View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16058_high_4 (Length: 505)

Name: NF16058_high_4
Description: NF16058
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16058_high_4
NF16058_high_4
[»] chr5 (10 HSPs)
chr5 (1-493)||(41572202-41572694)
chr5 (1-493)||(41617841-41618333)
chr5 (1-377)||(34233092-34233468)
chr5 (1-377)||(34240865-34241241)
chr5 (1-395)||(42122895-42123289)
chr5 (1-395)||(42117144-42117541)
chr5 (71-389)||(41713845-41714163)
chr5 (60-395)||(42128348-42128683)
chr5 (79-395)||(41443838-41444154)
chr5 (1-42)||(42128290-42128331)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (2-395)||(25523315-25523711)
chr6 (189-395)||(24140433-24140639)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (1-395)||(8522518-8522912)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (1-395)||(11117552-11117952)
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (1-395)||(11994681-11995079)
chr2 (1-395)||(12247851-12248248)
chr2 (294-389)||(32682203-32682304)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 485; Significance: 0; HSPs: 10)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 485; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 493
Target Start/End: Complemental strand, 41572694 - 41572202
Alignment:
Q  1 ttccatccaaatccaaatttctcttcactccaaaggttgttgggtggaagcggagaatgttgttcaggttcacatttctttgacaagggaaatccgcata 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41572694 ttccatccaaatccaaatttctcttcactccaaaggttgttgggtggaagcggagaatgttgttcaggttcacatttctttgacaagggaaatccgcata 41572595  T
Q  101 atcccaagtttccttcatatgagttattggaaaatgtattgaactgttttccttgaggtatttctcccactagatggttatgagaaagattcaatactcc 200  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41572594 atcccaagtttccttcatatgagtcattggaaaatgtattgaactgttttccttgaggtatttctcccactagatggttatgagaaagattcaatactcc 41572495  T
Q  201 aataccgttcagattgattaattctgaaggaattacaccagtgagtatatttgacgaaagatccaatgattccatgtttgacaagtttcctacggattga 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41572494 aataccgttcagattgattaattctgaaggaattacaccagtgagtatatttgacgaaagatccaatgattccatgtttgacaagtttcctacggattga 41572395  T
Q  301 ggaataggaccggtgagtctgttatgggaaaggttaagccctttgagtgagtgaagctccccaataacattcggaatctctccttcaaaattgttatgag 400  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  41572394 ggaataggaccggtgagtctgttatgggaaaggttaagccctttgagtgagtgaagctccccaataacattcagaatctctccttcaaaattgttatgag 41572295  T
Q  401 aaaaatcaatgttcacaaagactattggaattttcaccatcacaatgctgtttcctttcactgtcatagtcacagaatcatagtatgtcatat 493  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41572294 aaaaatcaatgttcacaaagactattggaattttcaccatcacaatgctgtttcctttcactgtcatagtcacagaatcatagtatgtcatat 41572202  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 485; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 493
Target Start/End: Complemental strand, 41618333 - 41617841
Alignment:
Q  1 ttccatccaaatccaaatttctcttcactccaaaggttgttgggtggaagcggagaatgttgttcaggttcacatttctttgacaagggaaatccgcata 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41618333 ttccatccaaatccaaatttctcttcactccaaaggttgttgggtggaagcggagaatgttgttcaggttcacatttctttgacaagggaaatccgcata 41618234  T
Q  101 atcccaagtttccttcatatgagttattggaaaatgtattgaactgttttccttgaggtatttctcccactagatggttatgagaaagattcaatactcc 200  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41618233 atcccaagtttccttcatatgagtcattggaaaatgtattgaactgttttccttgaggtatttctcccactagatggttatgagaaagattcaatactcc 41618134  T
