 (Length: 555)

Name: NF16046_low_6
Description: NF16046
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16046_low_6
NF16046_low_6
[»] chr6 (8 HSPs)
chr6 (15-536)||(11673910-11674431)
chr6 (27-485)||(11662689-11663147)
chr6 (61-484)||(11617874-11618297)
chr6 (128-483)||(11710547-11710902)
chr6 (23-532)||(11631897-11632406)
chr6 (128-477)||(11739837-11740186)
chr6 (126-477)||(12094063-12094414)
chr6 (126-477)||(11755521-11755872)
[»] scaffold0196 (1 HSPs)
scaffold0196 (44-486)||(12224-12666)
[»] scaffold0019 (1 HSPs)
scaffold0019 (73-532)||(8896-9355)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (140-477)||(44811282-44811619)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 445; Significance: 0; HSPs: 8)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 445; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 536
Target Start/End: Original strand, 11673910 - 11674431
Alignment:
Q  15 gaagccgaagacaccaacatcggggaagtccaaaatagaaagacaaggtatgttcttattaattgcactgcagataacaatttgagttccacatttctta 114  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||  ||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  11673910 gaagccgaagacaccaacatcggtgagctccaaaaaagaaagacaaggtatgttcttcttaattgcactgcagataacaacttgagttccacatttctta 11674009  T
Q  115 ggtaacatactgaatttctaaaatgggtttcccatgcatatagcttcaacactttcatattcacaagagcctcagaactcgcttttaatctctcatcttg 214  Q
    ||||| |||  |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11674010 ggtaatatatggaatttttaaaatgggtttcccatgcatatagcttcaacactttcatattcacaagagcctcagaactcgcttttaatctctcatcttg 11674109  T
Q  215 cgccaccattagtttgctctgaaacttgtgttgtaactttgctagcggagtgttgcaaagcacggtgagaattatcactaccaatgaagctatggttgca 314  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||    
T  11674110 cgccaccattagtttgctctgaaacttgtgttgtagctttgctagcggagtgttgcaaagcacggtgagaattatcactaccagtgaagctacggttgca 11674209  T
Q  315 agtccgattgcacgaaaaagaatcactaatgcaatacacagttgaagaattgttgtccaagtcttgtgaaaccaaaatggaaattctccaattctataag 414  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11674210 agtccgattgcacgaaaaagaatcactaatgcaatacacagttgaagaattgttgtccaagtcttgtgaaaccaaaatggaaattctccaattctataag 11674309  T
Q  415 catccacagtcatataattcattatctcgccactagagtgaactaatctagcagagttggatagccttaatannnnnnnatgaatggctgcagtaagtag 514  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||    
T  11674310 catccacagtcatataattcattatctcgccactagagtgaactaatctagcagagttggatagccttaatatttttttatgaatggctgcagtaagtag 11674409  T
Q  515 tgatcagaccttcatccctata 536  Q
    ||||| ||||||||||||||||    
T  11674410 tgatctgaccttcatccctata 11674431  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 219; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 27 - 485
Target Start/End: Complemental strand, 11663147 - 11662689
Alignment:
Q  27 accaacatcggggaagtccaaaatagaaagacaaggtatgttcttattaattgcactgcagataacaatttgagttccacatttcttaggtaacatactg 126  Q
    ||||||| ||| || ||||||||||||||||||| |||||   || ||| | |||||||| ||| |||||||||||||||||||||||  |    ||  |    
T  11663147 accaacaccggcgaggtccaaaatagaaagacaatgtatgcctttcttagtagcactgcatatagcaatttgagttccacatttcttaatttttctatag 11663048  T
Q  127 aatttctaaaatgggtttcccatgcatatagcttcaacactttcatattcacaagagcctcagaactcgcttttaatctctcatcttgcgccaccattag 226  Q
