View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16068_high_4 (Length: 716)

Name: NF16068_high_4
Description: NF16068
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16068_high_4
NF16068_high_4
[»] scaffold0016 (1 HSPs)
scaffold0016 (19-697)||(50594-51285)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (19-697)||(3380888-3381562)
[»] scaffold0642 (1 HSPs)
scaffold0642 (20-697)||(6668-7343)
[»] scaffold0345 (1 HSPs)
scaffold0345 (20-697)||(16581-17256)
[»] scaffold0105 (1 HSPs)
scaffold0105 (20-697)||(21726-22401)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (19-666)||(44498316-44498974)
chr8 (664-697)||(44498156-44498189)
[»] chr4 (4 HSPs)
chr4 (406-697)||(15708824-15709112)
chr4 (447-697)||(26795723-26795976)
chr4 (113-190)||(9200091-9200166)
chr4 (113-190)||(9201854-9201928)
[»] chr7 (3 HSPs)
chr7 (143-308)||(30111884-30112048)
chr7 (30-133)||(30110671-30110775)
chr7 (406-444)||(30112132-30112170)


Alignment Details
Target: scaffold0016 (Bit Score: 533; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0016
Description:

Target: scaffold0016; HSP #1
Raw Score: 533; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 697
Target Start/End: Original strand, 50594 - 51285
Alignment:
Q  19 agaaaactcaaa-gtggacgtcactgctattcataaaaaagataaaaatggcatcacagattcacatggtttactctaaagtaatatcaaatccaagatt 117  Q
    |||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  50594 agaaaactcaaaagtggatgtcaccgctattcataaaa-agataaaaatggcatcagagattcacatggtttactctaaagtaatattaaatccaagatt 50692  T
Q  118 caagcttaaaaacaaaacatacttaattaatgccaatccagcaaaaggtgcaaatacaaatttgtatccaaaatagttaacccagcccttacataattca 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50693 caagcttaaaaacaaaacatacttaattaaagccaatccagcaaaaggtgcaaatacaaatttgtatccaaaatagttaacccagcccttacataattca 50792  T
Q  218 cacaaaatatgacaactccataaatggaaaattttaactaagaaagggacaacaaacaattagatagccaaaatggtttcacttaagacatgtcggcata 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||| ||||    
T  50793 cacaaaatatgacaactccataaatggaaaattttaactaagaaagggacaacaaacaattagatagccaaaatggtttcactaaagagatgtcgacata 50892  T
Q  318 actaatattacgaaataatgctccttgattactttgaatcttcaatcacgatccatggcatttta--------------ggatgcatttcagatannnnn 403  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||              |||||||||||||||          
T  50893 actaatattaccaaataatgctccttgattactttgaatcttcaatcatgatccatggcattttaggaatctttgcggtggatgcatttcagatcttttt 50992  T
Q  404 nnccactaattttctatcagcaggaatccaagtgcttctgaagttctgatatgtgtatggcagttaaaatctttgtttttgcagcaacttctgcaccttg 503  Q
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50993 ttccactaattttctatcagcaggaatccaagtgcttctgaagttctgatatgtgtatggcagttaaaatctttgtttttgcagcaacttctgcaccttg 51092  T
Q  504 agtatgcacaatccttctttgcttggttcccacagtcttgacattttagaccctttaacacttcttcgccccctaattgggttgaatacannnnnnnncc 603  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        ||    
T  51093 agtatgcacaatccttctttgcttggttcccacagtcttgacattttagactctttaacacttcttcgccccctaattgggttgaataca-tttttttcc 51191  T
Q  604 atctctttagctttaaactaaagatcatccttttatgagtttccttttggtcgtagggtggtattatactatatcctctatgtgatgggcataa 697  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51192 atctctttagctttaaactaaagatcatccttttatgagtttccttttggtcgtagggtggtattatactatatcctctatgtgatgggcataa 51285  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 483; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 483; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 697