Q  201 aataccgttcagattgattaattctgaaggaattacaccagtgagtatatttgacgaaagatccaatgattccatgtttgacaagtttcctacggattga 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41618133 aataccgttcagattgattaattctgaaggaattacaccagtgagtatatttgacgaaagatccaatgattccatgtttgacaagtttcctacggattga 41618034  T
Q  301 ggaataggaccggtgagtctgttatgggaaaggttaagccctttgagtgagtgaagctccccaataacattcggaatctctccttcaaaattgttatgag 400  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  41618033 ggaataggaccggtgagtctgttatgggaaaggttaagccctttgagtgagtgaagctccccaataacattcagaatctctccttcaaaattgttatgag 41617934  T
Q  401 aaaaatcaatgttcacaaagactattggaattttcaccatcacaatgctgtttcctttcactgtcatagtcacagaatcatagtatgtcatat 493  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41617933 aaaaatcaatgttcacaaagactattggaattttcaccatcacaatgctgtttcctttcactgtcatagtcacagaatcatagtatgtcatat 41617841  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 181; E-Value: 1e-97
Query Start/End: Original strand, 1 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 34233468 - 34233092
Alignment:
Q  1 ttccatccaaatccaaatttctcttcactccaaaggttgttgggtggaagcggagaatgttgttcaggttcacatttctttgacaagggaaatccgcata 100  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| || | | |||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| ||||| ||||    
T  34233468 ttccatccaaagccaaatttctcttcactccaaaagttgttggctgaaggtggagaatgttgttccggtccacatttctttgacaagggtaatccacata 34233369  T
Q  101 atcccaagtttccttcatatgagttattggaaaatgtattgaactgttttccttgaggtatttctcccactagatggttatgagaaagattcaatactcc 200  Q
    | |||||||| |||| ||| || | ||| | |||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||  ||||||| ||| ||| |    
T  34233368 accccaagttccctttataagaatcatttgtaaatgtattgaattgctttccttgaggtatttctcccacaagatggttattggaaagatccaagacttc 34233269  T
Q  201 aataccgttcagattgattaattctgaaggaattacaccagtgagtatatttgacgaaagatccaatgattccatgtttgacaagtttcctacggattga 300  Q
    || || ||||| |||| ||||||||| |||||| | ||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||| ||||| |||||||  || |||||||    
T  34233268 aagactgttcaaattggttaattctgcaggaatcataccagtgagcatatttgacgagagatccaacgattccaagtttgtcaagttttgtatggattga 34233169  T
Q  301 ggaataggaccggtgagtctgttatgggaaaggttaagccctttgagtgagtgaagctccccaataacattcggaat 377  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| || || ||| |||| |||||    
T  34233168 ggaataggaccagtgagtctgttatgtgaaaggttaagccctttgagtgcgtgaagttctcctatatcatttggaat 34233092  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 181; E-Value: 1e-97
Query Start/End: Original strand, 1 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 34241241 - 34240865
Alignment:
Q  1 ttccatccaaatccaaatttctcttcactccaaaggttgttgggtggaagcggagaatgttgttcaggttcacatttctttgacaagggaaatccgcata 100  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| || | | |||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| ||||| ||||    
T  34241241 ttccatccaaagccaaatttctcttcactccaaaagttgttggctgaaggtggagaatgttgttccggtccacatttctttgacaagggtaatccacata 34241142  T
Q  101 atcccaagtttccttcatatgagttattggaaaatgtattgaactgttttccttgaggtatttctcccactagatggttatgagaaagattcaatactcc 200  Q
    | |||||||| |||| ||| || | ||| | |||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||  ||||||| ||| ||| |    
T  34241141 accccaagttccctttataagaatcatttgtaaatgtattgaattgctttccttgaggtatttctcccacaagatggttattggaaagatccaagacttc 34241042  T
Q  201 aataccgttcagattgattaattctgaaggaattacaccagtgagtatatttgacgaaagatccaatgattccatgtttgacaagtttcctacggattga 300  Q
    || || ||||| |||| ||||||||| |||||| | ||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||| ||||| |||||||  || |||||||    
T  34241041 aagactgttcaaattggttaattctgcaggaatcataccagtgagcatatttgacgagagatccaacgattccaagtttgtcaagttttgtatggattga 34240942  T
