View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16068_low_74 (Length: 266)

Name: NF16068_low_74
Description: NF16068
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16068_low_74
NF16068_low_74
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (1-249)||(23596706-23596954)
chr4 (1-249)||(23587854-23588102)
chr4 (5-245)||(54396226-54396466)
[»] chr7 (7 HSPs)
chr7 (3-249)||(8017534-8017780)
chr7 (5-249)||(8102470-8102714)
chr7 (4-248)||(39985448-39985692)
chr7 (166-239)||(8609881-8609954)
chr7 (166-233)||(8581664-8581731)
chr7 (172-229)||(7877874-7877931)
chr7 (172-220)||(8590608-8590656)
[»] chr2 (7 HSPs)
chr2 (25-248)||(17716809-17717032)
chr2 (10-248)||(17648163-17648401)
chr2 (10-230)||(17666823-17667043)
chr2 (25-248)||(17718073-17718296)
chr2 (10-248)||(17622067-17622305)
chr2 (10-86)||(17705997-17706073)
chr2 (34-215)||(17704210-17704391)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 249; Significance: 1e-138; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 249; E-Value: 1e-138
Query Start/End: Original strand, 1 - 249
Target Start/End: Complemental strand, 23596954 - 23596706
Alignment:
Q  1 ctgttcttatccatcttagcatccctcaaacacttctcaacaggctccatacacttcctaaatagatccatgttgagctcttcaaaacgagcgcgagtaa 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23596954 ctgttcttatccatcttagcatccctcaaacacttctcaacaggctccatacacttcctaaatagatccatgttgagctcttcaaaacgagcgcgagtaa 23596855  T
Q  101 tggtagtgtaaaagtcaataccctcaaacaaagaatcaatttcaatggtggtttgagcagtagaggaaagagtcctcttagctctctcacaagcagttct 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23596854 tggtagtgtaaaagtcaataccctcaaacaaagaatcaatttcaatggtggtttgagcagtagaggaaagagtcctcttagctctctcacaagcagttct 23596755  T
Q  201 caaccttctaagagcccttggatttccactaatatctttcttattcttc 249  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23596754 caaccttctaagagcccttggatttccactaatatctttcttattcttc 23596706  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 217; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 1 - 249
Target Start/End: Complemental strand, 23588102 - 23587854
Alignment:
Q  1 ctgttcttatccatcttagcatccctcaaacacttctcaacaggctccatacacttcctaaatagatccatgttgagctcttcaaaacgagcgcgagtaa 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |    
T  23588102 ctgttcttatccatcttagcatccctcaaacacttctcaacaggctccatacacttcctaaacagatccatgttgagctcttcaaaacgagcccgagtga 23588003  T
Q  101 tggtagtgtaaaagtcaataccctcaaacaaagaatcaatttcaatggtggtttgagcagtagaggaaagagtcctcttagctctctcacaagcagttct 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||    
T  23588002 tggtagtgtaaaagtcaataccctcaaacaatgaatcaatttcaatggtggtttgagcagtagaggaaagggtcctcttagctctctcgcaagcagttct 23587903  T
Q  201 caaccttctaagagcccttggatttccactaatatctttcttattcttc 249  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  23587902 caatcttctaagagcccttggatttccactaatatccttcttattcttc 23587854  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 69; E-Value: 5e-31
Query Start/End: Original strand, 5 - 245
Target Start/End: Original strand, 54396226 - 54396466
Alignment:
Q  5 tcttatccatcttagcatccctcaaacacttctcaacaggctccatacacttcctaaatagatccatgttgagctcttcaaaacgagcgcgagtaatggt 104  Q
    ||||||| |||||||||||||| | ||||||||||||||| |||||||| |||||||| | |||||| || |  |||||||| |  || |  ||||| ||    
T  54396226 tcttatcaatcttagcatcccttagacacttctcaacaggttccatacatttcctaaacaaatccatattcaattcttcaaatctcgcccttgtaatagt 54396325  T
Q  105 agtgtaaaagtcaataccctcaaacaaagaatcaatttcaatggtggtttgagcagtagaggaaagagtcctcttagctctctcacaagcagttctcaac 204  Q
     |  || || ||||| || |||||||||||||||||||| || || || |||||||| || ||||| || |||||||||||||||||||| ||||| ||     
T  54396326 tgcatagaaatcaattccttcaaacaaagaatcaatttctattgttgtctgagcagttgaagaaagtgttctcttagctctctcacaagctgttcttaat 54396425  T
Q  205 cttctaagagcccttggatttccactaatatctttcttatt 245  Q
