View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16066_low_1 (Length: 940)

Name: NF16066_low_1
Description: NF16066
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16066_low_1
NF16066_low_1
[»] chr4 (9 HSPs)
chr4 (15-933)||(7481632-7482550)
chr4 (16-933)||(7128589-7129506)
chr4 (15-917)||(7527767-7528669)
chr4 (16-917)||(7494050-7494951)
chr4 (16-917)||(7519717-7520618)
chr4 (16-933)||(7721863-7722780)
chr4 (363-926)||(7713922-7714486)
chr4 (532-880)||(7506351-7506699)
chr4 (449-500)||(18035190-18035241)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (398-899)||(16750270-16750769)
chr8 (75-294)||(16749929-16750148)
[»] chr3 (5 HSPs)
chr3 (391-471)||(10126928-10127008)
chr3 (391-471)||(10363787-10363867)
chr3 (391-471)||(10663526-10663606)
chr3 (449-500)||(4497228-4497279)
chr3 (449-500)||(4528479-4528530)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 603; Significance: 0; HSPs: 9)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 603; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 933
Target Start/End: Complemental strand, 7482550 - 7481632
Alignment:
Q  15 cacatttgttcacaatttccttgccaattgaccccaattcctcattctctagtttgttgtgattctcaaaagctaatcgactaaataatctacaagattg 114  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||| |||| | ||||||||||||||  |||  |||| |||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||    
T  7482550 cacattttttcacaatttccttgccaactgacacaaattcctcattctcctgttctttgtcattctcaaaagctaattgactaaataatctccaagattg 7482451  T
Q  115 tttttcatcgagaccctctaaattgaggctagaagatgtaccacttgccttggcaaccttctcacttcttgtggtgataattattttacttccttttgct 214  Q
    ||||||||| ||||||| |||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  7482450 tttttcatccagaccctttaaattgaagatagaagatgtaccacttgccttggcaaccttctcacttcttgcggtgataattattttacttccttttgct 7482351  T
Q  215 ccacctttcagcagtctcatcaattcaagccaaagatcatgatcctcattccaattgtcatccaagacaagcaaatatcttttgccttcaactgttttgc 314  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| |||  |    
T  7482350 ccgcctttcagcagtctcatcaattcaagccaaagatcacgatcctcattccaattgtcatccaagacaagcaaatatcttcttccttcaactttttcac 7482251  T
Q  315 ggagttcggattgcatttcctctatctcaccattagttttagattttgtgatctttgcagcaataactcttacattaaaatcttcagaaacacaaaccca 414  Q
    |||| ||  |||||| ||  || |||||| ||||||||||||||| | |||||||||  |||||| || |||||| |||||| |||||||||||||||||    
T  7482250 ggagctccaattgcactttatccatctcatcattagttttagattctatgatctttgatgcaataccttttacatcaaaatcatcagaaacacaaaccca 7482151  T
Q  415 ttttttcaactcaaaatgttgttgcacttttgtgtcattgtatacaagttgagcaagtgcagtctttccaagtcctccaattccaattatagaaataact 514  Q
     |||||||||| ||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  7482150 ctttttcaactgaaaatgttgttgcacttctttgtcattgtatacaagttgagcaagtgcagtctttccaagtcctccaattccaattatagaaataatt 7482051  T
Q  515 gaaacattctctttcacattgttgccagtgttaaacaacaactctatcaactttttcttctcctcatctcttccaataacttcttcctcaagaataaagg 614  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  7482050 gaaacattctctttcacattgttgccggtgttaaacaacaactctatcaactctttcttctcctcatctcttccaataacttcttcctcacgaataaagg 7481951  T
Q  615 agtgagtttctctttgtttcaaaactcgttgctcaggagtgcgatttgtaaaattaaaacttctcttattagcattaaggtcctcaattctcttacttag 714  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||| |||||| |  | |||||||  |||||||||||||||| ||    
T  7481950 agtgagtttctcgttgtttcaaaactcgttgctcaggtgtacgatttgtaaaattaaaaattctctgaccaacattaagagcctcaattctcttactaag 7481851  T
Q  715 ttccttaattttctgaaccattttaaaagaaaagagaagttggttggatgatgagaagaagatgcgaacctttttagctttcttgtgattgctcatcact 814  Q
    ||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  || ||||||||| ||||||| | || |||| |||    
