View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16069_low_1 (Length: 315)

Name: NF16069_low_1
Description: NF16069
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16069_low_1
NF16069_low_1
[»] chr4 (21 HSPs)
chr4 (13-298)||(30019788-30020081)
chr4 (47-301)||(32429268-32429517)
chr4 (13-301)||(35095998-35096292)
chr4 (13-301)||(35090885-35091179)
chr4 (38-301)||(34279479-34279725)
chr4 (33-301)||(18670810-18671073)
chr4 (33-301)||(54859138-54859391)
chr4 (163-295)||(18716465-18716597)
chr4 (33-285)||(14643706-14643948)
chr4 (163-295)||(18737138-18737270)
chr4 (66-301)||(3424704-3424934)
chr4 (163-301)||(34128333-34128471)
chr4 (33-134)||(34128221-34128322)
chr4 (165-301)||(47071378-47071514)
chr4 (13-119)||(3409548-3409655)
chr4 (33-134)||(22118847-22118950)
chr4 (33-95)||(34601999-34602061)
chr4 (248-301)||(3415333-3415386)
chr4 (33-132)||(25618268-25618360)
chr4 (33-131)||(47071530-47071634)
chr4 (197-243)||(34602075-34602121)
[»] chr5 (14 HSPs)
chr5 (33-301)||(2022934-2023196)
chr5 (13-301)||(13556244-13556539)
chr5 (13-301)||(9877479-9877773)
chr5 (13-301)||(39908928-39909222)
chr5 (13-301)||(9872364-9872658)
chr5 (47-301)||(39903815-39904074)
chr5 (33-301)||(35368862-35369125)
chr5 (156-295)||(4555629-4555768)
chr5 (177-301)||(25184068-25184186)
chr5 (219-289)||(43378419-43378489)
chr5 (24-236)||(43540733-43540928)
chr5 (33-117)||(43402094-43402178)
chr5 (36-110)||(43379554-43379623)
chr5 (66-119)||(4555777-4555830)
[»] chr2 (9 HSPs)
chr2 (33-301)||(42780154-42780416)
chr2 (19-301)||(30283396-30283675)
chr2 (13-301)||(17720466-17720760)
chr2 (13-301)||(45120356-45120651)
chr2 (13-301)||(14917322-14917616)
chr2 (13-300)||(716238-716518)
chr2 (163-300)||(16284408-16284546)
chr2 (22-132)||(20892299-20892409)
chr2 (33-94)||(16286003-16286064)
[»] chr8 (13 HSPs)
chr8 (13-301)||(14314851-14315145)
chr8 (13-301)||(14318555-14318849)
chr8 (13-301)||(43956790-43957083)
chr8 (13-301)||(26981815-26982110)
chr8 (13-301)||(26986929-26987223)
chr8 (13-286)||(18494117-18494395)
chr8 (13-301)||(34108199-34108495)
chr8 (33-301)||(25953136-25953393)
chr8 (13-301)||(10340907-10341191)
chr8 (13-301)||(18608590-18608862)
chr8 (199-301)||(18885034-18885136)
chr8 (33-119)||(1781975-1782061)
chr8 (171-241)||(1781869-1781939)
[»] chr6 (11 HSPs)
chr6 (13-301)||(21936626-21936914)
chr6 (33-301)||(24509673-24509943)
chr6 (13-301)||(21275743-21276037)
chr6 (13-301)||(20752078-20752352)
chr6 (13-301)||(21937540-21937830)
chr6 (165-301)||(24508926-24509062)
chr6 (165-301)||(2889182-2889318)
chr6 (164-301)||(11183263-11183400)
chr6 (165-301)||(2887460-2887596)
chr6 (13-119)||(24508800-24508907)
chr6 (33-97)||(11183148-11183212)
[»] chr1 (23 HSPs)
chr1 (13-301)||(28574267-28574561)
chr1 (13-301)||(28598279-28598573)
chr1 (13-301)||(43358723-43359007)
chr1 (13-301)||(3468037-3468332)
chr1 (33-301)||(10186542-10186817)
chr1 (33-290)||(44523992-44524245)
chr1 (147-301)||(3465443-3465596)
chr1 (13-301)||(19310794-19311077)
chr1 (147-301)||(13654305-13654461)
chr1 (13-260)||(21431621-21431865)
chr1 (163-301)||(1187798-1187935)
chr1 (163-301)||(35626142-35626280)
chr1 (33-301)||(16051176-16051428)
chr1 (164-273)||(17414633-17414742)
chr1 (33-117)||(13654468-13654552)
chr1 (229-301)||(29681560-29681632)
chr1 (229-301)||(48366213-48366285)
chr1 (33-94)||(35653214-35653275)
chr1 (59-119)||(17414555-17414615)
chr1 (33-134)||(1187953-1188054)
chr1 (66-107)||(3701492-3701533)
chr1 (19-58)||(43359020-43359059)
chr1 (70-108)||(10185836-10185874)
[»] chr3 (25 HSPs)
chr3 (13-301)||(4049777-4050072)
chr3 (13-301)||(5481428-5481722)
chr3 (13-301)||(8464720-8465014)
chr3 (13-301)||(10672878-10673172)
chr3 (33-301)||(49784466-49784729)
chr3 (13-301)||(4054911-4055206)
chr3 (13-301)||(33702539-33702834)
chr3 (47-301)||(6858030-6858289)
chr3 (19-301)||(5457957-5458246)
chr3 (13-301)||(31076342-31076636)
chr3 (13-301)||(1302184-1302479)
chr3 (47-301)||(6852927-6853186)
chr3 (13-301)||(31081447-31081741)
chr3 (47-301)||(8458281-8458541)
chr3 (47-301)||(10591270-10591529)
chr3 (13-301)||(10677991-10678287)
chr3 (70-301)||(33703269-33703506)
chr3 (13-275)||(10584798-10585066)
chr3 (19-301)||(29827399-29827661)
chr3 (168-301)||(20891029-20891162)
chr3 (165-301)||(18024246-18024382)
chr3 (164-294)||(3187551-3187681)
chr3 (66-119)||(20891184-20891237)
chr3 (66-119)||(18024174-18024227)
chr3 (269-301)||(10586384-10586416)
[»] chr7 (16 HSPs)
chr7 (13-301)||(12856759-12857053)
chr7 (13-301)||(26050991-26051285)
chr7 (13-301)||(26056104-26056398)
chr7 (13-301)||(26060350-26060644)
chr7 (13-301)||(26065463-26065757)
chr7 (13-301)||(12851644-12851940)
chr7 (147-301)||(14610334-14610487)
chr7 (33-301)||(4181364-4181615)
chr7 (176-301)||(11056595-11056720)
chr7 (33-273)||(5440261-5440494)
chr7 (33-273)||(5449271-5449504)
chr7 (164-301)||(37459938-37460075)
chr7 (198-301)||(35352422-35352525)
chr7 (229-301)||(5436692-5436764)
chr7 (33-107)||(37459824-37459898)
chr7 (13-93)||(14610512-14610593)
[»] scaffold0223 (1 HSPs)
scaffold0223 (13-301)||(1959-2253)
[»] scaffold0006 (2 HSPs)
scaffold0006 (147-301)||(144066-144222)
scaffold0006 (33-117)||(144229-144313)
[»] scaffold0005 (1 HSPs)
scaffold0005 (33-285)||(173344-173586)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 202; Significance: 1e-110; HSPs: 21)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 202; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 13 - 298
Target Start/End: Original strand, 30019788 - 30020081
Alignment:
Q  13 aacctgtggcaaaaaggtgct-aatgaaccataatattgattcaagtcaaatgagtgttttctctcatgtgaagggtcatataatgcactataaatgttt 111  Q
    ||||| ||||||||||||||| |||||||||||| || ||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30019788 aacctttggcaaaaaggtgcttaatgaaccataacat-gattcaagtcaaatgggtgctttctctcatgtgaagggtcatataatgcactataaatgttt 30019886  T
Q  112 ggcatttgaccattagtttgacagagaacagaaca--------acacacaattttggatagaattttgttacattaacaacataattcttcaccattctt 203  Q
    ||||||||  |||||||||||||||||||||||||        ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  30019887 ggcatttgggcattagtttgacagagaacagaacaacacaacaacacacaattttggacagaattttgttacattaacaacataattcttcaccattctc 30019986  T
Q  204 ttactctaaatcattcatcaattctctaatgcatgagtgaattgctggaaccataaatctgtgaaatactgttaggagatacgcttggtgtggtt 298  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  30019987 ttactctaaatcatccatcaattctctaatgcatgagtgaattgttggaaccataaatatgtgaaatactgttaggagatacgtttggtgtggtt 30020081  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 151; E-Value: 7e-80
Query Start/End: Original strand, 47 - 301
Target Start/End: Original strand, 32429268 - 32429517
Alignment:
Q  47 attgattcaagtcaaatgagtgttttctctcatgtgaagggtcatataatgcactataaatgtttggcatttgaccattagtttgacagagaacagaaca 146  Q
    |||||||||||||||| | |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||  |||||||| ||||     || ||||    
T  32429268 attgattcaagtcaaaggggtgttttctctcatttgaagagtcatataatgcactataaatgcttggcatttgtgcattagttggaca-----cacaaca 32429362  T
Q  147 acacacaattttggatagaattttgttacattaacaacataattcttcaccattcttttactctaaatcattcatcaattctctaatgcatgagtgaatt 246  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||  ||||||||||||||||| |  |||||| |||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||    
T  32429363 acacacaattttggacagaattttgttggattaacaacataattctccctcattctcttactctaaatcatccatcaattctttaatgcatgagtgaatt 32429462  T
Q  247 gctggaaccataaatctgtgaaatactgttaggagatacgcttggtgtggttgtg 301  Q
    | ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  32429463 gttggaaccataaatctgtaaaatactgttaggagatacgctttgtgtggttgtg 32429517  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 145; E-Value: 3e-76
Query Start/End: Original strand, 13 - 301
Target Start/End: Complemental strand, 35096292 - 35095998
Alignment:
Q  13 aacctgtggcaaaaaggtgct-aatgaaccataatattgattcaagtcaaatgagtgttttctctcatgtgaagggtcatataatgcactataaatgttt 111  Q
    ||||| |||||||| |||||| |||||| |||   |||||||||||| |||   ||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||    
T  35096292 aacctttggcaaaagggtgcttaatgaatcatggcattgattcaagttaaagaggtgctttctctcatgtgaagagtcatataatgcactataaatgctt 35096193  T
Q  112 ggcatttgaccattagtttgacagagaa------cagaacaacacacaattttggatagaattttgttacattaacaacataattcttcaccattctttt 205  Q
    | ||||||  ||||||||  | | | ||      || ||| ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  35096192 gacatttgggcattagttgaatatacaaaaaccacacaactacacacaattt-ggacagaattttgttacattaacaacataattcttcaccattctatt 35096094  T
Q  206 actctaaatcattcatcaattctctaatgcatgagtgaattgctggaaccataaatctgtgaaatactgttaggagatacgcttggtgtggttgtg 301  Q
    | |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35096093 attctaaatcatccatcaattctctaatgcatgagtgaattgctggaaccataaatctgtaaaatactgttaggagatacgcttggtgtggttgtg 35095998  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 133; E-Value: 4e-69
Query Start/End: Original strand, 13 - 301
Target Start/End: Complemental strand, 35091179 - 35090885
Alignment:
Q  13 aacctgtggcaaaaaggtgct-aatgaaccataatattgattcaagtcaaatgagtgttttctctcatgtgaagggtcatataatgcactataaatgttt 111  Q
    ||||| |||||||| |||||| |||||| |||   |||||||||||| |||   ||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||    
T  35091179 aacctttggcaaaagggtgcttaatgaatcatggcattgattcaagttaaagaggtgctttctctcatgtgaagagtcatataatgcactataaatgctt 35091080  T
Q  112 ggcatttgaccattagtttgacagagaacag------aacaacacacaattttggatagaattttgttacattaacaacataattcttcaccattctttt 205  Q
    | ||||||  ||||||||  | ||| || |       ||| ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||  ||||| ||    
T  35091079 gacatttgggcattagttgaagagacaaaaaccatacaactacacacaattt-ggacagaattttgttacattaacaacataattcatcaaaattctatt 35090981  T
Q  206 actctaaatcattcatcaattctctaatgcatgagtgaattgctggaaccataaatctgtgaaatactgttaggagatacgcttggtgtggttgtg 301  Q
    | |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35090980 attctaaatcatccatcaattctctaatgcatgagtgaattgctggaaccataaatctgtaaaatactgttaggagatacgcttggtgtggttgtg 35090885  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 131; E-Value: 6e-68
Query Start/End: Original strand, 38 - 301
Target Start/End: Original strand, 34279479 - 34279725
Alignment:
Q  38 aaccataatattgattcaagtcaaatgagtgttttctctcatgtgaagggtcatataatgcactataaatgtttggcatttgaccattagtttgacagag 137  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | ||||||| ||||| ||||||| |     
T  34279479 aaccataacattgattcaagtcaaatgagtgttttctctcatgtgaagggtcatataatgcactataaatgctcgacatttgagcattaatttgacacac 34279578  T
Q  138 aacagaacaacacacaattttggatagaattttgttacattaacaacataattcttcaccattcttttactctaaatcattcatcaattctctaatgcat 237  Q
    | |||||||                 |||||||||||||||||||||||||||||||  | |||| |||||||||||||  |||||||||||||||||||    
T  34279579 a-cagaacat----------------gaattttgttacattaacaacataattcttcctcgttctcttactctaaatcaaccatcaattctctaatgcat 34279661  T
Q  238 gagtgaattgctggaaccataaatctgtgaaatactgttaggagatacgcttggtgtggttgtg 301  Q
    ||||||||| ||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34279662 gagtgaattcctgaaaccataaatctgtaaaatactgttaggagatacgcttggtgtggttgtg 34279725  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 111; E-Value: 5e-56
Query Start/End: Original strand, 33 - 301
Target Start/End: Complemental strand, 18671073 - 18670810
Alignment:
Q  33 taatgaaccataatattgattcaagtcaaatgagtgttttctctcatgtgaagggtcatataatgcactataaatgtttggcatttgaccattagtttga 132  Q
    ||||||||||||  |||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||   |||| ||||     
T  18671073 taatgaaccatagcattgattcaagtcaaatgggtgctttctctcatgtgaagggtcatataatggactataaatgcttggcatttgggaattaatttg- 18670975  T
Q  133 cagagaacagaacaacacacaattttggatagaattttgttacattaacaacataattcttcaccattcttttactctaaatcattcatcaattctctaa 232  Q
      || | || ||||| | |||||       |||||| |||| |||||||||||||||||| |  |||||| |||||||||||||| ||||||||||||||    
T  18670974 --gaca-cacaacaa-agacaatagaaaccagaattatgttgcattaacaacataattctccctcattctcttactctaaatcatccatcaattctctaa 18670879  T
Q  233 tgcatgagtgaattgctggaaccataaatctgtgaaatactgttaggagatacgcttggtgtggttgtg 301  Q
    ||||||||||| ||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| |||||||||||||||    
T  18670878 tgcatgagtgacttgttggaaccataaatctgtaaaatattgttaggagatacacttggtgtggttgtg 18670810  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 33 - 301
Target Start/End: Original strand, 54859138 - 54859391
Alignment:
Q  33 taatgaaccataatattgattcaagtcaaatgag-tgttttctctcatgtgaagggtcatataatgcactataaatgtttggcatttgaccattagtttg 131  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||| | | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||  |||||  ||||| ||||    
T  54859138 taatgaaccataacattgattcaagtcaaagggggtgttttctctcatgtgaagggtcatataatgcactataaatgcttgatatttgggcattaatttg 54859237  T
Q  132 acagagaacagaacaacacacaattttggatagaattttgttacattaacaacataattcttcaccattcttttactctaaatcattcatcaattctcta 231  Q
           ||| |||    || ||      || ||||||||| ||||||||||||| ||||| |  |||||| || ||||||||||| |||||||||||||    
T  54859238 g------acacaac----caaaa------atggaattttgtcacattaacaacatgattctccctcattctcttgctctaaatcatccatcaattctcta 54859321  T
Q  232 atgcatgagtgaattgctggaaccataaatctgtgaaatactgttaggagatacgcttggtgtggttgtg 301  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||||| ||||||    
T  54859322 atgcacgagtgaattgctggaaccataaatccgtaaaatactgttaggagatacgtttggtgtagttgtg 54859391  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 93; E-Value: 3e-45
Query Start/End: Original strand, 163 - 295
Target Start/End: Complemental strand, 18716597 - 18716465
Alignment:
Q  163 agaattttgttacattaacaacataattcttcaccattcttttactctaaatcattcatcaattctctaatgcatgagtgaattgctggaaccataaatc 262  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||| | ||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||    
T  18716597 agaattttgttgcattaacaacataattctcccccattctcttactctaaatcatccatcaattctctaatacaagagtgaattgctggaaccataaatc 18716498  T
Q  263 tgtgaaatactgttaggagatacgcttggtgtg 295  Q
    ||| ||||||| |||| ||||||||||||||||    
T  18716497 tgtaaaatactattagaagatacgcttggtgtg 18716465  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 89; E-Value: 7e-43
Query Start/End: Original strand, 33 - 285
Target Start/End: Original strand, 14643706 - 14643948
Alignment:
Q  33 taatgaaccataatattgattcaagtcaaatgagtgttttctctcatgtgaagggtcatataatgcactataaatgtttggcatttgaccattagtttga 132  Q
    ||||||||| ||  |||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  |||||  ||||| |||      
T  14643706 taatgaaccttagcattgattcaagtcaaatgggtgttttctatcatgtgaagggtcatataatgcgctataaatgtttgatatttgtgcattaattt-- 14643803  T
Q  133 cagagaacagaacaacacacaattttggatagaattttgttacattaacaacataattcttcaccattcttttactctaaatcattcatcaattctctaa 232  Q
         |||| ||||| | |||       | ||||||||||||||| ||||||||||||||||   ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||    
T  14643804 -----aacataacaaaatacagaaa---aaagaattttgttacatcaacaacataattcttcctaattctcttactctaaatcatccatcaattctctaa 14643895  T
Q  233 tgcatgagtgaattgctggaaccataaatctgtgaaatactgttaggagatac 285  Q
    || ||  |||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| |||||    
T  14643896 tgtataggtgaattgctggaaccataaatctctaaaatactgttaggggatac 14643948  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 89; E-Value: 7e-43
Query Start/End: Original strand, 163 - 295
Target Start/End: Complemental strand, 18737270 - 18737138
Alignment:
Q  163 agaattttgttacattaacaacataattcttcaccattcttttactctaaatcattcatcaattctctaatgcatgagtgaattgctggaaccataaatc 262  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||| |  |||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  18737270 agaattttgttgcattaacaacataattctccctcattctcttactctaaatcatccatcaattctctaattcatgagtgaattgctggaaccataaatc 18737171  T
Q  263 tgtgaaatactgttaggagatacgcttggtgtg 295  Q
    ||| ||||||| |||| |||| |||||||||||    
T  18737170 tgtaaaatacttttagaagattcgcttggtgtg 18737138  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 88; E-Value: 3e-42
