View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16047_low_2 (Length: 917)

Name: NF16047_low_2
Description: NF16047
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16047_low_2
NF16047_low_2
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (13-901)||(36381806-36382694)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 873; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 873; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 901
Target Start/End: Original strand, 36381806 - 36382694
Alignment:
Q  13 attattcttgggaaaatgattgttcaaagaaaaagagaagatgttttttgaagtggacttaattttcataatggtcatgacttgtttcactctcttggta 112  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  36381806 attattcttgggaaaatgattgttcaaagaaaaagagatgatgttttttgaagtggacttaattttcataatggtcatgactggtttcactctcttggta 36381905  T
Q  113 ttgttatagttccttttcactatcattataccattttgccactattttggactgcagggtttcaatgccactcttactgaaccagtggatccttttggaa 212  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36381906 ttgttatagttccttttcactatcattataccattttgccactattttggactgcagggtttcaatgccactcttactgaaccagtggatccttttggaa 36382005  T
Q  213 ggggtggtcagattaaagaactagaactaaaagtgcacccagatatgaaggaacctttaaagaagctatctgatgacccaaagacaacagtggttgttct 312  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36382006 ggggtggtcagattaaagaactagaactaaaagtgcacccagatatgaaggaacctttaaagaagctatctgatgacccaaagacaacagtggttgttct 36382105  T
Q  313 gagtgggagtggtagagctgtcctagacaaagtattctttagaaaagtttatttgtttttcaatgttcagcaacatttgcttttgtaagaaataacaact 412  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  36382106 gagtgggagtggtagagctgtcctagacaaagtattctttagaaaagtttatttgtttttcaatgttcagcaacatttgcttttgtaataaataacaact 36382205  T
Q  413 attttatgcagaactttggtgaatacaatatgtggttggcagcagaaaatgggatgtttttgcgacttacttcaagtgaatggatgacaaccatgcctga 512  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36382206 atttcatgcagaactttggtgaatacaatatgtggttggcagcagaaaatgggatgtttttgcgacttacttcaagtgaatggatgacaaccatgcctga 36382305  T
Q  513 aaatttaaacatggattgggttgatagcgtaaaggtagtttggctacatgaacacaactgtttctcgtattaaacttcttggatttcaagtctgaactgt 612  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36382306 aaatttaaacatggattgggttgatagcgtaaaggtagtttggctacatgaacacaactgtttctcgtattaaacttcttggatttcaagtctgaactgt 36382405  T
Q  613 tcatatttctatgaaacttcagcatgtttttgagtattttactgaaagaaccccgcggtctaattttgagctacgcgagacttcagtaatatggaattat 712  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36382406 tcatatttctatgaaacttcagcatgtttttgagtattttactgaaagaaccccgcggtctaattttgagctacgcgagacttcagtaatatggaattat 36382505  T
Q  713 aagtatgcaggtatgtgactgtatattctgagacaatcttccctttcctttaaaacttactcattttcttctagtaagatctttgtgctaatacatgtca 812  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36382506 aagtatgcaggtatgtgactgtatattctgagacaatcttccctttcctttaaaacttactcattttcttctagtaagatctttgtgctaatacatgtca 36382605  T
Q  813 ccaaaagttgagtcttttttatggttagttgccaacttattttgactaaataaatattagatgttgagtttggaaggcttcaagcaaga 901  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36382606 ccaaaagttgagtcttttttatggttagttgccaacttattttgactaaataaatattagatgttgagtttggaaggcttcaagcaaga 36382694  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University