T  7481850 ttccttaattttctgaaccattttgtaagaaaagagaagctggttggatgatgagaagaagatgtaaaactttttagccttcttgttactggtcatgact 7481751  T
Q  815 tgtcgcctcaggtcttccgtgttgaagtaatcgagcaagtcatcggcatcatcaagagcatctttgagattttccagccatagttgaacttcatggttgt 914  Q
    |||||||||| |||||| ||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| ||||||||    
T  7481750 tgtcgcctcaagtcttcagtgttaaagtcatcgagcaagtcatcggcatcatcaagagcatctttgagcttttccagccagagttgaacttgatggttgt 7481651  T
Q  915 tggctctctgctcctcctc 933  Q
    ||| || ||||| ||||||    
T  7481650 tggttccctgctgctcctc 7481632  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 598; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 933
Target Start/End: Original strand, 7128589 - 7129506
Alignment:
Q  16 acatttgttcacaatttccttgccaattgaccccaattcctcattctctagtttgttgtgattctcaaaagctaatcgactaaataatctacaagattgt 115  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||   ||| |||||||||||||||| ||||||||||| | |||||||||    
T  7128589 acattttttcacaatttccttgccaattgacaccaattcctcattctctagttctctgtcattctcaaaagctaattgactaaataatgtccaagattgt 7128688  T
Q  116 ttttcatcgagaccctctaaattgaggctagaagatgtaccacttgccttggcaaccttctcacttcttgtggtgataattattttacttccttttgctc 215  Q
    ||||||  |||||||| ||||   | | ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |    
T  7128689 ttttcactgagaccctttaaaaacaagatagaagatgaaccacttgccttggcaaccttctcacttcttgtggtgataattattttacttccttctgcgc 7128788  T
Q  216 cacctttcagcagtctcatcaattcaagccaaagatcatgatcctcattccaattgtcatccaagacaagcaaatatcttttgccttcaactgttttgcg 315  Q
    |  |||||| || | ||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| |||||| ||| |||    
T  7128789 cgtctttcaacaatgtcatcaattgaagccaaagatcacgatcctcattccaattgtcatccaagacaagcaaatatcttcggccatcaactttttcgcg 7128888  T
Q  316 gagttcggattgcatttcctctatctcaccattagttttagattttgtgatctttgcagcaataactcttacattaaaatcttcagaaacacaaacccat 415  Q
    |||||  ||||||||||  || |||||| ||||| ||||||||| | |||| |||||||||||| || |||||| |||||| ||||||||||||||||||    
T  7128889 gagtttcgattgcattttatccatctcaacattatttttagattctatgatttttgcagcaataccttttacatcaaaatcatcagaaacacaaacccat 7128988  T
Q  416 tttttcaactcaaaatgttgttgcacttttgtgtcattgtatacaagttgagcaagtgcagtctttccaagtcctccaattccaattatagaaataactg 515  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  7128989 tttttcaactcaaaatgttgttgcacttctttgtcattgtatacaagttgagcaagtgcagtctttccaagtcctccaattccaattatagaaataattg 7129088  T
Q  516 aaacattctctttcacattgttgccagtgttaaacaacaactctatcaactttttcttctcctcatctcttccaataacttcttcctcaagaataaagga 615  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  7129089 aaacattctctttcacattgttgccggtgttaaacaacaactctatcaactttttcttctcctcatctcttccaataacttcttcctcacgaataaagga 7129188  T
Q  616 gtgagtttctctttgtttcaaaactcgttgctcaggagtgcgatttgtaaaattaaaacttctcttattagcattaaggtcctcaattctcttacttagt 715  Q
    |||||||||||||| | ||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||   |||||||| |  ||||||| |||||||||||||||| |||    
T  7129189 gtgagtttctctttctctcaaaactcgttgctcaggtgcgcgatttgtaaaattaaagactctcttatcaaaattaagggcctcaattctcttactaagt 7129288  T
Q  716 tccttaattttctgaaccattttaaaagaaaagagaagttggttggatgatgagaagaagatgcgaacctttttagctttcttgtgattgctcatcactt 815  Q
    |||||||||||||||||||||||  ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||    
T  7129289 tccttaattttctgaaccattttgtaagaaaagagaagctggttggatgatgagaagaagatgcgaacctttttagccttcttgtgattggtcatcactt 7129388  T
Q  816 gtcgcctcaggtcttccgtgttgaagtaatcgagcaagtcatcggcatcatcaagagcatctttgagattttccagccatagttgaacttcatggttgtt 915  Q
    ||||||||| |||||| ||||| |||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| ||| |||||||||| |||||||||    
T  7129389 gtcgcctcaagtcttcggtgttaaagtcatcaagcaagtcatcggcatcatcaagagcatccttgagcttttccaaccagagttgaacttgatggttgtt 7129488  T