Target Start/End: Complemental strand, 3381562 - 3380888
Alignment:
Q  19 agaaaactcaaagtggacgtcactgctattcataaaaaagataaaaatggcatcacagattcacatggtttactctaaagtaatatcaaatccaagattc 118  Q
    ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3381562 agaaaactcaaagtggatgtcaccgctattcataaaaa-gataaaaatggcatcacagattcacatggtttactctaaagtaatatcaaatccaagattc 3381464  T
Q  119 aagcttaaaaacaaaacatacttaattaatgccaatccagcaaaaggtgcaaatacaaatttgtatccaaaatagttaacccagcccttacataattcac 218  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||     
T  3381463 aagcttaaaaacaaaacatacttagttaaagccaatccagcaaaaggtgcaaatacaaatttgtatctaaaatagttaacccagcccttacatatttcat 3381364  T
Q  219 acaaaatatgacaactccataaatggaaaattttaactaagaaagggacaacaaacaattagatagccaaaatggtttcacttaagacatgtcggcataa 318  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||          |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  3381363 acaaaatatgacaactccataaatggaaaattttaact----------caacaaacaattagatagccaaaatggtttcactaaagacatgtcggcataa 3381274  T
Q  319 ctaatattacgaaataatgctccttgattactttgaatcttcaatcacgatccatggcatttta-----------ggatgcatttcagatannnnnnncc 407  Q
    |||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||           |||||||||||||||        ||    
T  3381273 ctaatattaccaaacaatgctccttgattactttgaatcttcaatcacgatccatggcattttaggactcgaggtggatgcatttcagatctttttttcc 3381174  T
Q  408 actaattttctatcagcaggaatccaagtgcttctgaagttctgatatgtgtatggcagttaaaatctttgtttttgcagcaacttctgcaccttgagta 507  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3381173 actaattttctatcagcaggaatccaagtgcttctgaagttctgatatgtgtttggcagttaaaatctttgtttttgcagcaacttctgcaccttgagta 3381074  T
Q  508 tgcacaatccttctttgcttggttcccacagtcttgacattttagaccctttaacacttcttcgccccctaattgggttgaatacannnnnnnnccatct 607  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    |||||||||||||||||||||        ||||||    
T  3381073 tgcacaatccttctttgcttggttcccacagtcttgacattttagtccctttaacacttct----cccctaattgggttgaataca-tttttttccatct 3380979  T
Q  608 ctttagc-tttaaactaaagatcatccttttatgagtttccttttggtcgtagggtggtattatactatatcctctatgtgatgggcataa 697  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3380978 ctttagcttttaaactaaagatcatccttttatgagtttccttttggtcgtagggtggtattatactatatcctctatgtgatgggcataa 3380888  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0642 (Bit Score: 479; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0642
Description:

Target: scaffold0642; HSP #1
Raw Score: 479; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 697
Target Start/End: Complemental strand, 7343 - 6668
Alignment:
Q  20 gaaaactcaaa-gtggacgtcactgctattcataaaaaagataaaaatggcatcacagattcacatggtttactctaaagtaatatcaaatccaagattc 118  Q
    ||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  7343 gaaaactcaaaagtggatgtcaccgctattcataaaaa-gataaaaatggcatcacagattcacatggtttacactaaagtaatatcaaatccaagattc 7245  T
Q  119 aagcttaaaaacaaaacatacttaattaatgccaatccagcaaaaggtgcaaatacaaatttgtatccaaaatagttaacccagcccttacataattcac 218  Q
    |||||||||||||||||||||||             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7244 aagcttaaaaacaaaacatactt-------------ccagcaaaaggtgcaaatacaaatttgtatccaaaatagttaacccagcccttacataattcac 7158  T
Q  219 acaaaatatgacaactccataaatggaaaattttaactaagaaagggacaacaaacaattagatagccaaaatggtttcacttaagacatgtcggcataa 318  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||    