    || || | ||| |||| ||| ||||||||||| ||||||||    
T  54396426 ctcctcaaagctcttgcattaccactaatatccttcttatt 54396466  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 111; Significance: 4e-56; HSPs: 7)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 111; E-Value: 4e-56
Query Start/End: Original strand, 3 - 249
Target Start/End: Complemental strand, 8017780 - 8017534
Alignment:
Q  3 gttcttatccatcttagcatccctcaaacacttctcaacaggctccatacacttcctaaatagatccatgttgagctcttcaaaacgagcgcgagtaatg 102  Q
    |||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || || ||||||||||| || || ||||| |  || || || ||     
T  8017780 gttcttgtccatcttagcatctctcaaacacttctcaacaggctccatacactttctgaacagatccatgttaagttcctcaaatcttgcacgggtgatt 8017681  T
Q  103 gtagtgtaaaagtcaataccctcaaacaaagaatcaatttcaatggtggtttgagcagtagaggaaagagtcctcttagctctctcacaagcagttctca 202  Q
    || |||||||| |||| ||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||| || ||||| ||||| |||||||||||||| || ||||    
T  8017680 gtggtgtaaaaatcaacaccctcaaacaaagaatcaatctcaatggtagtttgtgcagtagaagagagagttctcttcgctctctcacaagctgtcctca 8017581  T
Q  203 accttctaagagcccttggatttccactaatatctttcttattcttc 249  Q
    |||| ||||| || || || |||||||||||||| ||||| ||||||    
T  8017580 acctcctaagtgctctagggtttccactaatatccttcttgttcttc 8017534  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 101; E-Value: 4e-50
Query Start/End: Original strand, 5 - 249
Target Start/End: Original strand, 8102470 - 8102714
Alignment:
Q  5 tcttatccatcttagcatccctcaaacacttctcaacaggctccatacacttcctaaatagatccatgttgagctcttcaaaacgagcgcgagtaatggt 104  Q
    |||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| || || ||||| |  || || || || ||    
T  8102470 tcttgtccatcttagcatctctcaaacacttctcaacaggctccatacacttcctgaacagatccatgttaagttcctcaaatctggcacgggtgattgt 8102569  T
Q  105 agtgtaaaagtcaataccctcaaacaaagaatcaatttcaatggtggtttgagcagtagaggaaagagtcctcttagctctctcacaagcagttctcaac 204  Q
     |||||||| |||| ||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| || || || || ||||| ||||| ||||||||||| || ||||||||     
T  8102570 ggtgtaaaaatcaacaccctcaaacaaagaatcaatctcaatggtagtttgtgcggttgatgagagagttctcttcgctctctcacatgcggttctcaat 8102669  T
Q  205 cttctaagagcccttggatttccactaatatctttcttattcttc 249  Q
    || ||||| ||||| || ||||| |||||||| ||||| ||||||    
T  8102670 ctcctaagtgccctagggtttccgctaatatccttcttgttcttc 8102714  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 89; E-Value: 6e-43
Query Start/End: Original strand, 4 - 248
Target Start/End: Original strand, 39985448 - 39985692
Alignment:
Q  4 ttcttatccatcttagcatccctcaaacacttctcaacaggctccatacacttcctaaatagatccatgttgagctcttcaaaacgagcgcgagtaatgg 103  Q
    ||||| |||||||| ||||| |||||||| |||||||| ||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||| ||||| |  || ||||||||||    
T  39985448 ttcttgtccatcttggcatctctcaaacatttctcaactggctccatacattttctaaagagatccatgttgagctcctcaaatcttgcacgagtaatgg 39985547  T
Q  104 tagtgtaaaagtcaataccctcaaacaaagaatcaatttcaatggtggtttgagcagtagaggaaagagtcctcttagctctctcacaagcagttctcaa 203  Q
      | ||| || ||||| || ||||| | ||||||||||||||||||||| || |||||||| || ||||| ||||| ||||| ||||||||||| |||||    
T  39985548 gggagtagaaatcaattccttcaaaaagagaatcaatttcaatggtggtctgggcagtagaagagagagttctcttcgctctttcacaagcagtcctcaa 39985647  T
Q  204 ccttctaagagcccttggatttccactaatatctttcttattctt 248  Q
    ||| |||||||| || || || ||||| || || ||||| |||||    
T  39985648 cctcctaagagctctggggttgccactgatgtccttcttgttctt 39985692  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 166 - 239
Target Start/End: Original strand, 8609881 - 8609954
Alignment:
Q  166 gaaagagtcctcttagctctctcacaagcagttctcaaccttctaagagcccttggatttccactaatatcttt 239  Q
    ||||| |||||||| || |||||||||||||| |||||||| ||||||||||| |  || ||||| ||||||||    
T  8609881 gaaagtgtcctctttgccctctcacaagcagtcctcaacctcctaagagccctcgagttcccactgatatcttt 8609954  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 166 - 233