Q  916 ggctctctgctcctcctc 933  Q
    ||||| ||||| ||||||    
T  7129489 ggctccctgctgctcctc 7129506  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 583; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 917
Target Start/End: Complemental strand, 7528669 - 7527767
Alignment:
Q  15 cacatttgttcacaatttccttgccaattgaccccaattcctcattctctagtttgttgtgattctcaaaagctaatcgactaaataatctacaagattg 114  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||   ||| |||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||||    
T  7528669 cacattttttcacaatttccttgccaattgacaccaattcctcattctctagttctctgtcattctcaaaagctaattgactaaataatgtccaagattg 7528570  T
Q  115 tttttcatcgagaccctctaaattgaggctagaagatgtaccacttgccttggcaaccttctcacttcttgtggtgataattattttacttccttttgct 214  Q
    |||||||  ||||||||  |||   | | ||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||     
T  7528569 tttttcactgagacccttcaaaaacaagatagaagatgaaccacttgccttggcaaccatctcacttcttgcggtgataattattttacttccttctgcg 7528470  T
Q  215 ccacctttcagcagtctcatcaattcaagccaaagatcatgatcctcattccaattgtcatccaagacaagcaaatatcttttgccttcaactgttttgc 314  Q
    ||  ||||||||||| ||||||||||||||||||||| | | | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| | ||||    
T  7528469 ccgtctttcagcagtatcatcaattcaagccaaagattacggttctcattccaattgtcatccaagacaagcaaatatcttttgcctttaactttattgc 7528370  T
Q  315 ggagttcggattgcatttcctctatctcaccattagttttagattttgtgatctttgcagcaataactcttacattaaaatcttcagaaacacaaaccca 414  Q
    |||||||  |||||| ||| || |||||| |  |||| ||||||||| ||||||||||||||||| || |||||| |||||| |||||||||||||||||    
T  7528369 ggagttccaattgcacttcttccatctcagctgtagtgttagattttatgatctttgcagcaataccttttacatcaaaatcatcagaaacacaaaccca 7528270  T
Q  415 ttttttcaactcaaaatgttgttgcacttttgtgtcattgtatacaagttgagcaagtgcagtctttccaagtcctccaattccaattatagaaataact 514  Q
    |||||| ||||||||||||| |||||||||  ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7528269 ttttttaaactcaaaatgttcttgcactttcttgtcattgtatacaaattgagcaagtgcagtctttccaagtcctccaattccaattatagaaataact 7528170  T
Q  515 gaaacattctctttcacattgttgccagtgttaaacaacaactctatcaactttttcttctcctcatctcttccaataacttcttcctcaagaataaagg 614  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||| |||||  ||  ||||||||    
T  7528169 gaaacattctctttcacattgttgctagtgttaaacaacaactctatcaactctttcttttcctcatctcttccaataacatcttctgcactaataaagg 7528070  T
Q  615 agtgagtttctctttgtttcaaaactcgttgctcaggagtgcgatttgtaaaattaaaacttctcttattagcattaaggtcctcaattctcttacttag 714  Q
    ||||||||||||||| | ||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||   |||||||| | |||||||| |||||||||||||||| ||    
T  7528069 agtgagtttctctttctctcaaaactcgttgctcaggtgcgcgatttgtaaaattaaagactctcttatcaacattaagggcctcaattctcttactaag 7527970  T
Q  715 ttccttaattttctgaaccattttaaaagaaaagagaagttggttggatgatgagaagaagatgcgaacctttttagctttcttgtgattgctcatcact 814  Q
    ||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  7527969 ttccttaattttctgaaccattttgtaagaaaagagaagctggttggatgatgagaagaagatgcggacctttttagctttcttgtgattggtcatcact 7527870  T
Q  815 tgtcgcctcaggtcttccgtgttgaagtaatcgagcaagtcatcggcatcatcaagagcatctttgagattttccagccatagttgaacttcatggttgt 914  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  7527869 tgtcgcctcagttcttccgtgttgaagtaatcgagaaagtcatcggcatcatcaaaagcatctttgagattttccagccatagttgaacttgatggttgt 7527770  T
Q  915 tgg 917  Q
    |||    
T  7527769 tgg 7527767  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 558; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 917
Target Start/End: Complemental strand, 7494951 - 7494050
Alignment:
Q  16 acatttgttcacaatttccttgccaattgaccccaattcctcattctctagtttgttgtgattctcaaaagctaatcgactaaataatctacaagattgt 115  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||   | | |||||||||||||||| ||||||||||| | |||||||||    