Query Start/End: Original strand, 66 - 301
Target Start/End: Original strand, 3424704 - 3424934
Alignment:
Q  66 gtgttttctctcatgtgaagggtcatataatgcactataaatgtttggcatttgaccattagttt-gacagagaacagaacaacacacaattttggatag 164  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  |||||  ||||| ||| ||||   |||||||||||| |||    || | |     
T  3424704 gtgttttctctcatgtgaagggtcatataatgcactataaatatttgatatttgggcattaatttagaca---aacagaacaaca-aca----tgaacaa 3424795  T
Q  165 aatttt-gttacattaacaacataat-tcttcaccattcttttactctaaatcattcatcaattctctaatgcatgagtgaattgctggaaccataaatc 262  Q
    |||||| ||||| ||||||||||||  ||| |  |||||| |||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| || |||||| ||||||||    
T  3424796 aatttttgttactttaacaacataagatctccctcattctcttactctaaatcatccattaattctctaatgcatgagtgagttactggaaacataaatc 3424895  T
Q  263 tgtgaaatactgttaggagatacgcttggtgtggttgtg 301  Q
    ||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  3424896 tgtaaaatactgttaggagatacggttggtgtggttgtg 3424934  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 79; E-Value: 6e-37
Query Start/End: Original strand, 163 - 301
Target Start/End: Original strand, 34128333 - 34128471
Alignment:
Q  163 agaattttgttacattaacaacataattcttcaccattcttttactctaaatcattcatcaattctctaatgcatgagtgaattgctggaaccataaatc 262  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||||||| |  |||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| || |||||||||||    
T  34128333 agaattttgttgcattaacatcataattctccctcattctcttactctaaatcatccatcaattttctaatgcatgagtgaattgttgaaaccataaatc 34128432  T
Q  263 tgtgaaatactgttaggagatacgcttggtgtggttgtg 301  Q
    ||| |||||  ||||||||||| | ||||||||||||||    
T  34128433 tgtaaaatatggttaggagatatgtttggtgtggttgtg 34128471  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 74; E-Value: 6e-34
Query Start/End: Original strand, 33 - 134
Target Start/End: Original strand, 34128221 - 34128322
Alignment:
Q  33 taatgaaccataatattgattcaagtcaaatgagtgttttctctcatgtgaagggtcatataatgcactataaatgtttggcatttgaccattagtttga 132  Q
    |||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| |||||| |||||    
T  34128221 taatgaactataacattgattcaagtcaaatgagtgttttctctaatgtgaagggtcatataatgcactataaatgcttgacatttggccattaatttga 34128320  T
Q  133 ca 134  Q
    ||    
T  34128321 ca 34128322  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 165 - 301
Target Start/End: Complemental strand, 47071514 - 47071378
Alignment:
Q  165 aattttgttacattaacaacataattcttcaccattcttttactctaaatcattcatcaattctctaatgcatgagtgaattgctggaaccataaatctg 264  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |  |||||| ||||||||||| ||  ||||||||||||||| |||||||||||| | ||||||||||| ||    
T  47071514 aattttgttacattaacaacataattctccctcattctcttactctaaattatctatcaattctctaatgaatgagtgaattgtttgaaccataaatttg 47071415  T
Q  265 tgaaatactgttaggagatacgcttggtgtggttgtg 301  Q
    | |||||||| || |||||| | ||||||||||||||    
T  47071414 taaaatactgatatgagatatgattggtgtggttgtg 47071378  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 64; E-Value: 6e-28
Query Start/End: Original strand, 13 - 119
Target Start/End: Original strand, 3409548 - 3409655
Alignment:
Q  13 aacctgtggcaaaaaggtgct-aatgaaccataatattgattcaagtcaaatgagtgttttctctcatgtgaagggtcatataatgcactataaatgttt 111  Q
    ||||| |||||||  |||||| |||||| ||||  |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  3409548 aacctttggcaaaggggtgcttaatgaatcatagcattgattcaagtcaaaggagtgttttctctcatgtgaagggtcatataatgcactataaatattt 3409647  T
Q  112 ggcatttg 119  Q
    | ||||||    
T  3409648 gacatttg 3409655  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 49; E-Value: 5e-19
Query Start/End: Original strand, 33 - 134
Target Start/End: Complemental strand, 22118950 - 22118847
Alignment:
Q  33 taatgaaccataatattgattcaagtcaaatgagtgt--tttctctcatgtgaagggtcatataatgcactataaatgtttggcatttgaccattagttt 130  Q
    |||||||||||| |||| |||||||||||| | ||||  |||||||||||||||||||||||||||  |||||||||| ||| ||||||  ||||| |||    
T  22118950 taatgaaccatattattcattcaagtcaaaggggtgtattttctctcatgtgaagggtcatataatatactataaatgcttgacatttgggcattaattt 22118851  T
Q  131 gaca 134  Q
    ||||    
T  22118850 gaca 22118847  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 33 - 95
Target Start/End: Original strand, 34601999 - 34602061
Alignment:
Q  33 taatgaaccataatattgattcaagtcaaatgagtgttttctctcatgtgaagggtcatataa 95  Q
    |||||||| |||  |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||    
T  34601999 taatgaactatagcattgattcaagtcaaatgagtgttttttctcatgtgaatggtcatataa 34602061  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000007
Query Start/End: Original strand, 248 - 301
Target Start/End: Original strand, 3415333 - 3415386
Alignment:
Q  248 ctggaaccataaatctgtgaaatactgttaggagatacgcttggtgtggttgtg 301  Q
    |||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||    
T  3415333 ctggaaccataaatctgtaaaatactattaggagatacggttggtgtggttgtg 3415386  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 33 - 132
Target Start/End: Original strand, 25618268 - 25618360
Alignment:
Q  33 taatgaaccataatattgattcaagtcaaatgagtgttttctctcatgtgaagggtcatataatgcactataaatgtttggcatttgaccattagtttga 132  Q
    ||||||| ||||| |||||||||||||| |   ||||||||||||||||       |||||||||||||||||||| ||||||||||  |||||||||||    
T  25618268 taatgaatcataacattgattcaagtcacagaggtgttttctctcatgt-------catataatgcactataaatgcttggcatttgggcattagtttga 25618360  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #20
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 33 - 131
Target Start/End: Complemental strand, 47071634 - 47071530
Alignment:
Q  33 taatgaaccataatattgattcaagtcaaatgagtgttttctctc------atgtgaagggtcatataatgcactataaatgtttggcatttgaccatta 126  Q
    |||||||||||   ||||||||||||||||  |||||||||||||      |||||||||||||||||||| |||||||||||||  ||||||  |||||    
T  47071634 taatgaaccattgcattgattcaagtcaaaaaagtgttttctctcatgttcatgtgaagggtcatataatgtactataaatgtttaacatttgggcatta 47071535  T
Q  127 gtttg 131  Q
     ||||    
T  47071534 atttg 47071530  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #21
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 197 - 243
Target Start/End: Original strand, 34602075 - 34602121
Alignment:
Q  197 cattcttttactctaaatcattcatcaattctctaatgcatgagtga 243  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||| ||| ||||||||||||    
T  34602075 cattcttttactctaaatcatccatcaattttcttatgcatgagtga 34602121  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 165; Significance: 3e-88; HSPs: 14)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 165; E-Value: 3e-88
Query Start/End: Original strand, 33 - 301
Target Start/End: Complemental strand, 2023196 - 2022934
Alignment:
Q  33 taatgaaccataatattgattcaagtcaaatgagtgttttctctcatgtgaagggtcatataatgcactataaatgtttggcatttgaccattagtttga 132  Q
    ||||||| ||||| |||||||||||||||| | ||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| ||| ||  |||||||| ||    
T  2023196 taatgaatcataacattgattcaagtcaaagg-gtgctttctctcatgtgaagagtcatataatgcactataaatgcttgacatatgggcattagttgga 2023098  T
Q  133 cagagaacagaacaacacacaattttggatagaattttgttacattaacaacataattcttcaccattcttttactctaaatcattcatcaattctctaa 232  Q
    ||     || ||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||| ||||||||||||||    
T  2023097 ca-----cacaacaacacataattttggacagaattttgttacattaacaacataattcttcaccattctcttattctaaatcatccatcaattctctaa 2023003  T
Q  233 tgcatgagtgaattgctggaaccataaatctgtgaaatactgttaggagatacgcttggtgtggttgtg 301  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  2023002 tgcatgagtgaattgctggaaccataaatctgtaaaatactgttaggagatacgcttggtttggttgtg 2022934  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 155; E-Value: 3e-82
Query Start/End: Original strand, 13 - 301
Target Start/End: Original strand, 13556244 - 13556539
Alignment:
Q  13 aacctgtggcaaaaaggtgct-aatgaaccataatattgattcaagtcaaatgagtgttttctctcatgtgaagggtcatataatgcactataaatgttt 111  Q
    ||||| ||||||||||||||| |||||| ||||  |||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||    
T  13556244 aacctttggcaaaaaggtgcttaatgaatcatagcattgattcaagtcaaatgggtgctttctctcatgtgaagagtcatataatgcactataaatgctt 13556343  T
Q  112 ggcatttgaccattagtttgacagaga-------acagaacaacacacaattttggatagaattttgttacattaacaacataattcttcaccattcttt 204  Q
    | ||||||  |||||||| |||| | |       ||| ||| ||||||||||| ||| |||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||| |    
T  13556344 gacatttgggcattagttggacatacagaaaaggacacaactacacacaattt-ggacagaagtttgttacattaacaacataattcttcatcattctct 13556442  T
Q  205 tactctaaatcattcatcaattctctaatgcatgagtgaattgctggaaccataaatctgtgaaatactgttaggagatacgcttggtgtggttgtg 301  Q
    || |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  13556443 tattctaaatcatccatcaattctctaatgcatgagtgaattgctggaaccataaatatgtaaaatacggttaggagatacgcttggtgtggttgtg 13556539  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 149; E-Value: 1e-78
Query Start/End: Original strand, 13 - 301
Target Start/End: Original strand, 9877479 - 9877773
Alignment:
Q  13 aacctgtggcaaaaaggtgct-aatgaaccataatattgattcaagtcaaatgagtgttttctctcatgtgaagggtcatataatgcactataaatgttt 111  Q
    ||||| |||||||| |||||| |||||| |||   |||||||||||| ||||  ||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||    
T  9877479 aacctttggcaaaagggtgcttaatgaatcatggcattgattcaagttaaataggtgctttctctcatgtgaagagtcatataatgcactataaatgctt 9877578  T
Q  112 ggcatttgaccattagtttgacagagaa------cagaacaacacacaattttggatagaattttgttacattaacaacataattcttcaccattctttt 205  Q
    | ||||||  ||||||||  | | | ||      || ||| ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  9877579 gacatttgggcattagttgaatatacaaaaaccacacaactacacacaattt-ggacagaattttgttacattaacaacataattcttcaccattctatt 9877677  T
Q  206 actctaaatcattcatcaattctctaatgcatgagtgaattgctggaaccataaatctgtgaaatactgttaggagatacgcttggtgtggttgtg 301  Q
    | |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9877678 attctaaatcatccatcaattctctaatgcatgagtgaattgctggaaccataaatctgtaaaatactgttaggagatacgcttggtgtggttgtg 9877773  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 149; E-Value: 1e-78
Query Start/End: Original strand, 13 - 301
Target Start/End: Complemental strand, 39909222 - 39908928
Alignment:
Q  13 aacctgtggcaaaaaggtgct-aatgaaccataatattgattcaagtcaaatgagtgttttctctcatgtgaagggtcatataatgcactataaatgttt 111  Q
    ||||| |||||||| |||||| |||||| |||   |||||||||||| ||||  ||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||    
T  39909222 aacctttggcaaaagggtgcttaatgaatcatggcattgattcaagttaaataggtgctttctctcatgtgaagagtcatataatgcactataaatgctt 39909123  T
Q  112 ggcatttgaccattagtttgacagagaa------cagaacaacacacaattttggatagaattttgttacattaacaacataattcttcaccattctttt 205  Q
    | ||||||  ||||||||  | | | ||      || ||| ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  39909122 gacatttgggcattagttgaaaaaacaaaaatcacacaactacacacaattt-ggacagaattttgttacattaacaacataattcttcaccattctatt 39909024  T
Q  206 actctaaatcattcatcaattctctaatgcatgagtgaattgctggaaccataaatctgtgaaatactgttaggagatacgcttggtgtggttgtg 301  Q
    | |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39909023 attctaaatcatccatcaattctctaatgcatgagtgaattgctggaaccataaatctgtaaaatactgttaggagatacgcttggtgtggttgtg 39908928  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 145; E-Value: 3e-76
Query Start/End: Original strand, 13 - 301
Target Start/End: Original strand, 9872364 - 9872658
Alignment:
Q  13 aacctgtggcaaaaaggtgct-aatgaaccataatattgattcaagtcaaatgagtgttttctctcatgtgaagggtcatataatgcactataaatgttt 111  Q
    ||||| |||||||| |||||| |||||| |||   |||||||||||| ||||  ||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||    
T  9872364 aacctttggcaaaagggtgcttaatgaatcatggcattgattcaagttaaataggtgctttctctcatgtgaagagtcatataatgcactataaatgctt 9872463  T
Q  112 ggcatttgaccattagtttgacagagaa------cagaacaacacacaattttggatagaattttgttacattaacaacataattcttcaccattctttt 205  Q
    | ||||||  ||||||||  | | | ||      || ||| ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||    
T  9872464 gacatttgggcattagttgaatatacaaaaaccacacaactacacacaattt-ggacagaattttgttacattaacaacataattcttcacaattctatt 9872562  T
Q  206 actctaaatcattcatcaattctctaatgcatgagtgaattgctggaaccataaatctgtgaaatactgttaggagatacgcttggtgtggttgtg 301  Q
    | |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9872563 attctaaatcatccatcaattctctaatgcatgagtgaattgctggaaccataaatctgtaaaatactgttaggagatacgcttggtgtggttgtg 9872658  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 142; E-Value: 2e-74
Query Start/End: Original strand, 47 - 301
Target Start/End: Complemental strand, 39904074 - 39903815
Alignment:
Q  47 attgattcaagtcaaatgagtgttttctctcatgtgaagggtcatataatgcactataaatgtttggcatttgaccattagtttgacagagaa------c 140  Q
    |||||||||||| ||||  ||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| |||||   ||||||||  | | | ||      |    
T  39904074 attgattcaagttaaataggtgctttctctcatgtgaagagtcatataatgcactataaatgcttgacattttggcattagttgaaaaaacaaaaaccac 39903975  T
Q  141 agaacaacacacaattttggatagaattttgttacattaacaacataattcttcaccattcttttactctaaatcattcatcaattctctaatgcatgag 240  Q
    | ||| ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  39903974 acaactacacacaattt-ggacagaattttgttacattaacaacataattcttcaccattctattattctaaatcatccatcaattctctaatgcatgag 39903876  T
Q  241 tgaattgctggaaccataaatctgtgaaatactgttaggagatacgcttggtgtggttgtg 301  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39903875 tgaattgctggaaccataaatctgtaaaatactgttaggagatacgcttggtgtggttgtg 39903815  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 133; E-Value: 4e-69
Query Start/End: Original strand, 33 - 301
Target Start/End: Original strand, 35368862 - 35369125
Alignment:
Q  33 taatgaaccataatattgattcaagtcaaatgagtgttttctctcatgtgaagggtcatataatgcactataaatgtttggcatttgaccattagtttga 132  Q
    ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||| ||| ||||||  ||||| |||||    
T  35368862 taatgaatcataacattgattcaagtcaaatgagtgttttctctcatgtgaaaagtcatataatgcactataaatgcttgacatttgggcattaatttga 35368961  T
Q  133 cagagaacagaacaacacacaattttggatagaattttgttacattaacaacataattcttcaccattcttttactctaaatcattcatcaattctctaa 232  Q
    ||     || ||||||||||||        ||||||||||| ||| || |||||||||||||  |||||| |||||||||||||| ||||||||||||||    
T  35368962 ca-----cacaacaacacacaacaaaaacaagaattttgttgcatcaaaaacataattcttcctcattctcttactctaaatcatccatcaattctctaa 35369056  T
Q  233 tgcatgagtgaattgctggaaccataaatctgtgaaatactgttaggagatacgcttggtgtggttgtg 301  Q
    ||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  35369057 tgcatgagtgaattgttgtaaccataaatctgtaaaatactattaggagatacgcttggtgtggttgtg 35369125  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 84; E-Value: 6e-40
Query Start/End: Original strand, 156 - 295
Target Start/End: Complemental strand, 4555768 - 4555629
Alignment:
Q  156 tttggatagaattttgttacattaacaacataattcttcaccattcttttactctaaatcattcatcaattctctaatgcatgagtgaattgctggaacc 255  Q
    |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||  ||| |||    
T  4555768 tttggacacaattttgttacattaacaacataattcttcaccattctattactctaaatcatccattaattctctaatgcatgagtgaattattggtacc 4555669  T
Q  256 ataaatctgtgaaatactgttaggagatacgcttggtgtg 295  Q
    |||||||||| ||||| ||||| || ||| | ||||||||    
T  4555668 ataaatctgtaaaataatgttaagaaatatgtttggtgtg 4555629  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 62; E-Value: 9e-27
Query Start/End: Original strand, 177 - 301
Target Start/End: Complemental strand, 25184186 - 25184068
Alignment:
Q  177 ttaacaacataattcttcaccattcttttactctaaatcattcatcaattctctaatgcatgagtgaattgctggaaccataaatctgtgaaatactgtt 276  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||| || |||||||||||      | |||||||| ||||| ||||    
T  25184186 ttaacaacatatttcttcaccattctcttactctaaatcatccatcaattctctaatgtattagtgaattgct------agaaatctgtaaaatattgtt 25184093  T
Q  277 aggagatacgcttggtgtggttgtg 301  Q
     ||||||||||||||| ||||||||    
T  25184092 tggagatacgcttggtatggttgtg 25184068  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 59; E-Value: 5e-25
Query Start/End: Original strand, 219 - 289