Q  301 ggaataggaccggtgagtctgttatgggaaaggttaagccctttgagtgagtgaagctccccaataacattcggaat 377  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| || || ||| |||| |||||    
T  34240941 ggaataggaccagtgagtctgttatgtgaaaggttaagccctttgagtgcgtgaagttctcctatatcatttggaat 34240865  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 143; E-Value: 7e-75
Query Start/End: Original strand, 1 - 395
Target Start/End: Original strand, 42122895 - 42123289
Alignment:
Q  1 ttccatccaaatccaaatttctcttcactccaaaggttgttgggtggaagcggagaatgttgttcaggttcacatttctttgacaagggaaatccgcata 100  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||  ||| |||| || | | |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||||| ||||    
T  42122895 ttccatccaaatctaaatttctcttcactccaagagttcttggctgaaggtggagaatgttgttcaggtccacatttttttgacaagggtaatccacata 42122994  T
Q  101 atcccaagtttccttcatatgagttattggaaaatgtattgaactgttttccttgaggtatttctcccactagatggttatgagaaagattcaatactcc 200  Q
    | ||  | ||||||||||| || | ||| | ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||  |||| ||  || ||| |    
T  42122995 accctgaatttccttcataggaatcatttgtaaatgtattgaactgctttccttgaggtatttctcccacaagatggttatttgaaatatctaagacttc 42123094  T
Q  201 aataccgttcagattgattaattctgaaggaattacaccagtgagtatatttgacgaaagatccaatgattccatgtttgacaagtttcctacggattga 300  Q
    || |  |  || |||| ||| ||||| |||||| ||| ||||||| |||||||| || ||||||||  |||||| ||||||||||| ||| |  |||||     
T  42123095 aagaaagcccaaattggttagttctgcaggaatcacatcagtgagcatatttgatgagagatccaaccattccaagtttgacaagtatccaattgattgg 42123194  T
Q  301 ggaataggaccggtgagtctgttatgggaaaggttaagccctttgagtgagtgaagctccccaataacattcggaatctctccttcaaaattgtt 395  Q
    |||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  || ||||  |||||| |||| ||||||||||||||||| |||||    
T  42123195 ggaataggaccattgagtctgttatgggaaaggttaagccctatgagtgcatgtagctttccaatagcatttggaatctctccttcaaatttgtt 42123289  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 132; E-Value: 2e-68
Query Start/End: Original strand, 1 - 395
Target Start/End: Original strand, 42117144 - 42117541
Alignment:
Q  1 ttccatccaaatccaaatttctcttcactccaaagg---ttgttgggtggaagcggagaatgttgttcaggttcacatttctttgacaagggaaatccgc 97  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||| |   ||||||| || ||  |||||||| ||||||||| ||||  |||||||||| |||||||| |    
T  42117144 ttccatccaaatccaaatttctcttcactgcaaaagctgttgttggctgaaattggagaatgatgttcaggtccacaaatctttgacaacggaaatccac 42117243  T
Q  98 ataatcccaagtttccttcatatgagttattggaaaatgtattgaactgttttccttgaggtatttctcccactagatggttatgagaaagattcaatac 197  Q
    |||| |||||||||||||  || || | ||| | |||||||| ||| ||     |||||||||||| |||||||||||||||||  ||||||||||| ||    
T  42117244 ataaacccaagtttcctttgtaggaatcatttggaaatgtatcgaagtgcggctcttgaggtatttttcccactagatggttattggaaagattcaagac 42117343  T
Q  198 tccaataccgttcagattgattaattctgaaggaattacaccagtgagtatatttgacgaaagatccaatgattccatgtttgacaagtttcctacggat 297  Q
    |  || |  ||  | |||| ||||||||| ||| || | ||| || || ||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| | ||||    
T  42117344 ttgaagaaagtctaaattggttaattctgcagggatcataccggtaagcatatttgacgagagatccaatgattccaagtttgacaagtttcccatggat 42117443  T
Q  298 tgaggaataggaccggtgagtctgttatgggaaaggttaagccctttgagtgagtgaagctccccaataacattcggaatctctccttcaaaattgtt 395  Q
    |  |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  || || || |||||| |||| ||||||||||| ||||| |||||    
T  42117444 ttgggaatatgaccggtgagtctgttatgggaaaggttaagccctttgagtgcatggaggtctccaatagcatttggaatctctccctcaaatttgtt 42117541  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 115; E-Value: 3e-58