T  7494951 acatttcttcacaatttccttgccaattgacaccaattcctcattctctagttctctctcattctcaaaagctaattgactaaataatgtccaagattgt 7494852  T
Q  116 ttttcatcgagaccctctaaattgaggctagaagatgtaccacttgccttggcaaccttctcacttcttgtggtgataattattttacttccttttgctc 215  Q
    |||||| ||||||||| |||    | | |  |||| | ||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| |    
T  7494851 ttttcaccgagaccctgtaagaacaaggtgaaagaagaaccacttgccttggcaaccatctcacttcttgcggtgataattattttacttccttctgcgc 7494752  T
Q  216 cacctttcagcagtctcatcaattcaagccaaagatcatgatcctcattccaattgtcatccaagacaagcaaatatcttttgccttcaactgttttgcg 315  Q
    || ||||||||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| | | |||    
T  7494751 catctttcagcagtgtcatcaattcaagccaaagattacgatcctcattccaattgtcatccaagacaagcaaatatcttttgcctttaactttatcgcg 7494652  T
Q  316 gagttcggattgcatttcctctatctcaccattagttttagattttgtgatctttgcagcaataactcttacattaaaatcttcagaaacacaaacccat 415  Q
    ||||||  |||||| ||| ||||||||| |  |||| ||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7494651 gagttccaattgcacttcttctatctcagctgtagtgttagattttatgatctttgcagcaataacttttacattaaaatcttcagaaacacaaacccat 7494552  T
Q  416 tttttcaactcaaaatgttgttgcacttttgtgtcattgtatacaagttgagcaagtgcagtctttccaagtcctccaattccaattatagaaataactg 515  Q
    ||||| |||||||||||||||| ||||||  ||||||||||||||| ||||||||| |||||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  7494551 tttttaaactcaaaatgttgtttcactttcttgtcattgtatacaaattgagcaagcgcagtcttccccagtcctccgattccaattatagaaataactg 7494452  T
Q  516 aaacattctctttcacattgttgccagtgttaaacaacaactctatcaactttttcttctcctcatctcttccaataacttcttcctcaagaataaagga 615  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  7494451 aaacattctctttcacattgttgccggtgttaaacaacaactctatcaactttttcttctcctcatctcttccaataacttcttcctcacgaataaagga 7494352  T
Q  616 gtgagtttctctttgtttcaaaactcgttgctcaggagtgcgatttgtaaaattaaaacttctcttattagcattaaggtcctcaattctcttacttagt 715  Q
    |||||||||||||| | ||||||||||||||||||| |  |||||||||||||||||   |||||||  | |||||||| |||||||||||||||| |||    
T  7494351 gtgagtttctctttctctcaaaactcgttgctcaggtgcacgatttgtaaaattaaagactctcttagcaacattaagggcctcaattctcttactaagt 7494252  T
Q  716 tccttaattttctgaaccattttaaaagaaaagagaagttggttggatgatgagaagaagatgcgaacctttttagctttcttgtgattgctcatcactt 815  Q
    |||||||||||||||||||||||  ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| ||||||| | || ||||||| |    
T  7494251 tccttaattttctgaaccattttgtaagaaaagagaagctggttggatgatgagaagaagatgtgaaactttttagccttcttgttactggtcatcacct 7494152  T
Q  816 gtcgcctcaggtcttccgtgttgaagtaatcgagcaagtcatcggcatcatcaagagcatctttgagattttccagccatagttgaacttcatggttgtt 915  Q
    ||||||||| |||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| ||| |||||||||| |||||||||    
T  7494151 gtcgcctcaagtcttccgtgttaaagtcatcgagcaagtcatcggcatcatcaagagcatctttcagcttttccaaccacagttgaacttgatggttgtt 7494052  T
Q  916 gg 917  Q
    ||    
T  7494051 gg 7494050  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 546; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 917
Target Start/End: Complemental strand, 7520618 - 7519717
Alignment:
Q  16 acatttgttcacaatttccttgccaattgaccccaattcctcattctctagtttgttgtgattctcaaaagctaatcgactaaataatctacaagattgt 115  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||   | | |||||||||||||||| ||||||||||| | |||||||||    
T  7520618 acatttcttcacaatttccttgccaattgacaccaattcctcattctctagttctctctcattctcaaaagctaattgactaaataatgtccaagattgt 7520519  T
Q  116 ttttcatcgagaccctctaaattgaggctagaagatgtaccacttgccttggcaaccttctcacttcttgtggtgataattattttacttccttttgctc 215  Q
    |||||| ||||||||| ||||   | | |  |||| | ||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| |    
