View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16067_high_3 (Length: 452)

Name: NF16067_high_3
Description: NF16067
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16067_high_3
NF16067_high_3
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (16-452)||(11119381-11119817)
chr3 (19-372)||(12205970-12206311)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (16-451)||(32741098-32741521)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 405; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 405; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 452
Target Start/End: Complemental strand, 11119817 - 11119381
Alignment:
Q  16 atggatgatacttttgatgaagggttagtaaggttatggtggaaacatgagagtggttcattggatgaagaccttaagccattcaggaatgatactgatg 115  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||    
T  11119817 atggatgatacttttgatgaagggttagtaaggttatggtggaaacatgagagtggttcattggatgaagacctcaagccattcagtaatgatactgatg 11119718  T
Q  116 caactacaatgtctaattatgctcgtgataagaagtgtgatgttgaattgtatgttgaacctaaggtgaatttaggaaatgctataaatgttgttgatgt 215  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| |    
T  11119717 caactgcaatgtctaattatgctcgtgataagaagtgtgatgttgaattgtatgttgaacctaaggtgaatttaggaaatggtataaatgttgctgattt 11119618  T
Q  216 tatcggggaacgaaagggaaagggtgtagtggcggatgaagttgaaggcaatgttggtgaagcagacaatgatgatggagatgttagtagtgatgatggt 315  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11119617 tatcggggaacgaaagggaaagggtgtagtggcggatgaagttgaaggcaatgttggtgaagcagacaacgatgatggagatgttagtagtgatgatggt 11119518  T
Q  316 gattcaatcaaaggcacacactttaatgacagtgaagaagagaggatggctggggttgatgataggtttgatgatggatttaataatgtcatttcagaac 415  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11119517 gattcaatcaaaggcacacactttaatgacagtgaagaagagaggatggctggggttgatgataggtttgatgatggatttaataatgtcatttcagaac 11119418  T
Q  416 cccaacttgaccctaacaatgagaatgaatatgatgt 452  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  11119417 cccaacttgaccctaacaatgagaatgaagatgatgt 11119381  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 253; E-Value: 1e-140
Query Start/End: Original strand, 19 - 372
Target Start/End: Complemental strand, 12206311 - 12205970
Alignment:
Q  19 gatgatacttttgatgaagggttagtaaggttatggtggaaacatgagagtggttcattggatgaagaccttaagccattcaggaatgatactgatgcaa 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||| |||||||||||||||||||||    
T  12206311 gatgatacttttgatgaagggttagtaaggttatggtggaaacatgagagtggttcattggatgaagacgtcaagccaatcaggaatgatactgatgcaa 12206212  T
Q  119 ctacaatgtctaattatgctcgtgataagaagtgtgatgttgaattgtatgttgaacctaaggtgaatttaggaaatgctataaatgttgttgatgttat 218  Q
    |   ||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||            |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  12206211 ccttaatgtctgattatgctcgtgataagaactgtgatgttgaa------------cctaaggtgaatttaggaaatgctataaatgttgctgatgttat 12206124  T
Q  219 cggggaacgaaagggaaagggtgtagtggcggatgaagttgaaggcaatgttggtgaagcagacaatgatgatggagatgttagtagtgatgatggtgat 318  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  12206123 cggggaacgaaagggaaagggtgtagtggcggattaagttgaaggcaatgttggtgaagcagacagtgatgatgaagatgttagtagtgatgatggtgat 12206024  T
Q  319 tcaatcaaaggcacacactttaatgacagtgaagaagagaggatggctggggtt 372  Q
    ||||| |||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  12206023 tcaattaaaggcgcacactttaatgatagtgaagaagagaggatggctggggtt 12205970  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 275; Significance: 1e-153; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 275; E-Value: 1e-153
Query Start/End: Original strand, 16 - 451
Target Start/End: Complemental strand, 32741521 - 32741098
Alignment:
Q  16 atggatgatacttttgatgaagggttagtaaggttatggtggaaacatgagagtggttcattggatgaagaccttaagccattcaggaatgatactgatg 115  Q
    |||||||||||||||||||||  |||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  32741521 atggatgatacttttgatgaatagttagtaaagctatggtggaaacatgagagtggttcattggatgaagacctcaagccattcaggaatgatactgatg 32741422  T
Q  116 caactacaatgtctaattatgctcgtgataagaagtgtgatgttgaattgtatgttgaacctaaggtgaatttaggaaatgctataaatgttgttgatgt 215  Q
    ||||| |||||||| |||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||    
T  32741421 caactgcaatgtctgattatgctcgtgataacaagtgcgatgttgaattgtatgttgaacctaaggtgaatttaggaaatgctataattgttgctgatgt 32741322  T
Q  216 tatcggggaacgaaagggaaagggtgtagtggcggatgaagttgaaggcaatgttggtgaagcagacaatgatgatggagatgttagtagtgatgatggt 315  Q
    ||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| |||||  |||| |||||||||||||||||||||||||    
T  32741321 tattggggaacaaaagggaaagggtgtagtggcggatgaaattgaaggcgatgttggtgaagtagacatcgatggtggagatgttagtagtgatgatggt 32741222  T
Q  316 gattcaatcaaaggcacacactttaatgacagtgaagaagagaggatggctggggttgatgataggtttgatgatggatttaataatgtcatttcagaac 415  Q
    |||| ||| |||||||||| |||| |||| ||||||||||||| |||||||| |||||||||| ||||||            ||||||||||||||||||    
T  32741221 gatttaattaaaggcacacgctttgatgatagtgaagaagagaagatggctgcggttgatgatgggtttg------------ataatgtcatttcagaac 32741134  T
Q  416 cccaacttgaccctaacaatgagaatgaatatgatg 451  Q
    |||||||||||||||||||||  |||||| ||||||    
T  32741133 cccaacttgaccctaacaatgctaatgaagatgatg 32741098  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University