Target Start/End: Original strand, 8581664 - 8581731
Alignment:
Q  166 gaaagagtcctcttagctctctcacaagcagttctcaaccttctaagagcccttggatttccactaat 233  Q
    ||||| ||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||  ||  ||||||||||| ||||    
T  8581664 gaaagtgtccttttcgctctctcacaagcagtcctcaaccttctaatggcttttggatttccaataat 8581731  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 172 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 7877931 - 7877874
Alignment:
Q  172 gtcctcttagctctctcacaagcagttctcaaccttctaagagcccttggatttccac 229  Q
    ||||| ||||| |||||||| |||||||||||||| ||||| ||||| || |||||||    
T  7877931 gtccttttagccctctcacatgcagttctcaacctcctaagggccctcgggtttccac 7877874  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 172 - 220
Target Start/End: Original strand, 8590608 - 8590656
Alignment:
Q  172 gtcctcttagctctctcacaagcagttctcaaccttctaagagcccttg 220  Q
    ||||| ||||| ||||||||||| ||| ||||||| |||||||||||||    
T  8590608 gtccttttagccctctcacaagctgttttcaacctcctaagagcccttg 8590656  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 72; Significance: 8e-33; HSPs: 7)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 72; E-Value: 8e-33
Query Start/End: Original strand, 25 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 17717032 - 17716809
Alignment:
Q  25 ctcaaacacttctcaacaggctccatacacttcctaaatagatccatgttgagctcttcaaaacgagcgcgagtaatggtagtgtaaaagtcaataccct 124  Q
    |||||||| ||||||||  |||||||||| | ||| || ||||||| ||||||||||||||| |  || ||||||||||  || || || ||||| ||||    
T  17717032 ctcaaacatttctcaacttgctccatacattccctgaagagatccaagttgagctcttcaaatctggcacgagtaatgggggtatagaaatcaattccct 17716933  T
Q  125 caaacaaagaatcaatttcaatggtggtttgagcagtagaggaaagagtcctcttagctctctcacaagcagttctcaaccttctaagagcccttggatt 224  Q
    |||| | | ||||||||||||||||||| || |||||||| || ||||  ||||| || |||||||||||||| ||||||||  ||||||| ||||| ||    
T  17716932 caaatagacaatcaatttcaatggtggtctgggcagtagatgatagagctctcttcgccctctcacaagcagtcctcaacctcataagagctcttgggtt 17716833  T
Q  225 tccactaatatctttcttattctt 248  Q
     |||||||| || ||||| |||||    
T  17716832 gccactaatgtccttcttgttctt 17716809  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 67; E-Value: 8e-30
Query Start/End: Original strand, 10 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 17648401 - 17648163
Alignment:
Q  10 tccatcttagcatccctcaaacacttctcaacaggctccatacacttcctaaatagatccatgttgagctcttcaaaacgagcgcgagtaatggtagtgt 109  Q
    |||||| ||||||| ||||||||  |||||||  |||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||| |  || ||||||||||  | |     
T  17648401 tccatcctagcatctctcaaacatatctcaacttgctccatacatttcctaaagagatccatgttgagctcctcaaatcttgcacgagtaatggaggagc 17648302  T
Q  110 aaaagtcaataccctcaaacaaagaatcaatttcaatggtggtttgagcagtagaggaaagagtcctcttagctctctcacaagcagttctcaaccttct 209  Q
    | || ||||| ||||| || | | ||||||||||||||||||||||   |||| | || ||||| ||||| ||  ||||||||||||| ||||||||  |    
T  17648301 agaaatcaattccctcgaatagacaatcaatttcaatggtggtttggagagtaaatgatagagttctcttggccttctcacaagcagtcctcaacctcat 17648202  T
Q  210 aagagcccttggatttccactaatatctttcttattctt 248  Q
    |||||| ||||| || |||||||| || ||||| |||||    
T  17648201 aagagctcttgggttgccactaatgtccttcttgttctt 17648163  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 65; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 10 - 230
Target Start/End: Complemental strand, 17667043 - 17666823
Alignment:
Q  10 tccatcttagcatccctcaaacacttctcaacaggctccatacacttcctaaatagatccatgttgagctcttcaaaacgagcgcgagtaatggtagtgt 109  Q
    |||||||||||||  |||||||| ||||||||  |||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||    || |||||||||   | |     
T  17667043 tccatcttagcatttctcaaacatttctcaacttgctccatacatttcctaaagagatccatgttgagctcttcaaatgtggcacgagtaatgaaggagc 17666944  T
