View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16056_low_7 (Length: 683)

Name: NF16056_low_7
Description: NF16056
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16056_low_7
NF16056_low_7
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (18-669)||(385959-386610)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (18-669)||(38728932-38729583)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 624; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 624; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 669
Target Start/End: Complemental strand, 386610 - 385959
Alignment:
Q  18 atgaagagtgtgcaccgctgctataagggtggctccaacagacaagtttctaacatcaagggaccaagcaatgtgctgatcgaaaactatagcctttggg 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  386610 atgaagagtgtgcaccgctgctataagggcggctccaacagacaagtttctaacatcaagggaccaagcaatgtgctgatcgaaaactatagcctttgag 386511  T
Q  118 aaaagtttattctcataagcaaccttccaaacacatcaagctcgatttatctgtcccataagaactaggtaattgagaagaacattgacaaagtactttg 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  386510 aaaagtttattctcataagcaaccttccaaacacatcgagctcgatttatctgtcccataagaactaggtaattgagaagaacattgacaaagtactttg 386411  T
Q  218 cagcaccttcctccaattcataatcaatactttgaaagaattcccttacaaaagtcaacaccggttgtcccctctgttcggggactgtgaaaagtccaca 317  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  386410 cagcaccttcctccaattcataatcaatacttcgaaagaattcccttacaaaagtcaacaccggttgtcccctctgttcggggcctgtgaaaagtccaca 386311  T
Q  318 cataaacgagtgggccttatgctttgttgcactaaggatagacatcaaatgcctctcattctcttcatcctgacacctaacaagatgcgctaaaatcgaa 417  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  386310 cataaacgagtgggccttatgctttgttgcactaaggatagacatcaaatgcctctcattctcttcatcctgacacctaacaagatgcgctaaaatcgaa 386211  T
Q  418 gtgtaaagaatcaaatcaacttttgcagcggagttaacatatgtttcaagaagtggcttggctgactcgtatatcccattcttcatgcatgactcaaaca 517  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  386210 gtgtaaagaatgaaatcaacttttgcagcggagttaacatatgtttcaagaagtggcttggctgactcgtatatcccattcttcatgcatgactcaaaca 386111  T
Q  518 actgtcggattataaaattatttgttctgatacctgacgaacccatgaaacgcagccacctcaaagcaagatcaaccgaaccttccttgatatacaccat 617  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  386110 actgtcggattataaaattatttgttctgatacctgacgaacccatgaaacgcagccacctcaaagcaagatcaaccgaaccttccttgatatacaccat 386011  T
Q  618 caaaacatcactagctgtcacatccacagaatatcccatggtcttcatttca 669  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  386010 caaaacatcactagctgtcacatccacagaatatcccatcgtcttcatttca 385959  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 540; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 540; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 669
Target Start/End: Original strand, 38728932 - 38729583
Alignment:
Q  18 atgaagagtgtgcaccgctgctataagggtggctccaacagacaagtttctaacatcaagggaccaagcaatgtgctgatcgaaaactatagcctttggg 117  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38728932 atgaagagtgtgcaccgcagctataagggcggctccaacagacaagtttctaacatcaagggaccaagctatgtgctgatcgaaaactatagcctttggg 38729031  T
Q  118 aaaagtttattctcataagcaaccttccaaacacatcaagctcgatttatctgtcccataagaactaggtaattgagaagaacattgacaaagtactttg 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38729032 aaaagtttattctcataagcaaccttccaaacacaccgagctcgatttatctgtcccataagaactagataattgagaagaacattgacaaagtactttg 38729131  T
Q  218 cagcaccttcctccaattcataatcaatactttgaaagaattcccttacaaaagtcaacaccggttgtcccctctgttcggggactgtgaaaagtccaca 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||    
T  38729132 cagcaccttcctccaattcataatcaatactttgaaagaattctcttacaaatgtcaacaccggctgtcccctctgttcggggcctgtgaatagtccaca 38729231  T
Q  318 cataaacgagtgggccttatgctttgttgcactaaggatagacatcaaatgcctctcattctcttcatcctgacacctaacaagatgcgctaaaatcgaa 417  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38729232 cataaacgagtgcgccttatgctttgttgcactaaggatagacatcaaatgcctctcattctcttcatcctgacacctaacaagatgcgctaaaatcgaa 38729331  T
Q  418 gtgtaaagaatcaaatcaacttttgcagcggagttaacatatgtttcaagaagtggcttggctgactcgtatatcccattcttcatgcatgactcaaaca 517  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||    
T  38729332 gtgtaaagtatcaaatcaacttttgcagcggagttcacatatgtttcaagaagaggcttggctgattcgtatatcccatttttcatgcacgactcaaaca 38729431  T
Q  518 actgtcggattataaaattatttgttctgatacctgacgaacccatgaaacgcagccacctcaaagcaagatcaaccgaaccttccttgatatacaccat 617  Q
    |||| | ||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||    
T  38729432 actgcctgattataaaattattggttctgatccctgaggaacccatgaaacgtagccatctcaaagcaagatcgactgaaccttccttgatatacaccat 38729531  T
Q  618 caaaacatcactagctgtcacatccacagaatatcccatggtcttcatttca 669  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  38729532 caaaacatcactagctgtcacatccacagaatatcccattgtcttcatttca 38729583  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University