T  7520518 ttttcaccgagaccctgtaaaaacaaggtgaaagaagaaccacttgccttggcaaccatctcacttcttgcggtgataattattttacttccttctgcgc 7520419  T
Q  216 cacctttcagcagtctcatcaattcaagccaaagatcatgatcctcattccaattgtcatccaagacaagcaaatatcttttgccttcaactgttttgcg 315  Q
    || ||||||||||| ||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| |||  ||    
T  7520418 catctttcagcagtgtcatcaattcaagccaaagattacgatcctcattccaattgtcatccaagacaagcaaatatcttcttccttcaactttttcacg 7520319  T
Q  316 gagttcggattgcatttcctctatctcaccattagttttagattttgtgatctttgcagcaataactcttacattaaaatcttcagaaacacaaacccat 415  Q
    ||||||  |||| | ||  || |||||| ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| || |||||| |||||| ||||||||||||||||||    
T  7520318 gagttccaattgaactttatccatctcaacattagtttgagattctgtgatctttgcagcaataccttttacatcaaaatcatcagaaacacaaacccat 7520219  T
Q  416 tttttcaactcaaaatgttgttgcacttttgtgtcattgtatacaagttgagcaagtgcagtctttccaagtcctccaattccaattatagaaataactg 515  Q
    ||||| ||||||||||||| |||||||||  ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7520218 tttttaaactcaaaatgttcttgcactttcttgtcattgtatacaaattgagcaagtgcagtctttccaagtcctccaattccaattatagaaataactg 7520119  T
Q  516 aaacattctctttcacattgttgccagtgttaaacaacaactctatcaactttttcttctcctcatctcttccaataacttcttcctcaagaataaagga 615  Q
    ||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||  || ||||||||||    
T  7520118 aaacattctctgtcacattgttgctagtgttaaacaacaactctatcaactctttcttctcctcctctcttccaataacttcttctgcacgaataaagga 7520019  T
Q  616 gtgagtttctctttgtttcaaaactcgttgctcaggagtgcgatttgtaaaattaaaacttctcttattagcattaaggtcctcaattctcttacttagt 715  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||  | |||||||| |||||||||||||||| |||    
T  7520018 gtgagtttctcgttgtttcaaaactcgttgctcaggagtgcgatttgtaaagttaaaacttcttttaccaacattaagggcctcaattctcttactaagt 7519919  T
Q  716 tccttaattttctgaaccattttaaaagaaaagagaagttggttggatgatgagaagaagatgcgaacctttttagctttcttgtgattgctcatcactt 815  Q
    ||||||||| |||||||||||||  ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| ||||||| |  | |||||||||    
T  7519918 tccttaattatctgaaccattttgtaagaaaagagaagctggttggatgatgagaagaagatgtgaaactttttagccttcttgttacaggtcatcactt 7519819  T
Q  816 gtcgcctcaggtcttccgtgttgaagtaatcgagcaagtcatcggcatcatcaagagcatctttgagattttccagccatagttgaacttcatggttgtt 915  Q
    ||||||||| |||||| |||||||||| ||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| || ||||||| ||| |||||||||| |||||||||    
T  7519818 gtcgcctcaagtcttcggtgttgaagtcatcaagcaagttatcggcatcatcaagagcatctttcagcttttccaaccacagttgaacttgatggttgtt 7519719  T
Q  916 gg 917  Q
    ||    
T  7519718 gg 7519717  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 546; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 933
Target Start/End: Original strand, 7721863 - 7722780
Alignment:
Q  16 acatttgttcacaatttccttgccaattgaccccaattcctcattctctagtttgttgtgattctcaaaagctaatcgactaaataatctacaagattgt 115  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||   ||  ||||||||||| |||  ||||| ||||||| ||||||| |    
T  7721863 acattttttcacaatttccttgccaattgacaccaattcctcattctctagttctctgaaattctcaaaagttaactgactatataatctccaagattct 7721962  T
Q  116 ttttcatcgagaccctctaaattgaggctagaagatgtaccacttgccttggcaaccttctcacttcttgtggtgataattattttacttccttttgctc 215  Q
    ||||||||||| |||| |||||||| | ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  |  |    
T  7721963 ttttcatcgagtccctttaaattgaagatagaagatggaccacttgccttggcaaccttctcacttcttgcggtgataattattttacttccttccgtgc 7722062  T
Q  216 cacctttcagcagtctcatcaattcaagccaaagatcatgatcctcattccaattgtcatccaagacaagcaaatatcttttgccttcaactgttttgcg 315  Q
    |  ||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| |||  ||    
T  7722063 cgtctttcagcagtgtcatcaattgaagccaaagatcacgatcctcattccaattgtcatccaagacaagcaaatatcttatcccttcaactttttcacg 7722162  T