Target Start/End: Complemental strand, 43378489 - 43378419
Alignment:
Q  219 catcaattctctaatgcatgagtgaattgctggaaccataaatctgtgaaatactgttaggagatacgctt 289  Q
    |||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  43378489 catcaattctttaatgcattagtgaattgctggaaccataaatctgtaaaatactgttaggagatacgctt 43378419  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 59; E-Value: 5e-25
Query Start/End: Original strand, 24 - 236
Target Start/End: Original strand, 43540733 - 43540928
Alignment:
Q  24 aaaaggtgct-aatgaaccataatattgattcaagtcaaatgagtgttttctctcatgtgaagggtcatataatgcactataaatgtttggcatttgacc 122  Q
    |||||||||| |||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||| ||  |    
T  43540733 aaaaggtgcttaatgaaccataacattgactcaagtcaaatgagtgtt--ctctcatgtgaagggtcatataatgcactataaatacttggcatctgggc 43540830  T
Q  123 attagtttgacagagaacagaacaacacacaattttggatagaa-ttttgttacattaacaacataattcttcaccattcttttactctaaatcattcat 221  Q
    |||| ||||       ||| ||||           || |||||| ||||||||||||||||||||| |||| || |||||| ||||||||||||||  ||    
T  43540831 attaatttgg------acataaca-----------tgaatagaaattttgttacattaacaacatagttctccatcattctcttactctaaatcatctat 43540913  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 33 - 117
Target Start/End: Original strand, 43402094 - 43402178
Alignment:
Q  33 taatgaaccataatattgattcaagtcaaatgagtgttttctctcatgtgaagggtcatataatgcactataaatgtttggcatt 117  Q
    ||||||||||||| |||||||| | ||||||   |||||||| |||| |||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  43402094 taatgaaccataacattgattcgaatcaaattgatgttttctttcatatgaaggatcatataatgcactataaatgtttgtcatt 43402178  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 36 - 110
Target Start/End: Complemental strand, 43379623 - 43379554
Alignment:
Q  36 tgaaccataatattgattcaagtcaaatgagtgttttctctcatgtgaagggtcatataatgcactataaatgtt 110  Q
    |||| ||||| |||||||||||| |||||||||||||     |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43379623 tgaatcataacattgattcaagtaaaatgagtgtttt-----atgtgaagggtcatataatgcactataaatgtt 43379554  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 66 - 119
Target Start/End: Complemental strand, 4555830 - 4555777
Alignment:
Q  66 gtgttttctctcatgtgaagggtcatataatgcactataaatgtttggcatttg 119  Q
    |||||||||||||||| ||  |||||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  4555830 gtgttttctctcatgttaatagtcatataatgcactataaatgcttgacatttg 4555777  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 161; Significance: 7e-86; HSPs: 9)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 161; E-Value: 7e-86
Query Start/End: Original strand, 33 - 301
Target Start/End: Complemental strand, 42780416 - 42780154
Alignment:
Q  33 taatgaaccataatattgattcaagtcaaatgagtgttttctctcatgtgaagggtcatataatgcactataaatgtttggcatttgaccattagtttga 132  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||| | |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| || |||  |||||||| ||    
T  42780416 taatgaaccataacattgattcaagtcaaaggggtgttttctctcatgtgaagagtcatataatgcactataaatgattgacagttgggcattagttgga 42780317  T
Q  133 cagagaacagaacaacacacaattttggatagaattttgttacattaacaacataattcttcaccattcttttactctaaatcattcatcaattctctaa 232  Q
    ||     || ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||    
T  42780316 ca-----cacaacaacacacaattttggacagaattttgttacatta-ctacataattcttcaccattctcttactctaaatcatccatcaattctctaa 42780223  T
Q  233 tgcatgagtgaattgctggaaccataaatctgtgaaatactgttaggagatacgcttggtgtggttgtg 301  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||  ||||||||||||||    
T  42780222 tgcatgagtgaattgttggaaccataaatttgtaaaatactgttaggagatacatttggtgtggttgtg 42780154  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 154; E-Value: 1e-81
Query Start/End: Original strand, 19 - 301
Target Start/End: Original strand, 30283396 - 30283675
Alignment:
Q  19 tggcaaaaaggtgct-aatgaaccataatattgattcaagtcaaatgagtgttttctctcatgtgaagggtcatataatgcactataaatgtttggcatt 117  Q
    |||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| | ||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30283396 tggcaaaagggtgcttaatgaaccataatattgattcaagttaaaggggtgttttctttcatgtgaagagtcatataatgcactataaatgtttggcatt 30283495  T
Q  118 tgaccattagtttgacagagaacagaacaacacacaattttggatagaattttgttacattaacaacataattcttcaccattcttttactctaaatcat 217  Q
    ||  ||||||||  | | |   || ||| | ||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||| || | |||| ||||||||||||||    
T  30283496 tgggcattagttgaaaaca---cacaactaaacacaattt-ggacagaattttgttacattaacaacataattctccatccttctcttactctaaatcat 30283591  T
Q  218 tcatcaattctctaatgcatgagtgaattgctggaaccataaatctgtgaaatactgttaggagatacgcttggtgtggttgtg 301  Q
      |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  30283592 caatcaattctctaatgcatgagtgaattgctagaaccataaatctgtaaaatactattaggagatacgcttggtgtggttgtg 30283675  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 145; E-Value: 3e-76
Query Start/End: Original strand, 13 - 301
Target Start/End: Original strand, 17720466 - 17720760
Alignment:
Q  13 aacctgtggcaaaaaggtgct-aatgaaccataatattgattcaagtcaaatgagtgttttctctcatgtgaagggtcatataatgcactataaatgttt 111  Q
    ||||| |||||||| |||||| |||||| |||   |||||||||||| |||   ||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||    
T  17720466 aacctttggcaaaagggtgcttaatgaatcatggcattgattcaagttaaagaggtgctttctctcatgtgaagagtcatataatgcactataaatgctt 17720565  T
Q  112 ggcatttgaccattagtttgacagagaa------cagaacaacacacaattttggatagaattttgttacattaacaacataattcttcaccattctttt 205  Q
    | ||||||  ||||||||  | | | ||      || ||| ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  17720566 gacatttgggcattagttgaagatacaaaaaccacacaactacacacaattt-ggacagaattttgttacattaacaacataattcttcaccattctatt 17720664  T
Q  206 actctaaatcattcatcaattctctaatgcatgagtgaattgctggaaccataaatctgtgaaatactgttaggagatacgcttggtgtggttgtg 301  Q
    | |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17720665 attctaaatcatccatcaattctctaatgcatgagtgaattgctggaaccataaatctgtaaaatactgttaggagatacgcttggtgtggttgtg 17720760  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 143; E-Value: 4e-75
Query Start/End: Original strand, 13 - 301
Target Start/End: Complemental strand, 45120651 - 45120356
Alignment:
Q  13 aacctgtggcaaaaaggtgct-aatgaaccataatattgattcaagtcaaatgagtgttttctctcatgtgaagggtcatataatgcactataaatgttt 111  Q
    ||||| |||||||| |||||| |||||| ||| | |||||||||||| |||   ||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||    
T  45120651 aacctttggcaaaagggtgcttaatgaatcatgacattgattcaagttaaagaggtgctttctctcatgtgaagagtcatataatgcactataaatgctt 45120552  T
Q  112 ggcatttgaccattagtttgacagagaa-------cagaacaacacacaattttggatagaattttgttacattaacaacataattcttcaccattcttt 204  Q
    | ||||||  |||||||| || | | ||       || ||| ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |    
T  45120551 gacatttgggcattagttggatatacaaaaaaccacacaactacacacaattt-ggacagaattttgttacattaacaacataattcttcatcattctat 45120453  T
Q  205 tactctaaatcattcatcaattctctaatgcatgagtgaattgctggaaccataaatctgtgaaatactgttaggagatacgcttggtgtggttgtg 301  Q
    || |||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45120452 tattctaaatcatccatcaattctccaatgcatgagtgaattgctggaaccataaatctgtaaaatactgttaggagatacgcttggtgtggttgtg 45120356  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 141; E-Value: 6e-74
Query Start/End: Original strand, 13 - 301
Target Start/End: Original strand, 14917322 - 14917616
Alignment:
Q  13 aacctgtggcaaaaaggtgct-aatgaaccataatattgattcaagtcaaatgagtgttttctctcatgtgaagggtcatataatgcactataaatgttt 111  Q
    ||||| |||||||| |||||| |||||| |||   |||||||||||| ||||   ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||    
T  14917322 aacctttggcaaaagggtgcttaatgaatcatggcattgattcaagttaaatagctgttttctctcatgtgaagagtcatataatgcactataaatgctt 14917421  T
Q  112 ggcatttgaccattagtttgacagagaa------cagaacaacacacaattttggatagaattttgttacattaacaacataattcttcaccattctttt 205  Q
    | ||||||  ||||||||  | | | ||      || ||| |||||||| || ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||    
T  14917422 gacatttgggcattagttgaagatacaaaaaccacacaactacacacaactt-ggacagaattttgttacattaacaacataattcttcatcattctatt 14917520  T
Q  206 actctaaatcattcatcaattctctaatgcatgagtgaattgctggaaccataaatctgtgaaatactgttaggagatacgcttggtgtggttgtg 301  Q
    | |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14917521 attctaaatcatccatcaattctctaatgcatgagtgaattgctggaaccataaatctgtaaaatactgttaggagatacgcttggtgtggttgtg 14917616  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 123; E-Value: 3e-63
Query Start/End: Original strand, 13 - 300
Target Start/End: Complemental strand, 716518 - 716238
Alignment:
Q  13 aacctgtggcaaaaaggtgct-aatgaaccataatattgattcaagtcaaatgagtgttttctctcatgtgaagggtcatataatgcactataaatgttt 111  Q
    ||||| ||||||||||||| | |||| ||| ||| |||||||||||||||| |  ||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  716518 aacctttggcaaaaaggtgtttaatggaccgtaacattgattcaagtcaaagggatgttttctctcatatgaaaggtcatataatgcactataaatgttt 716419  T
Q  112 ggcatttgaccattagtttgacagagaacagaacaacacacaattttggatagaattttgttacattaacaacataattcttcaccattcttttactcta 211  Q
    ||||||||  ||||||| |||| || ||||||| |||| | |         ||||||||| | | |||||||||||||||| |  |||||| ||||||||    
T  716418 ggcatttgggcattagtgtgactgacaacagaa-aacataaaca-------agaattttgcttctttaacaacataattctccttcattctcttactcta 716327  T
Q  212 aatcattcatcaattctctaatgcatgagtgaattgctggaaccataaatctgtgaaatactgttaggagatacgcttggtgtggttgt 300  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||||||||||    
T  716326 aatcatccatcaattctctaatgcatgagtgaattgctggaaccctaaatctgtaaaatacagttaggagatacgtttggtgtggttgt 716238  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 83; E-Value: 3e-39
Query Start/End: Original strand, 163 - 300
Target Start/End: Complemental strand, 16284546 - 16284408
Alignment:
Q  163 agaattttgttacattaacaacataattcttcaccattcttttactctaaa-tcattcatcaattctctaatgcatgagtgaattgctggaaccataaat 261  Q
    ||||||||||| ||||||||| |||||||| |  |||||| |||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  16284546 agaattttgttgcattaacaatataattctccctcattctcttactctaaaatcattcatcaactctctaatgcatgagtgaattgctgaaaccataaat 16284447  T
Q  262 ctgtgaaatactgttaggagatacgcttggtgtggttgt 300  Q
    | || ||||||  ||||||||||||||||||||||||||    
T  16284446 cagtaaaataccattaggagatacgcttggtgtggttgt 16284408  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 22 - 132
Target Start/End: Original strand, 20892299 - 20892409
Alignment:
Q  22 caaaaaggtgct-aatgaaccataatattgattcaagtcaaatgagtgttttctctcatgtgaagggtcatataatgcactataaatgtttggcatttga 120  Q
    |||||||||||| ||||||||| || |||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||  ||| ||||||     
T  20892299 caaaaaggtgcttaatgaacca-aacattgattcaaatcaaatgagtgttttctctcgtgtgaagagtcatataatgcactataaatacttgacatttgg 20892397  T
Q  121 ccattagtttga 132  Q
     |||||||||||    
T  20892398 gcattagtttga 20892409  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 33 - 94
Target Start/End: Complemental strand, 16286064 - 16286003
Alignment:
Q  33 taatgaaccataatattgattcaagtcaaatgagtgttttctctcatgtgaagggtcatata 94  Q
    |||||||| ||||  |||||| |||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  16286064 taatgaactataacgttgattgaagttaaatgggtgttttctctcatgtgaagggtcatata 16286003  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 157; Significance: 2e-83; HSPs: 13)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 157; E-Value: 2e-83
Query Start/End: Original strand, 13 - 301
Target Start/End: Original strand, 14314851 - 14315145
Alignment:
Q  13 aacctgtggcaaaaaggtgct-aatgaaccataatattgattcaagtcaaatgagtgttttctctcatgtgaagggtcatataatgcactataaatgttt 111  Q
    ||||| |||||||| |||||| |||||| |||   |||||||||||| ||||  |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||    
T  14314851 aacctttggcaaaagggtgcttaatgaatcatggcattgattcaagttaaataggtgttttctctcatgtgaagagtcatataatgcactataaatgctt 14314950  T
Q  112 ggcatttgaccattagtttgacagagaa------cagaacaacacacaattttggatagaattttgttacattaacaacataattcttcaccattctttt 205  Q
    | ||||||  ||||||||  | ||| ||      || ||| ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  14314951 gacatttgggcattagttgaagagacaaaaaccacacaactacacacaattt-ggacagaattttgttacattaacaacataattcttcaccattctatt 14315049  T
Q  206 actctaaatcattcatcaattctctaatgcatgagtgaattgctggaaccataaatctgtgaaatactgttaggagatacgcttggtgtggttgtg 301  Q
    | |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14315050 attctaaatcatccatcaattctctaatgcatgagtgaattgctggaaccataaatctgtaaaatactgttaggagatacgcttggtgtggttgtg 14315145  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 157; E-Value: 2e-83
Query Start/End: Original strand, 13 - 301
Target Start/End: Original strand, 14318555 - 14318849
Alignment:
Q  13 aacctgtggcaaaaaggtgct-aatgaaccataatattgattcaagtcaaatgagtgttttctctcatgtgaagggtcatataatgcactataaatgttt 111  Q
    ||||| |||||||| |||||| |||||| |||   |||||||||||| ||||  |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||    
T  14318555 aacctttggcaaaagggtgcttaatgaatcatggcattgattcaagttaaataggtgttttctctcatgtgaagagtcatataatgcactataaatgctt 14318654  T
Q  112 ggcatttgaccattagtttgacagagaa------cagaacaacacacaattttggatagaattttgttacattaacaacataattcttcaccattctttt 205  Q
    | ||||||  ||||||||  | ||| ||      || ||| ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  14318655 gacatttgggcattagttgaagagacaaaaaccacacaactacacacaattt-ggacagaattttgttacattaacaacataattcttcaccattctatt 14318753  T
Q  206 actctaaatcattcatcaattctctaatgcatgagtgaattgctggaaccataaatctgtgaaatactgttaggagatacgcttggtgtggttgtg 301  Q
    | |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14318754 attctaaatcatccatcaattctctaatgcatgagtgaattgctggaaccataaatctgtaaaatactgttaggagatacgcttggtgtggttgtg 14318849  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 155; E-Value: 3e-82
Query Start/End: Original strand, 13 - 301
Target Start/End: Original strand, 43956790 - 43957083
Alignment:
Q  13 aacctgtggcaaaaaggtgct-aatgaaccataatattgattcaagtcaaatgagtgttttctctcatgtgaagggtcatataatgcactataaatgttt 111  Q
    ||||| ||||||||||||||| |||||| ||||  |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||    
T  43956790 aacctttggcaaaaaggtgcttaatgaatcatagcattgattcaagtcaaatgagtgctttctctcatgtgaagagtcatataatgcactataaatgctt 43956889  T
Q  112 ggcatttgaccattagtttgacagagaa-----cagaacaacacacaattttggatagaattttgttacattaacaacataattcttcaccattctttta 206  Q
    | ||||||  |||||||| |||| | ||     || ||| ||||||||||| ||| | ||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||| |||    
T  43956890 gacatttgggcattagttggacatacaaaaacacacaactacacacaattt-ggacataattttgttgcattaacaacataattcttcatcattctctta 43956988  T
Q  207 ctctaaatcattcatcaattctctaatgcatgagtgaattgctggaaccataaatctgtgaaatactgttaggagatacgcttggtgtggttgtg 301  Q
     |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43956989 ttctaaatcatccatcaattctctaatgcatgagtgaattgctgaaaccataaatttgtaaaacactgttaggagatacgcttggtgtggttgtg 43957083  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 147; E-Value: 2e-77
Query Start/End: Original strand, 13 - 301
Target Start/End: Original strand, 26981815 - 26982110
Alignment:
Q  13 aacctgtggcaaaaaggtgct-aatgaaccataatattgattcaagtcaaatgagtgttttctctcatgtgaagggtcatataatgcactataaatgttt 111  Q
    ||||| |||||||| |||||| |||||| |||   |||||||||||| |||   ||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  26981815 aacctttggcaaaagggtgcttaatgaatcatggcattgattcaagttaaagaggtgctttctctcatgtgaagagtcatataatgcactataaatgttt 26981914  T
Q  112 ggcatttgaccattagtttgacagagaa-------cagaacaacacacaattttggatagaattttgttacattaacaacataattcttcaccattcttt 204  Q
    | ||||||  ||||||||  | | | ||       || ||| ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  26981915 gacatttgggcattagttgaatatacaaaaaaccacacaactacacacaattt-ggacagaattttgttacattaacaacataattcttcaccattctat 26982013  T
Q  205 tactctaaatcattcatcaattctctaatgcatgagtgaattgctggaaccataaatctgtgaaatactgttaggagatacgcttggtgtggttgtg 301  Q
