View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16058_low_13 (Length: 383)

Name: NF16058_low_13
Description: NF16058
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16058_low_13
NF16058_low_13
[»] chr5 (9 HSPs)
chr5 (21-365)||(34233307-34233651)
chr5 (21-365)||(34241080-34241424)
chr5 (21-329)||(42122748-42123056)
chr5 (44-351)||(42116975-42117285)
chr5 (21-329)||(42128143-42128450)
chr5 (21-362)||(41618172-41618513)
chr5 (21-362)||(41572533-41572874)
chr5 (154-365)||(41714170-41714381)
chr5 (21-114)||(41714072-41714165)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (21-329)||(11117405-11117719)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (21-321)||(8522379-8522679)
[»] chr2 (5 HSPs)
chr2 (21-351)||(11994914-11995248)
chr2 (21-351)||(12247682-12248015)
chr2 (194-308)||(32682381-32682495)
chr2 (54-278)||(9423281-9423506)
chr2 (135-170)||(32682349-32682384)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (21-351)||(25523548-25523881)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 321; Significance: 0; HSPs: 9)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 321; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 21 - 365
Target Start/End: Original strand, 34233307 - 34233651
Alignment:
Q  21 aatacctcaaggaaagcaattccatacatttacaaatgattcttataaagggaacttggggttatgtggattacccttgtcaaagaaatgtggaccggaa 120  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34233307 aatacctcaaggaaagcaattcaatacatttacaaatgattcttataaagggaacttggggttatgtggattacccttgtcaaagaaatgtggaccggaa 34233406  T
Q  121 caacattctccaccttcagccaacaacttttggagtgaagagaaatttggctttagatggaaaccagtggcaattggttatggatgtggatttgtgtttg 220  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34233407 caacattctccaccttcagccaacaacttttggagtgaagagaaatttggctttggatggaaaccagtggcaattggttatggatgtggatttgtgtttg 34233506  T
Q  221 gaataggcattggatattatatgtttttaattggaaagcctagatggtttgtgatgatatttggtggtcatcctaagagaagagtgaataggagaacaag 320  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      
T  34233507 gaataggccttggatattatatgtttttaattggaaagcctagatggtttgtgatgatatttggtggtcatcctaagagaagagtgaataggagaacata 34233606  T
Q  321 agtgaggagaaacaatggtccaaccatgaataagatggtgcaaat 365  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  34233607 agtgaggagaaacaatggtccaaccatgaatcagatggtgcaaat 34233651  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 321; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 21 - 365
Target Start/End: Original strand, 34241080 - 34241424
Alignment:
Q  21 aatacctcaaggaaagcaattccatacatttacaaatgattcttataaagggaacttggggttatgtggattacccttgtcaaagaaatgtggaccggaa 120  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34241080 aatacctcaaggaaagcaattcaatacatttacaaatgattcttataaagggaacttggggttatgtggattacccttgtcaaagaaatgtggaccggaa 34241179  T
Q  121 caacattctccaccttcagccaacaacttttggagtgaagagaaatttggctttagatggaaaccagtggcaattggttatggatgtggatttgtgtttg 220  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34241180 caacattctccaccttcagccaacaacttttggagtgaagagaaatttggctttggatggaaaccagtggcaattggttatggatgtggatttgtgtttg 34241279  T
Q  221 gaataggcattggatattatatgtttttaattggaaagcctagatggtttgtgatgatatttggtggtcatcctaagagaagagtgaataggagaacaag 320  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      
T  34241280 gaataggccttggatattatatgtttttaattggaaagcctagatggtttgtgatgatatttggtggtcatcctaagagaagagtgaataggagaacata 34241379  T