Query Start/End: Original strand, 71 - 389
Target Start/End: Complemental strand, 41714163 - 41713845
Alignment:
Q  71 cacatttctttgacaagggaaatccgcataatcccaagtttccttcatatgagttattggaaaatgtattgaactgttttccttgaggtatttctcccac 170  Q
    |||| ||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| || | ||| | ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  41714163 cacaattcttggacaagggaaatccacataaccccaagtttccttcataggaatcatttgtaaatgtattgaactgctttccttgaggtatttctcccac 41714064  T
Q  171 tagatggttatgagaaagattcaatactccaataccgttcagattgattaattctgaaggaattacaccagtgagtatatttgacgaaagatccaatgat 270  Q
     |||||||||| |||||||| ||| ||| ||| |  || || |||| |||| | |  ||||||   ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||    
T  41714063 aagatggttattagaaagatccaagacttcaagaaagtccaaattggttaactttacaggaatccgaccagtgagcatatttgacgagagatccaatgat 41713964  T
Q  271 tccatgtttgacaagtttcctacggattgaggaataggaccggtgagtctgttatgggaaaggttaagccctttgagtgagtgaagctccccaataacat 370  Q
    |||| ||||  ||||||||| | |||||| |||||  |||| |||||| ||||||  ||||||||||||||||||||    |||||||| ||||||||||    
T  41713963 tccaagtttatcaagtttcccatggattggggaatgtgaccagtgagtttgttatatgaaaggttaagccctttgagatcatgaagctctccaataacat 41713864  T
Q  371 tcggaatctctccttcaaa 389  Q
      |||||||| || |||||    
T  41713863 ctggaatctccccatcaaa 41713845  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 104; E-Value: 1e-51
Query Start/End: Original strand, 60 - 395
Target Start/End: Original strand, 42128348 - 42128683
Alignment:
Q  60 ttgttcaggttcacatttctttgacaagggaaatccgcataatcccaagtttccttcatatgagttattggaaaatgtattgaactgttttccttgaggt 159  Q
    |||||||||| |||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| || | ||| | |||||||||||| ||   ||||||||||    
T  42128348 ttgttcaggtccacaattctttgacaagggaaatccacataaccccaagtttccttcataggaatcatttgtaaatgtattgaattgcggtccttgaggt 42128447  T
Q  160 atttctcccactagatggttatgagaaagattcaatactccaataccgttcagattgattaattctgaaggaattacaccagtgagtatatttgacgaaa 259  Q
    ||||||||||||||||||||||  |||||||  || ||| ||| |     || |||| ||||||||| |||||| ||| ||||||| | |||||| || |    
T  42128448 atttctcccactagatggttatttgaaagatctaagacttcaagaaaacccaaattgcttaattctgcaggaatcacatcagtgagcacatttgatgaga 42128547  T
Q  260 gatccaatgattccatgtttgacaagtttcctacggattgaggaataggaccggtgagtctgttatgggaaaggttaagccctttgagtgagtgaagctc 359  Q
    |||||||  |||||| ||||| ||||||||| | |||||  |||||||| ||  ||||| |||||||||||||||| || ||| | ||||  ||||||||    
T  42128548 gatccaaccattccaagtttgtcaagtttcccatggattttggaatagggccaatgagtttgttatgggaaaggttgagtcctattagtgcatgaagctc 42128647  T
Q  360 cccaataacattcggaatctctccttcaaaattgtt 395  Q
     |||| | |||| ||||| ||||||||||| |||||    
T  42128648 accaaaatcatttggaatatctccttcaaatttgtt 42128683  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 79 - 395
Target Start/End: Original strand, 41443838 - 41444154
Alignment:
Q  79 tttgacaagggaaatccgcataatcccaagtttccttcatatgagttattggaaaatgtattgaactgttttccttgaggtatttctcccactagatggt 178  Q
    |||||||| |||| ||| || |||||  |||||||  |||| || | ||||||||| ||||  ||||| | ||||  || |||| ||||  | |||||||    
T  41443838 tttgacaatggaagtccacacaatccatagtttcccacataggaatcattggaaaaggtatcaaactgctctcctctagctattgctccttcaagatggt 41443937  T
Q  179 tatgagaaagattcaatactccaataccgttcagattgattaattctgaaggaattacaccagtgagtatatttgacgaaagatccaatgattccatgtt 278  Q
    | ||||| | |||||| ||| ||| |  ||| | |||| |||| |||| ||||||   ||||||||| |||||||| || ||||||| |||||| |||||    
T  41443938 tttgagagatattcaaaactgcaagatagtttaaattggttaactctgtaggaatcctaccagtgagcatatttgaggagagatccattgattcgatgtt 41444037  T