    || || ||||||| |||||||||||||||||||| | |||||||||| ||||||||||||||||||| || || |||||||| ||||| |||||||| ||    
T  11663047 aacttttaaaatgtgtttcccatgcatatagctttagcactttcatactcacaagagcctcagaactagccttcaatctctcgtcttgtgccaccataag 11662948  T
Q  227 tttgctctgaaacttgtgttgtaactttgctagcggagtgttgcaaagcacggtgagaattatcactaccaatgaagctatggttgcaagtccgattgca 326  Q
    ||  ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||  ||||||| ||||||| ||| ||||||||| |||||  |||| ||||||    
T  11662947 ttcactctgaaacttgtgttgcaactttgctagtggagtgttgcaaagcatcgtgagaactatcactgccattgaagctattgttgctggtccaattgca 11662848  T
Q  327 cgaaaaagaatcactaatgcaatacacagttgaagaattgttgtccaagtcttgtgaaaccaaaatggaaattctccaattctataagcatccacagtca 426  Q
    | ||||||||| |||||||||||||||| ||| || ||||| |||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||  ||||||||||    
T  11662847 ccaaaaagaattactaatgcaatacacatttggaggattgtggtccaagtctggtgaaaccagaatggaaattctccaattctataagtgtccacagtca 11662748  T
Q  427 tataattcattatctcgccactagagtgaactaatctagcagagttggatagccttaat 485  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||||||| |||||||| ||||||    
T  11662747 tataattcattatctcgccactcgagtgaatcaatctagcagaattggatagtcttaat 11662689  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 196; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 61 - 484
Target Start/End: Complemental strand, 11618297 - 11617874
Alignment:
Q  61 ggtatgttcttattaattgcactgcagataacaatttgagttccacatttcttaggtaacatactgaatttctaaaatgggtttcccatgcatatagctt 160  Q
    ||||||||||| |||||||||| | |||||| || |||||||| ||||||||||  | |  |||   |||| ||||||| ||||||||||||||||||||    
T  11618297 ggtatgttcttcttaattgcaccggagataaaaaattgagttcgacatttcttaaattatctacaacatttttaaaatgtgtttcccatgcatatagctt 11618198  T
Q  161 caacactttcatattcacaagagcctcagaactcgcttttaatctctcatcttgcgccaccattagtttgctctgaaacttgtgttgtaactttgctagc 260  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| | | ||||||||||||||||| ||||||||     
T  11618197 caacactttcatattcacaagagcctccgaactcgcctttaatctctcatcttgcgccaccataagttgggtttgaaacttgtgttgtaagtttgctagt 11618098  T
Q  261 ggagtgttgcaaagcacggtgagaattatcactaccaatgaagctatggttgcaagtccgattgcacgaaaaagaatcactaatgcaatacacagttgaa 360  Q
    |||| |||||||||||| ||||||| |||||| |||||||| || |  ||||| ||||| ||||  || |||||||| |  ||||||||||||| ||| |    
T  11618097 ggagcgttgcaaagcacagtgagaactatcaccaccaatgatgcgagtgttgctagtccaattgtgcggaaaagaattatcaatgcaatacacaattgga 11617998  T
Q  361 gaattgttgtccaagtcttgtgaaaccaaaatggaaattctccaattctataagcatccacagtcatataattcattatctcgccactagagtgaactaa 460  Q
    |  ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | ||||||||||||||| |||| |||||||   ||    
T  11617997 ggcttgttgtccaagtctggtgaaaccaaaatggaaattctccaattctataagcatcgacagtaacataattcattatctcaccaccagagtgattcaa 11617898  T
Q  461 tctagcagagttggatagccttaa 484  Q
    |||||| || || ||||| |||||    
T  11617897 tctagccgaatttgatagacttaa 11617874  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 196; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 128 - 483
Target Start/End: Original strand, 11710547 - 11710902
Alignment:
Q  128 atttctaaaatgggtttcccatgcatatagcttcaacactttcatattcacaagagcctcagaactcgcttttaatctctcatcttgcgccaccattagt 227  Q