Q  321 agtgaggagaaacaatggtccaaccatgaataagatggtgcaaat 365  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  34241380 agtgaggagaaacaatggtccaaccatgaatcagatggtgcaaat 34241424  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 209; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 21 - 329
Target Start/End: Complemental strand, 42123056 - 42122748
Alignment:
Q  21 aatacctcaaggaaagcaattccatacatttacaaatgattcttataaagggaacttggggttatgtggattacccttgtcaaagaaatgtggaccggaa 120  Q
    |||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| ||| |||| || |  |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||    
T  42123056 aatacctcaaggaaagcagttcaatacatttacaaatgattcctatgaaggaaattcagggttatgtggattacccttgtcaaaaaaatgtggacctgaa 42122957  T
Q  121 caacattctccaccttcagccaacaacttttggagtgaagagaaatttggctttagatggaaaccagtggcaattggttatggatgtggatttgtgtttg 220  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||| | ||| |||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||    
T  42122956 caacattctccaccttcagccaagaactcttggagtgaagagaaatttagatttggatggaaaccagtggcgattggatatggatgtggatttgtgattg 42122857  T
Q  221 gaataggcattggatattatatgtttttaattggaaagcctagatggtttgtgatgatatttggtggtcatcctaagagaagagtgaataggagaacaag 320  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||  ||||||||||||||||  |||||||||||    
T  42122856 gaatatgcattggatattatatgtttttaattggaaagcctagatggcttgtcatgatatttggtggtccgcctaagagaagagtgacaaggagaacaag 42122757  T
Q  321 agtgaggag 329  Q
    |||||||||    
T  42122756 agtgaggag 42122748  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 181; E-Value: 1e-97
Query Start/End: Original strand, 44 - 351
Target Start/End: Complemental strand, 42117285 - 42116975
Alignment:
Q  44 atacatttacaaatgattcttataaagggaacttggggttatgtggattacccttgtcaaagaaatgtggaccggaacaacattctccaccttcagccaa 143  Q
    |||||||| |||||||||| || ||||| |||||||| ||||||||||| || ||||||||||  |||||||| ||||| |||||||||  |||||||||    
T  42117285 atacatttccaaatgattcctacaaaggaaacttgggtttatgtggatttccgttgtcaaagatttgtggacctgaacatcattctccaatttcagccaa 42117186  T
Q  144 caac---ttttggagtgaagagaaatttggctttagatggaaaccagtggcaattggttatggatgtggatttgtgtttggaataggcattggatattat 240  Q
    ||||   ||||| ||||||||||||||||| ||| |||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |    
T  42117185 caacagcttttgcagtgaagagaaatttggatttggatggaaagcagtggcaattggatatggatgtggatttgtgattggaataggcattggatatttt 42117086  T
Q  241 atgtttttaattggaaagcctagatggtttgtgatgatatttggtggtcatcctaagagaagagtgaataggagaacaagagtgaggagaaacaatggtc 340  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||| |||| || ||| |||||     
T  42117085 atgtttttaattggaaagcctagatggattgtgatgatatttggtggtcagcctaagagaagagtgaaaagaagaacaagaatgagaaggaaccatggta 42116986  T
Q  341 caaccatgaat 351  Q
    |||||||||||    
T  42116985 caaccatgaat 42116975  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 171; E-Value: 1e-91
Query Start/End: Original strand, 21 - 329
Target Start/End: Complemental strand, 42128450 - 42128143
Alignment:
Q  21 aatacctcaaggaaagcaattccatacatttacaaatgattcttataaagggaacttggggttatgtggattacccttgtcaaagaaatgtggaccggaa 120  Q
    |||||||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||| ||| |||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||    
T  42128450 aatacctcaaggaccgcaattcaatacatttacaaatgattcctatgaaggaaacttggggttatgtggatttcccttgtcaaagaattgtggacctgaa 42128351  T
Q  121 caacattctccacct-tcagccaacaacttttggagtgaagagaaatttggctttagatggaaaccagtggcaattggttatggatgtggatttgtgttt 219  Q
    |||  |||  ||  | |  | |||||||| ||||||||||||||||||| | ||| |||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| ||    