    || |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26982014 tattctaaatcatccatcaattctctaatgcatgagtgaattgctggaaccataaatctgtaaaatactgttaggagatacgcttggtgtggttgtg 26982110  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 145; E-Value: 3e-76
Query Start/End: Original strand, 13 - 301
Target Start/End: Original strand, 26986929 - 26987223
Alignment:
Q  13 aacctgtggcaaaaaggtgct-aatgaaccataatattgattcaagtcaaatgagtgttttctctcatgtgaagggtcatataatgcactataaatgttt 111  Q
    ||||| |||||||| |||||| |||||| |||   |||||||||||| |||   ||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||    
T  26986929 aacctttggcaaaagggtgcttaatgaatcatggcattgattcaagttaaagaggtgctttctctcatgtgaagagtcatataatgcactataaatgctt 26987028  T
Q  112 ggcatttgaccattagtttgacagagaa------cagaacaacacacaattttggatagaattttgttacattaacaacataattcttcaccattctttt 205  Q
    | ||||||  ||||||||  | | | ||      || ||| ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  26987029 gacatttgggcattagttgaatatacaaaaaccacacaactacacacaattt-ggacagaattttgttacattaacaacataattcttcaccattctatt 26987127  T
Q  206 actctaaatcattcatcaattctctaatgcatgagtgaattgctggaaccataaatctgtgaaatactgttaggagatacgcttggtgtggttgtg 301  Q
    | |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26987128 attctaaatcatccatcaattctctaatgcatgagtgaattgctggaaccataaatctgtaaaatactgttaggagatacgcttggtgtggttgtg 26987223  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 138; E-Value: 4e-72
Query Start/End: Original strand, 13 - 286
Target Start/End: Original strand, 18494117 - 18494395
Alignment:
Q  13 aacctgtggcaaaaaggtgct-aatgaaccataatattgattcaagtcaaatgagtgttttctctcatgtgaagggtcatataatgcactataaatgttt 111  Q
    ||||| |||||||| |||||| |||||| ||| | |||||||||||| ||| | ||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||    
T  18494117 aacctttggcaaaagggtgcttaatgaatcatgacattgattcaagttaaaag-gtgctttctctcatgtgaagagtcatataatgcactataaatgctt 18494215  T
Q  112 ggcatttgaccattagtttgacagagaa------cagaacaacacacaattttggatagaattttgttacattaacaacataattcttcaccattctttt 205  Q
    | ||||||  ||||||||  | | | ||      || ||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  18494216 gacatttgggcattagttgaagatacaaaaaccacacaactacacacaattt-ggatagaattttgttacattaacaacataattcttcaccattctatt 18494314  T
Q  206 actctaaatcattcatcaattctctaatgcatgagtgaattgctggaaccataaatctgtgaaatactgttaggagatacg 286  Q
    | |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  18494315 attctaaatcatccatcaattctctaatgcatgagtgaattgctggaaccataaatctgtaaaatactgttaggagatacg 18494395  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 137; E-Value: 2e-71
Query Start/End: Original strand, 13 - 301
Target Start/End: Complemental strand, 34108495 - 34108199
Alignment:
Q  13 aacctgtggcaaaaaggtgct-aatgaaccataatattgattcaagtcaaatgagtgttttctctcatgtgaagggtcatataatgcactataaatgttt 111  Q
    ||||| |||||||| |||||| |||||| ||| | |||||||||||| |||   ||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||    
T  34108495 aacctttggcaaaagggtgcttaatgaatcatgacattgattcaagttaaagaggtgctttctctcatgtgaagagtcatataatgcactataaatgctt 34108396  T
Q  112 ggcatttgaccattagtttgacagaga--------acagaacaacacacaattttggatagaattttgttacattaacaacataattcttcaccattctt 203  Q
    | ||||||  ||||||||  | | | |        ||| ||| |||||||| || ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||     
T  34108395 gacatttgggcattagttgaatatatacaaaaaccacacaactacacacaactt-ggacagaattttgttacattaacaacataattcttcatcattcta 34108297  T
Q  204 ttactctaaatcattcatcaattctctaatgcatgagtgaattgctggaaccataaatctgtgaaatactgttaggagatacgcttggtgtggttgtg 301  Q
    ||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34108296 ttattctaaatcatccatcaattctctaatgcatgagtgaattgctggaaccataaatctgtaaaatactgttaggagatacgcttggtgtggttgtg 34108199  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 133; E-Value: 4e-69
Query Start/End: Original strand, 33 - 301
Target Start/End: Original strand, 25953136 - 25953393
Alignment:
Q  33 taatgaaccataatattgattcaagtcaaatgagtgttttctctcatgtgaagggtcatataatgcactataaatgtttggcatttgaccattagtttga 132  Q
    ||||||||||||| ||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||        | || ||    
T  25953136 taatgaaccataaaattgatttaagtcaaatgggtgttttctctcatgtgaatggtcatataatgcactataaatgtttggcatta-------atttgga 25953228  T
Q  133 cagagaacagaacaacacacaattttggatagaattttgttacattaacaacataattcttcaccattcttttactctaaatcattcatcaattctctaa 232  Q
    || | || |  |||||||  ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||  ||||||||||||| |||||||| |||||    
T  25953229 caaacaata--acaacac--aattttggacagaattttgttacattaacaacataattctccatcattctcatactctaaatcatccatcaattgtctaa 25953324  T
Q  233 tgcatgagtgaattgctggaaccataaatctgtgaaatactgttaggagatacgcttggtgtggttgtg 301  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||| |||  ||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  25953325 tgcatgagtgaattgcttgaaccataaatatgtacaatactgttaggagatacgctaggtgtggttgtg 25953393  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 130; E-Value: 2e-67
Query Start/End: Original strand, 13 - 301
Target Start/End: Original strand, 10340907 - 10341191
Alignment:
Q  13 aacctgtggcaaaaaggtgct-aatgaaccataatattgattcaagtcaaatgagtgttttctctcatgtgaagggtcatataatgcactataaatgttt 111  Q
    ||||| || ||||| |||||| |||||| ||||  ||||||||||||||||   ||| ||| |||||||||||| |||||||||||||| ||||||| ||    
T  10340907 aacctttgacaaaagggtgcttaatgaatcatagcattgattcaagtcaaagaggtgctttttctcatgtgaagagtcatataatgcaccataaatgctt 10341006  T
Q  112 ggcatttgaccattagtttgacagagaacagaacaacacacaattttggatagaattttgttacattaacaacataattcttcaccattcttttactcta 211  Q
    ||||||||  |||||||| |||| | || |     ||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| |  |||||| ||||||||    
T  10341007 ggcatttgggcattagttggacatataaaa-----acatacaattttggacagaattttgttgcattaacaacataattctccctcattctcttactcta 10341101  T
Q  212 aatcattcatcaattctctaatgcatgagtgaattgctggaaccataaatctgtgaaatactgttaggagatacgcttggtgtggttgtg 301  Q
    |||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| ||||||    
T  10341102 aatcatccataaattctctaatgcatgagtgaattgctggaatcataaatctgtaaaatattgttaggagatacgcttggtgtagttgtg 10341191  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 107; E-Value: 1e-53
Query Start/End: Original strand, 13 - 301
Target Start/End: Original strand, 18608590 - 18608862
Alignment:
Q  13 aacctgtggcaaaaaggtgct-aatgaaccataatattgattcaagtcaaatgagtgttttctctcatgtgaagggtcatataatgcactataaatgttt 111  Q
    ||||| |||||||  |||||| |||||||||||| |||||||||||| ||| | ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||    
T  18608590 aacctttggcaaaggggtgcttaatgaaccataacattgattcaagttaaaggggtgttttctctcatgtgaa-ggtcatataatgcactacaaatgttt 18608688  T
Q  112 ggcatttgaccattagtttgacagagaacagaacaacacacaattttggatagaattttgttacattaacaacataattcttcaccattcttttactcta 211  Q
    |||||||   ||||| |||    | | ||   |||| | ||||         ||||||||||||||||||||||||||||| |  |||||| ||||||||    
T  18608689 ggcatttaggcattaattt----gggcac---acaagaaacaa---------gaattttgttacattaacaacataattctccctcattctcttactcta 18608772  T
Q  212 aatcattcatcaattctctaatgcatgagtgaattgctggaaccataaatctgtgaaatactgttaggagatacgcttggtgtggttgtg 301  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||| |||||  ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18608773 aatcatccatcaattctctaatgcatgagttaattgacggaacgataaatctgtaaaatactgttaggagatacgcttggtgtggttgtg 18608862  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 71; E-Value: 4e-32
Query Start/End: Original strand, 199 - 301
Target Start/End: Complemental strand, 18885136 - 18885034
Alignment:
Q  199 ttcttttactctaaatcattcatcaattctctaatgcatgagtgaattgctggaaccataaatctgtgaaatactgttaggagatacgcttggtgtggtt 298  Q
    |||| ||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||| |||||| |||||||||| ||    
T  18885136 ttctcttactctaaatcatcaatcaattctctaatgcatgagtgaattgctggaaccataaatctgtaaaatcctgttaagagatatgcttggtgtgatt 18885037  T
Q  299 gtg 301  Q
    |||    
T  18885036 gtg 18885034  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 33 - 119
Target Start/End: Complemental strand, 1782061 - 1781975
Alignment:
Q  33 taatgaaccataatattgattcaagtcaaatgagtgttttctctcatgtgaagggtcatataatgcactataaatgtttggcatttg 119  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||  ||| |||||||||||||||| |||| |||| ||||||||||||||||| ||||||    
T  1782061 taatgaaccataacattgattcaagtcaaaatagtattttctctcatgtgaaaggtcgtatactgcactataaatgtttgacatttg 1781975  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 171 - 241
Target Start/End: Complemental strand, 1781939 - 1781869
Alignment:
Q  171 gttacattaacaacataattcttcaccattcttttactctaaatcattcatcaattctctaatgcatgagt 241  Q
    |||||||||||||||||||| | |  |||||| |||||| ||||||| || |||||||||||| |||||||    
T  1781939 gttacattaacaacataattatccctcattctcttactcaaaatcatccaccaattctctaattcatgagt 1781869  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 154; Significance: 1e-81; HSPs: 11)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 154; E-Value: 1e-81
Query Start/End: Original strand, 13 - 301
Target Start/End: Original strand, 21936626 - 21936914
Alignment:
Q  13 aacctgtggcaaaaaggtgct-aatgaaccataatattgattcaagtcaaatgagtgttttctctcatgtgaagggtcatataatgcactataaatgttt 111  Q
    ||||| ||||||||||||||| ||| |||||||| |||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  21936626 aacctttggcaaaaaggtgcttaataaaccataacattgattcaagtcaaaggggtgttttctctcatgtgaagggtcatataatgcactataaatgctt 21936725  T
Q  112 ggcatttgaccattagtttgacagagaacagaacaacacacaattttggatagaattttgttacattaacaacataattcttcaccattcttttactcta 211  Q
      ||||||  ||||||||| ||| |  | | |||||||||||||||||||  ||| ||||||||||||||||||||||||| || ||||||  |||||||    
T  21936726 aacatttgggcattagtttaacacaaca-acaacaacacacaattttggactgaactttgttacattaacaacataattctccatcattctcatactcta 21936824  T
Q  212 aatcattcatcaattctctaatgcatgagtgaattgctggaaccataaatctgtgaaatactgttaggagatacgcttggtgtggttgtg 301  Q
    ||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | ||||||||||| || | ||||||||||    
T  21936825 aatcatctatcaattctctaatgcatgagtgaattgctggaaccataaatctgtaaaatattattaggagatacactcgatgtggttgtg 21936914  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 147; E-Value: 2e-77
Query Start/End: Original strand, 33 - 301
Target Start/End: Complemental strand, 24509943 - 24509673
Alignment:
Q  33 taatgaaccataatattgattcaagtcaaatgagtgttttctctcatgtgaagggtcatataatgcactataaatgtttggcatttgaccattagtttga 132  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| ||||||  ||||||||| |    
T  24509943 taatgaaccataacattgattcaagtcaaatgggtgttttctctcatgtgaaggttcatataatgcactataaatgcttgacatttgggcattagtttaa 24509844  T
Q  133 ca-gagaacag-aacaacacacaattttggatagaattttgttacattaacaacataattcttcaccattcttttactctaaatcattcatcaattctct 230  Q
    || || ||||  ||  | ||| ||||||| | | |||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||| |||||||| ||||||||||||    
T  24509843 cacgacaacaacaattatacataattttgtacaaaattatgttacattaacaacataattctccatcattcttttactttaaatcatccatcaattctct 24509744  T
Q  231 aatgcatgagtgaattgctggaaccataaatctgtgaaatactgttaggagatacgcttggtgtggttgtg 301  Q
    ||||||| ||||||||| ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  24509743 aatgcattagtgaattgttggaaccataaatttgtaaaatactgttaggagatacgcatggtgtggttgtg 24509673  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 145; E-Value: 3e-76
Query Start/End: Original strand, 13 - 301
Target Start/End: Complemental strand, 21276037 - 21275743
Alignment:
Q  13 aacctgtggcaaaaaggtgct-aatgaaccataatattgattcaagtcaaatgagtgttttctctcatgtgaagggtcatataatgcactataaatgttt 111  Q
    ||||| |||||||| |||||| |||||| |||   |||||||||||| |||   ||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||    
T  21276037 aacctttggcaaaagggtgcttaatgaatcatggcattgattcaagttaaagaggtgctttctctcatgtgaagagtcatataatgcactataaatgctt 21275938  T
Q  112 ggcatttgaccattagtttgacagagaa------cagaacaacacacaattttggatagaattttgttacattaacaacataattcttcaccattctttt 205  Q
    | ||||||  ||||||||  | | | ||      || ||| ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  21275937 gacatttgggcattagttgaatatacaaaaaccacacaactacacacaattt-ggacagaattttgttacattaacaacataattcttcaccattctatt 21275839  T
Q  206 actctaaatcattcatcaattctctaatgcatgagtgaattgctggaaccataaatctgtgaaatactgttaggagatacgcttggtgtggttgtg 301  Q
    | |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21275838 attctaaatcatccatcaattctctaatgcatgagtgaattgctggaaccataaatctgtaaaatactgttaggagatacgcttggtgtggttgtg 21275743  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 144; E-Value: 1e-75
Query Start/End: Original strand, 13 - 301
Target Start/End: Original strand, 20752078 - 20752352
Alignment:
Q  13 aacctgtggcaaaaaggtgct-aatgaaccataatattgattcaagtcaaatgagtgttttctctcatgtgaagggtcatataatgcactataaatgttt 111  Q
    ||||| || ||||| |||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||  ||    
T  20752078 aacctttgacaaaatggtgcttaatgaaccataacattgattcaagtcaaatgagtgttttctctcatgtgaaaggtcatctaatgcactataaatactt 20752177  T
Q  112 ggcatttgaccattagtttgacagagaacagaacaacacacaattttggatagaattttgttacattaacaacataattcttcaccattcttttactcta 211  Q
    |||||||   |||||  ||||||               |||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||    
T  20752178 ggcatttaggcattaacttgaca---------------cacagttttggaaagaattttgttacattaacaacataattcttcaccattctcttactata 20752262  T
Q  212 aatcattcatcaattctctaatgcatgagtgaattgctggaaccataaatctgtgaaatactgttaggagatacgcttggtgtggttgtg 301  Q
    | |||| |||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20752263 agtcatccatcaattctctgatgcatgagtgaattgttggaaccataaatctgtaaaatactgttaggagatacgcttggtgtggttgtg 20752352  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 136; E-Value: 6e-71
Query Start/End: Original strand, 13 - 301
Target Start/End: Complemental strand, 21937830 - 21937540
Alignment:
Q  13 aacctgtggcaaaaaggtgct-aatgaaccataatattgattcaagtcaaatgagtgttttctctcatgtgaagggtcatataatgcactataaatgttt 111  Q
    ||||| |||||||| |||| | |||||||||| | |||||||||||||||| | || ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  21937830 aacctttggcaaaagggtgtttaatgaaccatcacattgattcaagtcaaaggggtattttctctcatgtgaagggtcatataacgcactataaatgttt 21937731  T
Q  112 ggcatttgaccattagtttgacagag-aacag-aacaacacacaattttggatagaattttgttacattaacaacataattcttcaccattcttttactc 209  Q
    ||||||||  ||||||||| ||| |  ||||  ||||||||||||||||||| | |||||||| ||||||||||||||||| | || || ||| ||| ||    
T  21937730 ggcatttgggcattagtttaacacaacaacaacaacaacacacaattttggacataattttgt-acattaacaacataattttccatcactctcttattc 21937632  T
Q  210 taaatcattcatcaattctctaatgcatgagtgaattgctggaaccataaatctgtgaaatactgttaggagatacgcttggtgtggttgtg 301  Q
    |||| ||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||  |||| ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  21937631 taaaacatccatcaattctcaaatgcatgagtgaattgctggaaccataaatttgtataatattgttacgagatacgcttggtgtggttgtg 21937540  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 105; E-Value: 2e-52
Query Start/End: Original strand, 165 - 301
Target Start/End: Original strand, 24508926 - 24509062
Alignment:
Q  165 aattttgttacattaacaacataattcttcaccattcttttactctaaatcattcatcaattctctaatgcatgagtgaattgctggaaccataaatctg 264  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| ||    
T  24508926 aattatgttacattaacaacataattctccatcattcttttactctaaatcatccatcaattctctaatgcatgagtgaattgttggaatcataaatttg 24509025  T
Q  265 tgaaatactgttaggagatacgcttggtgtggttgtg 301  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24509026 taaaatactgttaggagatacgcttggtgtggttgtg 24509062  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 81; E-Value: 4e-38
Query Start/End: Original strand, 165 - 301
Target Start/End: Complemental strand, 2889318 - 2889182
Alignment:
Q  165 aattttgttacattaacaacataattcttcaccattcttttactctaaatcattcatcaattctctaatgcatgagtgaattgctggaaccataaatctg 264  Q
    ||||||||| ||||| |||||||||||| |  |||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  2889318 aattttgttccattaccaacataattctccctcattctcttactctaaatcattcatcaactctctaatgcatgagtgaattgctggaatcataaatctg 2889219  T
Q  265 tgaaatactgttaggagatacgcttggtgtggttgtg 301  Q
    | ||||| ||||| ||||||   ||||||||||||||    