Q  316 gagttcggattgcatttcctctatctcaccattagttttagattttgtgatctttgcagcaataactcttacattaaaatcttcagaaacacaaacccat 415  Q
    ||||   ||||||| ||  || |||||| || |||||||||||| | ||||||||| ||||||| || |||||| |||||| ||||||||||||||||||    
T  7722163 gagtatagattgcactttatcgatctcaacactagttttagattctatgatctttgaagcaataccttttacatcaaaatcatcagaaacacaaacccat 7722262  T
Q  416 tttttcaactcaaaatgttgttgcacttttgtgtcattgtatacaagttgagcaagtgcagtctttccaagtcctccaattccaattatagaaataactg 515  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| | ||||   |||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7722263 tttttcaactcaaaatgttgttgcacttctttgtcgccgtatacaagttgagcaagcgcagtctttccgagtcctccaattccaattatagaaataactg 7722362  T
Q  516 aaacattctctttcacattgttgccagtgttaaacaacaactctatcaactttttcttctcctcatctcttccaataacttcttcctcaagaataaagga 615  Q
    ||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  ||||||| ||    
T  7722363 aaacattctctttcaaattgttgccggtgttaaacaacaactctatcagctctttcttctccttatctcttccaataacttcttcctcgcgaataaaaga 7722462  T
Q  616 gtgagtttctctttgtttcaaaactcgttgctcaggagtgcgatttgtaaaattaaaacttctcttattagcattaaggtcctcaattctcttacttagt 715  Q
     ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||||| |||||||||||||||| |||    
T  7722463 atgagtttctctttgtctcaaaactcgttgctcaggtgtgcgatttgtaaaattaaaacttctcttatcaatattaagggcctcaattctcttactaagt 7722562  T
Q  716 tccttaattttctgaaccattttaaaagaaaagagaagttggttggatgatgagaagaagatgcgaacctttttagctttcttgtgattgctcatcactt 815  Q
    |||||||||||||||||||||||  | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||| ||||||| | || |||||||||    
T  7722563 tccttaattttctgaaccattttgtatgaaaagagaagttggttggatgatgagaagaagatgcaaaactttttagccttcttgttactggtcatcactt 7722662  T
Q  816 gtcgcctcaggtcttccgtgttgaagtaatcgagcaagtcatcggcatcatcaagagcatctttgagattttccagccatagttgaacttcatggttgtt 915  Q
    ||||||||| |||||| ||||| |||| ||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| |||||||||    
T  7722663 gtcgcctcaagtcttcagtgttaaagtcatcaagcacgtcatcggcatcatcaagagcatctttgagattttcaagccagagttgaacttgatggttgtt 7722762  T
Q  916 ggctctctgctcctcctc 933  Q
    || || ||||| ||||||    
T  7722763 ggttccctgctgctcctc 7722780  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 461; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 363 - 926
Target Start/End: Original strand, 7713922 - 7714486
Alignment:
Q  363 tgatctttgcagcaataactcttacattaaaatcttcagaaacacaaacccattttttcaactcaaaatgttgttgcacttttgtgtcattgtatacaag 462  Q
    ||||||||||||||||| || |||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | |||||   |||| |||    
T  7713922 tgatctttgcagcaatatcttttacatcaaaatcatcagaaacacaaacccattttttcaactcaaaatgttgtttcacttctttgtcaccatataaaag 7714021  T
Q  463 ttgagcaagtgca-gtctttccaagtcctccaattccaattatagaaataactgaaacattctctttcacattgttgccagtgttaaacaacaactctat 561  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| ||||||||||||||||||||    
T  7714022 ttgagcaagtgcacgtctttccaagtcctccgattccaattatagaaataactgaaacattctccttcacatcgttgccggtgttaaacaacaactctat 7714121  T
Q  562 caactttttcttctcctcatctcttccaataacttcttcctcaagaataaaggagtgagtttctctttgtttcaaaactcgttgctcaggagtgcgattt 661  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7714122 caactctttcttctcctcatctcttccaataacttcttcctcaagaataaaggagtgagtttctctttgtttcaaaactcgttgctcaggagtgcgattt 7714221  T
Q  662 gtaaaattaaaacttctcttattagcattaaggtcctcaattctcttacttagttccttaattttctgaaccattttaaaagaaaagagaagttggttgg 761  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  7714222 gtaaaattaaaacttctcttattagcattaaggtcctcaattctcttacttagttccttaattttctgaaccattttgaaagaaaagagaagttggttgg 7714321  T