T  42128350 caa--ttccacaattctttgacaacaactcttggagtgaagagaaatttagatttggatggaaaccagtggcgattggatatggatgtggatttgtgatt 42128253  T
Q  220 ggaataggcattggatattatatgtttttaattggaaagcctagatggtttgtgatgatatttggtggtcatcctaagagaagagtgaataggagaacaa 319  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||  ||||||||||    
T  42128252 ggaataggcattggatattatatgtttttaattgaaaagtctagatggcttgttatgatatttggtggtcagcctaagagaagagtgacaaggagaacaa 42128153  T
Q  320 gagtgaggag 329  Q
    ||||||||||    
T  42128152 gagtgaggag 42128143  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 146; E-Value: 8e-77
Query Start/End: Original strand, 21 - 362
Target Start/End: Original strand, 41618172 - 41618513
Alignment:
Q  21 aatacctcaaggaaagcaattccatacatttacaaatgattcttataaagggaacttggggttatgtggattacccttgtcaaagaaatgtggaccggaa 120  Q
    ||||||||||||||| || ||| |||||||| | ||||| || ||| |||| |||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||| ||| |||    
T  41618172 aatacctcaaggaaaacagttcaatacattttccaatgactcatatgaaggaaacttgggattatgcggatttcccttgtcaaagaaatgtgaacctgaa 41618271  T
Q  121 caacattctccaccttcagccaacaacttttggagtgaagagaaatttggctttagatggaaaccagtggcaattggttatggatgtggatttgtgtttg 220  Q
    ||||||||||| | | || |||||||| |||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| ||||| |||||||||||| | ||  |||    
T  41618272 caacattctccgcttccacccaacaacctttggagtgaagagaaatttggatttggatggaaaccagtggctattggatatggatgtggaatggttattg 41618371  T
Q  221 gaataggcattggatattatatgtttttaattggaaagcctagatggtttgtgatgatatttggtggtcatcctaagagaagagtgaataggagaacaag 320  Q
    |||||||| |||||| || | |||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||  |||| ||||| ||||||  ||||||||  ||||| |||||    
T  41618372 gaataggccttggatgttttgtgttgttaattggaaagcctagatggcttgtgatgatggttggaggtcaacctaagcaaagagtgacaaggagcacaag 41618471  T
Q  321 agtgaggagaaacaatggtccaaccatgaataagatggtgca 362  Q
    |||||||||||   ||||  ||||||||||| |||| |||||    
T  41618472 agtgaggagaactcatggctcaaccatgaattagatagtgca 41618513  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 134; E-Value: 1e-69
Query Start/End: Original strand, 21 - 362
Target Start/End: Original strand, 41572533 - 41572874
Alignment:
Q  21 aatacctcaaggaaagcaattccatacatttacaaatgattcttataaagggaacttggggttatgtggattacccttgtcaaagaaatgtggaccggaa 120  Q
    ||||||||||||||| || ||| |||||||| | ||||| || ||| |||| |||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||| ||| |||    
T  41572533 aatacctcaaggaaaacagttcaatacattttccaatgactcatatgaaggaaacttgggattatgcggatttcccttgtcaaagaaatgtgaacctgaa 41572632  T
Q  121 caacattctccaccttcagccaacaacttttggagtgaagagaaatttggctttagatggaaaccagtggcaattggttatggatgtggatttgtgtttg 220  Q
    ||||||||||| | | || |||||||| |||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| ||||| |||||||||||| | ||  |||    
T  41572633 caacattctccgcttccacccaacaacctttggagtgaagagaaatttggatttggatggaaaccagtggctattggatatggatgtggaatggttattg 41572732  T
Q  221 gaataggcattggatattatatgtttttaattggaaagcctagatggtttgtgatgatatttggtggtcatcctaagagaagagtgaataggagaacaag 320  Q
    |||||||| |||||| || | |||| ||||  ||||||||||||||| ||||||||||  |||| ||||| ||||||  |||||| |  ||||| | |||    
T  41572733 gaataggccttggatgttttgtgttgttaaccggaaagcctagatggcttgtgatgatggttggaggtcaacctaagcaaagagttacaaggaggataag 41572832  T
Q  321 agtgaggagaaacaatggtccaaccatgaataagatggtgca 362  Q
    |||||||||||   ||||  ||||||||||| ||||||||||    
T  41572833 agtgaggagaattcatggctcaaccatgaattagatggtgca 41572874  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 116; E-Value: 6e-59
