View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1605_high_1 (Length: 1008)

Name: NF1605_high_1
Description: NF1605
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1605_high_1
NF1605_high_1
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (8-991)||(7305080-7306061)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (699-794)||(14126932-14127027)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 836; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 836; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 991
Target Start/End: Complemental strand, 7306061 - 7305080
Alignment:
Q  8 gattattctaatgtactgaagattccaaattcctaacattttcaatgttctgattagtttatgtccaatgcagtatactaattatatttatcttaatagt 107  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  7306061 gattattctaatgtactgaacattccaaattcctaacattttcaatgttctgattagtttatgtccaatgcagtatactaattataattatcttaatagt 7305962  T
Q  108 tcataagtcatcttgctattttagtttgacaactgattttgattcaacttactgctttccattgtgttatgatgttaatgtcatatgnnnnnnnngccta 207  Q
    ||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        |||||    
T  7305961 tcatgggtcatcttgctattttagtttgacaactgattttgattcaacttactgctttccattgtgttatgatgttaatgtcatatgttttttttgccta 7305862  T
Q  208 gcttggtaaagcaacggcatcccgatacaatatgtgatgtggtttaatgattgaaatttggtttaagtcaaaaattacacttgtcaatggatatttttga 307  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7305861 gcttggtaaagcaacggcatcccgatacaatatgtgatgtggttaaatgattgaaatttggtttaagtcaaaaattacacttgtcaatggatatttttga 7305762  T
Q  308 gagatagtgtcaat---ggatcttatctcatataaaatttatgataacaatgtgtacgaattaaaatcgtttttcgttatgtaaagaaaaaataatagct 404  Q
    ||||||||||||||   |||||||||||||||  |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7305761 gagatagtgtcaataatggatcttatctcata--aaatttatgataacaatgtgtatgaattaaaatcgtttttcgttatgtaaagaaaaaataatagct 7305664  T
Q  405 aacatcatggggtcagataggttatgggtacatgaaattatttgggcgttccatccatgattggtataagcaaatcagccacatttaaatttatcatgga 504  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7305663 aacatcatggggtcagataggttatgggtacatgaaattatttgggtgttccatccatgattggtataagcaaatcagccacatttaaatttatcatgga 7305564  T
Q  505 tcgagtttgggctaagataaattcttggagtggtcgatgtctttcagaggcagaaagggaagttcttataaaattcgtcattcaatcaatccctacttat 604  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  7305563 tcgagtttgggctaagataaattcttggaatagtcgatgtctttcagaggcagaaagggaagttcttataaaattcgtccttcaatcaatccctacttat 7305464  T
Q  605 gtcgtgagtaccttcttgctacctaacaccctgataaaggaaattgaaaaatatgttaaatgcattctcgtggggacacggtaatggtggtaatagaggt 704  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7305463 gtcgtgagtaccttcttgctacctaacaccctgataaaggaaattgaaaaatatgttaaatgcattctagtggggacacggtaatggtggtaatagaggt 7305364  T
Q  705 atgcactggctatcttgggaatgcctcactgttccaaaaggcttcggtggcatgggtttcaaaagtctcaaggctttcaacatggcaatgatgggcaaac 804  Q
    |||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7305363 atgcaccggctatcttgtgaatgcctcactgttccaaaaggcttcggtggcatgggtttcaaaagtctcaaggctttcaacatggcaatgatgggcaaac 7305264  T
Q  805 tggcttggatgttgctcaataacccagactctctgatcactagactactcaaagctagatattttctagctagtgannnnnnnngcctctccaagctatg 904  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        ||||||||||||||||    
T  7305263 tggcgtggatgttgctcaataacccagactctctgatcactagactactcaaagctagatattttctagctagtgattttttttgcctctccaagctatg 7305164  T
Q  905 tttggagaagcatttggtgttaaagttgtcattaaaaatggtttcaagtggagcatcggtacttcacgcactagcatcttatttggg 991  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||   ||||||||||||||||||| |||||    
T  7305163 tttggagaagcatttggtgttaaagttgtcattaaaaatggtttcaagtggagcattgg---ttcacgcactagcatcttagttggg 7305080  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 32; Significance: 0.00000002; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 699 - 794
Target Start/End: Original strand, 14126932 - 14127027
Alignment:
Q  699 agaggtatgcactggctatcttgggaatgcctcactgttccaaaaggcttcggtggcatgggtttcaaaagtctcaaggctttcaacatggcaatg 794  Q
    ||||||||||| ||| | || |||||  | ||||  ||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| || || || |||||||||    
T  14126932 agaggtatgcattggttgtcgtgggagcgactcagagttgcaaaagggttcggaggcatgggtttcaaaagtctcaaagcctttaatatggcaatg 14127027  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University