Q  762 atgatgagaagaagatgcgaacctttttagctttcttgtgattgctcatcacttgtcgcctcaggtcttccgtgttgaagtaatcgagcaagtcatcggc 861  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||    
T  7714322 atgatgagaagaagatgcaaacctttttagctttcttgtgattggtcatcacttgtcacctcaggtcttccgtgttgaagtaattgagaaagtcatcggc 7714421  T
Q  862 atcatcaagagcatctttgagattttccagccatagttgaacttcatggttgttggctctctgct 926  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  7714422 atcataaagagcatctttgagattttccagccatagttgaacttcatggttgttggctccctgct 7714486  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 249; E-Value: 1e-138
Query Start/End: Original strand, 532 - 880
Target Start/End: Complemental strand, 7506699 - 7506351
Alignment:
Q  532 attgttgccagtgttaaacaacaactctatcaactttttcttctcctcatctcttccaataacttcttcctcaagaataaaggagtgagtttctctttgt 631  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  ||||||| ||||||||||||||||||    
T  7506699 attgttgccggtgttaaacaacaactctatcaactctttcttctcctcatctcttccaataacttattcctcgcgaataaaagagtgagtttctctttgt 7506600  T
Q  632 ttcaaaactcgttgctcaggagtgcgatttgtaaaattaaaacttctcttattagcattaaggtcctcaattctcttacttagttccttaattttctgaa 731  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  | |||||||| |||||||||||||||| ||||| |||||||||||||    
T  7506599 ttcaaaactcgttgctcaggagtgcgatttgtaaaattaaaaattctcttaccaacattaagggcctcaattctcttactaagttcattaattttctgaa 7506500  T
Q  732 ccattttaaaagaaaagagaagttggttggatgatgagaagaagatgcgaacctttttagctttcttgtgattgctcatcacttgtcgcctcaggtcttc 831  Q
    |||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| ||||||| | || |||||||||||||||||| ||||||    
T  7506499 ccattttgtaagaaaagagaagttggttggatgatgagaagaagatgtgaaactttttagccttcttgttactggtcatcacttgtcgcctcaagtcttc 7506400  T
Q  832 cgtgttgaagtaatcgagcaagtcatcggcatcatcaagagcatctttg 880  Q
     |||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  7506399 ggtgttgaagtcatcgagcaagtcatcagcatcatcaagagcatctttg 7506351  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 449 - 500
Target Start/End: Original strand, 18035190 - 18035241
Alignment:
Q  449 tcattgtatacaagttgagcaagtgcagtctttccaagtcctccaattccaa 500  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||| || | ||||||||| ||||    
T  18035190 tcattgtagacaagttgagcaagtgcagtcttacctaatcctccaatgccaa 18035241  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 134; Significance: 3e-69; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 134; E-Value: 3e-69
Query Start/End: Original strand, 398 - 899
Target Start/End: Original strand, 16750270 - 16750769
Alignment:
Q  398 tcagaaacacaaacccattttttcaactcaaaatgttgttgcacttttgtgtcattgtatacaagttgagcaagtgcagtctttccaagtcctccaattc 497  Q
    |||| |||||| ||||| |||||||| |||||||||||||| ||  |  | |||| ||| ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||    
T  16750270 tcagcaacacacacccactttttcaattcaaaatgttgttgaacggtcttatcat-gtacacaagttgagcaa-tgcggtctttccaagtcctccaattc 16750367  T
Q  498 caattatagaaataactgaaacattctctttcacattgttgccagtgttaaacaacaactctatcaactttttcttctcctcatctcttccaataacttc 597  Q
    |||| || |||||||||||||||||  |||| |||| | || ||||||| ||||| |||| |||||| |  ||||| || || |||||||| || ||||     
T  16750368 caatgatggaaataactgaaacatttcctttgacatcgatgtcagtgttcaacaataactttatcaaatccttcttttcgtcgtctcttcctatgacttt 16750467  T
Q  598 ttcctcaagaataaaggagtgagtttctctttgtttcaaaactcgttgctcaggagtgcgatttgtaaaattaaaacttctcttattagcattaaggtcc 697  Q
    ||||||| |||| ||||| |||||| |||| ||  ||| |||||||| |||||||||| |||| |||||||| ||| || || ||| | | |||||  ||    
T  16750468 ttcctcacgaatgaaggaatgagttactctctgcctcataactcgtttctcaggagtgtgattagtaaaattgaaaattttcctatcaacgttaagaccc 16750567  T
Q  698 tcaattctcttacttagttccttaattttctgaaccattttaaaagaaaagagaagttggttggatgatgagaagaagatgcgaacctttttagctttct 797  Q