Query Start/End: Original strand, 154 - 365
Target Start/End: Original strand, 41714170 - 41714381
Alignment:
Q  154 agtgaagagaaatttggctttagatggaaaccagtggcaattggttatggatgtggatttgtgtttggaataggcattggatattatatgtttttaattg 253  Q
    |||| |||||||||||| ||| |||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| |||||||| || |    
T  41714170 agtgcagagaaatttggatttggatggaaagcagtggcaattggatatggatgtggatttgtgattggaataggcattgggtattacatgtttttgatcg 41714269  T
Q  254 gaaagcctagatggtttgtgatgatatttggtggtcatcctaagagaagagtgaataggagaacaagagtgaggagaaacaatggtccaaccatgaataa 353  Q
    |||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| |||||||||| |||||   ||||||||||| ||||||| | ||||||| |||||||||||      
T  41714270 gaaagcctagatggcttgtcatgatatttggtggtcagcctaagagaatagtgacagggagaacaagaatgaggaggaccaatggttcaaccatgaatcg 41714369  T
Q  354 gatggtgcaaat 365  Q
     |||||||||||    
T  41714370 aatggtgcaaat 41714381  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 21 - 114
Target Start/End: Original strand, 41714072 - 41714165
Alignment:
Q  21 aatacctcaaggaaagcaattccatacatttacaaatgattcttataaagggaacttggggttatgtggattacccttgtcaaagaaatgtgga 114  Q
    |||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| ||| |||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||    
T  41714072 aatacctcaaggaaagcagttcaatacatttacaaatgattcctatgaaggaaacttggggttatgtggatttcccttgtccaagaattgtgga 41714165  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 204; Significance: 1e-111; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 204; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 21 - 329
Target Start/End: Complemental strand, 11117719 - 11117405
Alignment:
Q  21 aatacctcaaggaaagcaattccatacatttacaaatgattcttataaagggaacttggggttatgtggattacccttgtcaaagaaatgtggaccggaa 120  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| |||| || |  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  11117719 aatacctcaaggaaagcaattcaatacatttacaaatgattcctatgaaggaaattcagggttatgtggattacccttgtcaaagaaatgtggacctgaa 11117620  T
Q  121 caacattctccaccttcagccaacaactttt------ggagtgaagagaaatttggctttagatggaaaccagtggcaattggttatggatgtggatttg 214  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||      ||| ||||||||||||||| ||| |||||||| ||||||||||||| |||| |||||||||||    
T  11117619 caacattctccaccttcagccaacaactcttcctcttggaatgaagagaaatttggatttggatggaaagcagtggcaattggatatgcatgtggatttg 11117520  T
Q  215 tgtttggaataggcattggatattatatgtttttaattggaaagcctagatggtttgtgatgatatttggtggtcatcctaagagaagagtgaataggag 314  Q
    || |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||  |||||    
T  11117519 tgattggaataagcattggatattatatgtttttaattggaaagcctagatggcttgtcatgatatttggtggtcagcctaagagaagagtgacaaggag 11117420  T
Q  315 aacaagagtgaggag 329  Q
    |||||||||||||||    
T  11117419 aacaagagtgaggag 11117405  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 197; Significance: 1e-107; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 197; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 21 - 321
Target Start/End: Complemental strand, 8522679 - 8522379
Alignment:
Q  21 aatacctcaaggaaagcaattccatacatttacaaatgattcttataaagggaacttggggttatgtggattacccttgtcaaagaaatgtggaccggaa 120  Q
    ||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| |||||||  ||||||||||||||||||||||| |  |||||||| |||    
T  8522679 aatacctcagggaaagcaattcaatacatttacaaatgattcttatgaaggaaacttggatttatgtggattacccttgtcaaaaatgtgtggacctgaa 8522580  T