T  7157 acaaaatatgacaactccataaatggaaaattttaactaagaaagggacaacaaacaattagatagccaaaatggtttcactaaagagatgtcggcataa 7058  T
Q  319 ctaatattacgaaataatgctccttgattactttgaatcttcaatcacgatccatggcatttta--------------ggatgcatttcagatannnnnn 404  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||              |||||||||||||||           
T  7057 ctaatattaccaaataatgctccttgattactttgaatcttcaatcacgatccatggcattttaggactctttgcggtggatgcatttcagatctttttt 6958  T
Q  405 nccactaattttctatcagcaggaatccaagtgcttctgaagttctgatatgtgtatggcagttaaaatctttgtttttgcagcaacttctgcaccttga 504  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6957 tccactaattttctatcagcaggaatccaagtgcttctgaagttttgatatgtgtatggcagttaaaatctttgtttttgcagcaacttctgcaccttga 6858  T
Q  505 gtatgcacaatccttctttgcttggttcccacagtcttgacattttagaccctttaacacttcttcgccccctaattgggttgaatacannnnnnnncca 604  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||        |||    
T  6857 gtatgcacaatccttctttgcttggttcccacagtcttaacattttagaccctttaacacttct---ccccctaattgggttgaataca-tttttttcca 6762  T
Q  605 tctctttagc-tttaaactaaagatcatccttttatgagtttccttttggtcgtagggtggtattatactatatcctctatgtgatgggcataa 697  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6761 tctctttagcttttaaactaaagatcatccttttatgagtttccttttggtcgtagggtggtattatactatatcctctatgtgatgggcataa 6668  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0345 (Bit Score: 479; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0345
Description:

Target: scaffold0345; HSP #1
Raw Score: 479; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 697
Target Start/End: Complemental strand, 17256 - 16581
Alignment:
Q  20 gaaaactcaaa-gtggacgtcactgctattcataaaaaagataaaaatggcatcacagattcacatggtttactctaaagtaatatcaaatccaagattc 118  Q
    ||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  17256 gaaaactcaaaagtggatgtcaccgctattcataaaaa-gataaaaatggcatcacagattcacatggtttacactaaagtaatatcaaatccaagattc 17158  T
Q  119 aagcttaaaaacaaaacatacttaattaatgccaatccagcaaaaggtgcaaatacaaatttgtatccaaaatagttaacccagcccttacataattcac 218  Q
    |||||||||||||||||||||||             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17157 aagcttaaaaacaaaacatactt-------------ccagcaaaaggtgcaaatacaaatttgtatccaaaatagttaacccagcccttacataattcac 17071  T
Q  219 acaaaatatgacaactccataaatggaaaattttaactaagaaagggacaacaaacaattagatagccaaaatggtttcacttaagacatgtcggcataa 318  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||    
T  17070 acaaaatatgacaactccataaatggaaaattttaactaagaaagggacaacaaacaattagatagccaaaatggtttcactaaagagatgtcggcataa 16971  T
Q  319 ctaatattacgaaataatgctccttgattactttgaatcttcaatcacgatccatggcatttta--------------ggatgcatttcagatannnnnn 404  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||              |||||||||||||||           
T  16970 ctaatattaccaaataatgctccttgattactttgaatcttcaatcacgatccatggcattttaggactctttgcggtggatgcatttcagatctttttt 16871  T
Q  405 nccactaattttctatcagcaggaatccaagtgcttctgaagttctgatatgtgtatggcagttaaaatctttgtttttgcagcaacttctgcaccttga 504  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16870 tccactaattttctatcagcaggaatccaagtgcttctgaagttttgatatgtgtatggcagttaaaatctttgtttttgcagcaacttctgcaccttga 16771  T
Q  505 gtatgcacaatccttctttgcttggttcccacagtcttgacattttagaccctttaacacttcttcgccccctaattgggttgaatacannnnnnnncca 604  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||        |||    