Q  279 tgacaagtttcctacggattgaggaataggaccggtgagtctgttatgggaaaggttaagccctttgagtgagtgaagctccccaataacattcggaatc 378  Q
    |  ||| ||||| | |||||||||||| | ||| || ||| | || ||||||||||| || ||| ||| ||  |||||||| ||||||||||| |||||     
T  41444038 tatcaaatttccaaaggattgaggaatcgcaccagtaagtttattgtgggaaaggttgagtcctatgattgcatgaagctcaccaataacatttggaatg 41444137  T
Q  379 tctccttcaaaattgtt 395  Q
    ||||||||||| |||||    
T  41444138 tctccttcaaatttgtt 41444154  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 1 - 42
Target Start/End: Original strand, 42128290 - 42128331
Alignment:
Q  1 ttccatccaaatccaaatttctcttcactccaaaggttgttg 42  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||  |||||||    
T  42128290 ttccatccaaatctaaatttctcttcactccaagagttgttg 42128331  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 143; Significance: 7e-75; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 143; E-Value: 7e-75
Query Start/End: Original strand, 2 - 395
Target Start/End: Complemental strand, 25523711 - 25523315
Alignment:
Q  2 tccatccaaatccaaatttctcttcactccaaaggtt---gttgggtggaagcggagaatgttgttcaggttcacatttctttgacaagggaaatccgca 98  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||   |||||||| | | ||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||| ||    
T  25523711 tccatccaaatccaaatttctcttcactccaaaagtttttgttgggtgaaggtggagaatgttgttcaagtccacatctctttgacaagggaaatccaca 25523612  T
Q  99 taatcccaagtttccttcatatgagttattggaaaatgtattgaactgttttccttgaggtatttctcccactagatggttatgagaaagattcaatact 198  Q
    ||| ||||||||||||||||| || | ||| | |||||| ||||| || ||||||  ||||||||||||||| | ||||||||  ||||||||||  |||    
T  25523611 taaccccaagtttccttcataggaatcatttgtaaatgtgttgaattgctttcctctaggtatttctcccaccaaatggttattggaaagattcatgact 25523512  T
Q  199 ccaataccgttcagattgattaattctgaaggaattacaccagtgagtatatttgacgaaagatccaatgattccatgtttgacaagtttcctacggatt 298  Q
     ||| |  ||| | |||| ||||||| | |||||| ||||| || |  |||||    ||||||||||  ||||||| || || ||||||||||| |||||    
T  25523511 tcaagaaagtttaaattggttaattccgcaggaatcacaccggttaacatattcagggaaagatccagagattccaagtatgtcaagtttcctatggatt 25523412  T
Q  299 gaggaataggaccggtgagtctgttatgggaaaggttaagccctttgagtgagtgaagctccccaataacattcggaatctctccttcaaaattgtt 395  Q
      |||||| ||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||  |||||||| |||||| |||| ||||||||||||||||| |||||    
T  25523411 tgggaatatgaccggtaagtctgttgtgggaaaggttaagccctttgagtgcatgaagctctccaatagcatttggaatctctccttcaaatttgtt 25523315  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 71; E-Value: 6e-32
Query Start/End: Original strand, 189 - 395
Target Start/End: Original strand, 24140433 - 24140639
Alignment:
Q  189 attcaatactccaataccgttcagattgattaattctgaaggaattacaccagtgagtatatttgacgaaagatccaatgattccatgtttgacaagttt 288  Q
    |||||| ||| ||| || ||||| |||| ||||||| |||||||| || || || |  |||||||| ||||||| ||| ||||||| || || ||| |||    
T  24140433 attcaagacttcaagactgttcatattggttaattccgaaggaatcacgccggttaacatatttgatgaaagattcaaagattccaagtatgtcaacttt 24140532  T
Q  289 cctacggattgaggaataggaccggtgagtctgttatgggaaaggttaagccctttgagtgagtgaagctccccaataacattcggaatctctccttcaa 388  Q
    || | |||||| |||||| |||| || |||||||||||||||||||||| |||||||||||  |||||||| || ||| |||| ||||||||||||||||    
T  24140533 ccgatggattggggaatatgaccagtaagtctgttatgggaaaggttaatccctttgagtgcatgaagctctccgatagcatttggaatctctccttcaa 24140632  T
Q  389 aattgtt 395  Q
    | |||||    
T  24140633 atttgtt 24140639  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 131; Significance: 1e-67; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 131; E-Value: 1e-67
Query Start/End: Original strand, 1 - 395