Q  121 caacattctccaccttcagccaacaacttttggagtgaagagaaatttggctttagatggaaaccagtggcaattggttatggatgtggatttgtgtttg 220  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||  ||| |||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| |||    
T  8522579 caacattctgcaccttcagccaacaacttttgcagtgaagagaagtttgaatttggatggaaaccagtggcaattggatacggatgtggatttgtgattg 8522480  T
Q  221 gaataggcattggatattatatgtttttaattggaaagcctagatggtttgtgatgatatttggtggtcatcctaagagaagagtgaataggagaacaag 320  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||| || || |||||    
T  8522479 gaataggcattggatattatatgtttttaattggaaagcctagatggcttgtcatgatatttggtggtcagcctaagaggagagtgaaaagaaggacaag 8522380  T
Q  321 a 321  Q
    |    
T  8522379 a 8522379  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 181; Significance: 1e-97; HSPs: 5)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 181; E-Value: 1e-97
Query Start/End: Original strand, 21 - 351
Target Start/End: Original strand, 11994914 - 11995248
Alignment:
Q  21 aatacctcaaggaaagcaattcc-atacatttacaaatgattcttataaagggaacttggggttatgtggattacccttgtcaaagaaatgtggaccgga 119  Q
    |||||||| |||||| || |||| | |||||| |||||||||| |||  ||| ||||||| |||||||| ||| |||||||||||||| || ||||| ||    
T  11994914 aatacctcgaggaaaacagttccgagacattttcaaatgattcatatgtaggaaacttggagttatgtgaatttcccttgtcaaagaagtgcggacctga 11995013  T
Q  120 acaacattctccaccttcagccaacaac---ttttggagtgaagagaaatttggctttagatggaaaccagtggcaattggttatggatgtggatttgtg 216  Q
    ||||| ||||||||||||| ||||||||   |||| |||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  11995014 acaacgttctccaccttcacccaacaacagcttttcgagtgaagagaaatttggatttggatggaaaccagtggcaattggatatggatgtggatttgtg 11995113  T
Q  217 tttggaataggcattggatattatatgtttttaattggaaagcctagatggtttgtgatgatatttggtggtcatcctaagagaagagtgaataggagaa 316  Q
     ||||||||||| | ||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||    
T  11995114 attggaataggcctcggatattgtatgtttttaattggaaagcctagatggcttgtgatgatatttggtggtcagcctaaaagaagagtgaaaaggagaa 11995213  T
Q  317 caagagtgaggagaaacaatggtccaaccatgaat 351  Q
    |||||||||| || ||| ||||| |||||||||||    
T  11995214 caagagtgagtaggaaccatggtgcaaccatgaat 11995248  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 168; E-Value: 6e-90
Query Start/End: Original strand, 21 - 351
Target Start/End: Complemental strand, 12248015 - 12247682
Alignment:
Q  21 aatacctcaaggaaagcaattccatacatttacaaatgattcttataaagggaacttggggttatgtggattacccttgtcaaagaaatgtggaccggaa 120  Q
    |||||||| |||||| || ||| | |||||| |||||||||| |||  ||| ||||||| |||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||    
T  12248015 aatacctcgaggaaaacagttcgagacattttcaaatgattcatatgtaggaaacttggagttatgtggatttcccttgtcaaagaagtgtggacctgaa 12247916  T
Q  121 caacattctccaccttca---gccaacaacttttggagtgaagagaaatttggctttagatggaaaccagtggcaattggttatggatgtggatttgtgt 217  Q
    ||| |||||| |||||||     ||||| ||||||||| || | ||||||||| ||| |||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||     
T  12247915 caatattctcaaccttcacttaacaacagcttttggagcgacgcgaaatttggatttggatggaaaccggtggcaattggatatggatgtggatttgtga 12247816  T
Q  218 ttggaataggcattggatattatatgtttttaattggaaagcctagatggtttgtgatgatatttggtggtcatcctaagagaagagtgaataggagaac 317  Q
    ||||||||||| | ||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||    
T  12247815 ttggaataggcctcggatattgtatgtttttaattggaaagcctagatggcttgtgatgatatttggtggtcagcctaaaagaagagtgaaaaggagaac 12247716  T
Q  318 aagagtgaggagaaacaatggtccaaccatgaat 351  Q