T  16770 gtatgcacaatccttctttgcttggttcccacagtcttaacattttagaccctttaacacttct---ccccctaattgggttgaataca-tttttttcca 16675  T
Q  605 tctctttagc-tttaaactaaagatcatccttttatgagtttccttttggtcgtagggtggtattatactatatcctctatgtgatgggcataa 697  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16674 tctctttagcttttaaactaaagatcatccttttatgagtttccttttggtcgtagggtggtattatactatatcctctatgtgatgggcataa 16581  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0105 (Bit Score: 479; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0105
Description:

Target: scaffold0105; HSP #1
Raw Score: 479; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 697
Target Start/End: Original strand, 21726 - 22401
Alignment:
Q  20 gaaaactcaaa-gtggacgtcactgctattcataaaaaagataaaaatggcatcacagattcacatggtttactctaaagtaatatcaaatccaagattc 118  Q
    ||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  21726 gaaaactcaaaagtggatgtcaccgctattcataaaaa-gataaaaatggcatcacagattcacatggtttacactaaagtaatatcaaatccaagattc 21824  T
Q  119 aagcttaaaaacaaaacatacttaattaatgccaatccagcaaaaggtgcaaatacaaatttgtatccaaaatagttaacccagcccttacataattcac 218  Q
    |||||||||||||||||||||||             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21825 aagcttaaaaacaaaacatactt-------------ccagcaaaaggtgcaaatacaaatttgtatccaaaatagttaacccagcccttacataattcac 21911  T
Q  219 acaaaatatgacaactccataaatggaaaattttaactaagaaagggacaacaaacaattagatagccaaaatggtttcacttaagacatgtcggcataa 318  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||    
T  21912 acaaaatatgacaactccataaatggaaaattttaactaagaaagggacaacaaacaattagatagccaaaatggtttcactaaagagatgtcggcataa 22011  T
Q  319 ctaatattacgaaataatgctccttgattactttgaatcttcaatcacgatccatggcatttta--------------ggatgcatttcagatannnnnn 404  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||              |||||||||||||||           
T  22012 ctaatattaccaaataatgctccttgattactttgaatcttcaatcacgatccatggcattttaggactctttgcggtggatgcatttcagatctttttt 22111  T
Q  405 nccactaattttctatcagcaggaatccaagtgcttctgaagttctgatatgtgtatggcagttaaaatctttgtttttgcagcaacttctgcaccttga 504  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22112 tccactaattttctatcagcaggaatccaagtgcttctgaagttttgatatgtgtatggcagttaaaatctttgtttttgcagcaacttctgcaccttga 22211  T
Q  505 gtatgcacaatccttctttgcttggttcccacagtcttgacattttagaccctttaacacttcttcgccccctaattgggttgaatacannnnnnnncca 604  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||        |||    
T  22212 gtatgcacaatccttctttgcttggttcccacagtcttaacattttagaccctttaacacttct---ccccctaattgggttgaataca-tttttttcca 22307  T
Q  605 tctctttagc-tttaaactaaagatcatccttttatgagtttccttttggtcgtagggtggtattatactatatcctctatgtgatgggcataa 697  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22308 tctctttagcttttaaactaaagatcatccttttatgagtttccttttggtcgtagggtggtattatactatatcctctatgtgatgggcataa 22401  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 477; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 477; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 666
Target Start/End: Complemental strand, 44498974 - 44498316
Alignment:
Q  19 agaaaactcaaa-gtggacgtcactgctattcataaaaaagataaaaatggcatcacagattcacatggtttactctaaagtaatatcaaatccaagatt 117  Q
    |||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  44498974 agaaaactcaaaagtggatgtcaccgctattcataaaaa-gataaaaatggcatcagagattcacatggtttactctaaagtaatattaaatccaagatt 44498876  T