    |||| |||||||| ||||||||||||||| ||| | |||||||||||||||||||||||| ||||| || || |||||||| ||||| |||||||| |||    
T  11710547 atttttaaaatggttttcccatgcatataacttgagcactttcatattcacaagagcctcggaactagccttcaatctctcgtcttgtgccaccataagt 11710646  T
Q  228 ttgctctgaaacttgtgttgtaactttgctagcggagtgttgcaaagcacggtgagaattatcactaccaatgaagctatggttgcaagtccgattgcac 327  Q
    | |||||||||||||| ||||||||||||||  ||||||||||||||||| || |||| |||||| |||| ||||||||| ||||| ||||| ||||| |    
T  11710647 tcgctctgaaacttgttttgtaactttgctattggagtgttgcaaagcacagtcagaactatcaccaccattgaagctattgttgctagtccaattgctc 11710746  T
Q  328 gaaaaagaatcactaatgcaatacacagttgaagaattgttgtccaagtcttgtgaaaccaaaatggaaattctccaattctataagcatccacagtcat 427  Q
    |  ||||||| |||||||||||||||| |||||| ||||| ||||| |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  11710747 ggtaaagaattactaatgcaatacacaattgaaggattgtcgtccatgtctggtgaaaccagaatggaaattctccaattctataagcatccacagttat 11710846  T
Q  428 ataattcattatctcgccactagagtgaactaatctagcagagttggatagcctta 483  Q
     |||||||||||||| |||||||||||||  ||||||||||| |||||||||||||    
T  11710847 gtaattcattatctcaccactagagtgaatcaatctagcagaattggatagcctta 11710902  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 23 - 532
Target Start/End: Original strand, 11631897 - 11632406
Alignment:
Q  23 agacaccaacatcggggaagtccaaaatagaaagacaaggtatgttcttattaattgcactgcagataacaatttgagttccacatttcttaggtaacat 122  Q
    ||||||||||||||| || |||||||| ||||||||    ||||||| | |||||||||||||| |||||| ||| |||||| |||||||||   ||       
T  11631897 agacaccaacatcggcgaggtccaaaagagaaagacgttatatgttcgtcttaattgcactgcatataacattttcagttccgcatttcttaaaaaatcg 11631996  T
Q  123 actgaatttctaaaatgggtttcccatgcatatagcttcaacactttcatattcacaagagcctcagaactcgcttttaatctctcatcttgcgccacca 222  Q
    ||   |||| |||||||  ||||||| ||||| | |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||| |||||||    
T  11631997 acaacatttttaaaatgattttcccacgcatacaacttcaacactttcatattcacaagagcctccgaactagcctttaatctctcatcttgtgccacca 11632096  T
Q  223 ttagtttgctctgaaacttgtgttgtaactttgctagcggagtgttgcaaagcacggtgagaattatcactaccaatgaagctatggttgcaagtccgat 322  Q
    | |||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||   ||||||| ||| ||||||| ||||||  ||||||| || |  ||||| ||||| ||    
T  11632097 taagtttgctctgatacttgtgttgtaactttgctagtggataattgcaaatcacagtgagaactatcaccgccaatgatgcaagcgttgctagtccaat 11632196  T
Q  323 tgcacgaaaaagaatcactaatgcaatacacagttgaagaattgttgtccaagtcttgtgaaaccaaaatggaaattctccaattctataagcatccaca 422  Q
    ||  || |||||||| |||||||||||||||| ||| |||||||||||||| |||| ||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||     
T  11632197 tgtgcggaaaagaattactaatgcaatacacaattggagaattgttgtccatgtctggtgaaaccagaatggaaattctccgattctataagcatctacg 11632296  T
Q  423 gtcatataattcattatctcgccactagagtgaactaatctagcagagttggatagccttaatannnnnnnatgaatggctgcagtaagtagtgatcaga 522  Q
     |||| |||||||||||||| |||| ||||||||  || |||||||| || ||||||| |||||       || |||||||||| ||||||||||||  |    
T  11632297 atcatgtaattcattatctcaccaccagagtgaatcaacctagcagaattcgatagccgtaatattttcttataaatggctgcattaagtagtgatctaa 11632396  T
Q  523 ccttcatccc 532  Q
    | ||||||||    
T  11632397 ctttcatccc 11632406  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 118; E-Value: 6e-60