    ||||||| ||| || |||| ||||||||||||| |||| ||||| ||||||||||| |||||||| || || ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  16750568 tcaattcgcttcctaagtttcttaattttctgagccatgttaaacgaaaagagaagctggttggaagaggataagaagatgcgaacctttttagccttct 16750667  T
Q  798 tgtgattgctcatcacttgtcgcctcaggtcttccgtgttgaagtaatcgagcaagtcatcggcatcatcaagagcatctttgagattttccagccatag 897  Q
    |||  ||  |||  ||||| |||  || |||||| ||    |  | ||| ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| || |||| ||||||    
T  16750668 tgtcttttgtcagtacttgacgctacaagtcttcagtaaaaacatcatcaagcaagtcatcagcatcatcaagagtatctttgagcttctccacccatag 16750767  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 75 - 294
Target Start/End: Original strand, 16749929 - 16750148
Alignment:
Q  75 gattctcaaaagctaatcgactaaataatctacaagattgtttttcatcgagaccctctaaattgaggctagaagatgtaccacttgccttggcaacctt 174  Q
    ||||||||||||||||| |||| || ||  | ||||||||||||||||| ||||||| ||||  || |   |||||||| ||||||  |||||| ||| |    
T  16749929 gattctcaaaagctaattgactgaacaaattccaagattgtttttcatcaagaccctttaaagagaagagggaagatgttccacttatcttggccaccgt 16750028  T
Q  175 ctcacttcttgtggtgataattattttacttccttttgctccacctttcagcagtctcatcaattcaagccaaagatcatgatcctcattccaattgtca 274  Q
    ||| || ||||| || || |  ||||||||||||||||||||| |  ||| |||| ||||||| | |||||||   ||| | |||||||||||  |||||    
T  16750029 ctcgctccttgtagttatgacaattttacttccttttgctccatccctcaacagtgtcatcaactgaagccaattttcacgctcctcattccacatgtca 16750128  T
Q  275 tccaagacaagcaaatatct 294  Q
    || || |  |||||||||||    
T  16750129 tctaaaatgagcaaatatct 16750148  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 33; Significance: 0.000000005; HSPs: 5)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 391 - 471
Target Start/End: Complemental strand, 10127008 - 10126928
Alignment:
Q  391 aaaatcttcagaaacacaaacccattttttcaactcaaaatgttgttgcacttttgtgtcattgtatacaagttgagcaag 471  Q
    |||||| ||||| ||||||||||||   ||||| |||||||||||||| |||| | | |||||||| |||||||| |||||    
T  10127008 aaaatcctcagacacacaaacccatgccttcaaatcaaaatgttgttgaacttctttatcattgtaaacaagttgggcaag 10126928  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 391 - 471
Target Start/End: Original strand, 10363787 - 10363867
Alignment:
Q  391 aaaatcttcagaaacacaaacccattttttcaactcaaaatgttgttgcacttttgtgtcattgtatacaagttgagcaag 471  Q
    |||||| ||||| ||||||||||||   ||||| |||||||||||||| |||| | | |||||||| |||||||| |||||    
T  10363787 aaaatcctcagagacacaaacccatgccttcaaatcaaaatgttgttgaacttctttatcattgtaaacaagttgggcaag 10363867  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 391 - 471
Target Start/End: Complemental strand, 10663606 - 10663526
Alignment:
Q  391 aaaatcttcagaaacacaaacccattttttcaactcaaaatgttgttgcacttttgtgtcattgtatacaagttgagcaag 471  Q
    |||||| ||||| ||||||||||||   ||||| |||||||||||||| |||| | | |||||||| |||||||| |||||    
T  10663606 aaaatcctcagacacacaaacccatgccttcaaatcaaaatgttgttgaacttctttatcattgtaaacaagttgggcaag 10663526  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 449 - 500
Target Start/End: Complemental strand, 4497279 - 4497228
Alignment:
Q  449 tcattgtatacaagttgagcaagtgcagtctttccaagtcctccaattccaa 500  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||| || | ||||||||| ||||    
T  4497279 tcattgtagacaagttgagcaagtgcagtcttacctaatcctccaatgccaa 4497228  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 449 - 500
Target Start/End: Complemental strand, 4528530 - 4528479
Alignment:
Q  449 tcattgtatacaagttgagcaagtgcagtctttccaagtcctccaattccaa 500  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||| || | ||||||||| ||||    
T  4528530 tcattgtagacaagttgagcaagtgcagtcttacctaatcctccaatcccaa 4528479  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University