Q  118 caagcttaaaaacaaaacatacttaattaatgccaatccagcaaaaggtgcaaatacaaatttgtatccaaaatagttaacccagcccttacataattca 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44498875 caagcttaaaaacaaaacatacttaattaaagccaatccagcaaaaggtgcaaatacaaatttgtatccaaaatagttaacccagcccttacataattca 44498776  T
Q  218 cacaaaatatgacaactccataaatggaaaattttaactaagaaagggacaacaaacaattagatagccaaaatggtttcacttaagacatgtcggcata 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||| ||||    
T  44498775 cacaaaatatgacaactccataaatggaaaattttaactaagaaagggacaacaaacaattagatagccaaaatggtttcactaaagagatgtcgacata 44498676  T
Q  318 actaatattacgaaataatgctccttgattactttgaatcttcaatcacgatccatggcatttta--------------ggatgcatttcagatannnnn 403  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||              |||||||||||||||          
T  44498675 actaatattaccaaataatgctccttgattactttgaatcttcaatcatgatccatggcattttaggaatctttgcggtggatgcatttcagatcttttt 44498576  T
Q  404 nnccactaattttctatcagcaggaatccaagtgcttctgaagttctgatatgtgtatggcagttaaaatctttgtttttgcagcaacttctgcaccttg 503  Q
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44498575 ttccactaattttctatcagcaggaatccaagtgcttctgaagttctgatatgtgtatggcagttaaaatctttgtttttgcagcaacttctgcaccttg 44498476  T
Q  504 agtatgcacaatccttctttgcttggttcccacagtcttgacattttagaccctttaacacttcttcgccccctaattgggttgaatacannnnnnnncc 603  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||   ||||||| ||||||||||||||        ||    
T  44498475 agtatgcacaatccttctttgcttggttcccacagtcttaacattttagaccctttaacacttct---ccccctagttgggttgaataca-tttttttcc 44498380  T
Q  604 atctctttagc-tttaaactaaagatcatccttttatgagtttccttttggtcgtagggtggta 666  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44498379 atctctttagcttttaaactaaagatcatccttttatgagtttccttttggtcgtagggtggta 44498316  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 664 - 697
Target Start/End: Complemental strand, 44498189 - 44498156
Alignment:
Q  664 gtattatactatatcctctatgtgatgggcataa 697  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44498189 gtattatactatatcctctatgtgatgggcataa 44498156  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 234; Significance: 1e-129; HSPs: 4)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 234; E-Value: 1e-129
Query Start/End: Original strand, 406 - 697
Target Start/End: Complemental strand, 15709112 - 15708824
Alignment:
Q  406 ccactaattttctatcagcaggaatccaagtgcttctgaagttctgatatgtgtatggcagttaaaatctttgtttttgcagcaacttctgcaccttgag 505  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15709112 ccactaattttctatcagcaggaatccaagtgcttctgaagttttgatatgtgtatggcagttaaaatctttgtttttgcagcaacttctgcaccttgag 15709013  T
Q  506 tatgcacaatccttctttgcttggttcccacagtcttgacattttagaccctttaacacttcttcgccccctaattgggttgaatacannnnnnnnccat 605  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||        ||||    
T  15709012 tatgcacaatccttctttgcttggttcccacagtcttaacattttagaccctttaacacttct---ccccctaattgggttgaataca-tttttttccat 15708917  T
Q  606 ctctttagc-tttaaactaaagatcatccttttatgagtttccttttggtcgtagggtggtattatactatatcctctatgtgatgggcataa 697  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15708916 ctctttagcttttaaactaaagatcatccttttatgagtttccttttggtcgtagggtggtattatactatatcctctatgtgatgggcataa 15708824  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 142; E-Value: 4e-74
Query Start/End: Original strand, 447 - 697
Target Start/End: Original strand, 26795723 - 26795976
Alignment:
Q  447 ttctgatatgtgtatggcagttaaaatctttgtttttgcagcaacttctgcaccttgagtatgcacaatccttctttgcttggttcccacagtcttgaca 546  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26795723 ttctgatatgtgtatggcagttaaaacctttgtttttgcagcaacttctgcaccttgagtatgcacaatccttctttgcttggttcccacagtcttgaca 26795822  T
Q  547 ttttagaccctttaacacttcttcgccccctaattgggttgaatacannnnnnnnccatctctttagc-tttaaactaaagatcatccttttatgagttt 645  Q
    |||| |||||||||||||||||||  |||||||||| ||||||| ||        ||||| ||||||| ||| |||||||||||||| |||||| |||||    
T  26795823 ttttggaccctttaacacttcttcttcccctaattgtgttgaatgca--tcttttccatccctttagctttttaactaaagatcatctttttattagttt 26795920  T
Q  646 ----ccttttggtcgtagggtggtattatactatatcctctatgtgatgggcataa 697  Q
        ||||||||| |||| ||||||  ||||||||| |||||||||||||||||||    
T  26795921 acaaccttttggttgtagagtggtaccatactatatactctatgtgatgggcataa 26795976  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 113 - 190
Target Start/End: Original strand, 9200091 - 9200166
Alignment:
Q  113 agattcaagcttaaaaacaaaacatacttaattaatgccaatccagcaaaaggtgcaaatacaaatttgtatccaaaa 190  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||  ||||| ||| |||||||||||| ||||||||    
T  9200091 agattcaagcttaaaaacaaaacatacttaactaaagccaatcca-aaaaagttgc-aatacaaatttggatccaaaa 9200166  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 113 - 190
Target Start/End: Original strand, 9201854 - 9201928
Alignment:
Q  113 agattcaagcttaaaaacaaaacatacttaattaatgccaatccagcaaaaggtgcaaatacaaatttgtatccaaaa 190  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| |||||||||  ||||  ||| |||||||||||| ||||||||    
T  9201854 agattcaagcttaaaaacaaaacctacttaactaaagccaatcca--aaaaattgc-aatacaaatttggatccaaaa 9201928  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 102; Significance: 3e-50; HSPs: 3)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 102; E-Value: 3e-50
Query Start/End: Original strand, 143 - 308
Target Start/End: Original strand, 30111884 - 30112048
Alignment:
Q  143 attaatgccaatccagcaaaaggtgcaaatacaaatttgtatccaaaatagttaacccagcccttacataattcacacaaaatatgacaactccataaat 242  Q
    ||||| |||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| | |||||||    
T  30111884 attaaagccaatccagcaaaagttacaaatacaaatttgtatccaaaatagttaactcagcccttacattattcacacaaaatatgacaaat-cataaat 30111982  T
Q  243 ggaaaattttaactaagaaagggacaacaaacaattagatagccaaaatggtttcacttaagacat 308  Q
    ||||||||| ||||| |||||||  ||||||  ||||||||||||||||| ||||||| |||||||    
T  30111983 ggaaaatttcaactacgaaagggtgaacaaaacattagatagccaaaatgatttcactaaagacat 30112048  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 58; E-Value: 5e-24
Query Start/End: Original strand, 30 - 133
Target Start/End: Original strand, 30110671 - 30110775
Alignment:
Q  30 agtggacgtcactgctattcataaaaaagataaaaatggcatc-acagattcacatggtttactctaaagt-aatatcaaatccaagattcaagcttaaa 127  Q
    |||||| ||| || |||||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||  |||||||||    
T  30110671 agtggatgtcgctcctattc-taaaaaagataaaaatggcatctacatattcacatggtttactctaaagtgaatatcaaatccaagatataagcttaaa 30110769  T
Q  128 aacaaa 133  Q
    ||||||    
T  30110770 aacaaa 30110775  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 406 - 444
Target Start/End: Original strand, 30112132 - 30112170
Alignment:
Q  406 ccactaattttctatcagcaggaatccaagtgcttctga 444  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30112132 ccactaattttctatcagcaggaatccaagtgcttctga 30112170  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University