Query Start/End: Original strand, 128 - 477
Target Start/End: Original strand, 11739837 - 11740186
Alignment:
Q  128 atttctaaaatgggtttcccatgcatatagcttcaacactttcatattcacaagagcctcagaactcgcttttaatctctcatcttgcgccaccattagt 227  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||| |||||||| ||||| || ||||| || |||||||| ||||| |  |||    
T  11739837 atttttaaaatgggtttcccatgcatataacttcaacactttcacattcactagagcctcggaactagcctttaacctttcatcttgtgccacgagaagt 11739936  T
Q  228 ttgctctgaaacttgtgttgtaactttgctagcggagtgttgcaaagcacggtgagaattatcactaccaatgaagctatggttgcaagtccgattgcac 327  Q
    |||||  || |||| ||||||||||||||||| ||||| ||  | ||| | || | || |||||| ||||| || || || || ||||| || |  ||||    
T  11739937 ttgcttagatacttatgttgtaactttgctagtggagtatttaatagcgccgtcaaaactatcaccaccaacgatgcaattgtcgcaagcccaaccgcac 11740036  T
Q  328 gaaaaagaatcactaatgcaatacacagttgaagaattgttgtccaagtcttgtgaaaccaaaatggaaattctccaattctataagcatccacagtcat 427  Q
    |||||| ||| || |||| |||||| ||||| |||| ||||||||| |  | |||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||| |||     
T  11740037 gaaaaataatgaccaatgaaatacatagttggagaaatgttgtccatgaatggtgaaaccaaaacggtaattctccaattctataagcatccacattcac 11740136  T
Q  428 ataattcattatctcgccactagagtgaactaatctagcagagttggata 477  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||  ||| ||||||  |||||||    
T  11740137 ataattcattatctcgccaccagagtgaatcaatttagcagcattggata 11740186  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 116; E-Value: 9e-59
Query Start/End: Original strand, 126 - 477
Target Start/End: Original strand, 12094063 - 12094414
Alignment:
Q  126 gaatttctaaaatgggtttcccatgcatatagcttcaacactttcatattcacaagagcctcagaactcgcttttaatctctcatcttgcgccaccatta 225  Q
    |||||| |||||||  ||||||||||||||| ||| | ||||||||||||||| |||||||||||||| || || || || |||||||| |||||||  |    
T  12094063 gaatttttaaaatgcatttcccatgcatataactttagcactttcatattcaccagagcctcagaactagccttcaacctttcatcttgggccaccagaa 12094162  T
Q  226 gtttgctctgaaacttgtgttgtaactttgctagcggagtgttgcaaagcacggtgagaattatcactaccaatgaagctatggttgcaagtccgattgc 325  Q
    |||| ||  || |||| ||||||||||||||||| ||||  ||  ||| |||||| | || |||||| |||||||| || || ||||| | ||| || ||    
T  12094163 gtttactaagatacttatgttgtaactttgctagtggagcattcaaaaacacggtcaaaactatcaccaccaatgacgcaattgttgccaatccaatagc 12094262  T
Q  326 acgaaaaagaatcactaatgcaatacacagttgaagaattgttgtccaagtcttgtgaaaccaaaatggaaattctccaattctataagcatccacagtc 425  Q
    |||||||||||| |||||||||||  | ||||| || | ||||||||| |||| ||||||||| || ||||||||||| |||||||| ||||||||| ||    
T  12094263 acgaaaaagaattactaatgcaattgatagttggaggactgttgtccatgtctggtgaaaccagaacggaaattctccgattctatacgcatccacattc 12094362  T
Q  426 atataattcattatctcgccactagagtgaactaatctagcagagttggata 477  Q
    | ||| ||||||||||| || ||||||||||  ||||||||||  |||||||    
T  12094363 acatagttcattatctcaccgctagagtgaatcaatctagcagcattggata 12094414  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 112; E-Value: 2e-56
Query Start/End: Original strand, 126 - 477
Target Start/End: Complemental strand, 11755872 - 11755521
Alignment:
Q  126 gaatttctaaaatgggtttcccatgcatatagcttcaacactttcatattcacaagagcctcagaactcgcttttaatctctcatcttgcgccaccatta 225  Q
    |||||| |||||||  ||||||||||||||| ||| | ||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||| || || |||||||| |||||||  |    