T  2889218 taaaatagtgttaagagatatatttggtgtggttgtg 2889182  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 78; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 164 - 301
Target Start/End: Original strand, 11183263 - 11183400
Alignment:
Q  164 gaattttgttacattaacaacataattcttcaccattcttttactctaaatcattcatcaattctctaatgcatgagtgaattgctggaaccataaatct 263  Q
    ||||||||||||| ||| |||||||||||    |||||| ||||||||||||||  |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| ||    
T  11183263 gaattttgttacaataataacataattctctctcattctcttactctaaatcatcaatcaattctctaatgcatgagtaaattgctgaaaccataaacct 11183362  T
Q  264 gtgaaatactgttaggagatacgcttggtgtggttgtg 301  Q
    || |||||||||||||||||||  ||||||||||||||    
T  11183363 gtaaaatactgttaggagatacatttggtgtggttgtg 11183400  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 165 - 301
Target Start/End: Complemental strand, 2887596 - 2887460
Alignment:
Q  165 aattttgttacattaacaacataattcttcaccattcttttactctaaatcattcatcaattctctaatgcatgagtgaattgctggaaccataaatctg 264  Q
    ||||||||| ||||| |||||||||||| |  |||||| |||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  2887596 aattttgttccattaccaacataattctccctcattctcttactctaaatcatccatcaactctctaatgcatgagtgaattgctggaatcataaatctg 2887497  T
Q  265 tgaaatactgttaggagatacgcttggtgtggttgtg 301  Q
    | ||||| ||||| ||||||   ||||||||||||||    
T  2887496 taaaatagtgttaagagatatatttggtgtggttgtg 2887460  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 64; E-Value: 6e-28
Query Start/End: Original strand, 13 - 119
Target Start/End: Original strand, 24508800 - 24508907
Alignment:
Q  13 aacctgtggcaaaaaggtgct-aatgaaccataatattgattcaagtcaaatgagtgttttctctcatgtgaagggtcatataatgcactataaatgttt 111  Q
    ||||| |||||||| |||||| |||||||||||| |||||||||||||||| | ||||||||||||||| |||||||||||| ||| ||| |||||||||    
T  24508800 aacctttggcaaaagggtgcttaatgaaccataacattgattcaagtcaaaggggtgttttctctcatgagaagggtcatattatgtactgtaaatgttt 24508899  T
Q  112 ggcatttg 119  Q
    ||||||||    
T  24508900 ggcatttg 24508907  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 33 - 97
Target Start/End: Original strand, 11183148 - 11183212
Alignment:
Q  33 taatgaaccataatattgattcaagtcaaatgagtgttttctctcatgtgaagggtcatataatg 97  Q
    ||||||||||||| | |||||||||||||||| |||| ||||| |||||||||| ||||||||||    
T  11183148 taatgaaccataacactgattcaagtcaaatgggtgtgttctcccatgtgaaggctcatataatg 11183212  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 153; Significance: 4e-81; HSPs: 23)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 153; E-Value: 4e-81
Query Start/End: Original strand, 13 - 301
Target Start/End: Complemental strand, 28574561 - 28574267
Alignment:
Q  13 aacctgtggcaaaaaggtgct-aatgaaccataatattgattcaagtcaaatgagtgttttctctcatgtgaagggtcatataatgcactataaatgttt 111  Q
    ||||| |||||||| |||||| |||||| |||   |||||||||||| ||||  |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||    
T  28574561 aacctttggcaaaagggtgcttaatgaatcatggcattgattcaagttaaataggtgttttctctcatgtgaagagtcatataatgcactataaatgctt 28574462  T
Q  112 ggcatttgaccattagtttgacagagaa------cagaacaacacacaattttggatagaattttgttacattaacaacataattcttcaccattctttt 205  Q
    | ||||||  ||||||||  | | | ||      || ||| ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  28574461 gacatttgggcattagttgaatatacaaaaaccacacaactacacacaattt-ggacagaattttgttacattaacaacataattcttcaccattctatt 28574363  T
Q  206 actctaaatcattcatcaattctctaatgcatgagtgaattgctggaaccataaatctgtgaaatactgttaggagatacgcttggtgtggttgtg 301  Q
    | |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28574362 attctaaatcatccatcaattctctaatgcatgagtgaattgctggaaccataaatctgtaaaatactgttaggagatacgcttggtgtggttgtg 28574267  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 153; E-Value: 4e-81
Query Start/End: Original strand, 13 - 301
Target Start/End: Complemental strand, 28598573 - 28598279
Alignment:
Q  13 aacctgtggcaaaaaggtgct-aatgaaccataatattgattcaagtcaaatgagtgttttctctcatgtgaagggtcatataatgcactataaatgttt 111  Q
    ||||| |||||||| |||||| |||||| |||   |||||||||||| ||||  |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||    
T  28598573 aacctttggcaaaagggtgcttaatgaatcatggcattgattcaagttaaataggtgttttctctcatgtgaagagtcatataatgcactataaatgctt 28598474  T
Q  112 ggcatttgaccattagtttgacagagaa------cagaacaacacacaattttggatagaattttgttacattaacaacataattcttcaccattctttt 205  Q
    | ||||||  ||||||||  | | | ||      || ||| ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  28598473 gacatttgggcattagttgaatatacaaaaaccacacaactacacacaattt-ggacagaattttgttacattaacaacataattcttcaccattctatt 28598375  T
Q  206 actctaaatcattcatcaattctctaatgcatgagtgaattgctggaaccataaatctgtgaaatactgttaggagatacgcttggtgtggttgtg 301  Q
    | |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28598374 attctaaatcatccatcaattctctaatgcatgagtgaattgctggaaccataaatctgtaaaatactgttaggagatacgcttggtgtggttgtg 28598279  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 150; E-Value: 3e-79
Query Start/End: Original strand, 13 - 301
Target Start/End: Complemental strand, 43359007 - 43358723
Alignment:
Q  13 aacctgtggcaaaaaggtgct-aatgaaccataatattgattcaagtcaaatgagtgttttctctcatgtgaagggtcatataatgcactataaatgttt 111  Q
    ||||| |||||||  |||||| |||||| ||||  |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||| ||    
T  43359007 aacctttggcaaaggggtgcttaatgaatcatagcattgattcaagtcaaatgagtgctttctctcatgtgaagagtcctataatgcactataaatgctt 43358908  T
Q  112 ggcatttgaccattagtttgacagagaacagaacaacacacaattttggatagaattttgttacattaacaacataattcttcaccattcttttactcta 211  Q
    ||||||||  |||||||| ||||     ||  ||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||| |  |||||| ||||||||    
T  43358907 ggcatttgggcattagttggaca-----cactacaacacacaattttggactgaattttgttacattaacaacataattctccctcattctcttactcta 43358813  T
Q  212 aatcattcatcaattctctaatgcatgagtgaattgctggaaccataaatctgtgaaatactgttaggagatacgcttggtgtggttgtg 301  Q
    ||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | |||||||||||| | ||||||||||||||    
T  43358812 aattatccatcaattctctaatgcatgagtgaattgctggaaccataaatctgtaaaaaattgttaggagatatgtttggtgtggttgtg 43358723  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 147; E-Value: 2e-77
Query Start/End: Original strand, 13 - 301
Target Start/End: Complemental strand, 3468332 - 3468037
Alignment:
Q  13 aacctgtggcaaaaaggtgct-aatgaaccataatattgattcaagtcaaatgagtgttttctctcatgtgaagggtcatataatgcactataaatgttt 111  Q
    ||||| |||||||| |||||| |||||| ||| | |||||||||||| |||   ||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||    
T  3468332 aacctttggcaaaagggtgcttaatgaatcatgacattgattcaagttaaagatgtgctttctctcatgtgaagagtcatataatgcactataaatgctt 3468233  T
Q  112 ggcatttgaccattagtttgacagagaa-------cagaacaacacacaattttggatagaattttgttacattaacaacataattcttcaccattcttt 204  Q
    | ||||||  ||||||||  | | | ||       || ||| ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  3468232 gacatttgggcattagttgaagatacaaaaaaccacacaactacacacaattt-ggacagaattttgttacattaacaacataattcttcaccattctat 3468134  T
Q  205 tactctaaatcattcatcaattctctaatgcatgagtgaattgctggaaccataaatctgtgaaatactgttaggagatacgcttggtgtggttgtg 301  Q
    || |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3468133 tattctaaatcatccatcaattctctaatgcatgagtgaattgctggaaccataaatctgtaaaatactgttaggagatacgcttggtgtggttgtg 3468037  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 147; E-Value: 2e-77
Query Start/End: Original strand, 33 - 301
Target Start/End: Original strand, 10186542 - 10186817
Alignment:
Q  33 taatgaaccataatattgattcaagtcaaatgagtgttttctctcatgtgaagggtcatataatgcactataaatgtttggcatttgaccattagtttga 132  Q
    ||||||||||||  |||| ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  ||||| |||||    
T  10186542 taatgaaccatagcattggttcaagtcaaatgggtgctttctctcatgtgaagggtcatataatgcactataaatgtttgacatttgggcattaatttga 10186641  T
Q  133 -cagagaacag-aacaaca-cacaattttggatagaattttgttacattaacaacataattcttcaccattcttttactctaaatcattcatcaattctc 229  Q
     || |||| |  || |||| || ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| || |||||| |||||||||||||| |||||||||||    
T  10186642 acacagaagaacaataacaacataattttggacagaattttgttacattaacaacataattctccatcattctcttactctaaatcatccatcaattctc 10186741  T
Q  230 taatgcatgagtgaattgctggaaccataaatctgt----gaaatactgttaggagatacgcttggtgtggttgtg 301  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||     ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||    
T  10186742 taatgcatgagtgaattgctggaaccataaatctgtaaaataaatattgttaggagatacgtttggtgtggttgtg 10186817  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 144; E-Value: 1e-75
Query Start/End: Original strand, 33 - 290
Target Start/End: Original strand, 44523992 - 44524245
Alignment:
Q  33 taatgaaccataatattgattcaagtcaaatgagtgttttctctcat--gtgaagggtcatataatgcactataaatgtttggcatttgaccattagttt 130  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||| |||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  ||||| |||    
T  44523992 taatgaaccataacattgattcaagtcaaatgggtgttttccctcatatgtgaagggtcatataatgcactataaatgtttgacatttgggcattaattt 44524091  T
Q  131 gacagagaacagaacaacacacaattttggatagaattttgttacattaacaacataattcttcaccattcttttactctaaatcattcatcaattctct 230  Q
    ||   | ||||  |||||||||||||| | | ||||| ||||| |||||||||||||||||| || |||||| ||||| |||||||| ||||||||||||    
T  44524092 ga---acaaca--acaacacacaattt-gaacagaatattgttgcattaacaacataattctccatcattctcttactttaaatcatccatcaattctct 44524185  T
Q  231 aatgcatgagtgaattgctggaaccataaatctgtgaaatactgttaggagatacgcttg 290  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  44524186 aatgcatgagtgaattgctggaaccataaatctgtaaaatactgttaggagatacgcttg 44524245  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 127; E-Value: 1e-65
Query Start/End: Original strand, 147 - 301
Target Start/End: Complemental strand, 3465596 - 3465443
Alignment:
Q  147 acacacaattttggatagaattttgttacattaacaacataattcttcaccattcttttactctaaatcattcatcaattctctaatgcatgagtgaatt 246  Q
    ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  3465596 acacacaattt-ggacagaattttgttacattaacaacataattcttcaccattctattattctaaatcatccatcaattctctaatgcatgagtgaatt 3465498  T
Q  247 gctggaaccataaatctgtgaaatactgttaggagatacgcttggtgtggttgtg 301  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3465497 gctggaaccataaatctgtaaaatactgttaggagatacgcttggtgtggttgtg 3465443  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 126; E-Value: 6e-65
Query Start/End: Original strand, 13 - 301
Target Start/End: Complemental strand, 19311077 - 19310794
Alignment:
Q  13 aacctgtggcaaaaaggtgct-aatgaaccataatattgattcaagtcaaatgagtgttttctctcatgtgaagggtcatataatgcactataaatgttt 111  Q
    ||||| ||| |||| |||||| ||||||| |||| |||||||||||||||| | ||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  19311077 aacctttggtaaaagggtgcttaatgaactataacattgattcaagtcaaaggggtgctttctctcatgtgaagggtcatgtaatgcactataaatgttt 19310978  T
Q  112 ggcatttgaccattagtttgacagagaacagaacaacacacaattttggatagaattttgttacattaacaacataattcttcaccattcttttactcta 211  Q
    | ||||||  ||||| ||||||| | ||     ||||| |  |||||||| ||| ||||||||||||||||| |||||||| |  |||||| ||||| ||    
T  19310977 gacatttgggcattaatttgacacaaaag----caacata--attttggacagagttttgttacattaacaatataattctccctcattctcttactata 19310884  T
Q  212 aatcattcatcaattctctaatgcatgagtgaattgctggaaccataaatctgtgaaatactgttaggagatacgcttggtgtggttgtg 301  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| ||| |||||||||| |||||||| |||||||    
T  19310883 aatcatccatcaattctctaatgcatgaatgaattgctggaaccataaatctgtaaaacactattaggagatatgcttggtgcggttgtg 19310794  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 106; E-Value: 5e-53
Query Start/End: Original strand, 147 - 301
Target Start/End: Complemental strand, 13654461 - 13654305
Alignment:
Q  147 acacacaattttggatagaattttgttacattaacaacataattcttcaccattcttttactct--aaatcattcatcaattctctaatgcatgagtgaa 244  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |  |||||| || ||||  ||||||| ||| ||||||||||||||||||||||    
T  13654461 acacacaattttggatagaattttgttgcattaacaacataattctccctcattctcttgctctctaaatcatccattaattctctaatgcatgagtgaa 13654362  T
Q  245 ttgctggaaccataaatctgtgaaatactgttaggagatacgcttggtgtggttgtg 301  Q
    |||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13654361 ttgctgaaaccataaatctgtaaaatactgttaggagatacgcttggtgtggttgtg 13654305  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 13 - 260
Target Start/End: Original strand, 21431621 - 21431865
Alignment:
Q  13 aacctgtggcaaaaaggtgct-aatgaaccataatattgattcaagtcaaatgag-tgttttctctcatgtgaagggtcatataatgcactataaatgtt 110  Q
    ||||| |||||||| |||||| |||||||||||| ||||||| |||||||| | | || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  21431621 aacctttggcaaaagggtgcttaatgaaccataacattgatttaagtcaaagggggtgctttctctcatgtgaagggtcatataatgcactataaatgct 21431720  T
Q  111 tggcatttgaccattagtttgacagagaacagaacaacacacaattttgga-tagaattttgttacattaacaacataattcttcaccattcttttactc 209  Q
    || ||||||  |||||||| ||||||||||  ||||  | ||||    | |  ||||||||||| |||||||||||||||||| |  |||||| ||| ||    
T  21431721 tgacatttgggcattagttggacagagaac--aacagaaaacaa----gaacaagaattttgttgcattaacaacataattctccctcattctcttaatc 21431814  T
Q  210 taaatcattcatcaattctctaatgcatgagtgaattgctggaaccataaa 260  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||    
T  21431815 taaatcatccatcaattctctaatgcatcagtgaattgatggaaccataaa 21431865  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 91; E-Value: 4e-44
Query Start/End: Original strand, 163 - 301
Target Start/End: Complemental strand, 1187935 - 1187798
Alignment:
Q  163 agaattttgttacattaacaacataattcttcaccattcttttactctaaatcattcatcaattctctaatgcatgagtgaattgctggaaccataaatc 262  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||| | | ||||| |||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||| | ||||||||||||    
T  1187935 agaattttgttacattaacaacataaatctcctc-attctcttactctaaatcatccatcaattctttaatgcatgagtgaattggtagaaccataaatc 1187837  T
Q  263 tgtgaaatactgttaggagatacgcttggtgtggttgtg 301  Q
    ||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  1187836 tgtaaaatattgttaggagatacgcttggtgtggttgtg 1187798  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 91; E-Value: 4e-44
Query Start/End: Original strand, 163 - 301
Target Start/End: Complemental strand, 35626280 - 35626142
Alignment:
Q  163 agaattttgttacattaacaacataattcttcaccattcttttactctaaatcattcatcaattctctaatgcatgagtgaattgctggaaccataaatc 262  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |  |||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  35626280 agaattttgttacattaacaacataattctccctcattctcttactctaaatcatccatcaattctctaatgcatgagtgaattgttggaaccataaatc 35626181  T
Q  263 tgtgaaatactgttaggagatacgcttggtgtggttgtg 301  Q
    | | ||||||| |||||||||||| | | ||||||||||    
T  35626180 tataaaatactattaggagatacgttcgatgtggttgtg 35626142  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 83; E-Value: 3e-39
Query Start/End: Original strand, 33 - 301
Target Start/End: Complemental strand, 16051428 - 16051176
Alignment:
Q  33 taatgaaccataatattgattcaagtcaaatgagtgttttctctcatgtgaagggtcatataatgcactataaatgtttggcatttgaccattagtttga 132  Q
    ||||||||||||  |||||||||||||||| | |||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||  ||||| ||||     
T  16051428 taatgaaccatatcattgattcaagtcaaaagggtgttttcactcatgtgaatggtcatataatgcactataaatgtttgacatttgggcattaatttgg 16051329  T
Q  133 cagagaacagaacaacacacaattttggatagaattttgttacattaacaa-cataattcttcaccattcttttactctaaatcattcatcaattctcta 231  Q
          ||| ||||| | ||||         ||||||||||||||||||   |||  |||||   |||| | ||||| |||||||| |||||||||||||    
T  16051328 ------acacaacaaga-acaa---------gaattttgttacattaaccctcatt-ttcttactcattttcttactttaaatcatccatcaattctcta 16051246  T
Q  232 atgcatgagtgaattgctggaaccataaatctgtgaaatactgttaggagatacgcttggtgtggttgtg 301  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| ||||    
T  16051245 atgcatgagtgaattgctgaaaccataaatctgtaaaatactgttaggaaatacgcttggtgtggctgtg 16051176  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 164 - 273
Target Start/End: Original strand, 17414633 - 17414742
Alignment:
Q  164 gaattttgttacattaacaacataattcttcaccattcttttactctaaatcattcatcaattctctaatgcatgagtgaattgctggaaccataaatct 263  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |  |||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17414633 gaattttgttacattaacaacataattctccctcattctcttactctaaatcatccatcaattctctaatgcatgagtgaattgctggaaccataaatct 17414732  T
Q  264 gtgaaatact 273  Q
    |  |||||||    
T  17414733 ggaaaatact 17414742  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 65; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 33 - 117
Target Start/End: Complemental strand, 13654552 - 13654468
Alignment:
Q  33 taatgaaccataatattgattcaagtcaaatgagtgttttctctcatgtgaagggtcatataatgcactataaatgtttggcatt 117  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||    
T  13654552 taatgaaccataacattgattcaagtcaaaggggtgttttctctcatgtgaagggtcatataatgcactataaatacttggcatt 13654468  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 61; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 229 - 301
Target Start/End: Complemental strand, 29681632 - 29681560
Alignment:
Q  229 ctaatgcatgagtgaattgctggaaccataaatctgtgaaatactgttaggagatacgcttggtgtggttgtg 301  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  29681632 ctaatgcattagtgaattgctggaaccataaatctgtaaaatattgttaggagatacgcttggtgtggttgtg 29681560  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #17
Raw Score: 57; E-Value: 8e-24
Query Start/End: Original strand, 229 - 301
Target Start/End: Original strand, 48366213 - 48366285
Alignment:
Q  229 ctaatgcatgagtgaattgctggaaccataaatctgtgaaatactgttaggagatacgcttggtgtggttgtg 301  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| ||||||||||||||||||||||||    
T  48366213 ctaatgcattagtgaattgctggaaccataaatctgtaaaatattgtttggagatacgcttggtgtggttgtg 48366285  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #18
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 33 - 94
Target Start/End: Original strand, 35653214 - 35653275
Alignment:
Q  33 taatgaaccataatattgattcaagtcaaatgagtgttttctctcatgtgaagggtcatata 94  Q
    ||||||||||||  |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35653214 taatgaaccatatcattgattcaattcaaatgagtgttttctctcatgtgaagggtcatata 35653275  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #19
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 59 - 119
Target Start/End: Original strand, 17414555 - 17414615
Alignment:
Q  59 caaatgagtgttttctctcatgtgaagggtcatataatgcactataaatgtttggcatttg 119  Q
    |||||| ||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  17414555 caaatgggtggtttctctcatgtgaatggtcatataatgcactataaatgcttggcatttg 17414615  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #20
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 33 - 134
Target Start/End: Complemental strand, 1188054 - 1187953
Alignment:
Q  33 taatgaaccataatattgattcaagtcaaatgagtgttttctctcatgtgaagggtcatataatgcactataaatgtttggcatttgaccattagtttga 132  Q
    ||||||||||||| ||| |||||||||||| | |||||| |||||||||| || |||||||||| ||  |||| || ||| ||||||  ||||| |||||    
T  1188054 taatgaaccataacattaattcaagtcaaaggggtgtttactctcatgtgtagagtcatataatccataataagtgcttgccatttgggcattaatttga 1187955  T
Q  133 ca 134  Q
    ||    
T  1187954 ca 1187953  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #21
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 66 - 107
Target Start/End: Original strand, 3701492 - 3701533
Alignment:
Q  66 gtgttttctctcatgtgaagggtcatataatgcactataaat 107  Q
    |||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||    
T  3701492 gtgttttctctcatgtgaagagtcacataatgcactataaat 3701533  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #22
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000007
Query Start/End: Original strand, 19 - 58
Target Start/End: Complemental strand, 43359059 - 43359020
Alignment:
Q  19 tggcaaaaaggtgctaatgaaccataatattgattcaagt 58  Q
    |||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  43359059 tggcaaaagggtgctaatgaaccataacattgattcaagt 43359020  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #23
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 70 - 108
Target Start/End: Complemental strand, 10185874 - 10185836
Alignment:
Q  70 tttctctcatgtgaagggtcatataatgcactataaatg 108  Q
    |||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||    
T  10185874 tttctctcatatgaatggtcatataatgcactataaatg 10185836  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 147; Significance: 2e-77; HSPs: 25)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 147; E-Value: 2e-77
Query Start/End: Original strand, 13 - 301
Target Start/End: Complemental strand, 4050072 - 4049777
Alignment:
Q  13 aacctgtggcaaaaaggtgct-aatgaaccataatattgattcaagtcaaatgagtgttttctctcatgtgaagggtcatataatgcactataaatgttt 111  Q
    ||||| |||||||| |||||| |||||| |||   |||||||||||| |||   |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||    
T  4050072 aacctttggcaaaagggtgcttaatgaatcatggcattgattcaagttaaagaggtgttttctctcatgtgaagagtcatataatgcactataaatgctt 4049973  T
Q  112 ggcatttgaccattagtttgacagagaa-------cagaacaacacacaattttggatagaattttgttacattaacaacataattcttcaccattcttt 204  Q
    | ||||||  ||||||||  | | | ||       || ||| ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  4049972 gacatttgggcattagttgaagatacaaaaaaccacacaactacacacaattt-ggacagaattttgttacattaacaacataattcttcaccattctat 4049874  T
Q  205 tactctaaatcattcatcaattctctaatgcatgagtgaattgctggaaccataaatctgtgaaatactgttaggagatacgcttggtgtggttgtg 301  Q
    || |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4049873 tattctaaatcatccatcaattctctaatgcatgagtgaattgctggaaccataaatctgtaaaatactgttaggagatacgcttggtgtggttgtg 4049777  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 145; E-Value: 3e-76
Query Start/End: Original strand, 13 - 301
Target Start/End: Original strand, 5481428 - 5481722
Alignment:
Q  13 aacctgtggcaaaaaggtgct-aatgaaccataatattgattcaagtcaaatgagtgttttctctcatgtgaagggtcatataatgcactataaatgttt 111  Q
    ||||| |||||||| |||||| |||||| ||| | |||||||||||| ||||  ||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||    
T  5481428 aacctttggcaaaagggtgcttaatgaatcatgacattgattcaagttaaataggtgctttctctcatgtgaagagtcatataatgcactataaatgctt 5481527  T
Q  112 ggcatttgaccattagtttgacagagaa------cagaacaacacacaattttggatagaattttgttacattaacaacataattcttcaccattctttt 205  Q
    | ||||||  ||||||||  | | | ||      || ||| |||||||| || ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||    
T  5481528 gacatttgggcattagttgaagataaaaaaaccacacaactacacacaactt-ggacagaattttgttacattaacaacataattcttcatcattctatt 5481626  T
Q  206 actctaaatcattcatcaattctctaatgcatgagtgaattgctggaaccataaatctgtgaaatactgttaggagatacgcttggtgtggttgtg 301  Q
    | |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5481627 attctaaatcatccatcaattctctaatgcatgagtgaattgctggaaccataaatctgtaaaatactgttaggagatacgcttggtgtggttgtg 5481722  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 145; E-Value: 3e-76
Query Start/End: Original strand, 13 - 301
Target Start/End: Complemental strand, 8465014 - 8464720
Alignment:
Q  13 aacctgtggcaaaaaggtgct-aatgaaccataatattgattcaagtcaaatgagtgttttctctcatgtgaagggtcatataatgcactataaatgttt 111  Q
    ||||| |||||||| |||||| |||||| ||| | |||||||||||| |||   ||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||    
T  8465014 aacctttggcaaaatggtgcttaatgaatcatgacattgattcaagttaaagaggtgctttctctcatgtgaagagtcatataatgcactataaatgctt 8464915  T
Q  112 ggcatttgaccattagtttgacagagaa------cagaacaacacacaattttggatagaattttgttacattaacaacataattcttcaccattctttt 205  Q
    | ||||||  ||||||||  | | | ||      || ||| ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||    
T  8464914 gacatttgggcattagttgaatatacaaaaaccacacaactacacacaattt-ggacagaattttgttacattaacaacataattcttcatcattctatt 8464816  T
Q  206 actctaaatcattcatcaattctctaatgcatgagtgaattgctggaaccataaatctgtgaaatactgttaggagatacgcttggtgtggttgtg 301  Q
    | |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8464815 attctaaatcatccatcaattctctaatgcatgagtgaattgctggaaccataaatctgtaaaatactgttaggagatacgcttggtgtggttgtg 8464720  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 145; E-Value: 3e-76
Query Start/End: Original strand, 13 - 301
Target Start/End: Original strand, 10672878 - 10673172
Alignment:
Q  13 aacctgtggcaaaaaggtgct-aatgaaccataatattgattcaagtcaaatgagtgttttctctcatgtgaagggtcatataatgcactataaatgttt 111  Q
    ||||| |||||||| |||||| |||||| |||   |||||||||||| |||   ||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||    
T  10672878 aacctttggcaaaagggtgcttaatgaatcatggcattgattcaagttaaagaggtgctttctctcatgtgaagagtcatataatgcactataaatgctt 10672977  T
Q  112 ggcatttgaccattagtttgacagagaa------cagaacaacacacaattttggatagaattttgttacattaacaacataattcttcaccattctttt 205  Q
    | ||||||  ||||||||  | | | ||      || ||| ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  10672978 gacatttgggcattagttgaaaatacaaaaaccacacaactacacacaattt-ggacagaattttgttacattaacaacataattcttcaccattctatt 10673076  T
Q  206 actctaaatcattcatcaattctctaatgcatgagtgaattgctggaaccataaatctgtgaaatactgttaggagatacgcttggtgtggttgtg 301  Q
    | |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10673077 attctaaatcatccatcaattctctaatgcatgagtgaattgctggaaccataaatctgtaaaatactgttaggagatacgcttggtgtggttgtg 10673172  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 145; E-Value: 3e-76
Query Start/End: Original strand, 33 - 301
Target Start/End: Complemental strand, 49784729 - 49784466
Alignment:
Q  33 taatgaaccataatattgattcaagtcaaatgagtgttttctctcatgtgaagggtcatataatgcactataaatgtttggcatttgaccattagtttga 132  Q
    ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||||  |||||||| ||    
T  49784729 taatgaatcataacattgattcaagtcaaatgagtgttttctctcatgtgaagagtcatataatgcactataaatgcttgacatttgggcattagttgga 49784630  T
Q  133 cagagaacagaacaacacacaattttggatagaattttgttacattaacaacataattcttcaccattcttttactctaaatcattcatcaattctctaa 232  Q
    || | ||||     ||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||  |  |||||||||||| ||||||||  |||||||||||||    
T  49784629 catacaaca-----acacacaattttggacagaattttgttgcattaacaacataattccccctcattcttttactttaaatcatctatcaattctctaa 49784535  T
Q  233 tgcatgagtgaattgctggaaccataaatctgtgaaatactgttaggagatacgcttggtgtggttgtg 301  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| |||||||||||| | ||||| ||||||||    
T  49784534 ttcatgagtgaattgctggaaccataaatctggaaaatattgttaggagatatgtttggtatggttgtg 49784466  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 143; E-Value: 4e-75
Query Start/End: Original strand, 13 - 301
Target Start/End: Complemental strand, 4055206 - 4054911
Alignment:
Q  13 aacctgtggcaaaaaggtgct-aatgaaccataatattgattcaagtcaaatgagtgttttctctcatgtgaagggtcatataatgcactataaatgttt 111  Q
    ||||| |||||||| |||||| |||||| |||   |||||||||||| |||   ||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||    
T  4055206 aacctttggcaaaagggtgcttaatgaatcatggcattgattcaagttaaagaggtgctttctctcatgtgaagagtcatataatgcactataaatgctt 4055107  T
Q  112 ggcatttgaccattagtttgacagagaa-------cagaacaacacacaattttggatagaattttgttacattaacaacataattcttcaccattcttt 204  Q
    | ||||||  ||||||||  | | | ||       || ||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  4055106 gacatttgggcattagttgaagatacaaaaaaccacacaactacacacaattt-ggatagaattttgttacattaacaacataattcttcaccattctat 4055008  T
Q  205 tactctaaatcattcatcaattctctaatgcatgagtgaattgctggaaccataaatctgtgaaatactgttaggagatacgcttggtgtggttgtg 301  Q
    || |||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4055007 tattctaaatcatccatcaattctttaatgcatgagtgaattgctggaaccataaatctgtaaaatactgttaggagatacgcttggtgtggttgtg 4054911  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 143; E-Value: 4e-75
Query Start/End: Original strand, 13 - 301
Target Start/End: Original strand, 33702539 - 33702834
Alignment:
Q  13 aacctgtggcaaaaaggtgct-aatgaaccataatattgattcaagtcaaatgagtgttttctctcatgtgaagggtcatataatgcactataaatgttt 111  Q
    ||||| |||||||| |||||| |||||| |||   |||||||||||| |||   ||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||    
T  33702539 aacctttggcaaaagggtgcttaatgaatcatggcattgattcaagttaaagaggtgctttctctcatgtgaagagtcatataatgcactataaatgctt 33702638  T
Q  112 ggcatttgaccattagtttgacagagaa-------cagaacaacacacaattttggatagaattttgttacattaacaacataattcttcaccattcttt 204  Q
    | ||||||  ||||||||  | ||| ||       || ||| ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  33702639 gacatttgggcattagttgaatagacaaaaaaccacacaactacacacaattt-ggacagaattttgttacattaacaacataattcttcaccattctat 33702737  T
Q  205 tactctaaatcattcatcaattctctaatgcatgagtgaattgctggaaccataaatctgtgaaatactgttaggagatacgcttggtgtggttgtg 301  Q
    || |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33702738 tattctaaatcatccatcaattctctaatgcatgagtgaattgctggaaccataaatatgtaaaatactgttaggagatacgcttggtgtggttgtg 33702834  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 142; E-Value: 2e-74
Query Start/End: Original strand, 47 - 301
Target Start/End: Original strand, 6858030 - 6858289
Alignment:
Q  47 attgattcaagtcaaatgagtgttttctctcatgtgaagggtcatataatgcactataaatgtttggcatttgaccattagtttgacagagaa------c 140  Q
    |||||||||||| |||   ||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||||  |||||||| || | | ||      |    
T  6858030 attgattcaagttaaagaggtgatttctctcatgtgaagagtcatataatgcactataaatgcttgacatttgggcattagttggatatacaaaaaccac 6858129  T
Q  141 agaacaacacacaattttggatagaattttgttacattaacaacataattcttcaccattcttttactctaaatcattcatcaattctctaatgcatgag 240  Q
    | ||| ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  6858130 acaactacacacaattt-ggacagaattttgttacattaacaacataattcttcatcattctattattctaaatcatccatcaattctctaatgcatgag 6858228  T
Q  241 tgaattgctggaaccataaatctgtgaaatactgttaggagatacgcttggtgtggttgtg 301  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6858229 tgaattgctggaaccataaatctgtaaaatactgttaggagatacgcttggtgtggttgtg 6858289  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 141; E-Value: 6e-74
Query Start/End: Original strand, 19 - 301
Target Start/End: Original strand, 5457957 - 5458246
Alignment:
Q  19 tggcaaaaaggtgct-aatgaaccataatattgattcaagtcaaatgagtgttttctctcatgtgaagggtcatataatgcactataaatgtttggcatt 117  Q
    |||||||| |||||| |||||| ||| | |||||||||||| ||||  ||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||    
T  5457957 tggcaaaagggtgcttaatgaatcatgacattgattcaagttaaataggtgctttctctcatgtgaagagtcatataatgcactataaatgcttgacatt 5458056  T
Q  118 tgaccattagtttgacagagaa-------cagaacaacacacaattttggatagaattttgttacattaacaacataattcttcaccattcttttactct 210  Q
    ||  ||||||||  | | | ||       || ||| |||||||| || ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||| |||    
T  5458057 tgggcattagttgaagataaaaaaaaccacacaactacacacaactt-ggacagaattttgttacattaacaacataattcttcatcattctattattct 5458155  T
Q  211 aaatcattcatcaattctctaatgcatgagtgaattgctggaaccataaatctgtgaaatactgttaggagatacgcttggtgtggttgtg 301  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5458156 aaatcatccatcaattctctaatgcatgagtgaattgctggaaccataaatctgtaaaatactgttaggagatacgcttggtgtggttgtg 5458246  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 141; E-Value: 6e-74
Query Start/End: Original strand, 13 - 301
Target Start/End: Original strand, 31076342 - 31076636
Alignment:
Q  13 aacctgtggcaaaaaggtgct-aatgaaccataatattgattcaagtcaaatgagtgttttctctcatgtgaagggtcatataatgcactataaatgttt 111  Q
    ||||| |||||||| |||||| |||||| |||   |||||||||||| |||   ||| |||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||| ||    
T  31076342 aacctttggcaaaagggtgcttaatgaatcatggcattgattcaagttaaagaggtgctttctctcatgtgaagagtcatataatgcattataaatgctt 31076441  T
Q  112 ggcatttgaccattagtttgacagagaa------cagaacaacacacaattttggatagaattttgttacattaacaacataattcttcaccattctttt 205  Q
    | ||||||  ||||||||  ||| | ||      || ||| ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  31076442 gacatttgggcattagttgaacatacaaaaaccacacaactacacacaattt-ggacagaattttgttacattaacaacataattcttcaccattctatt 31076540  T
Q  206 actctaaatcattcatcaattctctaatgcatgagtgaattgctggaaccataaatctgtgaaatactgttaggagatacgcttggtgtggttgtg 301  Q