Q  110 aaaagtcaataccctcaaacaaagaatcaatttcaatggtggtttgagcagtagaggaaagagtcctcttagctctctcacaagcagttctcaaccttct 209  Q
    | || ||||| ||||| || | | | ||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||  ||||| || |||||||||||||| | ||||||  |    
T  17666943 agaaatcaattccctcgaatagacattcaatttcaatggtggtctgagcagtagatgatagagctctcttcgccctctcacaagcagtccccaacctcat 17666844  T
Q  210 aagagcccttggatttccact 230  Q
    |||||| ||||| || |||||    
T  17666843 aagagctcttgggttgccact 17666823  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 64; E-Value: 5e-28
Query Start/End: Original strand, 25 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 17718296 - 17718073
Alignment:
Q  25 ctcaaacacttctcaacaggctccatacacttcctaaatagatccatgttgagctcttcaaaacgagcgcgagtaatggtagtgtaaaagtcaataccct 124  Q
    |||||||| ||||||||  |||||||||| | ||| || ||||||| ||||||||||||||| |  || ||||||||||  || || || ||||| ||||    
T  17718296 ctcaaacatttctcaacttgctccatacattccctgaagagatccaagttgagctcttcaaatctggcacgagtaatgggggtatagaaatcaattccct 17718197  T
Q  125 caaacaaagaatcaatttcaatggtggtttgagcagtagaggaaagagtcctcttagctctctcacaagcagttctcaaccttctaagagcccttggatt 224  Q
    |||| | | ||||||||||||||||||| || | |||||| || ||||  ||||| || |||||||||||||| |||||| |  ||||||| ||||| ||    
T  17718196 caaatagacaatcaatttcaatggtggtctgggaagtagatgatagagctctcttcgccctctcacaagcagtcctcaacttcataagagctcttgggtt 17718097  T
Q  225 tccactaatatctttcttattctt 248  Q
     |||||||| || ||||| |||||    
T  17718096 gccactaatgtccttcttgttctt 17718073  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 10 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 17622305 - 17622067
Alignment:
Q  10 tccatcttagcatccctcaaacacttctcaacaggctccatacacttcctaaatagatccatgttgagctcttcaaaacgagcgcgagtaatggtagtgt 109  Q
    |||||| ||||||  |||||||| ||||||||  |||||||||| |||||||| |||||||||||||||| ||||||    || ||||||||||  | |     
T  17622305 tccatcctagcatttctcaaacatttctcaacttgctccatacatttcctaaagagatccatgttgagcttttcaaatgtggcacgagtaatgggggagc 17622206  T
Q  110 aaaagtcaataccctcaaacaaagaatcaatttcaatggtggtttgagcagtagaggaaagagtcctcttagctctctcacaagcagttctcaaccttct 209  Q
    | || ||||| ||||| || | | ||||||||||||||||||||||  ||||| | || ||||| ||||| ||  ||||||||||||| ||||||||  |    
T  17622205 agaaatcaattccctcgaatagacaatcaatttcaatggtggtttggacagtaaatgatagagttctcttggccttctcacaagcagtcctcaacctcat 17622106  T
Q  210 aagagcccttggatttccactaatatctttcttattctt 248  Q
    |||||| ||||| || ||||| || || ||||| |||||    
T  17622105 aagagctcttgggttgccactgatgtccttcttgttctt 17622067  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 10 - 86
Target Start/End: Complemental strand, 17706073 - 17705997
Alignment:
Q  10 tccatcttagcatccctcaaacacttctcaacaggctccatacacttcctaaatagatccatgttgagctcttcaaa 86  Q
    |||||||||||||| |||||||| ||||||||  |||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  17706073 tccatcttagcatctctcaaacatttctcaacttgctccatacatttcctaaagagatccatgttgagctcttcaaa 17705997  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 46; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 34 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 17704391 - 17704210
Alignment:
Q  34 ttctcaacaggctccatacacttcctaaatagatccatgttgagctcttcaaaacgagcgcgagtaatggtagtgtaaaagtcaataccctcaaacaaag 133  Q
    ||||| |||| ||||||||| ||| |||| ||||||||||||||||||||||| |  || ||||||||| | ||| | || || || ||||  || |||     
T  17704391 ttctcgacagtctccatacatttcataaagagatccatgttgagctcttcaaatctggcacgagtaatgatggtgaagaaatccattcccttgaataaac 17704292  T
Q  134 aatcaatttcaatggtggtttgagcagtagaggaaagagtcctcttagctctctcacaagcagttctcaaccttctaagagc 215  Q
    || |||||||||||||||||||   |||| | || ||||| ||||| ||  ||||||||||||| ||||||||  |||||||    
T  17704291 aaacaatttcaatggtggtttggagagtaaatgatagagttctcttggccttctcacaagcagtcctcaacctcataagagc 17704210  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University