T  11755872 gaatttttaaaatgcatttcccatgcatataactttagcactttcatgttcaccagagcctcagaactagctttcaacctttcatcttgggccaccagaa 11755773  T
Q  226 gtttgctctgaaacttgtgttgtaactttgctagcggagtgttgcaaagcacggtgagaattatcactaccaatgaagctatggttgcaagtccgattgc 325  Q
    |||| ||  || |||| ||||||||||||||||| ||||  ||  |||||||||| | || |||||| ||||| || || || ||||| | ||| || ||    
T  11755772 gtttacttagatacttatgttgtaactttgctagtggagcattcaaaagcacggtcaaaaatatcaccaccaacgatgcaattgttgccaatccaatagc 11755673  T
Q  326 acgaaaaagaatcactaatgcaatacacagttgaagaattgttgtccaagtcttgtgaaaccaaaatggaaattctccaattctataagcatccacagtc 425  Q
     ||||||||||| |||||||||||  | ||||| || | ||||||||| |||| |||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||  ||    
T  11755672 gcgaaaaagaattactaatgcaattgatagttggaggactgttgtccatgtctggtgaaaccaaaacggaaattctccgattctataggcatccacgttc 11755573  T
Q  426 atataattcattatctcgccactagagtgaactaatctagcagagttggata 477  Q
    | ||| ||||||||||| || ||||||||||  ||||||||||  |||||||    
T  11755572 acatagttcattatctcaccgctagagtgaatcaatctagcagcattggata 11755521  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0196 (Bit Score: 183; Significance: 1e-98; HSPs: 1)
Name: scaffold0196
Description:

Target: scaffold0196; HSP #1
Raw Score: 183; E-Value: 1e-98
Query Start/End: Original strand, 44 - 486
Target Start/End: Complemental strand, 12666 - 12224
Alignment:
Q  44 ccaaaatagaaagacaaggtatgttcttattaattgcactgcagataacaatttgagttccacatttcttaggtaacatactgaatttctaaaatgggtt 143  Q
    |||||| |||||||||  |||||||||| |||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| | ||  |||    ||| |||||||| ||    
T  12666 ccaaaagagaaagacattgtatgttcttcttaattgcacggaagataacaatttgagttccacatttcttaagcaatctacaacgtttttaaaatggttt 12567  T
Q  144 tcccatgcatatagcttcaacactttcatattcacaagagcctcagaactcgcttttaatctctcatcttgcgccaccattagtttgctctgaaacttgt 243  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||   ||||| ||||||||  | ||||||||||| ||||| |||| ||| ||||| |||||||| ||||    
T  12566 tcccatgcatatagtttcaacactttcatattcgtgagagcttcagaactaacctttaatctctcgtcttgtgccaacataagtttactctgaaatttgt 12467  T
Q  244 gttgtaactttgctagcggagtgttgcaaagcacggtgagaattatcactaccaatgaagctatggttgcaagtccgattgcacgaaaaagaatcactaa 343  Q
     ||||||||||| ||| ||||  ||||||||||||||||||| ||||||  ||| ||| ||||  ||||| ||||| ||||  || ||||| || |||||    
T  12466 attgtaactttgatagtggagcattgcaaagcacggtgagaactatcaccgccattgatgctagtgttgctagtccaattgtgcggaaaaggattactaa 12367  T
Q  344 tgcaatacacagttgaagaattgttgtccaagtcttgtgaaaccaaaatggaaattctccaattctataagcatccacagtcatataattcattatctcg 443  Q
    ||||||||||| ||| || |||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||     
T  12366 tgcaatacacaattggaggattgttgtccaagtttggtgaaaccaaaatggaaattctccaattctataagcatccaccgtcatataattcattatttca 12267  T
Q  444 ccactagagtgaactaatctagcagagttggatagccttaata 486  Q
    ||||  |||||||| ||||| || |  ||||||| ||||||||    
T  12266 ccacctgagtgaaccaatctcgctgtattggataaccttaata 12224  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0019 (Bit Score: 167; Significance: 3e-89; HSPs: 1)
Name: scaffold0019
Description:

Target: scaffold0019; HSP #1
Raw Score: 167; E-Value: 3e-89
Query Start/End: Original strand, 73 - 532