    | |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  31076541 attctaaatcatccatcaattctctaatgcatgagtgaattgctggaaccataaatctgtaaaatactgttaggagatacgtttggtgtggttgtg 31076636  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 139; E-Value: 1e-72
Query Start/End: Original strand, 13 - 301
Target Start/End: Original strand, 1302184 - 1302479
Alignment:
Q  13 aacctgtggcaaaaaggtgct-aatgaaccataatattgattcaagtcaaatgagtgttttctctcatgtgaagggtcatataatgcactataaatgttt 111  Q
    ||||| |||||||| |||||| |||||| |||   |||||||||||| |||   ||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||    
T  1302184 aacctttggcaaaagggtgcttaatgaatcatggcattgattcaagttaaagaggtgctttctctcatgtgaagagtcatataatgcactataaatgctt 1302283  T
Q  112 ggcatttgaccattagtttgacagagaa-------cagaacaacacacaattttggatagaattttgttacattaacaacataattcttcaccattcttt 204  Q
    | ||||||  ||||||||  | | | ||       || ||| ||||||||||| ||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  1302284 gacatttgggcattagttgaatatacaaaaaaccacacaactacacacaattt-ggacaaaattttgttacattaacaacataattcttcaccattctat 1302382  T
Q  205 tactctaaatcattcatcaattctctaatgcatgagtgaattgctggaaccataaatctgtgaaatactgttaggagatacgcttggtgtggttgtg 301  Q
    || |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1302383 tattctaaatcatccatcaattctctaatgcatgagtgaattgctggaaccataaatctgtaaaatactgttaggagatacgcttggtgtggttgtg 1302479  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 138; E-Value: 4e-72
Query Start/End: Original strand, 47 - 301
Target Start/End: Original strand, 6852927 - 6853186
Alignment:
Q  47 attgattcaagtcaaatgagtgttttctctcatgtgaagggtcatataatgcactataaatgtttggcatttgaccattagtttgacagagaa------c 140  Q
    |||||||||||| |||   ||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||||  |||||||| || | | ||      |    
T  6852927 attgattcaagttaaagaggtgctttctctcatgtgaagagtcatataatgcactataaatgcttgacatttgggcattagttggatatacaaaaaccac 6853026  T
Q  141 agaacaacacacaattttggatagaattttgttacattaacaacataattcttcaccattcttttactctaaatcattcatcaattctctaatgcatgag 240  Q
    | ||| ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||| |||||||||| |||||||||||||||||| |||    
T  6853027 acaactacacacaattt-ggacagaattttgttacattaacaacataattcttcatcattctattattctaaatcatccatcaattctctaatgcacgag 6853125  T
Q  241 tgaattgctggaaccataaatctgtgaaatactgttaggagatacgcttggtgtggttgtg 301  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6853126 tgaattgctggaaccataaatctgtaaaatactgttaggagatacgcttggtgtggttgtg 6853186  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 137; E-Value: 2e-71
Query Start/End: Original strand, 13 - 301
Target Start/End: Original strand, 31081447 - 31081741
Alignment:
Q  13 aacctgtggcaaaaaggtgct-aatgaaccataatattgattcaagtcaaatgagtgttttctctcatgtgaagggtcatataatgcactataaatgttt 111  Q
    ||||| |||||||| |||||| |||||| |||   |||||||||||| |||   ||| |||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||| ||    
T  31081447 aacctttggcaaaagggtgcttaatgaatcatggcattgattcaagttaaagaggtgctttctctcatgtgaagagtcatataatgcattataaatgctt 31081546  T
Q  112 ggcatttgaccattagtttgacagagaa------cagaacaacacacaattttggatagaattttgttacattaacaacataattcttcaccattctttt 205  Q
    | ||||||  ||||||||  ||| | ||      || ||| ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  31081547 gacatttgggcattagttgaacatacaaaaaccacacaactacacacaattt-ggacagaattttgttacattaacaacataattcttcaccattctatt 31081645  T
Q  206 actctaaatcattcatcaattctctaatgcatgagtgaattgctggaaccataaatctgtgaaatactgttaggagatacgcttggtgtggttgtg 301  Q
    | |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  31081646 attctaaatcatccatcaattctctaatgcatgagtgaattgttggaaccataaatctgtaaaatactgttaggagatacgtttggtgtggttgtg 31081741  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 135; E-Value: 2e-70
Query Start/End: Original strand, 47 - 301
Target Start/End: Complemental strand, 8458541 - 8458281
Alignment:
Q  47 attgattcaagtcaaatgagtgttttctctcatgtgaagggtcatataatgcactataaatgtttggcattt-gaccattagtttgacagagaa------ 139  Q
    |||||||||||| |||   |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||| |  ||||||||  | | | ||          
T  8458541 attgattcaagttaaagaggtgttttctctcatgtgaagagtcatataatgcactataaatgcttgacattttgggcattagttgaatatacaaaaacca 8458442  T
Q  140 cagaacaacacacaattttggatagaattttgttacattaacaacataattcttcaccattcttttactctaaatcattcatcaattctctaatgcatga 239  Q
    || ||| ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||| |||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  8458441 cacaactacacacaattt-ggacagaattttgttacattaacaacataattcttcatcattctattattctaaatcatccatcaattctctaatgcatga 8458343  T
Q  240 gtgaattgctggaaccataaatctgtgaaatactgttaggagatacgcttggtgtggttgtg 301  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8458342 gtgaattgctggaaccataaatctgtaaaatactgttaggagatacgcttggtgtggttgtg 8458281  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 134; E-Value: 9e-70
Query Start/End: Original strand, 47 - 301
Target Start/End: Original strand, 10591270 - 10591529
Alignment:
Q  47 attgattcaagtcaaatgagtgttttctctcatgtgaagggtcatataatgcactataaatgtttggcatttgaccattagtttgacagagaa------c 140  Q
    |||||||||||| |||   ||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||||  ||||||||  | | | ||      |    
T  10591270 attgattcaagttaaagaggtgctttctctcatgtgaagagtcatataatgcactataaatgcttgacatttgggcattagttgaaaatacaaaaaccac 10591369  T
Q  141 agaacaacacacaattttggatagaattttgttacattaacaacataattcttcaccattcttttactctaaatcattcatcaattctctaatgcatgag 240  Q
    | ||| ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| ||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  10591370 acaactacacacaattt-ggacagaattttgttacattaacaacataattcctcatcattctattattctaaatcatccatcaattctctaatgcatgag 10591468  T
Q  241 tgaattgctggaaccataaatctgtgaaatactgttaggagatacgcttggtgtggttgtg 301  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10591469 tgaattgctggaaccataaatctgtaaaatactgttaggagatacgcttggtgtggttgtg 10591529  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 132; E-Value: 1e-68
Query Start/End: Original strand, 13 - 301
Target Start/End: Original strand, 10677991 - 10678287
Alignment:
Q  13 aacctgtggcaaaaaggtgct-aatgaaccataatattgattcaagtcaaatgagtgttttctctcatgtgaagggtca--tataatgcactataaatgt 109  Q
    ||||| |||||||| |||||| |||||| |||   |||||||||||| |||   ||| ||||| |||||||||| ||||  ||||||||||||||||||     
T  10677991 aacctttggcaaaagggtgcttaatgaatcatggcattgattcaagttaaaaaggtgctttctttcatgtgaagagtcacatataatgcactataaatgc 10678090  T
Q  110 ttggcatttgaccattagtttgacagagaa------cagaacaacacacaattttggatagaattttgttacattaacaacataattcttcaccattctt 203  Q
    ||| ||||||  ||||||||  | | | ||      || ||| ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  10678091 ttgacatttgggcattagttgaaaatacaaaaaccacacaactacacacaattt-ggacagaattttgttacattaacaacataattcttcaccattcta 10678189  T
Q  204 ttactctaaatcattcatcaattctctaatgcatgagtgaattgctggaaccataaatctgtgaaatactgttaggagatacgcttggtgtggttgtg 301  Q
    ||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10678190 ttattctaaatcatccatcaattctctaatgcatgagtgaattgctggaaccataaatctgtaaaatactgttaggagatacgcttggtgtggttgtg 10678287  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 129; E-Value: 9e-67
Query Start/End: Original strand, 70 - 301
Target Start/End: Complemental strand, 33703506 - 33703269
Alignment:
Q  70 tttctctcatgtgaagggtcatataatgcactataaatgtttggcatttgaccattagtttgacagagaa-------cagaacaacacacaattttggat 162  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||||  ||||||||  | | | ||       || ||| ||||||||||| |||     
T  33703506 tttctctcatgtgaagagtcatataatgcactataaatgcttgacatttgggcattagttgaatatacaaaaaaccacacaactacacacaattt-ggac 33703408  T
Q  163 agaattttgttacattaacaacataattcttcaccattcttttactctaaatcattcatcaattctctaatgcatgagtgaattgctggaaccataaatc 262  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33703407 ataattttgttacattaacaacataattcttcaccattctattattctaaatcatccatcaattctctaatgcatgagtgaattgctggaaccataaatc 33703308  T
Q  263 tgtgaaatactgttaggagatacgcttggtgtggttgtg 301  Q
    ||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  33703307 tgtaaaatactattaggagatacgcttggtgtggttgtg 33703269  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 107; E-Value: 1e-53
Query Start/End: Original strand, 13 - 275
Target Start/End: Original strand, 10584798 - 10585066
Alignment:
Q  13 aacctgtggcaaaaaggtgct-aatgaaccataatattgattcaagtcaaatgagtgttttctctcatgtgaagggtcatataatgcactataaatgttt 111  Q
    ||||| |||||||| |||||| |||||| |||   |||||||||||| |||   |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||    
T  10584798 aacctttggcaaaagggtgcttaatgaatcatggcattgattcaagttaaagaggtgttttctctcatgtgaagagtcatataatgcactataaatgctt 10584897  T
Q  112 ggcatttgaccattagtttgacagagaa------cagaacaacacacaattttggatagaattttgttacattaacaacataattcttcaccattctttt 205  Q
    | ||||||  ||||||||  | | | ||      || ||| ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| ||    
T  10584898 gacatttgggcattagttgaaaatacaaaaaccacacaactacacacaattt-ggacagaattttgttacattaacaacataattcctcatcattctatt 10584996  T
Q  206 actctaaatcattcatcaattctctaatgcatgagtgaattgctggaaccataaatctgtgaaatactgt 275  Q
    | |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||| |||||||||    
T  10584997 attctaaatcatccatcaattctctaatgcatgagtgaatagctagaaccataaatctgtaaaatactgt 10585066  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 101; E-Value: 5e-50
Query Start/End: Original strand, 19 - 301
Target Start/End: Complemental strand, 29827661 - 29827399
Alignment:
Q  19 tggcaaaaaggtgct-aatgaaccataatattgattcaagtcaaatgagtgttttctctcatgtgaagggtcatataatgcactataaatgtttggcatt 117  Q
    |||||||| |||||| |||||| ||||| |||||||||||||||| | ||||||||| ||||||||| | |||||||||||| |||||||| ||||||||    
T  29827661 tggcaaaatggtgcttaatgaatcataacattgattcaagtcaaaggggtgttttctatcatgtgaaag-tcatataatgcattataaatgcttggcatt 29827563  T
Q  118 tgaccattagtttgacagagaacagaacaacacacaattttggatagaattttgttacattaacaacataattcttcaccattcttttactctaaatcat 217  Q
    ||  ||||||||||||| | |||| ||      ||||         |||||||||| |||||| ||| ||||||| |  |||||| ||||||||||||||    
T  29827562 tgggcattagtttgacaaaaaacataa------acaa---------gaattttgttgcattaataacctaattctccctcattctcttactctaaatcat 29827478  T
Q  218 tcatcaattctctaatgcatgagtgaattgctggaaccataaatctgtgaaatactgttaggagatacgcttggtgtggttgtg 301  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||     |||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  29827477 tcatcaattctctaatgcatgagtgaattgctg-----ataaatctgtaaaatactgttaggagatacccttggtgtggttgtg 29827399  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 86; E-Value: 4e-41
Query Start/End: Original strand, 168 - 301
Target Start/End: Complemental strand, 20891162 - 20891029
Alignment:
Q  168 tttgttacattaacaacataattcttcaccattcttttactctaaatcattcatcaattctctaatgcatgagtgaattgctggaaccataaatctgtga 267  Q
    |||||||||| |||||||||||||| |  |||||  |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |    
T  20891162 tttgttacataaacaacataattctccctcattcgcttactctaaatcatccatcaattctctaatgcatgagtgaattgctggaaccataaatctataa 20891063  T
Q  268 aatactgttaggagatacgcttggtgtggttgtg 301  Q
    |||||||||| ||||||||||| ||||| |||||    
T  20891062 aatactgttaagagatacgctttgtgtgattgtg 20891029  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #21
Raw Score: 85; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 165 - 301
Target Start/End: Original strand, 18024246 - 18024382
Alignment:
Q  165 aattttgttacattaacaacataattcttcaccattcttttactctaaatcattcatcaattctctaatgcatgagtgaattgctggaaccataaatctg 264  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |  |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| | |||| |||||||||    
T  18024246 aattttgttacattaacaacataattctccctcattctcttactctaaatcattcatcaattctctaatgcatgaatgaattgttagaacaataaatctg 18024345  T
Q  265 tgaaatactgttaggagatacgcttggtgtggttgtg 301  Q
    | ||||| |||||  |||||||||||||||| |||||    
T  18024346 taaaatattgttaacagatacgcttggtgtgattgtg 18024382  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #22
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 164 - 294
Target Start/End: Original strand, 3187551 - 3187681
Alignment:
Q  164 gaattttgttacattaacaacataattcttcaccattcttttactctaaatcattcatcaattctctaatgcatgagtgaattgctggaaccataaatct 263  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||| |  |||||| ||||||||||||||  ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  3187551 gaattttgtgacattaacaacataattctccctcattctcttactctaaatcatctatcaattctttaatgcatgagtgaattgctcgaaccataaatct 3187650  T
Q  264 gtgaaatactgttaggagatacgcttggtgt 294  Q
    || ||||| ||||| ||||||| ||| ||||    
T  3187651 gtaaaatattgttaagagatacactttgtgt 3187681  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #23
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 66 - 119
Target Start/End: Complemental strand, 20891237 - 20891184
Alignment:
Q  66 gtgttttctctcatgtgaagggtcatataatgcactataaatgtttggcatttg 119  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  20891237 gtgttttctctcatgtgaagggtcatataatgcactataaatgcttggcatttg 20891184  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #24
Raw Score: 46; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 66 - 119
Target Start/End: Original strand, 18024174 - 18024227
Alignment:
Q  66 gtgttttctctcatgtgaagggtcatataatgcactataaatgtttggcatttg 119  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  18024174 gtgttttctctcatgtgaagggtcatataatgcactataaatgcttgacatttg 18024227  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #25
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 269 - 301
Target Start/End: Original strand, 10586384 - 10586416
Alignment:
Q  269 atactgttaggagatacgcttggtgtggttgtg 301  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  10586384 atactgttaggagatacgcttggcgtggttgtg 10586416  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 145; Significance: 3e-76; HSPs: 16)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 145; E-Value: 3e-76
Query Start/End: Original strand, 13 - 301
Target Start/End: Complemental strand, 12857053 - 12856759
Alignment:
Q  13 aacctgtggcaaaaaggtgct-aatgaaccataatattgattcaagtcaaatgagtgttttctctcatgtgaagggtcatataatgcactataaatgttt 111  Q
    ||||| |||||||| |||||| |||||| |||   |||||||||||| |||   ||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||    
T  12857053 aacctttggcaaaagggtgcttaatgaatcatggcattgattcaagttaaagaggtgctttctctcatgtgaagagtcatataatgcactataaatgctt 12856954  T
Q  112 ggcatttgaccattagtttgacagagaa------cagaacaacacacaattttggatagaattttgttacattaacaacataattcttcaccattctttt 205  Q
    | ||||||  ||||||||  | | | ||      || ||| ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  12856953 gacatttgggcattagttgaatatacaaaaaccacacaactacacacaattt-ggacagaattttgttacattaacaacataattcttcaccattctatt 12856855  T
Q  206 actctaaatcattcatcaattctctaatgcatgagtgaattgctggaaccataaatctgtgaaatactgttaggagatacgcttggtgtggttgtg 301  Q
    | |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12856854 attctaaatcatccatcaattctctaatgcatgagtgaattgctggaaccataaatctgtaaaatactgttaggagatacgcttggtgtggttgtg 12856759  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 141; E-Value: 6e-74
Query Start/End: Original strand, 13 - 301
Target Start/End: Complemental strand, 26051285 - 26050991
Alignment:
Q  13 aacctgtggcaaaaaggtgct-aatgaaccataatattgattcaagtcaaatgagtgttttctctcatgtgaagggtcatataatgcactataaatgttt 111  Q
    ||||| |||||||| |||||| |||||| |||   |||||||||||| |||   ||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||    
T  26051285 aacctttggcaaaagggtgcttaatgaatcatggcattgattcaagttaaagaggtgctttctctcatgtgaagagtcatataatgcactataaatgctt 26051186  T
Q  112 ggcatttgaccattagtttgacagagaa------cagaacaacacacaattttggatagaattttgttacattaacaacataattcttcaccattctttt 205  Q
    | |||||   ||||||||  | | | ||      || ||| ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  26051185 gacatttaggcattagttgaatatacaaaaaccacacaactacacacaattt-ggacagaattttgttacattaacaacataattcttcaccattctatt 26051087  T
Q  206 actctaaatcattcatcaattctctaatgcatgagtgaattgctggaaccataaatctgtgaaatactgttaggagatacgcttggtgtggttgtg 301  Q