    ||||||||| || ||| ||||| |||||||||||    
T  12247715 aagagtgagtaggaaccatggtgcaaccatgaat 12247682  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 91; E-Value: 5e-44
Query Start/End: Original strand, 194 - 308
Target Start/End: Original strand, 32682381 - 32682495
Alignment:
Q  194 ttggttatggatgtggatttgtgtttggaataggcattggatattatatgtttttaattggaaagcctagatggtttgtgatgatatttggtggtcatcc 293  Q
    |||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||    
T  32682381 ttggatatggatgtggatttgtgattggaataggcattggatactttatgtttttaattggaaagcctagatggcttgtgatgataattggtggtcatcc 32682480  T
Q  294 taagagaagagtgaa 308  Q
    |||||||||||||||    
T  32682481 taagagaagagtgaa 32682495  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 54 - 278
Target Start/End: Original strand, 9423281 - 9423506
Alignment:
Q  54 aaatgattcttataaagggaacttggggttatgtggattacccttgtcaaagaaatgtggaccggaacaacattctccaccttcagccaacaactt---t 150  Q
    |||||||| |||| |||| |||| |||||||||  |||| ||||||| || ||||||||||||  ||| | ||||| || ||||| ||||||| ||   |    
T  9423281 aaatgatttttatgaaggaaactgggggttatg--gatttcccttgtaaatgaaatgtggacctaaacgaaattctacaacttcacccaacaaattatat 9423378  T
Q  151 tggagtgaagagaaatttggctttagatggaaaccagtggcaattggttatggatgtggatttgtgtttggaataggcattggatattatatgtttttaa 250  Q
    || | ||||||||||||||| ||| |||||||| ||||||||||||| |||||||||||| | ||| |||||| |||| |||||| || |||| | ||||    
T  9423379 tgcaatgaagagaaatttggatttggatggaaatcagtggcaattggatatggatgtggaatggtgcttggaaaaggccttggatgttgtatgctgttaa 9423478  T
Q  251 ttggaaagcctagatggtttgtgatgat 278  Q
    |||||||||||||||||  |||||||||    
T  9423479 ttggaaagcctagatggcctgtgatgat 9423506  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000009
Query Start/End: Original strand, 135 - 170
Target Start/End: Original strand, 32682349 - 32682384
Alignment:
Q  135 ttcagccaacaacttttggagtgaagagaaatttgg 170  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  32682349 ttcagccaacaactttcggagtgaagagaaatttgg 32682384  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 172; Significance: 2e-92; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 172; E-Value: 2e-92
Query Start/End: Original strand, 21 - 351
Target Start/End: Original strand, 25523548 - 25523881
Alignment:
Q  21 aatacctcaaggaaagcaattccatacatttacaaatgattcttataaagggaacttggggttatgtggattacccttgtcaaagaaatgtggaccggaa 120  Q
    |||||||  ||||||||||||| | ||||||||||||||||| ||| |||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||  |||    
T  25523548 aatacctagaggaaagcaattcaacacatttacaaatgattcctatgaaggaaacttggggttatgtggatttcccttgtcaaagagatgtggacttgaa 25523647  T
Q  121 caacattctccaccttcagccaacaa---cttttggagtgaagagaaatttggctttagatggaaaccagtggcaattggttatggatgtggatttgtgt 217  Q
    |||||||||||||||||| |||||||   |||||||||||||||||||||||| ||| |||||| ||| |||| |||||| ||||||||||||||| ||     
T  25523648 caacattctccaccttcacccaacaaaaacttttggagtgaagagaaatttggatttggatggataccggtggtaattggatatggatgtggatttctga 25523747  T
Q  218 ttggaataggcattggatattatatgtttttaattggaaagcctagatggtttgtgatgatatttggtggtcatcctaagagaagagtgaataggagaac 317  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| ||||||||||  ||||| |  || ||    
T  25523748 ttggaataggcattggatattgtatgtttttagttggaaagcctagatggcttgtgatgatatttggcggtcagcctaagagaaaggtgaaaaaaaggac 25523847  T
Q  318 aagagtgaggagaaacaatggtccaaccatgaat 351  Q
    |||| ||||||| ||  ||||| || ||||||||    
T  25523848 aagaatgaggaggaatcatggtacagccatgaat 25523881  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University