Target Start/End: Original strand, 8522518 - 8522912
Alignment:
Q  1 ttccatccaaatccaaatttctcttcactccaaaggttgttgggtggaagcggagaatgttgttcaggttcacatttctttgacaagggaaatccgcata 100  Q
    |||||||||||| |||| ||||||||||| |||| |||||||| || | | | |||||||||||||||| ||||  | ||||||||||| ||||| ||||    
T  8522518 ttccatccaaattcaaacttctcttcactgcaaaagttgttggctgaaggtgcagaatgttgttcaggtccacacatttttgacaagggtaatccacata 8522617  T
Q  101 atcccaagtttccttcatatgagttattggaaaatgtattgaactgttttccttgaggtatttctcccactagatggttatgagaaagattcaatactcc 200  Q
    |  |||||||||||||||| || | ||| | |||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||| ||| | ||||  ||||||| ||| ||| |    
T  8522618 aatccaagtttccttcataagaatcatttgtaaatgtattgaattgctttccctgaggtatttctcccacaagacgattattggaaagatccaagacttc 8522717  T
Q  201 aataccgttcagattgattaattctgaaggaattacaccagtgagtatatttgacgaaagatccaatgattccatgtttgacaagtttcctacggattga 300  Q
    || || ||| |||||| |||||||  ||||||| ||| | || |  |||||||| ||||||||||| ||||||| || || ||||||||||| |||||      
T  8522718 aagactgttaagattggttaattccaaaggaatcacatcggttaacatatttgaggaaagatccaaagattccaagtatgtcaagtttcctatggatttg 8522817  T
Q  301 ggaataggaccggtgagtctgttatgggaaaggttaagccctttgagtgagtgaagctccccaataacattcggaatctctccttcaaaattgtt 395  Q
    |||||| |||| || ||||||||||||||||||||||||||| ||| ||  |||||||| |||||||  || |||||||| |||||||| |||||    
T  8522818 ggaatatgacctgtaagtctgttatgggaaaggttaagccctatgattgcatgaagctcaccaataatctttggaatctcgccttcaaatttgtt 8522912  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 129; Significance: 1e-66; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 129; E-Value: 1e-66
Query Start/End: Original strand, 1 - 395
Target Start/End: Original strand, 11117552 - 11117952
Alignment:
Q  1 ttccatccaaatccaaatttctcttcactccaa-----ag-gttgttgggtggaagcggagaatgttgttcaggttcacatttctttgacaagggaaatc 94  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||     || |||||||| || | | |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||    
T  11117552 ttccatccaaatccaaatttctcttcattccaagaggaagagttgttggctgaaggtggagaatgttgttcaggtccacatttctttgacaagggtaatc 11117651  T
Q  95 cgcataatcccaagtttccttcatatgagttattggaaaatgtattgaactgttttccttgaggtatttctcccactagatggttatgagaaagattcaa 194  Q
    | ||||| ||  | ||||||||||| || | ||| | |||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| ||  ||    
T  11117652 cacataaccctgaatttccttcataggaatcatttgtaaatgtattgaattgctttccttgaggtatttctcccactagatggttatttgaaatatctaa 11117751  T
Q  195 tactccaataccgttcagattgattaattctgaaggaattacaccagtgagtatatttgacgaaagatccaatgattccatgtttgacaagtttcctacg 294  Q
     ||| ||| |  |  || |||| ||||||||| |||||| ||||  || |  |||||||| ||||||||||| ||||||| || || ||||||||||| |    
T  11117752 gacttcaagaaagcccaaattggttaattctgcaggaatcacactggttaacatatttgatgaaagatccaaagattccaagtatgccaagtttcctatg 11117851  T
Q  295 gattgaggaataggaccggtgagtctgttatgggaaaggttaagccctttgagtgagtgaagctccccaataacattcggaatctctccttcaaaattgt 394  Q
    || |  |||||| |||| || ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||  |||||||| |||||| |||| | ||||||||||||||| ||||    
T  11117852 gagttgggaatatgaccagtaagtctgttacgggaaagattaagccctttgagtgcatgaagctctccaatagcatttgtaatctctccttcaaatttgt 11117951  T
Q  395 t 395  Q
    |    
T  11117952 t 11117952  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 129; Significance: 1e-66; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 129; E-Value: 1e-66
Query Start/End: Original strand, 1 - 395
Target Start/End: Complemental strand, 11995079 - 11994681
Alignment:
Q  1 ttccatccaaatccaaatttctcttcactccaaagg---ttgttgggtggaagcggagaatgttgttcaggttcacatttctttgacaagggaaatccgc 97  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||| |   |||||||||| | | |||||| ||||||||||| | || |||||||||||||||||| | |    
T  11995079 ttccatccaaatccaaatttctcttcactcgaaaagctgttgttgggtgaaggtggagaacgttgttcaggtccgcacttctttgacaagggaaattcac 11994980  T
Q  98 ataatcccaagtttccttcatatgagttattggaaaatgtat-tgaactgttttccttgaggtatttctcccactagatggttatgagaaagattcaata 196  Q
    ||||  ||||||||||| ||||||| | ||| |||||||| |  ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||  ||||  |  || |    
T  11994979 ataactccaagtttcctacatatgaatcatttgaaaatgtctcggaactgttttcctcgaggtatttctcccactagatggttattggaaaagtctaaaa 11994880  T
Q  197 ctccaataccgttcagattgattaattctgaaggaattacaccagtgagtatatttgacgaaagatccaatgattccatgtttgacaagtttcctacgga 296  Q
    || ||| |  |  || |||| |||||| ||  ||||| ||| ||||||| |||||||| || |||||||   |||||| ||||| ||||||||| | |||    
T  11994879 ctgcaagaaagcccaaattggttaattttgctggaatcacatcagtgagcatatttgatgagagatccagccattccaagtttgtcaagtttcccatgga 11994780  T
Q  297 ttgaggaataggaccggtgagtctgttatgggaaaggttaagccctttgagtgagtgaagctccccaataacattcggaatctctccttcaaaattgtt 395  Q
    ||  |||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||| | ||||  ||||||||  |||||||||| ||||||||||||||||| |||||    
T  11994779 tttgggaataggaccaatgagtctgttatgggaaaggttaagccctataagtgcttgaagctcatcaataacatttggaatctctccttcaaatttgtt 11994681  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 124; E-Value: 1e-63
Query Start/End: Original strand, 1 - 395
Target Start/End: Original strand, 12247851 - 12248248
Alignment:
Q  1 ttccatccaaatccaaatttctcttcactccaaaggttgttgg---gtggaagcggagaatgttgttcaggttcacatttctttgacaagggaaatccgc 97  Q
    ||||||||||||||||||||| | || ||||||| | |||||    ||| | |  |||||| |||||||||| |||| |||||||||||||||||||| |    
T  12247851 ttccatccaaatccaaatttcgcgtcgctccaaaagctgttgttaagtgaaggttgagaatattgttcaggtccacacttctttgacaagggaaatccac 12247950  T
Q  98 ataatcccaagtttccttcatatgagttattggaaaatgtattgaactgttttccttgaggtatttctcccactagatggttatgagaaagattcaatac 197  Q
    ||||  ||||||||||| ||||||| | ||| |||||||| | ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||  ||||  |  || ||    
T  12247951 ataactccaagtttcctacatatgaatcatttgaaaatgtctcgaactgttttcctcgaggtatttctcccactagatggttattggaaaagtctaaaac 12248050  T
Q  198 tccaataccgttcagattgattaattctgaaggaattacaccagtgagtatatttgacgaaagatccaatgattccatgtttgacaagtttcctacggat 297  Q
    | ||| |  |  || |||| |||||| ||  ||||| ||| ||||||| |||||||| || |||||||   |||||| ||||| ||||||||| | ||||    
T  12248051 tgcaagaaagcccaaattggttaattttgctggaatcacatcagtgagcatatttgatgagagatccagccattccaagtttgtcaagtttcccatggat 12248150  T
Q  298 tgaggaataggaccggtgagtctgttatgggaaaggttaagccctttgagtgagtgaagctccccaataacattcggaatctctccttcaaaattgtt 395  Q
    |  |||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||| | ||||  ||||||||  |||||||||| ||||||||||||||||| |||||    
T  12248151 ttgggaataggaccaatgagtctgttatgggaaaggttaagccctataagtgcttgaagctcatcaataacatttggaatctctccttcaaatttgtt 12248248  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 294 - 389
Target Start/End: Complemental strand, 32682304 - 32682203
Alignment:
Q  294 ggattgaggaataggaccggtgagtctgttatgggaaaggttaagccc------tttgagtgagtgaagctccccaataacattcggaatctctccttca 387  Q
    |||||| |||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||      | ||||||  ||||||||||||||| |||| |||||||||||||||    
T  32682304 ggattggggaatatgatcggtgagtctgttatgggaaaggttaagccctctgattctgagtgcatgaagctccccaatagcatttggaatctctccttca 32682205  T
Q  388 aa 389  Q
    ||    
T  32682204 aa 32682203  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University