    | |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26051086 attctaaatcatccatcaattctctaatgcatgagtgaattgctggaaccataaatctgtaaaatactgttaggagatacgcttggtgtggttgtg 26050991  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 141; E-Value: 6e-74
Query Start/End: Original strand, 13 - 301
Target Start/End: Complemental strand, 26056398 - 26056104
Alignment:
Q  13 aacctgtggcaaaaaggtgct-aatgaaccataatattgattcaagtcaaatgagtgttttctctcatgtgaagggtcatataatgcactataaatgttt 111  Q
    ||||| |||||||| |||||| |||||| |||   |||||||||||| |||   ||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||    
T  26056398 aacctttggcaaaagggtgcttaatgaatcatggcattgattcaagttaaagaggtgctttctctcatgtgaagagtcatataatgcactataaatgctt 26056299  T
Q  112 ggcatttgaccattagtttgacagagaa------cagaacaacacacaattttggatagaattttgttacattaacaacataattcttcaccattctttt 205  Q
    | |||||   ||||||||  | | | ||      || ||| ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  26056298 gacatttaggcattagttgaatatacaaaaaccacacaactacacacaattt-ggacagaattttgttacattaacaacataattcttcaccattctatt 26056200  T
Q  206 actctaaatcattcatcaattctctaatgcatgagtgaattgctggaaccataaatctgtgaaatactgttaggagatacgcttggtgtggttgtg 301  Q
    | |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26056199 attctaaatcatccatcaattctctaatgcatgagtgaattgctggaaccataaatctgtaaaatactgttaggagatacgcttggtgtggttgtg 26056104  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 141; E-Value: 6e-74
Query Start/End: Original strand, 13 - 301
Target Start/End: Complemental strand, 26060644 - 26060350
Alignment:
Q  13 aacctgtggcaaaaaggtgct-aatgaaccataatattgattcaagtcaaatgagtgttttctctcatgtgaagggtcatataatgcactataaatgttt 111  Q
    ||||| |||||||| |||||| |||||| |||   |||||||||||| |||   ||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||    
T  26060644 aacctttggcaaaagggtgcttaatgaatcatggcattgattcaagttaaagaggtgctttctctcatgtgaagagtcatataatgcactataaatgctt 26060545  T
Q  112 ggcatttgaccattagtttgacagagaa------cagaacaacacacaattttggatagaattttgttacattaacaacataattcttcaccattctttt 205  Q
    | |||||   ||||||||  | | | ||      || ||| ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  26060544 gacatttaggcattagttgaatatacaaaaaccacacaactacacacaattt-ggacagaattttgttacattaacaacataattcttcaccattctatt 26060446  T
Q  206 actctaaatcattcatcaattctctaatgcatgagtgaattgctggaaccataaatctgtgaaatactgttaggagatacgcttggtgtggttgtg 301  Q
    | |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26060445 attctaaatcatccatcaattctctaatgcatgagtgaattgctggaaccataaatctgtaaaatactgttaggagatacgcttggtgtggttgtg 26060350  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 141; E-Value: 6e-74
Query Start/End: Original strand, 13 - 301
Target Start/End: Complemental strand, 26065757 - 26065463
Alignment:
Q  13 aacctgtggcaaaaaggtgct-aatgaaccataatattgattcaagtcaaatgagtgttttctctcatgtgaagggtcatataatgcactataaatgttt 111  Q
    ||||| |||||||| |||||| |||||| |||   |||||||||||| |||   ||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||    
T  26065757 aacctttggcaaaagggtgcttaatgaatcatggcattgattcaagttaaagaggtgctttctctcatgtgaagagtcatataatgcactataaatgctt 26065658  T
Q  112 ggcatttgaccattagtttgacagagaa------cagaacaacacacaattttggatagaattttgttacattaacaacataattcttcaccattctttt 205  Q
    | |||||   ||||||||  | | | ||      || ||| ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  26065657 gacatttaggcattagttgaatatacaaaaaccacacaactacacacaattt-ggacagaattttgttacattaacaacataattcttcaccattctatt 26065559  T
Q  206 actctaaatcattcatcaattctctaatgcatgagtgaattgctggaaccataaatctgtgaaatactgttaggagatacgcttggtgtggttgtg 301  Q
    | |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26065558 attctaaatcatccatcaattctctaatgcatgagtgaattgctggaaccataaatctgtaaaatactgttaggagatacgcttggtgtggttgtg 26065463  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 133; E-Value: 4e-69
Query Start/End: Original strand, 13 - 301
Target Start/End: Complemental strand, 12851940 - 12851644
Alignment:
Q  13 aacctgtggcaaaaaggtgct-aatgaaccataatattgattcaagtcaaatgagtgttttctctcatgtgaagggtcatataatgcactataaatgttt 111  Q
    ||||| |||||||| |||||| |||||| ||| | |||||||||||| ||||  ||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  ||    
T  12851940 aacctttggcaaaagggtgcttaatgaatcatgacattgattcaagttaaataggtgctttctctcatgtgaagagtcatataatgcactataaatactt 12851841  T
Q  112 ggcatttgaccattagtttgacagaga--------acagaacaacacacaattttggatagaattttgttacattaacaacataattcttcaccattctt 203  Q
    | ||||||  ||||||||  | | | |        | | ||| ||||||||||| ||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||     
T  12851840 gacatttgggcattagttgaagatatacaaaaaccatacaactacacacaattt-ggacaaaattttgttacattaacaacataattcttcatcattcta 12851742  T
Q  204 ttactctaaatcattcatcaattctctaatgcatgagtgaattgctggaaccataaatctgtgaaatactgttaggagatacgcttggtgtggttgtg 301  Q
    ||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12851741 ttattctaaatcatccatcaattctctaatgcatgagtgaattgctggaaccataaatctgtaaaatactgttaggagatacgcttggtgtggttgtg 12851644  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 123; E-Value: 3e-63
Query Start/End: Original strand, 147 - 301
Target Start/End: Complemental strand, 14610487 - 14610334
Alignment:
Q  147 acacacaattttggatagaattttgttacattaacaacataattcttcaccattcttttactctaaatcattcatcaattctctaatgcatgagtgaatt 246  Q
    ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  14610487 acacacaattt-ggacagaattttgttacattaacaacataattcttcatcattctcttattctaaatcatccatcaattctctaatgcatgagtgaatt 14610389  T
Q  247 gctggaaccataaatctgtgaaatactgttaggagatacgcttggtgtggttgtg 301  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14610388 gctggaaccataaatctgtaaaatactgttaggagatacgcttggtgtggttgtg 14610334  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 87; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 33 - 301
Target Start/End: Original strand, 4181364 - 4181615
Alignment:
Q  33 taatgaaccataatattgattcaagtcaaatgagtgttttctctcatgtgaagggtcatataatgcactataaatgtttggcatttgaccattagtttga 132  Q
    ||||||||| ||| ||||||||||||||||   |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||  ||||| |||||    
T  4181364 taatgaaccttaacattgattcaagtcaaaatggtgttttctctcatatgaagagtcatataatgcactataaatgtttgacatttgggcattaatttga 4181463  T
Q  133 cagagaacagaacaacacacaattttggatagaattttgttacattaacaacataattcttcaccattcttttactctaaatcattcatcaattctctaa 232  Q
    || |           |||| ||        ||||||||||| |||||||||||||||||| |  |||||| ||| |||||||||| ||||||||||||||    
T  4181464 caca-----------cacataaacg-----agaattttgttgcattaacaacataattctccctcattctcttaatctaaatcatccatcaattctctaa 4181547  T
Q  233 tgcatgagtgaattgctggaaccataaatctgtgaaatactgttaggagatacgcttggtgtggttgtg 301  Q
    |||||||||| |||||| |||||||||| | || |||||||||||| ||||||||||| ||||||||||    
T  4181548 tgcatgagtg-attgctcgaaccataaacccgtaaaatactgttagtagatacgcttgatgtggttgtg 4181615  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 176 - 301
Target Start/End: Complemental strand, 11056720 - 11056595
Alignment:
Q  176 attaacaacataattcttcaccattcttttactctaaatcattcatcaattctctaatgcatgagtgaattgctggaaccataaatctgtgaaatactgt 275  Q
    |||||||||||||||||| | |||||| ||||| |||||||| |||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||| |    
T  11056720 attaacaacataattctttatcattctcttactttaaatcatccatcaattctttaatgcatgagtgaattgttggaaccataaatctgtaaaatactat 11056621  T
Q  276 taggagatacgcttggtgtggttgtg 301  Q
    ||||||||||| |||||||| |||||    
T  11056620 taggagatacgtttggtgtgattgtg 11056595  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 81; E-Value: 4e-38
Query Start/End: Original strand, 33 - 273
Target Start/End: Original strand, 5440261 - 5440494
Alignment:
Q  33 taatgaaccataatattgattcaagtcaaatgagtgttttctctcatgtgaagggtcatataatgcactataaatgtttggcatttgaccattagttt-g 131  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||  | ||| ||| |    
T  5440261 taatgaaccataacattgattcaagtcaaatgggtgttttctctcatgtgaagggtcatataatgcactataaatgcttggcatttgggctttaatttgg 5440360  T
Q  132 acaga-gaacagaacaacacacaattttggatagaattttgttacattaacaacataattcttcaccattcttttactctaaatcattcatcaattctct 230  Q
    ||| |  || | ||||| | ||||     ||   | |||| ||||||||||||||||||||| |  |||||  ||||||||||||||  |||||||||||    
T  5440361 acacacaaaaacaacaaga-acaa-----ga---atttttattacattaacaacataattctccctcattcccttactctaaatcatcgatcaattctct 5440451  T
Q  231 aatgcatgagtgaattgctggaaccataaatctgtgaaatact 273  Q
    || || ||||| |||||||||||||||| |||||| |||||||    
T  5440452 aaagcttgagtaaattgctggaaccatacatctgtaaaatact 5440494  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 81; E-Value: 4e-38
Query Start/End: Original strand, 33 - 273
Target Start/End: Original strand, 5449271 - 5449504
Alignment:
Q  33 taatgaaccataatattgattcaagtcaaatgagtgttttctctcatgtgaagggtcatataatgcactataaatgtttggcatttgaccattagttt-g 131  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||  | ||| ||| |    
T  5449271 taatgaaccataacattgattcaagtcaaatgggtgttttctctcatgtgaagggtcatataatgcactataaatgcttggcatttgggctttaatttgg 5449370  T
Q  132 acaga-gaacagaacaacacacaattttggatagaattttgttacattaacaacataattcttcaccattcttttactctaaatcattcatcaattctct 230  Q
    ||| |  || | ||||| | ||||     ||   | |||| ||||||||||||||||||||| |  |||||  ||||||||||||||  |||||||||||    
T  5449371 acacacaaaaacaacaaga-acaa-----ga---atttttattacattaacaacataattctccctcattcccttactctaaatcatcgatcaattctct 5449461  T
Q  231 aatgcatgagtgaattgctggaaccataaatctgtgaaatact 273  Q
    || || ||||| |||||||||||||||| |||||| |||||||    
T  5449462 aaagcttgagtaaattgctggaaccatacatctgtaaaatact 5449504  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 74; E-Value: 6e-34
Query Start/End: Original strand, 164 - 301
Target Start/End: Original strand, 37459938 - 37460075
Alignment:
Q  164 gaattttgttacattaacaacataattcttcaccattcttttactctaaatcattcatcaattctctaatgcatgagtgaattgctggaaccataaatct 263  Q
    ||||| |||||||| |||||||||||||| |  |||||| |||||||||||||| |||||||||||| |||||| || ||||||||| ||||||| ||||    
T  37459938 gaattatgttacatgaacaacataattctcccacattctcttactctaaatcatccatcaattctctgatgcattagcgaattgctgaaaccatatatct 37460037  T
Q  264 gtgaaatactgttaggagatacgcttggtgtggttgtg 301  Q
    || ||||| ||||| |||||||||||| ||||||||||    
T  37460038 gtaaaatattgttaagagatacgcttgatgtggttgtg 37460075  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 198 - 301
Target Start/End: Original strand, 35352422 - 35352525
Alignment:
Q  198 attcttttactctaaatcattcatcaattctctaatgcatgagtgaattgctggaaccataaatctgtgaaatactgttaggagatacgcttggtgtggt 297  Q
    ||||| ||||| |||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| ||| |||| ||||||    
T  35352422 attctcttactataaaccatccatcaattctctaatgcatgagtgaattgctggaaccataaatctataaaatactgttaggagttactcttgatgtggt 35352521  T
Q  298 tgtg 301  Q
    ||||    
T  35352522 tgtg 35352525  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 57; E-Value: 8e-24
Query Start/End: Original strand, 229 - 301
Target Start/End: Original strand, 5436692 - 5436764
Alignment:
Q  229 ctaatgcatgagtgaattgctggaaccataaatctgtgaaatactgttaggagatacgcttggtgtggttgtg 301  Q
    ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  5436692 ctaatgcattagtgaattgcttgaaccataaatctgtaaaatattgttaggagatacgcttggtgtggttgtg 5436764  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 47; E-Value: 8e-18
Query Start/End: Original strand, 33 - 107
Target Start/End: Original strand, 37459824 - 37459898
Alignment:
Q  33 taatgaaccataatattgattcaagtcaaatgagtgttttctctcatgtgaagggtcatataatgcactataaat 107  Q
    ||||||||||||| ||  |||||| ||||||| ||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||    
T  37459824 taatgaaccataacatcaattcaaatcaaatgcgtgttttctctcatgtgaatggacatataatgcactataaat 37459898  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 13 - 93
Target Start/End: Complemental strand, 14610593 - 14610512
Alignment:
Q  13 aacctgtggcaaaaaggtgct-aatgaaccataatattgattcaagtcaaatgagtgttttctctcatgtgaagggtcatat 93  Q
    ||||| |||||||| |||||| |||||| |||   ||||||||||||||||   ||| |||||||||||||||| |||||||    
T  14610593 aacctttggcaaaagggtgcttaatgaatcatggcattgattcaagtcaaagaggtgctttctctcatgtgaagagtcatat 14610512  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0223 (Bit Score: 137; Significance: 2e-71; HSPs: 1)
Name: scaffold0223
Description:

Target: scaffold0223; HSP #1
Raw Score: 137; E-Value: 2e-71
Query Start/End: Original strand, 13 - 301
Target Start/End: Original strand, 1959 - 2253
Alignment:
Q  13 aacctgtggcaaaaaggtgct-aatgaaccataatattgattcaagtcaaatgagtgttttctctcatgtgaagggtcatataatgcactataaatgttt 111  Q
    ||||| |||||||| |||||| |||||| |||   |||||||||||| |||   |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||    
T  1959 aacctttggcaaaagggtgcttaatgaatcatggcattgattcaagttaaagaggtgttttctctcatgtgaagagtcatataatgcactataaatgctt 2058  T
Q  112 ggcatttgaccattagtttgacagagaa------cagaacaacacacaattttggatagaattttgttacattaacaacataattcttcaccattctttt 205  Q
    | ||||||  ||||||||  | | | ||      || ||| |||||||| || ||| |||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||| ||    
T  2059 gacatttgggcattagttgaatatacaaaaaccacacaactacacacaactt-ggacagaattttattacattaacaacataattcttcatcattctatt 2157  T
Q  206 actctaaatcattcatcaattctctaatgcatgagtgaattgctggaaccataaatctgtgaaatactgttaggagatacgcttggtgtggttgtg 301  Q
    | |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2158 attctaaatcatccatcaattctctaatgcatgagtgaattgctggaaccataaatctgtaaaatactgttaggagatacgcttggtgtggttgtg 2253  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0006 (Bit Score: 106; Significance: 5e-53; HSPs: 2)
Name: scaffold0006
Description:

Target: scaffold0006; HSP #1
Raw Score: 106; E-Value: 5e-53
Query Start/End: Original strand, 147 - 301
Target Start/End: Complemental strand, 144222 - 144066
Alignment:
Q  147 acacacaattttggatagaattttgttacattaacaacataattcttcaccattcttttactct--aaatcattcatcaattctctaatgcatgagtgaa 244  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |  |||||| || ||||  ||||||| ||| ||||||||||||||||||||||    
T  144222 acacacaattttggatagaattttgttgcattaacaacataattctccctcattctcttgctctctaaatcatccattaattctctaatgcatgagtgaa 144123  T
Q  245 ttgctggaaccataaatctgtgaaatactgttaggagatacgcttggtgtggttgtg 301  Q
    |||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  144122 ttgctgaaaccataaatctgtaaaatactgttaggagatacgcttggtgtggttgtg 144066  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0006; HSP #2
Raw Score: 65; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 33 - 117
Target Start/End: Complemental strand, 144313 - 144229
Alignment:
Q  33 taatgaaccataatattgattcaagtcaaatgagtgttttctctcatgtgaagggtcatataatgcactataaatgtttggcatt 117  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||    
T  144313 taatgaaccataacattgattcaagtcaaaggggtgttttctctcatgtgaagggtcatataatgcactataaatacttggcatt 144229  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0005 (Bit Score: 89; Significance: 7e-43; HSPs: 1)
Name: scaffold0005
Description:

Target: scaffold0005; HSP #1
Raw Score: 89; E-Value: 7e-43
Query Start/End: Original strand, 33 - 285
Target Start/End: Complemental strand, 173586 - 173344
Alignment:
Q  33 taatgaaccataatattgattcaagtcaaatgagtgttttctctcatgtgaagggtcatataatgcactataaatgtttggcatttgaccattagtttga 132  Q
    ||||||||| ||  |||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  |||||  ||||| |||      
T  173586 taatgaaccttagcattgattcaagtcaaatgggtgttttctatcatgtgaagggtcatataatgcgctataaatgtttgatatttgtgcattaattt-- 173489  T
Q  133 cagagaacagaacaacacacaattttggatagaattttgttacattaacaacataattcttcaccattcttttactctaaatcattcatcaattctctaa 232  Q
         |||| ||||| | |||       | ||||||||||||||| ||||||||||||||||   ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||    
T  173488 -----aacataacaaaatacagaaa---aaagaattttgttacatcaacaacataattcttcctaattctcttactctaaatcatccatcaattctctaa 173397  T
Q  233 tgcatgagtgaattgctggaaccataaatctgtgaaatactgttaggagatac 285  Q
    || ||  |||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| |||||    
T  173396 tgtataggtgaattgctggaaccataaatctctaaaatactgttaggggatac 173344  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University