Target Start/End: Original strand, 8896 - 9355
Alignment:
Q  73 ttaattgcactgcagataacaatttgagttccacatttcttaggtaacatactgaatttctaaaatgggtttcccatgcatatagcttcaacactttcat 172  Q
    |||| |||||||| |||| |||||||||||||||||||| || |||| ||||   |||| ||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  8896 ttaactgcactgctgatagcaatttgagttccacatttcgtaagtaatatacaacatttttaaaatgtgtttcccatgcatataacttcaacactttcat 8995  T
Q  173 attcacaagagcctcagaactcgcttttaatctctcatcttgcgccaccattagtttgctctgaaacttgtgttgtaactttgctagcggagtgttgcaa 272  Q
    | | |||| || |||| |||| || ||||||||||||||||| |||||||| ||||  || ||||||||||| | |||||| |||||  |||  ||||||    
T  8996 agtaacaaaagactcaaaactagcctttaatctctcatcttgtgccaccataagttgcctttgaaacttgtgctctaacttggctaggcgagcattgcaa 9095  T
Q  273 agcacggtgagaattatcactaccaatgaagctatggttgcaagtccgattgcacgaaaaagaatcactaatgcaatacacagttgaagaattgttgtcc 372  Q
    ||||  ||||||||||||| | ||||||| ||||   |||| ||||| ||||  || |||||||| |||||||||||||||||||| ||  |||||||||    
T  9096 agcatagtgagaattatcattgccaatgatgctagaattgctagtccaattgtgcggaaaagaattactaatgcaatacacagttggaggcttgttgtcc 9195  T
Q  373 aagtcttgtgaaaccaaaatggaaattctccaattctataagcatccacagtcatataattcattatctcgccactagagtgaactaatctagcagagtt 472  Q
    |||||| |||||||||||  |||||||||||||||||||||||||| ||  | |||||||| |||||||| |||||||||||||  ||||||||||| ||    
T  9196 aagtctggtgaaaccaaaccggaaattctccaattctataagcatctacgattatataattgattatctcaccactagagtgaatcaatctagcagaatt 9295  T
Q  473 ggatagccttaatannnnnnnatgaatggctgcagtaagtagtgatcagaccttcatccc 532  Q
    ||| | ||||||||       || ||||| |||| ||||||||||||  || ||||||||    
T  9296 ggacaaccttaatatttttttataaatggatgcattaagtagtgatctaactttcatccc 9355  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 74; Significance: 1e-33; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 74; E-Value: 1e-33
Query Start/End: Original strand, 140 - 477
Target Start/End: Complemental strand, 44811619 - 44811282
Alignment:
Q  140 ggtttcccatgcatatagcttcaacactttcatattcacaagagcctcagaactcgcttttaatctctcatcttgcgccaccattagtttgctctgaaac 239  Q
    ||||||||||||||||| ||||| ||| |||||||||||||||||||||||| | || || |||||||||||||| || ||||| |||||||| ||||||    
T  44811619 ggtttcccatgcatataacttcagcaccttcatattcacaagagcctcagaagtagccttcaatctctcatcttgtgctaccataagtttgctttgaaac 44811520  T
Q  240 ttgtgttgtaactttgctagcggagtgttgcaaagcacggtgagaattatcactaccaatgaagctatggttgcaagtccgattgcacgaaaaagaatca 339  Q
    ||||||||||||||||| |  || |  || ||||| || |||| || ||| |||||||  || || || || || |  || || || || ||||| || |    
T  44811519 ttgtgttgtaactttgcaattggtgcattacaaagtacagtgataactatgactaccagggaggcaattgtagctatcccaatagcgcggaaaagtatta 44811420  T
Q  340 ctaatgcaatacacagttgaagaattgttgtccaagtcttgtgaaaccaaaatggaaattctccaattctataagcatccacagtcatataattcattat 439  Q
    | || |  ||||| || || |   | || ||||| || | |||||||||  | ||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  44811419 ccaacgagatacatagctggaagctagtagtccatgtttggtgaaaccagtaaggaaattctccgattctataagcatccacagtcacataattcattat 44811320  T
Q  440 ctcgccactagagtgaactaatctagcagagttggata 477  Q
     || || ||||||||    ||||||||||| |||||||    
T  44811319 ttcaccgctagagtgcgtcaatctagcagaattggata 44811282  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University